Travaux dirigés de

Microbiologie
TD 9 : Les micro-organismes
agents de toxi-infections
I. Introduction

 Les toxi-infections alimentaires, qui regroupent toutes les infections

digestives, contractées à partir de l'ingestion d'aliments souillés

 Les toxi-infections proprement dites, au cours desquelles la maladie

se confond avec les effets de la toxine microbienne, sont le tétanos, la
diphtérie et le botulisme.
I. Introduction Introduction

 Les toxi-infections alimentaires sont fréquentes y compris dans les

pays occidentaux.

 Dans les pays en voie de développement, elles demeurent un gros

problème de santé publique. A côté des causes infectieuses auxquelles
nous nous limiterons, il existe des causes allergiques et chimiques par
ingestion d’allergènes ou de produits chimiques contenus dans les
aliments.
I. Introduction

Définition
Les toxi-infections alimentaires sont des infections causées par
l’ingestion d’aliments contaminés par certains agents infectieux
(bactéries, virus, parasites) ou par leurs toxines. Dans certains
cas, la pathologie n’est pas due à la prolifération d’un
microorganisme dans l’aliment mais à l’ingestion d’une toxine
sécrétée par le micro-organisme et préformée dans l’aliment
avant son ingestion ; on parle alors d’intoxination.
I. Introduction
 Différents facteurs de risque peuvent être rattachés aux toxi-infections
alimentaires. La contamination des aliments peut avoir eu lieu dès la
production, ou lors de la préparation ou souvent lors d’une
mauvaise conservation. En général, les règles d’hygiène n’ont pas
été respectées.
 A chaque microorganisme se rattachent à la fois une
symptomatologie plus ou moins typique et une origine alimentaire
préférentielle.
 Il peut s’agir de cas individuels ou groupés (famille, cantine,
restaurant) : on parle alors de toxi-infections alimentaires collectives
(TIAC) . Dans ce cas, la conduite à tenir est précise.
II. Risques liés à la consommation de l’eau et des aliments
1. L’eau

 Les contrôles microbiologiques effectués sur les sources d’eau pour

usage alimentaire (souterraines et de surface, lacs, rivières..)
préviennent normalement toute présence de microorganisme
pathogène dans l’eau d’alimentation.
 Cependant, des contaminations fécales peuvent se présenter à la
source ou à un endroit quelconque du système de distribution de l’eau,
ou suite à un traitement ou une désinfection insuffisante. Dans ces
conditions les consommateurs vont ingérer une certaine quantité de
bactéries, de virus ou de parasites.
 La liste des microorganismes pathogènes que l’on peut rencontrer
dans les eaux d’alimentation est longue. Nous nous limiterons à citer
les plus courants.
II. Risques liés à la consommation de l’eau et des aliments
1. L’eau
1.1 Les bactéries
 On distingue celles qui ont été responsables dans le passé de grands
fléaux épidémiques ou pandémiques comme les Salmonella (fièvres
typhoïdes et paratyphoïdes), les Shigella (dysenterie bacillaire) et
Vibrio cholerae (choléra).
 Leur disparition dans les eaux traitées et désinfectées distribuées
laisse la place à des agents responsables de gastro-entérites ou de
diarrhées banales comme certaines Salmonella mineures, certaines
Shigella, des Vibrio autres que cholerae, des Escherichia coli
(EPEC, ETEC), Yersinia enterocolitica, Campylobacter jejuni/
Campylobacter coli.
 D’autres bactéries dites opportunistes peuvent être responsables,
comme Pseudomonas aeruginosa ou Aeromonas, de manifestations
digestives chez des malades fragilisés ou immuno-déprimés.
II. Risques liés à la consommation de l’eau et des aliments
1. L’eau
1.2 Les virus

 Leur nombre dans les eaux s’est considérablement accru (plus d’une
centaine de types différents excrétés dans les selles d’hommes ou
d’animaux) ces dernières années, en raison, en partie, de leur
résistance aux agents de stérilisation. Parmi eux, le virus de
l’hépatite A est le plus résistant et pose le problème le plus aigu.

