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Badji Mokhtar Annaba University

Universit Badji-Mokhtar- Annaba

2004/ 2005

Facult des sciences

Dpartement de Biochimie

MEMOIRE
Prsent en vue de lobtention du diplme de Magister en

Microbiologie applique

Analyse microbiologique des eaux des plages


de la ville de Annaba
Evaluation de la rsistance aux antibiotiques des
microorganismes pathognes

Option

Microbiologie de lenvironnement
Par

Mme MECHAI Ne DEBABZA MANEL


DIRECTEUR DE MEMOIRE :
Dr ABDI AKILA : Charge de cours, Universit de Annaba
Devant le Jury
Mme Chettibi H.
PRESIDENT :
EXAMINATEURS : Mr Merad T.
Mme Aabbaci N.

Matre de confrence (Universit de Annaba)


Matre de confrence (Universit de Annaba)
Matre de confrence (Universit de Annaba)

Session : 2005

REMERCIEMENTS
Louange Dieu qui nous a donn lesprit, la volont, le courage et le savoir.

Je tiens exprimer mes respectueux remerciements et toute ma gratitude


Dr ABDI Akila, mon promoteur pour la confiance et la bienveillance quelle ma
tmoigne et dont la disponibilit et lindulgence mont permis de mener bien
cette tude.

Je remercie vivement Dr CHETTIBI H. davoir accepter de prsider le jury


et galement Dr Abbaci N. et Dr MERAD T. pour lhonneur quils mont rendu, en
examinant mon travail.
Mes remerciement cordiaux Mr ATAILIA A/Elmadjid responsable du
laboratoire dhygine au centre de sant de Annaba qui ma beaucoup approvisionn
en milieux et ractifs ncessaires et ma donn la chance de travailler au cours de
la priode estivale. Joublie pas de remercier galement Mr REDJAM responsable
du laboratoire danalyses au mme centre de sant pour son aide inestimable.
Mes vifs remerciements vont Mr ZOUAI A. responsable du laboratoire
danalyses lhpital HOUARI BOUMEDIANE de Sedrata qui na cess de maider
par tous les moyens.
Aussi, je remercie le personnel des laboratoires de microbiologie et de
biochimie : Sakina, Sada, Honada et Nassira qui mont beaucoup facilit la
ralisation de ce travail.

Mes remerciements mes collgues pour leur collaboration, leurs


encouragements et la sympathie quils mont toujours tmoign.

Enfin, je remercie toute personne ayant particip de prs ou de loin la


ralisation de ce travail.

Ddicaces
Avec joie et honneur, je ddie ce mmoire :
A ma mre, symbole damour et de don
A mon pre, que Dieu le protge
A mes frres : Salim, Tarek et Mehdi
A mon trs cher marie Basset qui na cess de mencourager et de
me guider
A mes surs : Khadra et Souad
A mon beau-frre Hakim pour son soutien
A ma deuxime famille : Ami ElArbi, Khedija, Souad, Fahima ,
Radia et les petits Nor El Isslam et Aniss pour tout lamour que
jai sentit avec eux
A toutes mes amies
A mes collgues de PG : Amel, Nadjet, Farah, Leila et Lilia
A tous ceux que jaime

SOMMAIRE
Introduction
Premire partie : ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
I. Gnralits sur les eaux de mer

01

1. La mer rservoir deau douce


2. Faune et flore marines
2.1. Phytoplancton
2.2. Zooplancton
3. Flore microbienne de leau de mer

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II. Pollution marine


1. Dfinition de la pollution de leau
2. Sources de la pollution marine
2.1. Rejets deffluents urbains
2.1.1. Eaux uses domestiques
2.1.2. Eaux uses industrielles
2.2. Eaux uses pluviales
2.3. Eaux uses dorigine agricole
2.4. Effluents des tablissements hospitaliers
3. Les types de pollution
3.1. Pollution physique
3.2. Pollution chimique
3.3. Pollution microbienne
4. Effets de la pollution de leau

III. quilibre biologique et pouvoir auto-purateur de la mer


1. La dispersion bactrienne en mer
2. Le pouvoir auto-purateur de leau de mer

IV. Survie des microorganismes dans leau


1. Facteurs influenant la mortalit des microorganismes
2. Survie des bactries
3. Survie des virus et des protozoaires

V. Infections dorigine hydrique


1. Principaux risques sanitaires lis la baignade dans leau de mer
2. Pathologie associe aux produits de la mer

VI. Les bactries pathognes


1. Escherichia coli

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2. Salmonella
3. Shigella
4. Yersinia enterolitica
5. Vibrio
6. Aeromonas hydrophila
7. Campylobacter jejuni
8. Pseudomonas aeruginosa
9. Staphylococcus aureus

VII. Affections fongiques (mycoses) et agents responsables


1. Les mycoses cutanes
2. Les candidoses

VIII. Caractres biochimiques des bactries responsables dinfections


dorigine hydrique
1. Les bactries Gram ngatif
2. Les bactries Gram positif

IX. Contrle de qualit des eaux de baignade


1. Fondement de lutilisation des microorganismes indicateurs
2. Caractristiques dun bon indicateur de contamination
3. Microorganismes indicateurs spcifiques de pollution fcale
3.1. Les coliformes totaux
3.2. Les coliformes fcaux (coliformes thermotolrants)
3.3. Esherichia coli
3.4. Les streptocoques fcaux
4. Microorganismes indicateurs, non rellement spcifiques de pollution fcale
4.1. Les bactries arobies revivifiables (germes totaux)
4.2. Les Clostridium sulfito-rducteurs
5. Autres indicateurs proposs
6. Microorganismes pathognes
7. Critres dvaluation de la qualit de leau
8. Normes de qualit requise pour les eaux de baignade : rglementation franaise
9. Classement sanitaire des eaux de baignade

X. La rsistance aux antibiotiques


1. Quelques facteurs favorisants
2. Les types de rsistance
3. Les phnotypes de rsistance
4. Le support gntique de la rsistance
5. Mcanismes de rsistance
6. Diffusion pidmique de la rsistance au sein du monde bactrien
7. Pathologie et bactries rsistantes aux antibiotiques
8. Les antibiotiques en milieu marin

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Deuxime partie : ETUDE EXPERIMENTALE


Matriel et mthodes
I. Matriel

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II. Mthodes

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1. Prlvement des chantillons


1.1. Sites de prlvement
1.2. Volume et frquence des prlvements
1.3. Mode de prlvement
1.4. Transport et conservation des chantillons
2. Mesure de pH des chantillons
3. Analyse microbiologique de l'eau de mer
3.1. Analyse quantitative
3.1.1. Dnombrement de la microflore arobie msophile totale (germes totaux)
3.1.2. Dnombrement des germes indicateurs de contamination fcale
3.1.2.1. Dnombrement des coliformes totaux, et des coliformes fcaux
3.1.2.2. Dnombrement des streptocoques fcaux
3.1.2.3. Recherche et dnombrement des Clostriduim sulfito-rducteurs
3.2. Recherche des germes pathognes
3.2.1. Recherche d' Escherichia coli pathogne
3.2.2. Recherche de Salmonella et de Shigella
3.2.3. Recherche du Vibrion cholrique et des Vibrio
3.2.4. Recherche des staphylocoques pathognes
3.2.5. Recherche de Pseudomonas aeruginosa
3.2.6. Recherche de Candida albicans et des champignons
4. Sensibilit aux antibiotiques
4.1. Antibiogramme par mthode de diffusion en milieu glos
4.2. Antibiotiques utiliss

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Rsultats et discussion
I. Analyse du paramtre de pH

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II. Analyse microbiologique

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1. Germes totaux
2. Bactries indicatrices de contamination fcale
3. Le rapport CF/SF
4. Les Clostridium sulfito-rducteurs
5. Classement des plages
6. Bactries pathognes
7. Levures et champignons

III. Isolement et identification des souches bactriennes


1. Examen macroscopique
2. Examen microscopique

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3. Identification biochimique des souches isoles


3.1. Les souches appartenant lespce Escherichia coli
3.2. Les souches appartenant au genre Shigella
3.3. Les souches appartenant au genre Salmonella
3.4. Les souches appartenant lespce Yersinia enterolitica
3.5. Les souches appartenant au genre Vibrio
3.6. Les souches appartenant lespce Aeromonas hydrophila
3.7. Les souches appartenant au genre Pseudomonas
3.8. Les souches appartenant au genre Staphylococcus

IV. Identification des champignons et des levures


1. Identification des levures
2. Identification des champignons

V. Antibiogramme des diffrentes souches isoles


1. E.coli
2. Salmonella et Shigella
3. Vibrio
4. Staphylococcus
5. Yersinia enterolitica
6. Pseudomonas
7. Aeromonas hydrophila

Conclusion
Rfrences bibliographiques
Annexes

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Liste des tableaux


Tab

Titres

Pages

01
02

Concentration de quelques micro-organismes dans les eaux uses urbaines


Survie de quelques bactries rejetes dans leau de mer
Principales caractristiques pidmiologiques de quelques agents pathognes prsents
dans les excrta
Infections transmissibles par leau ou troitement lies leau
Principaux risques sanitaires lis la baignade
Bactries pathognes transmises par les produits de la mer
Proprits des E.coli responsables de diarrhes
Facteurs de virulence de Pseudomonas aeruginosa
Tableau de diffrenciation des entrobactries
Tableau de diffrenciation des bacilles Gram (-) non-entrobactries
Tableau didentification des staphylocoques
Classification des coliformes en hygine et en sant publique
Normes physiques, chimiques, microbiologiques pour les eaux de baignade
Critres de classement sanitaire des eaux de baignade
Calendrier des diffrents prlvements raliss
Lecture sur la glose S-S
Lecture sur la glose Hektoen
Liste des antibiotiques utiliss pour les bactries Gram (-)
Liste des antibiotiques utiliss pour les staphylocoques
Valeurs de pH obtenues au niveau des diffrents sites tudis
Rsultats de lanalyse bactriologique au niveau de Joinoville
Rsultats de lanalyse bactriologique au niveau de Saint-Cloud 01
Rsultats de lanalyse bactriologique au niveau de Saint-Cloud 02
Rsultats de lanalyse bactriologique au niveau de Chappuis
Rsultats de lanalyse bactriologique au niveau de Belvedere
Valeurs mensuelles, trimestrielles, et annuelles des rapports CF/SF, et sources probables
de contamination
Classement des plages tudies selon les paramtres analyss
Rsultats de la recherche des bactries pathognes au niveau des diffrents sites
Rsultats de la recherche des levures et des champignons au niveau des diffrents sites
Rsultats des tests biochimiques des bactries bacilles Gram ngatif isoles
Rsultats didentification des bactries bacilles Gram ngatif isoles
Rsultats des tests didentification des staphylocoques isols
Rsultats didentification des staphylocoques isols
Rsultats des tests didentification des Candida
Aspect macroscopique de quelques espces fongiques
Rsultats de lantibiogramme des souches dE.coli isoles
Modles de multirsistance des souches dE.coli
Rsultats de lantibiogramme des souches de Salmonella et Shigella isoles
Rsultats de lantibiogramme des souches de Vibrio isoles
Rsultats de lantibiogramme des souchesde Staphylococcus isoles
Rsultats de lantibiogramme des souches isoles appartenant aux genres: Yersinia,
Pseudomonas et Aeromonas

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112
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Liste des figures


Fig
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02
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Titres
Pages
Disparition des bactries telluriques des eaux dgout aprs leur rejet en mer
08
Diffusion plasmidique au sein de divers groupes bactriens
49
Localisation gographique des sites de prlvements sur la cote de la ville dAnnaba
52
Evolution mensuelle du pH au niveau des diffrents sites
83
Prsentation graphique des rsultats quantitatifs de lanalyse bactriologique au
87
niveau des diffrents sites tudis
Reprsentation graphique des profils des souches d' E.coli isoles vis--vis des
107
antibiotiques tests
Reprsentation graphique des profils des souches de Staphylococcus isoles vis--vis
121
des antibiotiques tests

Liste des planches


Pla
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Titres
L'antibiogramme obtenu par un extrait de Diatome sur une culture bactrienne
(Staphylococcus aureus)
Aspergillus niger
Aspergillus flavus
Aspergillus fumigatus
Trichophyton erinacei
Trichophyton violaceum
Microsporum canis
Chrysosporium
Antibiogramme de la souche E. coli E 1.6
Antibiogramme de la souche E. coli E 1.4
Antibiogramme de la souche E. coli E 4.2
Antibiogramme de la souche E. coli E 2.1
Antibiogramme de la souche E. coli E 5.3
Antibiogramme de la souche Salmonella spp Sal 1.2
Antibiogramme de la souche Salmonella arizonae Sal 3
Antibiogramme de la souche Vibrio cholerae V.c 3.1
Antibiogramme de la souche Vibrio cholerae V.c 4
Antibiogramme de la souche Vibrio parahaemolyticus V.p 4
Antibiogramme de la souche Vibrio parahaemolyticus V.p 5.1
Antibiogramme de la souche Staphylococcus aureus St 10
Antibiogramme de la souche Staphylococcus aureus St 11
Antibiogramme de la souche Staphylococcus aureus St 02
Antibiogramme de la souche Staphylococcus epidermidis St 06
Antibiogramme de la souche Staphylococcus saprophyticus St 04
Antibiogramme de la souche Staphylococcus haemolyticus St 05
Antibiogramme de la souche Staphylococcus hominis St 14
Antibiogramme de la souche Staphylococcus xylosus St 19
Antibiogramme de la souche Staphylococcus capitis St 03
Antibiogramme de la souche Yersinia enterlitica Y.e 5.2
Antibiogramme de la souche Aeromonas hydrophila A.h 05

Pages
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Liste des abrviations


B.R.A :
D.B.B.C :
D.H :
D.H.A :
ECEH :
ECEI :
ECEP :
ECET :
G.E .I :
HAV :
HEV :
KTG :
Md :
n.m :
N.P.P :
N.P.P.U.C :
OMS :
O.R.L :
SHU :
SLT :
S.P.C :
TAB :
TIAC :
U.F.C :
U.F.P :
VTEC :

Bactries rsistantes aux antibiotiques


Dchets de btail ou de basse-cour
Dchets humains
Dchets humains et animaux
E.coli entrohmorragiques
E.coli entroinvasives
E.coli entropathognes
E.coli entrotoxiques
Gastro-entrites infantiles
Hpatite A virus
Hpatite E virus
Kanamycine-tobramycine-gentamycine
Mgadaltons
Nanomtre
Nombre le plus probable
Nombre probable dunit cytopathogne
Organisation mondiale de sant
Oto-rhino-laryngologiste
Syndrome hmolytique urmique
Toxine Shiga-like
Sources probables de contamination
Salmonella typhi, paratyhi A et B
Toxi-infection alimentaire collective
Unit formant colonie
Unit formant plages
E.coli producteurs de virotoxines

INTRODUCTION
Leau constitue un lment essentiel dans la vie et lactivit humaine. Cest une
composante majeure du monde minral et organique. Actuellement, leau participe toutes
les activits quotidiennes notamment, domestiques, industrielles et agricoles ce qui la rend un
lment rcepteur expos tous les genres de pollution. Ds lors, leau sera considre
comme un transporteur potentiel de maladies [01].
Depuis quelques dizaines dannes, lhumanit se trouve devant une explosion
dmographique, une expansion industrielle et une croissance alarmante de la pollution des
eaux. Par consquent, les causes de pollution se sont tendues et sont devenues plus en plus
massives et plus varies [02].
Les eaux marines peuvent tre particulirement soumises des pollutions chimiques et
microbiennes apportes par les eaux douces superficielles. Les apports de microorganismes
pathognes dans le milieu marin sont dus des rejets de stations dpuration et des apports
diffus par les eaux de ruissellement, dans les rgions dlevage intensifs. Au dveloppement
acclr des loisirs et en particulier des baignades en mer, correspond un accroissement des
risques infectieux [03].
Si la frquentation des plages est devenue un besoin social de plus en plus imprieux de
dtente, de rcupration et de bien tre et si elle prsente dindniables avantages pour la
sant physique et mentale, il faut prvenir les risques multiples que celle ci peut engendrer.
Dans cette intention notre travail sest port sur lanalyse microbiologique des eaux des
plages de la ville de Annaba dans le but destimer le degr de pollution microbienne. Les
causes possibles de pollution seront discutes sur la base des critres environnementaux
cernant chaque site.
Notre tude a t effectue au niveau du laboratoire de microbiologie (dpartement de
biochimie- Universit dAnnaba) et du laboratoire dhygine (centre de sant dAnnaba).
Le contrle bactriologique ralis dans ce contexte, porte sur la quantification des
germes indicateurs de contamination fcale : les coliformes et les streptocoques fcaux.
Dautres indicateurs non spcifiques ont t utiliss comme complmentaires : les germes
totaux et les Clostridium sulfito-rducteurs.
Lanalyse bactriologique effectue implique aussi la recherche de certains germes
pathognes : Escherichia coli, Salmonella, Shigella, Vibrio, Pseudomonas aeruginosa et les
staphylocoques. La recherche des ces bactries a t choisie dans les limites des milieux et
des produits disponibles. En outre, nous avons recherch des levures : Candida albicans, et
des champignons dont certains sont responsables de dermatoses.
Par ailleurs, nous avons test plusieurs antibiotiques sur les bactries isoles en se basant
sur leur spectre daction et leur utilisation thrapeutique. Lobjectif de cette tape est
dvaluer le degr de dissmination de la rsistance aux antibiotiques dans le milieu marin et
son impact sur lefficacit du traitement par les antibiotiques des maladies transmission
hydrique.

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

I. Gnralits sur les eaux de mer


1. La mer rservoir deau douce :
Lincapacit des ressources naturelles contenter les besoins croissants en eau douce a depuis
quelques annes, conduit les spcialistes de ces questions, obtenir leau douce partir deau de mer
ou saumtre. Les usines de dessalement deau de mer existent et permettent dextraire de la mer
quelques millions de m3 deau douce par jour.

2. Faune et flore marines :


2.1. Phytoplancton :
-

Les principaux constituants sont :


Diatomes
Chrysophyces
Xanthophyces do la couleur verte de leau
Pridiniens ou Dinoflagells
Flagells calcaires
Flagells silicieux ( sillicoflagells)

2.2. Zooplancton :
-

Foraminifres :des protozoaires formant appartenant aux rhizopodes.


Radiolaires
Tintinides
Crustacs (Cadipodes, Cladocres, Ostracodes, Amphipodes, Ephausiaces)
Mollusques
Clentrs
Tuniciers
Vermidiens

3. Flore microbienne de leau de mer :


Les microorganismes rencontrs dans leau de mer sont de trois types : des germes typiquement
aquatiques, des germes telluriques et des germes de contamination humaine ou animale.
Les germes typiquement aquatiques : sont des algues microscopiques et des bactries. Les
bactries appartiennent le plus souvent aux genres Vibrio, Pseudomonas, Achromobacter,
Chromobacterium, Corynebacterium, Spirillum, Crenothrix, Sphaerotilus, Galionella, etc. Les
algues sont de type eucaryote ou procaryote (cyanobactries) : quelques-unes sont toxinognes mais
elles sont rares et cette toxicit a peu ou pas dincidence sur la qualit de leau.
Les germes telluriques : rencontrs dans leau sont des bactries sporules (Bacillus,
Clostridium) ou appartenant au genre Streptomyces et quelquefois des spores fongiques.
Les germes de contamination humaine ou animale : les contaminations microbiennes sont lies,
aux vgtaux, aux animaux et humains (baignade, contamination fcale, industries biologiques). La
contamination fcale peut tre animale (poissons et autres) ou humaine (par lintermdiaire de
rejets).

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Chez lhomme prdominent les coliformes fcaux ou thermotolrants: de 108 1010 germes /g
dont, au dpart, 80 90% d Escherichia coli, dont le nombre relatif dcrot rapidement par rapport
aux coliformes. On rencontre ensuite des entrocoques (107 109 germes/g), dautres bactries
(Bacteroides, Bifidobacterium, Lactobacillus, etc), des virus (102 103 germes/g ; parfois jusqu
106 germes/g). On trouve aussi des bactries sporules anarobies (Clostridium perfringens).
Une contamination microbienne industrielle peut tre directe, lie au rejet des levures et
bactries lactiques (industries de fermentations alimentaires) ou indirecte : flores associes aux
rejets sucrs, amylacs (industries alimentaires), protiques (abattoirs), divers (papeterie, tannerie,
etc.)
Les germes de pollution fcale humaine ou animale sont trs frquents et souvent pathognes.
Il sagit dEntrobactries (Escherichia coli, coliformes, Salmonella, Shigella), de streptocoques
fcaux, de Clostridium perfringens, de virus, etc. On peut galement rencontrer dans leau, surtout
sous climat tropical, mais parfois aussi en climat tempr, des protozoaires et autres parasites
animaux. Dans le cas deaux conditionnes, on peut rencontrer des contaminations par
Pseudomonas aeruginosa.
La contamination par les germes pathognes est souvent une contamination de la nappe.
Cependant il peut arriver quelle soit due une dtrioration des installations et des infiltrations
dans celles-ci, deaux souilles.
En dfinitive, bien que la majorit des germes rencontrs couramment dans leau soit des
germes banaux msophiles peu dangereux, les problmes microbiologiques poss sont
essentiellement des problmes sanitaires dus des germes pathognes souvent en quantit limite
[04].

II. Pollution marine :


Leau est llment autour duquel se maintient et se dveloppe la vie. Lhumanit se trouve
depuis quelques annes devant une explosion dmographique, une expansion industrielle et une
croissance alarmante de la pollution des eaux [05].

1. Dfinition de la pollution de leau :


La pollution comprend toute nuisance apporte un cosystme quelle soit une modification
chimique, physique ou biologique de la qualit de leau. Cest la contamination de leau par les
corps et substances trangers tels que des micro-organismes, des produits chimiques, des dchets
industriels ou autres ; dues des dversements, coulements, rejets, dpts directs ou indirects de
matires de toute nature et, plus gnralement, tout fait susceptible de provoquer ou daccrotre la
dgradation des eaux en modifiant leurs caractristiques, chimiques, biologiques ou
bactriologiques [06,07,08].

2. Sources de la pollution marine :


Il ny a pas pollution dun milieu sans souillure et dgradation de celui-ci. Qui dit pollution
marine pense obligatoirement une altration de la qualit du milieu marin, le plus vaste des
cosystmes de la biosphre [09].

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

2.1. Rejets deffluents urbains :


Ces rejets sont de deux origines : origine domestique et origine industrielle.

2.1.1. Eaux uses domestiques :


Elles sont essentiellement porteuses de pollution organique, qui peut tre de deux types:
eaux mnagres : qui ont pour origines salles de bains et cuisines, charges de
dtergents, graisses et solvants ainsi que de dbris organiques.
eaux de vannes : ce sont les rejets de toilettes riches en diverses matires organiques
azotes, germes fcaux, germes pathognes, virus, et parasites [08,10,11].
Dans une tude de rejets dune agglomration, il a t montr que le dversement deffluents
urbains raison de seulement 7,5 m3/sec a suffit dgrader voir dtruire totalement le peuplement
sous-marin sur plus dune centaine dhectares jusqu une profondeur de 40 m [12].

2.1.2. Eaux uses industrielles :


En plus des matires organiques azotes ou phosphors, elles contiennent galement des
produits toxiques, des solvants, des mtaux lourds, des micropolluants organiques, des
hydrocarbures. Elles ne doivent tre mles aux eaux uses domestiques que si elles ne prsentent
pas de danger pour les rseaux de collecte [08].

2.2. Eaux uses pluviales :


Pendant les priodes orageuses, elles peuvent constituer une importante source de pollution des
cours deau. Quand leau de pluie se charge dimpurets au contact de lair (fumes industrielles) ou
quand, pendant son ruissellement, elle se contamine par des rsidus: huiles de vidanges, carburants
dans le primtre urbain, et engrais et pesticides en zones rurales [08].

2.3. Eaux uses dorigine agricole :


Les engrais, indispensables lagriculture moderne, modifient la faune et la flore naturelle des
cours deau et la composition chimique des eaux souterraines(ruissellement et lessivage par les eaux
naturelles). Ces engrais sont composs de nitrates, phosphores, insecticides et herbicides chlors et
phosphors, dtergents, mouillants et matires organiques fermentescibles [13,14].

2.4. Effluents des tablissements hospitaliers : [15]


Les effluents hospitaliers ont une qualit proche des eaux uses domestiques avec un volume
suprieur. Les effluents gnrs par lactivit hospitalire peuvent prsenter un danger potentiel
pour lhomme et son environnement compte tenu de la nature et de limportance des substances
spcifiques quils contiennent(rsidus mdicamenteux, ractifs chimiques, antiseptiques, dtergents,
rvlateurs et fixateurs de radiographies) et en raison de leur vacuation, au mme titre que les
rejets urbains classiques, vers le rseau dassainissement communal sans traitement pralable.

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Il existe plusieurs types de rejets hospitaliers :


Rejets de nature domestiques :
Il sagit des prlvements et rejets destins exclusivement satisfaire les besoins des personnes
physiques. Dans cette catgorie, on trouve : les rejets des cuisines, les rejets des produits dtergents,
les rejets des garages et ateliers, ceux de la blanchisserie, de la chaufferie et de la climatisation.
Rejets de nature spcifique lhpital ou certains soins :
Rejets de nature spcifique lhpital :
Ces rejets spcifiques communs aux diffrents services de soins sont les produits dsinfectants
et antiseptiques, les rejets de germes pathognes, les mdicaments et les mtaux lourds(mercure,
argent).
En ce qui concerne les dsinfectants et les antiseptiques, les produits les plus utiliss sont
principalement des drivs chlors, les produits contenant des aldhydes (glutaraldhyde : molcule
toxique pour lhomme et lenvironnement), la btadine
En effet, les rejets mdicamenteux mis aprs mtabolisation par les patients reprsentent une
quantit importante.
Lhpital rejette galement des germes pathognes issus des personnes malades qui peuvent se
retrouver dans les eaux des vannes en ayant dvelopp une rsistance aux antibiotiques. La flore
hospitalire est compose de la flore des malades et des germes de lenvironnement. Ainsi les
germes pathognes que lon trouve dans les eaux uses hospitalires peuvent tre :
-des bactries prsentes dans les selles ou les urines (Salmonella, Shigella, Vibrio,
Coliformes, entrobactries, streptocoques) ou des bactries responsables dinfections
nosocomiales (Staphylocoques, Streptocoques, Pseudomonas aeruginosa). Toutes ces bactries
sont dangereuses car elles acquirent une rsistance aux antibiotiques.
-des virus (virus des hpatites, entrovirus, rotavirus)
-des parasites (amibes, Taenia, Ascaris) et des champignons.
Rejets spcifiques certains soins :
Certains services ncessitent lutilisation de certains produits toxiques. Cest le cas de :
lhmodialyse qui rejette des toxines et des produits chimiques, du service de mdecine nuclaire
qui gnre des effluents radioactifs, des laboratoires et de la pharmacie dont la possibilit
dvacuation de certains produits dangereux dans le rseau dgout.

3. Les types de pollution :


3.1. Pollution physique :
Elle peut tre thermique, radioactive ou due au transport de matires en suspension. Ces
dernires crent la turbidit qui donne leau un aspect peu agrable, causent des dommages aux
poissons et freinent le dveloppement des organismes photosynthtiques. Les pollutions
radioactives et thermiques proviennent quant elles du rejet de radio-isotopes ou deaux chaudes
ayant servi au refroidissement des centrales lectriques et nuclaires. Les consquences directes de
ce rejet, est llvation de la temprature des eaux naturelles, ce qui modifie le taux doxygne,

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

augmente lactivit cellulaire et la respiration de la biocnose, diminue la diversit du


phytoplancton et peut provoquer la prolifration despces thermophiles [10,16,17].

3.2. Pollution chimique :


Les polluants chimiques sont nombreux et dorigines diverses : dchets industriels minraux et
organiques. Ils peuvent tre dgradables (substances dont la nature est modifie ou la quantit
rduite par des phnomnes biologiques, chimiques ou physiques) ou non dgradables (ne sont pas
modifis par les processus biologiques qui se droulent dans les eaux naturelles) [17]. Ce sont les
engrais agricoles, les pesticides, les composs organochlors, les hydrocarbures, les dtersifs.
Certains lments toxiques (plomb, arsenic,mercure) dits bio-accumulables, peuvent, travers la
chane alimentaire depuis le plancton, atteindre lHomme, et provoquent des altrations graves de
certains organes [05,14,16,18,19,20,21].

3.3. Pollution microbienne :


La pollution microbienne est principalement lie aux eaux uses urbaines. Ces dernires sont
trs charges en coliformes, bactries pathognes, virus et parasites (Tableau 01) [06,22,23].
Le rservoir majeur des bactries responsables des maladies transmission hydrique se trouve
tre lappareil digestif de lHomme et des animaux. Llimination de ces bactries par les matires
fcales contamine les gouts urbains, les eaux rsiduaires hospitalires et les eaux de surface [19].
Tableau (01): Concentration de quelques micro-organismes dans les eaux uses urbaines [23]
Microorganismes
Escherichia coli

Concentrations
2.108 germes /litre
108 -109 germes /litre
107 germes /litre

[24]
[25]

Streptococcus faecalis

107 germes /litre


107 -108 germes /litre
107 germes /litre

[24]
[25]
[26]

Salmonella
(1700 types srologiques)

250 germes /litre


200 16.104 germes /litre
20 10.104 germes /litre

[27]
[28]
[29]

Mycobacterium
(au moins 80 srotypes)

105 106 germes /litre


1,5.106 germes /litre

[30]
[31]

Entrovirus
(plus de 100 srotypes)

38 466 NPPUC/litre
80 2000 NPPUC/litre
15 160 U.F.P/litre

[32]
[33]
[34]

Giardia lamblia (kystes)


Helminthes (ufs)
Bactriophages

8.104 germes /litre


30 germes /litre
3.103 106 germes /litre

[35]
[31]
[36]

NPPUC : nombre le plus probable dunits cytopathognes


UFP : units formant plages

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

4. Effets de la pollution de leau :


Parmi les principaux effets de la pollution de leau, on cite :
La dgradation de la qualit de leau en la rendant impropre aux usages souhaits.
Les maladies transmission hydrique.
La destruction des organes bienfaisants et le bouleversement du processus dauto-puration et
ventuellement la modification de faon dfavorable du milieu vivant [37,38].
Dans le mme contexte, on peut citer le phnomne deutrophisation. Cest une fertilisation
excessive des eaux due un apport massif de composs azots et phosphors provenant de lactivit
agricole et des rejets domestiques et industriels. Ces composs favorisent le dveloppement des
micro-algues (phytoplanctons) et des macro-algues qui constituent le premier maillon de la quasitotalit des chanes alimentaires. Leutrophisation induit un dysfonctionnement de lcosystme,
elle conduit son asphyxie par puisement des rserves doxygne [12,38,39].

III. quilibre biologique et pouvoir auto-purateur de la mer : [40]


La stabilit biologique du milieu marin, en dpit des rejets continus en son sein des eaux
rsiduaires riches en bactries telluriques et en dpit des populations souvent trs denses qui, depuis
des millnaires, entourent certaines mers comme la Mditerrane, pose un problme d'un extrme
intrt. Ce phnomne repose sur une qualit spcifique du milieu marin que l'on a qualifi de
capacit d'auto-puration. On va aborder le comportement des bactries telluriques entranes dans
le milieu marin et les mcanismes connus qui en limitent l'extension et la prolifration.

