Génétique moléculaire, Termes dans cette liste (22)

Gène homéotique : Un gène homéotique, appelé aussi homéogène, est un gène qui détermine le plan d'organisation d'un être vivant, c’est-à-
dire la place des organes les uns par rapport aux autres, et selon les axes de polarité (axe antéro-postérieur ; axe dorso-ventral)

Les gènes homéotiques chez les vertébrés sont appelés gènes Hox : Transformation homéotique :

Transformation homéotique : trans- formation d'un organe ou d'une partie de l'organisme en un organe ou une partie homologue, ex: le
mutant antennapedia

Les transformations homéotiques sont dues à des mutations soit récessives, soit dominantes, dans les gènes homéotiques : La génétique
classique

La génétique classique est une approche génétique cherchant à identifier les gènes responsables du phénotype des mutants. Cette méthode
s'oppose à la génétique inverse, qui va du gène muté au phénotype.

Comment identifier le gène muté ?

- on utilise la cartographie génétique-> on place le gène muté par rapport à d'autres marqueurs génétiques
- on peut aussi utiliser des délétions et des cartes cytogénétiques pour préciser la position du gène mutant

Cytogénétique : La cytogénétique permet d'évaluer la constitution chromosomique d'un individu, soit la composition en chromosomes des
cellules d’un individu. Par exemple, un homme normal est 46, XY, c'est-à-dire qu'il a:

- 46 chromosomes par cellules (23 paires)

- dont 2 gonosomes (X et Y); ce sont les deux chromosomes sexuels, et 44 autosomes.

Polymorphisme : Le polymorphisme, caractérise la capacité à se présenter sous différentes formes. Par exemple dans un chromosome il y a des
polymorphismes de longueur, les individus divergent les uns des autres par un grand nombre de polymorphismes qui ne causent pas de
phénotype, mais qui peuvent être utilisés comme marqueurs dans le génome.

Marqueur moléculaire : Les marqueurs moléculaires sont un type de marqueur génétique composé de fragments d'ADN qui servent de repères
pour suivre la transmission d'un segment de chromosome d'une génération à l'autre. Ainsi, si un allèle X porté par un individu est porté par son
père mais pas par sa mère, l'individu l'a reçu de son père. Les marqueurs moléculaires pour cet allèle X permettent alors d'établir l'origine
parentale de cet allèle

Il existe différentes sortes de marqueurs moléculaires :

-SSLP = simple séquence length polymorphe (deux individus peuvent diverger dans leur séquence répétée de par le nombre de répétitions.
Cela conduit à un polymorphisme de longueur de séquences simples.)

-RFLP = single nucléotide polymorphisme (deux individus peuvent diverger par des différences touchant un seul nucléotide, typiquement dans
des régions non-codantes ou créant des mutations silencieuses. On appelle une telle divergence un polymorphisme de nucléotides uniques)

Distance génétique définition :

1
Distance génétiques et physique : Les distance génétique et physique ne sont pas proportionnelles car la distance génétique est dépendante de
la fréquence de recombinaison qui n'est pas uniforme le long des chromosomes. Les régions à faibles taux de recombinaison (comme les
régions hétéroromantiques) apparaissent exagérément petites sur les cartes génétiques.

Colinéarité des gènes homéotiques :

-Colinéarité : Il existe une relation qui lie l'ordre physique des gènes homéotiques au sein des complexes chromosomiques qui sont au nombre
de 4 chez la souris, la localisation des territoires qui expriment les gènes Hox et le moment de leur expression, c'est ce qu'on appelle la
colinéarité.

-Les gènes occupant les premières positions au sein de leur complexe respectif seront les premiers à être exprimés au cours du développement
embryonnaire et ce, au niveau les plus antérieurs.

-Les gènes homéotiques possèdent une séquence commune, l'homéobox, qui code pour l'homéodomaine, servant à la liaison à l'ADN

Différentes techniques d’hybridation :

-Southern blot
-Hybridation in situ
- Identification de clones

Southern blot : Hybridation d’ADN : on chauffe de l'ADN pour le dénaturer, les deux brins se séparent et on les met en contact avec deux autres
simples brins pour qu'ils s'apparient et forment un hybride=> l'hybridation de l'ADN est fondée sur les propriétés d'appariement des bases
complémentaires.

->C'est ce même principe qui est utilisé pour la phase de visualisation du nothern et southern blot.

Hybridation in situ : L'hybridation in situ (HIS) est une technique de laboratoire pour localiser une séquence de nucléotides connue mono-brin
(ARN ou ADN) sur une coupe histologique de tissu.

Cette technique repose sur la complémentarité des bases nucléiques entre elles (en effet, si l'on place dans un même milieu deux mono-brins
inverses complémentaires, ils vont naturellement se rapprocher pour former une hélice).

-Cela révèle que les gènes homéotiques sont exprimés dans des régions délimitées qui correspondent aux tissus dans lesquels ces gènes
apparaissent.

-On appelle hybridation in situ (HIS) l'utilisation de sondes d'acides nucléiques pour mettre en évidence et localiser, dans des cellules ou des
tissus, des séquences d'acides nucléiques, complémentaires de la sonde par leurs bases.

Conservation des gènes homéotiques

-L'homéobox est une séquence d'ADN qu'on retrouve dans certains gènes essentiels au développement embryonnaire.
-L'identification de séquences similaires à l'homéobax dans des banques génomiques d'autres organismes a révélé que les gènes homéotiques
forment une famille de gènes conservés chez tous les animaux, ces gènes servent à l'élaboration du plan d'un animal

Cribles génétiques (pour mutant maternels et zygotiques)

-Une fois qu'un ensemble de mutants est produit, il faut généralement sélectionner parmi ces milliers d'individus ceux qui présentent le
phénotype recherché. Cette méthode de recherche est appelée crible génétique
-Les gènes du développement sont probablement essentiels et leur mutation causera un phénotype récessif létal, donc la mort de l'embryon
ou de la larve. Mais ceux-ci présenteront des phénotypes différents, spécifiques à chaque gène et indicatifs de sa fonction.

Chromosome balanceur : Chromosome portant de nombreuses inversions qui supprime donc la recombinaison=>outil spécifique à la
drosophile.

Effet maternelle et zygotique : On distingue deux types de mutations : les mutations à effet maternel pour lesquelles le phénotype de
l'embryon dépend seulement du génotype de la mère et non du sien, et les mutations à effet zygotique, où le phénotype de l'embryon dépend
de son propre génotype uniquement.

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Quelles techniques sont utilisées dans les test diagnostiques prénataux ou de paternité ?

-PCR
-RFLP
-SSLP

-On peut utiliser le clonage positionnel pour la cartographie en génétique médicale (Le clonage positionnel est la recherche de la position dans
le génome d'une séquence nucléotidique (gène, séquence régulatrice, etc.) responsable d'un trait observable)

Génie génétique-Les techniques d'ADN recombinant (consistant à prendre le gène d'un individu et à l'introduire dans le génome d'une autre
personne) sont utilisé pour la recherche basée sur l'approche de génétique inverse.

Génie génétique : Le génie génétique permet de modifier de manière ciblée des parties du matériel génétique d'un organisme ou d'y insérer
de nouvelles séquences d'ADN. L'édition génomique est une nouvelle approche de la biologie moléculaire.

