Cours d’oncogénétique 1

Définition du cancer :
La prolifération cellulaire est un processus soigneusement contrôlé qui répond à des
besoins particuliers de l’organisme. Chez le jeune animal, la multiplication cellulaire
excède la mort cellulaire de façon à ce que la taille de l’individu s’accroit. Par contre,
chez l’adulte, la mort cellulaire induit la naissance de nouvelles cellules ce qui donne
un état stationnaire et dynamique.
Il est exceptionnel que le mécanisme qui contrôle la multiplication cellulaire soit
détérioré. Dans ce cas, la cellule prend du volume et se divise bien que l’organisme
n’ait besoin de renouveler aucune cellule de ce type.
Il suffit que cette prolifération incontrôlée et une autonomie de croissance soit
transmise aux descendants de cette cellule pour qu’un clone de cellules immortelles
apparaisse. Ce dernier finit par former un nodule nommée tumeur qui peut détruire
l’organisme qui l’héberge.
Les tumeurs sont classées selon le tissu et le type cellulaires dont ils proviennent :
• Les carcinomes : ce sont des tumeurs issues de cellules épithéliales.
• Les sarcomes : ce sont des tumeurs qui proviennent des tissus conjonctifs ou
des cellules musculaires.
• Les tumeurs ne faisant pas partie de ces deux catégories comprennent les
différentes leucémies et les tumeurs qui dérivent des cellules du système
nerveux, ex : neuroblastome.
La tumeur est dite bénigne que si ses cellules néoplasiques restent regroupées en une
masse unique et l’ablation chirurgicale de la masse conduit, habituellement, à une
guérison complète.
La tumeur est dite maligne si ces cellules ont la capacité d’envahir le tissu
environnant, l’invasion implique généralement une capacité de s’échapper de
pénétrer dans le sang ou vaisseaux lymphatiques et de former des tumeurs
secondaires ou métastases dans d’autres régions du corps (plus les métastases se
répandent plus il est difficile d’éradiquer un cancer).
L’apparition de tumeur n’a pas un profil unique puisqu’il a été estimé qu’il faudrait
environ un certain nombre évènements aléatoires indépendants, chacun de faible
probabilité, afin de transformer une cellule normale en une cellule cancéreuse.
Le mécanisme de base des tumeurs résulte d’une modification touchant l’ADN de
certaines cellules le plus souvent est celui des cellules somatiques d’où le caractère
 Cours d’oncogénétique 2

sporadique du cancer, ou alors des cellules germinales d’où le caractère héréditaire

du cancer.
La plus grande majorité des anomalies génétiques dans le cancer sont somatiques et
trouvées seulement dans les individus atteints. Seul 1% à 10% des cas de cancers sont
la conséquence d’une mutation germinale au niveau des gènes de susceptibilité aux
tumeurs.
Travaux d’A.G Knudson (USA) :
À partir d’une étude épidémiologique du rétinoblastome et d’une analyse statistique
classique, Knudson avait proposé, en 1971 la théorie du double évènement
mutationnel appelée en anglais « Two hit theory » qui est à la base de l’étude de la
plupart des cancers héréditaires (Knudson, 1971). Cette théorie a été confirmée par
le clonage du gène RB1 en 1986. Responsable du rétinoblastome chez l’enfant.

Kundson’s two-hit hypothesis for tumorigenesis.

La perte d’hétérozygotie (Loss of heterozygosity, LOH):

La cancérogénèse dans le cas des cancers héréditaires impliquerait la perte de
l’hétérozygotie appelée en anglais (LOH) qui est le résultat d’une recombinaison ou
une délétion somatique. La plupart des cas de cancer du sein sont sporadiques.
 Cours d’oncogénétique 3

Cependant, il existe une proportion qui varie entre 1 à 10% considérée comme
héréditaire.
Ces données sur les cancers héréditaires, en général, ont été exploitées par plusieurs
groupes de chercheurs afin de cloner :
• Le gène APC responsable de la FAP (Familial adenomatous polyposis) :
premier gène cloné, il contrôle l’homéostasie tissulaire au niveau du colon
avec pénétrance 100%, gène ancien, retrouvé chez la drosophile impliquée
dans les voies Wnt/Smad4.
• Les gènes BRCA1 et BRCA2 responsables du cancer héréditaire du sein/ovaire.
• Le gène TP53 responsable du syndrome de Li-Fraumemi (Baker et al, 1989).
Les gènes de prédisposition au cancer CPG :
Au cours d’une vie, il se produit à peu près 106 divisions cellulaire dans le corps humain
ou chaque gène a environ 10-10 de chances de porter une mutation, sans compter les
risques causés par l’environnement. Il est évident qu’une seule mutation n’est pas
suffisante pour transformer une cellule saine en une cellule cancéreuse, capable de
proliférer sans limite en altérant ainsi les gènes clés qui régulent la prolifération
cellulaire.
On peut distinguer cinq types de protéines impliquées dans cette régulation :
• Les facteurs de croissance.
• Les récepteurs de ces facteurs.
• Les facteurs de transduction intracellulaire des signaux.
• Les facteurs de transcription nucléaire.
• Les protéines régulant le cycle cellulaire.
Les gènes régulateurs dont sont issus ces protéines sont classées en 2 grandes
catégories de gènes :
• Les oncogènes qui ont le pouvoir d’induire la transformation maligne des
cellules.
• Les anti-oncogènes ou gènes suppresseurs de tumeurs (TSG) exercent l’effet
opposé sur la prolifération en freinant le développement des tumeurs.
Les oncogènes :
Les virus et principalement les rétrovirus ont joué un rôle remarquable dans la
recherche des causes génétique des cancers humains, bien que la plupart des cancers
humaine ne soient pas d’origine virale.
 Cours d’oncogénétique 4

