Cours Microbiologie Alimentaire BOUBENDIR Abdelhafid CUM 2014 PDF

Polycopi Cours Microbiologie Alimentaire Dr.
Abdelhafid BOUBENDIR
Rpublique Algrienne Dmocratique et Populaire
Ministre de lEnseignement Suprieur et de la Recherche

Scientifique
Centre Universitaire de Mila

Institut des Sciences et de la Technologie
Dpartement des Sciences de la Nature et de la Vie
Polycopi Cours de
Microbiologie Alimentaire
Auteur : Dr. Abdelhafid BOUBENDIR
2014
-1-
Polycopi Cours Microbiologie Alimentaire Dr. Abdelhafid BOUBENDIR
Prface
Ce cours est la synthse dannes denseignement de Microbiologie Gnrale,

Microbiologie Alimentaire, Biochimie Microbienne et Gntique Microbienne. Il est
destin supporter lapprentissage de Microbiologie par ltudiant de Licence en Tronc
commun de Biologie en gnrale et de troisime anne de Spcialit Microbiologie ou
Biochimie en particulier, ainsi quaux tudiants de Master en Biologie. Dautre part, ce
document pourrait aider les tudiants des Sciences Mdicales, dagro-alimentaire et de
nutrition renforcer leurs connaissances dans le domaine de la Microbiologie. Comme tout
travail, il peut tre sujet derreurs et de manques. De ce fait, il est toujours encouragent et
motivant de recevoir des corrections, conseils et recommandations de la part des collgues
enseignants et chercheurs activant sur terrain.
Abdelhafid BOUBENDIR
Docteur Microbiologiste
Email : a.hafid.bio@gmail.com
-2-
Introduction gnrale 5
Chapitre I : Rappel sur la classification des microorganismes 7
Les proportions de GC (% de GC) 8
L'hybridation ADN-ADN 8
Chapitre II : Les intoxications alimentaires 10
Chapitre III : Les grands groupes microbiens intressants la microbiologie 13

alimentaire
1. Les bactries lactiques 13
1.1. Mtabolisme gnral des bactries lactiques 13
1.1.1. Dfinition du mtabolisme 13
1.1.2. Enzymes et mtabolisme 14
1.1.3. Voies du catabolisme des sucres 14
1.2. Les exigences nutritionnelles des bactries lactiques 16
1.3. Taxonomie 17
1.3.1. Les cocci 17
1.3.2. Les bacilli 20
1.4. Rle des bactries lactiques dans l'alimentation 22
1.5. Culture 23
2. Les Entrobactries 24
2.1. Caractres gnraux du groupe 24
2.2. Classification et identification 24
3. Culture 27
3. Les microcoques 28
4. Les bactries sporules 29
4.1. Les bactries sporules arobies: Genre Bacillus 29
4.2. Les bactries sporules anarobies: Genre Clostridium 29
5. Les levures 31
5.1. Caractres gnraux et taxonomie 31
5.2. Rle dans l'alimentation 32
6. Les moisissures 33
6.1. Caractres gnraux et taxonomie 33
-3-
6.2. Rle dans l'alimentation 33
Chapitre IV : Les altrations microbiennes des aliments et les moyens 35

de lutte
1. Les facteurs influenant la flore d'altration des aliments 35
1.1. Les conditions nutritives 35
1.2. Les conditions physiquo-chimiques 36
1.2.1. La temprature 36
1.2.2. Le pH 37
1.2.3. L'activit de l'eau 38
2. Les moyens de lutte 40
2.1. Moyens physiques 40
2.1.1. La temprature 40
2.1.2. La dshydratation 42
2.2. Moyens chimiques 42
Chapitre V : Exemples d'aliments 43

1. Les olives fermentes 43
2. L'ensilage 44
Rfrences 45
-4-
Introduction gnrale
L'existence des microorganismes date de la cration de lunivers mais leur rvlation est
relativement rcente (Van Leeuwenhk, 1632-1723). Le dveloppement rcent de la
biologie molculaire a montr que le monde des microorganismes est de plus en plus
immense et sans limite, que ce soit du point de vue biodiversit ou complexit et multitude
des voies mtaboliques empruntes par ces organismes.
Dans le langage commun le terme microbe dsigne souvent cet tre qui fait du mal
lhomme. Cependant, cest un lment indispensable la vie sur terre et aussi un allier
utile. Les microorganismes sont des tres ubiquistes, prsents dans l'eau, le sol, l'air et
mme nos aliments. L'aliment qui est un tre vivant ou une partie de lui est un cosystme
favorable au dveloppement d'une multitude de germes : bactries, champignons,
protozoaires, virus et agents subviraux, assurant ainsi leurs sources d'nergie et de carbone
et trouvant les conditions idales pour leur survie. Habitants commensaux ou pathognes
des htes animales et vgtales, saprophytes des eaux et du sol, les microorganismes
arrivent par tous les chemins l'alimentation de l'homme, des animaux et mme des
insectes.
En effet, l'aliment est contamin par les microorganismes depuis l'environnement de

production : ferme d'levage animal, champ dagriculture ou eaux de pche, etc. ;
l'environnement industriel : matriel, manipulateur, chane de froid, etc. ; pour finir dans
les tagres de vente commerciale au niveau du consommateur. La discipline de la
microbiologie alimentaire et dautant importante et ncessaire vue le dveloppement des
industries agro-alimentaires, le grand change commerciale alimentaire rgionale et
mondiale.
La premire partie de ce cours, dcris les principaux groupes de microorganismes