1. La dispersion bactrienne en mer :


En ce qui concerne le phnomne bactriologique, c'est--dire l'agent bactrien responsable de
la pollution, il faut savoir que les bactries, au cours de leur vie et tout au long du chemin qui les
mne vers la mer, se sont fixes sur les particules en suspension, minrales ou organiques. Ainsi,
ces particules qui les transportent ont un avenir diffrent selon leur dimension. Les tudes faites
dans ce domaine montrent que les grosses particules, surtout celles d'un poids spcifique lev, ont
une tendance progressive la sdimentation, alors que les particules de faible dimension
(infrieures 20 microns) suivent la destine de la diffusion turbulente des eaux et, de ce fait, sont
entranes dans les couches ocaniques superficielles. La majeure partie de la charge bactrienne
des eaux rsiduaires, soit environ 98,5%, suit les particules de faible dimension. Ainsi, c'est en
surface et au large des missaires que l'on retrouvera la plupart des bactries rejetes, alors que, sur
le fond adjacent, la charge bactrienne sera d'extension relativement plus faible.
Ces eaux pollues, de densit plus faible, vont driver la surface de la mer ; et c'est l que les
mcanismes de dispersion des bactries vont intervenir. Progressivement vont s'tablir une lente
diffusion et une dilution des eaux uses dans la masse marine. De nombreux auteurs ont pu tudier
ces phnomnes d'une manire relativement prcise par des mthodes de marquage colors ou grce
l'emploi de corps radioactifs de vie plus ou moins courte (Brome 82, Iode 131). Ils ont pu aussi
mesurer la dilution de ces eaux, des distances plus ou moins grandes la sortie de l'missaire et
en tirer les lois mathmatiques sur la dispersion des eaux rsiduaires en mer. Mais quand on fait ces
mesures d'ordre physique ou chimique, on se rend compte que, contrairement ce que l'on pourrait.
croire, le nombre de bactries initiales se trouvant dans l'eau d'gout, qui est en moyenne voisin de 2
3 millions de micro-organismes par millilitre, diminue beaucoup plus vite que ne le laissent
prsager les phnomnes de dilution (Figure 01).

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Des formules mathmatiques assez complexes permettent de prvoir, en fonction de la distance,


de la vitesse des courants (cest--dire du temps pendant lequel ces bactries vont tre soumises au
contact du milieu marin), la charge bactrienne des eaux de mer en tenant compte galement de la
qualit des bactries, plus ou moins sensibles ces actions auto-puratrices. Elles ont permis,
partir de trs nombreuses mesures physiques et bactriologiques, de prparer limplantation de
nombreux points de rejets deaux rsiduaires en mer, dans le but de les rendre non polluants pour
les rivages adjacents. En effet, on peut trouver des points de rejets o les eaux pollues ont la
possibilit d'avoir une extension en mer suffisante pour que l'action auto-puratrice joue avant
qu'elles ne soient ramenes vers les zones littorales.
L'ensemble des tudes relatives la disparition des bactries telluriques des eaux d'gout aprs
leur rejet en mer met en vidence une diffrence constante entre la diminution relle du nombre de
ces germes et celle qui pourrait tre normalement prvue par les simples phnomnes de dilution.
Le graphique montre les rsultats obtenus par trois auteurs,dans des conditions exprimentales
diffrentes: J. BONDE, dans le cas d'un rejet en Baltique,B. KETCHUM pour un rejet en estuaire
(Raritan River, U.S.A.), et M. AUBERT pour l'missaire d'eaux uses de Nice. L'intervalle AB
matrialise le pouvoir auto-purateur propre l'eau de mer.
AUBERT
BONDE
KETCHUM

Nombre de
bactries /ml
106

06

105

10

05
04

103
102

03
01

10
1

02

10 Temps (heure)

(01)(02)(05) : Traceur biologique


(03)(04)(06) : Traceur radioactif
Figure (01) : Disparition des bactries telluriques des eaux dgout aprs leur rejet en mer [40]

2. Le pouvoir auto-purateur de leau de mer :


De nombreux auteurs ont tudi la survie des bactries terrestres, et plus particulirement celle
des germes entriques prsents dans les eaux dgout, dans leau de mer naturelle. Cette survie, trs
courte en eau de mer frache, est considrablement augmente dans la mme eau aprs autoclavage
ou simple filtration. Cette observation a conduit les recherches vers Itude des facteurs dorigine
biologique pouvant tre responsables de lauto-puration de leau de mer.

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Considrons maintenant les phnomnes qui vont se dvelopper vis--vis des microorganismes exognes au cours de leur drive dans les eaux marines. Pour l'immense majorit des
cas, l'exprience montre qu'ils y sont dtruits aprs des temps de survie plus ou moins courts
(Tableau 02). Cette rapide dcroissance n'est cependant pas totale, car il existe des formes
microbiennes rsistantes mais celles-ci ne reprsentent qu'un faible pourcentage. Ainsi Zobell
indique que 99,9% des bactries des eaux uses meurent en 48 heures dans l'eau de mer, le reste
survivant plus d'un mois.
Il est classique de dcrire ainsi, la courbe de mortalit et de survie des germes des eaux
rsiduaires. D'abord, une phase de repos, au cours de laquelle la population reste sensiblement
constante. Sa dure est trs variable suivant les germes. Ensuite, apparat une phase de dcroissance
qui suit une courbe logarithmique au cours de laquelle la population subit une rapide diminution.
Puis, vient la phase de rsistance que l'on voit samorcer la fin de la phase de dcroissance et les
cellules bactriennes rsistantes commencent se multiplier.
Des tudes mathmatiques ont permis dexprimer sous forme de formules chiffres l'volution
des populations bactriennes des eaux rsiduaires mises en contact avec de l'eau de mer. I1 semble
d'ailleurs que les bactries ne soient pas seules subir ces effets antagonistes, les virus galement y
sont sensibles. Cette rsistance est d'ailleurs inversement proportionnelle la concentration initiale.
Elle volue paralllement l'abaissement de la temprature ainsi qu' l'addition d'eaux d'gout.
Cette action due l'eau de mer, n'est pratiquement valable qu la condition que l'eau de mer
soit frachement prleve et n'ait pas subi de traitement, en particulier, de chauffage.
Les rsultats des exprimentations montrs dans le tableau ci-dessous nous amnent aux
conclusions suivantes :
L'activit antibactrienne de l'eau de mer s'effectue sur les bactries pathognes d'origine
entrique des gouts; elle diminue si l'eau de mer est filtre; elle disparat si l'eau de mer est
autoclave; elle est pratiquement nulle si l'eau de mer est vieillie.
Ils confirment donc la prsence d'un facteur antibactrien dans l'eau de mer naturelle,
thermolabile et sensible au vieillissement.
Ce pouvoir auto-purateur varie dans le temps et dans l'espace et que son intensit d'action
n'est pas constante. Elle dpend des phnomnes biologiques qui les conditionnent.
Le milieu marin est donc loin de reprsenter un milieu favorable aux micro-organismes
terrignes. C'est un milieu de temprature basse, auquel il manque un taux de matires organiques
suffisant pour le dveloppement microbien, encore que, prs des gouts, l'apport en substances
azotes ne soit pas ngligeable. Certains auteurs ont pens que des facteurs comme la salinit ou les
taux de mtaux lourds dissous (Cu, Zn, Co, Ni, Pb, Hg) avaient une influence entravante pour la
multiplication des agents bactriens. En ralit, les quantits de mtaux dissous dans l'eau de mer
sont bien au-dessous des seuils limitants et la salinit ne joue pas un rle important, car on connat
beaucoup de bactries qui peuvent tre cultives dans des milieux hypersals, ces espces
halophiles ou halotolrantes ayant par ailleurs des temps de survie particulirement courts en eau de
mer frache (Staphylococcus aureus).
Ce sont donc surtout des phnomnes d'ordre biologique qui interviennent dans cette autopuration, et non pas des phnomnes simplement chimiques.
En effet, ct des phnomnes de dfense passive du milieu, il existe des phnomnes actifs,
intervenant directement contre les bactries rejetes dans la mer. Ces phnomnes se diffrent selon
l'endroit o se produisent ces attaques contre les bactries rejetes.

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Tableau (02) : Survie de quelques bactries rejetes dans leau de mer [40]

Pour simplifier le problme, on doit considrer trois zones :


la zone destuaire : cest la zone mme du rejet du fleuve ou de l'gout ;
la zone benthique : cest la zone du fond marin o ont t englouties les bactries
rattaches aux particules qui ont sdiment ;
la zone plagique : cest la zone qui s'tend vers la pleine mer o vont driver les eaux
superficielles.
A chacune de ces zones correspondent des mcanismes spcifiques o l'auto-puration
s'labore d'une manire particulire :

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Dans la zone d'estuaire, proche de l'arrive des eaux d'gouts, le taux bactrien est lev :
une ville de 300 000 habitants rejette environ 1,5m3 deaux rsiduaires par seconde, donc chaque
centimtre cube contient en moyenne 2 3 millions de germes bactriens. Dans cette zone
d'estuaire, divers mcanismes auto-purateurs apparaissent, relevant de l'action de microprdateurs
tels que les bactriophages ou les Bdellovibrio bacteriovorus. Des tudes ont montr que ces
bactries parasitent les germes entriques habituels dans l'eau d'gout et les font clater. Ces
phnomnes sont trs actifs et importants dans la zone d'estuaire. De plus, il existe des
macroprdateurs, des animaux pluricellulaires, qui se nourrissent directement des bactries rejetes.
Dans la zone benthique, qui comprend la couche sdimentaire et la strate aqueuse qui la
recouvre, on voit jouer un double phnomne: l'action antagoniste des bactries spcifiquement
marines et l'activit antiseptique des scrtions algaces. Les bactries marines sont en effet trs
nombreuses dans la couche sdimentaire benthique, o elles atteignent couramment des
concentrations de 108 109 cellules/g de boue. Elles y trouvent une richesse en matires organiques
qui favorise leur dveloppement ; elles y jouent le rle que les bactries du sol jouent au niveau des
terres merges et sont l'origine des cycles de la matire.
Des travaux ont permis de dterminer certains mcanismes biologiques qui sont la base de
cette action antagoniste. Ils nous ont conduit considrer que la destruction des antagonismes
interspcifiques existant au sein des populations indignes et qui s'exercent d'une manire
particulirement intense vis--vis des germes terrestres trangers , dont la comptitivit est trs
faible par rapport celle des micro-organismes adapts au milieu marin. De tels antagonismes
s'exercent en fait par l'intermdiaire de substances chimiques antibiotiques ou enzymatiques.
D'autre part, dans cette zone benthique, existent des algues qui tapissent le fond de la mer ; or, ces
vgtaux rejettent dans le milieu environnant des substances qui ont une action fortement
antibactrienne : ce sont en particulier des phnols, des tanins, divers drivs terpnodes et
certaines substances de dgradation des chlorophylles.
Ainsi donc, dans cette zone benthique, on trouve d'une part un mcanisme de type antibiotique
d aux bactries spcifiquement marines et d'autre part un mcanisme de type antiseptique d aux
algues.
Au niveau de l'immense domaine plagique, o est rejete la majeure partie des bactries
entranes dans les couches d'eaux superficielles et vhicules par les courants, les mcanismes
d'auto-puration sont vraisemblablement plus complexes. On retrouve, les actions prdatrices dues
aux petits crustacs planctoniques, mais c'est par ailleurs dans cette zone plagique que se trouve la
plus grande partie de la biomasse phytoplanctonique. Il a t montr que le phytoplancton, ou du
moins certaines espces, librait dans l'eau de mer des substances qui ont une action antibactrienne
et qui achvent de dtruire la plus grande partie des bactries qui diffusent dans ces zones
plagiques. Il s'agit l surtout de micro-algues appartenant essentiellement la classe des
Diatomes et celle des Chrysophyces. La nature chimique de certaines de ces substances a pu
tre dtermine : il s'agit d'un acide gras en C20, et d'un arabinosyl-nucloside dans le cas d'une
Diatome trs abondante, Asterionella japonica (Planche 01) et de l'acide acrylique naissant chez
une Chrysophyce commune dans les eaux froides polaires, Phaeocystis pouchettii.
Il a t montr que la proximit d'une espce de Pridinien Prorocentrum micans et d'une
espce de Diatome antibiotico-productrice Asterionella japonica, arrte la synthse de la
substance antibiotique secrte par cette Diatome, en bloquant ainsi l'action antibactrienne. Le
tlmdiateur excrt dans le milieu par le Pridinien et agissant distance tait une protine qui se
retrouve dans les cellules de Prorocentrum micans et dans le milieu o il a vcu. Cette action
spcifique s'effectue ainsi par un processus biologique trois tages, dont chaque tape a pu tre

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

prcise et chimiquement identifie. Ce processus fait donc apparatre l'existence de tlmdiateurs


de type secondaire, d'action indirecte.
Ainsi, au lieu d'un blocage arrtant la scrtion d'antibiotique par la Diatome, une action d'un
mdiateur qui provoque au contraire l'induction de cette synthse a t mise en vidence. En effet,
pour que la synthse de l'antibiotique soit ralise par la Diatome, il est ncessaire que dans l'eau
de mer o vivent ces Diatomes existent certaines substances qui sont des nucloprotines.
Dautres rapports entre bactries telluriques et bactries marines ont t dmontrs. En effet, il
est apparu que les bactries marines (Chromobacterium et Pseudomonas) qui produisent des
substances antagonistes de certaines bactries telluriques, peuvent tre amenes arrter cette
scrtion par la prsence d'autres bactries marines d'espces diffrentes (Achromobacter,
Flavobacterium). I1 nous apparat donc que, comme pour l'action antibactrienne des Diatomes la
prsence de phnomnes d'induction de cette scrtion peut-tre ralise par l'action de
tlmdiateurs issus d'autres bactries marines d'espces galement diffrentes.

L'antibiogramme, permet de mettre en vidence que


certaines espces du phytoplancton librent des substances
qui possdent une action antibiotique. Lorsqu'une culture
bactrienne est mise en prsence de ces substances, elle ne se
dveloppe plus et on obtient un antibiogramme qui montre la
zone d'inhibition du dveloppement de la bactrie l'endroit
o l'on avait dpos la substance suppose antibactrienne.

Planche (01) : L'antibiogramme obtenu par un extrait de Diatome sur une culture bactrienne
(Staphylococcus aureus) [40]
Ainsi, dans l'ensemble du milieu marin, s'tablit un certain nombre de dispositifs qui, par le jeu
altern de diffrents facteurs antagonistes spcifiques, rglent d'une manire constante la pollution
bactrienne d'origine terrestre. Cette notion d'quilibre biologique constamment rattrap constitue
un des lments de base les plus importants du milieu marin : sa stabilit.

IV. Survie des microorganismes dans leau :


1. Facteurs influenant la mortalit des microorganismes :
Leau est un milieu hostile pour la plupart des microorganismes pathognes. Aprs leur
introduction, ceux-ci vont disparatre des vitesses variables selon leur nature et leurs proprits.
Ce sont surtout les pathognes de lintestin quil parat opportun de considrer puisque les
contaminations sont en effet pour la plupart dorigine fcale. Dans lenvironnement, les bactries
sont frquemment soumises des agressions, des atteintes, des stress qui les rendent incapables
de se multiplier sur un milieu habituellement favorable.
Ces agressions physiques (temprature, radiations, pression) ou chimiques (pH,
antiseptiques, antibiotiques) produisent des altrations cellulaires ou molculaires, structurales ou
fonctionnelles qui ne sont pas ncessairement fatales, car, le plus souvent, rparables dans certaines
conditions. On les qualifie dagressions sublthales. Ces bactries, impuissantes se multiplier,

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

possdent pourtant toutes leurs capacits, tout leur potentiel enzymatique en particulier ; on dit
souvent quelles sont viables cest dire aptes vivre et crotre.
La mortalit des bactries pathognes est influence par les facteurs environnementaux :
Le taux de mortalit augmente avec la temprature. Il est donc plus lev en t quen hiver
cause de la temprature mais aussi du fait de laction du rayonnement solaire.
Il est bien connu galement que les valeurs de pH comprise entre 6 et 8 sont les plus favorables
la survie ; les fortes acidits ou alcalinits sont nuisibles ; les modifications subites de pH, au
dessus ou en dessous de la neutralit, acclrent la vitesse de la mortalit dune faon
considrable.
Larobiose serait aussi plus favorable la survie que lanarobiose.
Le rle des facteurs nutritionnels est complexe : un taux de substances nutritives lev, comme
celui qui se prsente dans les effluents deaux uses ou dans les suspensions de matires fcales,
peut prolonger la survie ou mme favoriser la croissance bactrienne. Dun autre point de vue,
ces constituants peuvent favoriser la croissance des prdateurs bactriens. En prsence dun taux
faible de substances on observe habituellement une rduction substantielle des bactries [23,41].

2. Survie des bactries :


La survie des microorganismes varie selon quil sagit dune bactrie, dun virus ou dun
protozoaire. Il nest pas toujours simple de faire la part de ce qui revient aux proprits de rsistance
propres des microorganismes ou aux facteurs environnementaux. En ce qui concerne les bactries,
on admet par exemple, que les Salmonella sont particulirement rsistantes [42]. De toutes les
bactries pathognes, Yersinia enterolitica aurait la plus grande aptitude survivre. Cette espce a
la particularit remarquable dtre pathogne pour lhomme et de se multiplier pourtant des
tempratures basses + 4C ce qui pourrait expliquer sa grande stabilit dans les milieux hydriques.
Les E.coli entropathognes ont un faible taux de survie (environ 10 jours) trs infrieur celui des
E.coli non pathognes (environ 60 jours) [23,41]. Dune manire gnrale, les bactries du systme
intestinal ne survivent gnralement pas dans le milieu aquatique. Elles sont soumises un stress
physiologique et perdent graduellement la capacit de se multiplier sur des milieux diffrentiels et
slectifs. Ces coliformes stresss peuvent tre revivifis avant quils ne soient identifis [01].

3. Survie des virus et des protozoaires :


Dans les milieux hydriques, les virus sont videmment incapables de se multiplier ; ils vont
donc tendre disparatre sous leffet des facteurs physico-chimiques et biologiques. La temprature
aurait un rle dterminant ; les basses tempratures favorisent la survie, les tempratures leves au
contraire inactivent les virus. Le pH alcalin, d aux composs ammoniacaux favorise galement
linactivation. Plus leau est pure et exempte de matire organique, plus la survie serait longue ;
cest dans leau distille ou dsionise que la persistance serait la plus durable.
Les protozoaires, sous leurs formes kystiques, sont dous dune rsistance exceptionnelle, plus
leve que celle des virus et des bactries. Les kystes de Giardia ne peuvent tre dtruits par la
chloration usuelle et leur limination ne peut tre obtenue quaprs des traitements de coagulation,
de sdimentation et de filtration [23,41].

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Tableau (03) : Principales caractristiques pidmiologiques de quelques agents pathognes prsents dans les excrta [04]

Agents pathognes

Concentration
dans
les excrta (a)

(b)

(c)

Latence

Persistance

Multiplication
en dehors de
lhte humain

Dose
infectieuse
mdiane
(ID50) (d)

Rservoir
important
autre que
lhomme

Hte
intermdiaire

E(?)
E

Oui
Non ( ? )

Aucun
Aucun

Bactries
(f)

Campylobacter jejuni
(e)
Escherichia coli
Salmonella
S. typhi
Autres salmonelles

107
108

0
0

7 jours
3 mois

Oui
Oui

108
108

0
0

2 mois
3 mois

Oui
(f)
Oui

E
E

Non
Oui

Aucun
Aucun

Shigella spp

107

1 mois

(f)

Non

Aucun

1 mois ( ? )

Oui
Oui

Non

Aucun

10
urine ( ?)

0
0

3 mois
7 jours

Oui
Non

E(?)
F

Oui
Oui

Aucun
Aucun

107
106 ( ? )
106 ( ?)

0
0
0

3 mois

Non
Non
Non

F
F ( ?)
F ( ?)

Non
Non
Non ( ? )

Aucun
Aucun
Aucun

104
102

10 jours
7 jours

1 an
3 mois

Non
Non

F
F

Non
Non

Aucun
Aucun

104

2 mois

9 mois

Non

Non

Buf (T.saginata)
ou porc (T.solium)

4 /ml durine
40
40

5 semaines
7 semaines
4 semaines

2 jours
2 jours
2 jours

F
F
F

Non
Oui
Non

Mollusque
Mollusque
Mollusque

105

25 jours

Non

Non

Aucun

25 jours

Non

Oui

Aucun

10

Vibrio cholerae
Yersinia enterolitica
Leptospira spp

(f)

Virus
(g)

Entrovirus
Virus de lhpatite A
Rotavirus

Helminthes
Ascaris lumbricoides
Ankylostome

(h)

Taenia saginata
et Taenia soliste

(i)

Schistosoma
(i)
S.haematobium
(j)
S.japonicum
(i)
S.mansoni

Oui
Oui
Oui

(k)
(k)
(k)

Protozoaires
Entamoeba histolytica
Giardia lamblia

10

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

(a)

F= faible (<102) ; M= moyenne (de lordre de 104) ; E= leve (>106) ; ? = incertaine.


(b)
Nombre moyen type dorganisme par gramme de matires fcales (sauf pour les espces
Schistosoma haematobium et Leptospira, qui se trouve dans lurine).
(c)
Laps (intervalle) de temps minimal type entre lexcrtion et linfectivit.
(d)
Dure maximale estimative de la phase infectieuse 20-30C.
(e)
Y compris le E.coli entrotoxinognes, entroinvasifs et entropathognes.
(f)
La multiplication a lieu principalement sur les aliments.
(g)
Y compris le poliovirus, lechovirus et les coxsackies
(h)
Ancylostoma duadenale et Necator americanus.
(i)
La latence correspond lintervalle entre lexcrtion par lhomme et la rinfection possible de
lhomme. La persistance dsigne ici le temps de survie maximale au stade infectieux final. Le
cycle de vie suppose un hte intermdiaire.
(j)
Latence et persistance comme pour lespce Taenia. Le cycle de vie suppose deux htes
intermdiaires.
(k)
La multiplication a eu lieu dans le mollusque qui sert dhte intermdiaire.

V. Infections dorigine hydrique :


Au cours du 19e sicle, les maladies dorigine hydrique ont t responsables dans le monde de
vastes pidmies de dysentries, fivre typhode, cholraetc. Aujourdhui, lO.M.S considre que
la mauvaise qualit microbiologique des eaux consommes reste la premire cause des problmes
de sant [43,44,45,46].
Les maladies dorigine hydrique sont le plus souvent transmises par voie fco-orale et la
contamination de lhomme se ralise alors soit par consommation daliments contamins par leau,
soit lors dun bain ou dun contact avec des eaux usage rcratif [45]. Ces maladies sont
gnralement lies la prsence de bactries strictement pathognes ou opportunistes. Des
protozoaires, des parasites et des virus sont galement impliqus. Il faut signaler aussi que des
intoxications peuvent tre lies la prsence dalgues eucaryotes ou de cyanobactries [06,47].
Toutefois les maladies transmission hydrique recouvrent un large ventail de manifestations
pathologiques dorigine bactrienne, parasitaire ou virale dtailles dans le tableau 04.
Les progrs scientifiques associes aux progrs de lhygine collective et individuelle, au
dveloppement des techniques de production deau potable et des contrles stricts des eaux
destines la consommation humaine ont permis lradication presque complte dans le monde
occidental des plus graves de ces maladies, qui continuent constituer un flau dans certains pays
en voie de dveloppement [45].

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Tableau(04) : Infections transmissibles par leau ou troitement lies leau [03,04]

Bactries

classification

microorganisme
Aeromonas spp
Campylobacter jejuni/
Campylobacter coli
Clostridium perfringens
E.coli
entropathognes,
entrotoxiques,
entroinvasives
Legionella pneumophila
Leptospira spp
Pseudomonas aeruginosa
Salmonella typhiques
et paratyphiques
Salmonella typhimurium
Salmonella enteridis
Shigella dysenteriae
Shigella sp
Staphylococcus aureus
Vibrio cholerae ;Vibrio spp
Vibrio parahaemolyticus
Yersinia enterolitica
Adnovirus

Virus

Entrovirus
Hpatite A virus(HAV)
Hpatite E virus(HEV)
Papilloma virus
Rotavirus

pathologie

Origine de contamination

GE et syndromes cholriques
GE

I
I

GE
GE et syndromes cholriformes

I
I

Pneumopathie ,fivre
Leptospiroses ictrohmorragiques
Infections cutanes, suppuratives,ou ruptives
Surinfections ,pneumopathies
Fivres typhodes

Inhalation darosols
C (baignade,eaux,aliments)
C

GE
Infections systmiques
GE et dysentrie
GE
Infections cutanes
suppuratives
GE et cholera
infections cutanes
GE

GE
GE
Pharyngite,conjonctivite
Poliomylite,affections
neurologiques,respiratoires,cutanes,musculaires
et cardiaques
Hpatites

I
I
C,piscines
I

verrues
GE

C (en piscine)
I

I (eaux,coquillages)

I
C (baignades)
C
I (eaux,coquillages)
Coquillages,poissons

I (eaux,coquillages)

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Suite du tableau (04)

Fungi

Helminthes

Protozoaires

classification

microorganisme

pathologie

Origine de contamination

Amibes :
Naegleria,Entamoeba ,
Acanthamoeba,Balantidium

Amibiase
kratite

I (kystes)
C

Cryptosporidium pavum

GE

Giardia lamblia,
Giardia intestinalis

GE
giardiase

I (kystes)

Anguillules

anguillulose

Ankylostoma duodenale
Ankylostoma brasiliensis
Ascaris lumbricoides
Schistosoma
Taenia saginata
Taenia solium
Candida albicans
Dermatophytes :
Trichophyton,Microsporium
Trichosporium

Ankylostomiase

C (baignades en piscine)
I
C (larves)

Ascaridiose
Bilharziose
Teniasus

I (larves)
C (voie transcutane)
I irrigation par eaux uses

Candidose
Mycoses cutanes

C(baignades en mer,piscines)
C(eaux de mer,sables)

I : contamination par ingestion deau


C : contamination par contact avec leau contamine
GE : gastro-entrites(se traduisant par douleurs abdominales,diarrhes,vomissements,fivre, des degrs divers)
spp : diverses espces

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

1. Principaux risques sanitaires lis la baignade dans leau de mer :


Si la baignade constitue une activit de loisirs qui permet dtente et exercices physiques
bnfiques pour la sant, elle peut nanmoins prsenter certains risques. Ces derniers sont lis soit
la qualit de leau soit aux activits associes la baignade (Tableau 05) [03,48].
Les eaux utilises des fins rcratives peuvent tre contamines par le contact direct avec
ltre humain et par les polluants provenant de sources extrieures (eaux uses, eaux de pluie et
eaux de ruissellement dorigine agricole) [49].
Par ailleurs de nombreuse tudes pidmiologiques rcentes montrent que la baignade dans une
eau pollue augmente de faon significative les risques de maladies gastro-intestinales et des
maladies de lappareil respiratoire suprieur [49,50,51,52,53,54].
Tableau (05) : Principaux risques sanitaires lis la baignade [48]
Risque
Risque lis la qualit de leau :
- Dermatites (inflammation de la peau)
- Infections bnignes (cercaires)
- Gastro-entrites
- Infections O.R.L
- Leptospiroses
Dangers lis la baignade ou aux activits associes :
- Plaies
- Dermatites mycosiques(affections de la peau
- provoques par des champignons)
- Toxi-infection

Cause

Eaux contamines

Contact avec le sable


Coquillages

2. Pathologie associe aux produits de la mer :


Les fruits de la mer concentrent les bactries et les virus dun facteur 10 100 par rapport la
concentration dans leau de mer [50]. Les hutres interviennent surtout dans la transmission des
fivres typhodes, paratyphodes, de lhpatite virale. Les moules ont t responsables de
nombreuses pidmies de fivres typhodes et de cholera. Les gastro-entrites sont frquentes chez
les consommateurs de palourdes et de coques mme en absence de bactries spcifiquement
pathognes. Certaines pollutions bactriennes sont dordre spcifiquement marines. Il en est ainsi
de Vibrio parahaemolyticus; un des plus frquents agents de gastro-entrites (coquillages et
poissons) [03].
Les bactries pathognes des produits de la mer peuvent tre commodment classes en deux
grandes catgories comme indiqu au tableau 06.
Les bactries du groupe 01 sont communes et un peu partout prsentes dans les milieux
aquatiques des diffrentes rgions du monde.
En plus les fruits de mer peuvent tre responsables de la transmission des maladies virales aux
humains, et les virus entriques semblent tre la principale cause des maladies imputables aux
coquillages et crustaces. A lheure actuelle, on connat plus de 100 virus entriques qui sont
excrts dans les fcs humains et qui se retrouvent dans les eaux uses. Toutefois, un petit nombre

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

seulement ont t reconnus responsables de maladies associes aux produits de la mer. Il sagit des
virus suivants :
- Hpatite type A (HAV)
- Calcivirus
- Virus de Norwalk
- Astrovirus
- Agent pathogne (Snow Mountain)
- Non-A et Non-B
Les virus sont inertes en dehors de la cellule de lhote vivant, mais ils survivent. Cela signifie
que quelles que soient les conditions de temps, de temprature ou autres caractristiques physiques,
ils ne se multiplient pas dans leau ou les coquillages et crustaces. Leur prsence dans ces derniers
ne peut tre que le rsultat dune contamination, due soit des manipulateurs infects soit une eau
pollue. Les coquillages qui filtrent leur alimentation ont tendance concentrer les virus prsents
dans leau dans laquelle ils vivent. La concentration des virus dans les coquillages est beaucoup
plus importante que dans leau ambiante [55].
Tableau (06) : Bactries pathognes transmises par les produits de la mer [55]
Bactries indignes (groupe 01)

Bactries non indignes (groupe 02)

Clostridium botulinum
Vibrio sp
Vibrio cholerae
Vibrio parahaemolyticus
Autres vibrions *
Aeromonas hydrophila
Plesiomonas shigelloides
Listeria monocytogenes

Salmonella sp
Shigella
E.coli
Staphylococcus aureus

* les autres vibrions sont les suivants :


Vibrio vulnificus, V.hollisae, V.furnsii, V.mimicus, V.fluvialis.