 A côté, on trouve des virus responsables de gastro- entérites ou de

diarrhées comme les rotavirus et les adénovirus. Egalement peuvent
être présents des enterovirus (polio, coxsackie).
II. Risques liés à la consommation de l’eau et des aliments
1. L’eau
1.3 Les parasites
 Entamoeba histolytica (parasite intestinal) responsable de dysenterie
amibienne, sévit surtout dans les pays en voie de développement.
Giardia lamblia responsable de diarrhées prolongées est prépondérant
dans les maladies hydriques. Le risque dû aux Cryptosporidium dans
l’eau est surtout évoqué pour les malades immuno-déprimés
(Sidéens).
 Les helminthes qui pourraient contaminer les eaux d’alimentation
sont nombreux. Certains sont véhiculés par l’ingestion d’un hôte
intermédiaire et d’autres sont transmis par l’intermédiaire d’œufs ou
de kystes infectants (ascaridiose, oxyurose, anguillulose,
échinococcose, distomatose…).
II. Risques liés à la consommation de l’eau et des aliments
2. Les aliments
 Pour protéger le consommateur, la législation sur les aliments est très
sévère. Mais à côté des exigences de fabrication strictes, les risques
d’altérations secondaires sont moins pris en compte par les industriels.
En microbiologie alimentaire, il faut distinguer la simple contamination
qui peut ne pas être dangereuse pour le consommateur de la
multiplication des microorganismes qui entraîne souvent la maladie
chez le consommateur.
 Cependant, la contamination même faible ne doit pas être négligée car
certaines espèces de microorganismes peuvent causer une maladie même
en petit nombre et l’aliment contaminé peut à son tour atteindre d’autres
denrées, ou contaminer les mains, les ustensiles de cuisine et les surfaces
de travail qui seront les vecteurs de contamination. Pour garantir la
sécurité des consommateurs et la qualité des produits alimentaires, il faut
donc limiter les contaminations et maîtriser la multiplication des
microorganismes de l’aliment par de bonnes conditions de conservation.
II. Risques liés à la consommation de l’eau et des aliments
2. Les aliments
Origine des microorganismes pathogènes : ils sont de deux
origines :
 Endogène : déjà présents dans l’aliment avant sa préparation. Ce
sont les agents des anthropozoonoses présents dans les aliments
d’origine animales et transmissibles à l’homme. Normalement les
animaux malades sont écartés par les contrôles vétérinaires mais
les animaux porteurs sains peuvent subsister.
 Exogène : contaminant les aliments au cours de leur préparation,
du transport, de l’industrialisation ou de la conservation, à partir
de l’environnement. Les analyses de contrôle microbiologique des
aliments recherchent à côté des pathogènes intestinaux connus,
certains microorganismes saprophytes selon des normes très
précises à la fois quantitatives et qualitatives variant en fonction
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal

Le plus souvent le tableau clinique est celui d’une gastro-

entérite avec diarrhée, vomissements, douleurs abdominales
souvent accompagné de fièvre et dans certains cas de signes
spécifiques. Elles sont en général de courte durée et suivies de
guérison.

