Maladie microbienne - Virologie

Chapitre I. Présentation et caractères généraux des virus

Agent infectieux se développant dans des cellules eucaryotes comme procaryotes
(bactériophages). Pouvant provoquer des infections bénignes (non grave ex : rhum, verrue etc…)
ou maligne (ex : VIH, cancer etc…)

ROLE CRUCIAL DES VIRUS :

-> agent infectieux

-> dans la découverte des mécanismes moléculaires des cellules eucaryotes :

rtPCR :
• utilisation de la transcriptase inverse qu’on a isolé à partir d’un rétro virus.
• coiffe, poly A et épissage des messagers
• Voie de synthèse des protéines de surface cellulaire.

-> comme vecteur d’expression dans les cellules eucaryotes et en thérapie génique

DÉFINITIONS

Virion : particule virale mature est infectieuse libre dans le milieu extracellulaire, phase ultime de
la biosynthèse du virus qui a 4 caractéristiques essentielles qui les permettent de les
différencier des bactéries / cellule eucaryotes :
• l’unité de base des êtres vivants = cellule, virion = structure particulaire.
• sont des parasites intracellulaires obligatoires, qui vont utiliser la machinerie
cellulaire à leur besoin
• va contenir qu’un seul type d’acide nucléique, soit ADN soit ARN.
• reproduction par réplication de son génome.

Poxviridae (le plus gros des virus) > Chlamydiacée (la plus petite
bactérie).Taille des virions : de 10 à 300nm.

Virion Bactérie Cellule eucaryote

Structure particulaire Structure cellulaire Structure cellulaire

Un seul type d’acide nucléique ADN et ARN co existent ADN et ARN co existent avec
sans compartimentation compartimentation
Pas d’intron Intron
Pas de maturation de l’ARN Maturation de l’ARN
Reproduction uniquement Reproduction par scissiparité Reproduction par mitose
par réplication de son
génome
Parasitisme intracellulaire Autoreproduction Autoreproduction
obligatoire. => détournement
de la machinerie cellulaire
STRUCTURE D’UN VIRION :
1) ADN ou ARN
2) capside
3) Protéine interne = Nucléoïde.

Ces 3 éléments = virus nu

4) enveloppe virale = virus enveloppé.

LES GÉNOMES VIRAUX :

• beaucoup plus variées que ceux des cellules procaryotes et eucaryotes

• constitué d’un seul type d’acide nucléique : ADN ou ARN / double ou simple brin
(polarité positive = sert au sens de la transcription, positif = similaire à de l’ARNm,
possède une coiffe et polyA, va pouvoir être traduit en protéine, va pouvoir exprimer
l’enzyme pour sa réplication). Virus à polarité négative (complémentaire à l’ARNm) / linéaire
ou circulaire / continue ou segmenté
• pauvreté de l’information génétique : 5 gènes (Papovavirus) à environ 200 gènes
Cette pauvreté de l’information conduit à un parasitisme intracellulaire absolu ainsi qu’une
structure polymérisée des capsides virales.

Classification des virus :

2 méthodes qui ne sont pas antagonistes et peuvent s’intégrer l’une à l’autre.

Classification de Baltimore, est basé sur le type d’acide nucléique qu’ils contiennent
et lastratégie développée pour l’utiliser.

Classification du Comité International de Taxonomie des virus (CITV), utilisant une

méthode semblable aux êtres vivants rangés en Taxons : ordre, famille, genre,
espèces -> environ 80 familles (+ suffixe Viridae) Elle se base sur :
1) nature du matériel génétique ADN ou ARN
2) bicaténaire ou monocaténaire
 3) caractère nu ou enveloppé de la nucléocapside
4) type de symétrie de la capside

CLASSIFICATION DE BALTIMORE :

1) Groupe 1 : virus à ADN double brin.

• Adenoviridae : Adénovirus, infection respiratoire et gastro-entérites

• Herpesviridae : Herpès, varicelle et Zona, Virus Epstein-Bar (mononucléose)
• Poxviridae : Virus de la vaccine et de la variole.
• Papovaviridae : Virus de papillome humain (HPV), verrues et cancer du col de l’utérus,
Virusde polyome, virus vacuolisant (SV40)

2) Groupe 2 : virus ADN simple brin

• Parvoviridae : virus adent-associé (AAV), infection respiratoires et gastro-entériques.

3) Groupe 3 : Virus à ARN double brin :

• Rhéoviridae : Rhéovirus, affection respiratoires intestinaux, Rotavirus, gastro-

entérite,Phytoréovirus (virus du nanisme du riz) ( ARN segmenté)

4) Groupe 4 : virus à ARN simple brin à polarité positive (similaire à ARNm)

• Flaviviridae : Virus de la fièvre jaune, hépatite hémorragique, virus zika, virus de la dengue
• Togaviridae : Virus de la rubéole ; virus chikungunya, maladie de l’homme courbé.
• Coronaviridae : coronavirus, infections respiratoires et gastro-entériques
• Picornaviridae : virus de la polyomélite, virus de l’hépatite A (HAV)
• Tobamoviridae : virus de la mosaïque du tabac (TMV) (Pas de coiffe, pas de
polyA,continue)
• La plupart des familles des virus végétaux (pas de coiffe, ni poly A, segmenté)

5) Groupe 5 : Virus à ARN simple brin à polarité négative (ou complémentaire ARNm)

• Rhabdoviridae : virus de la rage, virus de la jaunisse nécrotique de la laitue

• Paramyxoviridae : virus des oreillons, virus de la rougeole
• Orthomyxoviridae : virus influenza (grippe)

6) Groupe 6 : rétrovirus à ARN simple brin (à intermédiaire ADNdb)

• Retroviridae : rétrovirus, virus de leucémie humain ou animaux, lentivirus,

virusd’immunodéficience humaine

7) Groupe 7 : Pararétrovirus à ADN double brin :

• Hepadnabiridae : virus de l’hépatite B, associé au carcinome du foie

• Caulimoviridae : virus de la mosaïque du chou-fleur.

