ADN et Génome : Le génome de la tumeur

Il a été démontré largement que le cancer est une maladie génétique, par le fait que ce sont les
mutations de certains gènes, par eexemple les oncogènes et les gènes suppresseurs de tumeur,
qui causent la maladie. Ces mutations peuvent être présentes dès la naissance (cancer
héréditaire) ou causées par des facteurs environnementaux (la cigarette, l'exposition aux UV,
etc).

Ces mutations spécifiques de certains gènes de la tumeur peuvent être aujourd’hui détectées et
donner une vue moléculaire des mécanismes qui favorisent à la croissance de la tumeur. Ces
découvertes ont stimulé de nouvelles approches pour un traitement du cancer personnalisé.

Référence: Exploring the Genomes of Cancer Cells: Progress and Promise

L’analyse de l’ADN tumoral donne une vue moléculaire des modifications génétiques
comparées à l’ADN des cellules normales du patient. Grâce à cela on peut notamment:
 • Meilleure classification du cancer.
• Aide dans le choix d’une thérapie ciblée.
• Prédiction d’une résistance ou d’une réponse à un traitement.
• Analyses de différentiation de clones de tumeur.
• Suivi de l’ADN d’une tumeur dans le sang.
• Analyse de métastases.

Deux aspects importants à retenir dans l’analyse génomique du cancer.

Les altérations dans le génome des cancers sont complexes

Les cellules cancéreuses contiennent des différences génétiques clés comparées aux cellules
normales d’un même patient.
Ces différences génétiques spécifiques à la tumeur (connues sous le nom de mutations
somatiques) incluent des changements dans la séquence génomique, des changements dans le
nombre de copies de gènes spécifiques, ainsi que des amplifications, délétions et
réarrangements ou fusions de gènes.

Le cancer est un maladie génétique complexe – Aucun cancer n'est identique.

Un aspect clé dans presque toutes les analyses du génome de tumeurs est que les
modifications sont très complexes. Deux tumeurs ne sont jamais identiques et il est
impossible de prédire quelle altération génétique est présente dans un cancer donné sans
effectuer un séquençage direct de la tumeur.
Les analyses génomiques complètes de 100 tumeurs de cancer du sein, du colon, du pancréas,
du cerveau et des ovaires ont montrés que la plupart des mutations identifiées étaient
nouvelles et ne pouvaient pas avoir été prédites sans un séquençage direct du tissu de la
tumeur.

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cancers#sthash.rfug33RT.dpuf

Cancer & ADN – La révolution du séquençage à haut débit.

Nous sommes au beau milieu d'une révolution technologique qui en 5 ans a vu le coût du
séquencage ADN d'un génome humain complet (le génome complet est composé de 3
milliards de paires de base ATCG) tomber d'un million de dollars en 2008 à 4000 dollars en
2012. Le séquençage d'un génome humain complet à 1000 dollars est attendu pour bientôt.

Les séquenceurs ADN actuels et futurs.

La révolution du séquençage ADN à haut débit a commencé en 2006 avec l'introduction du

premier séquenceur à haut débit de Roche, le 454 avec un débit de 400 millions de bases
ADN par run d'analyse.

Ensuite, en 2008, Illumina est arrivé sur le marché avec le GA2X et, surtout au début 2010,
avec le HiSeq 2000 qui a une capacité de débit de 600 milliards de bases par run d'analytise.
Un peu plus tard, Life Technologies est arrivé aussi sur la scène du séquençage ADN avec son
Solid 4 et ensuite le Solid 5500 en 2011. Ces machines ont approximativement la même
capacité que l'Illumina Hiseq 2000 qui est devenu le leader du marché en 2011 avec 60% du
marché et plus de 1000 installations dans le monde.

Dans le milieu de 2011, un nouvel acteur est arrivé, Ion Torrent, acheté par Life
Technologies. Bien que la machine n'ai pas encore le débit de l'Illumina Hiseq ou du Solid, ce
nouveau venu a déjà bouleversé le marché grâce à une technologie beaucoup plus évolutive.
Un génome humain complet est annoncé pour 2014 en utilisant moins de 1000 dollars en
valeur de réactifs.
L'Ion Torrent est moins cher et plus rapide (analyse en 2 heures au lieu d'une dizaine de
jours). Cette machine et son successeur l'Ion Proton ont déjà complètement bouleversé le
marché du séquençage ADN.

OncoDNA utilise actuellement les plateformes de séquençage Ion Torrent et Ion Proton.
L'importance de la couverture du séquençage en oncologie: le séquençage en
profondeur.

