Introduction à l’étude des

maladies infectieuses
Dr Marie Piel-Julian
CCA service de Médecine Interne du Pr Sailler
piel-julian.m@chu-toulouse.fr
 Objectifs

1. Savoir définir une infection, une colonisation, la flore commensale.

2. Différencier les deux types d’immunité : innée et adaptative, leurs rôles
respectifs et les acteurs impliqués dans chacune des deux.
3. Identifier les 4 types de germes : bactérie, virus, parasite et champignon.
4. Savoir qu’un antibiotique est inutile en cas d’infection virale.
5. Savoir qu’un traitement « physique » doit parfois être associé au
traitement médicamenteux d’une infection.
6. Connaitre les règles générales de prévention des infections.
 Plan

1. Définitions
2. Rappels sur l’immunité
3. Les différents types de germe
4. La mise en évidence des germes
5. Grands principes de traitement des infections
6. Prévention des infections
Définitions
 Définitions

• Flore commensale :
• microbes colonisant l’homme sans être pathogène
• Obligatoire et nécessaire
 La flore commensale

4 flores
principales :

• cutanée
• respiratoire
• génitale
• digestive
 Exemple de la flore digestive

• 1012 à 1014 micro-organismes (bactéries, virus, parasites,

champignons)
• = 2 kg !
• Rôle dans la digestion et l’immunité

• Rôle thérapeutique établi dans la colite à Clostridium difficile :

transplantation fécale à discuter après la 2e récidive
• Piste thérapeutique dans certaines maladies dont les maladies
inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI : Crohn, RCH)
 La flore bactérienne commensale cutanée

Toutes les bactéries

sont potentiellement
pathogènes :

Quand un hôte voit ses

défenses immunitaires
affectées, ou qu’il y a
une plaie, même leurs
bactéries commensales
peuvent provoquer des
troubles.
 Définitions

• Flore commensale : microbes colonisant l’homme sans être pathogène

• Colonisation :
• présence de microbe sans infection associée (essentiellement : urine, arbre
trachéo-bronchique, plaie)
• Possible colonisation à des germes susceptibles d’être pathogène
 Définitions

• Flore commensale : microbes colonisant l’homme sans être pathogène

• Colonisation : présence de microbe sans infection associée
(essentiellement : urine, arbre trachéo-bronchique, plaie)
• Contamination : prélèvement mettant en évidence des germes non
présents sur le site prélevé
 Définitions

• Contamination : prélèvement mettant en évidence des germes non

présents sur le site prélevé
• Colonisation : présence de microbe sans infection associée
(essentiellement : urine, arbre trachéo-bronchique, plaie)

• Infection : signes cliniques associés à la présence de microbes

connus pour être à l’origine des symptômes observés

-> Prescription adaptée d’anti-infectieux

Rappels sur l’immunité
 Rappels sur l’immunité

• Moyens de défense anatomiques :

• Peau et muqueuse
• Excrétion de liquide biologique (« drainage »), ex : s° bronchiques
• Substances chimiques : acidité de l’estomac, lysozyme de la salive…
• Aponévroses et séreuses : barrières
 Rappels sur l’immunité

Innée = « non spécifique » Adaptative = « spécifique »

Inflammation
Humorale Cellulaire
 Rappels sur l’immunité

Innée = « non spécifique » Adaptative = « spécifique »

Inflammation
- Recrutement de Humorale Cellulaire
phagocytes
(macrophages) Lymphocytes B Lymphocytes T cytotoxiques
- Complément
Plasmocytes

Immunoglobuline (Ig) =anticorps

Spécifiques d’un antigène

 Immunité

Innée Adaptative

Inflammation complément humorale cellulaire

Cellules phagocytaires Formation de C3 convertase Lymphocytes T CD4 et CD8
(PNN, Monocytes- Lymphocytes B
-> opsonisation Plasmocytes
macrophages) -> complexe membranaire
Lymphocytes NK Ig
d’attaque (C5 à C9)
Cytokines et inflammation -> clairance des complexes
immuns

