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TD marqueur qtl

Du génôme à la selection des plantes (Université Toulouse-III-Paul-Sabatier)

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TD –Marqueurs –cartes génétiques et QTL.

A)Marqueurs:
1) Voici un fragment de séquence de Medicago truncatula:
5'ATGAAGTGAA AGTAAAAGCA TCGTGGTTCT CGGCTGTGAA TGTTTATGTA
GTAGACAGAC AACACATTGA GTGCCTCTCC TCTACCATTT CTTCCAGGTA
CTCTCTTCTT TTCTCACAAA ATCCAGATCA TTTTCGATGT AATTAATTAA
TTATTTAATG GCAGCTGCTT CAACTTTTGT TTGCCTCCGA TCTGACTCTC
TCTCTCTCTC TCTCTCTCTC TTCAGTTAATC ATTTTCGTT CTCAGAATGTT
ATTTTTATT TGTGTTATTT GGGGGAGGTA AGGTAAGGTG AAATTAGGTT
TCGTTGTTGT ATTTGGGGAA GAAAAAAAAA ACTAAACCCT AATTTTACAA
ATGGTGTGTG CAGGCTGTGA GATGGATTTG TGCGAATCTC CTCCGAAGGC
TAAGGAAAAA GATTGTGGTG GTCCTGTAAC TCCTGAAGTT GTGAAAGAGA
ATGCTGATTT 3'

Déterminer le couple d’amorce d’un marqueur microsatellite tel que:le SSR soit au
centre exact du fragment amplifié, la taille du fragment soit égale à 100 pb, chacune
des amorces ait une taille de 20 pb

2) Ci-dessous le génotypage réalisé avec 2 SSR sur 10plantes F2et leurs parents.
Indiquer le génotypage des 10 plantes avec chacun des marqueurs.
Plantes A B 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1
0
SSR1 A B AB AB A AB A A A A A A
(heterozygote) (heterozygote) (heterozygote)

SSR2 A B AB B AB AB AB AB B A AB B
(heterozygote) (heterozygote) (heterozygote) (heterozygote) (heterozygote) (heterozygote)

B) La figure suivante représente le génotypage de 2 parents et de leur descendance:

Genotype

1)-Avec quel type de marqueur peut-on obtenir ce profil? (Justifier la réponse en

rappelant la principale caractéristique de ces marqueurs et en utilisant les résultats
du gel)
RAPD → marqueur dominant

2)-Indiquer à la droite du gel, avec une (ou des) flèche (s), la (ou les) bandes que
vous utiliseriez pour génotyper ces plantes (Justifier le choix en une ligne) ; puis
indiquer sous le gel (dans le cadre) le génotype pour chaque plante.

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3)-Si les descendants étaient des lignées recombinantes(rappeler le schéma

d’obtention des RILs) au lieu de F2, y-aurait-ilune modification du génotype
proposé? Pour quelle plante et pourquoi?

C)Vrai/faux:
1.Les RAPD sont utilisables pour mettre en évidence un polymorphisme lié à une
différence au niveau de sites de restriction,pour les loci testés.
Depend de l'amorce, on peut mettre en evidence d'autre polymorphismes
2.Les CAPS nécessitent d’effectuer, dans l’ordre, une digestion puis une PCR
PCR puis digestion
3.La technique des RFLP ressemble à celle d’un western-blot
southern blot
4.Les marqueurs SNP ne permettent pas d’identifier les individus hétérozygotes
si car sont des marqueur co dominant
5.Les AFLP sont co-dominants.
Dominant
6.Lorsque deux marqueurs sont proches, leur taux de recombinaison est élevé
Est faible
7.On a une carte génétique non saturée si un nouveau marqueur n’appartient pas à l’un
des groupes de liaison déjà identifiés.
8.Pour les caractères quantitatifs, le génotype détermine exclusivement le phénotype
le genotype n'est pas le seul a determiner le phenotype, l'environnement aussi

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2)Carte génétique:
Le tableau suivant donne les taux de recombinaison entre les 8 marqueurs (de A à J)
d’Arabidopsis.

-Etablissez les groupes de liaison(GL)

-Dessinez la carte génétique comportant ces

marqueurs

-Peut-on dire que c’est une carte saturée?

Non car il ny a pas autant de groupe de liaison
que de chromosome
A F H C

E B G

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3) QTL:Une étude de l’analyse de la résistance à Ralstonia solanacearuma été

réaliséesur une population F6 de RILs de Medicago truncatula (A17 x F83).
1) L’héritabilité de la résistance est de 0, 75. Indiquer la signification de cette valeur.

2) Les principaux résultats de l’analyse QTL sont indiqués dans le tableau suivant

Nom du QTL LG Position LOD Intervalle de confiance(cM) R²(%°) Additivité

par rapport à l’allèle A17

Rs1 3 3 4 6-17 13 -0,3

Rs2 5 26 14,1 4-8 39 -0,5
Rs3 7 4 3,8 46-68 12 0,2

Expliquer en donnant le plus de renseignements possibles la signification de

chacune de ces colonnes

3) En phénotypant la population,des lignées transgressives ont été identifiées.

Expliquer ce que sont des lignées transgressives et émettez des hypothèses pour
expliquer l’existence de ces lignées transgressives

4) Quel QTL tenteriez-vous de cloner?Pourquoi?

Rs2 car R² elevé et intervalle de confiance reduit

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