Pathogenèse de Linfection

M.M.A Microbiologie Médicale et Vétérinaire Infections microbiennes.
PATHOGENESE DE L’INFECTION
I. Introduction :
Pour qu'il y ait infection, il faut d'une part un agent infectieux et d'autre part que cet agent
infectieux ait une interaction avec un hôte. Toute interaction entre un agent infectieux et un
hôte n'aboutit pas à une infection car dans la grande majorité des cas il se crée un équilibre
entre les forces en présence et cet équilibre aboutit à une colonisation de l'hôte par différents
germes, ceci sans infection. Pour qu'il y ait infection, il faut qu'il y ait une rupture de cet
équilibre.
II. Agents infectieux :

Il existe différents agents infectieux (microbes ou micro-organismes) classés dans différentes
catégories (familles). Les principales catégories sont :
• les bactéries,
• les virus,
• les champignons,
• les parasites.
Tous les micro-organismes (germes) n’ont pas les mêmes capacités à provoquer des
infections, certains étant pratiquement toujours associés à des manifestations cliniques
(maladies) alors que d’autres ne provoquent qu’exceptionnellement des maladies.
Les prions bien que ne faisant pas partie des microbes (germes) sont responsable de maladies
infectieuses transmissibles. Un agent infectieux pathogène obligatoire est soit :
• un micro-organisme qui ne fait pas partie de notre flore normale et qui provoque une
infection. Son identification est toujours pathologique, ce qui veut dire que sa présence
provoque en règle générale des manifestations cliniques (exemple : le virus VIH, la bactérie
du choléra) ;
• un micro-organisme pouvant faire partie de notre flore mais dont la présence
(l’identification) dans certains sites ou localisations entraîne en règle générale des
manifestations cliniques (exemple : la bactérie de la méningite à méningocoque peut être
retrouvée dans la gorge sans infection alors que sa présence dans le liquide céphalorachidien
provoque toujours une méningite).
Un agent infectieux pathogène occasionnel est un micro-organisme qui peut faire partie de
notre flore normale sans entraîner de manifestation clinique mais qui peut dans certaines
circonstances être responsable de maladies (exemple : Staphylococus épidermidis de la peau
peut infecter occasionnellement une blessure).
Un agent infectieux opportuniste est un germe qui est habituellement peu agressif mais qui
peut le devenir et provoquer des infections graves dans certaines circonstances, en particulier
chez des patients présentant une altération des défenses immunitaires (exemple :
Pneumocystis carinii provoque des pneumonies chez le patient VIH).
III. Réservoir :
On va retrouver ces agents infectieux dans différents types de réservoirs (endroit ou le germe
se multiplie et se maintient). Les différents réservoirs sont l'homme, l'animal et
l'environnement (eau, air, surfaces). Les réservoirs des micro-organismes peuvent donc être
endogènes (germes se trouvant chez le patient) ou exogènes (germes se situant dans
l’environnement du patient).
Les notions de réservoir endogène et exogène sont importantes à connaître car elles
permettent d'agir de façon différente dans les mesures de prévention.
1
IV. Source de l'infection / de la colonisation :

Il s'agit du lieu de contact entre l'agent infectieux et l'hôte. Source et réservoir ne sont pas
obligatoirement identiques, par exemple lors d'intoxication alimentaire à salmonelles le
réservoir peut être aussi bien le cuisinier que la nourriture et la source dans les deux cas est
identique (nourriture).
V. Transmission de l'agent infectieux :

Il existe différents modes de transmission (acquisition des germes):
• par contact
• par voie aérienne (gouttelettes, aérosols)
• par l'intermédiaire de supports contaminés (eau, nourriture).ou de vecteurs (insectes)
La voie de transmission dépend du germe. Les voies les plus fréquentes sont :
 la voie cutanéo-muqueuse (transmission de germes cutanés dans la bouche)
 la voie fécale-orale (conditions d’hygiène non respectées)
 la voie respiratoire (émission de micro-gouttelettes lors d’éternuement, de toux et réception
de ces micro-gouttelettes lors de l’inspiration)
 la voie sexuelle
 la voie parentérale (transmission de germes dans le sang lors de blessure, transfusion)
 par l’intermédiaire de vecteurs vivants tel les animaux (malaria transmise lors de piqûre de
moustiques infectés)
 la voie verticale (voie mère-enfant durant la grossesse)
VI. Colonisation :
L'homme est colonisé par une flore très large et diversifiée appelée flore normale. Il existe
entre la flore et l’hôte un équilibre qui peut être rompu dans des circonstances particulières.
Cette rupture d'équilibre permet la colonisation (l'acquisition) par de nouveaux germes. Ce
risque de colonisation va dépendre :
♦ de l'état du patient
♦ de la pression du réservoir exogène.
L'état du patient peut être altéré par différents mécanismes dont les principaux sont :
 une antibiothérapie antérieure qui va modifier ou détruire la flore normale,
 la présence de corps étrangers tels des cathéters, des sondes vésicales,
 la présence d'infections graves pouvant modifier les défenses immunitaires.
En présence d'un réservoir exogène fortement colonisé par certains germes, le risque
d'acquisition de ces germes augmente. Le patient va donc se coloniser par des germes qui
habituellement n’appartiennent pas à sa flore. Dans une grande majorité des cas, il va se
recréer un nouvel équilibre.
VII. L'hôte :
L'hôte (l’homme) possède une série de mécanismes de défense dont les principaux sont les
barrières anatomiques (peau et muqueuse), l'immunité naturelle (cellules sanguines, anticorps)
et la flore normale.
La peau et les muqueuses sont les barrières anatomiques qui empêchent de nouveaux germes
d'entrer dans le milieu interne. Ces barrières peuvent être altérées soit par des infections sous-
jacentes (altération des propriétés biochimiques, cellules épithéliales, disparition des cils
vibratoires (muqueuse bronchique), altération du péristaltisme digestif ou par des actes
médico-chirurgicaux (plaies opératoires). Les défenses immunitaires peuvent être altérées par
certaines maladies (néoplasie, maladies congénitales, maladies immunologiques) ou par
certains médicaments [stéroïdes (cortisone), immunosuppresseurs].
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Dans la flore normale il existe une compétition entre les différents germes (nutriments,
production de substances bactéricides par certains germes, régulation du pH). Cette flore peut
être altérée par l'administration de médicaments comme les antibiotiques ou certains
antiacides.
Tableau 1 : Résumé des mécanismes de défense de l’hôte
Mécanismes de
Barrières Altéré par:
défense
♦ intégrité • affections sous-
♦ flore jacentes
Barrière ♦ propriétés •actes médico-
peau et muqueuse chirurgicaux
anatomique biochimiques
♦ cils vibratoires
♦ péristaltisme
♦ polynucléaires • néoplasies (cancers)
♦ macrophages • certaines maladies
♦ anticorps préformé • médicaments
non spécifique ♦ protéines (stéroïdes,
plasmatiques immunosuppresseurs)
♦ fièvre
Immunité
♦ complément
naturelle
♦ lymphocyte B • certaines maladies
(immunité • médicaments
humorale par formation (stéroïdes,
spécifique anticorps) immunosuppresseurs,)
♦ lymphocyte T
(immunité
cellulaire)
♦ compétition entre différents germes pour • médicaments
nutriment (antibiotiques,
♦ récepteur antiacides)
Flore
♦ production de bactéricide
normale
♦ altération du milieu (pH)
♦ stimulation de la production d’anticorps
protecteurs
VIII. Infection : (Fig.1)

Dans certains cas, l’équilibre entre les germes et l’hôte ne se crée pas et le patient développe
une infection.
Une infection implique la présence de micro-organismes dans un site habituellement stérile
ou non stérile et est toujours accompagnée par une réponse inflammatoire de l’hôte. Le
risque d'infection va dépendre de plusieurs facteurs dont:
♦ les micro-organismes introduits
♦ le nombre de germes introduits
♦ la virulence du germe
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♦ les mécanismes de défense du patient

