UE 1 : Microbiologie-Pr Z.

Shacoori Maunaye Martin

Marole Eugénie
12/11/2019

MULTIPLICATION ET INFECTION VIRALE

(Cours 1)
I. Définition du virus
Les virus constituent un groupe d'êtres biologiques nettement distincts des êtres vivants cellulaires
classiques. Ils n’ont pas de structure cellulaire .

Ce sont des agents infectieux très simples totalement différents des bactéries ou des parasites qui
sont des cellules (bactéries et champignons sont des cellules) contrairement aux virus.

→ André Lwoff ( virologue en 1953 ) : « Les virus sont les virus ». Ils ne sont pas comparables aux
autres agents infectieux.

Les virus ont 4 principaux caractères :


- ils ne possèdent qu’ UN seul type d’acide nucléique (ADN ou ARN)

- ils se reproduisent à partir de leur matériel génétique par réplication (ne se divisent pas par
scission linéaire = scissiparité comme ce le serait pour les bactéries, ne subissent pas de
phénomène analogue à la mitose des cellules eucaryotes)

- ils nécessitent pour leur développement un parasitisme intracellulaire obligatoire (=absolu : si

on le lâche dans la nature il ne peut pas se développer)

- ils se comportent comme une partie de la cellule durant leur vie intracellulaire (une fois qu’il est
rentré dans la cellule il fait partie de son génome), c’est donc la cellule qui fais les actions (actions
partiellement sous influence du virus lorsque la cellule est infectée) et non le virus a proprement
dit.

→ D’après ces 4 caractères de Lwoff : le virus est une entité de très petite taille (de 20 à 300 nm
de diamètre) ne possédant qu’un seul type d’acide nucléique (ADN ou ARN) et ne se multipliant
qu’à l'intérieur des cellules vivantes.

Les virus utilisent la machinerie du système cellulaire comme les ribosomes, les ARNs,
l'équipement enzymatique et le système de régulation cellulaire pour diriger la synthèse de
nouvelles particules virales.

Le terme virus concerne l’agent infectieux à tous les stades du cycle viral (intra ou extra cellulaire).
C’est un terme très général.
On appelle virions les particules virales matures infectieuses et extracellulaires produites par
une cellule infectée. Ce virion a attaqué la cellule puis l’a lysée et infectée . Les virions sont
capables de transférer leur génome à d’autres cellules en assurant la dissémination de l’infection.

II. Structure du virus

Les virus possèdent des structures spécifiques qui les opposent complètement aux autres être
vivants : ils n’ont pas de structure cellulaire. Ils sont uniques à leur genre

Ils sont constitués :


- d’un génome au centre (obligatoire) : d’ADN ou ARN jamais les deux à la fois

- d’une capside en périphérie (obligatoire) (en rose sur le schéma)

- parfois, on a une enveloppe appelée aussi peplos (facultative)


Le génome et la capside sont des structures constantes, contrairement au peplos.

A. Génome
La totalité de l’information génétique des virus est portée par un seul type d’acide nucléique (ADN
ou ARN) : c’est le génome viral de structure.

Quelque soit l’acide nucléique, il code les diverses protéines virales : protéines de structure
(pour les capsides), protéines avec une activité enzymatique , protéines de régulation : ces
dernières se fixent sur les promoteurs de gènes viraux pour en activer ou réprimer l’expression.

Les acides nucléiques viraux sont d’une grande variété : ils font partie des propriétés
caractéristiques de chaque famille virale. Ils varient complètement d’une famille à l’autre.

→ Distinction des familles de virus : les principaux paramètres à étudier au niveau des acides
nucléiques dans chaque famille sont les suivants :

- la nature de l’acide nucléique : virus à ADN ou à ARN


- la taille du génome : la longueur de la chaîne polynucléotidique, la masse moléculaire, le nombre
de paires de bases (% G/C, %A/T si ADN ou %A/U si ARN)

- la capacité approximative de codage : la totalité du génome n’est jamais codée donc on regarde
le pourcentage de gènes codés.