Le premier oncogène viral décrit fut celui de RSV (Rous Sarcoma Virus) découvert par
Rous en 1911, il a été cloné en 1975, et il provoque un sarcome chez le poulet.
Dominique stehelin, J.micheal bishop M.E, Harold E, Varmus et al (1976) ont montré
l’existence dans l’ADN normal/wildtype du poulet d’une séquence extrêmement
proche (homologue) de l’oncogène viral du RSV v.src (viral src) cette séquence fut
appelée src (c-src) (oncogène cellulaire) ou proto-oncogène présent dans toutes les
cellules normales pouvant être déréglée amplifiée ou surexprimée contribuant ainsi
à devenir oncogénique.
En 1969, Huebner et Todaro ont proposé l'hypothèse oncogène du cancer. Cette
hypothèse était basée sur la découverte que les virus de la tumeur à ARN pourraient
être transmis génétiquement. Ils ont postulé que certains de ces virus endogènes
contenaient des gènes transformants ou des oncogènes.
Les théories de l’origine des cancers :
• Les Virus causent les cancers (First theory).
• Origine cellulaire des cancers (Second Theory).
L’origine biologique des v-src :
• Un puzzle évolutif.
• Pas essential aux virus.
• Pirated from normal cell?
Le design de l’expérience : (voir le livre « THE BIOLOGY OF CANCER » page 90)
• Rechercher les c-src : Outils nécessaires.
• An assay : Molecular Hybridization.
• Sonde d'acide nucléique : Spécifique pour src.
Les proto-oncogènes :
+ Enemies within (des ennemies cachées en nous)
+ Un proto-oncogène par mutation devient oncogène.
+ Gain de fonction pour l'oncogène donc il peut faire la prolifération cellulaire.
Le v-src proviendrait du c-src qui serait intégré dans le génome viral à la faveur d’une
recombinaison lors d’un cycle ultérieur virale.
La recombinaison va altérer la version wild type et donc le v-src sera muté et cela
provoqué le cancer.
 Cours d’oncogénétique 5

The cellular origin of v-src.

Le rendement (The yield) du virus du sarcome de Rous (RSV) :

• Virus : cancérigènes.
• Transcriptase inverse.
• Le premier gène du cancer (v-src).
• Protéines kinases dans la tumorigenèse.
• Phosphorylation de la tyrosine dans la signalisation.
• Proto-oncogènes, origine génomique de la tumorigenèse.
• Cinq lauréats du prix Nobel.
A la découverte des oncogènes !
L’implication d’oncogènes cellulaires dans des tumeurs humaines fut prouvée pour la
première fois de façon directe lors de l’expérience de transfert de gène effectué par
le groupe de Robert Weinberg en 1981 aux USA où l'oncogène ras fut le premier
oncogène non virale identifié dans une tumeur de la vessie chez l’homme.
Le rôle des oncogènes :
Les protéines codées par les proto-oncogènes interviennent dans les cascades
d’évènement qui vont de la transmission de signaux extra cellulaire par
l’intermédiaire de récepteur de surface à la commande intranucléaire de la réplication
ces protéines peuvent ainsi être regroupées en 5 grandes catégories fonctionnelles :
• Les protéines kinases : concernant plus de la moitié des oncogènes connus ils sont
à l’origine de protéines kinases (transférant un groupement phosphate de l’ATP ou
du GTP sur des OH présent sur une protéine) on sait que les protéines kinases
interviennent dans la régulation de l’activité des enzymes et la transmission de
signaux extra cellulaire.
 Cours d’oncogénétique 6

• Les protéines G : protéines situées à la face interne de la membrane

cytoplasmique et douées d’activité GTPasique ces protéines interviennent dans la
transmission de signaux extra cellulaire entre des récepteurs transmembranaire et
des enzymes de tels que l’adényl-cyclase à l’origine des seconds messagers intra
cellulaire. (Les Ras)
• Les facteurs de croissance : quelque oncogènes codent pour la synthèse de facteur
de croissance cellulaire mais surtout les récepteurs de ces facteurs sont
extrêmement oncogènes, ex : récepteur EGF (Her1 ; Her2 ; Her3 ; Her4)
• Les protéines nucléaires et les facteurs de transcription : des oncogènes codent
pour des protéines nucléaires régulatrice de la transcription et qui jouent un rôle
dans la croissance la division et la différenciation cellulaire.
• Gène du métabolisme : Glycolyse et cycle de Krebs (voir annexe1). Exemple : Idh1.
L’activation des proto-oncogènes :
Les oncogènes sont des formes mutées des proto-oncogènes, l’activation de ces
gènes met en jeu un gain de fonction qui se traduit par une modification qualificative
et/ou quantitative qui peut se produire respectivement dans les régions codantes du
gène entrainant la production d'une protéine mutée ou bien dans les séquences
régulatrices non codante du gène entrainant la production d’une quantité anormale
(surexpression) des protéines.
Cette activation est provoquée par une mutation à effet dominant c’est-à-dire
qu’une seule des 2 copies génique de la cellule a besoin d’être modifiée pour
entrainer cette cellule normale à se comporter comme une cellule tumorale. Ces
mutations sont quasiment toujours des évènements somatiques non transmis à la
descendance.
Différents types d’altération génétique identifiée chez les proto-oncogènes :
• Mutations ponctuelles (c-Ras).
• Délétion.
• Amplification génique (N-myc, rebB-2).
• Insertions d’un promoteur viral (mutation insertionnelle).
• Translocation chromosomique (c-myc, abl) "comme dans la leucémie".
 Cours d’oncogénétique 7

Mutation du domaine fonctionnelle du GTP.

Certaines translocations provoquent des juxtapositions aberrantes du gène comme

dans le lymphome de Burkitt ou les fusions de deux gènes comme dans la leucémie
myéloïde chronique :
• Le modèle de lymphome de Burkitt : il a été démontré que la translocation
entraine un échange de matériel entre la région du proto-oncogène c-myc situé
sur le chromosome 8 et une région codant pour des gènes d’immunoglobuline
(Ig) respectivement chaines lourdes chaines légères lambda et chaines légers
kappas sur les chromosomes 14, 22 et 2 l’activation de c-myc se traduit par son
expression anormale dans le cycle cellulaire.
 Cours d’oncogénétique 8

• Le modèle de la Leucémie myéloïde chronique : chez la plupart des patients

atteints de leucémie myéloïde chronique, la translocation t (9 ; 22) (q34 ; q1) fait
fusionner les deux proto-oncogènes abl du chromosome 9 et bcr du chromosome
22 (appelé break point cluster région en raison des points de cassure) pour
former un nouvel oncogène appeler le chromosome Philadelphie (BCR-ABC)
découvert en 1960.

Burkitt’s lymphoma.
Cours d’oncogénétique 9
 Cours d’oncogénétique 10

Hallmarks of cancer: Next generation.

