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Faculté de Médecine Necker-Enfants malades

BACTERIOLOGIE SYSTEMATIQUE

2002/2003 D.C.E.M. 1

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Table des auteurs
• Le diagnostic bactériologique d'une infection
P. Berche
• Les staphylocoques
P. Berche
• Les streptocoques
P. Berche
• Les bactéries des diarrhées aiguës
P. Berche
• Les bactéries des infections respiratoires communautaires
P. Berche
• Les bactéries des maladies sexuellement transmissibles
S. Kayal
• Les bactéries des infections bactériennes du système nerveux central
X. Nassif
• Les bactéries des infections nosocomiales
C. Poyart
• Les mycobactéries
P. Berche
• Vaccins bactériens
X. Nassif

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Le diagnostic évidence une réponse immune spéci-
fique du germe suspecté.
bactériologique d'une
infection
Le diagnostic direct :
Le diagnostic bactériologique d'une On cherche d’abord à détecter la
infection bactérie ou ses constituants (protéines,
polyosides, acides nucléiques). Il faut
Définitions ensuite isoler en culture et identifier le
genre et l’espèce auxquels appartiennent
Les bactéries sont classées à partir des la bactérie. La souche isolée pourra être
données du génome (GC%, séquençage caractérisée par des marqueurs épidé-
partiel ou total) en grandes familles, en miologiques pour éventuellement la
genres et espèces. Un genre peut comparer à des souches de même
comporter plusieurs espèces généti- espèce isolées chez d’autres patients,
quement proches. Exemples : la famille dans le but de reconnaître une épidémie.
des Vibrionacae, le genre Vibrio, l’espèce Le diagnostic indirect :
Vibrio cholerae ; la famille des Le diagnostic direct peut être complété en
Enterobacteriacae, le genre Klebsiella , détectant la réponse immunitaire
les espèces Klebsiella pneumoniae, spécifique de la bactérie suspectée
Klebsiella ozenae, Klebsiella oxytoca, et (anticorps), ce qui donne un argument en
Klebsiella rhinoscleromatis. On utilise en faveur du rôle étiologique d’une bactérie,
pratique pour désigner les bactéries sans toutefois preuve absolue.
uniquement les noms de genre et
d’espèce. Les noms de bactéries Prélèvements
s’écrivent en italiques. En l’absence
d’identification précise d’une espèce (ce Les prélèvements des produits
qui peut arriver sans affecter les pathologiques sont guidés par la
décisions thérapeutiques), on utilise la symptomatologie et l’examen clinique et
nomenclature sp (espèce non précisée): doivent être effectués :
exemple Klebsiella sp. Chaque espèce (1) le plus tôt possible, avant
est constituée d’une population d’indivi- l'antibiothérapie
dus appelés souches ou isolats bacté- (2) à la porte d'entrée cutanéo-muqueuse
riens. Ces souches présentent des toujours recherchée, dans le sang au
variations phénotypiques (sensibilité aux cours de la dissémination (bactériémie)
antibiotiques, tests biochimiques…) et et éventuellement dans les organes
sont définies par un profil génétique de cibles (LCR, abcès profonds par
restriction qui leur est propre. Certaines ponction, épanchements...).
espèces bactériennes sont oligoclonales, (3) de façon stérile et rapidement
c’est-à-dire qu’elles ne comprennent que acheminés au laboratoire
très peu de souches, d’autres sont très Il existe des prélèvements mono-
hétérogènes comprenant beaucoup de microbiens, provenant de sites
souches (hétéroclonales). L’isolement normalement stériles (sang, urine, LCR,
d’une même souche chez plusieurs tissus...) , et pour cela d’interprétation
patients définit une épidémie. assez facile. A l’opposé, il existe des
prélèvements polymicrobiens provenant
Diagnostic bactériologique du revêtement cutanéo-muqueux associé
à une flore commensale (gorge, selles,
La stratégie diagnostic est d’isoler et vagin, peau). Le diagnostic est plus
d’identifier le germe responsable d’une difficile, car il faut repérer une bactérie
infection à partir des produits patho- pathogène au milieu de bactéries com-
logiques, et éventuellement de mettre en mensales souvent très abondantes.

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Diagnostic bactériologique direct


L'examen microscopique

L'examen microscopique reste un acte


fondamental du diagnostic bactériolo-
gique . Il comporte :
(1) un examen en lumière blanche à
l’état frais et après coloration : coloration
de Gram ( pour la plupart des bactéries
médicales), coloration de Ziehl- Neelsen
(pour les mycobactéries), coloration à
l’argent ( pour les bactéries très fines :
tréponèmes, spirochètes…) ; Bactéries spiralées (Borellia recurrentis) dans le
(2) examen en fluorescence (mycobac- sang.
téries…)
(3) examen en contraste de phase et au Détection des antigènes solubles dans
fond noir (pour les bactéries très fines) les produits pathologiques
L’examen microscopique des produits
pathologiques précise : (1) l’abondance et Dans certains cas particuliers, on peut
la diversité de la flore bactérienne être amené à rechercher des antigènes
(monomorphe, polymorphe) ; (2) la forme bactériens directement dans les produits
des bactéries (coques, bacilles, pathologiques. Les méthodes de
spiralés…), leur taille (1-10 µ), l’asso- détection rapide des antigènes utilisent
ciation des bactéries entre elles des anticorps monoclonaux (mAb ), lors
(diplocoques, amas, chaînettes…), leur de tests dit au latex, ELISA, ou par
caractère Gram + ou Gram - (ou immuno-fluorescence. Par exemple au
mycobactéries, spirochètes…) et leur cours des méningites, on peut détecter
position intra ou extracellulaire ; (3) en quelques minutes des antigènes de
l’intensité de la réaction inflammatoire pneumocoques, méningocoques et
(polynucléaires neutrophiles, hématies, hémophiles, ou dans les prélèvements
monocytes, lymphocytes). génito-urinaires des antigènes de
Chlamydia et mycoplasmes. Ces tests
restent peu sensibles et requiert un
L’examen microscopique est un examen nombre élevé de bactéries ( > 105-6 / mL).
capital, rapide, très informatif,
conditionné par la qualité du Isolement et identification en culture
prélèvement.
Les conditions de culture sont les milieux
Meningitis to H. influenzae de culture, la présence ou non d’oxygène
et la température d’incubation des
bactéries.

milieux de culture

La majorité des bactéries croissent in


vitro sur milieux de culture ( milieux
gélosés et bouillons ) : milieux ordinaires
(type gélose trypticase-soja), milieux
enrichis (sérum, sang, ascite…), milieux
sélectifs (contenant des antiseptiques),
méningite à Haemophilus influenzae milieux liquides d'enrichissement

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(contenant des antiseptiques ou incubés On note l’aspect des colonies, leur taille
à une température non permissive pour la (1-3 mm), leur éventuelle pigmentation
flore commensale mais laissant croître (vert, jaune, rouge…), la présence d’une
certaines bactéries pathogènes). hémolyse sur gélose au sang. La suite
du processus d’identification part de
aérobiose et température colonies isolées pour définir les
caractères biochimiques d’identification.
Les bactéries sont incubées en aérobie
ou anaérobie, ou en présence de C02 (
5-10%), définissant des bactéries
aérobies, anaérobies ou microaérophiles
(10% O2 ). La température d’incubation
est habituellement de 35-37°C.

vitesse de croissance

(1) La vitesse de croissance peut être


rapide en 24-48h, (20 min à 60 min de
temps de génération pour la plupart des
bactéries médicales courantes, telles que
staphylocoques, streptocoques, entéro-
bactéries…).
(2) Certaines bactéries ont une
croissance lente : Mycobacterium
tuberculosis (tuberculose) croît en 2-3
semaines (temps de génération 24-48 h).
Colonies de E coli en formation au bout de 4h.
(3) Certaines bactéries ne peuvent être Descendance d’une seule bactérie.
cultivées in vitro (Mycobacterium leprae,
Treponema pallidum) et ont un temps de
génération très long in vivo chez l’animal
de 12-14 jours. Translucent colonies of H. influenzae

(4) Certaines bactéries nécessitent des


milieux de culture particuliers leur
fournissant les nutriments et les
conditions (osmolarité…) nécessaires à
leur croissance ( Mycoplasma, Borrelia,
Leptospira).
(5) Certaines bactéries sont des parasites
intracellulaires stricts, comme les virus, et
requiert des milieux de culture cellulaire
(Chlamydia, Rickettsia, Trophe-ryma
whippelii). Colonies de H influenzae (gélose sang)

Les colonies Identification de l’ espèce bactérienne

Pour la plupart des bactéries médicales On identifie la bactérie suspecte dans des
courantes(staphylocoques,streptocoques, produits pathologiques sur des caractères
entérobactéries…), des colonies visible à morphologiques, nutrition-nelles,
l’œil nu apparaissent sur la gélose respiratoires et biochimiques.
habituellement en 24-48 h. Chaque Les caractères morphologiques des
colonie correspond à environ 1-2 x 109 bactéries et de leurs colonies :
bactéries et résulte de la multiplication (1) coque, bacille, bactérie spiralée
rapide d’une seule bactérie (‘’clonage").

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(2) bactérie à Gram positif ou négatif, ou pus
pus d’abcès
d’abcès
cocci Gram+ en amas
non colorable par la coloration de Gram examen
examen microscopique
microscopique
Coloration
Coloration de
de Gram
Gram

( Ziehl-Neelsen : mycobactéries…).
- Les exigences nutritionnelles Isolement
Isolement en
culture
culture 24
en
24 hh 37°C
37°C

bactérie nécessitant des milieux enrichis Colonies jaunes ou blanches

(hémine, ascite, sérum, sang ...) et


requérant ou non des facteurs de
croissance : bactéries auxotrophes
(facteurs de croissance : aminoacides,
vitamines…) ou prototrophes (croissan- Mannitol +
Identification
ce sans facteur de croissance).
Identification
biochimique
biochimique
Antibiogramme 24 h
- Les propriétés de respiration et de Staphylo-
coagulase + S. aureus ou S epidemidis
fermentation : bactérie aérobie, anaé-
robie ou aéro-anaérobie, capable de
respiration et/ou de fermentation des
sucres, utilisation des sucres Isolement et identification de V cholerae
(fermentation avec ou sans gaz) détectée
par les galerie dites API.
- La production d’enzymes (catalase,
oxydase, nitrate-réductase, protéases,
sell
selles
es
exam en microscopique
examen microscopique bacilles Gram négatif en virgule

lécithinases,...)
coloration
coloration de
de Gram
Gram

L’ensemble de ces caractères Isolement


Isolement en
culture
culture 24
en
24 hh 37°C
37°C

biochimiques définit le phénotype de la colonies transparentes 1-2 mm


bactérie ou biotype. Colonies jaunes ou blanches

identification
identification
Galeries API biochimique
biochimique
Mannitol +

antibiogramme 24h

Vibrio cholerae
Galerie API fermentation des sucres /tests biochimiques

Identification de la souche

Dans un but épidémiologique, on est


amené à préciser l’identité de la souche
en cause:
- la constitution antigénique du
pathogène : d’après les antigènes du
Exemples : lipopolysaccharide (LPS) pour les
bactéries à Gram - , des polyosides
Isolement et identification de S aureus capsulaires, des protéines d'enveloppe
externe , permettant ainsi le sérotypage
par agglutination avec des sérums
spécifiques.

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D
D éé ttee rrm
m in
in aa ttio
io nn dd uu ss éé rroo ttyy pp ee (( ss éé rroo gg rro
o uu pp ee oo uu ss éé rroo vv aa rr)) L’ensemble de ces techniques
classiques permet la plupart du temps de
résoudre le problèmes courants et de
classer les bactéries sur des critères
D é t e r m in a t io n d u p r o f il g é n é t iq u e d e r e s t r ic t io n d ’u n e
objectifs et reproductibles, et de définir le
s o u c h e b a c t é r ie n n e
genre et l’espèce de chaque bactérie
pathogène , ce qui guide
l’antibiothérapie.
- la sensibilité à une batterie de phages
permet aussi de définir des lysotypes
(lysotypie). Apport des méthodes moléculaires au
- Les techniques de biologie moléculaire diagnostic
donnent de nouveaux outils
épidémiologiques permettant de définir
avec la précision des ‘’empreintes Les méthodes de biologie moléculaire
digitales’’ la singularité d’une souche peuvent, dans des situations cliniques
bactérienne. Les techniques les plus limitées, améliorer le diagnostic
utilisées sont électrophorèse en champ bactériologique direct. Ces méthodes
pulsé (PFGE), ribotypage et random sont basées sur la polymerase chain
PCR. Ces techniques sont très utilisées reaction (PCR) qui est utilisée pour
pour détecter des épidémies ( voir Figure détecter des séquences bactériennes
en fin de chapitre). spécifiques de certaines bactéries
pathogènes. Les avantages principaux de
Antibiogramme la PCR sont d’augmenter
considérablement la sensibilité de
L’antibiogramme définit in vitro la détection des microorganismes et de
sensibilité des bactéries pathogènes. On pouvoir déceler des microorganismes
utilise largement la méthode des disques, éventuellement non viables.
qui permet de voir le diamètre d’inhibition
de croissance autour des disques
imprégnés d’antibiotiques.Cette méthode
standardisée donne de bons résultats en
pratique. Elle peut être complétée par des
méthodes plus sophistiquées telles que la
détermination des concentrations
minimales inhibitrices (CMI) et des
concentrations minimales bactéricides.
On définit ainsi un phénotype de
résistance naturel ou acquis.

Seuil de détection des principales méthodes


utilisées en microbiologie

(1) la PCR pour reconnaître des bactéries


suspectées par la clinique :
La PCR utilisant des primers spécifiques
peut tenter de détecter directement dans
les produits pathologiques des fragments
de génomes bactériens. C’est un apport
Antibiogramme par la méthode des disques important pour le diagnostic des

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infections dues à des bactéries à
croissance lente, difficile ou impossible :
- Bordetella pertussis, agent de la
coqueluche, baille Gram négatif à
croissance difficile
- les bactéries à croissance intracellulaire
stricts : Chlamydia trachomatis et C
pneumoniae responsable d’infections
pulmonaires, oculaires et génitales ,
Rickettsia spp ( agent des typhus),
Tropheryma whippeli, agent de la maladie
de Whipple
- les mycobactéries de la tuberculose
(Mycobacterium tuberculosis, M bovis) et
de la lèpre (Mycobacterium leprae)
- les mycoplasmes : Mycoplasma
pneumoniae, Ureaplasma urealyticum,
(responsables d’infections pulmonaires et
génitales)
- Treponema pallidum, agent de la PCR pour détecter des microorganismes
inconnus dans les tissus
syphilis La PCR pourrait aussi être utile
pour les infections où le diagnostic doit
être rapidement établi (méningites), ou
Le diagnostic indirect : détection des
pour détecter une résistance aux
anticorps spécifiques
antibiotiques d’une bactérie à croissance
lente, telle que M. tuberculosis .
(2 ) La PCR pour identifier une bactérie
Le sérodiagnostic est un appoint au
inconnue dans les tissus infectés et en
diagnostic direct. Il est très utile dans
culture
certains cas.
L’amplification de séquences de rDNA
utilisant des primers universels ou de
Les meilleures indications sont :
certains gènes bactériens (gènes sod de
la superoxyde-dismutase, rpoB de la
(1) le diagnostic d’une infection due à
RNA polymérase …) avec des primers
une bactérie à croissance difficile ou
spécifiques, peut être utile dans certains
impossible (Treponema pallidum,
contextes cliniques difficiles, tels que les
Chlamydia, Rickettsia, Leptospira,
infections torpides des immunodéprimés.
Borrelia...),
Grâce aux banques de données, on peut
(2) le diagnostic d’infections décapitées
identifier une bactérie difficile à classer
par les antibiotiques (antibiothérapie
dans l’arbre phylogénétique.
précoce)
(3) le diagnostic rétrospectif d’une
infection récente
(4) les études épidémiologiques cher-
chant à déterminer l’impact d’un micro-
organisme sur une population

Cinétique de la production des


anticorps

La valeur du sérodiagnostic est fortement


augmentée par la mise en évidence d’
une cinétique de la production des
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anticorps. Les anticorps apparaissent en diagnostic de suspicion. Son
7-10 j en utilisant les techniques interprétation attachera une bonne valeur
habituelles de détection (agglutination, à la détection d’IgM, d’une
ELISA…), avec apparition d’IgM séroconversion, ou d’une ascension des
spécifiques. Le pic de production est titres d’anticorps.
entre 21 et 30 j, les titres diminuant
ensuite pour atteindre un taux résiduel
(IgG) après 2-3 mois qui persistera des
années.

Titres
Titres des
des Ab
Ab

Exposition
Exposition Réexposition
Réexposition
àà l’agent
l’agent infectieux
infectieux àà l’agent
l’agent infectieux
infectieux

ascension
Réponse Immédiate
différée 8-10 j

Taux résiduel
élevé

Ab
Ab spécifiques
spécifiques
IgG
IgG

Ab
Ab spécifiques
spécifiques
IgM
IgM // IgG
IgG Taux résiduel bas

semaines mois années Temps


Temps

Titres
Titres des
des Ab
Ab
Réexposition
Réexposition
Exposition
Exposition
àà l’agent àà l’agent
l’agent infectieux
infectieux
l’agent infectieux
infectieux

Prélèvements de sérums

1 2 3 4 5 6 7 8 9

Séroconversion déclin Taux résiduel élevé


Ascension IgM Ascension IgG

Ab
Ab spécifiques
spécifiques
IgG
IgG
Ab
Ab spécifiques
spécifiques
IgM
IgM // IgG
IgG Taux résiduel bas

Temps
semaines mois années

Interprétation du sérodiagnostic

On doit donc pratiquer deux tests


sérologiques à 15 jours d’intervalle : un
sérum le plus précoce possible après le
début clinique (souvent négatif), un
sérum tardif 15 jours plus tard. Si ce 2ème
test est positif, on parle de
séroconversion (apparition d’anticorps
spécifiques). La mise en évidence d’une
ascension des titres d’anticorps est aussi
un bon signe en faveur d’une infection en
évolution (souvent une primo-infection).
Cependant, il faut garder à l’esprit la
possibilité de réactions antigéniques
croisées fréquentes avec d’autres
bactéries. Le sérodiagnostic est donc un
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Classification très simplifiée des bactéries d’intérêt médical.

Bactéries cocci Staphylococcus, Streptococcus


aérobies S pneumoniae,
Gram +
bacilles Corynebacterium, Listeria, Bacillus
paroi riches de lipides Mycobacterium tuberculosis, M leprae, M
bovis, BCG , Nocardia
cocci Neisseria, Moraxella
bacilles E. coli, Salmonella, Shigella, Klebsiella,
Enterobacter, Serratia, Yersinia,
Pseudomonas, Vibrio, Campylobacter,
Gram - Haemophilus, Brucella, Helicobacter

bactéries Rickettsia , Chlamydia trachomatis, C psitacci,


intracellulaires Coxiella, Ehrlichia
Bacilles spiralées Treponema, Borrelia, Leptospira
Bactéries sans paroi Mycoplasma
Bactéries Flore de Veillon Cocci et bacilles
anaérobies Gram – bacilles Bacteroides fragilis , Fusobacterium

bacilles Clostridium tetani, C botulinum, C difficile, C


Gram + perfringens

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Le principe des principales méthodes d’épidémiologie moléculaire utilisées en
bactériologie

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Les staphylocoques milieu hospitalier. Ces bactéries sont


souvent résistantes à de multiples
antibiotiques qui sont sélectionnés par
Les saphylocoques
des antibiothérapies itératives, en
particulier chez les patients aux défenses
Les staphylocoques sont des coques
affaiblies. En dehors de S. aureus,
Gram positifs en amas très répandus
d'autres espèces dites à coagulase
dans la nature, responsables d'un très
négative sont rencontrées (S epidermidis,
grand nombre d'infections chez l'homme
S saprophyticus, S haemoly-ticus),
et l'animal.
particulièrement responsables d'infections
opportunistes en milieu hospitalier.

Les porteurs de S. aureus

Dès la naissance, les souches de S.


aureus colonisent la peau, l'ombilic, le
tube digestif, et la région périnéale des
nouveau-nés. S. aureus est présent de
façon intermittente ou permanente sur la
muqueuse du naso-pharynx (20 à 40%
Staphylocoques au microscope électro-nique
de porteurs), et chez les femmes dans la
muqueuse vaginale (10%). Ce portage
Ce sont des bactéries résistantes aux augmente en fonction du terrain (diabète,
conditions hostiles de l'environnement hémodialysés chroniques, héroïno-
(chaleur, sécheresse, salinité). Ce sont manes). Les souches de staphylocoque
des bactéries ubiquitaires et saprophytes existent dans l'environnement et survivent
qui peuvent occasionnellement coloniser longtemps, résistant à la dessiccation et
la peau et les muqueuses de l'homme et aux antiseptiques.
des animaux. En fait, 50% des sujets
Staphylocoques dans un pore cutané
normaux sont porteurs de différentes
espèces de staphylocoques (nez, gorge,
mains, périnée, selles). Certaines
espèces ont une virulence particulière du
fait de la production de nombreuses
toxines et enzymes extracellulaires
(Staphylococcus aureus). D’autres sont
peu virulentes mais souvent à l’origine
d’infections nosocomiales (Staphylo-
coccus epidermidis…). S aureus est une
des causes majeures d'infections
humaines, responsables en milieu
communautaire de 1 à 5% des infections
observées. En milieu hospitalier, 10 à
20% des septicémies sont dues à S.
aureus.

Infections à staphylocoques et
épidémiologie Les infections à S. aureus

Les infections à staphylocoque doré (S. Ces infections sont très fréquentes et très
aureus) ont une symptomatologie très répandues dans le monde entier, la
polymorphe et sont très fréquentes en plupart du temps d'origine endogène.

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Elles peuvent être manuportées d'homme
à homme, ou transmises par
l'intermédiaire de matériels ou d'environ-
nements contaminés. Les antibiotiques
sélectionnent des germes multirésistants.

Infections cutanéo-muqueuses à S.
aureus

Les infections cutanées à S. aureus sont


des folliculites, des furoncles, anthrax,
des impétigo , surtout chez l'enfant. S.
Le syndrome de choc toxique avec
aureus est aussi responsables d'infec-
diarrhées aqueuses, vomissements,
tions muqueuses, telles que conjonc-
myalgies, céphalées, fièvre à 40°C, rash
tivites, infections génitales (salpingites),
généralisé, choc hypovolémique (rôle des
infections des voies aériennes
tampons).
supérieures (sinusites, otites, mastoï-
Les septicémies à S. aureus sont la
dites, infections pulmonaires).
conséquence de la dissémination des
Les infections pulmonaires peuvent être
germes à partir d'un foyer localisé et
particulièrement sévères, survenant au
peuvent survenir chez le non
décours d'une infection virale (grippe) ou
immunodéprimé, favorisées par des
à la suite de manœuvres d'aspiration
traumatismes locaux, des corps étrangers
bronchique ou d'intubation au cours de
(cathéters, sondes, interven-tions
pneumopathie primitive chez l'immuno-
chirurgicales, brûlures étendues,
déprimé. Chez l'enfant, elles peuvent
traumatismes vasculaires répétés). Une
faire suite à la présence d'un corps
infection sous-jacente est présente dans
étranger. Les lésions pulmonaires sont
2/3 des cas (diabète, insuffisance rénale
caractérisées par la formation de
chronique, leucose, cancer, hépatite
multiples abcès pulmonaires d'aspect
chronique, immunodépression). Il faut
bulleux d'évolution souvent sévère avec
noter la fréquence des métastases
des signes généraux importants. Au
septiques (poumons, rate, foie, cerveau,
décours de l'accouchement, des
reins, muscles, os, articulations,
infections de la glande mammaire (abcès
endothélium vasculaire, séreuses).
mammaires) sont fréquentes, touchant
Comme les septicémies, les endocardites
1-3% des femmes qui allaitent.
staphylococciques sont particulièrement
graves. Le pronostic global des
Infections staphylococciques graves
septicémies est 20% à 30% de mortalité
malgré le traitement antibiotique et la
Certaines infections à S. aureus sont très
possibilité d'évolution vers la chronicité
graves :
(ostéite...) posant des problèmes
thérapeutiques difficiles.
La staphylococcie maligne de la face
Infections digestives à S. aureus
Le syndrome de Lyell (syndrome de Ritter
: maladie du jeune enfant avec des
Intoxications alimentaires
lésions cutanées bulleuses caractéris-
tiques)
Ce sont des intoxications alimentaires
après ingestion d'aliments contaminés :
incubation courte de 3 à 6 h, contexte
non fébrile, vomissements, diarrhées
abondantes, douleurs abdominales,

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céphalées. Durée 24 à 48 h et S aureus, ainsi que d'autres espèces
d'évolution rapidement favorable. (S.intermedius, S.hyicus), sont des
pathogènes majeurs des animaux :
Entérocolites aiguës furonculoses du chien (S. intermedius),
pseudomembraneu-ses mammites des vaches, brebis et chèvres
(S. aureus le plus souvent), la maladie
Ces entérocolites aiguës d'évolution des abcès du mouton (S. aureus sous-
sévère font partie de la pathologie espèce anaerobius) ou encore la dermite
nosocomiales avec diarrhée intense et exsudative du porcelet (S. hyicus)…
déshydratation rapide d'évolution fatale.

