Module de Base 3

Microbiologie Diarrhes Diagnostic, techniques et interprtation des examens bactriologiques.

1
Facult de Mdecine Montpellier-Nmes
Octobre 2005
JP. LAVIGNE




ED Diarrhes
Diagnostic, Techniques et Interprtation
des Examens Bactriologiques


Objectifs

1. Dfinir les termes : commensal, saprophyte, pathogne, pathogne opportuniste, portage,
diarrhe
2. Expliquer les principaux mcanismes physiopathologiques des diffrentes diarrhes
bactriennes
3. Citer les principales indications de la coproculture
4. Dcrire les principales tapes dun examen cyto-bactriologique des selles
5. Interprter un compte-rendu de coproculture
6. Connatre les principales bactries responsables dinfections intestinales chez lhomme :
Bactries Gram positif : S. aureus, B. cereus, Anarobies (Clostridium perfringens, C. difficile)
Bactries Gram ngatif : Entrobactries (E. coli, Salmonella spp., Shigella spp., Y. enterocolitica),
V. cholerae, C. jejuni
7. Expliquer les mesures prophylactiques prendre lors de toxi-infection alimentaire collective


Plan de cours


I- Dfinition..............................................................................................................................2

II- Flore bactrienne normale du tube digestif ....................................................................2
II.1- Relations Hte-Bactries.......................................................................................................... 2
II.2- Quantit de bactries prsentes ............................................................................................. 2
II.3- Composition de la flore ............................................................................................................ 2
II.4- Physiologie................................................................................................................................ 2

III- Physiopathologie des diarrhes......................................................................................3
III.1-Processus Toxique ................................................................................................................... 3
III.2-Processus Invasif...................................................................................................................... 3
III.2.1- Troubles de la fonction d'absorption.................................................................................. 3
III.2.2- Cas Particulier des Salmonelles ........................................................................................ 3

IV- Indications de la Coproculture........................................................................................4

V- Mode de contamination.....................................................................................................5
V.1- Infections intestinales.............................................................................................................. 5
V.2- Toxi-infections alimentaires Collectives (TIAC) .................................................................... 5

VI- La coproculture.................................................................................................................5

VII- Autres Mthodes de Recherche de Bactries..............................................................6

VIII- Principales bactries recherches au cours dune coproculture et impliques en
pathologie (voir Tableau I) ......................................................................................................6

IX- Ouvrages et site de rfrence .........................................................................................6

Annexe 1 .................................................................................................................................7
Annexe 2 .................................................................................................................................8

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I- Dfinition
Diarrhe : Emission trop rapide, trop frquentes (>3/j) de selles trop liquides et trop abondantes (au
dessus de 300 g /j).
Aigu : < 2-3 semaines

II- Flore bactrienne normale du tube digestif

II.1- Relations Hte-Bactries
Commensalisme : Association conduisant 2 espces dorganisme vivre ensemble, sans que lun
nuise lautre.
Saprophytisme : Forme de nutrition permettant un organisme dutiliser des matires organiques en
dcomposition.
Bactries Pathognes : Bactrie capable de provoquer une maladie chez un sujet dont les dfenses
sont normales.
Bactries Pathognes Opportunistes : Bactrie capable de provoquer une maladie chez un sujet dont
les dfenses sont affaiblies.
Portage : Colonisation par des bactries pathognes.

II.2- Quantit de bactries prsentes
2/3 bactries anarobies strictes + 1/3 aro-anarobies facultatifs

II.3- Composition de la flore
Variation selon la localisation anatomique: nombre de bactries /g de selles


Flore Commensale : 400 espces prsentes, environ 10
14
bactries dans le tube digestif
- Flore dominante Anarobie :
Bacille Gram ngatif : Bacterodes
Bacille Gram positif : Bifidobacterium, Clostridium
Cocci Gram positif : Peptostreptococcus

- Flore sous dominante Arobie :
Bacille Gram ngatif : Entrobactries (E. coli +++)
Cocci Gram positif : streptocoques, entrocoques

Flore de passage (saprophyte) :
Corynbactries (apport par le fromage)
Propionibacterium
Lactobacillus (apport par les yaourts)