Mécanisme de l’oncogenèse
Le cancer résulte d’un processus qui se déroule en plusieurs étapes. En effet,
l’étiologie de cette pathologie suggère que la progression vers un phénotype tumoral
agressif passe par l’acquisition d’au moins six propriétés qui pourraient servir adresser
un portrait-robot de la cellule cancéreuse (Hanahan et Weinberg, 2000) :
• Indépendance vis-à-vis des signaux de prolifération.
• Insensibilité aux signaux antiprolifératifs.
• Abolition de l’apoptose : Immortalité / pas d'apoptose.
• Capacité proliférative illimitée.
• Capacité de susciter l’angiogenèse : atteindre l’autonomie, son propre système de
récupération pour le métabolisme, crée son propre système de vaisseau sanguin.
"Empêche la cellule de produire son système de vaisseau sanguin"
• Acquisition d’un pouvoir invasif.
L’apparition de ces traits spécifiques résulte de l’existence de mécanismes cellulaires
intrinsèques dont le dysfonctionnement serait à l’origine du cancer. Toutefois, les
principales observations et les concepts sur les mécanismes moléculaires et
cellulaires impliqués dans la survenue de tumeurs, se déroulent suivant plusieurs
étapes.

Hallmarks of cancer 2000.

 Cours d’oncogénétique 11

Hallmarks of cancer 2011

Un nouvel œil sur le métabolisme des cellules tumorales :

Warburg dans les années 1920 → glycolyse aérobie accrue des cellules tumorales en
dépit de la présence d’oxygène qui devrait inhiber la glycolyse (effet Pasteur).
Attribution de cet effet à lésions mitochondriale, or les fonctionnalités des mitochon
dries sont conservées dans les cellules.
Importance des signalisations oncogénique dans l’entrée du glucose dans les cellules
et dans l’activité des enzymes glycolytiques.
Exemple 1 : L’isoforme M2 de la pyruvate kinase ou PKM2 : Présente dans la plupart
des tumeurs en lieu et place de PKM1 (épissage alternatif sous contrôle de c-myc)
mais moins efficace que PKM1
Cette situation crée un goulot d’étranglement avec deux conséquences majeures :
 Cours d’oncogénétique 12

Reprogrammation épigénétique par des oncométabolites :

- Mutations des enzymes du cycle de Krebs : Succinate déhydrogénase (SDH) et Fu
marate Hydratase FH→ Perte de fonction → accumulation des substrats Succinat
e et Fumarate.
- Les deux métabolites : inhibiteurs des dioxygénases 2- alpha cétoglutarate-dépen
dantes, parmi lesquelles les hydroxylases pour HIF.
- L’activation de HIF par le Fumarate et le Succinate → angiogenèse accrue et méta
bolisme anaérobie augmenté.
- Mutations d’une des 4 sous unité catalytiques A B C D du complexe SHD présente
dans plusieurs cancers : paragangliomes carcinomes rénaux, GIST (sans mutation
KIT ou PDGFRA) (Phénotype hyperméthylé comparable à celui des mutants IGH
dans glioblastomes.
L’inhibition des enzymes par succinate et malate → blocage de différenciation et
promotion de la transformation maligne
Espoir thérapeutique : inhibition des mutants → restauration de la différenciation ?
 Cours d’oncogénétique 13

The cancer genome

- The International Cancer Genome Project led by M Stratton (Welcome sanger trust
institute, UK).
- ATGC project (USA).

Golden introduction. (By Vogelstein et al, science 339, 1546 (2013))

- Over the past decade comprehensive sequencing efforts have revealed the
genomic landscapes of common forms of human cancer.
- For most cancer types, this landscape consists of a small number of “mountains”
(genes altered in a high percentage of tumours) and a much larger number of
“hills” (genes altered infrequently).
- To date, these studies have revealed ≈140 genes that when altered by intragenic
mutations, can promote or drive tumorigenesis.
- A typical tumour contains two to eight of these “driver gene” mutations; the
remaining mutations are passengers that confer no selective growth advantage.
- Drive genes can be classified into 12 signalling pathways that regulate three core
cellular processes: cell fate, cell survival and genome Maintenance.
- A better understanding of these pathways is one of the most pressings needs in
basic cancer research.
- Even now, however our knowledge of cancer genomes is sufficient to guide.
- The development of more effective approaches for reducing cancer morbidity and
mortality.
Cancer : Une maladie du génome
Challenge :
- Chaque tumeur est différente.
- Chaque personne atteinte d’un cancer est différente.
The Cancer Genome
M.Stratton (Science, 2009)
La génétique garde son rang

Technologies
Découverte de nouvelles anomalies
Séquençage à haut débit du génome
Cytogénétique moléculaire CGH, etc Mutations ponctuelles
Bio-informatique : ++++ Accidents chromosomiques
Extraction de l’ADN avec des kits extrê Délétions, amplifications,
mement précis pour avoir un Translocations.
ADN complétement pure.
 Cours d’oncogénétique 14

Deux grandes catégories de mutations

o « Driver » jouant un rôle essentiel dans l’acquisition du phénotype malin. Confèrent un avantage sélect
if de croissance cellulaire. (10 mutations drivers par tumeur)
o « Passenger » découlant d’événements collatéraux ne conférant pas d’avantage sélectif et sans impact
fort sur le développement tumoral. Beaucoup plus nombreuse.

Hétérogénéité intra tumorale

The lineage of mitotic cell divisions from the fertilized egg to a single cell within a cancer showing
the timing of the somatic mutations acquired by the cancer cell and the processes that contribute
to them.

Mutations may be acquired while the cell lineage is phenotypically normal, reflecting
both the intrinsic mutations acquired during normal cell division and the effects of
exogenous mutagens. During the development of the cancer other processes. For
example, DNA repair defects. May contribute to the mutational burden. Passenger
mutations do not have any effect on the cancer cell. But driver mutations will cause a
clonal expansion. Relapse after chemotherapy can be associated with resistance
mutations that often predate the initiation of treatment.
 Cours d’oncogénétique 15

The number of somatic mutations in representative human cancer, detected by

genome wide sequencing studies (Vogelstein et al, 2013).
Signature of mutational processes in human cancer
- All cancers are caused by somatic mutations, however, understanding of the
biological processes generating these mutations is limited.
- The catalogue of somatic mutations from a cancer genome bears the signatures of
the mutational processes that have been operative.
- Here we analysed 4,938,362 mutations from 7,042 cancers and extracted more
than 20 distinct mutational signatures.
- Some are present in many cancer types notably a signature attributed to the
APOBEC Family of cytidine deaminases, whereas others are confined to a single
cancer class.
- Certain signatures are associated with age of the patient at cancer diagnosis,
known mutagenic exposures or defects in DNA maintenance, but many are of
cryptic origin.
- In addition to these genome-wide mutational signatures, hypermutation localized
to small genomic regions, ‘Kataegis’ is found in many cancer types.
- The results reveal the diversity of mutational processes underlying the
development of cancer, with potential implications of understanding of cancer
ethiology, prevention and therapy.

