Retroviridae

Pr Y EL KAMOUNI

Professeur de Bactériologie-Virologie. FMPM

Cours de 2ème Année MEDECINE 1
 Objectifs
• Décrire les caractères virologiques et épidémiologiques des Retroviridae

• Reconnaitre le pouvoir pathogène et les aspects cliniques

• Décrire les marqueurs et modalités diagnostiques

• Citer les moyens du traitement et de la prévention

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 PLAN
I. Introduction

II. Caractères virologiques

III. Caractères épidémiologiques

IV. Pouvoir pathogène

V. Aspects cliniques

VI. Diagnostic virologique

VII. Traitement

VIII. Prophylaxie

IX. Conclusion
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 I. Introduction

• Famille virale composée de plusieurs espèces virales ayant en commun la

possession d’une enzyme ( retrotranscriptase) qui rétro-transcrit leur génome
ARN en ADN , ce dernier sera intégré par la suite dans le génome de la cellule
hôte.

• Les Retroviridae ont un pouvoir oncogène (associés aux multiples

cancers, leucémies) et responsables du syndrome de déficience immunitaire

•Deux virus intéressent l’homme :

•Virus de l’Immunodéficience Humain (VIH)

•HumainT lmphocytotrope Virus (HTLV)

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I. Introduction
Le VIH ( virus de l’immunodéficience
humaine)
Famille des Retroviridae ;
Génome à ARN
RT; Retrotranscription de l’ ARN en
ADN.
Intégration / ADN cellule hôte
Remarquable plasticité :
Taux de mutation élevé
Diversité génétique des VIH
Echappement au système immunitaire
Mutants résistants aux thérapeutiques anti-VIH
Pandémie (VIH 1)
Problème de santé public
Déclaration obligatoire

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 I. Introduction
Historique
• Juin 1981, dans les pages d’une publication américaine, Morbidity and
Mortality Weekly Report (MMWR), liée au Centers for Disease Control. La
revue scientifique mettait en lumière les cas de cinq jeunes hommes
d’orientation homosexuelle, ayant souffert tous d’une forme grave de
pneumonie, dont le facteur infectieux demeurait alors inconnu.

• Mai 1982 : lympho-adenopathies chez un homosexuel

• Sept 1983: le CDC définit le syndrome d’immunodéficience humaine
acquise (SIDA)

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 I. Introduction

Le VIH est un virus :

• découvert en 1983 par Françoise Barré et Luc Montagnier de

l’institut pasteur de Paris (nobélisés en 2008),

• responsable d’une infection sexuellement transmissible (IST),

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 I. Introduction
VIH: réel problème de santé mondial:
• Fréquence:
– c’est une pandémie mondiale : 36 millions porteurs du VIH

• Gravité:
– mortalité importante : un (01) million en 2017
– morbidité liée aux différentes complications de l’infections à VIH et
qui sont regroupées sous le nom du syndrome d’immunodéficience
acquise (SIDA)

• L’absence du vaccin contre le VIH permet une progression

constante de l’infection malgré les progrès thérapeutiques
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 II. Caractères virologiques
1: caractères taxonomiques

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 II. Caractères virologiques

1: caractères taxonomiques
• Famille: Retroviridae retrotranscriptase

• Genre: Lentivirus infections lentes

• Espèce: VIH

• Types: VIH1 et VIH2 (50% d’homologie)

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Historique

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 II. Caractères virologiques
1: caractères taxonomiques
Le VIH est caractérisé par une variabilité génétique à cause de la forte
réplication du VIH associée au caractère infidèle de la
rétrotranscriptase (taux d’erreurs élevés lors de la transcription)

Pour le type VIH 1 on distingue 4 groupes:

– groupe M: majoritaire, responsable de la pandémie actuelle et regroupe 9 sous
types (A,B,C,D,F,G,H,J,K) et plus de 49 formes recombinantes (CRF)

– groupe O: outlier

– groupe N: non M non O

– groupe P: putative group (décrit en 2009)

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 II. Caractères virologiques
1: caractères taxonomiques
Pour le VIH2: comporte huit sous types et caractérisé par une
capacité réplicative plus faible et une lente évolution vers le
SIDA

Le type VIH2 et les sous types O N et P du type VIH1 sont

distribués surtout aux pays de l’Afrique de l’ouest (Guinée,
Cote d’ivoire, ….)