VI. Les bactries pathognes :


1. Escherichia coli :
Habitat :
E.coli fait partie de la microflore intestinale de tous les animaux, y compris les humains. Cest
un commensal de lintestin ; il reprsente 80% de la flore intestinale arobie. Il se trouve en
abondance dans les matires fcales raison de 108 germes /g de fcs. De l, il se rpand dans la
nature : sol et eaux. Sa prsence dans le milieu environnant signe toujours une contamination fcale.
Sa mise en vidence dans leau constitue le test primordial de la colimtrie [23,56,57,58,59,60].
Pouvoir pathogne pour lhomme :
Normalement, E.coli ne provoque pas de maladie, au contraire, elle a une fonction de
suppression de bactries nuisibles et permet de synthtiser de nombreuses vitamines. Cependant,
certaines souches virulentes peuvent causer des infections humaines [57,58,59].
E.coli est subdivise en srotypes, sur la base des antignes O(171), des antignes K(80) et des
antignes H(56). A lintrieur de lespce on reconnat des pathotypes, souvent associs des

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

srotypes particuliers et responsables dinfections intestinales (gastro-entrites et diarrhes); leur


pouvoir pathogne est induit par des facteurs dadhsion et/ou la production dentrotoxines [57].
On distingue actuellement, au moins 4 types de souches responsables des entrites :
A. E.coli Entropathognes (ECEP) :
Encore appeles E.coli .G.E .I (des gastro-entrites infantiles). Ces souches ont des proprits
dadhsion particulires. Elles forment des pili, cods par des plasmides, qui forment des
"faisceaux" qui se fixent sur les villosits des entrocytes. Les villosits sont progressivement
dtruites ("attachement-effacement"). Le cytosquelette des entrocytes est altr et il se produit trs
rapidement un fuite hydrique [56,57,61].
B. E.coli Entrotoxiques (ECET) :
Ces souches dclenchent des diarrhes aigues "cholera-like" chez les enfants de moins de deux
ans, surtout dans les pays en voie de dveloppement, et sont galement considres comme
responsables dun nombre important de diarrhe des voyageurs "turista" [23,56].
Ces souches sont pathognes par scrtion dentrotoxine, qui est code par un plasmide. La
toxine est le plus souvent une toxine thermolabile ou LT (trs voisine de celle du vibrion
cholrique), mais parfois thermostable ou ST. LT entrane aprs une cascade dvnements
biochimiques une hyperscrtion intestinale de leau et de chlorures, un hyper pristaltisme
intestinal et une diarrhe explosive, qui durent 1 3 jours. Les plasmides en cause portent aussi des
gnes responsables de la production de pili ou fimbriae (adhsines) qui permettent lattachement
des E.coli la muqueuse intestinale [56,57,60].
C. E.coli Entroinvasives (ECEI) :
Ces souches provoquent des diarrhes aigues ou syndromes dysentriques ("dysentrielike")avec prsence de mucus, sang, et leucocytes dans les selles. Les ECEI ont la proprit de
pntrer dans les cellules par invasion de la muqueuse colique. La virulence de ces souches est lie
la prsence dun plasmide trs proche de celui connu chez Shigella. Certaines de ces souches
produiraient une cytotoxine comme les shigelles [56,57].
D. E.coli Entrohmorragiques (ECEH) /producteurs de virotoxines (VTEC) :
Le srotype O157 :H7 est le plus frquent. Ces souches provoquent des diarrhes sanglantes,
sans pus, ni fivre, et des colites hmorragiques.
Aprs fixation sur la surface des cellules de la muqueuse, abrasion de la bordure en brosse de
villosits intestinales, elles produisent de puissantes cytotoxines, dites virotoxines et appeles
SLT(Shiga-like) car elles ressemblent la toxine de Shigella dysenteriae. Elles sont produites sous
le contrle de bactriophages en situation chromosomique (intgrs) convertisseurs. Les SLT
dissminent par voie sanguine et inhibent la synthse protique. Les ECEH hbergent un plasmide
codant pour une adhsine [56,57,62,63].

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Tableau (07) : Proprits des E.coli responsables de diarrhes [61]


E.coli
Diarrhe
Cible

Srotypes

Mcanisme
Toxines
Plasmide
Taille

Entropathognes
ECEP
Aigue et chronique
Enfants moins de
1 an

Entrohmorragiques
ECEH
sanglante
Intoxication
alimentaire

Entrotoxiques
ECET
liquide
Enfants et voyageurs

O26,O55,O66,
O111,O114,O19,
O125,O126,O127,
O128,O142
adhrence
Dysentrique ?
OUI
55-72 Md

O157

O5,O6,O15,O20,
O25,O27,O63,O78,
O80,O85,O115,O128,
O148,O159
attachement
LT/ST
OUI

Pas invasif
Dysentrique
OUI
30-75 Md

Entroinvasifs
ECEI
Dysentrique
Adultes et
intoxication
alimentaire
O26,O112,O124,
O136,O143,O144,
O147,O152,O164
Envahissement
Dysentrique
OUI
140 Md

Caractres biochimiques :
E.coli appartient la famille des Enterobacteriaceae qui se dfinit par les caractres suivants :

bacilles Gram ngatif (2 4 de long sur 0,4 0,6 de large),


mobiles avec ciliature pritriche ou immobiles,
poussant sur milieux de culture ordinaires,
aro-anarobies facultatifs,
fermentant le glucose avec ou sans production de gaz,
rduisant les nitrates en nitrites,
dpourvus doxydase [57].

Les principaux genres dcrits dans cette famille sont : Escherichia, Citrobacter, Enterobacter,
Hafnia, Klebsiella, Morganella, Proteus, Providencia, Salmonella, Shigella, et Yersinia.
les principaux caractres biochimiques positifs dE.coli sont :
indole (+) (exceptions) ; ONPG (+) (exceptions) ; mannitol (+).
les caractres suivants sont positifs de faon moins constante : mobilit, LDC, ODC,
production de gaz lors de lattaque du glucose,
sont toujours ngatifs : ure, TDA, VP, citrate de Simmons [61].

Traitement :
Le traitement curatif dune diarrhe aigue est avant tout un traitement symptomatique par la
rhydratation. La diarrhe des voyageurs peut tre prvenue par des mesures dhygine ou par la
prise dantibiotiques pour certaines. Les fluoroquinolones ou le cotrimoxazole sont utiliss titre
curatif. La mise au point du vaccin anti-turista progresse [61].

2. Salmonella :
Habitat :
Les Salmonella sont des parasites de lhomme, des mammifres (rongeurs), des oiseaux
(volailles) et des animaux sang froid (reptiles). Elles sont responsables, aprs pntration par voie

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

orale, de nombreuses infections (salmonelloses), notamment des fivres typhode et


paratyphodes(maladies dclaration obligatoire n1), des gastro-entrites et des toxi-infections
alimentaires collectives (maladies dclaration obligatoire n2).
Le principal mode de contamination chez lhomme est lingestion partir de leau (Salmonella
typhi surtout), des aliments (produits laitiers, ufs, viande) ou danimaux familiers porteurs
(tortues) [64].
Pouvoir pathogne naturel :
A. Les fivres typhode et paratyphodes :
tiologie :
Les fivres typhode et paratyphodes sont provoques par quatre srovars de Salmonella,
strictement humains, antigniquement distincts, mais de pouvoir pathogne similaire: Salmonella
typhi, S.paratyphi A, S.paratyphi B et S. paratyphi C. Ces Salmonella sont dites " majeures" en
raison de la gravit de la pathologie quelles provoquent [57].
physiopathologie :
Les Salmonella sont ingres avec une boisson ou un aliment contamin (coquillages). La dose
infectante serait de lordre de 105 bactries. Elles traversent sans la lser la paroi intestinale et
gagnent les ganglions msentriques satellites o elles vont se multiplier. Une partie des
Salmonella se lysent et librent leur endotoxine. Celle-ci provoque des signes cliniques (fivre,
typhos, bradycardie) et biologiques (leucopnie)et une irritation des plaques de PEYER qui peut
entraner des hmorragies intestinales et des perforations. A partir des ganglions msentriques, par
le canal thoracique, des Salmonella gagnent le courant sanguin (hmoculture positive), et
dissminent dans tous les organes (reins, foie, vsicule biliaire) et sont excrtes en faible nombre et
de manire intermittente dans les selles (coproculture positive). Finalement, lorganisme infect
produit des anticorps contre les antignes bactriens (srodiagnostic positif), qui contribuent la
gurison spontane de la maladie. Sans traitement la mortalit est denviron 20% [57].
traitement :
-Le traitement curatif repose sur lantibiothrapie. Le chloramphnicol a t longtemps
lantibiotique de choix et a t remplac par les fluoroquinolones et le cotrimoxazole.
-Le traitement prventif repose surtout sur lhygine gnrale (hygine alimentaire) et sur la
vaccination TAB (Salmonella typhi, paratyhi A et B). Un vaccin acellulaire spcifique de la fivre
typhode (TYPHIM) est disponible depuis 1988. Il est constitu de lantigne capsulaire purifi de
Salmonella typhi [57].
B. Gastro-entrites Salmonella :
Les Salmonella dites "mineures" (Salmonella typhimurium, S.enteritidis, S.dublin,)
ubiquitaires, sont ingres avec une boisson ou un aliment contamin ou aprs une contamination
oro-fcale, souvent par les mains sales. Il peut sensuivre des infections purement digestives, les
gastro-entrites. Celles-ci se traduisent par de la diarrhe, des vomissements et de la fivre. Leur
volution est en gnral bnigne. Certains sujets restent porteurs sains de Salmonella dans leur tube
digestif et peuvent dans certaines circonstances dissminer leur souche.

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Le diagnostic biologique des gastro-entrites repose sur lisolement de la Salmonella par


coproculture. Les hmocultures et le srodiagnostic sont ngatifs, la Salmonella reste purement
digestive. Chez le nouveau-n, le jeune enfant, le sujet g, limmunodprim, les Salmonella
mineures sont susceptibles de franchir la barrire intestinale et de provoquer un syndrome
septicmique de type typhodique avec hmocultures positives.
Le traitement des gastro-entrites Salmonella repose essentiellement sur la rhydratation. Le
traitement prventif repose sur lhygine gnrale [57,65].
C. Toxi-infections alimentaires collectives Salmonella :
La consommation simultane par plusieurs personnes dun aliment massivement contamin par
des Salmonella mineures entrane un tableau de gastro-entrite, qui, simulant un vritable
empoisonnement, est appel toxi-infection alimentaire collective (TIAC). La priode dincubation
est de 10 18 heures. Les troubles durent en gnral 2 5 jours. Les complications sont rares sauf
chez les sujets faibles moyens de dfense. Le diagnostic se fait par la recherche de Salmonella
dans les selles des malades et dans laliment incrimin. Le traitement est le mme que celui des
gastro-entrites [57].
Caractres biochimiques :
Les salmonelles sont des entrobactries et en possdent les caractres gnraux.
Elles sont : lactose (-), urase (-), H2S (+), citrate (+). Certains srovars ont des caractres
particuliers [60].

3. Shigella :
Habitat, pouvoir pathogne, pidmiologie :
Les shigelles sont des bactries strictement humaines. Elles ne font pas partie de la flore
intestinale normale; on ne les trouve que chez les malades, les convalescents et les porteurs sains.
Elles sont responsables de lhistorique "dysentrie bacillaire" qui dcimait les armes en campagne.
Actuellement, elles sont la cause, chez ladulte, de colites infectieuses et chez lenfant, de gastroentrites svres avec diarrhe mucopurulente et sanglante, fivre et dshydratation. Ces infections
surviennent par petites pidmies familiales ou "de cantine". En France, cest Shigella sonnei que
lon isole le plus souvent [60].
En ce qui concerne la transmission de Shigella en eau de mer, on a pu dmontrer que la
shigellose, une maladie qui pouvait tre cause par lingestion de 10 100 microorganismes
seulement, pouvait tre contracte au cours de baignades dans des eaux pollues [49].
Physiopathologie :
Aprs pntration par voie orale, les Shigella envahissent la muqueuse de la partie terminale de
lilon et du gros intestin. La dose infectante serait de 100 bactries. Elles y forment des microabcs qui donnent naissance des ulcrations superficielles qui saignent et se recouvrent dune
pseudo-membrane faite de mucus, de dbris cellulaires, de leucocytes et de Shigella. La virulence
est lie la prsence de grands plasmides (120-140 Md) codant pour des protines ncessaires la
phagocytose par les cellules M des plaques de PEYER et la multiplication intracellulaire, et au
passage de cellule cellule. Certaines souches de Shigella produisent aussi une toxine activit
entrotoxique et neurotoxique, responsable du syndrome hmolytique urmique (SHU) [57,65].

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Caractres biochimiques :
Les Shigella sont des entrobactries faible pouvoir mtabolique, toujours immobiles. Elles
sont extrmement proches des E.coli [60], mais ne fermentant pas le lactose. Elles ont les caractres
suivants :

elles nont pas durase,


fermentation du glucose sans production de gaz (exceptions avec certains biotypes de
S.flexneri 6 et S.boidii 13 et 14 et S.dysenteriae 3),
elles ne produisent jamais dH2S,
absence de LDC et de tryptophane-dsaminase,
pas de culture sur milieu citrate de Simmons [57,61].
Traitement :

- Le traitement curatif repose sur ladministration dantibiotiques: ampicilline,


cotrimoxazole, fluoroquinolones et si besoin, sur la rhydratation .
- Le traitement prventif: la dysentrie bacillaire est par excellence une maladie de
transmission fcale-orale : mains maladie des mains sales , aliments, eau. Ce sont les mesures
dhygine publique qui sont les plus importantes: contrle de leau potable, des aliments; entretien
des rseaux dgouts; isolement des malades et dsinfection des excrta; dtection des porteurs
sains, en particulier chez les professionnels de lalimentation. Il ny a pas encore de vaccin
disponible [57].

4. Yersinia enterolitica :
Habitat :
Bactrie ubiquitaire, trouve chez lanimal et dans lenvironnement (sol,eaux), contaminant
lhomme et les animaux par voie digestive. Yersinia enterolitica est surtout responsable de gastroentrites, mais aussi des syndromes appendiculaires, des polyarthrites, ou un rythme noueux [60].
Pouvoir pathogne naturel :
Le bacille pntre par voie digestive et se multiplie dans les ganglions msentriques. Chez le
sujet fragilis, lvolution peut se faire vers la septicmie. Lentrocolite Yersinia enterolitica est
le plus souvent particulire: elle est dbut brutal et associe diarrhe intense, vomissements,
douleurs abdominales et fivre [61].
Caractres biochimiques :
Les Yersinia prsentent les caractres gnraux des Enterobacteriaceae cits prcdemment.
Les lments importants de lidentification sont : labsence de mobilit 37C et la mobilit en
dessous de 29C. La raction de lurase est toujours fortement et rapidement positive. Le test de
lONPG est positif. Labsence de LDC et dADH est constante. La production de H2S et la culture
sur citrate de Simmons sont ngatives [61].
Traitement :
La streptomycine semble lantibiotique de choix, avec la ttracycline et le chloramphnicol
[57].

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

5. Vibrio :
5.1.Vibrio cholerae :
Habitat :
Vibrio cholerae se trouve dans les selles des malades et de certains sujets (porteurs sains). Il
survit dans les eaux pollues ainsi que sur les objets contamins.
Lhomme peut tre infect par ingestion deau ou daliments contamins, et par contact interhumain direct [57,66,67].
Pouvoir pathogne :
Aprs ingestion, V.cholerae se multiplie dans lintestin grle sans traverser la paroi intestinale.
Il libre une exotoxine thermolabile protique (entrotoxine) dont laction dj dcrite chez E.coli
(ECET) entrane une hyperscrtion deau et de chlorures dans la lumire intestinale et inhibe la
rabsorption du sodium. La dose infectante est importante, de lordre de 108 bactries.
Aprs une incubation de 1 4 jours, le dbut de la maladie est brutal et marqu par des nauses,
des vomissements, une diarrhe profuse et des crampes abdominales. Les selles ressemblent de
leau de riz et contiennent du mucus, des cellules pithliales et beaucoup de vibrions. Les pertes en
eau (plusieurs litres deau par jour) et en lectrolytes entranent dshydratation, collapsus
circulatoire et anurie. En labsence de traitement, la mort survient en 2 5 jours dans 50% des cas
environ [57,67,68,69].
Caractres biochimiques : [61]
-Mtabolisme respiratoire : oxydase (+), catalase (+), nitrate-rductase (+).
-Mtabolisme glucidique :
-glucose (+) ferment sans gaz, saccharose (+),
-lactose (-), ONPG (+), arabinose (-),
-VP (-) pour biotype classique, (+) pour El Tor.
-Mtabolisme protique :
-glatine (+), indole (+),
-LDC (+), ODC (+), ADH (-).
-Mtabolisme lipidique :
-estrase (+), lcithinase (+).
Traitement :
-Le traitement curatif: la rhydratation et le remplacement des lectrolytes constituent
lessentiel du traitement. Ladministration orale de cyclines raccourcit la priode dexcrtion des
vibrions et diminue la diarrhe.
-Le traitement prventif: la prophylaxie repose surtout sur lhygine gnrale [57].

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

5.2. Vibrio parahaemolyticus :


Habitat :
Vibrio parahaemolyticus est une espce halophile, saprophyte des eaux de mer ctires;
pendant la saison froide, les organismes sont prsents dans les alluvions marins; au cours de la
saison chaude, ils existent ltat libre dans les eaux ctires, dans le poisson et les crustaces
[67,70].
Pouvoir pathogne :
La transmission de la maladie se fait par ingestion de fruits de mer crus ou insuffisamment cuits
ou de tout aliment expos la contamination croise (prparation dans des locaux o on manipule
des fruits de mer crus) ou encore, par rinage leau de mer contamine; laliment doit reposer
pendant un certain temps la temprature ambiante pour que lorganisme sy multiplie et atteigne
une dose infectieuse (>106 bactries); exposition dune plaie ouverte leau de mer contamine. La
priode dincubation est habituellement entre 12 24 heures, mais peut varier de 4 96 heures
[67,70].
Ce Vibrio produirait une entrotoxine thermolabile, mais le mcanisme de la diarrhe est assez
complexe et une action entro-invasive nest pas exclue [61].
V.parahaemolyticus est un pathogne strict de lhomme. Il provoque une gastro-entrite
caractrise par de la diarrhe liquide et des crampes abdominales; nauses, vomissements, fivre et
cphales peuvent parfois se manifester; loccasion se prsente comme une maladie ressemblant
la dysentrie accompagne de selles sanguinolentes ou glaireuses, dune forte fivre et dune
numration leucocytaire leve; les plaies ouvertes peuvent sinfecter; les infections gnralises et
les dcs sont rares [70].
Caractres biochimiques :
V.parahaemolyticus est VP (-), ONPG (-), saccharose (-), arabinose (+). Il tolre 7 8% de
NaCl [61].
Traitement :
Les souches sont rsistantes lampicilline, sensibles la gentamycine et la tobramycine, aux
ttracyclines, au chloramphnicol et au trimthoprime-sulfamthoxazole [61].

5.3. Vibrio alginolyticus :


Il sagit dun vibrion halophile dnu de pouvoir entropathogne, qui peut tre isol partir
dinfections cutanes (ulcres, cellulite, conjonctivite, infection de loreille), souvent la suite dun
contact avec de leau de mer.
Vibrio alginolyticus est VP (+), ONPG (-), saccharose (+), arabinose (-) ; il supporte jusqu
10% de NaCl [61].

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

5.4. Vibrio vulnificus :


Vibrio vulnificus est une espce du milieu marin. Elle est responsable, chez lhomme, de deux
types dinfections: une forme septicmique grave, survenant 24 heures aprs lingestion de fruits de
mer, chez des patients dfenses compromises (cirrhose par exemple) et des formes cutanes
conscutives un traumatisme et un contact avec de leau de mer ou des aliments dorigine
halieutique. Le caractre ONPG rapide, lactose (+) et sa rsistance constante la colistine sont les
lments majeurs dorientation vers le diagnostic bactriologique [61,71,72].

6. Aeromonas hydrophila :
Habitat :
Aeromonas hydrophila a une rpartition gographique mondiale et les eaux douces, les eaux
de faible salinit, la vase, les sdiments et, dune manire gnrale, lenvironnement aquatique
constituent lhabitat principal de ce germe.
A.hydrophila peut contaminer les eaux de boisson dans lesquelles leur nombre est plus
important lors des saisons chaudes. La contamination des eaux potables et des eaux dabreuvement
des animaux pourrait expliquer linfection de mammifres domestiques non infods au milieu
aquatique ainsi que le portage intestinal mis en vidence chez lhomme, les bovins les ovins, les
chevaux, les chiens et les chats. Les vgtaux et divers aliments dorigine animale tels que les
poissons et produits de la mer, viande de bufs, de veaux, dagneaux, et de volailles peuvent tre
contamins [55,73,74].
Les espces Aeromonas peuvent tre isoles dans les matires fcales des animaux sang
chaud, les eaux uses, leau douce et les eaux sales qui sont en interface avec des eaux douces.
Aeromonas a t trouv des pH allant de 5,2 9,8 et des tempratures comprises entre 4 et
45 C. On ne le considre pas comme halophile, parce que sa tolrance au sel varie entre 0 et 4%
[49,62].
Pouvoir pathogne :
Les infections chez les humains provoques par Aeromonas surviennent de faon
prdominante pendant la priode qui stend de mai novembre, probablement en raison de
lorigine aquatique des bactries. Les infections causes par Aeromonas ont t divises en quatre
catgories:

cellulite ou infection dune plaie attribuable lexposition leau ;


diarrhe aigu de courte dure ;
septicmie, le plus souvent accompagne de troubles biliaires ou pancratiques ;
autres infections :infections des tissus mous,infections urinaires,mningite, pritonite, otite
et endocardite, en particulier chez les personnes immunodficientes [49,74].

Les facteurs de pathognicit ont fait lobjet de nombreux travaux: ces bactries peuvent
produire des hmolysines, des endotoxines, des cytotoxines, des protases et elles possdent des
facteurs dattachement. De plus, certaines souches de A.hydrophila produisent une arolysine qui
est une protine extracellulaire, hydrophile, doue la fois dune activit hmolytique et cytolytique
[55,73]. Les espces Aeromonas provoquent des troubles diarrhiques aigus voluant spontanment
la gurison, et dont la spcificit est confirme par la dcouverte de diverses exotoxines. Lune

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

dentre elles, lentrotoxine cytotoxique, a t dtecte chez le jeune souriceau. Cest une molcule
thermolabile et acidophile qui provoque une lyse cellulaire dans les cultures de tissus [49].
Caractres biochimiques :
Les principaux caractres biochimiques permettant didentifier A.hydrophila sont les suivants :
oxydase (+), nitrate-rductase (+), glucose (+), VP (+), activit dhmolyse du sang de mouton (hmolyse visible sur la glose au sang) [61].
Traitement :
A.hydrophila est rsistante aux pnicillines, sensible aux aminosides(sauf la streptomycine), au
chloramphnicol ,aux ttracyclines, au trimthoprime-sulfamthoxazole [56].

7. Campylobacter jejuni :
Habitat :
Campylobacter jejuni est une bactrie commensale du tube digestif des volailles,qui peut tre
isole partir des eaux de surface contamines, de la boue, chez le btail et chez les chiens et les
chats. Les oiseaux en particulier constituent un rservoir bien document, car de faibles quantits de
fientes doiseaux tombes dans leau peuvent librer de nombreux micro-organismes de
Campylobacter [23,49].
Pouvoir pathogne :
C. jejuni est une autre espce voisine C. coli , sont responsables de gastro-entrites chez
lhomme.
Sous sa forme la plus habituelle, lentrite C.jejuni survient aprs une incubation de 1 3
jours, elle se caractrise par de la diarrhe (constante), des douleurs abdominales (frquentes), de la
fivre(inconstante) et, quelquefois, des vomissements. La gurison survient spontanment en une
semaine environ [23,61].
Les Campylobacter sont dous dun caractre invasif permettant de pntrer dans les
entrocytes. Ils possdent deux toxines: une cytotoxine thermolabile voisine de la toxine cholrique
responsable de la diarrhe et une toxine thermostable voisine celle produite par Shigella ayant une
activit cytotoxique [61].
Les modes de transmission aux humains comprennent le contact avec des animaux,la
manipulation de poulet cru,le contact entre personnes et la consommation daliments contamins,
de lait non trait et deau [49].
Traitement :
Lantibiotique de choix est lrythromycine. Les Campylobacter sont aussi sensibles aux
aminosides, aux ttracyclines,au chloramphnicol et la combinaison amoxicilline-acide
clavulanique. La sensibilit lampicilline est inconstante [61].

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

8. Pseudomonas aeruginosa :
Habitat :
Pseudomonas aeruginosa est une bactrie ubiquitaire trs rpandue dans la nature [56]. Elle
vit normalement ltat saprophyte dans leau et le sol humide ou sur les vgtaux. Elle rsiste mal
la dessiccation. Elle fait partie de la flore commensale de lhomme. On le trouve dans le tube
digestif,la peau et les muqueuses et rarement la salive. Le bacille pyocyanique peut survivre et se
multiplier dans une infinie varit de liquides et de milieux,de supports et de matriels,surtout sils
sont humides [61,75,76,77].
Facteurs de virulence :
Le bacille pyocyanique labore des protines et des substances toxiques pour lhomme,lanimal
et les plantes. On distingue principalement :une hmolysine thermostable, des exo-enzymes
(protases, phospholipase) et des toxines protiques (exotoxine, entrotoxine). Sa virulence est
multifactorielle [61].
Tableau (08) : Facteurs de virulence de Pseudomonas aeruginosa [77]
Facteur de virulence

Effet(s) biologique(s)

Facteurs extracellulaires
Exotoxine

Dommage cellulaire
Toxique pour les macrophages

Phospholipase et glycolipide

Destruction superficielle de tissus pulmonaires

Protases

Envahissement de tissus,dommage cellulaire,inhibition


du complment mdiateur de la dfense et le clivage
de IgG

Facteurs intracellulaires
Lipide A

Effets endotoxiques

Antigne O

Possibilit de linhibition des phagocytes

Polysaccharide mucode

Effets anti-phagocytaires
Diminution de la fonction pulmonaire

Pili

Adhrence de lpithlium

Slime polysaccharidique

Toxique pour les neutrophiles,effets similaires celles


des endotoxines

Pouvoir pathogne :
P.aeruginosa est considr comme une bactrie pathogne opportuniste cest le germe-type des
infections hospitalires ou nosocomiales [61].
Les infections P.aeruginosa sont remarquablement polymorphes dans leurs expressions
cliniques et dans leurs localisations. Elles sont rarement observes chez les sujets pralablement en
bonne sant. Il sagit alors dinfestations massives (nageurs de piscines contamines) ou

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

dinoculations traumatiques directes dans un tissu ou une cavit (mningites ou ostomylites


dinoculation) [56,78].

Infections de loreille :

Une tude approfondie a permis de faire ressortir une relation entre la concentration de
P.aeruginosa dans les eaux de baignade et le risque dinfection de loreille [49].
P.aeruginosa nest pas un saprophyte courant du conduit auditif externe. Seul 1% des individus
sains en est porteur. Il est par contre isol chez 45-65% des sujets ayant une otite externe banale.
Celle-ci sobserve en particulier chez les nageurs en raison de la prdilection de la bactrie pour les
milieux humides (les normes exiges pour les eaux de baignade ne font pas mention des pathognes
hydriques dorigine non fcale comme P.aeruginosa), mais galement en zone tropicale ou aprs
un traumatisme.
Une forme dotite externe bacille pyocyanique a t dcrite sous le terme doreille des
plongeurs , atteignant les plongeurs en mer. P.aeruginosa est en cause galement dans les
prichondrites du pavillon [61,79].

Infections cutanes :

Des infections cutanes bacille pyocyanique peuvent sobserver en climat chaud et humide,
mais galement chez tout sujet en contact avec une eau contamine. Un risque existe galement
pour les baignades dans des eaux stagnantes ou mal renouveles ou non pures (gravires,anse du
bord de mer sans courants ou faible mare surpeuples en t) o sont associes, bien sr dautres
bactries hydriques [80]. Des srotypes de P.aeruginosa ont t isols dans des lsions cutanes de
baigneurs [49,79].

Entrites :

Leur mcanisme physiopathologique est proche de celui dautres entrites. Elles sont trs rares.
Parmi les formes cliniques des entrites P.aeruginosa on distingue :
- lentrite aigu conscutive lingestion daliments trs contamins.
- lentrite hydrique (Fivre de Shaga) avec un tableau de fivre typhode, lie labsorption
deaux pollues [80].
Caractres biochimiques : [81,82]
- Le mtabolisme glucidique est typiquement oxydatif sans acidification des milieux.
- La plupart des souches nattaquent aucun glucide, certaines cependant acidifient le glucose
sans dgagement de gaz.
- Les ractions de Voges-Proscauer et rouge de mthyle sont ngatives.
- Les nitrates sont rduits en nitrites puis en azote gazeux.
- P.aeruginosa possde une catalase, une cytochrome oxydase et une arginine dihydrolase.
Traitement :
Les antibiotiques ayant en gnral une bonne activit sur P.aeruginosa sont : la ticarcilline, la
pipracilline, lazlocilline, la ceftazidime la cefsulodine, limipinme et les aminosides. Les souches
rsistantes la colistine sont trs rares. Parmi les cyclines, la vibramycine est la plus active. Mais
lactivit de tous ces antibiotiques nest pas rgulire [61].

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

9. Staphylococcus aureus :
Habitat :
Bactries ubiquistes, trs rpandues dans la nature (air, eau, sol). Staphylococcus aureus est un
commensale de la peau et des muqueuses de lhomme et des animaux(rhino-pharynx,intestin). On le
trouve sur la muqueuse nasale dun tiers environ des sujets normaux. Elimin dans le milieu
extrieur, cette bactrie peut survivre longtemps dans lenvironnement [23,55,57,61,83].
Pouvoir pathogne :
Staphylococcus aureus est un germe pyogne responsable de la plupart des infections
suppures de la peau et des muqueuses ; il "surinfecte" souvent les plaies ngliges.
On distingue parmi les infections staphylococciques les formes suivantes :
formes cutanes : atteinte plus ou moins svre des follicules pilo-sbacs (folliculite, furoncle,
anthrax), atteinte pri-onguale (onyxis, perionyxis), atteinte du tissu sous-cutan(panaris,
phlegmons). Certaines formes superficielles (imptigo) peuvent se compliquer de lsions
bulleuses graves lorsque la souche de staphylocoque est productrice dexfoliatine [57,83].
formes muqueuses : otites, sinusites, mastodites, conjonctivites [56,57,84,85].
formes intestinales : soit intoxication alimentaire par absorption de toxine prforme dans les
aliments contamins (produits de mer) par un staphylocoque producteur dentrotoxines. Les
symptmes habituels qui peuvent survenir dans les 2-4 heures qui suivent la consommation
daliment sont les nauses, les vomissements et, parfois, la diarrhe. Les symptmes ne durent
gnralement pas plus de 24 heures mais, dans les cas graves, la dshydratation peut conduire
au choc et au collapsus [55,57,65].
Caractres biochimiques :
Lidentification de S.aureus repose sur la mise en vidence des caractres suivants : catalase
(diffrence avec les streptocoques), fermentation du glucose en anarobiose (diffrence avec les
microcoques), coagulase (diffrence avec S.epidermidis et S.saprophyticus), DNase thermostable
[57].
Traitement :
Dans le cas des staphylococcies cutano-muqueuses, localises les antibiotiques utiliser
sont principalement des macrolides ou apparents (rythromycine, pristinamycine).
Dans les staphylococcies graves une association de deux antibiotiques bactricides : btalactamines (oxacilline) + aminoside (gentamycine) ou fluoroquinolones (ofloxacine). En cas de
rsistance aux pnicillines, le traitement antibiotique sera un glycopeptide (vancomycine ou
teicoplanine) seul ou associ un autre antibiotique actif (aminosides, rifampicine, acide fusidique,
fosfomycine) [57].

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

VII. Affections fongiques (mycoses) et agents responsables :


1. Les mycoses cutanes :
Les mycoses cutanes,galement appeles dermatophytoses/dermatomycoses ou teignes
inflammatoires, sont cosmopolites et reprsentent les maladies fongiques humaines les plus
courantes. Le traitement est base donguents topiques tels que le miconazole, le tolnaftate ou le
cotrimoxazole pendant deux quatre semaines [01].
Agents infectieux :
Trois genres de champignons microscopiques ou dermatophytes sont impliqus dans ces
mycoses: Epidermophyton, Microsporum,Trichophyton.
Priode dincubation :
Elle est de 4 14 jours. Les onychomycoses ne se manifestent quaprs une incubation plus
prolonge.
Clinique :
La prsentation clinique est dtermine par le rservoir du champignon (homme, animaux ou
sol) et la raction immunologique de lhte. Les dermatophytes adapts lhomme (le plus frquent
tant T. rubrum) ne provoque quune faible raction inflammatoire. Les dermatophytes provenant
danimaux ou du sol provoquent une raction inflammatoire purulente aprs un temps de latence de
2 3 semaines.
a. Tinea capitis
Infection du cuir chevelu avec atteinte des cheveux par certains Microsporum ou
Trichophyton.
b. Tinea de la barbe (sicosis)
Le plus souvent caus par des Trichophyton dorigine animale (T. mentagrophytes et T.
verrucosum). Folliculite purulente aprs une phase initiale inflammatoire desquamative.
c. Tinea corporis ou cruris
Les agents les plus frquents sont T. rubrum, T. mentagrophytes et T. flocosum. Lsions
annulaires, progressant de faon centrifuge avec priphrie rouge et surleve avec prsence
ventuelle de vsicules. Au centre une rgion sche et desquamante. Le diagnostic diffrentiel
inclut les candidoses inguinales ainsi que lintertrigo.
d. Tinea pedis (athletes foot)
Le plus souvent caus par T. rubrum et T. mentagrophytes. Dermatose desquamative des pieds
avec formation de ragades, le plus souvent dans les rgions interdigitales. On peut galement
observer de petites vsicules.

