Université Benyoucef Benkhedda, Alger1 (SNV, L3) Mycologie, Algologie, Virologie

Les virus
Bourahla M.

I. La découverte des virus

Les maladies virales comme la rage, la fièvre jaune, la variole, affectent les humains depuis
des siècles. Cependant, la cause de ces maladies est restée inconnue pendant longtemps. A la
fin du 19e siècle, la conception d’agents infectieux qui n’étaient ni des bactéries, ni des
champignons, ni des parasites était encore difficile.

-Entre 1887 et 1892 : le botaniste russe Dimitri Ivanovski étudia une maladie végétale, la
mosaïque du tabac, et montra que la sève des plans malades contenait un agent infectieux.
Ivanovski pensait qu’il s’agissait d’une toxine ou bien d’une très petite bactérie.

-En 1898 : le chimiste hollandais Martinus Beijerinck démontre qu'il ne s'agit pas d'une
toxine, mais d'un nouvel agent infectieux passé dans le filtrat : il lui donne le nom de "virus-
filtrant". A la même époque, le virus de la fièvre aphteuse des bovidés est le premier virus
identifié chez les animaux.

-Entre 1900 et 1902 : le virus de la fièvre jaune est le premier virus pathogène de l’Homme
identifié.

-C’est pendant la première guerre mondiale que l’anglais Frederick Twort et le

microbiologiste franco-canadien Félix d'Hérelle mettent en évidence le phénomène de « lyse
transmissible » observable par la lyse des bactéries cultivées en milieu solide. Ce phénomène
est dû à un virus de bactéries que Félix d'Hérelle baptisa bactériophage.

-Les virus des plantes, des animaux, de l’Homme et des bactéries étaient ainsi découverts et
leurs listes ne cessèrent de s’allonger au cours du 20e siècle. L’apparition de la microscopie
électronique dans les années 1930 a permis l’observation des virus, mais on ne savait toujours
pas à cette époque ce qu’ils étaient réellement.

-Le biochimiste américain Wendell Stanley cristallisa le virus de la mosaïque du tabac sous
forme de cristal protéique en 1935. L'année suivante des études complémentaires montrèrent
que ce cristal contenait également de l’ARN. Les études ultérieures montrèrent que selon les
virus étudiés, ceux-ci étaient composés soit de protéines et d’ARN, soit de protéines et
d’ADN.

-C’est en 1957 qu’André Lwoff proposa une définition claire et moderne des virus.

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 -A partir des années 1960, le développement des cultures cellulaires, de la microscopie
électronique, puis de la biologie moléculaire a permit aux scientifiques de progresser dans la
compréhension des mécanismes de réplication des virus, dans la réalisation de diagnostics
fiables et dans l’élaboration de vaccin.

II. Propriétés générales

Le mot virus est issu du latin virus, qui signifie « poison ». Un virus est une entité biologique
qui nécessite une cellule hôte, dont il utilise les constituants pour se multiplier.
Ce sont des agents infectieux microscopiques possédant un seul type d’acide nucléique (ADN
ou ARN). Les plus petits ont une taille voisine des ribosomes (Parvovirus, 20 nm- Parvus :
petit). Les plus gros ont une taille légèrement inférieure à celle des plus petites bactéries
(Poxvirus, 300 nm- pox : pustule).
NB : Les Mimivirus des virus à ADN sont particulièrement grands, souvent plus gros que
bien des bactéries, et de ce fait on les qualifie de girus.

Il existe une très grande diversité de virus qui est bien plus que la diversité des trois domaines
Bacteria, Archaea et Eukaryota réunis. Les virus ne peuvent se développer qu’en parasitant les
cellules vivantes (on dit qu’ils sont des parasites intracellulaires obligatoires), dont ils
détournent les synthèses à leur profit. Leur pénétration dans les organismes hôtes
pluricellulaires (animaux et végétaux) et les unicellulaires (bactéries et protistes) se fait par
inhalation, contact et inoculation par des organismes vecteurs (insectes piqueurs, blessures…
etc.).
Une très grande variété de virus provoque des maladies graves, contagieuses, qui prennent le
nom de viroses. Chez les animaux, les principales maladies d’origines virales sont : Le
rhume, la grippe, la varicelle, la rougeole…etc. Des maladies plus sévères comme le SIDA, la
grippe aviaire, la variole, sont aussi causées par des virus. La capacité d’un virus d’entraîner
une maladie est décrite en termes de virulence.

