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29/08/22 – 11h15-12h15
Abigaïl DURAND UE 04 - Infectiologie - Pr.GAUDY-GRAFFIN
Sommaire
Virus : Classification, structure et cycle réplicatif 3
I. Introduction 3
A) Définition du virion 3
B) Taille des virus 3
C) Classer et nommer les virus 4
D) Bases de la classification 5
1. Description d’un virus, de l’extérieur vers l’intérieur 5
A) Rôle de la capside 10
B) Conformations géométriques variables 10
1. Nucléocapside à symétrie hélicoïdale (virus de la mosaïque du tabac) 10
2. Capside à symétrie icosaédrique 11
3. Capside icosaédrique à 32 capsomères (Picornavirus) 11
4. Capside icosaédrique à 162 capsomères (Herpes virus) 11
5. Capside icosaédrique à 252 capsomères (Adénovirus) 11
6. Capside à symétrie complexe (Poxviridae molluscum) 12
A) Le virus de la grippe 12
B) Hémagglutinine et neuraminidase 13
C) Sensibilité des virus enveloppés aux solvants des lipides 13
D) Etapes d’un cycle productif de multiplication 13
E) Entrée des virus dans les cellules 14
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1. Fusion des membranes virales et cellulaires (virus enveloppés) 14
2. Endocytose (virus nu ou enveloppé) 15
F) Propriétés de la cellule hôte 15
G) Types d’infection de la cellule 15
Salut les loulous, bienvenue dans ce deuxième chapitre de virologie fondamentale. C’est un cours
introductif plutôt simple sur la structure, la classification et le cycle réplicatif des virus. La prof a surtout
présenté des généralités et s’est pas mal répété donc on a essayé de rendre le ronéo le plus clair et concis
possible ! Si vous avez des questions n’hésitez pas à nous les envoyer à @abi_drnd et @lisa_scia sur insta.
Le diapo est disponible sur Célène et la prof nous a aussi parlé de podcast d’infectio préparés par le fac-lab
(sur le VIH, les marqueurs diagnostics et l’hépatite B) qui devraient être disponibles dans le semestre. C’est
tout pour nous, enjoy et on se retrouve pour la partie QCM ! J
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I. Introduction
A) Définition du virion
La virologie est une discipline récente, innovante, inscrite dans les contextes d’alertes sanitaires et qui
allie recherche et clinique.
En 1953, avant le développement de la virologie, le biologiste A.Lwoff (prix Nobel de physiologie en 1965)
décrit pour la première fois le virion et le définit comme une « unité infectieuse » qui se transmet. Il admet
qu’un virus :
- Présente un seul type d’acide nucléique portant l’information génétique (décryptée grâce aux
méthodes de séquençage)
- Se reproduit uniquement à partir de son matériel génétique
- Est un parasite absolu de la cellule hôte mettant à profit la machinerie cellulaire pour assurer sa
propre réplication
Malgré leur aspect rudimentaire et leur très petite taille, les virus constituent selon A.Lwoff une forme
très élaborée de parasitisme. Ils ne possèdent pas de système d’énergie et ne peuvent se reproduire
qu’au sein d’une cellule vivante en détournant sa machinerie énergétique.
v Applications cliniques :
• Le Sars Cov 2 assure sa pérennité en se transmettant facilement entre les individus. A l’inverse
d’un virus mortel comme Ébola, le Covid-19 infecte des patients qui « restent sur pieds » et
deviennent des vecteurs de transmission du virus.
Les virus s’insèrent dans les cellules pour les parasiter. Ils peuvent ensuite détruire ces dernières ou rester
silencieux en attendant la réactivation des gènes de leurs fragments de génome (exemple du virus de
l’Herpès).
Ø Exemple : Les patients infectés par le VIH ne possèdent plus de CD4 présents sur les lymphocytes car
le virus déclenche un cycle lytique en entrant dans ces cellules.
