Master de biologie médicale de la Faculté de Pharmacie au CICM-Mali

LES CORONAVIRUS
HUMAINS
Dr KANIA Dramane
PharmD, Msc, PhD
Centre MURAZ
Email : draka3703@yahoo.fr
 Présentation
• Généralités sur le coronavirus
• Coronavirus zoonotiques
• Coronavirus humuns « classiques »
• SARS Coronavirus
• MERS Coronavirus
• SARS-CoV-2
• Conclusion

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Coronavirus
qAspect caractéristique en couronne en
microscopie électronique

qCependant, pléiomorphisme important ++

qLarges spicules d’environ 20 nm sur l’enveloppe

(protéine S)
 Historique coronavirus
• Coronavirus animaux : 1937 / 1946
• Coronavirus humains : 1965 / 1966
• souche B814 (Tyrell et Bynoe)
• souche 229E (Hamre et Procknow)
• souche OC43 et OC48 (McIntosh)
• souche 692
• 1967 : Genre Coronavirus
• 1975 : Famille des Coronaviridae

4
 Historique coronavirus
• Regroupement des 3 familles :
Coronaviridae, Roniviridae, Arteriviridae

• Révision de la taxonomie en 1996

• Ce regroupement en ordre de ces

différents virus est basé sur les similarités
concernant l’organisation du génome et la
stratégie de réplication

• Les homologies de séquences situées sur

le gène de la polymérase, évoquant
l’existence d’un ancêtre commun
5
Classification des coronavirus

Alpha coronaviruses cause the common

cold

MERS-CoV : Betacoronavirus, lineage C

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 Morphologie et structure

• 80 à150 nm de diamètre

• Virus enveloppés

• Nucléocapside
classiquement hélicoïdale
(exception chez virus ARN+)

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Protéines virales structurales
• Protéine S
⎻ glycoprotéine transmembranaire,
⎻ clivage en 2 sous-unités S1 et S2 (non obligatoire),
⎻ rôle majeur dans les premières étapes du cycle : attachement au récepteur
(détermination du tropisme), fusion des membranes virales et plasmiques,
⎻ Hémaglutination
⎻ principal inducteur d’anticorps neutralisants
• Protéine M
⎻ composant protéique principal du virion : rôle structural majeur
⎻ protéine requise pour l’assemblage des particules virales
• Protéine N: protéine de la nucléocapside, étroitement lié à l’ARN génomique
• Protéine sM: rôle indéterminé, intervient avec M dans la phase d’assemblage
• Protéine HE : présente uniquement chez les coronavirus du groupe 2
8
 Génome
• ARN monobrin, linéaire, non segmenté, de polarité (+)

• Génome de très grande taille (27 à 31 kb)

• Deux (2) régions non codantes en 5’ et en 3’

• Les 2 premiers tiers du génome sont constitués de 2 cadres de

lectures chevauchants : ORFs 1a et 1b

• Le 1/3 restant comporte 5 à 9 gènes selon les coronavirus

9
Organisation génomique

10
 Diversité génétique des coronavirus
q Mutations: infidélité de l’ARN polymérase ARN dépendante è Taux élevé de mutations
ponctuelles

q Franchissement de barrière d’espèces

q Recombinaisons:
• décrite in vitro et in vivo : FECV type II = FECV type I x CCV

q Délétions importantes:
• exemple de l’émergence en 1986 d’un mutant du TGEV, le PRCV chez le porc: délétion dans le
gène S è changement de tropisme, de l’appareil digestif à l’appareil respiratoire

q Structure de population hétérogène, en quasi-espèces

Haut potentiel adaptatif + Franchissement de barrières d’espèces è Réussite émergentielle

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 Coronavirus: Tropisme

• Spécificité d’espèces
• Organes cibles:
• appareil respiratoire
• appareil digestif
• système nerveux central
• Certains coronavirus ont un tropisme élargi et sont responsables
d’infections systémiques:
• Murine Hepatitis Virus
• SARS-CoV (virémie)

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 Coronavirus chez les animaux
• Quatre (4) coronavirus différents infectent le porc : TGEV, PRCV, PHEV, PEDV
⎻ TGEV : la gastro-entérite transmissible du porc est une virose connue depuis les
années 1940s

• Deux (2) coronavirus félins : FECoV et FIPV

⎻ FECoV: virus largement répandus
⎻ FIPV: variant émergenant, è Péritonite infectieuse fatale

• Coronavirus murins
⎻ MHV : infecte les souris et provoque une atteinte hépatique ou une infection
généralisée

• Coronavirus bovins
⎻ BCoVs: associés à des pathologies entériques et/ou respiratoires
⎻ Nombreux coronavirus BCoV-like identifiés chez plusieurs mammifères (cheval, élan,
girafe, lama..)