En fonction du génome que l’on va avoir, il peut être accompagné de protéine interne pour
former lenucléaire et le corps centrale.
LES PROTÉINES INTERNES DU VIRION :

1) Enzymes de transcription de l’acide nucléique viral :

A) ARN polymérase ARN dépendante : ARN - —> ARN+ => ARN+ va pouvoir aller se faire
traduire dans les ribosomes. Fonctionne pour les bicaténaires et les monocaténaire.

Cela peut être des enzymes de transcription de l’acide nucléique viral (origine viral) il va devoir
ramener sa propre enzyme pour pouvoir transcrire et faire sa réplication.
Polarité positive : possède dans leur génome le gène codant pour l’enzyme de transcription qui
va pouvoir être synthétiser en infectionnant l’hôte.
Polarité négative : besoin d’une ARN polymérase ARN dépendante alors que dans les eucaryotes
l’ARNpol est ADN dépendante. Pour pouvoir synthétiser une protéine, va devoir passer de son
génome complémentaire à l’ARNm à de l’ARNpositive.

B) Transcriptase inverse : ARN sb + —> ADN bc (ex : retrovirus et lentivirus)

C) ARN polymérase ADN dépendante : ADN -> ARN

Cas des Poxvirus, va avoir sa propre ARNpol ADN dép, va transformer de l’ADN en ARN comme
notre ARNpol de type II.

2) Protéine associée à l’ADN

A) ADN polymérase à activité de rétrotranscription (ex : virus de l’hépatite B (HBV) virus de la

mosaïque du choux fleur)

B) Protéine de circularisation (ex : Adénovirus)

C) protéine permettant la compaction de l’ADN :

Histones d’origines cellulaire (ex : Papovavirus => 5 gènes)
analogues d’histones d’origines virale (ex : Adénovirus => va coder pour des analogues
d’histones virales)

LES CAPSIDES VIRALES :

« capsa » = boite en grecque

✓ Structure protéique assurant la protection de l’acide nucléique dans le mileux extérieur et
facilitantle transfert de cette information dans la cellule

✓ Structure polymérisée, accumulation de nombreux exemplaires d’une protéine ou de

quelquesprotéines, conséquences de la pauvreté génique des virus.

✓ Autoassemblage des sous-unités protéiques et de l’acide nucléique du virion pour

adopter la configuration la plus stable avec un minimum d’énergie

✓ Structure de base de l’architecture des capsides = unités de structures (US)

1) Capside à symétrie hélicoïdale

Ex : virus de la mosaïque du tabac (TMV, a une forme de long

bâtonnet rigide). Entre deux régions de US, va s’enrouler
l’acide nucléique.
Ex : virus de la grippe, de la rage, des oreillons, de la rougeole,
coronavirus.

Structure similaire mais nucléocapside flexible, repliée ou

spiralée, toujours entourée d’une enveloppe.

2) Capside à symétrie cubique oui icosaédrique

 Regroupement des US en oligomère appelé capsomères. Forme des
Penton (regroupement de 5 US) et des Hexon (regroupement de 6 US).
Les pentons et hexons vont se réunir pour former l’icosaèdre à 2à faces
triangulaires : 12 sommets et 30 arrêts.

Ex : Adénovirus, Poliovirus (constitué par 3 protéines différentes).

Ex : virus de plantes : virus de la mosaïque du chou-fleur
(caulimoviridae),phytoreovirus (ARN bicaténaire).

3) Virus à symétrie complexes :

Ex : Les bactériophages, possèdent une tête à symétrie cubique, va

posséder une queue à symétrie à capside hélicoïdale (on appelle ça une
symétrie binaire).

LES ENVELOPPES VIRALES

Couche membranaire entourant de nombreux virus animaux, quelque virus de plantes.

-> dérivé des membranes de la cellule hôte,

A) Par bourgeonnement de la membrane plasmique.

Ex : Myxoviridae, Retroviridae, Filoviridae, Rhaddoviridae.

B) Soit à la membrane du REG et de golgi :

Ex : hepadnaviridae, coronivirdae, Flaviviridae

C) Ou nucléaire :
Ex : Herpesviridae.

Puisque dérivées des enveloppes membranaires, vont être constituées d’une bicouche lipidique,
constituants normaux de la cellule et de protéines codées par des gènes viraux, glycoprotéine de
surface formant des projections ou spicules, et protéine d’enveloppe membranaire. C’est le cas
de HIV. (Importé diapo). Dépistage de HIV = on recherche la glycoprotéine 120.
Ex : virus de la grippe (H1N1 = caractérisé par le type de Hemagglutinine et de Neuraminidase),
bicouche lipidique dans lequel s’est inséré des protéines d’enveloppe viral pouvant avoir
différentes activités comme l’hemaggluttinie (fusion des membranes, et fixation du virion).
Portéine M1 = canal à proton.
Neuraminidase = activité enzymatique implique dans la libération des virions néoformée.
Protéine transmembranaire M2 = canal à proton, intervient dans l’acidification de l’endosome et
du virus pour fusion enveloppe viral/enveloppe cellulaire.