Les virus sont généralement nettement plus petits que les bactéries (de l’ordre du micron) et leur taille
varie d’une dizaine de nanomètres (10-9 m) ou angströms (10-10 m) pour les plus petits à quelques
centaines de nanomètres pour les plus gros.
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Remarque :
- Le staphylococcus aureus est une bactérie qui mesure 1 micron (10-6 m)
- Le plus gros virus est un virus à ADN responsable de la variole du singe, le Poxvirus (10-9 m)
- Le plus petit virus est le Picornavirus responsable de la poliomyélite
La microscopie électronique repose sur l’utilisation d’électrons et donne des images en noir et blanc, sur
fond blanc ou noir en coloration négative. L’emploi de systèmes contrastants permet de visualiser la
forme et l’extérieur du virus.
La biologie moléculaire et la sérologie sont également adaptées à l’étude des virus.
La microscopie électronique est adaptée à l’étude d’un virus émergent mais pas à l’urgence
diagnostique
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A l’intérieur des familles, on distingue plusieurs genres :
- Désignés de la même manière mais « viridae » est remplacé par « virus »
• Exemple : les genres Herpesvirus, Myxovirus, Adenovirus…
Les bactéries sont dites « clonales » et ne se diversifient que lorsqu’elles deviennent antibio-résistantes.
A l’inverse, la complexité de la virologie réside dans sa diversité.
Ø Exemple : On distingue de nombreux coronavirus : SARS-CoV-1, SARS-CoV-2, Merscoronavirus...
Les virus subissent de nombreuses mutations qui imposent de faire des classifications au sein des
espèces.
D) Bases de la classification
En 1962, A.Lwoff a défini la classification des virions selon les caractéristiques suivantes :
- La nature de l’acide nucléique du virion
- La symétrie de la caspide
- La présence ou absence d’enveloppe
ü NB : Les détergents détruisent les lipides des enveloppes virales. Ces dernières permettent donc la
protection des virus mais sont fragiles
- Un virus peut ensuite présenter une capside très résistante qui entoure et protège le génome viral.
Cette capside peut former des motifs géométriques complexes participant à sa solidité.
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2. Virus à ARN
Il existe de très nombreux virus dont le génome est composé d’ARN.
Ø Exemples : Les Coronaviridae, les Picornaviridae (responsables de la Poliomyélite), les Rhabdoviridae
(responsables de la rage), les Orthomyxoviridae (responsables de la grippe), les Paramyxoviridae,
Arenaviridae et Bunyaviridae (responsables de fièvres hémorragiques virales) sont des virus à ARN
Les génomes à ARN sont plus complexes que les génomes à ADN puisqu’ils impliquent des intermédiaires
de réplication. Cette caractéristique permet de distinguer un brin positif (+) et un brin négatif (-).
La segmentation des virus à ARN est à l’origine d’une très grande diversité des génomes
C) Diversité virale
1. Exemple des virus à ARN
Les virus à ARN (HIV, hépatite C, Sars-CoV-2) sont d’une grande complexité et sont à l’origine de nombreux
variants.
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Ces virus produisent des copies non conformes de leurs génomes en mettant en jeu une enzyme de
réplication manquant d’activité correctrice. Ainsi, à chaque étape de réplication, les mutations aléatoires
s’accumulent jusqu’à faire naitre ces nouveaux variants.
ü NB : Dans le génome humain, lors des cycles de réplication, les enzymes de réparation corrigent les
erreurs (exemple du système gate keeper ou p53 qui bloque le cycle pour permettre la réparation).
Certains virus à ADN tels que la variole du singe corrigent eux aussi les erreurs de réplication, à la
différence des virus à ARN.
Ces mutations permanentes permettent aux virus à ARN de fuir le système immunitaire de l’hôte qu’ils
infectent. De nouveaux anticorps doivent en effet être produits par l’hôte pour lutter contre les différents
variants.
La diversification des variants des virus à ARN leur permet l’échappement immunitaire
Cette multitude d’erreurs aléatoires peut néanmoins créer des virus délétères. Certaines catégories de
virus sont donc vouées à s’éteindre progressivement à cause des mutations.
v Application clinique :
• L’extinction d’un virus peut être liée à un traitement induisant une pression de sélection
responsable de mutations. On parle de traitements mutagènes provoquant des « erreurs
catastrophes » délétères pour le virus.