13
Chronologie de la découverte des coronavirus

https://pulitzercenter.org/stories/how-pandemic-made-virologist-unlikely-cult-figure
Coronavirus humains

2012 2019

MERS-CoV SARS-CoV-2

Groupe 2 Groupe 2

15
 Les épidémies d’infection à Coronavirus

Epidémies précédentes Pandémie récente

Severe acute Respiratory Middle East Respiratory Coronavirus disease 2019

Syndrome Syndrome (COVID-19)

SARS-CoV MERS-CoV SARS-CoV-2

2003 2012 2019

Identifié en Chine Identifié en Arabie Saoudite Identifié en Chine

On pense qu’elle se propage des Des dromadaires aux humains Le marché aux animaux de Wuhhan
chauves-souris aux chats sauvage, est soupsonné d’être le centre de
puis aux humains l’épidémie, mais le reservoir reste
inconnu

???
Coronavirus humains hors SARS-CoV:

q HCoV 229E

q HCoV OC43

q HCoV NL63

q HCoV HKU1

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 Coronavirus «classiques»: 229E et OC43

• Les coronavirus sont responsables de pathologies respiratoires hautes: Ce

sont des agents du rhume commun

• Les coronavirus sont associés à des pathologies

respiratoires basses dans les populations plus
vulnérables (nourrissons, jeunes enfants,
immunodéprimés, patients avec pathologies sous-
jacentes, et population âgée): pneumonies/
pneumopathies, bronchiolite, exacerbations d’asthmes

18
HCoV NL63 et HKU1
• HCoVs NL63 et HKU1 sont ubiquitaires.

• Europe, Continent Américain, Australie, et Asia

• Il est probable que ces virus nouvellement identifiés soient en fait des
coronavirus isolés dans les années 1960 et perdus ensuite en
laboratoire (B814, 692, OC44, etc.)

• Les études de séroprévalences conduites dans les années 70-80 ne

distinguent pas les infections causées par les coronavirus
appartenant au même groupe
19
 Coronavirus humains
• Les 4 coronavirus circulent toute l’année avec un pic épidémique à la fin de l’hiver,
la distribution entre les différents types est variable :

⎻ épidémies chevauchantes ?

⎻ Possible variation dans le temps de l’incidence des différentes souches ?

• L’impact pathologique des coronavirus est variable selon le type de population:

⎻ Virus peu pathologiques dans la population générale

⎻ Virus très pathologiques dans la population d’enfants hospitalisés (30% avec

pathologies sous-jacentes)

• Diagnostic en routine hospitalière utile

20
 Coronavirus humains
• Développement de méthodes fiables, peu coûteuses, et permettant la
détection des 4 coronavirus circulant.
• Difficultés:
⎻ Nombre croissant de coronavirus décrits
⎻ Description de nouveaux variants
⎻ Recombinants grande variabilité génétique

• RT-PCR multiplex = approche intéressante : le nouveau défi est le

développement de RT-PCR multiplex en temps réel détectant jusqu’à 18
cibles différentes, avec différents types de détection des produits amplifiés
(technique luminex, puces, analyse de longueur de fragment)
• Développement nécessaire d’anticorps monoclonaux permettant un
diagnostic simple et rapide
• Les méthodes d’isolement en culture doivent être améliorées
21
Détection des virus respiratoires au laboratoire

22
 Détection de l’ARN des coronavirus
• Techniques de biologie moléculaire = technique de choix

• Système le plus utilisé: RT -PCR

⎻ Eviter si possible la PCR nichée dans les laboratoire de diagnostic (contamination ++)

⎻ Hybridation moléculaire confirmant la spécificité du produit amplifié++

⎻ Techniques RT-PCR en temps réel +++

⎻ Puces à l’études

• Localisation et choix des amorces : variable selon l’objectif

• Détection :

⎻ Amorces «consensus»: 1 système d’amplification pour tous les coronavirus(ORF1)

⎻ Amorces spécifiques d’espèces (RT-PCR multiplex ou non) : souvent gène N ou M

• Epidémiologie moléculaire : gène S (S1 > S2)