Infections nosocomiales à Physiopathologie et immunité


staphylocoque à coagulase négative
Les infections à staphylocoques de la
S. epidermidis, germe commensal des peau et des muqueuses sont favorisées
muqueuses et de la peau, représente 65 par-des facteurs locaux ou généraux.
à 90% des souches de staphylocoques Toute lésion, même minime du
isolés de la flore normal de l'homme. S. revêtement cutané, permet une
saprophyticus est plus rarement colonisation des tissus par les souches
rencontré en pathologie nosocomiale, de de S aureus (excoriations, traumatismes,
même que S. haemolyticus et blessures, brûlures, piqûres, incisions
Staphylococcus hominis (rarement chirurgicales...). Il faut insister sur le rôle
rencontrés). Les infections à S. favorisant d'un corps étranger et des
epidermidis sont rencontrées chez les antibiothérapies à large spectre
sujets sous antibiothérapie, souvent sélectionnant des staphylocoques multi-
porteurs de matériels prothétiques, ou de résistants, et sur la gravité des infections
cathéters, aux défenses immunitaires à staphylocoque chez les sujets aux
affaiblies. Il s'agit d'infections localisées défenses amoindries: immunodépression
au foyer initial qui peuvent se compliquer acquise (virale, chimiothérapie) ou
de bactériémies intermittentes, en congénitale, ou encore malades atteints
général sans localisation métastatique. d'affections chroniques (diabète,
mucoviscidose, cancer, alcoolisme,
Infections urinaires à staphylocoque insuffisance rénale chronique). Les
lésions tissulaires sont caractérisées par
Les infections urinaires à staphylocoque une réaction inflammatoire intense, avec
ne sont jamais S. aureus. La plupart du présence de nombreux leucocytes et
temps, il s'agit de l’ espèce S. saprophy- prolifération microbienne. Les lésions
ticus, entraînant une infection de la évoluent vers la nécrose, avec tendance
jeune femme avec cystite et pyurie, à l'abcédation avec extension rapide aux
pyélonéphrite dans 50% des cas. vaisseaux de voisinage (thrombophlé-
L’évolution est rapidement favorable bites) à l'origine d'une dissémination
avec récidive possible. bactérienne par voie sanguine et de la
formation de métastases.
S. warneri est rencontré dans certaines
infections humaines (septicémies, Virulence de S. aureus
endocardites, conjonctivites, infections
urinaires). La virulence de S. aureus est due à la
sécrétion de multiples toxines et
Les staphylocoques sont des patho- enzymes, qui contribuent diversement à
gènes majeurs des animaux l’expression du pouvoir pathogène.
Certaines structures pariétales, dont le
peptidoglycane, aurait des propriétés pro-

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inflammatoires d’endotoxines, de même présentatrices aux cellules T. Cette
que la protéine A qui fixe le fragment Fc insertion se fait aux domaines Vβ du
des immunoglobulines, ainsi que les TCR et aux molécules MHC II,
polyosides capsulaires de certaines déclencvhant une forte production de
souches qui auraient un rôle anti- cytokines.
phagocytaire.
Lymphocytes Th1
Enzymes et toxines sécrétées par les
staphylocoques

S. aureus est capable de produire un TCR / peptide


grand nombre d’enzymes et de toxines : MHC II

Enzymes
- enzymes capables de dégrader le tissu
conjonctif (hyaluronidase lipase, Cellules APC
estérase) jouant un rôle dans la diffusion
tissulaire
- enzymes dégradant les membranes et
leurs composants (phospholipases et
lipases), les protéines (protéases) Les syndromes cliniques liés aux exotoxines de S
- une staphylo-coagulase responsable de aureus
la formation d'un caillot endoveineux au
site de la thrombophlébite
- une protéine capable de lyser le caillot: Les entérotoxines (SE)
les staphylocoques sécrètent aussi La
fibrinolysine ou staphylokinase, qui On en connaît 6 ou 7 sérotypes différents
contribue à la dislocation du caillot et à la les entérotoxines SE : A, B, C1, C2, D et
dissémination de d'embols septiques. E, SEA et SED étant les plus souvent en
Exotoxines cause. Ces toxines sont codées par le
- les staphylolysines (α, β, γ, δ) capables chromosome. L'action des entérotoxines
d'attaquer les membranes : ces toxines porte sur le tube digestif en intervenant
cytolytiques sont des leucocidines sur le système nerveux central :
dermonécrotiques et antiphagocytaires vomissements et diarrhée. Elles exercent
- la leucocidine de Panton et Valentine aussi un effet mitogène sur les
(LPV) lymphocytes et stimulent la production
- les exfoliatines A et B d'interféron.
- les entérotoxines A, B, C1, C2, D et E
- la toxine du choc toxique staphylo- Toxi-infections alimentaires
coccique TSST-1.
Certaines toxines agissent localement Les toxi-infections alimentaires sont
(staphylolysines, LPV) , d'autres toxines provoquées par l'ingestion d'aliments
diffusent à distance du foyer initial et contenant de la toxine. L'incubation est
expliquent la symptomatologie (exfolia- généralement de 3 heures puis
tines, TSST1…). apparaissent des vomissements, de la
S. aureus produit un nombre important de diarrhée et rarement un collapsus. Les
toxines à activité superantigène ( produits laitiers, les viandes sont les plus
exfoliatines A et B, TSST-1, entérotoxines souvent en cause, souillés par un
A, B, C1, C2, D et E…). Ces personnel porteur de staphylocoque.
superantigènes se lient au complexe L'évolution est généralement favorable en
TCR- MHC II qui est associé aux quelques heures, les formes graves avec
peptides de présentation par les cellules choc étant l'apanage des terrains

15
16
particuliers. L'antibiothérapie ne semble superficielle de l'épiderme au niveau de la
pas influencer l'évolution. couche granuleuse alors que, pour le
syndrome de Lyell toxique, le clivage est
Scarlatine staphylococcique plus profondément au niveau du corps
muqueux. Cliniquement, le syndrome de
Elle se rencontre chez le jeune enfant et la peau ébouillantée se rencontre chez
fait suite a une suppuration volontiers l'enfant, parfois chez l'adulte immuno-
chirurgicale: ostéomyélite, arthrite, abcès. déprimé ou insuffisant rénal. Le foyer
L'hémoculture est souvent positive. Le staphylococcique peut être ORL,
tableau clinique est semblable à la conjonctival ou cutané. Le staphylocoque
scarlatine streptoco-ccique, sinon par la n'est pas présent dans les bulles. La
présence d'un foyer suppuré. Les toxines maladie débute par de la fièvre et un
produites par les souches sont les exanthème scarlatiniforme dominant au
entérotoxines (SEA, SEB, SEC, SED) et visage, aux régions péri-orificielles - en
la TSST-1. Ces toxines sont également particulier la région péri-narinaire- et aux
impliquées dans le syndrome de choc plis. L'exfoliation se fait en quelques
toxique staphylococcique qui comporte heures et provoque un décollement des
une éruption scarlatiniforme et dont on zones érythémateuses soit spontané, soit
connaît l'existence de formes à la suite de traumatisme. Les
incomplètes. Le traitement et le pronostic muqueuses ne sont habituellement pas
sont ceux de l'infection causale, c'est-à- atteintes. La guérison survient en 6 à 12
dire d'une infection staphylococcique jours. Les complications sont rares et la
sévère. mortalité très faible. Le syndrome de
Ritter représente la même affection chez
Les exfoliatines le nouveau-né. Le foyer primitif est
souvent une omphalite, une circoncision
II existe en fait 2 toxines épidermo- infectée, une conjonctivite, une rhinite.
lytiques ou exfoliatines : l'exfoliatine A Les complications sont plus fréquentes,
chromosomique et l'exfoliatine B notamment choc septique ou staphyloco-
plasmidique. Les souches de S. aureus ccie pleuro-pulmonaire. Ces 2 affections
productrices d'exfoliatine représentent 2 à relèvent d'une antibiothérapie par voie
25 % des souches isolées en Europe et générale non ciblée sur les
aux Etats-Unis. Leur mode d'action sur staphylocoques methicilline-résistants
l'épiderme est mal connu. Il existerait (SAMR) ainsi que d'une réanimation
dans l'épiderme du nouveau-né un hydro-éléctrolytique dans les formes
récepteur spécifique de l'exfoliatine sévères.
masqué chez l'adulte. L'exfoliatine atteint
la zone granuleuse de l'épiderme en Impétigo bulleux
diffusant à travers les capillaires du
derme et est à l'origine du décollement L'impétigo bulleux est constitué d'un
intradermique. Ce sont des superanti- nombre variable de bulles à contenu
gènes expliquant la survenue de trouble, contenant le staphylocoque
manifestations systémiques. (producteur d'exfoliatine) qui siègent
surtout aux extrémités. Elles évoluent
Syndrome d'exfoliation généralisée vers l'ouverture et la formation
d'ulcérations, puis de croûtes. La
Le syndrome d'exfoliation généralisée, ou cicatrisation se fait en une semaine
syndrome de la peau ébouillantée environ. Il s'agit d'une affection bénigne
et le syndrome de Lyell sont 2 entités qui justifie simplement une antibio-
cliniques différentes: pour le syndrome de thérapie orale. On pense que la présence
la peau ébouillantée, le décollement d’anticorps ou non contre l’exfoliatine
cutané se fait par clivage de la partie expliquerait la différence de gravité des

16
17
syndromes cliniques. En présence cellulaire, résultant une dermonécrose
d'anticorps, la toxine reste localisée in inflammatoire. Son mode d'action fait
situ provoquant un impétigo bulleux. En intervenir une stimulation exagérée et
l'absence d'anticorps, la toxine diffuse et une lyse des granulocytes. La leucocidine
entraîne un syndrome de Ritter ou un de Panton et Valentine est produites par
syndrome d'exfoliation généralisée. des souches responsables d’ infections
cutanéo-muqueuses : furon-culoses ( >
La toxine TSST-1 90 % des souches produisent LPV) et
pneumopathies nécrotico-hémorragiques
La toxine TSST-1 du syndrome de choc à S aureus, touchant le grand enfant ou
toxique staphylococcique est d'origine le jeune adulte, très grave avec
chromosomique, pyrogène et létale. C’est leucopénie et dont l’ évolution est souvent
un superantigène à forte activité fulgurante et mortelle dans un tableau
mitogène pour les lymphocytes T avec associant insuffisance respiratoire aiguë
production d'interleukines, ce qui joue un et choc ( 85 % des souches produisent
rôle dans la pathogénie du syndrome de LPV).
choc toxique . La TSST-1 entraîne la
formation d'anticorps dont la fréquence Génétique des gènes de virulence de S
augmente avec l'âge (85 % à 30 ans). Le aureus.
syndrome de choc toxique
staphylococcique est affection aiguë Le génome de S. aureus (2,8 Mb) est
associant de la fièvre, un rash composé d’un mélange complexe de
scarlatiniforme évoluant vers la gènes dont un grand nombre semble
desquamation, un choc et des signes avoir été acquis par transfert latéral de
d'atteinte multiviscérale. D’abord décrit gènes. La plupart des gènes de
chez des femmes utilisant des tampons résistance aux antibiotiques sont
vaginaux, iI peut en fait survenir à tout transportés par des éléments génétiques
âge, notamment chez l’enfant. La mobiles ou des plasmides. Trois classes
definition du syndrome est clinique, de nouveaux îlots de pathogénicité ont
associant fièvre, éruption scarlatiniforme, été identifiées : (1) un îlot de toxines de la
desquamation, et choc toxique avec famille du toxic shock syndrome, (2) des
insuffisance rénale aiguë. La TSST-1 îlots d’exotoxines ; (3) des îlots
n'est retrouvée que chez 50 à 60 % des d’entérotoxines.
souches, les entérotoxines peuvent
également être impliquées dans ce Immunité anti- staphylocoque
syndrome. La guérison est généralement
rapide. La mort est possible par fibrillation Les staphylocoques sont des bactéries à
ventriculaire ou hypoxémie réfractaire. Le multiplication extracellulaire qui sont
traitement du choc associé à habituellement détruits par des
l’antibiothérapie repose sur le polynucléaires et des macrophages
remplissage vasculaire, les vasopres- recrutés au foyer initial d’infections.
seurs et sur le traitement symptomatique L'immunité anti-staphylococcique est liée
des atteintes viscérales. à la présence d'anticorps opsonisants qui
favorisent la phagocytose par les
La leucocidine de Panton et Valentine polynucléaires et les macrophages, et est
(LPV) associée à la production d'anticorps
neutralisant anti-toxines et anti-enzymes.
Cette toxine est produite par moins de 5 Il existe une forte immunité naturelle
% des staphylocoques, comportant 2 contre le staphylocoque, qui est stimulé
composants F et S. Elle se fixe sur les sans arrêt au cours de la vie.
granulocytes et les érythrocytes humains
et crée des pores dans la membrane

17
18
Diagnostic bactériologique diamètre souvent associées à un pigment
jaune, et hémolytiques sur gélose au
Le diagnostic repose sur la mise en sang. Ils sont catalase positifs.
évidence du germe dans les produits
pathologiques par l'examen
microscopique direct et la mise en
culture.

Prélèvements

L'existence de staphylocoques dorés à


l'état commensal sur la peau et les
muqueuses rend difficile l'interprétation
du diagnostic. Il convient donc d'insister
sur les conditions rigoureuses de recueil
de prélèvements. L'examen microsco-
pique direct du pus montre une pullulation
de germes, avec une réaction Colonies de S aureus (gauche) et S
inflammatoire aux polynucléaires. Les epidermidis (droite).
prélèvements de sang, d'urines, de
collections fermées permettent de mettre S. aureus fermente le mannitol et produit
en évidence facilement le germe à de nombreuses enzymes extracellulaires
l'examen direct. (staphylocoagulase, DNAse), ainsi que la
protéine A de paroi qui est caractéristique
Isolement et identification en culture de l'espèce S. aureus. Les autres
espèces, S. epidermidis, S.
Les staphylocoques sont des coques saprophyticus, ne produisent pas
Gram positif, sphériques, de 1 µ de d'enzymes (staphylocoques à coagulase
diamètre, en diplocoque ou en petit négatifs) et n'ont pas de protéine A
amas, immobiles, asporulés, sans pariétale. Ils sont différenciés par leurs
capsule habituellement. caractères métaboliques. Enfin, les
laboratoire de références peuvent mettre
en évidence la présence des gènes
codant pour les différentes toxines de S
aureus et éventuellement les anticorps
anti-toxines par ELISA.

Résistante à la méthicilline et à la
vancomycine de Staphylococcus
aureus

En 1941, toutes les souches de S aureus


semblaient sensibles à la pénicilline G.
Staphylocoques dans une hémoculture Dès 1944, est apparue une pénicillinase
(coloration de Gram) qui maintenant concerne plus de 95%
souches cliniques. En 1960, est apparue
C’est un germe aéro-anaérobie, à une résistance à la méthicilline,
métabolisme respiratoire et fermentaire, antibiotique majeur résistant à la
cultivant facilement en 24 heures sur pénicillinase. Cette résistance entraîne la
milieu ordinaire ou sur des milieux résistance à toutes les pénicillines et
sélectifs (hypersalés). Ils croît en donnant céphalosporines, et souvent associée à
des colonies smooth de 1 à 4 mm de de multiples autres résistances (
18
19
aminosides, érythromycine,
tétracycline...)
Actuellement, 25% des souches (de S
aureus sont résistantes à la méthicilline.
Cette résistance est surtout rencontrée
en milieu hospitalier et présente une forte
clonalité. Elle est rare en milieu
communautaire.
Il existe 4 mécanismes de résistance aux
antibiotiques des souches de S. aureus:
(1) inactivation enzymatique de
l’antibiotique; (2) altérations des PBPs ;
(3) efflux des antibiotiques prévenant
l’accumulation toxiques des antibiotiques
intracellulaires ; (4) expression d’une Sérodiagnostic
nouvelle cible remplaçant la cible
habituelle (PBP). Ces résistances sont La détection d'anticorps spécifiques est
souvent codées par des plasmides ou rarement utilisée en pratique. On peut
des transposons rechercher des anticorps contre les
staphylolysines et les acides téichoïques.
La résistance à la méthicilline ( dites
MRSA Methi-R S. aureus) est codée par Traitement
le gène mecA . Ce gène code pour une
nouvelle PBP2a (78 kDa) qui permet la Les infections à staphylocoques posent
synthèse d'un nouveau peptidoglycane. le des problèmes thérapeutiques difficiles
gène mecA est porté par un transposon. du fait de la fréquence des souches multi-
Il proviendrait de Enteroco-ccus hiriae , résistantes aux antibiotiques.
dont les PBP5 - PBP3 présentent des
homologies avec PBP2a de S. aureus. S. aureus

90% des souches de S. aureus sont


résistantes à la pénicilline G, du fait de la
mecl-mecR1 mecA IS IS production d'une pénicillinase. Un
pourcentage important de souches
résistent à d'autres antibiotiques tels que
tétracycline (20-80%), érythromycine,
lincomycine et aminosides. Ces résis-
Tn554 ermA aad
tances sont plasmidiques par sécrétion
d'enzymes inactivant les antibiotiques. Un
autre type de résistance d'origine
chromosomique et transmissible a été
décrit, lié à la modification de la cible
d'action de l'antibiotique. C'est le cas de
résistance à la méthicilline (20 à 40% des
souches de S. aureus) qui entraîne une
réaction croisée avec toutes les
pénicillines et les céphalosporines. La
plupart des souches restent sensibles à
la vancomycine, antibiotique majeur des
souches hospitalières de S. aureus, à la
pristinamycine et à la rifampicine.

19
20
S. epidermidis

S. epidermidis, surtout isolé d'infections


nosocomiales, est particulièrement
résistant aux antibiotiques. Toutes les
souches sont résistantes à la pénicilline,
et 80% à la méthicilline. La plupart des
souches sont multirésistantes, incluant 30
à 50% de résistance à la gentamicine.
Restent constamment actives la
vancomycine et la rifampicine.

S. saprophyticus

S. saprophyticus est plus sensible aux


antibiotiques que S. epidermidis et pose
plus de problèmes du fait de la sensibilité
habituelle à l'amoxicilline et au trimé
thoprime-sulfamétoxazole.
Le traitement des infections localisé à la
peau et aux muqueuses est d'abord local
par les antiseptiques, drainages, ablation
de cathéters ou de corps étrangers. Le
traitement antibiotique est guidé par
l'antibiogramme et basé sur l'utilisation de
la méthicilline associée à un aminoside,
ou de la vancomycine associée à un
aminoside dans les cas graves.
L'association céfotaxime-phosphomycine
peut être efficace sur les infections
sévères à staphylocoques résistants à la
méthicilline.

L'importance de la prophylaxie des


infections à staphylocoques est
l'application de règles strictes d'hygiène
et d'asepsie pour prévenir les infections
nosocomiales en milieu hospitalier.

20
Les streptocoques bactérie est transmissible par aérosols et
par l'envi-ronnement (lait, aliments,
Les streptocoques eau). Elle induit des infections fréquentes
et graves, répandues dans des infections
Les streptocoques sont des coques dans le monde, et très polymorphes,
Gram+ en chaînettes, habituellement suppuratives (phase où le germe est
isolées de la peau et des muqueuses de facilement des produits pathologiques) et
l’homme et des animaux. Leur pouvoir post-infectieuses ou non-suppuratives
pathogène est très polymorphe selon les (rhumatisme articulaire aiguë ou RAA,
espèces. glomérulonéphrites ou GNA, chorée de
Sydenham). En dépit de plus de 50 ans
d’antibiothérapie, Cette bactérie reste très
sensible aux antibiotiques (pénicilline G ).

Infections à S. pyogenes et épi-


démiologie

Infections cutanéo-muqueuses suppu-


ratives

(1) L'angine streptococcique : c’est une


angine erythémato-pultacée souvent avec
fièvre, survenant à partir de 3 ans, le
plus souvent transmission par contact
direct inter-humain (parfois indirect par
nourriture, eau de boisson, lait). Il existe
de nombreuses formes asymptomatiques
et une forte proportion de porteurs sains
Streptocoques en chaînettes
dans la population (10 à 20%). Cette
Ces bactéries aéro-anaérobies fermen- angine peut être à l’origine d’une
tent les sucres et sont classées grâce à la complication éruptive : la scarlatine avec
structure antigénique du polyoside A un exanthème caractéristique.
(Lancefield) en streptocoques grou-
% des angines selon l’âge et le germe
pables ( A, B, D…) et ingroupables Les
principales espèces rencontrées chez
l’homme sont : Streptococcus pyogenes, 40
20 Virus
Streptococcus pneumoniae, Strepto- Age20
<2 2-5 6-8 9-11 12-14 15-19
coccus agalactiae, Streptococcus mitis
…, et deux espèces d’un genre proche,
Enterococcus faecalis, Enteroccocus
faecium… 40
20 S. pyogenes
Streptococcus pyogenes
<2 2-5 6-8 9-11 12-14 15-19 20
S. pyogenes (ou streptocoque β-hémo-
lytique du groupe A) est une bactérie
10 Mycoplasma
invasive et toxinogène, à réplication pneumoniae
extracellulaire. Cette bactérie strictement <2 2-5 6-8 9-11 12-14 15-19 20
humaine forme des coques cci Gram +
en chaînettes, constitués d’un polyoside (2) L'impétigo est une infection cutanée
de paroi appartenant au groupe A de la pustuleuse très fréquente chez les
classification de Lancefield. Cette
22

enfants de 2 à 5 ans, après transmission 000 h. Dans les pays en voie de


directe le plus souvent, rarement par développement, c’est un problème
l'environnement . Ces lésions sont majeur de santé publique, avec des
favorisées par le manque d'hygiène et incidence allant jusqu’à 80 / 100 000 h et
par les conditions climatiques (zones sub- expliquant 25% à 45% des cardiopathies
tropicales).(3) D’ autres infections plus dans ces pays.
rares sont rencontrées. L'érysipèle est survient chez 2 à 6% des malades avec
une complication rare et sévère chez des impétigo ou angine. Elle est de bon
sujets fragilisés (diabète…). On peut pronostic. Les récurrences sont rares.
aussi voir des broncho-pneumonies, Seul un faible nombre de sérotypes M
fièvres puerpérales (cf Semmelweis) et sont impliqués.
des cellulites et fasciites
nécrosantes (complications post- Physiopathologie des infections
opératoires redoutables). Ces infections à S. pyogenes
peuvent parfois se compliquer de S. pyogenes est une bactérie à
septicémies. multiplication extracellulaire, toxinogène
et invasive. Les infections
Complications post-infectieuses non- suppuratives débutent par la colonisation
suppuratives du revêtement cutanéo-muqueux,
souvent asymptomatique, avec
Le RAA, la GNA et la chorée de Syden- attachement aux cellules épithéliales de
ham (danse de Saint-Guy) sont des l’oropharynx et de l’épiderme et
complications sans prolifération bacté- éventuellement extension de proximité
rienne, souvent assez sévères et (trompe d’Eustache, sinus, oreille
entraînant des séquelles cardiaques et moyenne, rarement arbre bronchique).L’
rénales (sauf la chorée qui est de bon envahissement tissulaire survient ensuite
pronostic), survenant au décours d’une avec pénétration des bactéries dans la
infection suppurative. muqueuse induisant une réponse
inflammatoire variable selon l’âge et la
sensibilité individuelle. Les bactéries
peuvent persister dans les ganglions
lymphatiques relativement longtemps et
produisent une forte réponse humorale et
cellulaire, avec production d’ Ac anti-paroi
(polyoside C, LTA, protéine M) et
exotoxines (IgG, IgA locales).
L’élimination des bactéries se fait par les
polynucléaires après opsonisation.

Avant 2-3 ans, les enfants présente une


fièvre avec adénopathies cervicales
Le RAA atteint surtout les enfants de 5 à persistantes, mais peu ou pas de
15 ans, et fait suite dans 50% des cas à réponse inflammatoire pharyngée ( pas
une angine streptococcique banale (mais d’angine à cette âge). Après 3 ans,
dans 50% après portage l’infection streptococcique donne une
asymptomatique). Cette complication est angine aiguë avec fièvre, malaise,
relativement rare par rapport à adénopathies cervicales et complications
l’exposition : <1% des malades présen- loco-régionales: mastoidites, ostéomyé-
tant des angines streptococciques. lites, thromboses, méningites. La dissé-
L'incidence aux États-Unis est de 0,5/100
22
23

mination de l’infection peut entraîner une Facteurs de colonisation


septicémie, avec une porte d’entrée
cutanée ou muqueuse, mais souvent Les acides lipoteichoiques (LTA) joue-
inconnue ( traumatisme minime..). La raient un rôle dans la colonisation initiale.
fasciite nécrosante est une complication Ce seraient des adhésines fixant le
rare et redoutable avec cellulite et récepteur de la fibronectine, structure
myosite extensive, faisant suite à une fibrillaire associés à la protéine M.
lésion cutanée, et associée à une La capsule est constituée d’acide
septicémie ( 50%) avec une mortalité hyaluronique et joue un rôle anti-
élevée ( 30%). Une complication de ces phagocytaire. Retrouvée sur certaines
septicémies est le syndrome de choc souches virulentes de sérotype M1 ou
toxique survient chez des patients de 20- M18, la capsule entraînerait des réactions
50 ans après infection locale. antigéniques croisées avec des antigènes
du tissu conjonctif.
Complications post-streptococciques Les protéines M sont des protéines trans-
Ces complications surviennent au dé- membranaires de structure hélicoidale
cours d’une infection suppurative, telle fibrillaire, de 53-73 kDA, avec partie N-
qu’une angine aiguë. Leur fréquence est terminale exposée variable et C-terminale
favorisée par le terrain génétique et constante. On connaît plus de 80
l’exposition itérative à certaines souches sérotypes codés par les gènes emm. Ces
virulentes (protéines M) de S. pyogenes. protéines sont soumises à variation
Le RAA produit des lésions inflam- antigénique par recombinaison intra-
matoires du tissu conjonctif (articulations, intergéniques des gènes emm , produi-
endocarde…), caractérisées par une sant des structures en mosaïque des
infiltration leucocytaire avec dépôts de protéines M. Les protéines M sont expo-
fibrine , et des foyers péri-vasculaires sées en surface jouent un rôle anti-
avec nécrose centrale et cellules phagocytaire et d’adhésine (avec LTA), et
géantes, en l’absence de germes dans le fixent certaines protéines de
tissu articulaire ou cardiaque. La l’inflammation: fibrinogène, C4-binding
pathogénèse du RAA est obscure : effets protein, plasminogène, Fc des IgG et IgA,
toxiques directs de certains des facteurs le facteur H du complément. Les
de virulence, mécanismes immuno- protéines M induisent la production
allergiques (antigénicité croisée entre d’anticorps opsonisants protecteurs, qui
tissu conjonctif ou cardiaque et facteurs jouent un rôle majeur dans la protection
de virulence tels que la protéine M et acquise contre S. pyogenes. Les
l’acide hyaluronique avec production d’ protéines M partagent des déterminants
autoanticorps) ou encore dépôts d’ antigèniques avec la myosine et une
immuns complexes antigènes-anticorps. protéine du sarcolemme du muscle
cardiaque, ce qui favoriserait les
La GNA est une maladie à immuns complications post-streptococciques. En
complexes associée à certaines souches effet, certains sérotypes M sont associés
de sérotypes M12 et M 49, notamment, à la scarlatine, au RAA ( M12…), à la
et induit des lésions glomérulaires GNA (M49…), ou le syndrome de choc
diffuses et prolifératives septique ( M18…).

Virulence de S pyogenes

S pyogenes produit de nombreux fac-


teurs de virulence.

23
24

Les toxines et enzymes sécrétées par


S. pyogenes

Les toxines jouent un rôle majeur dans la


survie extracellulaire et la diffusion
tissulaire des bactéries

Colonies β-hémolytiques sur gélose sang

Polymérisation de la SLO formant un pore.

(1) Toxines cytolytique formant des pores


La streptolysine O (SLO) est une exo-
protéine de 60 kDa, antigénique et
mitogénique ( TNF-α, IL-1β). La strep-
tolysine S est un petit peptide non
Schéma de la constitution de la paroi de antigénique. Ces 2 toxines sont
streptocoque cytolytiques et sont responsables du halo
d’hémolyse autour des colonies.
Le peptidoglycane est un polyoside (2) Exotoxines
complexe avec un rôle inflammatoire et
dermo-nécrotique. Le polyoside A est un Les exotoxines A, B ,C, F sont des
polyoside de paroi non toxique,
superantigènes, se fixant au domaine Vβ
définissant les groupes selon la
du TCR des lymphocytes T et
classification de Lancefield. Son rôle
déclenchant la production de cytokines
dans le processus infectieux est inconnu.
(IL-1, IL-6, TNF-α…). Elles sont codées
par speA, speB, speC speF , gènes
portés par des phages. Ces toxines
érythrogènes sont à l’origine de l’ éruption
de la scarlatine, et sont associées au
syndrome de choc toxique.
(3) Les exo-enzymes

24
25

Ce sont les streptokinases A, B, C, qui Isolement et identification en culture


sont fibrinolytiques en activant le
plasminogène, la hyaluronidase qui S. pyogenes est constitué de coques à
détruit l’acide hyaluronique, les Gram positif en chaînettes, qui croissent
streptodornases qui sont des DNAses, la sur gélose sang en 24-48 h 37°C,
C5a peptidase qui active le complément, donnant des colonies 1-2 mm β-
des protéases, NADases, amy-lases, hémolytiques caractéristiques . Ce sont
estérases, une α-lipoprotéase (facteur des bactéries aéro-anaérobies,
opacifiant le sérum), une neura- fermentant les sucres sans gaz, catalase
minidases. Ces enzymes et toxines négative, appartenant au groupe
contribuent à la diffusion tissulaire. polyosidique A de Lancefield

Diagnostic bactériologique indirect :


sérodiagnostic

1) Les antistreptolysines (ASLO)

Les ASLO apparaissent au 10ème jour,


avec un pic à la 3ème- 4ème semaine, et
un taux résiduel pendant 3 à 12 mois.
Près de 20 à 30% des patients infectés
ne produisent pas d'ASLO détectables.
Les formes cutanées ne s’accompagnent
pas de production d’ASLO. Dans la
population, le titre moyen est : inférieur à
Diagnostic bactériologique 200 UI/mL (UI unités internationales). On
considère qu’un titre > 200 UI est
Prélèvements significatif.

Le diagnostic bactériologique repose sur 2) Les antistreptodornases (anti-


la mise en évidence du germe dans la DNAses B)
gorge ou dans les lésions cutanées :
prélèvements de gorge ou de lésions Les antistreptodornases sont toujours
cutanées, rarement hémocultures, augmentées lors d'infections cutanées et
ganglions lymphatiques, lavage broncho- muqueuses. C’est un test fiable,
alvéolaire. reproductible, considéré comme le test de
référence.
Examen microscopique direct
3) Les anticorps anti-hyalorunidases
Il montre la présence de nombreux
coques Gram+ en chaînettes, Ces anticorps augmentés de façon
extracellulaires, souvent avec une irrégulière et faible.Interprétation
réaction inflammatoire à des polynu-
cléaires. S. pyogenes responsable de 15 à 30%
des angines aiguës de l'enfant, sur la
base de l'isolement du germe dans la
gorge et d'une ascension secondaire des
anticorps anti-streptolysines-anti-strepto-
dornases. Il faut garder à l’esprit pour
l’interprétation des résultats de la
25
26

fréquence d’isolement d'un streptocoque


du groupe A dans la gorge chez les Streptococcus agalactiae
sujets sains du fait du portage. La mise
en évidence d’une séroconversion ou S. agalactiae (ou streptocoques du
d’une augmentation de des anticorps groupe B) est responsable surtout
anti-toxines/enzymes authentifie l'infec- d'infections néonatales et nosocomiales.
tion à streptocoque A.
Infections à S. agalactiae et
Traitement épidémiologie

S pyogenes est très sensible aux S. agalactiae est un commensal du tube


antibiotiques : la pénicilline G antibiotique digestif et le tractus urogénital , retrouvé
de choix 10 jours pour une angine. Il chez 5 à 40 % de la population. La
existe quelques souches résistantes à la colonisation des nouveau-nés est
tétracycline et à l'érythromycine(<5%). d ‘environ 60 % (1-2 % d'infections néo-
natales).

Autres streptocoques d’intérêt médical


Les infections du nouveau-né

Streptocoques C et G On estime que S. agalactiae représente


2 à 4 % des naissances pour les
Les streptocoques du groupe C et G sont infections précoces et 1 0/ 00 pour les
des streptocoques β-hémolytiques res- infections tardives. Les infections du
ponsables d'infections aiguës des voies nouveau-né surviennent précocement la
aériennes supérieures, de la peau, de plupart du temps avant le 5ème jour de vie,
l'endocarde et d'infections néonatales. et en moyenne 20 heures après la
Ces streptocoques peuvent aussi être naissance. La plupart du temps,
responsables d'endocardites subaiguës l'infection est transmise à partir de la flore
graves avec un pronostic sévère, et commensale de la mère. L'enfant
parfois de complications post-infec- présente une infection généralisée avec
tieuses (groupe C), uniquement de type bactériémie sans signe de localisation, et
glomérulonéphrites aiguës, jamais de parfois une pneumonie grave ou une
rhumatisme articulaire aigu. méningite néonatale. Il existe des formes
A la différence de S. pyogenes, ces tardives de meilleur pronostic (15-20 %
germes sont commensaux de nombreux de mortalité), qui apparaissant entre le
animaux, qui peuvent occasionnellement 7ème jour et le 3e mois avec presque
contaminés l'homme. Les taux de portage toujours une méningite. Ces infections
chez l'homme sont faibles (< 1 %). laissent souvent d’importantes séquelles
L’infection fait souvent suite à une (30 à 50 %). Les facteurs de risque de
exposition animale. Le diagnostic bacté- mortalité sont la prématurité (50 %),
riologique est facile, basé sur l'isolement alors que le taux de mortalité est de 20 à
du germe dans la gorge, où il n'est 30 % chez l'enfant à terme.
habituellement pas retrouvé.

