Master I: Microbiologie Appliquée 2020-2021

Module : Outils de microbiologie biochimiques et moléculaires.

Cours : Détection des activités microbiennes

Le monde microbien est un peu vaste, il contient 4 catégories des microorganismes : Les
bactéries, les virus, les parasites et les champignons microscopiques (levures et moisissures).

Ce monde étude la diversité de ces microorganismes, leur mode de vie et les interactions entre
eux ainsi que les interactions entre les microorganismes et l’environnement.

I. LE MICROENVIRONNEMENT
 Définition

On appelle microenvironnement, l'environnement « immédiat », dans lequel les interactions

sont directes. C'est leur monde rapproché. Ces interactions sont réversibles. Ce que
l'environnement fournit aux bactéries, ce que les bactéries fournissent à l'environnement.

 Interaction bactéries-environnement

Les bactéries prélèvent dans leur environnement les molécules dont elles ont besoin pour
croître ou pour survivre (et la partie sur les conditions de vie des bactéries montre comment
cela peut les modifier).
Que produisent-elles dans l'environnement ? Toutes sortes de substances de tailles diverses :

 De petites molécules (appelées souvent métabolites secondaires), comme

des antibiotiques qui peuvent tuer d'autres bactéries, et de nombreux autres
métabolites dont on ne comprend pas toujours le rôle ;
 D'autres petites molécules qui leur servent de signal de densité (le quorum sensing) ;
 Des enzymes qui leur permettent de transformer (hydrolyser) des molécules de
l'environnement, trop grosses pour pénétrer dans leur cytoplasme (protéines, acides
nucléiques, polysaccharides...), les transformant en molécules qu'elles (et d'autres)
peuvent assimiler (dont elles peuvent se nourrir) ;
 Des sucres polymérisés sous forme de mucus, qui les protègent, forment la gangue du
biofilm voire leur permettent de glisser à l'interface solide/eau, mais qui peuvent aussi
servir de nourriture à d'autres espèces ;

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 Elles produisent aussi des structures plus ou moins rattachées aux cellules qui
interviennent dans ces transformations (pili, flagelles, vésicules).

 Bactéries et humains, une relation symbiotique

Mais nous aussi, être humains, qui avons appris à avoir peur des bactéries, à cause d'une
dizaine de germes responsables de graves maladies, nous ne saurions vivre en bonne santé
sans les centaines d'espèces bactériennes qui nous habitent. Elles prélèvent dans notre tube
digestif ce qui leur est nécessaire pour vivre, mais elles modifient leur environnement d'une
manière qui nous est bénéfique.
Et il faut voir tout cela, là encore, non pas de façon statique, mais comme un processus
mouvant. Les espèces présentes peuvent changer en fonction de notre nourriture ou d'autres
facteurs, elles peuvent se modifier les unes les autres, par exemple en se transférant des petits
morceaux d'ADN (plasmides) qui portent des gènes leur permettant de résister
aux antibiotiques que nous avalons souvent à tort et à travers. C'est bien pour nous, lorsque
cela permet à des bactéries utiles de survivre. Mais c'est moins bien lorsque cela permet aussi
à des bactéries pathogènes de résister aux traitements antibiotiques censés les éliminer ! Et
c'est encore moins bien lorsqu'elles se passent des gènes produisant des toxines, comme ce fut
le cas pour E.coli 0104 qui devint « la tueuse ». En somme, il y a tout un réseau d'interactions
dynamiques entre les bactéries et notre organisme, parfois nuisibles, le plus souvent
bénéfiques, interactions, qui commencent tout juste à être connues, et qui participent au grand
ensemble des coopérations dites symbiotiques entre bactéries et d'autres organismes.
Parmi ces interactions symbiotiques, une autre mérite d'être citée ici, c'est celle qui est à
l'origine des « eucaryotes ». Les cellules eucaryotes se caractérisent par l'existence d'un noyau
et de mitochondries (ainsi que de chloroplastes pour les plantes). Mitochondries comme
chloroplastes (les organites), sont en effet des sortes de petites cellules, incapables de se
développer seules, qui se multiplient au sein des cellules eucaryotes et qui en sont les
centrales énergétiques. Eh bien ce sont, dans les deux cas, d'anciennes bactéries, qui ont
fusionné avec une autre cellule à la suite d'une symbiose particulièrement réussie. La
transformation des deux cellules ainsi fusionnées a été stupéfiante, et les conséquences,
l'apparition des eucaryotes, sont d'autant plus importantes pour nous, que... nous sommes
indubitablement l'une de ces conséquences !

Bien que la majorité des études concernant les relations entre bactéries et leurs hôtes aient
porté, pour des raisons évidentes, sur leur pouvoir pathogène, les cas connus de symbioses

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impliquant des bactéries sont déjà relativement nombreux à l'heure actuelle, mais il y a fort à
parier qu'en privilégiant une approche du monde bactérien appuyée sur les interactions avec
l'environnement, on en découvrira encore bien davantage.
Le formidable succès évolutif des bactéries tient sans doute bien plus à leur capacité à tisser
avec leur environnement des interactions mutuellement bénéfiques qu'à leur pouvoir
de nuisance.
 Bactéries : les relations symbiotiques

Les relations entre les bactéries et les autres organismes peuvent être conflictuelles : par
exemple les nématodes ou les protozoaires mangent les bactéries, ou des bactéries nous
rendent malades, voire nous tuent. Comme ce pouvoir pathogène des bactéries est très
important pour nous, il a été très étudié.