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

e. Tinea unguis
Il sagit dune infection le plus souvent cause par T. rubrum et qui touche un ou plusieurs
ongles des mains ou des pieds. Longle spaissit, devient friable et perd sa couleur normale. Ceci
peut aboutir la formation dune masse dallure caseuse ou alors la perte de longle. Les
onychomycoses doivent tre distingues des onychodystrophies non infectieuses.
Mesures prendre :
- Traitement :
Traitement local avec des substances antimycotiques, par exemple des drivs imidazols. Le
traitement doit tre poursuivi au moins une semaine aprs la gurison clinique. Un traitement
systmique nest indiqu que dans certaines indications: atteinte des cheveux ou des ongles; mycose
tendue et rsistante au traitement local.
- Prvention primaire :
Serviettes et linges individuels. Nettoyage rgulier et complet des bains et des douches.
Traitement des personnes et des animaux infects [86].

2. Les candidoses :
La candidose est la mycose cause par le mycte dimorphe Candida albicans Contrairement
aux autres myctes pathognes, C .albicans est un membre de la flore normale du tractus digestif,
de lappareil respiratoire, du vagin et de la bouche [01,87]. Des vaginites Candida peuvent tre
contractes la suite de sjour sur les plages trs frquentes [03] .
Les lsions cutanes peuvent tre traites par des applications locales de substances comme le
caprylate de sodium, le propionate de sodium, le violet de Gentiane, la nystatine, le miconazole et la
trichomycine. Pour les candidoses systmiques on peut galement utiliser le ctoconazole,
lamphotricine B, le fluconazole et la flucytosine [01,65].

VIII. Caractres biochimiques des bactries responsables dinfections dorigine


hydrique :
1. Les bactries Gram ngatif :
Les caractres biochimiques des espces bactriennes recherches, celles appartenant la
famille des Enterobacteriaceae et celles dites non entrobactries sont rsumes dans les tableaux
10 et 11.

2. Les bactries Gram positif :


Les caractres biochimiques permettant de diffrencier les espces du genre Staphylococcus
sont reprsents dans le tableau 12.

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

LDC

ODC

CIT

H2 S

URE

TDA

IND

VP

GEL

GLU

MAN

INO

SOR

RHA

SAC

MEL

AMY

ARA

OX

NIT

MOB

Escherichia coli 01
Escherichia coli 02
Escherichia coli 03
Escherichia coli 04
Shigella dysenteriae 01
Shigella dysenteriae 02
Shigella dysenteriae 03
Shigella flexneri
Shigella doydii 01
Shigella doydii 02
Shigella sonnei
Salmonella cholerae suis
Salmonella typhi
Salmonella spp
Salmonella para A
Salmonella typhisuis
Salmonella galinarum
Salmonella pullorum
Salmonella arizonae
Yersinia enterolitica

ADH

Espce

ONPG

Tableau (09) : Tableau de diffrenciation des entrobactries [88]

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ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Espce

ONPG

ADH

LDC

ODC

CIT

H2S

URE

TDA

IND

VP

GEL

GLU

MAN

INO

SOR

RHA

SAC

MEL

AMY

ARA

OX

NIT

MOB

Tableau (10) : Tableau de diffrenciation des bacilles Gram (-) non-entrobactries [88]

Aeromonas hydrophila
Vibrio cholerae
Vibrio alginolyticus
Vibrio parahaemolyticus
Vibrio vulnificus
Pseudomonas aeruginosa
Pseudomonas fluorescens
Pseudomonas putida
Pseudomonas cepacia
Pseudomonas maltophila
Pseudomonas stutzeri
Pseudomonas pseudomallei
Pseudomonas paucimobilis
Pseudomonas spp

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ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Tableau (11) : Tableau didentification des staphylocoques [61,88]

Espce
Staphylococcus aureus
Staphylococcus auricularis
Staphylococcus capitis
Staphylococcus caprae
Staphylococcus camosus
Staphylococcus chromogenes
Staphylococcus cohnii spp cohnii
Staph. cohnii ssp urealyticum
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus haemolyticus
Staphylococcus hominis
Staphylococcus hyicus
Staphylococcus lentus
Staphylococcus lugdunensis
Staphylococcus saprophyticus
Staphylococcus schleiferi
Staphylococcus sciuri
Staphylococcus simulans
Staphylococcus warneri
Staphylococcus xylosus

Catalase GLU
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LAC MAN
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MAN(anarobie) coagulase
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ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

IX. Contrle de qualit des eaux de baignade :


1. Fondement de lutilisation des microorganismes indicateurs :
La qualit bactriologique dune eau nest pas un paramtre stable, mais au contraire sujet
fluctuation, par pollution accidentelle, ncessitant des contrles permanents [04]. Pour lvaluation
de la qualit des eaux de baignade, le suivi porte essentiellement sur la pollution bactriologique
engendre par des rejets deaux uses. Cette pollution prsente, en effet, le risque de dissmination
de germes pathognes, susceptibles dentraner des maladies telles que conjonctivites,
rhinopharyngites, otites, sinusites, maladies cutanes ou digestives. Toutefois, lanalyse complte
des germes pathognes est pratiquement impossible raliser en raison :
des contraintes au niveau des prlvements en raison des besoins de volumes importants et
des conditions de transport des chantillons.
des techniques analytiques compliques et coteuses.
de leur dure de vie souvent trs courte.
de leur prsence en nombre faible, do la ncessit de concentrer les chantillons.
de leur prsence alatoire.
des phnomnes de comptitivit microbienne.
du nombre lev despces diffrentes [45,50,89,90,91,92].
Pour pallier les difficults de fonder une surveillance de la qualit des eaux sur les germes
pathognes est n le concept de "microorganismes indicateurs de contamination fcale". Ces
indicateurs sont spcifiques de la flore intestinale, ils ne sont pas ncessairement pathognes, mais
leur prsence en grand nombre dans un milieu aquatique indique lexistence dune contamination
fcale, et donc un risque pidmiologique potentiel [45]. Du fait que la plupart des
microorganismes lorigine des infections transmission hydrique, ont pour habitat normal les
intestins de lhomme ou de certains animaux sang chaud, sil a t prouv quune eau est soumise
une pollution par les matires fcales, il existe un risque quelle contienne des microorganismes
pathognes de cette origine [04,44,93].

2. Caractristiques dun bon indicateur de contamination :


Idalement, un bon indicateur de contamination fcale doit avoir les proprits suivantes :
Il doit tre absent des eaux non pollues et associ exclusivement la prsence de dchets fcaux
dorigine animale et humaine.
Il doit tre prsent dans les eaux contamines par les matires fcales en mme temps que les
germes pathognes, mais en plus grand nombre queux.
Il doit tre incapable de se dvelopper dans le milieu aquatique, tout en pouvant survivre plus
longtemps que les germes pathognes.
Il doit tre au moins aussi rsistant la dsinfection que les germes pathognes.
Il doit tre applicable toutes les varits naturelles deaux utilises des fins rcratives (eau
douce, eau de mer,et eau destuaire).
Il doit tre facilement dtectable par une mthode spcifique et dune grande sensibilit, et
identifiable sans ambigut laide de tests simples, rapides et peu coteux.
Un lien doit pouvoir tre tabli entre lindicateur, sa nature, son abondance et la probabilit
dapparition dinfections.
La densit des indicateurs doit tre en corrlation directe avec le degr de contamination fcale
[01,45,49].

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Plusieurs groupes de bactries rpondent de manire relativement satisfaisante ces critres. Il


sagit des coliformes totaux, des coliformes fcaux, et des streptocoques fcaux [45,94].

3. Microorganismes indicateurs spcifiques de pollution fcale:


3.1. Les coliformes totaux :
Dfinition des coliformes :
Sous le terme de coliformes est regroup un certain nombre despces bactriennes
appartenant en fait la famille des Enterobacteriaceae.
La dfinition suivante a t adopte par lorganisation internationale de standarisation (ISO).
Le terme coliforme correspond des organismes en btonnets, non sporognes, Gram-ngatifs,
oxydase ngatifs, facultativement anarobies, capables de crotre en prsence de sels biliaires ou
dautres agents de surface possdant des activits inhibitrices de croissance similaires, et capables
de fermenter le lactose (et le mannitol) avec production dacide et daldhyde en 48 heures, des
tempratures de 35 37C.
Le dnombrement de ces organismes est souvent dsign sous lexpression de dnombrement
des coliformes totaux . Ainsi, les coliformes constituent-ils un rassemblement assez htroclite du
point de vue taxonomique. Mais leur tude est traditionnelle et les renseignements donns par cet
examen sont dune certaine utilit dans le domaine de la sant publique.
Les coliformes comprennent les genres : Esherichia, Citrobacter, Enterobacter, Klebsiella,
Yersinia, Serratia [04].
Origines et habitats des coliformes :
On distingue deux catgories de coliformes :
Des coliformes thermotrophes ou thermotolrants : dont la temprature optimale de croissance se
situe entre 36C et 38C, et capables de se multiplier des tempratures leves, toujours
41C, souvent 44C ; ils sont par contre incapables de se dvelopper + 4C, en 30 jours. Les
coliformes fcaux appartiennent cette catgorie, mais il serait os de prtendre que cette
catgorie comprend exclusivement des coliformes fcaux.
Des coliformes psychrotrophes : dont la temprature optimale de croissance se situe entre 30C
et 34C, et qui se multiplient rapidement + 4C en 2 4 jours, et + 10C en 1 jour ; ils sont
par contre incapables de se dvelopper 41C et 44C. Ils ne font pas partie de la flore fcale
des animaux sang chaud.
Les uns ou les autres de ces germes peuvent tre isols en milieu hospitalier : ils simplantent
dans les habitats rests vacants, par suite de bouleversements des flores (coloniseurs) ; ils peuvent
tre responsables dinfections opportunistes.
On peut donc tablir une classification contemporaine des entrobactries coliformes, comme
le montre le tableau 12. Cette classification, utile en hygine et sant publique, permet de faire le
lien entre la taxonomie et lintrt hyginique ou pidmiologique de telle ou telle espce : les unes
sont fcales, dautres sont aquicoles, dautres encore sont des coloniseurs hospitaliers [23].

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Tableau (12) : Classification des coliformes en hygine et en sant publique [23,95]


Coliformes
dorigine fcale

Coliformes dorigine
aquatique ou tellurique

Esherichia
E.coli
Citrobacter
C.freudii
C.koseri
C.amalonaticus
Enterobacter
E.cloacae
E.aerogenes

Klebsiella
K.oxytoca
K.pneumoniae
Salmonella
Sous-espce 3a*
Sous espce 3b*
Shigella
S.sonei*
Yersinia
Y.enterolitica

Serratia

Thermotrophes
ou thermotolrants**

Coliformes isols en clinique :


coloniseurs ou pathognes
opportunistes
E.fergusonii
E.hermanii
E.vulneris

E.amnigenus
E.dissolvens
E.intermedius
E.nimipressularis

E.asburiae
E.gergoviae
E.hormaechei
E.sakazakii
E.taylorae

K.planticola
K.terrigena

K.ornithinolytica
K.ozenae

Y.aldovae
Y.bercovieri
Y.frederiksenii
Y.intermedia
Y.kristensenii
Y.mollareti
Y.rohdei
S.fonticola
S.grimesii
S.liquefaciens
S.plymuthica
S.proteamaculans
S.rubidae
Hafnia alvei
Psychrotrophes
ou psychrotolrants

Msophiles ou thermotrophes
ou psychrotrophes

* Certains sroptypes sont des pathognes spcifiques.


** Yersinia enterolitica (srotype adapts O3, O9) est psychrotrophe mais il se dveloppe aussi
aux tempratures leves(+ 42C).

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Intrt hyginique de la recherche des coliformes dans une eau :


Les coliformes sont intressants car un trs grand nombre dentre eux vivent en abondance dans
les matires fcales des animaux sang chaud et de ce fait, constituent des indicateurs fcaux de la
premire importance. Par ailleurs, leur rsistance aux agents antiseptiques, et notamment au chlore
et ses drivs, est voisine de la rsistance des bactries pathognes vis--vis desquelles ce type de
traitement est instaur ; ils constituent donc des indicateurs defficacit de traitement.
Donc, le dnombrement des coliformes totaux est un examen capital pour la vrification de
lefficacit dun traitement dsinfectant, et dintrt plus nuanc pour dceler une contamination
dorigine fcale [04].

3.2. Les coliformes fcaux (coliformes thermotolrants) :


Dfinition :
Ce sont des coliformes qui prsentent les mmes proprits et caractristiques des coliformes
totaux aprs incubation la temprature de 44C.
Le groupe des coliformes fcaux comprend les espces suivantes:
Citrobacter freudii, Citrobacter diversus, Citrobacter amalonaticus, Enterobacter aerogenes,
Enterobacter cloacae, Esherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, Moellerella
wisconsensus, Salmonella (sous-genre III Arizona), Yersinia enterolitica [04].
Intrt hyginique de dnombrement des coliformes fcaux :
La prsence de coliformes fcaux dans un milieu aquatique, et plus particulirement d E.coli ,
est considre comme un bon indicateur dune contamination rcente du milieu par du matriel
fcal humain ou danimaux sang chaud [45]. Nanmoins, leur mise en vidence dans leau nest
pas la preuve de la prsence de pathognes, mais elle permet de la suspecter fortement [91,96].
Un autre test peut fournir les mmes indications que celles fournies par le dnombrement des
coliformes fcaux, cest le dnombrement des E.coli prsums qui correspondent des coliformes
thermotolrants qui produisent de lindole partir du tryptophane, 44C. Lexamen peut donc tre
orient vers lun ou lautre de ces dnombrements [04].

3.3. Esherichia coli :


Dfinition :
Le terme E.coli correspond des coliformes thermotolrants qui produisent de lindole
partir du tryptophane et ont les caractres biochimiques propres cette espce [04].
Intrt de la recherche et de dnombrement dEsherichia coli :
Selon lOMS, lindicateur le plus prcis pour estimer la pollution fcale est en fait Esherichia
coli, en raison de son abondance dans les fcs humaines (jusqu 1 milliard de bactries par
gramme de matire frache), et de sa persistance pour tre recherch (sa dure de dtection dans
leau 20C varie dune semaine un mois) [91,97].

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

3.4. Les streptocoques fcaux :


Dfinition :
Sous la dnomination gnrale de sreptocoques fcaux , il faut entendre lensemble des
streptocoques possdant la substance (acide teichoque) antigne caractristique du groupe D de
Lancefield [90].
Du point de vue taxonomique, ils appartiennent aux genres Enterococcus et Streptococcus. Le
genre Enterococcus comprend les streptocoques qui se caractrisent par une large tolrance des
conditions de croissance dfavorables, notamment les espces Enterococcus faecalis, E.faecium,
E.durans, E.hirae, E.avium, E.casseliflavius, E.cecorum, E.gallinarum et E.solitarus. La plupart
de ces espces peuvent tre considres en pratique comme des indicateurs spcifiques dune
pollution fcale humaine. Toutefois, on peut aussi les isoler partir des fcs danimaux. Certaines
espces, comme E.faecalis, E.malodoratus et E.solitarus se rencontrent principalement sur des
vgtaux.
En ce qui concerne le genre Streptococcus, seuls Streptococcus bovis et S.equinus possdent
lantigne du groupe D et font partie du groupe des streptocoques fcaux. On les trouve
principalement dans les excrments danimaux [98].
Intrt de dnombrement des streptocoques fcaux :
Bien que ce groupe semble assez ubiquiste, il est gnralement considr comme un indicateur
fiable de pollution fcale, car tous sont des htes normaux de lintestin de lhomme et de certains
animaux sang chaud, et ont un habitat fcal [04,45,90].
En plus, le rle principal des streptocoques fcaux tait de faire partie du rapport coliformes
fcaux/streptocoques fcaux utilis comme indicateur de la nature de la source fcale [49]. Donc la
dtermination pratique de lorigine de la pollution fcale est indique par le rapport CF/SF :

a. Si le rapport CF/SF est suprieur ou gal 4 (CF/SF 4), la source probable de contamination
est les dchets humains.

b. Si le rapport CF/SF est infrieur ou gal 0,7 (CF/SF 0,7), la source probable de
contamination est les dchets de btail ou de basse-cour.

c. Si le rapport CF/SF est compris entre 0,7 et 4 (0,7< CF/SF >4), la source probable de
contamination est la fois les dchets humains et animaux [99].
Les streptocoques fcaux, les meilleurs indicateurs de contamination dans leau de mer :
Dans leau de mer, le groupe des entrocoques reprsente le meilleur indicateur disponible de
la contamination fcale en provenance danimaux sang chaud. Ils survivent plus longtemps dans
leau de mer que les coliformes fcaux. En plus, il existe une corrlation positive entre les affections
gasrtro-intestinales et les niveaux dentrocoques dans leau de mer [49,53,54,100].

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

4. Microorganismes indicateurs, non rellement spcifiques de pollution


fcale :
4.1. Les bactries arobies revivifiables (germes arobies msophiles,
htrotrophes) :
Dfinition :
Dans un dnombrement dit de germes totaux, on distingue deux catgories des bactries
cultivant, sur le plan hyginique : les germes saprophytes, qui se dveloppent 20C ; et les germes
dits pathognes , qui se multiplient 37C. Cette distinction provient du fait vident, qu 20C
on favorise le dveloppement des germes spcifiques de leau, et qu 37C (temprature du corps
humain) on slectionne les microorganismes provenant de lhomme ou des animaux sang chaud,
de leurs scrtions, de leurs flores naturelles et en particulier des matires fcales. Il sagit donc des
bactries hberges par lhomme ou lanimal [23].
Intrt de dnombrement des germes totaux :
Cet examen vise dnombrer non spcifiquement le plus grand nombre de microorganismes,
en particulier de bactries se dveloppant dans les conditions arobies habituelles de culture [04].
Le dnombrement des germes htrotrophes, cultivant 37C est souvent considr comme
accessoire, il napporte pas dinformation supplmentaire intressante, par rapport celle fournie
par le trio des indicateurs de qualit. Il est en effet illusoire de vouloir dfinir le degr de puret
dune eau, sur la base de son contenu en bactries totales. Lorsque ce dnombrement est pratiqu,
de faon systmatique, pour connatre la distribution spatiale et temporelle des bactries
htrotrophes, il reprsente une alternative moderne et efficace dvaluation de la qualit [23].
Ce dnombrement peut donner aussi des indications importantes pour juger la validit de
techniques utilises pour la recherche dautres paramtres : un nombre trs lev de germes par
rapport un nombre trs faible de coliformes rend le dnombrement de ces derniers trs incertain
[04].

4.2. Les Clostridium sulfito-rducteurs :


Dfinition :
Ce groupe se compose de microorganismes anarobies sporognes, dont le plus caractristique,
Clostridium perfringens, normalement prsent dans les fcs, mais en moins grand nombre
quE.coli.
Les spores de Clostridium peuvent survivre dans leau beaucoup plus que les coliformes et ils
rsistent la dsinfection.
Intrt de la recherche des Clostridium sulfito-rducteurs :
La prsence des spores de Clostridium dans les eaux dsinfectes peut indiquer que le
traitement est dficient et que des pathognes rsistants la dsinfection ont pu galement survivre.
En raison de leur longvit, ils sont surtout capables dindiquer une contamination intermittente ou
distance, et ne sont pas donc recommands pour la surveillance de routine des rseaux de
distribution.

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Comme ils ont tendance survivre et saccumuler, on risque de les retrouver trs loin, dans le
temps et dans lespace, de la source de pollution, ce qui peut donner lieu des fausses alertes
[56,98].
Par ailleurs, les Clostridium sulfito-rducteurs sont souvent considrs comme des tmoins de
pollution fcale. La forme spore, beaucoup plus rsistante que les formes vgtatives des coliformes
et des streptocoques fcaux, permettrait ainsi de dceler une pollution fcale ancienne ou
intermittente [04].

5. Autres indicateurs proposs :


Les bactriophages fcaux :
La prsence des coliformes et de streptocoques fcaux peut saccompagner de bactriophages
dits fcaux. Ces coliphages sont des virus qui attaquent spcifiquement les bactries du groupe
coliforme [04,49]. Les bactriophages fcaux se trouvent presque constamment prsents dans les
matires fcales humaines et animales. Ils sont considrs comme des tmoins dune contamination
fcale. Laspect quantitatif est peu important [06,90].
Etant donn que les bactriophages fcaux sont plus rsistants la dsinfection par le chlore
que les bactries indicatrices de contamination fcale, ils constituent un indicateur de lefficacit de
la dsinfection. Enfin, leur survie pendant de longues priodes dans lenvironnement, ressemble
celle des virus entriques humains pouvant tre transmis par leau, comme les entrovirus,
lhpatite A et les rotavirus. Ils pouvaient tre utiliss comme indicateurs long terme de
contamination par les entrovirus [04,49].
Il peut donc tre utile dinclure la numration des coliphages et des bactriophages dans
lvaluation continue de limpact de la pollution fcale sur les eaux utilises des fins rcratives y
compris les eaux de mer [49,101].

6. Microorganismes pathognes :
Les microorganismes pathognes dorigine fcale pourront tre recherchs pour constater la
matrialisation dun danger vis--vis duquel la prsence de bactries fcales joue le rle de signal
dalarme. Cet examen est souvent pratiqu en liaison avec les examens biologiques effectus chez
des malades atteints dune maladie infectieuse dont on souponne une origine hydrique.
En fait, seules les Salmonella et les Shigella sont des bactries frquemment recherches, en
dehors de cas dpidmies. Ces dernires annes cependant, une certaine importance a t attribue
aux Yersinia, aux Campylobacter, aux virus et aux parasites. Les risques sanitaires provenant de
microorganismes dorigine non fcale sont surtout importants au cours des baignades et pratiques
thermales. Ils ne peuvent tre valus que par la recherche des pathognes eux-mmes :
Pseudomonas aeruginosa, Staphymococcus aureus, Legionella pneumophila, Aeromonas
hydrophila, Vibrio chlerae, V.parahaemolyticus sont les plus frquemment recherchs [04,49].

7. Critres dvaluation de la qualit de leau :


Deux catgories dindicateurs sont utiliss pour valuer la qualit sanitaire des eaux de
baignade : des paramtres microbiologiques et des paramtres physicochimiques.

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Les paramtres microbiologiques : trois indicateurs de contamination fcale sont recherchs : les
coliformes totaux, les coliformes fcaux ou Esherichia coli et les streptocoques fcaux. En cas
de pollution avre, dautres microorganismes (salmonelles, entrovirus) peuvent tre
recherchs.
Les paramtres physicochimiques : six font lobjet dune valuation qualitative visuelle ou
olfactive sur terrain. Les trois premiers participent au calcul du classement des eaux de
baignade :
1. les mousses ;
2. les phnols ;
3. les huiles minrales ;
4. la couleur ;
5. les rsidus goudronneux et les matires flottantes ;
6. la transparence.
En fonction des circonstances de terrain, dautres paramtres peuvent tre mesurs : pH,
nitrates, phosphates, chlorophylle, micropolluants,[48,102].

8. Normes de qualit requise pour les eaux de baignade : rglementation


franaise :
La directive europenne du 08/12/1975 (n 76/160/CEE) a tabli les seuils de qualit des eaux
de baignade (Tableau 13). Elle a t transpose en droit franais par le dcret n 81-324 du 7 avril
1981 modifi par le dcret n 91-980 du 20/09/1991, qui fixe les normes dhygine et de scurit
applicables aux piscines et aux baignades [19,48,89].
Les analyses sont associes des niveaux de qualit :
Niveau guide (G) : limite objectif vers laquelle il faut tendre.
Niveaux impratif (I) : limite suprieur ne pas dpasser [89,102].
Linterprtation :
Chaque rsultat est interprt par rapport ces seuils de qualit :
Leau est de bonne qualit lorsque les rsultats sont infrieurs aux nombres guides,
Leau est de qualit moyenne lorsque les rsultats obtenus sont suprieurs aux nombres guides
mais restent infrieurs aux nombres impratifs,
Leau est de mauvaise qualit lorsque les rsultats obtenus sont suprieurs aux nombres
impratifs.
En cas de non respect de ces seuils, la baignade peut tre interdite et une enqute est mene
pour rechercher les causes de pollution [102].

9. Classement sanitaire des eaux de baignade :


A lissue de la saison estivale, un classement des plages est tabli partir de lensemble des
paramtres analyss. A lchelon europen, le classement est bas sur la conformit des paramtres
microbiologiques ainsi que des paramtres physico-chimiques (rsultats infrieurs aux nombres
impratifs pour 95% des chantillons).
Il dfinit deux classes : eaux conformes et eaux non conformes. Au niveau national, la
classification comporte 4 catgories (Tableau 14).

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Il partage les eaux conformes en :

Eaux de bonne qualit, catgorie A : respect des valeurs guides et impratives de la directive,
Eaux de qualit moyenne, catgorie B : respect des valeurs impratives,

dune part et dautre part les eaux non conformes en :

Eaux momentanment pollues, catgorie C : entre 5 et 33% dchantillons non conformes


aux valeurs impratives,
Eaux de mauvaise qualit, catgorie D : plus de 33% dchantillons non conformes aux
valeurs impratives [102,103].
Tableau (13) : Normes physiques, chimiques, microbiologiques pour les eaux de baignade
[04,89,102,104,105]

Paramtres

500
100
100
-

10000
2000
400(en projet)
(2)
0
(2)
0

pH

Coloration

6-9
Pas de changement anormal de la
(1) (2)
couleur
Pas de film visible la surface de leau
(2)
et absence dodeur

Microbiologiques
Coliformes totaux/100 mL
Coliformes thermotolrants/100 mL
Streptocoques fcaux/100mL
Salmonelles/1L
Entrovirus PFU/ 10L

Physicochimiques

Huiles minrales (mg/L)


Substances tensioactives ragissant au
bleu de mthylne mg/L (lauryl sulfate)
Phnols (indices phnols) (mg/L C6H5OH)
Transparence (m)
Oxygne dissous (% saturation O2)
Rsidus gourdonneux et matires flottantes
(bois, plastique, rcipients en verre,)
Ammoniaque (mg/L NH2)
Azote Kjeldahl (mg/L N)
Autres substances considres comme
indices de pollution : pesticides (mg/L)
Mtaux lourds : arsenic (mg/L) (As),
cadmium(Cd), chrome(VI) (CrVI), plomb(I)
(Pb), mercure(Hg).
Cyanures (mg/L Cn)
Nitrates et phosphates (mg/L) (NO3, PO4)
(1)

(2)

(3)

0.3

(1) (2)

0.3

Pas de mousse persistante

(2)

0.005
2
80-120

Aucune odeur spcifique


(1)
1
(2)
-

(2)

Absence

(3)

(2)

(3)

Dpassement des limites prvues en cas de conditions gographiques ou mtorologiques


exceptionnelles.
Pour ces paramtres, la teneur est vrifier lorsquune enqute effectue dans la zone de
baignade en rvle la prsence possible ou une dtrioration possible de la qualit des eaux.
Ces paramtres sont vrifier lorsquil y a tendance leutrophisation des eaux.[1]

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Tableau (14) : Critres de classement sanitaire des eaux de baignade [48]

Les eaux de bonne qualit

Au moins 80% des rsultats en E.coli et en


coliformes totaux sont infrieurs ou gaux aux
nombres guides (100/100ml et 500/100ml
respectivement );
Au moins 95% des rsultats en E.coli et en
coliformes totaux sont infrieurs ou gaux aux
nombres impratifs (2000/100ml et 10000/100ml
respectivement );
Au moins 90% des rsultats en streptocoques
fcaux sont infrieurs ou gaux au nombre guide
(100/100ml) ;

Les eaux de qualit moyenne

Les nombres impratifs fixs par la directive


pour les E.coli et les coliformes totaux
(2000/100ml et 10000/100ml respectivement)
sont respects dans au moins 95% des
prlvements, les conditions relatives aux
nombres guides ntant pas, en tout ou en partie,
vrifies ;
Absence dhuiles minrales, de phnols et de
mousses dans au moins 95% des chantillons.

Absence dhuiles minrales, de phnols et de


mousses dans au moins 95% des chantillons.

Les eaux classes en catgorie A ou B


Sont conformes aux normes europennes.

Les eaux pouvant tre pollues


momentanment

Les frquences de dpassement des nombres


impratifs pour E.coli ou les coliformes totaux
sont comprises entre 5% et 33,3% ;
Ou la prsence dhuiles minrales, de phnols ou
de mousses est releve dans 5 33,3% des
chantillons.

Les eaux de mauvaise qualit

Lorsque, pour les paramtres E.coli ou coliformes


totaux, les conditions relatives aux nombres
impratifs sont dpasses au moins une fois sur trois,
ou que la prsence dhuiles minrales, de phnols ou
de mousses est releve dans plus dun chantillon
sur trois, leau correspondante est considre comme
de mauvaise qualit.

Cette pollution peut faire lobjet de mesures


immdiates ou moyen terme, permettant
damliorer dfinitivement la qualit de leau. Il est
important de noter que si moins de 20 prlvements
sont effectus pendant toute la saison sur un point,
un seul dpassement du nombre impratif suffit pour
entraner le classement de la plage en catgorie C.

Les eaux classes en catgorie C ou D


ne sont pas conformes aux normes europennes, et peuvent tre interdites la baignade.

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

X. La rsistance aux antibiotiques :


La rsistance aux antibiotiques est un phnomne gnral observ pour toutes les espces
bactriennes rencontres chez lhomme et elle est lie leur inluctable volution. Elle sobserve
divers degrs lgard de tous les membres dune famille dantibiotiques donne. On assiste de
surcrot des multirsistances, cest dire au fait quune bactrie est rsistante en mme temps
plusieurs familles dantibiotiques [106,107,108].

1. Quelques facteurs favorisants :


La prescription grande chelle et parfois impropre dantibiotiques fait que les bactries
voluent constamment vers la rsistance. Plusieurs tudes ont tabli que lapparition de la rsistance
est associe, dune part, la surconsommation dantibiotiques et, dautre part, des traitements trop
longs et insuffisamment doss.
Le recours intensif des antibiotiques dans llevage animal industriel (en particulier des
volailles) contribue au phnomne de rsistance. En milieu vtrinaire, les antibiotiques issus de la
pharmacope humaine sont utiliss sans rgles strictes soit comme promoteur de la croissance, soit
des fins prophylactiques et thrapeutiques. Cette pratique trs rpandue de traitements
antibiotiques sur une longue dure conduit invitablement la slection de bactries
multirsistantes, en particulier des entrobactries et des entrocoques. Elimines du tube digestif
des animaux, les bactries passent dans les effluents, leau et, selon la chane alimentaire, finissent
par coloniser le tube digestif de lhomme (flore intestinale). Lors de labattage des animaux, une
contamination de la viande est quasi invitable. Un moyen de pallier ce problme serait dutiliser
des antibiotiques diffrents de ceux utiliss en mdecine humaine.
Ladministration rpte dantibiotiques chez lhomme ou lanimal limine les bactries
sensibles et slectionne les seules bactries rsistantes, lesquelles en profitent pour se dvelopper et
en donnant de nouvelles gnrations rsistantes. Lautre phnomne important est la dissmination
des gnes de rsistance vers des bactries sensibles au sein dune mme espce mais aussi au sein
despces loignes [107,108,109,110,111,112,113,114,115] .

