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2004/ 2005
Dpartement de Biochimie
MEMOIRE
Prsent en vue de lobtention du diplme de Magister en
Microbiologie applique
Option
Microbiologie de lenvironnement
Par
Session : 2005
REMERCIEMENTS
Louange Dieu qui nous a donn lesprit, la volont, le courage et le savoir.
Ddicaces
Avec joie et honneur, je ddie ce mmoire :
A ma mre, symbole damour et de don
A mon pre, que Dieu le protge
A mes frres : Salim, Tarek et Mehdi
A mon trs cher marie Basset qui na cess de mencourager et de
me guider
A mes surs : Khadra et Souad
A mon beau-frre Hakim pour son soutien
A ma deuxime famille : Ami ElArbi, Khedija, Souad, Fahima ,
Radia et les petits Nor El Isslam et Aniss pour tout lamour que
jai sentit avec eux
A toutes mes amies
A mes collgues de PG : Amel, Nadjet, Farah, Leila et Lilia
A tous ceux que jaime
SOMMAIRE
Introduction
Premire partie : ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
I. Gnralits sur les eaux de mer
01
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2. Salmonella
3. Shigella
4. Yersinia enterolitica
5. Vibrio
6. Aeromonas hydrophila
7. Campylobacter jejuni
8. Pseudomonas aeruginosa
9. Staphylococcus aureus
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II. Mthodes
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Rsultats et discussion
I. Analyse du paramtre de pH
82
84
1. Germes totaux
2. Bactries indicatrices de contamination fcale
3. Le rapport CF/SF
4. Les Clostridium sulfito-rducteurs
5. Classement des plages
6. Bactries pathognes
7. Levures et champignons
84
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Conclusion
Rfrences bibliographiques
Annexes
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Titres
Pages
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Titres
Pages
Disparition des bactries telluriques des eaux dgout aprs leur rejet en mer
08
Diffusion plasmidique au sein de divers groupes bactriens
49
Localisation gographique des sites de prlvements sur la cote de la ville dAnnaba
52
Evolution mensuelle du pH au niveau des diffrents sites
83
Prsentation graphique des rsultats quantitatifs de lanalyse bactriologique au
87
niveau des diffrents sites tudis
Reprsentation graphique des profils des souches d' E.coli isoles vis--vis des
107
antibiotiques tests
Reprsentation graphique des profils des souches de Staphylococcus isoles vis--vis
121
des antibiotiques tests
Titres
L'antibiogramme obtenu par un extrait de Diatome sur une culture bactrienne
(Staphylococcus aureus)
Aspergillus niger
Aspergillus flavus
Aspergillus fumigatus
Trichophyton erinacei
Trichophyton violaceum
Microsporum canis
Chrysosporium
Antibiogramme de la souche E. coli E 1.6
Antibiogramme de la souche E. coli E 1.4
Antibiogramme de la souche E. coli E 4.2
Antibiogramme de la souche E. coli E 2.1
Antibiogramme de la souche E. coli E 5.3
Antibiogramme de la souche Salmonella spp Sal 1.2
Antibiogramme de la souche Salmonella arizonae Sal 3
Antibiogramme de la souche Vibrio cholerae V.c 3.1
Antibiogramme de la souche Vibrio cholerae V.c 4
Antibiogramme de la souche Vibrio parahaemolyticus V.p 4
Antibiogramme de la souche Vibrio parahaemolyticus V.p 5.1
Antibiogramme de la souche Staphylococcus aureus St 10
Antibiogramme de la souche Staphylococcus aureus St 11
Antibiogramme de la souche Staphylococcus aureus St 02
Antibiogramme de la souche Staphylococcus epidermidis St 06
Antibiogramme de la souche Staphylococcus saprophyticus St 04
Antibiogramme de la souche Staphylococcus haemolyticus St 05
Antibiogramme de la souche Staphylococcus hominis St 14
Antibiogramme de la souche Staphylococcus xylosus St 19
Antibiogramme de la souche Staphylococcus capitis St 03
Antibiogramme de la souche Yersinia enterlitica Y.e 5.2
Antibiogramme de la souche Aeromonas hydrophila A.h 05
Pages
11
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125
126
128
128
INTRODUCTION
Leau constitue un lment essentiel dans la vie et lactivit humaine. Cest une
composante majeure du monde minral et organique. Actuellement, leau participe toutes
les activits quotidiennes notamment, domestiques, industrielles et agricoles ce qui la rend un
lment rcepteur expos tous les genres de pollution. Ds lors, leau sera considre
comme un transporteur potentiel de maladies [01].
Depuis quelques dizaines dannes, lhumanit se trouve devant une explosion
dmographique, une expansion industrielle et une croissance alarmante de la pollution des
eaux. Par consquent, les causes de pollution se sont tendues et sont devenues plus en plus
massives et plus varies [02].
Les eaux marines peuvent tre particulirement soumises des pollutions chimiques et
microbiennes apportes par les eaux douces superficielles. Les apports de microorganismes
pathognes dans le milieu marin sont dus des rejets de stations dpuration et des apports
diffus par les eaux de ruissellement, dans les rgions dlevage intensifs. Au dveloppement
acclr des loisirs et en particulier des baignades en mer, correspond un accroissement des
risques infectieux [03].
Si la frquentation des plages est devenue un besoin social de plus en plus imprieux de
dtente, de rcupration et de bien tre et si elle prsente dindniables avantages pour la
sant physique et mentale, il faut prvenir les risques multiples que celle ci peut engendrer.
Dans cette intention notre travail sest port sur lanalyse microbiologique des eaux des
plages de la ville de Annaba dans le but destimer le degr de pollution microbienne. Les
causes possibles de pollution seront discutes sur la base des critres environnementaux
cernant chaque site.
Notre tude a t effectue au niveau du laboratoire de microbiologie (dpartement de
biochimie- Universit dAnnaba) et du laboratoire dhygine (centre de sant dAnnaba).
Le contrle bactriologique ralis dans ce contexte, porte sur la quantification des
germes indicateurs de contamination fcale : les coliformes et les streptocoques fcaux.
Dautres indicateurs non spcifiques ont t utiliss comme complmentaires : les germes
totaux et les Clostridium sulfito-rducteurs.
Lanalyse bactriologique effectue implique aussi la recherche de certains germes
pathognes : Escherichia coli, Salmonella, Shigella, Vibrio, Pseudomonas aeruginosa et les
staphylocoques. La recherche des ces bactries a t choisie dans les limites des milieux et
des produits disponibles. En outre, nous avons recherch des levures : Candida albicans, et
des champignons dont certains sont responsables de dermatoses.
Par ailleurs, nous avons test plusieurs antibiotiques sur les bactries isoles en se basant
sur leur spectre daction et leur utilisation thrapeutique. Lobjectif de cette tape est
dvaluer le degr de dissmination de la rsistance aux antibiotiques dans le milieu marin et
son impact sur lefficacit du traitement par les antibiotiques des maladies transmission
hydrique.
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
2.2. Zooplancton :
-
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Chez lhomme prdominent les coliformes fcaux ou thermotolrants: de 108 1010 germes /g
dont, au dpart, 80 90% d Escherichia coli, dont le nombre relatif dcrot rapidement par rapport
aux coliformes. On rencontre ensuite des entrocoques (107 109 germes/g), dautres bactries
(Bacteroides, Bifidobacterium, Lactobacillus, etc), des virus (102 103 germes/g ; parfois jusqu
106 germes/g). On trouve aussi des bactries sporules anarobies (Clostridium perfringens).
Une contamination microbienne industrielle peut tre directe, lie au rejet des levures et
bactries lactiques (industries de fermentations alimentaires) ou indirecte : flores associes aux
rejets sucrs, amylacs (industries alimentaires), protiques (abattoirs), divers (papeterie, tannerie,
etc.)
Les germes de pollution fcale humaine ou animale sont trs frquents et souvent pathognes.
Il sagit dEntrobactries (Escherichia coli, coliformes, Salmonella, Shigella), de streptocoques
fcaux, de Clostridium perfringens, de virus, etc. On peut galement rencontrer dans leau, surtout
sous climat tropical, mais parfois aussi en climat tempr, des protozoaires et autres parasites
animaux. Dans le cas deaux conditionnes, on peut rencontrer des contaminations par
Pseudomonas aeruginosa.
La contamination par les germes pathognes est souvent une contamination de la nappe.
Cependant il peut arriver quelle soit due une dtrioration des installations et des infiltrations
dans celles-ci, deaux souilles.
En dfinitive, bien que la majorit des germes rencontrs couramment dans leau soit des
germes banaux msophiles peu dangereux, les problmes microbiologiques poss sont
essentiellement des problmes sanitaires dus des germes pathognes souvent en quantit limite
[04].
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Concentrations
2.108 germes /litre
108 -109 germes /litre
107 germes /litre
[24]
[25]
Streptococcus faecalis
[24]
[25]
[26]
Salmonella
(1700 types srologiques)
[27]
[28]
[29]
Mycobacterium
(au moins 80 srotypes)
[30]
[31]
Entrovirus
(plus de 100 srotypes)
38 466 NPPUC/litre
80 2000 NPPUC/litre
15 160 U.F.P/litre
[32]
[33]
[34]
[35]
[31]
[36]
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Nombre de
bactries /ml
106
06
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04
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102
03
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10
1
02
10 Temps (heure)
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Considrons maintenant les phnomnes qui vont se dvelopper vis--vis des microorganismes exognes au cours de leur drive dans les eaux marines. Pour l'immense majorit des
cas, l'exprience montre qu'ils y sont dtruits aprs des temps de survie plus ou moins courts
(Tableau 02). Cette rapide dcroissance n'est cependant pas totale, car il existe des formes
microbiennes rsistantes mais celles-ci ne reprsentent qu'un faible pourcentage. Ainsi Zobell
indique que 99,9% des bactries des eaux uses meurent en 48 heures dans l'eau de mer, le reste
survivant plus d'un mois.
Il est classique de dcrire ainsi, la courbe de mortalit et de survie des germes des eaux
rsiduaires. D'abord, une phase de repos, au cours de laquelle la population reste sensiblement
constante. Sa dure est trs variable suivant les germes. Ensuite, apparat une phase de dcroissance
qui suit une courbe logarithmique au cours de laquelle la population subit une rapide diminution.
Puis, vient la phase de rsistance que l'on voit samorcer la fin de la phase de dcroissance et les
cellules bactriennes rsistantes commencent se multiplier.
Des tudes mathmatiques ont permis dexprimer sous forme de formules chiffres l'volution
des populations bactriennes des eaux rsiduaires mises en contact avec de l'eau de mer. I1 semble
d'ailleurs que les bactries ne soient pas seules subir ces effets antagonistes, les virus galement y
sont sensibles. Cette rsistance est d'ailleurs inversement proportionnelle la concentration initiale.
Elle volue paralllement l'abaissement de la temprature ainsi qu' l'addition d'eaux d'gout.
Cette action due l'eau de mer, n'est pratiquement valable qu la condition que l'eau de mer
soit frachement prleve et n'ait pas subi de traitement, en particulier, de chauffage.
Les rsultats des exprimentations montrs dans le tableau ci-dessous nous amnent aux
conclusions suivantes :
L'activit antibactrienne de l'eau de mer s'effectue sur les bactries pathognes d'origine
entrique des gouts; elle diminue si l'eau de mer est filtre; elle disparat si l'eau de mer est
autoclave; elle est pratiquement nulle si l'eau de mer est vieillie.
Ils confirment donc la prsence d'un facteur antibactrien dans l'eau de mer naturelle,
thermolabile et sensible au vieillissement.
Ce pouvoir auto-purateur varie dans le temps et dans l'espace et que son intensit d'action
n'est pas constante. Elle dpend des phnomnes biologiques qui les conditionnent.
Le milieu marin est donc loin de reprsenter un milieu favorable aux micro-organismes
terrignes. C'est un milieu de temprature basse, auquel il manque un taux de matires organiques
suffisant pour le dveloppement microbien, encore que, prs des gouts, l'apport en substances
azotes ne soit pas ngligeable. Certains auteurs ont pens que des facteurs comme la salinit ou les
taux de mtaux lourds dissous (Cu, Zn, Co, Ni, Pb, Hg) avaient une influence entravante pour la
multiplication des agents bactriens. En ralit, les quantits de mtaux dissous dans l'eau de mer
sont bien au-dessous des seuils limitants et la salinit ne joue pas un rle important, car on connat
beaucoup de bactries qui peuvent tre cultives dans des milieux hypersals, ces espces
halophiles ou halotolrantes ayant par ailleurs des temps de survie particulirement courts en eau de
mer frache (Staphylococcus aureus).
Ce sont donc surtout des phnomnes d'ordre biologique qui interviennent dans cette autopuration, et non pas des phnomnes simplement chimiques.
En effet, ct des phnomnes de dfense passive du milieu, il existe des phnomnes actifs,
intervenant directement contre les bactries rejetes dans la mer. Ces phnomnes se diffrent selon
l'endroit o se produisent ces attaques contre les bactries rejetes.
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Tableau (02) : Survie de quelques bactries rejetes dans leau de mer [40]
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Dans la zone d'estuaire, proche de l'arrive des eaux d'gouts, le taux bactrien est lev :
une ville de 300 000 habitants rejette environ 1,5m3 deaux rsiduaires par seconde, donc chaque
centimtre cube contient en moyenne 2 3 millions de germes bactriens. Dans cette zone
d'estuaire, divers mcanismes auto-purateurs apparaissent, relevant de l'action de microprdateurs
tels que les bactriophages ou les Bdellovibrio bacteriovorus. Des tudes ont montr que ces
bactries parasitent les germes entriques habituels dans l'eau d'gout et les font clater. Ces
phnomnes sont trs actifs et importants dans la zone d'estuaire. De plus, il existe des
macroprdateurs, des animaux pluricellulaires, qui se nourrissent directement des bactries rejetes.
Dans la zone benthique, qui comprend la couche sdimentaire et la strate aqueuse qui la
recouvre, on voit jouer un double phnomne: l'action antagoniste des bactries spcifiquement
marines et l'activit antiseptique des scrtions algaces. Les bactries marines sont en effet trs
nombreuses dans la couche sdimentaire benthique, o elles atteignent couramment des
concentrations de 108 109 cellules/g de boue. Elles y trouvent une richesse en matires organiques
qui favorise leur dveloppement ; elles y jouent le rle que les bactries du sol jouent au niveau des
terres merges et sont l'origine des cycles de la matire.
Des travaux ont permis de dterminer certains mcanismes biologiques qui sont la base de
cette action antagoniste. Ils nous ont conduit considrer que la destruction des antagonismes
interspcifiques existant au sein des populations indignes et qui s'exercent d'une manire
particulirement intense vis--vis des germes terrestres trangers , dont la comptitivit est trs
faible par rapport celle des micro-organismes adapts au milieu marin. De tels antagonismes
s'exercent en fait par l'intermdiaire de substances chimiques antibiotiques ou enzymatiques.
D'autre part, dans cette zone benthique, existent des algues qui tapissent le fond de la mer ; or, ces
vgtaux rejettent dans le milieu environnant des substances qui ont une action fortement
antibactrienne : ce sont en particulier des phnols, des tanins, divers drivs terpnodes et
certaines substances de dgradation des chlorophylles.
