La cytogénétique

La cytogénétique consiste à étudier les chromosomes d’un individu ( la variation, structure ou

nimble….) à partir de

La réalisation de caryotype, Technique FISH

Etude morphologique des chromosomes
dans les cellules des eucaryotes =
Photographie de l’ensemble des
chromosomes d’une cellule.

Utilisation d’une sonde

marquée par une substance
fluorescente, qui peut
reconnaitre une séquence et
se fixer dans une zone précise
du chromosome

Organisation du génome humain

Le Génome humain
c’est l’ensemble du matériel génétique présent dans un organisme.
Il est composé de 46 molécules d'ADN.
Deux exemplaires de chaque molécules: 23 molécules différentes (22 chromosomes autosomiques et 1
chromosome sexuel).
Le génome haploïde humain (toute l'information nécessaire pour fabriquer un humain) contient
environ 25 000 gènes.
Les 23 molécules d’ADN ont une taille de ~ 3 milliards de paires de bases.

Un allèle
ou locus correspond aux 2 régions situées au même niveau dans une même paire de chromosome.
Les 2 régions chromosomiques identiques, l’une provenant du père et l’autre de la mère
définissent les 2 allèles paternelle et maternelle.
On utilise souvent le terme locus pour désigner une région chromosomique.

un gène
unité d’information génétique formée de séquences d’ADN qui codent pour des produits (ARN &
protéines) qui ont une fonction.
Les autosomes étant présent en double exemplaire, chaque gène est donc lui aussi présent en double
exemplaire.
Densité génique: nombre de gènes présents dans une quantité donnée de matériel génétique.
Densité génique est variable:
entre les espèces :
≈ 11 gènes /100 000 pb chez l’homme
≈ 479 gènes /100 000 pb chez la levure
au sein d’un chromosome: peu de gènes vers les centromères
Les gènes ont des tailles variables :
gène de l ’ARNttyr : 100 pb
gène de l ’insuline : 1 400 pb
gène CFTR : 250 000 pb
gène de la dystrophine : 2 400 000 pb
Cette variation est en partie le reflet de la variation des protéines retrouvées dans l’organisme.

Un gène est une séquence d’ADN contenant l’information nécessaire pour la synthèse
d’une protéine ou d’un ARN.

Séquence régulatrice en amont

Séquence codante

Séquence régulatrice en avale

Les gènes des eucaryotes ont une structure « en mosaïque »
Le nombre d’exons varie suivant les gènes:
gène de l ’interféron α : 600 pb 1 exon
gène de la dystrophine : 2 400 000 pb 79 exons
gène du récepteur de la ryanodine 1: 161 000 pb 106 exons

un Pseudogène = Géne non exprimé.

Un pseudogène est un gène qui par suite de

modification de sa structure ne peut plus être
transcrit et/ou traduit en protéine.

Les différents types de séquence d’ADN

Dans un génome:

70% de notre génome est sans fonction très claire

28,5% codant pour des pseudo-gènes, introns et séquences régulatrices.
1.5 % du génome humain code pour des séquences exoniques (régions des gènes qui
codent pour les ARNm (protéines), les ARNt et les ARNr)
 Les différents types de séquence d’ADN
1-Gènes en monocopie ou à copie unique

La plupart des gènes codant pour les protéines n’apparaissent qu’une seule fois dans le génome.
Ce sont des séquences uniques et sont appelées gènes à copie unique ou en monocopie.
Ces gènes sont présents en deux exemplaires dans nos cellules.
Ces deux exemplaires sont généralement identiques au niveau des parties codantes.
Ils représentent ~ 15 % du génome humain.

2- Familles de gènes (cluster)

Les gènes sont généralement regroupés par similarité des séquences homologues par la structure et la
fonction de leur produits.
Ce sont des séquences dupliquées à partir d’un gène ancestral commun.
Les gènes d’une famille sont séparés les uns des autres par une séquence de taille entre 5 à 50 Kpb.
Ils s’expriment à différents stades de développement.
Ils représentent ~ 15 % du génome humain.
Ces gènes codent généralement pour des protéines qui possèdent des propriétés ou des fonctions très
voisines.
Exemple: Famille des a et b globines

Plusieurs gènes existent pour exprimer les

chaînes d’acides aminés qui constituent
l’hémoglobine

3- Gènes répétées en tandem

Ils se succèdent les uns après les autres le long d’un grand fragment d’ADN.
Ils représentent~0,3% du génome humain.
Ils codent pour des protéines (les histones par exemple), ARN ribosomaux et ARN de transferts.
Ils permettent la synthèse d’un grand nombre d’ARN pour satisfaire la grande demande en ces
transcrits
Exemple:
Gène codant pour les ARNr (250 copies/cellule)
Gène codant pour les ARNt (50 copies/cellule)

4- Séquences d’ADN répétées

 4-1 Séquences d’ADN hautement répétées
(séquence simple d’ADN)

Elles représentent ~3 % du génome humain.

