Chapitre 4 : RECOMBINAISON ET ELEMENTS TRANSPOSABLES

I) Les lments transposables

Les lments transposables (ETs) sont des constituants ubiquitaires des gnomes des
tres vivants. Ils sont particulirement abondants chez les eucaryotes, chez lesquels ils
peuvent constituer une part trs importante du gnome : 1,8 % chez C. elegans, 15 % chez D.
melanogaster, 50 % chez H. sapiens et plus de 50 % chez Zea mays (K IDWELL & LISCH
2000 ; H URST & WERREN 2001 ; LANDER et al. 2001). Les ETs sont des lments dont la
caractristique principale est la mobilit. Tout dabord, les ETs sont mobiles lintrieur dun
gnome (KIDWELL & LISCH 1997). Les ETs sont aussi, dans une moindre mesure, dous de
mobilit entre des gnomes despces diffrentes par transfert horizontal (CAPY et al. 1994 ;
B USHMAN 2002). Le dplacement des ETs dun point un autre du gnome engendre des
mutations :
-

Soit directement par linsertion des ETs ct ou lintrieur dun gne, ce qui peut
en altrer la squence codante et/ou lexpression.

Soit indirectement par la recombinaison illgitime (= changes ectopiques) entre

plusieurs copies dETs, ce qui peut amener des remaniements chromosomiques.

Comme tous les agents mutagnes, les ETs peuvent gnrer des mutations neutres,
dltres ou avantageuses. Il semble que les ETs induisent essentiellement des mutations
neutres ou dltres, ce qui leur a valu le qualificatif dlments parasites des gnomes.
Laccumulation des ETs, qui peut tre trs importante dans certains gnomes, suggre que de
nombreuses insertions dETs peuvent tre neutres et constitue un des arguments en faveur de
lhypothse de lADN poubelle (= junk DNA) pour expliquer labondance de lADN noncodant chez les eucaryotes (KIDWELL & LISCH 2000). De nombreuses insertions dETs sont
limines par slection car elles induisent des effets dltres, comme cest le cas chez
lhomme, o certaines formes de lhmophilie A, de la myopathie de Duchenne ou de la -

- 108 -

talassmie sont dues des ETs tels que L1 et Alu (KAZAZIAN 1998 ; DERAGON & CAPY 2000).
En consquence, les htes mettent en place diffrents types de mcanismes de dfense visant
rduire lactivit de ces lments parasites (LOZOVSKAYA et al. 1995; WATERHOUSE et
al. 2001 ; OKAMOTO & HIROCHIKA 2001 ; SIMMONS et al. 2002). Notamment, il existe deux
mcanismes dinactivation les ETs prsents chez les plantes, les mammifres et les
invertbrs : la dgradation des transcrits des ETs (= post-transciptional gene silencing) et la
supression de la transcription des ETs par mthylation et/ou la fermeture de la chromatine (=
transcriptional gene silencing) (OKAMOTO & HIROCHIKA 2001). Ces mcanismes sont
efficaces puisque, en gnral, dans un gnome eucaryote, trs peu dETs transposent. Par
exemple, la frquence de transposition est, en moyenne, de 10-4 par lment par gnration
chez D. melanogaster (CHARLESWORTH & LANGLEY 1989). Les ETs peuvent galement
induire des mutations avantageuses. Le gnome hte peut en effet domestiquer certains ETs
pour raliser certaines fonctions : par exemple, RAG1 et RAG2 sont apparamment danciens
ETs recycls dans la formation des gnes danticorps par recombinaison chez les
mammifres (AGRAWAL et al. 1998 ; KIDWELL & LISH 2000), ou encore Het-A et TART, qui
seraient danciens ETs jouant le rle de tlomres chez D. melanogaster (LEVIS et al. 1993 ;
K IDWELL & LISH 2000). Bien que particulirement frappant, ces cas de domestication
semblent nanmoins relativement rares.

On distingue deux classes principales dETs (voir tableau 1 et figure 1 ; PRAK &
KAZAZIAN 2000 ; BUSHMAN 2002) :
-

La classe 1 regroupe les rtrolments, appels ainsi parce que leur intermdiaire de
transposition est un ARN. Les rtrolments autonomes codent pour une
transcriptase-inverse (= reverse-transcriptase) capable de synthtiser une molcule
dADN complmentaire (ADNc) partir dune matrice ARN. Ils codent galement
pour une intgrase qui permettra lADNc de sintgrer dans le gnome. On
distingue les rtrotransposons LTR (= long terminal repeat), les rtrotransposons
sans LTR (= rtroposons) et les introns mobiles. Les rtrotransposons LTR ont une
structure et un mcanisme dinsertion trs proche de ceux des rtrovirus, si ce nest
quils ne possdent pas toujours le gne env permettant le passage travers la
membrane plasmique. Les rtroposons tels que les LINEs (= long interspersed
repetitive elements) possdent une squence polyadnyle en 3 et un promoteur
interne. Les introns mobiles possdent en plus de lactivit transcriptase-inverse et
intgrase, la capacit de sauto-pisser des transcrits dans lesquels ils se trouvent. Il
- 109 -

existe des rtrolments non-autonomes, comme les rtrotransposons LTR

tronqus, les LINEs tronqus, les SINEs (= short interspersed repetitive elements) et
les rtropseudognes, dont les transcrits utilisent lactivit transcriptase-inverse et
intgrase dautres lments qui, eux, sont autonomes.
-