Ainsi donc, dans cette zone benthique, on trouve d'une part un mcanisme de type antibiotique
d aux bactries spcifiquement marines et d'autre part un mcanisme de type antiseptique d aux
algues.
Au niveau de l'immense domaine plagique, o est rejete la majeure partie des bactries
entranes dans les couches d'eaux superficielles et vhicules par les courants, les mcanismes
d'auto-puration sont vraisemblablement plus complexes. On retrouve, les actions prdatrices dues
aux petits crustacs planctoniques, mais c'est par ailleurs dans cette zone plagique que se trouve la
plus grande partie de la biomasse phytoplanctonique. Il a t montr que le phytoplancton, ou du
moins certaines espces, librait dans l'eau de mer des substances qui ont une action antibactrienne
et qui achvent de dtruire la plus grande partie des bactries qui diffusent dans ces zones
plagiques. Il s'agit l surtout de micro-algues appartenant essentiellement la classe des
Diatomes et celle des Chrysophyces. La nature chimique de certaines de ces substances a pu
tre dtermine : il s'agit d'un acide gras en C20, et d'un arabinosyl-nucloside dans le cas d'une
Diatome trs abondante, Asterionella japonica (Planche 01) et de l'acide acrylique naissant chez
une Chrysophyce commune dans les eaux froides polaires, Phaeocystis pouchettii.
Il a t montr que la proximit d'une espce de Pridinien Prorocentrum micans et d'une
espce de Diatome antibiotico-productrice Asterionella japonica, arrte la synthse de la
substance antibiotique secrte par cette Diatome, en bloquant ainsi l'action antibactrienne. Le
tlmdiateur excrt dans le milieu par le Pridinien et agissant distance tait une protine qui se
retrouve dans les cellules de Prorocentrum micans et dans le milieu o il a vcu. Cette action
spcifique s'effectue ainsi par un processus biologique trois tages, dont chaque tape a pu tre
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Planche (01) : L'antibiogramme obtenu par un extrait de Diatome sur une culture bactrienne
(Staphylococcus aureus) [40]
Ainsi, dans l'ensemble du milieu marin, s'tablit un certain nombre de dispositifs qui, par le jeu
altern de diffrents facteurs antagonistes spcifiques, rglent d'une manire constante la pollution
bactrienne d'origine terrestre. Cette notion d'quilibre biologique constamment rattrap constitue
un des lments de base les plus importants du milieu marin : sa stabilit.
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
possdent pourtant toutes leurs capacits, tout leur potentiel enzymatique en particulier ; on dit
souvent quelles sont viables cest dire aptes vivre et crotre.
La mortalit des bactries pathognes est influence par les facteurs environnementaux :
Le taux de mortalit augmente avec la temprature. Il est donc plus lev en t quen hiver
cause de la temprature mais aussi du fait de laction du rayonnement solaire.
Il est bien connu galement que les valeurs de pH comprise entre 6 et 8 sont les plus favorables
la survie ; les fortes acidits ou alcalinits sont nuisibles ; les modifications subites de pH, au
dessus ou en dessous de la neutralit, acclrent la vitesse de la mortalit dune faon
considrable.
Larobiose serait aussi plus favorable la survie que lanarobiose.
Le rle des facteurs nutritionnels est complexe : un taux de substances nutritives lev, comme
celui qui se prsente dans les effluents deaux uses ou dans les suspensions de matires fcales,
peut prolonger la survie ou mme favoriser la croissance bactrienne. Dun autre point de vue,
ces constituants peuvent favoriser la croissance des prdateurs bactriens. En prsence dun taux
faible de substances on observe habituellement une rduction substantielle des bactries [23,41].
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Tableau (03) : Principales caractristiques pidmiologiques de quelques agents pathognes prsents dans les excrta [04]
Agents pathognes
Concentration
dans
les excrta (a)
(b)
(c)
Latence
Persistance
Multiplication
en dehors de
lhte humain
Dose
infectieuse
mdiane
(ID50) (d)
Rservoir
important
autre que
lhomme
Hte
intermdiaire
E(?)
E
Oui
Non ( ? )
Aucun
Aucun
Bactries
(f)
Campylobacter jejuni
(e)
Escherichia coli
Salmonella
S. typhi
Autres salmonelles
107
108
0
0
7 jours
3 mois
Oui
Oui
108
108
0
0
2 mois
3 mois
Oui
(f)
Oui
E
E
Non
Oui
Aucun
Aucun
Shigella spp
107
1 mois
(f)
Non
Aucun
1 mois ( ? )
Oui
Oui
Non
Aucun
10
urine ( ?)
0
0
3 mois
7 jours
Oui
Non
E(?)
F
Oui
Oui
Aucun
Aucun
107
106 ( ? )
106 ( ?)
0
0
0
3 mois
Non
Non
Non
F
F ( ?)
F ( ?)
Non
Non
Non ( ? )
Aucun
Aucun
Aucun
104
102
10 jours
7 jours
1 an
3 mois
Non
Non
F
F
Non
Non
Aucun
Aucun
104
2 mois
9 mois
Non
Non
Buf (T.saginata)
ou porc (T.solium)
4 /ml durine
40
40
5 semaines
7 semaines
4 semaines
2 jours
2 jours
2 jours
F
F
F
Non
Oui
Non
Mollusque
Mollusque
Mollusque
105
25 jours
Non
Non
Aucun
25 jours
Non
Oui
Aucun
10
Vibrio cholerae
Yersinia enterolitica
Leptospira spp
(f)
Virus
(g)
Entrovirus
Virus de lhpatite A
Rotavirus
Helminthes
Ascaris lumbricoides
Ankylostome
(h)
Taenia saginata
et Taenia soliste
(i)
Schistosoma
(i)
S.haematobium
(j)
S.japonicum
(i)
S.mansoni
Oui
Oui
Oui
(k)
(k)
(k)
Protozoaires
Entamoeba histolytica
Giardia lamblia
10
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
(a)
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Bactries
classification
microorganisme
Aeromonas spp
Campylobacter jejuni/
Campylobacter coli
Clostridium perfringens
E.coli
entropathognes,
entrotoxiques,
entroinvasives
Legionella pneumophila
Leptospira spp
Pseudomonas aeruginosa
Salmonella typhiques
et paratyphiques
Salmonella typhimurium
Salmonella enteridis
Shigella dysenteriae
Shigella sp
Staphylococcus aureus
Vibrio cholerae ;Vibrio spp
Vibrio parahaemolyticus
Yersinia enterolitica
Adnovirus
Virus
Entrovirus
Hpatite A virus(HAV)
Hpatite E virus(HEV)
Papilloma virus
Rotavirus
pathologie
Origine de contamination
GE et syndromes cholriques
GE
I
I
GE
GE et syndromes cholriformes
I
I
Pneumopathie ,fivre
Leptospiroses ictrohmorragiques
Infections cutanes, suppuratives,ou ruptives
Surinfections ,pneumopathies
Fivres typhodes
Inhalation darosols
C (baignade,eaux,aliments)
C
GE
Infections systmiques
GE et dysentrie
GE
Infections cutanes
suppuratives
GE et cholera
infections cutanes
GE
GE
GE
Pharyngite,conjonctivite
Poliomylite,affections
neurologiques,respiratoires,cutanes,musculaires
et cardiaques
Hpatites
I
I
C,piscines
I
verrues
GE
C (en piscine)
I
I (eaux,coquillages)
I
C (baignades)
C
I (eaux,coquillages)
Coquillages,poissons
I (eaux,coquillages)
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Fungi
Helminthes
Protozoaires
classification
microorganisme
pathologie
Origine de contamination
Amibes :
Naegleria,Entamoeba ,
Acanthamoeba,Balantidium
Amibiase
kratite
I (kystes)
C
Cryptosporidium pavum
GE
Giardia lamblia,
Giardia intestinalis
GE
giardiase
I (kystes)
Anguillules
anguillulose
Ankylostoma duodenale
Ankylostoma brasiliensis
Ascaris lumbricoides
Schistosoma
Taenia saginata
Taenia solium
Candida albicans
Dermatophytes :
Trichophyton,Microsporium
Trichosporium
Ankylostomiase
C (baignades en piscine)
I
C (larves)
Ascaridiose
Bilharziose
Teniasus
I (larves)
C (voie transcutane)
I irrigation par eaux uses
Candidose
Mycoses cutanes
C(baignades en mer,piscines)
C(eaux de mer,sables)
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Cause
Eaux contamines
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
seulement ont t reconnus responsables de maladies associes aux produits de la mer. Il sagit des
virus suivants :
- Hpatite type A (HAV)
- Calcivirus
- Virus de Norwalk
- Astrovirus
- Agent pathogne (Snow Mountain)
- Non-A et Non-B
Les virus sont inertes en dehors de la cellule de lhote vivant, mais ils survivent. Cela signifie
que quelles que soient les conditions de temps, de temprature ou autres caractristiques physiques,
ils ne se multiplient pas dans leau ou les coquillages et crustaces. Leur prsence dans ces derniers
ne peut tre que le rsultat dune contamination, due soit des manipulateurs infects soit une eau
pollue. Les coquillages qui filtrent leur alimentation ont tendance concentrer les virus prsents
dans leau dans laquelle ils vivent. La concentration des virus dans les coquillages est beaucoup
plus importante que dans leau ambiante [55].
Tableau (06) : Bactries pathognes transmises par les produits de la mer [55]
Bactries indignes (groupe 01)
Clostridium botulinum
Vibrio sp
Vibrio cholerae
Vibrio parahaemolyticus
Autres vibrions *
Aeromonas hydrophila
Plesiomonas shigelloides
Listeria monocytogenes
Salmonella sp
Shigella
E.coli
Staphylococcus aureus
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Srotypes
Mcanisme
Toxines
Plasmide
Taille
Entropathognes
ECEP
Aigue et chronique
Enfants moins de
1 an
Entrohmorragiques
ECEH
sanglante
Intoxication
alimentaire
Entrotoxiques
ECET
liquide
Enfants et voyageurs
O26,O55,O66,
O111,O114,O19,
O125,O126,O127,
O128,O142
adhrence
Dysentrique ?
OUI
55-72 Md
O157
O5,O6,O15,O20,
O25,O27,O63,O78,
O80,O85,O115,O128,
O148,O159
attachement
LT/ST
OUI
Pas invasif
Dysentrique
OUI
30-75 Md
Entroinvasifs
ECEI
Dysentrique
Adultes et
intoxication
alimentaire
O26,O112,O124,
O136,O143,O144,
O147,O152,O164
Envahissement
Dysentrique
OUI
140 Md
Caractres biochimiques :
E.coli appartient la famille des Enterobacteriaceae qui se dfinit par les caractres suivants :
Les principaux genres dcrits dans cette famille sont : Escherichia, Citrobacter, Enterobacter,
Hafnia, Klebsiella, Morganella, Proteus, Providencia, Salmonella, Shigella, et Yersinia.
les principaux caractres biochimiques positifs dE.coli sont :
indole (+) (exceptions) ; ONPG (+) (exceptions) ; mannitol (+).
les caractres suivants sont positifs de faon moins constante : mobilit, LDC, ODC,
production de gaz lors de lattaque du glucose,
sont toujours ngatifs : ure, TDA, VP, citrate de Simmons [61].
Traitement :
Le traitement curatif dune diarrhe aigue est avant tout un traitement symptomatique par la
rhydratation. La diarrhe des voyageurs peut tre prvenue par des mesures dhygine ou par la
prise dantibiotiques pour certaines. Les fluoroquinolones ou le cotrimoxazole sont utiliss titre
curatif. La mise au point du vaccin anti-turista progresse [61].
2. Salmonella :
Habitat :
Les Salmonella sont des parasites de lhomme, des mammifres (rongeurs), des oiseaux
(volailles) et des animaux sang froid (reptiles). Elles sont responsables, aprs pntration par voie
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
3. Shigella :
Habitat, pouvoir pathogne, pidmiologie :
Les shigelles sont des bactries strictement humaines. Elles ne font pas partie de la flore
intestinale normale; on ne les trouve que chez les malades, les convalescents et les porteurs sains.
Elles sont responsables de lhistorique "dysentrie bacillaire" qui dcimait les armes en campagne.
Actuellement, elles sont la cause, chez ladulte, de colites infectieuses et chez lenfant, de gastroentrites svres avec diarrhe mucopurulente et sanglante, fivre et dshydratation. Ces infections
surviennent par petites pidmies familiales ou "de cantine". En France, cest Shigella sonnei que
lon isole le plus souvent [60].
En ce qui concerne la transmission de Shigella en eau de mer, on a pu dmontrer que la
shigellose, une maladie qui pouvait tre cause par lingestion de 10 100 microorganismes
seulement, pouvait tre contracte au cours de baignades dans des eaux pollues [49].
Physiopathologie :
Aprs pntration par voie orale, les Shigella envahissent la muqueuse de la partie terminale de
lilon et du gros intestin. La dose infectante serait de 100 bactries. Elles y forment des microabcs qui donnent naissance des ulcrations superficielles qui saignent et se recouvrent dune
pseudo-membrane faite de mucus, de dbris cellulaires, de leucocytes et de Shigella. La virulence
est lie la prsence de grands plasmides (120-140 Md) codant pour des protines ncessaires la
phagocytose par les cellules M des plaques de PEYER et la multiplication intracellulaire, et au
passage de cellule cellule. Certaines souches de Shigella produisent aussi une toxine activit
entrotoxique et neurotoxique, responsable du syndrome hmolytique urmique (SHU) [57,65].
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Caractres biochimiques :
Les Shigella sont des entrobactries faible pouvoir mtabolique, toujours immobiles. Elles
sont extrmement proches des E.coli [60], mais ne fermentant pas le lactose. Elles ont les caractres
suivants :
4. Yersinia enterolitica :
Habitat :
Bactrie ubiquitaire, trouve chez lanimal et dans lenvironnement (sol,eaux), contaminant
lhomme et les animaux par voie digestive. Yersinia enterolitica est surtout responsable de gastroentrites, mais aussi des syndromes appendiculaires, des polyarthrites, ou un rythme noueux [60].
Pouvoir pathogne naturel :
Le bacille pntre par voie digestive et se multiplie dans les ganglions msentriques. Chez le
sujet fragilis, lvolution peut se faire vers la septicmie. Lentrocolite Yersinia enterolitica est
le plus souvent particulire: elle est dbut brutal et associe diarrhe intense, vomissements,
douleurs abdominales et fivre [61].
Caractres biochimiques :
Les Yersinia prsentent les caractres gnraux des Enterobacteriaceae cits prcdemment.
Les lments importants de lidentification sont : labsence de mobilit 37C et la mobilit en
dessous de 29C. La raction de lurase est toujours fortement et rapidement positive. Le test de
lONPG est positif. Labsence de LDC et dADH est constante. La production de H2S et la culture
sur citrate de Simmons sont ngatives [61].
Traitement :
La streptomycine semble lantibiotique de choix, avec la ttracycline et le chloramphnicol
[57].
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
5. Vibrio :
5.1.Vibrio cholerae :
Habitat :
Vibrio cholerae se trouve dans les selles des malades et de certains sujets (porteurs sains). Il
survit dans les eaux pollues ainsi que sur les objets contamins.
Lhomme peut tre infect par ingestion deau ou daliments contamins, et par contact interhumain direct [57,66,67].