Sars-CoV2 : enveloppe constituée par une glycoprotéine externe : Spike = forme la

couronne caractéristique des coronavirus, protéine d’enveloppe E, protéine de la membrane M
(stabilise)

Différence grippe / Corona = au niveau du génome grippe = ARN à 7 segments d’ARN bicaténaire
à polarité négative discontinue, Coronavirus = ARN bicaténaire à polarité négative continue

Les virus à enveloppe sont plus sensibles à l’action des solvants, des détergents et aux
variationsde pH. Car enveloppe permet la viabilité des virus à enveloppe. Fragilité des virus
enveloppés dans le milieu extérieur => transmission par contact direct.

Poxvirus et virus de l’hépatite B : système d’enveloppes multiples, complexes. Beaucoup plus

résistant => résistances des virions dans le milieux extérieur, résistance aux antiseptiques.

DIFFÉRENTES INTERACTION VIRUS - CELLULES :

Virus = parasite intracellulaire absolus qui ne peuvent se multiplier qu’au sein de cellules vivantes
leur apportant :
- certaines enzymes indispensables aux différentes phases de leur multiplication
- mais surtout l’infrastructure nécessaire à la synthèse protéique.

La spécificité d’hôte passe par l’espèce de l’hôte ainsi que du type

cellulaire.
La sensibilité ou réceptivité d’une cellule = sa capacité à être infectée.
La permissivité de la cellule = capacité à multiplier le virus, et à produire de nouveau virions.

Ex : Adénovirus humain : multiplication dans cellules de reins humaines, pas dans des cellules
desinge (arrêt stade tardif), non dans des cellules de rat (arrêt stade précoce, lignées
transformées).

Ex : SV40 : multiplication en cellule de singe (cos), non en cellules marines (ignées transformées
= transformée la cellule de l’hôte donc peut provoquer des cancers).

Les cellules d’une espèce donnée sont permissives aux virus qui, dans la nature, infectent les
animaux de la même espèce.

1) Interaction de type productif :

Aboutit à la production de nouveau virions.
Dans certains cas = mène à la lyse de la cellule pour libération des virions. La perte cellulaire est
alors responsable des symptômes que l’on va avoir mais vite juguler par le système immunitaire.
C’est le cas des Papovavirus ou des Adénovirus

La libération peut se faire sans lyser la cellule et se fera par bourgeonnement, le virus est alors
non cytopathogène. La cellule va cependant être lysé par le SI (lymphocyte T). C’est le cas des
Togavirus ou des Paramixovirus.

2) Interaction de type abortif :

Ça n’aboutit pas à la production de nouveau virions, aboutit à l’élimination virale. Soit la cellule
survie sans montrer d’emprunt virales, soit la cellule meurt sans produire de nouveau virions. Il
n’y a pas de cycle de développement complet du virus. Ce phénomène se déroule généralement
lors d’infection d’un hôte non naturel. (Ex : virus d’adénovirus humain sur singe).

3) Interaction de type intégratif :

Le génome viral peut soit survivre sous forme d’un épisome (cas de EBV), soit sous forme
intégré dans le génome cellulaire. La persistance va s’accompagner de l’expression de certains
gènes du virus. Ce qui va entrainer la transformation cellulaire. (SV40 dans cellule de souris).
Peut-être superposé à une interaction de type productive (c’est le cas des rétrovirus = expression
de l’ensemble des gènes du virus).

4) Interaction de type persistant mais latence virale :

Virus de la famille des Herpesviridae, lors de la primo-infection, il va y a voir expression de tous
les gènes et productions de nouveau virions, vont être responsable des nouveaux symptômes
(herpès), mais la pression du SI va entrainer l’extinction de l’ensemble des gènes de ce virus, sauf
le gène de latence. Ce virus vit longtemps mais cacher en éteignant sa machinerie (gènes) et aller
dans d’autres cellules autre que celles de la primo infection. (Neurone = HSV et VZV, lymphocyte
B = EBV, macrophages = CMV).

Ex: Varicelle = primoinfection. Après la primo-infection, le virus migre via les voies sensitives vers
les ganglions rachidiens des racines nerveuses où ils persistent à l’état latent. Ces virus peuvent
se réactiver, sous l’effet des exams, de l’UV des grossesses => ré expression des gènes de ce
virus.
Zona = récurrence, à la suite d’un affaiblissement du SI, le virus se réactive et migre en sens
inversevers la peau où il déclenche une éruption zostérienne. Pour avoir le zona, il faut avoir eu
le virus de la varicelle avant. Il y a une localisation préférentielle sur une région de la peau (yeux,
cou, thorax et abdomen).

D) cycle de multiplication virale :

Plusieurs étapes se regroupant en 3 grandes phases :

1) Précoce :
Attachement, pénétration, incubation

2) Deuxième phase :
Réplication, expression des gènes

3) Phase tardive :
Libération , (assemblage si jamais),
maturation

La durée d’un cycle dépend d’une

espèce à l’autre va varie entre quelques
heures et 40h.