Les infections de la mère

S agalactiae représente 10 à 20 % des


bactériémies de l'accouchée et est
surtout à l’origine d’infections du post-
26
27

partum (endométrites, plus rarement enzymes extracellulaires favorisant


infections cutanées de la plaie). l’envahissement tissulaire.
Les facteurs de risque d’infection par S.
Les infections opportunistes agalactiae sont : (1) la prématurité du fait
de l'absence d'anticorps maternels
S. agalactiae peut être aussi une bac- transmis avant la 37ème semaine et de la
térie opportuniste chez l’adulte fragilisé faible synthèse du complément chez les
(diabète, grossesse, cancer...) : infec- prématurés ; (2) la rupture précoce des
tions urinaires, broncho-pneumonies, membranes avec un travail long
cellulites, méningites, endocardites, et entraînant une infection de la cavité
septicémies. Le diagnostic est fait par utérine.
hémocultures. La bactériémie est retrou- L'immunité contre cette bactérie
vée dans 90 % des cas. extracellulaire est de type humoral avec
des anticorps protecteurs dirigés contre la
capsule spécifique.

Diagnostic bactériologique des


infections à S. agalactiae
Physiopathologie et immunité des Prélèvements et examen microsco-
infections à S. agalactiae pique
S. agalactiae est commensale du tube La bactérie peut être mise en évidence à
digestif et les voies génitales de la partir des prélèvements de liquide
femme. Les nouveau-nés se contaminent céphalorachidien, de sang , à partir des
lors de l'accouchement, soit par voie prélèvements bronchopulmonaires ou de
ascendante par rupture prématurée des foyers suppuratifs (abcès profonds).A
membranes, soit lors de l'accouchement. l’examen microscopique des
Les bactéries sont inhalées et ingérées prélèvements, S. agalactiae est un coque
par l'enfant qui est colonisé dans près de Gram positif en chaînettes. Chez le
60 % des cas. L'infection est asym- nouveau-né, on peut rechercher dans le
ptomatique la plupart du temps, et la LCR des antigènes solubles avec des
maladie n'apparaît que chez 1 ou 2 % anticorps spécifiques (test latex ou
des enfants avec une atteinte pulmonaire ELISA).
au premier plan (pneumonie avec
détresse respiratoire) ou bactériémie. Isolement et identification en culture
L'apparition d'une infection cutanée est
liée surtout à la virulence des souches et S. agalactiae croît rapidement sur milieux
à l'inoculum. riches (gélose au sang), donnant des
colonies β-hémolytiques. On peut utiliser
On décrit 3 sérotypes capsulaires : le des milieux sélectifs ( gélose au sang
sérotype III est associé aux infections additionné d’antibiotiques (acide nalidixi-
néonatales avec méningite, alors que les que, colimycine). S. agalactiae est iden-
sérotypes I (la, lb, Ic) et II sont rarement tifiée par des caractères biochimiques
rencontrés chez le nouveau-né comme particuliers et par son groupage ( groupe
responsable d'infections graves. La B de Lancefield). On définit 5 sérotypes
capsule est un facteur de virulence capsulaires: la, lb, Ic, II et III. Le sérotype
inhibant l'opsonisation. Certaines sou- III est le plus virulent.
ches produisent des toxines de type β-
hémolysine et neuraminidase, et des

27
28

Traitement des infections à S. milleri) sont retrouvés dans la flore fécale


agalactiae (25-50 % des sujets sains), notamment
Le traitement est basé sur l’utilisation de E. fecalis (107/g habituellement dans le
pénicilline G ou d’ ampicilline pendant 2 à côlon). Beaucoup de ces streptocoques
3 semaines, associés aux aminosides. sont dans des écosystèmes complexes
On peut aussi utiliser la vancomycine ou de la flore bucco-pharyngée, en
le chloramphénicol ( en cas d’allergie à la particulier S. mutans, bactérie associé à
pénicilline). la plaque dentaire avec S. sanguis, S.
mitior et S. anginosus.
Entérocoques et streptocoques
ingroupables (streptocoques D) Les infections cutanéo-muqueuses

Les streptocoques du groupe D et les Il s'agit habituellement d'infections


streptocoques ingroupables sont un nosocomiales, où les streptocoques de la
ensemble très hétérogènes de flore buccale et fécale, sélectionnée par
microorganismes, comportant : (1) le antibiothérapie, infectent des lésions
genre Enterococcus, avec deux espèces cutanéomuqueuses préexistantes (plaies
importantes Enterococcus faecalis et chirurgicales, blessures, ulcères
Enterococcus faecium ; (2) Les strepto- variqueux, brûlures, gangrènes, lésions
coques ingroupables sont dépourvus de périnéales...). Il peut aussi s'agir
polyoside C pariétal et donc non-typables d'infections des voies respiratoires,
par la méthode de Lancefield. Ils buccales ou du tube digestif, en
comportent au moins six espèces particulier après chirurgie digestive, enfin
pathogènes : Streptococcus mitior, d'infections urinaires après cathétérisme
Streptococcus sanguis, Streptococcus ou chez les malades porteurs de lithiase
milleri ou anginosus, Streptococcus (Enterococcus). Parmi les streptocoques,
salivarius, Streptococcus mutans, l'agent E. fecalis est le seul à être responsable
de la carie dentaire, et Streptococcus d'infections urinaires (5-20 % des infec-
morbillorum. tions urinaires).
Ces espèces sont commensales de la
flore bucco pharyngée et digestive. Elles Les endocardites subaiguës
sont peu virulentes, mais souvent
résistantes à de nombreux d'anti- A partir d'un foyer infectieux localisé, à la
biotiques. Bien que peu virulentes, ces suite d'une bactériémie, les strepto-
espèces sont capables chez des sujets coques du groupe D et les streptocoques
fragilisés d'envahir les tissus et d'essai- ingroupables peuvent donner des
mer à distance par voie sanguine. Elles endocardites subaiguës, dont ils con-
sont surtout à l’origine d’infections stituent la cause majeure. 50% des
nosocomiales, et d’endocardites sub- endocardites sont dues à des
aiguës(entérocoques). streptocoques ingroupables, dont S.
sanguis et S. mitior (2/3 des cas), S.
Infections à entérocoques et mutans (14 %) et Enterococcus spp (10 à
streptocoques ingroupables et 20 %).
épidémiologie Ces endocardites surviennent chez des
patients ayant des lésions valvulaires
Ce sont des bactéries commensales de la préexistantes, â la suite d'une bacté-
flore buccale et digestive. Certains riémie déclenchée par une manœuvre
entérocoques ont une existence instrumentale, abdominale ou urinaire,
saprophyte au contact des plantes. Les une avulsion dentaire ou une infection
streptocoques ingroupables (S mitior, S. cutanée banale. Après deux semaines
28
29

d'incubation, l'endocardite est clini- explique la difficulté des traitements


quement suspectée sur une fièvre antibiotiques.
modérée, rémittente (38°C-39°C), s'ac-
compagnant de sueurs nocturnes, Les infections cutanéo-muqueuses
frissons, perte de poids, malaise
(endocardite d'Osler). Toute fièvre chez
un cardiaque doit faire pratiquer des Les infections cutanéo-muqueuses à
hémocultures (3-6 / jour). A l'examen streptocoques du groupe D et
clinique, on note des modifications des ingroupables sont surtout des infections
bruits du cœur, une splénomégalie, et nosocomiales. On pense que les acides
parfois des complications à distance lipotéichofques (LTA) favorisent
(pétéchies, nodules sous-cutanés, l'adhésion initiale aux lésions épithéliales
ostéoarthropathie hypertrophiante...). et, bien sûr, le terrain fragile sur lequel
surviennent ces infections. La fréquence
de ces infections est aussi liée en partie
à leur résistance naturelle aux
antibiotiques souvent sélectionnées par
Physiopathologie et immunité des les antibiothérapies. L'immunité contre
infections à entérocoques et ces streptocoques est essentiellement
streptocoques ingroupables humorale.

Endocardites Diagnostic bactériologique des


infections à Entérocoques et
A la suite d'un geste agressif (avulsion streptocoques ingroupables
dentaire, cathétérisme...), les bactéries
accèdent à la circulation sanguine Prélèvements et examen microsco-
(bactériémie) et infecte les valves pique
cardiaques. La greffe bactérienne est
favorisée par les lésions préexistantes Le diagnostic d'une endocardite
rhumatismales et athéromateuses. Les bactérienne repose sur la recherche des
lésions induisent un thrombus avec germes par hémocultures (4-6 / 6h). Ces
agrégats plaquettaires au contact duquel hémocultures sont pratiquées dans des
les bactéries s'implantent. Des facteurs conditions strictes d'aseptie devant tout
bactériens d'adhésion favorisent la malade cardiaque, fébrile avant de mettre
colonisation, en particulier la sécrétion de en oeuvre le traitement antibiotique. Le
dextrane par les bactéries. La sécrétion choix des prélèvements lors des
d'enzymes protéolytiques favoriserait la infections cutanéo-muqueuses est
diffusion bactérienne dans l'endocarde. fonction de la localisation des foyers
Les bactéries se multiplient donc dans les infectieux ( urines, selles, cathéters…).
valves cardiaques mal vascularisées à On découvre dans les bouillons
l'abri du système immunitaire, et d’hémoculture incubés 1-3 jours à 37°C,
entraînent l'apparition de végétations des coques Gram + en chaînettes à
formées de stratifications successives de I’examen direct. Pour les infections
fibrine et de couches de bactéries. Le urinaires, l’examen direct des urines
nombre des bactéries dans les révèle souvent ces coques Gram + en
végétations peut atteindre 108 à 1010 /g chaînettes.
d'endocarde. Les bactéries sont
enkystées dans un réseau fibreux sans
cellules phagocytaires. Cette exclusion

29
30

Isolement et identification

Les streptocoques du groupe D croissent


facilement sur gélose au sang en 24
heures (α-hémolyse ou absence
d'hémolyse autour des colonies). Les
entérocoques croissent en milieux
hostiles en présence de bile et de
chlorure de sodium. E. faecalis comporte
deux biotypes : zymogenes (β-
hémolytique) et liquefaciens (protéo-
lytique). Leur identification est basée sur
le groupage de Lancefield et sur des
caractères biochimiques particuliers,
incluant la microaérophilie, l'exigence en
C02, la production de dextrane et la
fermentation de certains sucres.
Les entérocoques apparaissent actuel-
lement comme des pathogènes
opportunistes majeurs, et posent des
problèmes de multi-résistance aux
antibiotiques, en particulier depuis
l'apparition d'un plasmide codant pour la
résistance à la vancomycine, les gènes
impliqués étant porté par un transposon.

Traitement des infections à


entérocoques et streptocoques
ingroupables

Les entérocoques sont beaucoup plus


résistants que les autres espèces de ce
groupe, mais restent en général sensibles
à la vancomycine et à la rifampicine, alors
qu'ils sont souvent résistants aux
pénicillines. Il importe donc d'associer
plusieurs antibiotiques en cas d'infections
à entérocoques.
La majorité des streptocoques
ingroupables restent sensibles à la
pénicilline G, et ont une résistance à bas
niveau aux aminosides (inférieur à 1000
µg/L), ce qui permet leur utilisation en
association. Le traitement des
endocardites doit être long (6 semaines),
à base de pénicilline G (20 millions IV),
associée à un aminoside (gentamicine)

30
Les bactéries des diarrhées
(4) l’état de réceptivité individuelle liée, en
aiguës plus des capacité de réponse du
système immunitaire, à l’abondance des
Les diarrhées aiguës bactériennes récepteurs spécifiques sur les cellules
intestinales aux ligands bactériens
Les diarrhées aiguës bactériennes sont (adhésines, toxines, invasines…). Ceci
des entérites Inflammatoires d'origine est attesté par la notion de spectre
infectieuse, atteignant une partie ou de la d'hôte parfois très étroit limité à une
totalité du tube digestif (intestin, côlon), espèce ( l’homme pour S. typhi, Shigella,
due à de très nombreuses causes V. cholerae), parfois plus large
bactériennes, parasitaires ou virales. (Salmonella, Campylobacter), et par des
C'est la cause la plus fréquente de observations chez l’animal : par exemple,
mortalité chez l'enfant < 5 ans. La pour les souches de E. coli K88
transmission se fait par l’ eau, les responsables de diarrhées mortelles chez
aliments, plus rarement de façon inter- les veaux nouveau-nés, il existe des
humaine. Leur fréquence est le reflet de lignées de bovins très sensibles et
la contamination de l'environnement d’autres totalement résistants. Ces
(hygiène collective) et de l'hygiène récepteurs encore mal connu chez
individuelle. Ce sont des maladie du péril l’homme seraient plus ou moins abondant
fécal. chez les individus et leur cinétique
Les diarrhées aiguës sont la plus grande d’expression pourrait varier en fonction
cause de mortalité et morbidité infantile de l’âge.
dans le monde. Les enfants < 5 ans sont
les plus exposés et les principales Le diagnostic microbiologique des
victimes : par exemple, 7 épisodes par an diarrhées aiguës est parfois difficile du
enfants < 2 ans (Bangladesh, Guatemala, fait de l'existence d'une flore commensale
Brésil). L’OMS estime que, parmi les 13 très abondante : la salive contient 105-6
% des enfants < 5 ans, 50 % meurent streptocoques/mL, l’estomac < 10 / mL, le
d'une diarrhée infectieuse, en dépit des duodéno-jéjunum 102-4 / mL, l’intestin
progrès de la réhydratation. Les taux de grêle 107-8 / mL (anaérobie 1011 ), le
mortalité par diarrhée aiguë sont de 5- 36 côlon 1011 /g (entérobactérie 109 ).
% des enfants au 2ème semestre de vie.
Physiopathologie et épidémiologie des
Les facteurs de risque sont : entérites infectieuses.
(1) l’état physiologique des populations
(la malnutrition) ; Les bactéries ingérées avec l’eau ou les
(2) la maturation du système immunitaire aliments rencontrent de nombreux
(sensibilité des nouveau-nés) ; obstacles à leur implantation intestinale :
(3) le degré d'exposition au (1) la barrière gastrique très acide ( pH
microorganisme , la virulence des 2-4) qui détruit 99 % des bactéries
microorganismes et l’ inoculum. ingérés en 30 min (106 /mL E coli après
Les doses infectantes orales sont : ingestion dans le liquide gastrique passe
Shigella spp 101-2 en 1 h à 104 /mL 1 h) ; la gastrectomie,
Campylobacter jejuni 102-6 l’achlorhydrie gastrique (malnutrition…) ,
Salmonella typhi <105 les antiacides rendent plus sensibles aux
Salmonella sp 108 infections intestinales ;
Campylobacter. Jejuni 104 (2) le mucus et les sécrétions
Escherichia . coli 108 intestinales : l’épaisse couche de mucus
Vibrio. cholerae 108 ( > 400 µm) constitués de molécules-
Giardia lamblia 101-2 leurre telles que la fibronectine,
Entamoeba histolitica 101-2
32

l’albumine, les IgA..., permet l’élimination Les étapes de l’infection entraînant


permanente des bactéries ; divers des diarrhées bactériennes
produits de sécrétion ont des effets
bactéricides, tels que la bile et les sels
biliaires, les enzymes pancréatiques, et la Colonisation et production de toxines
lactoferrine qui diminue considérablement La colonisation de la muqueuse se fait
la concentration de ce métal par des adhésines bactériennes très
indispensable à la réplication bactérienne diverses selon les bactéries (pili,
rareté du fer. fimbriae…).
(3) La motilité intestinale accélère
l'élimination des bactéries et joue un rôle
dans les processus d'absorption E coli EPEC V cholerae
intestinale.
(4) la flore commensale est estimée à des
titres de 108 entérobactéries et 1011
bactéries anaérobies / g. cette flore entre
en compétition pour la quête des
nutriments et l’interaction avec les sites
cellulaires d'adhésion, et entretient des
conditions hostiles de pH et d’
oxydoréduction. Cette flore varie avec
l’âge (nourrisson, vieillard) , le régime La diarrhée est due à plusieurs facteurs :
alimentaire et la malnutrition , la 1. Les bactéries produisent in situ des
toxicomanie. toxines qui interagissent avec des
(5) Le GALT (Gut associated lymphoid récepteurs membranaires (gangliosides
tissue) est le système immunitaire du GM1..), et déclenchent des cascades d’
tube digestif directement en contact avec activation des entérocytes (activation de
la flore intestinale. Il joue un rôle l’adénylcyclase) entraînant une fuite
important contre les infections digestives. hydrique des entérocytes.
Il est constitué d’amas lymphoïdes ( tels 2. Les bactéries induisent une réaction
que amygdales et les plaques de Peyer ( inflammatoire intense à l’origine de la
formés de lymphocytes B/T couverts diarrhée: hyperproduction de
d’entérocytes et de cellules M) , de prostaglandines (activation de
lymphocytes intraépithéliaux disséminés adénylcyclase).
(80 % lymphocytes T8).dans les villosités 3. Les bactéries entraînent unedisparition
( 2-3 x 105 /cm2 , soit 1 lymphocyte pour des bordures en brosse, la diarrhée
6 entérocytes), les lymphocytes du faisant suite à une malabsorption des
chorion ( dans la lamina propria) qui sont nutriments.
des lymphocytes CD4 et CD8 ( rapport
T4 / T8 = 2) et de lymphocytes B (80 %, Les bactéries responsables des
de plasmocytes productrices d’ IgA ). On diarrhées bactériennes
trouve aussi dans le chorion des
macrophages et des polynucléaires 1. Les bactéries toxinogènes sans
neutrophiles, lymphocytes. réplication, ni colonisation intestinale :
Staphylococcus aureus , Bacillus cereus,
Clostriditim perfringens, Clostridittm
botulinum
La symptomatologie est due à des
entérotoxines qui sont des neurotoxines
agissant sur le système nerveux végétatif
32
33

entrainant le hyperstaltisme et la
diarrhée :
2. Les bactéries toxinogènes non
invasives avec implantation et réplication
intraluminale au contact des entérocytes :
E. coli non invasif ( ETEC, EPEC, EHEC),
V. cholerae, V. parahaemolyticus ,
Aeromonas spp, Campylobacter jejuni

3. Les bactéries entéroinvasives :


Shigella, E. coli EIEC , Salmonella spp ,
Yersinia enterocolitica, Yersinia
pseudotuberculosis

E coli ETEC EHEC


Shigella E coli EIEC

T T
Salmonella Yersin V cholerae C. jejuni

T T

33
Résumé

Pathovars Germes Incubation Fièvre Vomissements Diarrhée


___________________________________________________________________

toxinogènes S. aureus 1-6h 0 +++ +++


non implantés B. cereus
C. perfringens 6 - 16 h 0 +++ +++
C. botulinum 12 - 36 h 0 botulisme 0
________________________________________________________________________
___

Entéro- ETEC EPEC 16 - 36 h 0 occasionnels ++


pathogènes EHEC V cholerae
non invasifs C jejuni
Entéroinvasifs Shigella EIEC 12 - 72 h 0 +++ +++
Salmonella
Yersinia
___________________________________________________________________

Escherichia coli
entéro-hémorragique avec selles
C'est une des espèces bactériennes les hémorragiques après 48 heures dues à
plus souvent rencontrées en pathologie une colite ischémique aiguë. C’est une
humaine. Dans la flore digestive, il existe complication grave chez l'enfant. On
souvent au moins une dizaine de rencontre parfois, au décours de
souches différentes de Escherichia coli. l'épisode diarrhéique, apparition d'un
La plupart sont commensales, mais syndrome hémolytique urémique
certaines souches possèdent des (insuffisance rénale aiguë, thrombopénie,
facteurs de virulence qui leur permettent anémie hémolytique). L’évolution est
de déclencher des diarrhées. habituellement favorable.

Les diarrhées à E. coli


E. coli est une cause majeure de diarrhée
aiguë dans le monde. La diarrhée peut
revêtir deux aspects principaux : (1) un
syndrome cholérique : diarrhée profuse,
aqueuse, sans fièvre avec souvent
vomissement (gastro-entérite durant
quelques jours). Chez l'adulte, c'est la
classique "turista". ; (2) un syndrome
dysentérique : fièvre, douleurs Pili de E coli
abdominales violentes, crampes,
ténesme, diarrhée glaireuse muco-
sanglante, parfois hémorragique.
L’évolution est en règle générale
favorable après réhydratation et,
éventuellement, traitement antibiotique ;
(3) une complication particulière: la colite
35

Physiopathologie des diarrhées à E .


coli
Les entérites à E. coli sont dues à
différents pathovars :

E. coli entéropathogènes (EPEC)

Les EPEC tapissent la muqueuse du


duodéno-jéjunum sans l'envahir. Les
bactéries adhèrent étroitement aux
entérocytes par des adhésines non E coli effaçant les microvillosités des entérocytes
des villosités intestinales
fibrillaires, et entraînent un effacement de
la bordure en brosse sans pénétration
des bactéries dans les cellules. Des
micro-colonies adhérentes sont au
contact des entérocytes. La diarrhée
pourrait être due, d'une part à
l'effacement de la bordure en brosse qui
entraîne des troubles d'absorption des
électrolytes, et d'autre part à la
production d'une toxine de type
"Vérotoxine" apparentée à la vérotoxine
de Shiga (SLT1).

Les E. coli entérotoxinogènes (ETEC) Villosités intestinales normales


Les ETEC sont responsables de diarrhée
aiguë chez les enfants de moins de 2 E. coli entéroinvasifs (EIEC)
ans, et de "turista". Ils donnent des
syndromes cholériformes comme les Ces souches sont responsables de
EPEC. Les ETEC adhèrent aux cellules syndromes diarrhéiques avec diarrhée
de la muqueuse intestinale sans l'envahir fébrile, muco-sanglante. Elles sont très
par des pili (colonization factor antigen proches des shigelles et le mécanisme de
CFA). Ils déclenchent la diarrhée par la la virulence est quasiment identique à
production de toxines de type LT celui des shigelles, avec invasion par les
apparentées à la toxine cholérique. La cellules M des entérocytes, multiplication
toxine LT active l'adénylcyclase cellulaire dans les entérocytes et atteinte de la
entraînant l'accumulation d'AMP cyclique lamina propria.
intracellulaire et une fuite hydro-
électrolytique, diminuant l'absorption du E. coli entérohémorragiques (EHEC)
sodium et du chlore, et donc d'eau.
Certaines souches appartenant en
particulier au sérogroupe 0157 H7 sont à
l'origine de diarrhée hémorragique, sans
pus, survenant après ingestion d'aliments
souillés. Il s'agit de colites ischémiques
aiguës pouvant se compliquer de
syndrome hémolytique urémique. Ces
souches semblent produire en très

35
36

grande quantité une Vérotoxine de type Diagnostic des diarrhées à E . coli


SLT-1 apparentée à la "Shiga toxin", qui
serait responsable de lésions E. coli est une entérobactérie : bacille
endothéliales sur les capillaires de la Gram -, oxydase -, aéro-anaérobie,
muqueuse intestinale et rénale. cultivant sur milieux ordinaires, fermen-
tant le glucose avec production de gaz,
Epidémiologie des diarrhées à E . coli possédant une nitrate réductase.

Les EPEC induisent des cas de diarrhées Prélèvements


sporadiques dans les pays occidentaux et
sont responsables de grandes épidémies Les souches de E coli sont recherchées
dans les pays en voie de développement. dans les selles diarrhéiques par
Les EIEC et les ETEC sont surtout coproculture. La flore digestive normale
rencontrés dans le Tiers-Monde, et ne contient de nombreuses souches non
sont pratiquement jamais observés dans pathogènes de E. coli. Il faut donc
les pays occidentaux. Les souches de distinguer les différents pathovars qui
EHEC, incluant E. coli 0157:H7, sont prédominants parmi ces souches
représente actuellement dans les pays commensales.
occidentaux une cause majeure de
diarrhée hémorragique parfois associée à Isolement et identification
un syndrome hémolytique urémique.
C'est la cause la plus fréquente Les selles sont cultivées sur milieux des
d'insuffisance rénale aiguë chez l'enfant. milieux sélectifs (contenant des
Inconnue chez l’homme avant 1982, E. antiseptiques) pour les entérobactéries
coli 0157:H7 est responsable de type Salmonelle-Shigelle (SS) ou
nombreuses épidémies liées à la Drigalski. Après incubation à 37°C, les
consommation de certains aliments mal colonies de E. soli apparaissent en 24 h :
cuits au Canada, en Afrique, au colonies smooth S , de 2 à 3 mm de
Royaume-Uni, en Allemagne, et au diamètre.
Japon. C’est un commensal de la flore - Ces colonies présentent les caractères
digestive des bovins (1 % de portage des entérobactéries : bacille Gram -,
fécal) qui contamine certains aliments oxydase -, aéro-anaérobie, cultivant sur
d'origine animale ou végétale. Cette milieux ordinaires, fermentant le glucose
bactérie peut croître à 4 °C, et est avec production de gaz, possédant une
résistante à l'acidité gastrique (acido- nitrate réductase.
tolérant) et à des températures de près - Les bactéries fermentent le glucose et
60°C. Les épidémies sont dues lactose avec gaz et sont indole + .
notamment à la consommation
d'hamburgers mal cuits, avec souvent Le diagnostic de pathovar repose sur
des diarrhées hémo-rragiques l’étude des colonies de E. coli ( 5-6
compliquées dans 10 à 20 % des cas par colonies) à partir du milieu d’isolement.
un syndrome hémolytique urémique.
L'incidence en France reste faible - Les souches de EPEC possèdent
(1/100000 habitants). Outre E. coli certains sérotypes et capsulaires
0157:H7, d'autres sérogroupes de E. coli particuliers. Les plus fréquents sont les
peuvent être sporadiquement rencontrés O26 K60, O55 K59, O86 K61… Les
(O26:H11, O111:NM...). colonies sont sérotypées par
agglutination directe des colonies à l’aide
de sérums de référence (environ 10
sérums).
36
37

- Les souches de ETEC sont identifiées ticémiques strictement humaines, dues


en mettant en évidence des pili CFA à un nombre limité de sérotypes de
avec un sérum anti-CFA et de la salmonelles : Salmonella typhi, Salmo-
production de toxines LT ou ST : la toxine nella paratyphi A, B et C. Après inges-
LT, avec des sérums spécifiques anti-LT tion d'eau ou d'aliments contaminés, le
par test ELISA ; les toxines ST, par un début clinique survenant après une
test de toxicité sur souriceau nouveau-né incubation de 8 à 15 jours, est progressif,
après ingestion orale. marqué pendant les 7 premiers jours
- Les souches de EIEC sont identifiés (1ersepténaire) par une fièvre qui s'élève
par leurs caractères biochimiques qui les progressivement, des céphalées, épis-
font ressembler aux shigelles (fermen- taxis, vomissements et constipation.
tation du glucose sans gaz, et présence L'examen clinique montre l'existence d'un
d’antigènes O communs avec les pouls lent et d'une splénomégalie avec
shigelles) et par la mise en évidence par leucopénie. C'est une fièvre leuco-
aggutination de certains sérogroupe O péniante. A la phase d'état (2ème sep-
(O157 H7 est le plus fréquent ). Ces ténaire), le malade présente un syn-
souches induisent une kérato- drome fébrile à 39°-40°C, avec confusion
conjonctivite dans l’œil de cobaye (test de mentale (tuphos), avec parfois des
Sérény) et envahissent les cellules HeLa localisations cutanées métastatiques
in vitro. (tâches rosées) et des métastases, en
particulier à l’endocarde ou au système
Traitement des diarrhées à E . coli nerveux central (méningo-encéphalite).
La fièvre typhoïde n’entraîne pas de
Ces diarrhées à E coli sont traitées par diarrhée. Des complications graves
réhydratation. Un traitement antibiotique peuvent survenir : perforation digestive,
peut être nécessaire pour les souches hémorragie digestive. Dans un certain
entéroinvasives. On utilise habituellement nombre de cas, sans traitement, la
l'ampicilline ou le triméthoprime- guérison pouvait survenir après 3
sulfamétoxazole ( Bactrim) en général semaines. Le traitement antibiotique a
pendant une semaine . transformé le pronostic.

Les salmonelles

Les salmonelles sont des entérobactéries


virulentes à tropisme digestif, pathogènes
pour l'homme et pour de nombreux
animaux vertébrés. Certains sérotypes
sont très virulents et pathogènes pour
une seule espèce animale ou pour
l’homme.

Les salmonelloses.