Pouvoir pathogne :
Aprs ingestion, V.cholerae se multiplie dans lintestin grle sans traverser la paroi intestinale.
Il libre une exotoxine thermolabile protique (entrotoxine) dont laction dj dcrite chez E.coli
(ECET) entrane une hyperscrtion deau et de chlorures dans la lumire intestinale et inhibe la
rabsorption du sodium. La dose infectante est importante, de lordre de 108 bactries.
Aprs une incubation de 1 4 jours, le dbut de la maladie est brutal et marqu par des nauses,
des vomissements, une diarrhe profuse et des crampes abdominales. Les selles ressemblent de
leau de riz et contiennent du mucus, des cellules pithliales et beaucoup de vibrions. Les pertes en
eau (plusieurs litres deau par jour) et en lectrolytes entranent dshydratation, collapsus
circulatoire et anurie. En labsence de traitement, la mort survient en 2 5 jours dans 50% des cas
environ [57,67,68,69].
Caractres biochimiques : [61]
-Mtabolisme respiratoire : oxydase (+), catalase (+), nitrate-rductase (+).
-Mtabolisme glucidique :
-glucose (+) ferment sans gaz, saccharose (+),
-lactose (-), ONPG (+), arabinose (-),
-VP (-) pour biotype classique, (+) pour El Tor.
-Mtabolisme protique :
-glatine (+), indole (+),
-LDC (+), ODC (+), ADH (-).
-Mtabolisme lipidique :
-estrase (+), lcithinase (+).
Traitement :
-Le traitement curatif: la rhydratation et le remplacement des lectrolytes constituent
lessentiel du traitement. Ladministration orale de cyclines raccourcit la priode dexcrtion des
vibrions et diminue la diarrhe.
-Le traitement prventif: la prophylaxie repose surtout sur lhygine gnrale [57].
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
6. Aeromonas hydrophila :
Habitat :
Aeromonas hydrophila a une rpartition gographique mondiale et les eaux douces, les eaux
de faible salinit, la vase, les sdiments et, dune manire gnrale, lenvironnement aquatique
constituent lhabitat principal de ce germe.
A.hydrophila peut contaminer les eaux de boisson dans lesquelles leur nombre est plus
important lors des saisons chaudes. La contamination des eaux potables et des eaux dabreuvement
des animaux pourrait expliquer linfection de mammifres domestiques non infods au milieu
aquatique ainsi que le portage intestinal mis en vidence chez lhomme, les bovins les ovins, les
chevaux, les chiens et les chats. Les vgtaux et divers aliments dorigine animale tels que les
poissons et produits de la mer, viande de bufs, de veaux, dagneaux, et de volailles peuvent tre
contamins [55,73,74].
Les espces Aeromonas peuvent tre isoles dans les matires fcales des animaux sang
chaud, les eaux uses, leau douce et les eaux sales qui sont en interface avec des eaux douces.
Aeromonas a t trouv des pH allant de 5,2 9,8 et des tempratures comprises entre 4 et
45 C. On ne le considre pas comme halophile, parce que sa tolrance au sel varie entre 0 et 4%
[49,62].
Pouvoir pathogne :
Les infections chez les humains provoques par Aeromonas surviennent de faon
prdominante pendant la priode qui stend de mai novembre, probablement en raison de
lorigine aquatique des bactries. Les infections causes par Aeromonas ont t divises en quatre
catgories:
Les facteurs de pathognicit ont fait lobjet de nombreux travaux: ces bactries peuvent
produire des hmolysines, des endotoxines, des cytotoxines, des protases et elles possdent des
facteurs dattachement. De plus, certaines souches de A.hydrophila produisent une arolysine qui
est une protine extracellulaire, hydrophile, doue la fois dune activit hmolytique et cytolytique
[55,73]. Les espces Aeromonas provoquent des troubles diarrhiques aigus voluant spontanment
la gurison, et dont la spcificit est confirme par la dcouverte de diverses exotoxines. Lune
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
dentre elles, lentrotoxine cytotoxique, a t dtecte chez le jeune souriceau. Cest une molcule
thermolabile et acidophile qui provoque une lyse cellulaire dans les cultures de tissus [49].
Caractres biochimiques :
Les principaux caractres biochimiques permettant didentifier A.hydrophila sont les suivants :
oxydase (+), nitrate-rductase (+), glucose (+), VP (+), activit dhmolyse du sang de mouton (hmolyse visible sur la glose au sang) [61].
Traitement :
A.hydrophila est rsistante aux pnicillines, sensible aux aminosides(sauf la streptomycine), au
chloramphnicol ,aux ttracyclines, au trimthoprime-sulfamthoxazole [56].
7. Campylobacter jejuni :
Habitat :
Campylobacter jejuni est une bactrie commensale du tube digestif des volailles,qui peut tre
isole partir des eaux de surface contamines, de la boue, chez le btail et chez les chiens et les
chats. Les oiseaux en particulier constituent un rservoir bien document, car de faibles quantits de
fientes doiseaux tombes dans leau peuvent librer de nombreux micro-organismes de
Campylobacter [23,49].
Pouvoir pathogne :
C. jejuni est une autre espce voisine C. coli , sont responsables de gastro-entrites chez
lhomme.
Sous sa forme la plus habituelle, lentrite C.jejuni survient aprs une incubation de 1 3
jours, elle se caractrise par de la diarrhe (constante), des douleurs abdominales (frquentes), de la
fivre(inconstante) et, quelquefois, des vomissements. La gurison survient spontanment en une
semaine environ [23,61].
Les Campylobacter sont dous dun caractre invasif permettant de pntrer dans les
entrocytes. Ils possdent deux toxines: une cytotoxine thermolabile voisine de la toxine cholrique
responsable de la diarrhe et une toxine thermostable voisine celle produite par Shigella ayant une
activit cytotoxique [61].
Les modes de transmission aux humains comprennent le contact avec des animaux,la
manipulation de poulet cru,le contact entre personnes et la consommation daliments contamins,
de lait non trait et deau [49].
Traitement :
Lantibiotique de choix est lrythromycine. Les Campylobacter sont aussi sensibles aux
aminosides, aux ttracyclines,au chloramphnicol et la combinaison amoxicilline-acide
clavulanique. La sensibilit lampicilline est inconstante [61].
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
8. Pseudomonas aeruginosa :
Habitat :
Pseudomonas aeruginosa est une bactrie ubiquitaire trs rpandue dans la nature [56]. Elle
vit normalement ltat saprophyte dans leau et le sol humide ou sur les vgtaux. Elle rsiste mal
la dessiccation. Elle fait partie de la flore commensale de lhomme. On le trouve dans le tube
digestif,la peau et les muqueuses et rarement la salive. Le bacille pyocyanique peut survivre et se
multiplier dans une infinie varit de liquides et de milieux,de supports et de matriels,surtout sils
sont humides [61,75,76,77].
Facteurs de virulence :
Le bacille pyocyanique labore des protines et des substances toxiques pour lhomme,lanimal
et les plantes. On distingue principalement :une hmolysine thermostable, des exo-enzymes
(protases, phospholipase) et des toxines protiques (exotoxine, entrotoxine). Sa virulence est
multifactorielle [61].
Tableau (08) : Facteurs de virulence de Pseudomonas aeruginosa [77]
Facteur de virulence
Effet(s) biologique(s)
Facteurs extracellulaires
Exotoxine
Dommage cellulaire
Toxique pour les macrophages
Phospholipase et glycolipide
Protases
Facteurs intracellulaires
Lipide A
Effets endotoxiques
Antigne O
Polysaccharide mucode
Effets anti-phagocytaires
Diminution de la fonction pulmonaire
Pili
Adhrence de lpithlium
Slime polysaccharidique
Pouvoir pathogne :
P.aeruginosa est considr comme une bactrie pathogne opportuniste cest le germe-type des
infections hospitalires ou nosocomiales [61].
Les infections P.aeruginosa sont remarquablement polymorphes dans leurs expressions
cliniques et dans leurs localisations. Elles sont rarement observes chez les sujets pralablement en
bonne sant. Il sagit alors dinfestations massives (nageurs de piscines contamines) ou
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Infections de loreille :
Une tude approfondie a permis de faire ressortir une relation entre la concentration de
P.aeruginosa dans les eaux de baignade et le risque dinfection de loreille [49].
P.aeruginosa nest pas un saprophyte courant du conduit auditif externe. Seul 1% des individus
sains en est porteur. Il est par contre isol chez 45-65% des sujets ayant une otite externe banale.
Celle-ci sobserve en particulier chez les nageurs en raison de la prdilection de la bactrie pour les
milieux humides (les normes exiges pour les eaux de baignade ne font pas mention des pathognes
hydriques dorigine non fcale comme P.aeruginosa), mais galement en zone tropicale ou aprs
un traumatisme.
Une forme dotite externe bacille pyocyanique a t dcrite sous le terme doreille des
plongeurs , atteignant les plongeurs en mer. P.aeruginosa est en cause galement dans les
prichondrites du pavillon [61,79].
Infections cutanes :
Des infections cutanes bacille pyocyanique peuvent sobserver en climat chaud et humide,
mais galement chez tout sujet en contact avec une eau contamine. Un risque existe galement
pour les baignades dans des eaux stagnantes ou mal renouveles ou non pures (gravires,anse du
bord de mer sans courants ou faible mare surpeuples en t) o sont associes, bien sr dautres
bactries hydriques [80]. Des srotypes de P.aeruginosa ont t isols dans des lsions cutanes de
baigneurs [49,79].
Entrites :
Leur mcanisme physiopathologique est proche de celui dautres entrites. Elles sont trs rares.
Parmi les formes cliniques des entrites P.aeruginosa on distingue :
- lentrite aigu conscutive lingestion daliments trs contamins.
- lentrite hydrique (Fivre de Shaga) avec un tableau de fivre typhode, lie labsorption
deaux pollues [80].
Caractres biochimiques : [81,82]
- Le mtabolisme glucidique est typiquement oxydatif sans acidification des milieux.
- La plupart des souches nattaquent aucun glucide, certaines cependant acidifient le glucose
sans dgagement de gaz.
- Les ractions de Voges-Proscauer et rouge de mthyle sont ngatives.
- Les nitrates sont rduits en nitrites puis en azote gazeux.
- P.aeruginosa possde une catalase, une cytochrome oxydase et une arginine dihydrolase.
Traitement :
Les antibiotiques ayant en gnral une bonne activit sur P.aeruginosa sont : la ticarcilline, la
pipracilline, lazlocilline, la ceftazidime la cefsulodine, limipinme et les aminosides. Les souches
rsistantes la colistine sont trs rares. Parmi les cyclines, la vibramycine est la plus active. Mais
lactivit de tous ces antibiotiques nest pas rgulire [61].
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
9. Staphylococcus aureus :
Habitat :
Bactries ubiquistes, trs rpandues dans la nature (air, eau, sol). Staphylococcus aureus est un
commensale de la peau et des muqueuses de lhomme et des animaux(rhino-pharynx,intestin). On le
trouve sur la muqueuse nasale dun tiers environ des sujets normaux. Elimin dans le milieu
extrieur, cette bactrie peut survivre longtemps dans lenvironnement [23,55,57,61,83].
Pouvoir pathogne :
Staphylococcus aureus est un germe pyogne responsable de la plupart des infections
suppures de la peau et des muqueuses ; il "surinfecte" souvent les plaies ngliges.
On distingue parmi les infections staphylococciques les formes suivantes :
formes cutanes : atteinte plus ou moins svre des follicules pilo-sbacs (folliculite, furoncle,
anthrax), atteinte pri-onguale (onyxis, perionyxis), atteinte du tissu sous-cutan(panaris,
phlegmons). Certaines formes superficielles (imptigo) peuvent se compliquer de lsions
bulleuses graves lorsque la souche de staphylocoque est productrice dexfoliatine [57,83].
formes muqueuses : otites, sinusites, mastodites, conjonctivites [56,57,84,85].
formes intestinales : soit intoxication alimentaire par absorption de toxine prforme dans les
aliments contamins (produits de mer) par un staphylocoque producteur dentrotoxines. Les
symptmes habituels qui peuvent survenir dans les 2-4 heures qui suivent la consommation
daliment sont les nauses, les vomissements et, parfois, la diarrhe. Les symptmes ne durent
gnralement pas plus de 24 heures mais, dans les cas graves, la dshydratation peut conduire
au choc et au collapsus [55,57,65].
Caractres biochimiques :
Lidentification de S.aureus repose sur la mise en vidence des caractres suivants : catalase
(diffrence avec les streptocoques), fermentation du glucose en anarobiose (diffrence avec les
microcoques), coagulase (diffrence avec S.epidermidis et S.saprophyticus), DNase thermostable
[57].
Traitement :
Dans le cas des staphylococcies cutano-muqueuses, localises les antibiotiques utiliser
sont principalement des macrolides ou apparents (rythromycine, pristinamycine).
Dans les staphylococcies graves une association de deux antibiotiques bactricides : btalactamines (oxacilline) + aminoside (gentamycine) ou fluoroquinolones (ofloxacine). En cas de
rsistance aux pnicillines, le traitement antibiotique sera un glycopeptide (vancomycine ou
teicoplanine) seul ou associ un autre antibiotique actif (aminosides, rifampicine, acide fusidique,
fosfomycine) [57].
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
e. Tinea unguis
Il sagit dune infection le plus souvent cause par T. rubrum et qui touche un ou plusieurs
ongles des mains ou des pieds. Longle spaissit, devient friable et perd sa couleur normale. Ceci
peut aboutir la formation dune masse dallure caseuse ou alors la perte de longle. Les
onychomycoses doivent tre distingues des onychodystrophies non infectieuses.
Mesures prendre :
- Traitement :
Traitement local avec des substances antimycotiques, par exemple des drivs imidazols. Le
traitement doit tre poursuivi au moins une semaine aprs la gurison clinique. Un traitement
systmique nest indiqu que dans certaines indications: atteinte des cheveux ou des ongles; mycose
tendue et rsistante au traitement local.
- Prvention primaire :
Serviettes et linges individuels. Nettoyage rgulier et complet des bains et des douches.
Traitement des personnes et des animaux infects [86].
2. Les candidoses :
La candidose est la mycose cause par le mycte dimorphe Candida albicans Contrairement
aux autres myctes pathognes, C .albicans est un membre de la flore normale du tractus digestif,
de lappareil respiratoire, du vagin et de la bouche [01,87]. Des vaginites Candida peuvent tre
contractes la suite de sjour sur les plages trs frquentes [03] .
Les lsions cutanes peuvent tre traites par des applications locales de substances comme le
caprylate de sodium, le propionate de sodium, le violet de Gentiane, la nystatine, le miconazole et la
trichomycine. Pour les candidoses systmiques on peut galement utiliser le ctoconazole,
lamphotricine B, le fluconazole et la flucytosine [01,65].