 Dans un certain nombre de cas, des complications peuvent

survenir, certaines graves, pouvant aboutir à la mort. Les plus
fréquentes sont les septicémies et les syndromes rhumatismaux. Les
manifestations les plus simples peuvent être critiques chez les
nourrissons, les vieillards et les immuno-déprimés.
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
1. Nausées et vomissements au premier plan
Staphyloccocus aureus
 Le staphylocoque doré (Staphylococcus aureus) est l'espèce la
plus pathogène du genre Staphylococcus.
 Cocci en amas (grappes de raisin), à Gram positif, aéro-anaérobie
facultatif et catalase positive.
 Souches entérotoxinogènes (50% des S. aureus produisent une ou
plusieurs entérotoxines)
 Aliments le plus souvent en cause : charcuterie, pâtisseries, laitages,
glaces (épidémies). La transmission est habituellement humaine
(cuisinier avec furoncle, panaris ou porteur sain).
 Incubation : 1 à 6 heures
 Vomissements puis diarrhée et douleurs abdominales dans un 2 ème temps.
Pas de fièvre
 Il peut y avoir une déshydratation importante et collapsus vasculaire
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
1. Nausées et vomissements au premier plan
Bacillus cereus
Grand bacille à Gram positif, de 1 μm de large pour 3 à 4 μm de long,
sporulé, aéro-anaérobie facultatif, mobile grâce à une ciliature
péritriche, responsable de toxi-infections.
Aliments souvent incriminés : viandes, légumes, sauces, soupes, laits.
Deux formes cliniques :
• Emétisante : la plus fréquente, apparition 1 à 6 heures après ingestion
de riz (souvent restaurant chinois), toxine préformée thermostable,
dure 10 heures et guérit spontanément (ressemble à S. aureus).
• Diarrhéique : plus rare, due à la production d’une autre toxine
thermolabile par le germe, in vivo, après ingestion de divers aliments
insuffisamment réfrigérés, début 8 à 24 heures après et dure 36 heures
au plus (ressemble à Clostridium perfringens).
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
2. Diarrhée sans fièvre élevée ni caractère hémorragique, due à des
germes non invasifs
Clostridium perfringens
Bacille à Gram positif immobile, sporulé et anaérobie stricte.
Il est présent dans les aliments riches en protéines ou mal apprêtés.
Souvent retrouvé en restauration collective suite à une mauvaise
conservation après la cuisson. Produit deux types de toxines in vivo
après son ingestion :
 Toxine A (pays développés) : Dans les collectivités (50% des
personnes atteintes) , aliments ayant séjourné à température ambiante.
Incubation : 6 à 24 heures. Diarrhée pendant 24 h, avec forte
flatulence, nausées et fièvre dans 25% des cas, vomissements dans
10% des cas, crampes et maux de tête. Traitement symptomatique
 Toxine B (Pays du tiers monde) : entérocolite nécrosante, souvent
mortelle, malnutrition.
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
2. Diarrhée sans fièvre élevée ni caractère hémorragique, due à des
germes non invasifs
Escherichia coli
Commensal du tube digestif chez l’homme, Gram négatif , aéro-anaérobie facultatif
seuls certains sérotypes sont pathogènes :
 E. coli entérotoxinogènes (ECET) : Principales causes des diarrhées infectieuses
infantiles dans les pays en voie de développement, transmission quand le niveau
d’hygiène bas. Incriminés dans la diarrhée des voyageurs. Production de deux types
de toxines (« ST » thermostable et « LT » thermolabile, proche de la toxine de
Vibrio cholerae)
 E. coli entéropathogènes (ECEP) : Responsables de gastroentérites infantiles,
autrefois sous forme d’épidémies dans les maternités et les crèches. Beaucoup plus
rares aujourd’hui. Reste une cause majeure de diarrhée infantile en Afrique, Asie et
Amérique du Sud. Tableau clinique banal : selles aqueuses avec parfois du mucus,
fièvre, vomissements, parfois prolongé
 E. coli entéroadhérents (ECEA) : Incriminés dans des cas de diarrhées hydro-
électrolytiques survenant surtout chez les enfants des pays en voie de
développement. Certains appartiennent aux mêmes sérotypes que les ECEP.
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
2. Diarrhée sans fièvre élevée ni caractère hémorragique, due à des
germes non invasifs
Vibrio cholerae