10
10
10
11
bactries viables par gramme de selles fraches

II.4- Physiologie
9 litres deau dapport quotidien soit 7 litres de scrtion et 2 litres de lalimentation
7 8 litres sont absorbs par lintestin grle et 1 2 litres par le colon
Normalement environ 200 ml d'H
2
O sont limins par jour dans les selles
Daprs Raibaud P.,
Ducluzeau R., 1984



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III- Physiopathologie des diarrhes
III.1-Processus Toxique
Troubles de la fonction de scrtion (entrotoxine)



- Adhsion de la bactrie lpithlium sans pntration
- Production dune entrotoxine (LT : Thermolabile ; ST : Thermostable) qui active ladnylate
cyclase entranant la transformation dATP en AMPc, lorigine de la sortie de leau et des
ions chlore
- Scrtion accrue d'ions chlore et sodium par l'entrocyte et limination dans les selles
- Diarrhe aqueuse
- Pas de destruction cellulaire ou villositaire
- Absence de leucocytes et de sang dans les selles
- Modle : Vibrio choler

III.2-Processus Invasif
III.2.1- Troubles de la fonction d'absorption


- Attachement des germes et pntration de la muqueuse intestinale au niveau des cellules M
(plaque de Peyer)
- Invasion et multiplication des bactries lintrieur des cellules pithliales
- Destruction cellulaire, effraction de l'axe conjonctivo-vasculaire (hmorragie) do ulcrations
de la muqueuse intestinale
- Afflux de polynuclaires
- Attachement au dbut au niveau de la muqueuse du grle puis infection descendante se
localisant habituellement au niveau du clon
- Selles glaireuses, purulentes, riches en polynuclaires, parfois sanglantes accompagnes de
fivre
- Modle : Shigella spp.

III.2.2- Cas Particulier des Salmonelles
- Attachement des germes la muqueuse avec pntration dans le tissu sous-muqueux par les
cellules M.
- Pas dinterruption des limites pithliales, donc pas de destruction des muqueuses

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- Raction inflammatoire dans la lamina propria :
- de type mononucle pour les salmonelles typhiques (ex : Salmonella typhi). Les
germes sont viables lintrieur des macrophages et sont transports ailleurs dans la
circulation occasionnant des bactrimies et une symptomatologie systmique - cas
n1
- de type polynucle pour les salmonelles non typhiques (ex : Salmonella enteritidis).
Les germes sont phagocyts et retenus dans la lamina propria donnant un tableau de
gastro-entrite banale - cas n2

Cas N1

Salmonella typhi



Cas N2

Salmonella enteritidis


IV- Indications de la Coproculture

La majorit des Diarrhes sont spontanment rsolutives : La coproculture est inutile.

La coproculture est indique :
- Lors de diarrhes avec signes de gravit (choc septique, sepsis, dshydratation intra ou
extracellulaire, intolrance digestive totale, diabte dcompens, insuffisance cardiaque
dcompense, signes danmie ou de colectasie).
- Syndrome dysentrique
- Fivre 39C.

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- Diarrhe > 3 jours malgr un traitement symptomatique adapt
- Situations particulires : VIH, Retour de Pays trangers, Toxi-Infection Alimentaire
Collective, en cours ou aprs une antibiothrapie, vise pidmiologique.


V- Mode de contamination
V.1- Infections intestinales
Les bactries envahissent la muqueuse intestinale et sont responsables de gastro-entrites,
diarrhes, dysenteries, colites pseudo-membraneuses.

Exemples de Bactries : bactries pathognes spcifiques
Shigella, Salmonella, Vibrio cholerae

bactries pathognes opportunistes
Staphylococcus aureus, Clostridium sp., Bacillus cereus


V.2- Toxi-infections alimentaires collectives (TIAC)
= Etiologie chez au moins deux personnes ayant mang le mme repas, au mme endroit, au mme
moment.
Absorption d'aliments contamins (bactries ou leurs toxines)

Exemples de Bactries : TIA dincubation courte (1 4h)
Staphylococcus aureus, Bacillus cereus

TIA dincubation longue (12 76h)
Salmonella non typhiques,
Clostridium perfringens ou C. botulinum..