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
LDC
ODC
CIT
H2 S
URE
TDA
IND
VP
GEL
GLU
MAN
INO
SOR
RHA
SAC
MEL
AMY
ARA
OX
NIT
MOB
Escherichia coli 01
Escherichia coli 02
Escherichia coli 03
Escherichia coli 04
Shigella dysenteriae 01
Shigella dysenteriae 02
Shigella dysenteriae 03
Shigella flexneri
Shigella doydii 01
Shigella doydii 02
Shigella sonnei
Salmonella cholerae suis
Salmonella typhi
Salmonella spp
Salmonella para A
Salmonella typhisuis
Salmonella galinarum
Salmonella pullorum
Salmonella arizonae
Yersinia enterolitica
ADH
Espce
ONPG
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
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-
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-
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+
+
+
+
+
-
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Espce
ONPG
ADH
LDC
ODC
CIT
H2S
URE
TDA
IND
VP
GEL
GLU
MAN
INO
SOR
RHA
SAC
MEL
AMY
ARA
OX
NIT
MOB
Tableau (10) : Tableau de diffrenciation des bacilles Gram (-) non-entrobactries [88]
Aeromonas hydrophila
Vibrio cholerae
Vibrio alginolyticus
Vibrio parahaemolyticus
Vibrio vulnificus
Pseudomonas aeruginosa
Pseudomonas fluorescens
Pseudomonas putida
Pseudomonas cepacia
Pseudomonas maltophila
Pseudomonas stutzeri
Pseudomonas pseudomallei
Pseudomonas paucimobilis
Pseudomonas spp
+
+
+
+
-
+
+
+
-
+
+
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+
+
-
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Espce
Staphylococcus aureus
Staphylococcus auricularis
Staphylococcus capitis
Staphylococcus caprae
Staphylococcus camosus
Staphylococcus chromogenes
Staphylococcus cohnii spp cohnii
Staph. cohnii ssp urealyticum
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus haemolyticus
Staphylococcus hominis
Staphylococcus hyicus
Staphylococcus lentus
Staphylococcus lugdunensis
Staphylococcus saprophyticus
Staphylococcus schleiferi
Staphylococcus sciuri
Staphylococcus simulans
Staphylococcus warneri
Staphylococcus xylosus
Catalase GLU
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
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LAC MAN
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NIT
VP
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SAC
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+
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+
ADH URE
+
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+
+
+
+
+
+
+
-
+
+
+
+
+
+
+
MAN(anarobie) coagulase
+
+
+
+
-
+
-
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Coliformes dorigine
aquatique ou tellurique
Esherichia
E.coli
Citrobacter
C.freudii
C.koseri
C.amalonaticus
Enterobacter
E.cloacae
E.aerogenes
Klebsiella
K.oxytoca
K.pneumoniae
Salmonella
Sous-espce 3a*
Sous espce 3b*
Shigella
S.sonei*
Yersinia
Y.enterolitica
Serratia
Thermotrophes
ou thermotolrants**
E.amnigenus
E.dissolvens
E.intermedius
E.nimipressularis
E.asburiae
E.gergoviae
E.hormaechei
E.sakazakii
E.taylorae
K.planticola
K.terrigena
K.ornithinolytica
K.ozenae
Y.aldovae
Y.bercovieri
Y.frederiksenii
Y.intermedia
Y.kristensenii
Y.mollareti
Y.rohdei
S.fonticola
S.grimesii
S.liquefaciens
S.plymuthica
S.proteamaculans
S.rubidae
Hafnia alvei
Psychrotrophes
ou psychrotolrants
Msophiles ou thermotrophes
ou psychrotrophes
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
a. Si le rapport CF/SF est suprieur ou gal 4 (CF/SF 4), la source probable de contamination
est les dchets humains.
b. Si le rapport CF/SF est infrieur ou gal 0,7 (CF/SF 0,7), la source probable de
contamination est les dchets de btail ou de basse-cour.
c. Si le rapport CF/SF est compris entre 0,7 et 4 (0,7< CF/SF >4), la source probable de
contamination est la fois les dchets humains et animaux [99].
Les streptocoques fcaux, les meilleurs indicateurs de contamination dans leau de mer :
Dans leau de mer, le groupe des entrocoques reprsente le meilleur indicateur disponible de
la contamination fcale en provenance danimaux sang chaud. Ils survivent plus longtemps dans
leau de mer que les coliformes fcaux. En plus, il existe une corrlation positive entre les affections
gasrtro-intestinales et les niveaux dentrocoques dans leau de mer [49,53,54,100].
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Comme ils ont tendance survivre et saccumuler, on risque de les retrouver trs loin, dans le
temps et dans lespace, de la source de pollution, ce qui peut donner lieu des fausses alertes
[56,98].
Par ailleurs, les Clostridium sulfito-rducteurs sont souvent considrs comme des tmoins de
pollution fcale. La forme spore, beaucoup plus rsistante que les formes vgtatives des coliformes
et des streptocoques fcaux, permettrait ainsi de dceler une pollution fcale ancienne ou
intermittente [04].
6. Microorganismes pathognes :
Les microorganismes pathognes dorigine fcale pourront tre recherchs pour constater la
matrialisation dun danger vis--vis duquel la prsence de bactries fcales joue le rle de signal
dalarme. Cet examen est souvent pratiqu en liaison avec les examens biologiques effectus chez
des malades atteints dune maladie infectieuse dont on souponne une origine hydrique.
En fait, seules les Salmonella et les Shigella sont des bactries frquemment recherches, en
dehors de cas dpidmies. Ces dernires annes cependant, une certaine importance a t attribue
aux Yersinia, aux Campylobacter, aux virus et aux parasites. Les risques sanitaires provenant de
microorganismes dorigine non fcale sont surtout importants au cours des baignades et pratiques
thermales. Ils ne peuvent tre valus que par la recherche des pathognes eux-mmes :
Pseudomonas aeruginosa, Staphymococcus aureus, Legionella pneumophila, Aeromonas
hydrophila, Vibrio chlerae, V.parahaemolyticus sont les plus frquemment recherchs [04,49].
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Les paramtres microbiologiques : trois indicateurs de contamination fcale sont recherchs : les
coliformes totaux, les coliformes fcaux ou Esherichia coli et les streptocoques fcaux. En cas
de pollution avre, dautres microorganismes (salmonelles, entrovirus) peuvent tre
recherchs.
Les paramtres physicochimiques : six font lobjet dune valuation qualitative visuelle ou
olfactive sur terrain. Les trois premiers participent au calcul du classement des eaux de
baignade :
1. les mousses ;
2. les phnols ;
3. les huiles minrales ;
4. la couleur ;
5. les rsidus goudronneux et les matires flottantes ;
6. la transparence.
En fonction des circonstances de terrain, dautres paramtres peuvent tre mesurs : pH,
nitrates, phosphates, chlorophylle, micropolluants,[48,102].
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Eaux de bonne qualit, catgorie A : respect des valeurs guides et impratives de la directive,
Eaux de qualit moyenne, catgorie B : respect des valeurs impratives,
Paramtres
500
100
100
-
10000
2000
400(en projet)
(2)
0
(2)
0
pH
Coloration
6-9
Pas de changement anormal de la
(1) (2)
couleur
Pas de film visible la surface de leau
(2)
et absence dodeur
Microbiologiques
Coliformes totaux/100 mL
Coliformes thermotolrants/100 mL
Streptocoques fcaux/100mL
Salmonelles/1L
Entrovirus PFU/ 10L
Physicochimiques
(2)
(3)
0.3
(1) (2)
0.3
(2)
0.005
2
80-120
(2)
Absence
(3)
(2)
(3)
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
sensibilit, elle exprime un phnotype de rsistance quon peut identifier et dont on doit tenter de
dterminer le mcanisme. Ces phnotypes sont souvent dsigns par les initiales des antibiotiques
devenus inactifs : ainsi une souche rsistante la kanamycine, la tobramycine et la gentamycine
appartient au phnotype KTG [116].
5. Mcanismes de rsistance :
Pour tre efficace, un antibiotique doit parvenir au contact de la bactrie, ce qui implique quon
tienne compte, dans la prescription, des donnes pharmacologiques telles que la posologie, la voie
dintroduction, la diffusion tissulaire et le mtabolisme de la molcule. Il doit ensuite pntrer dans
la bactrie, ny tre ni dtruit ni modifi, se fixer une cible et perturber ainsi la physiologie
bactrienne. Si lune de ces conditions nest pas remplie, lantibiotique, mme correctement
administr, se rvle inefficace. Ce phnomne appel rsistance est lourd de consquences et doit
tre, si possible, dpist au laboratoire.
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
Escherichia
Salmonella
Proteus
Serratia
Klebsiella
Pseudomonas
Enterobacter
Acinetobacter
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
rsistantes sont capables doprer des transformations dangereuses (mthylation) partir des
mtaux toxiques comme le mercure, le cadmium, le plomb, ltain. La forme mthyle qui
saccumule dans les chanes biologiques marines jusquaux poissons est 50 100 fois plus toxique
que la forme inorganique initiale (Hg++). Il serait dun grand intrt de connatre les conditions
dans lesquelles cette transformation stablit, au niveau de quel site : sdimentaire ou bien grce
des htes biologiques comme le poisson, quels en sont les mcanismes gntiques.
La toxicit du milieu aquatique, marin en particulier, et son volution, pourront tre mieux
apprhendes par une meilleure connaissance de ces phnomnes microbiologiques [03].
la nature de lantibiotique ;
la nature du sdiment ;
les conditions environnementales.
Toutefois la prsence des antibiotiques dans les sdiments entrane trois consquences :
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
I. Matriel :
-
Avant chaque utilisation, la verrerie doit tre soigneusement lave, rince, sche et strilise
au four Pasteur 180C pendant 2 heures .
II. Mthodes :
1. Prlvement des chantillons :
Un examen bactriologique ne peut tre valablement interprt que s'il est effectu sur un
chantillon correctement prlev, dans un rcipient strile, selon un mode opratoire prcis vitant
toute contamination accidentelle, correctement transport et conserv dans des conditions
satisfaisantes [04,126].
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
Plage Chappuis :
Plage qui s'tend sur une distance de 800 m. Cette plage trs surveille, est implante en milieu
urbain o le nombre d'habitants est plus lev que celui de la plage Saint-Cloud. Elle est trs
frquente en regard de l'existence d'une infrastructure caractre lucratif et de restauration. On
note un dversement d'gout directement la mer. .
Plage Belvedere :
Plage loigne de l'agglomration, nanmoins, il existe plusieurs chantiers de construction.
Saisons
Dates de prlvement
Hivers
18 fvrier 2003
15 mars 2003
28 avril 2003
02 juin 2003
09 aot 2003
14 septembre 2003
02 novembre 2003
08 fvrier 2004
Printemps
Et
Automne
Hiver
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
Milieu de culture :
La glose tryptone-glucose-extrait de levure (T.G.E.A) [M1] permet la croissance des
microorganismes arobies et aro-anarobies facultatifs ne prsentant pas d'exigences particulires
[06].
Mode opratoire : [04]
- Prlever une prise d'essai de 0,1 ml de l'chantillon analyser, et la dposer la surface du
milieu en bote de Ptri.
- Etaler soigneusement la goutte sur la surface du milieu.
- Procder de mme, pour les diffrentes dilutions : 10-1,10-2, 10-3, 10-4.
- Les botes ensemences sont incubes 37C pendant 24 heures.
Lecture :
Le comptage de micro-organismes contenus dans 1 ml d'chantillon n'est autre que le nombre
de colonies comptes, multipli par 10, et ventuellement par l'inverse du rapport de dilution [04].
Le nombre de germes totaux retenu est la moyenne arithmtique des nombres de germes
trouvs pour les diffrentes dilutions. Les rsultats sont exprims en nombre d'units formant
colonies (U.F.C) par millilitre d'eau et sont rapports ensuite au nombre d'U.F.C par 100 ml d'eau
[06] .
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
- Le milieu de Schubert [M4] est un milieu plus spcifique que le B.C.P.L, car il contient un
inhibiteur de bactries Gram (+) et une autre source de carbone qui est le mannitol au lieu du
lactose. il permet d'identifier rapidement Escherichia coli par la mise en vidence de la production
d'indole [104].
Mode opratoire :
La colmetrie comporte deux temps:
3 tubes de 10ml de bouillon double concentration (D/C) avec 10 ml d'eau dilue 1/10.
3 tubes de 10 ml de bouillon simple concentration (S/C) avec 1 ml d'eau dilue 1/10.
3 tubes de 10 ml de bouillon simple concentration (S/C) avec 1 ml d'eau dilue 1/100.
Tous les tubes sont munis des cloches de Durham pour mettre en vidence le dgagement du
gaz.
Aprs inoculation, agiter pour homogniser sans faire pntrer d'air dans la cloche de Durham
et incuber 37C pendant 48 heures [04].
Lecture :
Considrer comme positifs (c--d pouvant contenir des coliformes) les tubes o il se produit
simultanment :
- un trouble dans toute la masse liquide
- un dgagement de gaz dans la cloche (qui doit occuper le 1/10 du volume de la cloche).
- un virage au jaune de l'indicateur color (la fermentation du lactose se manifeste par la
production d'acide entranant le virage du pourpre de bromocrsol au jaune).
Dnombrer dans chaque srie le nombre de tubes positifs. Reporter la table de Mac Grady
(Annexe N03) pour dterminer le nombre de coliformes totaux prsents dans 100 ml dchantillon.
Le rsultat donn par la table est multipli par 10 [02,04].
Remarque :
Les rsultats de cette premire tape de recherche doivent tre confirms, car de fausses
ractions peuvent se produire ce niveau :
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
1) Test prsomptif :
Ce test consiste en l'inoculation du milieu de Rothe comme suit :
- Ensemencer 3 tubes de 10 ml du bouillon D/C avec 10ml d'eau dilue 1/10.
- Ensemencer 3 tubes de 10 ml du bouillon S/C avec 1 ml deau dilue 1/10.
- Ensemencer 3 tubes de 10 ml du bouillon S/C avec 1 ml d'eau dilue 1/100 [02].
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
Homogniser soigneusement le contenu des tubes, en assurant que la teinte du bouillon est
uniforme en haut et en bas du tube. Incuber 37C pendant 48 h.
Les tubes prsentant un trouble microbien sont prsums contenir des streptocoques fcaux et
sont soumis au test confirmatif [04].
2) Test confirmatif :
Aprs homognisation des tubes positifs, prlever de chacun d'eux, 2 3 gouttes et les
introduire dans des tubes contenant le milieu de Litsky. Incuber 37C pendant 48h [04].
Lecture :
L'apparition d'un trouble microbien confirme la prsence de streptocoques fcaux. Parfois, la
culture s'agglomre au fond du tube en fixant le colorant et en formant une pastille violette de
signification identique celle du trouble [04].
Noter le nombre de tubes positifs dans chaque srie et se rapporter la table de Mac-Grady
pour dterminer le N.P.P de streptocoques fcaux prsents dans 100 ml d'eau. Le rsultat donn par
la table est multipli par 10 [02].
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
- Faire pralablement fondre 250 ml du milieu viande-foie, ajouter aprs refroidissement 12,5
ml de la solution de sulfite de sodium 5%, et 2,5 ml de la solution d'alun de fer 5%,
mlanger sans faire des bulles.
- Couler la glose viande-foie sulfite, dans chacun des tubes contenant l'eau traite, remplir
et mlanger doucement sans incorporer d'air. Laisser solidifier sur la paillasse
- Incuber 37C pendant 48h avec une premire lecture 24h.
Lecture et expression des rsultats :
Considrer comme rsultant d'une spore de bactrie anarobie sulfito-rductrice toute colonie
noire entoure d'un halo noir. La taille des colonies varie selon l'espce bactrienne: Clostriduim
perfringens produit des colonies de grandes tailles (3 5 mm de diamtre en 18h [04,128].