1) Précoce :

1) Adsorption :
Résultat d’une collision, gouvernée uniquement par le hasard.
L’interaction du virus avec la cellule est spécifique. La cellule doit posséder une récepteur
cellulaire spécifique au virus. Nombreuses molécules de la surface cellulaire pouvant servir de
récepteur viral (acide sialiques, certaines molécules d’adhérence, l’héparane sulfates ou encore
des molécules impliquées dans la reconnaissance immune.)

La répartition peut être ubiquitaire (si le récepteur est héparan sulfate par exemple car présent
surtoutes les cellules), ou d’expression restreintes à des types cellulaires, virus à tropisme
restreint (ex : EBV pour les lymphocytes B et HIV pour les lymphocytes Th/CD4, macrophage).

On peut avoir plusieurs récepteurs pour certains virus : le premier récepteur permet l’interaction
initiale, le second ou corécepteur permet d’activer le processus d’entrée du virus dans la
cellule.Ex : HIV -> premier récepteur = molécule CD4, mais corécepteur -> récepteur de
chimiokines (CXCR4 ou CCR5).
Ex. ; SARS-CoV2 = premier récepteur -> ACE2 (Angiotensin converting Enzyme 2 (=> permet la
liaison), corécepteur -> la protéase transmembranaire à série de type 2 (TMPRSS2) (permet
l’entrée => fusion de l’enveloppe virale et membrane cellulaire).

La présence ou absence du récepteur approprié détermine la sensibilité ou la résistance cellulaire.

Protéine virale vont être responsable de cet attachement :

Virus enveloppé :
glycoprotéine de l’enveloppe de surface (responsable des protuberance ou spicule), Ex : la gp
120 du virus HIV, HA du virus Influenza, protéine S( spire) de SARS-CoV 2.

Virus nu :
Une protéine de la capside, généralement marqué n°1. (Ex : Fibre de l’adénovirus, VP1 du
polyomavirus.

Un virus peut perdre ses capacités à infecter une cellule par mutations des gènes codants pour
les protéines citées précédemment. Ou par la présence d’anticorps neutralisant dirigés contre
ces protéines, neutralisant le virus en l’empêchant de s’attacher à la cellule et responsable de
l’immunité à la réinfection. Selon la prof, faire une vaccination dont l’administration serait plutôt
par voie locale permettrait un meilleur blocage de la transmission que celle fait par voie
intradermique.

2) Pénétration ;

Modalité d’entrée pour les virus nus :

A) Endocytose de la nucléoplaspide médiée par les récepteurs => invagination de la membrane,
produit vésicule d’endocytose avec puis tapissé de clathrine => perméabilisation de
l’endosome et de la capside ou altération de la capside et injection du génome.

B) Transfert du génome viral à travers la

membrane plasmique. La capside se fixe sur
les récepteurs, mais la capside restera à
l’extérieur, il y aura transfert de l’acide
nucléique à la surface de la membrane
plasmique.

C’est le cas de Picornaviridae( v i rus de l

’ h é p at it e A, v i rus de la polyomélite). La
capside va changer de conformation lorsque
rencontre avec le récepteur. Va ménager
une sortie pour le déversement de l’acide
nucléique dans le cytoplasme de la cellule
hôte.

Modalité pour les virus enveloppé :

A) fusion de l’enveloppe virale avec la membrane plasmique. Les glycoprotéines se fixe sur les
récepteurs de la cellule hôte -> fusion de l’enveloppe virale qui dérive de l’enveloppe cellulaire
-> libération de la nucléocapside dans le cytosol. LA fusion est controlée par la protéine
 d’enveloppe transmembranaire contenant un peptide de fusion en N-terminale. C’est le cas
de HIV, sa glycoprotéine est gp120.

B) La fusion peut se faire de l’enveloppe virale et la membrane endosmose après endocytose.

Internalisation au sein d’un endosmose.
Son acidification active la protéine M2 (pompe à proton). Acidification du virus par la
protéine M2 => modification conformationnelle de protéines d’enveloppe virales (HA2)
libérant le peptide de fusion qui réagissent avec les lipides membranaires de l’endosmose.
Libération de la capside virale dans le cytoplasme de la cellule. C’est le cas du Virus
influenza (grippe).

Cas particulier pour les virus des plantes :

Les cellules végétales possèdent des parois cellulosiques épaisse => donc pas d’endocytose ni
de fusion des membranes.
L’entrée des virus de plantes se produit le plus souvent pas effraction (blessure) : soit pas
l’intermédiaire de vecteurs piqueurs - suceurs (d’insectes, de nématodes) ou par inoculation
mécaniques (lors de greffes, de taille ou sous l’effet du vent).

3) Décapsidation et transfert vers le lieu de la réplication :

Pour la plupart des virus : Rupture de la capside par des enzymes cellulaires (notamment
lysosomiales).
Pour certains virus : décapsidasse virale (ex : le poxvirus, + de gènes que les autres virus).
Utilisation des systèmes cellulaire pour le transfert du génome parental vers le lieu de la
réplication (cytoplasmique = cas de la plupart des virus à ARN), (nucellaire = cas de la majorité
des virus à ADN).