Au fil des erreurs aléatoires, certains virus peuvent présenter des mutations désavantageuses de leur
enzyme de réplication.
Toutefois, les mutations sont majoritairement en faveur des virus car ces derniers ont une activité de
réplication très importante.
Ø Exemple : Le virus de l’Hépatite C produit 1012 particules virales par jour. Si parmi elles, 2/3 présentent
un avantage sélectif ou « fitness favorable », l’effet adaptatif est plus fort que l’effet délétère. Le virus
assure ainsi sa pérennité et la persistance de la réplication virale
L’effet adaptatif apporté par les mutations l’emporte sur l’effet délétère
v Application clinique :
• Les nouveaux variants du Sars-CoV-2 sont apparus chez des patients immunodéprimés qui ont
répliqué le virus pendant plusieurs mois. Les nombreux variants créés ont alors développé un
fitness plus avantageux que les anciens.
Les bactéries se reproduisent selon un profil clonal et sont presque identiques d’une génération à la
suivante.
Les virus ont un autre fonctionnement : une fois l’hôte infecté, le virus parent produit des générations de
virus enfants tous légèrement différents les uns des autres. On les appelle les « quasi-espèces ».
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La diversité virale parmi les virus à ARN s’explique donc par :
- De nombreuses mutations :
• Erreurs de la transcriptase inverse (VIH) ou de l’ARN polymérase (VHC)
• Défaut d’activité correctrice lors de la réplication
o Exemple : une mutation à chaque cycle réplicatif pour le VIH-1
- Un haut niveau de réplication (1012 virions du VHC produits par jour)
- La persistance d’une réplication virale
• Exemple : infection chronique au VIH ou VHC avec création de « quasi-espèces » donnant une
diversité virale au sein de l’individu infecté
- Les recombinaisons génétiques
• Exemple : les échanges de fragments de génomes viraux produisent des réassortiments de virus
• La recombinaison génétique désigne l’accolement de fragments provenant de génomes différents
o Exemple : Co-infection d’une cellule par différentes souches virales, comme le HIV-C et le HIV-
I ou plusieurs souches d’Hépatite C. La résultante de ces accolements de génomes est la
création d’un virus recombinant.
Remarque : Les recombinaisons génétiques observables entre les virus dans la nature peuvent être
reproduites en laboratoire. Il existe ainsi une réglementation stricte vis-à-vis de ces manipulations
effectuées dans le cadre de la recherche pour éviter les dérives et la propagation de virus nocifs.
Les différentes souches virales peuvent être classées selon leur degré d’homologie de séquences.
Les virus sont classables selon leurs informations génétiques grâce aux arbres phylogénétique ou
arbres généalogiques
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Il est également possible de faire des échelles de temps pour connaître le virus ancestral par rapport à
d’autres virus. On parle de phylogéographie, phylopaléontologie ou paléontologie virale. En effet, il est
possible de retrouver dans les fossiles le génome des virus pour comprendre les liens de parenté.
Ø Exemple : Le virus de l’hépatite B a été retrouvé dans des fossiles.
Ø Exemple : Le virus de l’hépatite C contient un ARN qui donne au final une grande protéine. Cette
protéine est coupée par le virus pour faire une forme complète.
Le « coupage » des protéines (pour les adresser à la surface, en faire des protéines de capside...) est
nécessaire au virus. Une grande protéine n’est pas utilisable par le virus, mais lorsqu’elle est coupée, le
virus la réassemble et elle devient mature.
Les protéines sont uniquement utilisables par un virus si elles sont coupées
Le virus rentre dans la cellule, libère son génome (la capside est détruite), duplique son information
génétique (en grand nombre) et synthétise de nouvelles protéines et enzymes : l’ADN code pour des ARN
messagers précoces qui donnent des protéines précoces (souvent protéines enzymatiques).