♦ la présence de corps étrangers
Période d’incubation
La période se situant entre le moment de l’infection (moment où le germe pénètre dans
l’organisme) et le moment de l’apparition de signes cliniques d’infection se nomme la période
d’incubation. Elle est très variable d’un germe à l’autre. Pour un même germe, cette période
d’incubation va également dépendre de facteurs liés à l’hôte (immunité).
Période de latence
C’est le laps de temps qui s’écoule entre le moment de l’infection et le moment où l’agent
infectieux devient transmissible à un autre individu.
Période de contagion
La période durant laquelle l’agent infectieux est transmissible d’une personne à l’autre se
nomme période de contagion.
La présence d’une infection implique l’apparition de signes locaux (signes inflammatoires tels
que rougeur chaleur et douleur, ganglions) et /ou des signes généraux (fièvre, frissons chute
de la pression sanguine).
Il survient au niveau du sang des signes biochimiques d’infection avec :
 une modification de la formule sanguine( augmentation des leucocytes(=leucocytose) ou
parfois diminution (=leucopénie), modification de leur aspect (polynucléaires neutrophiles
avec noyaux en forme de bâtonnets (= déviation gauche) ;
 une augmentation de la vitesse de sédimentation (VS). C’est un indicateur non spécifique
de l’inflammation (élévation en cas d’infection mais aussi de tumeur, de maladies
rhumatismales) et il correspond à la vitesse avec laquelle les globules rouges sédimentent
dans un tube(tombent au fond du tube) ;
 une augmentation de la C-reactive protein (CRP). C’est une protéine produite par le foie
en cas d’inflammation et elle se modifie plus rapidement que la VS en fonction de
l’évolution clinique.
 une bactériémie. C’est la présence de bactéries dans le sang (confirmée par une culture).
Elle ne n’est pas présente lors de toute infection et peut être très transitoire. Tous les
organes ou sites peuvent à un moment donné être infectés et les infections les plus graves
sont les infections qui touchent plusieurs organes à la fois et qui sont associées à des
signes généraux d’infections tels que fièvre, augmentation de la fréquence cardiaque,
augmentation de la fréquence respiratoire, hypotension et modification de la formule
sanguine. Lorsque plusieurs de ces signes sont présents le patient présente un sepsis ou
encore plus grave un choc septique.
Quelques exemples d’infections et leur mode de transmission :
Transmission par contact :

La transmission par contact nécessite une proximité suffisante entre l’hôte et la source de
l’agent infectieux. Le contact peut se faire au niveau de la peau ou des muqueuses. Les
salmonelles, le Staphylocoque doré, la syphilis, le VIH, l’hépatite B et la majorité des germes
nosocomiaux (infections acquises en milieu hospitalier) se transmettent par contact.
Transmission par gouttelettes

Des gouttelettes contenant l’agent infectieux (particules de >5 microns) sont émises lors de
toux. Ces gouttelettes de relativement gros calibre sont trop lourdes pour rester en suspension
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dans l’air et elles se déposent dans un périmètre de 1-2 mètres de leur source. Elles peuvent
être transmises à une autre personne qui se trouve dans ce périmètre. Ces gouttelettes en se
déposant contaminent l’entourage du patient et une autre personne peut se contaminer par
contact avec cet environnement [contamination des mains puis par les mains contamination
des muqueuses (nez, bouche, oeil) ].
Le rhume (rhinovirus, adénovirus, picornavirus, etc.), la grippe, les oreillons, la bronchiolite
du petit enfant (respiratory syncitial virus=RSV), la méningite (méningocoque) se
transmettent par gouttelettes.
Transmission par aérosol

Les particules contenant l’agent infectieux (particules < 5 microns) sont émises lors de toux
d’éternuements, de la parole et restent non seulement en suspension pendant plusieurs heures
dans l’air et peuvent se disperser à de larges distances. Elles peuvent donc se transmettre à
une personne qui se trouve relativement éloignée de la source. Les trois principales maladies
se transmettant par aérosol sont la varicelle, la rougeole et la tuberculose.
En résumé :
 La présence d’un agent infectieux signifie qu’il y a une colonisation (=présence de
germes) mais cela ne signifie pas qu’il y a forcément une infection.
 La présence de germe sans infection signifie qu’il y a colonisation. L’homme est colonisé
par une multitude de germes faisant partie de la flore normale.
 La présence d’une infection signifie qu’il y a une rupture de l’équilibre entre l’hôte
(l’individu) et l’agent infectieux (micro-organisme)
 L’habitat naturel d’un agent infectieux s’appelle un réservoir.
 Il existe plusieurs modes de transmission des agents infectieux dont les principaux sont
par contact, par gouttelettes (grosses particules), par aérosol ( petites particules restant en
suspension) et par l’intermédiaire de support ou vecteur contaminé.
 Maladies transmises par aérosol : rougeole, varicelle et tuberculose
 Maladies transmises par gouttelettes : grippe, méningite, rhume
 Maladies transmises par contact : VIH, hépatite B, Staphylocoque doré, et
majorité des germes nosocomiaux.
 Une infection se caractérise par la présence de signes cliniques qui peuvent être locaux
(par exemple : présence de pus au niveau d’une plaie) ou généraux (par exemple fièvre,
hypotension, éruption cutanée, etc.). La période de contagion d’une infection est le temps
durant lequel un agent infectieux est transmissible d’une personne à l’autre.
5
Figure 1 : Pathogenèse de l’infection.
6
Les infections nosocomiales

Définition, étiologie, épidémiologie, situation et problème
I. Introduction :
Les infections nosocomiales sont préoccupantes pour plusieurs raisons: morbidité et mortalité
importante, surcoût hospitalier non négligeable et émergence de bactéries multirésistantes.
Toute prise en charge médicale comporte des risques de complications. Les infections
nosocomiales ont toujours occupé une place importante. Jusqu'au début de ce siècle, ces
infections étaient surtout liées à la présence de patients contagieux et à la méconnaissance des
règles élémentaires d'hygiène ou d'asepsie. Ainsi, tuberculose, fièvre puerpérale et infection
de plaie étaient des problèmes majeurs.
Les progrès réalisés depuis lors, notamment avec l'avènement des antibiotiques, des vaccins et
une meilleure connaissance des modes de transmission des germes auraient pu laisser penser
que les infections nosocomiales allaient être aisément maîtrisées et devenir un problème
mineur. Malheureusement il n'en est rien et les raisons en sont multiples.
Les problèmes nosocomiaux actuels sont étroitement liés aux progrès diagnostiques et
thérapeutiques de la médecine:
♦ prise en charge de patients toujours plus fragiles,
♦ multiplications des actes médicaux invasifs,
♦ utilisation de technologies de complexité croissantes,
♦ implantation de matériel prothétique,
♦ développement dans le domaine de la chimiothérapie, des greffes d'organes avec
traitements immunosuppresseurs,
♦ résistance aux antibiotiques.
Ainsi, ces 20 dernières années, les infections nosocomiales se sont considérablement
diversifiées et sont devenues de plus en plus difficile à prévenir, à diagnostiquer et à traiter.
De plus, bien que ces infections soient avant tout en rapport avec les activités hospitalières, la
médecine extra-hospitalière est également concernée, notamment en raison de l'évolution de
la prise en charge ambulatoire de situations toujours plus complexes. D'autre part, des
infections que l'on croyait maîtrisées, telles la tuberculose, les infections à staphylocoques,
pneumocoques ou entérocoques deviennent à nouveau des soucis majeurs en raison de
l'apparition de souches résistantes liées à l'utilisation des antibiotiques qui avaient dans un
premier temps permis leur contrôle.
Les infections nosocomiales sont un souci qui touche tous les protagonistes du système de
santé en raison de la morbidité, de la mortalité, des coûts et de la responsabilité qui y sont
associés. Médecins et infirmières sont évidemment les plus directement impliqués en raison
du contact direct qu'ils ont avec le patient et en raison de leurs activités pouvant à la fois
causer et prévenir des infections hospitalières. A l'intérieur de l'hôpital de nombreux autres
professionnels et services jouent un rôle direct et essentiel dans la prévention: laboratoire de
microbiologie, stérilisation, service technique (ventilation, eau), cuisines, service de maison,
buanderie, médecine du personnel.
II. Définition des infections nosocomiales :
Définition générale :
Une infection nosocomiale est une infection liée à un processus de soin. Une infection
nosocomiale est une infection acquise à l'hôpital (ou tout autre établissement de soins), et
qui n'était ni en incubation ni présente à l'admission du patient. En cas de doute, pour
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différencier une infection communautaire d'une infection nosocomiale, un délai de 48 à

