Cours de virologie systématique

Volume horaire = 18heures

1- Introduction à la virologie
2- Les entérovirus
3- Les virus de la grippe
4- Les Paramyxoviridae
5- Le virus de la rubéole
6- Les VIH
7- Les virus des hépatites
8- Les Herpetoviridae
9- Les arbovirus
10- Le virus de la rage
11- Les papillomavirus
humains
12- Les virus des diarrhées
13- Le SARS-CoV2

Enseignant: Olfa BAHRI (mail: olfa.bahri@fmt.utm.tn)

Professeur en Microbiologie – Faculté de Médecine de Tunis – Tunisie
Chef de service de Microbiologie-Biochimie – Hôpital Aziza Othmana
Introduction à la
virologie
 Définition
Microorganisme invisible au microscope optique

• Infectieux et potentiellement pathogène

• Composition structurale simple:

– 2 éléments constants: capside + génome  Nucléocapside

– Eléments facultatifs: enveloppe, tégument (matrice)

• Reproduction par réplication du génome viral

Parasitisme intracellulaire obligatoire

Infections / Maladies : transmissibles
 Eléments constants du virus

• Génome viral • Capside virale

• ADN ou ARN • Protection du génome
• Information génétique • Autres rôles: Antigénique,
virale fixation du virus à la cellule
(virus nus)

Entérovirus VHC VIH

 Virus nu / enveloppé

• Les virus enveloppés : fragiles

• Les virus nus sont résistants

→ persistent dans l'environnement qui peut être contaminant

Virus nus : Virus des gastroentérites aigues

Entérovirus – Rhinovirus
Virus des hépatite A et E
Papillomavirus
 Classification des virus
Classification universelle – Système L.H.T. (Lwoff, Horne, et Tournier)

Critères objectifs de classement:

•La nature de l'acide nucléique : ADN ou ARN…

•La symétrie de la nucléocapside : hélicoïdale, cubique…

•La présence ou l'absence d'une enveloppe…

• Stratégie de réplication

Actuellement classement en fonction de la séquence nucléique

 Nomenclature
niveau taxonomique suffixes exemples
ordre virales mononegavirales
famille viridae paramyxoviridae
sous-famille virinae paramyxovirinae
genre virus morbillivirus
espèce (virus individuel) virus de la rougeole
 Classification

Principaux virus à ADN

 Classification
Principaux virus à ARN
 Interaction virus et cellule hôte

Quelques définitions

Sensibilité = Capacité pour la cellule d’être infectée par

un virus donné
Permissivité = Infection productive = capacité de
produire des virus
Spectre d’hôte = Ensemble des organismes sensibles à un
virus donné
Tropisme = Ensemble des tissus ou des cellules
sensibles à un virus donné
Cycle de multiplication des virus
 Conséquence de l’interaction virus et
cellule hôte

VIRUS PATHOGENES  Quatre éventualités :

• Destruction de la cellule
• Persistance de l’infection
• Transformation cellulaire
• Infection abortive
 L’infection virale

L'infection virale chez l’homme nécessite :

➢un virus pathogène

➢Un réservoir du virus
➢Un moyen de transmission (parfois vecteurs)
➢Une porte d’entrée
➢Des cellules ou tissus cibles
 Le réservoir du virus

L’homme +++
• Infection symptomatique
• Infection asymptomatique : souvent inconnue
• Contamination de l’entourage

Les animaux
• Homme = hôte accidentel
• Exemple : la rage (morsure animale)

Les insectes
• Homme ; hôte intermédiaire
• Arthropodes suceurs de sang (moustiques, tiques, ..)
• Arbovirus : répliqués et véhiculés par les arthropodes
• Exemples : fièvre jaune, dengue
 Modes de transmission
des virus et portes d’entrée

Virus FRAGILES  Transmission directe

Transmission
Transmission aérienne
conjonctivale
Transmission par
voie digestive
Transmission
parentérale

Transmission
sexuelle Transmission
cutanée
 Autres modes de transmission

- Transmission mère-enfant :
- Au cours de la grossesse : voie trans-placentaire
- Au moment de l’accouchement
- Au cours de l’allaitement

- Transmission par greffe d’organes :

VIH, CMV, herpes, hépatite B …
 Modes de transmission
des virus

Virus RESISTANTS  Transmission indirecte

Physiopathologie – Pouvoir pathogène

Infection

Infection Infection
localisée Généralisée

Incubation courte Incubation longue

 Voies de dissémination

1- Diffusion sanguine
 Voies de dissémination

2- Diffusion lymphatique

Porte d’entrée

Virus circulant
(libre/intracellulaire)

Virémie
Diffusion vers organes cibles
 Voies de dissémination

3- Diffusion nerveuse
Organes cibles: Tropisme cellulaire
 L’excrétion virale

Dernière étape du cheminement du virus dans l’organisme

Permet au virus de survivre par la transmission à d’autres
organismes

Les voies d’excrétion sont :

➢La salive : HSV, EBV, CMV, rage..