23
SRAS Coronavirus

24
 SRAS : l’épidémie
• SARS: Syndrome Respiratoire Aigu Sévère (= Severe Acute Respiratory Syndrome)

Cas de pneumopathies atypiques : novembre 2002 –février 2003

• Phase précoce :
• novembre 2002 –janvier 2003
• série de cas indépendants (au moins 11 identifiés dans le Delta de la rivière Pearl)
• Phase intermédiaire :
• janvier –février 2003
• 1er événement de superpropagation en milieu hospitalier
• épidémie nosocomiale à Gandzhou (130 cas, dont 106 à l’hôpital)
• Phase tardive :
• février 2003-juillet 2003
• épisode Hôtel M diffusion mondiale
25
 SRAS : l’épidémie
• Caractéristiques :
• Importance de la transmission nosocomiale ++
• Enfants rarement touchés

• Mortalité élevée chez sujets > 65 ans

• Calendrier:
• 15 mars : alerte mondiale OMS

• Identification du SARS-CoV: début avril 2003

• 5 juillet 2003 : déclaration OMS de l’interruption de la transmission
inter-humaine du SRAS
26
SRAS-CoV : l’épidémie 2002

27
 SRAS : définitions
WHO : définition clinique (Août 2003)

• Personne présentant une poussée fébrile > ou = 38°C

ET
• Un ou plusieurs symptômes des voies respiratoires basses (toux, dyspnée)
ET
• Signes radiologiques compatibles avec une pneumonie ou un SDRA
ET
• Absence de tout autre diagnostic pouvant expliquer entièrement la maladie

28
 SRAS : définitions
WHO : définition biologique (Août 2003)

• Symptômes cliniques évocateurs ET au moins 1 des critères suivants :

• PCR positive pour le SARS-CoV:
– sur au moins 2 échantillons de nature différents OU
– sur le même échantillon recueillis à 2 moments différents OU
– 2 PCR différentes ou une PCR répétée sur un nouvel extrait ARN provenant de l’échantillon clinique
initial

• Séroconversion en ELISA ou IF : 2serumstestés en parallèle,

– soit apparition des anticorps
– soit augmentation de 4 fois ou plus du titre

• Isolement du SARS-CoV en culture cellulaire (BSL3) ET confirmation par PCR

Examens devant être effectués dans un laboratoire national ou régional de référence

29
 SRAS : histologie
• Matériel autopsique: tissu pulmonaire provenant de patients
SARS + confirmés par la biologie
• Evolution en 3 phases (?) :
• phase inflammatoire exsudative
• Phase proliférative
• évolution vers la fibrose (œdème, infiltrats inflammatoires,
exsudats fibrineux, hyperplasie des pneumocytes)

• Dommages alvéolaires diffus

• Thrombi vasculaire fréquents avec zones d’infarcissement

30
 SARS : diagnostic biologique

• Diagnostic direct par RT-PCR (2 techniques) sur différents

prélèvements :
⎻ aspirations naso-pharyngées : NPA
⎻ écouvillonnages gorge et nez : NS / TS
⎻ selles
⎻ Urines

• Isolement en culture sur VeroE6 en laboratoire BSL3

• Diagnostic indirect par sérologie : IF indirecte

31
Transmission inter-humaine du SARS-CoV

Clef des mesures de prise en charge :

• connaissance des modes de transmission inter-humaines
• voies d’excrétion : respiratoires, entériques (+ sang)
• survie du virus
• on estime en général que le début des signes et le début de la
phase infectieuse (phase de transmission possible) coïncident +
• on estime que la durée de la contagiosité n’excède pas la durée
de la maladie

32
SARS-CoV: «survie »du virus ?

Virus enveloppé:
• Perte d’infectiosité avec la plupart des désinfectants connus
(réduction de la charge infection > 3 log en 5min pour
hypochlorite de sodium, détergent ménager)
• Tué à 56°C
• Survie de 4 jours dans selles diarrhéiques (pH alcalin) et >7
jours dans les prélèvements respiratoires à température
ambiante (hygrométrie ????)