72 heures est retenu entre l'admission et le début de l'infection.
III. Principales infections nosocomiales :
La distribution des principales infections hospitalières varie selon les services et les
institutions. Diverses études d’incidence globales ont révélé entre 4 à 10 infections pour 100
admissions. Les principaux facteurs influençant ces chiffres sont la taille de l’institution, le
type d’institutions, le type de services et le type de patients. Les infections les plus fréquentes
sont les infections urinaires (20-40%), les infections respiratoires (10-30%), les infections de
plaies post-chirurgicales (0-40%) et les bactériémies (0-40%). Le reste représente environ
20% et regroupe des infections très variées.
Tableau.1 : Distribution des infections nosocomiales
* étude de prévalence dans 4 hôpitaux universitaires

** étude de prévalence dans 5 hôpitaux universitaires et 12 autres hôpitaux
*** étude de prévalence dans 7 hôp>500lits aigus et 50 hôpitaux <500 lits aigus
Le taux global d'infections varie fortement en fonction du service. Les services à haut risque
d’infection nosocomiale sont d’une part les services de soins intensifs (patients «multi
équipés»: intubés, sonde vésicale, cathéters, sondes nasogastrique), les services chirurgicaux
et les services traitants des patients immunodéprimés (défenses immunitaires amoindries).
Le taux d’infection nosocomiale aux soins intensifs se situe entre 30 et 50% alors que
globalement dans les autres services il se situe entre 10 et 16%.
IV. Principaux agents infectieux :
Il existe une grande variété d’agents infectieux. Globalement, les principaux germes retrouvés
dans les infections nosocomiales sont les bactéries. Les principaux virus responsables
d'infections nosocomiales sont les virus de l'hépatite B et C, le virus HIV, de la varicelle, le
virus syncitial respiratoire en pédiatrie et virus de la grippe.
Le type de micro-organismes rencontrés dépend de nombreux facteurs dont les principaux

sont :
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 le site de l’infection,
 le type de patient (âge, pathologie sous-jacentes),
 l’administration de médicaments (antibiotiques, immunosuppresseurs,
cytostatiques),
 la présence de corps étrangers et de matériel prothétique,
 l’épidémiologie locale.
Les bacilles Gram négatif sont responsables d’environ 90% des infections nosocomiales.
V. Transmission des micro-organismes :
Dans l'infection nosocomiale, le mode de transmission le plus important est par contact
direct ou indirect (et en particulier par l'intermédiaire des mains du personnel). Les deux
autres modes sont nettement plus rares mais peuvent se rencontrer chez des patients
particulièrement fragiles (patient en salle d'opération, patient avec défense immunitaire
diminuée, patient intubé) ou lors de maladies contagieuses transmises par voie aérienne
(tuberculose, varicelle).
VI. Morbidité et mortalité :
Les conséquences d’une infection nosocomiale sont très variables et dépendent avant tout du
site d’infection et de l’état du patient. Les infections urinaires ont le plus souvent une
évolution bénigne alors que la pneumonie et la bactériémie sont grevées d’une morbidité et
d’une mortalité importante. Aux Etats-Unis les infections nosocomiales sont la cause directe
du décès de 0.9% des patients hospitalisés. Les pneumopathies nosocomiales sont la première
cause de décès par pathologie nosocomiale avec 30% de surmortalité liée à la survenue d'une
pneumopathie nosocomiale dont 10% directement en relation avec l'infection et 20% en
relation avec le terrain sous-jacent.
En chirurgie, les infections nosocomiales sont la première cause de morbidité et mortalité.
VII. Coût de l’infection :
La survenue d'une infection nosocomiale entraîne un surcoût important avec une

augmentation de la durée d'hospitalisation pouvant atteindre jusqu'à 10 jours pour une
pneumopathie nosocomiale. Les infections nosocomiales prolongent l’hospitalisation de 4-5
jours en moyenne et nécessitent des manœuvres diagnostiques et thérapeutiques
supplémentaires. Elles majorent ainsi considérablement les coûts de l’hospitalisation,
auxquels il faut rajouter le coût social (incapacité de travail, décès, invalidité). Les coûts
globaux sont donc très difficiles à chiffrer et varient considérablement en fonction du type
d’infection.
Germes multirésistants :
Le taux d'infections nosocomiales de ces dernières années reste élevé mais ce qui est encore
plus préoccupant est l'apparition d'infections nosocomiales par des bactéries multirésistantes :
( Staphylococcus aureus résistant à la méticilline) , Il est donc indispensable de prévenir
autant que possible ces infections et ceci débute par des mesures d'hygiène rigoureuses
(Hygiène des mains avec le lavage/désinfection des mains, protocole de nettoyage,
désinfection du matériel), ainsi que par des conduites rigoureuses à tenir lors de colonisation
ou d'infection à germes multirésistants (isolement, signalisation des patients, etc.). Il faut
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également insister sur la nécessité d'évaluer les mesures entreprises et donc sur la nécessité
d'une surveillance des infections nosocomiales dans les unités à haut risque (réanimation,
chirurgie, hémato-oncologie, néonatologie). La prévalence des germes multirésistants est très
variable d’un établissement à l’autre et d’un pays à l’autre. Il est donc important de bien
connaître l’épidémiologie locale des germes multirésistants afin d’adapter précocement les
mesures de prévention.
En Résumé
Les infections nosocomiales représentent un problème de santé publique préoccupant.
Cependant, les programmes de surveillance et de prévention sont efficaces et doivent être
appliqués le plus largement possible. Une collaboration étroite entre les différents acteurs de
la lutte contre l'infection nosocomiale est nécessaire: (cliniciens, microbiologistes,
hygiénistes, pharmaciens, service technique et personnel administratif). Cette collaboration
est indispensable pour l'implantation des mesures de prévention.
La surveillance des infections nosocomiales a pour but principal de détecter et de limiter le
nombre d’infections acquises en milieu hospitalier.
Différentes études américaines datant des années 70 ont démontré l'efficacité d'un programme
de prévention avec une réduction de 32% des infections dans les hôpitaux ayant mis un tel
programme sur pied alors que dans le même temps, les hôpitaux n'ayant pas mis en place de
politique de prévention, on observe une augmentation de 18% des infections nosocomiales.
Prévention et contrôle des infections nosocomiales : principes généraux
La prévention des infections nosocomiales comporte de multiples facettes qui touchent de

nombreux secteurs d'activité d'un hôpital ou d'une pratique ambulatoire. Elle se base sur la
compréhension des modes d'acquisition et de transmission des infections nosocomiales. Cette
prévention a deux objectifs, d'une part éviter qu'un patient ne s'infecte avec sa propre flore
endogène, c'est à dire avec des microorganismes qui le colonise avant son admission (auto-
infection, par exemple à la faveur d'un acte invasif) et d'autre part éviter que le patient ne se
colonise et éventuellement s'infecte avec des micro-organismes exogènes (colonisation ou
infection croisée et infection d'origine environnementale).
I. Contrôle de la transmission :
La transmission s'opérant avant tout par contact et le plus souvent par l'intermédiaire des
mains du personnel, le lavage et la désinfection des mains devraient permettre une éradication
efficace. Cependant, il est difficile d’obtenir une bonne observance de cette mesure.
 Hygiène des mains