2. Les types de rsistance :


On connat deux types de rsistance :
Rsistance naturelle : elle est programme sur le gnome bactrien, donc fixe et constante
lintrieur du taxon cest--dire prsente dans toutes les souches de lespce considre. A ce titre,
elle constitue un critre didentification. Elle prexiste lusage des antibiotiques.
Rsistance acquise : conscutive des modifications de lquipement gntique
chromosomique ou plasmidique. Elle ne concerne que quelques souches dune mme espce mais
peut stendre : leur frquence varie dans le temps mais aussi dans lespace (rgion , ville,
hpital). Elle constitue un marqueur pidmiologique [107,116,117,118].

3. Les phnotypes de rsistance :


Quand on tudie la sensibilit dune souche plusieurs antibiotiques, on dtermine son
phnotype de rsistance aux antibiotiques. Si la souche nexprime que des rsistances naturelles, on
dit quelle appartient au phnotype "sauvage" ou sensible. Si des rsistances acquises ont modifi sa

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

sensibilit, elle exprime un phnotype de rsistance quon peut identifier et dont on doit tenter de
dterminer le mcanisme. Ces phnotypes sont souvent dsigns par les initiales des antibiotiques
devenus inactifs : ainsi une souche rsistante la kanamycine, la tobramycine et la gentamycine
appartient au phnotype KTG [116].

4. Le support gntique de la rsistance :


La rsistance naturelle est programme dans le gnome bactrien. Les modifications gntiques
responsables de rsistance acquise sont chromosomiques, secondaires une mutation portant sur le
chromosome ou extra-chromosomiques par acquisition de gnes.
Les rsistances mutationnelles : elles sont :
spontanes : elles prexistent lutilisation de lantibiotique,
stables : elles se transmettent verticalement dans le clone bactrien,
spcifiques : elles nintressent quun antibiotique ou quune famille dantibiotiques la
fois,
rares : le taux de mutation se situe habituellement entre 10-7 et 10-8.
La rsistance par mutation est peu rpandue en clinique (moins de 20% des rsistances
acquises). Lusage de lantibiotique slectionne les souches rsistantes et la parade consiste
associer les antibiotiques. Ce type de rsistance est observ, entre autres, chez les mycobactries
[116,118].
Les rsistances extra-chromosomiques : dont le support est un plasmide ou un transposon
acquis par conjugaison ou plus rarement par transduction.
Elles sont frquentes (plus de 80% des rsistances acquises).
Elles sont contagieuses et se transmettent horizontalement entre bactries cohabitant, mme
despces diffrentes.
Elles peuvent concerner plusieurs antibiotiques, voire plusieurs familles dantibiotiques,
entranant une polyrsistance.
La rsistance plasmidique concerne la plupart des antibiotiques. Seuls y chappent les
rifampicines, les polypeptides, les nitrofuranes, les quinolones et les glycopeptides. Toutes les
espces bactriennes y sont sujettes.
Lusage dun seul antibiotique dont la rsistance est code par un gne de plasmide slectionne
les souches rsistantes toutes les molcules dont le gne de rsistance se trouve sur le plasmide, ce
qui entrane la slection rapide de souches polyrsistantes [108,109,116,118,119].

5. Mcanismes de rsistance :
Pour tre efficace, un antibiotique doit parvenir au contact de la bactrie, ce qui implique quon
tienne compte, dans la prescription, des donnes pharmacologiques telles que la posologie, la voie
dintroduction, la diffusion tissulaire et le mtabolisme de la molcule. Il doit ensuite pntrer dans
la bactrie, ny tre ni dtruit ni modifi, se fixer une cible et perturber ainsi la physiologie
bactrienne. Si lune de ces conditions nest pas remplie, lantibiotique, mme correctement
administr, se rvle inefficace. Ce phnomne appel rsistance est lourd de consquences et doit
tre, si possible, dpist au laboratoire.

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Les bactries se dfendent contre laction des antibiotiques :


en se rendant impermables leur pntration ;
en produisant des enzymes capables de les inactiver ;
en modifiant la structure de leurs cibles [116,120].
A. Diminution de la permabilit :
Elle concerne la membrane extrieure (pour les bactries Gram ngatif) ou la membrane
cytoplasmique (pour toutes les bactries). Cest le mcanisme le plus souvent responsable de la
rsistance naturelle. Il peut concerner :
les beta-lactamines
les cyclines
les phnicols
les macrolides
On peut rencontrer ce mcanisme dans la rsistance mutationnelle (beta-lactamines,
quinolones, aminosides, phnicols) ou dans la rsistance plasmidique (ttracycline) [118,121].
B. Inactivation enzymatique :
Cest le mcanisme le plus souvent responsable de la rsistance plasmidique. Il concerne
particulirement :
les beta-lactamines : pnicillinases, cphalosporinases hydrolysant la molcule.
les aminosides : transfrases qui phosphorylent, actylent ou adnylent certains sites de la
molcule.
les phnicols : transfrase qui actyle la molcule.
On peut rencontrer ce mcanisme dans la rsistance mutationnelle : certaines bactries
synthtisent des faibles quantits de beta-lactamases (ce qui suggre une fonction physiologique de
ces enzymes dans la vie de la cellule). Une mutation altre le gne de rgulation et provoque une
synthse accrue (beta-lactamase "drprime") [118,121].
C. Modification de la cible :
Cest le mcanisme le plus souvent responsable de la rsistance mutationnelle. La cible est
lgrement modifie par la substitution dun acide amin dans la protine (sil sagit dune enzyme
ou dune protine ribosomale) ou la substitution dun nuclotide (sil sagit de lARN ribosomal). Il
peut concerner : les beta-lactamines, les aminosides, les macrolides et les quinolones.
On peut rencontrer ce mcanisme dans la rsistance plasmidique : dans le cas des macrolides,
une mthylase modifie deux nuclotides du ribosome qui perd son affinit pour lantibiotique. Dans
le cas des sulfamides ou du trimthoprime, le plasmide code pour des iso-enzymes qui ne fixent pas
ces molcules [118,121].

6. Diffusion pidmique de la rsistance au sein du monde bactrien :


Le transfert mdiation plasmidique du matriel gntique peut se produire de plusieurs
faons, ce qui provoque la propagation de la rsistance au moins un antibiotique parmi les
bactries de la mme espce et du mme genre ou despces et de genres varis (Figure 02). En
outre, la rsistance peut se transmettre entre les bactries Gram positif et Gram ngatif [122,123].

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

Escherichia

Salmonella

Proteus

Serratia

Klebsiella

Pseudomonas

Enterobacter

Acinetobacter

Figure (02) : Diffusion plasmidique au sein de divers groupes [124]

7. Pathologie et bactries rsistantes aux antibiotiques :


De nombreuses enqutes dans le monde ont dnonc le mauvais usage qui a t fait des
antibiotiques dans le monde mdical. Il en est rsult une large prise de conscience et la conviction
que cette arme prcieuse navait pas t exploite au mieux de nos intrts. Il est clair en effet que
lusage intensif des antibiotiques en slectionnant les bactries rsistantes a favoris leur capacit
dagression et les a rendues opportunistes, cest--dire capables la suite dune dfaillance des
moyens de dfense de lhte (humain), de provoquer une infection.
Ce phnomne de la rsistance aux antibiotiques est analys maintenant dans son contexte et
ses consquences cologiques. Certaines tudes ont mis en vidence limportance des bactries R+
(entrobactries) isoles dans les eaux uses, les eaux de rivire, les eaux de baignade et mme les
eaux dalimentation.
En bref, ces analyses tendraient faire admettre lexistence dune augmentation ou dune
accumulation de bactries rsistantes dans le milieu aquatique. Ainsi, les taux des entrobactries
R+ qui se situe aux environs de 0,1 1% dans les matires fcales humaines en labsence de
traitement antibiotique, serait de 10% dans les eaux uses, de 50% dans les eaux de surface, de plus
de 80% dans les eaux dalimentation. Ces taux pourraient traduire lexistence dune forte pression
slective dans lenvironnement aquatique. Un certain nombre dhypothses sont avances pour
lexpliquer : avantage slectif des bactries rsistantes car multirsistantes aux antibiotiques et
certains mtaux lourds ; possibilit de transfert des caractres de rsistance dune souche lautre :
prsence dans le milieu dentrobactries autochtones (indignes) rsistantes aux antibiotiques. Ces
hypothses sont restes jusqu prsent purement spculatives.
On peut se demander si les aliments (leau en particulier) porteurs de bactries rsistantes aux
antibiotiques (B.R.A) sont dangereux pour le consommateur. Ces risques tiendraient lventuelle
capacit dimplantation des B.R.A dans les flores naturelles de lhomme (tube digestif), leur
pouvoir de multiplication, enfin leur pouvoir pathogne opportuniste . Il apparat la lumire
des travaux dcologie microbienne que la capacit des B.R.A simplanter dans le tube digestif
nest pas favorise ou exalte par leur rsistance aux antibiotiques.
La rsistance aux antibiotiques saccompagne souvent dune rsistance aux mtaux lourds, ce
qui pourrait expliquer leur prdominance dans les rejets industriels (toxiques). Ces bactries

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE

rsistantes sont capables doprer des transformations dangereuses (mthylation) partir des
mtaux toxiques comme le mercure, le cadmium, le plomb, ltain. La forme mthyle qui
saccumule dans les chanes biologiques marines jusquaux poissons est 50 100 fois plus toxique
que la forme inorganique initiale (Hg++). Il serait dun grand intrt de connatre les conditions
dans lesquelles cette transformation stablit, au niveau de quel site : sdimentaire ou bien grce
des htes biologiques comme le poisson, quels en sont les mcanismes gntiques.
La toxicit du milieu aquatique, marin en particulier, et son volution, pourront tre mieux
apprhendes par une meilleure connaissance de ces phnomnes microbiologiques [03].

8. Les antibiotiques en milieu marin :


La persistance des antibiotiques dans les sdiments marins dpend de :

la nature de lantibiotique ;
la nature du sdiment ;
les conditions environnementales.

Toutefois la prsence des antibiotiques dans les sdiments entrane trois consquences :

la diminution transitoire dun facteur 2 3 du nombre total de bactries ;


laugmentation transitoire du pourcentage de bactries sdimentaires rsistantes ;
la perturbation des cycles biogochimiques de lazote et du soufre [125].

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

I. Matriel :
-

Flacons en verre de 250 ml, avec bouchon vis mtallique


Pipettes gradues : 1 ml, 2 ml, 5ml, 10ml, 20ml, 25ml
Tubes essais
Pipettes Pasteur
Botes de Ptri striles
Appareillage de laboratoire :
Four Pasteur
Autoclave
Microscope optique
Balance de prcision
Compteur de colonies
Bain-marie
Etuves : 30C ; 37C ; et 44C
Milieux de culture (Annexe N01)
Ractifs (Annexe N02)
Galeries API 20E
Disques d'antibiotiques

Avant chaque utilisation, la verrerie doit tre soigneusement lave, rince, sche et strilise
au four Pasteur 180C pendant 2 heures .

II. Mthodes :
1. Prlvement des chantillons :
Un examen bactriologique ne peut tre valablement interprt que s'il est effectu sur un
chantillon correctement prlev, dans un rcipient strile, selon un mode opratoire prcis vitant
toute contamination accidentelle, correctement transport et conserv dans des conditions
satisfaisantes [04,126].

1.1. Sites de prlvement :


Le choix des sites de prlvements est bas sur certains critres : emplacement gographique,
activits proximits savoir urbaines, industrielles,etc. Ainsi, les sites choisis dans le cadre de
ce travail s'tendent sur la corniche de la willaya de Annaba. Il sagit des plages :suivantes :
Joinoville, Saint-Cloud, Chappuis, et Belvedere (Figure 03).
Plage Joinoville :
Cette plage non surveille, mais interdite la baignade, car elle est confronte des graves
problmes de pollutions, compte tenue de sa proximit immdiate au complexe A.S.M.I.D.A.L
(usine fabriquant des pesticides).
Plage Saint-Cloud :
Plage situe proche de l'agglomration. Plage assez grande qui s'tend sur 600 m. On a choisi
deux points de prlvement pour cette plage :
le premier en face d'une forte agglomration (habitations et restaurations).
le deuxime en face d'une clinique.

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

Plage Chappuis :
Plage qui s'tend sur une distance de 800 m. Cette plage trs surveille, est implante en milieu
urbain o le nombre d'habitants est plus lev que celui de la plage Saint-Cloud. Elle est trs
frquente en regard de l'existence d'une infrastructure caractre lucratif et de restauration. On
note un dversement d'gout directement la mer. .
Plage Belvedere :
Plage loigne de l'agglomration, nanmoins, il existe plusieurs chantiers de construction.

1.2. Volume et frquence des prlvements :


Pour chaque site, un chantillon d'eau d'un volume de 250 ml est prlev. Pour cette tude, 08
prlvements ont t effectus dans une priode allant de 28/02/2003 jusqu'au 08/02/2004, et ceci
afin de cerner les quatre saisons (Tableau 15).
Tableau (15): Calendrier des diffrents prlvements raliss.

Saisons

Dates de prlvement

Hivers

18 fvrier 2003
15 mars 2003
28 avril 2003
02 juin 2003
09 aot 2003
14 septembre 2003
02 novembre 2003
08 fvrier 2004

Printemps
Et
Automne
Hiver

1.3. Mode de prlvement :


L'chantillon destin l'analyse microbiologique doit tre prlev dans des conditions d'asepsie
rigoureuse, et doit tre le plus reprsentatif possible du milieu do il provient [04,06].
Les prlvements sont effectus dans l'intervalle horaire allant de 9h 10h 30, et toujours au
mme endroit du site.
Les flacons striliss et tiquets, sont plongs sous l'eau une profondeur de 10 30cm. Ils
sont ouverts sous l'eau, et sont remplis jusqu'au bord, ensuite, le bouchon est galement plac sous
l'eau de telle faon qu'il n'y est aucune bulle et qu'il ne soit pas ject au cours du transport [06].

1.4. Transport et conservation des chantillons :


L'analyse bactriologique doit tre effectue le plus rapidement possible, dans un dlai ne
dpassant pas 8 heures, aprs la prise des chantillons. Au cours des priodes chaudes, quand la
temprature extrieure est suprieure 10C, le transport des chantillons est effectu dans une
glacire dont la temprature doit tre entre 4 et 6C [04,06].

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

2. Mesure de pH des chantillons :


Le pH est mesur par mthode lctromtrique avec l'lectrode de verre. Le pH-mtre est
talonn directement en unit de pH.
L'eau analyser est amene au contact de l'lectrode de verre, qui doit tre rince l'eau
distille avant et aprs la mesure de pH de chaque chantillon. La lecture est faite aprs stabilisation
de la valeur de pH [06].

3. Analyse microbiologique de l'eau de mer :


Actuellement, le contrle bactriologique de l'eau est bas sur la technique de filtration sur
membrane. Cependant cette technique n'est pas t utilise dans le rcent travail par manque de
moyens.
Le travail a t limit sur la recherche slective de certaines bactries au dtriment d'autres,
selon la disponibilit de milieux de culture et de ractifs.
Les dilutions dcimales des diffrents chantillons sont effectues aprs le choix dune gamme
de dilutions, qui a t faite aprs un essai prliminaire sur des chantillons de l'eau de mer des
diffrents sites effectus au mois de fvrier 2003. Les dilutions retenues vont de 10-1 10-4 [06].

prparation des dilutions :


Diffrentes dilutions de 10-1 jusqu' 10-4 sont prpares avec de l'eau physiologique strile
rpartie raison de 9 ml par tube.
L'chantillon d'eau de mer est agit soigneusement afin d'obtenir une suspension homogne de
bactries.
A l'aide d'une pipette strile, prlever 1 ml de l'chantillon mre, l'introduire dans un premier
tube. A partir de cette dilution 10-1 ainsi prpare, prlever 1 ml avec une nouvelle pipette strile,
l'introduire dans un deuxime tube, ralisant ainsi la dilution 10-2, et continuer ainsi jusqu'
l'obtention de la dilution 10-4. Il faut bien homogniser la solution ainsi dilue en l'aspirant et la
refoulant avec la pipette.
Au fur et mesure de chaque dilution, diffrents milieux sont ensemencs [88].

3.1. Analyse quantitative :


3.1.1. Dnombrement de la microflore arobie msophile totale (germes
totaux) : Mthode par ensemencement en surface sur milieu glos :
Principe :
Un faible volume d'chantillon est rparti avec un taleur strile, sur la surface d'un milieu
strictement dfini et non slectif. La lecture est faite aprs 24 heures d'incubation 37C [04].

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

Milieu de culture :
La glose tryptone-glucose-extrait de levure (T.G.E.A) [M1] permet la croissance des
microorganismes arobies et aro-anarobies facultatifs ne prsentant pas d'exigences particulires
[06].
Mode opratoire : [04]
- Prlever une prise d'essai de 0,1 ml de l'chantillon analyser, et la dposer la surface du
milieu en bote de Ptri.
- Etaler soigneusement la goutte sur la surface du milieu.
- Procder de mme, pour les diffrentes dilutions : 10-1,10-2, 10-3, 10-4.
- Les botes ensemences sont incubes 37C pendant 24 heures.
Lecture :
Le comptage de micro-organismes contenus dans 1 ml d'chantillon n'est autre que le nombre
de colonies comptes, multipli par 10, et ventuellement par l'inverse du rapport de dilution [04].
Le nombre de germes totaux retenu est la moyenne arithmtique des nombres de germes
trouvs pour les diffrentes dilutions. Les rsultats sont exprims en nombre d'units formant
colonies (U.F.C) par millilitre d'eau et sont rapports ensuite au nombre d'U.F.C par 100 ml d'eau
[06] .

3.1.2. Dnombrement des germes indicateurs de contamination fcale:


3.1.2.1. Dnombrement des coliformes totaux, et des coliformes fcaux :
La mthode choisie est la colimtrie par inoculation en milieux liquides (fermentation en tubes
multiples).
Cette technique d'numration des coliformes est utilise depuis plus de 80 ans pour le suivi de
la qualit de l'eau [127].
Principe :
Elle consiste en l'ensemencement de plusieurs dilutions de l'chantillon, chacune dans une srie
de tubes contenant un milieu de culture non vritablement slectif, mais permettant de mettre en
vidence la fermentation du lactose avec production du gaz.
Ensuite, repiquer partir des tubes positifs sur un milieu de confirmation et incuber 44C. La
dtermination du nombre caractristique (nombre de tubes positifs pour chaque dilution) permet
l'tablissement du nombre le plus probable de coliformes [04].
Milieux de culture :
- Le bouillon lactos au pourpre de bromocrsol (B.C.P.L) simple concentration S/C et
double concentration D/C [M2,M3] permet de rechercher et de dnombrer les coliformes par la
fermentation du lactose et la production de gaz [02].

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

- Le milieu de Schubert [M4] est un milieu plus spcifique que le B.C.P.L, car il contient un
inhibiteur de bactries Gram (+) et une autre source de carbone qui est le mannitol au lieu du
lactose. il permet d'identifier rapidement Escherichia coli par la mise en vidence de la production
d'indole [104].
Mode opratoire :
La colmetrie comporte deux temps:

la recherche prsomptive des coliformes.


la recherche confirmative des coliformes fcaux.

Le dnombrement est effectu suivant la mthode du nombre le plus probable (N.P.P).

1) Test prsomptif : dnombrement des coliformes totaux :


Le systme d'ensemencement choisi consiste ensemencer des dilutions successives de l'eau
analyser (10-1, 10-2, 10-3), raison de 3 tubes de B.C.P.L par dilution c--d, ensemencer:
-

3 tubes de 10ml de bouillon double concentration (D/C) avec 10 ml d'eau dilue 1/10.
3 tubes de 10 ml de bouillon simple concentration (S/C) avec 1 ml d'eau dilue 1/10.
3 tubes de 10 ml de bouillon simple concentration (S/C) avec 1 ml d'eau dilue 1/100.
Tous les tubes sont munis des cloches de Durham pour mettre en vidence le dgagement du

gaz.
Aprs inoculation, agiter pour homogniser sans faire pntrer d'air dans la cloche de Durham
et incuber 37C pendant 48 heures [04].
Lecture :
Considrer comme positifs (c--d pouvant contenir des coliformes) les tubes o il se produit
simultanment :
- un trouble dans toute la masse liquide
- un dgagement de gaz dans la cloche (qui doit occuper le 1/10 du volume de la cloche).
- un virage au jaune de l'indicateur color (la fermentation du lactose se manifeste par la
production d'acide entranant le virage du pourpre de bromocrsol au jaune).
Dnombrer dans chaque srie le nombre de tubes positifs. Reporter la table de Mac Grady
(Annexe N03) pour dterminer le nombre de coliformes totaux prsents dans 100 ml dchantillon.
Le rsultat donn par la table est multipli par 10 [02,04].

Remarque :
Les rsultats de cette premire tape de recherche doivent tre confirms, car de fausses
ractions peuvent se produire ce niveau :

De fausses ractions positives dues aux Bacillus, et Clostridium et autres bactries


non coliformes fermentant le lactose [06].
De fausses ractions ngatives en prsence de nombres levs en bactries non
coliformes [127].

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

2) Test confirmatif : dnombrement des coliformes fcaux :


La confirmation de la prsence de coliformes est ralise partir des tubes d'inoculation
positifs, sur un milieu plus spcifique: milieu de Schubert [06].
Ensemencer partir de chaque tube B.C.P.L positif 2 3 gouttes dans un tube de milieu de
Schubert muni d'une cloche de Durham, incuber 44C pendant 24 h [02].
Lecture :
Sont considrs comme positifs les tubes prsentant simultanment: une pousse bactrienne et
un dgagement du gaz dans la cloche [04].
Noter le nombre des tubes positifs et exprimer le rsultat selon la table de Mac Grady pour
dterminer le nombre le plus probable (N.P.P) de coliformes fcaux par 100 ml d'chantillon [02].

3.1.2.2. Dnombrement des streptocoques fcaux :


Ce dnombrement est fait selon la mthode par ensemencement en milieu liquide en tubes pour
la dtermination du N.P.P.
Principe :
Comme pour les coliformes, ce dnombrement est bas sur l'utilisation de deux milieux
liquides dits: prsomptif et confirmatif [06]. Alors que le tube primaire contient dj une certaine
quantit d'azide de sodium, le repiquage partir des tubes positifs sur un milieu nettement plus
inhibiteur (plus forte concentration en azide de sodium, et prsence d'thyle violet) ne permet que le
dveloppement des streptocoques fcaux [04].
Milieux de culture :
- Le milieu de Rothe simple concentration (S/C) et double concentration (D/C) [M5,M6]
contient comme agent slectif l'azide de sodium qui est un inhibiteur des bactries Gram (-) [104].
- Le milieu de Litsky [M7] contient en plus de l'azide de sodium une faible concentration en
cristal violet qui freine le dveloppement d'autres bactries Gram (+), alors qu'il ne gne pas celui
des streptocoques. Les autres composants du milieu assurent un dveloppement optimal des
streptocoques [04,128].
Mode opratoire :
Cette recherche est effectue par deux tests :

1) Test prsomptif :
Ce test consiste en l'inoculation du milieu de Rothe comme suit :
- Ensemencer 3 tubes de 10 ml du bouillon D/C avec 10ml d'eau dilue 1/10.
- Ensemencer 3 tubes de 10 ml du bouillon S/C avec 1 ml deau dilue 1/10.
- Ensemencer 3 tubes de 10 ml du bouillon S/C avec 1 ml d'eau dilue 1/100 [02].

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

Homogniser soigneusement le contenu des tubes, en assurant que la teinte du bouillon est
uniforme en haut et en bas du tube. Incuber 37C pendant 48 h.
Les tubes prsentant un trouble microbien sont prsums contenir des streptocoques fcaux et
sont soumis au test confirmatif [04].

2) Test confirmatif :
Aprs homognisation des tubes positifs, prlever de chacun d'eux, 2 3 gouttes et les
introduire dans des tubes contenant le milieu de Litsky. Incuber 37C pendant 48h [04].
Lecture :
L'apparition d'un trouble microbien confirme la prsence de streptocoques fcaux. Parfois, la
culture s'agglomre au fond du tube en fixant le colorant et en formant une pastille violette de
signification identique celle du trouble [04].
Noter le nombre de tubes positifs dans chaque srie et se rapporter la table de Mac-Grady
pour dterminer le N.P.P de streptocoques fcaux prsents dans 100 ml d'eau. Le rsultat donn par
la table est multipli par 10 [02].

3.1.2.3. Recherche et dnombrement des bactries anarobies (Clostriduim


sulfito-rducteurs) :
La recherche est ralise selon la mthode par incorporation en milieu glos.
Principe :
Les bactries anarobies, sulfito-rductrices ont la proprit de rduire le sulfite de sodium en
sulfure, cette proprit est mise profit dans les milieux de culture solides prpars, avec une
composition tablie en tenant compte d'un volume dtermin d'eau incorpore.
Aprs destruction des formes vgtatives, par chauffage 80C, en ne laissant subsister que les
formes sporules, l'chantillon est incorpor un milieu de base fondu, rgnr, additionn de
sulfite de sodium et de sels de fer. Aprs solidification et incubation, la prsence des germes sulfitorducteurs se traduit par un halo noir autour des colonies, du la formation de sulfure de fer
[04,23].
Milieu de culture :
La glose viande-foie (V.F) [M8] additionne de sulfite de sodium et d'alun de fer permet le
dnombrement des spores de Clostriduim sulfito-rducteurs, pouvant tre prsents dans l'eau
analyser [128].
Mode opratoire : [04,105]
- Agiter soigneusement l'eau analyser.
- Rpartir l'aide d'une pipette gradue strile 25 ml d'eau dans des tubes striles raison de 5
ml par tube.
- Porter les tubes au bain-marie 80 C, pendant 10 min.
- Refroidir immdiatement l'eau du robinet.

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

- Faire pralablement fondre 250 ml du milieu viande-foie, ajouter aprs refroidissement 12,5
ml de la solution de sulfite de sodium 5%, et 2,5 ml de la solution d'alun de fer 5%,
mlanger sans faire des bulles.
- Couler la glose viande-foie sulfite, dans chacun des tubes contenant l'eau traite, remplir
et mlanger doucement sans incorporer d'air. Laisser solidifier sur la paillasse
- Incuber 37C pendant 48h avec une premire lecture 24h.
Lecture et expression des rsultats :
Considrer comme rsultant d'une spore de bactrie anarobie sulfito-rductrice toute colonie
noire entoure d'un halo noir. La taille des colonies varie selon l'espce bactrienne: Clostriduim
perfringens produit des colonies de grandes tailles (3 5 mm de diamtre en 18h [04,128].
Le nombre de colonies par tube est dtermin aprs 48h. L'addition des 5 chiffres obtenus,
donne le nombre de spores de Clostridium sulfito-rducteurs contenus dans 25 ml de l'chantillon
mre. Le rsultat final est exprim par 100 ml d'eau analyse [02].

3.2. Recherche des germes pathognes :


La recherche des germes pathognes n'est pas entreprise en pratique courante dans les analyses
de routine des eaux; elle a une importance particulire lors d'enqutes pidmiologiques. Dans cette
tude, on s'intresse la recherche de certains germes pathognes responsables d'infections
d'origine hydrique, afin d'valuer les niveaux de contaminations possibles, et ventuellement
d'valuer la rsistance vis--vis des antibiotiques.
Les germes recherchs sont choisis dans les limites des moyens disponibles (milieux de culture,
systme d'identification et antibiotiques). Les micro-organismes pathognes recherchs sont:
Escherichia coli, Salmonella, Shigella, Vibrio, Staphylocoques pathognes et Pseudomonas.

3.2.1. Recherche d'Escherichia coli pathogne :


Principe :
L'eau est ensemence par talement en surface sur un milieu non slectif. La lecture est faite
aprs 24 48 h d'incubation [02].
Milieu de culture :
La glose lactose au pourpre de bromocrsol (B.C.P) [M9] est un milieu non slectif, utilis
pour la dtection et l'isolement des Entrobactries. Ce milieu permet ainsi la pousse de bactries
non exigeantes. La fermentation du lactose rvle par le virage de l'indicateur color de pH, le
pourpre de bromocrsol, qui en milieu acide devient jaune, est le critre de diffrenciation.
Ce milieu contient des inhibiteurs contre l'envahissement de la bote par les nappes de Proteus
[129].
Mode opratoire :
Prlever 0,1 ml d'eau de mer, dposer la surface de glose et taler l'aide d'un taleur strile.
Incuber 37C pendant 24 48h [04].

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

Lecture :
La fermentation du lactose se traduit par le virage du pourpre de bromocrsol au jaune.

Les colonies lactose (+) sont jaunes.


Les colonies lactose (-) sont bleues violaces [129].

Parmi les colonies lactose (+) :


Klebsiella et certains Enterobacter donnent des colonies muqueuses.
La plupart des E. coli et des Citrobacter donnent des colonies transparentes non
muqueuses [130].

Isolement :
L'isolement se fait partir des colonies lactose positives, ayant les caractristiques dE. coli.
Un premier repiquage est ralis par ensemencement en stries, d'une colonie sur une glose
B.C.P. Aprs 18 24h d'incubation 37C, un deuxime repiquage est effectu sur le mme milieu,
dans le but de purifier la culture. Ainsi, les cultures pures obtenues seront soumises une
identification biochimique [02].

Identification d'E. coli:


1. Coloration de Gram :
Principe :
Cette coloration permet de diviser les bactries en deux groupes: Gram positifs et Gram
ngatifs. Celles qui retiennent le violet de Gentiane aprs l'action de l'alcool sont Gram (+), celles
qui sont dcolores et prennent ensuite la couleur d'un second colorant sont dites Gram (-).
Cette mthode est base sur la diffrence de structure de la paroi chez les deux groupes: fortes
proportions de lipides (20%) chez les Gram (-), faibles proportions chez les Gram (+) [131].

Technique amricaine dite Gram Hucker :

- Prparer un frottis partir d'une culture bactrienne pure, et la fixer la chaleur par passages
rpts sur la flamme du bec Bunsen.
- Recouvrir le frottis de violet de Gentiane; laisser agir 1 minute, rincer l'eau.
- Verser du Lugol et laisser agir pendant 1 minute; rincer l'eau.
- Dcolorer lalcool 95, entre 15 et 30 min ; rincer leau.
- Recolorer avec de la fuschine pendant 10 30 secondes; rincer l'eau.
- Scher au dessus de la flamme d'un bec Bunsen.
- Observer l'objectif (x100) immersion aprs dpt dune goutte dhuile de cdre.
Les bactries "Gram positif" apparaissent en violet fonc, tandis que les bactries "Gram
ngatif" se colorent en rose ou rouge [88].