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 II. Caractères virologiques
2: caractères structuraux
• Une enveloppe virale constituée d'une
double bicouche lipidique et de deux sortes
de glycoprotéines :
- gp120: fixation sur récepteur cellulaire
CD4
- gp41 (transmembrabnaire).

• Une couche protéique de matrice (P17)

• Une capside virale faite des protéines (p24).

• Un génome constitué de deux copies d' ARN

simple brin associées à deux molécules de
transcriptase inverse (p64) et à d'autres
protéines enzymatiques (protéase-intégrase)

90 à 120 nm
14
 II. Caractères virologiques
3- Caractères antigéniques

• La gp120 occupe une position plus périphérique : elle joue le

rôle de récepteur viral de la molécule membranaire CD4 des
cellules hôte.
• La Gp41 traverse la bicouche lipidique

• Protéines structurales du core: p24, p7 et p17

• Protéines enzymatiques:
• RT: retro-transcription de l’ARN viral en ADN
• Protéases assurent la maturation des nouveaux virus formés
• Intégrase: intègre l’ADN proviral dans le génome cellulaire
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 II. Caractères virologiques
4- Caractères génomiques

Le génome est composé de

 03 gènes de structure :
-env: codent pour les glycoprotéines
d’enveloppe
-gag: codent pour les protéines internes
(matrice,capside et nucléocapside)
-pol : codent pour les enzymes du virus

 gènes de régulation de réplication

virale
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 II. Caractères virologiques
5 : Cycle de réplication virale
• Fixation sur récepteur cellulaire (CD4) et corécepteur (CCR5)

• Pénétration par fusion-lyse

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• Retrotranscription de l’ARN en ADN (RT)
• Intégration de l’ADN viral (intégrase)
• Transcription des ADN proviral en ARNm et ARN génomique par la cellule
• Traduction en polyprotéines virales
• Clivage de la plyprotéine en protéines virales par la protéase virale (maturation protéique)

18
Cycle de multiplication cellulaire:

19
 II. Caractères virologiques
4: caractères physico-chimiques

• Le VIH est sensible à de nombreux désinfectants:

– hypochlorite de sodium à 0,5%,
– glutaraldéhyde à 2%,
– formaldéhyde, éthanol.

• Inactivation par la chaleur à 56-60°C incertaine.

• Séchage à l’air ambiant pendant plusieurs heures réduit de 90 à 99%
la concentration en VIH.

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 III. Caractères épidémiologiques

B-Origine du virus et réservoir

Origine du VIH : simienne ( primates- singe)
Simien Immunodéficience Virus (SIV)
– Animal de compagne dans certaines régions forestières
d’Afrique centrale
– Traversée de l’espèce et passage à l’homme : blessure-
morsure…
malades

Réservoir du VIH: est strictement humain

représenté par les malades et les porteurs porteurs
asymptomatiques (diffusion+++) asymptomatiques

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 III. Caractères épidémiologiques
C-Transmission : voies et modes de diffusion
Sexuelle :
• c’est la voie principale de transmission >90% (VIH est une IST)
• rapports hétérosexuels+++, homosexuels, oro-génitaux
• la présence des lésions génitales d’autres ist(ulcérations-urétrite…)
favorise la transmission du VIH+++
Mère-enfant :
• surtout dans les pays à forte prévalence du VIH ,
• transmission surtout en période périnatale (fin de grossesse, accouchement et allaitement),
• risque total de transmission avoisine 30% .
Voie sanguine :
• toxicomanie (20% en France)
• transfusion : polytransfusés liée à la fenêtre sérologique et virologique
• accident d’exposition sanguine : soignants
• autres : piercing, tatouage…. 22
 III. Caractères épidémiologiques

Aspects épidémiologique (mode de diffusion du VIH) :

• Le VIH est endémo-pandémique,

• Selon l’OMS, plus de 36millions de porteurs du VIH au monde

dont 90% au niveau des pays :
o d’Afrique sub-saharienne
o et sud-est de l’ASIE

• Selon l’OMS, au niveau mondial et à chaque jour:

 Environ 5000 nouvelles infections

 Plus de 2500 morts suite aux complications du SIDA

23
III. Caractères épidémiologiques

24
 III. Caractères épidémiologiques
Au Maroc :
En 2017: 10600 cas déclarés(Ministère santé publique)

selon l’OMS environ 31000 porteurs du virus

Les Régions les plus touchées ( >50% ) :