Le nombre de colonies par tube est dtermin aprs 48h. L'addition des 5 chiffres obtenus,
donne le nombre de spores de Clostridium sulfito-rducteurs contenus dans 25 ml de l'chantillon
mre. Le rsultat final est exprim par 100 ml d'eau analyse [02].
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
Lecture :
La fermentation du lactose se traduit par le virage du pourpre de bromocrsol au jaune.
Isolement :
L'isolement se fait partir des colonies lactose positives, ayant les caractristiques dE. coli.
Un premier repiquage est ralis par ensemencement en stries, d'une colonie sur une glose
B.C.P. Aprs 18 24h d'incubation 37C, un deuxime repiquage est effectu sur le mme milieu,
dans le but de purifier la culture. Ainsi, les cultures pures obtenues seront soumises une
identification biochimique [02].
- Prparer un frottis partir d'une culture bactrienne pure, et la fixer la chaleur par passages
rpts sur la flamme du bec Bunsen.
- Recouvrir le frottis de violet de Gentiane; laisser agir 1 minute, rincer l'eau.
- Verser du Lugol et laisser agir pendant 1 minute; rincer l'eau.
- Dcolorer lalcool 95, entre 15 et 30 min ; rincer leau.
- Recolorer avec de la fuschine pendant 10 30 secondes; rincer l'eau.
- Scher au dessus de la flamme d'un bec Bunsen.
- Observer l'objectif (x100) immersion aprs dpt dune goutte dhuile de cdre.
Les bactries "Gram positif" apparaissent en violet fonc, tandis que les bactries "Gram
ngatif" se colorent en rose ou rouge [88].
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
2. Recherche de l'oxydase :
Principe :
L'oxydase : enzyme intervenant dans divers couples d'oxydo-rduction. La recherche de la
phnylne-diamine-oxydase qui agissant sur un substrat incolore, entrane la formation d'une
semiquinone rouge. Cette dernire trs instable, s'oxyde rapidement en donnant un compos
noirtre [128].
Technique :
- Dposer sur une lame propre un disque d'oxydase, et l'imbiber avec une goutte d'eau
physiologique strile.
- Prlever une colonie l'aide d'une pipette Pasteur et l'taler sur le disque. En prsence
d'oxydase, une coloration violet-brun apparat immdiatement ou en quelques secondes puis
devient noire [04,88].
Si le test oxydase est ngatif, et si l'examen microscopique montre la prsence de bacilles
Gram (-), la prsence de coliformes est confirme donc, on continue la recherche et l'identification
d'E.coli en faisant les tests suivants :
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
Lecture :
1) Utilisation des sucres :
Sur la pente : l'utilisation de la source de carbone est arobie. Le principal acide produit est le
dioxyde de carbone.
On peut distinguer plusieurs cas de figure :
Les bactries glucose (-) alcalinisent le milieu en utilisant les peptones.
Les bactries glucose (+) et lactose (+) acidifient le milieu.
Les bactries glucose (+) et lactose (-) acidifient le milieu dans un premier temps par
utilisation du glucose. le glucose tant en faible concentration il sera rapidement puis.
Les bactries utilisent les peptones, ce qui conduit une alcalinisation du milieu.
Dans le culot : l'utilisation de la source de carbone est anarobie. Les principaux acides
organiques produits sont non volatils ; ils restent enferms dans la glose.
Les bactries glucose (-) laissent le milieu alcalin en utilisant les peptones. Ces bactries
sont en gnral arobies strictes, et la culture sera normalement nulle dans le culot.
Les bactries glucose (+) et lactose (+) acidifient le milieu.
Les bactries glucose (+) et lactose (-) acidifient dans un premier temps le milieu par
utilisation du glucose. Comme sur la pente, le glucose est en faible concentration et il sera
rapidement puis. Les bactries utiliseront alors les peptones en alcalinisant le milieu.
Cependant les acides produits par fermentation sont des acides relativement forts et le
milieu reste acide.
2) Production d'H2S :
La prsence de thiosulfate de sodium et de citrate ferrique dans le milieu K.I.A permet
d'apprcier la capacit des bactries produire de l'H2S partir du thiosulfate. Cette production est
matrialise par la formation la limite du culot et de la pente d'un prcipit noir de sulfure de fer.
Dans le cas de dgagement trs abondant, toute la partie infrieure du tube peut tre noircie [129].
3) Production de gaz :
Elle se manifeste par l'apparition des bulles de gaz dans le culot, parfois mme une surlvation
de la glose [132].
Rsultats :
a) Bactrie de type fermentatif du glucose et lactose (+) : culot jaune et pente jaune.
b) Bactrie de type fermentatif du glucose et lactose (-) : culot jaune et pente rouge.
c) Bactrie de type oxydatif du glucose ou glucose (-) et lactose (-) : culot rouge et pente
rouge.
d) Bactrie de type oxydatif du glucose et lactose (+) : culot rouge et pente jaune. Ces
bactries sont arobies strictes : le culot ne doit pas prsenter de culture et sera donc
rouge. La pente peut prsenter une culture et sera jaune si l'acidification est suffisante et
rouge dans le cas contraire [129].
4. Utilisation du citrate:
Principe :
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
Ce test dtermine la capacit qu'a une bactrie d'utiliser le citrate comme une seule source de
carbone.
Le milieu utilis est le milieu citrate de Simmons [M12]. Il contient le citrate de sodium
comme source de carbone, et le phosphate d'ammonium comme source d'azote [132].
L'utilisation du citrate comme unique source de carbone, est une utilisation arobie et se
traduira par une alcalinisation du milieu.
L'quation de l'oxydation par respiration arobie du citrate est: [129].
2 C6H5O7-3 + 9 O2
12 CO + 2 H O + 6 OH
Technique :
L'ensemencement de la pente se fait par une strie longitudinale, au fil droit, partir d'une
suspension bactrienne. Ne pas visser le bouchon fond, afin de permettre les changes gazeux.
Incuber pendant 24heures voire 3 4 jours, 37C.
Lecture :
Seules les espces capables d'utiliser le citrate de sodium comme unique source de carbone et
d'nergie, cultiveront sur le milieu citrate de Simmons. Elles possdent une enzyme permase [132].
Les bactries citrate (+) alcalinisent le milieu entranant le virage de l'indicateur de pH (le bleu
de bromophnol) au bleu.
Les bactries citrate (-) ne donnent aucune culture et la couleur du milieu reste inchange [129].
6. Recherche de l'indole :
Principe :
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
N
H
Indole
Technique :
Ensemencer un tube d'eau peptone exempte d'indole. Aprs incubation pendant 24heures
37C, ajouter quelques gouttes de ractif de Kovacs, agiter lgrement et laisser le ractif remonter
la surface. La lecture est immdiate. Lorsqu'il y a production d'indole, ce compos est extrait de
la culture par le ractif qui se rassemble en une couche rose ou rouge la surface. Si la coloration
de ractif est inchange, la raction indole est ngative [02].
7.1. Test RM :
Principe :
Ce test dtermine si la bactrie suit la voie des acides mixtes quand la fermentation du glucose
conduit la production de nombreux acides organiques plus ou moins forts (acides : succinique,
malique, oxalique, actique, butyrique, formique), du CO2 acide faible et volatil. Le test RM
consiste apprcier le pH du milieu aprs 24 heures de culture, par un indicateur de pH qui est le
rouge de mthyle. Cet indicateur est jaune pH >7 et rouge pH<4,5 [129].
Lecture :
Ajouter 2 3 gouttes de rouge de mthyle.
Une raction RM (+) se traduit par une coloration du milieu au rouge, ce qui signifie une forte
acidification. Donc la bactrie suit la voie des acides mixtes, elle est dite RM (+).
Une raction RM (-) se manifeste par coloration du milieu au jaune, ce qui indique une faible
alcalinisation, due la production d'acides organiques relativement faibles et plutt du CO2,
par la voie butane-diolique. La bactrie est dite RM (-).[129].
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
Principe :
Ce test dtecte la capacit qu'a une bactrie de produire de l'actone (actyl mthylcarbinol).
Dans cette voie, la fermentation butanediolique conduit des quantits moins importantes d'acides
organiques, une proportion non ngligeable du pyruvate tant transforme en actone, rduite en
gnrale en butanediol.
La raction VP consiste mettre en vidence, par une raction colore, le butanediol et
l'actoine [129].
En prsence d'une base forte, l'actone donne une coloration rouge [02].
CH3- CHOH-CO-CH3
CH3-CO-CO-CH3
Diactyl
Actone
Lecture :
Ajouter successivement les ractifs: VP1 (alpha-naphtol) 5% dans l'alcool, et VP2 (hydroxyde
de sodium ou de potassium) 40%. Incliner le tube pour permettre une bonne oxygnation.
Attendre quelques minutes une heure. [129,132].
Une raction VP (+) se manifeste par une coloration rose ou rouge, donc la bactrie suit la voie
de l'actyle mthylcarbinol, elle est dite: VP (+).
CO
NH2
HOOC-NH2 + NH3
+ H2 O
NH2
CO2 + NH3
CO3(NH4)2
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
COOH
CO
N
H
NH2
L-Tryptophane
+ NH3
N
H
Acide indole-pyruvique
L'acide indole pyruvique donne avec le perchlorure de fer une coloration brune rouge [128].
Lecture :
Ajouter 2 gouttes du ractif de T.D.A: le perchlorure de fer dilu au 1/3.
Une raction T.D.A (+) se manifeste par une coloration brun-rouge avec prsence d'un
prcipit.
Une raction T.D.A (-) est constate si la coloration du milieu est jaune orange [02].
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
Le test est ralis sur des milieux liquides contenant le glucose, l'acide amin considr et
l'indicateur de pH: le pourpre de bromocrsol.
Le principe de ce type de test est le suivant: dans un premier temps, les bactries fermentent le
glucose et le milieu s'acidifie. Dans un deuxime temps, les enzymes actifs sur les acides amins
mentionns, et dont l'action est favorise par le pH acide, forment partir des acides amins des
substances alcalines. L'indicateur de pH devient jaune pH=5,4, et violet pH=7.
A noter qu'il faut prvoir un tmoin qui, contient seulement le glucose et l'indicateur de pH. Ce
tmoin doit devenir et rester jaune [132].
Technique :
Ensemencer deux 3 gouttes de la suspension bactrienne, trois tubes contenant
respectivement:
milieu Moller + lysine (L.D.C) [M17]
milieu Moller + ornithine (O.D.C) [M18]
milieu Moller (tmoin).
Recouvrir le milieu d'une couche de vaseline strile pour crer l'anarobiose. Incuber 37C
pendant 24 heures [132].
Lecture :
Un milieu mauve ple violet fonc avec culture, indique la prsence d'une
dcarboxylase.
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
Lecture :
Une coloration jaune citrine indique un test ONPG (+).
Une absence de coloration signifie un test ONPG (-) [88].
2H2O2
catalase
2H2O + O2
La catalase est synthtise par la plupart des bactries arobies, elle limine l'H2O2 produit au
cours du mtabolisme arobie en empchant son accumulation, vue sa ltalit pour la cellule
bactrienne [132].
Technique :
Sur une lame porte-objet, dpos une goutte d'H2O2 10 volumes; puis dissoudre une colonie
de la bactrie, prleve sur la culture en milieu glos [88].
Lecture :
La prsence de la catalase se marque par un dgagement immdiat des bulles gazeuses [132].
2H
H2O
-
NO2 + H+
NO3 + H+
Nitrate rductase
Technique :
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
Nit I et Nit II. Ces ractifs se combinent tout nitrite prsent pour former un colorant rouge
grenadine.
L'apparition d'une telle coloration ou une coloration rose est signe de transformation de
nitrates en nitrites. L'espce est alors, nitrate rductase (+).
Labsence de coloration ne signifie pas obligatoirement que l'espce est NR (-). Elle peut
signifier deux cas :
a) les nitrates n'ont pas t rduits ;
b) les nitrites sont forms, mais ont t ensuite, rduits, en azote, c--d que la bactrie a
dpass le stade de nitrites
Pour distinguer entre ces deux possibilits, on procde un test confirmatif, c'est la raction
de Zoo-Bell.
Il consiste tester le milieu pour la prsence de nitrates en ajoutant une pince de poudre de
zinc, rducteur de nitrates.
s'il persiste de nitrates dans le milieu, le zinc va les rduire en nitrites, et la coloration apparat,
l'espce sera alors dfinitivement NR(-)
si au contraire, les nitrites ont t dgrads, le milieu reste incolore, et l'espce est dite alors
NR(+) [132,133].
d'une part leur prsence en nombre relativement faible dans les eaux, ainsi que leur difficult
d'y survivre.
d'autre part, l'existence habituelle d'un nombre important de germes d'accompagnement
d'origine fcale (coliformes, streptocoques) ou non (Pseudomonas, Achromobacter,etc).
Ces germes ont tendance supplanter les germes pathognes, qui disparaissent rapidement.
Ces constatations entranent l'obligation d'utiliser des milieux d'enrichissement slectifs dans le
but d'inhiber le dveloppement des autres bactries [04].
Milieux de culture :
a) milieu d'enrichissement :
Le bouillon au slnite (S.F.B) ou milieu de Leifson [M20], ensemenc avec un produit
polymicrobien renfermant des Salmonella, permet d'augmenter la proportion de ces derniers et
d'inhiber la croissance des bactries coliformes et des entrocoques dans les 12 heures suivant le
dbut de l'incubation; ensuite, l'action inhibitrice diminue lentement. Salmonella et Proteus en
revanche sont peu inhibs ds le dbut [134].
b) milieux d'isolement :
-La glose Hektoen [M21] : la prsence de l'extrait de levure, de sucres et de peptones dans
ce milieu favorise la croissance de Salmonella et de Shigella ; des sels biliaires assurent le pouvoir
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
colonies rouges
Signification
biochimique
Lactose (+)
H2S (-)
Bactries suspectes
Enterobacter
Klebsiella
Autres coliformes (E.coli)
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
Lactose (+)
H2S (+)
Citrobacter freundii
Arizona
Lactose (-)
H2S (-)
Lactose (-)
H2S (+)
Signification biochimique
Bactries suspectes
E.coli
Citrobacter diversus
Klebsiella
Enterobacter
Serratia
Arizona
Levinea
Yersinia
Citrobacter freundii
Proteus vulgaris
Shigella
Salmonella H2S (-)
Providentia
Proteus morganii
Proteus rettgeri
Salmonella
Proteus mirabilis
H2S (+)
Saccharose et lactose
et salicine ngatives
H2S (-)
Saccharose et lactose
et salicine ngatives
H2S (+)
Remarque :
Les Pseudomonas peuvent se dvelopper sur la glose Hektoen, en donnant des petites
colonies bleu bruntre avec ventuellement un centre noir. Le Vibrion cholrique donne des
colonies jaune ros [04].
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
Principe :
Aprs enrichissement en milieu hypersal, et aprs isolement d'une part sur un milieu non
slectif, d'autre part sur un milieu slectif, l'identification est base essentiellement sur des preuves
immunologiques [04].
Milieux de culture : [128]
a) milieu d'enrichissement :
L'eau peptone alcaline (E.P.A) [M23] freine la pullulation de la microflore secondaire qui
risque de gner l'isolement.
b) milieux d'isolement :
-Glose nutritive (G.N) [M24] : utilise comme milieu non slectif pour l'isolement du
vibrion cholrique.