La classe 2 regroupe les transposons. Un transposon autonome transpose avec un

intermdiaire ADN selon un mcanisme dexcision-insertion gouvern par une
tranposase. Il y a 3 grands types dlments de classe 2 : la famille P, la famille
hobo-Ac-Tam3 et la famille Tc1-mariner. Il existe galement des transposons nonautonomes qui possdent tous les lments ncessaires la transposition sauf la
transposase, qui provient dautres transposons qui, eux, sont autonomes.

Tableau 1 : Les diffrentes classes dlments transposables (ETs)

Classes :

Sous-classes :

Exemples :

- Rtrotransposons LTR

Ty1, Ty3 (S. cerevisiae)

(= rtrolments)
Transposition par copier-

Gypsy, copia (D. melanogaster)

- Rtroposons

LINES :

coller

- Facteur I (D. melanogaster)

- L1 (mammifres)
- Rtrotranscrits

SINES :
- Alu (primates)
- B1 (rongeurs)
Rtropseudognes

- Rtrointrons

Introns mobiles de groupes I et II (bactries,

mitochondries, plastes)

-P

P (D. melanogaster)

(= transposons)

- Hobo-Ac-Tam3

Hobo (D. melanogaster)

Transposition par couper-

Ac (Z. mays)

coller

Tam3 (Antirrhinum majus)

- Tc1-mariner

Tc1 (C. elegans)

Mariner (Drosophila mauritiana)

(Daprs PRACK & KAZAZIAN 2000 ; BUSHMAN 2002)

- 110 -

Figure 1 : La structure des diffrents ETs. A) Un lment L1 complet (6,1 Kb) consiste en une rgion non-traduite
en 5' (5'-UTR) avec une activit promotrice, deux cadres de lecture ouverte (ORF1 et ORF2) qui sont spars par un
espaceur intergnique, une 3'-UTR et une queue polyA. ORF1 code pour une protine de 40 kDa qui se fixe sur les
acides nucliques tandis que ORF2 code pour une transcriptase-inverse (RT), un domaine endonuclase (EN) et une
rgion riche en cystines (C). Les insertions de L1 dans le gnome sont souvent flanques par des sites cibles dupliqus
de 7 20 pb (TSDs), reprsents ici par des flches. B) Un retrotransposon LTR, tel que le rtrovirus endogne
humain (HERV), consiste en des rgions codantes partiellement chevauchantes codant pour un antigne groupespcifique (GAG), une protase (PRT), une polymrase (POL) et des protines denveloppe (ENV), flanques des deux
cts par des LTRs avec une activit promotrice et par des TSDs. Le gne pol contient des domaines transcriptaseinverse (RT), RNaseH et endonuclase (EN). C) Le transposon Sleeping Beauty consiste en une unique ORF de 1020
pb codant pour une transposase. Cette transposase a un domaine de fixation lADN, un signal de localisation
nuclaire (NLS) et un site catalytique avec un motif DDE. Les insertions des lments Tc1/mariner dans le gnome
sont flanques par de petites rptitions inverses terminales (IRs). Ces IRs peuvent tre associes des rptitions
directes (DR) qui flanquent les IRs (IR/DR). Da) Les SINEs, tels que les lments Alu chez lhomme et les lments B1
chez la souris, sont des squences de 300 pb sans introns qui consistent en deux fragments riches en GC (L-Alu et RAlu) relis par un linker riche en A, et qui se terminent par une queue polyA (pA). Un SINE est flanqu par des petites
rptitions directes (indiques par des flches), qui correspondent des duplications du site dinsertion. Il est transcrit
grce la prsence dun promoteur reconnu par lARN polymrase III mais na pas de squence codante. Db) Les
vieux SINEs consistent en deux rgions dont une ressemble un ARNt et une queue polyA. La partie 3' de certains
SINEs drivs dARNt ressemble au 3-UTR des LINEs. E) Les rtropseudognes sont des squences codantes non
fonctionnelles sans introns ni promoteurs qui ont gnralement une queue polyA, et sont flanques par des sites cibles
dupliqus. Ils semblent se former par rtrotransposition. Un gne fonctionnel ou non fonctionnel est transcrit grce
son promoteur (P), le transcrit est piss, rtro-transcrit et insr une nouvelle position dans le gnome. (PRACK &
KAZAZIAN 2000).