Les salmonelles sont responsables de 2


types d'infection humaine :
Salmonella intracellulaires
Fièvres typhoïdes et paratyphoïdes

Les fièvres typhoïdes et para-


typhoïdes sont des infections sep-
37
38

Les toxi-infections alimentaires nucléaires neutrophiles produisant loca-


lement des prostaglandines. Ces toxines
Les salmonelles sont une des causes et les prostaglandines entraînent en effet
principales des toxi-infections une perte d'eau par les entérocytes et
alimentaires (Salmonella enterica séro- une malabsorption du sodium.
types Typhimurium, Enteritidis, Dublin,
Wien ... ). Il s'agit d'une maladie diarrhéi- Epidémiologie des salmonelloses
que, survenant après une incubation
courte de 12 à 24 heures suivant l'inges- Les sérotypes responsables de la fièvre
tion d'eau ou d'aliments contaminés. typhoïde sont transmis par l’eau
C'est une gastro-entérite fébrile, 38-39°C, contaminée par les selles de patients ou
avec vomissements et diarrhée banale. de porteurs sains (S enterica sérotype
La guérison survient habituel-lement Typhi, Paratyphi A, B, C…). La maladie
rapidement. La gravité de cette infection est rare en France et dans les pays
est surtout liée à l'importance de la occidentaux du fait de l’assainissement
déshydratation qu'elle peut entraîner des réseaux d’eau potable. Elle reste
chez le nourrisson et le vieillard. fréquente dans le Tiers-Monde avec une
mortalité élevée (30 millions de cas
La physiopathologie et épidémiologie déclarés et 580 000 morts/ an d’après
des salmonelloses. l’OMS).
Les salmonelles non-typhiques
Après ingestion d’une faible dose contaminent fréquemment les animaux
infectant (< 105 bactéries), les bactéries d’élevage et sont à l’origine de
vont pendant l'incubation pénétrer nombreuses épizooties. De nombreux
l'épithélium intestinal en traversant les sérotypes de Salmonella enterica sont à
entérocytes par transcytose pour l'origine de toxi-infections alimentaires
atteindre la lamina propria où elles chez l'homme après ingestion d'aliments
induisent une réaction inflammatoire contaminés. Certains sérotypes ont
intense avec afflux de monocytes dans le récemment émergé du fait de leur
cas de S. typhi, ou de polynucléaires remarquable capacité d'adaptation à des
dans le cas des salmonelloses de toxi- environnements hostiles au cours du
infections alimentaires. Les bactéries processing des aliments. Salmonella
atteignent la lamina propria sans enterica sérotype Enteritidis est un
multiplication dans les entérocytes, et pathogène émergent à partir de 1985 aux
sont phagocytées par les polynucléaires États-Unis et en Angleterre. La conta-
neutrophiles qui les détruisent dans le mination humaine se fait par l'inte-
cas des salmonelles des toxi-infections, rmédiaire des œufs de volaille conta-
ou se multiplient dans les monocytes minés sur leur coquille ou à l'intérieur
dans le cas de S. typhi, pouvant ainsi même des œufs au cours de leur
disséminer dans le sang, après passage formation dans l'oviduct. De très
par voie lymphatique. nombreuses épidémies dues à cette
La fièvre typhoïde est donc une septi- bactérie ont été observés dans la plupart
cémie à point de départ intestinal, alors des pays développés. De même, des
que les bactéries des toxi-infections souches de Salmonella enterica sérotype
alimentaires restent confinées à la lamina Typhimurium appartenant à un clone
propria du tube digestif. Dans le cas des DT104 ont émergé à partir de 1990 au
toxi-infections alimentaires, la diarrhée Royaume-Uni et sont devenues actuel-
est due à la production de toxines LT lement une cause majeure de salmo-
(thermolabile), de cytotoxines et à la nelloses humaines. Près de 90 % des
réaction inflammatoire intense à poly- souches sont résistantes à l'ampicilline,
38
39

au chloramphénicol, à la streptomycine, Isolement et identification


aux sulfamides et à la tétracycline, et un
taux estimé à 30 % des souches Les salmonelles sont faciles à isoler sur
expriment aussi une résistance à la un milieu sélectif type Salmonelle-
ciprofloxacine et au triméthoprime. Shigelle (SS), milieux additionnés de
L'émergence de ces souches multi- lactose avec des sels de fer et des
résistantes est la résultante directe de antiseptiques. Ces milieux, qui inhibent la
l'utilisation massive d'antibiotiques chez flore à Gram positif, permettent d'isoler
les animaux. les salmonelles sous forme de colonies
H2 S+ , lactose -. Les milieux liquides
Diagnostic des salmonelloses. d'enrichissement (type Muëller-Kauff-
mann) sont utilisés systématiquement. Ce
Prélèvements sont des milieux à la bile et au vert brillant
qui permettent la croissance sélective en
Le diagnostic bactériologique d'une milieu liquide des salmonelles. Ces
infection à salmonelle est assez facile, milieux sont ensuite repiqués sur milieu
reposant sur l'isolement du germe à partir sélectif d'isolement de type SS.
des selles et , pour les fièvres typhoïdes,
à partir des hémocultures et par
sérodiagnostic. Pour les hémocultures,
plusieurs prélèvements de sang sont
réalisés chez les malades soupçonnés de
fièvre typhoïde (3 à 5 hémocultures en
quelques heures), de préférence au
moment de variation brutale de
température (ascension ou chute). Le
sang est prélevé sur un bouillon ordinaire
ou enrichi, en respectant la proportion de
10 % de sang en concentration finale.
Les hémocultures sont généralement Colonies noires de Salmonella (production
positives en 1 à 3 jours à 37°C. H2S) et de E coli sur milieu sélectif de
Les coprocultures sont réalisés à partir Drigalski.
des selles non diarrhéiques pour la fièvre
typhoïde ou diarrhéiques dans les salmo- Les colonies de salmonelles sont lisses,
nelloses non-typhiques. de type smooth S, à bord régulier, de 2 à
3 mm, en 24 heures à 37°C. Sur milieu
L’examen microscopique des selles SS, les colonies apparaissent lactose -,
H2S +, urée -, indole -. Les salmonelles
A la phase aiguë de la salmonellose, les sont des bacilles à Gram négatif
salmonelles sont très abondantes dans appartenant au groupe des entéro-
les 107 à 109/ mL. L’examen micros- bactéries : oxydase -, aéro-anaérobie-,
copique de la selle montre une nette poussant facilement sur milieux
prédominance de bacilles à Gram négatif ordinaires, fermentant le glucose, et
de 2 à 3 µ de long et 0,6 µ de large, possédant une nitrate réductase. Il
mobiles, avec une réaction inflammatoire n’existe qu’une seule espèce de
à polynucléaires avec présence d'héma- salmonelle : Salmonella enterica.
ties.

39
40

Identification antigénique précoce des anticorps anti-O (titre : 1


/200-400) et anti-H au 10-12ème jour (1
Les souches de salmonelle sont /800-1600), un pic à 1-2 mois, puis des
systématiquement sérotypées. Les anti- taux résiduels pendant plusieurs mois ou
gènes O (lipopolysaccharide ou LPS ) années.
correspondent à un certain nombre de
déterminants antigéniques O1, 2, 3, 4, 5, Traitement
6, 7, 8, 9. Ils permettent de classer les
salmonelles en différents groupes en Le traitement des fièvres typhoïdes est
fonction de déterminants antigéniques de avant tout basé sur une antibiothérapie à
la chaîne latérale du LPS. Les antigènes doses progressives (amoxicilline, trimé-
d'enveloppe Vi sont une mince couche de thoprime-sulfaméthoxazole, chloramphé-
glycolipides qui recouvrent le LPS chez nicol…). Le traitement des salmonelloses
certaines espèces de salmonelles ( S. non-typhiques est basé sur la
typhi ). Les antigènes H sont des réhydratation et une antibiothérapie
protéines flagellaires correspondant aux adapté (le plus souvent amoxicilline, ou
cils des salmonelles. La flagelline existe triméthoprime-sulfaméthoxazole…) . Le
sous 2 formes antigéniques appelées traitement préventif est basé sur
phase 1 et 2 et avec des sérums de l'utilisation d'un vaccin anti-Salmonella
référence. Il est donc possible de typhi en utilisant l'antigène Vi (Typhim).
sérotyper les souches isolées et Utilisé par voie sous-cutanée, il donne
d’identifier le sérotype O et H des une bonne protection contre la fièvre
salmonelles selon la classification de typhoïde.
Kauffmann et White. Salmonella enterica
comprend plus 2200 sérotypes (ou Les Shigelles
sérovar) , dont seulement 4 sérotypes
responsables de la typhoïde (S. enterica Les shigelles sont des entérobactéries à
sérovar Typhi, S. enterica sérovar tropisme exclusivement digestif, très
Paratyphi A, B et C), et une dizaine de proches de Escherichia coli . Ces
sérotypes prédominants responsables en bactéries envahissent la muqueuse
France de gastro-entérites (S. enterica colique, déclenchant des entérites
serovar Typhimurium ou enteritidis...). inflammatoires fébriles dans le monde
entier. Les shigelles sont des bactéries
Sensibilité aux antibiotiques strictement humaine. Il existe 4 espèces :
Shigella dysenreriae, responsable de la
Les souches de salmonelles non- dysenterie bacillaire, Shigella sonnei,
typhiques peuvent être multirésistantes Shigella flexneri, Shigella boydii. Dans les
aux antibiotiques (Salmonella enterica pays développés, on ne rencontre que S.
sérotype Typhimurium DT104…). Les sonnei et S. flexneri. La gravité de cette
souches de S enterica sérovar Typhi et infection est liée à la déshydratation
apparentés sont en général sensibles aux qu'elle provoque, nécessitant une anti-
antibiotiques. biothérapie et une réhydratation d'urgen-
Sérodiagnostic des salmonelles ce.

Le sérodiagnostic de Widal et Félix est Les diarrhées à shigelles


surtout utile au diagnostic des fièvres
typhoïdes. Il permet la recherche La dysenterie bacillaire
d’anticorps anti-O et anti-H des sérovars La dysenterie bacillaire est due à Shigella
Typhi , Paratyphi A B C. La cinétique de dysenreriae . Après une incuba-tion
ces anticorps est typique : apparition courte (quelques heures à 3 jours), le
40
41

début est brutal avec fièvre, douleurs codant pour des protéines d'enveloppe
abdominales, diarrhée après 2 jours. le externe permettent aux bactéries de
syndrome dysentérique associe cram- pénétrer dans les entérocytes par la face
pes, ténesme, et diarrhée muco- baso-latérale des entérocytes. Les
sanglante afécale, fièvre à 39°-40°C, bactéries échappent de la vacuole de
déshydratation. A la sigmoïdoscopie, la phagocytose et se multiplient dans le
muqueuse est œdémateuse, avec une cytoplasme. Elles peuvent produire une
inflammation intense et des ulcérations toxine proche de la toxine cholérique
par décollement de l'épithélium colique. (vérotoxine).

Les entérites infectieuses Epidémiologie des à shigelloses

Les infections à S. sonnei, S. flexneri, S. Les shigelles sont des bactéries


boydii donnent un tableau de gastro- strictement humaine transmise à partir
entérite proche des toxi-infections des selles des patients et des objets ou
alimentaires à salmonelles. Cette maladie aliments contaminés (péril fécal). Les
beaucoup moins sévère avec souvent sérotypes S dysenteriae et S flexneri
une simple diarrhée aqueuse fébrile est sont rencontrés exclusivement dans le
de bon pronostic. Tiers-Monde, alors que S boydii et S
sonnei peuvent se rencontrer dans les
Physiopathologie des shigelloses pays occidentaux. Environ 250 millions
de cas de shigelloses sont déclarés
Les shigelles sont des bactéries annuellement avec 775000 morts,
résistantes à l'acidité gastrique (4 heures d’après l’OMS
dans l'estomac). La dose infectante est
très faible, inférieure à 103 bactéries . Diagnostic des diarrhées à shigelles
Les bactéries colonisent l'iléon terminal et
le côlon. La shigellose est une maladie Les shigelles sont des entérobactéries à
localisée au côlon. Les bactéries tropisme exclusivement digestif. Les
traversent les cellules M pour envahir les bactéries doivent donc être retrouvées
entérocytes où elles se multiplient. Après exclusivement dans les selles.
lyse cellulaire, elles atteignent la lamina
propria où elles déclenchent une réaction Prélèvements
inflammatoire intense à polynucléaires. On recherche les shigelles par
Les polynucléaires vont habituellement coprocultures dans les selles
détruire les bactéries dans la lamina diarrhéiques afécales muco-sanglantes.
propria et on n'observe habituellement Les bactéries peuvent parfois être isolées
pas de dissémination sanguine. Des par hémoculture (<10%) chez des
polynucléaires peuvent traverser patients malnutris en zone d’endémie.
l'épithélium et se retrouver ainsi
massivement dans la lumière intestinale, L’examen microscopique des selles
donnant des selles afécales avec
présence de nombreux polynucléaires. L’examen microscopique des selles
Les facteurs de virulence des shigelles révèle la présence de bacilles Gram
sont portés par un plasmide qui code négatif immobiles ( à l’état frais) associés
pour des gènes responsables de à de nombreux polynucléaires et à des
l'invasivité des bactéries et de la hématies.
croissance intracellulaire. Des gènes

41
42

Sensibilité aux antibiotiques

Les shigelles sont sensibles à tous les


antibiotiques, mais on peut rencontrer
des porteuses de plasmides codant pour
4 ou 5 résistances.

Traitement des shigelloses

Les shigelloses sont traitées par


réhydratation et antibiothérapie (am-
Polynucléaires dans les selles de diarrhée à picilline,cotrimoxazole…).La prophylaxie
Shigella
des shigelloses est la prévention du péril
oro-fécal (hygiène de l'eau et des mains).
Isolement et identification

Les selles sont mises en culture sur


Campylobacter jejuni
milieux sélectifs ( milieux de Drigalski et
SS...). Les colonies apparaissent en 24
Les campylobactérioses sont des
heures, de 2 à 3 mm de type S (smooth),
zoonoses mondialement répandues chez
à bords réguliers. Les shigelles sont des
nombreux animaux domestiques et
entérobactéries : bacilles à Gram négatif,
sauvages. Ce sont des bactéries à Gram
aéro-anaérobies, cultivant sur milieu
négatif, incurvées, microaérophiles,
ordinaire, fermentant le glucose sanguin,
nécessitant des conditions de culture
oxydase -, nitrate réductase +. Les
particulières. L'espèce principale est
shigelles sont immobiles, agazogènes,
Campylobacter jejuni.
fermentent le glucose, pas le lactose et
sont uréase -. H2S -.
Campylobactérioses
Identification antigénique
La plupart des infections humaines sont
dues à l’espèce C. jejuni qui est une des
On distingue les 4 espèces : S.
causes majeures de diarrhée dans le
dysenteriae, S. flexneri, S. boydii, S.
monde entier, en particulier chez le jeune
sonnei par leurs caractères antigéniques:
enfant. Après une incubation de 1 à 4
(1) S. dysenteriae appartient au séro-
jours après l'absorption d'aliments ou
groupe A comprenant 10 sérotypes.
d'eau contaminés, la maladie associe un
(2) S. flexneri appartient au sérogroupe
malaise, des douleurs abdominales, une
B comprenant 6 sérotypes.
fièvre peu importante et une diarrhée
(3) S. boydii appartient au sérogroupe C
aqueuse, parfois associée avec la
comprenant 15 sérotypes.
présence de pus dans les selles. La
(4) S. sonnei appartient au sérogroupe D
diarrhée dure quelques jours et régresse
comprenant 1 seul sérotype.
spontanément en l'absence de
traitement. Le pronostic ne dépend que
Le sérodiagnostic (recherche d'anticorps
de la réhydratation du patient. Les
spécifiques) n'a qu'un intérêt épidémio-
infections à Campylobacter (1,5 / 1000
logique.
infections) s'accompagnent d'une
dissémination sanguine avec diarrhée
chronique chez les personnes fragiles
aux défenses affaiblies (femmes
enceintes, nourrissons, vieillards, Immu-
42
43

nodéprimés...). Rarement, un syndrome lets porteurs éliminent dans leurs selles


de Guillain-Barré peut survenir 2 à 3 des taux très élevés de l'ordre de 109
semaines après la diarrhée avec des bactéries / g de selle sans aucun
paralysies transitoires des membres symptôme. Les bactéries répandues dans
surtout chez l'enfant, de bon pronostic. l'environnement, notamment au cours de
l'abattage, vont fréquemment infecter les
Physiopathologie des carcasses.
Campylobactérioses
Diagnostic bactériologique des
On sait peu de chose des mécanismes diarrhées à Campylobacter
de la diarrhée à Campylobacter. La dose
infectante ingérée avec les aliments Prélèvements
contaminés est faible ( environ 1000
bactéries). C. jejuni est un pathogène Les Campylobacter sont retrouvés quasi
extracellulaire adhérant aux micro- exclusivement dans les selles des
villosités et produit des entérotoxines patients (coproculture).
déclenchant la diarrhée. Certaines
souches pourraient être invasives. L'examen microscopique des selles

Epidémiologie des L'examen microscopique des selles


Campylobactérioses fraîches permet de suspecter le
diagnostic par la présence de bactéries
Les campylobactérioses sont des très mobiles et incurvées. Les bactéries
zoonoses répandues dans le monde sont des bacilles à Gram négatif en
entier, atteignant de nombreux animaux virgule ou en hélice, parfois associées à
domestiques ( bétail, chats, chiens…) et la présence de pus, de polynucléaires et
chez l'homme de toxi-infections de sang dans les selles.
alimentaires habituellement bénignes. À
partir du début des années 1980, C. jejuni
a été reconnu comme une cause majeure
d'infection digestive. Ce germe serait
responsable de 4 millions de cas annuels
aux États-Unis, avec certaines
complications post-infectieuses comme le
syndrome de Guillain-Barré. En France,
ce pathogène est la première causes de
diarrhées aiguës d'origine alimentaire. La
plupart des cas humains sont liés à
l'absorption d'aliments contaminés et
insuffisamment cuits. De rares cas sont
liées à un contact direct avec des
animaux de compagnie (chiens ou chats)
ou du bétail. Le taux de portage dans
les selles de la population est inférieur à C jejuni au microscope électronique
1 % dans les pays industrialisés. L'origine
des contami-nations alimentaires est les Isolement et identification
excréta des animaux porteurs de souches
de Campylobacter. Beaucoup d'animaux Les Campylobacter sont des bactéries
d'élevage sont contaminés de façon difficiles à cultiver car microaérophiles,
asymptomatique. Par exemple, les pou- capables de croître uniquement en
43
44

atmosphère d’azote , d’ oxygène à 5 % et épigastriques et abdominales et des


de C02 de 10 %. L’isolement en culture vomissements en fusée. A la phase
nécessite l’utilisation de milieux de culture d'état , la diarrhée aqueuse devient
sélectifs additionnés d’antibio-tiques incoercible, avec des grains riziformes et
(vancomycine, polymyxine et tri- débris de muqueuse. Ceci entraîne une
méthoprime), incubés à 42°C , tempé- déshydratation aiguë, avec voix rauque,
rature permissive pour Campylobacter et yeux exorbités, cyanose, asthénie
inhibant les entérobactéries. profonde, crampes, amaigrissement
extrême, et hypothermie (température à
Antibiogramme 35-36°C). En l’absence de traitement,
cette déshydratation est souvent à
Les souches de Campylobacter restent l’origine d’un collapsus cardio-vasculaire
sensibles à la plupart des antibiotiques et avec acidose et insuffisance rénale.
le traitement de choix est l'érythromycine Cependant, on sait que l’infection par V
avec, comme alternative chez l'adulte les cholerae est la plupart du temps
nouvelles quinolones (ciprofloxacine). totalement asymptomatique ( près de
Des taux de résistance de l'ordre de 5 % 90% des cas), avec élimination des
sont rapportés pour l'érythromycine et le bactéries dans les selles pendant
taux de résistance pour les fluoroqui- plusieurs jours. Le spectre de la maladie
nolones augmente. va de la diarrhée banale ( environ 10%
des sujets infectés) et au choléra sévère (
Traitement environ 1% des infectés). La mortalité
sans réhydratation atteignait autrefois
Le traitement associe des antibiotiques parfois 50 %. La réhydratation correcte-
tels que l'érythromycine ou la tétracycline, ment menée fait tomber le taux de
et la réhydratation orale. mortalité à moins de 1%.

La physiopathologie du choléra

Vibrio cholerae Les vibrions sont absorbés par voie orale


avec l’eau de boisson ou les aliments, ou
Le choléra est une maladie infectieuse même après contact direct avec des
strictement humaine due à un bacille patients ou des porteurs sains. L’acidité
Gram négatif en virgule, Vibrio cholerae gastrique protège partiellement en
ou vibrion cholérique. V cholerae a un réduisant considérablement le nombre de
tropisme exclusivement digestif. C’est bactéries accédant au duodéno-jéjunum.
une bactérie très contagieuse respon- Les bactéries se multiplient alors dans la
sable d’épidémies dans le monde entier lumière de l'intestin grêle et traversent la
(pandémies). couche de mucus tapissant la muqueuse
intestinale grâce à leur mobilité conférée
Le choléra par un flagelle unique et à une mucinase.

Le choléra est une maladie strictement Les bactéries adhèrent intimement à la


humaine entraînant une diarrhée avec bordure en brosse des entérocytes par
une déshydratation aiguë. Dans sa forme des pili de type IV. Le syndrome dia-
grave typique ( choléra sévère), après rrhéique est dû à la sécrétion in situ d'une
une courte incubation (quelques heures à exotoxine protéique qui entraîne une fuite
5 jours), la maladie débute par une d'eau et d'électrolytes. Cette toxine est
diarrhée fécaloïde, puis aqueuse sans une protéine thermolabile composée d’
fièvre, associée à des douleurs violentes une sous-unité H ( ou A) de 28 kDa et de
44
45

5 sous-unités L ( ou B) de 8 kDa. découverte du vibrion cholérique à la fin


L'exotoxine se fixe par ses sous-unités L du 19ème siècle, les souches de V.
au ganglioside GM1, récepteur cholerae à l’origine des pandémies
glycolipidique de la membrane des appartenaient au sérovar O1 biovar
entérocytes. La sous-unité H est une pro- Cholerae (dit classique). En 1961, a
enzyme avec activité ADP-ribosylase émergé une nouvelle souche O1
révélée par protéolyse. Cette ADP- présentant des caractères biochimiques
ribosylase libérée dans le cytoplasme particuliers définissant un nouveau
active l'adénylcyclase des entérocytes en biovar dit Eltor. C’est cette souche qui fut
bloquant la sous-unité α de la protéine Gs à l'origine de la 7ème pandémie partie
qui normalement inhibe cette enzy-me. des îles Célèbes en Indonésie et qui se
Ceci induit une augmentation de l'AMPc propagea dans l’ensemble du Tiers-
intracellulaire, et provoque l'excrétion Monde où elle sévit encore aujourd'hui .
anormale d'ions sodium et la fuite La pandémie a atteint en 1961 l'Afrique
hydrique. où le choléra n'était pas connu, puis
Les gènes codant pour la toxine l'Amérique latine en 1991 où cette
cholérique et pour les pili sont codés par maladie avait disparu depuis 1897. A
des phages filamenteux, CTX Ø et VPI Ø partir du Pérou, la maladie a frappé la
formant des îlots de pathogénicité. Le plupart des pays latino-américains en
LPS jouerait aussi un rôle dans la quelques mois faisant plusieurs centaines
colonisation de l'épithélium intestinal et de milliers de victimes. Comme dans
dans la pathogénie de la maladie .Le LPS beaucoup d'autres pays en voie de
est un antigène protecteur majeur développement d'Asie et d'Afrique, le
induisant l'apparition d'anticorps vibrio- choléra s'est installé à l'état endémique
cides protecteurs. en Amérique latine, où il sévit
actuellement de façon saisonnière.
Immunité contre le choléra En 1992 , une nouvelle souche épidé-
mique inconnue jusque-là est apparue en
L’immunité contre V. cholerae est Inde et au Bangladesh. Cette souche très
humorale et de courte durée ( 2 à 3 ans). contagieuse s’apparentait au biovar Eltor
En zone d'endémie, les enfants paient un et portait un LPS inconnu dit O139.
lourd tribu à la maladie, alors que les Depuis la souche persiste à l’état
adultes sont relativement épargnés du fait endémique dans ces 2 pays et déclenche
de contaminations itératives qui leur des bouffées épidémiques pour le
confèrent une immunité parfois abrogée moment limitées à cette région du
par la malnutrition. monde. Son extension pourrait signifier le
début d’une huitième pandémie.
Epidémiologie du choléra.
Habitat
Les sept pandémie de choléra
V. cholerae est une bactérie saprophyte
Depuis le début du 19 ème
siècle, où les retrouvée dans l’environnement , parti-
moyens de communication par voie culièrement dans les eaux saumâtres des
maritime se sont considérablement estuaires, les lits des fleuves et au
accélérés, sept pandémies se sont contact du zooplancton (copépodes), des
succédées jusqu'à nos jours. A partir de algues marines et des plantes
1817, les six premières pandémies sont aquatiques. La bactérie peut contaminer
parties de foyers endémiques les fruits de mer et l’ intestin des
permanents d'Asie (delta du Gange, poissons. Elle survit pendant 50 jours
Bangladesh, Asie du Sud-Est). Depuis la dans l'eau de mer à 5-10°C, 10-12 jours à
45
46

30-32°C, expliquant son existence V. cholerae est un bacille à Gram négatif


saprophyte et sa persistance limitée aux dont le génome comprend 3855 gènes
zones intertropicales. Au cours du répartis sur 2 chromosomes de 2965 kb
choléra, V. cholerae est éliminé en et de 1073 kb (qui serait un méga-
général pendant 5-10 jours, souvent en plasmide). Ce bacille à Gram négatif à l’
très fortes quantités (109 bactéries / mL) aspect particulier en virgule (comma) est
dans les selles aqueuses très très mobile avec un cil polaire
abondantes des patients (parfois 10-20 L (monotriche).
/ jour). Les porteurs sains sont très
nombreux au cours des épidémies et sont
un important vecteur de propa-gation du
choléra. Ils sont en effet contagieux, bien
qu’ éliminant des quan-tités beaucoup
plus faibles de bactéries pendant 1-7
jours (rarement jusqu’à 40 jours).

Transmission

V. cholerae est transmis par voie orale


par les aliments et l'eau de boisson
contaminés. La dose infectante est V cholerae au microscope électronique
élevée chez les personnes sans facteur
de risque, notamment du fait du filtre très Prélèvements
acide de l’estomac. Des doses de 108 et
Chez les patients cholériques, V cholerae
de 1011bactéries entraîne respecti- est mis en évidence presqu’ exclu-
vement une diarrhée banale chez 50 % sivement dans les selles aqueuses
et un choléra grave chez 100% des (coproculture) , parfois sur la peau, mais
sujets. En présence de bicarbonate de jamais dans le sang ou les urines ou tout
soude ou avec des aliments, des doses autre prélèvement.
de 103-104 induit une diarrhée banale et
une dose de 108 bactéries une diarrhée Examen microscopique des selles
cholériforme. En zone d’endémie, le
risque vient de l’eau stagnante conte- Au cours du choléra, les vibrions sont
nant des matières organiques et visibles dans les selles aqueuses des
massivement polluée (égouts, fèces) et patients comme des bactéries en virgule,
de la contamination des mains qui est à très nombreuses et très mobiles à l’état
l’origine avec l’eau de la contamination de frais, à Gram négatif. .
la nourriture. Certains aliments (en
particulier alcalins) sont fréquemment Isolement et identification
contaminés par V. cholerae. (légumes
frais, riz, millet, fruits de mer…). Le Chez les patients cholériques, V.
choléra est une maladie des mains sales. cholerae est facilement isolé en culture
La cuisson de l’eau et des aliments est presque pure sur géloses ordinaires ou
une protection simple et efficace de la alcalines (pH 9,6) ou sur certains milieux
propagation de la maladie. sélectif type TCBS incubés à 37°C. Les
colonies apparaissent très rapidement en
Diagnostic bactériologique du choléra 8h à 10h, de 2-3 mm , transparentes.
Chez les sujets porteurs sains ou avec
simple diarrhée, il convient d’utiliser des
46
47

milieux d’enrichissement type eau Sérovars de V cholerae.


peptonée alcaline hypersalée repiqués
régulièrement sur gélose, ce qui permet Les souches épidémiques de V. cholerae
d’isoler les germes en faible quantité appartiennent uniquement aux sérovars
dans les selles. O1 et O139. Les souches dites non-O1-
non-O139 proviennent de l’environ-
nement et sont rarement à l’origine de
cas sporadiques de diarrhée banale sans
potentiel épidémique dans le monde
entier.

Traitement

Le traitement du choléra est basé sur la


réhydratation des patients ( intra-veineux
ou sels de réhydratation oraux).
L’antibiothérapie est associée. Il existe
Colonies transparentes de V cholerae des vaccins inactivés ou vivant qui
confèrent un protection loin d’être
V. cholerae est une bactérie oxydase complète
positive, aéro-anaérobie, capable de
respirer et de fermenter les sucres sans
production de gaz (glucose, D-
saccharose, D-mannose, D-mannitol ,
lactose). Les bactéries croissent à la
température optimale de 30-37°C,
tolérent 1-3% de NaCl (halotolérance) , à
un pH de 7 et 10 ( la multiplication est
inhibée à pH acide ≤ 6 ).
V. cholerae sécrète de nombreuses
enzymes (lécithinase, lipase, amylase) et
produit certains enzymes métaboliques (
l’ornithine décarboxylase : ODC+), mais
ne produit pas de lysine décarboxylase
(LDC), d’adénosine dihydrolase (ADH),
d’uréase ni de H2S. certains biovars
(Eltor) produisent une hémolysine mis en
évidence avec du sang de mouton lavé
(5%).

Biovars de V. cholerae.

On distingue 2 biovars principaux de V.


cholerae d’après les caractères
métaboliques : hémolyse, hémaglu-
tination, fermentation acétoïne du
glucose, sensibilté à la polymyxine et au
phage IV .