The prevalence of somatic mutations across human cancer types.

 Cours d’oncogénétique 16

Signatures des processus de mutations dans les cancers :

- Les cancers sont causés par des mutations somatiques, cependant notre
compréhension des processus biologiques générant des mutations était limitée
avant les deux grands projets.
- Le catalogue de mutations somatiques à partir d'un génome de cancer porte les
signatures des processus mutagènes qui ont été opérationnels.
- Certaines signatures sont associées à l'âge du patient au moment du diagnostic,
d'autres à des expositions mutagènes connues, d'autres à des anomalies dans la
machinerie de maintenance à l'ADN.
- Signatures mutationnelles (signatures des processus de mutations dans le cancer
du poumon chez les patients fumeurs : transversion C:G>T:A.
- Signatures mutationnelles dans le cancer de la peau lié à l'exposition aux UV :
Transitions CC:GG>TT:AA substitution de double nucléotides.
Méthodologie pour détecter les paysages de signatures mutationnelles :
- En premier lieu, les auteurs ont extrait des signatures mutationnelles en utilisant
les substitutions de base et les informations incluses dans la séquence contextuelle
abritant chaque mutation.
- 6 classes de substitutions possibles : C>A, C>G, C>T, T>A, T>C, T>G. (Les
substitutions se réfèrent à la base pyrimidine de la paire)
- Les autres ont intégré des informations des bases de 5' et 3' pour chaque base
mutée, il y a 96 mutations possibles dans cette classification.
- Cette classification est particulièrement utile pour distinguer les signatures
mutationnelles qui causent les mêmes substitutions mais dans des contextes
différents de séquence.
- L'application de cette approche aux 3 types de cancer a révélé et validé 21
signatures distinctes de mutations qui montent une diversité importante.
- Il existe des signatures, caractérisés par la proéminence de seulement une ou 2
des 96 mutations possibles, indiquant une remarquable spécificité de type et de
contexte de séquence (signature 10)
- Inversement, d'autres présentent un nombre plus ou moins égal de chacune des
96 mutations (signature 3)
- D'autres sont caractérisés essentiellement par C>T ( les signatures 1A/B, 6, 7, 11,
15, 19), C>A ( 4, 8, 18) T>C (5, 12, 16, 21) et T>G (9, 17), et d'autres montrent des
combinant distinctes (2, 13, 14)
- La signature 2 : se caractérise principalement par des mutations C.T et C.G ou
trinucleotides TpCpN et a été trouvé dans 16 des 30 types de cancer.
 Cours d’oncogénétique 17

- Sur la base de similarité dans le type de mutation et la séquence, nous avions

d'abord suggéré que la signature 2 est due à une suractivité des cytidine-
désaminases de la famille APOBEC, qui changent la cytidine en uracile, couplée aux
activités d'excision, réparation et réplication de l'ADN.
- Des foyers localisés d'hyper-mutation, nommé "Kataegis" (du grec : Orage) : ont
été récemment décrits dans le cancer du sein.
- Les kataegis se caractérisent par des clusters de mutations C>T et/ou C>G
essentiellement sur les trinucleotides TpCpN et sur le même brin d'ADN.
- Les foyers de kataegis comprennent de quelques à plusieurs milliers de mutations
et sont souvent trouvés au voisinage de réarrangements génomiques.
- Les régions génomiques touchées sont différentes selon les cancers.
- Sur la base des types de substitutions et de la séquence concernée, le rôle des
enzymes de la famille APOBEC a été proposé pour ces Kataegis ainsi que pour les
signatures 2 et 13.

Validated mutational signatures found in human cancer. (96 combinaisons)

 Cours d’oncogénétique 18

Focus :
- Tous les cancers sont causés par des mutations somatiques, cependant, la
compréhension des processus biologiques génomiques de ces mutations est
limité.
- Le catalogue des mutations somatiques à partir d'un génome de cancer porte les
signatures des processus mutagènes qui ont été opérationnels.
- Les auteurs ont analysé 4938362 mutations 7042 cancers et extrait de plus 20
signatures distinctes.
- Certaines sont présentes dans de nombreux types de cancer, notamment une
signature attribuée à la famille APOBEC des cytidine-désaminases, tandis que
d'autres se limitent à une seule classe de cancer.
- Certaines signatures sont associées à l'âge du patient au moment du diagnostic,
d'autres à des expositions mutagènes connues, d'autres à la machinerie de
maintenance de l'ADN, mais beaucoup sont d'origine inconnues.
- En plus de ces signatures de mutations sur le génome entier, on trouve dans de
nombreux types de cancer le phénomène nommé "Kataegis" correspondant à des
petites régions génomique localisés "d'hyper-mutation".
- Ces résultats mettent en évidence la diversité des procédés de mutations sous-
jacentes au développement des cancers.
Définition de kataegis :
- Les kataegis décrivent des zones de l'ADN riches en hyper-mutations et qui ont été
identifiées dans certains génomes cancéreux.
- Les régions de kataegis sont colocalisées avec des régions de réarrangement du
génome somatique.
- Les mutations de base ont été identifiés dans ces régions sont presque
exclusivement des transitions la cytosine à la thymine (c> t) dans le contexte d'un
dinucléotide TpC.
- Une enzyme de la famille APOBEC est responsable du processus de kataegis.
- La famille d’enzymes APOBEC est impliquée dans la déamination de la citadine
(enzymes citadine-désaminases).
 Cours d’oncogénétique 19

The presence of mutational signatures across human cancer.

Cancer types are ordered alphabetically as columns while mutational signatures are
displayed as rows. “Other” indicates mutational signatures for which we were not
able to perform validation or for which validation failed (Supplementary Figs 24 to
28). Prevalence in cancer samples indicates the percentage of samples from our
dataset of 7,042 cancers in which the signature contributed significant number of
somatic mutations. For most signatures, significant number of mutations in a sample
is defined as more than 100 substitutions or more than 25% of all mutations in that
sample.
Cours d’oncogénétique 20
 Cours d’oncogénétique 21

Définition de l'oncogénétique (cancer genetics) :

