Pr S.Alihalassa/ Dr N.

HADJER

A. Les virus du tractus respiratoire

Les infections virales respiratoires constituent un chapitre important de la pathologie

infectieuse humaine:
• Fréquence de certaines atteintes: RHUME, GRIPPE
• Gravité d’autres atteintes notamment sur certains terrains :
➢ Bronchiolite à VRS du nourrisson,
➢ Grippe des personnes âgées,
➢ Pneumonies virales de l’immunodéprimé.
➢ Pneumonie au nouveau coronavirus (SARS-Cov 2)
• Caractère épidémique de la plupart d’entre elles.
Chaque syndrome clinique respiratoire viral est en général caractéristique d’un
groupe de virus respiratoires

➢ Rhume:
➢ Laryngite:
Rhinovirus, Coronavirus , V. para-influenza

➢ Bronchiolite: VRS, Métapneumovirus

➢ Pneumonie: Adénovirus
➢ Grippe : V. influenza

Virus les plus fréquents Syndrome respiratoire Autres virus incriminés

Rhinovirus, Coronavirus Rhinite Influenza v, VRS, PI, Adénov,

Rhume Entérov , Métapneumov

Coxsackie virus Angine Autres entérovirus : HSV-EBV

-Adénovirus (surtout si Rhinopharyngite VRS, PI, Entérov, Métapneumov

adénopathie. ou conjonctivite
associées)
- Influenza virus

Parainfluenzavirus 1, 2 Laryngite-Trachéite Influenzav, VRS, Adénov

RHINOVIRUS, VRS, Bronchite aiguë Influenza v, VRS, PI, Adénov,
Para-influenza virus Corona v, Métapneumov

VRS, Métapneumov Bronchiolite Influenzav, Adénov, Rhinov,

Parainfluenzavirus 3 Coronav,
Entérov,
VRS, Influenzavirus Adénovirus Pneumonie Parainfluenzav, Rhinov, Entérov
Coronavirus Métapneumov
Influenzavirus Grippe Entérovirus (maladie de
Bornholm)

B. Grippe :

I. Introduction
La grippe est une maladie aigue virale très contagieuse, évoluant sur un mode
épidémique due à Myxovirus influenzae. Généralement bénigne, elle peut être
grave chez les sujets ayant une co-morbidité notamment cardiaque et/ou respiratoire
et chez les personnes âgées.

II. Epidémiologie

Les virus grippaux provoquent des épidémies de grippe saisonnière, surtout dans les
mois d’hiver dans les climats tempérés et avec une saisonnalité moins marquée
dans les régions tropicales, avec des taux d’attaque annuels de 5 à 10 % chez les
adultes et de 20 à 30 % chez les enfants.
Les groupes à risque plus élevé de maladies graves incluent
• les jeunes enfants,
• les femmes enceintes,
• les personnes âgées
• et les individus souffrant d’affections sous-jacentes.
1. Agent pathogène, réservoir, source

La grippe est due à plusieurs virus influenza qui présentent des caractéristiques
communes.
➢ Les virus A et B sont à l’origine des épidémies saisonnières chez l'homme

➢ Seul le virus A est responsable de pandémies.

➢ Seuls les virus de type A ont des sous-types. Leur classification repose sur les
spécificités antigéniques des deux glycoprotéines majeures de surface :
l’hémagglutinine (H) et la neuraminidase (N). Il a été décrit 15 sous types de H et 9
sous types de N.

Ces virus sont caractérisés par la fréquence des mutations génétiques qui
peuvent être
• un simple glissement antigénique (modifications mineures) responsable d’une
reconnaissance moindre par le système immunitaire lors des épidémies saisonnières

• une cassure responsable de l’apparition de nouveaux virus face auxquels la

population n’est pas protégée et génère des pandémies grippales (les virus de type
A)

• L'Homme constitue le réservoir des formes humaines circulantes.

• Les oiseaux sont vraisemblablement les hôtes originels des virus de la grippe, en
particulier des sous types A. Ils sont à l'origine des "cassures" et de l'apparition de
nouveaux virus chez l'Homme.

• Source d’infection : sécrétions des voies aériennes supérieures.