contaminants les aliments, en insistant sur leur aspect d'altration de la qualit
organoleptique et nutritionnel et leur aspect pathogne pour la sant humaine. Aussi, cette
partie associe des exemples daliments chaque catgorie de microorganismes par une
approche taxonomique et une analyse des facteurs risque de contamination.
-5-
La deuxime partie traite les principaux facteurs physico-chimiques et nutritionnels

influenant l'implantation des microorganismes dans les aliments et les moyens mis en
uvre pour lutter contre ces contaminants. Enfin, une dernire partie, aborde quelques
exemples d'aliments ferments les plus importants dans la consommation quotidienne
humaine et animale.
-6-
Chapitre I :
Rappel sur la classification des microorganismes
La taxinomie ou science de la classification est la base de toute dmarche d'identification.

Traditionnellement, les types biologiques sont classs en espces, genre, famille, ordre,
classe, phylum, domaine. En pratique ce sont les notions de genre et d'espce qui sont
surtout utilises en microbiologie ainsi que les subdivisions au sein d'une espce: sous-
espce (subsp), srotype, lysotype, pathotype, biotype, souche, etc. La rpartition en
espces et leur classification peuvent tre ralises en fonction de divers critres :
phnotypiques, gnotypiques et chimiotaxinomiques [8].
Les bactries peuvent se diffrencies par leur caractres phnotypique, par exemple leur
forme, leur taille ou leur structure, par leurs activits chimiques, par les lments nutritifs
qui leur sont ncessaires, par la forme de l'nergie qu'elles utilisent, par les conditions
physiques dans lesquelles elles peuvent crotre, par leur ractions certains colorants. La
classification moderne, phylogntique des procaryotes se base sur des critres
molculaires : les organismes sont classs principalement selon les diffrences (ou les
similitudes) de leurs acides nucliques [1].
La phylogntique est l'tude des relations volutionnaire entre les organismes, les
caractres phnotypiques des microbes ont fournis peu d'informations sur la phylognie
microbienne. Rcemment, la comparaison des squences entre macromolcules fonctions
homologues entre diffrentes espces a permis une analyse de la distance volutionnaire.
L'tude de l'ARN 16S ribosomal a t exceptionnellement bnfique cet gard [6]. Parmi
les techniques gnotypiques nous citons :
-7-
1. Les proportions de GC (% de GC)
Dans l'ADN, la proportion de GC (% GC) est la quantit de guanine et de cytosine

exprime en pourcents du total des bases azotes :
(guanine + cytosine) / (guanine + cytosine + adnine + thymine) 100 %
Des valeurs similaires de % de GC ne sont pas ncessairement le signe d'une relation

taxinomique troite, tandis que des valeurs fortement diffrentes suggrent l'absence d'une
telle relation. Parmi les bactries, le % de GC varie de 24 76 [1, 6].
2. L'hybridation ADN-ADN
Dans cette mthode, l'ADN de deux organismes diffrents sont compars en dterminant
dans quelle mesure les deux chantillons peuvent s'hybrider (par hybridation, on entend
l'appariement des bases, entre brins issus d'organismes diffrents). Plus grand est le degr
d'hybridation, plus troite est la relation entre les organismes. La mthode convient pour
tudier les parents au niveau de l'espce. Des organismes dont les ADN montrent >70 %
d'hybridation stable, pourraient tre placs dans la mme espce [1, 6].
Les microbiologistes utilisent la taxonomie microbienne (Figure 1). La taxonomie

microbienne communment appele taxonomie procaryotique, la plus largement accepte
est celle du Bergeys Manual of Systematic Bacteriology, publie la premire fois en 1923
par l'American Society for Microbiology [9].
145
-8-
-9-
Chapitre II : Les intoxications alimentaires
Les termes empoisonnement alimentaire ou intoxication s'appliquent aux gastro-entrites

aigues provoques par l'ingestion d'aliments contamins par certains pathognes et/ou par
des toxines (Tableau 1) [1].
Dans les pays en voie de dveloppement les intoxications alimentaires sont favorises par :
- Le climat chaud de la plupart d'entre eux.
- Le manque de dveloppement des services d'hygines qui rend tous contrle impossible.
- La pnurie de vivre qui fait accepter par le consommateur les vivres altrs [10].
Le pouvoir pathogne des bactries peut dpendre de plusieurs facteurs. Il existe des
espces pouvoir infectieux qui agissent par envahissement de l'hte (infection) ; des
espces pouvoir toxinogne qui librent des toxines dans l'aliment (intoxination); des
espces caractre mixte qui peuvent provoques des toxi-infections; enfin d'autres
espces qui agissent par la transformation du substrat qu'elles rendent toxique, produisant
ainsi des intoxications. Les intoxications alimentaires les plus rpondues sont les suivantes
(pour plus de dtail se rfrer au chapitre: Classification des microorganismes intressant
la microbiologie alimentaire) [8]:
Le cholra
Le cholra se manifeste par des vomissements et une diarrhe abondante qui finit par
devenir quasiment de l'eau. L'agent pathogne (certaine souches de Vibrio cholerae) se
multiplie dans l'intestin et fabrique un type d'exotoxine: une entrotoxine (toxine
cholrique) [1, 10].
Le botulisme
Le botulisme consiste en une paralysie musculaire et la mort peut survenir suite une
dfaillance mcanique (musculaire) du systme respiratoire. L'agent pathogne (des
souches de Clostridium botulinum) synthtise un type d'exotoxine -une neurotoxine- qui
agit sur les jonctions neuromusculaires, inhibant la libration d'actylcholine et par
consquent, la stimulation nerveuse du muscle. La maladie peut provenir de l'ingestion de
- 10 -
toxine prforme, habituellement dans une nourriture contamine, comme des viandes
cuites, de la saucisse et des lgumes mal conservs. Il n'est pas donc ncessaire d'ingrer
l'agent pathogne lui mme pour contracter le botulisme [1, 10].
L'intoxication staphylococcique
L'intoxication alimentaire staphylococcique est due des entrotoxines produites par