- 111 -

Les diffrents type dETs ont des mcanismes de transposition diffrents (PRACK &
KAZAZIAN 2000 ; BUSHMAN 2002) :
-

Les rtrotransposons LTR transposent via un mcanisme commun aux rtrovirus.

Les ARN des rtrotransposons LTR sont rtrotranscrits grce la transcriptaseinverse dans le cytosol et les ADNc ainsi synthtiss sont adresss vers le noyau.
Lintgrase permet alors linsertion de ces ADNc dans le gnome de lhte via des
cassures double-brin.

Les rtroposons semblent transposer via un mcanisme commun aux introns de

groupe II appel la rtrotranscription amorce sur la cible (= target-primed reverse
transcription). Lendonuclase ralise une coupure simple brin dans lADN de
lhte au niveau dun site dTn-dAn. La queue polyA de lARN du rtroposon se fixe
lADN simple brin polydT. LARN du rtroposon sert damorce pour la synthse
de lADNc du rtroposon par la transcriptase-inverse. Une deuxime coupure
intervient alors sur lautre brin dADN de lhte permettant lintgration finale du
rtroposon sous forme ADN.

Les transposons transposent par un mcanisme dexcision-insertion ralis par la

transposase via des cassures double-brin. Le cycle dexcision-insertion commence
par le clivage des extrmits de llment par la transposase ce qui permet de librer
le transposon de lADN de lhte. Le transposon reste associ la transposase. Ce
complexe transposase-transposon reconnat un nouveau site dintgration (par
exemple, TA). Pendant ce temps, le site dexcision est rpar laissant la trace de
lexcision (TACATGTA). Lextrmit 3 du transposon est jointe lextrmit 5 de
lADN cible. La rparation des gaps rsultants provoque la duplication du site cible.

Les ETs ne se rpartissent pas de faon alatoire dans les gnomes. Par exemple, chez
bon nombre deucaryotes incluant D. melanogaster, A. thaliana et H. sapiens, ils
saccumulent (CHARLESWORTH et al. 1994b ; ADAMS et al. 2000 ; THE ARABIDOSPIS GENOME
INITIATIVE 2000 ; LANDER et al. 2001) :
-

Presque exclusivement dans lADN non-codant.

Trs abondamment dans les rgions htrochromatiques des chromosomes.

Trs abondamment dans les rgions o le taux de recombinaison est faible, comme
les rgions pri-centromriques et le chromosome Y.

- 112 -

Ces observations restent pour linstant inexpliques et constituent un des aspects

majeurs de lvolution des ETs encore incompris (SCHN & MARTENS 2000). Deux modles
ont t proposs pour expliquer ces variations de la densit des ETs dans les gnomes
eucaryotes. Ces deux modles font lhypothse que les ETs sont essentiellement des lments
gostes qui parasitent les gnomes. Les deux modles diffrent par le type de slection
agissant contre linsertion de ces ETs (CHARLESWORTH et al. 1994b ; BIEMONT et al. 1997 ;
NUZHDIN 1999) :
-

Soit de la slection contre les effets dltres dus linsertion des ETs ct ou
lintrieur dun gne.

Soit de la slection contre les remaniements chromosomiques dus la

recombinaison illgitime (= change ectopique) entre plusieurs copies dETs.

Selon ces deux modles, la variation de lintensit de la slection contre linsertion de

ces ETs le long du gnome expliquerait la variation de la densit des ETs dans les diffrentes
rgions gnomiques. Je vais dabord dtailler ces modles ainsi que leurs prdictions et
ensuite prsenter les tests de ces modles chez C. elegans et D. melanogaster (DURET et al.
2000 ; RIZZON et al. 2002).

- 113 -

II) Les modles sur lvolution des ETs

1) Le modle de la slection contre les insertions dltres

Le modle de la slection contre les insertions dltres (= SID) propose que la

slection agisse contre les effets dltres causs par laltration de la squence codante ou/et
de lexpression des gnes induites par linsertion des ETs ct ou dans les gnes (BIEMONT
et al. 1997 ; NUZDHIN 1999). Dans ce modle, les mutations dues aux ETs seraient
majoritairement rcessives (NUZHDIN 1999 ; WRIGHT & SHOEN 1999). Ce modle prdit que
les ETs doivent saccumuler (voir tableau 2) :
-

Dans les rgions peu denses en gnes puisque dans ces rgions les chances
dendommager un gne ou ses lments de rgulation sont plus faibles.

Dans les rgions o le taux de recombinaison est faible, car lefficacit de la

slection contre les effets dltres des insertions des ETs y serait plus faible
(BIEMONT et al. 1997).

Sur les autosomes plutt que sur le chomosome X, car la slection contre les
mutations rcessives est plus forte sur le chromosome X, qui est haplode chez les
mles (CHARLESWORTH et al. 1994b).