-Glose hyperalcaline [M25] : la forte alcalinit du milieu inhibe largement les
entrobactries dans l'eau do son utilisation comme milieu d'isolement slectif.
Mode opratoire : [04,135]
1- Enrichissement :
Ajouter 1 ml de l'eau analyser dans un tube de 10 ml d'E.P.A. Incuber 37C pendant 3h.
Prlever en surface et ensemencer un nouveau milieu d'enrichissement. Incuber 37C pendant 3h.
2- Isolement :
Prlever la surface du dernier milieu d'enrichissement et ensemencer une bote de GN, et une
boite de glose hyperalcaline. Incuber 37C pendant 24h.
3- Identification :
Les colonies de Vibrion sont fines, blanches sur glose hyperalcaline, et fines transparentes sur
G.N. [24]81. L'identification est faite sur des colonies provenant de l'un et de l'autre de ces milieux
comme suit :
- Un examen microscopique entre lame et lamelle pour examiner la morphologie des
bactries : forme incurve, flagelle polaire unique, ainsi que la mobilit.
- Un examen microscopique aprs coloration de Gram montre que le bacille cholrique est
Gram ngatif.
- Une recherche de l'oxydase: le Vibrion est oxydase (+).
- Une galerie biochimique qui pourra tre une API 20E ou de prfrence une API NE.
- Un srotypage : c'est la confirmation par des preuves d'agglutination, pratiques l'aide de
srums agglutinants, prsents commercialement sous forme lyophilise ou liquide,
polyvalents ou monovalents.
Cette dernire tape n'a pas t effectue cause de la non disponibilit des srums
agglutinants.
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
C'est surtout dans les eaux de baignade, que cette recherche prsente un intrt pratique [04].
Principe :
Aprs enrichissement en milieu contenant du tellurite de potassium comme inhibiteur, la
culture est faite sur un milieu de Chapman. Ce milieu, du fait de la haute concentration en chlorure
de sodium inhibe le dveloppement des germes Gram (-) et certaines bactries Gram (+) [128].
Milieux de culture :
a) milieu d'enrichissement :
Le bouillon de Giolitti Cantoni (G.C) [M26] additionn de tellurite de potassium 0,8, dont
laction du tellurite permet le dveloppement slectif de Staphylococcus [02].
b) milieu d'isolement :
Le milieu Chapman [M27] est un milieu slectif qui contient de fortes concentrations en NaCl
(75 g/l) permettant ainsi la croissance des germes halophiles et halotolrants, dont le genre
Staphylococcus. Il permet aussi d'tudier la fermentation du mannitol mise en vidence par virage
au jaune de l'indicateur color, le rouge de phnol [129].
c) milieux d'identification :
-Le bouillon cur-cerveau (B.H.I.B) [M28] est bien adapt la croissance des microorganismes, quelque soit leur mode respiratoire (arobiose ou anarobiose) [134].
-La glose Mueller-Hinton [M29] est utilise pour raliser le test la bacitracine dans le but
de diffrencier les staphylocoques des microcoques.
Mode opratoire :
1- Enrichissement :
Prparer d'abord le milieu d'enrichissement par addition de 15 ml de tellurite de potassium
0,8% dans un flacon de 250 ml de bouillon de Giolitti Cantoni. Ensemencer 3 tubes de 15 ml de ce
milieu avec 1ml des dilutions (100, 10-1, 10-2). Incuber 37C pendant 24 72heures. Aprs la
priode d'incubation, les tubes ayant virs au noir seront considrs comme positifs [02].
2- Isolement :
partir des tubes d'enrichissement positifs, effectuer des isolements sur milieu de Chapman.
L'ensemencent doit tre massif, en stries serres, ou par inondation. Incuber 37C pendant 24
36h [128,129].
3- Lecture :
Les colonies de Staphylococcus aureus sont de taille importante , elles s'entourent d'un halo
jaune du l'attaque du mannitol, et laborent souvent leur propre pigment dont la production
s'accentue aprs la sortie de l'tuve [04,128].
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
Les autres espces de Staphylococcus donnent des colonies gnralement plus petites, roses et
n'entranent pas de virage du milieu.
prparation du plasma
Reconstituer strilement le plasma avec 10ml de solvant, agiter lgrement pour favoriser la
dissolution en vitant la formation de mousse.
ETUDE EXPERIMENTALE
3-
matriel et mthodes
preuve de la coagulase:
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
beaucoup de germes.
un antibiotique spectre troit; l'acide nalidixique , qui inhibe les bactries Gram (-).
des produits favorisant la production de pigments: le sulfate de potassium et le chlorure de
magnsium [104,129].
b) milieux d'identification :
Les milieux de King (King A, King B) [M32,M33] permettent de diffrencier les espces du
genre Pseudomonas, par la mise en vidence de la production de pigments spcifiques [129].
Mode opratoire :
1- Isolement :
Etaler 0,5 ml d'eau la surface de la glose au ctrimide. Incuber 37C pendant 24 heures.
2- Lecture :
Les colonies de Pseudomonas aeruginosa ont un diamtre de 1,5 2 mm, un contour
circulaire, une surface lisse et brillante, une couleur blanc crme, un aspect muqueux et sont parfois
dj accompagnes d'une production de pigment bleu-vert qui commence diffuser avec mission
de fluorescence sous U.V [04].
Pseudomonas aeruginosa dgage une odeur caractristique de seringa due la production
d'ortho-amino-actophnol intermdiaire du mtabolisme du tryptophane et non lie la production
de pigment [61].
En outre, on peut observer des colonies plus ou moins jauntres prsomptives dautres espces
de Pseudomonas [104].
3- Identification :
Pour la confirmation de Pseudomonas aeruginosa, procder aux diffrents tests biochimiques
d'identification communs, cits prcdemment, et raliser les recherches plus spcifiques suivantes :
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
Ensemencer les deux milieux: King A et King B en faisant une strie mdiane la surface de
la glose. Fermer les tubes sans serrer et incuber 30C pendant 1 4 jours [80,88].
Lecture :
La prsence de pigments diffusibles se traduit par l'apparition d'une couleur qui peut diffuser
sur toute la pente [129].
Sur le milieu King A : les colonies typiques sur ce milieu sont colores en bleu-vert, parfois en
brun-rose (pyorubine). La pyocyanine est extraite par le chloroforme. Verser 0.5 ml de chloroforme
sur la culture, laisser la 10 15 min, en position incline : la pyocyanine trs soluble dans la
chloroforme, le colore en bleu [80].
Sur le milieu King B : la production de pyoverdine se manifeste par une coloration jaune-verte,
avec une fluorescence observe au U.V 340 n.m. Ce pigment est insoluble dans le chloroforme
[133].
b. Croissance 41C et 4C :
Ensemencer une colonie sur deux tubes de glose nutritive. Incuber l'un de ces tubes 41C,
l'autre 4C. Procder la lecture aprs 24 48 heures [04].
Pseudomonas aeruginosa peut se dvelopper 41C, mais non 4C.
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
Technique :
Incuber 1 ml de suspension de la souche de levure suspecte avec 1 ml de srum humain
pendant 3 heures 37C.
Lecture :
Observer au microscope entre lame et lamelle. Candida albicans montre des tubes germinatifs,
qui sont minces et plus longs que les cellules mres.
Sa concentration en :
++
Ions mg est comprise entre 10 et 25 mg/l.
++
Ions Ca est comprise entre 20 et 50 mg/l [137].
Des concentrations trop leves de ces ions inhibent l'action des aminosides, des ttracyclines
et des polymixines [139].
Sa concentration en thymidine est infrieure 0,03 mg/l. toute concentration suprieure cette
valeur risque de donner de fausse rsistance avec le trimthoprine et l'association trimthoprine-
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
sulfamides [137].
Mode opratoire :
1- Prparation de l'inoculum : [137]
L'inoculum est prpar de faon obtenir aprs incubation des colonies juste confluentes; il est
obtenu partir d'une culture jeune de 18 24 heures (phase stationnaire) sur glose non inhibitrice:
glose nutritive pour les bactries Gram (-) et glose Chapman pour les staphylocoques.
Prlever au moins 3 colonies de la bactrie et mulsionner dans 5 ml de l'eau physiologique
strile.
2- Ensemencement :
Lensemencement se fait par la mthode de Kirby-Bauer, par couvillonnage.
- Plonger un couvillon strile dans la suspension bactrienne et laisser s'imbiber.
- Le sortir du tube en l'essorant doucement sur la paroi.
- Ensemencer la bote de Mueller-Hinton dont l'paisseur de la glose est de 4mm, en
frottant l'couvillon sur sa surface et en tournant la bote 3 fois de 60C afin d'assurer
une bonne distribution de l'inoculum.
- Laisser scher les botes pendant 15 20 minutes.
3- Application des disques et incubation :
-
4- Lecture :
Pour chaque antibiotique: mesurer le diamtre de la zone d'inhibition au revers de la glose, et
reporter cette mesure sur l'chelle de concordance correspondante et indiquer si la bactrie est
sensible, intermdiaire ou rsistante.
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
Tableau (18): Liste des antibiotiques utiliss pour les bactries Gram (-) [147]
Famille
d'antibiotique
Antibiotiques
(dnominations
communes)
Sigle du
disque
Charge
du
disque
Ampicilline
AM
10g
14
19
Amoxicilline
AMX
25g
14
21
Streptomycine
10 UI
13
15
Gentamycine
GM
10 UI
14
16
Kanamycine
30UI
15
17
Chloramphnicol
30g
19
23
Colistine
CSS
50g
Sulfamides
SSS
200g
TrimthoprimeSulfamthoxazole
SXT
1,25 +
23,75g
Trimthoprime
TMP
5g
Ttracycline
TE
10UI
Doxycycline
DO
30UI
- lactamines
Aminosides
Phnicoles
Polypeptides
Sulfamides et
associations
Ttracyclines
R
12
10
15
17
16
12
17
17
16
19
19
ETUDE EXPERIMENTALE
matriel et mthodes
Tableau (19): Liste des antibiotiques utiliss pour les staphylocoques [147]
Famille
d'antibiotiques
Antibiotiques
(dnominations
communes)
Charge du
disque
Pnicilline
6g
Oxacilline
OX
5g
Nomycine
30 UI
15
17
Erythromycine
15 UI
17
22
Spiramycine
SP
100g
19
24
Virginanycine
VG
15g
19
22
Lincomycine
15g
17
21
Clindamycine
CM
2 UI
15
Polymyxine B
PB
300 UI
15
OFX
5g
16
22
Acide fusidique
FA
10g
15
22
Vancomycine
VA
30g
Nitroxoline
NI
20g
- lactamines
Aminosides
Macrolides
Polypeptides
Quinolones
Divers
Sigle du
disque
Ofloxacine
R
12
29
06
R
20
17
30
*Pour chaque antibiotique, dont le diamtre de la zone d'inhibition est mesur, l'interprtation est
fate de cette manire:
- si le diamtre de la zone d'inhibition et D : la souche est dite sensible (S).
- si le diamtre de la zone d'inhibition < d : la souche est dite rsistante (R).
- si d diamtre de la zone d'inhibition < D : la souche est dite intermdiaire (I).
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
I. Analyse du paramtre de pH :
Les valeurs de pH releves au niveau des diffrents sites tudis sont reports dans le tableau
20. La figure 04 reprsente lvolution mensuelle de pH au niveau des diffrents sites.
A partir des rsultats obtenus, nous avons remarqu que les valeurs de pH mensuelles
rpondent au normes de qualit du dcret n81-324 du 7 avril 1981 pour les eaux de baignade : le
pH doit tre compris entre 6 et 9 [04,92].
La valeur moyenne minimum de 7,81 a t trouve au niveau du site Saint-Cloud 02 et la
valeur moyenne maximale de 8,07 a t note au niveau du site Joinoville.
De plus, les grands changements des valeurs de pH ont t observs au cours des priodes de
fortes pluies.
En eau sale, le pH est compris entre 8,0 et 8,3. Les carbonates, les hydroxyles et les
bicarbonates augmentent lalcalinit de leau, tandis que les acides minraux libres et les acides
carboniques en accroissent lacidit [148].
Par ailleurs, lorigine des fluctuations de pH peuvent tre dues aux :
Eaux uses domestiques.
Eaux pluviales : le pH thorique des eaux de pluie est de 5,6.
Effluents industriels : les eaux dexhaure acide et les effluents industriels qui nont pas t
neutraliss peuvent abaisser considrablement le pH de leau [92,148].
Joinoville
8,00
8,28
8,10
8,13
7,97
8,26
7,85
8,02
8,07
7,85-8,28
Saint-Cloud 01
8,03
8,16
8,14
8.,11
8,02
7,80
7,93
7,99
8,02
7,80-8,16
Saint-Cloud 02
8,04
7,24
8,08
8,10
8,02
7,36
7,65
8,01
7,81
7,24-8.10
Chappuis
8,00
8,19
8,08
8,07
8,00
7,74
7,88
7,82
7,97
7,74-8,19
Belvedere
8,01
8,14
7,99
8,03
8,01
7,84
7,88
7,95
7,98
7,84-8,14
pH
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
8,4
8,2
8
7,8
Joinoville
Saint-Cloud 01
7,6
Saint-Cloud 02
7,4
Chappuis
7,2
Belvedere
7
6,8
6,6
1
prlvement
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
I. Analyse microbiologique :
Les rsultats des dnombrements des germes totaux, coliformes totaux, coliformes fcaux et
streptocoques fcaux, concernant les cinq sites choisis dans cette tude sont reprsents dans les
tableaux 21, 22, 23, 24 et 25. Ces rsultats sont reprsents graphiquement dans la figure 05.
1. Germes totaux :
La flore totale isole des cinq sites est importante, elle atteint son maximum au niveau de la
plage Joinoville (473,7.105 U.F.C /100ml) et tend diminuer dans les autres plages.
Le taux de germes totaux fluctue considrablement au niveau des cinq sites tudis au cours de
lanne dtude. Ces variations sont dues au fait que les sites sont exposs diverses sources de
contamination qui diffrent dune saison lautre contribuant ainsi une certaine pollution dont la
source principale ne peut tre dtermine.
Les taux les plus faibles ont t obtenus au mois de juin, presque au niveau de tous les sites
sauf Saint-Cloud 02 et Chappuis. Cet abaissement pourrait tre le rsultat du phnomne de
dilution survenu aprs une chute de pluie (18.02.03) et la faible temprature de leau (02.06.03 et
09.08.03).
Les taux les plus levs ont t observs au cours des priodes de pluviomtrie importante
(15.03.03 et 08.02.04), ou la fin de saison estivale (14.09.03) aprs une frquentation importante
par les baigneurs, qui constitue lune des principales causes de pollution ; ainsi la temprature de
leau est dans ce cas favorable pour la croissance des germes [02,92,149].
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
3. Le rapport CF/SF :
Le tableau 26 montre les rapports mensuels ainsi que le rapport annuel au niveau de chaque
site.
Le rapport CF/SF permet dindiquer les sources probables de contamination.
Sur la base des donnes prcites dans la partie bibliographique et des rsultats obtenus au
cours de lanne dtude, il savre que la contamination fcale des sites : Joinoville, Saint-Cloud
01, Chappuis et Belvedere est dorigine humaine, tant donne que les rapports annuels mentionns
sont suprieur 4. Ceci ne pourrait tre due quaux dversements deaux uses, et la frquentation
par les baigneurs.
