Plan d’étude d’un virus

Pr Halimatou Diop-Ndiaye
• Titre
• Objectifs de la leçons
• Plan
 Plan
• Introduction
• Taxonomie ou Classification
• Caractères du virus
• Epidémiologie
• Pouvoir pathogène
• Diagnostic au laboratoire d’une infection à …
• Eléments de thérapeutique et de Prévention
• Conclusion
 Introduction
Définition
– Type acide nucléique: ARN ou ADN
• monocaténaire ou bicatenaire
• ARN polarité (+) ou négative (+)
• ADN linéaire ou circulaire
• ARN segmenté ou pas

– Symétrie de la capside: cubique ou hélicoïdale

– Virus enveloppé ou virus nu

– Genre et famille

– Pouvoir pathogène chez l’homme: maladie

 Virus à ADN

Bicaténaire Monocaténaire Complexe

Nu Enveloppé

Enveloppé Nu PARVOVIRIDAE POXVIRIDAE

HERPESVIRIDAE
HEPADNAVIRIDAE
Circulaire Linéaire

PAPILLOMAVIRIDAE ADENOVIRIDAE Toutes ces familles ont

POLYOMAVIRIDAE une symétrie
(anciennement regroupés dans la icosaèdrique sauf les
famille des Papovaviridae) Poxviridae

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Modified from Volk et al., Essentials of Medical Microbiology, 4th Ed. 1991
 Virus à ARN

Monocaténaire Monocaténaire Bicaténaire

Polarité (+) Polarité (-)

Enveloppé Nu Enveloppé Nu

Icosaédrique Hélicoïdale Icosaédrique Hélicoïdale Icosaédrique

FLAVIVIRIDAE CORONAVIRIDAE PICORNAVIRIDAE ORTHOMYXOVIRIDAE REOVIRIDAE

TOGAVIRIDAE CALICIVIRIDAE PARAMYXOVIRIDAE
RETROVIRIDAE RHABDOVIRIDAE
FILOVIRIDAE
BUNYAVIRIDAE
ARENAVIRIDAE

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 Introduction
• Intérêt de la leçon
– Clinique (affection grave ou mortelle, sequelles?)
• Grippe, hépatites virales, fièvre hémorragique
– Epidémiologique
• Fréquence de l’affection
• Problème de santé publique : VIH/SIDA, hépatite B
• Mode de diffusion : épidémie (Grippe, hémorragique
à Ebolavirus)
– Prophylactique (vaccins )
– Historique
 Historique
• Au besoin …. • Au besoin ….
– Poliovirus – Poxvirus (Variole)
– Hépatite C – Herpesvirus
– Grippe – Papillomavirus
– Ebola – Adenovirus
– Rage – ….
– VIH/SISA
– Fièvre jaune
 Classification-Nomenclature
• Ordre
• Famille
• Sous famille
• Genre
• Sous-types
• Sous sous-types
• Genotypes
 Caractères du virus

• Morphologie
– Structure du virion: Description du virus (Schéma
à l’appui)
• Taille

• Si enveloppé => glycoprotéines

– Structure du génome
Caractères
du virus
Virus à capside de Virus à capside de
symétrie cubique symétrie hélicoïdale

Exemple : adénovirus (rhume) Exemple : virus ebola

 Caractères du virus
• Caractères physico-chimiques
– Viabilité : sensibilité ou résistance aux agents
physico-chimique
– Stabilité dans le milieu extérieur
• Virus nus : résistants
– Transmission féco-orale pour Poliovirus, VHA, Rotavirus

• Virus enveloppés : fragiles

– Transmission par contact rapproché : Ebolavirus, VIH, VFJ,
– Exception : VHB, Grippe
 Caractères du virus
• Caractères antigéniques
– Différents types d’antigènes
• Ag d’enveloppe : glycoprotéines
• Ag interne: capside, matrice …
• Ag d’hôtes
– Variations antigéniques
• Sous-types, génotypes
– Implications diagnostic (typage)
– Implications vaccinales (vaccin anti grippe, anti
rubéole, antirabique, Fièvre jaune…)
 Multiplication du virus
• Animaux sensibles
• Cellules sensibles
• Cycle de multiplication
 Epidémiologie
• Réservoirs de virus
• Mode de contamination
– Féco-orale
– Aérienne
– Rapports sexuels (IST)
– Mère à l’enfant (grossesse, accouchement,
allaitement) ….
• Sujets réceptifs
• Facteurs favorisants
 Epidémiologie
• Mode épidémique
– Endémique
– Epidémique