Infections virales,
Bactéries intracellulaires,
Parasites
Infections à germes encapsulés Lymphoprolifération
Infections à pyogènes
Lymphoprolifération Maladies auto-immunes
Champignons
Infections à germes encapsulés Maladies auto-immunes
Granulomatoses
Maladies auto-immunes
Les différents types de germe
 Réservoirs des agents infectieux

• Infections endogènes :
• Infection par un germe de la flore commensale potentiellement pathogène
• Dans certaines circonstances : altération d’une barrière, immundosupression,
…Peau et muqueuse

• Infections exogènes :
• Réservoir humain, ex : la varicelle
• Réservoir animale = zoonose, ex : la rage
• Réservoir environnemental (sol, eau, poussière), ex : tétanos
 Mode de transmission

• Directe : transmission de l’agent infectieux à partir du réservoir

• Aéroportée : varicelle, rougeole, …
• « gouttelettes » : VRS, méningite bactérienne, …
• Manuportée : BMR
• Sexuelle : syphilis, VIH, VHB, …
• Sanguine : VIH, VHB, VHC, …

• Indirecte : nécessite un intermédiaire

• Arthropode : paludisme, dengue, …
• Tique : Lyme
• Eau et alimentation : VHA, salmonelles, …
 Bactéries : procaryotes
• « Pyogènes »
• Forme Coloration de Gram
• Staphylocoque, Streptocoque,
• Pneumocoque
• Méningocoque, gonocoque
• Colibacille (=Escherichia coli)…

• Mycobactéries
• Tuberculose

• Intracellulaires
• Chlamydia pneumoniae,
• Mycoplasma pneumoniae,
• Bordetella pertussis (coqueluche)

• Spirochètes
• Borrélioses (ex. maladie de Lyme)
• Tréponématoses (ex. syphilis)
• Lesptosiroses
 Bactéries : procaryotes
• Toxi-infection : infection locale par la bactérie
Clostridium tetani produisant une toxine
ciblant le système nerveux central
• Mortelle dans 20 à 30 % des cas.
• Ni immunisante ni contagieuse
• Pas éradicable : dans le sol et l'environnement

évitable
par la vaccination
et l'hygiène des plaies
Exemples d’infections bactériennes
 Virus

• Parasitisme intra-cellulaire obligatoire

• Structure simple :
• Un génome (ARN ou ADN)
• Une capside = coque protéïque
 Virus
• Influenza virus : grippe
• Virus du groupe Herpes
• HHV-1 et 2 = HSV-1 (Herpes simplex virus) HHV-3= VZV (virus de la varicelle et du zona)
• HHV-4 = EBV (Eptsein-Barr virus) : mononucléose infectieuse
• HHV-5 = CMV (cytomégalovirus)
• HHV-6 : roséole
• HHV-7 : tableau de roséole
• HHV-8 : KSHV (Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus )

• Virus des hépatites « alphabétiques » : A, B, C, D, E

• Virus de l’immunodéficience acquise
• Rougeole
• Oreillons
• Rubéole
• Rage…
Virus
 Focus sur le VIH

• Virus lymphotrophique : cellules avec récepteur CD4 (Lymphocytes T)

-> destruction des lymphocytes T
-> immunossupression +++ à germes opportunistes
• 2006 : 39,5 millions de personnes infectées par le VIH (OMS)
• Transmission sexuelle, sanguine et verticale
• Evolution naturelle :
• Primo-infection : 2-8 semaines après exposition
• Phase symptomatique : 7 à 10 ans, poly ADP fluctuante
• SIDA : infections opportunistes, tumeurs
 Hépatites