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Thérapie génique somatique :

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 Termes dans cette liste (21)

La recombinaison homologue n'est active qu'en phase : S et G2, quand l'ADN a été répliqué et qu'une copie identique, intacte, et spatialement
proche pour la réparation se trouve sous la forme de la chromatide sœur (prophase 1, métaphase 1 et anaphase 1 pour la méiose)

Dans quelles situations la recombinaison homologue est-elle utilisée ?

-Pour la réparation de lésion double brin

-Lors de la méiose, lors de l'échange par crossing-over entre chromosomes homologues

-Dans divers cas de conversion génique

Qu'est-ce qui est créé lorsque qu'il y a un échange de brin de chacune des deux double hélice d'ADN?

Le modèle de jonction de Holliday, la résolution d’une jonction de Holliday peut donner : un crossing over ou une conversion génique.

Conversion génique :

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La recombinaison homologue pendant la méiose:

-Se fait au niveau des chiasmas =>leur formation dépend de cette recombinaison
-Est essentielle pour la formation des chiasmas et l'introduction de variation génétique chez les gamètes produites
-Contribue à l'orientation de la ségrégation des chromosomes homologues pendant la méiose 1
-Est identique à la résolution par SDSA jusqu'au point de l'invasion des brins

Par quoi est initié le processus du cross-over pdt la méiose? Par des cassures doubles-brins provoquées par la protéine Spo11 =>processus
fréquent qui a lieur plusieurs fois le long des chromosomes à la méiose.

Spo11 : Endonucléase universellement conservée chez les eucaryotes, si elle n'est pas présente alors il n'y aura quasiment aucun cross-over
qui entrainera à d'importants problème de ségrégation des chromosomes et à la stérilité

Etapes de la cassure engendrée par Spo11:

1) Coupure asymétrique
2) Egalisation des extrémité (5'->3')
3) Fixation de RAd 51 ( permet de trouver la séquence identique en générale sur le chromosome homologue plutôt que sur la chromatide
homologue) et de Dmc1 sur les longs brins restants
4) Invasion du long brins chez le chromosome homologue (l'endroit où les brins se croisent s'appelle la jonction de Holliday et le brin du
chromosome qui rejoins son brin homologue forme une boucle D)
=> la cassure de Spo11 est initialement traitée comme une cassure non intentionnelle

Résolution par SDSA:

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7
Recombinaison homologue pendant la méiose, différence avec la résolution par SDSA: "la boucle de Holiday se forme des deux côtes, le
chromosome homologue est utilisé par les deux brins et reste lié pour faire un crossing-over"

Résolution d'une jonction de Holliday :

-La coupure peut se faire les deux fois sur le même brin = pas de cross-over (conversion génique possible)
-La coupure peut se faire sur les deux brins différents = coss-over (conversion génique possible)

Jonction de Holliday résumée :

-Jonction entre 4 brins

-elle est mobile
-coupure sur les mêmes brins= pas de cross over
-coupure sur les deux brins= cross over

La recombinaison homologue implique la formation de région hétéroduplex :

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La recombinaison séquence-spécifique est utilisée par les mammifères et les champignons : (recombinaison somatique)

-Chez les mammifères la recombinaison séquence-spécifique est utilisée pour diversifier leurs anticorps

-Les champignons utilisent un mécanisme de conversion génique pour changer de sexe/mating type

Structure d'un anticorps

-deux chaînes lourdes (constante)

-deux chaînes légères (constante)
-région hypervariable
-région variable=site de liaison spécifique à l'antigène
-antigène

Pourquoi les mammifères ont-ils besoin d'utiliser la recombinaison pour diversifier leurs anticorps ?

Ils sont capables de synthétiser de 100 millions à plusieurs milliards d'immunoglobuline (Ig) distinctes. Mais ils ne sont pas capables de
synthétiser autant de protéines différentes. Donc pour palier à ce problème la diversité nécessaire est générée par recombinaison spécifique
des gènes des Ig au cours de la maturation des lymphocytes/globules blancs. Chaque lymphocyte recombine ses gènes des Ig différemment =>
c'est donc plutôt le nombre de lymphocyte qui définit le nombre de variant Ig plutôt que la taille du génome.

Recombinaison somatique des gènes des chaînes des Ig:

Les anticorps sont composés de chaînes de protéines lourdes et légères, chaque type contenant une partie constante (C) et une partie variable
(V). Les gènes codant ces chaînes légères ou lourdes se situent à différents endroits du génome. Les chaînes lourdes contiennent une partie
V,D (=diversité),G,C et les chaînes légères uniquement V,G,C (et L=leader, signal de sécrétion).

On parle de recombinaison V(D)J pour désigner de façon générale la recombinaison site spécifique conduisant à la diversification des
immunoglobulines

Activation des gènes des Ig : Les gènes des Ig sont inactifs avant la recombinaison, car le début du gène et le promoteur sont positionnés à une
trop grande distance de la fin du gène qui contient l'enhancer (séquence activatrice de la transcription).

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Pour être exprimés, les gènes des Ig doivent être recombinés->rapproche le promoteur et l'enhancer et les différents exons.

Utilisation de la recombinaison homologue en génie génétique :

-En général on va introduire un transgène dans le génome de la cellule hôte ce qui donne lieu à un OGM ou organisme transgénique.

-La transgenèse est centrale à l'approche de génétique inverse.

-Parfois le transgène s'intègre au hasard dans le génome de la cellule mais des fois il peut s'intégrer par recombinaison homologue à un
endroit précis, modifiant ainsi un gène de l'organisme.

Génétique inverse rappel : La génétique inverse définit les techniques qui permettent, à partir d'un gène ou fragment d'ADN, l'étude des
fonctions de ce gène et de ses produits, par opposition à la génétique classique dont le but est de localiser le gène responsable de l'altération
d'une fonction ou d’un caractère connu.

Inactivation d'un gène par recombinaison homologue :

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 Termes dans cette liste (15)
Les trois mécanismes de réparation de l'ADN :
1) Réparation pendant la réplication (proofreading)
2) Inversion de la mutation par systèmes de réparations spécifiques
3) Systèmes de réparation généraux
Inversion de la mutation par systèmes de réparation spécifiques :

Un photodimère mutagène résultant de l'action de la lumière UV en est un exemple. Il peut être réparé par une enzyme appelée CPD
photolyase. L'enzyme se fixe au photodimère et le scinde en deux pour redonner les bases d'origine. Ce mécanisme s'appelle la
photoréactivation car l'enzyme a besoin de cette même lumière pour fonctionner.

Systèmes de réparation généraux : (liste)

-Réparation par excision de base (BER)
- Réparation par excision de nucléotide (NER)
-Réparation des mésappariement (mismatch repair)
-Réponse SOS (réplication translésionnelle)
-Réparation de cassure double brins par réunion d'extrémités (non-homologues recombinaison)
-Réparation de cassure double brin par recombinaison homologue (homologues recombinaison)

Réparation par excision de base/BER : (ATCG) (surtout les lésions non volumineuses qui sont affectées) : Dans ce système, une base ou un
segment plus long d'une chaîne d'ADN est retiré et remplacé par un segment néosynthétisé complémentaire au brin opposé au brin matrice.
Dépend de l'homologie.

1) Cette réparation est effectuée par des ADN glycosylases qui excise/clive la liaison base-sucre/la base endommagée ou mal appariée, pour
donner une base apyrimidique (AP). Seule la base endommagée est enlevée la chaîne de ribosephosphate reste intacte.