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

2. Recherche de l'oxydase :
Principe :
L'oxydase : enzyme intervenant dans divers couples d'oxydo-rduction. La recherche de la
phnylne-diamine-oxydase qui agissant sur un substrat incolore, entrane la formation d'une
semiquinone rouge. Cette dernire trs instable, s'oxyde rapidement en donnant un compos
noirtre [128].
Technique :
- Dposer sur une lame propre un disque d'oxydase, et l'imbiber avec une goutte d'eau
physiologique strile.
- Prlever une colonie l'aide d'une pipette Pasteur et l'taler sur le disque. En prsence
d'oxydase, une coloration violet-brun apparat immdiatement ou en quelques secondes puis
devient noire [04,88].
Si le test oxydase est ngatif, et si l'examen microscopique montre la prsence de bacilles
Gram (-), la prsence de coliformes est confirme donc, on continue la recherche et l'identification
d'E.coli en faisant les tests suivants :

3. Recherche de la fermentation du glucose ;


Recherche de l'utilisation du lactose;
Recherche de la production d'hydrogne sulfur;
Recherche de la production du gaz;
Pour effectuer ces recherches, on utilise le milieu Hajna-Kligler (K.I.A) [M10] ou le milieu
T.S.I (triple sugar iron) [M11]; ce dernier permet en plus, la recherche de la fermentation du
saccharose.
Principe :
Deux glucides sont trouvs dans le milieu de Hajna-Kligler, le glucose et le lactose.
L'utilisation des glucides par une bactrie suit toujours la loi de la diauxie: quand une bactrie est
capable de cataboliser deux glucides dont le glucose, elle utilise dans un premier temps le glucose
jusqu' son puisement dans le milieu. Elle utilisera ensuite le deuxime glucide (ici le lactose).
La technique particulire d'ensemencement du milieu permet de distinguer les phnomnes
selon leur lieu, pente ou culot [129].
En plus des deux sucres, le milieu K.I.A contient un indicateur de pH, le rouge de phnol, qui
vire au jaune par acidification du milieu, due l'utilisation des sucres.[44] Par ailleurs, la rduction
du thiosulfate en anarobiose par certaines Entrobactries se traduira par la formation du sulfure de
fer noir en prsence du citrate ferrique [128].
Technique :
A partir d'une culture pure et jeune, ou partir d'une suspension bactrienne, ensemencer
abondamment la pente par stries, puis le culot par piqre centrale. Incuber 37C [132].

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

Lecture :
1) Utilisation des sucres :
Sur la pente : l'utilisation de la source de carbone est arobie. Le principal acide produit est le
dioxyde de carbone.
On peut distinguer plusieurs cas de figure :
Les bactries glucose (-) alcalinisent le milieu en utilisant les peptones.
Les bactries glucose (+) et lactose (+) acidifient le milieu.
Les bactries glucose (+) et lactose (-) acidifient le milieu dans un premier temps par
utilisation du glucose. le glucose tant en faible concentration il sera rapidement puis.
Les bactries utilisent les peptones, ce qui conduit une alcalinisation du milieu.
Dans le culot : l'utilisation de la source de carbone est anarobie. Les principaux acides
organiques produits sont non volatils ; ils restent enferms dans la glose.

Les bactries glucose (-) laissent le milieu alcalin en utilisant les peptones. Ces bactries
sont en gnral arobies strictes, et la culture sera normalement nulle dans le culot.
Les bactries glucose (+) et lactose (+) acidifient le milieu.
Les bactries glucose (+) et lactose (-) acidifient dans un premier temps le milieu par
utilisation du glucose. Comme sur la pente, le glucose est en faible concentration et il sera
rapidement puis. Les bactries utiliseront alors les peptones en alcalinisant le milieu.
Cependant les acides produits par fermentation sont des acides relativement forts et le
milieu reste acide.

2) Production d'H2S :
La prsence de thiosulfate de sodium et de citrate ferrique dans le milieu K.I.A permet
d'apprcier la capacit des bactries produire de l'H2S partir du thiosulfate. Cette production est
matrialise par la formation la limite du culot et de la pente d'un prcipit noir de sulfure de fer.
Dans le cas de dgagement trs abondant, toute la partie infrieure du tube peut tre noircie [129].
3) Production de gaz :
Elle se manifeste par l'apparition des bulles de gaz dans le culot, parfois mme une surlvation
de la glose [132].
Rsultats :
a) Bactrie de type fermentatif du glucose et lactose (+) : culot jaune et pente jaune.
b) Bactrie de type fermentatif du glucose et lactose (-) : culot jaune et pente rouge.
c) Bactrie de type oxydatif du glucose ou glucose (-) et lactose (-) : culot rouge et pente
rouge.
d) Bactrie de type oxydatif du glucose et lactose (+) : culot rouge et pente jaune. Ces
bactries sont arobies strictes : le culot ne doit pas prsenter de culture et sera donc
rouge. La pente peut prsenter une culture et sera jaune si l'acidification est suffisante et
rouge dans le cas contraire [129].

4. Utilisation du citrate:
Principe :

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

Ce test dtermine la capacit qu'a une bactrie d'utiliser le citrate comme une seule source de
carbone.
Le milieu utilis est le milieu citrate de Simmons [M12]. Il contient le citrate de sodium
comme source de carbone, et le phosphate d'ammonium comme source d'azote [132].
L'utilisation du citrate comme unique source de carbone, est une utilisation arobie et se
traduira par une alcalinisation du milieu.
L'quation de l'oxydation par respiration arobie du citrate est: [129].

2 C6H5O7-3 + 9 O2

12 CO + 2 H O + 6 OH

Technique :
L'ensemencement de la pente se fait par une strie longitudinale, au fil droit, partir d'une
suspension bactrienne. Ne pas visser le bouchon fond, afin de permettre les changes gazeux.
Incuber pendant 24heures voire 3 4 jours, 37C.
Lecture :
Seules les espces capables d'utiliser le citrate de sodium comme unique source de carbone et
d'nergie, cultiveront sur le milieu citrate de Simmons. Elles possdent une enzyme permase [132].

Les bactries citrate (+) alcalinisent le milieu entranant le virage de l'indicateur de pH (le bleu
de bromophnol) au bleu.
Les bactries citrate (-) ne donnent aucune culture et la couleur du milieu reste inchange [129].

5. Fermentation du mannitol et mise en vidence de la mobilit :


Principe :
Cette tude se fait sur le milieu mannitol mobilit [M13], qui contient du mannitol et un
indicateur de pH : le rouge de phnol [132].
Technique :
L'ensemencement se fait par piqre centrale l'aide d'un fil droit. Incuber pendant 24heures
37C [129].
Lecture :
La fermentation du mannitol entrane le virage de l'indicateur de pH au jaune, par acidification
du milieu.
La mobilit de la bactrie se traduit par la formation d'un voile autour de la piqre [132].

6. Recherche de l'indole :
Principe :

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

Certaines bactries dgradent le tryptophane en indole grce une tryptophanase, la culture


est effectue sur un milieu riche en tryptophane: l'eau peptone exempte d'indole [M14]. Lindole
produit sera rvl par le ractif de Kovacs [128].
COOH
+ CH3-CO-COOH + NH3
NH2
N
H
Tryptophane

N
H
Indole

Technique :
Ensemencer un tube d'eau peptone exempte d'indole. Aprs incubation pendant 24heures
37C, ajouter quelques gouttes de ractif de Kovacs, agiter lgrement et laisser le ractif remonter
la surface. La lecture est immdiate. Lorsqu'il y a production d'indole, ce compos est extrait de
la culture par le ractif qui se rassemble en une couche rose ou rouge la surface. Si la coloration
de ractif est inchange, la raction indole est ngative [02].

7. Etude de la voie de fermentation du glucose : test Voges Proskauer (VP)


- Rouge de mthyle (RM):
Technique :
Ensemencer largement le milieu Clark et Lubs [M15]. Aprs incubation 37C pendant
24heures, partager la culture en deux tubes l'un pour le test VP et l'autre pour le test RM.

7.1. Test RM :
Principe :
Ce test dtermine si la bactrie suit la voie des acides mixtes quand la fermentation du glucose
conduit la production de nombreux acides organiques plus ou moins forts (acides : succinique,
malique, oxalique, actique, butyrique, formique), du CO2 acide faible et volatil. Le test RM
consiste apprcier le pH du milieu aprs 24 heures de culture, par un indicateur de pH qui est le
rouge de mthyle. Cet indicateur est jaune pH >7 et rouge pH<4,5 [129].
Lecture :
Ajouter 2 3 gouttes de rouge de mthyle.

Une raction RM (+) se traduit par une coloration du milieu au rouge, ce qui signifie une forte
acidification. Donc la bactrie suit la voie des acides mixtes, elle est dite RM (+).
Une raction RM (-) se manifeste par coloration du milieu au jaune, ce qui indique une faible
alcalinisation, due la production d'acides organiques relativement faibles et plutt du CO2,
par la voie butane-diolique. La bactrie est dite RM (-).[129].

7.2. Test Voges Proskauer :

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

Principe :
Ce test dtecte la capacit qu'a une bactrie de produire de l'actone (actyl mthylcarbinol).
Dans cette voie, la fermentation butanediolique conduit des quantits moins importantes d'acides
organiques, une proportion non ngligeable du pyruvate tant transforme en actone, rduite en
gnrale en butanediol.
La raction VP consiste mettre en vidence, par une raction colore, le butanediol et
l'actoine [129].
En prsence d'une base forte, l'actone donne une coloration rouge [02].

CH3- CHOH-CO-CH3

CH3-CO-CO-CH3
Diactyl

Actone
Lecture :

Ajouter successivement les ractifs: VP1 (alpha-naphtol) 5% dans l'alcool, et VP2 (hydroxyde
de sodium ou de potassium) 40%. Incliner le tube pour permettre une bonne oxygnation.
Attendre quelques minutes une heure. [129,132].
Une raction VP (+) se manifeste par une coloration rose ou rouge, donc la bactrie suit la voie
de l'actyle mthylcarbinol, elle est dite: VP (+).

8. Recherche de l'urase et la tryptophane dsaminase (T.D.A) :


Ces deux tests sont raliss sur le milieu de Ferguson: milieu ure-indole [M16].
Technique :
Ensemencer abondamment 0,5 ml du milieu ure-indole. Incuber 37C pendant 18 24h.

8.1. Recherche de l'urase :


Principe :
Toutes les bactries hydrolysent l'ure :

CO

NH2

HOOC-NH2 + NH3

+ H2 O

NH2

Seule une urase trs active aboutit finalement la raction :


HOOC-NH2

CO2 + NH3

CO2 et NH3 se combinent donnant du carbonate d'ammonium :

CO2 + 2NH3 + H2O

CO3(NH4)2

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

Le carbonate d'ammonium form alcalinise les milieux.


La recherche de l'urase consiste constater l'alcalinisation du milieu, due l'utilisation de
l'ure comme source d'azote, par la bactrie [128].
Lecture :
La prsence d'urase se traduit par le virage de l'indicateur de pH, le rouge de phnol, au rouge
violac ou au rose-rouge. Ce virage est du l'alcalinisation du milieu.
Une raction urase (-) est dduite, si la coloration du milieu ne change pas, ou vire vers le
jaune citron. [02].

8.2. Recherche de la T.D.A :


Principe :
La dsaminase agit sur le L-tryptophane en donnant l'acide indole-pyruvique :
COOH

COOH
CO
N
H

NH2

L-Tryptophane

+ NH3

N
H
Acide indole-pyruvique

L'acide indole pyruvique donne avec le perchlorure de fer une coloration brune rouge [128].
Lecture :
Ajouter 2 gouttes du ractif de T.D.A: le perchlorure de fer dilu au 1/3.

Une raction T.D.A (+) se manifeste par une coloration brun-rouge avec prsence d'un
prcipit.

Une raction T.D.A (-) est constate si la coloration du milieu est jaune orange [02].

9. Dgradation des acides amins: recherche des (lysine, ornithine)


dcarboxylases : LDC et O.D.C :
Principe:
Ce test dtecte la capacit qu'a une bactrie de produire des dcarboxylases (L.D.C et O.D.C),
enzymes qui dcarboxylent respectivement la lysine et l'ornithine en cadavrine et putrescine.

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

Le test est ralis sur des milieux liquides contenant le glucose, l'acide amin considr et
l'indicateur de pH: le pourpre de bromocrsol.
Le principe de ce type de test est le suivant: dans un premier temps, les bactries fermentent le
glucose et le milieu s'acidifie. Dans un deuxime temps, les enzymes actifs sur les acides amins
mentionns, et dont l'action est favorise par le pH acide, forment partir des acides amins des
substances alcalines. L'indicateur de pH devient jaune pH=5,4, et violet pH=7.
A noter qu'il faut prvoir un tmoin qui, contient seulement le glucose et l'indicateur de pH. Ce
tmoin doit devenir et rester jaune [132].
Technique :
Ensemencer deux 3 gouttes de la suspension bactrienne, trois tubes contenant
respectivement:
milieu Moller + lysine (L.D.C) [M17]
milieu Moller + ornithine (O.D.C) [M18]
milieu Moller (tmoin).
Recouvrir le milieu d'une couche de vaseline strile pour crer l'anarobiose. Incuber 37C
pendant 24 heures [132].
Lecture :

Un milieu mauve ple violet fonc avec culture, indique la prsence d'une
dcarboxylase.

Un milieu jaune montre la fermentation du glucose et l'absence d'une dcarboxylase [133].

10. Recherche de la galactosidase :


C'est une recherche complmentaire l'tude de la dgradation du lactose; elle est encore
appele test ONPG (orthonitrophnyl- -D- galactopiranoside) [88].
Principe :
Le test ONPG permet de dtecter l'enzyme capable de scinder la molcule du lactose en
glucose et galactose.
Son principe repose sur le fait que l'ONPG, analogue structural du lactose, incolore s'hydrolyse
par l'ONPG hydrolase, en galactose, et en orthonitrophnol, compos soluble jaune [88,128].
Technique :
Prparer une suspension bactrienne laiteuse dans 0,5 ml d'eau physiologique strile. Plus la
suspension sera dense, plus rapide sera la raction
Ajouter un disque d'ONPG, et incuber 37C jusqu' 24 heures au maximum. La raction peut
se montrer positive pour des temps d'incubation variant entre quelques minutes et 24 heures [88].

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

Lecture :
Une coloration jaune citrine indique un test ONPG (+).
Une absence de coloration signifie un test ONPG (-) [88].

11. Recherche des enzymes respiratoires :


11.1. Recherche de la catalase :
Principe :
La catalase est une enzyme qui catalyse la dcomposition du peroxyde d'hydrogne (H2O2) en
eau et en oxygne, selon la raction suivante:

2H2O2

catalase

2H2O + O2

La catalase est synthtise par la plupart des bactries arobies, elle limine l'H2O2 produit au
cours du mtabolisme arobie en empchant son accumulation, vue sa ltalit pour la cellule
bactrienne [132].
Technique :
Sur une lame porte-objet, dpos une goutte d'H2O2 10 volumes; puis dissoudre une colonie
de la bactrie, prleve sur la culture en milieu glos [88].
Lecture :
La prsence de la catalase se marque par un dgagement immdiat des bulles gazeuses [132].

11.2. Recherche de la nitrate rductase :


Principe :
Certaines bactries peuvent utiliser les glucides en anarobiose en prsence d'un accepteur
d'hydrogne qui peut tre l'ion NO3. Ces bactries possdent une enzyme spciale, la nitrate
rductase, qui catalyse la rduction des nitrates (NO3-) en nitrites (NO2-), elle est recherche selon
la raction de Griess : [80]

2H

H2O
-

NO2 + H+

NO3 + H+
Nitrate rductase

Technique :

Ensemencer un tube de bouillon nitrat (1 de KNO3) [M19] partir de la suspension


bactrienne. Incuber pendant 24 heures 37C [80].
Lecture :
Aprs avoir vrifi la prsence de culture ajouter 4 gouttes de chacun des ractifs de Griess :

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

Nit I et Nit II. Ces ractifs se combinent tout nitrite prsent pour former un colorant rouge
grenadine.

L'apparition d'une telle coloration ou une coloration rose est signe de transformation de
nitrates en nitrites. L'espce est alors, nitrate rductase (+).
Labsence de coloration ne signifie pas obligatoirement que l'espce est NR (-). Elle peut
signifier deux cas :
a) les nitrates n'ont pas t rduits ;
b) les nitrites sont forms, mais ont t ensuite, rduits, en azote, c--d que la bactrie a
dpass le stade de nitrites

Pour distinguer entre ces deux possibilits, on procde un test confirmatif, c'est la raction
de Zoo-Bell.
Il consiste tester le milieu pour la prsence de nitrates en ajoutant une pince de poudre de
zinc, rducteur de nitrates.

s'il persiste de nitrates dans le milieu, le zinc va les rduire en nitrites, et la coloration apparat,
l'espce sera alors dfinitivement NR(-)
si au contraire, les nitrites ont t dgrads, le milieu reste incolore, et l'espce est dite alors
NR(+) [132,133].

3.2.2. Recherche de Salmonella et de Shigella :


Principe:
La mthode de recherche des ces deux bactries, dcoule de deux donnes :

d'une part leur prsence en nombre relativement faible dans les eaux, ainsi que leur difficult
d'y survivre.
d'autre part, l'existence habituelle d'un nombre important de germes d'accompagnement
d'origine fcale (coliformes, streptocoques) ou non (Pseudomonas, Achromobacter,etc).
Ces germes ont tendance supplanter les germes pathognes, qui disparaissent rapidement.

Ces constatations entranent l'obligation d'utiliser des milieux d'enrichissement slectifs dans le
but d'inhiber le dveloppement des autres bactries [04].
Milieux de culture :
a) milieu d'enrichissement :
Le bouillon au slnite (S.F.B) ou milieu de Leifson [M20], ensemenc avec un produit
polymicrobien renfermant des Salmonella, permet d'augmenter la proportion de ces derniers et
d'inhiber la croissance des bactries coliformes et des entrocoques dans les 12 heures suivant le
dbut de l'incubation; ensuite, l'action inhibitrice diminue lentement. Salmonella et Proteus en
revanche sont peu inhibs ds le dbut [134].
b) milieux d'isolement :
-La glose Hektoen [M21] : la prsence de l'extrait de levure, de sucres et de peptones dans
ce milieu favorise la croissance de Salmonella et de Shigella ; des sels biliaires assurent le pouvoir

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

slectif en limitant le dveloppement des coliformes et de Proteus [128].


Le milieu Hektoen contient trois types de glucides: la saliciline, le saccharose et le lactose.
L'orientation de l'identification des colonies isoles est fonde sur l'attaque de ces trois glucides, les
Salmonelles et les Shigelles n'attaquant aucun de ces glucides.
Un autre caractre biochimique que l'on peut suivre sur ce milieu est la production d'H2S
partir de thiosulfate. Elle se traduit par l'obtention des colonies centre noire, coloration due la
formation de sulfate de fer. Deux indicateurs sont prsents dans le milieu: le bleu de bromothymol,
et la fuschine acide qui se colore en prsence d'aldhyde, on observe alors une teinte saumone si la
souche utilise un ou plusieurs glucides prsents [129].
-La glose Salmonella-Shigella (S-S) [M22] : ce milieu contient trois inhibiteurs : sels
biliaires, vert brillant et forte concentration en citrate de sodium. Ceux-ci empchent la pousse de
toutes bactries Gram (+), et rendent difficile la croissance des bactries Gram (-) autres que
Salmonella et Shigella. Le milieu contient du lactose dont la fermentation est rvle par le virage
de l'indicateur color, le rouge neutre, sa teinte acide. Il contient aussi de thiosulfate partir
duquel les bactries qui en sont capables de pousser peuvent produire H2S, qui sera rvl par le
citrate ferrique. Si la bactrie produit l'H2S, en prsence du fer III, un prcipit noir se forme au
centre de la colonie [129].
Mode opratoire :
La recherche de Salmonella et de Shigella comporte plusieurs tapes:
1- Enrichissement : introduire 1 ml de l'chantillon d'eau dans 10 ml de S.F.B. Incuber 37C
pendant 24h [02].
2- Isolement : partir du bouillon d'enrichissement, effectuer des isolements sur les deux milieux:
S-S et Hektoen. Incuber 37C pendant 24 48h [04]
3- Lecture : aprs 24heures, il est possible de diffrencier les colonies lactose (+), et au bout de
36 48h, toutes les colonies ont gnralement leurs aspects caractristiques selon le milieu
d'isolement [04]. Les bactries seront suspectes sur la base de laspect des colonies sur chacun
des milieux comme il sera montr dans les tableaux 16 et 17.
4- Identification : tout type de colonies dont l'aspect est caractristique ou douteux, doit tre
soumis une confirmation [04] Pour cela, on procde aux mmes tests d'indentification que
ceux raliss pour la recherche d'E.coli.

Tableau (16): Lecture sur la glose S-S [133]


Aspects des colonies

colonies rouges

Signification
biochimique
Lactose (+)
H2S (-)

Bactries suspectes

Enterobacter
Klebsiella
Autres coliformes (E.coli)

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes
Lactose (+)
H2S (+)

Citrobacter freundii
Arizona

colonies incolores transparentes

Lactose (-)
H2S (-)

Salmonella H2S (-)


Shigella
Serratia
Alkalescens
E. Hafniae
Proteus morganii

colonies incolores centre noir

Lactose (-)
H2S (+)

Salmonella H2S (+)


Proteus vulgaris
Proteus mirabilis

colonies rouges centre noir

Tableau (17): Lecture sur la glose Hektoen [04,133]


Aspects des colonies

colonies jaune saumon

Signification biochimique

Saccharose et/ou lactose


et/ou salicine positives
H2S (-)

colonies jaune saumon centre noir

Saccharose et/ou lactose


et salicine positives

Bactries suspectes

E.coli
Citrobacter diversus
Klebsiella
Enterobacter
Serratia
Arizona
Levinea
Yersinia

Citrobacter freundii
Proteus vulgaris

Shigella
Salmonella H2S (-)
Providentia
Proteus morganii
Proteus rettgeri

Salmonella
Proteus mirabilis

H2S (+)

colonies vertes ou bleutres

Saccharose et lactose
et salicine ngatives
H2S (-)

colonies vertes bleutres centre noir

Saccharose et lactose
et salicine ngatives
H2S (+)

Remarque :
Les Pseudomonas peuvent se dvelopper sur la glose Hektoen, en donnant des petites
colonies bleu bruntre avec ventuellement un centre noir. Le Vibrion cholrique donne des
colonies jaune ros [04].

3.2.3. Recherche du Vibrion cholrique et des Vibrio :


Il est rare que la recherche du Vibrion cholrique dans les eaux en gnral prsente un intrt.
Par contre, quand une pidmie risque de se propager par la prsence de la maladie, il est utile de
procder des contrles dans les eaux de surfaces qui peuvent tre souilles par les selles de ces
malades [04].

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

Principe :
Aprs enrichissement en milieu hypersal, et aprs isolement d'une part sur un milieu non
slectif, d'autre part sur un milieu slectif, l'identification est base essentiellement sur des preuves
immunologiques [04].
Milieux de culture : [128]
a) milieu d'enrichissement :
L'eau peptone alcaline (E.P.A) [M23] freine la pullulation de la microflore secondaire qui
risque de gner l'isolement.
b) milieux d'isolement :
-Glose nutritive (G.N) [M24] : utilise comme milieu non slectif pour l'isolement du
vibrion cholrique.
-Glose hyperalcaline [M25] : la forte alcalinit du milieu inhibe largement les
entrobactries dans l'eau do son utilisation comme milieu d'isolement slectif.
Mode opratoire : [04,135]
1- Enrichissement :
Ajouter 1 ml de l'eau analyser dans un tube de 10 ml d'E.P.A. Incuber 37C pendant 3h.
Prlever en surface et ensemencer un nouveau milieu d'enrichissement. Incuber 37C pendant 3h.
2- Isolement :
Prlever la surface du dernier milieu d'enrichissement et ensemencer une bote de GN, et une
boite de glose hyperalcaline. Incuber 37C pendant 24h.
3- Identification :
Les colonies de Vibrion sont fines, blanches sur glose hyperalcaline, et fines transparentes sur
G.N. [24]81. L'identification est faite sur des colonies provenant de l'un et de l'autre de ces milieux
comme suit :
- Un examen microscopique entre lame et lamelle pour examiner la morphologie des
bactries : forme incurve, flagelle polaire unique, ainsi que la mobilit.
- Un examen microscopique aprs coloration de Gram montre que le bacille cholrique est
Gram ngatif.
- Une recherche de l'oxydase: le Vibrion est oxydase (+).
- Une galerie biochimique qui pourra tre une API 20E ou de prfrence une API NE.
- Un srotypage : c'est la confirmation par des preuves d'agglutination, pratiques l'aide de
srums agglutinants, prsents commercialement sous forme lyophilise ou liquide,
polyvalents ou monovalents.
Cette dernire tape n'a pas t effectue cause de la non disponibilit des srums
agglutinants.

3.2.4. Recherche des staphylocoques pathognes :

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

C'est surtout dans les eaux de baignade, que cette recherche prsente un intrt pratique [04].
Principe :
Aprs enrichissement en milieu contenant du tellurite de potassium comme inhibiteur, la
culture est faite sur un milieu de Chapman. Ce milieu, du fait de la haute concentration en chlorure
de sodium inhibe le dveloppement des germes Gram (-) et certaines bactries Gram (+) [128].
Milieux de culture :
a) milieu d'enrichissement :
Le bouillon de Giolitti Cantoni (G.C) [M26] additionn de tellurite de potassium 0,8, dont
laction du tellurite permet le dveloppement slectif de Staphylococcus [02].
b) milieu d'isolement :
Le milieu Chapman [M27] est un milieu slectif qui contient de fortes concentrations en NaCl
(75 g/l) permettant ainsi la croissance des germes halophiles et halotolrants, dont le genre
Staphylococcus. Il permet aussi d'tudier la fermentation du mannitol mise en vidence par virage
au jaune de l'indicateur color, le rouge de phnol [129].
c) milieux d'identification :
-Le bouillon cur-cerveau (B.H.I.B) [M28] est bien adapt la croissance des microorganismes, quelque soit leur mode respiratoire (arobiose ou anarobiose) [134].
-La glose Mueller-Hinton [M29] est utilise pour raliser le test la bacitracine dans le but
de diffrencier les staphylocoques des microcoques.
Mode opratoire :
1- Enrichissement :
Prparer d'abord le milieu d'enrichissement par addition de 15 ml de tellurite de potassium
0,8% dans un flacon de 250 ml de bouillon de Giolitti Cantoni. Ensemencer 3 tubes de 15 ml de ce
milieu avec 1ml des dilutions (100, 10-1, 10-2). Incuber 37C pendant 24 72heures. Aprs la
priode d'incubation, les tubes ayant virs au noir seront considrs comme positifs [02].
2- Isolement :
partir des tubes d'enrichissement positifs, effectuer des isolements sur milieu de Chapman.
L'ensemencent doit tre massif, en stries serres, ou par inondation. Incuber 37C pendant 24
36h [128,129].
3- Lecture :

Les colonies de Staphylococcus aureus sont de taille importante , elles s'entourent d'un halo
jaune du l'attaque du mannitol, et laborent souvent leur propre pigment dont la production
s'accentue aprs la sortie de l'tuve [04,128].

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

Les autres espces de Staphylococcus donnent des colonies gnralement plus petites, roses et
n'entranent pas de virage du milieu.

Le milieu de Chapman permet seulement une orientation pour l'identification de l'espce


Staphylococcus aureus, une confirmation par des tests plus spcifiques reste obligatoire [128].
4- Identification :
Reprer les colonies suspectes, et effectuer les tests suivants:
a. Coloration de Gram : les staphylocoques apparaissent l'examen microscopique : des
cocci Gram positif regroups en diplocoques ou en petits amas (grappes de raisin).
b. Recherche de la catalase : toutes les espces de genre Staphylococcus sont catalase
positive [56].
c. Test la bacitracine :
Principe :
Ce test permet la diffrenciation entre les microcoques et les staphylocoques, ces derniers sont
plus rsistants la bacitracine [105].
Technique :
Ce caractre est recherch par la mthode de diffusion en glose de Mueller-Hinton avec un
disque de papier charg 0,02 U.I de bacitracine. L'incubation se fait 35C pendant 18h.
Lecture :
Les staphylocoques se dveloppent au contact du disque, alors qu'une zone d'inhibition de 10
25 mm existe dans le cas des microcoques [105].
d. Recherche de la staphylocoagulase :
Principe :
Parmi les staphylocoques, seules les souches de Staphylococcus aureus peuvent coaguler le
plasma humain ou de lapin oxalat dans un dlai de 3 heures.
Technique :
1-

prparation des cultures :

partir de colonies suspectes sur milieu Chapman, ensemencer un bouillon cur-cerveau et


incuber 37C pendant 18 heures [02].
2-

prparation du plasma

Reconstituer strilement le plasma avec 10ml de solvant, agiter lgrement pour favoriser la
dissolution en vitant la formation de mousse.

ETUDE EXPERIMENTALE
3-

matriel et mthodes

preuve de la coagulase:

Mlanger dans un tube hmolyse 0,5 ml de plasma dissous et 0,5 ml de la culture de


staphylocoque. Porter l'tuve au bain-marie 37C.
Les souches de Staphylococcus aureus provoquent la coagulation du plasma en un temps
variant d'une demi-heure 3 heures. La prise en masse du plasma est gnralement totale, au point
que le tube peut tre retourn. Quelquefois, le caillot est moins compact, mais encore dans ce cas,
l'preuve doit tre tenue pour positive si elle se traduit avant la 3eme heure.
e. Fermentation du mannitol : [128]
Principe :
Contrairement aux autres espces de Staphylococcus, S.aureus et S.saprophyticus sont
capables de puiser de l'nergie par fermentation du mannitol.
Technique :
Une atmosphre anarobie est cre l'intrieur d'une jarre laide d'une bougie allume. Le
milieu de Chapman ensemenc par la souche est incub dans cette atmosphre 37C pendant 24h.
Lecture :
La fermentation du mannitol se manifeste par le virage du milieu au jaune.
Les autres tests didentification sont raliss comme ceux dj effectus pour lidentification
des entrobactries qui sont :
- la recherche de : la fermentation du glucose, l'utilisation du lactose, et du saccharose; ralise
sur le milieu T.S.I.
- la recherche de la nitrate rductase.
- le test Voges-Proskaurer (V.P).
- la recherche de l'arginine dshydrognase (A.D.H) ralise sur le milieu Moller + arginine
(A.D.H) [M30] selon le mme protocole de la recherche des dcarboxylases.
- la recherche de l'urase.

3.2.5. Recherche de Pseudomonas aeruginosa :


Principe :
Un milieu slectif, spcifique de la culture de Pseudomonas aeruginosa est ensemenc en
surface. Les colonies suspectes seront confirmes par subcultures sur milieux d'identification [04].
Milieux de culture :
a) milieu d'isolement :
La glose au ctrimide [M31] est un milieu slectif qui permet l'isolement des Pseudomonas et
notamment des Pseudomonas aeruginosa. Il contient :

un antiseptique, le ctrimide (bromure de N-ctyle-N, N-trimthylammonium), qui inhibe

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

beaucoup de germes.
un antibiotique spectre troit; l'acide nalidixique , qui inhibe les bactries Gram (-).
des produits favorisant la production de pigments: le sulfate de potassium et le chlorure de
magnsium [104,129].

b) milieux d'identification :
Les milieux de King (King A, King B) [M32,M33] permettent de diffrencier les espces du
genre Pseudomonas, par la mise en vidence de la production de pigments spcifiques [129].
Mode opratoire :
1- Isolement :
Etaler 0,5 ml d'eau la surface de la glose au ctrimide. Incuber 37C pendant 24 heures.
2- Lecture :
Les colonies de Pseudomonas aeruginosa ont un diamtre de 1,5 2 mm, un contour
circulaire, une surface lisse et brillante, une couleur blanc crme, un aspect muqueux et sont parfois
dj accompagnes d'une production de pigment bleu-vert qui commence diffuser avec mission
de fluorescence sous U.V [04].
Pseudomonas aeruginosa dgage une odeur caractristique de seringa due la production
d'ortho-amino-actophnol intermdiaire du mtabolisme du tryptophane et non lie la production
de pigment [61].
En outre, on peut observer des colonies plus ou moins jauntres prsomptives dautres espces
de Pseudomonas [104].
3- Identification :
Pour la confirmation de Pseudomonas aeruginosa, procder aux diffrents tests biochimiques
d'identification communs, cits prcdemment, et raliser les recherches plus spcifiques suivantes :

a. Recherche des pigments spcifiques:


Principe : [80,129]
L'laboration des pigments est influence par la composition du milieu, ce qui justifie
l'utilisation de deux milieux diffrents :

La production de pyocyanine, due spcifiquement Pseudomonas aeruginosa, est favorise par


la prsence d'ions inorganiques et de certains acides amins qui composent le milieu King A.