Plus chez les espces allofcondantes que chez les espces autofcondantes, puisque
chez les premires le pourcentage dhtrozygotes, chez lesquels les ETs sont
protgs, est plus fort (WRIGHT & SCHOEN 1999 ; MORGAN 2001).

2) Le modle de la slection contre les changes ectopiques

Le modle de la slection contre les changes ectopiques (= SEE) propose que la

slection agisse contre les remaniements chromosomiques causs par la recombinaison
illgitime entre copies dETs localises des endroits diffrents dans le gnome
(CHARLESWORTH et al. 1994b ; NUZDHIN 1999). Dans ce modle, les changes ectopiques dus
aux ETs auraient plus de chances de se produire chez des individus htrozygotes pour les
copies dETs (N UZHDIN 1999 ; WRIGHT & SHOEN 1999). Ce modle prdit que les ETs
doivent saccumuler (voir tableau 2) :

- 114 -

Dans les rgions o le taux de recombinaison est faible, si on fait lhypothse que la
recombinaison illgitime est proportionnelle la recombinaison lgitime
(CHARLESWORTH et al. 1994b).

Sur le chomosome X plutt que sur les autosomes, car le chromosome X recombine
moins (ne recombinant que chez les femelles) que les autosomes (cette prdiction
nest pas valable pour certaines espces ; voir partie III de ce chapitre)
(CHARLESWORTH et al. 1994b).

Plus chez les espces autofcondantes que chez les espces allofcondantes, puisque
chez les premires, lhomozygotie est forte, ce qui diminue les chances que les
changes ectopiques se produisent parce que les copies dETs ont des homologues
avec qui sapparier (CHARLESWORTH & CHARLESWORTH 1995 ; WRIGHT & SCHOEN
1999 ; MORGAN 2001 ; voir figure 2).

Figure 2 : Impact de lhtrozygotie et de

lhomozygotie dans le modle SEE. Chez un
htrozygote pour les copies dETs, les changes
ectopiques entre ETs sont plus frquents que chez un
homozygotes et donc sa fitness est rduite (MORGAN
2001).

3) Conclusions

Le tableau 2 prsente le rsum des prdictions des modles SID et SEE concernant la
variation de la densit en ETs avec diffrents paramtres, comme la densit en gnes, le taux
de recombinaison, autosomes vs. chromosome X et le taux dautofcondation.

Tableau 2 : Prdictions des deux modles sur lvolution des ETs

Modle SID

Modle SEE

Densit en gne

Corrlation ngative

Aucune prdiction

Taux de recombinaison

Corrlation ngative

Corrlation ngative

A vs. X

A>X

A<X

Taux dautofcondation

Corrlation ngative

Corrlation positive

Ce tableau indique la variation de la densit en ETs en fonction des diffrents paramtres considrs, A =
autosomes, X = chromosome X

- 115 -

Dautres paramtres, comme la taille de la population, le taux dexcision des ETs (= 0

pour les rtrotransposons, > 0 pour les transposons) et le taux de transposition, peuvent
influencer la densit des ETs dans les gnomes (WRIGHT & SCHOEN 1999 ; MORGAN 2001).
Par exemple, dans les petites populations essentiellement autofcondantes, le modle SID
prdit la perte de tous les ETs, tandis que le modle SEE prdit une trs forte accumulation
dETs dans le gnome (MORGAN 2001). Il en ressort que la comparaison de la distribution des
ETs entre espces allofcondantes et espces partiellement ou totalement autofcondantes est
particulirement approprie pour trancher entre les deux modles slectifs pour expliquer le
contrle des ETs dans les gnomes (WRIGTH & FINNEGAN 2001 ; CHARLESWORTH & WRIGTH
2001). Un autre moyen de trancher entre ces modles est de tester leurs prdictions sur la
variation de la densit en ETs dans le gnome en fonction de la recombinaison et de la densit
en gnes. Cest ce que nous avons fait avec C. elegans et D. melanogaster (DURET et al.
2000 ; RIZZON et al. 2002).

- 116 -

III) Test des modles sur lvolution des ETs

1) Chez C. elegans (Article 5)

Nous avons tudi la distribution de 25 ETs (12 transposons + 1 rtrotransposon LTR

+ 12 rtroposons) dans le gnome de C. elegans grce au logiciel RepeatMasker (voir tableau
3). RepeatMasker permet deffectuer une recherche par similarit de squences consensus
dETs dans un gnome donn (A.F.A. SMIT & P. GREEN, non publi).