2) AP endonucléase scinde la chaîne sucre-phosphate, puis une exonucléase enlève quelques nucléotides.

3) Une ADN polymérase incorpore des nucléotides manquants.

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4) Une ADN ligase relie la chaîne sucre-phosphate.

Réparation par excision de nucléotides/NER (un groupe phosphate + un sucre + une base azotée) :

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Système de réparation de lésions volumineuses de bases ou affectant plusieurs bases, dépendant de l'homologie.

Deux voies de reconnaissance NER chez les eucaryotes

1a) Reconnaissance de la lésion n'importe où dans le génome (GGR)

1b) Reconnaissance de la lésion en lien avec la transcription par des protéines différentes

2) Dans le cas 1b, les protéines CSA CSB permettent le relâchement de l'ARN polymérase et le recrutement d'un complexe multiprotéique au
niveau du site de la lésion.

4) Déroulement de l'ADN par une hélicase et stabilisation de l'ADN simple brin par RPA

5) Coupure du brin endommagé plusieurs nucléotides en amont et en aval du site lésé

6) Utilisation du brin non-endommagé comme matrice pour l'ADN polymérase puis ligase

=> ce mécanisme fait intervenir de nombreuses protéines, dont des protéines de réplication de l'ADN (RPA, PCNA, ADN polymérase, ligase) et
des protéines spécifiques

Réparation des mésappariement (mismatch repair) :

Répare les mésappariements après la réplication de l'ADN, dépendant de l'homologie.
1) Mésappariement reconnu par la protéine MutS
2) le mésappariement doit être corrigé sur le brin nouvellement synthétiser et pas sur le brin matrice
3) pour différencier les deux brins on utilise MutH qui est capable de reconnaitre le brin matrice de par la présence de méthylations. Ces
méthylations se font avec un temps de retard sur le brin nouvellement synthétisé
4) Le brin nouvellement synthétisé est excisé et remplacé entre la coupure et la paire de bases mal appariées
Méthylation de l'ADN:
Méthylation sur les cytosines chez les eucaryotes, adénine chez les bactéries. La méthylation protège notamment les procaryotes des éléments
génétiques mobiles tels que les bactériophages. La méthylation se fait avec un temps de retard sur le nouveau brin synthétisé
Réponse SOS et réparation translésionnelle :

Système de réparation mutagène permettant à la cellule de répliquer son ADN malgré de nombreuses lésions

1) lésion de l'ADN en aval (devant)

2) Poll III s'interrompt au niveau du site de lésion

3) La polymérase translésionnelle remplace Pol III

4) La polymérase translésionnelle continue la synthèse d'ADN

5) La polymérase translésionnelle se détache et Pol III reprend la synthèse

Avantages : la polymérase translésionnelle est très peu sensible aux imprécisions et n'a pas de proofreading elle a aussi une faible processivité
qui lui permet de se détacher rapidement=> pas d'activité exonucléase puisque pas de proofreading, donc elle ne doit pas rester trop
longtemps car elle peut rajouter des erreurs...

Réparation des cassures doubles brins :

Les réparations qui utilisent le brin parallèle comme matrice ne sont pas possible lors de cassures doubles brins, ces lésions sont réparées par
d'autres système, basés notamment sur la recombinaison homologue (HR) ou la jointure directe des deux molécules d'ADN alors non
homologues (NHEJ).

Fusion par NHEJ :

Mécanisme imprécis qui supprime souvent quelques bases au point de cassure et peut aussi fusionner des fragments d'ADN non-apparentés.

Recombinaison homologue : Elle est précise mais nécessite une copie intacte de la séquence lésée sur une autre molécule d'ADN. Elle est très
active après la réplication des chromosomes et avant la mitose, lorsque la cellule contient deux copies de chaque chromosome. La chromatide
homologue sert de guide pour la réparation du double brin endommagé.

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Elle joue aussi un rôle très important lors de la méiose en permettant les échanges entre chromosomes homologues par crossing over ou par
conversion génique => essentielle pour le réassortiment des allèles et l'apparition d'individus recombinants.

Recombinaison des cassures double brin par fusion (NHEJ):

Système indépendant de l'homologie, direct et souvent imprécis.

1) Cassure double brin (causées par radiations ionisantes et aussi chimio)

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2) reconnaissance des extrémités libres par le complexe protéique Ku70/Ku80 qui protège l'extrémité contre la dégradation et recrute des
exonucléases et des ligases.

3) Exonucléases égalisent les extrémités

4) Ligase joint les extrémités après égalisation

Conséquences : Perte de quelques nucléotides, peut se faire entre des ADN du même chromosome mais aussi de chromosomes différents=>
translocation

PEUT PROVOQUER DES MUTATIONS

Maladie humaines héréditaires et cancers causés par défauts de réparation de l'ADN :

Xeroderma pigmentosum => UV-induced skin cancer, (arrive si la recombinaison homologue est non fonctionnelle et qu'on doit utiliser une
réparation de cassure doubles brins, cela peut causer des jointures erronées de chromosomes/ aussi quand il y a une accumulation simultanée
de plusieurs cassures doubles-brins-> jointures erronées)

Des mutations dans les gènes codant pour de protéines de réparation causent diverses maladies humaines associées à une prédisposition au
cancer, vrai ou faux ? VRAI

Mutation des gènes et conséquences sur le phénotype chap 3, Termes dans cette liste (20)

Différents types d'altération du génome :

-Par transposition d'élément génétiques mobiles (les transposons chap 2)
-Par mutations ponctuelles
-Par des changements chromosomiques à plus large échelle

Qu'est-ce que c'est que des mutations ponctuelles ? Par quoi sont-elles provoquées ?

Les mutations ponctuelles correspondent à des changements de la séquence de l'ADN sur une ou quelques paires de bases. Elles sont
provoquées par la substitution, la délétion ou insertion de quelques bases. Elles sont généralement la conséquence d'erreurs durant la
réplication des chromosomes ou après avoir été exposé à des agents mutagènes.

Il y a 2 familles de mutations ponctuelles (définit au niveau de l'ADN) :

-les mutations Indel (insertion et délétion)
-Les substitutions de bases (transition et transversion)

Il y a 3 familles de mutations ponctuelles (définit au niveau des protéines) :

-Mutation non-sens: introduction précoce d'un codon stop, terminant la traduction et causant la formation d'une protéine tronquée.
-Mutation faux-sens: substitution d'un acide aminé pour un autre 1) conservative: garde la même charge +/- 2) non conservative: change de
charge
-Mutation silencieuse (ou synonyme): pas de changement sur la protéine

Transition et transversion

Transition : (2x plus fréquent qu'une transversion) changement d'une purine à une purine

(A->G) ou d'une pyrimidine à une pyrimidine (T->C)

Transversion : Changement d'une purine à une pyrimidine ou inversement (plus susceptible de modifier l'aa donc plus facilement éliminé)

Résumé des mutations :

Il n'y a pas que des mutations dans les régions codantes mais également dans des régions non-codantes :

Il y a des mutations dans des séquences régulatrices et des séquences non-codantes, ces régions ne codent pas directement pour la protéine
mais ils contiennent des sites d'ADN essentiels pour la liaison des protéines. Les conséquences de mutations à ces endroits sont assez
imprévisibles mais elles dépendent principalement du fait que cette mutation supprime ou crée un site de liaison. En générale ces mutations
influencent la quantité de produit exprimé ou en changent la réponse à certains signaux environnementaux. (ces mutations ne modifient pas la
structure de la protéine).

