Infections virales respiratoires

= 80% des causes des IRA, gravité en fonction du virus respiratoire + susceptibilité individuelle
Infections localisées ➔ arbre respiratoire = AR (muqueuse), pas de virémie, incubation courte, infections saisonnières
Infections + tôt dans l’enfance, contamination directe interhumaine (contagiosité+++)
P Cible = cellules épithéliales ciliées de l’AR haut + voies aériennes inf. et bronchioles
H Atteintes de l’AR haute : rhinite, pharyngite, rhinopharyngite, laryngite ou basse : bronchite, pneumonie,
Y bronchopneum. Signes : écoulement nasal, toux, dyspnée, enrouement + toux rauque
S Réplication virale ➔ destruction de l’épithélium de surface ➔ lésions inflammatoires pariétales ➔ surinfection
I bactérienne +++
O 4 principaux agents : VRS, virus grippaux, et SARS-Cov-2
➢ Virus parainfluanzae ➔ épidémie en automne + printemps, laryngite (bénigne), rarement les pneumopathies
➢ Coronavirus ➔ virus émergeant à tropisme digestif et respiratoire (infections hautes et basse)
➢ Adénovirus : atteinte oculaire, respiratoire, digestive. Infections bénignes sauf terrain fragile
Dx Dx virologique pas réalisé de façon systématique : sauf si infections sévères avec détresse respiratoire ou terrain
fragilisé (greffe, cardiopathie, maladie chronique, bronchopathie chronique, nourrisson)
Intérêts : Dx différentiel avec une infect. bactérienne, suivi épidémiologique, diminuer le risque d’infection
nosocomiale, Prescription médicale adaptée (éviter les antibios. Inutiles)
Pédiatrie : Prélèvement de référence chez les 0 à 4 ans = aspiration nasopharyngée
Chez l’adulte : écouvillonnage nasopharyngé (virus de la grippe et Coronavirus), lavage broncho-alvéolaire (LBA) si
patient intubé et ventilé (en Réa : recherche d’atteinte pulmonaire)
Dx direct : recherche d’Ag viraux (immunofluorescence IF ou immunochromatographie IC) mais sensibilité faible ou
recherche de l’ARN ou ADN génomique par RT-PCR ou PCR (mutlipex : plusieurs virus simultanément)
Virus Influenzae : Famille des Orhtomyxoviridae
Grippe = maladie respiratoire bénigne mais peut être mortelle dans certains cas, responsable des pandémies
Plusieurs espèces sensibles : mammifères terrestres et marins et espèce aviaire +++ (= réservoir génétique virale)
P Virus enveloppé à ARN monocaténaire segmenté (trois souches : A, B et C)
H Enveloppe : membrane cytoplasmique de l’hôte porte 2 gp : Hémagglutinine (H ou HA) pour l’attachement à la
Y cellule, récepteur = acide sialique et Neuraminidase (N ou NA) qui lyse l’acide sialique ➔ dissémination virale
S Porte d’entrée = Organe cible = AR. Incubation : 1 à 3 jours, forte contagiosité
I Multiplication virale ➔ nécrose de l’épithélium respiratoire cillée + hypersécrétion bronchique
O Infection saisonnière classique (hiver+++) avec signes généraux très diffus et intenses
Clin. FS : fièvre à 40°, frissons, myalgies, arthralgies, courbatures + signes respiratoires (rhinorrhée, toux sèche, douleurs
pharyngées ±, et otite ± chez le jeune enfant. Signes cliniques avec début brutal. Ascult. + radio pulmonaire normales
Complications : surinfection bactérienne, pneumopathie grippale primitive (nécrose + œdème hémorragique massif)
Autres : exacerbation de BPCO ou de mucoviscidose, décompensation de l’asthme, neuropathie périphérique,
