Les systèmes de restriction-modification (RM) sont des composants importants des mécanismes de

défense procaryotes contre les génomes envahissants. Ils se produisent dans une grande variété
d’organismes unicellulaires, notamment les eubactéries et les archées ( 1 , 2 ), et comportent deux
activités enzymatiques contrastées: une endonucléase de restriction (REase) et une
méthyltransférase (MTase). La REase reconnaît et clive des séquences d'ADN étrangères sur des sites
spécifiques, tandis que l'activité de la MTase assure la distinction entre l'ADN auto et non personnel,
en transférant des groupes méthyle à la même séquence d'ADN spécifique dans le génome de l'hôte
( Fig. 1 ). Sur le plan fonctionnel, les REases clivent de manière endonucléolytique au niveau des
liaisons phosphodiester, générant des surplombs ou des extrémités émoussées de 5 'ou 3'. Les
MTases transfèrent le groupe méthyle de S-adénosyl méthionine au carbone C-5 ou au groupe
N 4 amino de la cytosine ou au groupe N 6 amino de l’adénine ( 3 )

Systèmes de restriction-modification (RM) en tant que mécanismes de défense. Les systèmes RM

reconnaissent le statut de méthylation de l'ADN étranger entrant, par exemple les génomes de
phage. Les séquences méthylées sont reconnues comme auto, tandis que les séquences de
reconnaissance sur l'ADN entrant dépourvues de méthylation sont reconnues comme non-soi et sont
clivées par l'endonucléase de restriction (REase). Le statut de méthylation au niveau des sites de
reconnaissance génomique est maintenu par la méthyltransférase (MTase) correspondante du
système RM.
1.2. Endonucléases
a)
à clivages non spécifiques
Ces enzymes sont capables de rompre des liaisons phosphodiesters internes.
La DNAse I extraite du pancréas, coupe préférentiellement après une base pyrimidique en utilisant une extrémité
3'OH et une 5' phosphate libre aussi bien les ADN simple brin que double brins.
La nucléase SI, extraite de culture d'Aspergillus oryzae dégrade seulement les acides nucléiques monocaténaires.
b)
à clivages spécifiques : enzymes de restriction
Elles coupent de manière définie et reproductible l'ADN bicaténaire. Ce sont les enzymes permettant l'ouverture
spécifique du vecteur et le découpage défini de l'ADN à cloner. Ce sont des enzymes produites par de très
nombreuses bactéries au moment des infections lysogéniques (voir cours sur la lysogénie).
L'analyse de leurs coupures de l'ADN montre qu'elles se font en des sites spécifiques. Plus de 1200 différentes
enzymes de restriction ont été caractérisées et elles sont classés en 3 types :
type I ; l'enzyme reconnaît sa séquence puis se déplace sur l'ADN et s'arrête de manière aléatoire 1000 à
5000 paires plus loin et libère quelques dizaines de nucléotides.
type II : une fois la séquence reconnue, l'enzyme coupe l'ADN au niveau de cette séquence (les plus courante
en biologie moléculaire).
type III : après reconnaissance de la séquence spécifique, ces enzymes découpent l'ADN une
vingtaine de nucléotides plus loin.
La longueur des séquences reconnue est comprise entre 4 et 8 bases. Elle est identique sur les 2 brins. Par
exemple ECO RI reconnaît la séquence

De telles séquences sont appelées palindromiques.

Les enzymes de restriction de type II provoquent 2 types de coupure :
- coupures à bouts francs. Les enzymes coupent exactement au même niveau les 2 brins d'ADN :
exemple Puu II qui coupe

Il ne peut donc pas y avoir d'association spontanée entre de tels fragments : une ligation ne pourra être effectuée
que par certaines ligases

coupures à bouts cohésifs ou protusifs. Dans ce cas, les coupures sont décalées l'une par rapport à l'autre. C'est
le cas d'ECO R1 précédemment décrit. Les parties simple brin complémentaire peuvent s'apparier. Ainsi, grâce à
ce type d'enzymes, 2 ADN d'origine différente coupées par une même enzyme de restriction produisant des
extrémités cohésives peuvent être mis bout à bout puis ligaturés. C'est une propriétés très utilisée dans les
recombinaisons génétiques in vitro
Découverte
Le nom d'enzyme de restriction vient du phénomène de restriction d'hôte observé dans les études sur les
bactériophages
d'Escherichia coli ; l'infection de certaines souches de phages issus de souches particulières étaient restreintes à
celles-ci sans pouvoir
infecter d'autres souches. La restriction de cette infection est due à la présence dans les souches différentes de
systèmes de protection
appelés système de restriction. Deux activités enzymatiques sont responsables de cette propriété de résistance
aux intrusions d'A.D.N.
exogène :
une endonucléase (de restriction) spécifique de site (de restriction) clivant l'A.D.N. double brin sur
chaque brin
lorsqu'il est non modifié ;
une enzyme de modification ou méthylase qui reconnaît les mêmes sites que l'endonucléase et les
protègent de
l'hydrolyse par une méthylation (souvent sur une cytosine sur le carbone 5 ou une guanosine sur le carbone 6)
2 Caractéristiques
2.1 Classification
Les enzymes de restriction sont classées en trois groupes. Dans les groupes I et III les deux
activités
enzymatiques sont portées par la même protéine, tandis que dans le deuxième l'endonucléase
et la
méthylase sont séparées en deux protéines. Les enzymes les plus utilisées font partie de ce
groupe (EcoR I).
2.2 Sites de restriction
Le site de restriction est une séquence la plupart du temps palindromique, c'est à dire qui
possède un
centre de symétrie. Chaque brin lu de 5' vers 3' est identique à son complémentaire inversé.
2.3 Nomenclature
La première lettre en majuscule désigne le genre, les deux lettre minuscules qui suivent sont
les deux
première lettre du nom d'espèce, les nombres en chiffre romain désigne l'ordre de sa
découverte, une lettre
peut désigner le nom d'une souche. EcoR IV : Escherichia coli souche R quatrième
découverte chez cette
souche.
2.4 Types de coupures
On distingue deux types de coupures :
les hydrolyses qui génèrent des extrémités dites à bouts francs ("blunt ends"), une fois
coupé
les deux brins d'A.D.N. ne peuvent plus s'associer (sauf en utilisant la ligase du phage T4).
les hydrolyses qui génèrent des extrémités dites à bouts collants ou décalés ("sticky or
protruding ends"), une fois coupé les deux brins d'A.D.N. ne peuvent plus s'associer (sauf en
utilisant
la ligase du phage T4).
Voir aussi :
enzymes compatibles : enzymes produisant des extrémités cohésives complémentaires ;

isoschizomère : enzyme de restriction reconnaissant la même séquence cible qu’une autre enzyme de
restriction

Une enzyme de restriction est caractérisée par la séquence du site reconnu, et la position de la
coupure.

Les sites reconnus par de nombreuses enzymes sont palindromiques