- La composition en bases : existence de séquences répétitives (comme les IS chez les bactéries),
on regarde le pourcentage

- La présence d’extrémités palindromiques (ATCG de l’autre côté sur le même brin je lis à l’envers
la même chose)

- La structure de leur génome : monocaténaire ou bicaténaire

- La topologie du génome viral : linéaire ou circulaire

1. ADN
Les ADNs de virus sont le plus souvent bicaténaires et linéaires. Ils présentent pour la plupart
une structure tridimensionnelle classique en double hélice.

La masse moléculaire des ADNs viraux est très variée : de 1 x 10^6 Da à 180 x 10^6 Da - 1 x 10 6
Da pour le HBV (virus de l’hépatite B) (plus petit génome en ADN)

- 180x10^6 D a pour le poxviridae (variole) (le plus grand)

=> échelle très grande

 2. ARN
La variabilité des ARN viraux est essentiellement moins grande que celle des ADN . Ils sont
monocaténaires (simple brin) et linéaires.

Leur masse moléculaire est comprise entre 2x10^6 Da et 15x10^6 Da => variabilité moins
importante

- 2 x 10^6 D a pour le virus de mosaïque de tabac - 15 x 10^6 Da pour le reoviridae (rotavirus)

→ ARN de polarité positive ( ARN +) : ces ARN viraux sont des messagers (ARNm). Ces virus
sont directement infectieux , ils sont traduits directement en protéines virales grâce aux
ribosomes cellulaires. On dit qu’ils sont de polarité positive (ARN +) lorsque l’ARN est prêt à être lu
par les ribosomes de la cellule. Les ARN+ sont donc très rapidement infectieux.

→ ARN de polarité négative ( ARN -) : c’est une série de virus dont l’ARN n’est pas directement
infectieux, c’est leur copie complémentaire formée par une ARN polymérase d’origine virale qui
représente le messager viral et peut se combiner aux ribosomes cellulaires pour être traduit (ca
prend un peu plus de temps). Cette ARN polymérase d’origine virale est responsable de la copie
de l’ARN- (négative) en ARN messager (= ARN +) au cours des premiers stades de l’infection. Les
ARN- infectent donc plus lentement.

→ Il existe une autre catégorie d’ARN viraux (ni + ni -) qui sont copiés à un moment donné de
leur développement en ADN grâce à une transcriptase inverse d’origine virale . Cette enzyme
permet la transcription de l’ARN viral en une molécule d’ADN complémentaire (ADNc ou cDNA)
capable de s’intégrer à l’ADN de la cellule hôte. Il utilise ensuite la machinerie cellulaire pour se
répliquer.

3. ADN et ARN
Quelque soit la nature ou la conformation du génome viral (ADN ou ARN) l’information codée par
celui ci est traduit sous forme de protéines . Ces protéines sont des protéines structurales,
enzymatiques ou régulatrices. On a pu définir environ 200 protéines différentes chez les virus
jusqu’à maintenant. .

B. Capside

1. Généralités
Le génome est entouré dans une structure 100 % protéique : la capside . Elle protège le génome
et peut porter les sites spécifiques d’accrochage de virus aux récepteurs cellulaires. On appelle
nucléocapside les structures compactes formées par l'assemblage de la capside autour du
génome (génome+capside = nucléocapside).
La capside est 100% de nature protéique, elle est formée de sous-unités identiques à partir de
quelques molécules de protéines spécifiques d’origine virales. Ces sous-unités sont appelées
capsomères.

La forme de la capside peut être assez complexe mais on peut différencier 2 structures assez
courantes : hélicoïdale et polyédrique (cubique).

→ Hélicoïdales

On les trouve uniquement chez les virus à ARN. Mais tous les
virus à ARN n’ont pas forcément des capsides à forme hélicoïdale.

