Virus : Définition, Structure et

classification
UFR Sciences Médicales

L3

Pr MEITE Syndou
 Introduction (1)
• Notion de maladie virale : fin du XIXème siècle
• Mise en évidence d’affections transmissibles par des agents
ultra-filtrables
• Invisibles en microscopie électronique

• Virus sont retrouvés chez:

• Espèces animales
• Végétaux (y compris les algues et les champignons)
• Bactéries (bactériophages)
 Introduction (2)
• 200 espèces de virus sont pathogènes chez l’homme

• Maladies virales

• Bénignes

• rhinites

• Graves

• fièvres hémorragiques

• Encéphalites

• SIDA hépatites,

• Covid 19.

• Tumeurs malignes et de cancers

• Virus hépatite B

• Papillomavirus
 Introduction (3)
• Intérêt
• Virus émergents
• VIH
• H5N1
• SRASCov2
• Virus ré émergents
• Virus Ebola
• Virus Marbourg
• Virus Lassa
• Véritable problème de Santé Publique, avec une désorganisation des services de
santé
 Objectifs

1. Citer les critères de définition d’un virus

2. Citer les éléments de structure d’un virus ainsi que
leur composition

3. Citer les éléments de classification d’un virus

4. Reconnaitre les familles de virus et les infections

qu’elles entrainent
 Plan
_________________________
• Historique

• Définitions

• Structure

• Classification

• Agents proches des virus

• Conclusion
 Historique
Virus ou pathogenèse Année de découverte
Mosaïque du tabac 1898
végétal
Fièvre aphteuse 1898
animal
Fièvre jaune
singe 1903
homme
moustique
Poliomyélite 1909
homme (1)
Cancer 1911
poule (2)
Lyse bactérienne des microbes 1915
Virus du Sida 1985
SRASCoV 1 et SRASCoV2 2002 et 2019
 Plan

• Historique

• Définitions

• Structure

• Classification

• Conclusion
 Définition (1)

• Les virus ont une structure rudimentaire +++

• Se reproduisent uniquement au sein de cellules
vivantes
• Ne possèdent aucun système d’énergie (ATP
etc…)
• Détournent la machinerie cellulaire à leur profit
pour se répliquer et assurer leur pérennité.
 Définitions (2)

• Structures simples
• Ensemble d’éléments protégeant
• quelques petits bouts de code génétique
• Avec pour objectifs de s’infiltrer dans une
cellule pour
• la parasiter, puis la détruire.
 Définition (3)

1953 que André LWOFF a énoncé 4 caractères fondamentaux

1°- Possède 1 seul type d’acide nucléique: ADN ou ARN

2°- Se reproduit à partir de leur matériel génétique et par réplication.

3° Doué de parasitisme intracellulaire absolu

– multiplication virale peut aboutir à la mort cellulaire: lyse cellulaire.
– Le virus interagit avec la cellule entrainant des lésions cellulaires non léthales :
persistance virale.

4° - Présente une structure particulaire le virion

 Définition (4)
Eubactérie Mycoplasmes Chlamydia Virus
et
Rickettsies
Taille 20 à
1 à 3µ 300nm 300nm
250nm
Présence d'une paroi + - + -
Parasitisme
intracellulaire absolu - - + +

Présence simultanée
+ + + -
d'ADN et d'ARN
Reproduction par
scissiparité +
+ +
-

Sensibles aux ATB + + + -

 Définition (5)
____________________________
Applications

Parasite Au laboratoire Incapacité à se reproduire sur

intracellulaire des milieux inertes de
type bactériologique.
Isolement en culture cellulaire
sur un système biologique
vivant dit permissif

Thérapeutique Interactions entre virus et

cellule hôte au cours de la
multiplication virale expliquent
la difficulté de mise au point
d’antiviraux
Structure et mode Epidémiologie Propriétés biologiques
de reproduction

Clinique Pathogénicité
 Résumé

• 4 caractères de définition du virion sont:

• un seul type d'acide nucléique (ADN ou ARN)
qui constitue le génome viral
• une reproduction par réplication du génome
• un parasitisme intracellulaire absolu
• une structure particulaire.
 Plan
_________________________
• Historique

• Définitions

• Structure

• Classification

• Agents proches des virus

• Conclusion
 Caractéristiques générales (1)

• Virus
• de petites particules biologiques de 20 à 300 nm de diamètre

• Anatomique
• constituée d'au moins deux éléments constants et
obligatoires :
• le génome (ADN ou ARN)
• la capside, coque de nature protéique entourant le
génome
Caractéristiques générales (2)

1 - LA TAILLE DES VIRUS

 Caractéristiques générales (3)

• « Virus"
• Agent infectieux à tous les stades du cycle
viral, extracellulaire ou intracellulaire

• « Virion«
• Particule virale infectieuse complète
 Caractéristiques générales (4)

• À la différence des bactéries, un virus :

• ne se voit pas au microscope optique,
• ne se cultive pas,
• n’est pas retenu par le filtre
Chamberland.
 TECHNIQUES D'ETUDE DES VIRUS

1- La microscopie électronique

2- la diffraction des rayons X.