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Quelle est l'origine des mutations ?

1) la mutation se produit suite à un changement dans l'environnement. Elle est adaptative => Lamarckisme

2) la mutation se produit aléatoirement indépendamment de l'environnement. Elle peut ensuite être sélectionnée si elle apporte une valeur
adaptative. => Darwinisme

Mutations spontanées :

Elles apparaissent pendant la réplication à cause d'erreurs spontanées des ADN polymérases ou lors de lésion spontanées dues à la
dépurination ou la désaminations des bases.

D'où viennent les erreurs lors de la réplication d'ADN ?

De la tautomérisation des bases : chaque base existe sous différentes formes, les tautomères. La forme céto est normalement présente dans
l'ADN. L'appariement d'une forme imino ou énol cause un mésappariement.

Mutations induites

Le faible taux bases aux de mutations spontanées observé à cause d'erreurs des ADN polymérases, ou lors de lésions spontanées des bases
peut être augmenté par des agents chimiques ou physiques appelés mutagènes qui endommagent les bases.

La plupart des carcinogènes sont des mutagènes. L'apparition de mutations est appelée la mutagénèse.

3 étapes pour la mutagénèse (apparition de mutation) :

1) Altération de la structure de l'ADN
2) Réplication de l'ADN et mauvais appariement des bases
3) Séparation des chromatides durant la mitose et nouveau cycle de réplication

Exemple d'agents mutagènes

1) Agents alkylants et analogues de bases (ces agents modifient les bases et causent un appariement erroné dans l'ADN)
2) Agents intercalants (ces agents peuvent provoquer une insertion ou délétion d'une paire de bases lors de la réplication)
3) Agent physiques = radiations ionisantes et lumière UV (les dimères de thymidine provoquent un bloquage de la réplication et/ou des erreurs
des ADN polymérases)

La fixation des mutations se fait quand ?

Uniquement après la mitose, la plupart des mutations sont réparées avant fixation mais cette réparation n'est plus possible après la mitose.
Comment déterminer si un composé est mutagène ? (test d'Ames) :

Le principe de ce test repose sur différentes souches bactériennes de Salmonella typhimurium portant des mutations dans les gènes
nécessaires à la synthèse de l'histidine1. Ainsi, celles-ci sont donc auxotrophes pour l'histidine et requièrent par conséquent un apport
d'histidine pour se développer. Le test permet donc d'évaluer la facilité que possède une substance à induire une réversion de la souche
auxotrophe. Dans le cas d'une substance mutagène, on observe ainsi l'apparition de souche prototrophes, ne nécessitant plus d'histidine pour
croître mais d'un milieu minimum seulement.

Les souches de départ (His-) ont muté en souche (His+) sous l'effet de la substance mutagène. Ce phénomène est également appelé mutation
réverse.

La fréquence des révertants (his+) est proportionnelle à la mutagénicité et au type de mutations induits par le composé testé.

Conséquences des mutations sur le phénotype :

-les mutations conduisent le plus souvent à une perte de fonction de la protéine, ces mutations sont typiquement récessives mais dans certain
cas une concentration de protéine réduite de moitié n'est pas suffisant pour fonctionner normalement=> haplo-insuffisance (dominance
partielle)
-Plus rarement on peut observer un gain de fonction, ces mutations sont typiquement dominantes.

Conséquence des mutations

- Exemple du cancer : les cellules cancéreuses se caractérisent par un taux élevé de division et de métabolisme, une forme anormale et la
capacité à envahir les tissus avoisinants. Elles contiennent bcp de mutations dont l'effet est d'empêcher l'apoptose et promouvoir la
prolifération.

On peut classer les cellules cancéreuses en deux types différents :

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1) Mutations oncogènes= mutations dominantes gains de fonction (Fonctions de la protéine sauvage : induit l'avancée dans le cycle cellulaire
et inhibe l'apoptose)
2) Mutations dans gènes suppresseurs de tumeurs= mutations récessives perte de fonction (Fonctions de la protéine sauvage : Inhibe l'avancée
dans le cycle cellulaire, déclenche l'apoptose, déclenche la réparation de l'ADN)

Conséquences des mutations dans l’évolution :

-Les mutations créent la variation
-Les mutations non favorables sont éliminées par la sélection naturelle
-La reproduction permet les mélanges de mutations
-Au cours du temps les mutations les plus favorables ont plus de chances de survivre et de se reproduire
En conclusion :

Les éléments transposables, chap 2, Termes dans cette liste (21)

Comment se propagent-ils ? La transposition est rendue possible sous l'effet d'une enzyme, la transposase. Cette transposase coupe la chaîne
d'ADN, qui est ensuite réparée. Le déplacement qui en résulte peut-être simple (sans réplication du transposon) ou réplicative. Mais il ne s'agit
pas d'un réplicon et ne peut donc pas se multiplier de manière autonome
Que sont les transposons ? Quel est leur % dans notre génome ? Ce sont des éléments génétiques mobiles, ils ont la capacité de se déplacer
dans le génome par une forme de recombinaison génétique souvent en se multipliant. Ils sont aussi connus sous le nom de "selfish DNA" car
on ne connait pas leur fonction.

Ce sont des séquences d'ADN capables de se déplacer de manière autonome dans un génome, par un mécanisme appelé transposition. Ils
représentent 50% du génome humain.

Deux modes de propagation :

Classe 1: ils sont dupliqués à partir d'une copie initiale et vont s'insérer dans un ADN cible. Résultat: la copie initiale reste et une nouvelle copie
est ajoutée ailleurs => ce sont des élément à ARN qui font "copier-coller"

Classe 2 : ils sont excisés de l'ADN de base (donneur) et vont se réintroduire dans un ADN cible. Résultat: le nombre de copie reste le même =>
ce sont des éléments à ADN qui font "couper coller"

Quelles étaient les premières observations de Barbara McClintock ?

1) caryotypes d'une souche de maïs montrant une rupture fréquente du chromosome 9

2) découverte d'un allèle dominant, Ds (dissociator), associé avec la rupture du chromosome

3) découverte d'un allèle dominant d'un élément génétique non lié, Ac (activator), nécessaire pour l'activité de Ds

4) difficulté de cartographier Ac, car parfois dans des souches différentes

5) soupçons qu'il s'agisse d'un élément génétique mobile !!

Que se passe-t-il si Ds s'insère dans le gène C ? (qui donne la couleur violette)

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Le gène Ds inactive C qui devient c. Si Ac se trouve quelque part dans le génome alors il pourra activer Ds qui va quitter c, en le réactivant en C.
On observe donc des grains jaunes(c) avec des taches violettes (C)
Eléments autonomes et non-autonomes

Certains sont autonomes (Transposons a ADN, codant une enzyme, la transposase, permettant son propre transfert après réplication) et
d'autres non autonomes, devant utiliser la machinerie des éléments autonomes (MITEs: sont de courtes séquences bordées par des séquences
inversées répétées. Elles sont incapables de produire une machinerie de transposition fonctionnelle, et transposent par l'intermédiaire des
transposases issues d'une famille autonome d'éléments de classe II.

