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Section SV4
Recommandations
y Le cours, TD et TP de microbiologie sont complémentaires. Il faut
absolument assister aux TD et aux TP pour compléter les informations
donner en cours.
y Les étudiants ayant des questions sur le contenu du cours doivent les
posées à la fin de chaque séance de cours.
Plan du Cours
Chap.I. Monde Microbien
micro-organismes;
Virus Bactéries
Algues unicellulaires
(Virologie) (Bactériologie)
(Algologie) Protozoaires
(Protozoologie)
Chapitre I
LE MONDE MICROBIEN
Microscope de Leeuwenhoek
Suite à ces observations se posa la Question suivante :
Théorie 1 Théorie 2
Génération spontanée Biogenèse
préexistant
Conclusion :
Croissance
Bouillon chauffé
Autre expérience
de Pasteur en
faveur de la
biogénèse
être présents sous une forme qui résiste à la chaleur, ce sont les spores
Remarque
Conclusion générale :
y la pasteurisation,
y la fermentation.
Il a fallu attendre les études de Pasteur sur le rôle des microorganismes dans
la fabrication du vin pour comprendre que la fermentation était causée par des
Microorganismes.
La théorie germinale des maladies était présente avant que Pasteur ne montre
que les microorganismes étaient la cause des maladies.
- en 1870, Robert Koch (puis Pasteur en 1877) a isolé des bactéries en forme
de batonnets à bouts carrés à partir du sang de moutons atteints de la maladie
du charbon. Plus tard Koch découvrit les bactéries responsables de la
tuberculose et du Choléra.
Postulats de Koch
L’immunisation ou vaccination
de nouvelles infections .
Conclusions
- les bactéries atténuées pouvaient stimuler l’hôte à produire des
- Technique utilisée par Semmelweis en premier puis par Josef Lister qui
La chimiothérapie
Utilisation de produits chimiques pour soigner les maladies
C’est Robert Koch et ces collègues qui ont mis au point plusieurs techniques
de laboratoire qui ont contribué au développement de la microbiologie à savoir :
sont issues d’une seule cellule mère. C’est ce qu’on appelle une culture pure
Chapitre II
Taxonomie bactérienne
Exemple 1
• les myxomycètes étaient
considérées comme
champignons par les
botanistes et comme
protozoaires par les
zoologistes.
Linné (1750).
Pour parler d’un organisme, on utilise les deux mots, qui sont
soulignés ou écrits en italique.
On a l’habitude, après avoir mentionné un nom scientifique une
fois, de l’abréger en écrivant la lettre initiale du genre suivie de
l’épithète spécifique (exemple : Escherichia coli devient E. coli ).
Les noms scientifiques peuvent, entre autres choses,
¾ Décrire l’organisme,
¾ rendre hommage à un chercheur ou
¾nommer l’habitat d’une espèce.
Procaryotes Eucaryotes
Procaryote
Eucaryote
-Plantes :
vasculaires
et Bryophytes - Protistes inférieurs:
Bactéries Virus
- Animaux (métazoaires) +
Cyanobactéries
- Protistes supérieurs :
Algues (sauf
cyanophycées =
cyanobactéries)
+ Protozoaires
+ Champignons
III.4. Classification des protistes procaryotes
Les procaryotes sont formés d'une cellule unique d'une dizaine de micromètres de
long qui possède un chromosome unique rattaché à la membrane plasmique. La
composition de la membrane détermine deux grands groupes : Les
Archæbactéries et Les Eubactéries
Les Archæbactéries
Les Eubactéries
Se divisent en deux groupes :
- Eubactéries photosynthétiques.
- Eubactéries non photosynthétiques : groupe le plus
important en bactériologie
A. Eubactéries photosynthétiques
- Cyanophycées = algues bleues ou cyanobactéries
Elles sont uni ou pluricellulaires, photosynthétiques.
1- Myxobactéries :
Elles sont toujours unicellulaires et non photosynthétiques ;
elles se déplacent par glissement.
2. Les Spirochètes
:Caractéristiques générales
- Gram -
- Chimiohétérotrophe
Anaérobie, souvent stricte-
Forme cellulaire et Type de mobilité particulier - Le spirochète
- fins, flexibles et doté de filament axial ou Treponema pallidum
endoflagelles leurs conférant cette mobilité typique et
cette forme en spiralle .
