Cours N° 3

Virus respiratoires
SARS-CoV-2 « Covid-19 »

Dr. TOUATI Meriem

Département de Biologie
Faculté SNV
Université Oran1
1
 Introduction
Les infections virales respiratoires constituent une partie
importante des pathologies infectieuses humaines:

• Fréquence de certaines atteintes: rhume, grippe

• Gravité des autres atteintes notamment sur certains terrains :

* bronchiolite à RSV du nourrisson,
* grippe des personnes âgées,
* pneumonies virales de l’immunodéprimé.

• Caractère épidémique de la plupart d’entre elles.

Quels sont les virus responsables ?
 1- Virus respiratoires classiques

Tropisme presque exclusif pour les cellules ciliées des muqueuses

respiratoires
• Virus influenza A, B
• Virus parainfluenza 1, 2, 3
• Virus respiratoire syncytial
• Adénovirus
• Rhinovirus
• Coronavirus

Tropisme pour de nombreux types cellulaires dont les cellules

ciliées des muqueuses respiratoires
• Entérovirus
 2- Virus respiratoires émergents

Nouveaux
• Metapneumovirus humain 1, 2
• Coronavirus : SARS et NH63

Identifiables par les outil moléculaires

• Virus influenza C
• Virus parainfluenza 4
• Coronavirus OC43, 229E
3- Virus respiratoires opportunistes

Dans le cadre d’infections généralisées

• Herpes simplex
• Cytomégalovirus
• Virus d’Epstein-Barr

Post-éruptifs
• Virus de la varicelle
• Virus de la rougeole
 Les virus respiratoires
• Virus influenza A, B
• Virus parainfluenza 1, 2, 3
• Virus respiratoire syncytial
• Adénovirus >200 sérotypes
• Rhinovirus
• Coronavirus
• Métapneumovirus
• Entérovirus

Syndromes cliniques respiratoires

Rhume, laryngite, trachéite, bronchite, bronchiolite, pneumonie, grippe
 Les virus respiratoires
Chaque syndrome clinique respiratoire viral est en général
caractéristique d’un groupe de virus respiratoires

Pas de spécificité étiologique:

Plusieurs virus différents peuvent être responsables du
même syndrome clinique

IMPORTANCE DU DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE

Les principaux syndromes cliniques respiratoires
Epidémiologie des virus respiratoires
 Epidémiologie des virus respiratoires

Source de virus = les enfants

• Primo-infection dès la petite enfance

• Réinfections possibles et fréquentes au cours de l’enfance et à
l’âge adulte:
o Immunité non définitive (variations antigéniques/ influenzav.,
rhinov.)
o Immunité requiert plusieurs contaminations successives: VRS,
parainfluenza
o Immunité contre le sérotype infectant
 Epidémiologie des virus respiratoires

Modes de transmission:

• Direct: Aérienne (aérosol)

• Indirect: Mains des sujets infectés, objets, vêtements,

surfaces usuelles
Exemples du virus SARS-COV-2
 COVID 19

• Maladie à coronavirus 2019 (de l’anglais "coronavirus

disease 2019") (nomenclature OMS, 11 février 2020 ) ;
• 3 ème cas documenté de transmission d'un coronavirus
;
animal à l'homme (zoonose) en seulement deux décennies;
• Provoquée par une souche de Coronavirus appelée SARS
CoV-2 (de l’anglais "Severe Acute Respiratory Syndrome
Coronavirus") ;
• signalée pour la première fois à Wuhan, en Chine, le 31
décembre 2019.
 Le virus SARS-COV-2

• Plusieurs coronavirus étaient déjà connus pour être capables

d’infecter les humains :
 Quatre coronavirus saisonniers responsables de symptômes
hivernaux sans gravité (rhumes).
 Le SARS-CoV responsable du syndrome respiratoire aigu sévère
(SRAS)
 Le MERS-CoV responsable d’une atteinte respiratoire
potentiellement sévère (Middle East Respiratory Syndrome).
 Le SARS-CoV-2 est le septième coronavirus pathogène pour
l’Homme.
 Le virus SARS-COV-2

• Appartient à la même espèce biologique que SARS-CoV

responsable de l'épidémie de SARS en 2003.