• Sousse massa dera,

• Marrakech

• Grand Casablanca :

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 PLAN
I. Introduction

II. Caractères virologiques

III. Caractères épidémiologiques

IV. Physiopathologie

V. Aspects cliniques

VI. Diagnostic virologique

VII. Traitement

VIII. Prophylaxie

IX. Conclusion
26
24
 IV. Pouvoir pathogène

• Tropisme du VIH pour les cellules ayant le récepteur CD4

• Lymphocytes T CD4: possèdent un récepteurs CD4 et un

corécepteur CXCR4

• Cellule présentatrice d’Antigènes (monocytes-macrophage- C. dendritiques,

et LT mémoire) qui possèdent un récepteur CD4 et un
corécepteur CCR5

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•Suite à une exposition (exp: relation
sexuelle) passage du virus à travers les
secrétions génitales et pénétration dans les
cellules dendritiques,

•Transport du virus aux organes

lymphatiques de voisinage,

•Pénétration et réplication dans les Ly

TCD4

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 Evolution naturelle de l’infection par le VIH
c’est une évolution en trois phases déterminées par la cinétique de la
charge virale et du taux des Ly TCD4

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Phase de Primo-infection à VIH: dure un mois
Multiplication virale et destruction des LTCD4,
Activation des cellules immunitaires cytotoxiques Ly TCD8,

Phase de latence clinique: dure 2 à 10ans

Diminution de la réplication virale,
Reprise de la reproduction des Lymphocytes T CD4,

stade finale de l’infection, stade SIDA,

épuisement de la reproduction des LTCD4 et
accentuation de la réplication virale avec
installation des infections opportunistes.
30
 V. Aspects cliniques
1: Primo-infection à VIH
Souvent asymptomatique : 50 à 80 %
Parfois: signes non spécifiques
– fièvre- ADP-éruption cutanée –pneumopathie
– sd mononucléosique

2: Phase de latence clinique : elle est asymptomatique,

L’infection est découverte souvent de façon fortuite suite à un
bilan sérologique (préopératoire, prénuptial, aptitude , ….)

31
 V. Aspects cliniques

3: stade SIDA :

 Infections opportunistes :
– Bactériennes : tuberculose pulmonaire…
– Virales : herpesviridae (Zona++) …
– Parasitaires : toxoplasmose – cryptosporidiose – microsporidiose…
– Mycosiques : cryptococose –candidoses invasives…

 Cancers: Kaposi (HHV8) – Lymphome (EBV)

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 PLAN
I. Introduction

II. Caractères virologiques

III. Caractères épidémiologiques

IV. Physiopathologie

V. Aspects cliniques

VI. Diagnostic virologique

VII. Traitement

VIII. Prophylaxie

IX. Conclusion
33
31
 VI. Diagnostic virologique

 Prélèvements

 Diagnostic indirect
– techniques de dépistage
• ELISA ème Génération
• TROD
– technique de confirmation

 Diagnostic direct
– recherche de l’Ag p24
– recherche de l’ARN viral

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 VI. Diagnostic virologique
Pour la recherche du VIH:
 consentement du patient est obligatoire
 Prescription médicale obligatoire
 confidentialité du résultat est obligatoire
TubesEDTA
Prélèvements : sanguins tube sec

• Ponction veineuse périphérique sur tube sec pour diagnostic

sérologique et sur tube EDTA pour diagnostic moléculaire,
attention pour les tubes héparinés sont à éviter (inhibiteur de
PCR)
• Transport : rapide au labo à T° ambiante si différé à +4°
• Prescription médicale + renseignement cliniques

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 VI. Diagnostic virologique

1 Diagnostic indirect
A- Techniques de dépistage :
Test ELISA de 4ème Génération – TROD

A-1: test ELISA de 4eme génération :

Evolution des tests sérologiques type ELISA

• De 1986 ELISA 1ère G : lysat de cellules infectées par VIH1
• 1986 :ELISA 2ème G : Ag recombinants produits par génie génétique
• 1987 : ELISA 3ème G : tests mixtes VIH1 et VIH2
• 1997 : ELISA de 4ème G actuellement recommandée pour le dépistage sérologique
du VIH (amélioration des performances du test et réduction de la fenêtre sérologique)

