2eme année pharmacie Année universitaire 2018/2019

TD Génétique : série 10
Exercice 1:

La séquence d'un ADN bicaténaire correspondant à un gène, est partiellement

reportée ci-dessous.

5' ATACGGGATCCGAGCTCTCGATCGTCTGCAGAAATTCC 3'

1/Ecrire la séquence et l'orientation du second brin de ce fragment.

2/Sur une représentation détaillée de l'enchainement de deux nucléotides d'un brin

d'ADN "du site BamHI "dont les bases seront représentées par les lettres
correspondantes, indiquer quelle liaison est rompue sous l'action de l'enzyme

BamHI: 5' G↓GATCC 3'

3' CCTAG↑G 5'

3/Soient les enzymes de restriction BamHI,Pst I,XhoI et MboI dont les sites reconnus
sont: BamHI:5'G/GATCC3'; PstI:5'CTGCA/G3';XhoI:5'C/TCGAG3';MboI:5'/GATC3'
.Recopier la séquence de l'ADN et encadrer les sites en indiquant la position des
coupures.

4/pour chaque enzyme, écrire les séquences des extrémités des molécules d'ADN
digérées et préciser le type d'extrémités obtenu.

Exercice 2:

On se propose d'amplifier par PCR le fragment nucléotidique de 118 à 288 inclus de

la séquence suivante : la taille des amorces est de 21 bases.
5' GAATCCCACG GTAAATTGGA ACACAAGGAT ATTCCAGTTC CAAAGCCAAA GGCCAACGAA 60

TTGTTGATCA ACGTTAAGTA CTCTGGTGTC TGTCACACCG ACTTGCACGC TTGGCACGGT 120

GACTGGCCAT TGCCAGTTAA GCTACCATTA GTCGGTGGTC ACGAAGGTGC CGGTGTCGTT 180

GTCGGCATGG GTGAAAACGT TAAGGGCTGG AAGATCGGTG ACTACGCCGG TATCAAATGG 240

TTGAACGGTT CTTGTATGGC CTGTGAATAC TGTGAATTGG GTAACGAATC CAACTGTCCT 300

CACGCTGACT TGTCTGGTTA CACCC 3'

1/quelle sera la taille du segment amplifié (amplicon) ?

2/Indiquer la séquence et l’orientation des amorces de 21 bases nécessaires

pour amplifier le segment désigné
3/Rappeler des critères de choix des amorces.
4/ calculer la température de fusion "Tm "de chaque amorces ?
Exercice 3:

Vous voulez amplifier un fragment d’ADN situé dans un segment de 536 paires de
base et correspondant à la région régulatrice située en amont (5') de votre gène
d’intérêt. Cette séquence est la suivante:

Brin sens : 5' GATTCAGGAGATTCACAC- 500 nucléotides -TCGGTACAGCTATACAGG 3'

Brin antisens :3' CTAAGTCCTCTAAGTGTG-500 nucléotides -AGCCATGTCGATATGTCC

5'

1. Parmi les 8 amorces suivantes quelles sont les 2 amorces (à désigner par leurs
lettres) qui permettront l'amplification par PCR de ce fragment ?

a) 5' GATTCAGGAGATTCACAC 3' e) 5' AGCCATGTCGATATGTCC 3'

b) 5' CTAAGTCCTCTAAGTGTG 3' f) 5' GTGTGAATCTCCTGAATC 3'

c) 5' CACACTTAGAGGACTTAG 3' g) 5' CCTGTATAGCTGTACCGA 3'

d) 5' TCGGTACAGCTATACAGG 3' h) 5' GGACATATCGACATGGCT

Exercice 4:

Un exemple de gel
d'électrophorèse obtenu lors
d'une réaction de séquençage
utilisant des didésoxynucléotides
est dans la figure (placée
latéralement). Qu’elle est la
séquence ADN étudiée ?