C'est une branche de la génétique, qui s'est récemment individualisée, qui se rapporte
aux cancers, son développement tient à la découverte des gènes du cancer : les
oncogènes et les gènes suppresseurs de tumeurs (TSG) et les gènes des micro ARNs,
qui régulent les divisions cellulaires et leur excès à l'origine des cancers, ainsi qu'à
l'individualisation d'autres gènes liés à l'augmentation de la fréquence de certaines
tumeurs.
L'oncogénétique permet ainsi d'organiser ou de renforcer un dépistage chez des
personnes à risques. Elle contribue également à la médecine prédictive qui incite des
individus reconnus vulnérables à se protéger plus que d'autres vis à vis des facteurs
cancérogènes.
L'oncogénétique vise ainsi à identifier certains gènes individualisés dans des familles
présentant plusieurs cas d'un cancer donné et prédisposant à son apparition.
Leur individualisation aide à comprendre les causes des cancers et permet d'identifier
des personnes porteuses de ces gènes et par là plus exposés que la population
générale à développer une tumeur.
 Cours d’oncogénétique 22

À côté de ses aspects scientifiques complexes, l'oncogénétique soulève des

problèmes éthiques nouveaux et délicats :
• Comment contacter des personnes en bonne santé apparentées à des malades
pour les soumettre à des explorations désagréables aux conséquences aléatoires
?
• Quelles informations apporter et à qui en fonction de connaissances d'abord mal
assurés et éventuellement réversibles ?
• Comment concilier à ce propos les préoccupations de santé publique et libertés
individuelles ?
 Cours d’oncogénétique 23

HEREDITARY CANCERS: WHAT WE KNOW NOW AND

WHAT WE HAVE TO LEARN
1. Le clonage positionnel
Le clonage positionnel ou génétique inverse : a été utilisé en oncogénétique et a
permis la découverte des gènes majeures, responsables d'un grand nombre de
cancers héréditaires ex : gènes RB1 (Rétinoblastome) ; APC (FAP) ; BRCA1 BRCA2
(Cancer héréditaire du sein et de l'ovaire).
Les différentes étapes du clonage positionnel
- Déterminer avec précision le phénotype clinique et collecte d'un grand nombre de
familles à risque (membre atteints et sains).
- Etude de liaison (linkage) entre locus pathogène/morbide et certains marqueurs
microsatellites (regarder dans quelle famille ; quel marqueur microsatellite est
toujours transmis d'un parent malade).
- Calcule du lod score (qui doit être supérieur à 3 pour signer une liaison).
- Marche sur le chromosome impliqué sur recherche de(s) gène(s) candidat(s)
(rechercher des mutations).
 Cours d’oncogénétique 24

Quels sont les outils utilisés au labo :

- Direct DNA Sequencing (Sanger sequencing).
- NGS (Personnel test genome).
- Exome sequencing.

2. Li-FRAUMENI
Spectre étroit Spectre large
- Sarcome - Tumeurs germinales
- Tumeurs cérébrales - Neuroblastomes
- Cancer du sein - Hepatoblastomes
- Phénéropause - Mélanome
- Corticosurrénlome - Cancer de l'estomac
- Tumeur plexus choroïde - Cancer du côlon
- Leucémie ; lymphome
- Cancer du poumon
- Cancer du rein

Critères historiques :
Critères (strictes) : LFS (li et al ; cancer Res/988)
o Cas index avec sarcome < 45 ans.
o + Un apparenté au premier degré avec cancer < 45 ans.
o + Un apparenté au premier degré ou second degré avec soit un sarcome à tout âge
soit un autre cancer < 45 ans.

Critères de Champret :
- Un cas index avec une tumeur appartenant au spectre du Li Fraumeni diagnostiqué
avant 46 ans et au moins un apparenté au premier ou au second degré avec une
tumeur du spectre du syndrome de Li Fraumeni (à l'exception des cancers du sein
si le cas index présente un cancer du sein).
- Ou un cas index avec de multiples tumeurs (à l'exception du cancer du sein) dont
deux appartenant au spectre de Li Fraumeni et la première étant diagnostiqué
avant l'âge de 46 ans.
 Cours d’oncogénétique 25

- Ou un cas index avec un corticosurrénalome ou tumeurs des plexus choroïde ou

un cancer du sein avant 36 ans sans mutations détectables dans les gènes BRCA1
BRCA2 quelle que soit l'histoire familiale.

Famille Li-FRAUMENI

Autre arbre représentant une famille Li-FRAUMENI

 Cours d’oncogénétique 26

Gène TP53

La structure du gène TP53

Structure de la protéine P53

 Cours d’oncogénétique 27

The TP53 website Thierry Sousse (https://p53.fr/index.php)

- Dépistage génétique : polymorphisme → faux sens ; neutre.

- Tout variant → polymorphisme bénin est présent dans une population est
inférieure à 1%.
- Nouvelle nomenclature HGVS.
- For more than 15 years; the human genome variation society (HGVS) has provided
guidelines for variant terminology and nomenclature.
- The consistent use of uniform nomenclature in the management of DNA sequence
variation is critical for concise communication of diagnostic testing and genetic risk
assessment.
- The importance of nomenclature has been recognized in the standards and
guidelines for the interpretation of sequence variants by the American college of
medical generics and genomics (ACMG) and the association for molecular
pathology (AMP).
- Describing TP53 (or any gene variants) unambiguously.
- The use of HGVS nomenclature (http:/varnomen.hgvs.org/) to describe genetic
variants at all different levels.
- All variants must be reported at the genomic DNA (g.), conding DNA level (c.), RNA
level (r.) and protein level.
 Cours d’oncogénétique 28

Explaining: assessment of TP53 status

Sequencing of the classical exons 2 to 11 (including splice junction) is now mandatory;
as discovery and validation phases how, both demonstrated that variants are
scattered through these exons.
Example:
LGR: locus reference genomic
Sequence:
Genomic description LGR_321t1 : g.18749G>A
Coding DNA LGR_321t1 : c.818G>A
RNA level (r.) LGR_321t1 : r.818g>a (cDNA sequenced)
Protein level : LGR_321p1 : p.Arg273His (cDNA sequenced)

- Les différentes étapes du test de génétique moléculaire utilisé en oncogénétique

pour le dépistage du symptôme de Li-FRAUMENI.
- Recherche de mutations germinales sur l'ensemble des exons du gène TP53 (exon
2 à 11) et les jonctions introniques qui permet de détecter 95% des mutations
(mutation faux sens en général).
- L'absence de mutations ponctuelle chez le patient doit être suivie d'une recherche
de grands réarrangements génomiques (délétions ou duplications) sur le gène
TP53.
 Cours d’oncogénétique 29

- Les bases de données :

▪ Clinvar.
▪ LOVD.
▪ UMD.
▪ HGMD (payante).
▪ BRCA exchange.