plusieurs espces de Staphylococcus (principalement S. aureus). Il y a cinq types de
toxines (les types A E) qui, de faon caractristique, provoquent des vomissements, et
souvent de la diarrhe, peu de temps aprs l'ingestion de la nourriture contamine.
Les toxines sont thermostables et ne sont pas inactives par le chauffage ou la cuisson de
l'aliment. Les toxines sont stables aussi aux pH extrmes, laction des protases et des
radiations. De ce fait une fois formes dans l'aliment, elles sont impossibles enleves
[10].
La typhode
La typhode, provoque par Salmonella typhi, se manifeste par des symptmes intestinaux
et une septicmie. Une fois ingr, l'agent pathogne pntre la muqueuse intestinale,
envahi le flux sanguin (via le systme lymphatique) et se multiplie, par exemple, dans le
foie, la vsicule biliaire et la rate. L'inflammation intestinale peut tre tellement forte
qu'elle provoque perforation et hmorragie. L'absence de traitement aboutis la mort dans
30% des cas, le temps d'incubation est usuellement entre 5-25 jours, et il est plus court si
l'inoculum est important [1].
- 11 -
12
Chapitre III
Les grands groupes microbiens intressants la microbiologie alimentaire
1. Les bactries lactiques
Les bactries lactiques sont des cocci ou des btonnets Gram+, catalase-. Elles synthtisent
leur ATP grce la fermentation lactique des glucides. Les bactries lactiques sont en
gnral arotolrantes. Cependant certaines espces, habitants le tube digestif des animaux
sont anarobies strictes. Mme en prsence d'O2 elles sont incapables de raliser la
phosphorylation oxydative. L'absence de catalase est caractristique, mais certaines
espces acquirent une pseudo catalase [2].
1.1. Mtabolisme gnral des bactries lactiques
1.1.1. Dfinition du mtabolisme
Le mtabolisme d'une cellule vivante est l'ensemble des ractions de dgradation

(catabolisme) et de synthse (anabolisme) permettant d'tablir un cycle d'changes avec le
milieu environnant pour assurer sa survie, sa croissance et sa reproduction. Les ractions
cataboliques sont exergoniques, c'est--dire qu'elles librent de l'nergie, alors que les
ractions anaboliques sont endergonique c'est--dire qu'elles consomment de l'nergie [11].
Le mtabolisme nergtique des bactries lactiques s'effectue donc par un enchanement de

ractions couples de dshydrognation et d'hydrognation, faisant intervenir un donneur
initial qui est gnralement un sucre, un accepteur final qui est le plus souvent le pyruvate,
est des intermdiaires de transport d'lectrons qui sont des coenzymes associs des
dshydrognases. La biosynthse (ou anabolisme) est une suite de ractions de
polymrisation donnant naissance de longues chanes molculaires linaires et ramifies
(polynuclotides, polysaccharides, polypeptides, etc.) qu'on appelle macromolcules et qui
entrent dans la composition des structures essentielles des cellules bactriennes (appareil
nuclaire, paroi, membrane, cytoplasme) [11].
13
1.1.2 Enzymes et mtabolisme
Les bactries lactiques sont quipes d'un grand nombre d'enzymes diffrentes qui peuvent
tre classes selon les critres suivants :
- Leur localisation dans la bactrie : certaines enzymes sont disposes la surface des
cellules, elles y restent fixes ou diffusent dans le milieu pour y dgrader les grosses
molcules incapables de traverser la membrane bactrienne ; tandis que d'autres restent
dans le cytoplasme ou elles participent de nombreuses ractions mtaboliques.
-Le type de raction qu'elles catalysent : 1.oxydorductases; 2.Transfrases;
3. Hydrolases; 4. Lyases ; 5. Isomrases ; 6. ligases.
-Le substrat qu'elles dgradent: lactase, citratase, protinases, peptidases, etc. qui
fractionnent spcifiquement le lactose, les citrates, les protines, les peptides, etc. [4].
1.1.3. Voies du catabolisme des sucres
Selon l'espce bactrienne et les conditions de culture, le catabolisme du glucose peut

suivre une voie homofermentaire ou une voie htrofermentaire (Figure 2).
Les bactries lactiques homofermentaires transforment une molcule de glucose en deux

molcules de lactate par la voie des hexoses-diphosphates (encore appele la glycolyse
d'EMBDEN-MEYERHOFF-PARNAS) et gnrent paralllement deux molcules d'ATP et
du NADH2 qui est roxyd en NAD pour assurer la poursuite du processus fermentaire
(Figure 2) [4].
C6 H12 O6 2 C3 H6 O3
Les bactries lactiques htrofermentaires transforment une molcule de glucose par la