 Le vibrion cholérique est une bactérie à Gram négatif, en forme de bâtonnet

incurvé, aéro-anaérobie facultatif, mobile et responsable chez l'Homme
du choléra, une maladie épidémique contagieuse. Prototype des diarrhées
par entérotoxine
 Transmis par l’ingestion d’eau et d’aliments contaminés et survient dans des
situations d’hygiène précaire et des milieux très défavorisés. Le vibrio peut
survivre longtemps dans un milieu hydrique et salé.
 Tableau clinique très variable : du simple portage asymptomatique à un état
gravissime de déshydratation. Fièvre modérée. Vomissements initiaux suivis
par une diarrhée liquide rapidement importante. La déshydratation peut
entraîner en quelques heures un état de choc hypovolémique avec
insuffisance rénale. L’absence de compensation des pertes conduit au décès.
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
2. Diarrhée sans fièvre élevée ni caractère hémorragique, due à des
germes non invasifs
Vibrio parahaemolyticus
 Vibrion marin halophile (se développe que sur des milieux contenant
3 à 7 % de NaCl). Pouvoir pathogène dû à une cytotoxine. Elle tire
son nom latin du fait qu'on a montré dès les années 1950-1960 qu'elle
peut induire une hémolyse.
 Cette bactérie peut infecter le tube digestif humain. C'est une source
majeure d'infection alimentaire et d'intoxication alimentaire à partir de
produits de la mer, après ingestion de poissons, coquillages,
crustacés, huîtres (Japon, Afrique).
 Incubation : 6 à 20 heures. Symptômes : diarrhées,
nausées, vomissements, douleurs abdominales et / ou fièvre.
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
3. Diarrhées hémorragiques et très fébriles, dues à des germes
invasifs
Salmonella typhi et paratyphi
 Bacilles à Gram négatif, appartenant à la famille des
Enterobacteriaceae, responsables de 2 grands types d’infections : les
gastro-entérites d’origine alimentaire et les fièvres typhoïde et
paratyphoïde . Transmission exclusivement inter-humaine à partir
d’un porteur sain, voie de contamination : l’eau ou un aliment
contaminé.
 Incubation : 1 à 2 semaines. Fièvre élevée, douleurs abdominales,
diarrhée liquide et fétide.
 Complications graves : perforation, hémorragie digestive, myocardite,
métastases septiques.
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
3. Diarrhées hémorragiques et très fébriles, dues à des germes
invasifs
Salmonella non typhi
 Cause la plus fréquente des TIA, prédominance estivale. Formes
collectives. Les volailles sont des réservoirs naturels (œufs peu cuits
ou crus, mayonnaise ] . Autres aliments : pâtisseries à crème, laitages,
pâtés, viandes, coquillages
 Incubation plus ou moins longue ( 8 heures).
 Diarrhée liquide, fétide, vomissements, douleurs abdominales, fièvre.
Principales souches : S. enteritidis et typhimurium
 Hémocultures positives dans 5 à 10 % des cas. Métastases septiques :
endocardite, méningite, ostéomyélite, arthrite septique.
 La fièvre disparaît en 2 jours et la diarrhée en 1 semaine
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
3. Diarrhées hémorragiques et très fébriles, dues à des germes
invasifs
Shigella
 Les Shigelles sont des entérobactéries très virulentes (quelques dizaines de
germes vivants peut provoquer la maladie chez un adulte sain).
 Maladie transmise de personne à personne le plus souvent ou par
l’intermédiaire de l’eau ou d’aliments contaminés.
 Incubation : 1 à 3 jours
 Au début diarrhée aiguë fébrile qui, soit guérit spontanément, soit se
poursuit par un syndrome dysentérique fébrile, avec de nombreuses
émissions rectales glairo-sanglantes ou même purulentes
 Les formes les plus graves sont dues à S. dysenteriae 1 avec un état général
altéré, parfois un mégacôlon toxique ou des complications extra-digestives
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
3. Diarrhées hémorragiques et très fébriles, dues à des germes
invasifs
E. coli entéroinvasifs (ECEI)
 Appartiennent à certains sérogroupes d’ E. coli et ressemblent aux
Shigelles.
 Concernent les enfants de moins de 10 ans dans les pays en voie de
