Université de Monastir

Faculté de Pharmacie de Monastir

Département(s) de Biologie Clinique B

LA QUALITÉ
MICROBIOLOGIQUE DES
EAUX
Certificat coordonné CC4 Contrôle de
qualité des aliments, des eaux et de
l’environnement
Niveau d’études : 5ème année pharmacie

Elaboré par : Pr Salma SMAOUI FOURATI

Année universitaire 2021-2022
1
PRÉ-REQUIS
Pré-requis: - Cours de bactériologie clinique (Legionella,

Salmonella, Vibrio cholera, Yersinia

enterocolilica, Campylobacter jejuni)

- Cours de virologie (Virus de l’hépatite A et

E, Enterovirus, Rotavirus)

2
OBJECTIFS
Au terme de cet apprentissage, vous devez être capable de:

1. Définir une eau destinée à la consommation humaine

2. Reconnaître les principaux micro-organismes à

transmission hydrique et leurs voies de pénétration

3. Décrire les méthodes d’analyse microbiologique des

eaux

4. Interpréter les résultats d’analyse microbiologique des

3
eaux
INTRODUCTION

 L’eau est essentielle pour la vie, cependant elle peut être

aussi une source de maladie.
 Cinq millions de nourrissons et d’enfants meurent chaque
année de maladies diarrhéiques dues à la contamination des
aliments ou de l’eau de boisson.
 La qualité d’une eau potable: facteur déterminant dans la
prévention des maladies liées à l’eau.
 L’eau destinée à la consommation humaine ne doit contenir
ni substances chimiques dangereuses, ni germes nocifs pour
5

la santé.
1. DÉFINTIONS
1.1. Eaux destinées à la consommation humaine
Toutes les eaux (soit en l’état, soit après traitement)
sont destinées à:
 la boisson
 la cuisine
 la préparation d’aliments
 Autres usages domestiques

Peuvent être fournies Par

-Par un réseau de distribution
(sonède)
6
- Par un camion citerne
- Par une citerne
- En bouteilles ou en conteneurs
 1. DÉFINITIONS
1.2. Eau traitée: toute eau ayant subi un traitement jugé efficace pour
l’élimination et l’inactivation des micro-organismes d’intérêt dans l’eau
potable.

1.3. Eau non traitée: toute eau n’ayant subi aucun traitement ou ayant
subi un traitement jugé inefficace pour l’élimination et l’inactivation des
micro-organismes d’intérêt dans l’eau potable (eau adoucie).

1.4. Eaux de source: eau d'origine souterraine, n'ayant subi ni traitement

chimique, ni adjonction.

1.5. Eau d’adduction : L'adduction d'eau regroupe les techniques

permettant d'amener l'eau depuis sa source à travers un réseau de
conduites ou d'ouvrages architecturaux 7
 2. RÉGLEMENTATION DES EAUX DESTINÉES
À LA CONSOMMATION HUMAINE

 Toute personne qui offre au public de

l’eau en vue de l’alimentation
humaine, à titre onéreux ou à titre
gracieux et sous quelque forme que ce
soit, y compris la glace alimentaire est
tenue de s’assurer que cette eau est
propre à la consommation 8
 2. RÉGLEMENTATION DES EAUX DESTINÉES À
LA CONSOMMATION HUMAINE

Les eaux destinées à la consommation doivent:

 Ne pas contenir un nombre ou une concentration de
micro-organismes, de parasites ou toutes autres
substances constituant un danger potentiel pour la santé
des personnes
 Etre conforme aux limites de qualité
Satisfaire à des références de qualité (valeur guide):
paramètres microbiologiques, chimiques et radiologiques
9
 3. LES MALADIES À
TRANSMISSION HYDRIQUE

L’eau peut constituer une source de micro-

organismes
Le risque infectieux dépend de:
 Nature de micro-organismes/ Dose infectieuse
 Voies de transmission
 Statut immunitaire du patient

10
3.1. Micro-organismes à transmission hydrique

 Pathogènes

- Des bactéries : E. coli, Salmonella, Vibrio cholerae, Yersinia

enterocolitica, Campylobacter jejuni

- Des virus : virus de l’hépatite A, entérovirus, Rotavirus…

- Des parasites : Giardia intestinalis, Entamoeba

hystolitica…...