2) Deuxième phase :

1) Expression des gènes et réplication du génome virale :

A) Les virus à ADN bc (gr I) et sb (gr II) :

Deux types de gènes : précoce et tardif, précoce sera exprimé avant la réplication, tardif
sera exprimé après la réplication. Expression par l’ARN polymérase ADN dépendant (de type
II). On va avoir des ARN qui vont migrer dans le cytoplasme pour aller se faire traduire. Les
protéines précoces sont nécessaires à la réplication,à l’induction de la division cellulaires, à
la transcription des gènes tardives.
Certains virus ont leurpropre ADN pol (Poxvirus, Herpesvirus, Adenovirus). Mais s’ils veulent
prendre de l’ADNcellulaire, il faut produire des protéines induisant la division cellulaire
(qu’elle se retrouve en phase S. C’est le cas de SV40). La réplication de l’ADN = universel
donc se fait dem a n i è r e s e m i - c o n s e r v a t r i c e e t
asymétrique, les virus à ADN simple brin
ne vont se répliquer qu’après passage en
 double brin. L’ADN ne reste jamais nu,
mais va être associé à des protéines qui le
protègent et lui confèrent un haut degré de
compaction (cf : protéines internes).
Nous aurons ensuite la transcription des
gènes tardif en ARN tardif et iront dans les
ribosomes pour faire des protéines
tardives, sont les protéines de structure du
virions (capside et enveloppe).

B) Virus à ARN monocaténaire :

polarité positive (groupe IV): similaire à de l’ARNm, peut directement se faire
traduire dans les ribosomes pour donner des polypeptides qui vont êtrecliver pour
faire des protéines virales.
Parmi elles, on va avoir de l’ARN polymérase ARN dépendante (non présente dans la
cellule), va pouvoir être utilisé pour synthétiser de l’ARN négatif. Cette dernière
servira de matrice pour resynthétiser de l’ARN positif qui formera le génome de notre
virus (ex : Flavivirus, Togavirus, Picornavirus, Coronavirus, Tobamovirus, la plupart
des virus végétaux)
négative (groupe V) : pour se répliquer, va devoir posséder comme protéine interne
de l’ARN polymérase à ARN dépendante. Vont libérer l’acide nucléique ainsi que de
l’ARNpol à ARN dep. Va faire passer son ARN - en ARN+, va permettre l’expression
de ses protéines et à la réplication pour avoir de l’ARN- qui constitue son génome.Il
n’a plus qu’à rassembler tous ces composants afin d’infecter une nouvelle cellule.
Ex: Ortho et paramyxovirus, Rhabdovirus (rage et jaunisse nécrotique de laitue).

C) Virus à ARN bicaténaire (grp III) : vont se répliquer qu’à partir d’un des deux brins. Le brin
négatif est transcrit par la transcriptase contenue dans le virion. Revient au même schéma
que celui ARN simple brin à polarité négative. C’est le cas des Réovirus, Rotavirus, et
phytoréovirus.

D) Virus à ARN monocaténaire de polarité + avec un intermédiaire ADN : (ex : rétrovirus),

protéine interne des particules virales = transcriptase
inverse. Va passer d’une molécule ARN -> ADN -, la
transriptase inverse à une activité RNAses, va
dégrader la mol d’ADN qui va servir de matrice pour
synthétiser le deuxième brin de polarité +. => on
obtenir un ADN bicaténaire. Possède des LTR à
chacun des extrémités, va permettre la circularisation
de la molécule d’ADN, permet la localisation du
génome dans le noyau. Avec une intégrase (enzyme
virale), va cliver la molécule parfaitement entre les 2
LTR et coupure au niveau de l’ADN cellulaire afin
d’intégrer l’ADN virale dans l’ADN cellulaire.
 Quandintégré dans génome cellulaire, on l’appelle
un provirus. La cellule va exprimer ces gènes. Va
pouvoir exprimer le gène codant pour l’ARN polII
permettant d’obtenir une ARN+ qui constitue le
génome fils. Virus intègre et à 2 SU ARN+, seule
famille virale qui va avoir un bigénome (génome
diploïde). l’ADN bicaténaire est légèrement + long
que l’ARN+ car la transcriptase va faire des sauts au
niveau des LTR.

E) Virus à ADN à transcriptase inverse : ex : HBV, virus de la mosaïque du chou-fleur. Le

génomeva être libéré dans le cytoplasme (ADN circulaire partiellement bicaténaire), ADN va
migrer dans le noyau. Le brin + non complet va être complété par ADNpol et donner un
ADNbc circulaire sous forme super enroulé associé au Histone cellulaire. Transcription par
ARN pol 2,réplication du virus passe par un ARN prégénomique encapsidé, transcrit ensuite
en ADN génomique par la DNA pol virale, douée aussi d’une activité de transcriptase inverse.

Phase tardive :

Assemblage et maturation des nucléocapsides :

Formation de la structure basale du virus cad de la nucléocapside par auto) assemblage d’une
molécule de génome viral et des sous unités de la capside (correspond aux inclusions
observables au microscope optique ou électronique).
Site de cet assemblage varie en fonction du virus, dépendant du site de réplication et des
mécanismes d’excrétion du virus.
Virus à ADN plutôt répliquer dans le noyau et assemblage de la capside dans le noyau aussi
(attention à l’exception, cf le diapo)
Virus à ARN réplique plutôt dans le cytoplasme et s’assemble dans le cytoplasme (pareille
attentionà l’exception).

Libération des virus :

Libération par lyse (ex : Picronavirus, Papovavirus, Réovirus, Adénovirus) => rôle des
modifications du cytosquelette et de l’accumulation de protéines virales.