Parmi les paramètres importants nécessaires pour le séquençage ADN de la tumeur du patient,
l'idée de couverture est primordiale. Pour détecter les mutations, il est estimé que pour un être
humain, avec la fiabilité des séquenceurs actuels, chaque base doit être lue au moins 30 fois
pour être certain que la base est soit normale, soit une mutation homozygote, soit une
mutation heterozygote. Ce paradigme, cependant, suppose que le génome séquencé
correspond à une population de cellules homogènes, c'est à dire que chaque cellule contient,
pour les 3 milliards de paires de base, exactement la même séquence.
Cependant, dans un cancer, nous devons travailler avec des tissus hétérogènes, des tissus
cancéreux constitués de cellules saines et de cellules cancéreuses. En plus, la tumeur est
constituée de sous populations différentes de cellules (subclones), qui reflètent l'évolution de
la tumeur. Il ne faut pas oublier que durant le processus cancéreux, il y a une perte de contrôle
des mécanismes qui régulent la croissance de la cellule et l'intégrité génomique. Ainsi les
cellules tumorales commencent à grandir sans aucun contrôle/ régulation au niveau du
génome. Cela mène à de nombreuses mutations qui s'additionnent durant la vie de la tumeur.

Pour surmonter le problème de l'hétérogénéité, et détecter les mutations dans des sous-
populations minoritaires associées à des résistances aux traitements contre le cancer, nous
devons augmenter significativement la couverture séquençage, ce qui veut dire augmenter le
nombre de fois que chaque base est lue durant le processus de séquençage.
Définition et évolution des thérapies ciblées

Until recently there have been three classic weapons against cancer - surgery, radiotherapy
and cytotoxic chemotherapy. Although these therapies can show a certain efficacy, they've
proved to be very toxic for the organism, with side effects which are often serious and
harmful to the patient.

Since the beginning of the 2000s, there's been a revolution in targeted therapies. This is the
result of progress in research, especially in the understanding of the mechanisms of how
cancerous cells work.

These medicines have a targeted action, acting at a precise stage of development of the
tumour cell. They intervene mainly in signal transduction (signals which make cells
multiply), the tyrosine kinase pathway being the best known at the moment. This pathway can
be blocked by monoclonal antibodies (Mabs) or enzyme inhibitors(-inibs).

By acting on specific receptors, these drugs can :

• Block the growth of cancerous cells, like trastuzumab/Herceptin®, pertuzumab/Omnitarg®

and lapatinib/Tykerb©.
• Starve the tumour by preventing it from redirecting the blood flow to its own end preventing
the formation of new blood vessels formed at the periphery of the tumour which contribute
 to its growth by supplying it with blood (angiogenesis). Examples of antiangiogenic
compounds are bevacizumab/Avastin® and sunitinib/Sutent®.
• Make the immune reactions of the organism work against the cancerous cells. Therapeutic
vaccines have been developed for breast, prostate and kidney cancers.

The list of targeted therapies has lengthened considerably and today there are now a dozen or
so molecules prescribed on a daily basis and over 150 are under development.

At first these molecules shouldn't directly replace classic therapeutics (chemotherapy,

radiotherapy) but they'll be used in combination with them to improve response. In the more
distant future they'll probably be the only treatment, tailored to the requirements of the
patient.

The figure and table below show the rapid evolution of these therapies, and without a doubt
they represent the future of cancer treatment. What the figure don’t show is that therapies
related to mutations resistant to a particular treatment and identified by sequencing can be
efficiently combined because of their targeted character, with fewer side effects for the
patient. Sequencing not only helps to predict resistance but, immediately after getting rid of
the 99% of the tumour cells, also helps to eradicate the resistant clone.

Thérapies ciblées actuellement sur le marché

Qu’est ce qu’un biomarqueur?

Les biomarqueurs sont des molécules détectées dans le sang, des fluides comme l’urine et dans des
tissus. La présence de ces biomarqueurs peut indiquer l’existence ou le risque d’un cancer.
Il y a des biomarqueurs pour les tests de dépistage et/ou de diagnostic, de prognostic et de suivi.
Chez OncoDNA, nous sommes seulement intéressés par les biomarqueurs pour le suivi du cancer du
patient.

Le suivi en cancérologie

Le suivi d’un patient avec un cancer solide (sein, colon, prostate par exemple) inclus deux
situations:

• Le suivi de la réponse au traitement jusqu’à la rémission de la tumeur. Dans la première

phase, le suivi du traitement est effectué essentiellement en estimant la masse de la tumeur
avec l’imagerie médicale (CT scan, MRI).
• Le suivi du patient pour détecter l’apparition d’une récidive ou d’une métastase.

Cependant la limitation principale de l’imagerie

médicale avec la tomographie par émission de positrons (PET scan) est qu’elle ne peut être
effectuée dans les 4 semaines après la chimiothérapie. Elle ne peut pas non plus être effectuée
dans les 3 mois après une radiothérapie. Dans le cas de la chimiothérapie, le résultat serait un
faux négatif et dans le cas de la radiothérapie un faux positif. De plus, l’imagerie détecte
seulement des tumeurs primitives et des métastases plus grandes que 0.5 cm dans le meilleur
des cas, ce qui est un facteur très limitant. Dans les années 2000, le PET scan, en combinant
l’injection d’un radioisotope avec un scanner révolutionna le suivi des patients atteints d’un
cancer. Un simple examen en utilisant cette technique peut identifier la position précise des
métastases et la récidive d’un cancer avec une plus grande sensibilité que l’imagerie
classique.