La production de pyoverdine, caractristique du groupe fluorescent, dpend de la nature des


peptones, et favorise par la teneur leve en phosphate prsents dans le milieu King B.
Technique :

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

Ensemencer les deux milieux: King A et King B en faisant une strie mdiane la surface de
la glose. Fermer les tubes sans serrer et incuber 30C pendant 1 4 jours [80,88].
Lecture :
La prsence de pigments diffusibles se traduit par l'apparition d'une couleur qui peut diffuser
sur toute la pente [129].
Sur le milieu King A : les colonies typiques sur ce milieu sont colores en bleu-vert, parfois en
brun-rose (pyorubine). La pyocyanine est extraite par le chloroforme. Verser 0.5 ml de chloroforme
sur la culture, laisser la 10 15 min, en position incline : la pyocyanine trs soluble dans la
chloroforme, le colore en bleu [80].
Sur le milieu King B : la production de pyoverdine se manifeste par une coloration jaune-verte,
avec une fluorescence observe au U.V 340 n.m. Ce pigment est insoluble dans le chloroforme
[133].
b. Croissance 41C et 4C :
Ensemencer une colonie sur deux tubes de glose nutritive. Incuber l'un de ces tubes 41C,
l'autre 4C. Procder la lecture aprs 24 48 heures [04].
Pseudomonas aeruginosa peut se dvelopper 41C, mais non 4C.

3.2.6. Recherche de Candida albicans et des champignons:


Principe :
Un milieu slectif est ensemenc en surface, les colonies dveloppes aprs incubation seront
confirmes par des tests d'identification complmentaires.
1- Isolement :
Milieu de culture :
La glose Sabouraud + chloramphnicol [M34] contient le chloramphnicol : lantibiotique
inhibe la plupart des contaminants microbiens.
Technique :
taler 0,5 ml d'eau, en surface du milieu. Incuber 37C pendant 24 48h, ensuite prolonger
l'incubation la temprature ambiante du laboratoire.
Lecture :
La lecture se fait au bout de 48 heures, et peut aller jusqu' 7 jours. Les colonies de Candida
albicans apparaissent bombes, crmeuses et blanchtres. Elles sont lisses et peuvent se plisser en
vieillissant [136].
2- Identification :
La technique d'identification classique repose sur la blastre : filamentation en srum, exclusive
l'espce Candida albicans [136].

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

Technique :
Incuber 1 ml de suspension de la souche de levure suspecte avec 1 ml de srum humain
pendant 3 heures 37C.
Lecture :
Observer au microscope entre lame et lamelle. Candida albicans montre des tubes germinatifs,
qui sont minces et plus longs que les cellules mres.

4. Sensibilit aux antibiotiques :


4.1. Antibiogramme par mthode de diffusion en milieu glos: mthode des
disques/ antibiogramme standard :
Cette mthode est la plus utilise dans les laboratoires du diagnostic. Elle n'est applicable
qu'aux bactries qui donnent une croissance visible aprs une incubation d'une nuit.
Principe :
Des disques dantibiotiques sont disposs la surface d'un milieu glos adquat,
pralablement ensemenc avec une culture pure de la souche tudier. Ds l'application des disques
dantibiotiques diffusent de manire uniforme si bien que leurs concentrations sont inversement
proportionnelles la distance du disque. Un gradient de concentration s'tablit dans la glose).
Aprs incubation, les disques s'entourent de zones d'inhibition circulaires correspondant une
absence de culture [56,88,132,137,138,139].
Milieu de culture :
Le milieu retenu pour la majorit des espces bactriennes est celui de Mueller-Hinton, ce
milieu est standardis d'une manire que :

Il permet la croissance de nombreuses bactries, et il ne contient pas d'inhibiteurs des


antibiotiques.
Son pH compris entre 4,2 et 7,2 permet une bonne croissance bactrienne et ralise un
compromis pour l'activit des antibiotiques [139].
Un pH trop acide augmente l'activit des -lactamines, ttracyclines et acide fusidique.
Un pH trop basique augmente l'activit des aminosides, des macrolides, lincosamides et
sterptogramines [137].

Sa concentration en :
++
Ions mg est comprise entre 10 et 25 mg/l.
++
Ions Ca est comprise entre 20 et 50 mg/l [137].
Des concentrations trop leves de ces ions inhibent l'action des aminosides, des ttracyclines
et des polymixines [139].
Sa concentration en thymidine est infrieure 0,03 mg/l. toute concentration suprieure cette
valeur risque de donner de fausse rsistance avec le trimthoprine et l'association trimthoprine-

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

sulfamides [137].
Mode opratoire :
1- Prparation de l'inoculum : [137]
L'inoculum est prpar de faon obtenir aprs incubation des colonies juste confluentes; il est
obtenu partir d'une culture jeune de 18 24 heures (phase stationnaire) sur glose non inhibitrice:
glose nutritive pour les bactries Gram (-) et glose Chapman pour les staphylocoques.
Prlever au moins 3 colonies de la bactrie et mulsionner dans 5 ml de l'eau physiologique
strile.
2- Ensemencement :
Lensemencement se fait par la mthode de Kirby-Bauer, par couvillonnage.
- Plonger un couvillon strile dans la suspension bactrienne et laisser s'imbiber.
- Le sortir du tube en l'essorant doucement sur la paroi.
- Ensemencer la bote de Mueller-Hinton dont l'paisseur de la glose est de 4mm, en
frottant l'couvillon sur sa surface et en tournant la bote 3 fois de 60C afin d'assurer
une bonne distribution de l'inoculum.
- Laisser scher les botes pendant 15 20 minutes.
3- Application des disques et incubation :
-

Appliquer les disques l'aide d'une pince pralablement flambe, en appuyant


lgrement.
Incuber 37C pendant 16 18h.

4- Lecture :
Pour chaque antibiotique: mesurer le diamtre de la zone d'inhibition au revers de la glose, et
reporter cette mesure sur l'chelle de concordance correspondante et indiquer si la bactrie est
sensible, intermdiaire ou rsistante.

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

4.2. Antibiotiques utiliss :


Le choix des antibiotiques tests sur les diffrentes espces bactriennes isoles, repose d'une
part, sur l'identification du genre et son profil habituel vis--vis des antibiotiques (rsistances
naturelles et rsistances acquises possibles), et d'autre part, sur le spectre d'activit de chaque
antibiotique et son action sur les bactries Gram () et/ou sur les bactries Gram(+)
[140,141,142,143,144,145,146]. En plus, les antibiotiques ont t slectionns selon leur
disponibilit.
Les antibiotiques utiliss pour les bactries Gram (-), sont reprsents dans le tableau 18.
Pour les staphylocoques, en plus de la streptomycine, la gentamycine, le chloramphnicol et la
ttracycline, d'autres antibiotiques ont t utiliss (Tableau 19).

Tableau (18): Liste des antibiotiques utiliss pour les bactries Gram (-) [147]
Famille
d'antibiotique

Antibiotiques
(dnominations
communes)

Diamtres critiques (mm)

Sigle du
disque

Charge
du
disque

Ampicilline

AM

10g

14

19

Amoxicilline

AMX

25g

14

21

Streptomycine

10 UI

13

15

Gentamycine

GM

10 UI

14

16

Kanamycine

30UI

15

17

Chloramphnicol

30g

19

23

Colistine

CSS

50g

Sulfamides

SSS

200g

TrimthoprimeSulfamthoxazole

SXT

1,25 +
23,75g

Trimthoprime

TMP

5g

Ttracycline

TE

10UI

Doxycycline

DO

30UI

- lactamines

Aminosides

Phnicoles
Polypeptides

Sulfamides et
associations

Ttracyclines

R
12
10

15
17
16

12
17
17

16
19
19

ETUDE EXPERIMENTALE

matriel et mthodes

Tableau (19): Liste des antibiotiques utiliss pour les staphylocoques [147]

Famille
d'antibiotiques

Antibiotiques
(dnominations
communes)

Charge du
disque

Pnicilline

6g

Oxacilline

OX

5g

Nomycine

30 UI

15

17

Erythromycine

15 UI

17

22

Spiramycine

SP

100g

19

24

Virginanycine

VG

15g

19

22

Lincomycine

15g

17

21

Clindamycine

CM

2 UI

15

Polymyxine B

PB

300 UI

15

OFX

5g

16

22

Acide fusidique

FA

10g

15

22

Vancomycine

VA

30g

Nitroxoline

NI

20g

- lactamines
Aminosides

Macrolides

Polypeptides
Quinolones

Divers

Diamtres critiques (mm)

Sigle du
disque

Ofloxacine

R
12

29

06
R

20

17
30

*Pour chaque antibiotique, dont le diamtre de la zone d'inhibition est mesur, l'interprtation est
fate de cette manire:
- si le diamtre de la zone d'inhibition et D : la souche est dite sensible (S).
- si le diamtre de la zone d'inhibition < d : la souche est dite rsistante (R).
- si d diamtre de la zone d'inhibition < D : la souche est dite intermdiaire (I).

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

I. Analyse du paramtre de pH :
Les valeurs de pH releves au niveau des diffrents sites tudis sont reports dans le tableau
20. La figure 04 reprsente lvolution mensuelle de pH au niveau des diffrents sites.
A partir des rsultats obtenus, nous avons remarqu que les valeurs de pH mensuelles
rpondent au normes de qualit du dcret n81-324 du 7 avril 1981 pour les eaux de baignade : le
pH doit tre compris entre 6 et 9 [04,92].
La valeur moyenne minimum de 7,81 a t trouve au niveau du site Saint-Cloud 02 et la
valeur moyenne maximale de 8,07 a t note au niveau du site Joinoville.
De plus, les grands changements des valeurs de pH ont t observs au cours des priodes de
fortes pluies.
En eau sale, le pH est compris entre 8,0 et 8,3. Les carbonates, les hydroxyles et les
bicarbonates augmentent lalcalinit de leau, tandis que les acides minraux libres et les acides
carboniques en accroissent lacidit [148].
Par ailleurs, lorigine des fluctuations de pH peuvent tre dues aux :
Eaux uses domestiques.
Eaux pluviales : le pH thorique des eaux de pluie est de 5,6.
Effluents industriels : les eaux dexhaure acide et les effluents industriels qui nont pas t
neutraliss peuvent abaisser considrablement le pH de leau [92,148].

Tableau (20) : Valeurs de pH obtenues au niveau des diffrents sites tudis


valeurs
valeurs
moyennes extrmes

Joinoville

8,00

8,28

8,10

8,13

7,97

8,26

7,85

8,02

8,07

7,85-8,28

Saint-Cloud 01

8,03

8,16

8,14

8.,11

8,02

7,80

7,93

7,99

8,02

7,80-8,16

Saint-Cloud 02

8,04

7,24

8,08

8,10

8,02

7,36

7,65

8,01

7,81

7,24-8.10

Chappuis

8,00

8,19

8,08

8,07

8,00

7,74

7,88

7,82

7,97

7,74-8,19

Belvedere

8,01

8,14

7,99

8,03

8,01

7,84

7,88

7,95

7,98

7,84-8,14

pH

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

8,4
8,2
8
7,8

Joinoville
Saint-Cloud 01

7,6

Saint-Cloud 02
7,4

Chappuis
7,2

Belvedere

7
6,8
6,6
1

Figure (04): Evolution mensuelle du pH au niveau des diffrents sites

prlvement

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

I. Analyse microbiologique :
Les rsultats des dnombrements des germes totaux, coliformes totaux, coliformes fcaux et
streptocoques fcaux, concernant les cinq sites choisis dans cette tude sont reprsents dans les
tableaux 21, 22, 23, 24 et 25. Ces rsultats sont reprsents graphiquement dans la figure 05.

1. Germes totaux :
La flore totale isole des cinq sites est importante, elle atteint son maximum au niveau de la
plage Joinoville (473,7.105 U.F.C /100ml) et tend diminuer dans les autres plages.
Le taux de germes totaux fluctue considrablement au niveau des cinq sites tudis au cours de
lanne dtude. Ces variations sont dues au fait que les sites sont exposs diverses sources de
contamination qui diffrent dune saison lautre contribuant ainsi une certaine pollution dont la
source principale ne peut tre dtermine.
Les taux les plus faibles ont t obtenus au mois de juin, presque au niveau de tous les sites
sauf Saint-Cloud 02 et Chappuis. Cet abaissement pourrait tre le rsultat du phnomne de
dilution survenu aprs une chute de pluie (18.02.03) et la faible temprature de leau (02.06.03 et
09.08.03).
Les taux les plus levs ont t observs au cours des priodes de pluviomtrie importante
(15.03.03 et 08.02.04), ou la fin de saison estivale (14.09.03) aprs une frquentation importante
par les baigneurs, qui constitue lune des principales causes de pollution ; ainsi la temprature de
leau est dans ce cas favorable pour la croissance des germes [02,92,149].

2. Bactries indicatrices de contamination fcale :


Les chantillons pris des diffrents sites ont tous montr une contamination par les coliformes
fcaux (CF) et les streptocoques fcaux (SF) souvent par les spores des Clostridium sulfitorducteurs.
Les valeurs moyennes des coliformes fcaux trouves indiquent que la pollution organique
note relative chacun des sites est dans lordre dcroissant suivant :
Saint-Cloud 02, Chappuis, Joinoville, Saint-Cloud 01, Belvedere.
Belvedere semble tre la plage la moins contamine par les bactries fcales. Ceci est sans
doute du sa prsence lcart des agglomrations et des activits humaines.
Compare aux normes du dcret du 07 avril 1981, la qualit des eaux sur tous les sites est
mauvaise : les valeurs annuelles moyennes en CF dpassent le nombre impratif (2000/100ml), et
celles en SF dpassent largement le nombre guide (100/100ml) [102].

2.1. Plage Joinoville :


Les rsultats sont denviron 50% de dpassement aux valeurs guides pour les CF et de mme
pour les SF. Les dpassements aux valeurs impratives sont observs deux fois au cours des
priodes pluvieuses (18.02.03 et 15.03.03) et une fois la fin de la saison estivale (14.09.03).

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

2.2. Plage Saint-Cloud 01 :


Les rsultats obtenus en CF et en SF dpassent les nombres guides dans 50% des analyses.
Alors que les dpassements aux nombres impratifs ne sont observs que deux fois au cours des
priodes pluvieuses (02.11.03 et 08.02.04).

2.3. Plage Saint-Cloud 02 :


Cest la plage la plus contamine des cinq plages tudies. Les valeurs impratives sont
dpasses dans 87,5% des rsultats en CF, alors que pour les SF tous les rsultats dpassent la
valeur guide. En plus, la moyenne annuelle des taux des CT dpasse aussi la valeur imprative
(10000/100ml). Ces rsultats ne sont que le reflet de lagglomration croissante existant proximit
de cette plage. En effet, les rejets urbains sont dverss directement la mer.

2.4. Plage Chappuis :


Cest la plage la plus contamine aprs Saint-Cloud 02. 75% des rsultats en CF dpassent le
nombre impratif et 75% des rsultats en SF dpassent le nombre guide. En plus, cinq dpassements
au nombre impratif ont t observs pour les CT. Ceci pourrait tre expliqu par lagglomration
importante, et les activits humaines existant comme la restauration. Les dversements dgouts
permettraient galement de donner une ide claire sur cette pollution grave.

2.5. Plage Belvedere :


Cette plage apparat comme la plage la moins contamine. La contamination par les CF est
suprieure au nombre guide dans 62,5% des analyses. La contamination par les SF est suprieure au
nombre guide dans 50% des analyses. Les dpassements aux valeurs impratives ont t marqus
deux fois, toujours au cours des priodes pluvieuses (18.02.03 et 02.11.03).

3. Le rapport CF/SF :
Le tableau 26 montre les rapports mensuels ainsi que le rapport annuel au niveau de chaque
site.
Le rapport CF/SF permet dindiquer les sources probables de contamination.
Sur la base des donnes prcites dans la partie bibliographique et des rsultats obtenus au
cours de lanne dtude, il savre que la contamination fcale des sites : Joinoville, Saint-Cloud
01, Chappuis et Belvedere est dorigine humaine, tant donne que les rapports annuels mentionns
sont suprieur 4. Ceci ne pourrait tre due quaux dversements deaux uses, et la frquentation
par les baigneurs.
Une pollution mixte : dchets animaux et humains est exclusivement observe au niveau de la
plage Saint-Cloud 02 dont le rapport est de 1,442.

4. Les Clostridium sulfito-rducteurs :


Les Clostridium sulfito-rducteurs par leur prsence au niveau des plages tudies, tmoignent
dune contamination fcale ancienne.

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

Tableau (21) : Rsultats de lanalyse bactriologique au niveau de la plage Joinoville


1

GT 8 10 1664 10
4600
CT 4600
4600
CF 4600
90
750
SF
5

4
5

5
5

4 10
930
40
40

6
5

2,7 10
1500
1500
40

7
5

79,4 10
930
430
200

1950 10
14000
14000
14000

8
5

31,5 10
750
750
90

50 10
930
430
140

3789,6 10
28240
26350
15350

m
5

473,7 105
3530
3293,75
1918,75

Tableau (22) : Rsultats de lanalyse bactriologique au niveau de la plage Saint-Cloud 01

GT
CT
CF
SF

1,2 105
430
430
40

291,7 105
430
230
390

6,8 105 0,2 105


150
90
40
40
30
90

2,51 105
430
430
40

50 105
105
430
11000
430
11000
1500
4600

743,5 105
11000
11000
930

1096,91 105 137,11 105


23960
2995
23600
2950
7620
952,5

Tableau (23) : Rsultats de lanalyse bactriologique au niveau de la plage Saint-Cloud 02


1

GT 160 10
CT 14000
CF 14000
2100
SF

3
5

110 10
14000
14000
14000

4
5

20 10
14000
2400
280

5
5

3,51 10
14000
2400
14000

6
5

10
930
930
2100

7
5

183 10
14000
14000
14000

8
5

157.5 10
14000
14000
14000

180 10
2100
2100
2400

815,01 10
87030
63830
62880

m
5

101,87 105
10878,75
7978,75
7860

Tableau (24) : Rsultats de lanalyse bactriologique au niveau de la plage Chappuis

GT
CT
CF
SF

0,6 105
14000
14000
2400

602 105
14000
4600
750

400 105
200
70
4600

4 105
4600
2400
30

105
40
40
90

3,85 105
14000
11000
390

23 105
14000
14000
2400

16,3 105
14000
11000
4600

1050,75 105 131,34 105


74840
9355
57110
7138,75
15260
1907.5

Tableau (25) : Rsultats de lanalyse bactriologique au niveau de la plage Belvedere


1
GT
CT
CF
SF

12 105
2400
2400
40

1278 105 1,74 105 0,34 105 1,58 105


2400
110
150
430
150
40
230
430
30
930
40
230

GT : germes totaux (nombre dU.F.C/100ml)


CT : coliformes totaux (nombre N.P.P/100ml)
CF : coliformes fcaux (nombre N.P.P/100ml)
SF : streptocoques fcaux (nombre N.P.P/100ml)
m : moyenne arithmtique

6
10 105
430
430
230

20 105 151 105


11000
230
11000
230
4600
40

1474,66 105
17150
14770
6140

184,33 105
2143,75
1846,25
767,5

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

JOINOVILLE

Lg de Nb de
germes /100ml d'eau

9
8
7
6

GT

5
4

CT

3
2

SF

CF

1
0
1

prlvement

SAINT-CLOUD 01

9
8
Lg de Nb de
germes/100ml d'eau

GT

7
6

CT

5
4

CF
SF

3
2
1
0
1

prlvement

SAINT-CLOUD 02

8
Lg de Nb de
germes/100mld'eau

7
6

GT

CT

CF

SF

2
1
0

Lg de Nb de
germes/100 mld'eau

prlvement

CHAPPUIS

9
8
7
6
5

GT
CT
CF

4
3
2
1
0

SF

prlvement

BELVEDERE

9
Lg de Nb de
germes/100 ml d'eau

8
7
6

GT

CT

CF

3
2

SF

1
0
1

prlvement

Figure (05) : Prsentation graphique des rsultats quantitatifs de lanalyse


bactriologique au niveau des diffrents sites tudis

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

Tableau (26) : Valeurs mensuelles, trimestrielles, et annuelles des rapports CF/SF, et sources
probables de contamination
Joinoville

Saint-Cloud 01

Saint-Cloud 02

Chappuis

Belvedere

51,11
6,13
1
37,5
2,15
1
8.33
3.071

10,75
0,58
1,33
0,44
10,75
0,286
2,391
11,827

6,66
1
0,39
0,171
0,442
1
1
0.875

5,83
6,13
0,015
80
0,444
28,205
5,833
2,391

60
5
0.04
5.75
1,869
1,869
2,391
5,75

13,786

4,794

1,442

16,106

10,334

D.H

D.H

D.H.A

D.H

D.H

Prlvements

Rapports
mensuels
1
2
3
4
5
6
7
8
Rapports
annuels
S.P.C

Rapports
trimestriels

S.P.C

1234-

27,09
3,565
19,825
4,665

1234-

11,288
0,955
5,595
1,338

1234-

3,767
0,696
0,306
1

1234-

4,11
3,072
40,222
17,019

1234-

32,875
2,521
3,809
2,13

1234-

D.H
D.H.A
D.H
D.H

1234-

D.H
D.H.A
D.H
D.H.A

1234-

D.H.A
D.B.B.C
D.B.B.C
D.H.A

1234-

D.H
D.H.A
D.H
D.H

1234-

D.H
D.H.A
D.H.A
D.H.A

S.P.C : sources probables de contamination


D.H : dchets humains
D.H.A : dchets humains et animaux
D.B.B.C : dchets de btail ou de basse-cour

5. Classement des plages :

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

Au regard des rsultats des paramtres bactriologiques analyss (CT, CF et SF) et aux limites
de qualit fixes par la directive 75/160 CEE [48,92,102], relative la qualit des eaux de
baignades, nous avons pu tablir un classement des cinq plages tudies (Tableau 27).
Les plages : Saint-Cloud 01 et Belvedere sont classes en catgorie C (eaux momentanment
pollues). Les autres plages: Joinoville, Saint-Cloud 02, et Chappuis sont classes en catgorie D
(eaux de mauvaise qualit). Donc, toutes les plages tudies ne sont pas conformes aux normes
europennes ; elles devraient tre interdites la baignade.

6. Bactries pathognes :
Les rsultats de la recherche des bactries pathognes sont rapports dans le tableau 28.
Labsence de ces microorganismes pathognes dans leau pourrait tre explique par :
leur absence effective dans leau ;
la prsence de quantits importantes de bactries fcales qui ont tendance les supplanter.
Par ailleurs, la dtection occasionnelle de diffrentes espces de Staphylococcus est due aux
caractristiques de ce genre bactrien trs rpandu dans la nature. En effet, les staphylocoques
arrivent prolifrer grce leur particulire rsistance aux conditions hostiles de lenvironnement,
telles que la chaleur, la scheresse ou la salinit de leau [02].
En plus de S.aureus, S.epidermidis et S.saprophyrticus, nous avons pu isol dautres espces,
nouvelles en pathologie humaine : S.haemolyticus, S.hominis, S.capitis, S.xylosus, et qui sont
isoles chez lhomme une frquence moindre [83].
Aeromonas hydrophila a t trouve dans les conditions mentionnes dans la partie
bibliographique : un pH=8,01 (compris entre 5,2 et 9,8) et au mois daot (pendant la priode qui
stend de mai novembre) [49].
Pseudomonas cepacia est une espce phytopathogne [61]. Elle reprsente actuellement lune
des espces de Pseudomonas les plus souvent impliques dans les infections ou les contaminations
hospitalires nosocomiales. Il a t montr que son principal vecteur est leau usage hospitalier
sous toutes ses formes, y compris leau de distribution publique [150]. Cette bactrie est susceptible
de se comporter comme pathogne opportuniste en provoquant des infections trs graves :
septicmies, infections urinaires, conjonctivites, surinfection de plaie, suppurations diverses. Mais
elle semble avoir un faible pouvoir invasif et une virulence limite chez lhomme sain [151].

7. Levures et champignons :
La microflore fongique est importante dans toutes les plages et surtout au niveau du site SaintCloud 02 (Tableau 29).
Nous avons pu isoler et identifier Candida albicans au niveau de tous les sites sauf au niveau
de Joinoville.
En outre, nous avons pu isoler et identifier diffrentes espces de champignons appartenant aux
genres : Aspergillus, Trichophyton, Microsporum et Chrysosporium (Planches 02, 03, 04, 05, 06,
07, 08)

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

Tableau (27) : Classement des plages tudies selon les paramtres analyss

Catgorie C

Le pourcentage de dpassement au
nombre impratif est de 37.5%
(>33%)

Joinville

Saint-Cloud 01

Catgorie D

La frquence de dpassement des


nombres impratifs pour CF et CT
est de 25% (>5% et <33.3%)

Saint-Cloud 02

Le pourcentage de dpassement au
nombre impratif est de 87.5%
(>33%)

Chappuis

Le pourcentage de dpassement au
nombre impratif est de 75%
(>33%)

Belvedere

La frquence de dpassement des


nombres impratifs pour CF et CT
est de 25% (>5% et <33.3%)

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

Tableau (28) : Rsultats de la recherche des germes pathognes au niveau des diffrents sites

Joinoville
18.02.03

Saint-Cloud 01

E.coli

15.03.03

E.coli

28.04.03

E.coli
S. epidermidis

Saint-Cloud 02
E.coli

Vibrio cholerae

E.coli

E.coli

Chappuis
Shigella soneii

V.parahaemolyticus

E.coli

E.coli
V. parahaemolyticus
Staphylococcus aureus

E.coli

E.coli
Pseudomonas spp
S. saprophyticus

02.06.03

E.coli

09.08.03

Vibrio cholerae

14.09.03

Salmonella spp

02.11.03

08.02.04

Belvedere

Vibrio cholerae
V. parahaemolyticus

E.coli

Vibrio cholerae
V. parahaemolyticus
Pseudomonas cepacia

E.coli
Salmonella arizonae

V. parahaemolyticus
Aeromonas hydrophila

E.coli

Staphylococcus aureus

E.coli

E.coli
Staphylococcus aureus

E.coli
S. saprophyticus
S. epidermidis

Yersinia enterolitica

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

Tableau (29) : Rsultats de la recherche des levures et des champignons au niveau des diffrents sites

Joinoville

Saint-Cloud 01

Saint-Cloud 02

Chappuis

28.04.03

Aspergillus niger

Aspergillus niger

Aspergillus niger

Aspergillius fumigatus

02.06.03

Aspergillus flavus

Aspergillus niger

Chrysosporium
Aspergillus niger

Aspergillus niger

Belvedere

09.08.03

Aspergillus niger

14.09.03

Aspergillus niger

Aspergillus niger

Trichophyton erinacei

Aspergillus fumigatus
Microsporum canis

Candida albicans

Candida albicans

Trichophyton violaceum
Candida albicans

Aspergillus niger

02.11.03
08.02.04

Aspergillus niger

Candida albicans

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

III. Isolement et identification des souches bactriennes :


Nous avons russi isoler et purifier 40 souches appartenant aux diffrentes espces des
bactries recherches.

1. Examen macroscopique :
Lisolement se fait partir des colonies suspectes. Alors que lexamen macroscopique est
ralis partir des colonies du 2eme repiquage sur les diffrents milieux spcifiques aux bactries
recherches.
Nous nous sommes intresss uniquement aux colonies rpondant aux caractristiques dcrites
dans la partie matriels et mthodes concernant les diffrentes espces mentionnes.

2. Examen microscopique :
Lobservation microscopique des bacilles rvle la prsence de cellules en forme de btonnets
ou des btonnets plus au moins allongs (coccobacilles), de taille variable, des cellules isoles en
chanettes plus au moins longues.
Lexamen microscopique montre des cocci de forme sphrique parfois ovode, de diamtre
variable ; la disposition des cellules est soit en amas, en paires, en chanettes, etc

3. Identification biochimique des souches isoles :


Les rsultats des tests didentification biochimiques sont rapportes dans les tableaux 30 et 31
pour les bactries bacilles Gram (-), et dans les tableaux 32 et 33 pour les bactries cocci Gram (+).
Ces rsultats ont permis de les rapprocher aux genres et espces selon les tableaux
didentification 09, 10 et 11.

3.1. Les souches appartenant lespce Escherichia coli :


Parmi les 40 souches isoles, 22 souches sont attribues lespce E.coli avec un degr de
rapprochement variable dont :
7 souches sont apparentes 100% avec lespce E.coli.
10 souches sont rapproches cette espce avec un degr de parent de 95%.
4 souches se rapprochent d E.coli avec un degr de parent de 90%.
Une seule souche est rapproche E.coli avec un degr de parent de 85%.

3.2. Les souches appartenant au genre Shigella :


Une seule souche a t attribue au genre Shigella, prcisment lespce Shigella soneii, avec
un degr de rapprochement de 85%.

3.3. Les souches appartenant au genre Salmonella :


Trois souches ont t attribues au genre Salmonella. Deux souches sont rapproches
lespce Salmonella spp avec un degr de parent de 80% pour la souche Sal 1.1 et 90% pour la

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

souche Sal 1.2. La 3eme souche a t rapproche lespce Salmonella arizonae. Lidentification
sest faite par la galerie API 20E.

3.4. Les souches appartenant lespce Yersinia enterolitica :


Nous avons rapproch deux souches cette espce. La souche Y.e 5.2 est rapproche cette
espce avec un degr de parent de 80%. Alors que le degr dapparent de la souche Y.e 5.1 est de
85%.

3.5. Les souches appartenant au genre Vibrio :


Nous avons attribu 9 souches au genre Vibrio.
les souches rapproches lespce Vibrio cholerae :
4 souches ont t rapproches lespce V.cholerae. La souche V.c 3.1 est rapproche
lespce type avec un degr de parent de 95%. La souche V.c 1 est rapproche avec un degr de
parent de 90%. Les deux autres souches ont un degr de rapprochement de 85%.
les souches rapproches lespce Vibrio parahaemolyticus :
5 souches sont rapproches lespce V. parahaemolyticus. Deux souches sont rapproches
cette espce avec un degr de parent de 90% ; deux autres souches sont rapproches avec un degr
de parent de 80%. La souche V.p 4 est rapproche lespce type avec un degr de parent de
parent de 85%.

3.6. Les souches appartenant lespce Aeromonas hydrophila :


Une seule souche a t rapproche lespce A.hydrophila avec un degr de parent de 80%.

3.7. Les souches appartenant au genre Pseudomonas :


Nous avons attribu ce genre deux souches. Lune est rapproche lespce Pseudomonas
cepacia avec un degr de parent de 90%. Lautre est rapproche lespce Pseudomonas spp avec
un degr de parent similaire.

3.8. Les souches appartenant au genre Staphylococcus :


Nous avons pu identifier 19 souches appartenant au genre Staphylococcus.
Les souches appartenant lespce Staphylococcus aureus :
4 souches sont rapproches lespce S.aureus. La souche St 02 est apparent 100% avec
S.aureus. Deux souches sont rapproches S.aureus avec un degr de parent de 90,90% et une
seule souche a t rapproche avec un degr de parent de 81,81%.