Les capsomères sont rattachés directement aux filaments d’ARN

enroulés en hélice. L’ARN est à l’intérieur. Ici, toutes les
capsomères sont identiques

→ Polyédriques (cubique)

Elles sont de forme géométrique icosaédrique (forme à 12
sommets, 20 faces et 30 arêtes). On a deux types de
capsomères :

- ceux constitués par 5 monomères identiques. Ils vont former les sommets de chaque face

- ceux constitués par 6 monomères identiques. Ils vont former les arêtes et les faces de la capside

L’acide nucléique qui peut être ARN ou ADN est à l’intérieur de la capside, il est souvent relié à
des protéines internes (les capsomères ne sont pas rattachés directement au génome, la protéine
interne fait la liaison). La capside n’est pas directement collée à l’ARN ou à l’ADN. L’ensemble
protéines internes et acide nucléique constitue le nucléoïde ou core.

2.Fonctions de la capside
La capside a 2 fonctions essentielles : protection et fixation
→ Protection

Après avoir quitté la cellule, le virion se trouve dans un milieu hostile qui pourrait endommager
rapidement son génome (surtout pour les virus à ARN car ils sont monocaténaires donc très
sensibles). L’agitation, les UV, les nucléases peuvent les casser, toute fragmentation du génome
conduit à l’inactivation des virions.

Les capsides protègent l’acide nucléique des altérations physico-chimiques ou enzymatiques

dans l'environnement extérieur

Exemple : protéger le virus du milieu acide de l’estomac.

→ Fixation

Les capsides des virus non enveloppés possèdent les déterminants nécessaires à la fi xation aux
récepteurs cellulaires.

Donc les ligands viraux sont directement sur la capside pour les virus qui ne sont pas enveloppés

C. Enveloppe (péplos)

1. Généralités
Certaines familles virales possèdent autour de leur nucléocapside un ensemble de structures
périphériques appelé enveloppe (ou péplos) .

Ces virus sont dits « enveloppés » . Ceux qui n’ont pas d’enveloppe sont dits « nus ».

→ Tous les virus animaux et humains à capside hélicoïdale ont un péplos mais aussi quelques
virus à capside polyédrique.

Les enveloppes virales sont de composition macromoléculaire complexe : lipides, glucides,

protéines = 3 MM. Le composant lipido-protéique rend les enveloppes très sensibles aux actions
physico-chimiques : solvants, détergents, sels biliaires, pH acide, température (surtout au froid)...

La présence d’une enveloppe, loin d'être un élément de protection supplémentaire, confère au

contraire au virus une certaine fragilité dans le milieu extérieur et dans le milieu hostile de
l’organisme.

Ce n’est pas parce qu’ils ont une enveloppe qu’ils sont plus résistants ...

2. Origine de l’enveloppe
La plupart des enveloppes virales proviennent des systèmes membranaires de la cellule hôte
infectée (cytoplasmique, golgienne, nucléaire, etc…).
En effet, les virus enveloppés terminent leur multiplication dans les cellules hôtes par le stade de
bourgeonnement (ils n’éclatent pas la cellule ils sortent par bourgeonnement).

Des glycoprotéines d’origine virale s’insèrent

dans la bicouche lipidique des membranes
cellulaires et forment une enveloppe virale.

Certaines de ces glycoprotéines virales forment

au niveau de l’enveloppe des appendices
appelés spicules (ou péplomères) représentées
en rouge sur le schéma. Ces spicules permettent
la fixation des virus enveloppés aux récepteurs
membranaires de la cellule hôte. Certaines
spicules favorisent la fusion de l’enveloppe avec
la membrane cytoplasmique, d’autres peuvent
exercer des activités enzymatiques.

La face interne de l’enveloppe (entre capside et l’enveloppe, surtout chez les virus icosaédriques)
est tapissée par une matrice (couche plus ou moins importante de protéines virales = protéines m).
Cette matrice renforce la double couche lipidique et stabilise le nucléocapside. La matrice
intervient également dans l'assemblage des futures particules virales.