VI- La coproculture
Objectif : La finalit de la coproculture consiste tenter disoler au sein dune flore complexe un
nombre limit despces, rputes pathognes, responsables de diarrhes.

Recueil : selles fraches ou couvillonnage rectal
La transmission au laboratoire doit tre rapide ; des germes comme Shigella ne supportant pas un
sjour prolong dans les selles. Si le temps dacheminement est trop long, il faut utiliser un milieu de
transport.

Examen macroscopique:
la consistance : aqueuse, liquide, molle, moule
l'aspect : purulent, prsence de sang

Examen microscopique (coloration de Gram) :
Celui-ci apprcie l'importance et l'quilibre de la flore: Gram + et Gram (selles normales : 35% de
Gram +, 65% de Gram -)
Rechercher un dysmicrobisme (flore monomorphe Gram + ou -) et les microorganismes
caractristiques (Campylobacter, Vibrion, Candida)
Permet dorienter le diagnostic et les cultures :
- en cas de diarrhes germes invasifs : prsence de leucocytes ;
- en cas de diarrhes germes entrotoxinognes : absence de leucocytes

Culture : Rechercher une aiguille dans une botte de foin ! .
Ensemencement de plusieurs milieux, le plus souvent slectifs.
Incuber 24h 37C.
Utilisation de galerie didentification de germes.
Ralisation dun antibiogramme pour toutes les bactries pathognes isoles dans des coprocultures.



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VII- Autres Mthodes de Recherche de Bactries
- Tests Immunologiques : Antisrums spcifiques pour agglutiner et identifier les srogroupes
et les srotypes des bactries (Salmonella, Shigella, V. cholerae, E. coli, Yersinia)

- Demandes Spciales : A prciser et tlphoner au Laboratoire
Recherche de Campylobacter jejuni (milieux spciaux) ou de V. cholerae (prlvement dans
Eau Peptone Alcaline)

- Test immunoenzymatique : Kit de dtection rapide par ELISA de C. difficile (environ 15)

- Biologie Molculaire : PCR la recherche de la toxine des E. coli entrohmorragiques ;
Sondes ADN et PCR pour la recherche de la toxine LT dE. coli entrotoxinogne

- Culture cellulaire : cellules HeLa pour rechercher E. coli entroinvasif ; cellules vro pour
rechercher E. coli entrohmorragique.


VIII- Principales bactries recherches au cours dune coproculture et
impliques en pathologie (Annexe1 - voir Tableau I)

Salmonella, Shigella, E. coli (Annexe2 - voir Tableau II)

Recherches particulires :
En fonction de lge :
- chez le nouveau-n (mconium) : E. coli K1, Streptocoque B, Listeria
- enfant de moins de 2 ans : E. coli entropathognes (EPEC)

Notion dantibiothrapie de longue dure : Clostridium difficile et sa toxine

Contexte TIA : Salmonelles non Typhiques (S. enteritidis - n1 en France),
Clostridium perfringens, Bacillus cereus, Staphylococcus aureus

Sjour rcent en zone d'endmie E. coli entrotoxinogne, Shigella, Aeromonas

Virus (Rotavirus chez les enfants), Champignons (Candida spp.)

Immunodpression : Campylobacter jejuni


IX- Ouvrages et site de rfrence
PILLY, Ed. 2M2
Abrg de bactriologie, Ed. MASSON

http://lyon-sud.univ-lyon1.fr - Rubrique Cours en ligne DES bactriologie




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Annexe 1
TABLEAU I : Principaux germes responsables de diarrhes. (TIAC : toxi-infection alimentaire collective ; GE : Gastro-entrite ; FQ : fluoroquinolones)

Processus Toxique Processus Invasif
Germes Vibrio cholerae Staphylococcus
aureus
Escherichia coli
entrotoxinogne
Shigella Salmonella
non typhique
Campylobacter Yersinia
enterocolitica
Clostridium
difficile
Contexte
Epidmiologique
Voyage rcent
dans Pays
Tropical
TIAC Voyage rcent
dans Pays Tropical
Voyage rcent
dans Pays Tropical
TIAC 1
re
cause
de GE/Voyage
rcent dans
Pays Tropical
TIAC
2
e
cause de GE
TIAC/Voyage
rcent dans Pays
Tropical
Secondaire un
traitement
Facteurs
Favorisants
Eaux et aliments
contamins
(lgumes, fruits)
Porteurs sains
Aliments
contamins
(glace,
gteaux, plats
cuisins)
Eaux et aliments
contamins