Libération par bourgeonnement pour les virus enveloppés, à plusieurs niveaux : membrane
plasmique, Quand virus encapsidé arrive au niveau de la membrane, les protéines virales se
rassemble autour, repoussant les protéines membranaires cellulaire, va permettre à ce que
l’enveloppe contiennent les protéines virales nécessaire. (Ex : Rétro, Toga, Myxo, Rhabdo, Filo)

Libération par bourgeonnement du REG et du golgi (vésicule d’exocytose) (ex: Hepna, Flavi,
Corona)

Libération par bourgeonnement à la membrane nucléaire :(ex : Herpes)

Chapitre II. Pathogénie de l’infection virale
Le degré de pathogénicité d’un virus (virulence) dépend de facteurs liés :
- au virus lui-même (quantité de virus, cytopathogénicité, organes ou cellules cibles)
- À l’hôte (réponse adaptée ou pathologique)

Equilibre entre ces 2 facteurs => Durée de l’infection (aigue ou persistant) / gravité de l’infection
(asymptomatique, symptomatique, mortelles).

1) Propagation au sein de l’organisme :

1.1) Les voies de pénétration ou porte d’entrée :

Tissu où le virus rentre et se multiplie initialement,

La peau => quasi impénétrable. Transcutané =par piqure ou morsure (ex : CHikungunya, Dengue,
ZIka, HIV, HBV, CMV) (rage).

Voie respiratoire : inhalé sous forme de gouttelettes (grosses particules > 10-100micron,
contact proche de - d’1m pour être contaminé) ou d’aérosole (fine goutellettes mettant plusieurs
heures àretomber, peut être contaminant sur plusieurs mètres). (Ex: virus de la grippe, des
oreillons, de larubéole, de la rougeole, adénovirus, rhinovirus, coronavirus). Peuvent être aussi
transmis par lasalive (herpès, HSV1, CMV, EBV).

Muqueuse conjonctive : transmis par l’environnement (piscine, instruments ophtalmologiques),

contact accidentels (mains souillées, projection de matériel infectieux). (Ex : Picornavirus
(poliovirus, rhinoviru), adénovirus).

Voie digestive = ingestion avec l’eau et les aliments contaminé (ex : Picornavirus, adénovirus,
Réovirus, rotavirus => gastroentérite).
Muqueuse génitale = par voies sexuelle, HSV2, HIV, HBV, papillomavirus.

Passage trans placentaire = au cour de la grossesse, (ex : rubéole, CMV)

1.2) Diffusion dans l’organisme

Virémie primaire = phase permettant au virus d’être véhiculé par le sang ou la lymphe depuis la
porte d’entrée jusque’aux organes (peu intense ou transitoire)
- soit sous forme de particules libres
- Soit sous forme intra leucocytaire.

Du sang, il faut le traverser, pour le quitter, soit infection des cellules endothéliales, soit passage
de cellules sanguines par diapédèse.

Virémie secondaire = phase se développant ultérieurement lors de la phase aigue de certaines

infections virales (HIV, CMV, virus des hépatites). (Plus intense).
HSV et VZV => jusqu’au ganglion sensitif
Virus de la rage => jusqu’à l’encéphale par les nerfs.

1.3 Organes cibles :

Organes sur lesquels s’exercent les effets nocifs du virus dont l’infection va voir une traduction
clinique.
Ex : pour les pirconavirus dont le virus de la poliomyélite, porte d’entrée = cellule de l’intestin.
Mais l’organe cible n’est pas le tube digestif, mais le cerveau.
Ex : pour virus rabique => porte entrée = muscle, mais organe cible est le cerveau (diffusion via
lesvoie nerveuses).

Lésion dans l’organe cible (traduction clinique) peut être due :

- à la multiplication virale
- Mais parfois à la réponse immunitaire dirigée contre le virus.

Organes cibles selon les virus :

1.4 Excrétion des virus :
Dernière étape du cheminement des virus dans l’organisme
Retour du virus dans l’environnement
L’excrétion se fait souvent par la même surface corporelle que l’entrée
Pendant cette période, l’hôte infecté est infectieux et peut répandre le virus.

2) Les principaux modes d’évolution de l’infection (manifestation cliniques)

2.1) Infection aigue :

Multiplication virale => induction d’une RI => élimination
du virus => infection transitoire.

infection généralisée : Organe de sortie (ou d’entrée)

différent de l’organe cible, infection plus longue, présence
de virémie

2.2) Infection persistante :

Ri mais pas d’élimination du virus qui persiste. Sous
forme inactive (sauf gène de latente), ou sous forme
active mais à réplication modérée contrôlé par le RI, c’est
le cas des infections chroniques.

3) Principaux modes d’évolution de l’infection :

3.1) Virus et cancer ;

Certains virus ont un pouvoir oncogène et sont capables d’induire chez l’homme et l’animal des
tumeurs caractérisées par la transformation cellulaire.

Modes de cancérisation ; peut être différent, on peut avoir un oncogène virale => va exprimer un
ou plusieurs protéines perturbant le cycle cellulaire. (Comme HPV, SV40). Peut-être par
mutagenèse intentionnelle : insertion du génome viral dans génome cellulaire entraînant une
activation incontrôlée d’une proto-oncogène cellulaire impliqué dans le contrôle de la division
cellulaire ou inactivation d’un gène impliqué dans l’apoptose (rétrovirus).
Peut aussi se faire par des cycles de nécrose / régénération (cirrhose) : durant ces réparations
cellulaire un grand nombre d’erreurs génétiques s’accumulent augmentant le risque de
prolifération anormale (HBV, HCV)
 Chapitre III. Transmission des virus au sein d’une population (chaine
épidémiologique)
1) Chaine épidémiologique de transmission pour les virus :
Agent infectieux (virus et ses caractéristiques / réservoirs viraux) -> mode de transmissions ->
individus receveur

1.1) caractéristiques du virus :

1- Sa contagiosité = aptitude du virus à se transmettre au sein d’une population entre individus.