47
Les bactéries des infections
Dans ce cas, les principales étiologies
respiratoires bactériennes sont Mycoplasma
communautaires pneumoniae, Chlamydiae pneumoniae et
L. pneumophila. Cette distinction
Les bactéries des infections pratique, qui est toujours rattachée à
respiratoires communautaires l'histoire de la maladie et au tableau
clinique, oriente la recherche étiologique
Les infections respiratoires ORL et vers une bactérie ou une famille de
pulmonaires sont responsables d'un quart bactéries permettant d'instau-rer un
des consultations de médecine et de un traitement antibiotique probabiliste.
tiers des journées de travail perdues.
Elles représentent trois quarts des Streptococcus pneumoniae
problèmes de pathologie infectieuse des
généralistes. Les virus sont les agents S. pneumoniae (pneumocoque) est un
étiologiques les plus fréquents, mais la pathogène majeur pour l'homme,
distinction entre infection bactérienne et responsable de nombreuses infections
virale est difficile (infection virale graves. Il est responsable d’environ 50
compliquée de surinfection bactérienne). %des pneumopathies, 20 % des
La majorité des infections respiratoires méningites bactériennes , et 30-40 %
aiguës sont communau-taires. des otites moyennes aiguës. Il pose un
Les infections respiratoires communau- problème de santé publique majeur du
taires seront envisagées, à l’exclusion de fait de l'apparition de souches
la tuberculose ni des infections respi- résistantes à la pénicilline G. Les
ratoires abcédées, opportunistes ou patients à risque peuvent bénéficier d’une
noscomiales. En pratique clinique, il est vaccination.
possible de distinguer schématiquement : S. pneumoniae est un diplocoque à Gram
(1) les pneumopathies dites à « foyer positif, à multiplication extracel-lulaire. Il
systématisé » (opacité parenchymateuse donne en 24h sur milieu enrichi (sang)
limitée par une scissure) pour lesquelles des colonies de 1-2 mm, α-hémolytiques
les principales étiologies bactériennes (halo verdâtre autour de la colonie) sans
sont Streptococcus pneumoniae, catalase.
Legionella pneumophila et rarement
Haemophilus influenzae ;(2) les pneumo-
pathies dites « atypiques » où l'opacité
radiologique ne correspond pas à un
foyer systématisé mais à des opacités
diffuses associés habituellement à un
syndrome interstitiel.

Pneumocoques capsulés ( contraste de phase) et


en diplocoques ( microscope à balayage).

Comme les autres espèces de la famille


des streptocoques, la paroi est constituée
d’un peptidoglycane et d'acide
lipoteïchoique, mais il seul possède une
capsule polyosidique qui est un
déterminant majeur de sa virulence. Il
Fréquence des pneumocoques et des hémophiles existe plus de 84 sérotypes capsulaires
selon l’âge différents. Certains sérotypes
49

(23F,19F,6B,14) sont souvent rencontrés


dans la population et sont souvent
associés à une résistance aux
antibiotiques.
S. pneumoniae est un hôte normal
habituellement retrouvé dans le
nasopharynx chez de nombreux porteurs
sains, à raison de 30-50% d’enfants et de
5-10% d’ adultes. L'importance de la
colonisation est soumise à des variations
saisonnières avec des pics en période
hivernale qui est la période de forte
incidence des infections pulmonaires. La Pneumonie franche lobaire aiguë à
pnenmocoques
transmission de S. pneumoniae est
interhumaine, mais généralement elle ne
autres bronchites aiguës bactériennes ou
se fait pas sur un mode épidémique
virales, est en règle régressive, mais peut
donner lieu à des rechutes, à des formes
Pneumonathies à pneumocoques
subaiguës traînantes ou des broncho-
pneumonies en foyers. Leur pronostic est
S pneumoniae est responsable d’infec-
parfois redoutable chez le nourrisson
tions respiratoires ORL et pulmonaires.
(bronchite capillaire), le vieillard ou
Ce germe est impliqué dans 50-90% des
l'immunodéprimé.
cas de pneumonie aiguë ou ‘’pneumonie
franche lobaire aiguë’’. Dans sa forme
Physiopathologie des infections à S.
typique, son début est soudain, avec
pneumoniae
frissons, fièvre à 39-40 °C, toux,
expectoration purulente, douleurs thora-
Colonisation de la muqueuse
ciques unilatérales. La radiographie
respiratoire
révèle presque toujours l'atteinte d'un
L'étape initiale du processus infectieux
seul lobe (75-90 p. 100 des cas). Chez
est la colonisation de l'oropharynx . Les
l'adulte jeune, l'évolution est habituel-
bactéries adhérent à l'épithélium par des
lement favorable en 8 à 10 jours avec
adhésines reconnaissant des récepteurs
chute brutale de la fièvre et amélioration
spécifiques sur les cellules épithéliales.
rapide de l'état général. Le pronostic est
Cette colonisation peut progresser de
excellent grâce aux antibiotiques. Chez
proche en proche vers les bronches, mais
les sujets dont le système immunitaire
aussi vers l'oreille moyenne par
répond normalement, il est rare que les
l'intermédiaire des trompes d'Eustache.
lésions évoluent vers l'abcédation et la
Lorsque la propagation de la colonisation
destruction du tissu pulmonaire. Dans ce
est contrôlée localement par l'immunité
cas, il est important de rechercher une
innée, la colonisation reste asympto-
tumeur ou un corps étranger expliquant la
matique. L'absence ou l'insuffisance des
formation de l'abcès. Le pronostic est
mécanismes locaux de défense favori-
beaucoup plus réservé chez le vieillard et
sent la division bactérienne et sa dissé-
l'immunodéprimé.
mination vers les voies respiratoires
Plus rarement, l'atteinte pulmonaire peut
basses où elle peut déclencher une
réaliser un tableau de bronchite aiguë
infection connue sous le nom de
catarrhale sans atteinte parenchy
pneumopathie franche lobaire aiguë
mateuse, avec toux et expectoration
(PFLA). Plusieurs facteurs favorisent la
muco-purulente. Cette bronchite aiguë
diffusion de l'infection : (1) l’ allergie qui
qui ne se distingue pas cliniquement des
49
50

provoque un oedème des muqueuses et Réaction inflammatoire intense


perturbe le drainage des trompes
d'Eustache et des sinus ;(2) une infection L’infection par S pneumoniae est
intercurrente virale ou à Haemophilus caractérisée par une réaction inflam-
influenzae, qui provoque des lésions de matoire intense avec une prépondérance
l’épithélium et favorise l'adhésion et de polynucléaires neutrophiles (PNN).
l'invasion bactérienne ; (3) le tabagisme L'attraction des PNN est due au C5a
chronique qui provoque une dysfonction produit massivement à la suite de
ciliaire et perturbe le drainage de l'activation de la voie alterne du
l'épithélium bronchique complément par les constituants de la
paroi (peptigoglycane, acide lipoteichoï-
Echappement à la phagocytose que) et par les polysaccharides
capsulaires de S. pneumoniae. La rate
En l'absence d'anticorps anticapsulaires joue un rôle important au cours de la
spécifiques ou de certains facteurs du défense anti-pneumococcique. Le tissu
complément , S. pneumoniae n'est que splénique participe à la clairance des
faiblement phagocyté in vivo. La capsule bactéries non-opsonisées en raison de la
joue un rôle déterminant lors de faiblesse du débit sanguin et du contact
l'échappement à la phagocytose et prolongé avec le système réticulo-
constitue ainsi un facteur majeur de la endothélial. Tout asplénisme, qu'il soit
virulence bactérienne au cours du fonctionnel ou anatomique, constitue un
processus infectieux. Les anticorps facteur de risque majeur pour les
spécifiquement dirigés contre la capsule infections à S. pneumoniae avec le plus
opsonisent la bactérie et favorise sa souvent des tableaux cliniques
phagocytose. Ils constituent ainsi extrêmement sévères et d'installation
l'élément principal de la défense anti- suraiguë.
pneumococcique. Cependant leur taux
n'est détectable que 5 à 8 jours après le Terrains favorisant les infections à
début de l'infection et la prévalence de pneumocoque
ces anticorps est faible au sein de la
population.Toutefois, la faible prévalence Certaines pathologies sont à prendre en
des infections aiguë à S. pneumoniae compte par la sévérité et la fréquence
s'explique par la production d'anticorps anormalement élevée des infections à S.
anti-capsulaire pendant la phase de pneumoniae :(1) les déficits de la
colonisation en 2-3 semaines. L'impor- production d'anticorps : primaires (agam-
tance du rôle joué par la production maglobulinémie, déficit dans certaine
d'anticorps anti-capsulaires permet de sous classe d'IgG…), ou secondaires (
comprendre que tout déficit de l'immunité SIDA, myélome, syndrome néphro-
humorale puisse favoriser une infection tique…) ; (2) les déficits en complément
sévère à S. pneumoniae. D'autres (Cl, C2, C3, C4) ;(3) les neutropénies (
facteurs bactériens peuvent également défaut de la clairance des pneumo-
contribuer à la physiopathologie du coques circulants) ;(4) les asplénies
processus infectieux, notamment la primaires (asplénie congénitale, hypo-
pneumolysine (α-hémolysine) et l'auto- splénie.. ;) ou secondaires (splénec-
lysine. Ces toxines jouent cependant un tomie, drépanocytose…). D’autres cir-
rôle secondaire par rapport à celui de la constances favorisantes sont multi-
capsule. factorielles : âges extrêmes, cirrhose,
diabète, asthme, tabagisme chronique,
broncho-pneumopathie chronique obs-

50
51

tructives (BPCO), insuffisants cardia- En cas d ‘épanchement, S. pneumoniae


ques, corticothérapie. est souvent retrouvé.

Traitement des infections à S pneumo-


Diagnostic d’une infection à pneumo- niae.
coque.
Lorsque S. pneumoniae est sensible à la
Le diagnostic bactériologique d’une pénicilline, les pénicillines A (ampicilline
infection pulmonaire à pneumocoque et amoxicilline) reste le traitement de
repose sur l'identification de la bactérie référence. Cependant, l'augmentation de
dans divers prélèvements : (1) les la résistance aux β-lactamines de S.
hémocultures qui ne sont positives que pneumoniae constitue actuellement un
dans 25 à 30 % des cas de réel problème de santé publique, car il
pneumopathies ; (2) les expectorations remet en cause l’attitude thérapeutique
ou prélèvements par aspiration naso- devant ces infections très fréquentes. La
trachéale, d’interprétation délicate en pénicilline G a été en effet utilisée
raison de la fréquence du portage pendant 50 ans avant que n'apparaisse
asymptomatique de S. pneumoniae. une diminution de la sensibilité de S.
Néanmoins moyennant quelques pneumoniae. L'augmentation croissante
précautions, l'analyse d'une expecto- des pneumocoques de sensibilité
ration peut constituer une aide importante diminuée à la pénicilline (PSDP) depuis
au diagnostique. Il faut s'assurer par une dizaine d'année reflète la sélection
l'examen microscopique (X100) après de souches ayant subit des mutations
coloration de Gram qu'il s'agit bien d'une spontanées et des transformations sur
expectoration et non de salive, attestée leurs gènes codant pour les PBPs,
par la présence de cellules (Penicilline-Binding-Protein),enzymes qui
inflammatoires (PNN) à un taux > 25 synthétisent le peptidoglycane. Ces
cellules/champ , sans cellules épithéliales altérations des PBPs obligent à utiliser
< 25 cellules /champ, avec généralement des concentrations plus importantes de
une flore bactérienne où prédomine des pénicilline devenues nécessaires pour
diplocoques à Gram positif. Cette saturer ces enzymes.
prédominance de S. pneumoniae est Les CMI (concentration minimales
retrouvée en culture. inhibitrices) des souches sensibles de S.
(3) les prélèvements pulmonaires pneumoniae. pour la pénicilline G sont
protégés sont des prélèvements invasifs inférieures à 0,1 mg/ L. Les souches
le plus souvent réalisés sous fibroscopie intermédiaires ont des CMI entre 0,1 et 1
par des équipes spécialisées. Ils mg/ L. Les souches résistantes ont des
permettent de prélever les sécrétions CMI égales ( et rarement supérieures) à 2
bronchiques dans les voies aériennes mg/ L. En pratique en dépit de la
basses sans que celles-ci ne soient progression de cette résistance,
contaminées par les sécrétions des voies beaucoup de souches restent sensibles
aériennes supérieures. L'isolement d'une ou intermédiaires (CMI<1mg/), et
souche de S. pneumoniae à un titre > l'augmentation des doses de β-
103 CFU/ml permet le plus souvent de lactamines est le plus souvent suffisante
faire le diagnostic étiologique. Cependant pour traiter ces infections, à l'exception
il est rarement nécessaire de recourir à des méningites. Les souches ayant un
ces techniques pour faire le diagnostic haut niveau de résistance à la pénicilline
d'une infection pulmonaire commu- avec des CMI à 2 mg/L sont de traitement
nautaire ; (4) le prélèvement d'un beaucoup plus difficile car cette
épanchement pleural se fait par ponction. résistance est souvent associée à une
51
52

résistance pour des antibiotiques d'une


autre famille (érythromycine,
chloramphénicol,clindamycine,trimetopri-
me-sulfamethoxazole. La vancomycine,
la pristinamycine la rifampicine et
certaines nouvelles quinolones (chez
l’adulte) restent actives.
On suspecte la présence d’une souche
de PSDP chez les patients ayant reçu un
traitement par des β-lactamines dans les
3 derniers mois, ceux ayant été
récemment hospitalisés, et encore les Colonies de H influenzae sur gélose au sang
jeunes enfants gardés en crèche. Les
alternatives thérapeutiques (en dehors
des méningites) en cas de PSDP sont Infections à H influenzae
l'augmentation des doses de pénicilline
A (200-300 mg/kg/j), l’utilisation d’une H influenzae est une cause majeure
céphalosporine de 3ème génération d’infections ORL (otites, sinusites…), et
(céfotaxime, ceftriaxone),de la vanco- est rarement impliqué dans les pneu-
mycine monies aiguës (2-18% des cas). En
revanche, il est souvent en cause dans
les surinfections bronchiques,notamment
lorsqu'il existe une broncho-pneumoathie
chronique (BPCO, mucoviscidose).
L'incidence des infections pulmonaires à
H. influenzae chez l'enfant est
probablement inférieure 2 %. Chez
l'adulte, l'incidence est difficile à
Haemophilus influenzae déterminer dans la mesure où l'infection
respiratoire à H. influenzae est
Haemophilus influenzae est un petit fréquemment associée à S. pneumoniae.
bacille à Gram négatif (1-2 x 0.3 µ),
exigeant pour croître des facteurs Physiopathologie des infections à H
contenus dans le sang ( le NAD [ facteur influenzae. et immunité
V ] et l’hémine [facteur X ] ), pathogène à
multiplication extracellulaire, résistant à la Haemophilus influenzae est une bactérie
phagocytose. H. influenzae est une pathogène à multiplication extracellulaire,
bactérie aéro-anaérobie, immobile et résistant à la phagocytose. La 1ère étape
parfois capsulé. La capsule est un facteur est la colonisation du tractus respiratoire.
majeur de virulence. Il existe 6 antigènes Les bactéries adhèrent aux cellules
capsulaires (sérotypes a, b, c, d, e, f). La épithéliales et au mucus et stimulent la
nécessité en facteurs V et X permet de production de mucus, d’ histamine, et de
distinguer H. influenzae de H. médiateurs pro-inflammatoires (Il-8, Il-6,
parainfluenzae qui ne requiert que le TNF-α).
facteur V.

52
53

de H. influenzae. Cette notion est


essentielle car il est normal de l'isoler à
partir d'un prélèvement des voies
respiratoires supérieures. Cependant
seulement 3 - 5 % des personnes sont
colonisés avec des souches capsulées
donc virulentes, dont 2-4% à H influen-
zae b et 1-2% H influenzae b (a, c-f). La
transmission interhumaine se fait
l'inhalation de gouttelettes de salive ou
par le contact direct avec des sécrétions
contaminées. Parmi les 6 sérotypes
capsulaires, le sérotype b est le plus
Epithélium cilié respiratoire non colonisé (gauche) fréquent et le plus pathogène. Les
et colonisé par H influenzae. souches non-capsulées sont rencontrées
dans les surinfections bronchiques, les
Puis, les bactéries envahissent l’épithé- otites et les sinusites. Les souches
lium respiratoire et peuvent disséminer capsulées b sont responsables de
donnant des septicémies avec méningites, épiglottites, arthrites septi-
métastases. Parmi les nombreux ques et pneumopathies. Les souches de
facteurs de virulence, il faut citer un lipo- sérotypes a, c-f sont rarement pathogè-
oligosaccharide cytotoxique et cilio- nes.
toxique, stimulant la réponse inflam-
matoire, des adhésines ( fimbriales [Hia, % Incidence des cas

Hap] et non-fimbriales [OMP2, OMP5,


HMW1,HMW2]), une capsule polysac-
charide anti-phagocytaire et les IgA 17
protéases. L’immunité anti-H influenzae 15
est humorale, avec production d’anti-
corps anti-capsulaires et anti-adhésines 10 activité
et anti-oligosaccharides. Ces anticorps bactéricide
sont protecteurs. Après colonisation du 5
du sérum

naso-pharynx, les souches capsulées


sont rapidement éradiquées et rempla-
cées par des souches persistantes sans 12 24 mois 4 5 6 7 8 >10 >20 ans

capsule.

Epidémiologie des infections à H Diagnostic des infections à H


influenzae. influenzae
H. influenzae est une bactérie de la flore Le diagnostic bactériologique d'infection
commensale du pharynx strictement respiratoire à H. influenzae repose sur
inféodée à l'homme qui est le seul l’isolement et l'identification de la bactérie
réservoir connu. L'exposition à H. à partir d'un prélèvement pulmonaire
influenzae commence dès la naissance et protégé afin d'éviter tout contamination
la colonisation est généralement par la flore commensale du pharynx.
importante tôt au cours de l'enfance et Devant une pneumopathie, l'isolement de
persiste malgré la prise d'antibiotiques. A H. influenzae dans le sang par
l'âge adulte, environ 80 % des sujets sont hémoculture (rarement par ponction
porteurs sains de souches non-capsulées pleurale en cas d’épanchement pleural)
53
54

permet d'impliquer la bactérie comme


agent étiologique de l'atteinte du
parenchyme pulmonaire.
L’étude de la sensibilité aux antibiotiques
permet d’observer qu’environ 30-40% des
souches de H. influenzae produisent une
β-lactamases type TEM-1 (90%) ou
ROB-1 (10%). Il existe des souches
résistantes à l’amoxicilline-acide clavula-
nique sans production de β-lactamases,
Mycoplasma pneumoniae sans paroi
par altération des PBPs (actuellement
<1%). Les taux de résistances aux
autres Augmentin®). Les autres
antibiotiques habituellement actifs sont
les céphalosporines de 2ème génération
( céfixime, cefpodoxime, céfuroxime) et
de 3ème génération (céfotaxime,
ceftriaxone) qui résistent aux β-
lactamases, les macrolides (azitro-
mycine, clarythromycine), une quinolone
(chez l’adulte) ou le trimetoprime-
sulfametoxazole (Bactrim®).

Implantation de M pneumoniae dans les cellules


épithéliales

Il s'agit de bactéries intracellulaires


facultatifs, capables de croître en milieux
Mycoplasma pneumoniae acellulaires. Le genre Mycoplasma se
différentie des autres genres bactériens
Les mycoplasmes sont des bactéries par la richesse de la membrane en
sans paroi, responsables de stérols, l’absence d’homologie du DNA
pneumopathies atypiques à agglutinines avec d’autres bactéries connues, un
froides et d’infections sexuellement génome de très petite taille ( 600 Mb) et
transmissibles. La pneumopathie de faible CG %. Leur croissance est
atypique est due à Mycoplasma lente, l’apparition des colonies nécessi-
pneumoniae ( agent de Eaton). tant 5-20 jours. Ces colonies ont un
centre plus dense que la périphérie
Les mycoplasmes donnant un aspect en « oeuf frit ». En
revanche, l'aspect des colonies de M.
Les bactéries du genre Mycoplasma sont pneumoniae est celui d'une mûre. Ces
les plus petites bactéries connues. Leur bactéries sont ubiquistes et colonisent de
taille varie entre 100 et 250 nm. Ils se nombreuses espèces animales et
caractérisent par l'absence de paroi rigide végétales. Parmi les espèces du genre
(pas de peptidoglycane), ce qui explique Mycoplasma, seules une dizaine ont été
leur morphologie variable et leur capacité décrites chez l'homme et M. pneumoniae
à passer à travers les filtres. est la plus importante des espèces
pathogènes
Infections respiratoires à M pneumo-niae.
54
55

sans atteinte du parenchyme pulmonaire.


Le tableau clinique associe fièvre à 38- Les infections à M pneumonie survien-
39° C , malaise, toux sèche, incessante, nent à tout âge, avec une incidence plus
invalidante. forte chez les enfants et l'adultes jeunes
entre 5 -25 ans. Rare chez le nouveau-
né, l'infection respiratoire est souvent
grave. Il existe une faible augmentation
de l'incidence des infec-tions pulmonaires
à la fin de l'été et en automne,
correspondant probablement à la rentrée
scolaire.

Physiopathologie des infections à M.


pneumoniae.

Les souches virulentes de M.


pneumoniae ont une affinité très
importante pour l'épithélium respiratoire
Pneumopathie à M pneumoniae
(trachée, bronches et tissus péri-
bronchiques), auquel elles adhèrent,
A l’ examen clinique, on trouve quelques induisant sont une infection respiratoire
râles. La radio pulmo-naire détecte des des voies aériennes basses sans atteint
opacités hétérogènes localisées, réticulo- du parenchyme pulmonaire. Cette affinité
micronodulaires, de topographie hilo- dépend de la protéine P1 (168 kDa) de
basale. la numération sanguine normale M. pneumoniae qui interagit avec les
ou montre une neutropénie modérée. résidus d'acide neuraminique des cellules
L’évolution est traînante en l’absence d’ épithéliales. L'adhérence ne conduit pas
antibiothérapie adaptée (tétracyclines, à l'internalisation des bactéries qui
macrolides). restent extracellulaire. En revanche la
production de radicaux libres de
Epidémiologie des infections à myco- l'oxygène par M. pneumoniae provoque
plasmes une dysfonction des cellules ciliées et
une desquamation massive de la surface
La plupart des infections à M. épithéliale suivi d'une inflammation péri-
pneumoniae surviennent sporadiquement bronchiolaire à prédo-minance de
ou au sein d'une même famille. La polynucléaires neutro-philes, expliquant
transmission est exclusivement l'intensité de la toux caractéristique du
interhumaine à la suite de contacts étroits tableau clinique. L’ atteinte du
ou par l'inhalation de gouttelettes parenchyme pulmonaire, lorsqu'elle
projetées par la toux. Le mode existe, est caractérisée par la formation
d'expression de la maladie peut ainsi se de membrane hyaline dans les espaces
faire sous la forme de mini-épidémie, alvéolaires associé à de nombreuses
notamment dans les écoles et les zones ischémiques (infarc-tus
casernes militaires. Les études pulmonaires). A la symptomatologie
sérologiques réalisées sur la population respiratoire qui domine le plus souvent le
ont démontré qu'il existait une incidence tableau clinique, s'associent de nom-
importante (estimée à 1 %o habitant) des breux signes extra-respiratoires (cuta-
infections à M. pneumoniae. La plupart nées, cardiaques, neurologiques ...)
de ces infections sont asymptomatiques
ou provoquent une infection respiratoire
55
56

Diagnostic de M. pneumoniae Les Chlamydiae

La culture possible des mycoplasmes est Les bactéries de genre Chlamydia sont
possible sur milieux acellulaires (gélose- bactéries à Gram négatif en raison de la
bouillons) à partir de prélèvement de structure de la membrane externe (OM)
gorge ou prélèvement bronchique avec du lipopolysaccharide (LPS), à
protégé sous fibroscopie . Cependant du croissance intra-cellulaires stricte. Le
fait de la difficulté d’isoler M. pneumoniae genre comprend 3 espèces Chlamydia
dans les prélèvements respiratoires, la trachomatis , Chlamydia psittaci et
détection de M pneumoniae par PCR Chlamydia pneumoniae.
dans les prélèvements pulmonaires peut
être une aide précieuse au diagnostic :
c’est une méthode simple, rapide et très
sensible (sensibilité et spécificité 90 -95
%). En fait, le diagnostic est en pratique
bien souvent basé sur les tests
immunologiques (sérodiagnostic et ag-
glutinines froides).
Le sérodiagnostic de M. pneumoniae
permet de mettre en évidence l’apparition
d’anticorps spécifiques une ascension
des anticorps anti-M. pneumoniae
(ELISA) entre 2 sérums prélevés à 15 Chlamydiae dans une cellule épithéliale
jours d’intervalle (séroconversion) ou une
ascension du titre de ces anticorps. La
détection des anticorps de type IgM et Chlamydioses
IgG permet de distinguer une primo-
infection d’ une ré-infection. C. psittaci, C. trachomatis et C.
La recherche d'agglutinines froides pneumoniae sont responsables d'infec-
détectant un titre égal ou supérieur à 1 / tions pulmonaires. Certaines souches de
32 est très en faveur d'une infection à M. C. trachomatis sont responsables du
pneumoniae. Cependant, la présence trachome ou d’infections sexuellement
d'agglutinines froides peut également être transmissibles. On distingue 15 séroptes
retrouvée dans d'autres pneumo-pathies de C trachomatis avec différentes
atypiques, notamment virales (EBV, expressions cliniques.
CMV...).
C.trachoma C.psittaci C.pneumon
Espèces tis iae
Traitement des infections à M pneu- 15 sérotypes
moniae. homme oiseaux homme
hôtes mammifè-res
Du fait de l'absence de paroi, les β-lacta- homme
Trachome ornithose infections
mines sont inefficaces. Les antibiotiques A B Ba C psittacose broncho-
de référence sont les tétracyclines infections pulmonaire
(doxycycline) et les macrolides (éry- génitourinai s
Pathogéni
thromycine). Les fluoroquinolones (oflo- cité
res D- K
xacine et cipofloxacine) sont également lymphogra
nu-
efficaces. lomatose
L1 L2 L3