Autonome = code pour la transposase et peut se déplacer tout seul

Non-autonome = ne code pas pour la transposase et ne peut pas se déplacer tout seul

Structure des éléments génétiques mobiles

Les éléments transposables les plus simples s'appellent séquences d'insertion (SI ou IS). Une SI est un simple gène qui code la transposase
(enzyme effectuant la transposition) ; ce gène est encadré par des séquences de nucléotides inversement répétées qui marquent les
extrémités de la SI et qui permettent à la transposase de les reconnaître comme telles. La partie interne contient souvent des gènes, par
exemple un ou plusieurs gènes de résistance à un antibiotique, résistance aux métaux lourds, production de toxine, protéines de structure...

Mécanisme de transposition ( de Ac et Ds )
1) La transposase va se lier aux extrémités répétées des transposons
2) Elles vont couper les séquences et recoller ensemble des deux bouts d'ADN, provoque la recombinaison de doubles hélices d'ADN
3) La transposase et le transposon s'excisent de l'ADN et partent en direction d'un ADN cible pour s'y introduire.

C'est une transposition conservative car non-réplicative

Que se passe-t-il une fois que le transposon est inséré dans l'ADN cible ? Il induit une séquence répétée direct:
Deux types de transposons procaryotes (virus):
1) Transposon composite: ils contiennent différents gènes situés entre deux éléments IS (code pour la transposase) quasiment identiques
orientés en sens inverse, ce qui forme une répétition inverse (IR)
2) Transposon simple: Eux ne codent pas pour la transposase dans les séquences répétées inverse. Leur mobilité ne dépend donc pas d’une
association avec des éléments IS. Ils produisent la transposase dans la région située entre les séquences répétées inverse

Qu'est-ce qu'un élément de séquence d'insertion ? (IS) Ce sont des fragments d'ADN bactérien capables de se déplacer d'un endroit à l'autre
sur un chromosome ou sur un autre chromosome. Ils codent uniquement les protéines nécessaires à leur déplacement. Lorsque qu'ils
s'intègrent au milieu d'un gène, ils interrompent la séquence et inactivent l'expression du gène.

Plasmide R : un plasmide est une molécule d'ADN distincte de l'ADN chromosomique, capable de réplication autonome et non essentielle à la
survie de la cellule.
Les plasmides participent aux transferts horizontaux de gènes, donc entre espèces et populations différentes.
Les plasmides de résistance, appelés aussi plasmides ou facteurs R, codent des résistances aux antibiotiques et aux métaux lourds car ils
portent les transposons qui sont responsables de cette résistance. Ils sont apparentés au plasmide F.

Transposition conservative vs réplicative

L'excision à partir de la position initiale se fait de deux manières, réplicatif ou conservatif.

Réplicatif : l'élément transposable est répliqué au cours de la transposition et à la fin une copie sera dans le nouveau site et la séquence
originale sera tjr à sa place "copier-coller"

Conservatif : Il n'y a pas de réplication et la séquence transposable est excisé et intégrée ailleurs "couper-coller"

Les éléments transposables chez les eucaryotes :

Classe 1 : Les rétrotransposons appartiennent à la grande famille des éléments transposables (éléments de Classe I à intermédiaire ARN). Ils
correspondent à des séquences d'ADN endogènes capables de se déplacer et surtout de se multiplier dans le génome de l'hôte, donnant
naissance à des séquences répétées dispersées. Ils se différencient des transposons (Classe II des éléments transposables) par leur
intermédiaire à ARN (et non ADN). Le préfixe « rétro » se justifie par le fait que l'ARN des rétrotransposons est transcrit en ADN grâce à la
transcriptase inverse, à l'inverse du schéma général. Il fonction sur le fonctionnement de copier-coller

Classe 2: les transposons d'ADN, ces éléments à ADN sont dits de classe II. Les éléments de classe II, ou transposons, transposent sur le mode
du « couper-coller » ou "copier-coller".

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Insertion d'un rétrotransposon (classe I/élément à ARN) :
1) transcription en ARN
2) copie de l'ARN en ADN par une transcriptase inverse
3) intégration de l'ADN dans le génome par une intégrase (endonucléase qui fonctionne comme une transposase, en coupant l'ADN cible)

Utilisation des transposons pour la recherche

En génétique classique, pour créer des mutants et chercher des phénotypes d'intérêt.

En génétique inverse, pour intégrer des gènes dans le génome.

Mode de propagation du rétrovirus : comment démontrer la présence d'un ARN intermédiaire ?

1) on choisit un élément sur le plasmide et on lui rajoute un intron d'un autre gène, dans la région codante ainsi qu'un promoteur à l'extérieur
2) Ensuite il y a un transcrit primaire et cet ARN va subir un épissage car on lui a ajouté un intron.
3) Cet ARNm va subir une transcription inverse pour devenir ADN et va être inséré dans un lieu cible.

La preuve qu'on a bien eu un ARN intermédiaire c'est le dans le produit final on ne retrouve pas les modifications qu'on avait ajoutées, comme
seulement les ARN subissent des épissages il n'est donc pas possible qu'on se soit débarrassé de notre intro s'il avait été sur de l'ADN. Pour un
transposon à ADN on ne touche pas à la séquence !!!

Parallèles entre rétrovirus et rétrotransposons:

Les deux portent des

- LTR (long terminal repeats)

- gag (gène codant pour une protéine nécessaire à la maturation d'ARN)

- pol (gène codant pour la transcriptase inverse/intégrase)

- env (gène codant pour la protéine structurale de l'enveloppe virale)

Transposons dans le génome humain:

Où se trouvent les éléments génétiques mobiles? La plupart du temps ils sont dans l'hétérochromatine du génome ne contenant pas de gènes
ou bien dans les introns des gènes. Les rares cas où il est dans les gènes sont dans le gène du cancer du sein et du facteur de coagulation qui
cause l'hémophilie. (ce phénomène s'explique par la sélection darwinienne et une intégration ciblée de certains éléments génétiques mobiles).

Structure des génomes et génomique chap 1, Termes dans cette liste (26)

À quoi sert l’ADN polymérase ? L'ADN polymérase est l'élément essentiel du processus de réplication de l'ADN, au cours duquel une molécule
d'ADN à double brin est copiée en deux molécules d'ADN identiques. L'ADN polymérase "lit" les brins d'ADN existants pour créer deux
nouveaux brins qui correspondent à ceux existants.
L'ADN polymérase est aussi utilisé pour isoler et amplifier des régions spécifiques d'ADN.

Les outils qui permettent de manipuler l'ADN sont :

1) des enzymes initialement isolées à partir de cellules:

-ADN polymérase
-enzyme de digestion = endonucléase qui coupe l'ADN
-ligase
2) On peut aussi utiliser des brins complémentaires, c'est: l'hybridation
3) les bactéries sont utilisées comme hôtes pour amplifier après transformation des fragments d'ADN insérés dans un vecteur capable de se
répliquer

L’amplification d'ADN peut se passer de deux manières différentes :

1) In vitro, dans un tube à essai

2) In vivo, dans des cellules bactériennes vivantes

Comment se déroule l'approche in vivo ?