Va dépendre de l’indice de contagiosité = R0.

R0 = taux de reproduction initiale du virus dans une population non immunisée, nombre moyen
de personnes qu’une personne contagieuse peut contaminer.

(Intégré tableau des virus en fonction de leur contagiosité).

Re = taux effectif, c’est le nombre moyen de nouveau cas qu’une seule personne infectieuse va
générer à un instant T dans une population composée de personne susceptibles et immunisés.
R<1 l’épidémie régresse.

2- Pathogénicité = aptitude du virus à développer une maladie symptomatique.

Taux de pathogénicité = nombre de sujets malades / nombre de sujet
contaminés.
Ex : SARS-CoV2 = pathogénicité intermédiaire car asymptomatique dans 40% des patients
infectés.

3- Virulence = aptitude du virus à provoquer des troubles grave pouvant aller jusqu’à la mort, va
se mesurer en taux de létalité (nombre de morts/nombre d’infectés).
4- Pouvoir d’invasion : aptitude du virus à pénétrer et diffuser dans tout l’organisme

5- Dose infectante : nombre de virus nécessaire pour provoquer l’infection dépendant des
modalités de transmission et de la susceptibilité de l’hôte

6- Plasticité : capacité d’un virus à renouveler ses potentialités infectieuses, à l’origine de

l’adaptation à des espèces différentes. Différents mécanismes de plasticité :
- Glissement ou dérive génétique progressive dû à des mutations dans leurs protéines de surface
entraînant une modification de sa structure antigénique (variants). Est dû à l’infidélité de
l’ARNpolymérase ARN dépendante ou de la transcriptase inverse (pas de relecture).
Représentent des variations antagoniques mineures apparaissant essentiellement sur les
glycoprotéines d’enveloppe de surface.
- Recombinaison génétique de deux virus semblables infectant une même cellule à la suite du
passage de la polymérase d’un brin à l’autre lors de la réplication. (Ex : coronavirus,
recombinaison favorisée par l’ARN continue très long, un des virus à ARN les plus longs ainsi
que son mode de transcription discontinue). (Ex : HIV, seul virus diploïde où la TR inverse peut
sauter d’une sous unité lors de la rétrotranscription).
- Réassortiment génique lors d’une infection mixte durant la transmission inter-espèces avec le
remplacement d’une protéine d’une souche virale par une autre donnant naissance à un
nouveau sous-type viral entraînant la modification de la structure antigénique radicalement.
C’est le cas des ARN segmentés. Il faut que le virus passe par le porc pour pouvoir atteindre
l’homme.

A) Réservoir de virus :

Homme (majorité des cas) = anthroponoses

- Maladie apparente, la période d’infectiosité (période durant laquelle l’individu est contagieux et
dissémine le virus) commence avant les premiers signes cliniques. Elle arrive pendant la période
d’incubation. Cette période peut être courte (1 à 5j => ex : grippe, covid 19), longue (10 à 20j =>
ex : variole, rubéole, varicelle, rougeole), très longue (+20j).
Différent pour le virus d’EBOLA car les symptômes vont permettre la propagation du virus
(diarrhée, vomissement etc..).
L’infectabilité de certains virus vont au-delà de la période de convalescence (ex : Ebola = dans le
sperme pendant 7 semaines, Zika = dans le sperme jusqu’à 6 mois).
- Maladie non-apparente : même signe virologique, même conséquence immunologique, mais
absence de signe clinique.
- Maladie latente : virus caché dans organe cible, contagieux à la récurrence (ex : virus de
l’herpès, VZV).
- Maladie chronique

Animaux (pour certains virus) = zoonose :

Ex: la rage, la dengue, le zika, coronavirus du SRAS, COVID19, EBOLA.
Grippe Aviaire = pas de transmission interhumaine, mais le porc peut être contaminé par un virus
aviaire et un virus humain => pourra être transmis à un autre humain qui pourra le transmettre à
d’autre Homme. C’est le cas de la grippe porcine.

Réservoirs secondaires (virus nus ou résistant)

- milieu hydrique
- Aliments
- Matériel contaminé

B) Mode de transmission du virus :

Transmission horizontale (la + courante) = résulte de l’infection par contact directe ou indirecte
(virus à élimination respiratoire et salivaire / à élimination fécale / à élimination cutanée / à
transmission sexuelles).

Transmission verticale de la mère au fœtus : passage trans placentaire (in utero), à

l’accouchement, à l’allaitement : Rubéole, IHV, HSV, HBV

Transmission par vecteur :

- Passif = simple moyen de transport du virus, joue le rôle de simple seringue, le virus ne va pas
se répliquer dans ces vecteurs. (Ex : maladie iatrogène (dû à un process médical).
- Actif = hôtes dans lequel le virus se multiplie (zoonose). (Ex : virus de la rage => vecteur :
chauve souris / renard; Chilikungunya ; Ebola).