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 Principe : mise en évidence d’une réaction Ag-AC par réaction
enzymatique colorimétrique dont l’intensité de la couleur du produit est
proportionnelle à l’Ag ou l’Ac recherché
Avantage de la technique ELISA 4ème génération :
– Détection combinée de l’AgP24 et des Ac anti-VIH1 et VIH2
– C’est une technique automatisable et rapide ( résultat <4heures)
– Sensible et spécifique
– Adaptée aux grandes séries d’échantillons (plaque 96 puits)
– Fenêtre sérologique réduite
• Autres techniques : chimiluminescence

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 A- Techniques de dépistage
A-2: Test Rapide d’Orientation Diagnostique :
• Test adapté à l’urgence et au manque de moyens (pays d’endémie)
• Recherche des Ac anti-VIH1 et anti-VIH2
Principales indication:
• -femme enceinte en travail d’accouchement à statut sérologique inconnu
• -Accident d’exposition sanguine et/ou sexuelle
• -Non accessibilité au laboratoire

Avantage : simple-rapide 15mn- lit du malade-

Limites: moins sensible que le test ELISA (faux négatifs) et moins spécifique (faux positifs)

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Test Rapide d’Orientation Diagnostique (TROD)

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 VI. Diagnostic virologique
B-Technique de confirmation: test de Western Blot /Immunoblot
Intérêt
– confirmation de la spécificité des Ac du patients vis-à-vis des protéines
spécifiques du VIH1 et/ou du VIH2
– distinction entre le VIH 1 et VIH 2
Indication: réalisé si test de dépistage positif ou douteux
Principe
• Protéines virales séparées par EPP et transférées sur bandelette de nitrocellulose
• La réaction Ag-Ac entre les Ac anti-VIH (du patient) avec les Ag du VIH fixés sur la
bandelette est révélée par réaction immuno-enzymatique sous forme de bandes
colorées sur la bandelette( mini ELISA sur bandelette)
• C’est une technique plus spécifique

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 Etape 1:

Les Ag viraux dénaturés puis séparés par électrophorèse en fonction de leur poids
moléculaire
41
Etape 2: Découpage bandelette dans sens longueur
Etape 4: Incubation avec le sérum à étudier.

42
 Etape 5: Révélation

Après le lavage, les complexes Ag-Ac sont m e e par une anti-Ig humaine conjuguées
à une enzyme
L’utilisation de substrats permet la visualisation des différentes bandes réactives.
43
 B-Technique de confirmation
test de Western Blot /Immunoblot
Interprétation :
 WB positif :
• au moins 2 bandes des Gp du gène env
et (+)
• au moins une bande gag ou pol

 WB négatif : aucune bande

 WB indéterminé : autre profile

(à contrôler sur 2ème prélèvement ultérieurement)

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 VI. Diagnostic virologique

2- Diagnostic direct

2-a: Recherche de l’Antigène P24

• Détectable à J15 de la contamination par technique ELISA

• Intérêt : marqueur de primo-infection à VIH (fenêtre sérologique)

• Attention: réaliser un test de séroneutralisation pour les tests +

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 VI. Diagnostic virologique
2- Diagnostic direct
2-b: Recherche du génome viral

• C’est le premier marqueur détectable après la contamination (J10)

• C’est un marqueur direct de réplication virale
• Intérêt :
– Marqueur de primo-infection VIH (fenêtre sérologique)
– Diagnostic de l’infection VIH chez le NNé et nourrisson<18mois
– Suivi de la charge virale chez un patient sous traitement

• La RT-PCR en temps réel est la technique de référence

– détection (qualitative)
– et quantification de la charge virale (en UI/ml)

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 2- Diagnostic direct
2-b: Recherche du génome viral
Principe :
• Extraction du génome
• rétro transcription de l’ ARN en ADN
• Amplification /thermocycleur (PCR)
• Détection et quantification par sondes fluorescentes
• Quantification en nombre de copie/ml exprimée en
Log10 copie (1000cp=3log, 100000=5log….)
• Technique standardisée que pour le VIH 1

47
48
49
 V- Diagnostic de l’infection par le VIH:
Evolution des marqueurs au cours de la PI virale.