Hépatite A Hépatite E
• Transmission oro-fécale • Proche de l’hépatite A
• Cosmopolite • Risques chez
• Maladie du voyageur • la femme enceinte (formes fulminantes)
• l’immunodéprimé (formes chroniques)
• Incubation : 2-6 semaines
• 1% de formes fulminantes ?
• Clinique :
• Asymptomatique • Pas de vaccin
• Symptomatique : fièvre, asthénie intense,
ictère, anomalie du bilan biologique
• Fulminante (0,1% des formes
symptomatiques) : transplantation en
urgence
• Hygiène et Vaccination !
27
 Focus sur le VIH
Hépatite B
• Virémie prolongée
• formes chroniques
• Présent dans tous les liquides biologiques
• Virus très résistant, peut survivre plusieurs
années à température ambiante
• Transmission parentérale, sexuelle ou verticale
• 0,1% de la population française
• Passe à la chronicité dans 10%
• Cirrhose
• Cancer du foie +++
• Diagnostic : sérologie et PCR
• Traitement par antiviraux si chronique
Hépatite C
• Virémie très prolongée
• Grande résistance du virus
• Le virus n'est généralement retrouvé que dans le
sang
• Transmission parentérale +++
• 1% de la population
• Passe à la chronicité dans 80%
• Cirrhose : 30% à 25 ans
• Cancer du foie si cirrhose
• Diagnostic : sérologie et PCR
• Traitement antiviral si chronique
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 Champignons
• Organismes eucaryotes
• Groupe autonome au sein du monde
vivant par leurs caractères
morphologiques et biochimiques

Dermatophytie Candida
 Champignons

• Formes graves chez l’immunodéprimé

Candidose oesophagienne Nocardiose pulmonaire Cryptococcose neuro-

méningée
 Parasites

• Animal ou champignon qui,

• Da façon temporaire ou transitoire,
• Doit se nourrir aux dépens d’un organisme vivant (=hôte)
• Sans que sa présence entraîne la destruction inéluctable de l’hôte
• Protozoaires
• Helminthes et arthropodes
• Champignons
 Parasites

Protozoaires : Helminthiases :
- Eucaryotes - Métazoaires
- Unicellulaires - Forme adule et forme larvaire
- Ex : leishmaniose, amibe, …

Teniae
Plasmodium falciparum
Parasites : le paludisme
 Parasites

• Formes graves chez l’immunodéprimé

Toxoplasmose cérébrale
ne_pas_oublier.jpg

Comment mettre en évidence un

germe ?

Présence d’un germe ≠ infection !!

 Identification
• Directe
• Dans le sang en cas de septicémie (bactériémie/virémie/fungémie/parasitémie)
• Dans les liquides biologiques atteints

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 Identification
• Directe
• Dans le sang en cas de septicémie (bactériémie/virémie/fungémie/parasitémie)
• Dans les liquides biologiques atteints
• Dans les tissus atteints (biopsies)
• Mise en culture et observation au microscope ± après coloration
• Identification
• Antibiogramme/antifongigramme
• Mise en évidence de protéines
• Antigénémie (dans le sang), antigénurie (dans les urines)
• Mise en évidence du génome
• Polymerase chain reaction
• Gènes de résistance aux antibiotiques/antiviraux/antifongiques/antiparasitaires
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 Identification directe : appel de la bactério

Cocci Gram + en amas Cocci Gram + en chaînette Diplocoque Gram +

= Staphylocoque = Streptocoque = Pneumocoque

Diplocoque
Gram - Bacille Gram -
= Neisseria (ici = « BGN »
méningocoque) (ici E. coli)

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Identification directe

culture Antibiogramme
ou anti fungigramme

PCR

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 Identification

• Indirecte : SEROLOGIES
• Anticorps spécifiques dirigés
contre le micro-organisme)
• Permet de dire que l’on a été en
contact avec le germe
• IgM : infection récente
• IgG : infection ancienne. Ac qui
peuvent être protecteur à long
terme.