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

Les souches appartenant lespce Staphylococcus epidermidis :


Deux souches seulement sont rapproches lespce S.epidermidis. La souche St 06 est
rapproche cette espce avec un degr de parent de 90,90%, alors que la souche St 17 est
rapproche avec un degr de parent de 72,72%.
Les souches appartenant lespce Staphylococcus saprophyticus :
Nous avons attribu 3 souches lespce S.saprophyticus. La souche St 15 est apparente
100% avec cette espce. Les deux autres souches sont rapproches avec un degr de parent de
90,90%.
Les souches appartenant lespce Staphylococcus haemolyticus :
Nous avons attribu seulement deux souches lespce S.haemolyticus. La souche St 09 est
rapproche cette espce avec un degr de parent de 81,81%, alors que la souche St 07 est
rapproche avec un degr de parent de 90,90%.
Les souches appartenant lespce Staphylococcus hominis :
6 souches sont attribues lespce S.hominis. La souche St 13 est apparente 100% avec
cette espce. 4 souches sont rapproches avec un degr de parent de 90,90% et une seule souche a
t rapproche avec un degr de parent de 81,81%.
Les souches appartenant lespce Staphylococcus capitis :
La souche St 03 est la seule qui a t rapproche lespce S.capitis, avec un degr de parent
de 81,81%.
Les souches appartenant lespce Staphylococcus xylosus :
La souche St 19 est a t rapproche lespce S.xylosus, avec un degr de parent de 90,90%.

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

H2S

OX

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+
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Catalase

gaz

+
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+
-

NR

SAC

39
40

GLU

37
38

LAC

30
31

Mobilit

29

MAN

09.08.03

21
22
23
24
25
26
27
28

RM

20

VP

CIT

+
+
+
+
+

13
14
15
16
17
18
19

02.06.03

08.02.04

ODC

36

11
12

14.09.03

LDC

API 20 E : 7716773

10

28.04.03

ADH

35

09

IND

15.03.03

ONPG

32
33
34

07
08

+
-

API 20 E :5144572

+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-

05
06

TDA

01
02
03
04

Caractres biochimiques

URE

18.02.03

N de souche

Date de
prlvement

Tableau (30) : Rsultats des tests biochimiques des bactries bacilles Gram ngatif isoles

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+

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

18.02.03

15.03.03

28.04.03

02.06.03

09.08.03

14.09.03

08.02.04

01
02
03
04
05
06
07
08
09
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40

Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli

E 1.1
E 1.2
E 3.1
E 1.3

Vibrio parahaemolyticus
Shigella soneii

V.p 5.1
Shi 4
E 4.1

Escherichia coli
Escherichia coli

E 5.1
V.p 5.2

Vibrio parahaemolyticus

Escherichia coli

E 1.4

Vibrio cholerae
Pseudomonas spp

Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
Vibrio parahaemolyticus
Aeromonas hydrophila
Vibrio cholerae
Vibrio cholerae
Vibrio parahaemolyticus
Vibrio cholerae
Vibrio parahaemolyticus
Pseudomonas cepacia

V.c 3.1
P5
E 1.5
E 2.1
E 2.2
E 3.2
E 4.2
E 2.3
E 5.2
E 5.3
V.p 4
A.h 5
V.c 3.2
V.c 4
V.p 5.3
V.c 1
V.p 3
P4

Escherichia coli
Salmonella spp
Salmonella spp

Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
Salmonella arizonae

Escherichia coli

Belvedere

Chappuis

Saint-Cloud 02

Saint-Cloud 01

Rpartition des espces isoles dans les


diffrents sites de prlvement

Joinoville

Espce identifie

N de souche

Date de prlvement

Tableau (31) : Rsultats didentification des bactries bacilles Gram ngatif isoles

E 5.4
Sal 1.1
Sal 1.2
E 2.3
E 3.3
E 5.5
Sal 3
E 3.4

Yersinia enterolitica
Yersinia enterolitica

E 1.6
Escherichia coli
E 4.3
Escherichia coli
X i.j : i indique le n de site et j indique le n de la souche dans le mme site.

Y.e 5.1
Y.e 5.2

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

NIT

VP

SAC

ADH

URE

MAN(anarobie)

Test la
bacitracine

COAGULASE

08.02.04

MAN

02.11.03

LAC

02.06.03

GLU

28.04.03

CATALASE

15.03.03

N de souche

Date de
prlvement

Tableau (32) : Rsultats des tests didentification des staphylocoques isols

St 01
St 02
St 03
St 04
St 05
St 06
St 07
St 08
St 09
St 10
St 11
St 12
St 13
St 14
St 15
St 16
St 17
St 18
St 19

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+
+
+
+
+
-

+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+

+
+
+
+
+
-

+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+

+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+

R
/
/
R
R
R
R
/
/
/
/
R
/
R
R
R
/
R
/

+
+
+
+
-

Remarque :
Le test la bacitracine a t ralis pour les souches
sataphylocoques et les streptocoques.

confondues entre les

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

15.03.03

28.04.03

02.06.03
02.11.03

08.02.04

St 01
St 02
St 03
St 04
St 05
St 06
St 07
St 08
St 09
St 10
St 11
St 12
St 13
St 14
St 15
St 16
St 17
St 18
St 19

S. hominis
S. aureus
S.capitis
S. saprophyticus
S. haemolyticus
S. epidermidis
S. haemolyticus
S. hominis
S. hominis
S. aureus
S. aureus
S. aureus
S. hominis
S. hominis
S. saprophyticus
S. hominis
S. epidermidis
S. saprophyticus
S. xylosus

Belvedere

Chappuis

Saint-Cloud 02

Saint-Cloud 01

Joinoville

Espce identifie

Rpartition des espces isoles dans les


diffrents sites de prlvement
N de souche

Date de prlvement

Tableau (33) : Rsultats didentification des staphylocoques isols

St 3.1
St 5.1
St 1.1
St 5.2
St 5.3
St 1.2
St 5.4
St 2.1
St 2.2
St 3.2
St 3.3
St 3.4
St 4.1
St 4.2
St 4.3
St 2.3
St 4.4
St 4.5
St 3.5

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

IV. Identification des levures et des champignons isols :


1. Identification des levures :
Les rsultats des tests didentification des souches de Candida suspectes sont rsums dans le
tableau 34.

Nitrate
rductase

Urase

+
+
+
+

+
+
+
+

Espce identifie

Saccharose

+
+
+
+

Glucose

08.02.04

Cellules ovalaires ou
rondes fortement Gram
(+)

Fermentation des
sucres
Lactose

02.11.03

C3
C4
C2
C5

Test de
filamentation

Gram

N de
la souche

Date
de prlvement

Tableau (34) : Rsultats des tests didentification des Candida

Candida albicans

2. Identification des champignons :


Lidentification des souches fongiques isoles a t faite sur la base de laspect macroscopique
des colonies (la face et le revers). Cette identification reste approximative vue la ncessit dun
examen soigneux dautres critres comme la vitesse de croissance et lexamen microscopique.
Les caractres macroscopiques des diffrentes espces isoles sont rsumes dans le tableau 35.
Tableau (35) : Aspect macroscopique de quelques espces fongiques [87]
Espces
Aspergillus niger
Aspergillus fumigatus
Aspergillus flavus
Chrysosporium
Microsporum canis
Trichophyton violaceum
Tichophyton erinacei

Aspect macroscopique recto des


colonies

Aspect macroscopique
verso des colonies

myclium arien blanc jaune citron, se


incolore jaune ple.
ponctuant rapidement de noir (ttes).
velout, tapis rgulier, cotonneux, vert
franc puis gristre avec lge. Quelques
souches blanches.
poudreux irrgulier vert-jaune bronze-vert
olive
cotonneux ou granuleux de toutes couleurs.
grandes colonies toiles de couleur blanc
puis chamois au centre, aspect soyeux et
brillant, rayons fins et longs.
glabres, planes devenant plisses ou
crbriformes ensuite, violet clair fonc
(rarement blanc).
rayonnes,
poudreuses

finement
granuleuse (toile daraigne en sucre glace)
de couleur blanc pur.

incolore jaune puis rouge


fonc (en fait trs variable).
incolore jauntre puis brun
rouge fonc.
blanc brun.
Jaune orang vif.
violet clair fonc (rarement
blanc).
jaune vif brun.

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

face

revers
Planche (02) : Aspergillus niger

face

revers
Planche (03) : Aspergillus flavus

face

revers
Planche (04) : Aspergillus fumigatus

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

face

revers
Planche (05) : Trichophyton erinacei

face

revers
Planche (06) : Trichophyton violaceum

ETUDE EXPERIMENTALE

Rsultats et discussion

face

revers
Planche (07) : Microsporum canis

face

revers
Planche (08) : Chrysosporium

Rsultats et discussion 02
%%[ ProductName: Distiller ]%%
%%[Page: 1]%%
%%[Page: 2]%%
%%[Page: 3]%%
%%[Page: 4]%%
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%%[Page: 13]%%
%%[Page: 14]%%
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%%[Page: 17]%%
%%[Page: 18]%%
%%[Page: 19]%%
%%[Page: 20]%%
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Pge p

Les rsultats de lanalyse du paramtre de pH montrent des valeurs de pH alcalin, nanmoins


rpondant aux normes. Les fluctuations de pH pourraient tre expliques par leffet de certains
facteurs : les apports en eaux uses domestiques, les eaux pluviales et particulirement les effluents
industriels.
Lanalyse bactriologique des prlvements deau de mer des plages tudies nous ont permis
de conclure que :
Les taux des germes totaux sont levs, ils sont influencs par la pluviomtrie et la
frquentation par les baigneurs.
La le rapport CF/SF indique une contamination fcale la fois dorigine humaine et
animale pour le site Saint-Claud 02 et une contamination dorigine humaine pour les
autres sites.
La prsence des Clostridium sulfito-rducteurs tmoigne une contamination fcale
ancienne.
La qualit de leau dans ces plages est mauvaise.
Les plages Saint-Claud 01 et Belvedere sont classes en catgorie C (eaux
momentanment pollues) alors que les plages Joinoville, Saint-Claud 02, et Chappuis
sont classes en catgorie D (eaux de mauvaise qualit).
Ces plages ne sont pas conformes aux normes europennes ; elles pourraient tre
interdites la baignade.
La recherche des germes pathognes a montr une faible frquence disolement des bactries
cibles. Ceci pourrait tre due :
leur absence effective.
la prdominance des germes fcaux qui ont tendance les supplanter.
leffet de stress qui permet aux bactries dtre viables mais les rend non
cultivables.
Les souches isoles sont rapprochs aux espces types avec un degr de parent allant de
72,72% 100%.
Les espces bactriennes isoles sont : Escherichia coli, Salmonella spp, S.arizonae, Shigella
soneii, Yersinia enterolitica, Vibrio cholerae, V.parahaemolyticus, Aeromonas hydrophila,
Staphylococcus aureus, S.epidermidis, S.saprophyticus et quelques espces autres que S.aureus.
La flore fongique isole est importante mais peu diversifie. Cependant, on a pas pu identifier
que quelques espces, en se basant sur laspect macroscopique des colonies. Les espces isoles
sont : Aspergillus niger, A.flavus, A.fumigatus, Trichophiton violaceum, T.erinacei,
Chrysosporium et Microsporum canis. Ces espces peuvent tre responsables des dermites.
Par ailleurs, Candida albicans a t isole au niveau de tous le sites lexception de Joinoville.

Ltude de la sensibilit des bactries isoles aux antibiotiques a montr des profils variables.
Au terme de cette tude, diverses constatations mergent :
La rsistance un ou plusieurs antibiotiques est considrable (95% des souches) ; elle
implique tous les antibiotiques tests.
Les souches sensibles tous les antibiotiques sont en nombre ngligeable.
La gentamycine a une activit inhibitrice leve et montre une efficacit presque totale.
Une rsistance majoritaire aux -lactamines utiliss pour les bactries Gram (-) et totale
ceux utiliss pour les staphylocoques.
Les diffrents modles de multirsistance montre que la multirsistance plusieurs
familles dantibiotiques domine la rsistance un seul ou une famille dantibiotique ce qui
atteste de lacquisition de plasmides de rsistance.
Lmergence de rsistance et les transferts gntiques entre les espces rejetes dans leau
ou entre ces espces et dautres bactries autochtones rsistantes pourrait tre favorise par
Lexistence habituelle de teneurs leves en matires organiques et en bactries dans
lenvironnement aquatique
Les eaux de surface favorisent une pression de slection trs importante ce qui supposerait
lexistence de facteurs de survie ou dvolution favorable chez les bactries porteuses de
plasmides.
Pour le bnfice de la science, la scurit de nos plages et le bien tre de nos baigneurs, il serait
souhaitable que certaines dmarches sinstaurent :
Elargir lventail des recherches en fixant trois stations (points de prlvement) par plage et
prlever 2 3 chantillons par station ce qui permettra de suivre la rpartition de la flore
contaminante.
Noter chacun des points, le pH, la temprature et la turbidit, tout en respectant les conditions
de prlvement.
Le perfectionnement des techniques microbiologiques ouvrira dautres horizons. En plus de
lanalyse en continu des germes tests, la recherche des bactries dintrt sanitaire au moyen
des anticorps monoclonaux et de limmunofluorescence.
Lutilisation de la technique des bactriophages, qui est dune grande simplicit, dun prix de
revient bas et rapide dans lobtention des rsultats.
La recherche voire le dnombrement des virus qui seraient dix fois rsistants dans les eaux
quE.coli.
Lidentification des levures et moisissures isoles des eaux de mer pouvant tre lorigine de
dermatoses.
Complter par une tude physico-chimique qui rvlerait la prsence de mtaux lourds et de
substances toxiques dverses par les usines.
Installation des stations dpuration.

Rsum
Cette tude a t ralise dans le but dvaluer la pollution microbiologique des plages de la
ville de Annaba : Joinoville, Saint-Claud 01, Saint-Claud 02, Chappuis et Belvedere.
Lanalyse effectue sest porte principalement sur la quantification des bactries indicatrices
de contamination fcale savoir les coliformes totaux, les coliformes fcaux et les streptocoques
fcaux, et les germes non spcifiques de contamination fcale qui sont les germes totaux et les
Clostridium sulfito-rducteurs.
La recherche des pathognes a t focalise sur quelques genres bactriens. Une recherche
complmentaire des levures et des champignons a t ralise.
Lantibiogramme permet dvaluer le degr de rsistance des bactries isoles.
Les rsultats de lanalyse bactriologique montrent que les plages tudies ne sont pas
conformes aux normes europennes concernant les eaux de baignade.
Ces plages ont t classes en :
- Eaux momentanment pollues : Saint-Cloud 01 et Belvedere.
- Eaux de mauvaise qualit : Joinoville, Saint-Cloud 02, et Chappuis.
Par ailleurs, les tests didentification, auxquels lensemble des souches isoles taient soumises,
ont permis didentifier 40 souches rapproches aux diffrents genres : Escherichia, Salmonella,
Shigella, Yersinia, Vibrio, Aeromonas et Staphylococcus.
Parmi les levures isoles, seule Candida albicans a t identifie. Les diffrentes souches
fongiques isoles sont identifies appartenant aux genres : Aspergillus, Trichophiton,
Chrysosporium et Microsporum.
Les rsultats de lantibiogramme montrent que les bactries prsentent des profils variables.
En gnral, les bactries testes montrent une trs forte sensibilit la gentamycine et une
rsistance majoritaire pour les beta-lactamines utiliss. Elles prsentent des rsistances acquises
concernant un ou plusieurs antibiotiques habituellement actifs.
De l, le traitement des infections causes par ces bactries rsistantes pourrait tre trs
difficile.

Mots cls : pollution microbienne marine, maladies transmission hydrique, indicateurs de


contamination fcale, bactries pathognes, rsistance aux antibiotiques.

Summary
This study has been achieved in the goal to value the microbiological pollution of Annaba
beaches : Joinoville, Saint-Cloud 01, Saint-Cloud 02, Chappuis and Belvedere.
The done analysis carried himself mainly on the quantification of the indicatory bacteria of
fecal contamination witch are: total coliforms, fecal coliforms and fecal streptococci, and germs no
specific of fecal contamination that is the total germs and the sulfite-reducing Clostridium.
The research of pathogens was focalized on some bacterial kinds. A complementary research of
yeasts and mushrooms has been achieved.
The antibiogramme permits to value the resistance degree of isolated bacteria.
Results of the bacteriological analysis show that the studied beaches are not conform to the
European norms concerning bathing waters.
These beaches have been classified :
- Momentarily polluted waters : Saint-Cloud 01 and Belvedere.
- Waters of bad quality : Joinoville, Saint-Cloud 02, and Chappuis.
Otherwise, tests of identification, to which the isolated stumps whole was submitted, permitted
to identify 40 stumps brought closer to the different kinds : Escherichia, Salmonella, Shigella,
Yersinia, Vibrio, Aeromonas and Staphylococcus.
Among the isolated yeasts, alone Candida albicans has been identified. The different
mushrooms stumps isolated are identified belonging to kinds : Aspergillus, Trichophiton,
Chrysosporium and Microsporum.
Results of the antibiogramme show that bacteria present variable profiles.
In general, the tested bacteria show a very strong sensitivity to the gentamycine and a majority
resistance for the -lactamines used. They present acquired resistances concerning one or several
usually active antibiotics.
From there, the treatment of infections caused by these resistant bacteria could be very difficult.

Key words : marine microbial pollution, water borne diseases, indicatory of fecal contamination,
pathogen bacteria, resistance to antibiotics.



Joinoville, Saint-Cloud 01, Saint Cloud 02, Chappuis, Belvedere
, ,
,
.
.
.
,
:
Saint-Cloud 01 : Belvedere Saint Cloud 02,Joinoville :Chappuis
.Escherichia, Salmonella, Shigella, Yersinia, Vibrio, Aeromonas , Staphylococcus :
, Candida albicans
Aspergillus, Trichophiton, Chrysosporium : .Microsporum
.
gentamycine beta-lactamines ,
.
.

: , , ,
, .

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Figure (03): Localisation gographique des sites de prlvements sur la cote de la


ville d Annaba

Annexe N 01 : Milieux de culture utiliss


[M1] : Glose tryptone-glucose extrait de levure (T.G.E.A) :
-

Tryptone
Extrait de levure
Agar
Eau distille
pH: 70,2 autoclavage 20 min 120C

6g
3g
15g
1000ml

[M2] : Bouillon lactos au bromocrsol pourpre simple concentration (B.C.P.L S/C) :


-

Peptone
Extrait de levure
Lactose
Pourpre de bromocrsol
Eau distille
pH: 6,90,2 autoclavage 20 min 115C

5g
2g
5g
0,025g
1000ml

[M3] : Bouillon lactos au bromocrsol pourpre double concentration (B.C.P.L D/C) :


-

Peptone
Extrait de viande
Lactose
Pourpre de bromocrsol
Eau distille
pH: 6,90,2 autoclavage 20 min 115C

10g
4g
10g
0,05g
1000ml

[M4] : Milieu de Schubert (milieu indole-mannitol) :


-

Tryptophane
Acide glutamique
Sulfate de magnsium
Citrate de sodium
Sulfate dammonium
Chlorure de sodium
Peptone
Mannitol
Phsphate disodique
Phosphate monopotassique
Eau distille
pH: 7,6 autoclavage 10 min 115C

0,2g
0,2g
0,7g
0,5g
0,4g
2g
10g
7,5g
4g
0,6g
1000ml

[M5] : Milieu de Rothe S/C :


-

Peptone
Glucose

20g
5g

Chlorure de sodium
Monohydrognophsphate de potassium(K2HPO4)
Dihydrognophsphate de potassium(KH2 PO4)
Azide de sodium(NaN3)
Eau distille
pH: 6,82
autoclavage 20 min 120C

5g
2,7g
2,7g
0,2g
1000ml

[M6] : Milieu de Rothe D/C :


-

Peptone
Glucose
Chlorure de sodium
Monohydrognophsphate de potassium(K2HPO4)
Dihydrognophsphate de potassium(KH2 PO4)
Azide de sodium(NaN3)
Eau distille
pH: 6,82
autoclavage 20 min 120C

40g
10g
10g
5,4g
5,4g
0,4g
1000ml

[M7] : Milieu de Litsky /bouillon lthyle violet et lazide de sodium (E.V.A) :


-

Peptone
Glucose
Chlorure de sodium
Monohydrognophsphate de potassium(K2HPO4)
Dihydrognophsphate de potassium(KH2 PO4)
Azide de sodium(NaN3)
Solution dthyl violet
Eau distille
pH: 6,8
autoclavage 20 min 120C

20g
5g
5g
2,7g
2,7g
0,3g
5ml
1000ml

[M8] : Glose viande-foie (V.F) :

*glose de base :
Base viande-foie
Glucose
Amidon
Agar
Eau distille
pH: 7,6
autoclavage 10 min 120C

30g
2g
2g
11g
1000ml

*glose complte :
mme formule que le milieu de base auquel sont ajouts :
Sulfite de sodium 5%
Alun de fer ammoniacal 5%
pH: 7,20,2

50ml
10ml

[M9] : Glose lactose au bromocrsol pourpre (B.C.P) :


Peptone de viande
Extrait de viande
Lactose
Pourpre de bromocrsol
Agar
Eau distille
pH: 70,1
autoclavage 15 min 120C

5g
3g
10g
0,025g
15g
1000ml

[M10] : Milieu de Hajna-Kligler (K.I.A) /milieu lactose-glucose-H2S :


-

Extrait ce viande de buf


Extrait de levure
Peptone pancratique de casine
Chlorure de sodium
Lactose
Glucose
Sulfate ferreux ammoniacal
Thiosulfate de sodium (Na2S2O3)
Rouge de phnol
Agar
Eau distille
pH: 7,4
autoclavage 20 min 115C

3g
3g
20g
5g
10g
1g
0,5g
0,5g
0,025g
12g
1000ml

[M11] : Milieu trois sucres fer : triple sugar iron agar (T.S.I) :
-

Extrait de boeuf
Extrait de levure
Peptone
Protose peptone
Lactose
Saccharose
Glucose
Chlorure de sodium
Sulfate de fer II (FeSO4)
Thiosulfate de sodium
Rouge de phnol
Agar
Eau distille
pH: 7,40,2 autoclavage 15 min 120C

3g
3g
15g
5g
10g
10g
1g
5g
0,2g
0,3g
0,024g
12g
1000ml

[M12] : Milieu au citrate de Simmons :


-

Citrate de sodium
Chlorure de sodium
Sulfate de magnsium
Monohydrognophsphate de potassium
Dihydrognophsphate dammonium

1g
5g
0,2g
1g
1g

Bleu de bromothymol
Agar
Eau distille
pH: 6,80,2 autoclavage 20 min 120C

0,08g
13g
1000ml

[M13] : Milieu mannitol-mobilit :


-

Peptone trypsique de viande


Mannitol
Rouge de phnol 1%
Agar
Eau distille
pH: 7,60,2 autoclavage 30 min 110C

20g
2g
4g
4g
1000ml

[M14] : Eau peptone exempte dindole :


-

Peptone bactriologique
Chlorure de sodium
Eau distille
pH: 7,20,2 autoclavage 15 min 121C

10g
5g
1000ml

[M15] : Milieu de Clark et Lubs :


-

Peptone
Phosphate dipotassique (K2HPO4)
Glucose
Eau distille
pH: 7,50,2 autoclavage 30 min 110C

5g
5g
5g
1000ml

[M16] : Milieu de Ferguson /milieu ure-indole :


-

L-tryptophane
Monohydrognophsphate de potassium
Dihydrognophsphate de potassium
Ure
Chlorure de sodium
Alcool 95%
Rouge de phnol 1%
Eau distille
pH: 7 strilisation par filtration

3g
1g
1g
20g
5g
10ml
0,025g
1000ml

[M17] : Milieu Mller pour la recherche de la lysine dcarboxylase (L.D.C) :


-

Peptone pepsique de viande


Extrait de viande
Bromocrsol pourpre
Rouge de crsol

5g
5g
0,01g
0,005g

Glucose
Pyridoxal
L-lysine
Eau distille
pH: 7,3

0,5g
0,005g
10g
1000ml
autoclavage 15 min 121C

[M18] : Milieu Mller pour la recherche de lornithine dcarboxylase (O.D.C) :


-

Peptone pepsique de viande


Extrait de viande
Bromocrsol pourpre
Rouge de crsol
Glucose
Pyridoxal
L-ornithine
Eau distille
pH: 7,3
autoclavage 15 min 121C

5g
5g
0,01g
0,005g
0,5g
0,005g
10g
1000ml

[M19] : Bouillon nitrat :


-

Extrait de viande
Peptone
Nitrate depotassium (KNO3)
Eau distille
pH: 7,20,2 autoclavage 15 min 121C

3g
5g
1g
1000ml

[M20] : Bouillon au slnite /bouillon de Leifson (S.F.B) :


-

Peptone
5g
Lactose
4g
Phosphate disodique
10g
Slnite acide de sodium
4g
Eau distille
1000ml
pH: 7,20,2 chauffage au maximum 60C pendant 10 min

[M21] : Glose dHektoen :


-

Protose peptone
Extrait de levure
Chlorure de sodium
Thiosulfate de sodium
Sels biliaires
Citrate de fer ammoniacal
Salicine
Lactose
Saccharose
Fuschine acide

12g
3g
5g
5g
9g
1,5g
2g
12g
12g
0,1g

Bleu de bromothymol
Agar
Eau distille
pH: 7,5 bouillir pendant 1min

0,065g
14g
1000ml

[M22] : Glose Salmonella-Shigella (S-S) :


-

Extrait de viande de boeuf


Bio-polytone
Sels biliaires
Lactose
Citrate de sodium
Thiosulfate de sodium
Citrate ferrique
Vert brillant
Rouge neutre
Agar
Eau distille
pH: 7 strilisation 30 min 100C

5g
5g
8,5g
10g
8,5g
8,5g
1g
0,00033g
0,025g
13,5g
1000ml

[M23] : Eau peptone alcaline (E.P.A) :


-

Peptone
Chlorure de sodium
Eau distille
pH: 8,6
autoclavage 20 min 121C

30g
30g
1000ml

[M24] : Glose nutritive (G.N) :


-

Peptone pepsique de viande


Extrait de viande
Extrait de levure
Chlorure de sodium
Agar
Eau distille
pH: 7,40,2 autoclavage 15 min 121C

5g
1g
2g
5g
15g
1000ml

[M25] : Glose hyperalcaline :


La composition est la mme que celle de la glose nutritive ordinaire, seulement dans ce cas, elle
est ajuste pH: 9.

[M26] : Bouillon de Giolitti Cantoni :


-

Tryptone
Extrait de viande
Extrait de levure

10g
5g
5g

Chlorure de lithium
Mannitol
Tween 80
Chlorure de sodium
Glycine ou glycocolle
Pyruvate de sodium
Eau distille
pH: 6,80,2 autoclavage 20 min 115C

5g
20g
1g
5g
1,2g
3g
1000ml

[M27] : Milieu de Chapman :


-

Peptone
Extrait de viande
Chlorure de sodium
Mannitol
Rouge de phnol
Agar
Eau distille
pH: 7,6 autoclavage 20 min 121C

10g
1g
75g
10g
0,025g
15g
1000ml

[M28] : Bouillon cur-cerveau (B.H.I.B) :


-

Peptone pepsique de viande


Extrait de cervelle
Extrait de cur
Glucose
Chlorure de sodium
Hydrognophsphate disodique (Na2HPO4)
Eau distille
pH: 7,40,2 autoclavage 15 min 121C

10g
12,5g
5g
2g
5g
2,5g
1000ml

[M29] : Milieu de Mueller-Hinton (M.H) :


-

Infusion de viande de buf


Hydrolysat acide de casine
Amidon de mas
Agar
Eau distille
pH: 7,30,1 autoclavage 15 min 121C

300g
17,5g
1,5g
17g
1000ml

[M30] : Milieu Mller pour la recherche de larginine dihydrolase (A.D.H) :


-

Peptone pepsique de viande


Extrait de viande
Bromocrsol pourpre
Rouge de crsol
Glucose
Pyridoxal

5g
5g
0,01g
0,005g
0,5g
0,005g

L-arginine
Eau distille
pH: 7,3

10g
1000ml
autoclavage 15 min 121C

[M31] : Glose au ctrimide :


-

Peptone
Chlorure de sodium
Sulfate de potassium
Monohydrognophsphate de potassium
Ctrimide (bromure de ttradonium)
Acide nalidixique
Agar
Eau distille
pH: 7,1
autoclavage 20 min 121C

20g
3g
10g
0,3g
0,2g
0,015g
12g
1000ml

[M32] : Milieu de King A :


-

Peptone trypsique de glatine (peptone A)


Glycrol
Sulfate de potassium anhydre
Chlorure de magnsium anhydre
Agar
Eau distille
pH: 7,2
autoclavage 20 min 121C

20g
10g
10g
1,4g
15g
1000ml

[M33] : Milieu de King B :


-

Polypeptone (peptone B)
Glycrol
Phosphate bipotassique anhydre
Sulfate de magnsium
Agar
Eau distille
pH: 7,2
autoclavage 20 min 121C

20g
10g
1,5g
1,5g
15g
1000ml

[M34] : Glose Sabouraud plus chloramphnicol :


-

Peptone pepsique de viande


Glucose
Chloramphnicol
Agar
Eau distille
pH: 6-6,3
autoclavage 20 min 121C

10g
20g
0,5g
15g
1000ml

Annexe N 02 : Ractifs utiliss


Ractif de la recherche de loxydase :
Disques imprgns dune solution 1% de chlorhydrate de ttramthylparaphnylnediamine.
Ractif de Kovacs :
-

P-dimthyl aminobenzaidhyde
Alcool amylique
Acide chlorhydrique concentr

7g
75 ml
20 ml

Ractif du rouge de mthyle :


-

Rouge de mthyle
Alcool 80

0,5 g
100 ml

Ractifs de Voges-Proskauer (VP) :


VP I :
Hydroxyde de potassium
Eau

40 g
100 ml

VP II :
naphtol
Ethanol

6g
100 ml

Ractif de la recherche de la tryptophane dsaminase (TDA) :


-

Perchlorure de fer
Eau distille strile

3,4 g
100 ml

Ractifs pour la recherche de la nitrate rductase (NR) :


Ractif 01 :
Acide sulfamilique
Acide actique 5N

0,8 g
100 ml

Ractif 02 :
Naphtylamine
Acide actique 5N

0,5 g
100 ml

Solution de leau oxygne 10% :


-

Eau oxygne 110 V


Eau distille

Disques antibiotiques :

SANOFI DIAGNOSTICS PASTEUR.


bio Mrieux sa.
BIO-RAD.

0,5 ml
14,5 ml

Annexe N 03 : Table de rfrence pour la dtermination du nombre le


plus probable (N.P.P) de bactries par 100 ml dchantillon [04]
Nombre de tubes
donnant une raction positive sur
3 tubes
de 10 ml

3 tubes
de 1 ml

3 tubes
de 0,1 ml

0
0
1
1
1
1
1
2
2
2
2
2
2
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3

0
1
0
0
1
1
2
0
0
1
1
2
2
0
0
0
1
1
1
2
2
2
3
3
3
3

1
0
0
1
0
1
0
0
1
0
1
0
1
0
1
2
0
1
2
0
1
2
0
1
2
3

NPP
dans
100 ml

3
3
4
7
7
11
11
9
14
15
20
21
28
23
39
64
43
75
120
93
150
210
240
460
1100
1400

Limites de confiance
95%
Limite
infrieure

Limite
suprieure

< 0,5
< 0,5
< 0,5
1
1
3
3
1
3
3
7
4
10
4
7
15
7
14
30
15
30
35
36
71
150
/

9
13
20
21
23
36
36
36
37
44
89
47
149
120
130
379
210
230
380
380
440
470
1300
2400
4800
/