33
 SARS-CoV: Voies de transmission
• Principalement de façon directe par les gouttelettes de sécrétions
oro-pharyngées dispersées par la toux d’une personne infectée et
malade

• Cas secondaires
⎻ Importance de la transmission nosocomiale ++
⎻ Rôle majeur des transports internationaux
⎻ Transmission secondaire : 2,2 à 3,6 cas secondaires pour 1 cas index (10/1
pour Influenza) :
⎻ Problèmes des super-propagateurs : transmission secondaire à plus de 8
personnes

34
 SARS-CoV: cas secondaires
• Importance de la transmission nosocomiale ++

• Rôle majeur des transports internationaux

• Transmission secondaire : 2,2 à 3,6 cas secondaires pour 1 cas

index (10/1 pour Influenza) :

• Problèmes des super-propagateurs : transmission secondaire à plus

de 8 personnes

35
Nouveau SARS-CoV en 2019:
• SARS-CoV-2 responsable de la COVID-19

• Emergence en fin 2019 à Wuhan, Chine

• Menace pour la santé mondiale è Pandémie

• OMS (11 février 2020): Désignation officielle è COVID-19

• Causée par le SRAS-CoV-2

• 3ème menace sanitaire mondiale liée à un coronavirus en moins de 20 ans

36
 Situation épidémiologique mondiale (19/08/2022)
Incidence hebdomadaire des cas confirmés de COVID-19 par région OMS (08 août 22) - 1/2

Cas

581.69 millions

Décés
6.41 millions
(Létalité: 1.10%)

H
ERGENCIES
programme
Clinique
Incubation
• 1 à 14 jours avec une moyenne de 5 jours
• > 95% de ceux qui développent des symptômes le font <11,5 jrs

Manifestations cliniques
• 40% d’asymptomatiques
• 40% de symptomatiques légers, type grippe
• 15% de formes modérées pouvant conduire à un Covid long
• 05% de formes sévères pouvant nécessiter des soins de réanimation
• Taux de létalité: environ 1-3%
Cinétique de marqueurs virologique et Diagnostic
 Méthodes diagnostic au laboratoire
Prélèvement respiratoire Sang périphérique
Détection directe Détection indirecte

Culture Détection d’Ag ARN Sérologie

intracellulaires
Immunofluorescence
Immunoenzymatique
Immunofluorescence Test de diagnostic
Immunoenzymatique
RT-PCR
rapide
Test de diagnostic rapide

Peu d’intérêt dans le diagnostic

Etudes de séroprévalence +++
 Traitement
vRecommandations fortes de ne pas utiliser: Hydroxychloroquine et Lopinavir
ou Ritonavir

vRecommandation soumise à conditions de ne pas administrer de Remdésivir

aux patients hospitalisés atteints de COVID-19

vRecommandation forte pour l’administration de corticostéroïdes systémiques

aux patients atteints de COVID-19 sévère ou avec état critique

vRecommandation soumise à conditions de ne pas utiliser de corticostéroïdes

systémiques pour traiter les patients atteints d’une forme non sévère de la
COVID-19
Prévention
 Vaccins anti-COVID-19

• Conçus pour apprendre au

système immunitaire à reconnaître
et à bloquer en toute sécurité le
virus à l’origine de la COVID-19

• Huit (8) vaccins commercialisés

 Les types de vaccins potentiels anti-COVID-19
• Vaccins inactivés ou vivants atténués: forme inactivée ou atténuée
du virus qui ne peut pas causer de maladie mais qui entraîne tout de
même une réponse immunitaire.
• Vaccins à base de protéines: fragments inoffensifs de protéines ou
d’enveloppe protéique qui imitent le virus de la COVID-19 pour
entraîner une réponse immunitaire en toute sécurité.
• Vaccins à vecteurs viraux: un virus inoffensif qui ne peut pas causer
de maladie mais qui sert de plateforme pour la production de
protéines du coronavirus afin de générer une réponse immunitaire.
• Vaccins à ARN et à ADN: mis au point selon une méthode de pointe
consistant à utiliser un ARN ou un ADN génétiquement modifié pour
produire une protéine qui entraîne une réponse immunitaire en toute
sécurité.
MERS Corona Virus

45
 MERS Corona Virus
• MERS-CoV = Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus

• 1ère isolation chez un patient en Arabie Saudie en June 2012

• Également connue sous le nom de grippe du chameau

• Virus zoonotique → transmission via les chameaux dromadaires

• Comparable au SARS-CoV

• Classé dans la famille virale des Coronaviridae

46
Symptômes du MERS

47
Symptômes du MERS
• Période moyenne d’incubation: 5 - 6 days

• Les patients sont contagieux dès qu'ils présentent des

symptômes !

• Dans les cas graves, une infection des voies respiratoires, des
poumons et des reins peut se développer

• Le dysfonctionnement de plusieurs organes peut entraîner la

mort !