• A franchi la barrière des espèces pour provoquer des

pneumonies atypiques mortelles chez l’Homme.

• Semble être très contagieux et s'est rapidement répandu dans

le monde entier. ;

• Un réel problème de santé mondial : l‘infection au coronavirus

du syndrome respiratoire aigu sévère 2 est responsable de la
pandémie dramatique actuelle.
 Classification

 Domaine : Riboviria
 Ordre : Nidovirales
 Sous ordre : Cornidovirineae
 Famille : Coronaviridae
 Sous famille : Orthocoronavirinae
 Genre · Betacoronavirus
 Sous genre : Sarbecovirus
Espèce : SARSr CoV(Severe acute respiratorysyndrome- related
coronavirus)
 Souche : SARS CoV-2
Structure du SARS CoV-2

Structure de la particule virale SARS CoV-2

 Structure du SARS CoV-2
 Taille : ~ 120 nm de diamètre.
 Forme : ronde ou elliptique et souvent pléomorphe,
 Enveloppe :
 Bicouche phospholipidique,
 3 protéine structurales :
(i) Glycoprotéine spike (S),
(ii) Hémagglutinine estérase (HE),
(iii) Glycoprotéine de membrane (M).
 Nucléocapside + protéines non structurales (nsp1-nsp16).
 Nucléocapside : hélicoïdale =>
(i) Protéine structurale (N) associée au génome,
(ii) Génome : ARN monocaténaire (simple brin), de polarité positive,
Longueur : 29 903 nucléotides
 Cycle de réplication du SARS CoV-2
Réplication cytoplasmique :
Attachement/fusion : Adsorption de la
glycoprotéine S du virus sur l’ACE2 de
surface de la cellule humaine et fusion
enveloppe virale / membrane cellulaire.
Libération du génome viral dans le
cytoplasme.
Traduction de l’ARN viral en protéines
non structurales : complexe réplication /
transcription.
réplication du génome viral et
synthèse des protéines virales
structurales et accessoires.
Les protéines N et les ARN
génomiques néosynthétisés
s'assemblent formerles
nucléocapsides.
Les particules virales néoformées sont
assemblées et excrétées de la cellule
Réplication du SARS-CoV2 via le réticulum endoplasmique
rugueux (RER) et l’appareil de Golgi.
 Évolution du SARS-COV-2

• Les mutations apparaissent de façon aléatoire lorsque les

virus se multiplient : elles correspondent à des erreurs qui
peuvent survenir lors de la réplication de leur génome.
• Le SARS-CoV-2 a initialement été considéré comme plutôt
stable, car il possède une exoribonucléase qui corrige ces
erreurs.
• Etant donné l’ampleur et la durée de la circulation du virus
dans le monde, de très nombreuses mutations du SARS-CoV-2
ont progressivement émergés et ont été identifié.
• Il s’agit de mutations qui confèrent au virus une meilleure
capacité à survivre et à s’adapter à son environnement.
 Évolution du SARS-COV-2

• Le plus souvent, ces mutations conduisent à de petites

modifications du génome viral qui n’ont pas de conséquences
préoccupantes.
• Toutefois, certaines peuvent conduire à :
 des variations de la transmissibilité du virus,
 de la sévérité de l’infection qu’il provoque,
 de sa sensibilité à l’immunité acquise via de précédentes
infections ou la vaccination.
 Variants du SARS-COV-2

• Les variants Alpha (variant « britannique » ou B.1.1.7)

et Delta (variant « indien » ou B.1.617.2), considérés comme
étant plus contagieux que la souche virale « historique ».
• Les variants Bêta (« sud-africain » ou B.1.351) et Gamma
(« brésilien » ou P.1), a priori moins sensibles à l’immunité
acquise grâce à un vaccin ou à une infection antérieure.
• Le variant Omicron, apparu simultanément dans plusieurs
régions du globe en novembre 2021, plus transmissible que
les précédents variants. Il représente aujourd’hui la forme
prédominante de circulation du SARS-CoV-2 dans le monde.
 Variants du SARS-COV-2