 Précautions standards
 Précautions additionnelles (isolement)
 Protocole de soins
 Asepsie
II. Immunoprophylaxie :
L'immunoprophylaxie (vaccination et immunoglobuline) est très utile et est recommandée

dans la prévention de transmission de maladies, par l'intermédiaire de liquides biologiques
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(hépatite B). Cette mesure permet un très bon contrôle de l'infection, et actuellement en
Suisse, une majorité du personnel de santé est vacciné. Le taux d'incidence de l'hépatite B,
d'acquisition professionnelle de l’hépatite B est très faible. Pour d'autre vaccination, telle la
grippe, qui permet une très bonne prévention de la transmission d'infections nosocomiales par
l'intermédiaire du personnel, le taux d'adhésion au programme de vaccination reste faible, ceci
est dû aux échecs des campagnes de vaccination.
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INFECTIONS MICROBIENNES MAJEURES
1. Infections transmises par l’air :

1.1. Infections bactériennes : (EX : Diphtérie VOIR TD)
1.2. Infections virales :
LE VIRUS RESPIRATOIRE SYNCYTIAL
Le virus respiratoire syncytial appartient à la famille des Paramyxoviridæ qui comprend

3 genres :
 paramyxovirus avec les virus parainfluenza et le virus des oreillons

 morbillivirus avec le virus de la rougeole
 et pneumovirus avec le virus respiratoire syncytial (VRS)
1. Le virus :
Le VRS est un virus
 Enveloppé, l’enveloppe virale dérive de la membrane cytoplasmique par

bourgeonnement et elle porte des glycoprotéines de surface. Parmi ces
glycoprotéines deux ont un rôle majeur : la glycoprotéine G qui permet l’attachement
du virus à la cellule hôte et la glycoprotéine F (ou protéine de fusion) qui permet la
fusion des membranes cellulaire et cytoplasmique lors de la pénétration virale.
 A capside hélicoïdale
 Et dont le génome est constitué d’une molécule d’ARN
On n’observe pas de variations antigéniques importantes du VRS dans le temps, en tous

cas rien qui ressemble aux cassures et glissement des virus de la grippe. Il existe deux groupes
antigéniques A et B relativement stables d'où l'absence de pandémie.
2. L’épidémiologie :
Le VRS est ubiquitaire et se diffuse lors d’épidémie survenant tous les ans durant la saison
froide et humide généralement de décembre à mars dans les pays tempérés. Des souches des
deux groupes antigéniques circulent de façon concomitante. L’épidémie de VRS précède ou
succède à l’épidémie annuelle de grippe, les épidémies à ces deux virus sont en effet rarement
concomitantes.
L’infection par le VRS survient très tôt dans l’enfance. Environ 50% des enfants s’infectent
avant l’âge de un an et 100% des enfants de 3 ans ont déjà rencontré le virus. Les ré-
infections sont fréquentes à tout âge mais particulièrement lors des trois premières
années de la vie. Ces ré-infections s’expliquent probablement par une réponse immunitaire
qui n’est que partiellement efficace et cumulative.
Le VRS est très contagieux. Sa transmission est essentiellement respiratoire, interhumaine

directe par le biais de gouttelettes respiratoires. Cependant, la transmission du VRS peut aussi
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être manuportée par contact avec une surface contaminée. En effet, le VRS bien qu’assez
fragile peut survivre 30 minutes sur la peau, 7 heures sur les surfaces et 40 minutes sur une
blouse. En l’absence du respect des règles d’hygiène le virus peut être responsable
d’infections nosocomiales en diffusant de patients à patients ou de soignants à patients.
3. La physiopathologie de l’infection à VRS :
Dans l'organisme infecté, le VRS entré par inhalation, se multiplie dans l'épithélium
respiratoire. L’incubation de l’infection est de 4 à 5 jours. Le VRS se multiplie dans le naso-
pharynx et atteint l’arbre respiratoire inférieur probablement par diffusion de cellules à
cellules. L'infection par le VRS reste localisée à l'arbre respiratoire, sans virémie, d'où une
maladie locale à incubation courte, respiratoire haute ou basse.
Lors de la bronchiolite à VRS on constate :
 une destruction des cellules épithéliales ciliées

 des infiltrats péri-bronchiques de lymphocytes et macrophages
 un œdème de la sous muqueuse avec une sécrétion excessive de mucus.
Ces anomalies sont responsables d’une obstruction des petites bronchioles et de la survenue
de la bronchiolite.
La réaction immunitaire dirigée contre le VRS associe :
 une réaction humorale :
* une réponse locale avec synthèse d’IgA sécrétoires dont le rôle est très important
* une réponse systémique avec des anticorps neutralisants.
La réponse humorale locale et générale est protectrice, en effet l’injection

d’immunoglobulines spécifiques protége de l’infection.
 une réaction immunitaire cellulaire :
Qui jouerait un rôle important dans la défense contre l’infection. En effet, les patients
ayant un déficit de l’immunité cellulaire (sujets greffés ou VIH) font des infections à VRS
sévères.
Les anomalies présentes lors de l’infection à VRS s’expliquent :
1. par un effet cytopathique direct du VRS sur les cellules bronchiques

2. par une réaction immuno-pathologique :
La mise en évidence d’un effet immuno-pathogène lors de l’infection virale remonte aux
années 1960 lorsque des essais vaccinaux réalisés avec des préparations vaccinales
contenant du virus inactivé ont été un échec complet. En effet, ces vaccins étaient
administrés par voie générale et entraînaient une très forte réponse immunitaire humorale
et cellulaire systémique mais aucune réponse immunitaire locale. Si bien, que lorsque
l’enfant vacciné rencontrait le virus la séquence suivant d’événements se produisait :
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- Le VRS se multipliait dans les cellules de la muqueuse bronchique non protégée par des
IgA sécrétoires,
- Cette infection locale entraînait l’afflux de cellules immunitaires systémiques dont des
cellules T cytotoxiques ( CD4) spécifiques du VRS entraînant une destruction très
importante des cellules bronchiques infectées.
La conséquence clinique de cette réponse immunitaire déséquilibrée était la survenue de

bronchiolites sévères beaucoup plus fréquentes que chez les enfants non vaccinés.
4. Les manifestations cliniques liées au VRS :
Le VRS donne des infections localisées à l'arbre respiratoire, particulièrement chez le tout
jeune enfant. Les trois-quarts des bronchiolites du nourrisson sont dues au VRS. Ce virus
donne aussi des pneumonies du nourrisson. Chez certains nourrissons, en particulier les
prématurés, elles sont très sévères, entraînant une insuffisance respiratoire aiguë qui oblige à
des mesures de réanimation.
La mortalité des bronchiolites hospitalisées en réanimation pédiatrique est de 2 %.
Par ailleurs, une infection à VRS est souvent retrouvée dans les poumons lors de l'autopsie de
nourrissons morts subitement. L'infection à VRS n’est probablement qu’un facteur
déclenchant parmi d'autres des morts subites du nourrisson.
Le VRS donne aussi des réinfections chez les adultes en contact avec de jeunes enfants. Mais
ces adultes, sauf état d'immunodépression, ne font habituellement qu'une infection respiratoire
bénigne. Une infection sévère peut s’observer chez les adultes imunodéprimés ou chez les
vieillards où la période d'épidémie à VRS est à l'origine d'un excès de mortalité.
L'infection à VRS pose donc, comme la grippe, un très sérieux problème de santé publique.
5. Le diagnostic virologique de l’infection à VRS :
La mise en évidence du virus n’est pas fait systématiquement car le diagnostic est
essentiellement clinique. Cependant, dans les formes sévères en particulier celles pour
lesquelles l’enfant sera hospitalisé, il est intéressant de faire le diagnostic virologique.
Le prélèvement de choix pour la mise en évidence d’un virus respiratoire est l’aspiration
naso-pharyngée. Un écouvillonnage par grattage énergique de la paroi nasale peut aussi être
réalisé, l’écouvillon sera alors déchargé dans un tube contenant un milieu de transport
virologique. Une aspiration trachéale ou bronchique peut aussi être réalisée chez des enfants
intubés.
La technique de choix pour le diagnostic virologique est l’immunocytodiagnostic rapide.
 La technique d’immunofluorescence directe est très souvent utilisée et permet de