développement. Syndrome dysentérique fébrile ressemblant à celui
des Shigelles mais moins marqué.
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
3. Diarrhées hémorragiques et très fébriles, dues à des germes
invasifs
Campylobacter
 Campylobacter est un genre de bactéries à Gram négatif, micro
aérophiles, oxydase positive, non sporulantes provoquant des intoxications
alimentaires. Transmission essentiellement alimentaire (volailles, produits
laitiers non pasteurisés, eau non chlorée), accessoirement de personne à
personne ou par les animaux domestiques.
 Atteint surtout les enfants de moins de 10 ans. Cas sporadiques le plus
souvent.
 Incubation : 2 à 3 jours, parfois 10 jours.
 Tableau clinique variable : diarrhée liquide peu marquée ou syndrome
dysentérique franc, toujours avec fièvre et douleurs abdominales dans 40 à
70 % des cas.
 Signes généraux très fréquents : céphalées, myalgies, anorexie,
amaigrissement. Evolution en général favorable en une semaine.
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
3. Diarrhées hémorragiques et très fébriles, dues à des germes
invasifs
Yersinia enterocolitica
• Bacille à Gram négatif de 1,3 à 3,5 µm de longueur sur 0,5 à 1,0 µm de
diamètre. Seuls les sérotypes O3 et O9 sont pathogènes.
• Aliments : viande de porc, charcuterie, volailles, lait et dérivés.
• Transmission possible de personne à personne (épidémies hospitalières ou
familiales ]
• Incubation : 3 à 7 jours
• Tableau clinique variable : selles molles ou entérocolite grave avec
nombreuses émissions de selles sanglantes, douleurs abdominales
fréquentes. Fièvre inconstante.
• Evolution prolongée : > 2 semaines. Parfois fausses indications
d’appendicectomie.
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
3. Diarrhées hémorragiques et très fébriles, dues à des germes
invasifs
Cyclospora
 Parasite transmis par des aliments ou de l’eau contaminée par des matières
fécales infectées. L’homme semble être le seul hôte.
 Clinique : diarrhée, perte d’appétit, de poids, nausées, flatulence, crampes
abdominales, douleurs musculaires, vomissements, fièvre. Il peut y avoir
persistance des symptômes pendant en moyenne 7 semaines.
 La transmission est de type oro-fécale, directe ou indirecte avec un rôle
important de l’eau.
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
3. Diarrhées hémorragiques et très fébriles, dues à des germes
invasifs
Virus (Rotavirus)
 Intoxications collectives d’origine hydrique.
 Atteint plus les enfants et les adolescents.
 Diarrhées assez sévères avec fièvre élevée, selles souvent
hémorragiques.
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
4. Tableaux cliniques associés extra - digestifs
E. coli entérohémorragiques (ECEH) : E. coli O157 : H7
 Aliments : viandes sous forme de hamburgers et lait non pasteurisé, volaille
insuffisamment cuite, eau non chlorée, jus de pomme non pasteurisé.
 Fièvre inhabituelle et modérée, les émissions sanglantes durent moins d’une
semaine et sont parfois précédées d’une courte diarrhée hydrique.
 La biopsie colique retrouve des lésions de colite ischémique et infectieuse.
 La maladie peut se compliquer d’un purpura thrombotique
thrombocytopénique ou d’un syndrome hémolytique urémique.
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
4. Tableaux cliniques associés extra - digestifs
Clostridium botulinum
 C’est l’agent infectieux du botulisme, bacille anaérobie sporulé, sécrétant une
exotoxine très virulente qui est préformée dans l’aliment : intoxination.
 Les spores thermorésistantes peuvent contaminer les aliments : charcuteries
(jambon), conserves familiales, semi-conserves, fruits, légumes, viandes,
volailles, poissons. Elles peuvent donner des formes végétatives qui produisent
l’exotoxine thermolabile.
 Le tableau clinique est essentiellement neurologique et grave : après quelques
heures à quelques jours, douleurs abdominales, vomissements et diarrhée puis
rapidement troubles neurologiques : fatigue, étourdissements, troubles oculaires
(diplopie), sécheresse de la bouche, gêne à la déglutition, dans certains cas