56
57

Physiopathologie des chlamydioses pérennisation de l’infection. Les infections


à Chlamydia souvent bien tolérées
Les Chlamydia sont des bactéries à évoluent sur un mode aiguë
croissance intracellulaires strict (pneumopathies, uréthrites..) ou
caractérisés par un cycle intracellulaire chronique (salpingites, infections asymp-
biphasique. Dans le milieu extracellulaire, tomatiques). La présence de Chlamydia
les bactéries sont incapables de se intracellulaires suscite une réaction
diviser et adopte une forme dense inflammatoire dans l’épithélium qui
appelée corps élémentaires (de 0.3 µ de contribue aux lésions épithéliales, avec
diamètre). Les corps élémentaires afflux de macrophages et de
interagissent spécifiquement et sont lymphocytesT cytotoxiques qui détruisent
phagocytés par les cellules épithéliales les cellules infectées exprimant les
de l'hôte. Dans le phagosome, la antigènes de Chlamydiae.
bactérie se réorganise en une forme plus Epidémiologie des chlamydioses
grande (1 µ) et moins dense appelée pulmonaires
corps réticulés qui se divisent dans la
cellule en formant des inclusions Contrairement à C. psittaci, le réservoir
cytoplasmiques caractéristiques et visible de C. pneumoniae est exclusivement
au microscope optique. Cette croissance humain. La transmission inter-humaine se
est associée à une inhibition de la fusion fait par voie aérienne. Les infections à C.
phagolysosomale. pneumoniae existent sous forme
endémique avec des pics périodiques
d’incidence correspondant à des périodes
épidémiques pouvant durer de 4 mois à
2-3 ans. La séroprévalence des anticorps
anti-C. pneumoniae dans une population
adulte (>20 ans) est de 40 à 60%,
témoignant d'une exposition fréquente et
continue à C. pneumoniae. L'incidence
des infections aiguës diagnostiquées par
une séroconversion est variable en
fonction de l'âge et du sexe. L'infection
est rare chez l'enfant avant 5 ans et
augmente brutalement entre 5 et 9 ans
(avec l’admission à l’école), pouvant
atteindre jusqu'à 9 % des enfants, puis
décroît progressi-vement pour ne plus
Cycle de multiplication des Chlamydia concerner que 1 % de la population
adulte. La période d'incubation est très
Les corps réticulés osmotiquement très variable, de quelques jours à plusieurs
instables ne peuvent eux-mêmes infecter mois. La plupart des infections restent
une cellule adjacente mais les vacuoles asymp-tomatiques et l'incidence exacte
les contenant peuvent se répartir entre des infections respiratoires à C.
les cellules qui continuent de se diviser. pneumoniae est difficile à établir.
Malgré cette relative bonne tolérance des Néanmoins, elle est estimée à 1%o
cellules à l’infection, la lyse cellulaire habitants / an et représente la 4ème
survient avec libération de corps cause d'infection communautaire des
élémentaires qui contribuent à la voies respiratoires basses.
diffusion à l’épithélium et à la
Diagnostic des chlamydioses
57
58

doxycycline) et des macrolides (érythro-


La recherche de C. pneumoniae est faite mycine, azithromycine). Les in-fections à
dans les sécrétions rhino-pharyngées, Chlamydiae sont traités efficacement par
dans les produits de grattage de la tétracyclines ou macro-lides.
muqueuse nasopharyngées ou encore à
partir des sécrétions obtenues par
prélévement bronchique protégé sous
fibroscopie. L'isolement de la bactérie est
difficile requérant des cultures cellulaires Legionella pneumophila
(lignées HeLa, McCoy, Hep-2), rarement
possibles en routine. En 1976, au cours du 58èmeCongrès de
La mise en évidence directe de C. l’American Legion à Philadelphie, 221
pneumoniae par immunofluorescence participants logés dans le même hôtel
directe dans les cellules épithéliales étaient atteints d'une pneumopathie
recueillies par grattage est peu sensible grave. Cette pneumopathie est connue
et la recherche d'antigènes solubles est sous le nom de ‘’maladie des légion-
peu spécifique. L’amplification par PCR naires’’ ou ‘’légionellose’’. La bactérie
de séquences de C trachomatis ou C. responsable a été isolée en 1977 des
pneumoniae dans les sécrétions tissus pulmonaires des 21 patients
nasopharyngées est un appoint décédés au cours de l'épidémie. Il s’agit
important au diagnostic de ces bactéries d’un genre et d’une espèce bactérienne
à croissance difficile. inconnue, Legionella pneumophila.
En pratique, le diagnostic reste surtout Depuis, 30 espèces de Legionella ont
basé sur la mise en évidence d’anti-corps été identifiées dans l’environnement.
anti-Chlamydiae. Un diagnostic de
certitude peut venir de la mise en Les Legionella sont des bacilles à Gram
évidence d’une séroconversion à partir de négatif à croissance intracellulaire
2 sérums ( précoce et tardif) prélevés à facultative et largement répandus dans
15 jours d’intervalle. Le détection des l’environnement. Parmi les 30 espèces
anticorps IgM et IgG anti-C.pneumoniae connus, L. pneumophilia (sérogroupe 1)
(ELISA) permet de confirmer le diagnostic est de loin la plus fréquemment rencon-
de primo-infection ou de réinfection. trée en pathologie, responsables des
Le diagnostic d'infection pulmonaire à C. légionelloses, infections pulmonaires
psittaci est difficile dans la mesure où le graves.Les bactéries du genre Legionella
seul examen biologique disponible en sont des petits bacilles de 0,3-0,9 µ / 2-20
pratique est la recherche d'anticorps µ, non capsulées, aérobies strictes. Leur
circulants par la réaction de fixation du croissance est difficile et requiert des
complément. Malheureusement, il existe milieux (BCYE) à base de charbon (C)
de nombreux faux- positifs et faux – enrichis en L-cystéine et extraits de
négatifs, et cette réaction ne permet levure (yeast extract YE) assurant un
qu'un diagnostic du genre Chlamydia et apport en purine, guanine et pyrimidine.
non celui de l'espèce C. psittaci. L. pneumophila est responsable de 90 %
des infections chez l'homme, et on lui
Traitement des chlamydioses connaît 14 sérogroupes différents : les
sérogroupes 1, 4 et 6 sont de loin les plus
Les Chlamydia sont résistantes naturel- fréquents chez l'homme. Les bactéries
lement aux β–lactamines et aux sulfami- sécrètent de nombreuses enzymes
des pour C. pneumoniae. Les deux fami- (hémolysines, protéase, phos-phatases
lles d'antibiotiques les plus efficaces sont endonucléases) qui ne semblent pas être
celles des tétracyclines (tétracycline, directement toxiques pour le tissus
58
59

pulmonaire. Les autres espèces pouvant Cette infection est souvent de découverte
être potentiellement pathogène pour fortuite par étude sérologique
l'homme sont L. micdaei, L. bozemanii, et rétrospective et constitue la forme a
L. dumoffii minima de l’infection à Legionella du sujet
immunocompétent.
Légionelloses
Epidémiologie de la légionellose
Il existe 2 formes cliniques d’infection à
Legionella pneumophila : la maladie des Il s'agit de bactéries saprophytes de
légionnaires et la fièvre de Pontiac. La l’environnement, ubiquiste, ayant une
maladie des légionnaires survient sur des prédilection pour les milieux aquatiques
patients fragilisés : souvent âgés >à 50 (rivières, lacs, eaux thermales, eaux
ans avec affection sous-jacente (tabac, polluées...) qui constituent son réservoir
alcool ,immunodépression, corticothé- naturel. Elle peut survivre à des
rapie). Après une incubation de 2-10 conditions très variables de température
jours, la maladie débute par une fièvre (0-63°C) et de pH (5.5 - 8.5). Elle peut
40°C, myalgies, céphalées, toux sèche aussi parasiter les amibes de l’envi-
parfois hémoptoïque. Certains signes ronnement dans lesquelles les bactéries
extra-pulmonaires (digestifs, hépatiques, survivent et se multiplient. Ces amibes
neurologiques) sont évocateurs de qui peuvent s’enkyster sont une niche
légionellose, notamment une confusion , écologique pouvant protégeant les
des hallucinations, des douleurs bactéries des environnements hostiles.
abdominales, des vomissements, une
diarrhée. L’ examen clinique est pauvre, Les principales sources de contamination
contrastant avec la radio du thorax très pour l’homme sont les systèmes d’air
altérée : infiltrats mal limités, hétéro- conditionné, les circuits de distribution
gènes, s’étendant aux deux champs d’eau chaude (canalisations d'eau
pulmonaires. La mortalité est de 10-20% potable et notamment les douches) , les
(> 25% après 60 ans) avec détresse bains bouillons, les eaux thermales. Cette
respiratoire aiguë. colonisation des canalisations d'eau et
des circuits de refroidissement des
systèmes de climatisation dépend de
nombreux facteurs, notamment: la tem-
pérature élevée de l'eau (eau thermale,
circuit de refroidissement..), l'accu-
mulation de sédiments qui stimulent la
croissance d'une flore commensale,
l'existence d'une microflore commensale
jouant un rôle symbiotique en fournissant
les éléments nécessaires à la croissance
de L. pneumophila.
La transmission à l'homme se fait par
l'inhalation d’aérosols contaminées et mis
Légionellose pulmonaire en suspension dans l'environnement. Il
n'existe pas de transmission inter-
La fièvre de Pontiac est une infection humaine et le portage sain est
pseudo-grippale à début brutal, sans exceptionnel. La maladie évolue le plus
pneumonie, d’évolution bénigne. La souvent sous forme épidémique ( à
guérison spontanée survient en 2-5 jours. l’hôpital), mais on rencontre de plus en

59
60

plus souvent de cas sporadiques notam- polynucléaires neutrophiles et de


ment chez les patients immunodéprimés. macrophages. Les polynucléaires neutro-
philes (PNN) détruisent rapidement les
Physiopathologie de la légionellose bactéries mais leur rôle est probablement
peu important, car les neutropénies ne
La légionellose survient volontiers chez constituent pas un facteur de risque de
les patients ayant un déficit de l'immunité légionellose.
cellulaire : greffés, patients atteints de
SIDA, patients ayant une leucémie à
tricholeucocytes, immunodéprimés pour Diagnostic de la légionellose
chimiothérapie... La contamination se fait
par l'inhalation d’aérosols. La bactérie Examen microscopique direct
adhère à la surface de l'épithélium
bronchique et sont éliminées par la Les bactéries peuvent être visualisées à
clairance mucociliaire de l’épithélium partir des sécrétions respiratoires
respiratoire. Si ce mécanisme de défense (expectorations, aspirations bronchiques
est altéré (tabagisme et alcoolisme par fibroscopie…) et éventuellement des
chronique, déficit congénital de la mobi- liquides d'épanchements pleuraux par un
lité ciliaire), les bactéries atteignent examen microscopique direct en
l'espace alvéolaire et sont phagocytées immunofluorescence : les bactéries
par les macrophages alvéolaires (L pneumophila) sont révélées sur les
frottis sur lame par des anticorps anti-
Legionnella marqués à la fluorescéine.
Le nombre de faux-positif est faible, mais
ce test est peu sensible et n'est positive
qu’en cas d’atteinte pulmonaire diffus.

Isolement et identification en culture

Le diagnostic est confirmé par l’isolement


et d’identification des bactéries mises en
culture sur milieux spéciaux (BCYE).
(additionnés de charbon, de cystéine,
d’extraits de levure). Les colonies de ces
bactéries à croissance lente appa-
raissent en 3-7 jours. La culture permet
de reconnaître avec certitude l’espèce en
cause.
Légionelles intramacrophagiques

Les Legionella échappent à l'activité


microbicide en inhibant la fusion Sérodiagnostic de la légionellose
phagolysosomale et se multiplient au sein
des phagosomes jusqu'à la lyse Le diagnostic est souvent confirmé par la
cellulaire. Le cycle recommence par mise en évidence d’une séro-conversion
l'infection de nouveaux macrophages. L’ (augmentation des titres de 4 fois) entre
atteinte pulmonaire est multi-focale, deux sérums prélevés entre 4 et 10
caractérisée à l’examen histologique par semaines d'intervalle. La séro-
une alvéolite et une bronchiolite riche de prévalence des anticorps anti-Legionella
est faible au sein de la population. Il est
60
61

admis qu'un seul titre élevé (≥1 /128)


obtenu par la technique d'immuno- Bordetella pertussis
fluorescence indirecte [IFA]) est très en
faveur d'un épisode infectieux aigu. Bordetella pertussis est un bacille à gram
négatif très fragile, strictement humaine,
La détection des antigènes urinaires agent de la coqueluche, une infection
bronchique avec toux. B. pertussis est un
La détection des antigènes urinaires est bacille à gram négatif à multiplication
une méthode non invasive de diagnostic extracellulaire producteur de exotoxines.
rapide. Son avantage est que le test Cette bactérie exigeante est cultivable sur
reste positif plusieurs mois après un milieu de Bordet-Gengou (au sang
l'épisode initial de pneumopathie et frais). La culture difficile donne des
permet un diagnostic rétrospectif. Son colonies en gouttes de mercure en 3-5
principal inconvénient est sa spécificité jours.
pour le sérogroupe 1 de L. pneumophila.
Les autres espèces et sérogroupes ne Coqueluche
sont pas détectés, mais représentent
moins que 20 % des infections. Dans sa forme typique de l’enfant non
vacciné, la coqueluche débute par une
La sensibilité et la spécificité des phase «catarrhale » de 10-15 jours, avec
différentes méthodes de diagnostic au rhinorrhée, fièvre à 38°C, toux discrète
cours de la légionellose sont rapportés mais tenace et nocturne. A cette période,
dans le tableau suivant: les sujets sont très contagieux. Suit une
phase des quintes de deux à trois
semaines avec secousses répétées de
Méthodes Sensibilité Spécificité toux sans reprise inspiratoire entre les
secousses déclenchant des vomisse-
Immunofluorescence 80-90 % 100 % ments, une apnée et un accès de
directe positif cyanose. La reprise inspiratoire difficile
Sérodiagnostic 50-70 % 96-99 % ou bruyante (‘’chant du coq’’). La maladie
positif s’accompagne d’une lymphocytose > 10
Sérodiagnostic 40-60 % 96-99 %
positif et 000/mm3 parfois 20 ou 30 000 /mm3. On
séroconversion peut aussi voir des formes atypiques de
(1:128) coqueluche chez des adultes jeunes
Détection 80 % 100 % vaccinés et des nourrissons de < 3 mois,
d’antigènes urinaires
donnant des tableaux bâtards, souvent
limités à des secousses de toux tenaces
pendant plusieurs semaines. Dans tous
les cas, la notion de contage est
Traitement de la légionellose.
essentielle.
Le traitement de la légionellose est basé
Physiopathologie de la coqueluche
avant tout sur l’antibiothérapie. Les
familles d'antibiotiques les plus efficaces
Après contage à partir d’un patient,
sont les macrolides (érythromycine,
B.pertussis colonise l’épithélium cilié de
clarythromycine) et les fluoroquinolones
l’arbre respiratoire, le nasopharynx, la
(pefloxacine,ciprofloxacine).L’antibiotique
trachée, les grosses bronches grâce à
de choix est l’érythromycine. En cas de
une adhésine, l’hémagglutinine filamen-
pneumopathie grave, il est souvent
teuse (FHA) A la période des quintes, le
conseillé d'associer la rifampicine.
nombre de bactéries est très faible et la
61
62

symptomatologie est liée aux lésions de Diagnostic de B pertussis


l’épithélium causées par les toxines, Le diagnostic bactériologique de B
incluant la toxine coquelucheuse (une pertussis est délicat car c’est une bactérie
ADP-ribosylase) et une adénylcyclase . fragile et exigeante, souvent en faible
quantité et présente pendant seulement
quelques jours. Le diagnostic repose sur
l’isolement et l’identification du germe en
culture à partir des sécrétions naso-
pharyngées, recueillies par une sonde
souple, et acheminement immédiat au
laboratoire. On ensemence un milieu de
Bordet-Gengou (au sang frais). La culture
difficile donne des colonies en gouttes
de mercure en 3-5 jours.
La PCR spécifique de B pertussis
pratiqué sur les sécrétions est un test très
utile en pratique, fidèle et sensible. Le
diagnostic peut être complétée par la
détection d’une réponse anti-
hémagglutinine filamenteuse et /ou la
toxine coquelucheuse et /ou l’adényl-
cyclase.

Traitement de la coqueluche

Le traitement de la coqueluche est


Enfant en quinte de coqueluche surtout symptomatique. L’antibiothérapie
est trop tardive à la période des quintes,
surtout utilisée pour éviter les
surinfections. Le traitement préventif est
Epidémiologie de Bordetella pertussis la vaccination. Le vaccin actuel constitué
de bactéries tuées donne des effets
B.pertussis est un bacille à gram négatif secondaires (liés à la présence du LPS )
strictement humain. D’après l’OMS, on doit être amélioré. De nouveaux vaccins
dénombre près de 60 millions de cas de sont en cours d’étude : un vaccin dit
coqueluche par an dans le monde et 600 acellulaire à partir de la toxine
000 enfants meurent de cette infection. coquelucheuse détoxifiée additionnés d’
Dans les pays où la vaccination est autres protéines ( FHA) (essais en cours
largement réalisée (France, Etats-Unis), en Europe, États-Unis, Afrique). La
on assiste à une modification de réponse immune est bonne dès le 2e
l’épidémiologie de la coqueluche avec 2 mois de vie. Il faudrait modifier la
pics de fréquence, avant 6 mois et âge stratégie vaccinale. Actuellement les
adulte, alors qu’avant la vaccination, ou nourrissons reçoivent 3 injections dans
dans les pays où la vaccination n’est pas les premiers mois de la vie ( DT coq
pratiquée, on observe un pic unique à 4-5 Polio), et le dernier rappel est à 18 mois.
ans. Les adultes ne sont plus protégés Il faudrait pratiquer des rappels à 10-11
et peuvent faire une coqueluche et ans, voire à 16-20 ans.
devenir contagieux pour les nourrissons
avant vaccination.

62
Les bactéries des maladies
sexuellement transmissibles
La syphilis
Infections bactériennes sexuellement
transmises La syphilis primaire survient 10 jours - 3
mois après une contamination sexuelle.
Il existe 2 types de maladies La lésion primaire est un chancre
sexuellement transmissibles (MST) : (1) habituellement prépucial avec adénopa-
les maladies responsables d'ulcérations thie satellite. Les bactéries disséminent
cutanéo-muqueuses : la syphilis due à par voie sanguine et donne la syphilis
Treponema pallidum, le chancre mou à secondaire avec des localisations
Haemophilus ducrei, le lymphogranulome cutanées , muqueuses et méningées.
vénérien ou maladie de Nicolas Favre, et Puis la syphilis devient latente. Cette
le granulome inguinal (donovanose). ; (2) période est de durée variable, de
les maladies responsables d' urétrites et plusieurs années à plusieurs décennies.
de cervicites, associées à un Puis peut survenir une syphilis tertiaire
écoulement, dues à Chlamydia avec complications neurologiques
trachomatis, Neisseria gonorrhoeae (tabès…), cardiovasculaires ( aortite…),
(gonocoque) , Ureaplasma urealyticum. ou cutanées ( syphilides…).

Treponema pallidum
Treponema pallidum est responsable de
la syphilis. C’est une bactérie non
cultivable in vitro appartenant à la famille
des Spirochaetaceae (comme Borrelia
et Leptospira ). Cette bactérie strictement
humaine est transmise par contact sexuel
et éventuellement par passage
transplacentaire.

Chancre syphilitique préputial

Diagnostic bactériologique de la
syphilis

Le diagnostic bactériologique de la
syphilis est basé à la phase primaire de la
maladie sur la mise en évidence de
l'agent pathogène dans le chancre
Examen au fond noir d’un exsudat de chancre. d’inoculation. Ceci est réalisé par
l’examen au microscope à fond noir ou en
immunofluorescence directe de l'exsudat
d'un chancre, d'une lésion cutanée, d'une
ponction ganglionnaire. Cette examen est
délicat et nécessite un prélèvement de
très bonne qualité.
Le sérodiagnostic de la syphilis est un
examen très précieux, souvent le seul
indice d’une contamination plus ou moins
récente par T pallidum. Il existe 2 types
T pallidum au microscope electronique
64

de tests : (1) les tests utilisant des Traitement de la syphilis.


antigènes non tréponémiques donnant
croisés avec T pallidum , tel que le test Le traitement de la syphilis est basé sur
VDRL (antigène cardiolipidique) ; ces la pénicilline G très active sur les
tests de dépistage donnent de tréponèmes.
nombreuses réactions faussement
positives (collagénose, maladie virale…);
(2) les tests utilisant des antigènes Haemophilus ducrei
tréponémiques:TPHA (hémagglutination),
FTA (abs) (immmunofluorescence). La Haemophilus ducrei est la bactérie
sérologie cardiolipide se négative en responsable du chancre mou. C’est un
règle générale après traitement, alors que bacille à Gram négatif appartenant au
la sérologie tréponémique peut rester genre Haemophilus (comme Haemo-
positive toute la vie. En cas de philus influenzae), fragile, nécessitant
traitement précoce, toutes les sérologies pour sa croissance des milieux riches.
peuvent se négativer. Le chancre mou est rencontré dans le
monde entier. Il est lié à de mauvaises
Taux d'anticorps conditions d'hygiène et un faible niveau
socio-économique qui favorisent sa
survenue.

Le chancre mou
FTA

TPHA Le chancre mou survient après une


incubation de 4 à 10 jours et donne des
lésions cutanées très douloureuses
VDRL
(ulcères) associées à des adénopathies.
J0
Chancre
Diagnostic du chancre mou
Temps
Contage
J8 J30-90 Le diagnostic bactériologique est basé
Traitement précoce de la syphilis sur la mise en évidence de la bactérie à
l’examen direct des prélèvements, après
Taux grattage dans les lésions cutanées : il
d'anticorps s’agit d’un bacille à Gram négatif
intraleucocytaire à l'examen direct. La
culture sur milieux riches est
indispensable pour confirmer le
diagnostic direct. Il n'existe pas de
sérologie.

Traitement du chancre mou

On utilise le cotrimoxazole, les macro-


lides, les fluoroquinolone ou les céphalo-
Traitement tardif de la syphilis sporines de 3ème génération.

64
65

elle forme des inclusions cellulaires


cytoplasmiques spécifiques.

Calymnatobacterium
granulomatis de la donovanose
La donovanose ou granulome inguinal est
une maladie rare en France, due à
Calymnatobacterium granulomatis, bac-
térie à culture très difficile, nécessitant
l’inoculation sur oeuf embryonnaire de
poulet. Le diagnostic est affirmé sur la
biopsie mettant en évidence des corps de
Donovan. La maladie pet donner des
Inclusions de Chlamydiae dans une vacuole
lésions chroniques mutilantes. Le cytoplasmique
traitement est le cotrimoxazole.

Chlamydia trachomatis Les chlamydioses.

Les espèces de Chlamydia sont des Le trachome est la 1ère cause de cécité
bactéries intracellulaires strictes dans le monde (500 millions de sujets
responsables de MST et de pneumo- infectés dans le monde). C’est une
pathies. Il existe 3 espèces dans le maladie des pays du Tiers-Monde,
genre Chlamydia : associant une conjonctivite inflammatoire
(1) C. trachomatis, dont il existe 15 qui évolue vers la fibrose. Elle n'est pas
sérotypes : les sérotypes A, B, Ba et C transmissible sexuellement.
sont retrouvés dans le trachome ; les
sérotypes L1, L2, L3 sont responsables Le lymphogranulome vénérien (LGV) est
du lymphogranulome vénérien (maladie une maladie sexuellement transmissible ,
de Nicolas Favre) ; les sérotypes D à K rare dans les pays développés, avec
sont responsables d’ urétrites et cervi- ulcérations et adénopathie.
cites ( parfois de conjonctivites).
(2) C. psittaci , bactérie responsable de
pneumopathies graves( psittacose).
(3) C. pneumoniae, qui donne des
infections respiratoires très fréquentes le
plus souvent bénignes.

Chlamydia trachomatis

Cette bactérie est une bactérie stricte-


ment humaine, transmise par contacts
directs interhumains. Elle ne se multiplie
pas sur milieux usuels car elle nécessite Lymphogranulome vénérien
des cultures cellulaires, à l’instar des
virus. En effet, c’est un parasite Les infections génitales à C trachomatis
intracellulaire obligatoire , ne se sont une des principales causes de
multipliant qu’ à l'intérieur des cellules où maladie bactérienne sexuellement
transmissible. Chez l'homme, l’infection
65
66

se traduit par une urétrite, une prostatite,


et éventuellement une épididymite. Chez
la femme, l’infection survient à la suite d’
une urétrite chez le partenaire. Il s’agit
d’une cervicite avec leucorrhées, mais
souvent l’infection est totalement latente
et persistante avec salpingite torpide.
Chez les deux sexes, on peut voir des
conjonctivites (contamination accidentel
à l’œil) et un syndrome de Fiessinger-
Leroy-Reiter, chez les sujets HLAB27,
associant urétrite, conjonctivite et Inclusions cytoplasmiques de Chlamydia (
arthrite. coloration au Giemsa)

Isolement et identification
La culture est réalisée sur culture de
cellules permissives (cellules McCoy ou
Diagnostic des chlamydioses.
HeLa 229). La présence de Chlamydia
est mise en évidence en 48 à 72 heures
Prélèvements
par coloration par MGG et immuno-
Il s’agit de bactéries intracellulaires qui
fluorescence. Une culture positive signe
nécessite des prélèvements de qualité,
l'infection. Une culture négative n'exclut
avec grattage pour récolter des cellules
pas le diagnostic : il peut s’agir d’un
épithéliales contenant de nombreuses
prélèvement tardif, incorrect ou réalisé
bactéries
après prise d'antibiotiques. Récemment,
Chez l'homme, on réalise des prélève-
la détection directe de séquences de
ments endo-urétraux. Chez la femme , on
Chlamydia par PCR a été proposer. Ce
pratique des prélèvements endo-
test donne des résultats intéressant pour
cervicaux, parfois de liquide péritonéal,
cette bactérie à croissance difficile.
ou encore les produits de grattage des
trompes. On peut aussi selon la
Sérodiagostic des chlamydioses.
symptomatologie pratiquer des prélève-
La réaction de fixation du complément
ments des conjonctives ou de pus
met en évidence des anticorps dirigés
ganglionnaire (LGV). Pour le transport,
contre l'antigène thermostable lipopoly-
les prélèvements par grattage sont
saccharidique commun à toutes les
déchargés dans un milieu de transport
bactéries du genre Chlamydia. Des titres
adéquate.
< 1/64 permettent d'affirmer une infection
ancienne ou récente, une augmentation
Examen microscopique direct
du titre sur 2 sérums prélevés à 15 jours
C’est une technique sensible en cas
d'intervalle signe une infection récente.
d’infection récente. On recherche des
Les réactions d'immunofluorescence et
inclusions cytoplasmiques caractéristi-
immunoenzymatique permettent de
ques par coloration de May-Grünwald-
détecter des anticorps spécifiques du
Giemsa (MGG) et par immuno-
genre Chlamydia ou spécifiques de
fluorescence directe avec anticorps
l'espèce, selon les antigènes utilisés. Il
monoclonaux anti-Chlamydia.
faut rappeler la nécessité de prélever 2
sérums à 15 jours d’intervalle. Le
diagnostic n’a aucun intérêt dans les
infections génitale basses.

66
67

Traitement des chlamydioses. prélèvements anaux et pharyngés. A


Les chlamydioses sont traités par l’examen microscopique direct, on détec-
cyclines, macrolides , ou ofloxacine. te la présence de coques Gram négatif ,
intracellulaires (bactéries en voie de
Neisseria gonorrhoeae destruction) et extracellulaires.
La culture sur milieux riches est
N gonorrhoeae est une bactérie à Gram indispensable pour conforter le
négatif, en diplocoque , très proche de N diagnostic.
meningitidis. C’est une bactérie fragile,
nécessitant pour croître des milieux
riches.

Gonocoques tués dans les polynucléaires


d’un pus de gonococcie

Diplocoques de N gonorrhoeae

Cette bactérie strictement humaine est


responsable d’environ 500 000 cas
d’urétrite /an en France. C’est la 2ème
cause d'urétrite après Chlamydia
trachomatis. Chez l'homme, N
gonorrhoeae est à l’origine d’urétrites,
d’épididymites et éventuellement de
prostatites. Chez la femme, l’infection
gonococcique induit des urétrites et
cervicites, le plus souvent passant
inaperçues. Chez les deux sexes, il Colonies de gonocoques sur gélose au sang
existe des formes anorectales ou
pharyngées à rechercher systématique- Il n'existe pas de sérodiagnostic.
ment, et des conjonctivites. Des formes L’association avec Chla-mydia
septicémiques ( gonococcémie) sont le trachomatis est fréquente.
fait de certaines souches.
Traitement des gonococcies
Diagnostic des gonococcies
Les gonococcies sont traitées par les β-
Il repose sur la mise en évidence du lactamines mais il existe de nombreuses
germe dans es sécrétions urétro- résistances plasmidiques à ces anti-
prostatiques après massage prostatique biotoques et aux tétracyclines. Ces
dans les formes subaiguës et dans les formes sont traitées efficacement par les
céphalosporines de 3ème génératiion , la
Gonocoques tués intracellulaires spectinomycine ou les fluoroquinolones.
67
68

Mycoplasmes génitaux sont possibles (salpingites) pouvant


entraîner des stérilités tubaires.
Les mycoplasmes sont des bactéries
sans paroi, nécessitant des milieux Diagnostic des mycoplasmes
particuliers pour leur croissance in vitro
(milieux hypersaccharosés). Les myco- Prélèvements
plasmes donnent des infections génitales .
et pulmonaires. Les mycoplasmes sont Chez l'homme, on peut pratiquer un
divisés en 2 genres : le genre écouvillonnage urétral, un recueil du 1er
Mycoplasma, incluant M. pneumoniae jet d'urine, et éventuellement de sperme.
(pneumopathies atypiques) et M. homi- Chez la femme, les bactéries peuvent
nis, et le genre Ureaplasma , incluant U. être isolées du col utérin, du vagin, de
urealyticum. l’urètre et de l’urine.

Isolement et identification en culture

Les mycoplasmes La culture est relativement aisée sur


milieux spéciaux permettant la crois-
Ces bactéries sans paroi sont très sance de bactéries sans paroi
petites et non observables en micro- (milieux hyperosmolaires). Une quanti-
scopie optique. Elles colonisent les fication est nécessaire : on ne retient
surfaces des muqueuses de l'homme et comme significatif d’une infection que des
des animaux. titres > 104 bactéries / mL dans le
prélèvement. Un test utilisant une PCR
spécifique donne de bons résultats. Le
sérodiagnostic est peu informatif (sauf
dans les infections systémiques, pulmo-
naires par exemple).

Traitement des infections à


mycoplasmes.

Les mycoplasmes sont naturellement


Mycoplasma pneumoniae résistants aux antibiotiques actifs sur la
paroi ( pénicillines…). On utilise des
Les enfants sont colonisés à la naissance macrolides ou des tétracyclines. Il existe
au passage des voies génitales. Les des souches résistantes à ces anti-
mycoplasmes disparais-sent ensuite biotiques et il est possible la sensibilité in
progressivement. Après la puberté, la vitro des antibiotiques..
colonisation est fonction des rapports
sexuels. Leur rôle pathogène ne peut être
retenu que si ces bactéries sont
présentes en abondance. Chez l'homme ,
les mycoplasmes peuvent induire des
urétrites subaiguës, parfois des prosta-
tites et des épididymites. Chez la femme,
on peut voir des cervicites (asympto-
matique) et des complications génitales
68
glucose (glycorachie) égal à 0,6-0,8 g/L .
Les bactéries des infections En cas de méningite, le LCR devient
inflammatoire et devient plus ou moins
bactériennes du système trouble avec une augmentation du
nerveux central nombre de cellules (parfois > 1000
cellules/ mm3), avec des polynucléaires
et/ou des lymphocytes. Le taux
Infections bactériennes du système d’albumine est en général >1 g/ L ( 1-5
nerveux central g/L). La glycorachie est souvent forte-
ment diminuée ( 0-0,2 g/L).
Les infections du SNC peuvent toucher
les méninges (méningites), et le Diagnostic bactériologique des
parenchyme cérébral donnant des abcès méningites bactériennes
du cerveau et des encéphalites. Les
encéphalites sont en général associées à Le diagnostic bactériologique des ménin-
des méningites donnant des méningo- gites bactériennes repose sur la ponction
encéphalites. L'ensemencement des lombaire ( PL ).
méninges ou du parenchyme cérébral
suppose que l'agent pathogène soit Etude macroscopique du LCR
capable de franchir la barrière sang-
cerveau. Les mécanismes de cette étape Le LCR apparaît trouble ou louche,
sont inconnus. signant une méningite purulente
bactérienne. Le diagnostic de la bactérie
Les méningites bactériennes. responsable est confirmé par l'examen
direct , la recherche d'antigènes solubles
Age Bactéries et la mise en culture du LCR. L’hyper-
Nouveau-nés Streptococcus cellularité atteint souvent 500-1000
agalactiae (streptocoque cellules / mm3 pour les méningites à H
groupe B)
Entérobactéries (E coli K1
influenzae , N meningitidis, S pneu-
surtout) moniae, ou L monocytogenes. Le LCR
Listeria monocytogenes peut être clair dans certaines méningites.
Nourrissons et Haemophilus influenzae
enfants < 6 ans Neisseria meningitidis Etude biochimique du LCR
Streptococcus
pneumoniae
(pneumocoque) En cas de méningite à liquide clair,
Enfants > 6 ans et Neisseria meningitidis l'étude biochimique et cytologique du
adultes Streptococcus LCR revêt une importance fondamen-
pneumoniae tale : typiquement la glycorachie est
abaissée dans les méningites
A tous les âges de la vie, il faut redouter bactériennes et l’ albuminorachie est en
Listeria monocytogenes, surtout chez les général >1g/L. L’étude cytologique révèle
personnes immunodéprimées et les une hypercellularité (> 10 cellules/mm3)
femmes enceintes, et Mycobacterium avec plus de 50 % de polynucléaires. Il
tuberculosis , agent de la tuberculose. peut s’agir d’une méningite bactérienne
Ces deux germes ne sont pas au tout début. Il faut considérer un tel
responsables de méningites pures mais résultat comme le témoin d’une méningite
de méningoencéphalite. bactérienne jusqu'à preuve du contraire,
surtout en cas d’hypoglycorachie et
Le liquide céphalorachidien (LCR) d’hyperalbumino-rachie. Le diagnostic est
normal est ‘’eau de roche’’, sans cellules affirmé par l’examen direct, la détection
ni hématies ( <1 cellules / mm3), contient d’antigènes solubles et la culture. Il faut
0,2-0,5 g/L d’albumine et un taux de éliminer l’infection bactérienne au contact
70

des méninges (abcès cérébral) et faire meningitidis sérogroupe A et C, S.


un scanner. pneumoniae, S agalactiae.
Etude cytologique du LCR Le LCR est ensuite cultivé systémati-
quement pour isoler et identifier la
En cas d’hypercellularité (> 10 cellules/ bactérie responsable.
mm3) avec plus de 50 % de lymphocytes,
on doit évoquer si l’ albuminorachie > 1 Neisseria meningitidis
g/L ou surtout si il existe une hypo-
glycorachie, une méningite bactérienne Neisseria meningitidis (méningocoque)
liée à un germe à multiplication est responsable de la méningite
intracellulaire: M tuberculosis (BK) ou L. cérébrospinale. N. meningitidis est un
monocytogenes. Si la glycorachie est coque à Gram négatif, très proche de
normale, il peut s'agir :(1)d'une méningite Neisseria gonorrhoeae . C’est un germe
à BK ou Listeria, surtout si la cellularité fragile (froid, dessiccation), qui croît sur
est importante et/ou si l’albuminorachie milieux enrichis en présence de CO2.
est > 1 g/L , le contexte clinique revêtant C’est une bactérie capsulée, possédant
une importance capitale ; (2) d'une une capsule polysaccharidique permet-
méningite bactérienne décapitée par un tant de distinguer 13 sérogroupes (A, B,
traitement antibiotique préalable ; (3) C, X, Y, W135...). Cette capsule induit la
d'une méningite virale, avec production d’anticorps protecteurs qui est
albuminorachie < 1 g/L en général, qui la base de la vaccination anti-méningoco-
reste un diagnostic évoqué après avoir ccique. Le vaccin comporte des extraits
éliminé les causes bactériennes. purifiés de polysaccharidique capsulaire
A et C. Le polysaccharide de type B n'est
pas immunogène du fait d'une parenté
antigénique avec certains antigènes du
cerveau. Les polysaccarides A et C ne
sont pas immunogènes avant 18 mois.
Donc, il n'y a pas de possibilité d'une
vaccination de routine de l'enfant.