50
Démarche diagnostique HAS 2008

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 VI. Diagnostic virologique
3-Autres techniques de diagnostic
Réservées aux laboratoires spécialisés dans la recherche

• Recherche de l’ADN proviral dans les cellules mononuclées

circulantes (marqueur de quantification du réservoir du VIH)

• Isolement par coculture des C. mononuclées du patient avec

d’autres cellules mononuclées non infectées puis recherche de
l’infection par détection dans le surnageant de la suspension de
culture:
– de l’Ag p24 ou
– de l’activité RT ou
– de l’ARN viral
Technique longue et couteuse pratiquée au laboratoire de haute sécurité
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 PLAN
I. Introduction

II. Caractères virologiques

III. Caractères épidémiologiques

IV. Physiopathologie

V. Aspects cliniques

VI. Diagnostic virologique

VII. Traitement

VIII. Prophylaxie

IX. Conclusion
53
47
 VII. Traitement

1 Bilan préthérapeutique : avant de traiter

• Mesure la charge virale (CV) plasmatique
• Numération du taux des LTCD4
• Recherche des résistances aux Antirétroviraux :
– Tests génotypiques par séquençage des gènes de résistance
– Intérêt : évaluer et choisir l’antirétroviral adapté à la souche virale

• Recherche de comorbidités:
• Coïnfection:
» virales: hépatite virale (B ou C), syphilis,
» Bactériennes: syphilis, tuberculose
» Parasitaire: toxoplasmose…
• Évaluation de l’état du patient: bilan rénal, hépatique, cardiaque…

54
 VII. Traitement
2 Objectif du traitement
– Rendre le virus non réplicatif (CV < 50copiess/ml)

– Restaurer la production des Ly TCD4 (CD4> 500/mm3)

3 Moyens du traitement: Antirétroviraux

Cinq classes des Antirétroviraux:
1 inhibiteurs de fixation

2 inhibiteurs de fusion

3 Inhibiteurs de la RT : nucléosidiques (INTI) ou non nucléosidiques (INNTI)

4 Inhibiteurs de l’intégrase (II)

5 Inhibiteurs de la protéase (IP)

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 Cibles des antirétroviraux

Inhibiteurs de fixation
INTI et Inhibiteurs
et de fusion
INNTI de l’intégrase

Inhibiteurs
de la protéase

56
 VII. Traitement

4- Démarche thérapeutique :
• Traitement à vie

• Protocole du traitement : association (trithérapie)

o 2 INTI +INNTI ou
o 2 INTI+IP
o Forme sévère: 2INTI + inhibiteur de l’intégrase

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 VII. Traitement
5-évaluer l’efficacité du traitement
• Quantification de la charge virale

• Numération des lymphocytes TCD4

• Rythme :
– Mensuel pendant les 3 premiers mois:M0-M1-M3
– Semestriel : M6 – M12…..

• Efficacité si diminution de la charge virale

- >2Log à un mois
- <400 copies au 3eme mois du ttt
- indétectable au 6eme du tttt

• Si non c’est un échec thérapeutique dont il faudrait chercher la cause:

– soit une inobservance (sous dosage)
– soit une interaction médicamenteuse
– soit une résistance virale

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 PLAN
I. Introduction

II. Caractères virologiques

III. Caractères épidémiologiques

IV. Physiopathologie

V. Aspects cliniques

VI. Diagnostic virologique

VII. Traitement

VIII. Prophylaxie

IX. Conclusion
59
53
 VIII. Prophylaxie

1 Lutte contre la transmission sexuelle

lutte contre les IST
• Traitement des malades est une mesure indirecte de
prévention

• Utilisation des préservatifs

• Dépistage régulier des professionnels du sexe

• Compagnes de sensibilisation, information et
communication

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 VIII. Prophylaxie
2- Lutte conte la transmission Mère-enfant
• Dépistage systématique de toutes les femmes enceintes
• Réaliser un TROD au moment du travail (si sérologie inconnu)
• Si VIH chez une femme enceinte:
– TTT antirétroviral de la femme enceinte + césarienne
prophylactique

et
– TTT antirétroviral prophylactique pour le le Nné

Réduire le risque de transmission à <1%

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 VIII. Prophylaxie
3- Lutte contre la transmission sanguine
• Distribution des seringues à usage unique pour les toxicomanes

• Dépistage régulier des toxicomanes

• Qualification génomique : don de sang et organes

• Prise en charge des AES : ttt antirétrovirale et dépistage des
patients sources

62
 Conclusion

• VIH : infection sexuellement transmissible à

déclaration obligatoire et à distribution mondiale

• Le ttt antirétrovirale permet de retarder l’évolution

vers le SIDA et de diminuer le risque de transmission

• Des essais sur la vaccination sont en cours

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