UNIVERSITE IBN ZOHR

FACULTE DES SCIENCES

DEPARTEMENT DE BIOLOGIE

Marqueurs moléculaires

Présent é par :
KHRRACHI Amal
HARAG Fat ima Ezzahra
ELKHELOUI Raja Jugé par : Pr IZAABEL
OUAHJOUJOU Najlae
INTRODUCTION
ADN répété en tandem, définition et types des MMs

MM: SSR. ALU. SNP

APPLICATION
Environnement, Santé , végétale
 Les différentes sortes d’ADN
ADN
haut ement
répét é
ADN n'est pas codant.
10 à 15% du génome.
R épétitions de motifs courts
(5 à 10 bp) .
S équences répétées de
motifs disposés en tandem
mais plus L ongues (10 0 à
20 0 bp) .
Des micro satellites.
Des séquences C E N .
Des séquences T E L .
ADN ADN non
moyennement répét é
répét é
Grande majorité non codant. L 'ADN non répété correspond
25 à 40% du génome essentiellement aux gènes qui
humain. codent pour des protéines.
les séquences Alu : 130 bp . R eprésentent 2%.
les séquences L IN E varie de
5 à 7 kbp.
L es gènes des AR N r .
L es gènes des AR N 5S .
L es gènes des AR N t.
L es gènes des AR N 7S L .
 1.
IN T R ODU C T ION
i. ADN répétée en tandem
ii. Définition des marqueurs moléc ulaire
iii. T ypes des marqueurs moléc ulaires
 ADN répét é en t andem

▷ADN satellites .
▷Microsatellites .
▷Minisatellites .

Ces derniers se sont des Séquences

localisées répétées en tandem.
une répétition en tandem est une
suite de plusieurs motifs
de nucléotides, adjacents dans une
séquence d‘ADN et qui se répètent à
l'identique.
 ADN répét é en t andem
Il s’agit de successions d’un motif répété (ex: 4 x 12pb). Les différentes
copies sont généralement dégénérées: elles contiennent des mutations.

Séquences flanquantes

AACTTTACGTTC AAATTAACGTTC AAATTAACGTTC AAATTTACCTTG

L es répétitions en tandem sont présentes dans tous les génomes, eucaryotes

comme procaryotes, dans les séquences codantes comme dans les régions
non- codantes.

L es répétitions en tandem sont soumises à des mécanismes d’instabilité :

ces st ruct ures sont donc souvent polym orphes (variation du nombre de
copies).
 Les Classes d’ADN répét é
Localisation
Classe Taille (paire de base ) Motifs répété
chromosomiques

ADN satellite
ADN satellite 2-3
5 Riche en AT Presque t ous les
ADN satellite 1
25-48 GGAAT chromosomes
ADN α-satellite
171 Hét érochromat ine
ADNβ-satellite
68 cent romérique

Microsatelittes
(A)n, (T)n Séquence ALU
1-4
(CA)n, (GT)n 1 t ous les 25kb à
100kb

Minisatellites
6 (TTAGGG)n Télomère
24 (GTATACACACATATA Tous les
CATATATAT)n chromosomes
L’origine d’ADN répété en
tandem
Les marqueurs
moléculaires
Toute séquence
d’ADN variable
polymorphe dans une
de ces formes est
associée avec une
forme de caractère
donnée étudié .
 Les types de
Marqueurs Moléculaires

Marqueurs Moléculaires

Mut at ion
Mot ifs répét és ponct uelle

SNP single
Microsat ellit es Élément s ALU (nucleot ide
polymorphism)
 polymorphe

Peu couteux Codominant

Un bon
marqueur
moléculaire
Spécifique au Non
locus épistatique

Insensible à
l’environneme Neutre
nt
 2.
L E S MAR QU E U R S
MOL E C U L AIR E S L E S
PL U S F R E QU E N T S
i. Mic rosatellites
ii. T ransposons: Élément AL U
iii. S N P (single nuc leotide polymorphism)
MICROSATELLITES