1. a. viabilité, résistance physico-chimique

• Myxovirus influenza est sensible à de nombreux désinfectants (hypochlorite de

sodium, éthanol à 70 %, glutaraldéhyde, formaldéhyde).
• Il est également sensible à la chaleur et à la dessiccation (ce qui explique en partie
la survenue d'épidémie en hiver avec un temps froid et humide).

2. Mode de transmission :
- Par l'intermédiaire de microgouttelettes excrétées par des sujets infectés lors de la
parole, la toux ou d'éternuements.
Contagiosité : La contagiosité débute la veille de l'apparition des symptômes et
persiste pendant 7 jours.

Incubation : L’incubation est courte : entre 1 et 4 jours (plutôt 2 jours en moyenne).

III. Physiopathologie :

• L’Hémagglutinine (HA) est responsable de l’attachement du virus sur la cellule, de

sa pénétration et de sa réplication.

• Le virus se multiplie dans les cellules ciliées et à mucus des voies respiratoires.

• Les nouveaux virions sont libérés après bourgeonnement à la surface de la cellule

par la Neuraminidase (NA). Ceci aboutit à la nécrose et à la lyse cellulaire.
• Une réaction inflammatoire intense se développe dans la sous muqueuse. Dans les
formes avec atteinte pulmonaire, l’inflammation s’étend aux alvéoles avec une
desquamation hémorragique des cellules, un oedème interstitiel et alvéolaire. Ces
lésions sont réversibles.

IV. Tableau clinique

La symptomatologie de l’infection grippale est non spécifique, cependant certains
éléments sont hautement évocateurs, comme
• l’apparition brutale des symptômes,

• l’intensité de la toux sèche

• et de la fièvre.

Ces critères sont spécifiques à près de 75 % lorsqu’ils sont observés au cours de

l’épidémie de grippe.

1. Grippe commune du sujet sain :

➢ L’incubation est brève: 48 heures en moyenne. Le début est brutal, caractérisé

par :
- un grand malaise général,
- des frissons et une fièvre élevée d’emblée souvent à 40°C,
- un syndrome algique intense et diffus
- céphalées et myalgies vives.

➢ La phase d’état,

- Signes généraux : fièvre à 40°C, tachycardie, frissons, asthénie profonde et

anorexie.
- Signes fonctionnels : douleurs diffuses (arthralgies et myalgies, céphalées frontales
et retro-orbitaires, photophobie, lombalgie, catarhée des voies aériennes :
larmoiement, rhinorrhée, douleur laryngopharyngée avec dysphonie ,dyspahgie,
brulures retro-sternales et toux sèche douloureuse incoercible et insomniante.
- L’examen clinique est pauvre : injection conjonctivale, rougeur pharyngée et
langue saburrale, quelques râles bronchiques peuvent être entendus à l’auscultation.

- Chez les enfants : Les manifestations gastro-intestinales (vomissements, douleurs

abdominales, diarrhée) sont plus fréquentes. Fièvre est souvent supérieure ou égale
à 39 °C.
La durée des symptômes est habituellement comprise entre 5 et 7 jours, avec une
fièvre qui évolue en deux temps, réalisant le très évocateur V grippal. La sensation
de malaise général persiste souvent au-delà d’une semaine, avec une toux
résiduelle. L’asthénie est parfois prononcée.

2. Grippe compliquée
Le risque le plus important de complication tient aux surinfections bactériennes
notamment par Hæmophilus influenzæ, Streptococcus pneumoniæ et
Staphylococcus aureus. La surinfection bronchique s’exprime par :
• l’accentuation de la toux
• les expectorations deviennent purulentes,
• l’apparition d’un foyer de pneumopathie à l’examen clinique et à la radiographie,
• la survenue d’un abcès du poumon, d’une pleurésie purulente.

Ces surinfections sont l’apanage de certains sujets tels les personnes âgées de plus
de 65 ans et les patients présentant une insuffisance respiratoire, une insuffisance
cardiaque, un diabète insulinodépendant.
Il peut s’agir d’une infection des voies aériennes hautes : otite et sinusite, notamment
chez l’enfant. C’est Streptococcus pneumoniæ qui est responsable de 65 % des
otites moyennes aiguës post grippales.
Exceptionnellement, il peut s’agir d’une atteinte extra respiratoire : une myocardite
aiguë, une méningite, un syndrome de Guillain-Barré ou une glomérulonéphrite
aiguë.