faire le diagnostic d’infection à VRS en une heure:
Des cellules des sécrétions respiratoires sont étalées sur une lame et mises en contact avec
un anticorps spécifique anti-VRS marqué par un fluorochrome. La lecture au microscope à
fluorescence révèle la présence d’une fluorescence cytoplasmique des cellules
bronchiques traduisant la présence du VRS.
14
 des techniques immunoenzymatiques peuvent aussi être utilisées. Des techniques

ultra rapides (en quelques minutes) qui utilisent le principe de l’immunofiltration sur
membrane ("savonnette") sont aussi disponibles dans le commerce.
Le prélèvement respiratoire peut aussi être mis en culture pour la recherche du VRS. Le virus
se multiplie en culture de cellules courantes en donnant des syncytiums (comme son nom
l'indique) avec inclusions cytoplasmiques.
Le sérodiagnostic n’a pas d’intérêt car la séroconversion est inconstante et de toute façon
toujours tardive, à la convalescence.
Il faut donc privilégier le diagnostic rapide qui est très fiable.
6. Le traitement des infections sévères à VRS :
Les infections respiratoires sévères à VRS ont fait l’objet de traitements par aérosol de
Ribavirine, nucléoside antiviral à spectre large. L’efficacité de ce traitement est discutée et en
pratique il est réservé aux formes très sévères d’infection à VRS.
Un vaccin contre le VRS serait très utile. Malheureusement il n’y a aucun vaccin efficace
actuellement disponible.
Des anticorps monoclonaux humanisés dirigés contre un épitope de la protéine de fusion du

VRS sont commercialisés (Palivizumab). Chez des enfants à haut risque, l’administation
mensuelle de ces anticorps pendant toute la période épidémique réduit de plus de 50%
l’incidence des hospitalisations liées au VRS. Ces préparations d’anticorps dont le coût est
très élevé, sont réservées exclusivement aux enfants à haut risque de développer une infection
sévère à VRS, c’est à dire les nourrissons de moins de 6 mois nés prématurément ou les
enfants de moins de 2 ans ayant une dysplasie bronchopulmonaire.
15
LA GRIPPE ET SES VIRUS
La grippe est une infection virale souvent bénigne et très fréquente. La plupart des sujets
font plusieurs fois la grippe dans leur vie. Cependant la grippe peut tuer : l'épidémie de
1918 a fait 100 millions de morts, soit 1% de la population mondiale et 5 fois plus de
victimes que la première guerre mondiale.
1. Les virus de la grippe ou virus influenzae et leur modifications antigéniques :

 Les virus influenza appartiennent à la famille des orthomyxoviridae.
 Les virus de la grippe ont une enveloppe dérivée de la membrane cytoplasmique.
L’enveloppe porte deux sortes de spicules, qui sont des glycoprotéines virales : les
spicules d'hémagglutinine, en abrégé HA, et des spicules de neuraminidase, en
abrégé NA. Ce sont des antigènes viraux. Ces structures jouent un rôle dans la
multiplication virale. L'hémagglutinine, au niveau de l'attachement du virus sur la
membrane cytoplasmique des cellules à infecter et au niveau de la fusion de
l’enveloppe à la membrane cytoplasmique. La neuramidase joue un rôle au moment
du détachement des bourgeons lors de la formation des nouveaux virus et d'autre part
elle lyse le mucus bronchique qui a des propriétés antivirales. On décrit plusieurs
sous types d’HA ou de NA selon les virus, à ce jour 15 sous types d’HA et 9 sous
types de NA sont connus.
 La face interne de l’enveloppe est tapissée d’une membrane interne composée de deux
protéines de membrane M1 et M2.
 La nucléocapside à symétrie hélicoïdale est composée de 8 segments distincts
d’ARN associées à des sous-unités protéiques, la fragmentation du génome viral
favorise les réassortiments génétiques.
Figure1 : Morphologie des virus influenzae
16
Il existe trois types de virus grippaux distincts par leurs protéines de capside : les virus
influenza A, les virus influenza B et les virus influenza C (ces derniers pour mémoire, car ils
ne donnent pratiquement que des infections inapparentes). La nomenclature des souches est la
suivante : les souches sont donc appelées A ou B, l’hôte d’origine est indiqué pour les souches
d’origine non humaine, puis l’origine géographique, le numéro de la souche, l’année
d’isolement et le sous type d’HA et de NA. Exemples d’une souche humaine A/
Singapore/1/57 (H2N2), d’une souche aviaire : A/Hav/Hong-Kong/
Tableau 1 : Les variations antigéniques
- Les antigènes grippaux :
L'hémagglutinine est très immunogène et provoque l’élaboration d’anticorps

neutralisants le pouvoir infectieux du virus. Ces anticorps protecteurs sont spécifiques
de sous-types et de variants. Les anticorps se maintiennent pendant des années. Lors des
réinfections par des virus apparentés, on observe une réponse immunitaire de type rappel.
La neuraminidase est moins immunogène que l’HA. Elle induit des anticorps non
neutralisants mais qui protégent contre les manifestations cliniques de la grippe sans
inhiber l’infection biologique.
- Les glissements et les sauts antigéniques :
Après une épidémie de grippe, l'hiver suivant, la plupart des sujets ont des anticorps anti-
HA ou anti-NA. Cela crée dans la population humaine une barrière immunitaire vis-à-vis
17
du virus de l'épidémie précédente. C'est alors que les virus influenza démontrent leur
faculté d'adaptation, surtout les virus influenza A. Quelque part dans le monde, en Chine
Centrale le plus souvent, il apparaît un mutant, un virus influenza A nouveau qui va
pouvoir surmonter la barrière immunitaire, grâce à une modification antigénique de la
neuraminidase ou de l'hémagglutinine.
Ces modifications par mutation comportent deux degrés, des mutations radicales qui
changent complètement la constitution antigénique de la neuraminidase ou de
l'hémagglutinine et des modifications plus légères.
1. Les modifications radicales sont ce qu'on appelle une "cassure" ou “ saut ”

antigénique. Ainsi les premiers virus influenza A isolés en 1933 avaient une
hémagglutinine H0, une neuramidase N0. En 1947, est apparu un virus influenza A
H1, N1. En 1957, un virus influenza A H2, N2 (grippe asiatique). En 1968, un virus
influenza A H3, N2 (grippe de Hong Kong).
Ces modifications antigéniques majeures de la neuraminidase ou de l'hémagglutinine

ne concerne que les virus de type A, et ont fait apparaître, à l'intérieur des virus de
type A autant de sous-types différents, chaque sous-type nouveau remplaçant dans la
population le sous-type précédent et créant une pandémie (épidémie de toute ou
quasiment toute la population mondiale), puisque le virus est radicalement nouveau
pour la population mondiale. Ainsi la dernière pandémie a été celle de Hong Kong en
1968.
2. D'autre part entre chaque saut antigénique se produit un deuxième type de