Nocardia asteroides
Colonie de streptomyces
4. Autres groupes :
Systèmes de classification
Système de classification Des bactéries
Des animaux
Adopté en 1947 par l’association
Système de classification Internationale des sociétés
Microbiologiques.
Des végétaux C’est le code international de
Nomenclature des bactéries
Les premiers modèles de classification ont été crées par Linné en 1750
* Chaque système de classification présente une unité de base = Espèce
Rang Exemple
Règne Bacteria
Embranchement Proteobacteria
Classe γ-Proteobactéries
Ordre Enterobactériales
Famille Enterobacteriaceae
Genre Escherichia
Espèce Escherichia coli
• Parfois on trouve d’autres subdivisions (Sous-classe , Sous-ordre ,
Sous-famille, Sous-genre , Sous-espèce )
Staphylococcus aureus
Les bactéries
LA CELLULE BACTERIENNE
Organisation des cellules eucaryotes et procaryotes
Procaryote Eucaryote
Taille 0,2µm (mycoplasmes)-10 µm – 1 µm (Nanochlorum eukaryotum) - 5 µm (levure) – 100 µm
voire plus chez certaines bactéries (voire de l’ordre du mètre si on pense aux neurones)
géantes (Epulopiscium fishelsoni : 10 à
500 µm selon la phase de croissance ;
Thiomargarita namibiensis de 0,1 à 1
mm)
Organisation Le plus souvent unicellulaire – Uni ou multicellulaire – différenciation sophistiquée
différenciation rudimentaire en tissus et organes chez les eucaryotes supérieurs
Noyau avec membrane Absent Présent
(sauf très rare exception
Matériel génétique 1 nucléoïde (parfois plusieurs) et Plusieurs chromosomes
parfois des plasmides
Matériel génétique dans cytosol
Matériel génétique dans noyau et certains organites
Cytosquelette Pas à proprement parlé Présent (microtubules, filaments d’actine)
(néanmoins protéine FstZ)
Division Fission binaire Mitose (réplication de la cellule) et souvent méïose
(formation de gamètes)
Processus d’endocytose Absent Présent
Ribosomes 70S : 50S (ARN 23S et 5S) + 30S 80S (sauf mitochondrie et chloroplaste) : 60S (ARN
(ARN16S) 25S et 5,8 S et 5S) + 40S (ARN 18S)
Membranes internes Très rare Présentes
(cf. certaines bactéries
photosynthétiques, les méthanotrophes,
les bactéries nitrifiantes…)
Compartiments Absents Présents : compartimentation de la production
internes (= organites) d’énergie (mithochondrie, chloroplaste), des
réactions enzymatiques (péroxysome, lysosome,
cytosol), de la synthèse protéique et sécrétion
(réticulum endoplasmique, appareil de Golgi) –
Quelques eucaryotes « primitifs » tels que Giardia lambdia n’ont
pas de mitochondries ou de réticulum endoplasmique.
1- Morphologie générale.
a) Définition d'une bactérie :
Schéma de la structure
bactérienne
b) Dimensions
E. coli
Bacille de Koch
Spiroplasma melliferum
- Forme incurvée (en virgule) = Vibrions
Vibrio cholerae
d- Groupement
- en Y : ex, Bifidobacterium
Remarque :
@ Éléments obligatoires
* La Paroi bactérienne :
Capsule
* Résistance
* Adaptation
* Classification
Coloration de Gram
Escherichia coli
Staphylococcus aureus
Coloration de Gram
- leur forme ,
- les bactéries sont imprégnées par une première solution colorante, le violet
Cristal.
- puis elles sont fixées par un mordant, la solution de Lugol (solution d'iode dans
l'iodure de potassium)
- d'autres bactéries ne résistent pas et ne sont plus visibles. On doit donc utiliser
un deuxième colorant de teinte contrastante (fuchsine, ou safranine, colorants
rouges). Ces bactéries apparaissent alors colorées en rose, elles sont dites Gram
négatif.