Tableau 3 : Les ETs de C. elegans analyss

Elment

Type

Rfrences

IR-1
IR-2
IR-3
IR-4
IR-5
Tc1
Tc2
Tc3
Tc4
Tc5
Tc6
Tc7
Cer1
Rte-1
Frodo-1
Frodo-2
Sam1
Sam2
Sam3
Sam4
Sam5
Sam6
Sam7
Sam8
Sam9

transposon
transposon
transposon
transposon
transposon
transposon
transposon
transposon
transposon
transposon
transposon
transposon
rtrotransposon LTR
rtroposon
rtroposon
rtroposon
rtroposon
rtroposon
rtroposon
rtroposon
rtroposon
rtroposon
rtroposon
rtroposon
rtroposon

Devine et al.1997
Devine et al.1997
Devine et al.1997
Devine et al.1997
Devine et al.1997
Rosenzweig et al. 1983
Ruvolo et al. 1992
Collins et al. 1989
Li & Shaw 1993
Collins & Anderson 1994
Dreyfus & Emmons 1991
Rezsohazy et al. 1997
Britten 1995
Youngman et al. 1996
Marin et al. 1998
Marin et al. 1998
Marin et al. 1998
Marin et al. 1998
Marin et al. 1998
Marin et al. 1998
Marin et al. 1998
Marin et al. 1998
Marin et al. 1998
Marin et al. 1998
Marin et al. 1998

Daprs DURET et al. (2000)

Au total, 3718 copies ont t dtectes. Ces copies se localisent 98 % dans lADN
non-codant (= introns + rgions flanquantes), un pattern en accord avec le modle des
insertions dltres . La figure 2 montre que les transposons se localisent principalement
dans les rgions o la recombinaison est forte, tandis que les autres ETs se rpartissent plus
- 117 -

uniformment le long du gnome. Ces observations sont surprenantes car elles semblent en
accord ni avec le modle des insertions dltres ni avec le modle des changes
ectopiques (voir tableau 2). Elles ont t depuis confirmes pour dautres familles dETs
(SURZYCKI & BELKNAP 2000).

Numbre de copies / Mb

60

rtrotransposons
transposons

Figure 2 : Distribution des ETs en fonction du

taux de recombinaison chez C. elegans (DURET et
al. 2000).

40

20

Faible

Moyen

Fort

Taux de recombination

Plusieurs hypothses peuvent tre proposes :

1- Il est possible que les contraintes jouant sur les ETs dans les populations naturelles
de C. elegans ne jouent plus sur les populations de laboratoire. Cependant, les
patterns de localisation sont les mmes pour les ETs rcents ( 80 % complets et
avec moins de 10 % de divergence par rapport aux consensus) que pour les ETs
anciens (les autres ETs).
2- Il est galement possible que les transposons correspondent des points chauds de
recombinaison chez C. elegans. En effet, certains travaux exprimentaux montrent
que la mobilit des transposons augmente le taux de recombinaison chez Z. mays, D.
melanogaster et C. elegans (DOONER & MARTINEZ 1997 ; MCCARRON et al. 1994).
Toutefois, les transposons ont t inactivs dans les cellules germinales de la souche
N2 de C. elegans (celle utilise pour le squenage du gnome du nmatode) alors
que ces cellules recombinent normalement (PLASTERK 1993 ; KETTING et al. 1999).
3- Chez C. elegans, les rgions o la recombinaison est forte correspondent galement
aux rgions o la densit en gnes est faible (BARNES et al. 1995). Dans ces rgions,
il y a donc plus de place pour que les ETs sinsrent. Nnamoins, si on tudie la
densit des ETs uniquement dans lADN non-codant, on retrouve le fait que les
- 118 -

transposons se localisent principalement dans les rgions o la recombinaison est

forte, tandis que les autres ETs se rpartissent plus uniformment le long du gnome
(voir figure 3).
4- Il est possible que les transposons utilisent la recombinaison pour sinsrer dans le
gnome. En effet, linsertion des transposons passe par une cassure double-brin qui a
galement lieu lors de la recombinaison, mais qui na pas lieu lors de linsertion des

Nombre de transposons / Mb dADN non-codant

rtroposons.

100

Introns

Figure 3 : Distribution des transposons

dans lADN non-codant (introns + rgions
intergniques) en fonction du taux de
recombinaison chez C. elegans (DURET et
al. 2000).

Rgions
intergniques

80

60

40

20
Faible

Moyen

Fort

Faible

Moyen

Fort

Taux de recombinaison

Nous avons finalement retenue lhypothse 4 que nous navons pas russie falsifier.
Cependant, notre test de lhypothse 3 nest peut-tre pas trs puissant. En effet, dans les
rgions intergniques et dans les introns, on trouve assez souvent des promoteurs et des
lments rgulateurs de lexpression des gnes (voir partie II-3 du chapitre 3). Or, nous
navons pas retir ces lments dans notre test, donc nous ne nous affranchissons pas
totalement du problme de la co-variation de la densit en gnes et du taux de recombinaison.
La dtection exhaustive de ces lments est pour linstant inenvisageable grande chelle. Par
ailleurs, le fait de trouver des patterns diffrents pour les diffrentes classes dETs nest pas
incompatible avec les modles slectifs dont les prdictions sont sensibles aux mcanismes de
transposition (WRIGTH & SC H O E N 1999). Pour trancher de faon plus prcise entre
lhypothse de lutilisation des cassures double-brin gnres par la recombinaison par les
transposons pour sinsrer et celle de la slection contre les insertions dltres , il pourrait

- 119 -

tre intressant dtudier le pattern dinsertion des ETs dtermin exprimentalement.