Une pollution mixte : dchets animaux et humains est exclusivement observe au niveau de la
plage Saint-Cloud 02 dont le rapport est de 1,442.
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
GT 8 10 1664 10
4600
CT 4600
4600
CF 4600
90
750
SF
5
4
5
5
5
4 10
930
40
40
6
5
2,7 10
1500
1500
40
7
5
79,4 10
930
430
200
1950 10
14000
14000
14000
8
5
31,5 10
750
750
90
50 10
930
430
140
3789,6 10
28240
26350
15350
m
5
473,7 105
3530
3293,75
1918,75
GT
CT
CF
SF
1,2 105
430
430
40
291,7 105
430
230
390
2,51 105
430
430
40
50 105
105
430
11000
430
11000
1500
4600
743,5 105
11000
11000
930
GT 160 10
CT 14000
CF 14000
2100
SF
3
5
110 10
14000
14000
14000
4
5
20 10
14000
2400
280
5
5
3,51 10
14000
2400
14000
6
5
10
930
930
2100
7
5
183 10
14000
14000
14000
8
5
157.5 10
14000
14000
14000
180 10
2100
2100
2400
815,01 10
87030
63830
62880
m
5
101,87 105
10878,75
7978,75
7860
GT
CT
CF
SF
0,6 105
14000
14000
2400
602 105
14000
4600
750
400 105
200
70
4600
4 105
4600
2400
30
105
40
40
90
3,85 105
14000
11000
390
23 105
14000
14000
2400
16,3 105
14000
11000
4600
12 105
2400
2400
40
6
10 105
430
430
230
1474,66 105
17150
14770
6140
184,33 105
2143,75
1846,25
767,5
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
JOINOVILLE
Lg de Nb de
germes /100ml d'eau
9
8
7
6
GT
5
4
CT
3
2
SF
CF
1
0
1
prlvement
SAINT-CLOUD 01
9
8
Lg de Nb de
germes/100ml d'eau
GT
7
6
CT
5
4
CF
SF
3
2
1
0
1
prlvement
SAINT-CLOUD 02
8
Lg de Nb de
germes/100mld'eau
7
6
GT
CT
CF
SF
2
1
0
Lg de Nb de
germes/100 mld'eau
prlvement
CHAPPUIS
9
8
7
6
5
GT
CT
CF
4
3
2
1
0
SF
prlvement
BELVEDERE
9
Lg de Nb de
germes/100 ml d'eau
8
7
6
GT
CT
CF
3
2
SF
1
0
1
prlvement
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
Tableau (26) : Valeurs mensuelles, trimestrielles, et annuelles des rapports CF/SF, et sources
probables de contamination
Joinoville
Saint-Cloud 01
Saint-Cloud 02
Chappuis
Belvedere
51,11
6,13
1
37,5
2,15
1
8.33
3.071
10,75
0,58
1,33
0,44
10,75
0,286
2,391
11,827
6,66
1
0,39
0,171
0,442
1
1
0.875
5,83
6,13
0,015
80
0,444
28,205
5,833
2,391
60
5
0.04
5.75
1,869
1,869
2,391
5,75
13,786
4,794
1,442
16,106
10,334
D.H
D.H
D.H.A
D.H
D.H
Prlvements
Rapports
mensuels
1
2
3
4
5
6
7
8
Rapports
annuels
S.P.C
Rapports
trimestriels
S.P.C
1234-
27,09
3,565
19,825
4,665
1234-
11,288
0,955
5,595
1,338
1234-
3,767
0,696
0,306
1
1234-
4,11
3,072
40,222
17,019
1234-
32,875
2,521
3,809
2,13
1234-
D.H
D.H.A
D.H
D.H
1234-
D.H
D.H.A
D.H
D.H.A
1234-
D.H.A
D.B.B.C
D.B.B.C
D.H.A
1234-
D.H
D.H.A
D.H
D.H
1234-
D.H
D.H.A
D.H.A
D.H.A
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
Au regard des rsultats des paramtres bactriologiques analyss (CT, CF et SF) et aux limites
de qualit fixes par la directive 75/160 CEE [48,92,102], relative la qualit des eaux de
baignades, nous avons pu tablir un classement des cinq plages tudies (Tableau 27).
Les plages : Saint-Cloud 01 et Belvedere sont classes en catgorie C (eaux momentanment
pollues). Les autres plages: Joinoville, Saint-Cloud 02, et Chappuis sont classes en catgorie D
(eaux de mauvaise qualit). Donc, toutes les plages tudies ne sont pas conformes aux normes
europennes ; elles devraient tre interdites la baignade.
6. Bactries pathognes :
Les rsultats de la recherche des bactries pathognes sont rapports dans le tableau 28.
Labsence de ces microorganismes pathognes dans leau pourrait tre explique par :
leur absence effective dans leau ;
la prsence de quantits importantes de bactries fcales qui ont tendance les supplanter.
Par ailleurs, la dtection occasionnelle de diffrentes espces de Staphylococcus est due aux
caractristiques de ce genre bactrien trs rpandu dans la nature. En effet, les staphylocoques
arrivent prolifrer grce leur particulire rsistance aux conditions hostiles de lenvironnement,
telles que la chaleur, la scheresse ou la salinit de leau [02].
En plus de S.aureus, S.epidermidis et S.saprophyrticus, nous avons pu isol dautres espces,
nouvelles en pathologie humaine : S.haemolyticus, S.hominis, S.capitis, S.xylosus, et qui sont
isoles chez lhomme une frquence moindre [83].
Aeromonas hydrophila a t trouve dans les conditions mentionnes dans la partie
bibliographique : un pH=8,01 (compris entre 5,2 et 9,8) et au mois daot (pendant la priode qui
stend de mai novembre) [49].
Pseudomonas cepacia est une espce phytopathogne [61]. Elle reprsente actuellement lune
des espces de Pseudomonas les plus souvent impliques dans les infections ou les contaminations
hospitalires nosocomiales. Il a t montr que son principal vecteur est leau usage hospitalier
sous toutes ses formes, y compris leau de distribution publique [150]. Cette bactrie est susceptible
de se comporter comme pathogne opportuniste en provoquant des infections trs graves :
septicmies, infections urinaires, conjonctivites, surinfection de plaie, suppurations diverses. Mais
elle semble avoir un faible pouvoir invasif et une virulence limite chez lhomme sain [151].
7. Levures et champignons :
La microflore fongique est importante dans toutes les plages et surtout au niveau du site SaintCloud 02 (Tableau 29).
Nous avons pu isoler et identifier Candida albicans au niveau de tous les sites sauf au niveau
de Joinoville.
En outre, nous avons pu isoler et identifier diffrentes espces de champignons appartenant aux
genres : Aspergillus, Trichophyton, Microsporum et Chrysosporium (Planches 02, 03, 04, 05, 06,
07, 08)
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
Tableau (27) : Classement des plages tudies selon les paramtres analyss
Catgorie C
Le pourcentage de dpassement au
nombre impratif est de 37.5%
(>33%)
Joinville
Saint-Cloud 01
Catgorie D
Saint-Cloud 02
Le pourcentage de dpassement au
nombre impratif est de 87.5%
(>33%)
Chappuis
Le pourcentage de dpassement au
nombre impratif est de 75%
(>33%)
Belvedere
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
Tableau (28) : Rsultats de la recherche des germes pathognes au niveau des diffrents sites
Joinoville
18.02.03
Saint-Cloud 01
E.coli
15.03.03
E.coli
28.04.03
E.coli
S. epidermidis
Saint-Cloud 02
E.coli
Vibrio cholerae
E.coli
E.coli
Chappuis
Shigella soneii
V.parahaemolyticus
E.coli
E.coli
V. parahaemolyticus
Staphylococcus aureus
E.coli
E.coli
Pseudomonas spp
S. saprophyticus
02.06.03
E.coli
09.08.03
Vibrio cholerae
14.09.03
Salmonella spp
02.11.03
08.02.04
Belvedere
Vibrio cholerae
V. parahaemolyticus
E.coli
Vibrio cholerae
V. parahaemolyticus
Pseudomonas cepacia
E.coli
Salmonella arizonae
V. parahaemolyticus
Aeromonas hydrophila
E.coli
Staphylococcus aureus
E.coli
E.coli
Staphylococcus aureus
E.coli
S. saprophyticus
S. epidermidis
Yersinia enterolitica
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
Tableau (29) : Rsultats de la recherche des levures et des champignons au niveau des diffrents sites
Joinoville
Saint-Cloud 01
Saint-Cloud 02
Chappuis
28.04.03
Aspergillus niger
Aspergillus niger
Aspergillus niger
Aspergillius fumigatus
02.06.03
Aspergillus flavus
Aspergillus niger
Chrysosporium
Aspergillus niger
Aspergillus niger
Belvedere
09.08.03
Aspergillus niger
14.09.03
Aspergillus niger
Aspergillus niger
Trichophyton erinacei
Aspergillus fumigatus
Microsporum canis
Candida albicans
Candida albicans
Trichophyton violaceum
Candida albicans
Aspergillus niger
02.11.03
08.02.04
Aspergillus niger
Candida albicans
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
1. Examen macroscopique :
Lisolement se fait partir des colonies suspectes. Alors que lexamen macroscopique est
ralis partir des colonies du 2eme repiquage sur les diffrents milieux spcifiques aux bactries
recherches.
Nous nous sommes intresss uniquement aux colonies rpondant aux caractristiques dcrites
dans la partie matriels et mthodes concernant les diffrentes espces mentionnes.
2. Examen microscopique :
Lobservation microscopique des bacilles rvle la prsence de cellules en forme de btonnets
ou des btonnets plus au moins allongs (coccobacilles), de taille variable, des cellules isoles en
chanettes plus au moins longues.
Lexamen microscopique montre des cocci de forme sphrique parfois ovode, de diamtre
variable ; la disposition des cellules est soit en amas, en paires, en chanettes, etc
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
souche Sal 1.2. La 3eme souche a t rapproche lespce Salmonella arizonae. Lidentification
sest faite par la galerie API 20E.
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
H2S
OX
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+
+
+
+
+
+
+
Catalase
gaz
+
+
+
-
NR
SAC
39
40
GLU
37
38
LAC
30
31
Mobilit
29
MAN
09.08.03
21
22
23
24
25
26
27
28
RM
20
VP
CIT
+
+
+
+
+
13
14
15
16
17
18
19
02.06.03
08.02.04
ODC
36
11
12
14.09.03
LDC
API 20 E : 7716773
10
28.04.03
ADH
35
09
IND
15.03.03
ONPG
32
33
34
07
08
+
-
API 20 E :5144572
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
05
06
TDA
01
02
03
04
Caractres biochimiques
URE
18.02.03
N de souche
Date de
prlvement
Tableau (30) : Rsultats des tests biochimiques des bactries bacilles Gram ngatif isoles
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+
+
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
18.02.03
15.03.03
28.04.03
02.06.03
09.08.03
14.09.03
08.02.04
01
02
03
04
05
06
07
08
09
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
E 1.1
E 1.2
E 3.1
E 1.3
Vibrio parahaemolyticus
Shigella soneii
V.p 5.1
Shi 4
E 4.1
Escherichia coli
Escherichia coli
E 5.1
V.p 5.2
Vibrio parahaemolyticus
Escherichia coli
E 1.4
Vibrio cholerae
Pseudomonas spp
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
Vibrio parahaemolyticus
Aeromonas hydrophila
Vibrio cholerae
Vibrio cholerae
Vibrio parahaemolyticus
Vibrio cholerae
Vibrio parahaemolyticus
Pseudomonas cepacia
V.c 3.1
P5
E 1.5
E 2.1
E 2.2
E 3.2
E 4.2
E 2.3
E 5.2
E 5.3
V.p 4
A.h 5
V.c 3.2
V.c 4
V.p 5.3
V.c 1
V.p 3
P4
Escherichia coli
Salmonella spp
Salmonella spp
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
Salmonella arizonae
Escherichia coli
Belvedere
Chappuis
Saint-Cloud 02
Saint-Cloud 01
Joinoville
Espce identifie
N de souche
Date de prlvement
Tableau (31) : Rsultats didentification des bactries bacilles Gram ngatif isoles
E 5.4
Sal 1.1
Sal 1.2
E 2.3
E 3.3
E 5.5
Sal 3
E 3.4
Yersinia enterolitica
Yersinia enterolitica
E 1.6
Escherichia coli
E 4.3
Escherichia coli
X i.j : i indique le n de site et j indique le n de la souche dans le mme site.
Y.e 5.1
Y.e 5.2
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
NIT
VP
SAC
ADH
URE
MAN(anarobie)
Test la
bacitracine
COAGULASE
08.02.04
MAN
02.11.03
LAC
02.06.03
GLU
28.04.03
CATALASE
15.03.03
N de souche
Date de
prlvement
St 01
St 02
St 03
St 04
St 05
St 06
St 07
St 08
St 09
St 10
St 11
St 12
St 13
St 14
St 15
St 16
St 17
St 18
St 19
+
+
+
+
+
+
+
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-
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R
/
/
R
R
R
R
/
/
/
/
R
/
R
R
R
/
R
/
+
+
+
+
-
Remarque :
Le test la bacitracine a t ralis pour les souches
sataphylocoques et les streptocoques.
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
15.03.03
28.04.03
02.06.03
02.11.03
08.02.04
St 01
St 02
St 03
St 04
St 05
St 06
St 07
St 08
St 09
St 10
St 11
St 12
St 13
St 14
St 15
St 16
St 17
St 18
St 19
S. hominis
S. aureus
S.capitis
S. saprophyticus
S. haemolyticus
S. epidermidis
S. haemolyticus
S. hominis
S. hominis
S. aureus
S. aureus
S. aureus
S. hominis
S. hominis
S. saprophyticus
S. hominis
S. epidermidis
S. saprophyticus
S. xylosus
Belvedere
Chappuis
Saint-Cloud 02
Saint-Cloud 01
Joinoville
Espce identifie
Date de prlvement
St 3.1
St 5.1
St 1.1
St 5.2
St 5.3
St 1.2
St 5.4
St 2.1
St 2.2
St 3.2
St 3.3
St 3.4
St 4.1
St 4.2
St 4.3
St 2.3
St 4.4
St 4.5
St 3.5
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
Nitrate
rductase
Urase
+
+
+
+
+
+
+
+
Espce identifie
Saccharose
+
+
+
+
Glucose
08.02.04
Cellules ovalaires ou
rondes fortement Gram
(+)
Fermentation des
sucres
Lactose
02.11.03
C3
C4
C2
C5
Test de
filamentation
Gram
N de
la souche
Date
de prlvement
Candida albicans
Aspect macroscopique
verso des colonies
finement
granuleuse (toile daraigne en sucre glace)
de couleur blanc pur.