III. Structure des virus

Une particule virale complète, appelé virion, est composée d’un filament d’acide nucléique,
généralement stabilisé par des nucléoprotéines basiques, enfermé dans une coque protéique
protectrice appelée capside. De nombreux virus sont entourés d'une enveloppe (ou péplos)
qui prend naissance au cours de la traversée des membranes cellulaires. Sa constitution est
complexe et présente un mélange d'éléments cellulaires et d'éléments d'origine virale. On y
trouve des protéines, des glucides et des lipides. Les virus possédant une enveloppe sont les
virus enveloppés. Les virus ne possédant pas d'enveloppe sont les virus nus.

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Un virion est obligatoirement constitué de deux éléments:

a. Le génome viral constitue l’information génétique qui est traduite en protéines virales
par la cellule-hôte.
 Le génome viral est soit de l’ADN, soit de l’ARN.
On distingue donc : -des virus à ADN
-des virus à ARN

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L’information génétique est proportionnelle à la taille du virus, on l’exprime en Kilobases
(kb). 1kb représentant la taille d’un gène codant une protéine.

Certain virus à ADN ont un grand génome parce qu’ils utilisent le système de réplication de la
cellule qu’ils infectent :
o L’ADN polymérase cellulaire dispose d’une fonction de relecture : si le nucléotide
qui vient d’être incorporé est incorrect, il est éjecté par l’enzyme.
o La cellule possède de nombreux systèmes de réparation de l’ADN dont les virus
profitent : les erreurs apparues au cours de la réplication de leur génome peuvent être
corrigées.

Tous les virus à ARN ont un petit génome :

o parce qu’un ARN monocaténaire est fragile : Le risque de cassure d’un grand
génome serait beaucoup plus important. Toute cassure entraine l’inactivation du
virion. Certains virus ont contourné cette fragilité en segmentant leur génome. Mais au
moment de l’assemblage, il faut que chaque nouveau virion contienne au moins un
exemplaire de chacun des segments

o parce que les ARN polymérases sont imprécises : La réplication du génome est
beaucoup moins fidèle pour les virus à ARN que pour les virus à ADN. En effet, les
ARN polymérases des virus à ARN n’ont pas les mécanismes de détection et de
correction d’erreurs de copie des ADN polymérases des virus à ADN. Ainsi, les virus
à ARN sont particulièrement sujets aux variations génétiques (HIV, virus de l'hépatite
C).

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 Les Virus à ARN- 5 originalités

1ère : des virus ARN+ et des virus ARN-

La polarité de l’ARN peut être positive (sens) ou négative (antisens)

1) Virus à ARN + : poliomyélite, mosaïque du tabac

L’ARN viral a été immédiatement traduit par des ribosomes cellulaires en protéines virales,
dont une ARN polymérase qui a assuré la réplication du génome. L’ARN viral se comporte
comme un ARN messager (ARNm) après introduction dans une cellule.

2) Virus à ARN - : rage, oreillon, grippe, rougeole

L’ARN viral n’a pas été reconnu par les ribosomes cellulaires. Il nécessite l’intervention
d’une enzyme particulière, l’ARN polymérase ARN-dépendante pour transformer l’ARN
– en ARNm. Le virion doit apporter cette enzyme en même temps que le génome.

2ème : des virus ARN- segmentés

Les Influenzvirus (virus de la grippe) ont un génome à ARN – linéaire formé de plusieurs
segments (7 ou 8). La segmentation d’un génome viral a une conséquence importante :

3ème : des virus avec des segments ambisens

Certains virus ont un génome ARN monocaténaire segmenté, mais certains segments sont
ambisens : une partie ARN- est soudée à une partie ARN+ (Arenaviru, Phlebovirus…)

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4ème : le génome est un ARN bicaténaire segmenté

Les Reovirus possèdent un génome constitué par un ARN bicaténaire linéaire segmenté (10
ou 11 segments).

5ème : le génome ARN+ est transcrit en ADN

Les rétrovirus (comme VIH) ont un génome constitué de deux molécules d’ARN +
monocaténaire identiques. Ces virus contiennent deux enzymes virales : une
rétrotranscriptase et une intégrase (fig.1).
-La rétrotranscriptase : transcrit l’ARN viral en ADN bicaténaire.
-L’intégrase : migre dans le noyau de la cellule avec l’ADN synthétisé et insère l’ADN
viral dans le génome de la cellule-hôte.