3. Grippe grave
Autrefois appelée grippe maligne, la grippe grave est rare. Elle est observée chez les
sujets à risque, comme chez les adultes jeunes en bonne santé.
Cliniquement, après un début de grippe d’apparence banale,
• un état de défaillance respiratoire aiguë : dyspnée, polypnée, cyanose, hypoxie,
hypocapnie (puis hypercapnie).
La radiographie montre des opacités diffuses infiltrantes, bilatérales et rapidement
extensives (poumon blanc bilatéral). Syndrome de détresse respiratoire aigüe
(SDRA).
• Rapidement s’associent une défaillance cardiaque droite,
• une cytolyse hépatique
• et une insuffisance rénale.
Le tableau évolue souvent fatalement.

4. Diagnostic biologique

Le diagnostic est avant tout clinique, en particulier dans un contexte épidémique.

Le diagnostic biologique ne s'envisagera que pour des formes survenant en dehors
d'une épidémie ou chez des sujets fragilisés.
✓ Méthodes directes:
• Détection des protéines virales dans les sécrétions naso-pharyngées par
immunofluorescence indirecte (test ELISA).
• Détection de génome viral par amplification génique (RT-PCR) : plus sensible, mais
il n’est pas effectué en routine.
• Culture cellulaire à partir de prélèvements oropharyngés ou écouvillonnage nasal.

✓ Méthodes indirectes
Sérologie : augmentation des anticorps sur deux prélèvements (2 semaines
d'intervalle) soit par la réaction de fixation du complément ou par la réaction
d’inhibition de l’hémagglutination.

V. Traitement :
1. Traitement curatif

➢ Traitement antiviral: On dispose de deux Antiviraux: l’Amantadine et Anti-

neuraminidase. La prise doit être dans les 48 heures après les premiers symptômes :

- amantadine (MANTADIX) actif exclusivement sur les virus A.

- inhibiteurs de la neuraminidase : oseltamivir (TAMIFLU) et zanamivir (RELENZA)
actifs sur les virus A et B.

➢ Le traitement symptomatique: repos, antipyrétiques, antalgiques, apport hydrique,

antitussifs.

L’antibiothérapie : La surinfection bronchique implique la prescription d’antibiotiques

couvrant les principaux germes : Amoxicilline-Acide clavulanique, C2G et C3G.
2. Traitement préventif :

• Prévention individuelle : La vaccination : elle est annuelle. Le vaccin est trivalent

incluant deux souches A et une souche B. Une seule injection est suffisante et la
séroprotection est généralement obtenue dans les 2 à 3 semaines.

• Prévention collective : En période d’épidémie, il est recommandé de :

- Limiter les contacts avec les personnes malades.
- Porter un masque chirurgical
- Se laver régulièrement les mains avec de l’eau et du savon, ou à défaut avec une
solution hydroalcoolique.
- Se laver les mains après chaque passage dans un lieu collectif et lors du retour au
domicile.
- Se couvrir la bouche et le nez en cas de toux ou d’éternuement, au mieux avec le
coude ou un mouchoir, sinon avec la main. Se laver les mains après chaque quinte
de toux ou d’éternuements ;

- Utiliser des mouchoirs en papier à usage unique. Les jeter dès leur utilisation, de
préférence dans une poubelle avec un couvercle ;
- Ne pas partager les objets tels que couverts, verres, brosse à dents etc.
- Aérer le logement chaque jour au moins 10 minutes pour renouveler l'air
- Nettoyer fréquemment les poignées de portes, téléphones, claviers,
télécommandes etc.
- Éviter de serrer la main ou de faire la bise pendant une épidémie de grippe