➢L’arbre respiratoire : par la toux ++ (grippe ..)
➢La peau : varicelle, rubéole …
➢Le tube digestif : selles (adénovirus, rotavirus, poliovirus..)
➢Les urines : CMV, rougeole..
➢Le sang : VIH, HCV, HBV, CMV, ….
➢Le lait maternel : VIH, HTLV
 Infection Aigue

Infection
Infection Persistante
Aigue
Infection Infection
Elimination chronique latente
Virale
(guérison / mort)

parfois

Infection Transformante
 Infection Aigue

Infection
Infection Persistante
Aigue
Infection Infection
chronique latente
Grippe
Hépatite A
Rubéole VIH (toujours) Herpesviridae
Gastroentérite Hépatite B et C (parfois) Papillomavirus
Adénoviridae
Moyens de défense contre les infections
virales
Moyens de défense non spécifiques
Moyens de défense spécifiques
 Diagnostic virologique

OBJECTIFS
 Confirmer une infection virale
 Surveiller l’évolution d’une infection virale
 Etudier l’épidémiologie des infections virales
 Evaluer une efficacité vaccinale
 Diagnostic virologique
→Détection du virus ou de
Diagnostic Direct l’un de ses composants:
Antigène ou génome

→Détection des anticorps

Diagnostic Indirect →Caractérisation des anticorps
→Titrage des anticorps
 Choix de la technique à utiliser selon:

Le virus ciblé et la physiopathologie de l’infection virale

 Le terrain
 Le délai par rapport au début des signes cliniques
 Le prélèvement réalisé

IMPORTANCE DE L’ETAPE
PREANALYTIQUE
 Diagnostic virologique
Infection Aigue

Infection localisée Infection Généralisée

Incubation courte Incubation longue

Dg Direct+

Dg Direct +++: Dg Direct +++:épisode aigu

épisode aigu
Dg Indirect +:
-Episode aigu : IgG+IgM+
Dg Indirect : Peu utile : tardif Parfois mise en évidence de la
Exp : virus respiratoires séroconversion IgG/IgM
-Guérison : IgG + IgM-
Virus des GEA
 Diagnostic virologique
Infection
Infection Persistante Infection
chronique latente

Dg Direct +: pendant
toute la phase active
(en l’absence de
traitement)
Dg Indirect +
Dg Direct +:
épisode aigu +/- réactivations
Dg Indirect +:
-Episode aigu : IgG+IgM+
Parfois mise en évidence de la
séroconversion IgG/IgM
-Latence: IgG + IgM-
- Réactivation: IgG+IgM+/-
Techniques de diagnostic direct
 Microscopie électronique
Mise en évidence des différentes structures de l’objet
- Particule virale: aspect clair
- Produit contrastant: aspect sombre
 Isolement viral sur support biologique
Parasitisme intracellulaire obligatoire des virus

• Systèmes in vivo ◼ Systèmes in ovo

– Animaux de laboratoire ◼ Œuf de poule embryonné
• Souris
• Rat
• Singe
• Furet ……
◼ Systèmes ex vivo
– Hôtes animaux naturels ◼ Organes isolés
– Vecteurs naturels ◼ Cultures cellulaires
• Insectes (Moustiques)
• Tiques
Animaux – hôtes naturels ou
expérimentaux

◼ Porc = Hôte naturel de certains viraux

grippaux

◼ Furet = Hôte spontanément sensible pour

les virus grippaux mais pas hôte naturel

◼ Souris = Hôte expérimental

Inoculation par adaptation de la souche
virale ou par voie intracérébrale
Inoculation à l’œuf de poule embryonné (OPE)
 Isolement viral sur cellules

Culture de cellules saines

Inoculation par un prélèvement

contenant un virus

Effet cytopathogène (ECP)

 Détection des antigènes viraux

Immunocytodiagnostic Détection d’antigènes solubles

Technique immuno-enzymatique
Immunofluorescence Agglutination au latex
Immunoperoxydase Immuno-chromatographie
Chimiluminescence

Antigènes intracellulaires Antigènes libres

 Détection du génome viral
Hydrogen Bonds
Cytosine (C)
Adénine (A)
Guanine (G)
Thymine (T) Thymine (T)
Guanine (G) Adénine (A)
Cytosine (C)

Désoxyribose
(Sucre) Acide phosphorique
(Phosphate)

Bases des techniques moléculaires:

1- Complémentarité entre les bases nucléotidiques
2- Possibilité de dénaturation/renaturation des acides nucléiques
 PCR conventionnelle
Amplification in vitro d’une région spécifique d'un acide nucléique
 obtention d’une quantité suffisante pour la détection et l’étude
 PCR en temps réel
Technique d’amplification avec mesure de l’accumulation
du produit amplifié au cours de la réaction PCR

 Quantification réalisée en cours d’amplification

Cycle Threshold (Ct) = Cycle de PCR auquel on observe une
augmentation significative du signal par rapport à la ligne
de base,augmentation corrélée à la quantité d’ADN présente à la
phase initiale
 Séquençage du génome
- Séquençage d’un ADN = Détermination de la succession des
nucléotides le composant

Intégration du ddNTP
 Arrêt de la synthèse du brin en élongation
 Importance de l’avidité des IgG
Avidité FAIBLE  Infection RECENTE
Avidité FORTE  Infection ANCIENNE
 Traitement - Prévention

• Molécules antivirales

Surtout : Virus de la grippe

Certains Herpesviridae
VHB-VHC
VIH

→ Agissent sur les étapes du cycle viral

 Traitement - Prévention
Vaccins viraux inactivés
Vaccins viraux vivants
ou recombinant
Polio injectable Polio oral
Grippe Rougeole
Hépatite B Oreillons
Hépatite A Rubéole
Rage (chez l’Homme) Varicelle
papillomavirus Fièvre jaune.

contre-indication de principe
chez les immunodéprimés (sauf
VZV) et chez la femme enceinte.