• Du fait de l’apparition de sous-variants, Omicron originel

B.1.1.529, est divisé en deux sous-lignages, BA.1 et BA.2, ce
dernier étant devenu rapidement prédominant.
• Trois autres sous-variant (BA.3, BA.4 et BA.5), rares, ont
également été identifiés.
• Omicron présente des différences au niveau de la structure de
la protéine Spike et de protéines d’enveloppe qui lui confèrent
une transmissibilité accrue et, potentiellement, une plus
grande résistance à l’immunité préexistante que les précédents
variants.
• Le variant XD (ou Deltacron) est un virus hybride des variants
delta et omicron formé probablement chez une personne co-
infectée par les deux formes du virus.
 Caractères physico-chimiques

Comme les autres Coronavirus, le SARS CoV-2 :

• est sensible aux rayons ultraviolets et à la chaleur (56°C) ;

• peut être efficacement inactivés par: les solvants lipidiques,
notamment l'éther (75 %), l'éthanol, les désinfectants chlorés
,
( eau de javel), l'acide peroxyacétique et le chloroforme.
 Caractères épidémiologiques

Origine du virus et réservoir :

Origine potentiel du SARS CoV-2 :
Bien que ses origines ne soient pas entièrement comprises,
plusieurs études (séquençage du génome viral) ont suggéré que
le SARS-CoV-2 :
 est issu d’un virus du monde animalqui a franchi la barrière
inter-espèces ;

 a probablement évolué à partir d'une souche trouvée chez

les chauves-souris.
 Caractères épidémiologiques

Origine du virus et réservoir :

Réservoir du SARS CoV-2 :

Humain représenté par :

 les malades et

 les porteurs asymptomatiques (=> diffusion !!!!)

 Caractères épidémiologiques

Temps d’incubation

 La durée moyenne d'incubation est de 2 à 5 jours en général

mais peut s'étendre jusqu’à 14 jours.

 Pendant cette période, le sujet peut être contagieux.

 Dès la fin de la période d’incubation, Charge virale élevée.

 Caractères épidémiologiques
Transmission
La transmission interhumaine du SARS-CoV-2 se produit par :
voie respiratoire ou manuportage.

Voie respiratoire : inhalation de gouttelettes ou d’aérosols

infectieux émis lors d’éternuements, de toux ou de discussion
par le patient ou un porteur asymptomatique.

=> les contacts étroits avec une personne infectée sont

nécessaires pour transmettre la Covid 19 : même lieu de vie,
contact direct à moins d’un mètre lors d’une toux, d’un
éternuement ou une discussion en l’absence de mesures de
protection.
 Caractères épidémiologiques

Transmission

Manuportage : contact des mains avec des surfaces

fraîchement contaminées par des gouttelettes infectieuses puis
avec le visage. En fait, la bouche, le nez ou les yeux sont des
portes d'entrée possibles du virus dans l’organisme.
 Caractères épidémiologiques

Transmission
Face au SARS CoV-2, des gestes simples sont indispensables pour
préserver sa santé, celle de son entourage et des autres citoyens :
Se lavertrès fréquemment les mains avec du savon ou un
gel hydroalcoolique ;
Tousser ou éternuer dans soncoude ou dans un mouchoir ;
 Saluer sans se serrer la main, éviter les embrassades ;
 Utiliser des mouchoirs à usage unique ;
Eviter les rassemblements, limiterles déplacements et les
contacts.
 Caractères épidémiologiques

Facteurs de risque
Les principaux facteurs de risque de développer des formes plus
sévères de la Covid-19 connus sont l’âge avancé et la présence de
maladies associées, particulièrement les maladies
cardiovasculaires, le diabète ou l’insuffisance respiratoire
chronique.
Cependant, les patients plus jeunes peuvent également présenter
des symptômes de maladie graves, nécessitant des thérapies de
soins intensifs.
 Caractères épidémiologiques

Ampleur de l'épidémie de SARS CoV-2 / COVID-19

La Covid 19 est pandémique : l’infection à SARS CoV-2 a touché

toutes les régions du monde.