48
Taux de mortalité

Risque accru de formes graves de MERS

→ Personnes >50 ans
→ Sujets immunodéprimés
→ Patients ayant le Cancer et diabète
→ femmes enceintes
49
Modes de transmission

50
Transmission inter-humaine

• Par contact direct ou indirect

avec des gouttelettes
respiratoires émises par une
personne infectée

• Par contact direct avec les

fluides corporels (sang, lait
maternel, vomissures) d'une
personne infectée

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Risque accru d’infection
• Les patients atteints du MERS sont contagieux
dès qu'ils présentent des symptômes !

• 19 % des cas de MERS sont des travailleurs de

la santé !

Population à risque:
• Personnes en contact étroit avec la personne infectée : membres de la famille, collègues,
personnel soignant, patients partageant la même chambre et visiteurs de l'hôpital.
• Personnes âgées, femmes enceintes, personnes dont le système immunitaire est affaibli
ou qui souffrent de maladies systémiques (diabète, troubles pulmonaires ou rénaux
chroniques).
• Personnes en contact étroit avec des chameaux : habitants de la région ou touristes.

52
Distribution géographique des cas de MERS-CoV

Cas Confirmés entre

2012 et 2017 dans le
monde:
• 2374 confirmés
• 823 décès
• 27 pays

Voyage/tourisme → Potentiel de transmission mondiale du MERS-CoV

53
Foyers de MERS

• Jeddah (Saudi Arabia)

Jeddah May 2014: 255 infected,
Seoul 93 died

• Seoul (South Korea)

May 2015: 186 infected,
36 died

54
 Épidémie de MERS au Tchad Mai 2019
q Patient zéro: • 1er Cas (= cluster 1): = Famille du patient zéro
– 20.4.2019 : a acheté des dromadaires − sa femme enceinte
au marché aux chameaux de Birqash → hospitaliée: 10.5.2019
– 26.4.2019 : présente des symptômes →† 21.5.19
grippaux comme la fièvre et la toux
− Grand-mère:
– 5.5.2019 : développe des symptômes → hospitalisée: 10.5.2019
sévères dont une diarrhée sanglante,
une infection pulmonaire & a des →† 23.5.19
problèmes de respiration → va à − Fils de 5 ans
l'hôpital
→ ne présente que des symptômes légers
– † 19.5.19
→ Guéri : 18.5.2019

Situation (May-July 2019):

− 176 confirmed cases (among them 30 healthcare workers & doctors)
− 70 died
− Over 130 suspected case
55
Rapport de situation sur l'épidémie de MERS

56
Traitement anti-MERS
• Pas de vaccin ni de traitement antiviral spécifique !

• Seul un traitement de soutien basé sur l'état clinique du

patient permet de soulager les symptômes :

– Hydratation

– Analgésiques

– Assistance respiratoire et circulatoire

– Préservation des fonctions rénale, hépatique et

neurologique

– Antibiotiques pour prévenir les infections secondaires

57
Prévention de transmission animale

Se laver soigneusement les mains avec de l'eau et du savon après

avoir touché un animal.

58
Prevention – Human transmission
Propagation du virus

jusqu'à 2 mètres par

la toux ou les

éternuements

Nécessité d'une

quarantaine

59
 Prevention – Human transmission
Important/Nécessaire :
• Mesures de sécurité précises pour le personnel de santé : masques de
protection, blouses de laboratoire, gants, lunettes.
• Chambres d'isolement
• Communication rapide et efficace entre les cliniques
• Information et éducation rapides de la population !

60
 MERS diagnostic
ELISA IFA
(8-14 jours après le début des symptômes)

Isolement du Virus par culture cellulaire

BSL-3 laboratory (+++)

61
 Viral detection by RT-qPCR
• RT-qPCR → détection dans la phase aiguë (3 jours après le début des symptômes)

• Prélèvements appropriés pour la qPCR

Si possible, les échantillons doivent être prélevés dans les voies
respiratoires supérieures et inférieures:
• Échantillons des voies respiratoires inférieures
• charge virale la plus élevée
• Expectorations et aspirats ou lavages trachéaux
• Échantillons des voies respiratoires supérieures
• Salive
• écouvillon nasopharyngé
• Autres échantillons à faible charge virale
• Sérum, sang → charge virale moyenne
• Selles, urine → faible charge virale

62
 Conclusion

qCoronavirus problème de santé publique mondiale

qImportance de la surveillance des infections respiratoire

qImportance de l’investigation en cas d’épidémie

63
QUESTIONS ?

64