 Opportunistes

 Pseudomonas, Flaviobacterium, Acinetobacter, Klebsiella et

Serratia…..
3.1. Micro-organismes à transmission
hydrique

Virus
Faible dose minimale infectieuse
Parasites (1-10 UF Plaque)
entériques

Bactéries,
Dose minimale infectieuse élevée
champignons
(1000 UFC pour la voie orale)
Algues

Bactéries: beaucoup plus sensibles à

la désinfection par des produits chlorés 12

que les parasites et les virus

CARACTÉRISTIQUES DES PRINCIPALES BACTÉRIES PATHOGÈNES
TRANSFÉRÉES PAR L’EAU
Agent Persistance Résistance au Dose
pathogène dans l’eau chlore infectante
relative
Campylobacter modérée Faible Modérée
E.coli modérée Faible Elevée
S.Typhi modérée Faible Elevée
Autres longue Faible Elevée
Salmonella
Shigella spp Brève Faible Modérée
V.cholerae Brève Faible Elevée
P.aeruginosa Peut se X Modérée Elevée
Aeomonas spp Peut se X Faible Elevée
Legionella Peut se X Modérée Elevée
13
Mycobactéries Peut se X élevée ?
atypiques
3.2. Les voies d’exposition
- Ingestion : eaux et aliments  Gastro-entérites (virus, bactéries,

parasites)

- Contact cutanéo-muqueux : Pseudomonas, Aeromonas,

Mycobacterium spp…
 Contact avec la muqueuse oculaire peut être en cause pour des
amibes libres (lentilles cornéennes contaminées au cours du
lavage).
 Eaux utilisées pour les soins (Aeromonas, Pseudomonas,
Mycobacterium)

14
3.2. Les voies d’exposition

- Inhalation d’aérosol contaminé (douches, systèmes de

climatisation)  Infections respiratoires Legionella pneuomphila

- Voie parentérale : Pseudomonas, Aeromonas

- L’utilisation des dispositifs médicaux invasifs (rinçage)

15
3.3. L’état immunitaire des patients exposés

 Terrain immunitaire déficient permet à un micro-organisme

d’exprimer sa virulence et aux pathogènes opportunistes de

déclencher une infection.

 Personnes âgées, très jeunes enfants, brûlures, VIH,

traitement immunosuppresseur

16
3. 4. PRINCIPALES INFECTIONS
D’ORIGINE HYDRIQUE

Degré de gravité très variable:

 Gastro-entérites ±graves

 Parasitoses (risque fécal en général)

 Atteintes cutanées ou pulmonaires parfois

fatales.
17
 3.4.1.PRINCIPALES INFECTIONS
BACTÉRIENNES D’ORIGINE HYDRIQUE
Les infections à tropisme
digestif

 Pathologies digestives avant tout communautaires et très

rarement nosocomiales.
 Gastro-entérites et des diarrhées communuataires
bactériennes (Salmonella, Shigella, Campylobacter jejuni,
Yersinia enterocolitica, Listeria…)
 Bactéries spécifiques au milieu hospitalier: Serratia
marcescens, Pseudomonas aeruginosa, Morganella
morganii, Aeromonas ou Clostridium difficile, s’attaquent
à des sujets immunodéprimés et souvent résistantes aux21

antibiotiques.
 PRINCIPALES INFECTIONS
BACTÉRIENNES D’ORIGINE HYDRIQUE
Les infections
respiratoires
 Inhalation d’aérosols contaminés: des bactéries Gram
négatif +++ (Pseudomonas aeruginosa, Legionella
pneumophila, Burkholderia cepacia, Acinetobacter), et à
certaines mycobactéries.
 Patients immunodéprimés
 Patients dont les parois des cellules épithéliales
bronchiques altérées
 Patients ventilés mécaniquement
 ayant eu un lavage broncho-alvéolaire, voire gastrique
avec reflux ou une aspiration endo-trachéale. 22
 PRINCIPALES INFECTIONS
BACTÉRIENNES D’ORIGINE HYDRIQUE
Les infections cutanéo-
muqueuses

 Contact direct avec de l’eau contaminée

 Septicémies, en particulier en chirurgie à cœur ouvert.