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1) On a un échantillon de molécule d'ADN contenant le gène d'intérêt = ADN donneur
2) on insère des fragment de l'ADN donneur dans un plasmide ou virus bactérien modifié, ils vont porter et amplifier le gène d'intérêt = vecteur
3)les molécule d'ADN donneur sont d'abord coupé par des endonucléases de restriction
4) ensuite chaque fragment et fusionné avec un chromosome vecteur = forment des molécules d'ADN recombinant
5) les ADN recombinants sont insérés dans les cellules bactériennes = tout ça est répliqué lors de la division cell.
6) ce processus mène à la formation d'un clone
=cette technique s'appelle clonage de l'ADN

Comment se déroule l'approche in vitro ? cette approche s'appelle PCR (polymérase chain réaction)
Chaque cycle de PCR est constitué de trois étapes : une dénaturation de l'ADN par chauffage pour séparer les deux brins qui le composent, une
hybridation des amorces aux extrémités de la séquence recherchée, puis une élongation grâce à l'action d'une ADN polymérase

Qu’est-ce que c'est que les enzymes de restriction ? endonucléases, purifiées a partir de bactéries, sert de défense contre l'ADN étranger

Cartographie physiques définition. Cartes physiques : distance réelle (Kb, Mb), à partir de fragments d'ADN. Résolution habituellement élevée.

Cartographie génétique définition. Cartes génétiques : s'appuie sur la recombinaison durant la méiose. Distance "statistique" (pas physique,
pas neutre) . Plus généralement, c'est la détermination de la position d'un locus (gène ou marqueur génétique) sur un chromosome en
fonction du taux de recombinaison génétique.

Avec quelle technique sépare-t-on les fragments de restriction ? par électrophorèse.

Étapes du clonage moléculaire (in vivo)

1) digestion -> le vecteur et l'ADN qu'on veut cloner sont digérés par des enzymes de restriction, les extrémités collantes complémentaire du
vecteur et de l'ADN peuvent être collés par hybridation
2) ligation -> puis ils sont fusionnés par une ligase (enzyme), il en résulte une molécule d'ADN recombinant
3) le plasmide obtenu est transformé dans des cellule d'E. coli par exemple
4) en olus du fragment d'intérêt, le plasmide doit contenir une origine de réplication et un gène de résistance à un antibio
5) pour retrouver les cellules modifiées avec le plasmide ont les met dans un milieu avec cet antibio et les cellules qui survivent ont forcément
le plasmide-> ils vont faire des colonies de clones

De quoi est constituée une banque génomique ? des séquences génomiques ou des séquences d'ADN complémentaire synthétisé à partir
d'ARNm.

Comment se déroule le séquençage de Sanger ? (Traditionnel WGS)

1) on dénature un double brin d'ADN pour obtenir un simple brin et on lui attache une amorce marquée
2) ensuite dans des milieux séparés on va mettre notre simple brin en contact avec des nucléotides normaux et des A didéoxy, qui vont stopper
la réplication. on va obtenir des fragments de différentes tailles. on fait ça pour chacun des nucléotides.
3) ensuite on fait une électrophorèse et chaque endroit où à migré un fragment du mélange A correspond à un nucléotide A sur le brin
complémentaire, donc a un T sur le brin d'origine.
= cela permet de définir l'ordre des nucléotides sur le brin d'origine !!

WGS nouvelle génération-méthode illumina :

-Le NGS repose sur la génération massive de données de séquences obtenues par des cycles successifs d'incorporation de nucléotides, et ainsi
l'émission de signaux qui sont ensuite convertis en information de séquence.
-le taux d'erreur est de moins de 1%
-mais il y a une grande difficulté à assembler les millions de courtes séquences en qqc de cohérent. Ces fragments plus grands sont appelés
contigs et ils laissent souvent des brèches de séquences inconnues.
-il faut avoir recoure à d'autres méthodes complémentaires, comme le séquençage des deux extrémités de longs fragments = "lecture
d'extrémités appariées" et elle permet de continuer l'assemblage des contigs en scaffolds et de combler les brèches.

Organisation des gènes eucaryotes- comment s'appelle les protéines régulatrices qui lient les séquences non-codantes et contrôlent leur
transcription ? les facteurs de transcription.

De nombreuses protéines se lient à des sites présents sur l'ADN lui-même tandis que d'autres protéines et des ARN se lient sur des sites
présents sur l'ARNm, vrai ou faux, vrai

Comment identifier les gènes dans le génome ?

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1) par preuve expérimentale : on isole l'ARNm et on trouve son ADN complémentaire par TRANSCRIPTASE INVERSE (enzyme qui synthétise de
l'ADN à partir de l'ARNm)
2) Par prédiction informatique

Dans le génome 50-75% est composé de séquences uniques et le reste de séquences répétées, quels sont les deux types de séquences
répétées ?

1) séquences répétées dispersées dans le génome et intercalées entre des séquences uniques. Certaines sont mobiles car elles peuvent se
déplacer ou se recopier dans le génome
2) éléments répétés en tandem appelés VNTR ou séquences satellites. Elles peuvent gagner ou perdre des copies au cours des générations,
certaines d'entre elles ont un rôle dans la structure des centromères et des télomères

Les séquences répétées font partie de l'hétérochromatine ou de l'euchromatine ? de l'hétérochromatine (souvent) et ne sont donc pas
transcrites en ARNm.

Éléments répétés en tandem:

-ADN satellite (forme d'hétérochromatine surtout au centromère)

-ADN minisatellite (local. diverse, surtout proche des télomères)
-ADN microsatellite (local, diverse, dispersé dans le génome)

Séquences répétées dispersées :

-SINE (courts éléments dispersés)

-LINE (longs éléments dispersés)

Les comparaisons de séquences informent des liens de parenté entre organismes et de l'évolution des génomes vrai ou faux, vrai.

Les globines sont:

-des protéines qui servent au stockage et transport d'oxygène

-elles forment une famille de protéines qui partagent un ancêtre commun
-les gènes codant pour les globines forment deux clusters sur deux chromosomes distincts

Homologue définition : gènes provenant d'un ancêtre commun.

Orthologue définition : gènes homologues qui ont divergé après un événement de spéciation.

Paralogue définition : gènes homologues qui ont divergé après un phénomène de duplication génique.

Analogue définition : gènes remplissant la même fonction, mais sans origine évolutive commune.

Réparation du génome, Termes dans cette liste (56)

Mécanisme de réparation par les ADN polymérases ? proofreading.

Que se passe-t-il lorsqu'il y a un mauvais appariement durant la réplication ? Quel domaine est utilisé pour l'excision ? Inversion du sens de la
polymérase : 3'->5'

Domaine exonucléolytique => coupe base erronée

Que font les systèmes de réparations spécifiques ? Inversion de la mutation

Quels sont les deux exemples étudiés pour les systèmes spécifiques ? Photo-réactivation : utilisation de la photolyase. Alkytransférase : retrait
des alkyls ajoutés.

Comment est résolu un dimère de pyrimidine ? Par l'action de la photolyase qui est activée par la lumière => scinde les dimères de pyrimidines
=> restauration.

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Chez quel individu trouve-t-on la photolyase ? Les individus faisant de la photosynthèse, plantes, certains champignons l'ont aussi. Mais aussi
chez certains animaux mais pas les mammifères placentaires.

Quelle condition ne permet pas l'activité de la photolyase ? En absence de lumière la photolyase ne peut pas être activée.

Quelle base est la plus propice à être alkylée ? L’oxygène du carbonyle d'une guanosine.

Quelle enzyme retire les alkyls ? Une alkyl-transférase.