voie des pentoses-phosphates (encore appele voie 6P-gluconate) en une molcule de CO2
et une molcule d'thanol ou d'actate et gnrent paralllement deux molcules d'ATP et
du NADH2 qui est roxyd en NAD pour assurer la poursuite du processus fermentaire
(Figure 2).
C6 H12 O6 C3 H6 O3 + CO2 + C2 H5 OH (ou C2H4O2 + H2O)
14
HETEROTLACTIQUE HOMOLACTIQUE
Voie des pentoses-phosphate Voie du fructose-diphosphate
Glucose Glucose
Permase Systme
Membrane PTS-PEP
glucose
ATP
ADP
glucose-6-P
NAD glucose-6-P
NADH2 glucose-6-P DH
6-P-gluconate
NAD fructose-6-P
NADH2 6-P-gluconate DH ATP
CO2 ADP
ribulose-5-P fructose-1,6-diP
Fructose-diP
aldolase
xylulose-5-P
actyl-P glyceraldehydes-3-P
NAD
ACETATE NADH2
actyl-CoA 1,3-diP-glycrate
NADH2 ADP
NAD ATP
actaldehyde 3P-glycrate
NADH2
NAD 2P-glycrate
ETHANOL phosphoenolpyruvate
ADP
Pyruvate-kinase
ATP
pyruvate
NADH2
Lactate DH
NAD
LACTATE
Figure 2 : Transport et catabolisme du glucose par les bactries lactiques [4].

(A droite) La voie homolactique produit 2 moles d'ATP et de lactate par mole de glucose dgrad.
(A gauche) La voie htrolactique produit 1 mole d'ATP et de lactate et 1 mole de CO2 et d'thanol
ou d'actate par mole de glucose dgrad.
15
Il y a une nouvelle division des bactries lactiques en trois groupes sur la base de leur
quipement enzymatique :
- Les homofermentaires stricts qui contiennent une fructose-diP aldolase mais pas de
glucose-6-P DH ni de 6-P-gluconate DH et suivent la voie des hexoses-diphophates,
exemple : Lb. delbrueckii (Figure 2).
- Les htrofermentaires stricts qui contiennent les 2 dshydrognases mais pas de

fructose-diP aldolase et suivent la voie des pentoses phosphates, exemple : Lb. brevis
(Figure 2).
- Les htrofermentaires facultatifs qui contiennent les 3 enzymes et sont capables de

suivre l'une ou l'autre des voies mtaboliques, exemple : Lb. casei (Figure 2) [4].
1.2. Les exigences nutritionnelles des bactries lactiques
Les bactries lactiques ont une faible aptitude biosynthtique et sont en principe,
incapables d'assimiler directement les principaux prcurseurs de l'environnement terrestre.
Elles ont besoin de molcules intermdiaires provenant de la biosynthse vgtale,
savoir : des sucres simples, des acides amins, des nuclotides, et des acides gras.
Elles peuvent toute fois tirer profit de molcules plus complexes provenant de la
biosynthse vgtale ou animale telles que des polysaccharides, des polypeptides et des
lipides, condition de pouvoir les fractionner en molcules intermdiaires assimilables.
Si les bactries lactiques sont considres comme un des groupes bactriens les plus
exigeants du point de vue nutritionnel, c'est parce qu'elles requirent non seulement des
substrats complexes carbons, azots, phosphats et soufrs, mais aussi des facteurs de
croissance comme les vitamines et les cations qui ont un rle de coenzyme [2, 8].
16
1.3. Taxonomie
Le groupe des bactries lactiques inclut les agents de fermentations produisant de l'acide
lactique : bacilles (Lactobacillaceae) et coques (Streptococcaceae).
1.3.1. Les cocci
Les Enterococcus, Streptococcus, Lactococcus, Pediococcus et Leuconostoc sont des cocci

sphriques ou ovodes, en paires, en chanettes ou en ttrades, en gnral immobiles (sauf
Ec. casseliflavus). Le mtabolisme est fermentaire et peut donner partir des glucides, de
l'acide lactique ou un mlange d'acide lactique, actique, formique de l'thanol et du CO2
(Leuconostoc). Les besoins nutritionnels sont souvent complexes, la catalase est absente
(parfois variable chez Pediococcus) [2, 8].
Les genres Streptococcus, Lactococcus, Enterococcus (Tableau 2) ont t anciennement

regroups en un genre unique Streptococcus. Ce sont des germes anarobies facultatifs,
gnralement microarophiles. Ils se dveloppent bien 37 C. La plus part des espces ne
sont pas capsules. Ils ont frquemment un pouvoir hmolytique et peuvent tre regroups
par des tests srologiques. Certaines espces sont pathognes en dehors du cadre
alimentaire ; elles peuvent cependant se trouver dans les aliments (Streptocoques des
mammites dans le lait) et provoquer des infections. De nombreuses espces sont
saprophytes, en particulier dans les produits laitiers. Certaines espces sont abondamment
utilises dans les industries de fermentation lactique (laiterie, beurrerie, fromagerie, mais
aussi saumures et salaisons. Ce sont les agents d'acidification et de coagulation lactiques en
fromagerie. Les Streptocoques ont t classs au dpart en quatre groupes d'espces de
Streptococcus selon les critres de Shermann [2, 8]:
Le groupe pyogenes contient des streptocoques pathognes, hmolytiques (hmolyse

) et appartenant aux groupes srologiques de Lancfield A B C E F G H. L'espce type est
S. pyogenes (groupe A). Aprs 1 3 jours d'incubation, les troubles se manifestent par des
maux de gorge, cphales, vomissement et fivre. Les aliments incrimins sont le lait, les
ufs et crmes glaces, les ptisseries. L'espce S. agalactiae (groupe B), agent de
mammites, est parfois rencontre dans l'alimentation.
17
Le groupe viridans comprend les streptocoques hmolyse ou (groupe K).