 Germes hydriques en cause : Enterobacter cloacae,

Klebsiella, Serratia, Pseudomonas aeruginosa,
Flavobacterium, Acinetobacter, Mycobacterium.

23
 3.4.2. PRINCIPALES INFECTIONS VIRALES
D’ORIGINE HYDRIQUE

 Virus enétriques

 Gastroentérite (calicivirus, entérovirus, rotavirus,…)

 Maladies aiguës graves comme la méningite, la

poliomyélite (Poliovirus) et des maladies fébriles non
spécifiques.

 Pathologies hépatiques virales liées à l’eau, dues aux

virus des hépatites A et E, et dont l’origine est encore plus
exceptionnelle en milieu de soins. 24
4. ORIGINE DE LA
CONTAMINATION
4.1. EAUX NON TRAITÉES: EAUX
SOUTERRAINES

- Pénétration d’impuretés par les

ouvertures
- Contamination par la présence de fosses
septiques
- Fuites des conduits d’égouts
- Activités menées autour du puits/citernes 25
4. ORIGINE DE LA CONTAMINATION
4.2. Contamination liée à l’exploitation de l’eau

 Stagnation (bras morts, réservoirs)

 Contact avec l’atmosphère

 Distribution

 Fuites, retour d’eau polluée

 Échange thermique: T° conditionne survie et

prolifération des micro-organismes

 Dépôts, biofilm, corrosion  support favorable à la

26
réception et à la prolifération des micro-organismes
pathogènes
4. ORIGINE DE LA
CONTAMINATION
4.3. BIOFILM
4.3.1. DÉFINITION D’UN BIOFILM
 Ensemble de micro-organismes
emprisonnés dans une matrice de
polymères organiques, adhérant à une
surface.

 Aucun métal (sauf le Cu), aucun plastique

ne résiste à la colonisation

 Les bactéries du biofilm résistent aux

agents extérieurs.
27
 Peut se former en quelques heures.
 4. ORIGINE DE LA
CONTAMINATION
4.3. BIOFILM
4.3.2. ÉTAPES DE FORMATION D’UN BIOFILM
La formation se fait en 4 étapes:
 Transport des bactéries sur les surfaces par diffusion ou par flux
turbulent
 Adsorption sur support, favorisée par les aspérités, le tartre
 Adhésion par différents types de forces (Van der Waals,
électrostatiques..), variable avec l’espèce, la température
 Colonisation: production de polymères extracellulaires (exo-
polysaccharides) et reproduction à l’intérieur de la matrice formée

28
4. ORIGINE DE LA
CONTAMINATION
4.3. BIOFILM
4.3.2. ÉTAPES DE FORMATION D’UN BIOFILM

29
4. ORIGINE DE LA
CONTAMINATION
4.3. BIOFILM
4.3.3. LUTTE CONTRE LES BIOFILMS
Empêcher leur formation

 Produits biocides: l'ozone, l'eau de javel ou le dioxyde de chlore

 Utiliser des surfaces très lisses

 Éviter les endroits inaccessibles aux procédures de nettoyage-

désinfection

Éliminer quand formés:

 Nettoyage par détergent, brossage, pression…

 Désinfection: Le chlore appliqué en continu en réseau voisin de 0,3

30

mg/l n’inactive pas la biomasse fixée

 5. ANALYSE MICROBIOLOGIQUE
DES EAUX
5.1. PRINCIPES DE L'ANALYSE
 La nature des micro-organismes à chercher dépend
de l’usage des eaux

 Boissons: Contamination fécale (Entérobactéries,

Entérocoques)

 Usage externe: Staphylococcus aureus, Pseudomonas

aeruginosa

 Contact avec les muqueuses: comme pour l’usage

externe + Legionella spp. 31
 5. ANALYSE MICROBIOLOGIQUE
DES EAUX
5.1. PRINCIPES DE L'ANALYSE
Évaluation d'un danger = recherche des pathogènes (parasites,
virus, bactéries)