modification antigénique, qui modifie légèrement la neuraminidase N ou
l'hémagglutinine H. C'est un glissement antigénique survenant tous les ans ou tous les
deux ans. Ces modifications antigéniques mineures donnent non pas des pandémies
mais tous les ans ou tous les deux ans, des épidémies limitées touchant une fraction
seulement de la population. Ce glissement antigénique aboutit tout de même au fait
que la souche de grippe H3 N2 de l'hiver 94-95 par exemple, est notablement
différente de la souche H3 N2 initiale apparue en 1968. Le glissement antigénique
concerne le virus influenza A et le virus influenza B. Le glissement antigénique
détermine l'apparition de nouveaux variants, alors que les sauts donnent de nouveaux
sous-types.
- L’origine des modifications antigéniques des virus grippaux :
Les glissements antigéniques, modifications mineures sont favorisées par l'instabilité

génétique du RNA (par opposition au DNA) et le caractère infidèle des RNA polymérases
virales (pas de mécanisme de relecture ni de correction d'erreur). Ils résultent du
changement ponctuel de quelques bases nucléiques dans le gène correspondant à
l'hémagglutinine ou/et le gène correspondant à la neuraminidase. Par glissement
apparaissent à l'intérieur du même sous-type, H3N2 par exemple, toute une série de
variants qui s'éloignent progressivement de la souche d'origine : les variants H3 N2
actuels sont très différents de la souche H3 N2 initiale apparue en 1968.
Les cassures antigéniques ou sauts correspondent à des remaniements génétiques

beaucoup plus importants que des mutations ponctuelles. Ce sont des "réassortiments"
génétiques, c'est à dire des échanges complets de gènes entiers. Ces échanges portant sur
18
les gènes de l'hémagglutinine et/ou de la neuraminidase se font avec des virus influenza
animaux, des porcs, des chevaux, des oiseaux aquatiques (canards). Les sauts aboutissent
à l'apparition de nouveaux sous-types à l'intérieur du type A. Le réservoir des virus
influenza A est constitué par les oiseaux aquatiques. Le porc, qui a des récepteurs à la
fois pour les virus influenza A aviaires et pour les virus influenza A humains, est un hôte
intermédiaire où se font les réassortiments génétiques. Les nouveaux sous-type A et donc
les nouvelles pandémies naissent généralement en Chine rurale où voisinent à l'étroit
hommes, cochons et canards. Cependant, des passages directs de souches aviaires à
l'homme sont possibles (grippe du poulet à Hong Kong en 1997 puis 1999) mais ne
donnent pas d’épidémie importante car ils restent mal adaptés à l’homme.
Il n'y a pas de virus influenza B animaux et donc pas de sauts pour les virus influenza B
humains qui ne font que glisser.
Une grande question à 2 volets : à quand la prochaine pandémie inévitable et quelle

en sera la gravité (comme en 1918 ou comme en 1968 seulement ?). La grippe du
poulet à virus A H5N2 qui en 1997 a donné quelques cas d’infections humaines mortelles
à Hong-Kong a fait très peur au début. Mais, ses capacités épidémiologiques chez
l’homme se sont en fait révélées très limitées.
2-2. La physiopathologie de l’infection grippale :
Le virus pénètre par le nez et la gorge par inhalation de gouttelettes en suspension dans
l’air et se multiplie aussitôt dans l'arbre respiratoire cilié qui va du nez jusqu'aux
bronchioles.
19
L'infection ne va pas au-delà, dans les formes habituelles. Le virus ne se multiplie pas dans
l'alvéole. En profondeur il ne dépasse pas la membrane basale. Sauf exception, il n'y a pas de
virémie. Donc la multiplication virale reste localisée à la porte d'entrée du virus dans
l'organisme. D'où la brièveté de l'incubation, 1 à 3 jours. Cette multiplication locale donne
une nécrose de l'épithélium respiratoire cilié, donc des lésions intenses, mais réversibles.
Cette nécrose s'accompagne d'hypersécrétion de mucus bronchique et d'une hypertension
modérée dans la petite circulation.
Cette nécrose explique la toux, l'épistaxis inconstante, et les signes généraux intenses. Il est
habituel qu'une nécrose tissulaire donne de la fièvre et de plus ici, les protéines virales par
elles-mêmes sont pyrogènes. Mais dans tout cela, il n'y a pas de diffusion du virus, la grippe
est le type même des maladies virales locales. On pense que fièvre et myalgies sont dues à
la sécrétion de cytokines : d'interféron (l'administration médicale d'interféron donne de fait
une fièvre brutale et des myalgies pseudogrippales) et d’interleukine 6.
3. Les symptômes de la grippe
A noter que l’infection par les virus grippaux est fréquemment asymptomatique.
A. La grippe non compliquée :
C'est une maladie qui sévit l'hiver. Chaque hiver survient une épidémie de grippe avec tous les
10 ans environ une épidémie d'une étendue très inhabituelle qui touche pratiquement toute la
population mondiale : on parle alors de pandémie. Il en était ainsi en 1947, en 1957 et en
1968. Le mot influenza, d'origine italienne, rappelle qu'autrefois on croyait que la grippe
survenait sous l'influence des astres.
Le mot grippe vient d'agrippé et suggère une maladie brutale. De fait, après une incubation
de 1 à 2 jours c'est une fièvre brutale à 40°C accompagnée de douleurs diffuses, de
céphalées, de rachialgies, de myalgies.
Il existe des signes respiratoires, mais ils sont discrets : un écoulement nasal, une toux
sèche, parfois des douleurs pharyngées, laryngées, trachéales, ou un saignement de nez (une
épistaxis).
Chez le jeune enfant une fièvre de cette intensité peut déclencher une crise convulsive
hyperpyrétique.
L'examen physique est habituellement négatif, contrastant avec l'intensité des signes
généraux. L'auscultation pulmonaire est le plus souvent normale. La radiographie pulmonaire
également. On ne trouve de foyer pulmonaire que dans 10 % des cas. Il ne faut donc pas
compter sur la radiographie pulmonaire pour confirmer un diagnostic de grippe.
3 à 4 jours plus tard tout est rentré dans l'ordre, la fièvre a disparu, du moins dans les
formes simples. Donc la grippe donne un syndrome fébrile de durée limitée qui ressemble
à la phase d'invasion de bon nombre de maladies infectieuses.
Comment faire le diagnostic de grippe en pratique?
En effet, les signes cliniques sont non spécifiques. Le diagnostic clinique de la grippe repose
sur des arguments épidémiologiques très simples : c'est l'hiver, et l'on a appris par les
20
médias qu'il y avait une épidémie de grippe, épidémie apparue en général en Orient (Chine),
et qui, à un endroit donné, dure en moyenne 6 semaines. On sait en effet cela grâce à un
réseau de surveillance de la grippe, placé sous l'égide de l'O.M.S., avec comme relais local le
Centre National de la Grippe de l'Institut Pasteur de Paris, pour le Nord de la France, celui de
Lyon pour le Sud. Il s'appuie sur un réseau-sentinelle mobilisant des volontaires Pédiatres et
Généralistes surveillant particulièrement les collectivités d'enfants qui ont un rôle
d'amplificateur pour la propagation des virus de la grippe.
B. Les complications de la grippe
La grippe est responsable d’un excès de morbidité et d’une surmortalité. On estime la

mortalité moyenne de la grippe à 0,1 %. Cette surmorbidité et surmortalité sont liées :
- La surinfection bactérienne :
La grippe se complique fréquemment d’infections ORL en particulier d’otite moyenne aiguë

chez l’enfant.
La grippe peut se compliquer d’une pneumopathie bactérienne. En effet, la nécrose de

l'épithélium respiratoire cilié et l'hypersécrétion de mucus font de l'arbre respiratoire
l'équivalent d'un tube de culture pour bactéries, d'autant plus que les macrophages infectés par
les virus grippaux ont un pouvoir phagocytaire diminué. D'où la possibilité de surinfection à
Haemophilus influenza, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Neisseria, c'est-à-
dire des bactéries commensales de l'arbre respiratoire supérieur qui profitent de la grippe pour
"faire une descente" dans l’arbre respiratoire inférieur, normalement stérile. C'est en cas de
surinfection bactérienne que l'on voit le classique V grippal de la courbe thermique et une
hyperleucocytose à polynucléaires. La pneumonie à Staphylococcus aureus est la
21
surinfection la plus grave (mortalité de 30 à 50 %). Cette surinfection bactérienne, qui est
difficile à prévoir, n'explique qu'une proportion des morts par grippe.
- La pneumopathie virale maligne, qui associe à la nécrose de la muqueuse respiratoire