L'espce S. thermophilus est un agent d'acidification frquent dans certains fromages et
surtout les yaourts.
Le groupe lactique comprend les streptocoques non hmolytique (), appartenant au

groupe srologique N et contient des espces trs importantes en fromagerie, S. lactis et S.
cremoris dsormais appel Lactococcus lactis, Lc. cremoris.
Le groupe des entrocoques est le groupe des streptocoques fcaux appartenant au

groupe srologique D. Ce sont des commensaux de l'intestin hmolyse , ou . Les
germes les plus rencontrs en alimentation sont essentiellement S. faecalis, S. durans et S.
bovis, ils sont maintenant classs comme Enterococcus. Ce sont des germes test de
contamination fcale, ils ne sont qu'exceptionnellement pathognes, ce sont alors des
pathognes opportunistes avec des doses infectantes fortes (108 1010 cellules).
Enterococcus faecalis rsiste 6.5 % de NaCl et 30 minutes 60 C [2, 8].
Le genre Leuconostoc
Les Leuconostoc sont des cellules Gram-positives : coccodes, par paires ou par chanettes.
Non mobiles, asporules, anarobies facultatives. Leurs mtabolisme est fermentatif et
respiratoire. En anarobiose, elles fermentent le glucose principalement en acide lactique,
thanol et CO2 (fermentation htrolactique). Elles sont gnralement capsules ce qui
entrane l'apparition d'une viscosit dans le milieu. Elles ne sont pas hmolytiques ni
pathognes. Elles produisent des accidents de fabrication dans les produits acides et sucrs
(piqre lactique gazogne, viscosit), dans certains fromages (bleus) elles facilitent
l'ouverture par la production de CO2. Elles interviennent aussi dans les ensilages (L.
mesenteroides) et les vgtaux ferments : les olives, la choucroute, etc., mais aussi le
cacao et le caf. Elles se trouvent notamment sur divers produits laitiers et boissons
fermentes. Le pourcentage G+C est environ 38 44. Lespce type est : L. mesenteroides
[1, 8].
18
19
1.3.2 Les bacilli
Les Lactobacillus et les Carnobacterium sont des bactries Gram+, plomorphes,

asporognes, immobiles (sauf Lb. agilis). Oxydase et catalase-, pour la plupart
arotolrants, saccharoclastiques, nitrate-, glatine-, casine-, indole-, H2S-,
pigmentation-. Certaines souches possdent une pseudocatalase. Leur GC % varie de
32 53 % (Tableau 3) [1, 8].
Le genre Lactobacillus
Ce genre contient de nombreuses espces qui sont des agents de fermentation lactique
intervenant dans de nombreuses industries ou qui sont rencontres comme
contaminants. Il s'agit de bacilles souvent allongs ou coccobacilles, Gram+,
asporuls, parfois groups en paires ou en chanes, gnralement immobiles.
Anarobies, microarophiles ou arobies facultatifs. Habituellement catalase-
(certains ont une pseudocatalase). Certains sont homofermentaire obligs
(Lactobacillus delbrueckii), d'autres sont htrofermentaires (Lb. brevis) et d'autres
sont htrofermentaires facultatifs (Lb. casei). Ils sont acidophiles, peut protolytiques
et peut lypolytiques. Se trouvent sur la vgtation, dans la microflore naturelle de
l'homme et dans divers produits alimentaires ferments. Le pourcentage de G+C est
denviron 32 53. Lespce type est : Lb. delbrueckii [1, 8].
Le genre Bifidobacterium
Chez l'homme, les Bifidobacterium sont des commensaux de la bouche, de

l'sophage, de l'estomac, de l'intestin, des branches et du vagin. Chez l'animal, ils
sont surtout mis en vidence dans la flore intestinale. Ces bactries sont des btonnets
de morphologie varies, cellules courtes, coccoidales, cellules ramifies, bifurques,
spatules, isoles ou en chanes, disposition en V ou en palissade. Ces bactries sont
Gram+, non acido-alcoolo-rsistantes, non sporules, immobiles, anarobies, bien que
quelques espces tolrent l'O2 en prsence de CO2. Le genre est caractris par la
prsence d'une enzyme : la fructose-6-phosphate phosphoctolase. La temprature
optimale de croissance ne dpasse pas 39 C pour les espces d'origine humaine, alors
que les espces d'origine animale prfrent 43-45C. Bifidobacterium bifidus meurt
- 20 -
- 21 -
60 C. La croissance des Bifidobacterium n'est pas possible pH 4,5-5 et pH 8-8,5. Ces