3. Fonctions de l’enveloppe
→ Fixation

L’enveloppe porte les déterminants viraux (spicules) qui se lient spécifi quement à des récepteurs

cellulaires de l'hôte. Ce sont les ligands viraux (les spicules et glycoprotéines)

→ Fusion

Après fixation aux récepteurs de la membrane cellulaire chez l’hôte, l’enveloppe de la même
nature lipidique peut fusionner avec cette membrane, introduisant le nucléocapside dans la cellule
au moment de l’infection.

III. Classification des virus

Elle est difficile à établir, on a essayé plusieurs classifications : avec autant de variété c’est normal.
On a commencé a les classifier soit selon l’organisme parasité, soit selon le mode de transmission:
Classifications LHT : la classifi cation actuelle est celle proposé en 1962 par 3 virologues de
l’époque : Lwoff, Home et Tournier.

Elle est basée sur des données biochimiques et morphologique et retient 4 critères:

Exemple : herpesvirus = DCE 162


ADN à capside cubique enveloppé avec 162 capsomères

Cette classification a permis de regrouper les principaux virus rencontrés en pathologie humaine.

IV. Nomenclature des Virus

On répartit les virus en famille > genre > espèce.

Familles : préfixe latin ou grec + viridae.


Exemple : Herpesviridae, c'est la famille comprenant l'herpès.

Genres : préfixe + virus.


Exemple : Herpesvirus

Espèces : préfixe + virus + nom d’espèce.

Exemple : Herpesvirus simplex (HSV)

Souvent, on les appelle avec des abrégés :

- HSV : herpes simplex virus


- HBV : hepatitis B virus

- HIV : human immunodeficiency virus

V. Multiplication des virus (apprendre au moins un exemple pour chaque étape)

La simplicité extrême des virus les empêche de se multiplier, du moins par eux même.

De façon général, un être vivant doit pour se multiplier posséder 4 caractéristiques :



- Plan de travail : c’est l’information génétique codée par le génome (=> le virus possède le plan
de travail ==> pas de problème)

- Matière première : les petites molécules comme les acides aminés, acides gras, molécules
organiques simple, sels minéraux (Le virus n’a pas de réserve de petites molécules et pas de
capacité de synthèse ==> problème)

- Sources énergétiques telles que l’ATP (les virus n’ont aucune source d'énergie propre ==>
problème)

- Enzymes nécessaires à l’assemblage des petites molécules en macromolécules (les virus

n’ont pas de chaînes enzymatiques des grandes voies de synthèse biologique ==> problème)

Un virus est incapable de synthétiser un autre virus par ses propres moyens, ils ne
possèdent qu’un seul des 4 caractères.

Pour se multiplier il doit d’abord introduire son génome dans une cellule pour trouver des sources
de matière premières, de l’énergie et des enzymes. C’est la cellule qui va fabriquer de nouveaux
virus selon un procédé de biosynthèse qu’on appelle la réplication.

Définition : La multiplication des virus consiste en l’introduction du génome viral dans une cellule
qui va fabriquer de nouveaux virus.

Il faut savoir que la multiplication virale s’accompagne le plus souvent d’une inhibition cellulaire.

Quelque soit le virus, le cycle de multiplication s’effectue en 6 étapes successives :

A. Attachement (Spécifique)

B. Pénétration
C. Décapsidation : (il livre son génome
dans le cytoplasme de la cellule)

D. Réplication

E. Encapsidation

F. Libération

A. Attachement
L’attachement est l'étape préalable à
l’entrée du virus dans la cellule.

Cet attachement est spécifique et
nécessite l’interaction entre un récepteur
cellulaire et un ligand viral qui se trouve soit sur la capside soit sur l’enveloppe selon le virus :

- par des protéines de la capside pour les virus nus


- par les glycoprotéines (les spicules) pour les virus enveloppés

Ces protéines et glycoprotéines se fixent à des récepteurs spécifiques situés sur la membrane
cytoplasmique de la cellule hôte.