3- l'ultra centrifugation.

4- l'électrophorèse.

5- les techniques biochimiques.

6- les techniques immunologiques.

 Morphologie des virus

• Microscopie électronique
• 1942.
• Techniques
• Technique de l'ombrage métallique (1949)
• Technique de coloration négative (1959)
• 2 formes
• soit en bâtonnets
• soit en sphères de diamètre variable
 Morphologie des virus (2)
Microscope électronique
 Morphologie des virus (3)
Image de quelques virus au
microscope électronique

Virus du SARS

Virus herpes simplex (HSV)

 Morphologie des virus (4)
Image de quelques virus au
microscope électronique

Virus EBola

Adénovirus
Virus parainfluenza
Morphologie des virus (5)
 Structure des virus
_________________________
• Un virion est constitué de :
• 1° : un génome, un acide nucléique (ARN ou
ADN)
• protégé par :
• 2° : une capside de nature protéique
• La capside est entouré parfois
• 3° d’une enveloppe ou peplos
 Structure
__________________________
• l'ensemble, appelé nucléocapside, définit les
virus nus
 Structure des virus

3° : Pour certains virus on note la présence d’une enveloppe

Structure du virus : Génome (1)
• Génome comporte un seul type d'acide nucléique
• ADN ou
• ARN

• Cette propriété permet de classer les virus en

• virus à ADN
• virus à ARN

• Fonctions du génome
• code pour diverses protéines virales :
• Protéines de structure (capside et enveloppe)
• Protéines de multiplication
• Protéines de régulation
 Structure du virus : Génome (2)
ADN
•Le plus souvent bicatenaire (2 brins) : ARN
ADN linéaire, •Le plus souvent monocatenaire (1
ADN circulaire, brin) :
•Rarement ARN linéaire,
ADN semi circulaire ARN segmenté
ADN monocatenaire •Rarement
ARN bicatenaire
 Structure du virus : Génome (3)

• Taille du génome
• L'information génétique est proportionnelle à la
taille du virus.

• On l'exprime en kilobases (kb) :

• Un kilobase représente 1000 bases si le génome est
monocaténaire ou 1000 paires de bases si le génome
est bicaténaire.
 Structure du virus : Capside
• Composition de la capside
• la capside, est de nature protéique.
• 1 seul type de sous-unité chez les petits virus et une dizaine
chez les plus gros.
• Assemblage autour du noyau de sous-unités protéiques
• Par utilisationd’un grand nombre de copies d'une ou plusieurs
petites protéines qui vont s'assembler autour du génome.
• La capside se forme le plus souvent par un processus d'auto-
assemblage.
 Structure du virus : Capside (2)
• Fonctions de la capside

• 1°Fonction de protection
• Capside protège l'acide nucléique des altérations physiques,
• chimiques ou
• enzymatiques dans le milieu extérieur car acides nucléiques
sont fragiles (monocatenaires)

• 2° Fonction de fixation
• Capside des virus nus porte les déterminants nécessaires à la
fixation aux récepteurs cellulaires (les ligands viraux).
 Structure du virus : Capside(3)

Virus à symétrie icosaédrique:

• L'icosaèdre est un polyèdre obtenu par
l'assemblage de 20 triangles équilatéraux
(icosa = 20) :
Structure du virus : Capside (4)

•les virus à symétrie hélicoïdale

•sous-unités ayant une conformation telle

qu'elles s'assemblent
•pour former des disques constitués par une
double couche d'unités de structure
 Structure du virus : Capside (4)
La nucléocapside forme un cylindre creux dont le diamètre est caractéristique
du virus étudié.
 Structure de la capside (5)
Structure Fonction

Sous-unité protéique Sous-unité de structure

Capsomères Unité morphologique formée
par l'assemblage de sous-
unités de structure,
identiques ou différentes
Capside Revêtement protéique du
génome formé par
l'assemblage des
capsomères
 les Poxvirus •Les phages caudés

Les virus à symétrie non déterminée : les

lentivirus
 Structure du virus : Enveloppe
• la nucléocapside de certains virus
• peut être entourée d'une enveloppe encore appelée peplos (peplos = le manteau).