3. Hereditary colorectal cancers :

 Cours d’oncogénétique 30

Syndrome Gène Localisation Voie Mode de Spectre Histologie

chromosomique transmission tumorale
FAP APC 5q21-22 WNT Dominant Colon, rectum, Adénome
duodénum,
thyroïde, foie,
cerveau.
MAP MYH 1p32-34 WNT Colon, rectum, Adénome
duodénum
Peutz jeghers LTK11 19p13 Dominant Colon, rectum, Hamartome
(LKB1) ovaires,
testicules, sein.
Polypose SMAD4 18q21 PI3K Dominant Estomac, Hamartome
juvénile BMPR1A 10q22 colon,
pancréas.
Cowden PTEN 10q23 PI3K Dominant Sein, thyroide, Hamartome
mélanome,
carcinome
rénal
Syndrome de MSH2 2p22 MMR Dominant Colon, rectum, Hamartome
Lynch MSH6 2p16 endomètre,
MLH2 3p21 estomac,
PMS2 7p22.1 ovaire, voie
urinaire.

La polypose adénomateuse familiale classique

- La maladie génétique autosomique dominante
- La prévalence 1/8300 à 1/10000
- Apparaît dès l'âge de 16 ans --> centaines de polypes colorectaux.
- Dégénérescence des polypes CCR de 35 à 39 ans (s’il n’y a pas de colectomie)
- Gène de prédisposition : gène suppresseur de tumeur APC.
- Dans certains cas : présence de manifestations extra coloniques au niveau de
l'estomac du duodénum et de l'intestin grêle.
- Deux variants de la FAP : syndrome Gardner et syndrome de Turcot.
 Cours d’oncogénétique 31

Pedigree of Family F1207 referred through Public Hospital of Kouba (Algiers).

Pedigree of Family F1201 referred through Public hospital of Kouba (Algiers).

 Cours d’oncogénétique 32

Pedigree of Family F1312 referred through Public hospital of Rouiba (Algiers)

La polypose adénomateuse familiale atténuée :
AFAP MAP
- Transmission autosomique dominante - Autosomique récessive
- Gène de prédisposition : gène - Gène de prédisposition : gène
suppresseur de tumeur APC. suppresseur de tumeur MYH
- Apparait entre 40 et 45 ans. - Apparaît à partir de 50 ans.
- Phénotype moins sévère que celui de la
FAP classique.
- Nombre de polype varie entre 10 et 100

- Le risque d'apparition d'un CCR vers l'âge de 55 ans.

- Présence éventuelle de modifications extra-collique.

Cette figure n’est pas présente sur le ppt présenté en cours.

 Cours d’oncogénétique 33

Mécanismes moléculaires de la carcinogène colique

Le modèle de Vogelstein (volgograme) de la tumorogénèse colique se base sur des

corrélations établies entre les stades histologiques et morphologiques des lésions
prénéoplasiques et néoplasiques et les altérations génétiques associées.
Localisation du gène APC
Le gène APC est localisé en 5q21-22

Idiogramme du gène APC

Structure du gène APC

 Cours d’oncogénétique 34

TOUS CE QUI SUIVRA CE TRAIT A ETE REALISE A LA HATE DANS LE

SEUL BUT DE POUVOIR EXPLOITER LES INFORMATIONS ACQUISES
AU COURS DES ENSEIGNEMENTS POST-VACANCES.
- Deux promoteurs ; particularité des gènes suppresseurs de tumeurs. 1A (le plus
puissant et 1B).
- L’exon 15 : Hotspot du gène APC et le 1er à être testé chez les patients. La plupart
des mutations se trouvent en 5’ (environs 3500 nucléotides) soit 75% de la partie
codante.
- Est caractérisé par une succession de mutations adjacentes (des délétions le plus
souvent ou des frame shift).
- Ses mutations peuvent être ratées en forwarde, il est donc nécessaire de lire aussi
en reverse.
- La première lecture se fait en Sanger, puis ont utilise des primer de séquençage
interne pour lire dans les deux sens étant donné la longueur de la séquence.
- La lecture est meilleure, et plus couteuse, si elle se fait en petits fragments
(environs 600pb).
- La FAP est l’un des syndromes les plus faciles à étudier car sa pénétrance est
complète (pedigree sur plusieurs génération) et le traitement se fait dès
l’apparition des douleurs.
- Le gène APC reste tout de même très difficile à analyser et à lire.
Protéine APC :
- Le gène APC est exprimé dans tous les tissus et à tous les stades du
développement.
- L’ARNm le plus abondant à une longueur de 10719 pb.
 Cours d’oncogénétique 35

- La protéine APC est composée de 2843 acides aminés.

- Le poids moléculaire est de 310 KDa.
- Elle est retrouvée dans le cytoplasme et dans le noyau.
- Elle n’est fonctionnelle que sous forme homodimérique.

Domaines fonctionnels de la protéine APC, localisation de certaines mutations

communes sur le gène APC et relation avec les différents phénotypes de la FAP.

Mutation germinales détectées sur le gène APC chez des patients FAP.
 Cours d’oncogénétique 36

Nous n’avons pas la figure.

Mutation fondatrice européenne localisée sur l’exon 15 du gène APC.

Pedigree of family F1207 referred through the public hospital of Kouba, Algiers.

Electropherogram of patient 1207 showing the pathogenic variant C.3949 G˃C \

p.E1317Q located in exon 15 of APC genes (Sequence F).
 Cours d’oncogénétique 37

Electropherogram of patient 1207 showing the pathogenic variant C.3949 G˃C \

p.E1317Q located in exon 15 of APC genes (Sequence R).
 Cours d’oncogénétique 38

LE SYNDROME DE LYNCH

Genetic diversity of Algerian population.

Epidemiology and genetic features of colorectal cancer in Algerian population : our
research lab results :
See : Cancer research, volume 79 (supplement 13), p655.
Anatomie du colon :
 Cours d’oncogénétique 39

The study of population included 366 patients diagnosed with CCR between January
2017 and March 2018 in two medical oncology in Algiers.

Proportion of colorectal cancer by age and diagnosis.

Distribution of colonic and extra colonic tumors.

 Cours d’oncogénétique 40

Proportion of colorectal cancer by TNM stage.