myocardite
Virus de la grippe = virus très variable. 3 formes circulant : Virus A H3N2, Virus A H1N1pdm09, Virus B
Facteurs : génome virale à ARN distincts (réassortiments génétiques+++), variabilité des protéines de la capside et celles de
l’enveloppe (H1 à H16 et N1 à N9)
Grippe A ➔ épidémie de collectivité en Hiver et pandémie, H3N2 et H1N1 nv|Grippe B ➔ épidémie localisée + cas
sporadiques, jamais de pandémie |Grippe C n’est pas pathogène pour l’homme
Mécanismes moléculaires :
✓ Glissement ou dérive = modification légère par mutation ponctuelle (➔ nouveaux variants)
Modifications favorisées par le caractère infidèle de l’ARN pol virale (➔ apparition des mutations ponctuelles sur les gènes de
H ou de N), donnant des épidémies limitées mais obligation de changer la composition des vaccins
✓ Cassure ou saut = modification importante par réassortiment : échange complet des gènes (➔ risque de pandémie car
pas d’immunisation dans la population)
Porc = hôte intermédiaire ➔ réassortiments génétiques car possède à la fois des récepteurs pour les virus A humain et aviaire
Nouveau variant H1N1pdm2009 = recombinaison entres 4 virus différents : 1 humain, 1 aviaire et 2 virus porcins
Epidémie : entre octobre et avril. Evolution cordonnée par le Centre National de Référence (CNR) : Institut Pasteur de Paris,
Hospices civils de Lyons, médecins du Réseau Sentinelles et labos du Réseau Rénal
Dx Dx virologique direct : détection d’Ag viraux A ou B sur secrétions nasales. IF (anticorps marqué à la fluorescéine) ou IC
(sur bandelette)
Technique de référence = RT-PCR et PCR multiplex (détection simultanée)
Sérologie virale peu contributive (uniquement à visée épidémiologique +++)
Ttt Mesure d’isolement : isolement en chambre seul avec un masque si sortie. Pour les personnels : port de masque,
gants, surblouse lavage des mains au SHA
Molécule antivirale = Oseltamivir (Tamiflu) = inhibiteur de la NA. Traitement curatif si signes < 48h, prophylactique
post-exposition de la grippe A et B. Il est systématique si forme grave de grippe + terrain de fragilité
Vaccination : Vaccin inactivé quadrivalent (2 souches A et 2 souches B). Pas obligatoire mais conseillé pour les sujets à
risque (protection autour de 60-70%)
Sujets à risque : personnes âgées > 65 ans, individus > 6 mois affections chroniques sévères, entourage familial des
nourrissons < 6 mois, déficit immunitaire grave (greffe, VIH) et entourage, femmes enceintes, sujets obèses et agents
de santé en contact avec des sujets à risques, professionnels exposés au virus porcins et aviaires
Virus Respiratoire Syntycial : Famille des Paramyxoviridae
Virus enveloppé à ARN monocaténaire
VRS ➔ épidémie tous les hivers = principal agent des bronchiolites du nourrisson, touche 30% des enfants < 2 ans chaque
année. Infection concomitante avec le Rotavirus (➔surcharge d’activité pédiatrique en ville et hôpital)
Epidémie de bronchiolite chaque hiver sur tout le territoire français
Physio Transmission par voie aérienne, interhumaine directe mais aussi par manuportage (objets ou vêtements souillés)
Pouvoir pathogène persistant : jusqu’à 6h en milieu extérieur ➔ infections nosocomiales en pédiatrie
Responsable de 75% des bronchiolites du nourrisson (<2 ans) et des pneumonies du nourrisson.