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
face
revers
Planche (02) : Aspergillus niger
face
revers
Planche (03) : Aspergillus flavus
face
revers
Planche (04) : Aspergillus fumigatus
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
face
revers
Planche (05) : Trichophyton erinacei
face
revers
Planche (06) : Trichophyton violaceum
ETUDE EXPERIMENTALE
Rsultats et discussion
face
revers
Planche (07) : Microsporum canis
face
revers
Planche (08) : Chrysosporium
Rsultats et discussion 02
%%[ ProductName: Distiller ]%%
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%%[Page: 18]%%
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%%[Page: 20]%%
%%[ Error: ioerror; OffendingCommand: imageDistiller; ErrorInfo: DCTDecodeFilter
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-dict%%[ Flushing: rest of job (to end-of-file) will be ignored ]%%
%%[ Warning: PostScript error. No PDF file produced. ] %%
Pge p
Ltude de la sensibilit des bactries isoles aux antibiotiques a montr des profils variables.
Au terme de cette tude, diverses constatations mergent :
La rsistance un ou plusieurs antibiotiques est considrable (95% des souches) ; elle
implique tous les antibiotiques tests.
Les souches sensibles tous les antibiotiques sont en nombre ngligeable.
La gentamycine a une activit inhibitrice leve et montre une efficacit presque totale.
Une rsistance majoritaire aux -lactamines utiliss pour les bactries Gram (-) et totale
ceux utiliss pour les staphylocoques.
Les diffrents modles de multirsistance montre que la multirsistance plusieurs
familles dantibiotiques domine la rsistance un seul ou une famille dantibiotique ce qui
atteste de lacquisition de plasmides de rsistance.
Lmergence de rsistance et les transferts gntiques entre les espces rejetes dans leau
ou entre ces espces et dautres bactries autochtones rsistantes pourrait tre favorise par
Lexistence habituelle de teneurs leves en matires organiques et en bactries dans
lenvironnement aquatique
Les eaux de surface favorisent une pression de slection trs importante ce qui supposerait
lexistence de facteurs de survie ou dvolution favorable chez les bactries porteuses de
plasmides.
Pour le bnfice de la science, la scurit de nos plages et le bien tre de nos baigneurs, il serait
souhaitable que certaines dmarches sinstaurent :
Elargir lventail des recherches en fixant trois stations (points de prlvement) par plage et
prlever 2 3 chantillons par station ce qui permettra de suivre la rpartition de la flore
contaminante.
Noter chacun des points, le pH, la temprature et la turbidit, tout en respectant les conditions
de prlvement.
Le perfectionnement des techniques microbiologiques ouvrira dautres horizons. En plus de
lanalyse en continu des germes tests, la recherche des bactries dintrt sanitaire au moyen
des anticorps monoclonaux et de limmunofluorescence.
Lutilisation de la technique des bactriophages, qui est dune grande simplicit, dun prix de
revient bas et rapide dans lobtention des rsultats.
La recherche voire le dnombrement des virus qui seraient dix fois rsistants dans les eaux
quE.coli.
Lidentification des levures et moisissures isoles des eaux de mer pouvant tre lorigine de
dermatoses.
Complter par une tude physico-chimique qui rvlerait la prsence de mtaux lourds et de
substances toxiques dverses par les usines.
Installation des stations dpuration.
Rsum
Cette tude a t ralise dans le but dvaluer la pollution microbiologique des plages de la
ville de Annaba : Joinoville, Saint-Claud 01, Saint-Claud 02, Chappuis et Belvedere.
Lanalyse effectue sest porte principalement sur la quantification des bactries indicatrices
de contamination fcale savoir les coliformes totaux, les coliformes fcaux et les streptocoques
fcaux, et les germes non spcifiques de contamination fcale qui sont les germes totaux et les
Clostridium sulfito-rducteurs.
La recherche des pathognes a t focalise sur quelques genres bactriens. Une recherche
complmentaire des levures et des champignons a t ralise.
Lantibiogramme permet dvaluer le degr de rsistance des bactries isoles.
Les rsultats de lanalyse bactriologique montrent que les plages tudies ne sont pas
conformes aux normes europennes concernant les eaux de baignade.
Ces plages ont t classes en :
- Eaux momentanment pollues : Saint-Cloud 01 et Belvedere.
- Eaux de mauvaise qualit : Joinoville, Saint-Cloud 02, et Chappuis.
Par ailleurs, les tests didentification, auxquels lensemble des souches isoles taient soumises,
ont permis didentifier 40 souches rapproches aux diffrents genres : Escherichia, Salmonella,
Shigella, Yersinia, Vibrio, Aeromonas et Staphylococcus.
Parmi les levures isoles, seule Candida albicans a t identifie. Les diffrentes souches
fongiques isoles sont identifies appartenant aux genres : Aspergillus, Trichophiton,
Chrysosporium et Microsporum.
Les rsultats de lantibiogramme montrent que les bactries prsentent des profils variables.
En gnral, les bactries testes montrent une trs forte sensibilit la gentamycine et une
rsistance majoritaire pour les beta-lactamines utiliss. Elles prsentent des rsistances acquises
concernant un ou plusieurs antibiotiques habituellement actifs.
De l, le traitement des infections causes par ces bactries rsistantes pourrait tre trs
difficile.
Summary
This study has been achieved in the goal to value the microbiological pollution of Annaba
beaches : Joinoville, Saint-Cloud 01, Saint-Cloud 02, Chappuis and Belvedere.
The done analysis carried himself mainly on the quantification of the indicatory bacteria of
fecal contamination witch are: total coliforms, fecal coliforms and fecal streptococci, and germs no
specific of fecal contamination that is the total germs and the sulfite-reducing Clostridium.
The research of pathogens was focalized on some bacterial kinds. A complementary research of
yeasts and mushrooms has been achieved.
The antibiogramme permits to value the resistance degree of isolated bacteria.
Results of the bacteriological analysis show that the studied beaches are not conform to the
European norms concerning bathing waters.
These beaches have been classified :
- Momentarily polluted waters : Saint-Cloud 01 and Belvedere.
- Waters of bad quality : Joinoville, Saint-Cloud 02, and Chappuis.
Otherwise, tests of identification, to which the isolated stumps whole was submitted, permitted
to identify 40 stumps brought closer to the different kinds : Escherichia, Salmonella, Shigella,
Yersinia, Vibrio, Aeromonas and Staphylococcus.
Among the isolated yeasts, alone Candida albicans has been identified. The different
mushrooms stumps isolated are identified belonging to kinds : Aspergillus, Trichophiton,
Chrysosporium and Microsporum.
Results of the antibiogramme show that bacteria present variable profiles.
In general, the tested bacteria show a very strong sensitivity to the gentamycine and a majority
resistance for the -lactamines used. They present acquired resistances concerning one or several
usually active antibiotics.
From there, the treatment of infections caused by these resistant bacteria could be very difficult.
Key words : marine microbial pollution, water borne diseases, indicatory of fecal contamination,
pathogen bacteria, resistance to antibiotics.
Joinoville, Saint-Cloud 01, Saint Cloud 02, Chappuis, Belvedere
, ,
,
.
.
.
,
:
Saint-Cloud 01 : Belvedere Saint Cloud 02,Joinoville :Chappuis
.Escherichia, Salmonella, Shigella, Yersinia, Vibrio, Aeromonas , Staphylococcus :
, Candida albicans
Aspergillus, Trichophiton, Chrysosporium : .Microsporum
.
gentamycine beta-lactamines ,
.
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Tryptone
Extrait de levure
Agar
Eau distille
pH: 70,2 autoclavage 20 min 120C
6g
3g
15g
1000ml
Peptone
Extrait de levure
Lactose
Pourpre de bromocrsol
Eau distille
pH: 6,90,2 autoclavage 20 min 115C
5g
2g
5g
0,025g
1000ml
Peptone
Extrait de viande
Lactose
Pourpre de bromocrsol
Eau distille
pH: 6,90,2 autoclavage 20 min 115C
10g
4g
10g
0,05g
1000ml
Tryptophane
Acide glutamique
Sulfate de magnsium
Citrate de sodium
Sulfate dammonium
Chlorure de sodium
Peptone
Mannitol
Phsphate disodique
Phosphate monopotassique
Eau distille
pH: 7,6 autoclavage 10 min 115C
0,2g
0,2g
0,7g
0,5g
0,4g
2g
10g
7,5g
4g
0,6g
1000ml
Peptone
Glucose
20g
5g
Chlorure de sodium
Monohydrognophsphate de potassium(K2HPO4)
Dihydrognophsphate de potassium(KH2 PO4)
Azide de sodium(NaN3)
Eau distille
pH: 6,82
autoclavage 20 min 120C
5g
2,7g
2,7g
0,2g
1000ml
Peptone
Glucose
Chlorure de sodium
Monohydrognophsphate de potassium(K2HPO4)
Dihydrognophsphate de potassium(KH2 PO4)
Azide de sodium(NaN3)
Eau distille
pH: 6,82
autoclavage 20 min 120C
40g
10g
10g
5,4g
5,4g
0,4g
1000ml
Peptone
Glucose
Chlorure de sodium
Monohydrognophsphate de potassium(K2HPO4)
Dihydrognophsphate de potassium(KH2 PO4)
Azide de sodium(NaN3)
Solution dthyl violet
Eau distille
pH: 6,8
autoclavage 20 min 120C
20g
5g
5g
2,7g
2,7g
0,3g
5ml
1000ml
*glose de base :
Base viande-foie
Glucose
Amidon
Agar
Eau distille
pH: 7,6
autoclavage 10 min 120C
30g
2g
2g
11g
1000ml
*glose complte :
mme formule que le milieu de base auquel sont ajouts :
Sulfite de sodium 5%
Alun de fer ammoniacal 5%
pH: 7,20,2
50ml
10ml
5g
3g
10g
0,025g
15g
1000ml
3g
3g
20g
5g
10g
1g
0,5g
0,5g
0,025g
12g
1000ml
[M11] : Milieu trois sucres fer : triple sugar iron agar (T.S.I) :
-
Extrait de boeuf
Extrait de levure
Peptone
Protose peptone
Lactose
Saccharose
Glucose
Chlorure de sodium
Sulfate de fer II (FeSO4)
Thiosulfate de sodium
Rouge de phnol
Agar
Eau distille
pH: 7,40,2 autoclavage 15 min 120C
3g
3g
15g
5g
10g
10g
1g
5g
0,2g
0,3g
0,024g
12g
1000ml
Citrate de sodium
Chlorure de sodium
Sulfate de magnsium
Monohydrognophsphate de potassium
Dihydrognophsphate dammonium
1g
5g
0,2g
1g
1g
Bleu de bromothymol
Agar
Eau distille
pH: 6,80,2 autoclavage 20 min 120C
0,08g
13g
1000ml
20g
2g
4g
4g
1000ml
Peptone bactriologique
Chlorure de sodium
Eau distille
pH: 7,20,2 autoclavage 15 min 121C
10g
5g
1000ml
Peptone
Phosphate dipotassique (K2HPO4)
Glucose
Eau distille
pH: 7,50,2 autoclavage 30 min 110C
5g
5g
5g
1000ml
L-tryptophane
Monohydrognophsphate de potassium
Dihydrognophsphate de potassium
Ure
Chlorure de sodium
Alcool 95%
Rouge de phnol 1%
Eau distille
pH: 7 strilisation par filtration
3g
1g
1g
20g
5g
10ml
0,025g
1000ml
5g
5g
0,01g
0,005g
Glucose
Pyridoxal
L-lysine
Eau distille
pH: 7,3
0,5g
0,005g
10g
1000ml
autoclavage 15 min 121C
5g
5g
0,01g
0,005g
0,5g
0,005g
10g
1000ml
Extrait de viande
Peptone
Nitrate depotassium (KNO3)
Eau distille
pH: 7,20,2 autoclavage 15 min 121C
3g
5g
1g
1000ml
Peptone
5g
Lactose
4g
Phosphate disodique
10g
Slnite acide de sodium
4g
Eau distille
1000ml
pH: 7,20,2 chauffage au maximum 60C pendant 10 min
Protose peptone
Extrait de levure
Chlorure de sodium
Thiosulfate de sodium
Sels biliaires
Citrate de fer ammoniacal
Salicine
Lactose
Saccharose
Fuschine acide
12g
3g
5g
5g
9g
1,5g
2g
12g
12g
0,1g
Bleu de bromothymol
Agar
Eau distille
pH: 7,5 bouillir pendant 1min
0,065g
14g
1000ml
5g
5g
8,5g
10g
8,5g
8,5g
1g
0,00033g
0,025g
13,5g
1000ml
Peptone
Chlorure de sodium
Eau distille
pH: 8,6
autoclavage 20 min 121C
30g
30g
1000ml
5g
1g
2g
5g
15g
1000ml
Tryptone
Extrait de viande
Extrait de levure
10g
5g
5g
Chlorure de lithium
Mannitol
Tween 80
Chlorure de sodium
Glycine ou glycocolle
Pyruvate de sodium
Eau distille
pH: 6,80,2 autoclavage 20 min 115C
5g
20g
1g
5g
1,2g
3g
1000ml
Peptone
Extrait de viande
Chlorure de sodium
Mannitol
Rouge de phnol
Agar
Eau distille
pH: 7,6 autoclavage 20 min 121C
10g
1g
75g
10g
0,025g
15g
1000ml
10g
12,5g
5g
2g
5g
2,5g
1000ml
300g
17,5g
1,5g
17g
1000ml
5g
5g
0,01g
0,005g
0,5g
0,005g
L-arginine
Eau distille
pH: 7,3
10g
1000ml
autoclavage 15 min 121C
Peptone
Chlorure de sodium
Sulfate de potassium
Monohydrognophsphate de potassium
Ctrimide (bromure de ttradonium)
Acide nalidixique
Agar
Eau distille
pH: 7,1
autoclavage 20 min 121C
20g
3g
10g
0,3g
0,2g
0,015g
12g
1000ml
20g
10g
10g
1,4g
15g
1000ml
Polypeptone (peptone B)
Glycrol
Phosphate bipotassique anhydre
Sulfate de magnsium
Agar
Eau distille
pH: 7,2
autoclavage 20 min 121C
20g
10g
1,5g
1,5g
15g
1000ml
10g
20g
0,5g
15g
1000ml
P-dimthyl aminobenzaidhyde
Alcool amylique
Acide chlorhydrique concentr
7g
75 ml
20 ml
Rouge de mthyle
Alcool 80
0,5 g
100 ml
40 g
100 ml
VP II :
naphtol
Ethanol
6g
100 ml
Perchlorure de fer
Eau distille strile
3,4 g
100 ml
0,8 g
100 ml
Ractif 02 :
Naphtylamine
Acide actique 5N
0,5 g
100 ml
Disques antibiotiques :
0,5 ml
14,5 ml
3 tubes
de 1 ml
3 tubes
de 0,1 ml
0
0
1
1
1
1
1
2
2
2
2
2
2
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
0
1
0
0
1
1
2
0
0
1
1
2
2
0
0
0
1
1
1
2
2
2
3
3
3
3
1
0
0
1
0
1
0
0
1
0
1
0
1
0
1
2
0
1
2
0
1
2
0
1
2
3
NPP
dans
100 ml
3
3
4
7
7
11
11
9
14
15
20
21
28
23
39
64
43
75
120
93
150
210
240
460
1100
1400
Limites de confiance
95%
Limite
infrieure
Limite
suprieure
< 0,5
< 0,5
< 0,5
1
1
3
3
1
3
3
7
4
10
4
7
15
7
14
30
15
30
35
36
71
150
/
9
13
20
21
23
36
36
36
37
44
89
47
149
120
130
379
210
230
380
380
440
470
1300
2400
4800
/