N. meningitidis est une bactérie stricte-


ment humaine, retrouvée dans le rhino-
pharynx des porteurs sains, soit 10 à 20
Cerveau d’un patient décédé de méningite
tuberculeuse
% de la population en période hivernale.
La bactérie est transmise par voie
Etude bactériologique du LCR aérienne. Ces infections évoluent en
Europe sur un mode endémique (500
L’examen microscopique direct du LCR cas/an en France) avec un pic durant
après coloration de Gram et au bleu de l'hiver. Les souches de sérogroupe B
méthylène permet de voir des bacilles, sont le plus fréquentes en France (60%),
des coques Gram + ou Gram -, intra ou suivies du sérogroupe C (30-40%). En
extracellulaires, associés à une réaction Afrique, la maladie évolue sur un mode
cellulaire plus ou moins forte à épidémique et le sérogroupe A est le plus
polynucléaires et lymphocytes . fréquent.

On pratique une recherche d'antigènes A partir d’ un portage dans le rhino-


solubles dans le LCR, le sang et les pharynx très fréquent durant l'hiver, la
urines pour H influenzae type b, N bactérie peut passer dans le sang dans
un faible pourcentage de cas
70
71

(septicémie) et gagner les méninges, L’antibioprophylaxie doit être mise en


produisant une méningite. La septicémie œuvre dans l'entourage d'un malade
ou la méningite peuvent être clinique- (famille proche, pensionnaires d'une
ment au premier plan. institution, soldats d'une caserne…). La
rifampicine est l’antibiotique de 1er choix :
Diagnostic d’une méningite à chez l’adulte 600 mg/j pendant 2 jours,
méningocoques. chez l’enfant > 1 mois : 10 mg/kg/jour
pendant 2 jours, chez l’enfant < 1 mois ,
Le diagnostic bactériologique repose sur 5 mg/kg/j pendant 2 jours. En 2ème choix ,
l'isolement et l'identification du germe en si la rifampicine est contre-indiquée, on
culture. On pratique des hémocultures et préconise la spiramycine : chez l’ adulte
des cultures du LCR dans lesquels la 2 g/jours pendant 5 jours, chez l’ enfant
culture de méningocoques est 50 mg/kg pendant 5 jours.
systématique.La bactérie peut être isolée
d’autres prélèvements : gorge surtout,
éventuellement cutané. Il faut alors Haemophilus influenzae
préciser la recherche de méningocoques
car ce sont des prélèvements Haemophilus influenzae est un bacille à
polymicrobiens nécessitant l’ensemen- Gram négatif, fragile, croissant sur
cement de milieux sélectifs.Les colonies milieux enrichis. Il possède une capsule
apparaissent en 24 h sur les milieux polysaccharidique avec 6 sérotypes (a, b,
enrichis. L’identification et l’antibiogram- c d, e et f). Le sérotype b est celui qui
me nécessitent 48-72 h. La bactérie reste pose de loin le plus de problèmes de
sensible β-lactamines, à la rifampicine, Santé Publique car il est le principal
aux macrolides et au chloramphénicol. La responsable d'infections invasives
recherche d'antigènes solubles (méningites, pneumonies, septicémies,
polysacchariques est possible dans le arthrites..). Les autres sont responsables
LCR, le sang et l’ urine. Il n’existe pas de surtout d'otites.
sérodiagnostic. Il existe un vaccin contre les souches de
sérotype b. L'antigène vaccinal est le
polysaccharide capsulaire b, qui est peu
N meningitis : bactéries tuées dans les immunogène. Son immunogénicité est
polynucléaires
renforcée par conjugaison avec une
protéine immunogène, telle que
Traitement l’anatoxine tétanique ou l’anatoxine
diphtérique. Depuis l'introduction du
Le traitement usuel des méningites à vaccin chez les nourrissons, il y a eu une
méningocoques repose sur l’utilisation quasi-disparition des infections à H.
des β-lactamines ( amoxicilline). Il existe influenzae de sérogroupe b.
un vaccin polysaccharique. On peut H influenzae est une bactérie strictement
réaliser des vaccinations de masse lors humaine, transmise par voie aérienne. Le
d'épidémie par des bactéries du portage rhino-pharyngée est répandu
sérogroupe A ou C et vacciner les sujets chez le jeune enfant (jusqu’à 50% de
se rendant en zone de haute endémicité portage avant 2 ans) et, avant vacci-
A ou C (Afrique intertropicale), surtout en nation, les infections à H influenzae
cas de séjour de longue durée. L'injection sérotype b ( Hib) étaient très fréquentes
d'une dose après 18 mois protège avant l'âge de 5-6 ans. Les bactéries
pendant 3 ans contre les sérogroupes A colonisant le rhino-pharynx peuvent
et C. Il n’existe pas de vaccination contre induire des infections ORL très
le sérogroupe B. fréquentes et parfois pulmonaires (otites,
71
72

sinusites, épiglottites, pneumonies). Les Parmi les alternati-ves , la rifampicine ou


bactéries peuvent disséminer par voie une fluoroqui-nolone (uniquement chez
sanguine chez quelques enfants donnant l'adulte) ont été utilisés avec succès.
une septicémie isolée (rare) souvent
infectant les méninges (méningites) ou Le traitement préventif est la vaccination
éventuellement les articulations pratiquée avant 6 mois: 3 injections à 1
(arthrites). mois, rappel à 18 mois ; entre 6 mois et 1
an : 2 injections à 1 mois, rappel à 18
Diagnostic des infections à H mois ; de 1 à 5 ans :1 seule injection.
influenzae. Tous les enfants doivent être inclus dans
cette vaccination de routine. Pour
Le diagnostic des infections à H l’antibioprophylaxie, on utilise la rifampi-
influenzae repose sur l'isolement du cine 10 à 20 mg/kg/j, 5 à 7 jours dans
germe en culture sur gélose au sang. La l'entourage (collectivité) d'un enfant ayant
recherche d'antigènes solubles dans le une méningite à H. influenzae type b.
LCR, le sang ou l’urine est possible
seulement pour le polyoside capsulaire b.
Les bactéries sont souvent résistantes Streptococcus pneumoniae
aux aminopénicillines par production de
β-lactamases plasmidiques. Il n'existe Streptococcus pneumoniae (pneumo-
pas de sérodiagnostic. coque) est un coque Gram positif, fragile,
nécessitant pour sa croissance des
Meningitis to H. influenzae milieux enrichis. Il possède une capsule
polysaccharidique définissant plus de 84
sérotypes. Certains sérotypes sont plus
virulents.
Le pneumocoque est un hôte habituel
des voies aériennes supérieures (5 à 10
% de la population adulte). Les sujets à
risques sont les patients splénectomisés
et drépanocytaires (asplénisme), les
sujets aux âges extrêmes de la vie (<2
ans, > 65 ans), les patients avec
insuffisance respiratoire, cardiaque,
Méningite à H influenzae
hépatique (cirrhose.. ), diabète... L’ inci-
dence annuelle de septicémies à
Traitement des infections à H
pneumocoque (pneumococcémies) est
influenzae.
de 8,5 / 100 000 habitants. Par leur
fréquence et leur éventuelle gravité, les
L’antibiothérapie est basée sur l’utilisation
infections à pneumocoque sont un réel
de céphalosporines résistan-tes aux β-
problème de Santé Publique.
lactamases type céphalo-sporines de
Les pneumocoques colonisent fréquem-
3ème génération (céfatoxime, céftriaxone)
ment le rhinopharynx (jusqu’à 50% de
pour les infections sévères (méningites,
portage avant 2 ans) et déclenchent
pneumo-nies, épiglottites). Pour les
comme H influenzae de fréquentes
infections ORL(otites, sinusites), on peut
infections des voies aériennes ( otites,
utiliser les certaines céphalosporines
sinusites, mastoïdites et pulmonaires).
(céfuroxime, céfixime, cefpodoxime) ou
Les bactéries peuvent parfois disséminer
l’association amoxi-cilline + un inhibiteur
par voie sanguine et donner des
de β-lactamase (acide clavulanique).
72
73

méningites, des péritonites, des arthrites, aminosides sont inactifs sur les
des endocardites. pneumocoques, comme tous les autres
streptocoques, mais une synergie est
Diagnostic des méningites à conservée en association avec les β-
pneumocoques. lactamines. La vancomycine est cons-
tamment active. C’est l’ antibiotique de
Le diagnostic des méningites à choix en cas de résistance complète à
pneumocoques repose sur l'isolement et toutes les β-lactamines et constamment
l’identification des germes en culture. indiqué en association avec les
Une recherche d'antigènes solubles est céphalosporines de 3ème génération lors
possible dans le LCR , le sang et les des méningites. La rifampicine est un
urines. Il n’existe pas de sérodiagnostic. antibiotique de choix car encore il n’y a
Près de 50% des souches de S que peu de souches résistantes. Le
pneumoniae sont trouvées de CMI chloramphénïcol est inconstamment actif.
intermédiaires (0,1-1mg/L) ou résistantes
( >1 mg / L, habituellement 2 mg/ L ) à la La vaccination est indiquée chez les
pénicilline. Cette résistance à la sujets âgés (> 65 ans), les malades avec
pénicilline s’accompagne souvent d’une des affections chroniques
résistance à d’autres antibiotiques ( (cardiovasculaires, respiratoires, diabète,
érythromycine, tétracyclines…). cirrhose...), les drépanocytaires, splénec-
tomisés (dans ce cas, la vaccination doit
intervenir15 jours avant la splénectomie).

Listeria monocytogenes

L monocytogenes est un bacille à Gram


positif, résistant aux conditions hostiles,
croissant sur milieux ordinaires, même à
+ 4°C. La bactérie est saprophyte,
largement présente dans l’environnement
Pneumocoques capsulés dans un pus (sol, eaux , ensilage...). L'homme est
contaminé à partir de son alimentation.
Traitement des méningites à La production industrielle des aliments et
pneumocoques. leur conservation à basse température
augmentent le risque de contamination.
Antibiothérapie L monocytogenes est une bactérie
La pénicilline était le traitement de choix pathogène opportuniste, atteignant
et le choix de l'antibiotique est fonction de surtout les sujets au système immunitaire
la CMI à la pénicilline G. Pour les diminué ( femmes enceintes, nouveau-
souches de CMI sensibles et nés,immunodéprimés, personnes âgées).
intermédiaires ( CMI < 0,1 mg/ L, 0,1 –1 On dénombre environ 225 cas / an en
mg/L,respectivement), on utilise l’amoxi- France.
cilline (200 mg/kg/j). Pour les souches de
CMI résistantes à la pénicilline ( > 1 mg/ Les bactéries ingérées avec la nourriture
L ) , on utilise le céfotaxime (200 mg contaminée, traversent l’intestin et
/kg/j) ou ceftriaxone (500 mg/kg/j). Les gagnent le foie, puis disséminent par voie
macrolides sont inconstamment actifs sanguine vers le système nerveux central
(40 % des souches résistantes). Les (SNC) donnant une méningo-encéphalite
et le placenta chez la femme enceinte
73
74

(infections foeto-placentaires).Les signes Escherichia coli est un bacille à Gram


cliniques peuvent être limités à une fièvre négatif, appartenant à la famille des
inexpliquée, et en cas d’atteinte du SNC, entérobactéries, capable de croître sur
des céphalées avec des paralysies des milieux ordinaires. Cette bactérie est
pires crâniennes. germe présente dans la flore du tube
digestif. Les souches responsables de
Traitement de la listériose méningites néo-natales appartiennent au
groupe capsulaire K1.
Le traitement antibiotique est basé sur Le traitement de ces méningites néo-
l’utilisation de la pénicilline G ou des natales est basé sur l’association d’une β-
amino-pénicillines (amoxicilline). Les lactamines comme l’ amoxicilline ( mais
bactéries sont résistantes aux de nombreuses souches résistantes sont
céphalosporines. Les aminosides retrouvées) ou plutôt une céphalo-
(gentamicine) avec les pénicillines sont sporines de 3ème génération (céfota-
généralement associés aux β-lactamines, xime, ceftriaxone) associé à un amino-
du fait de leur action synergique. En cas side.
d ‘allergie aux β-lactamines, le cotrimo-
xazole peut être employé. Il n’y a pas de
vaccins. Les méningites dans un contexte
neurochirurgical
Streptococcus agalactiae
Les méningites dans un contexte
S agalactiae (streptocoque B) est un neurochirurgical sont dues à des
coque à Gram positif en chaînettes, qui souches d’entérobactéries ( Klebsiella
croit sur milieux enrichis. Cette bactérie pneumoniae…), de Pseudomonas
colonise le tube digestif et/ou le tractus aeruginosa ou espèces apparentées, de
urogénital chez 5 à 40 % de la Staphylococcus aureus ou Staphylo-
population. coccus epidermidis. Le traitement anti-
L’infection du nouveau-né survient biotique sera adapté en fonction des
habituellement au cours de l’accou- données de l'antibiogramme
chement , par rupture prématurée des
membranes, donnant une méningite
néonatale précoce. La contamination Le traitement probabiliste des
peut aussi survenir après l'accou- méningites bactériennes
chement, donnant une méningite tardive.
Chez l'adulte, des infections peuvent Adulte et Méningocoque Céfotaxime (200
nourrisson pneumocoque mg/kg/j) +
survenir surtout chez des sujets hémophile vancomycine ou
prédisposés (diabète, grossesse, can- rifampicine
cer...). Il peut s ‘agir d’infections urinaires, Si suspicion de
de pneumonies, d’endo-cardites, de Listeria, ajouter 200
septicémies. mg/kg/j
d'amoxicilline
Le traitement est basé sur la pénicilline G jusqu’au résultat de
ou l’amoxicilline, associé aux amino- la culture
sides. L’alternative à la pénicilline est la
vancomycine ou le chloramphénicol. Nouveau- streptocoque B Céfotaxime +
né entérobactéries amoxicilline
Listeria + aminoside

Escherichia coli

74
Les bactéries des infections Enterobacter cloacae, Serratia marces-
cens), Proteus spp…
nosocomiales - des Pseudomonas : surtout Pseudo-
monas aeruginosa
Les infections nosocomiales - des staphylocoques (Staphylococcus
aureus, Staphylococcus epidermidis)
Définition - des entérocoques (Enterococcus fae-
calis, Enterococcus faecium)
Une infection est dite nosocomiale - des bacilles gram négatif : Acine-
lorsqu'elle est présumée avoir été tobacter spp, Stenotrophomonas malto-
acquise à l'hôpital, sans préjuger son philla
origine exogène ou endogène, iatrogène Ces bactéries entraînent des infections
ou non. Les infections nosocomiales sont urinaires, pulmonaires , des septicémies,
causées essentiellement par des des infections sur catheter et de plaies
bactéries , mais aussi par des virus et opératoires…Ces bactéries peuvent
des champignons. devenir multirésistantes.
En France, on estime qu’il y a 530 000
patients hospitalisés à l'AP et que les
infections hospitalières atteignent 3 à 5 Le groupe Klebsiella, Enterobacter,
% des patients hospitalisés, soit 15000 à Serratia (KES)
25 000 patients par an dans la région de
Paris , avec 500 à 2000 décès annuels. Le groupe Klebsiella, Enterobacter,
La répartition est en chirurgie de 9000 Serratia (KES) sont des bacilles à Gram
patients, en médecine de 8000, en négatif de la famille des entérobactéries,
obstétrique de 3000 , et en gynécologie très souvent responsables d'infections
de 1600 et en pédiatrie de 1600. Le nosocomiales.
nombre de jours supplémentaires Le genre Klebsiella réunit K. pneumoniae,
d'hospitalisation serait de 100 000 et 180 K. oxytoca, K. ozenae, et K.
000, soit une charge financière de 30 à rhinoscleromatis. Ce sont des bacilles
42 millions d’ €. Gram négatif, immobiles, souvent
encapsulés, absente dans 25 % des
souches de K. pneumoniae. En 24 h sur
gélose ordinaire à 37°C, les colonies de
K. pneumoniae sont de 3 à 4 hum,
rondes, translucides, muqueuses,
bombées. Les bactéries de cette espèce
fermentent le glucose et le lactose en
produisant du gaz, sont indole +, uréase
+, et fermentent l'acétoïne (réaction de
Voges-Proskauer +).
A B

Bactéries les plus souvent


responsables des nosocomiales

Les bactéries les plus souvent


responsables des nosocomiales sont :
- des enterobactéries : Escherichia coli , A. E coli infection urinaire
groupe KES (Klebsiella . pneumoniae, B. K. pneumoniae capsulé
76

Le genre Enterobacter réunit E. responsables respectivement du rhino-


aerogenes, E. cloacae, E. agglomerans, sclérome, maladie rare et chronique
E. hafniae . Ce sont des bacilles Gram (Afrique du Nord, Afrique centrale,
négatif, mobiles, non capsulés, donnant Europe de l'Est) et de la rhinite atro-
parfois des colonies pigmentées en phique.
jaune (E. agglomerans), indole+,uréase -
fermentant d'acétoïne (réaction de Physiopathologie et Immunité des
Voges-Proskauer +). infections du groupe KES
Le genre Serratia réunit S. marcescens
et S. liquefaciens. Ce sont des bacilles Les facteurs de virulence des bactéries
Gram négatif, mobiles, donnant parfois du groupe KES sont : (1) la capsule des
des colonies pigmentées en rouge souches de Klebsiella qui confère la
caractéristiques. Sur l’antibiogramme, on résistance à la phagocytose par les
peut voir un aspect en cocarde autour du polynucléaires et les macrophages ; (2)
disque de colistine. l’aérobactine , les adhésines ; (3) la
sécrétion d'enzymes protéolytiques
Les infections nosocomiales du favorisant la diffusion tissulaire des
groupe KES souches de Enterobacter et Serratia
(bien que peu virulentes pour l'animal de
Les bactéries du groupe KES sont laboratoire par rapport à celles de
responsables de près de 10 à 30 % des Klebsiella). Ces bactéries Immunité
infections nosocomiales, survenant sur suscitent une immunité de type humorale
des patients fragilisés (immunodéprimés, avec formation d'anticorps opsonisants
sujets traités par des antibiotiques…). qui facilitent la phagocytose des souches
Les infections bronchopulmonaires sont capsulées (Klebsiella) qui ont une grande
surtout dues à K. pneumoniae, repré- diversité antigénique. Il n’y a pas
sentant 1-5 % des pneumopathies bac- d'immunité croisée entre les différents
tériennes et donnant un tableau de sérogroupes : chez Klebsiella, on décrit
pneumopathie bactérienne classique 11 antigènes O (LPS), plus de 80
(avec crachats hémoptoïques évoca- antigènes capsulaires K et 15 antigènes
teurs). Les infections urinaires sont flagellaires H.
tenaces, basses ou hautes, représentant
20% des infections urinaires noso- Epidémiologie des infections
comiales, surtout dues à K. pneu- nosocomiales du groupe KES
moniae. Les infections localisées sont
responsables d'infections secondaires à Les bactéries du groupe KES sont très
des gestes chirurgicaux ou des soins répandues dans la nature, les eaux, les
infections cutanées, vasculaires (KT), sols, les végétaux, les aliments…Elles
péritonéales ORL, génitales, vésiculaires. appartiennent à la flore commensale de
K. pneumoniae a été incriminée dans la peau, des muqueuses : l’espèce
certaines épidémies de diarrhées Klebsiella est présente dans la flore
infantiles. Les bactéries du groupe KES fécale chez 30 à 40 % de sujets sains.
donnent des septicémies souvent de Ces bactéries sont transmises de façon
mauvais pronostic, du fait du terrain manuportée ou par aérosols, par du
sous-jacent , de la fréquence des chocs matériel souillé (sondes, catheters), voir
endotoxiniques (>20%) et à des par des antiseptiques contaminés.
métastases infectieuses (5%), et de la
résistance fréquente aux antibiotiques.
K. rhinoscleromatis et K. ozenae sont des
espèces particulières tenues pour
76
77

Traitement des infections Epidémiologie des infections


nosocomiales du groupe KES nosocomiales à entérocoques

Klebsiella et Enterobacter sont Les entérocoques sont des bactéries


naturellement des espèces résistantes à commensales de la flore buccale,
l'ampicilline et à la ticarcilline, sensibles digestive et urétrale. Ils sont retrouvés
aux aminosides, à la colistine, au dans la flore fécale chez 25 % des sujets
cotrimoxazole, aux céphalosporines de sains. Leur mode de transmission est
3ème génération, aux quinolones. Les surtout manuporté comme les autres
souches du groupe KES sont souvent infections nosocomiales.
multirésistantes aux antibiotiques et
requiert une antibiothérapie adaptée en Traitement des infections
fonction de l’antibiogramme et un nosocomiales à entérocoques
traitement de la porte d'entrée.
La sensibilité des entérocoques est
inférieure à la pénicilline G (CMI < 2 à 4
Les entérocoques mg/L). Le traitement de choix est l’
amoxicilline associée à un aminoside Il
Les entérocoques comprennent 2 existe une résistance naturelle à la
espèces principales, Enterococcus clindamycine, aux céphalosporines et aux
faecalis et Enterococcus faecium, ap- quinolones . On peut rencontrer des
partenant au groupe D de la classification résistances acquises multiples: β-lacta-
de Lancefield (selon l’antigénicité du mines, aminosides, macrolides, glyco-
polyoside pariétal). Ce sont des coques peptides.
Gram positif en diplocoques ou en
courtes chaînettes. Après 24 h à 37°C
sur gélose au sang, ces bactéries
donnent des colonies de 1-2 mm,
opaques, non hémolytiques ou entourées
d'une zone d'hémolyse de type α ou β.
Les bactéries sont catalase négative,
fermentent en présence de NaCI.

Les infections nosocomiales à


entérocoques
Entérocoques
Les entérocoques sont responsables d’
infections cutanéo-muqueuses, telles que
des surinfections de plaies chirurgicales,
d’ulcères variqueux ou de décubitus, de
brûlures, de gangrènes ..., d’infections
respiratoires (médiastinites…), d’infec-
tions digestives (péritonites, cholécys-
tites, appendicites…), d’infections urinai-
res sur sondes vésicales ou chez des
patients porteurs de lithiases, et de
cystites chez la jeune femme. Ces
infections peuvent donner des septicémie
avec méningites, endocardites ou encore
péricardites.
77
78

Les staphylocoques
Pseudomonas aeruginosa
Les staphylocoques réunissent Staphylo-
coccus aureus et de nombreu-ses autres Pseudomonas aeruginosa est un bacille
espèces dites à coagulase négative Gram négatif, mobile. Il donne en 24 h
(Staphylococcus epidermidis…). Ce sont sur gélose ordinaire à 37°C des colonies
des coques Gram positif, sphériques de de 3 à 4 mm, plates, translucides,
0,8 à 1 µ, en diplocoques ou en petits irisées, vertes à l’odeur de la pomme
amas regroupés (grappe de raisin), verte ( par production de 2 pigments, la
immobiles , asporulés, non capsulés . pyoverdine et la pyocyanine). C’est une
Ce sont des bactéries aéro-anaérobie, à espèce aérobie stricte, oxydase +,
métabolisme respiratoire et fermentaire, capable de croître à 42°C et
catalase positive cultivant rapidement sur naturellement très résistante aux
milieu usuel en 24 h à 37°C, ou antibiotiques.
hypersalé. Les colonies de S. aureus
produisent un pigment jaune doré ou Les infections nosocomiales à P ae-
citrin et sont hémolytiques sur gélose au ruginosa
sang. S. aureus produit une DNAse et
une coagulase et possède une protéine P.aeruginosa est un pathogène
de paroi spécifique la protéine A. Les opportuniste responsable d’infections
staphylocoques à coagulase négative survenant chez des patients fragilisés. On
sont différenciés en fonction de leurs relève des infections broncho-
caractères métaboliques. pulmonaires par colonisation des
Les infections nosocomiales à staphylo- muqueuses bronchiques. C’est le 1er
coques sont très fréquentes. Il s’agit germe responsable de pneumopathie
d’infections cutanéo-muqueuses à S. nosocomiale (environ 20%) avec un
aureus et à staphylocoques à coagulase important taux de mortalité. Les germes
négative (infections sur cathéter, infec- colonisent inéluctablement l’arbre bron-
tions digestives, pulmonaires.. ) et de chique au cours de la mucoviscidose : en
septicémies. fonction de l'age, < 20% chez les enfants
de moins de 1 an, > 80% chez les plus
patients de 20 ans. P aeruginosa
participe directement à la progression et

78
79

à l'aggravation des lésions pulmonaires lentilles de contact…). La colonisation de


au cours de cette maladie. la peau chez l’homme intéresse surtout
humaine les aisselles, le périnée et les
oreilles.

Traitement des infections nosocomia-


les à P aeruginosa

P aeruginosa possède une résistance


naturelle aux β-lactamines (pénicilline G,
amoxicilline…), aux céphalosporines de
1ère et 2ème génération, mais est sensible
aux céphalosporines de 3ème génération
(type ceftazidime ou Fortum®) et à
P.aeruginosa l'imipénème ( Tiénam®). Sa sensibilité
est variable aux aminosides, le plus actif
P aeruginosa est par la fréquence le 3ème étant l’amikacine ( Amiklin®) et aux
germe responsable d'infection urinaire quinolones, le plus actif étant la
nosocomiale. ces infections sont souvent ciprofloxacine (Ciflox®). P aeruginosa est
récidivantes et chroniques, survenant sur toujours sensible à la colistine.
sonde, lithiase ou en phase post-
chirurgicale. P aeruginosa est aussi
responsable d’infections cutanéo-mu- Les bactéries multi-résistantes des
queuses localisées : l’ecthyma gangreno- infections nosocomiales.
soma, nécroses cutanées, cellulites,
fasciites nécrosantes, bulles, surinfec- Certaines espèces sont naturellement
tions d'ulcères variqueux, surinfection de multirésistante (Xanthomonas maltophi-
plaies chirurgicales, surinfection de brûlu- lia). Cependant, on définit les bactéries
res ; infections oculaires ( conjonctivites, multi-résistantes comme des souches
kératites, endophtalmies) ;infections ORL d’une espèce bactérienne trouvées
(otites chroniques externes malignes, résistantes au moins à deux classes
mastoïdites, sinusites...). Ces infections d'antibiotiques auxquelles les souches de
peuvent être à l’origine de septicémies la même espèce sont habituellement
redoutables (méningites, abcès du sensibles. Les conséquences de ces
cerveau…). infections à bactéries multi-résistantes
sont multiples : augmentation de la
Epidémiologie des infections gravité de la maladie du fait de
nosocomiales à P aeruginosa l’inefficacité des antibiotiques, augmen-
tation des durées d'hospita-lisation et de
P.aeruginosa est une bactérie sapro- la mortalité , augmentation des coûts
phyte, retrouvée dans l’eau, le sol, les d’hospitalisation.
plantes, sur la peau et les muqueuses de
l’ homme et des animaux. C’est une Epidémiologie des bactéries
bactérie sans exigence nutritive, résis- multirésistantes
tante, pouvant croître à des températures
élevées ( 42°C). et ayant prédilection En France, il existe un très haut taux
pour les environnements humides (éviers, d'incidence des bactéries multirésis-
vases de fleurs, siphons, matériels tantes. Par exemple, les souches de S.
d'assistance respiratoire, réservoirs aureus résistantes à la méthicilline (S
d'eau, piscines, solutions désinfectant les aureus methi-R ou SARM) sont passées
79
80

de 20% des souches hospitalières en


1980 à 45 % en 1996, avec une diffusion
à des services jusqu'alors peu touchés
(chirurgie cardiaque, orthopédique, mé-
decine interne…). Les souches de S.
aureus résistantes à la méthicilline sont
souvent retrouvées dans le narines et la
peau (aisselles et périnée) et le tractus
respiratoire. Ces bactéries sont transmi-
ses par les mains du personnel, les
objets souillés (stéthoscopes…) et
disséminées d'un service à l'autre, d'un
hôpital à l'autre d'un malade à l'autre
dans le même service.