Coloration de Gram
Coloration au cristal
violet (colorant Augmentation des interactions
basique) colorant-cellule à l’aide d’un
Env. 30’’ mordant (iode/lugol)
Lavage (eau) env. 1’
Env. 2’’ Lavage à l’eau
Contrecoloration
(safranine,
fuschine) Décoloration
env. 30-60’’ (éthanol)
Lavage à l’eau env. 10-30’’
Séchage Lavage à l’eau
Gram +
Gram -
La distinction entre bactéries à gram positif et bactéries à gram négatif repose
Bactéries Bactéries
Gram + Gram -
Osamines +++ +
Acides aminés 24 à 35 % 50 %
Acides teichoiques +++ -
Oses 20-60 % 20-60 %
Lipides 1-2,5 % 10-22 %
* Osamines
- La N-acétylglucosamine
• Présents chez toutes les bactéries
• Entrent dans la composition du peptidoglycane
- L’acide N-acétylmuramique
CH2OH
CH2OH
O
O OH
OH
OH HO
HO
-OOCCHCH NH2COCH3
NH2COCH3 3
* Acides aminés
La paroi des bactéries contient trois acides aminés majeurs :
* Acides teichoïques
* Lipides
- Il existe une nette différence de structure entre les parois des Gram + et
des Gram -
Glycosidique β 1-4.
* d'une partie peptidique : 4 acides aminés qui sont reliés par une
pyruvate du NAM.
alternance NAG-NAM
Transglycosilation
Lipide membranaire
Remarque
Gram -
• Composition
- Lipides (30 à 40 %)
- proteines (60 à 70 %)
- Glucides (constituants
mineurs, glucose,
glucosamine)
Absence de cholestérol =
différence avec la cellule
eucaryote
@ Lipides = phospholipides
@ Proteines
de transport.
• Fonctions de la membrane cytoplasmique
– Transfert de substances :
a) La respiration
* Les chaines respiratoires des bactéries sont semblables à celles des mitochondries
* Dans la respiration aérobie, la réoxydation des coenzymes réduits est assurée par le
transfert des électrons par "voie cytochromique" vers le dioxygène.
b) Transfert de substances
* La membrane cytoplasmique joue le rôle de barrière en empêchant :
- Transport actif
@ Transports passifs : sans apport énergétique
a) Diffusion simple passive : les petites molécules (02 ,CO2, acides gras, éthanol,…)
peuvent traverser librement la membrane cytoplasmique lorsque leur concentration
dans le milieu extra cellulaire est supérieure à celle du milieu intracellulaire.
@ Transports actifs
• synthèse du peptidoglycane
pH, aw…)
Mésosomes
* Le cytoplasme contient
- Vacuoles à gaz
@ Ribosomes
• Constitution :
2 sites essentiels
en cours de constitution
@ les substances de réserves
- amidon
* chromatophores :
•Vacuoles à gaz :
@ Chromosome
- circulaire
- surenroulé
- Coefficient de Chargaff
ADN bactérien
ADN
D’E. coli
Expérience de Griffith(1928)
* Ces expériences démontrent que le pouvoir transformant est détenu par l'ADN
des bactéries: c'est la substance du contenu des bactéries S qui n'a pas été
détruit par la chaleur dans l'expérience de Griffith.
Transcription Traduction
@ Éléments facultatifs
* Les plasmides
* en microbiologie un plasmide = molécule d'ADN circulaire en double
brin, indépendante de l'ADN chromosomique, capable de réplication
autonome.
* les spores bactériennes sont des endospores, car elles se forment à l'intérieur
de la cellule bactérienne .
* Bacillus,
* Clostridium
* Sporosarcina .
* Conditions de formation des spores :
bactériennes végétatives.
- leur résistance aux attaques des acides, des bases, des antiseptiques,
La sporulation
8 1
2
7
6 3
5 4
* La capsule
en chaine .
- Rôles de la capsule
* la dessiccation,
* les parasites (les bactériophages sont incapables de se fixer sur une bactérie
capsulée).
Pneumocoque ou
Streptococcus pneumoniae
* Cils et flagelles
• Les bactéries mobiles se déplacent soit par
- glissement (cyanobactéries),
* Les cils et les flagelles sont des filaments extrêmement ténus, invisibles
au microscope optique sur les bactéries vivantes et plus longs que la
bactérie elle-même.
* Cette insertion diffère selon que les bactéries sont Gram positif ou Gram
négatif .