extrême insuffisance respiratoire.
 Traitement : symptômatique et sérothérapie spécifique (3 types de toxines A, B
et E).
 Epidémies souvent familiales.
 Le diagnostic biologique ne peut se faire que par recherche de la toxine dans le
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
5. Tableaux cliniques extra - digestifs particuliers
Brucella
• Brucella est un très petit coccobacille à Gram négatif, immobile, non
encapsulée, non sporulée, aérobie stricte et intra-cellulaire facultatif.
• Il en existe plusieurs espèces dont quatre sont pathogènes pour l’homme :
principalement B. melitensis, B. abortus bovis, B. suis et accessoirement B.
canis.
• La brucellose, présente dans le monde entier, est une maladie à déclaration
obligatoire dans la plupart des pays. La maladie provoque des symptômes de
type grippal, notamment la fièvre, une asthénie, un malaise ou une perte de
poids. Aliments infectants : lait de brebis et de chèvre et fromages dérivés.
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
5. Tableaux cliniques extra - digestifs particuliers
Listeria monocytogenes
 Listeria monocytogenes est un bacille de petite taille, non sporulé, aéro-
anaérobie facultatif, intracellulaire facultatif, ubiquitaire (sol, végétaux, eau),
possédant une catalase et mobile à 20 °C. Il doit son nom à Joseph Lister.
C’est la seule espèce du genre Listeria pathogène pour l’homme, provoquant
la listériose.
 L. monocytogenes se multiplie assez rapidement à + 4°C (réfrigérateurs).
C'est une bactérie cryophile, un entretien régulier des espaces froids permet
alors de limiter le risque de contamination des denrées alimentaires par cette
bactérie. Ne provoque une maladie sévère (méningite, septicémie) que chez
les femmes enceintes, les nouveaux-nés, les vieillards et les immuno-
déprimés.
III. Diagnostic des TIA en fonction de l’agent causal
5. Tableaux cliniques extra - digestifs particuliers
Toxoplasma gondii
 Toxoplasma gondii est un parasite intracellulaire obligatoire, c’est l'agent de
la toxoplasmose.
 L’infection se transmet par contact avec les œufs du parasite.
 Aliments contaminants : viande insuffisamment cuite, fruits et légumes
contaminés par des excréments de chat.
 Clinique : faible fièvre, syndrome pseudo-grippal, adénopathies. Chez les
personnes immuno-déprimées, pneumonie possible.
IV. Les toxi-infections proprement dites
1. Tétanos
Clostridium tetani
• C. tetani, est la bactérie saprophyte responsable du tétanos chez l'Homme.
C'est un bacille anaérobie, à gram positif, capable de sécréter
une toxine neurotoxique.
• On rencontre ce bacille sur la terre entière (il est dit ubiquitaire) sous deux
formes : une forme endosporulée (dans le sol et les déjections de
mammifères) et une forme végétative : lorsque les conditions sont
favorables, le bacille est capable de sécréter sa toxine neurotrope et ainsi
provoquer le tétanos.
• Cette toxine est l'un des plus puissants poisons biologiques connus. Elle
entraîne la mort dans 20 à 30 % des cas. La guérison s'obtient après
plusieurs jours ou semaines d'hospitalisation en réanimation et soins
intensifs.
IV. Les toxi-infections proprement dites
2. Diphtérie
Corynebacterium diphtheriae
 C. diphtheriae est un bacilles aéro-anaérobie facultatif à Gram positif, non
encapsulés non sporulé, immobile, droit ou incurvé. C'est un
microorganisme strictement parasite des humains. Il produit la toxine
diphtérique, une exotoxine de nature protéique de 62 kDaltons, responsable
des signes de la diphtérie. L'inactivation de cette toxine par un antisérum
(anatoxine) est à la base de la vaccination antidiphtérique.
 La toxine touche d'abord les voies respiratoires supérieures, puis le cœur et
le système nerveux périphérique.
 La diphtérie débute le plus souvent par une angine à fausses membranes,
d'où son nom créé au XIXe siècle du grec diphthéra, « membrane », pouvant
entraîner la mort par suffocation en l'absence de traitement, une
complication connue historiquement sous le nom de croup.
IV. Les toxi-infections proprement dites
3. Botulisme
Clostridium botulinum
 Décrit précédement