Pour répliquer un génome il faut des enzymes et ce sont ces protéines précoces enzymatiques qui sont
utiles à la réplication de l’ADN. L’ADN va se transcrire en ARN messager tardif qui va finalement donner
les protéines de structure (capside, enveloppe).
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Pleins de virulons vont alors se former et sortir de la cellule. C’est le cycle classique des virus, mais certains
cycles peuvent être bloqués à différents stades (ARN précoce par exemple).
A) Rôle de la capside
La capside assure 2 rôles :
- C’est un bouclier protecteur qui doit protéger le génome
- S’il n’y a que la capside, elle doit permettre la liaison aux récepteurs
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ü NB : Les structures icosaèdres sont retrouvées dans la nature, chez les plantes, les animaux et les virus
La structure est complexe, car des unités de structures protéiques s’assemblent pour former des SU (=
capsomères), qui s’assemblent pour faire des triangles (= face) et chacun des triangles va s’assembler pour
former un icosaèdre. Ce sont des structures très stables.
Les Picornavirus (virus polio) ont une capside très résistante et sont donc très stables, mais ne peuvent
donc pas se répliquer.
Sur certaines images, il est possible d’observer des ramifications qui correspondent aux protéines qui se
fixent aux récepteurs.
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C’est un virus non géométrique dans sa capside. Il a une structure biscornue appelée symétrie complexe.
C’est un cas à part dans le monde viral.
A) Le virus de la grippe
Le virus de la grippe a une enveloppe virale très importante car elle peut porter des structures majeures.
Lorsque l’on parle de virus H3N2, cela signifie Hémagglutinine 3 SU et Neuraminidase 2 SU. Il y a une telle
diversité des structures externes dans le virus de la grippe qu’il est possible de définir une nomenclature
pour les classifier.
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B) Hémagglutinine et neuraminidase
L’hémagglutinine permet :
- L’attachement du virus à la cellule (récepteur : acide sialique)
- L’entrée du virus à l’intérieur de la cellule
- L’activité fusogène de HA
- Cible majeure de la réponse anticorps (anticorps protecteurs induits par vaccination)
Les virologues étudient beaucoup les enveloppes virales car elles sont la cible des anticorps.
Neuraminidase :
- Action par libération des virions néoformés
- Cible des anticorps
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- Synthèse des macromolécules (duplication du génome)
• Fabrication des ARNm
• Synthèse des protéines
• Réplication des génomes
- Etapes tardives
• Assemblage du virus et relargage dans le milieu extérieur
Le virus libéré doit rentrer dans les cellules via des récepteurs.
Il y a 3 possibilités :
- Les virus enveloppés fusionnent leur enveloppe avec la membrane cellulaire
- Les virus nus qui n’ont pas d’enveloppe rentrent par endocytose
- Il peut également y avoir la formation d’un pore à la surface de la cellule qui permet l’entrée du virus
Le virus s’attache à un récepteur, entraînant la fusion des 2 membranes et permettant au génome viral
de pénétrer dans la cellule.
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- Une cellule sensible à un virus est capable d’être infectée naturellement (avec la présence de
récepteurs adaptés)
• Exemple : cellules humaines ou simiennes sensibles au Poliovirus
- Une cellule permissive est une cellule dans laquelle on peut introduire un génome artificiellement et
reproduire un cycle dans la cellule (sans récepteurs)
• Exemple : cellules murines ou aviaires pour le Poliovirus
Certains virus rentrent dans une cellule, mais ont une expression interrompue, donc la cellule ne sera pas
modifiée et il n’y aura pas de virions produits.
- On parle d’infection abortive (plutôt favorable)
Contrairement à l’infection abortive, l’infection persistante ou infection latente n’est pas favorable. En
effet, le virus peut réaliser une infection productive puis entrer dans une phase de latence.
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Il exprime alors des génomes de latence sans lyser la cellule.
Le génome peut ainsi rester silencieux dans la cellule ou voir sa réplication inhibée par des protéines
exprimées par le virus.