Chez les bactéries mobiles, il existe différents types flagellaires induisant
des déplacements variables qu'on appellera ciliature :
proteus
1- Mobilité
* Les cils et les flagelles confèrent une certaine
mobilité aux bactéries qui peuvent se déplacer dans
les milieux liquides ou à la surface des géloses.
2- Chimiotactisme
* Certaines bactéries capables de se mouvoir, sont attirées par les nutriments
(sucres, acides aminés) et repoussées par des substances toxiques ou
nuisibles.
3- propriétés antigéniques
* Les flagelles confèrent à la bactérie de nouvelles propriétés antigéniques
Pili ou fimbriae
Les pili (poils) sont des formations qu'on ne peut observer qu'au microscope
électronique. Surtout présent chez les Gram-
Shigella Salmonella
Flagelles plus longs
Que les pili
A. NUTRITION BACTERIENNE.
Définition
• Les bactéries se nourrissent à partir des aliments présents dans les milieux de
culture et dans des conditions physico-chimique bien précises
A. Besoins élémentaires
Selon la nature des besoins nutritifs, on définit différentes catégories de
bactéries : ce sont les types trophiques
1) Source d’énergie
- Oxydation d’un
- lumière
Composé chimique
Phototrophes Chimiotrophes
photolitotrophes photoorganotrophes
chimiolitotrophes chimioorganotrophes
2) Source de carbone
Le carbone est l'élément constitutif le plus abondant chez les bactéries .
Autotrophes hétérotrophes
2) Source d’azote
• La synthèse des protéines nécessite des substances azotées .
nodules de Rhizobium
• La source d’azote peut être : sur des racines
* L'azote moléculaire :
3) Eléments minéraux
souffrés organiques.
inorganique .
Définition
10 µg/ml
• des bases puriques ou pyrimidiques,
10 µg/ml
• des acides gras,
de diverses enzymes)
bactérienne peuvent être satisfaits par la présence dans le milieu d’une autre
C. facteurs physiques
• On appelle facteurs physiques les facteurs qui relèvent de l'environnement
- Eau
- température
- pH
- oxygène
- pression osmotique
a) Eau :
b) Température
* Elle influence aussi bien la multiplication que le métabolisme bactérien
Bactérie mésophile
Tmin
Topt Tmax
Selon leur température optimale, les microorganismes sont dits
c) Le pH
* Il influence l’équilibre ionique du milieu, les réactions métaboliques
Et l’activité enzymatique
- Acidophiles (1– 4)
d) oxygène
* En fonction de leur exigence en oxygène, on distingue 4 types respiratoires
de bactéries :
d’oxygène libre
tension d’oxygène
* Mise en évidence du type respiratoire des bactéries
e) La pression osmotique
et de là à l’identification de bactéries
Définition
à dire :
cultive mal ;
gélification.
CRITERES DE CLASSIFICATION
DES MILIEUX DE CULTURE
1) Composition chimique
Naturels ou Complexes Semi-synthétiques Synthétiques
-Types :
Extraits de Levure
Peptones pepsiques
Peptones trypsiques
Peptones pancréatiques
2) Consistance
3) Utilisation
Agar (gélose) 15 g
ED qsp 1 L
pH = 7,2
ED qsp 1 L
pH = 7,1
Milieu d’isolement simple, sélectif et d’orientation
L’azide de sodium empêche la croissance des bactéries Gram – et de tous les
streptocoques sauf ceux du groupe D.
La bile inhibe les bactéries Gram + sauf les streptocoques du groupe D.
L’azide de sodium et la bile sélectionnent la culture des entérocoques et des
streptocoques du groupe D.
Composition
Source de C et N
pH = 7
Colonies incolores Î le
Lecture pH est neutre ou basique .
Les bactéries ne
fermentent pas le lactose
: LACTOSE -
Colonies rouges Î le pH
est acide .
Les bactéries fermentent le
lactose en produisant des
acides: LACTOSE +
Colonies avec centre
noir Î précipité de
sulfure de fer.
Les bactéries ont
produit de l’H2S : H2S +
pH = 8,6
B. Métabolisme Bactérien
1. Définitions
2. Enzymes bactériennes
A. Phototrophie
- C’est la photosynthèse bactérienne (chromatophores avec
bactériochlorophylle)
Lumière
CO2 + DH2 CH2O + D + H2O
B. Chimiotrophie
- La plupart des bactéries sont chimiotrophes.