Lhypothse neutre prdit une variation de ce pattern dinsertion en fonction de la
recombinaison, alors que lhypothse slective ne prdit pas de variation du pattern
dinsertion, mais du pattern de fixation. Il est noter quun test bas sur les prdictions
concernant le chromosome X par rapport aux autosomes nest pas informatif chez C. elegans,
puisquil y a 99,5 % dhermaphrodites XX et seulement 0,5 % de mles XO chez cette espce
(HODGKIN & BRENNER 1977 ; HODHKIN & BARNES 1991 ; LAMUNYON & WARD 1997).

En conclusion, le modle SEE est clairement rejet chez C. elegans. Le pattern observ
dans cette espce peut sexpliquer soit par le modle SID soit par des hypothses alternatives
ne faisant pas intervenir la slection mais une relation directe ou indirecte entre transposons et
recombinaison. Quen est-il avec le gnome complet de D. melanogaster ?

- 120 -

2) Chez D. melanogaster (Article 6)

Nous avons tudi la distribution de 54 ETs (10 transposons + 28 rtrotransposon LTR

+ 16 rtroposons) dans le gnome de D. melanogaster grce au logiciel RepeatMasker (voir
tableau 4).

Tableau 4 : Liste des ETs de D. melanogaster analyss

Rtrotransposon LTR
17.6
297
412
1731
Aurora
Bel
Blastopia
Blood
Burdock
Circe
Copia
Cruiser
Gate
Gypsy
HMS-beagle
Idefix
Mdg1
Mdg3
Micropia
Nomad/yoyo
Pilgrim
Roo/B104
Springer
Stalker
Tinker
Tirant
Transpac
Zam

Rtroposons
BS
Doc
F
G
Helena
Het-A
I
Jockey
Pilger
R1Dm
R2Dm
Tart
WaldoA
WaldoB
X
You

Transposons
Bari1
FB
HB1
Hobo
Hoppel
Hopper
P
Pogo
S
Vivi

Daprs RIZZON et al. (2002)

Au total, 1007 copies ont t dtectes dans la partie euchromatique du gnome de D.

melanogaster (la seule avoir t squence). Ce chiffre est bien sr une sous-estimation du
nombre total dETs dans le gnome de D. melanogaster, puisque les ETs qui saccumulent en
grande quantit dans les rgions htrochromatiques nont pas pu tre tudis
(CHARLESWORTH et al. 1994a). Les ETs se localisent principalement dans les rgions pricentromriques et sur le chromosome 4, et sont plus rares dans les rgions tlomriques
comme observ prcdemment par hybridation in situ (voir figure 4 ; CHARLESWORTH et al.
1992a,b).

- 121 -

Figure 4 : Densit moyenne des ETs dans

diffrentes rgions gnomiques
melanogaster (RIZZON et al. 2002).

de

D.

La figure 5 montre quil y a accumulation des copies dans les rgions o la

recombinaison est faible pour les transposons (voir figure 5C ; Rs = -0,29 avec p < 10-4), pour
les rtroposons (voir figure 5B ; Rs = -0,15 avec p < 10-4) et pour les rtrotransposons LTR
(voir figure 5A ; Rs = -0,13 avec p < 10-4). Ces rsultats sont en accord avec les deux modles
slectifs, puisque tous les deux prdisent une corrlation ngative entre la densit des ETs et
le taux de recombinaison. Il faut noter que cette corrlation est plus forte pour les transposons
que pour les rtrotransposons. Ces rsultats sont en accord avec ceux obtenus lors de travaux
antrieurs sur des populations naturelles et de laboratoire par hybridation in situ, suggrant
quil ny a pas de biais majeurs entre les diffrentes approches utilises (CHARLESWORTH &
LAPID 1989, CHARLESWORTH et al. 1992a,b ; HOOGLAND & BIEMONT 1996).

Malheureusement, le test bas sur les prdictions concernant le chromosome X par

rapport aux autosomes nest pas informatif chez D. melanogaster. Chez cette espce, le
modle SEE prdit que la densit dETs doit tre plus faible sur le chromosome X que sur les
autosomes, comme le prdit galement le modle SID (voir la partie II de ce chapitre)
(LANGLEY et al. 1988). En effet, chez D. melanogaster, les deux tiers des chromosomes X
mais seulement la moiti des autosomes, de la population sont prsents chez les femelles. Or,
seules les femelles recombinent chez D. melanogaster. Ainsi, les chromosomes X
recombinent plus que les autosomes chez cette espce (contrairement ce qui se passe
classiquement chez les eucaryotes). On sattend donc ce que la slection contre les changes
ectopiques soit plus forte sur le chromosome X que sur les autosomes chez D. melanogaster,
cest dire, exactement la mme chose que pour la slection contre les insertions dltres
(voir la partie II de ce chapitre).