Figure 1: Structure du virus du SIDA.

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 b. La capside : (capsa=boite) constitue la protection du génome. De nature protéique,
elle porte les déterminants viraux responsables de la fixation du virion à la cellule.
 génome et capside forment la nucléocapside.
La capside est constituée de sous-unités identiques : les protomères. L’auto-assemblage de
ces unités de structure conduit à la formation de capsomères. L'arrangement des
capsomères entre eux détermine l'architecture du virus = symétries.

On distingue 3 catégories de capsides :

b.1-Capside tubulaire à symétrie hélicoïdale : (VMT, grippe, rougeole…)

La capside est en forme de bâtonnet cylindrique creux à l’intérieur. Elle est formée de
protomères identiques et individualisés. Elle entoure la molécule d'acide nucléique enroulée
en hélice à la manière d’un ressort.

b.2-Capside icosaédrique à symétrie cubique : (entérovirus, adénovirus, herpès…)

La capside constituée de capsomères associés pour former une figure géométrique en forme
d’icosaèdre. Un icosaèdre = polyèdre à 20 faces, 12 sommets et 30 arêtes.
La capside contient l'acide nucléique pelotonné ou enroulé sur lui-même.

b.3- Capside à symétrie complexe: (Poxvirus)

La symétrie de leur capside n’est pas totalement icosaédrique ou hélicoïdale. Les grands
bactériophages de la série T paires présentent une symétrie mixte.

Figure 2 : Les différentes structures de la capside.

La nucléocapside de certains virus peut être entourée par un troisième élément :

c. Une enveloppe : Elle dérive des systèmes membranaires de la cellule hôte. C’est une
membrane dans laquelle sont insérées des spicules. Ces spicules sont des déterminants

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 viraux responsables de la fixation du virion à la cellule. L’enveloppe présente une
fragilité aux désinfectants.

 Selon l’enveloppe, on distingue donc : -les virus nus,

-les virus enveloppés.

Elle peut venir de différents endroits :

o membrane nucléaire (herpès virus),
o membrane plasmique (Virus de la grippe),
o réticulum endoplasmique, appareil de Golgi (virus de l’hépatite B).

L’enveloppe est un fragment de membrane cellulaire complètement remanié:

- la cellule fournit la double couche lipidique,

- protéines et des glycoprotéines virales déplacent et remplacent les glycoprotéines
cellulaires donc la nature de l’enveloppe virale est :
 lipidique : partie d'origine cellulaire,
 glycoprotéique : partie d'origine virale

Les glycoprotéines (spicules portées par l’enveloppe) :

-permettent la fixation du virus aux cellules sensibles,

-Favorisent la fusion de l’enveloppe avec la membrane cellulaire des cellules cibles,
-jouent un rôle antigénique et immunogène.

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 Figure 3: Structure du virus du sida.

d. Les protéines

d.1-les protéines internes :

Chez certains virus, les protéines internes sont associées à l'acide nucléique = nucléoïde
(fig.3). Exemple : le virus du sida, où ces protéines stabilisent les 2 molécules d’ARN
génomiques.

Chez d'autres, des protéines de matrice (fig.4) forment une couche interne (on parle de
tégument) :

-Elles renforcent la double couche lipidique,

-Elles stabilisent la nucléocapside
-Elles interviennent dans l’assemblage des particules virales

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 Figure 4 : Les protéines des virus de la grippe.

d.2-les protéines externes :

La neuraminidase et l’hémagglutine : se présentent sur les spicules de l'enveloppe des

Orthomyxovirus (famille de virus à ARN).

-Exemple : Structure du bactériophage (fig.5)

Le bactériophage est un virus nu puisqu’il ne possède pas d’enveloppe. Il possède soit l’ADN
(en général bicaténaire) soit ARN (en général monocaténaire).

L’acide nucléique est entouré par une capside protéique (forme polyèdre) : elle protège
l'acide nucléique et assure la fixation du phage sur la bactérie qu’il infecte, soit directement,
soit par l'intermédiaire de la plaque basale. Les protéines de capside sont antigéniques.

L'infection qu'il provoque se traduit, in vitro, par la lyse des cellules bactériennes.

Figure 5 : Structure d’un virus bactériophage.