Définition du Lynch syndrome :
- Le syndrome de Lynch est une prédisposition héréditaire au cancer, dont les
critères de reconnaissance reposent des bases individuelles et généalogiques
(critères d’Amsterdam).
- Le syndrome de Lynch est lié, dans environs 70% des cas à une altération
constitutionnelle d’un gène MMR (Mis Match Repair), et les cellules tumorales
présentent alors un phénotype particulier appelé MSI (MicroSatellites Instability).
- Les patients atteints du syndrome de Lynch ont un risque élevé des cancers
colorectaux, de l’endomètre, de l’intestin grêle et de l’urothélium (spectre tumoral
étroit), et un surrisque faible de cancer de l’ovaire, de l’estomac et de l’épithélium
des voies biliaires (spectre tumoral large). Ces formes héréditaires représentent
environs 5% des cancers colorectaux.
HNPCC : Critères cliniques.
Critères d’Amsterdam II (1999) Critères de Bethesda (révisés en 2004)
- Au moins 3 apparentés avec un - Cancer colon droit ˂ 50 ans.
cancer du spectre HNPCC (colorectal, - Cancer synchrone du métachrone
endomètre, grêle, urothélium). colorectal ou du spectre HNPCC quel
- Un au moins apparenté au 1er degré. que soit l’âge.
- Au moins 2 générations successives. - CCR avec histologie MSI ˂ 60 ans.
- 1 patient âgé de moins de 50 ans. - CCR avec ATCD au 1er degré de cancer
TOUS LES CRITERES HNPCC ˂ 50 ans.
- CCR avec 2 ou plusieurs HNPCC au 1er
ou 2ème degré quel que soit l’âge.
AU MOINS 1 CRITERE.
 Cours d’oncogénétique 41

Prédisposition héréditaire au CCR ?

- Dans les familles Lynch les hommes peuvent développer un cancer de la

prostate.
- En dehors des exons 6 et 10 le gène PMS 2 est difficile à analyser car il contient
beaucoup de pseudogènes.

Pedigree of Lynch Algerian family.

 Cours d’oncogénétique 42

Cancer in MSH 2 mutation family.

Génétique moléculaire du syndrome de Lynch :
 Cours d’oncogénétique 43

Chromosome / gène MSH 2 :

The PSH2 gene is located on the short p arm of chromosome 2 at position 22.1 avec
16 exons.
 Cours d’oncogénétique 44

Protéine MSH 2 : avec mutations et domaines.

Chromosome / gène MSH 6 :

The MSH6 gene is located on the short p arm on chromosome 2 at position 16.
 Cours d’oncogénétique 45

Protéine MSH 6 :

Chromosome / gène MLH 1 :

The MLH 1 gene in located on the short p arm of chromosome 3 at position 21.3.
 Cours d’oncogénétique 46

Protéine MLH 1 :

Lynch syndrome mutations :

 Cours d’oncogénétique 47

HERIDITARY BREST / OVARIAN CANCER (HBOC)

+ Également possible : Poumon (H/F), Prostate (H), Pancréas (H/F).
▪ Le syndrome de prédisposition héréditaire aux cancers du sein et de l’ovaire.
Introduction :
- Le cancer du sein est la principale cause de mortalité de la femme dans le monde.
1,5 M de nouveaux cas sont détectés chaque année.
- Une femme sur huit est touchée, ce chiffre pourrait grimper jusqu’à XX d’ici XXXX.
500000 décès par an.
- 70 % des cancers du seins sont sporadiques et surviennent sans antécédents
familiaux dans la population générale.
- 5 à 10 % surviennent à un jeune âge (˂40ans), correspondant à des cancers
héréditaires du sain et de l’ovaire et sont causés par des mutations germinales sur
2 gènes majeurs appelés BRCA1 et BRCA2.
- 15 à 20 % restant, correspondent à des agrégations familiales de cancer de sein
(en anglais, brest cancer cluster), sur plusieurs générations, sans âge particulier au
diagnostic, n’associant pas de cancer de l’ovaire et se transmettent selon un mode
non mendélien et liés aux gènes BRCA 1 / 2.

Les cancers les plus fréquents chez la femme en Algérie.

 Cours d’oncogénétique 48

Epidémiologie du cancer en Algérie :

Classification moléculaire des carcinomes infiltrant du sein :

• Biomarqueurs utilisés : ER, PR, Her 2 et Cytokératines.
- Le sous-type luminal : c’est le plus important (67%), souvent de grade I, représente
le sous type aux récepteurs hormonaux positifs (ER+ et PR+) qui exprime les
cytokératines (CK) 8 / 18.
- Luminal A : ER+ and / or PR+, Her 2-
- Luminal B : ER+ and / or PR+, Her 2+
- Le sous type basal-like : tumeurs TNBC, c’est-à-dire triple négatives (ER-, PR-, Her2-
) souvent de grade III, expriment fortement les cytokératines 5 / 6 et 17 et des
gènes impliqués dans la prolifération cellulaire.
- Une majorité de tumeurs du sein liées aux mutations BRCA 1 sont TNBC.
- Le sous type Her 2+ : tumeurs négative pour les récepteurs hormonaux (ER- et PR-
), de grade III.
- Le sous type normal brest-like : exprime fortement les gènes de cellules non
épithéliales.
Brest cancer epidemiology in Algeria (our research work 2008-2014) :
See : “Distribution of brest cancer subtypes among Algerian women and correlation with clinical and tumor
characteristics : age at diagnosis, menopausal status, histological type and histological grade.”

Objectives of the study :

- To analyse the prevalence and distribution of molecular sub-types.
- To determine their associations with some clinical and tumor characteristics : age
at diagnosis, menopausal status, histological type and histological grade.
 Cours d’oncogénétique 49

Population study :
- The study population included 3014 breast cancer patients.
- We analysed breast cancers from cancer registries of academic medical oncology
service of public hospital of Rouiba, anticancer centre of Blida and anticancer
centre of Batna.
- Brest cancers were diagnoses between 2008 and 2013.
- Molecular subtypes classification was done based on immunohistochemical
surrogates for ER (Oestrogen Receptor), PR (Progesterone receptor) and Her 2
(Human Epidermal growth factor Receptor-2) statutes.
- Brest cancer subtypes definitions were as follow : Luminal A (ER+ and / or PR+, Her
2-), Luminal B (ER+ and / or PR+, Her2+) , TNBC (ER-,PR-,HER-).