C) Individus receveur de virus :

> Exposé à la contagion selon :

- leur âge
- Leur genre de vie (malnutrition, surpeuplement, fratrie importante)
- Leur structure sociale (crèches, écoles, maison de retraite)

> Vierge d’immunisation antérieure (d’où l’intérêt de la vaccination)

> Sujets immunodéprimés (le vaccin ne fonctionne pas)

Chapitre IV. La vaccination, traitement préventif des maladiesmicrobiennes et en particuliers les
maladies virales

Vaccination = une des plus grandes réussites de l’Hommes pour combattre les maladies
infectieuse (virus, bactéries).

1) Principe de la vaccination :

Induction délibérée chez un individus sain de réponses immunitaires spécifiques protectrices

contre des microorganismes par injection d’un Ag constitué de formes non pathogènes des
microbes ou de composants microbiens avant que le sujet vacciné ne soit en contact avec celui-
ci dans la nature.

Vaccin prophylactique = dont la nature est essentiellement préventive (la plupart des vaccins).

Antigène : molécule reconnue par les récepteurs des LT et LB et par les Ac sécrétées par
plasmocytes dérivés des LB.

L’antigène vaccinal doit être immunogène, c’est à dire induire une réponse lymphocytaire B et T
effectrice.

2) Bases immunologiques de la vaccination :

-> réponses immunitaires protectrices (cf le cours d’immunologie).

La protection vaccinale repose sur la génération de lymphocytes mémoires.

La réponse va être plus efface et plus rapide des LB et LT (mémoires) lors d’un 2è contact avec le
même Ag.
Cellules mémoires : durée de vie plus longue, activation à Ag faible et Ac produits plus nombreux
et plus affines.

3) Composition et types de vaccins anti-infectieux disponibles :

Vaccins anti-infectieux actuels reposent sur l’induction d’Ac neutralisants.

Préparation immunogénique constituée de :

- Antigène : soit MO entier, atténue ou inactivé / soit par sous-unité : protéine ou polysaccaride,
vont être moins immunogène donc on va ajouter des adjuvant et des protéine porteuse.

Différents types de vaccins :

Agent infectieux vivants :
- capables de se multiplier in vivo
- Ont perdu leur virulence par passages successifs en culture ou inactivation d’un gène
- Infection inapparente ou atténuée

On peut avoir absence d’anticorps sans forcément que la vaccination fonctionne :> les LT
mémoires sont importants pour réactiver les LB et produire les Ac par les plasmocytes.
Toxine détoxifiés= anatoxine, Protéines capsulaires ou membranaires

4) Composition et types de vaccins anti-infectieux disponibles :

Les adjuvants (adjuvat = aider)

Substances qui, administrées en même temps et au même site qu’un Ag, augmentent la RI vis-à-
vis de l’Ag.

-> fabrique un dépôt frappant l’Ag, le maintien plus longtemps au site d’injection, le protège du
catabolisme et permet sa libération lente.

-> induisent une inflammation locale = stimulant la RI innée.

Adjuvants autorisés chez l’homme :
- sels d’aluminium (Al(OH)3, Alun)
- Émulsion huile dans eau (MF59, AS03)
- Liposomes ou virosome
- Monophosphoryl Lipid A (MPL) (dérivé du LPS).

1) Vecteur viraux réplicatifs : le vaccin VSV-Ebola :

- auxquels on a enlevé leur pouvoir pathogène, ou choisis parce qu’ils n’en ont pas/peu
- Qui restent capables de se répliquer dans le corps humain
- Modifié génétiquement pour fabriquer les Ag vaccinaux

Recombinaison d’un virus VSV afin qu’ils expriment à leur surface les protéines d’Ebola, entraînant
une réponse immunitaire contre ebola.

2) Vecteurs viraux non-réplicatif :

- Vaccin astrazenela (Sars-COV2) :
- Vaccin à acides nucléiques : encapsidation dans une capsule lipidique l’acide nucléique codant
pour spike. C’est le cas de Pfizer et Moderna.

5) Politique vaccinal, Calendrier vaccinal, et couverture vaccinale :

En France, politique vaccinale est sous la responsabilité du Ministère de la Santé après avis du
Comité Technique des Vaccinations au sein du Haut Conseil de la Santé Publique (HCSP).
De 3 à 11 vaccins obligatoires pour les enfants de moins de 2 ans. Objectif = protéger la santé de
tous les enfants et lutter contre les épidémies qui réapparaissent en France, notamment en raison
d’une couverture vaccinale insuffisante chez les bébés de moins de 2 ans.

Pourquoi se faire vacciner ?

Protection individuelle mais aussi

Protection du reste de la population, même des sujets non

vaccinés, carlimitation de la dissémination des agents
infectieux = Protection collective
taux de vaccination de plus de 90% pour atteindre le seuil d'efficacité qui permet
l'arrêt de la transmission et 100% pour l'éradication de la pathologie.
Si épidémie : définir une population cible
- en fonction des foyers infectieux et des populations à risque
- pour réduire les coûts
- pour limiter les évènements indésirables (bénéfice/risque)

Immunité collective = 1-1/R0

6)Conclusion :
- La vaccination est un acte de protection individuelle
- C’est aussi un acte altruiste
- Les vaccins ont prouvé leur efficacité
- Ils ont, comme des médicaments, des effets secondaires, le plus souvent bénins (Bénéfice/
risque)
- L’obtention et le maintien d’une bonne couverture vaccinale limite le risque d’épidémies.