40
Grands principes de traitement
des infections
 Quel traitement médicamenteux ?

• Bactérie => antibiotique

• Virus => rien ou antiviral

• Parasite => antiparasitaire

• Champignon => antifongique

42
Quel traitement ?
 «Les antibiotiques : c’est pas automatique ? »
1. Argument épidémiologique :
• La plupart des infections ORL/pulmonaire/digestives en médecine de ville sont
virales.
• Inefficacité sur la maladie virale
• Risque d’effet indésirables
• Coût
2. Argument d’écologie bactérienne :
Eviter la sélection de mutants résistants aux antibiotiques à une échelle personnelle et
une échelle sociétale
3. Face à une infection bactérienne, hors urgence, d’abord documenter l’infection
(germe, antibiogramme).
4. « Epargner » certains antibiotiques pour lesquels les résistances sont de plus en plus
fréquentes. 44
 Prévalence de la résistance en France en 2017 chez les isolats
de E. coli responsables d’IU communautaires de l’adulte

PREVALENCE
DE LA ANTIBIOTIQUES POPULATION / SITUATIONS CLINIQUES
RESISTANCE
<5% Fosfomycine trométamol population générale
Nitrofurantoïne population générale
Aminosides population générale
≈5% C3G et aztréonam population générale
< 10 % IU simples et non récidivantes, en l’absence de FQ dans les 6
Ciprofoxacine, lévofloxacine
mois
Pivmécillinam cystites simples
10 à 20 % population générale, selon les concentrations adaptées aux
Amoxicilline-clav
cystites
Pivmécillinam cystite à risque de complication
Ciprofoxacine, lévofloxacine IU à risque de complication
TMP et cotrimox (SMX-TMP) cystites simples
> 20 % Amoxicilline population générale
population générale, selon les concentrations adaptées aux
Amoxicilline-clav
PNA et IU masculines
TMP et cotrimox (SMX-TMP) IU à risque de complication

Spilf reco 2017

45
 Cystites à risque de complication

Cystite à risque de complication

= ECBU

Traitement pouvant être différé de 24-48h Traitement ne pouvant être différé

Antibiothérapie initiale adaptée à Antibiothérapie initiale probabiliste
l’antibiogramme :
• 1er choix nitrofurantoïne
• 1er choix amoxicilline • 2ème choix fosfomycine - trométamol
• 2ème choix pivmécillinam
• 3ème choix nitrofurantoïne
• 4ème choix fosfomycine-trométamol
• 5ème choix triméthoprime (TMP) Adaptation à l’antibiogramme dès que
possible

Durée totale
• Amoxicilline, pivmécilinam et nutrifurantoine : 7 j
• Fosfomycine- trométamol : 3 g à J1-J3-J5
• TMP : 5 j
Spilf reco
46 2017
 Les anti-infectieux ne font pas tout…

Une collection ? Un abcès ? …

Pus + antibiotique = Pus

Allo chirurgien ou radiologue pour drainer

47
 Les anti-infectieux ne font pas tout…

Encombrement bronchique ? BPCO ?

Drainer !
Appel du kinésithérapeute

48
Prévention des infections
 Prévention

• Hygiène :
• Désinfecter plaie
• Prévention péril fécal

50
 Prévention

• Eviter la transmission :

51
 Prévention
• LA VACCINATION !!!
• L’exemple de la rougeole …
• Haute contagiosité : 12-18
• Données OMS : 1 à 5% de décès chez l’enfant
• Complications :
• Surinfection : otite, PNP bactérienne (60% causes de DC chez l’enfant)
• Encéphalite aiguë : 1 cas / 1 000
• Panencéphalite aiguë sclérosante : 1 cas pour 10 à 25 000 enfants (8 ans après
l’épisode…)
• …
• Vaccinations : 2 doses
• USA 894 134 cas en 1941, 135 en 1977(-99,98%)
• Réaction anaphylactique : 1/200 000 à 1/1 000 000
• Cas rapporté de convulsion hyperthermique : CI chez le patient immunodéprimé 52
Merci de votre attention