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Figure 5 : Distribution des ETs en fonction du taux

de recombinaison chez D. melanogaster. A)
Rtrotransposons L T R B) Rtroposons C)
Transposons (RIZZON et al. 2002).

En conclusion, nos rsultats ne nous permettent pas de trancher entre les deux modles
SID et SEE chez D. melanogaster. BARTOLOME et al. (2002) ont aussi tudi la distribution
des ETs dans le gnome complet de D. melanogaster. Ils ont calcul les densits attendues en
ETs sur le chromosome X et sur les autosomes, selon diffrents modles : distribution
alatoire, SID, et SEE. Ils montrent que les observations sont plus en accord avec les
prdictions quantitatives du modle SEE quavec celles des autres modles. Par ailleurs, ils
ont tudi des rgions gnomiques pour lesquelles le taux de recombinaison est trs faible,
mais pour lesquelles la densit en gnes est variable. Ils observent une forte accumulation
dETs dans deux rgions o la recombinaison est faible, alors que la densit en gnes est
forte. A loppos, ils observent une densit dETs faible dans une rgion o la recombinaison
est faible, alors que la densit en gnes est forte. Ils en concluent que le nombre de rgions

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gnomiques supportant le modle SEE est suprieur au nombre de rgions gnomiques

supportant le modle SID chez D. melanogaster. Cependant, leur conclusion est affaiblie par
le fait que leur tude ne concerne pas tout le gnome, mais seulement le bras 2R, le
chromosome X et le chromosome 4.

Pour aller plus loin dans la discrimination des modles SID et SEE chez D.
melanogaster, PETROV et ses collaborateurs ont tudi la frquence de quatre ETs dans les
populations naturelles de D. melanogaster (D. PETROV, Y.T. AMINETZACH, D. BENSSASSON &
A.E. HIRSH communication personnelle). Ils montrent que pour les ETs Doc et Jockey, la
distribution en frquence dans la population correspond ce qui est attendu si la slection
contre ces lments est forte : trs peu de copies fixes et beaucoup de copies des frquences
trs faibles (e.g. < 1 %). Par contre, ils montrent que pour les ETs BS et X, la distribution en
frquence dans la population correspond ce qui est attendu si la slection contre ces
lments est faible : beaucoup de copies fixes et peu de copies des frquences trs faibles.
Les auteurs observent aussi quil y a une corrlation ngative entre le nombre de copies dun
lment et la frquence des copies dans la population. Or, Doc et Jockey ont beaucoup de
copies dans leuchromatine, mais chaque copie est prsente une frquence trs faible dans la
population. Pour BS et X, linverse est observ. Ce pattern est exactement celui attendu avec
le modle SEE. Quand un lment est peu reprsent dans le gnome et que ses copies sont
courtes, les vnements dchanges ectopiques sont plus rares et la slection contre ce type
dvnements est moins forte. Ceci permet alors la fixation de certaines copies de cet lment
par drive.

FRYXELL a galement dvelopp un test des modles SID et SEE. Ce test repose sur la
comparaison de la densit en ETs dans les introns et dans les squences intergniques (K.J.
FRYXELL communication personnelle). Il montre que les ETs sont 2,9 fois moins nombreux et
3,3 fois plus courts dans les introns que dans les rgions intergniques, ce qui indique quil y a
une slection contre les insertions des ETs plus forte dans les introns que dans les rgions
intergniques. Ces rsultats, ajouts lobservation que la majorit des ETs sont localiss
dans lADN non-codant dans le gnome de D. melanogaster, (BARTOLOME et al. 2002)
valident le modle SID chez D. melanogaster.

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3) Conclusions

Chez D. melanogaster, les donnes actuelles ne permettent pas de trancher entre les
deux modles SID et SEE. Chez C. elegans, le modle SEE est clairement rejet. Nnamoins,
les modles SID et SEE ne sont pas forcment exclusifs. Il est possible que les modles SID
et SEE soient tous les deux valides chez D. melanogaster, tandis que seul le modle SID soit
valide chez C. elegans. En effet, chez cette espce avec un fort taux dautofcondation, la
slection contre les changes ectopiques est cense tre trs faible, voire absente (voir partie II
de ce chapitre). Il semble que ce pattern soit galement retrouv chez une autre espce
essentiellement autofcondante : A. thaliana (S.I. WRIGHT , N. AGRAWAL & T.E. BUREAU
communication personnelle). Dans cette espce, la densit en ETs semble beaucoup plus
influence par la densit en gnes que par le taux de recombinaison.