Cas confirmés 375498

Décès 16362
Pays ou territoires touchés 195
OMS, 24 mars 2020

15 mars 2023, plus de 630 millions de cas confirmés de COVID-19

 Caractères épidémiologiques
Ampleur de l'épidémie de SARS CoV-2 / COVID-19

Pr. I. MAROUI ; FMD

OMS, 24 mars 2020

 Caractères épidémiologiques
Ampleur de l'épidémie de SARS CoV-2 / COVID-19

Les données les plus actualisées concernant l'épidémiologie de

cette pandémie émergente peuvent être trouvées dans les
sources suivantes :

 The WHO Novel Coronavirus (COVID-19) Situation Board.

The Johns Hopkins Center for Systems Science and Engineering
site for Coronavirus Global Cases COVID-19, which uses openly
public sources to track the spread of the epidemic.
 Physiopathologie et aspects cliniques
Pouvoir pathogène
Tropisme du SARS CoV-2 pour les cellules humaines à ACE2,
enzyme présente sur les cellules :

(i) endothéliales (cœur et vaisseaux sanguins);

(ii) épithéliales du poumons, de l’intestin et du rein.

 La glycoprotéine S du SARS CoV-2 se fixe sur l’ACE2 et favorise

l'entrée du génome viral dans la cellule cible
=> multiplication virale.
 Physiopathologie et aspects cliniques

Aspects cliniques
La plus part des symptômes de la Covid 19 sont semblables à ceux
de la grippe et du rhume saisonniers, l'OMS (10 mars, 2020) a
décrit la fièvre et une toux sèche comme les symptômes les plus
courants, qui touchent respectivement près de 90 et 70 % des
sujets infectés.
En outre, des patients atteints de COVID-19 souffrent de fatigue,
de dyspnée, certains patients ont présenté des symptômes
d'infection gastro-intestinale, des conjonctivites, des dépressions
et des maladies dermiques entre autres.
 Diagnostic virologique

Pour la recherche du SARS CoV-2 :

 Phase pré-analytique => Prélèvements ;

Diagnostic virologique: détection du virus dans les
prélèvements et sa caractérisation => 2 approches :

(i)Diagnosticdirect : Mise en évidence du virus lui-même

et/ou de l’un de ses constituants ; et

(ii)Diagnosticindirect : Mise en évidence des anticorps

synthétisés suite à une infection virale (réponse de l’hôte à
l’infection).
 Diagnostic virologique

 Prélèvements :
 Ecouvillonnage nasopharyngé, aspiration nasopharyngée,
expectoration, lavage broncho-alvéolaire, aspiration bronchique.
Les prélèvements sur écouvillons nécessitent l'utilisation d'un
milieu de transport.
Les autres prélèvements biologiques doivent être envoyés
sans milieu de transport.
 Utiliser un triple emballage.
Joindre la fiche de renseignements cliniques spécifique
Température de conservation et de transport comprises entre
+2°C et +8°C.
 Diagnostic virologique

 Diagnostic virologique :
(i) Diagnostic direct:

• Repose sur la recherche du génome viral : détection de l'ARN

du SARS-CoV-2 par amplification de gènes spécifiques par RT-
PCR (amplification génique après transcription inverse) en
temps réel.

• Séquençage du génome viral =>

 confirmer la détection du virus ;
 typage viral.
 Diagnostic virologique

 Diagnostic virologique :
(i) Diagnostic indirect :

Les tests immunologiques commerciaux pour détecter le

SARS CoV-2 comprennent :
un double test ELISA : permet de détecter les IgA et IgG
spécifiques contre le virus dans le sang des patients infectés.

un système automatisé de dosage immunologique fluorescent

pour mesurer quantitativement ou semi- quantitativement la
concentration des IgM / IgG.