Est-ce la BER permet la résolution des dimères de pyrimidines ? Non trop grand pour être pris en charge.

Quel est le mécanisme le plus utilisé après le proofreading et quel est son spectre d'application ? Le mécanisme par exclusion de base limité à
une base. Alkylation, ou désamination par exemple.

Que fait l'ADN glycosylase ? C'est une enzyme qui permet de couper la base endommagée => base apurinique ou apyrimidique (AP) (attention
ce n'est pas une endonucléase ni exonucléase car elle ne coupe une liaison phosphodiester).

Quel est le nom et le rôle de l'endonucléase fonctionnant après l'ADN glycosylase ? L'AP endonucléase, elle scinde la chaine sucre phosphate
au niveau du site AP.

Quelle est la dernière étape avant de pouvoir incorporer les nucléotides manquants ? (BER)

Une exonucléase (dRPase) enlève quelques nucléotides dans la région dRpase est une ? Une exonucléase utile dans le mécanisme de
réparation BER.

Quelle est la dernière enzyme intervenant dans la réparation par excision de base ? La ligase.

Quand est-ce que la réparation par excision de nucléotides NER est utilisée ? Lorsque la lésion est plus volumineuse, sur plusieurs bases. Ex:
dimère de pyrimidine .

Est-ce une endonucléase ou une exonucléase qui coupe le brin endommagé chez NER ? Une endonucléase.

Quelles sont les deux voies de reconnaissances de NER ? Réparation génomique globale GGR. NER couplée à la transcription.

Que fait XPC ? Elle reconnait les distorsions de l'hélice causé par des dimères de pyrimidines par exemple.

Quel évènement initie la voie NER couplée à la transcription ? Activation lorsque l'ARN polymérase est bloquée par une lésion.

Les protéines CSA et CSB vont reconnaître la polymérase immobilisée. Pourquoi NER couplée à la transcription est plus rapide dans la
correction ? Car NER couplée à la réplication est spécifique aux régions transcrites.

Les protéines de reconnaissance XPC servent à quelle voie de reconnaissance et quelle est l'origine du nom de XPC ? GGR, réparation
génomique globale. La maladie : Xeroderma pigmentosum .

CSA et CSB servent à quelle voie de reconnaissance et quelle est l'origine de leur nom ? NER couplée à la transcription. Syndrome de Cockayne.

À quel moment la voie GGR et la NER couplée à la transcription se rejoigne d'un point de vue du mécanisme de réparation ? Dans les deux
voies la reconnaissance induit l'arrivée de TFIIH.
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Quel est le type de mutation de la voie NER ? mutations récessives (maladies très rares).

MutS (E.coli) reconnait ? le mésappariement qui provoque une légère distorsion .

Comment la distinction entre le brin parental et le néosynthétisé ? Le brin parental est méthylé alors que le néosynthétisé ne l'est pas encore.

MutH (e.coli) reconnait ? Le brin parental afin d'induire la coupure/excision de la mauvaise base sur le brin fils.

Quelle base méthylée est reconnue chez les eucaryotes ? Cytosines.

Quelle base méthylée est couramment reconnu chez les procaryotes ? Adénines.

Quelle est la limite mismatch repair ? dès que le brin fils est méthylé la distinction ne peut plus se faire.

Quand est-ce que la réparation translésionnelle survient quel est l'évènement déclencheur ? Lorsque des erreurs ne peuvent être réparées ou
lorsque les lésions sont trop volumineuses. => en dernier ressort car potentiellement mutagène

Initiation : polymérase bloquée. Que se passe-t-il avec le reste de la double hélice lorsque l'ADN polymérase est bloquée ? Elle continue d'être
déroulée par les hélicases, les segments monocaténaires sont stabilités par des protéines RecA (bactéries).

Quelles sont les particularités de la polymérase translésionnelle ? Tolère des composés plus volumineux que les bases normales. Absence de
proofreading = faible précision => mésappariements => mutagénique.

Pourquoi les radiations ionisantes sont-elles utilisées en chimiothérapie ? Car elles font des coupures double brin et comme la division des
cellules cancéreuse est trop rapide elle ne laisse pas le temps à la réparation de des cellules => apoptose des cellules cancéreuses.

NHEJ rejoint uniquement les sites de cassure du même brin et c'est un mécanisme imprécis. Qu'est-ce qui est vrai ou faux ? Imprécis oui mais
les cassures doubles brins corrigées par NHEL peuvent conduire à de la translocation chromosomique.

La recombinaison homologue est limitée à un certain stade cellulaire, le quel et pourquoi ? à la phase G2 (après S) car il y a encore les
chromatides sœurs pouvant servir de template.

La dégradation de 5' en 3' est initiée par une endonucléase ? V ou F, Non par une exonucléase 5'-3' qui retire quelque base pour équilibrer la
coupure.

Quelle est l'étape suivant l'égalisation des extrémités ? Invasion par l'extrémité 3' d'un des brins tronqués à la recherche d'homologie dans la
chromatine sœur. Ouverture de la double hélice de la chromatine sœur.

Pourquoi la réparation par recombinaison homologue est-elle fidèle ? Parce qu'elle utilise comme chablon/matrice, la chromatine sœur.

C'est quoi la jonction de Holliday ? La jonction mobile entre les 4 brins d'ADN. Il y en a qu'une contrairement à la méiose où deux jonctions de
Holliday permettent des crossing-over.

Par quoi est formée la boucle D ? La boucle D est formée par le chromatide sœur lors de l'invasion du brin.

Quel type d'enzyme est utilisé à la fin de certains mécanismes de réparation ? ligase.

Que signifie NHEJ et sa traduction ? Non-homologues end-joining = réparation par fusion.

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Quand est-ce que la réparation par fusion est-elle utilisée ? En phase post-mitotiques des cellules qui sont différenciées et qui ne se répliquent
plus (G0). En absence de la 2ème chromatide sœur.

La reconnaissance de la cassure se fait à l'aide d'un trimère, Ku70, Ku80 et Ku 90 ? V ou F ? Non, par le dimère Ku70/Ku80.

Quelle est la fonction du dimère Ku70 et Ku80 ? Protection des extrémités contre une dégradation non-contrôlée et elle recrute deux
enzymes :

- une exonucléase => égalisation des extrémités

- une ligase (IV)

Quelles sont les deux enzymes recrutées par le dimère Ku70 et Ku80 ?

- une exonucléase => égalisation des extrémités

- une ligase (IV) => joindre les brins coupés

Pourquoi dit-on NHEJ est un mécanisme mutagénique ? Car cette réparation s'accompagne souvent d'une délétion de quelques nucléotides =>
changement du cadre de lecture ou autre.

Que ne vérifie pas NHEJ ? Ne contrôlent pas les extrémités qui sont reliées. S’il y a plusieurs coupures doubles brins, les différents segments
peuvent être reliés => translocations chromosomiques possibles.

Quel est l'implication des dysfonctionnements dans les voies de réparations et les cancers ? Engendre l'accumulation de mutations dans les
cellules qui elles pourront conduire à des cancers.

Quels sont les deux mécanismes de réparation mutagène ? La réparation translésionnelle. La NHEJ.

Quels sont les mécanismes n'utilisant pas la complémentarité du second brin ? La recombinaison homologue et NHEJ.

Quel mécanisme peut conduire à une translocation chromosomique ? NHEJ.