Il n’y aura ainsi aucune production de virion. Cependant, à n’importe quel moment, l’infection peut
basculer entre productive et persistante.
v Application clinique :
• A l’heure actuelle, aucun traitement ne permet de guérir l’herpès labial de façon définitive. En
effet, même la prise d’aciclovir en comprimés (antiviral puissant) n’empêche pas toujours le virus
de récidiver
• La clé pour curer ces infections latentes n’a donc toujours pas été trouvée.
• Dans le cas de l’hépatite B, l’HBV cure est un programme de recherche qui existe depuis 10 ans
pour tenter de détruire définitivement ce virus hépatique
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Voilà le tableau de la classification simplifiée des virus
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Virus à ARN
Virus à ADN
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Correction QCM 1 : BCD
A. Faux. Le nom d’une famille virale présente le suffixe « viridae » tandis que le nom d’un genre se
termine par « virus ».
B. Vrai. Les virus sont classés par familles subdivisées en genres puis en espèces.
C. Vrai. Un nom d’espèce fait souvent appel à des abréviations.
D. Vrai. L’ICTV (comité international de taxonomie) a récemment reconnu et validé un nouveau sous-
type d’hépatite C.
E. Faux. La capside virale entoure et protège le génome viral tandis que l’enveloppe est située à
l’extérieur de la capside.
Correction QCS 2 : C
A. Faux. Un virus est un parasite détournant la machinerie cellulaire de l’hôte infecté pour assurer sa
réplication.
B. Faux. Un virus est dépendant de la machinerie énergétique de la cellule qui infecte.
C. Vrai. Le génome viral peut être composé d’ADN ou d’ARN.
D. Faux. La microscopie optique se limite à l’étude des bactéries tandis que la microscopie
électronique permet d’observer les virus.
E. Faux. L’ordre de grandeur du virus est le nanomètre tandis que l’ordre de grandeur la bactérie est
le micron.
Correction QCS 3 : B
A. Faux. Un virus à ADN présente l’entièreté de son génome sur une même chaîne d’information
génétique tandis qu’un virus à ARN peut présenter un génome fragmenté.
B. Vrai. La segmentation des virus permet l’apparition de virus réassortants appartenant à un
nouveau genre.
C. Faux. Un haut niveau de réplication induit majoritairement l’apparition de variants au fitness
avantageux. L’effet adaptatif apporté par les mutations l’emporte donc sur l’effet délétère.
D. Faux. Les recombinaisons génétiques donnent naissance à des virus recombinants.
E. Faux. Les bactéries se reproduisent selon un modèle clonal tandis que les virus se diversifient en
quasi-espèces.
Correction QCM 4 : AD
A. Vrai. La capside virale est un bouclier protecteur qui doit protéger le génome et permettre la
liaison aux récepteurs.
B. Faux. La capside du virus de la mosaïque du tabac a une structure hélicoïdale.
C. Faux. Les capsides à symétrie icosaédriques sont des structures très stables et ont 12 sommets, 20
faces et 20 arrêtes.
D. Vrai. Les picornavirus (virus polio) ont une capside très résistante qui ne permet pas la libération
du génome, donc ils ne peuvent pas se répliquer.
E. Faux. L’adénovirus a une capside icosaédrique à 252 capsomères.
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Correction QCM 5 : AD
A. Vrai. L’enveloppe virale est la cible des anticorps.
B. Faux. L’hémagglutinine permet l’attachement du virus à la cellule.
C. Faux. Les virus nus sont résistants au milieu extérieur, contrairement aux virus enveloppés qui
sont fragiles en milieu extérieur.
D. Vrai. Les virus enveloppés peuvent entrer dans la cellule hôte par fusion des membranes,
endocytose ou par un pore cellulaire, alors que les virus nus ne peuvent qu’entrer dans la cellule
hôte par endocytose ou par un pore cellulaire.
E. Faux. Une infection productive conduit à la lyse de la cellule, tandis que l’infection abortive ne
modifie pas la cellule.
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