Les microsatellites sont des courtes

séquences d’ADN des chromosomes
formées de la répétition d’un motif lui-
même constitué de une à quatre bases . Les
plus étudiés sont les répétition (C A)n, car ils
sont très polymorphes , se sont des bon
marqueurs pour la cartographie génétique.
Motifs répétés en tandem dans les
mic rosatellites polymorphes
Taille de mot ifs Mot if Localisat ion et
fréquence
1pdb (A)n, (T)n Poly A dans Les
répét it ions de la famille
ALU
2pdb (CA)n, (GT)n Le plus fréquent des
microsat ellit es (1 t ous
les 100 kb de DNA
(TC)n, (AG)n génomique)
3pdb (TTA)n, (AAT)n 1 t ous les 300 à 500kb
(AGC)n, (TCG)

4pdb (AATC)n, (TTAG)n

(AATC)n, (TTAC)n
(ACAG)n, (TGTC)n

(AAAT)n, (TTTA)n Mot if polymorphe

(AAAG)n, (TTTA)n dérivant de séquence
poly A des répét it ions de
la famille ALU
 Transposons
L es éléments transposables ( 3 à 80 % des
génomes ) sont essentiellement des séquenc es
moyennement répétées qui ont la c apac ité de
se déplac er d’une position à une autre dans les
génomes.
Rét rogène (LINE
et SINE)

Non aut onome

rét rot ransposons

Transposons

Les élément s
aut onome
t ransposables
 Elément s ALU
le génome humain comporte deux familles majeures de séquences
répétées dispersées: Une famille de SINE (short interspersed element),
U ne de L IN E (Long interspersed element) , C es deux familles représentent
de 5% à 10 % de génome humain.
Elle est longue d'environ 300 pdb, fait
partie de la famille S IN E n'existe que c hez
les primates.

Des répétitions dispersée (ou éléments

Séquence mobiles) les plus abondants du génome
ALU humain (1 090 000 séquenc es Alu), réparties
dans l'ensemble des c hromosomes, c e qui
représente environ 10% du génome humain.

E lle ne c odent auc une protéine, et

provient de la rétrotransposition de l’AR N
7S L .
Comment la séquence ALU peut intervenir
à l’identific ation du polymorphisme ?

Pour se faire il faut d'abord connaitre qu’est ce qu’un méchanisme de

T S T (T arget site triplication ).
 Matériel et Methode
Matériel
20 individus
20 individus

20 individus

20 individus

20 individus

Méthode
E xtrac tion d’ADN
PC R
Migration sur gel
d’Agarose
 Résult at s obt enu

Polymorphic t est of human-specific TST in various populat ions. TST_ 2 (A) is fixed and
TST_ 12 (B) show s polymorphism. Each 20 individual t emplat e is derived fromSout h
American (S. American), Europeans, African American (A. American), and Asian. Primat es
(C, chimpanzee; G, gorilla; and O, orangut an) w ere used t o indicat e pre-recombinat ion
size
 SNP( single nucléotide
polymorphisme)
L es mutations ponc tuelles sont la sourc e prépondérante des polymorphismes dans la
population. U n million huit c ent mille Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) ont été
trouvés dans le génome humain et sont disponibles dans des banques de données
spéc ialisées
 SNP( single nucléotide
polymorphisme)
L a plus grande sourc e de polymorphisme étant les S N P (environ 100% plus nombreux
que les mic rosatellites (C A)n c hez les mammifères), il deviennent aujourd’hui des
marqueurs idéaux dont le c out de typage est inférieur à c elui des mic rosatellites .

Mut at ion dans la 1

ère et 2èm e base:
subst it ut ion d’un
amino acide
Région codant e
(exons) Mut at ion dans la
3èm e base :72% des
Région non codant e
cas
(int rons): Mut at ion silencieuse
Mut at ion conséquences sur
l'épissage, les fact eurs
ponct uelle de t ranscript ion, ou sur
les séquences d'ARN
non codant .

Région
int ergéniques
Identific ation de S N P par la
tec hnique de R F L P

Rappel :RFLP
 Identification de SNP par la
tec hnique de R F L P

Profil de digest ion de produit s de PCR digérés ou non par l’enzyme de rest rict ion Pst I
 3.
L E S APPL IC AT ION S
i. Domaine environnement al
ii. Domaine végét ale
iii. Domaine médical
 Et ude dans le domaine
environnement ale :
Tit re d’ét ude : A set of 17 single nucleotide polymorphism (SNP) markers for European
beech (Fagus sylvatica L.)