ciliée, un œdème hémorragique massif qui remplit complètement les alvéoles, distend
les poumons : les poumons sont véritablement noyés. On connaît des circonstances qui
favorisent l'apparition de cette pneumonie grippale maligne : ce sont tous les états
d'insuffisance cardiaque ou respiratoire : les bronchites chroniques de l'adulte, la
dilatation des bronches ou la mucoviscidose de l'enfant, les cardiopathies du sujet âgé ou
les malformations cardiaques congénitales de l'enfant. Ces sujets fragiles situés aux deux
extrêmes de la vie supportent mal l'hypersécrétion bronchique et la surcharge modérée de
la petite circulation qui accompagnent l'infection grippale. La sécrétion inappropriée de
cytokines est également tenue pour responsable de la grippe maligne
Un autre groupe de sujets risque plus que les autres la grippe maligne : ce sont les femmes
enceintes qui ont à l'état physiologique en cours de grossesse, une surcharge de la petite
circulation. Il reste que bon nombre de pneumonies grippales mortelles surviennent sans cause
favorisante connue, chez des sujets en pleine force de l'âge, sans explication.
4. Le diagnostic virologique de la grippe :
- Le diagnostic direct :
Il est réalisé à partir des sécrétions nasales prélevées au tout début de l'évolution, par
aspiration naso-pharyngée ou à défaut par écouvillonnage de la paroi nasale. Ces virus sont
fragiles, d'où l'importance du milieu de transport.
 L'inoculation pour isolement se fait sur culture cellulaire, mais pas sur n'importe
quelle culture de cellules, par exemple sur cellules MDCK. Un autre système
cellulaire utilisable est représenté par l'oeuf de poule embryonné, inoculé dans la
cavité amniotique, c'est-à-dire dans la poche où débouchent les voies respiratoires de
l'embryon.
La multiplication virale est décelée par l'apparition d'une hémagglutinine dans le
liquide de culture, dans le liquide amniotique, et les virus influenza sont typés très
facilement en inhibition de l'hémagglutination (IHA) ou par immunofluorescence.
 Une autre façon de détecter le virus consiste à détecter des antigènes viraux. Il existe
des méthodes d’immunocytodiagnostic rapide, consistant à rechercher dans les
cellules desquamées du tractus respiratoire l’existence d'une fluorescence à l'aide
d'immunsérums antivirus influenza A ou B conjugués à la fluorescéine. On peut
également recourir sur les sécrétions respiratoires à une technique
immunoenzymatique, soit classique sur support solide (ELISA), soit ultrarapide sur
une membrane filtrante (“savonnette”).
 La détection d'acides nucléiques viraux, par RT-PCR par exemple, est une méthode
très sensible mais encore réservée actuellement à des laboratoires très spécialisés.
22
- Le diagnostic sérologique indirect :
Le sérodiagnostic doit porter sur une paire de sérums, S1 prélevé le plus tôt possible la
première fois où l'on voit le malade, et S2 prélevé trois semaines plus tard. Un délai de
2 semaines est insuffisant pour une maladie à incubation courte. On recherche une
élévation du taux des anticorps d'au moins 1 à 4 à l'examen simultané de deux sérums. Le
résultat du sérodiagnostic parvient donc toujours au moment de la convalescence, d'où son
absence d'intérêt pour le patient. Rappelons qu'un sérodiagnostic portant sur un seul
sérum n'a aucune valeur diagnostique d'infection actuelle; il n'a d'intérêt
qu'épidémiologique.
Dans le cas de la grippe il faut privilégier l'isolement et le diagnostic rapide.
- Les indications du diagnostic virologique de la grippe :
Quand est-il intéressant de faire un diagnostic virologique exact par examen de

laboratoire, au cours de la grippe? D'abord dans toutes les formes graves. Mais aussi dans
les formes banales il est nécessaire de procéder sur quelques cas à l'isolement du virus,
cela dans une optique épidémiologique, pour étudier les modifications antigéniques
éventuelles au Centre National de la Grippe de l'Institut Pasteur de Paris ou celui, de Lyon
et pour actualiser les vaccins. Enfin, quand les cliniciens font une étude particulière à
visée cognitive, par exemple, l'étude de l'efficacité d'un vaccin antigrippal ou d'une
chimiothérapie antivirale, il faut pour que les conclusions de telles études soient valables,
que le diagnostic de grippe soit confirmé et seul le laboratoire peut apporter cette
confirmation.
5. Le traitement de la grippe :
A. le traitement préventif : la vaccination
- Les composants du vaccin : Depuis 1977 circulent, en France et ailleurs,

simultanément 3 sortes de souches de virus grippaux.
 des souches de grippe A, H3N2, variants très éloignés de la souche d'origine de 1968
 des souches de grippe A H1N1 qui, comme les souches H3N2, “glissent” tous les ans
ou tous les 2 ans.
 des souches de grippe B, qui “glissent” plus lentement.
Il faut donc que les vaccins grippaux soient trivalents. On dispose donc d'un vaccin tué
qui contient les deux variants récents de virus grippal A (H1N1 et H3N2 en 1995) et une
souche récente de virus grippal B. Pour la fabrication des vaccins, c'est-à-dire pour se protéger
d'une épidémie, il faudrait que la souche de virus contenue dans le vaccin soit la souche de
l'épidémie, mais c'est difficile en pratique car on n'a souvent pas le temps au cours de l'hiver
d'isoler la souche épidémique, de l'identifier, de préparer le vaccin, de le contrôler et de le
diffuser à toute la population susceptible d'être atteinte. Ces opérations mènent généralement
au mois de Mars et l'épidémie est passée. Pendant l'année du saut on est en manque de vaccin
efficace.
En pratique le vaccin contient la souche de l'épidémie précédente qui protège partiellement
pour l'hiver suivant, à condition qu'il n'y ait pas eu entre-temps de saut antigénique. En cas de
saut antigénique, les vaccins dont on dispose sont complètement périmés.
23
- L’efficacité de la vaccination
La vaccination n'est pas parfaite. Son taux de protection a été évalué entre 40 et 80 %, ce
qui n'est pas à négliger. Son efficacité est limitée (bien que réelle) pour deux raisons. Le
vaccin se trouve toujours "en retard d'une mutation" et si cette mutation donne une cassure,
le vaccin disponible ne vaut plus rien. D'autre part, c'est un vaccin qui, injecté, par voie sous-
cutanée ou IM, suscite surtout des anticorps dans le sang, et peu d'IgA dans les sécrétions
respiratoires. Donc il protège mal la seule zone où les virus grippaux se multiplient, c'est-à-
dire l'épithélium respiratoire cilié. Enfin, il faut recommencer la vaccination tous les ans, car
la protection apportée est brève, et de toutes façons le virus change tous les deux ans.
- Le protocole de vaccination
La vaccination anti-grippale n'est pas obligatoire. Elle est cependant conseillée chez des sujets
à risque que sont les insuffisants cardiaques et les insuffisants respiratoires chroniques de
tous âges (le jeune enfant atteint de mucoviscidose comme le sujet d'âge mûr atteint
d'emphysème, le jeune atteint de cardiopathie congénitale comme l'adulte atteint de
cardiopathie dégénérative), les sujets fragiles (transplantés, dialysés …), les vieillards, et les
femmes enceintes... et tous ceux qui la demandent pour tenter d’éviter la grippe. La
vaccination des personnels soignant des sujets fragiles est tout à fait recommandée dans
l'intérêt de ces derniers, il a été montré qu’une telle vaccination du personnel diminuait la
mortalité par grippe des sujets fragiles dans certaines communautés (maison de retraite,
hôpital).
L'avenir de la vaccination est peut-être dans des préparations antigéniques élaborées pour
administration par voie nasale. Un vaccin vivant par souche atténuée après passages en
culture de cellules à 25°C (souche adaptée au froid) est à l'essai en administration par voie
nasale.
B. Le traitement curatif : les anti-viraux
-La Rimantadine : C'est une substance antivirale qui agit sur la pénétration et la décapsidation
des virus, par voie orale. Sa cible est la protéine de matrice M2 qui tapisse intérieurement
l'enveloppe virale. Elle est active sur les souches de grippe A mais non de grippe B et surtout
à titre préventif. Ce produit peut donner des syndromes dépressifs et des troubles du sommeil
et des troubles de la marche, en particulier chez les personnes âgées..
Les virus de la grippe A, en raison du manque de fidélité de la RNA polymérase virale
sélectionnent aisément des mutants résistants à la rimantadine. Cela joint aux effets
secondaires et à des ventes modestes a fait arrêter la commercialisation du produit.
- Le Zanamivir et l’Oseltamivir : Ce sont des inhibiteurs de la neuraminidase des virus de