bactries sont glucidolytiques et donnent de l'acide actique et lactique; elles produisent de
petites quantits d'acide formique, d'thanol et d'acide succinique. L'acide butyrique et
propionique ne sont pas produits. Les espces en gnral sont catalase-. La prsence d'-
galactosidase diffrencie rapidement les Bifidobacterium des Lactobacillus. Le GC % est
de 57,2-64,5 % [2].
Les Bifidobacterium ainsi que les espces de Lactobacillus peuvent avoir une fonction
prventive contre la colonisation par les entropathognes. Bifidobacterium anciennement
Lactobacillus bifidus est utilis dans certains yaourts probiotiques. Sa prsence
entranerait un effet anti-infectieux au niveau intestinal cause de la prsence d'un facteur
bifidogne [8].
1.4. Rle des bactries lactiques dans l'alimentation
Le pH normal du lait est de 6,6, la croissance des bactries lactiques se traduit par une
acidification du milieu entranant la coagulation de la casine, partir du pH 4,6 on obtient
ainsi le caill. La viscosit du lait peut tre modifie par les capsules mucilagineuses de
quelques bactries telles que Leuconostoc spp. Les bactries lactiques produisent une
varit de substances impliques dans la flaveur : actoine, actaldhyde, actone, thanol,
diactyl. Ces substances contribuent aux caractres organoleptiques des produits laitiers.
On a galement une lipolyse qui hydrolyse les acides gras libres avec formation d'acides
ctoniques et de mthyle ctone, une protolyse donnant : des peptides, des acides amins
jusqu' l'ammoniac; cette succession d'oprations enzymatiques contribue l'affinage des
fromages [2, 4].
Les potentialits inhibitrices des bactries lactiques sont importantes. Le phnomne

d'inhibition peut inclure un ou plusieurs mcanismes : comptition nutritionnelle,
changement physico-chimique du milieu (pH, formation d'agents rducteurs), formation de
produits antimicrobiens large spectre (acides organiques, peroxyde d'hydrogne) et
production de bactriocines [2, 4].
- 22 -
Les bactries lactiques interviennent aussi par l'amlioration de la digestibilit et des

qualits sensorielles des produits de fermentations, en librant des enzymes exocellulaires
et, aprs leur lyse, des enzymes endocellulaires [2, 4].
1.5. Culture
Vue les exigences nutritionnelles varies et multiples des bactries lactiques elles sont
cultives sur des milieux spcifiques enrichis par des digestions enzymatiques de divers
protines d'origines animale ou vgtale (extrait de viande, peptone, hydrolysat de casine,
ure, liqueur de mais, extrait de soja, etc.), cependant le meilleur substrat reste l'extrait de
levure [4].
Les milieux gnralement utiliss pour le dveloppement des bactries lactiques sont les
suivants [4] :
- Streptocoques : Elliker (Elliker et al., 1956) ; M 17
- Lactocoques : Elliker, M 17 (Terzaghi et Sandine, 1975)
- Lactobacilles : MRS (DE MAN et al., 1960) ; MRS acidifi ; ROGOSA (ROGOSA et al.,
1951) ; BRIGGS (BRIGGS, 1953)
- Leuconostoc : APT (EVANS et NIVEN, 1951; COX et BRIGGS, 1954)
- Pediocoques : MRS ; MRS + NaCl 4 %
- 23 -
2. Les Entrobactries
2.1. Caractres gnraux du groupe
Les membres de la famille des Enterobacteriaceae se trouvent comme parasites, parfois

pathognes ou commensaux chez l'homme et autres animaux, et comme saprophytes dans
le sol et les eaux. Ils sont trs rpondus dans la nature en raison de la contamination de
l'environnement par les matires fcales animales et des eaux d'gouts. Ce sont des
contaminants alimentaires trs frquents. Certains sont dangereux et peuvent tre
l'origine d'intoxications. Cette famille comprend des bacilles Gram-, non sporulants,
anarobies facultatifs, mobiles (le plus souvent flagells pritriches) ou non, isols ou par
paires. Chimioorganohtrotrophes, croissent habituellement sur des milieux de base. Les
sources de carbones incluent les sucres. Mtabolisme respiratoire et fermentatif. Oxydase-,
catalase+, l'exception de quelques souches [1, 8].
Bactries indicatrices, elles peuvent signifier un dfaut dhygine lors des processus de
fabrication: une contamination fcale, environnementale, une insuffisance des procds de
traitements, un dfaut dhygine du matriel et de lquipement utiliss, ou une
contamination croise dune autre origine (vgtale par exemple). Pour les produits prts
consommer et conservs sous rfrigration, les entrobactries peuvent galement signifier
une conservation des tempratures trop leves ou pendant une dure trop longue.
2.2. Classification et identification
Les genres (et les espces) se diffrencient par des tests biochimiques en particulier par les
tests IMViC (Indole, Rouge de Mthyle, Voges-Proskauer, Inositol et Citrate), par le test
de l'urase et les tests de dcarboxylases. Habituellement, Escherichia coli, Klebsiella
pneumoniae et certaines souches de Citrobacter fermentent le lactose, mais ce n'est pas le
cas de Salmonella, Shigella, Proteus ou Yersinia. Parmi les genres de cette famille nous
citons encore Enterobacter, Erwinia et Serratia (Tableau 4) [1].
- 24 -
Tableau 4 : Caractristiques de quelques Entrobactries [8].
Klebsiella pneumoniae
Salmonella gallinarum
Yersinia enterocolitica
Enterobacter cloaceae
Morganella morganii
Citrobacter freundii
Serratia marcescens
Erwinia amylovora
Proteus mirabilis
Escherichia coli
Shigella sonnei
Hafnia alvel
Arizona
Mobilit + + + + + + - + + - + - (+)
Gaz + + + - + + + + + + v - -
Lactose - + + - + - + - - - - - -
-gal.(ONPG) + + + - + + + - - - + + +
Saccharose - / + v v - + - - - + + +
Urase - v v - - - + + + - - - +
Indole - - - - + - - + - - - - v
VP - - + + - + + - - - + - -
RM + + - - + - - + + + - + +
H2S + + - - - - - - + + - - -
Citrate + + + v - - + - v v + - -
Malonate + - + v - v + - - - - - -
Mannitol + + + - + + + - - + + + -
Glatinase - - - + - - - - + - + - +
LDC + - - - + + + - - + + - -
ODC + - + - v + - + + + + + -
ADH v v + - - - - - - v - - +
TDA - - - - - - - + + - - - -
APP - - - - - - - + + - - - -
KCN - + + - - + + + + - + - -
25
Les Coliformes
C'est un groupe de bactries appartenant la famille des Enterobacteriaceae. On appelle