Les récepteurs utilisés par les virus sont souvent des molécules d’adhésion cellulaire
(récepteur CAM) . La spécificité des récepteurs cellulaires pour les virus explique le spectre ou
tropisme d’hôte. Ce spectre est défini par la ou les espèces animales, le ou les tissus qu’un virus
peut infecter.

→ Si un virus utilise des récepteurs ubiquitaires cellulaires omniprésents sur des cellules animales
différentes, on dit que le tropisme d’hôte (ou spectre) est large .

→ Par contre si les récepteurs sont propres à une seule espèce, le spectre est étroit.

Exemples :

- Le virus de la rage infecte tous les mammifères à le spectre d’hôte est large

- La rougeole ou la rubéole infecte seulement l’espèce humaine à le spectre d’hôte est étroit

B. Pénétration
Selon que le virus est nu ou enveloppé plusieurs mécanismes sont possibles.
 1. Pénétration directe du génome (cas exceptionnel)
Déstabilisation de la capside virale suite à la fixation du virus aux récepteurs cellulaires. Le
génome s’en échappe et pénètre directement dans le cytoplasme de la cellule. Concerne le plus
souvent les virus nus.

Exemple : Virus de l’hépatite A (virus nu à ARN à capside cubique)

2. Pénétration par endocytose

Le virion pénètre à l’intérieur de la cellule hôte par endocytose, il n’est pas directement dans le
cytoplasme mais dans une vésicule d’endocytose appelée endosome . Le virion doit s’échapper de
l’endosome pour se trouver dans le cytoplasme, cet échappement se fait :

- soit par rupture de l’endosome (il éclate et le génome sort)


- soit par franchissement du génome de la membrane vésiculaire par le génome

Exemple : le poliovirus, virus à ARN avec capsomère cubique qui pénètre dans le cytoplasme en
franchissant la membrane vésiculaire.

Ce mécanisme est observé plus souvent chez les virus nus, certains virus enveloppés pénètrent
également par endocytose mais ils se trouvent captifs de l’endosome. L’acidification du contenu de
la vésicule révèle les régions hydrophobes de l’enveloppe virale, ces régions hydrophobes
permettent la fusion entre l‘enveloppe virale et la membrane vésiculaire. Le résultat est la libération
de la nucléocapside dans le cytoplasme.
 3. Pénétration par fusion avec la membrane
cytoplasmique de la cellule hôte
Ce mécanisme est propre au virus enveloppé , il requiert l’intervention d’une glycoprotéine virale,
appelée la protéine de fusion. Dans ce système la fusion de l’enveloppe virale et de la
membrane cytoplasmique en une membrane unique forme un pore qui s’élargit et qui laisse passer
le nucléoplasmide dans le cytoplasme de la cellule infectée. Très rapide

Exemple : HIV (car il est enveloppé)

C. Décapsidation

C’est une étape indispensable . La capside doit être détruite pour que le génome viral puisse
livrer son information génétique à la machinerie cellulaire. Le génome doit être libéré dans le
cytoplasme (si ARNm : il est envoyé sur les ribosomes, si c’est un ARN- il devient positif ...).

C’est une étape de destruction ménagée par des protéases cellulaires qui détruit la capside
mais laisse le génome viral intact dans le cytoplasme (On emploie le terme destruction ménagée
car on doit détruire la capside tout en gardant le génome intact)

Parce que ce système enzymatique préserve le génome viral, une fois décapsidé, le virus cesse
d’exister en tant que particule virale, il devient juste un matériel génétique qui fait parti de la cellule.
On ne voit plus de virus, il s’est éclipsé.

La phase d’éclipse correspond alors à la réplication du génome et à la formation des protéines

nécessaires à la construction de la capside de l’enveloppe.

NB : Les exemples du cours sont à apprendre