Elles constituent de longs fragments de séquences assez courtes, 5 à 500 pb en général, répétées en
tandem jusqu’à des millions de fois.
On distingue trois types de Séquences simple d’ADN hautement répétées : l’ADN satellite, l’ADN
minisatellite et l’ADN microsatellite.
La séquence nucléotidique de l’unité de répétition est très conservée entre les différents individus.
Par contre, le nombre de répétition est assez variable.

Types de séquences d’ADN hautement répétées

Les ADN Les ADN Les ADN

satellites, minisatellites, microsatellites
ils s’étalent le long d’un se sont des séquences dans
fragment d’ADN de 20 ils s’étalent le long d’un
lesquelles la longueur de la
à 100 kpb, et la fragment d’ADN de 1 à 5
séquence répétée en tandem est
longueur de la séquence kpb, et la longueur de la
de 1 à 13 pb. la plupart ont une
séquence répétée en
répétée en tandem est de longueur de 1 à 4pb. Ils
tandem est de 15 à 100 pb.
14 à 500 pb s’étalent le long d’un fragment
d’ADN de 150 pb ou moins
Structure moléculaire du centromère
Les chromosomes eucaryotes contiennent une région spécialisée appelée
Centromère.
Le centromère devient visible lors de la condensation des chromosomes
pendant la division cellulaire.
C’est un complexe ADN-protéine nécessaire pour la ségrégation des
chromosomes.

Structure moléculaire du centromère chez la levure

S. Cerevisiae présente une structure très simple du centromère. La
séquence nucléotidique est assez conservée et elle est de longueur
220 à 250 pb. Il est composé de 4 régions appelées CDE1, 2, 3 et 4.

Structure moléculaire du centromère chez les eucaryotes supérieurs

Chez les eucaryotes supérieurs, le centromère a une longueur de l’ordre de mégabase (1
million de pb). La région centromérique contient en général des milliers de séquence
répétées en tandem de type ADN satellite.
Hybridation des chromosomes en métaphase (rouge) avec l’ADN satellite-alpha
marqué. Les sites d’hybridation de satellite-alpha coïncident avec la région
centromerique des 46 chromosomes.

Structure moléculaire du télomère

Le télomère correspond à l’extrémité des chromosomes. C’est une structure composée
d’ADN et de protéine et il permet de maintenir l’intégrité des chromosomes.
Chez la plupart des organismes, le télomère contient une séquence répétée en tandem.
Des protéines spécifiques s’attachent sur les télomères et permettent de protéger les
extrémités chromosomiques des attaques nucléasiques et de fixer les télomères dans
des régions spécifique du noyau.
L’enzyme responsable de la synthèse des télomères est un complexe d’ARN et de
protéines appelée la télomérase.
 4-2 Séquence moyennement répétées
(répétition dispersées, éléments d’ADN
mobiles ou éléments transposables)
Elles représentent ~45 % du génome humain. Elles sont répétées et assez disperser dans le génome
(#ce par rapport aux Séquences d’ADN hautement répétées qui sont généralement en tandem et donc
localisées).
Elles sont capable de se déplacer dans le génome. D’où le nom d’éléments d’ADN mobiles ou éléments
transposables.
Il semble que ces éléments n’ont aucune fonction dans l’organisme hôte, mais ils existent pour se
maintenir. Pour cette raison Francis Crick les a appelés “selfish DNA.”
Le processus par lequel ces éléments sont copiés et insérés dans différentes régions du génome est
appelé transposition.

Les deux types d’éléments transposables Éléments d’ADN mobiles chez les eucaryotes
Retrotranspon LTR
Elles représentent ~8 % du génome humain. Ils
ressemblent au Retrovirus, ainsi ils sont
également appelé retrotransposon virale.
Comme les Retrovirus, les retrotranspons LTR
sont caractérisés par une séquence répétée directe
appelée long terminal repeats (LTRs) de taille
~250–600 pb.
Les retrotranspons LTR codent pour la reverse
transcriptase et une integrase (l’équivalent de
la transposase).

Influence des éléments d’ADN mobiles sur

Éléments d’ADN mobiles chez les eucaryotes
Retrotranspon sans LTR
On distingue deux types de retrotranspon
sans LTR:
LINEs (long interspersed elements)
SINEs (short interspersed elements).
Chez l’homme, la longueur des LINEs est 6
kpb, alors que les SINEs ont une longueur de
300 pb.
Chez l’homme, les LINEs représentent ~ 21 %
du génome total, alors que les SINEs
représentent ~13 %.
l’organisation du génome
Les éléments d’ADN mobiles n’ont pas de
fonction dans l’organisme hôte, autre que
maintenir leur existence.
Mais, ils peuvent générer des
modifications du génome par différents
mécanismes.
Exp: Déplacement d’exon par transposition
(exon shuffling by transposition).
Les différents types de séquence d’ADN chez l’homme