Résumé:
Et ude dans le domaine
environnement ale :
Mat ériel :
 Dans cette étude, un ensemble de 17 SNP (Single
Nucleotide Polymorphism) marqueurs choisis parmi huit
gènes candidats potentiellement impliqués dans le stress dû
à la réponse à la sécheresse. Les polymorphismes de ces
marqueurs ont été analysés dans 50 arbres adultes d'une
population en Allemagne.
.

Mét hode:
L'ADN total a été extrait de feuilles et des fragments de
gène candidats sont amenés à l’amplification par PCR .
Calcul de taux d’hétérozygotie observée et la comparer à
l’hétérozygotie attendue
Estimation au déviation par rapport à l’équilibre de Hardy
W einberg
 Résult at s obt enu

Tab : Charact erizat ion of t he 17 SNP markers w it h informat ion about t he relat ed genes;
forw ard/ reverse: primer direct ion
 Et ude dans le domaine
végét al:
Tit re : hybridation somatique entre le mandarinier et le
citrange carrizo (citrus sinencis * Poncirus trifoliata L )

Résumé : Le citrange carrizo possédant plusieurs traits

agronomiques dont la résistance à la Triteza (maladie
virale) et aux nématodes et une productivité élevée.
Cependant. Le mandarinier est rutacé qui supporte les
sols acides et alcalins . Dans les zones trop froides, on le
greffe sur un Poncirus afin de supporter les hivers plus
rudes .
.
 Et ude dans le domaine
végét al:
Mat ériel :
La régénération de plantes à partir d’embryons
somatiques des hybrides résultant de la fusion , a
permis l’exécution de tests de confirmations par les
marqueurs moléculaires de type SSR.
Des extraits d’ADN ont été préparés à partir des
plantes d’origine (parents) et des plantes hybrides
somatiques
Après amplification sur la base du microsatellite
TAA15 , l’éléctrophorése sur gel d’agarose 3% ,suivie
d’une révélation avec le bromure d’éthidium_
,a
permis d’obtenir l’éléctrophoregramme suivant.
Résult at s obt enu
Domaine de sant é : identification des souches
bactériennes ( santé publique)
Domaine de sant é : identification des souches
bactériennes ( santé publique)
 Police Légale: les
empreintes génétiques
Le généticien Britannique observe donc un peu par hasard que
des séquences répétitives de nucléotides sont présentes dans
la molécule d’ADN dans les zones non codantes. Il découvre
aussi que le nombre de ces répétitions varie en fonction des
individus.
Alec Jeffreys comprend rapidement les possibilités offertes
en criminalistique. Il utilise alors une technique permettant de
comparer le nombre de séquences répétitives entre deux
échantillons et apporte ainsi la possibilité de réaliser des tests
d’identification. . En 1986, le concept «d’empreinte
génétique» est né.
C ’est c e c onc ept qui est à l’origine de la c réation des fic hiers
génétiques de la polic e sc ientifique servant à c lassifier les
empreintes génétiques déjà relevées. De nos jours, environ 2
millions de personnes sont déjà répertoriées dans c es fic hiers
 Police Légale: les
empreintes génétiques

Comment ça marche ?

La méthode utilisée (voir ci- dessus) est le «S outhern

blotting» qui permet de déc ouper des morc eaux d’ADN qui
possèdent des séquenc es répétitives et de les séparer en
fonc tion de leur taille. L orsque le nombre des répétitions est
plus important la taille du fragment déc oupé est plus grande.
L es fragments seront séparés en fonc tion de leur taille lors
d’une migration sur un support gélatineux puis transférés sur
une membrane.
L ’observation de c es fragments marqués à l’aide d’une sonde
radiomarquée donne un aspec t de c ode barre (voir c i- c ontre)
Comparaison d’ADN
 CONCLUSION

Bien que les marqueurs moléculaires

permettent la découverte d’énormément
de données dans le génome humain,
mais il existe d’entre eux celle qui
provoque des maladies grave tel les SSR.
D’ou la nécessité de la thérapie génique
c’est plutôt le c as de la nouvelle
tec hnique d’édition de génome C R IS PR
C AS 9.
Thanks!
Any quest ions?