la grippe A comme de la grippe B. Le Zanamivir est administré en pulvérisation par voie et
l'Oseltamivir per os.
Ces inhibiteurs de la neuraminidase réduisent la durée de la grippe et l’acuité des symptômes

si elles sont administrées dans les 24-48 premières heures de la maladie et sont actives en
traitement prophylactique. Dans ce cas le traitement se fait en cas de contage ou tant que dure
la vague épidémique.
24
Ces molécules sont très bien tolérés en dehors d’un risque de bronchospasme pour le
Zanamivir chez les personnes asthmatiques). Il n’y a pas de résistances cliniques décrites
après plus de trois années d’utilisation.
L’utilisation des inhibiteurs de la neuraminidase serait particulièrement intéressante dans le

cas d’apparition d’un variant pandémique non reconnu par les vaccins.
6. Points importants :
 La grippe A et la grippe B sont dûes à des virus à RNA segmenté, chaque segment
correspond à un gène. Ils sont enveloppés et portent deux sortes de spicules
glycoprotéiques, l'hémagglutinine et la neuraminidase qui toutes deux suscitent des
anticorps protecteurs.
 La grippe est une infection virale localisée à l'épithélium respiratoire cilié, peu
accessible à la vaccination.
 D'autant que les virus grippaux sont sujets à des variations antigéniques : sauts pour
les virus influenza A et glissements pour les virus influenza A et B.
 Les sauts ont pour origine des réassortiments de gènes entre souches de virus influenza
A humains et animaux.
 Les réseaux de surveillance épidémiologique de la grippe pour isolement et
caractérisation des nouvelles souches sont indispensables à la préparation de vaccins
actualisés.
 Ceux-ci sont trivalents (AH3N2, AH1N1 et B), à administrer tous les ans aux sujets
fragiles.
25
Les infections bactériennes transmises par les aliments
1. La situation épidémiologique
- Plus de 200 pathologies différentes

- USA : 90 000 décès/an
182 000 hospitalisations/an
- France : Déclaration 2001 :
. 559 foyers de TIAC
. 6742 malades
. 679 hospitalisation (10 %)
. 3 décès (4/10 000)
2. Les toxi-infections alimentaires Epidémiologie (BEH 2002)
Salmonelloses
. 57,7 %
. 1726 malades déclarés/an (= 174 foyers)
. Enteritidis : 57.5 %
. Typhimurium : 17.8 %
. Autres : 7.6 %
. Indéterminés : 16.9 %
Staphylococcus aureus. 20.7 %
Clostridium perfringens. 6,9 %
Bacillus cereus. 4,6 %
Shigella. 0,3 %
 Lieu de survenue
61 % restauration collective
35 % milieu familial
Collectif : 39 % en milieu scolaire

21 % en restauration commerciale
 Aliment en cause
Agent responsable isolé dans les aliments dans 31 % des foyers :
Salmonella : œufs et préparation à base d ’œufs (57 %)

S.aureus : produits laitiers, plats avec manipulation
C. Perfringens : plats en sauche
26

Pathogenèse de Linfection

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M.M.A Microbiologie Médicale et Vétérinaire Infections microbiennes.

II. Agents infectieux :

IV. Source de l'infection / de la colonisation :

V. Transmission de l'agent infectieux :

Tableau 1 : Résumé des mécanismes de défense de l’hôte

VIII. Infection : (Fig.1)

♦ les mécanismes de défense du patient

Quelques exemples d’infections et leur mode de transmission :

Transmission par contact :

Transmission par gouttelettes

Transmission par aérosol

Figure 1 : Pathogenèse de l’infection.

Les infections nosocomiales

II. Définition des infections nosocomiales :

différencier une infection communautaire d'une infection nosocomiale, un délai de 48 à

III. Principales infections nosocomiales :

Tableau.1 : Distribution des infections nosocomiales

* étude de prévalence dans 4 hôpitaux universitaires

IV. Principaux agents infectieux :

Le type de micro-organismes rencontrés dépend de nombreux facteurs dont les principaux

V. Transmission des micro-organismes :

VI. Morbidité et mortalité :

VII. Coût de l’infection :

La survenue d'une infection nosocomiale entraîne un surcoût important avec une

Prévention et contrôle des infections nosocomiales : principes généraux

La prévention des infections nosocomiales comporte de multiples facettes qui touchent de

 Hygiène des mains

L'immunoprophylaxie (vaccination et immunoglobuline) est très utile et est recommandée

INFECTIONS MICROBIENNES MAJEURES

1. Infections transmises par l’air :

1.2. Infections virales :

LE VIRUS RESPIRATOIRE SYNCYTIAL

Le virus respiratoire syncytial appartient à la famille des Paramyxoviridæ qui comprend

 paramyxovirus avec les virus parainfluenza et le virus des oreillons

Le VRS est un virus

 Enveloppé, l’enveloppe virale dérive de la membrane cytoplasmique par

On n’observe pas de variations antigéniques importantes du VRS dans le temps, en tous

Le VRS est très contagieux. Sa transmission est essentiellement respiratoire, interhumaine

3. La physiopathologie de l’infection à VRS :

Lors de la bronchiolite à VRS on constate :

 une destruction des cellules épithéliales ciliées

La réaction immunitaire dirigée contre le VRS associe :

 une réaction humorale :

La réponse humorale locale et générale est protectrice, en effet l’injection

 une réaction immunitaire cellulaire :

Les anomalies présentes lors de l’infection à VRS s’expliquent :

1. par un effet cytopathique direct du VRS sur les cellules bronchiques

La conséquence clinique de cette réponse immunitaire déséquilibrée était la survenue de

4. Les manifestations cliniques liées au VRS :

5. Le diagnostic virologique de l’infection à VRS :

La technique de choix pour le diagnostic virologique est l’immunocytodiagnostic rapide.

 La technique d’immunofluorescence directe est très souvent utilisée et permet de

 des techniques immunoenzymatiques peuvent aussi être utilisées. Des techniques

Il faut donc privilégier le diagnostic rapide qui est très fiable.

6. Le traitement des infections sévères à VRS :

Des anticorps monoclonaux humanisés dirigés contre un épitope de la protéine de fusion du

LA GRIPPE ET SES VIRUS

1. Les virus de la grippe ou virus influenzae et leur modifications antigéniques :

Figure1 : Morphologie des virus influenzae

Tableau 1 : Les variations antigéniques

- Les antigènes grippaux :

L'hémagglutinine est très immunogène et provoque l’élaboration d’anticorps

- Les glissements et les sauts antigéniques :