Eaux et aliments
contamins
Interhumaine
Aliments
contamins
(volaille, ufs,
aliments crus)
Porteurs sains
Aliments
contamins
(volailles,porc)
Porteur sain
Eaux et aliments
souills (animaux
de boucherie)
Petits Enfants et
enfants
Antibiotiques
(clindamycine,
lincosamide,
cphalosporines)
Incubation 6-72 heures 1-6 heures 12-36 heures 36-72 heures 8-48 heures 48-120 heures 24-36 heures -
Diarrhe
Cholriforme
(abondantes,
liquide, profuse,
afcale, odeur de
poisson, couleur
eau de riz)
Profuse,
liquide,
douloureuse
turista
modre,
cholriforme
(liquide, afcale,
odeur de poisson,
couleur eau de riz)
Afcale, glaireuse,
mucosanglante
Polynuclaires
fcaux+++
Liquide,
abondante,
parfois glaireuse
Polynuclaires
fcaux +
Mucosanglante,
glaireuse
Polynuclaires
fcaux+++
Afcale, glaireuse,
mucosanglante
Modre,
mucosanglante,
Emission de
fausses
membranes
Signes Cliniques
associs
Vomissements
incoercibles
Douleurs
abdominales
Pas de Fivre
Nauses,
Vomissements
++
Pas de Fivre
Pas de Fivre
Douleurs
abdominales
Vomissement
colique
abdominale,
preinte, tnesme
Fivre 40C
Fivre
Douleurs
abdominales
Fivre leve
# colite ulcre
Fivre 38c
Douleurs FID++
Colite pseudo-
membraneuse
Fivre leve,
douleurs
abdominales,
altration de ltat
gnral
Autres Signes
Dshydratation
++
Choc
Dshydratation
++
Collapsus
Dshydratation++ Dshydratation
Choc
Dshydratation Cholcystite
Arthrite
ractionnelle
Arthrite
ractionnelle,
Eruption cutane
(rythme noueux)

Traitement
Antibiotique
Ttracycline ou
Cotrimoxazole
3 jours
Gurison
spontane sans
traitement
FQ ou Ttracycline
ou Cotrimoxazole
5 jours
FQ ou
Cotrimoxazole
5 jours
FQ 5 jours Macrolides
14 jours
FQ ou Ttracycline
10 jours
Vancomycine ou
Mtronidazole
10 jours



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Annexe 2
Tableau II : Les 4 principaux types dEscherichia coli impliqus dans les diarrhes

Germes Contexte Clinique Physiopathologie

E. coli entropathogne (EPEC)


Nourrisson jeune enfant de
moins de 2 ans, en collectivit

Diarrhe liquide, muqueuse +/- sang
Fivre, Vomissements, Douleurs
abdominales
Dshydratation

Adhsion et Destruction des cellules en brosse
de la muqueuse intestinale (phnomne
dattachement-effacement)

E. coli entrohmorragique (EHEC)


Enfants de moins de 10 ans
Aliments contamins : produits
dorigine bovine (hamburger, lait
non pasteuris)

Diarrhe aqueuse puis hmorragique
sans pus, Fivre modre,
Douleurs et crampes abdominales,
Colites hmorragique
Risque de Syndrome Hmolytique et
Urmique (SHU) et de Purpura
Thrombotique Thrombopnique (PTT)

- Adhsion
- Phnomne dattachement-effacement
- Cytotoxines (ou vrotoxine) SLT (ou VT) :
inhibition de la synthse protique et destruction
cellulaire

E. coli entroinvasif (EIEC)


Enfant - Adulte

Syndrome dysentrique
(cf Shigella)

Pouvoir pathogne identique Shigella (Diarrhe
par invasion des cellules pithliales)

E. coli entrotoxinogne (ETEC)


Voyage turista

Syndrome cholriforme
(cf V. cholerae)

- Facteurs dadhsion
- Entrotoxines (thermostable ST et thermolabile
LT)
Pas de pntration des bactries dans les
cellules pithliales