coliforme tout bacille Gram-ngatif, non sporulant, anarobie facultatif, capable de
fermenter le lactose dans 48 heures, avec formation d'acide et de gaz, 37C, Escherichia
coli est un coliforme typique. Mais il y a aussi d'autres coliformes: Citrobacter,
Enterobacter, Klebsiella. En microbiologie alimentaire les coliformes sont une flore
indicatrice de contamination fcale et de bons marqueurs de la qualit hyginique gnrale
d'un aliment [1, 3].
Genre Escherichia
Il existe plusieurs espces d'Escherichia, la plus importante est E. coli. Elle est lactose+,
gazogne, ralise une fermentation mixte, elle produit de l'indole. C'est un hte normale de
l'intestin de l'homme et des animaux, et est trs abondant dans les matires fcales.
Certains srotypes peuvent tre pathognes et provoquent des troubles digestifs
spcifiques, possdant une ou plusieurs toxines (hmolysine, cytotoxine, et entrotoxine).
On trouve les E. coli GEI responsables de Gastro-Entrite-Infantile (cphale, fivre,
vomissement, diarrhe), certains biotypes sont rencontrs dans les infections urinaires:
ECUP (E. coli Uro-Pathogne). Des produits d'origine animale (viandes et certains
produits laitiers), parfois l'eau, sont incrimins dans la contamination par E. coli. Les
infections sont le plus souvent causes par la consommation de viande de boeuf
contamine et insuffisamment cuite, mais peuvent galement tre dues la consommation
deau, de lait cru, de fruits, lgumes, etc. [3, 8].
Genre Salmonella
Les Salmonella appartiennent la famille des Enterobacteriaceae. Habituellement

mobiles, leurs ractions typiques sont les suivantes : tests IMViC -, +, -, + ; glucose+
(formation d'acide et de gaz 37 C); gnralement lactose-, H2S+. Urase- ; lysine et
ornithine dcarboxylase+. Les salmonelles peuvent crotre sur les milieux de base par
exemple, sur la glose Mac Conckey. Pathognes chez l'homme et les animaux. % GC
environ 50-52. Les salmonelles s'identifient selon les srotypes. La classification de
26
Kaufmann-White rpertorie environ 2000 srotypes Chacun d'eux est dfini par ses
antignes O et H et pour certains, par l'antigne Vi [1].
La contamination des produits alimentaires peut tre originelle (animaux malades) ou

provenir de manipulateurs malades ou porteurs sains du germe. On retrouve les
salmonelles surtout dans les produits d'origine animale (ufs, lait, viandes, volaille,
charcuterie, poisson), l'eau pollue et les produits consomms crus. Les salmonelles
produisent deux types de toxine (entrotoxine et cytotoxine). S. typhi et S. paratyphi A, B
et C provoquent des maladies infectieuses appeles respectivement fivre typhode et
paratyphode, la dose infectante est de l'ordre de 105 germes. L'incubation dure de 1 25
jours, gnralement 15 jours. La maladie se dclenche avec des symptmes digestifs
(vomissement, diarrhe, douleurs abdominales) avant d'entrer dans une phase septicmique
lymphatique avec fivre et torpeur (tuphos), cette action est due l'action au niveau
crbrale d'une endotoxine neurotrope LPS [8].
2.3. Culture
Plusieurs milieux sont utiliss pour la culture et l'isolement des Entrobactries, les plus
courants sont [8]:
Le milieu glucos bili au cristal violet et au rouge neutre (VRBG ou VRBGA)

Le milieu lactos au pourpre de bromocrsol (BCP)
Le milieu Mac Conkey (milieu G)
27
3. Les microcoques
Genre Staphylococcus
Les membres de ce genre sont des coques Gram+, souvent en amas. Certaines espces
contiennent des pigments carotnodes orange ou jaune. Non mobiles, anarobies
facultatifs, chimioorganohtrotrophes. Leurs sources de carbone incluent divers sucres,
communment halotolrants et catalase+. Les staphylocoques sont rpartis en souches
coagulase+ et souches coagulase- . Parmi les premires, figurent S. aureus et S.
intermedius; parmi les dernires, S. epidermidis. Ils sont commensaux et pathognes chez
l'homme et chez d'autres animaux. Le pourcentage de G+C est denviron 30 39. Les
milieux habituellement utilises pour leur culture sont: le milieu Chapman et le milieu
Baird-Parker [1, 7].
S. aureus coagulase+ est pathogne, il produit des entrotoxines thermostables libres