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IV. Reproduction des virus

Le cycle d’infection d’une cellule par un virus peut être décomposé en trois grandes étapes:

1. Attachement, pénétration (entrée) et décapsidation du virus

1.1. Attachement

- Le premier stade de l’infection est la rencontre du virus et de la cellule cible (adsorption).

L’attachement du virus à la cellule survient alors, suite à la reconnaissance d’un récepteur qui
est spécifique pour le virus et correspond classiquement à une protéine de surface de la cellule
cible. Le récepteur est donc généralement un déterminant crucial du tropisme d’un virus.
- Côté virus, la reconnaissance du récepteur cellulaire s’exerce par un composant externe du
virion. Dans le cas des virus enveloppés, ce sont des glycoprotéines de l’enveloppe virale qui
assurent la reconnaissance d’un récepteur sur la cellule à infecter. Dans le cas des virus nus,
cette interaction se fait par les protéines de la capside.

1.2. Pénétration (entrée) et décapsidation

Les étapes de pénétration et de décapsidation aboutissent à la libération du génome viral dans

la cellule cible. Au cours de la pénétration du génome viral dans la cellule, celui-ci est
partiellement ou totalement débarrassé des protéines qui le protégeaient dans le virion: ce
processus de déshabillage est appelé “décapsidation”.

Les virus nus (non-enveloppés) “injectent” leur génome dans le cytoplasme de la cellule.
Cette étape peut se faire au niveau de la membrane plasmique, suite à l’interaction de la
capside avec le récepteur.

Les virus enveloppés ont en commun le fait que l’entrée de leur génome dans le cytoplasme
de la cellule hôte fait intervenir une étape de fusion de deux membranes: l’enveloppe virale et
une membrane de la cellule hôte. Cette fusion est assurée par certaines glycoprotéines de
l’enveloppe du virus.

2. Expression des gènes viraux et réplication

- Au sein de la cellule, le génome viral joue deux rôles distincts. D’une part, il est utilisé pour
assurer l’expression des protéines virales, nécessaires à la réplication du virus et ensuite à la
formation de nouvelles particules virales. D’autre part, il est multiplié (“réplication”) avant
d’être encapsidé pour former de nouvelles particules virales.

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 3. Assemblage et sortie

Après la réplication du génome viral et la synthèse des protéines structurales, les virions sont
assemblés et libérés par la cellule hôte, de manière à pouvoir se propager à d’autres cellules
ou d’autres organismes.

Virus nus (Bactériophages): Il semble que l’assemblage des virus non-enveloppés résulte
d’un processus très efficace d’auto-assemblage associant le génome viral et les protéines de
capside. Les virus matures s’accumulent dans le noyau ou le cytoplasme de la cellule infectée
puis sont libérés par lyse cellulaire. Cette lyse survient suite à la désorganisation structurale et
métabolique de la cellule infectée causée par la production massive des éléments viraux au
détriment des protéines cellulaires.

Virus enveloppés (VIH ou virus de l’immunodéficience humaine):

Les virus enveloppés sont libérés des cellules infectées par bourgeonnement. Les
glycoprotéines codées par ces virus sont insérées dans la membrane plasmique cellulaire. Les
nucléocapsides assemblées dans le noyau ou le cytoplasme vont aller interagir avec les
régions de membrane hérissées de glycoprotéines. Le bourgeonnement s’initie alors et aboutit
à la libération de nucléocapsides entourées d’une enveloppe correspondant à la membrane
plasmique de la cellule productrice, dans laquelle sont insérées les glycoprotéines virales. A
l’inverse de la libération par lyse cellulaire, la production de virus enveloppés par
bourgeonnement ne s’accompagne pas forcément de la mort de la cellule productrice.

Figure 6 : Reproduction du virus VIH.

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 Figure 7 : Cycle lytique et cycle lysogénique du bactériophage.

V. Classification des virus

La classification actuelle, proposée en 1962 par Lwoff, a été adoptée par tous les virologistes

 Critères de classification
Le système LHT (Lwolff-Horne-Tournier) s’intéresse principalement :

- à l’acide nucléique :

 la nature de l'acide nucléique : ADN (D) ou ARN (R)

 le nombre de brins : simple (SB) ou double (DB)
 le sens du simple brin : polarité + ou –
 la structure et l’organisation du génome : circulaire (cir), non segmenté (n-seg),
segmenté (seg).