 Réalisée uniquement à la demande

 Systématique pour la voie cutanéo-muqueuse ou aérienne, selon

l'usage de l'eau

Évaluation d'un risque = recherche des indicateurs

de contamination fécale

 Bactéries présentes en grand nombre dans l'intestin

32
 Signalent une souillure fécale et la présence éventuelle d'agents
infectieux digestifs
5. ANALYSE MICROBIOLOGIQUE DES EAUX
5.2. ÉVALUATION D’UN DANGER : GERMES
PATHOGÈNES
Exemples
 Les staphylocoques: Bactérie non recherchée dans l'eau de
consommation (y compris les eaux embouteillées) mais uniquement
dans les piscines
 Pseudomonas : Bactérie ubiquitaire, non recherchée dans l'eau de
consommation sauf dans les eaux embouteillées mais recherchée
dans les eaux minérales utilisées en thermalisme et dans les eaux à
usage hospitalier
 Les légionelles: eaux chaudes sanitaires et les tours aéro-
réfrégérantes Méthode d'analyse longue (10 jours de culture, 5 jours
de confirmation biochimique, 1 jour d'identification de l'espèce et du
sérotype)
 M. marinum dans eau douce, salée, animaux à sang froid 33
 granulomes des piscines, des aquariums contractée par érosion de
la peau
 5. ANALYSE MICROBIOLOGIQUE DES EAUX
5.3. EVALUATION D’UN RISQUE :
INDICATEURS DE CONTAMINATION FÉCALE
 Généralement, dans le domaine de la qualité des eaux de boisson, les
analyses bactériologiques concernent non pas des micro-organismes
pathogènes mais des germes jouant un rôle d’indicateur de
contamination fécale. Ces germes sont spécifiques de la flore
intestinale et ne sont pas nécessairement pathogènes. Ils signalent
une souillure fécale et la présence éventuelle d'agents infectieux
digestifs et permettent également d’évaluer d’un traitement de
désinfection de l’eau. Ils ne renseignent que sur les risques de
présence de micro-organismes pathogènes par ingestion.
34
 5. ANALYSE MICROBIOLOGIQUE DES EAUX
5.3. EVALUATION D’UN RISQUE : INDICATEURS DE
CONTAMINATION FÉCALE
Rechercher les micro-organismes normalement
présents dans les déjections de l’homme et des
animaux à sang chaud (contamination fécale)

Déterminer les indicateurs de pollution

 Évaluer l’efficacité de traitement des eaux

Présence Absence
Présence éventuelle de micro-
organismes pathogènes Absence probable de
par INGESTION micro-organismes 35
Présence de matières fécales pathogènes
 5. ANALYSE MICROBIOLOGIQUE DES EAUX
5.3. EVALUATION D’UN RISQUE : INDICATEURS DE
CONTAMINATION FÉCALE

Bactéries revivifiables

Coliformes totaux

Coliformes
thermotolérants

E. coli
 5. ANALYSE MICROBIOLOGIQUE DES EAUX
5.3. EVALUATION D’UN RISQUE : INDICATEURS DE
CONTAMINATION FÉCALE
- La plupart des bactéries
Bactéries de l’environnement y
compris les pathogènes
revivifiables - 22°C pendant 72h et à
37°C pendant 48h

 Ne sont pas indicatrices à

proprement parlé

 Renseignent sur une

évolution de la qualité 37
 5. ANALYSE MICROBIOLOGIQUE DES EAUX
5.3. EVALUATION D’UN RISQUE : INDICATEURS DE
CONTAMINATION FÉCALE
 Coliformes (contamination fécale

récente)
 Coliformes totaux

 Coliformes thermotolérants

 Escherichia coli

 Streptocoques
 Streptocoques fécaux

 Entérocoques

 Spores d’anaérobies sulfito-réducteurs

(indication dune contamination fécale
ancienne), Clostridium perfringens
 5. ANALYSE MICROBIOLOGIQUE DES EAUX
5.3. EVALUATION D’UN RISQUE : INDICATEURS DE
CONTAMINATION FÉCALE

Entérobactérie
Coliformes Lactose +, Gaz + à 30°C
Totaux (Escherichia, Klebsiella,
citrobacter, Klebsiella…)
 Regroupent des bactéries d'origine fécale et
d'origine environnementale