Facteurs favorisant les infections à


bactéries multi-résistantes.

Les facteurs favorisant les infections à


bactéries multi-résistantes sont liés au
terrain (patients fragilisés, immunodé-
primés…), à les actes invasifs (cathéters,
intubation, sondage…), à la durée
d'hospitalisation prolongée, à l’hospita-
lisation dans des unités de soins intensifs
, au non-respect des règles d'hygiène par
les soignants, au partage des chambres,
et à l’antibiothérapie prolongée à large
spectre.

Dans les services, la stratégie pour


interrompre la transmission des bactéries
multi-résistantes est basée sur l’isolement
des malades, l’étiquetage, le respect des
règles d'hygiène en particulier le lavage
des mains, le signalement du malade
infecté lors de son transfert dans d'autres
services hospitaliers , et la notification au
service et à la surveillante hygiéniste

80
81

Les mycobactéries mycobactérie de la lèpre : Mycobacterium


leprae ; (3) mycobactéries atypiques: les
Les mycobactéries mycobactéries opportunistes (SIDA) :
Mycobacterium avium, Mycobacterium
kansasii…
Les mycobactéries sont des bactéries à Propriétés Mycobactéries Mycobactéries Mycobactéries
paroi riche de lipides (acides mycoliques) tuberculose de la lèpre atypiques
et de glycolipides (arabinogalactame,
Réservoir Strictement Strictement Saprophytes
lipo-arabinomannane), apparentées aux humain humain Homme
bactéries à Gram positif. Ce sont des animaux

bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR), Temps de 24 heures 13 jours Rapide ou


propriétés tinctoriales mise en évidence génération lente

par la coloration de Ziehl-Neelsen. Les Pathogénicité Tuberculose Lèpre Opportunistes


mycobactéries sont capables de croître
dans les macrophages et résistent aux
antibiotiques anti-bactériens usuels.
Mycobactéries de la tuberculose

La tuberculose est due à plusieurs


espèces de mycobactéries : M tubercu-
losis , M. bovis, M. africanum. Ce sont
des bactéries strictement humaine
transmises par voie aérienne, hautement
virulente (l’inoculum infectant par aéro-
sols est de l’ordre de 1-3 bactéries), à
croissance lente (20 h temps de géné-
ration), capables de survivre et de croître
dans les macrophages( bactéries à
croissance intracellulaire facultative). En
pratique, M tuberculosis (ou bacille de
Koch, BK) est le pathogène de loin le plus
souvent isolé au cours de cette maladie.

Paroi des mycobactéries riches de lipides (acides


mycoliques) et de glycolipides (arabinogalactame,
lipo-arabinomannane).

Ce sont des bactéries aérobies strictes


qui requiert de l’oxygène pour leur
croissance rapide ou lente. Ces bactéries
sont responsables de maladies
chroniques (tuberculose, lèpre) et Croissance intra-macrophagique des
d’infections opportunistes au cours du mycobactéries.
SIDA.
Il existe plus de 50 d’espèces de
mycobactéries saprophytes. Certaines Méningite Pays Pays non
sont pathogènes : (1) mycobactéries de tuberculeuse développés développés
la tuberculose : Mycobacterium Mortalité 10 % 50 %
tuberculosis, Mycobacterium bovis, Séquelles 25-35 % Très élevées
Mycobacterium africanum ; (2)
81
82

L’impact de la tuberculose en Santé


Publique est considérable, surtout dans le
tiers-Monde. D’après l’ OMS ( 1990), l’
incidence de la tuberculose était de : 3
344 506 cas déclarés / an , avec des taux
d’incidence de 25/105h en Europe ,
30/105 h en Amérique du Nord, de 70/105
h en Afrique, de 70/105 h dans les pays
de l’Est de la Méditerranée, 120/105 h en Pourcentage de tuberculose en fonction de l’âge
d’exposition
Asie, et de 60/105 h dans le Pacifique
Ouest . En France, l’incidence est de
Les jeunes enfants (<3 ans) font des
17/105h, avec 52 cas de méningite
miliaires tuberculeuses généralisées avec
tuberculeuse en 1992 ( incidence 9
méningites. Les enfants de 3-15 ans font
méningites /103 primo-infections
des primo-infections asymptomatiques
tuberculeuses). On a récemment vu une
avec chancre d’inoculation, adénopathie
augmentation de la tuberculose dans le
médiastinale : c’est le ‘’complexe primaire
monde, atteignant près de 24 % dans le
d’inoculation’’. Les jeunes adultes 15-25
Tiers-Monde. En Europe, on a observé
ans ont une propension pour présenter
un ralentissement de la décroissance de
une tuberculose cavitaire des sommets.
l’incidence de la maladie. Enfin, on a
Les vieillards font des réactivations de
aussi observé l’émergence de souches
tuberculose ancienne ou des surin-
résistantes aux antituberculeux (INH,
fections avec miliaires, cavernes,
rifampicine, éthambutol...).
pneumonies progressives graves. Les
formes extra-pulmonaire représentent 15
% des tuberculoses. Il s’agit de
méningites, de formes ostéo-articulaires
(mal de Pott), urogénitales, séreuses
(péricardites pleurésies, péritonites), ou
encore ganglionnaires.

Physiopathologie de la tuberculose

La tuberculose est une maladie chronique


liée à l’interaction complexe entre les
bactéries et le système immunitaire. La
réaction immunitaire T (CD4-dépendante)
de l’hôte (terrain génétique) est
Chute de la tuberculose avec l’amélioration de déterminante pour l’expression clinique
l’hygiène et de l’alimentation. de la maladie. La contamination se fait
par aérosols (droplets nuclei avec 1-3
bactéries > 5 µ) transmis par la toux, la
La tuberculose parole, les éternuements, à partir des
patients, surtout ceux hautement
La tuberculose est avant tout une contagieux présentant des cavernes
infection pulmonaire, localisation de 85 % tuberculeuses. L’inoculum infectant est
des cas. L’évolution de la maladie varie faible < 100 bactéries et les contacts sont
en fonction de l’âge des patients. souvent répétés. La transmission
digestive qui requiert un inoculum massif
>108 bactéries se faisait par le lait

82
83

contaminé (M. bovis) et est devenue C’est la période de risque majeur de


rare depuis la pasteurisation méningite tuberculeuse.
systématique du lait. Très rarement, la
tuberculose peut être transqmise par voie
sexuelle, transplacentaire ou cutanée.

Phase pré-immune de l’infection (< 6-8


semaines)

Chancre d’inoculation pulmonair


Après contamination par aérosols, la
lésion initiale est le chancre d’inoculation
pulmonaire. Les cibles des bactéries
sont les macrophages alvéolaires de
zones les mieux ventilées (segments Complexe primaire d’inoculation
inférieurs des lobes moyen et inférieur ,
segment antérieur des lobes supérieurs , Phase immune de l’infection (6-14
lingula). Les bactéries pénètrent les semaines)
macrophages par les CR3-CR1 et les
récepteurs de la fibronectine, et se La phase immune de l’infection
multiplient dans ces cellules en inhibant correspond à l’ induction de l’immunité
les fusions phagolysosomes, et en cellulaire T avec formation de granulomes
résistant aux enzymes lysosomiaux inflammatoires. Les événements
(acides mycoliques). Cette résistance est cellulaires de l’immunité antituberculeuse
due à la paroi des mycobactéries riches sont d’abord :(1) la présentation des
de lipides (acides mycoliques) et de antigènes bactériens immuno-dominants
glycolipides (arabinogalactame, lipo- (> 20 protéines majeures) aux
arabinomannane). lymphocytes CD4 par les macrophages
Cette multiplication intra-macrophagique chargés de bactéries intracellulaires ; ces
entraîne une alvéolite acellulaire, macrophages produisent de Il-1 qui
marquant le chancre d’inoculation, qui stimule la prolifération des cellules CD4
est habituellement unique (25%>1), productrices d’INF-γ ; (2) l’activation des
contenant des macrophages et quelques macrophages bactéricides et le
polynucléaires avec rares BK, une recrutement des monocytes activés par
exsudation de fibrine avec vasodilatation les cytokines. Ces événements
capillaire. Cette alvéolite évolue avec contribuent à la formation des
l’apparition en 3-4 semaines de cellules granulomes tuberculeux constitués de
géantes et épithélïodes, constituant avec macrophages activés producteurs d’Il-1 et
un afflux de lymphocytes un granulome TNF (cellules épithélioïdes) ou fusionnés
inflammatoire à la 8ème semaine. (cellules géantes de Langhans) au centre
A partir du chancre d’inoculation, les du foyer inflammatoire et de lymphocytes
bactéries disséminent d’une part vers les CD4 αß et CD3 γδ cytotoxiques recrutés,
ganglions lymphatiques du hile et du entraînant la destruction des
médiastin, formant le ‘’complexe primaire macrophages et une réaction
d’inoculation’’ , et d’autre part par voie fibroblastique périphérique entraînant un
sanguine vers tous les tissus (ganglions enkystement.
lymphatiques, moelle osseuse, rein, L’évolution du granulome se fait vers la
cerveau) et les régions apico-dorsales nécrose caséeuse, qui est une nécrose
des poumons. La phase pré-immune est tissulaire et bactérienne formant un milieu
caractérisée par l’absence d’inhibition de semi-solide très hostile (pas d’oxygène,
la croissance bactérienne et la dissé- pH acide, pas de nutriments) avec de
mination sans granulome aux tissus. rares bactéries extracellulaires

83
84

quiescentes. Cette nécrose, considérée


comme très efficace pour contrôler la
multiplication bactérienne ne survient que
lorsque la croissance n’est pas
entièrement contrôlée.

Caverne tuberculeuse avec fistulisation aux


grosses bronches ( Scanner pulmonaire).

Les conséquences de la réponse immune


sont le contrôle de la bactériémie qui
disparaît , la destruction des bactéries
tissulaires dans les granulomes et l’
apparition de la résistance acquise contre
la tuberculose (hypersensibilité retardée
HSR et résistance à la surinfection).
Cette réponse immune est remar-
quablement efficace puisque la guérison
après contact avec M. tuberculosis
survient dans près de 97 % des cas
(avec enkystement des bactéries qui
peuvent rester quiescentes des années.
La maladie-tuberculose ne se développe
que dans 3 % des cas : soit une
dissémination d’emblée avec tuberculose
aiguë et peu de granulomes, soit
constitution d’une caverne tuberculeuse
avec des granulomes évoluant vers la
nécrose caséeuse et le drainage du
caséum vers l’extérieur.

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85

Examen microscopique des


prélèvements
L’examen microscopique direct des
prélèvements cherche à visualiser les
BAAR par coloration de Ziehl-Neelsen ou
fluorescence: il s’agit de bacilles 2-4 µ
intra et extracellulaires associés à une
réaction inflammatoire

BAAR par colorartion de Ziehl Neelsen des


crachats

Isolement et identification en culture


La résistance acquise anti-
tuberculeuse
La résistance acquise anti-tuberculeuse L’ isolement et identification de M
est de longue durée, entretenue par les tuberculosis se fait par culture sur
réinfections et par l’exposition aux milieux de Löwenstein-Jensen et
bactéries de l’environnement. Les Coletsos. Les colonies typiques en chou-
réinfections exogènes se voient après un fleur apparaissent en 3 semaines à 2
inoculum massif, ou chez des sujets mois d’incubation à 37°C. L’espèce est
fragilisés (malnutrition, SIDA, vieillard…). identifiée par des tests biochimiques
Les réactivations endogènes surviennent (niacine-test, catalase) et des sondes
au cours de déficits immunitaires ou moléculaires spécifiques d’espèce. L’
après traitement par des corticoïdes. antibiogramme se fait sur milieu de
Löwenstein-Jensen en testant l’ INH,
l’éthambutol, la rifampicine, la strepto-
mycine et la pyrazinamide.

Diagnostic de la tuberculose

Prélèvements
Dans la tuberculose pulmonaire, on Colonies en chou-fleur
de M tuberculosis sur milieu
pratique des prélèvements des sécrétions
de Löwenstein.
bronchiques (crachats, tubage gastrique,
aspiration bronchique). Dans la
tuberculose extra-(pulmonaire, les
prélèvements proviennent de foyers
ouverts (urines), ou de foyers fermés (
pus de ponctions et biopsies de plèvre,
méninges, ganglions...).
Pour les biopsies, l’examen anatomo-
pathologique est de grande valeur,
85
86

montrant les granulomes giganto- persistantes pour prévoir les rechutes.


cellulaires typiques avec le caséum. En France, le taux de résistance primaire
à INH est de 3 %, à la streptomycine
de 4 %, à la rifampicine de 0,1 %. Les
antibiotiques anti-tuberculeux ont des
activités variables selon la localisation et
l’état physiologique des bactéries. Les
associations d’antibiotiques anti-
tuberculeux et la durée du traitement
dans la tuberculose pulmonaire sont
rapportés dans le tableau ci-dessous.

Granlulome typique à cellules géantes

Parmi les autres méthodes parfois


utilisées, on peut aussi avoir recours à la
PCR pour accélérer le diagnostic de M
tuberculosis et la culture accélérée sur
milieu liquide 7H10 et détection par
fluorométrie en 10-14 jours ( intérêt pour
l’antibiogramme). L’inoculation au cobaye
ne se fait plus en routine.

Hypersensibilité retardée (HSR)

Le diagnostic indirect est basé sur


l’intradermo-réaction(IDR) à la tuberculine
(extraits bactériens protéiques) montrant
l’hypersensibilité aux antigènes de BK. Il
existe des tests sérologiques (ELISA)
peu contributifs en pratique.

Traitement de la tuberculose

M tuberculosis est une bactérie aérobie


stricte, à croissance lente (20 h ou plus)
présentant une fréquence élevée des
mutations : INH (isoniaside) 5/106 ,
rifampicine 1/ 107 , pyrazinamide 1/107 ,
éthambutol 1/105 , streptomycine 4/105.
Selon ces propriétés, on peut définir trois
populations bactériennes tenant compte
du taux de bactéries dans les lésions
histologiques:
L’ objectif du traitement est d’ empêcher
la sélection de mutants résistants aux
antibiotiques et d’éliminer les bactéries
86
87

Antibiotiques
Activité sur les bacilles à

Multiplication active Multiplication ralentie


pH acide pH neutre

Caverne Macrophages Caséum


INH ++ + 0
Rifampicine ++ + +
Pyrazinamide 0 ++ 0
Ethambutol ± ± 0
Streptomycine +++ 0 0

Granulome Caséum Caverne

Bactéries 102 - 105 10 < 105 109 1011


Aérobiose + - +++
Multiplication + - +++
Acidité + neutre ± acide neutre

Associations Durée Echecs


INH SM PAS 18-24 mois 10 %
INH SM RIF 9 mois ~0%
INH RIF PYR 6 mois ~0%

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Mycobacterium leprae trophiques des phanères et des os


(déformations, mutilations par ostéolyse).
M leprae est l’agent de la lèpre (bacille de La lèpre lépromateuse (sujets “sensi-
Hansen). C’est un BAAR responsable bles”) est une forme grave, généralisée
d’une infection chronique cutanée et avec infiltration diffuse des tissus par les
nerveuse (superficielle). Il n’existe qu’un bacilles., associée à de nombreuses
seul réservoir, l’homme. Cette mycobac- lésions cutanées disséminées type
térie à croissance intracellulaire stricte est macules et nodules fermes et indolores
non cultivable. (lépromes). On voit un épaississement
important du lobe des oreilles, faciès
léonin, atteinte des muqueuses aéro-
digestives supérieures et un coryza
chronique avec sécrétions purulentes et
épistaxis, destruction du cartilage nasal
(perforation de la cloison nasale...). Les
formes frontières évoluent vers l’une ou
l’autre forme.

M leprae au microscope électronique Physiopathologie de la lèpre et


immunité
Lèpre
C’est une maladie d’un grand La contamination se fait par voie
polymorphisme. D’après la classification transcutanée (contact peau ou sécrétions
de l’OMS (clinique, histologie, nasales), avec un rôle favorisant pour les
immunologie), on distingue : (1) des excoriations. Les bactéries ont un
formes stables, la lèpre tuberculoïde et la tropisme cutané et nerveux des parties
lèpre lépromateuse ; (2) des formes exposées au froid (multiplication à 30°C,
frontières instables (borderline). Parmi les temps de génération : 13 jours). Les
individus en contact avec le bacille, seul mycobactéries sont phagocytées par les
un faible nombre développera la maladie. macrophages tissulaires et les cellules de
Schwann et se multiplient dans toutes
ces cellules. Ceci induit une réaction
cellulaire T très forte dans la forme
tuberculoïde avec des granulomes
cellulaires et peu de bactéries. Dans la
forme lépromateuse, la réaction cellulaire
T est faible et les lésions cutanées sont
sans réaction cellulaire et riches de
bacilles.
lèpre tuberculoïde et lèpre lépromateuse

La lèpre tuberculoïde (sujets “résistants”)


est caractérisée par des macules
érythémateuses, hypopigmentées,
évoluant vers des plaques étendues
(léprides). Ces lésions cutanées
s ‘accompagnent de signes
neurologiques : perte de la sensibilité
thermique, tactile, sensibilité douloureuse
de la peau, hypertrophie des troncs
nerveux, entraînant des troubles

88
89

L’ examen microscopique direct est la clé


du diagnostic en permettant de
visualiser les BAAR non cultivables dans
les biopsies cutanées et les frottis nasaux
L’intradermoréaction à la lépromine
(réaction de Mitsuda) peut aider au
diagnostic sur le terrain.

lèpre lépromateuse avec de nombreuses


bactéries et peu de cellules.

Epidémiologie de la lèpre
amas de bacilles (globi ) dans un écoulement
On compte environ 11 millions en 1975 ( nasal de lépreux.
en Asie, Afrique, Amérique du Sud,
Indes). Cette maladie est contagieuse par Traitement de la lèpre
les malades lépromateux (multibacillaires
) en particulier par les écoulements de On utilise les sulfones (dapsone), la
mucus nasal ( pouvant contenir jusqu’à clofazimine, et la rifampicine, antibiotique
108 bactéries / mL). La transmission se majeur contre cette maladie.
ferait par contact direct (cutanée et Habituellement, 3 antibiotiques sont
muqueuse). L’incubation est de 3 - 5 ans. administrés par voie orale pendant 2 ans.
Le tatou serait la seule espèce animale On a vu apparaître des bactéries
naturellement contaminée. résistantes sous antibiothérapie. La
maladie n’est plus contagieuse après 3-4
semaines de traitement.

Mycobactéries opportunistes

Certaines mycobactéries à croissance


rapide ou lente, souvent très résistantes
aux antibiotiques, sont responsables
d’infections opportunistes graves chez les
sujets fragiles, notamment au cours du
SIDA. Il existe de nombreuses espèces
de l’environnement : M. avium-
intracellulare ( les plus importantes en
pratique), M. kansasii, M xenopi, M.
fortuitum, M. chelonei , M. malmoense ,
M. ulcerans M. scrofulaceum...

Les infections opportunistes

Ce sont des mycobactérioses pulmo-


Diagnostic bactériologique de la lèpre naires dans 80-90 % des cas, pouvant
ressembler à la tuberculose (M. avium

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90

intracellulare, M kansasii, M xenopi). Il


peut aussi s’agir de mycobactérioses
ganglionnaires (M. scrofulaceum, M.
avium-intracellulare), de formes cutanées
(M. marinum, M. ulcerans) et de formes
disséminées (SIDA).

Physiopathologie des mycobactério-


ses opportunistes

Ces mycobactéries sont capables de se


multiplier dans les macrophages et
déclenchent une immunité cellulaire T .
Ces infections sont très bien contrôlées
chez les sujets sains, ce qui n’est pas le
cas des immunodéprimés.

Diagnostic des mycobactérioses

Les bactéries BAAR sont visualisées


dans les prélèvements de crachats et les
hémocultures. Selon les espèces, elles
croissent sur milieu de Loewenstein-
Jensen , rapidement en 24-48 heures ou
lentement en 3-4 semaines

Traitement
Ces mycobactéries sont souvent résis-
tantes aux anti-tuberculeux, et seulement
sensibles à certains antibiotiques, tels
que pour M. avium la clarithromycine et
à la sparfloxacine.

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Vaccins bactériens responsable(s) de la produc-tion


d ’anticorps, qui auront une activité
Vaccination bactéricide et/ou neutralisante d’une
étape essentielle du pouvoir pathogène
(tétanos, diphtérie).
Définition
Réponse immunitaire induite par les
Les vaccins sont des préparations anti- vaccins
géniques dérivées d'un agent patho-gène
spécifique capable d'induire chez un sujet Vaccins vivants
réceptif, une réponse immu-nitaire Les vaccins vivants se multiplient et
protectrice vis-à-vis de cet agent. La diffusent habituellement dans l'organis-
vaccination est une immunopro-phylaxie me. Après une dose unique de ces
active et la protection induite est différée vaccins, une protection immunitaire
et durable, ceci la distingue de la généralement prolongée est obtenue, ce
séroprévention qui consiste en l ’injection qui fait que ces vaccins ne nécessitent
d ’anticorps et qui confère une protection que peu de rappels.
passive immé-diate mais transitoire.
Vaccins particulaires à l ’exception des
Il existe actuellement des vaccins contre vaccins à base de polysac-charide purifié
nombre de bactéries et de virus mais il
n ’y a pas de vaccin contre les parasites. Ces vaccins induisent une réponse
primaire qui sera maximum 2 à 4
Vaccins vivants semaines après l ’injection. En général,
les injections de rappel seront
Le principe vaccinal est constitué d’un nécessaires afin d ’obtenir une
agent pathogène de virulence atténuée persistance d’un titre d’ anticorps
est infecté. Le but est d'induire au prix protecteurs. Ces vaccinations nécessitent
d'une infection asymptomatique une 2 à 3 injections en primo-vaccination avec
protection proche de celle qui succède à des rappels tous les 5-10 ans.
l'infection naturelle.
Vaccins constitués de polysac-
Vaccins particulaires charidiques purifiés

On distingue deux types de vaccins Il s ’agit des vaccins anti-haemophilus de


particulaires : 1ère génération, des vaccins anti-
pneumococciques de 1ère génération (23
Les vaccins inactivés : dans ce cas, la valences), des vaccins anti-
totalité des corps bactériens ou des méningocciques A, C et W135 et du
particules virales sont injectés mais ont vaccin antityphique Vi. Ces vaccins à
au préalable été inactivés par la chaleur, base de sucres induisent une réponse
formol… Ces vaccins induisent une thymo-indépendante, il n ’existe donc pas
réponse humorale et/ou cellulaire d ’effet de rappel, ils sont en général non-
contre certains éléments en général non immunogènes au cours des premiers
identifiés de l'agent pathogène. mois de la vie et de façon générale avant
1 an. Leur efficacité est limitée dans le
Les vaccins fractionnés : dans ce cas le temps et nécessite des rappels tous les 1
vaccin est constitué d ’un ou de plusieurs à 3 ans.
élément(s) de l ’agent pathogène,
polysaccharide capsulaire ou protéines
membranaires, qui va (vont) être

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Facteurs influençant la réponse - Le vaccin anti-hépatite A (IM/SC), est


immuni-taire recommandé pour les voyageurs et doit
être effectué après 1 an.
L'âge

D ’une façon générale, la maturité Vaccins viraux particulaires


immunologique est atteinte vers 6 à 8
semaines, qui correspond à l ’âge
minimum pour la plupart des Vaccins complets
vaccinations. A noter néanmoins des
exceptions tels que le BCG et le vaccin L ’agent pathogène a été complètement
dirigé contre l’hépatite B qui peuvent être inactivé. Il s ’agit des vaccins Polio, anti-
administrés dans les 1er jour de vie. grippe, anti-rabique et dirigés contre
Certains vaccins vivants telle que la l ’encéphalite japonaise.
rougeole ne sont pleinement efficaces
qu'après 12 mois, du fait de la Vaccins fractionnés
neutralisation du principe vaccinal par
des anticorps maternels. Il s ’agit du vaccin contre l ’hépatite B.

Déficit immunitaire
Vaccins bactériens particulaires
Les déficits immunitaires sont respon-
sables d ’une inefficacité des vaccins. A Vaccins comportant des bactéries tuées
souligner la contre-indication chez les
patients porteurs de déficit immunitaire Il s’agit essentiellement des vaccins anti-
des vaccins vivants. coquelucheux, administrés par voie
IM/SC dès la 6ème semaine de vie, 3
Les principaux vaccins vivants doses sont nécessaires avec 1 rappel à 1
Vaccins vivants bactériens an.

Il s ’agit du BCG, qui est administré par Vaccins fractionnés


scarification, une dose est suffisante
quelque soit l’effeet sur les tests cutanés. Il s ’agit de l ’anatoxine tétanique et
diphtérique, qui sont injectés à partir de 6
Vaccins vivants viraux semaines, par voie IM/SC.
Le vaccin coquelucheux acellulaire chez
Il s ’agit des vaccins Rougeole, Oreillon, l ’enfant à partir de 6 semaines,
Rubéole (ROR) administrés par voie nécessitant 3 injections et de 2 rappels
IM/SC chez les enfants à partir de 9 mois jusqu ’à 11 ans.
mais en général après 1 an. Deux doses
doivent être effectuées entre 1 et 6 ans, Vaccins particulaires bactériens à base
séparées par un mois d ’inter-valle. de polysaccharide
- La varicelle, vaccin en cours de
développement. Il est nécessaire de distinguer :
- Le vaccin anti-varioleux a injecté par
voie IM/SC à partir de 6 mois et une dose Les vaccins polysaccharides purifiés, qui
est suffisante. correspondent à des vaccins anciennes
- Le vaccin anti-amaril injecté par voie générations et il n ’y a guère plus que le
IM/SC, une dose protège 10 ans et peut vaccin anti-méningocoque A et C qui est
être effectuée à partir de 6 mois, il est utilisé sous cette forme, ainsi que le
obligatoire pour les voyageurs se rendant vaccin pneumococcique 23 valences.
dans des zones d ’endémies. Comme déjà mentionné, ces vaccins ne

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protègent que pendant un temps limité et Convulsions : coqueluche, rougeole


ne peuvent pas être effectués au- Éruptions
dessous de 1 mois de vie. Allergique (précoce) vaccin inactivé
Infectieuse (différée) rougeole
Les vaccins polyssacharides conjugués. Arthralgies(adultes) : rubéole, hépatite
Dans ce cas, le polyssacharide B
capsulaire est conjugué à une protéine
dite porteuse et cette conjugaison Contre Indications
transforme une réaction thymo- • Situations infectieuses préoccupantes
indépendante en réaction thymo- (tous les vaccins)
dépendante, ce qui rend ces vaccins • Réaction clinique sévère après
immunogènes dès 6 semaines de vie et injection antérieure (coqueluche-
avec une protection augmentée dans le anato-xines)
temps. Il s ’agit du vaccin anti-haemo- • Allergie immédiate à l'ovalbumine
philus, du vaccin anti-pneumo-coccique (grippe-fièvre jaune)
et d ’un vaccin anti-méningo-coccique C, • Affection neurologique évolutive
qui seront récemment commerci-alisés. (coqueluche)
• Déficit immunitaire congénital
Effets indésirables hypogammaglobulinémie : ROR,
fièvre jaune
Réactions locales : combiné : idem + BCG
précoce (3 premiers jours) • Déficit immunitaire acquis vaccins
douleur , infiltration vivants
vaccins inactivés • Grossesse : rubéole et autres vaccins
différée (3ème-12ème semaine) vivants
lésions suppurées + adénite
• Injections récentes d'immunoglobu-
BCG
lines : rougeole, ROR
Épisodes fébriles :
précoce : vaccins inactivés (coqueluche)
différée : vaccins vivants (rougeole, fièvre
jaune)

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Impact de la vaccination sur la morbidité et la mortalité des maladies infectieuses –


Données françaises.

Avant 19501 Après 19902


Morbidité Mortalité Couverture Morbidité Mortalité
annuelle annuelle vaccinale annuelle annuelle
(par million) (par million) chez (par million) (par million)
les enfants
(%)3

Diphtérie 100 – 1 000 50 - 100 90 0 0

Tétanos > 304 20 - 50 90 1-2 0,25 – 0,50

Coqueluche 2 000 – 10 20 - 50 88 < 505 ≈ 0,10


000

Tuberculose 1 0004 300 – 1 000 83 100 - 1504 13

Poliomyélite 100 5 - 10 88 0 0
1
Vallin et Mesle, 1988 ; 2 RNSP, 1997 ; 3 données 1990 ; 4 sous-déclaration importante ;
5
estimation d'après le nombre d'enfants hospitalisés pour coqueluche.

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