Etablissement Supérieur Privé des Sciences Paramédicales

Cours
Microbiologie générale

Enseignant : Dr. ELMOUELHI Refka Chapitre I

Niveau : 1ère Année sciences infirmières

2019-2020
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Partie A : Diversité du monde vivant

Les micro-organismes aussi appelés microbes et protistes, forment un ensemble

d’organismes vivants microscopiques, invisibles à l’œil nu. C’est leur seul point commun, car
ils diffèrent et varient par leur morphologie, leur physiologie, leur mode de reproduction et
leur écologie. Les protistes se composent : des bactéries, des protozoaires, des champignons
(Mycètes) microscopique, et des algues. Les virus sont considérés comme des micro-
organismes non vivants, acellulaires qui dépendent entièrement des cellules hôtes infectées.

1.2.5 Classification Génomique

Le développement des techniques de biologie moléculaire a permis de caractériser les gènes

qui codent pour les ARN ribosomaux (ARNr). En comparant une multitude de séquences
d’ARNr 16S, appartenant à divers organismes vivants, il est arrivé à diviser les organismes
vivants en trois domaines. Le domaine des Bacteria ou Eubacteria, le domaine des Archaea
et le domaine des Eucarya (animaux, plantes, les mycètes et les protistes).

Les archaebacteries appartiennent au domaine des Archae (procaryotes) qui vivent dans des
milieux extrêmes et se répartissent en trois grands groupes que sont les halophiles extrêmes,
les méthanogènes et les thermophiles extrêmes. Aucune archee n’est connue pour la
manifestation d’une pathogénicité à l’égard de l’humain.

Arbre phylogénétique universel

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1. Les Protistes

Les protistes sont définis par des propriétés communes et spécifiques : leur taille
microscopique, leur organisation simple et unicellulaire pour la plus part. Si pluricellulaires,
alors leurs cellules sont équivalentes, sans aucune différence morphologique, physiologique
ou fonctionnelle. Les protistes se distinguent des animaux et des végétaux par leur structure,
leur physiologie et leur écologie.

1.1 Structure et fonction des protistes

Une taille de loin plus réduites que celles des cellules animales et végétales. Les cellules
animales et végétales sont incapables d’exister indépendamment de leur organisme.

La taille réduite des protistes confère des avantages physiologiques. Un rapport surface
/volume supérieur à celui de tous les autres organismes vivants. Ce qui permet des échanges
et des interactions remarquables avec le milieu. Sans oublier une dissémination et une
distribution dans la nature unique et impressionnante.

1.2 Reproduction des protistes

Les protistes et en particulier les bactéries ont des modes de reproduction simples, spécifiques
et rapides (temps de génération courts). Escherichia coli par exemple, se reproduit par simple
division binaire en 20 minutes. Cela se produit bien sûr en conditions optimales de culture en
laboratoire. Ces taux de croissance exceptionnels induisent des rendements de croissances
incomparables.

1.3 Métabolisme des protistes

Les micro-organismes et en particulier les bactéries ont une propriété fondamentale qui est la
diversité de leur métabolisme. Individuellement, chaque micro-organisme est spécifiquement
adapté à la métabolisation d’un nombre plus ou moins limité de substrats. Ce qui explique
leur distribution en fonction des caractéristiques nutritionnelles et physicochimiques du
milieu. Mais, pris dans leur ensemble, les micro-organismes peuvent métaboliser toutes les
substances organiques naturelles et même synthétiques.

- Ce processus constitue la minéralisation de la matière vivante et le recyclage des éléments

chimiques qui forment la matière organique. Ceci permet de préserver l’environnement.

- Une des armes métaboliques des bactéries est la synthèse d’enzymes inductibles
uniquement en présence de leurs substrats spécifiques. Une adaptation exceptionnelle aux
conditions du milieu.

1.4 Ecologie des protistes

Les micro-organismes sont ubiquitaires, ils sont présent dans tous les écosystèmes :

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Dans les mers et les océans, ils constituent la biomasse (base du 1er échelon d la chaine
alimentaire) qui nourrit l’ensemble de la faune marine.

Dans le sol, ils jouent un rôle dans la décomposition de la matière organique, la fourniture de
l’azote assimilable aux plantes, la minéralisation de la matière organique. Les micro-
organismes participent activement aux équilibres gazeux de l’atmosphère, en étant à la fois
producteurs et consommateurs, d’O2, H2, N2 CO2, CH4.

Le long de l’appareil digestif des animaux. En effet, ce dernier est tapissé de bactéries très
utiles à notre bien-être digestif, puisqu’elles nous procurent les enzymes nécessaires à la
digestion de certains aliments. De plus, elles évitent que d’autres micro-organismes
dangereux colonisent le tube digestif et nous rendent malades. La majorité d’entre elles sont
apportées à la naissance par la mère, puis, par l'environnement et la nourriture. Tout au long
de la vie, les populations évoluent.