 Utilité limitée, renseignent sur l'origine

superficielle de l'eau

 Efficacité de traitement et intégrité du réseau de

39
distribution
 5. ANALYSE MICROBIOLOGIQUE DES EAUX
5.3. EVALUATION D’UN RISQUE : INDICATEURS DE
CONTAMINATION FÉCALE

Coliformes Coliformes
thermotolérants Poussent à 44°C
E.coli

Plus spécifique que les coliformes

Traitement insuffisant
Contamination postérieure au traitement
40
Concentration excessive en nutriments
 5. ANALYSE MICROBIOLOGIQUE DES EAUX
5.3. EVALUATION D’UN RISQUE : INDICATEURS DE CONTAMINATION
FÉCALE
Coliforme
E coli thermotolérant
Indole +

 Fèces humaines et animales herchée dans toutes les eaux

 Systématiquement recherchée dans toutes les eaux
comme indicateur de risques sanitaires
 Indicateur le plus spécifique d’une contamination fécale
récente
 Plus résistants à la désinfection que la plupart des
organismes pathogènes et des coliformes
=> Intérêt pour le contrôle de l’efficacité de traitement 41
 5. ANALYSE MICROBIOLOGIQUE DES EAUX
5.3. EVALUATION D’UN RISQUE : INDICATEURS DE
CONTAMINATION FÉCALE

Streptocoques

 Genre Streptococcus (S. avium, S. bovis…) et

Enterococcus (E. faecalis, E. faecium…)

 Retrouvés dans les eaux douces, de mer, salées,

végétaux, sol..

 Très résistants à la dessiccation

Indicateurs de l’efficacité d’un traitement

 5. ANALYSE MICROBIOLOGIQUE DES EAUX
5.3. EVALUATION D’UN RISQUE : INDICATEURS DE
CONTAMINATION FÉCALE
Spores de Bacilles Gram +
Clostridium Anaérobies stricts
anaérobies sulfito- Commensaux de
l’intestin
réducteurs Telluriques, sporulantes

 Origine fécale moins sûre, le sol étant aussi leur habitat

 Résistent à la désinfection

 Intérêt pour évaluer l'efficacité d'un traitement ou la présence

d'une corrosion

 contamination fécale ancienne

43
6. MÉTHODES D'ANALYSES

6.1. Incorporation en milieu liquide

ou en gélose
Utilisée pour la flore revivifiable
Ne permet pas d'utiliser de grands
volumes d'eau, et n'a pas un seuil de
détection performant (1 /ml)

44
44

44
 6. MÉTHODES D'ANALYSES
6.2. FILTRATION SUR MEMBRANE

Permet d'isoler les bactéries en les retenant sur un filtre

de porosité inférieure à leur taille (0,45 ou 0,22 µm), le
filtre est ensuite posé sur un milieu de culture adapté à
chaque type de bactérie recherché

Après multiplication: comptage du nombre de colonies

apparues
Utilisée pour les témoins de contamination fécale et les
bactéries pathogènes
Selon le volume filtré, amélioration du seuil de
détection : 1 UFC/100 ml ou plus
45
 6. MÉTHODES D'ANALYSES
6.2. FILTRATION SUR MEMBRANE

46
 6. MÉTHODES D'ANALYSES
6.2. FILTRATION SUR MEMBRANE

47
 6. MÉTHODES D'ANALYSES
6.3. TECHNIQUE DE NUMÉRATION EN TUBES
MULTIPLES: MÉTHODE NPP

 Principe :

 Détermination du nombre de germe le plus probable

 Tubes multiples : fermentation des sucres et production du gaz

•Nécessite deux étapes: Test souvent présomptif qui demande un test
de confirmation

 Lecture à l’aide d’une table de Mac grady => nombre/100ml

d’échantillon

 Utilisé généralement pour les échantillons d'eaux usées ou troubles

48
 6. MÉTHODES D'ANALYSES
6.3. TECHNIQUE DE NUMÉRATION EN TUBES
MULTIPLES: MÉTHODE NPP

Presumptive

Confirmation

Identification
 6. MÉTHODES D'ANALYSES
6.3. TECHNIQUE DE NUMÉRATION EN TUBES MULTIPLES:
MÉTHODE NPP
Recherche des coliformes thermotolérants (NPP)
Test de présomption
10ml 10ml 10ml 1ml 1ml 1ml 0.1ml 0.1ml 0.1ml