• Fonctions de l'enveloppe :
• L'enveloppe porte les déterminants viraux qui se lient spécifiquement à des
récepteurs cellulaires:
• Ce sont des glycoprotéines incluses dans l'enveloppe, les spicules
• Après fixation aux récepteurs de la membrane cellulaire, l’enveloppe, de même
nature lipidique, peut fusionner avec cette membrane, introduisant la
nucléocapside dans la cellule.
 Structure du virus : Enveloppe (2)

• La présence d'une enveloppe caractérise les virus enveloppés.

• La nucléocapside est entourée d'une enveloppe, encore appelée peplos (= le manteau) :
c'est donc l'élément le plus externe du virion.
• L'enveloppe dérive d'une membrane de la cellule-hôte !
– la membrane cytoplasmique (cas le plus fréquent) : par exemple, le virus de la
rougeole
– la membrane nucléaire : les virus de l'herpès :
– une membrane du réticulum endoplasmique : les flavivirus (virus de la fièvre jaune).

la cellule ne fournit que la double couche lipidique.

Les protéines et glycoprotéines cellulaires sont déplacées et
remplacées par des protéines et des glycoprotéines virales.
 Structure du virus : Enveloppe (3)

1° - les spicules glycoprotéiques

–Les glycoprotéines s'insèrent dans la membrane lipidique,
–associées en oligomères (di, tri tétramères)

fonctions des spicules

•Portent les déterminants antigéniques
•Favorisent la fusion de l'enveloppe avec la membrane cellulaire (la protéine F
du virus de la rougeole).
•Exercent des activités enzymatiques (la protéine NA du virus de la grippe est
une neuraminidase).
Structure du virus : Enveloppe (4)
2° - Les pores
• Protéine hydrophobe s'insère dans la double couche lipidique, créant des pores qui
modifient la perméabilité de l'enveloppe.
• Fonction des pores

• Permettent des changes ioniques nécessaires à la

maturation de la particule et au développement de
l'infectivité

3° - La matrice
• Tapisse la face interne de l'enveloppe, la protéine M.
• Fonctions de la matrice
•Renforce la double couche lipidique
•Stabilise la nucléocapside.
Structure du virus : Enveloppe (5)
structure Synonyme Nature Fonction
enveloppe Peplos Double couche Support des spicules
lipidique
spicules peplomères glycoprotéine •Fixation du virus aux
récepteurs cellulaires
•Fusion de l'enveloppe
avec la membrane
•activité enzymatique

pores protéine échanges ioniques

matrice protéine M protéine •assemblage du virion

•renforcement de
l'enveloppe
•stabilisation de la
nucléocapside
Structure du virus : Enveloppe (6)

• La nature lipidique de l'enveloppe rend les

virus enveloppés très sensibles à
–l'action de la chaleur,
–des détergents,
–des solvants organiques (comme l'éther).

• La perte de l'enveloppe inactive le virus

Structure du virus : Enveloppe (7)
• Les virus nus sont assez résistants
• comme les virus poliomyélitiques (que l'on peut isoler de l'eau des égouts).
• Les virus responsables d'infections intestinales sont des virus nus (transmission oro-
fécale).

• Les virus enveloppés sont fragiles

• comme les virus de l’herpès ou du sida
• Leur transmission nécessite des contacts rapprochés :
• Transmission sexuelle ou sanguine.

• Cette règle générale a des exceptions

• les Poxvirus (virus de la variole) et
• les Hepadnavirus
• sont des virus enveloppés mais résistants.
Virus = parasites intracellulaires
obligatoires

ADN
Ou ARN

CAPSIDE

ENVELOPPE
OUI : Virus enveloppé
NON : Virus nu

SPICULE
 Plan

• Historique

• Définitions

• Structure

• Classification

• Agents proches des virus

• Conclusion
 Classification des virus

• Repose désormais sur

• la structure des virus
• Les trois premiers critères de la classification sont:
• la nature de l'acide nucléique du génome, DNA ou
RNA,
• la conformation de la capside, tubulaire ou
icosaédrique, et enfin
• la présence ou l'absence de péplos.
 Classification des virus (2)
• En plus on différencie les virus par
ADN