Quels sont les mécanismes utilisant la complémentarité du second brin ?

BER
NER
Mismatch repair

Recombinaison homologue, Termes dans cette liste (39), Créée par ffaabbiieenn

Fonctions des chiasmes ? à l'origine de la variation génétique. Indispensable pour la bonne orientation des chromosomes lors de la division =>
bonne ségrégation. Point de contact entre les homologues

Absence de chiasmes => ? Risque d’aneuploïdie.

Quelle protéine initie les crossing-over et comment ? Spo11.

Quelle est la première étape après la rupture induite par Spo11 ? Une exonucléase 5'-3' égalise les extrémités => laisse des simples brins non-
appariés.

Que fait Rad51 ? se lie sur les séquences simples brins et induit l'invasion du brin à la recherche d'homologie sur le chromosome homologue.
Pas sur le chromatide sœur comme pour la réparation

Quelle est la différence entre la réparation des cassures doubles brins et la recombinaison méiotique ? Il y a formation d'un double jonction
Halliday ce qui n'est pas le cas pour la réparation.

Quelle résolution de la double jonction n'a abouti pas à un crossing-over ? Résolution par 4 coupures, deux fois deux coupures sur le même
brin.

Quelle résolution de la double jonction de Holliday aboutit à la formation de crossing-overs ? Résolution par 4 coupures, une coupure par brin.

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Qu'il y ait crossing-over ou pas que peut-il d'avoir de plus ? De la conversion génique selon si l'individu est hétérozygote ou homozygote au
niveau des séquences entre les deux jonctions.

De quoi provient la conversion génique ? De la formation d'un hétéroduplex entre des allèles distincts couplés à la réparation de cet
hétéroduplex.

Quelles sont les issues possibles lors de la réparation d'hétéroduplex ? (Réparation aléatoire) Il peut y avoir un transfert d'un allèle à l'autre
chromosome, un échange d'allèle, ou ni l'un ni l'autre.

Pourquoi il y a autant de possibilités de réparation ? Impossible de faire la distinction entre le brin d'origine et le brin intégré par
recombinaison. CAR cette réparation ne se fait pas après la réplication, ne peut donc pas utiliser les mêmes mécanismes que pour la
réparation d'un mismatch repair.

Quelle est le cas de réparation ayant la plus grande probabilité de survenir ? Le brin d'origine est choisi que dans un des chromosomes
homologues => un allèle est dupliqué tandis que l'autre a été "éliminé" => 50% du temps

Un rapport que 4 : 4 dans un asque alors qu'il y ait eu la formation d'un hétéroduplex s'explique comment ? Par la réparation de l'hétéroduplex
à partir de de l'allèle d'origine avant la mitose surnuméraire. => restauration de deux allèles d'origine

Un rapport que 6 : 2 dans un asque s'explique comment ? Réparation d'un seul hétéroduplex sur les deux à partir de l'allèle d'origine,
réparation avant la mitose surnuméraire.

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Autrement dit un des hétéroduplex est réparé avec l'autre allèle

=> 1 restauration de l'allèle d'origine

=> 1 transfert de l'allèle

Quels sont les rapports observés s’il y a réparation avant la mitose surnuméraire ?

4:4
6 : 2 ou 2 : 6

Le rapport 5 : 3 s'explique par ? L'absence de la réparation d'un des hétéroduplex avant la mitose surnuméraire. Le mésappariement est gardé
et chaque brin se matrice lors de la mitose surnuméraire

Qu'est-ce qui limite le nombre d'anticorps ? Le nombre de lymphocyte produit plutôt que la taille du génome. Chaque lymphocyte est différent
en raison de la recombinaison somatique.

Quelles sont les composantes des chaines légères et lesquelles ont le plus de région codante ? Centaines de régions codantes pour la région
variable. Plusieurs régions codantes pour la jonction. Une unique région codante pour la région constante.

Pour les chaines légères, la recombinaison se fait entre ? Entre V(L) et J par un simple "crossing-over".

Quel est le produit de la recombinaison somatique ? Un chromosome recombinant plus court + un recombinant circulaire qui sera perdu lors
des prochaines divisions car pas de centromère.

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À quel moment se fait le "choix" de quel exemplaire est gardé pour la protéine finale ? Lors de l’épissage.

L'ARNm épissé des chaines légères contient au final un unique exon codant pour la partie variable. Un unique exon codant pour la partie de
jonction. Une région constante (elle existe en un unique exemplaire de base). De plus un signal de sécrétion est gardé puis éliminé après la
traduction.

Qu'est-ce qui distingue la chaine lourde des chaines légères ? La présence d'un supplémentaire D pour diversité.

Entre quel segment prend lieu la première recombinaison des chaines lourdes ? Recombinaison D-J

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Entre quel segment prend lieu la seconde recombinaison des chaines lourdes ? Recombinaison V-D

Quel segment est le plus apical dans une Ig ? La partie variable.

Qu'est-ce qu’une région hypervariable ? Région issue de la recombinaison qui imprécise dans le sens qu'elle retire ou ajoute de manières
aléatoires quelques bases.

Quels sont les autres facteurs qui participent à la diversité des Ig autres que la recombinaison ?

1. La recombinaison imprécise qui ajoute ou qui retire quelques bases de manière aléatoire

2. La combinaison des deux chaines légères et lourdes comme leurs recombinaisons sont indépendantes

Comme désigne-t-on la recombinaison site-spécifique conduisant à la diversification des Ig ? Recombinaison V(D)J. D entre () car ne s'applique
uniquement.

La recombinaison homologue est aussi utilisée en génétique classique, V ou F ? Faux, en génétique inverse utilisation de la recombinaison pour
insérer un transgène dans une cellule hôte. => OGM. On peut par recombinaison inactiver un gène d'intérêt pour voir s’il donne un phénotype
particulier.

Comment construit-on un vecteur de notre gène d'intérêt et que contient-il ? Obtention par clonage moléculaire, le vecteur contient le gène
d'intérêt et un marqueur du type gène résistance à la néomycine afin de sélectionner les cellules ayant obtenus le transgène ?

Dans quel but doit-on insérer un deuxième marqueur ? L’insertion du transgène peut se faire aléatoirement => inactive pas le gène d'intérêt.
Le deuxième marqueur est placé à l'extrémité du vecteur

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=> si le vecteur est inséré par recombinaison homologue alors la deuxième marque n'est pas recombiné

=> si insertion aléatoire = marqueur conservé

Dans quelle mesure CRSPR/cas 9 peut nous être utile pour l'inactivation de gènes ? CRISP/Cas 9 induit des coupures doubles brins. => facilite la
recombinaison à condition que l'on apporte de l'ADN avec des régions homologues.

Qu'est-ce une souris chimérique ? Une souris possédant un mélange de deux génotypes :

1 issu de la fécondation
1 issu des cellules de la souche transgénique

Est-ce que l'insertion d'une souche transgénique est toujours un succès dans le but d'obtenir des mutants homozygotes ? Non car les cellules
souches ne contribuent pas tjr à la lignée germinale chez une souris chimérique

Combien de croisement pour obtenir une souris mutante homozygote ? 2.

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Que permet le premier croisement ? L'obtention d'individu mutant hétérozygote.

Que permet le second croisement ? Croisement entre les souris hétérozygotes portant l'allèle mutant => homozygotes mutants.

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