• un acide aminé
• un acide gras
• un alcane
La Respiration
La Respiration est l’ensemble des voies métaboliques au
cours desquelles :
- l’accepteur d’électrons et d’H2 dans les réactions redox est soit l’oxygène
moléculaire (Respiration aérobie) ou des composés oxygénés
inorganiques ou organiques non fermentescibles (Respiration anaérobie).
Glucose
Glycolyse Partie commune à la respiration et la fermentation
Pyruvate
Remarque
Le cycle de Krebs
FADH2).
Respiration aérobie
Respiration anaérobie
ATP synthétase
complexe protéique
enzymatique
Son rôle est :
synthétiser l'ATP à partir du gradient
électrochimique de protons entretenu
par la chaîne respiratoire et
d'Adenosine diphosphate ADP, ainsi
que de Phosphate inorganique,
selon la réaction suivante :
ADP + Pi ATP + H2O
Structure de l'ATP synthétase:
- F0 le canal à protons
- la tige rotatrice en bleu,
- F1 chargé de la synthèse en rouge
- la membrane en gris.
La respiration se fait donc en 2 étapes :
cycle .
Quinones et Cytochromes
La fermentation
La fermentation a été définie par Pasteur comme la
« vie sans air »;
- Selon les bactéries, ces produits vont être différents et vont caractériser
des espèces dites "fermentaires".
Fermentation du Glucose
On distingue 3 modèles:
Fermentation Alcoolique:
Fermentation Butyrique :
1) Définition
- l'initiation (B),
- la réplication de l'ADN
chromosomique (C)
* En milieu liquide, les cellules sont dispersées ce qui permet des prises
Cellule de Malassez
Vue de profil
Vue de face
2) Dénombrement après culture (dénombrement indirect)
incubation
probabilité
Appareil de filtration
Dépôt de la membrane
filtrante sur le support
Stérilisation de la surface de Positionnement de l'entonnoir
en acier de l'appareil de
l'appareil de filtration filtration sur l'appareil de filtration
5 6 7
Principe
C’est une méthode optique fondée sur la propriété que présente toute
suspension de diffracter une partie de l’intensité d’un faisceau de lumière
Qui la traverse en ligne droite.
chacune donner à leur tour deux autres cellules et ainsi de suite, selon
1 cellule ---> 2 cellules ---> 4 cellules ---> 8 cellules ---> 16 cellules ---> ...
-Donc : n = µt
- l’équation devient :
a : phase de latence
b : phase d’accélération
c : phase exponentielle,
d : phase de ralentissement,
e : phase stationnaire,
f : phase de déclin.
* Phases de la croissance
Phase de latence :
Phase exponentielle :
nutriments)
(mortalité nulle).
Phase de ralentissement :
Phase stationnaire :
qui meurent.
Phase de déclin :
endogènes.
Chapitre V : Les Grands groupes de bactéries
Caractéristiques générales :
- Gram -
- Chimiohétérotrophe
- Anaérobie, souvent stricte
-Forme cellulaire et Type de mobilité particulier
- fins, flexibles et doté de filament axial ou endoflagelles leurs
conférant cette mobilité typique et cette forme en spiralle .
- La plupart des Spirochètes vivent seul (dans les sédiments...) ou
associés à des animaux.
genre Spirochaeta : vit en eaux douces et marines
- Ils regroupes 4 genres : genre Treponema : parasite l’homme et les animaux
2. Les Actinomycètes
Nocardia asteroides
Chapitre VI : La virologie
* Il contient :
ENVELOPPE
•µ et G varient en fonction du type de micro-organisme
Micro-organisme G µ (h- 1)
Levure 1h 1
Esherischia Coli 20min 3
Clostridium
botulinum Clostridium
Gélose MacConkey
composition
y Peptones
y Lactose ( sucre) : élément
différentiel
y Sels biliaires et cristal violet :
éléments sélectifs
y NaCl
y Agar
y Rouge neutre: indicateur de
pH
y Utilité: isolement et
distinction des bactéries Gram
(-)
http://fr.wikipedia.org/wiki/Portail:Microbiologie
http://membres.lycos.fr/neb5000/
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