Highlights :
- The mean age at diagnosis cancer was 48,5 years (age range 22 to 84 years) with
17,97 % of patients under 40 years and 57,69 % below age 50 ages.
- Prevalence of the luminal A, TNBC, luminal B and HER-2+ brest cancer subtypes
were 50,59 %, 20,80 %, 19,67% and 8,92%, respectively.
- The prevalence of luminal A subtype was less then reported in white women with
brest cancer in Europe and America.
- The high prevalence of TNBC subtype in Algerian women compared to western
countries could be limited to environmental factors and genetic background.
 Cours d’oncogénétique 50

- A significant difference in the distribution of age at diagnosis among the four

cancer subtypes (P=0,004).
- Luminal A, TNBC, luminal B and HER-2+ subtypes were significantly different by
premenopausal and post-menopausal status (P=0,01).
- 2 % des cancers du seins sont causés par la pollution.
Le cancer de l’ovaire représente 4% des tumeurs malignes chez la femme à travers
le monde.
- En Algérie, c’est le 5ème cancer le plus fréquent chez la femme.
- Son incidence est de : 16 cas / 100000 chez les femmes d’une partie de l’Europe
du nord ; 11 / 100000 en Angleterre ; 2 à 3 / 100000 au Japon et en Afrique.
- Le profil anato-morphologique du cancer de l’ovaire : dans 80 % des cas sont des
cancers épithéliaux.
- Le facteur de risque du cancer de l’ovaire le plus important reste l’histoire familiale
et héréditaire.
- Le cancer de l’ovaire survient dans le contexte de trois syndromes familiaux
autosomiques dominants :
o Le cancer héréditaire du sein associé à l’ovaire.
o Le cancer de l’ovaire.
o Le syndrome de Lynch.
Histoire du clonage des gènes BRCA :
▪ Clonage et identification du gène BRCA 1 :
La présence d’une forme autosomique dominante d’une prédisposition héréditaire
au cancer di sein chez des familles avec plusieurs parents du premier degré atteints
de la maladie à été signalé en 1er par le groupe de Mc. King aux USA (Newman et al.
1988).
Deux années plus tard, le locus pathogène du cancer du sein familial a été lié la région
chromosomique 17q21 par le même groupe (Hall et al. 1990).
Finalement, c’est le groupe de Mark Skolinck (université d’Utha et Myriad Genetics)
aux USA qui ont identifié le gène BRCA1 en utilisant les méthodes du clonage
positionnel et trouver des mutations germinales pathogéniques sur le gène BRCA 1
chez 5 familles avec une histoire héréditaire du sein et de l’ovaire sur les huit qui
ont été étudiées (Miki et al. 1994).
VIDEO + FIGURE
 Cours d’oncogénétique 51

▪ Clonage et identification du gène BRCA 2 :

- Un 2ème gène de susceptibilité au cancer du sein nommé BRCA 2, localisé avec un
intervalle de 6 cM, sur la région chromosomique 13q12q13, ente les marqueurs
D13S289 et D13S267 (Wooster et al. 1994).
- Contrairement au gène BRCA 1, le risque de cancer de l’ovaire ne semblait pas lié
au gène BRCA 2, mais quelques cas de cancer du sein masculin ont été retrouvés
chez ces familles à haut risque qui ont servi au clonage du gène BRCA 2.
- Une famille avec un LOD score de 3,01 à été trouvée porteuse d’une mutation
pathogénique germinale, révélant ainsi la présence d’un gène candidat pour BRCA
2. Aussi, 6 mutations germinales ont été trouvées chez ces familles à haut risque,
qui vont confirmer les observations initiales (Wooster et al. 1995).
Figure : major brest / ovarian cancer susceptibility
Figure : Genetics of heredity brest and ovarian cancer syndrome.
Figure : BRCA 1 / BRCA 2.

BRCA 1 BRCA 2
• 24 exons. • 27 exons.
• ˃ à 100 Kb • ˃ à 70 Kb.
• 17q21. • 13q12-13.
• ˃ à 1500 disctinct alterations without • ˃ 1900 disctinct alterations
a hotspot. without a hotspot.
• 1863 acides aminés (220 KDa). • 3418 acides aminés (384 KDa).

Nuclear proteins
Homologous recombination of DNA repair.
transcription activation / regulation.

Figure : La protéine BRCA 1 et ses interactions avec…

Figure : Les protéines BRCA 1 et BRCA 2.

Facteurs de risque du cancer du sein :

Familiaux Hormonaux Environnementaux Personnels
- Antécédents - Puberté précoce. - Niveau socio- - Age.
familiaux. - Ménopause tardive. économique. - Alimentation.
- Facteurs - Nulliparité. - Stress. - Obésité.
génétiques. - Contraception - Exposition aux - Sédentarité.
Oestroprogestative. facteurs de
risque.
 Cours d’oncogénétique 52

Anatomopathologie du sein :
- L’anatomie pathologique du cancer du sein est très importante pour le pronostic
et la conduite thérapeutique.
- Les tumeurs malignes du sein sont en majorité des adénocarcinomes qui se
développent à partir des canaux galactophores et des lobules.
- La forme la plus fréquente des tumeurs du sein est le carcinome.
Gènes de prédisposition au cancer du sein et de l’ovaire :
Gènes à forte Gènes à pénétrance Gènes de faible
pénétrance. modérée. pénétrance.
- BRCA ½, TP53, PTEN, - ATM, CHEK2, BRIP1 et - Gènes et loci identifiés
STK1 et CDH1. PALB2…etc. par GAWS : RAD51,
- Pénétrance élevée. - Pénétrance modérée. FGFR2, TRC9/T, OX3,
- Mutations rares. - Mutations fréquentes. LSP1, MAP3K1, 2q35,
- Risques dans la - Risques dans la 3q24…etc.
population générale population générale
faible. modéré à élevé.
- Cancers héréditaires à
transmission
mendélienne.
- Peu de gènes.

Figure : Recrutement des parents…etc.

Figure : Symboles utilisés.
Figure : Pedigree of HBOC Algerian family referred anticancer centre Batna (x3).
Figure : Extraction de l’AND génomique.
Figure : Control et dosage de l’ADN.
Figure : Spectre d’absorption de l’ADN mesuré par nanodrop chez le cas index.
Figure : Analyse de l’ADN génomique par EP sur gel + plusieurs autres figures.
Figure : Méthode d’analyse des gènes BRCA 1 / 2.
 Cours d’oncogénétique 53

Méthode d’analyse des gènes BRCA ½ :

Figure :
Confirmation des résultats :
- Toute mutation ou variant de signification biologique inconnue (UVs) trouvé chez
une patiente ou un patient doit être confirmé selon le protocole suivant :
- Réextraction de l’ADN à partir du prélèvement sanguin de la patiente ou du
patient.
- Refaire le pré screening avec la HRM.
- Reséquençage du produit de la HRM avec des primers forwarde et revers.
- Concernant les UVs, il faut confirmer les statuts biologiques (c.à.d qu’on doit les
trouver à une fréquence ˂ 1 % dans la population générale) en les cherchant chez
100 individus en bonne santé et sans histoire familiale avec le cancer du sein ou
de l’ovaire.
Figure : Familles 2067 ; 2094 ; 20821.