Chez C. elegans et A. thaliana, la corrlation entre le taux de recombinaison et la densit

en ETs serait un sous-produit de la corrlation entre la densit en gnes et le taux de
recombinaison. Mais le dterminant des variations de densit en ETs dans ces gnomes serait
la densit en gnes. Dans ces deux espces autofcondantes, la densit en ETs est
ngativement corrle la densit en gnes alors que la densit en ETs est soit positivement
(C. elegans) soit ngativement (A. thaliana) corrle au taux de recombinaison. Chez D.
melanogaster, il est possible que la corrlation positive entre le taux de recombinaison et la
densit en ETs soit la fois due aux modles SID et SEE (voir partie II de ce chapitre).
Toutefois, il faut ajouter que la corrlation de la densit en ETs avec le taux de recombinaison
est une prdiction intrinsque du modle SEE alors quelle est une prdiction intuitive du
modle SID pas clairement dmontre. Comme le notent BARTOLOME et al. (2002), aucune
tude thorique nest disponible sur les effets HILL-ROBERTSON sur la slection contre les
ETs. Il nest donc pas montr que la slection contre les insertions dltres des ETs (modle
SID) soit influence par ce type deffets, et que le modle SID prdise effectivement une
corrlation ngative entre densit en ETs et taux de recombinaison.

Labondance des ETs dans les rgions centromriques (= rgions voisines des
centromres) des eucaryotes peut sexpliquer par les modles SID et SEE puisque la densit
en gnes et le taux de recombinaison sont trs faibles dans ces rgions (ADAMS et al. 2000 ;
THE ARABIDOPSIS GENOME INITIATIVE 2000 ; LANDER et al. 2000). Un nouveau modle vient
dtre propos par HENIKOFF et al. (2001). Il semble que lhtrochromatinisation des
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centromres soit ncessaire leur fonctionnement, cest dire, la mise en place des
kintochores et la fixation subsquente des fuseaux de division. Les centromres sont
maintenus sous forme htrochromatinise grce une histone qui leur est spcifique et qui se
fixe sur des squences rptes (de type satellite) prsentes au niveau des centromres.
Linsertion dETs proximit du centromre, sils gnrent des rptitions reconnaissables
par lhistone spcifique des centromres, pourrait en fait lallonger. Pendant la formation des
gamtes femelles, la transmission des chromosomes parentaux est assymtrique. Les
chromosomes qui chouent dans les granules polaires ne peuvent pas participer la
descendance tandis que ceux qui sont conservs dans lovocyte le peuvent. Or, il est possible
que des centromres plus longs (grce un surplus de rptitions gnres par les ETs), en
fixant plus de microtubules, puissent permettre un chromosome dtre prfrentiellement
conserv dans lovocyte par rapport son homologue. En rponse, lhte aurait pour solution
daugmenter le spectre des squences rptes sur lesquelles peut se fixer lhistone spcifique
des centromres (voir figure 6). Or, il a t observ que chez H. sapiens, M. musculus, D.
melanogaster, C. elegans et S. pombe, le domaine de fixation lADN de lhistone
homologue de H3 spcifique des centromres, est beaucoup plus variable que celui de
lhistone H3 que lon retrouve dans les autres rgions du gnome (HENIKOFF et al. 2001).

Figure 6 : Centromre et ETs : lexpansion dun satellite, par insertion dETs, qui fixe CID (= homologue de
lhistone H3 spcifique des centromres) permet plus de microtubules de saccrocher au centromre. Ceci
permet ce centromre modifi de se retrouver plus souvent dans les ovocytes mais peu aussi amener des
sgrgations incorrectes. Une mutation de Cid qui modifie sa spcificit, va permettre dallonger le centromre,
permettant plus de microtubules de sy accrocher. Ceci restaure une sgrgation alatoire des homologues
durant la mose (HENIKOFF et al. 2001).

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Enfin, si les donnes prsentes prcdemment sont en accord avec les modles SID,
SEE ou autres, elles ne les dmontrent jamais compltement. Il est possible que dautres
facteurs expliquent (au moins en partie) la variabilit de la distribution des ETs dans les
gnomes eucaryotes. Par exemple, la corrlation entre la densit en ETs et le taux de
recombinaison pourrait tre due :
-

A une activit recombinogne de certains ETs (voir chapitre 1 partie II-3-c).

A la variation de la composition en bases et donc de la distribution des sites cibles

des ETs avec le taux de recombinaison.

A une activit recombinogne dautres squences rptes comme les

microsatellites, qui influenceraient linsertion des ETs, mme si il semble que ce soit
plutt les ETs qui gnrent des microsatellites (JARNE et al. 1998).

Au rle de la structure de la chromatine dans la variabilit du taux de recombinaison

et de linsertion des ETs.

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