C. L’infection au nouveau coronavirus COVID-19

I. Introduction
Une épidémie de pneumonies d'allure virale est apparue en décembre 2019, dans un
groupe de patients dans la ville de Wuhan dans le centre de la Chine. (Province de
Hubei). Le 9 janvier 2020, l’origine de ces cas de pneumonie a été attribuée à un
nouveau coronavirus désigné par l’Organisation Mondiale de la Santé par SARS-
CoV 2, différent des virus SARS-CoV 1, responsable de l'épidémie de SRAS en
2003 et MERS-CoV, responsable d’une épidémie évoluant depuis 2012 au Moyen-
Orient.
II. Epidémiologie :

1. Agent responsable :
Il s’agit d’un coronavirus de taille modérée qui présente des projections
membranaires à la surface en forme de couronne est à l’origine de sa dénomination.
Il appartient au genre Betacoronavirus, dans la famille Coronaviridae.

2. Mode de transmission :

La transmission est interhumaine elle se fait de personne à personne après un

contact étroit principalement par le biais des postillons (éternuement, toux) issus
d’une personne malade ou à partir d’un environnement (air, objets manipulés)
contaminé par une personne infectée.
3. Durée d’incubation de la maladie :

D’après les données actuelles, la période d’incubation de la maladie varie de 2 à 14

jours après contamination.
4. Personnes à risque

- Personnes âgées

- Personnes ayant une ou plusieurs comorbidités : Hypertension artérielle, diabète,

pathologie cardiovasculaire et pathologie néoplasique.

III. Diagnostic :
1. Aspect clinique

Les symptômes les plus courants au début de la maladie sont :

*la fièvre 98,6%,

 *asthénie 69,6%,

*toux sèche 59,4%,

*myalgie 34,8%

*anorexie 39.9%

*dyspnée 31,2%.

*Céphalée 6.5%,

*Expectorations 26.8%

*diarrhée, 10.1%

*nausées et 10.1%
vomissements

*des douleurs 2.2%

abdominales,

Les cas les plus graves se recrutent chez les malades âgés ayant une comorbidité tel que celle
décrite ci-dessus et sont la cause la plus fréquente de décès.

2. Aspect biologique

Les perturbations biologiques sont surtout retrouvées chez les cas sévères:
• une hypoxémie avec une pression partielle artérielle en oxygène inférieure à 70 mm
Hg
• Une hyperleucocytose à neutrophile suite aux surinfections.
• La plupart des sujets infectés ont présenté une lymphopénie.
• Le taux de D-dimère était plus élevé chez les patients décédés.
Une augmentation de l'urée sanguine et de la créatinine a été constatée lors de
l’évolution de la maladie et la détérioration de l’état clinique avant le décès des
patients.

3. Aspect radiologique
La radiographie de thorax montrait des images aspécifiques :
• Image de condensation bilatérale dans la majorité des cas hospitalisé en soins
intensifs.

• Des images comparables avec un SDRA ont ainsi été observées.

• Aspects en verre dépoli essentiellement périphériques ont été retrouvés à la TDM

lorsque la radiographie standard n’était pas contributive. En cas d’aggravation du
patient les images s’aggravaient en 7 à 10 jours après l’admission.
4. Confirmation du diagnostic :
La confirmation de l’infection par Covid-19 a été faite grâce à
- la RT-PCR en cherchant deux gènes cibles : ORF1ab et la protéine nucléocapside
(N).

- sérologie qui permet de retrouver des immunoglobulines IgM ou IgG

IV. Alternatives thérapeutiques

Aucun traitement curatif spécifique n’existe à ce jour, nulle part dans le monde.
Le traitement est essentiellement symptomatique avec une assistance respiratoire
dans les formes sévères avec troubles respiratoires majeurs.
Traitement préventif :
A l’heure actuelle, il n’existe pas de vaccin contre le SRAS-CoV 2.
Les mesures préventives sont les mêmes citées dans le chapitre grippe.

V. Conclusion
La pneumonie infectieuse au nouveau coronavirus est une maladie très contagieuse.
Des mesures de prévention ou de réduction de la transmission devraient être mises
en œuvre dans la population afin d’éviter la propagation de l’infection notamment
parmi les personnes à risque. Lorsque ces personnes vulnérables sont infectées, ils
nécessitent une hospitalisation en unités de soins intensifs. La mortalité globale de la
maladie est de l’ordre de de 4,3%.