Ces méthodes d’imagerie sont aussi très coûteuses et ne sont pas toujours disponibles dans les
hôpitaux. Elles sont aussi toxiques dans une certaine mesure. Pour faire face à ces limitations,
le cancérologue peut dans certains cas utiliser des biomarqueurs dans le sang ce qui donne une
approximation de la masse tumorale ou du risque d’apparition d’une métastase.
Pour certains cancers, il y a des biomarqueurs dans le sang qui sont par exemple des protéines
normales sécrétées par la tumeur dans le réseau sanguin. Ils sont donc facilement mesurables
dans des laboratoires de biologie clinique par simple test sanguin et pour un coût largement
inférieur à l’imagerie.
Cependant, il n’y a pas des biomarqueurs pour tous les types de cancer. De plus, ces
biomarqueurs sont aussi sécrétés en petite quantité par les tissus sains. Avec beaucoup de faux
négatif, leur spécificité et leur sensibilité sont donc trop faibles pour qu’une décision
thérapeutique soit prise sur base de cette mesure. Le niveau des biomarqueurs dans le sang
doit être interprété avec prudence, car une augmentation peut démontrer l’existence d’un
cancer mais aussi peut être indicatif d’autres problèmes sans lien avec le cancer. Les
biomarqueurs qui sont le plus intéressants et pertinents pour le diagnostic sont l'alphaFP pour
le cancer du foie et le PSA pour le cancer de la prostate.

Les biomarqueurs de tumeurs pour les cancers solides aident principalement le clinicien à
choisir le meilleur moment pour effectuer une imagerie médicale, dans le but de mesurer la
réponse au traitement et détecter les récidives.
Pour la leucémie chronique myeloïde (CML), la situation a changé radicalement depuis les
années 1990. Les techniques de biologie moléculaire peuvent aujourd’hui identifier une
anomalie génétique dans les cellules cancéreuse des patients avec une CML. Cette anomalie
génétique (fusion de gènes) qui est présente dans presque tous les patients atteints par cette
maladie.
Cette anomalie génétique a un atout essentiel car elle est absente dans les cellules saines et est
uniquement présente dans les cellules leucémiques. C’est donc un marqueur propre à la
maladie. Comme les techniques de biologie moléculaire sont extrêmement sensibles, il est
possible de détecter juste quelques cellules dans le flux sanguin du patient.
Ce biomarqueur a remplacé les autres techniques de surveillance pour les patients CML. Le
suivi de la réponse au traitement et la détection d’une récidive est faite de manière routinière
avec un simple test sanguin. Il n’est plus nécessaire de faire des examens de la moelle épinière
ou des analyses sangines au microscope comme auparavant.
Pour les tumeurs solides, ce type d’anomalie génétique a été aussi identifié dans la plupart des
cancers.
Cependant, la situation est différente car chaque patient a des anomalies propres à lui. Nous
devions donc attendre que les techniques pour identifier ces anomalies soient plus abordables
avant d’utiliser la même stratégie que pour les patients CML.

Dans les tumeurs solides, l’utilisation de marqueurs génétiques spécifiques procure les
avantages suivants :

1. Éviter l’utilisation de la radiologie pour la confirmation de la réponse au traitement.

2. Permettre la détection rapide d’une récidive. Les patients sont traités plus rapidement ce
qui est plus efficient et moins coûteux que de traiter la maladie a un stage plus avancé.
3. Remplacer l’imagerie médicale par la détection de récidive pour les cancers n’ayant pas de
marqueur de tumeur.
Notre approche globale aide au choix du médicament et au suivi du
cancer
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La vérification histologique de la tumeur est le premier pas. Cela est essentiel pour permettre
au pathologiste de confirmer le diagnostic, d’évaluer le pourcentage de cellules tumorales
dans l’échantillion et sélectionner la partie de la tumeur la plus appropriée sur laquelle
l’analyse génomique sera effectuée.

Les cellules tumorales ont des modifications génétiques qui leur donnent un avantage de
croissance par rapport aux cellules normales. Ces modifications génétiques ou mutations
détectées par le séquençage ADN sont aujourd’hui la cible de nouvelles thérapies qui tuent
sélectivement les cellules tumorales.

L’analyse génétique de la tumeur d’un patient identifie les mutations spécifiques et rend
possible le choix d’un traitement personalisé, i.e. un médicament qui cible le gène muté. Cette
révolution dans le traitement du cancer qui s’est effectuée durant les récentes années est
appelée la médecine personnalisée.

Le suivi de l’évolution de la tumeur chez un patient et sa réponse ou résistance à un traitement

peut aujourd’hui être affiné en utilisant des biomarqueurs spécifiques à la tumeur. De plus, les
modifications génétiques dans la tumeur peuvent être détectées dans le sang du patient (ADN
tumoral circulant), fournissant un outil pour le suivi quantitatif de la tumeur.