BCP simple
BCP double 30°C pendant 48h

Trouble + gaz dans la cloche(+)

(-) 50

Test de confirmation
 LECTURE :
Sont considérés comme positifs les tubes présentant à la
fois
 un dégagement gazeux (supérieur au 1/10 de
la hauteur de la cloche)
 un trouble microbien accompagné d’un virage
du milieu au jaune.
Ces deux caractères étant témoins de la fermentation du
lactose dans les conditions opératoires décrites.
51
 6. MÉTHODES D'ANALYSES
6.3. TECHNIQUE DE NUMÉRATION EN TUBES MULTIPLES:
MÉTHODE NPP
Recherche des coliformes thermotolérants (NPP)
Test de confirmation

BLVBL Eau peptonnée exempte d’indole

44°C pdt 24h

Anneau rouge après

Trouble + Production de gaz addition de Kovacs

Coliformes E.coli 52

thermotolérants
6. MÉTHODES D'ANALYSES
6.4. COMPARAISON DES MÉTHODES D’ANALYSE D’UNE EAU
Méthodes Filtration sur membrane NPP

Avantages -Précise -Peu coûteux

-Tester plusieurs échantillons à la -Utilisée avec de l'eau trouble
fois -étudier un caractère difficilement mis en
-Facile et économique évidence en milieu solide (production du gaz
- Rapide au moyen d’une cloche)
-dénombrement avec une phase de
réanimation
Inconvénien - Coût - Lente
ts -Ne peut être utilisée que pour les - fastidieuse: plusieurs étapes
eaux claires - la lecture est basée sur des données
-Lecture parfois difficile statistiques
(contaminants)
- Substances toxiques absorbées 53

par le filtre entravent la croissance

bactérienne.
 6. MÉTHODES D'ANALYSES
6.5. LIMITES DES ANALYSES MICROBIOLOGIQUES
DES EAUX

Un résultat n'est jamais une vérité absolue, la part de

bactéries mises en évidence est faible
plusieurs raisons:
Bactéries viables mais non cultivables
Bactéries ayant des exigences nutritionnelles non
reproduites dans les milieux de culture
Bactéries fixées et non circulantes (biofilms)
 Importance d'utiliser des méthodes normalisées et de 54

refaire souvent des analyses pour voir une évolution.

 6. MÉTHODES D'ANALYSES
6.5. LIMITES DES ANALYSES MICROBIOLOGIQUES
DES EAUX

Mode de prélèvement :
 Ne doit pas contaminer l'échantillon
 Doit permettre la survie des bactéries présentes, mais
pas leur multiplication

Point de prélèvement, il peut être représentatif:

 D'un risque pour l'usager (points d'usage)
 D'un risque de dégradation possible de la qualité
(réseau)
 D'un traitement effectué (sortie d'installation)
 Fréquence adaptée au point de prélèvement et aux
risques à évaluer 55
7. INTERPRÉTATION DES RÉSULTATS DES
ANALYSES MICROBIOLOGIQUES DES EAUX

 Chaque type d’eau =>Référentiel (norme

ou directive ou circulaire)
 Paramètres analytiques recherchés:
choisis en fonction de l’utilisation de l’eau,
le risque infectieux et la population
exposée (sujets immunodéprimés)
 Méthodes d’analyse: NPP, filtration,
incorporation en milieu liquide ou solide
 Critères d’interprétation: valeurs
seuils (eau conforme ou non conforme aux 56

normes)
7. INTERPRÉTATION DES RÉSULTATS DES
ANALYSES MICROBIOLOGIQUES DES EAUX
Type d’eau Paramètres Critères
analytiques recherchés microbiologiques
Eaux de Coliformes totaux 10 UFC/100ml
boisson Escherichia coli Absence/100ml
Entérocoques intestinaux Absence/100ml
Eaux Coliformes totaux 1UFC/250ml
minérales Escherichia coli Absence/250ml
Entérocoques intestinaux Absence/250ml
Pseudomonas aeruginosa Absence/250ml
Spores de micro-organismes Absence/50ml
anaérobies sulfito-réducteurs