- à la morphologie de la capside :

 la symétrie de la nucléocapside : cubique (C), hélicoïdale (H) ou mixte

- à la présence éventuelle d’une enveloppe :

 la présence d'une enveloppe (E) ou l’absence (NE)

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 Le Comité International sur la Taxinomie des Virus (CITV) a développé un système de
classification qui divise maintenant les virus en:
3 Ordres (-virales)
73 Familles (-viridae)
9 Sous-familles (-virinae)
287 Genres (-virus)
2000 Espèces : Nom de la maladie, lieu de l’épidémie
Exemple:
 Famille: Herpesviridae
 Sous-famille: Herpesvirinae
 Espèce: Herpesvirus

VI. Les infections virales

 Pourquoi s’intéresser aux virus ?

Une maladie virale, ou virose, est une maladie déclenchée par un virus et sa propagation dans
l'organisme (et aux dépens de l'organisme). Les virus à ARN peuvent se transformer très
rapidement et déjouer les défenses de l'hôte comme le montre celui de la grippe (influenza).
Les antibiotiques sont inefficaces contre les maladies virales.

Les maladies à virus constituent chaque année, une menace grave pesant sur la réussite des
cultures végétales dans de nombreuses régions du monde. On connaît aujourd’hui environ
1000 virus qui infectent les plantes. Quelques uns peuvent aussi se multiplier chez les Insectes
mais, fort heureusement, aucun n’attaque l’Homme ou les animaux supérieurs.

 Modes de transmission

 Les types d’infection

1-Les infections virales aiguës:
La majorité des infections virales sont aiguës. L’exemple type est celui de la grippe, des
gastro-entérites qui aboutissent après plusieurs jours de manifestations cliniques (liées à la

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fois à la réplication virale et à la réponse immunitaire) à l’éradication de l’infection avec une
immunité protectrice définitivement établie contre le type de virus en cause.
L’évolution des maladies virales aiguës dépend de la virulence du virus et de l’hôte. Les
réactions de défense sont différentes d’un sujet à l’autre qu’elles soient spécifiques ou non
spécifiques.
De nombreuses infections virales aiguës sont asymptomatiques : la réplication virale peut
passer totalement inaperçue. Seule la présence d’anticorps révèle la trace de l’infection.
(ex : la rubéole : 50% des femmes immunisées n’ont pas développé de symptômes cliniques)

2-Les infections virales persistantes:

La persistance de virus dans l’organisme est due au fait que la réponse immunitaire est
insuffisante pour éliminer les cellules infectées et bloquer définitivement la réplication virale.
Il existe deux modes de persistance virales : les infections latentes et les infections
chroniques.

A. Les infections latentes:

Elles sont observées pour les virus capables d’intégrer leur génome viral dans le génome
cellulaire (ex : Virus du groupe Herpès, le VIH). Plusieurs mécanismes de réactivation des
génomes viraux induisent une nouvelle réplication virale dans l’organisme à l’origine
d’infections récurrentes différentes selon les virus en cause.

B. Les infections chroniques :

Le virus persiste et la réplication virale se poursuit malgré la réponse immunitaire qui s’avère
insuffisante (ex : hépatite B chronique). La balance avec la réponse immunitaire est en faveur
du virus ; cependant, même après plusieurs années le phénomène peut basculer et la
réplication virale s’arrêter

3. Virus et cancers:
Certains virus ont un pouvoir oncogène et sont capables d’induire, chez l’homme et chez
l’animal, la formation de tumeurs caractérisées par la transformation cellulaire.
Les cellules infectées sont immortalisées : elles présentent des caractéristiques particulières.
Elles sont capables de transmettre et de produire des cellules malignes si elles sont inoculées à
des animaux immunodéprimés. Elles ont un potentiel de culture supérieur à celui de cellules
normales. Elles se divisent indéfiniment, perdent tout contact d’inhibition. Elles présentent
des anomalies morphologiques et chromosomiques.

Quelques références bibliographiques du cours

1. Généralités sur les virus : https://www.virologie-uclouvain.be/files/pdf/chap1_3.pdf
2. Y. BAKRI- Cours de Virologie, 2012/2013
3. VIROLOGIE-Cours magistraux et Enseignements dirigés, 2016/2017
4. A.CHELLI- Cours de Biologie Cellulaire, CHAPITRE III : LES VIRUS, 2012/2013
5. Les virus- historique, structure et classification : http://slideplayer.fr/slide/1651944/
6. Les virus : https://www.slideserve.com/cara/les-virus

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