Ecologie microbienne

CES Bactriologie-Virologie Bactriologie-

Professeur Moussa Fafa Ciss Mdecin Biologiste Facult de Mdecine Dakar

Introduction

cologie

Dfinition de lcologie
Science qui tudie conditions dexistence Dun tre vivant Et les rapports qui stablissent Entre cet tre et son environnement

   

Domaines de lcologie
  

cologie microbienne cologie culturelle Etc. etc.

Subdivisions de lcologie
  

Auto cologie : une seule espce/milieu Syncologie : plusieurs espces / milieu Dynamique des populations Modifications et causes de labondance Des espces dans un mme milieu.

cologie applique
   

Maintien des quilibres biologiques Conservation de la nature Protection des faunes et flores Survie du milieu naturel

cosystme

Dfinition de lcosystme
   

Ensemble cologique Entre un milieu (sol, eau ) Et des tres vivants Entre lesquels existent des relations nergtiques, trophiques ...

Exemples dcosystme
   

Lacs Ocans Rivires Forts

Chane alimentaire


Limites de la chane Au dpart : le plancton ou les algues Au bout : les espces carnivores Plancton

Ensemble des tres vivants de petite

taille ou microscopiques

Entrans par les eaux marines/douces

cologie microbienne des ocans

Composition du plancton marin



Bactries Pseudomonas, Acinetobacter Achromobacter, Cytophaga, Flavobacterium, Vibrio, Cellvibrio Bacillus, Clostridium Algue, champignon, levure, protozoaire

Types de plancton

 

Phytoplancton: algues prdominent Zooplancton: protozoaires prdominent

Exploitation des ocans



Domaines dexploitation biologique Halieutique Aquaculture, conchyliculture Bioconversion des algues Extraction mtaux lourds : or, uranium Fertilit ocan: capacit produire plancton

cologie microbienne eaux douces

Bactries
  

Consomment les matires organiques Servent daliments aux protozoaires Protozoaires servent daliments aux vairons et aux petits poissons Homme est en bout de chane

Algues
   

Colonisent les eaux de surface Assurent la photosynthse Assimilent les sels minraux Nourrissent protozoaires et poissons

quilibre biologique naturel



Base = processus de minralisation Micro-organismes spcialiss Micro Algues photosynthtiques Autopuration: paramtres Charge de pollution Nombre/type mtabolique des germes Taux doxygne

Flore de lautopuration


Fixe sur des supports Vgtaux, animaux : pipsamnique Lit, berges de la rivire : pibenthique Couche limoneuse profonde: benthique Libre et en suspension dans eau : <1%

cologie microbienne des sols

Dfinitions du sol


Sol Partie de la crote terrestre o la Biologie et gologie se rencontrent Sol Milieu vivant Sur un support organique et minral

Flore microbienne tellurique

    

Bactries Virus Champignons Algues Protozoaires

Bactries
  

Plusieurs milliards /gramme de terre Flore revivifiable = 1/100me Sige privilgi = rhizosphre

Bactries prdominantes
   

Streptomyces Nocardia Actinomyctes Micromonospora Ce sont des Actinomyces

Bactries: proprits 1


 

Assurent la symbiose entre Bactries (Rhizobium) et Racines vgtales (lgumineuses) Dgradent cellulose, chitine, kratine, lignine Synthse de nombreux antibiotiques Got moisi de la terre remue

Bactries: proprits 2
     

Auxotrophes, htrotrophes Arobies, anarobies Msophiles, thermophiles, psychrophiles Rduisent: sulfates, nitrates, nitrites Oxydent le soufre Fixent lazote

Champignons
   

Plusieurs centaines despces Sige: surface sol, couches superficielles Induisent la friabilit du sol Dcomposent la cellulose et la lignine

Autres micro-organismes micro  

Algues: chlorophyces, cyanophyces Protozoaires: sont des prdateurs Bactriophages: infectent protozoaires

cologie microbienne de lair

Rle de lair

  

Support des micro-organismes microVecteur de transmission des infections Peu favorable prolifration des germes

Flore de latmosphre


Principales bactries Micrococcus, Sarcina, Staphylococcus Corynebacterium, Bacillus Achromobacter, Flavobacterium Principaux Actinomyctes Aspergillus, Penicillium Cladosporium, Alternaria, Pullularia

Taux de pollution
Villes > campagnes Champs cultivs > reste campagne Surface eaux pollues > fond de leau Saison chaude > autres saisons Habitations, hpitaux, usines

    

Grands cycles biologiques

Introduction

Cycle de la matire vivante



Dfinition ensemble des transformations chimiques cycliques qui intressent tous les composants de la matire vivante Composants de la matire vivante Composs carbon, soufr, phosphor Substances azotes

Biosphre


Dfinition partie de la plante o seffectue le cycle de la matire Composition

Ocans Continents (sol) Partie infrieure de latmosphre

Cycle de loxygne

Photosynthse
Elle a lieu chez Plantes Certaines bactries Processus : CO2 + H2O

CH2O + O2

Respiration arobie
Elle a lieu chez Bactries Autres Processus : CH2O + O2 CO2 + H2O

Cycle du carbone

Principales bactries
     

Pseudomonas Bacillus Actinomyctes Bactries cellulolytiques (Cytophaga) Bactries pectinolytiques Bactries dnitrifiantes

Consquences

 

Formation de lhumus Fertilisation des sols

Cycle du soufre

Figure 3. The Sulfur Cycle

Assimilation des sulfates

  

Assimilation par les plantes Assimilation par les animaux Assimilation par les bactries

Rduction des sulfates

  

Formation groupements sulfhydriques Incorpors dans acides amins soufrs Formation composs organiques soufrs

Dcomposition des composs organiques

   

Sources: animaux et vgtaux morts Cause : micro-organismes microFormation dhydrogne sulfur Dgagement dune odeur nausabonde Exemples : gouts, eaux stagnantes

Oxydation = fin cycle soufre



MicroMicro-organismes responsables Thiobacillus thiooxydans Anarobies soufrs pourpres, vertes H2S est reconverti en sulfates Lieu de la reconversion : biosphre

Cycle de lazote

Bactries concernes


Bactries nitrificatrices Nitrosomonas Nitrobacter Bactries dnitrificatrices Thiobacillus denitrificans Pseudomonas, Achromobacter Enterobacteriaceae

Symbiose bactrie-plante bactrie-

 

Bactrie : Rhizobium Plantes : lgumineuses Sassocient pour synthtiser lazote

Production dammoniac


Sources: composs azots organiques Animaux morts Vgtaux morts Excrtion directe par les animaux Ammoniac Ure Acide urique

Production de nitrates


Processus = oxydation Ammoniac nitrites (Nitrosomonas) Nitrites nitrates (Nitrobacter) Source de nitrates = ammoniac

But: restituer azote minral aux plantes

Production dazote molculaire

  

Source dazote = nitrates Mcanisme: dnitrification des nitrates Obtention de lazote molculaire

Destine de lazote molculaire

  

Atmosphre Plantes vertes (synthse protique) Nodosits des racines des plantes

Destine azote dans cellule

   

Acide glutamique Acide aspartique Protines Acides nucliques

cologie dun lac stratifi

Figure 4. Ecology of a Stratified lake

Merci