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Partie B : Biodiversité du monde microbien

Est considérée comme organisme vivant toute unité biologique capable d’assurer sa
survie et sa reproduction ; on distingue deux groupes d’organismes vivant :
 Les organismes pluricellulaires constituées de plusieurs cellules spécialisées et organisées
ne appareils comme les organismes végétaux et animaux ;
 Les organismes unicellulaires, constitués d’une seule cellule assurant toute les fonctions ;
on les appelle micro-organismes.
L’étude des micro-organismes constitue la microbiologie
1. Diversité du monde microbien
Le terme microbe regroupe l’ensemble des micro-organismes capable de se nourrir, de respirer
et de se reproduire d’une façon autonome ; ces organismes sont appelés protistes
L’élément essentiel de définition de ces organismes est leur petite taille, mesuré en
micromètre. Invisible à l’œil nu, leur observation n’est possible qu’au microscope optique ou
au microscope électronique. Les virus trop petits ne peuvent être observés qu’au microscope
électronique à très fort grossissement.
2. Cellule eucaryote et cellule procaryote
Toute cellule se compose de trois éléments indispensables ; une membrane, un cytoplasme et
un noyau. La comparaison des structures d’une cellule animale et d’une cellule bactérienne
permet de définir deux types de cellules.

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La cellule procaryote possède une structure moins élaborée que la cellule eucaryote son
fonctionnement et son métabolisme seront donc plus simple. Les virus ne disposent pas des
éléments constitutifs d’une cellule ; ils n’ont pas de métabolisme cellulaire ; ils ne font pas
partie des protistes. À partir de ces types cellulaires, on peut distinguer trois catégories de
microorganismes ;
 Les protistes eucaryotes
 Les protistes procaryotes
 Les virus

3. Classification contemporaine
La biologie contemporaine a élaboré une classification du monde vivant :
Catégorie 1 : Les plantes eucaryotes
Catégorie 2 : Les animaux eucaryotes métazoaires
Catégorie 3 : Les protistes supérieurs eucaryotes ; les protistes inférieur procaryotes
Catégorie 4 : Les virus

La microbiologie s’intéresse aux catégories 3 et 4

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3.1. Les protistes eucaryotes
3.1.1. Les protozoaires
Ce sont des micro-organismes dont la structure est la plus proche de celle d’une cellule
animale ; ils possèdent les caractéristiques communes présentées dans le tableau suivant ;

Les différents types de mode de déplacement ont permis de classer les protozoaires en
quatre groupes :

3.1.2. Les champignons

Ils se répartissent en deux catégories déterminées par leur forme.

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4. Ecologie microbienne
Les micro-organismes et les autres organismes vivants forment un écosystème stable dans
lequel chaque groupe est représenté dans les proportions variables en fonction du milieu de
vie. On parle alors de flore microbienne. Dans les milieux naturels (eau-sol) les flores
permettent le recyclage de la matière organique. Les organismes vivants sont essentiellement
peuplés par des flores bactériennes.
4.1. Micro-organismes et milieux naturels
Les micro-organismes et l’eau ; toute les catégories de micro-organismes sont présentes dans
les eaux douces. Ils permettent l’élimination des déchets et de la pollution naturelle ;
Les micro-organismes et le sol : ils sont très nombreux à la surface du sol et assurent deux
rôles principaux :
 La décomposition des débris animaux et végétaux pour former l’humus
 La production de sels minéraux et la fixation d’azote atmosphérique nécessaire aux
plantes
Tous ces micro-organismes participent à la dégradation de la matière organique et
contribuent à la minéralisation.
4.2. Micro-organismes et organismes vivants
La relation entre l’hôte et les micro-organismes peuvent prendre plusieurs aspects :
Le parasitisme
Le micro-organisme se nourrit, se multiplie aux dépens de son hôte

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Si le parasite ne nuit pas à son hôte, on parle de commensalisme .c’est le cas de la flore
résidente de l’homme.
Si le parasite porte préjudice à son hôte, on parle de parasitisme pathogène
La symbiose
Dans cette situation, le micro-organisme et l’hôte tirent profit de leur coexistence. C’est le cas
des bactéries intestinales qui produisent des vitamines nécessaires à l’homme. Le monde
végétal a également des exemples de symbioses. Le plus connu est celui observé chez les
légumineuses avec les bactéries du genre Rhizobium. Ces bactéries sont fixatrices d’azote
moléculaire dans des structures racinaires qu’on nomme nodules. Les plantes, ainsi aidées par
des bactéries peuvent se développer sur des sols pauvres en azote.
Le saprophytisme
Les micro-organismes vivent aux dépens de matière organique inerte. C’est le cas des
champignons, des bactéries de la putréfaction que l’on retrouve sur les cadavres et qui
peuvent coloniser les aliments.
4.3. Rôle des micro-organismes
Ils sont connus le plus souvent comme étant responsables des maladies. Cependant un certain
nombre d’entre eux sont utiles, voire indispensable. En Voici quelques exemples.

Outre ces caractéristiques naturelles.il est possible par génie génétique de modifier le capital
génétique de certains microbes pour les amener à synthétiser des médicaments : on insère le
gène humain responsable de de la synthèse d’une hormone. C’est ainsi qu’il est aujourd’hui
possible de synthétiser de l’insuline humain par les bactéries.

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