• double brin double brin simple brin

• ARN
• simple brin
- à polarité - ou
- à polarité +

• Par définition :
• la polarité + est celle de l'ARN messager
• la polarité - est celle de l'ARN complémentaire de l'ARNm (ou ARN anti-
messager)
 Classification des virus (3)

• Selon les caractéristiques physiques des

virions
-virus nu ou enveloppé
-virus à symétrie hélicoïdale ou icosoèdrique
-virus à génome linéaire ou circulaire,
segmenté ou d'un seul tenant
 Classification des virus (4)

• Selon la phylogénie
• Sous forme d'arbre (dendrogramme), on classe par
exemple: a, b, g1, g2 herpesvirus

• Selon les caractéristiques biologiques

• suivant le type de cellule permettant la réplication du
virus
• la durée du cycle de réplication virale
• la classification de Baltimore selon la stratégie de
réplication du virus
 Classification des virus (5)
Règles de taxonomie

niveau
suffixes (courants) exemples
taxonomique
virales (gpe de familles
ordre mononegavirales
apparentées)
famille viridae paramyxoviridae
sous-famille virinae paramyxovirinae
genre virus morbillivirus
virus de la
espèce (virus individuel)
rougeole
Classification des virus (6)
 Classification des virus (7)
Principaux virus d’intérêt médical

Virus à ADN
Virus à ARN

-Poxviridae -Orthomyxoviridae
-Adenoviridae -Paramyxoviridae
-Herpesviridae -Rhabdoviridae
-Papovaviridae -Filoviridae
-Hepadnaviridae -Arenaviridae
-Parvoviridae -Retroviridae
-Coronaviridae
-Réoviridae
-Picornaviridae
-Caliciviridae
-Togaviridae
Classification des virus (8)
 Plan

• Introduction

• Définitions

• Structure

• Classification

• Agents proches des virus

• Conclusion
 Agents proches des virus
• - les viroïdes (1978)

• Les viroïdes se composent d'un acide nucléique seul.

• Ce sont de simples boucles d'ARN d'environ 300 nucléotides qui se répliquent mais ne codent
aucune protéine.
• Leur présence perturberait la maturation des ARN messagers cellulaires.
• Les viroïdes n'ont été observés jusqu'à présent que dans le monde végétal (pomme de terre,
tomate...).

• Chez l’Homme
• le virus de l'hépatite D (1977) Le virus de l'hépatite D est le seul membre connu des Deltavirus.
• Le génome est un ARN circulaire codant une seule protéine de capside (l'antigène delta).
• C'est le plus petit virus connu parasitant l'homme : incapable de se multiplier seul, il se
manifeste toujours associé au virus de l'hépatite B, dont il emprunte l'enveloppe pour entourer
sa nucléocapside.
• (un virus incapable de se multiplier seul est un virus dit "défectif")
 Agents proches des virus (2)
• Les prions (1982) (prion est un anagramme de proin : proteinaceous infectious
particle)

• Les prions sont la cause d’encéphalopathies spongiformes :

• la maladie des vaches folles,
• la maladie de Creutzfeldt-Jakob chez l’homme.

• Comme l’agent infectieux

• résiste aux nucléases, aux UV,
• à l'ébullition,
• on peut penser qu’il est dépourvu d’acide nucléique.
 Agents proches des virus (3)
• Les prions seraient des protéines sans acide nucléique associé, protéines caractérisées
par une résistance exceptionnelle à l'action des protéases.

• Protéines anormales la PrPres : protéine du prion résistante aux protéases

• Protéine normalement trouvée dans le système nerveux la PrPc : protéine du prion

cellulaire

• La PrPres s’accumule dans les lysosomes qui éclatent.

• Les enzymes lysosomiales endommagent les neurones, créant des trous : le

cerveau ressemble à une éponge.

• Stanley Prusiner, qui défend la nature protéique de l’agent infectieux, a obtenu le prix
Nobel de Médecine en 1997.
 Plan

• Historique

• Définitions

• Structure

• Classification

• Agents proches des virus

• Conclusion
 Conclusion
• Pour se reproduire, un virus doit pénétrer dans une cellule vivante :
• les lésions causées par la multiplication du virus, à la cellule (puis à
l'organe, puis à l'organisme), sont exprimés par la maladie.
• les lésions et les symptômes, qui accompagnent la maladie, sont
provoqués par
• La multiplication du virus
• mais souvent par la réaction immunitaire du sujet infecté.

• Selon l’organe-cible du virus

• La maladie sera grave (le cerveau, le foie, le système
immunitaire)
• Ou bénigne (la peau, les muqueuses).