Incubation de 2 à 4 jours
Clin. Singes : Rhinite banale ou rhinopharyngite puis bronchiolite si encombrement bronchique+++ (toux, dyspnée
expiratoire, distension thoracique et tirage intercostal), état général conservé, fièvre inconstante. Possible crise
d’asthme
Formes compliquées : insuffisance respiratoire aiguë, mortalité (1 à 3%)
Critères de vulnérabilité : prématurité, âge < 2 mois, comorbidités associées soient cardiopathie congénitale,
dysplasie broncho-pulmonaire, déficits immunitaires
Critères environnementaux : tabagisme passif, crèche, fratrie, naissance dans la période autour de l’épidémie VRS…
Chez l’adulte : Infections à VRS rares, tous les tableaux cliniques possibles. Pneumonies rares et bénignes sauf si sujet
âgé et immunodéprimés
Dx Détection d’Ag viraux spécifiques par IF ou par IC
Isolement viral en culture cellulaire possible : ECP caractéristique (9 à 10 jours) en forme de syncytiums
Recherche de l’ARN génomique par amplification : RT-PCR = technique de référence (PCR multiple = multiplex)
Sérologie sérologique sans intérêt pour le Dx de la bronchiolite
Ttt Traitement médical symptomatique. Pas de chimiothérapie spécifique contre l’infection à VRS
Traitement antiviral par aérosol : Ribavirine à action antivirale à large spectre (+++ pour les enfants avec déficit du SI)
Prévention : règles d’hygiène simple, immunisation passive par injection d’anticorps anti-VRS (Palivizumab)
AMM obtenue pour le vaccin Pfizer Abrysvo = premier vaccin VRS pour une immunisation passive des nourrissons de 0
à 6 mois, à la mère pendant la grossesse et aux personnes > 60 ans. Prochainement disponible en France
Coronavirus SARS-Cov-2 : Famille des Coronaviridae
Virus émergaent (Décembre 2019) : à Wuhan (Chine). Début pandémie en le 11 mars 2020 (OMS)
Hypothèse zoonotique sur l’origine = la + probable mais poursuite des recherches
Virus enveloppé à ARN monocaténaire linaire. Protéines de surface Spike ➔ forme de couronne (grande variabilité)
Diversité génétique  plasticité de leur génome avec 6 espèces de coronavirus connus
Plusieurs variant : Variant delta (en Juin 2021) et variant omicron (depuis Dec 2021)
Physio Récepteur = Récepteur de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (sur +++ types cellulaires)
Cibles = cellules alvéolaires++, entérocytes du grêle, cellules du cœur, …
Transmission interhumaine par voie aérienne (contact rapproché < 1 mètre) ou indirect (objet contaminé)
Surveillance épidémiologique mondiale journalière +++ (actualisation permanente des données) : Pandémie 2020
Maladie biphasique : incubation moyenne de 5 jours ➔ phase virologique (pic à J7-J9) puis phase immunologique
(début à J5, production des anticorps)
Clin. Symptômes non spécifiques : céphalées, toux, rhinorrhée, myalgies, asthénie, fièvre, signes respiratoires
Formes asymptomatiques (20 à 50% des cas)
Complications : SDRA avec comme Facteurs de risque : les personnes > 65 ans, antécédents cardiovasculaires, diabète
de type 2, pathologie chronique respiratoire (décompensation), insuffisance rénale chronique dialysée, cancer sous
traitement, sujet obèse, syndrome drépanocytaire, neuropathie périphérique
Dx Dx direct par recherche d’ARN génomique par RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé, oropharyngé ou LBA si
infection basse
Autres tests :
 ✓ Test rapide à orientation diagnostique (TROD) : détection de l’Ag par IC puis résultat confirmé par RT-PCR
✓ Autotest : réalisé par le patient lui-même, moins sensible que le TROD
Caractérisation du variant : séquençage éventuel selon le contexte car mutation du gène S. (Indication réinfection,
échec vaccinal, covid grave, surveillance épidémiologique)
Test sérologique : possible mais semi-quantitatif = Recherche des IgG par ELISA ➔ contact avec le virus (Pas de
corrélation entre la réponse humorale et la protection contre les formes graves, pas de distinction entre immunité
post-vaccinale ou post-infection)
Ttt Traitement médical symptomatique : molécules curatives : Paxlovid (antiviral, variant omicron) + Xevudy (anticorps
monoclonaux, variant omicron : administration 5j après le début des symptômes
Formes graves : oxygénothérapie à haut débit, ventilation mécanique, dexaméthasone
Prevention : respect des gestes barrières (lavage des mains, port du masque chirurgical ou FFP2 si aérosol +++,
distanciation, protection oculaire, aération des pièces…
Vaccins disponibles :
✓ Vecteur viral (Adénovirus) rendu inoffensif : AstraZeneca aux personnes > 55 ans
✓ A base d’ARNm : Pfizer-BioNTech pour les < 30 ans (avec des rappels vaccinaux en 1ère intention)
✓ A base de la protéine Spike purifiée : Nuvaxovid