• Répartition géographique
– Données chiffrées
 Pouvoir pathogène

• Physiopathologie
– Voie de contamination

– Durée d’incubation

– Facteurs de virulence

– Action => symptomatologie

 Pouvoir pathogène

• Manifestations cliniques
– Signes cliniques

– Localisations

– Evolution en l’absence de traitement

 Pouvoir pathogène
• Virus • Maladies virales
– Virus de l’hépatite B (VHB) Hépatite virale
– Ebolavirus
– Influenzavirus SIDA
Poliomyélite
– Morbillivirus
– Poliovirus Cancer du col
– Virus de l’Immunodéficience de l’utérus Rougeole
Humaine (VIH)
– Virus de la varicelle et du
zona
Fièvre hémorragique
– Virus amaril
– Papillomavirus humain Grippe
Varicelle

Fièvre jaune
 Diagnostic au laboratoire
• Prélèvements
– Site de prélèvement
– Conditionnement de recueil et de transport
– Délai avant traitement au laboratoire
– Conditions de conservation
Méthodes de diagnostic en pratique infectieuse

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 Diagnostic direct
Isolement Microscopie Détection Détection du
du virus électronique d’Ag génome

- sur animaux - Immunofluorescence - Hybridation

- sur œuf embryonné - ELISA sans amplification
- sur cultures cellulaires - Latex - Hybridation après
- immunodiffusion amplification (PCR)
(bandelette)

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 Culture cellulaire
Référence +++ mais pas toujours utilisables
Cellules permissives

Virus cultivables (Herpès, virus respiratoires)

ECP ou effet cytopathogène

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 Microscopie électronique
Technique coûteuse
Utile pour les virus non cultivables (gastro-entérites +++)
Peu utilisé en pratique

Rotavirus Calicivirus Astrovirus

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 Détection des antigènes viraux
Immunofluorescence directe et indirecte
- virus respiratoires, grippe, HSV (IFD)
- VZV, CMV (IFI)
- directement sur prélèvement avant ECP

Techniques d’agglutination de particules de latex

- rotavirus et adénovirus sur les prlvmts de selles

Techniques immuno-enzymatiques
- rotavirus et adénovirus sur les prlvmts de selles
- grippe sur aspiration nasale

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Détection des antigènes
viraux

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 Détection du génome viral

Matériel génétique des

Virus : ADN ou ARN

ADN

Ex: Hepatite B

ARN
SCHEMA
BACTERIE
Ex: Hepatite A

Ex: VIH

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 Comment détecter le matériel génétique ???

Il faut l’amplifier : c’est-à-dire l’augmenter en très… très …grande quantité

PCR

Avant Après
qlq copies 1030 ou 1040

Techniques de biologie moléculaire

- Détection d’ADN = PCR ou polymerase chain réaction
- Détection d’ARN = RT-PCR (reverse transcriptase- PCR)
Comment détecter le matériel génétique ???
 Détection du génome viral
Techniques de biologie moléculaire
- Détection d’ADN = PCR ou polymerase chain réaction
- Détection d’ARN = RT-PCR (reverse transcriptase- PCR)

Prélèvement = Sang sur tube EDTA, biopsie, LCR

Techniques très largement utilisées dans labo du nord
Moins dans labo du sud

Applications à de très nombreux virus

VIH, VHB, VHC, Ebolavirus, Coronavirus, Herpesvirus,
Papillomavirus, ….

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 Diagnostic indirect

Techniques sérologiques
- Techniques immuno-enzymatiques (ELISA) et dérivés
- Immuno-empreinte ou western blot
- Immunofluorescence indirecte (IF)
- Séroneutralisation
- Inhibition de l’hémagglutination
- Agglutination passive
- Réaction de fixation du complément

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 Diagnostic indirect
Techniques sérologiques
– Sérum, salive, urine
– Ac IgM par des tests ELISA
– Ac IgG

Peu d’intérêt diagnostic

Utile en épidémiologie (IgG)

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 Eléments de thérapeutique et de prévention

• Thérapeutique
– Mesures générales
– Molécules antivirales
– Action limitée
• Prévention
– Mesures d’hygiène collective
– Mesures d’hygiène individuelle
– Vaccination
 Conclusion
• Rappels des points saillants du cours
• Rappels des objectifs
• Perspectives
Objectifs du cours de virologie
systématique
 Objectifs
• L’étudiant doit connaître:
– Les principaux caractères des virus
– Le cycle de multiplication des virus
– l’épidémiologie
– La physiopathologie
– les principaux tableaux cliniques
– Les étapes du diagnostic d’une infection virale
– Eléments de thérapeutique si applicable
– Moyens de prévention