On a pu découvrir que les bactéries pathogènes utilisent des mécanismes « bricolés » à partir
des structures assurant de façon générale les interactions avec l'environnement. Par exemple,
on a découvert que les toxines sont souvent injectées par les bactéries dans les cellules cibles
par des sortes de seringues formées à partir de flagelles ou de pili détournés de leur rôle
initial.
Mais une relation très fréquente entre bactéries ou autres organismes, n'est pas la compétition,
mais la coopération. Coopération qui, à l'échelle de l'évolution, se traduit par et résulte de la
coévolution.
 Bactéries et plantes : une relation symbiotique très étudiée
Le cas le plus étudié est celui des relations symbiotiques entre des bactéries et des
plantes (surtout les légumineuses), réalisant la fixation de l'azote de l'air (réduction du diazote
gazeux N2 en azote organique). Cette symbiose se fait dans des nodules qui se forment dans
les racines au contact de certaines espèces de bactéries, qu'ils renferment. Dans ces
conditions, et dans ces conditions seulement, les bactéries captives, et d'ailleurs transformées
morphologiquement, sont capables de réaliser cette réduction. Bien avant que le mécanisme
n'en soit compris, les agriculteurs connaissaient le pouvoir des légumineuses d'amender
les terres appauvries en azote, et l'utilisaient en pratiquant l'assolement triennal.

II. METHODES ISOTOPIQUES

 Réactions de neutralisation des toxines bactériennes

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De nombreuses bactéries exercent leur pouvoir pathogène en sécrétant des protéines

appelées " toxines ". Ces toxines peuvent endommager ou détruire les cellules de l’hôte. Pour
exercer son pouvoir pathogène, la toxine doit interagir avec un récepteur spécifique à la
surface de la cellule cible. De nombreuses toxines sont ainsi constituées de deux sous-unités :
la première interagit avec le récepteur cellulaire spécifique et permet l’internalisation de la
toxine, la deuxième est directement responsable de l’effet toxique. Les anticorps qui se fixent
par l’intermédiaire de leur fragment Fab sur le site d’interaction entre la toxine et son
récepteur empêchent la pénétration intracellulaire de la toxine et donc ses effets pathogènes.
Cet effet protecteur est appelé " neutralisation " et les anticorps qui agissent ainsi sont appelés
anticorps neutralisants.

Fig.01 : Anticorps neutralisants.

 Blocage de l’infectiosité des virus

Lorsqu’un virus infecte une cellule, il doit d’abord se fixer sur un récepteur
membranaire spécifique. Cette fixation détermine le tropisme du virus pour une cellule
déterminée. Ainsi, le virus de la grippe possède à sa surface des protéines appelées
hémagglutinines qui se fixent sur les acides sialiques terminaux présents sur certaines
glycoprotéines des cellules de l’épithélium respiratoire. Les anticorps dirigés contre
l’hémagglutinine préviennent l’infection grippale. Les IgG et les IgA de forte affinité sont
particulièrement impliquées dans la neutralisation des virus.

Si la majorité des anticorps neutralisants bloquent la fixation du virus à la surface

cellulaire, l’interaction entre le virus et l’anticorps peut désorganiser la structure de la
particule virale prévenant ainsi la fusion de la membrane virale à la surface cellulaire.

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Fig. 02 : Blocage de l’infectiosité des virus.

 Inhibition de l’adhésion bactérienne aux surfaces cellulaires

De nombreuses bactéries possèdent des protéines d’adhérence appelées " adhésines "
qui leur permettent de se fixer à la surface des cellules. Cette réaction d’adhérence est
nécessaire à l’expression du pouvoir pathogène des bactéries intracellulaires ou non. Ainsi la
" piline " de Neisseria gonorrhoeae permet l’adhérence de cette bactérie aux cellules
épithéliales urinaires et génitales. Cette protéine est essentielle à la virulence du germe. Des
anticorps dirigés contre cette protéine inhibent l’adhérence et préviennent l’infection.

Fig. 03 : Inhibition de l’adhésion bactérienne.

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III. MESURE DES CONSTITUANTS CELLULAIRES SPECIFIQUES

Membrane plasmique : Épaisse de 7 à 8 nm, elle est constituée d'une double couche de
phospholipides dans lesquelles se trouvent des protéines partiellement ou entièrement
englobées.
La paroi cellulaire : C’est la couche la plus externe des bactéries. On distingue ces deux
couches par leur épaisseur, leur composition, leur structure ainsi que leur réactivité vis-à-vis
des colorants.
Le cytoplasme : Il est rempli d'eau ainsi que de différentes structures :
Le nucléoïde
Des ribosomes, assemblages de protéines et d'ARNr
Les enzymes du métabolisme synthétisées
Les substances nutritives
Les produits de déchets du métabolisme
Des structures particulières
Chez les cyanobactéries : appareil photosynthétique ( thylacoïde )
Chez les bactéries aquatiques : vacuoles de gaz

Le nucléoïde : C'est la région du cytoplasme qui contient le génome bactérien.

Structure à l'extérieur de la paroi cellulaire

1) La capsule
L'extérieur de la paroi peut contenir une couche de polysaccharides.
Résistance à la phagocytose
Protection contre la dessiccation
Repousse les virus, bactéries et produits toxiques
Augmente l'adhésion des bactéries.
2) Les fimbriae et les pili sexuels
Ce sont de fins fils protéiques à l'extérieur de la cellule.
3) Les flagelles : mobilité.