dans l'aliment lors de la croissance, il s'agit d'une protine (PM 26000 35000) qui agit sur
les rcepteurs intestinaux et gastriques (nerf pneumogastrique, hypothalamus).
L'intoxination est caractrise par une incubation de courte dure (1 6 heures en moyenne
3 heures), puis par des symptmes varis: nause, vomissement, douleurs abdominales,
diarrhe, cphale, chute de la tension artrielle, hypermobilit intestinale, quelque fois
fivre. La DMI (Dose Minimale Infectieuse) est de l'ordre de 105 106 germe/g, la quantit
de toxine dangereuse pour l'homme est de 0,1 10 g/Kg. Les aliments dangereux sont
nombreux: viandes, plats cuisins, produits base de lait ou d'ufs, ptisserie, crmes
glaces, etc. Les entrotoxines ne sont pas hydrolysables par les protases digestives
(pepsine, trypsine), trs rsistantes aux traitements thermiques, rsistent la pasteurisation
(60C/30 min), elles rsistent jusqu' 30 min/100C. L'empoisonnement alimentaire se fait
usuellement par l'aliment contamin par des blessures infectes des mains, par la flore
normale de la peau ou de l'appareil respiratoire des manipulateurs. Les aliments haute
concentration en sels et en sucres constituent un bon milieu de croissance pour S. aureus
[7, 8].
28
4. Les bactries sporules
4.1. Les bactries sporules arobies : Genre Bacillus
Ce sont des btonnets Gram+, habituellement mobiles endospores, la morphologie de la

spore est un critre important pour la classification. Arobies ou anarobies facultatifs
selon les espces, catalase+. Leur mtabolisme est respiratoire ou facultativement
fermentatif. La plupart des espces sont chimioorganohtrotrophes. Beaucoup peuvent
crotre sur la glose nutritive. Se trouve comme saprophytes dans le sol et les eaux.
Certaines espces peuvent tre pathognes pour l'homme et d'autres animaux (y compris
les insectes), le pourcentage de G+C est de 30 70. Ils contaminent de nombreux produits
alimentaires et sont souvent protolytique. En raison de leur aptitude la sporulation, ils
rsistent des conditions dfavorables et peuvent tre des agents de dgradation des
conserves alimentaires. B. stearothermophilus, B. coagulans et B. cereus sont des espces
frquentes dans le sol, sur les vgtaux, et en particulier les crales, la peau des animaux.
Elles sont souvent impliques dans des toxi-infections (ufc 104 107 germe/g) [1, 7, 8].
B. cereus produit cinq toxines : lhmolysine, la phospholipase C, la murine, la

cytolysine, une toxine mtisante), les aliments incrimins sont les viandes, les plats
cuisins, le lait, les ptisseries, certains produits vgtaux.
4.2. Les bactries sporules anarobies : Genre Clostridium
Ces bactries appartiennent la famille des Bacillaceae. Il s'agit de bactries

communment rencontres dans le sol, les eaux d'gout et l'intestin. Elles peuvent
contaminer et dgrader les produits alimentaires dans des conditions anarobies
(conserves). Les Clostridium sont des bacilles Gram+, souvent de grande taille, isols ou
en chanettes. La forme et la position de la spore est importante en taxinomie (la spore
rsiste plusieurs minutes 100 C), ils sont gnralement immobiles. Catalase- et
anarobies strict, l'oxygne est ltal pour ces espces. Ils se multiplient facilement sur les
milieux ordinaires. En anarobiose ils sont protolytiques ou saccharolytiques selon les
espces et frquemment gazognes. Ils contaminent de nombreux produits : leau, le lait, le
29
poisson, les aliments ferments ou congels et surtout les conserves alimentaires. Ils
dgradent les sucres et les protines en librant de l'acide butyrique ou de l'H2S. Quelques
espces sont responsables d'intoxination ou gastroentrite (Cl. perfringens) ou de graves
intoxinations souvent mortelles (Cl. botulinum). Les Clostridium sont classs en fonction
de leur mtabolisme et de leur action sur les substrats, on distingue :
Les Clostridium saccharolytiques sont gazognes (CO2+, H2+, H2S-), ils produisent
souvent de l'acide butyrique, acidifient et coagulent le lait, ne liqufient pas la glatine, il
s'agit d'espces msophiles : Cl. butyricum, Cl. tyrobutyricum.
Les Clostridium protolytiques ou putrfiants sont des agents trs actifs de dgradation
des protines, peut fermentatifs et peut gazognes (H2S+), liqufient la glatine, digrent la
casine du lait avec ou sans coagulation : Cl. botulinum, Cl. putrefaciens.
Les Clostridium la fois protolytiques et saccharolytiques liqufient la glatine, mais

possdent galement une intense activit fermentaire (H2S+), ils sont souvent appels des
Clostridium sulfitorducteurs [1, 8].
30
5. Les levures
Les levures sont des champignons pour tout ou partie de leur cycle vgtatif. Certaines
sont connues depuis plus 4300 ans pour leur potentialit fermentaire.
Un certain nombre de procds de fermentation et de produits qui en sont issus

reposent sur l'utilisation des levures. On peut les regroups en sept catgories :
- levures de boulangerie et produits de panification

- levures de brasserie et de bires
- levures de vinification et vins
- levures de distillerie et spiritueux
- levures-aliments
- produits drivs des levures (autolysats, etc.)
- thanol industriel et carburant [2].
5.1. Caractres gnraux et taxonomie
Les termes de sphrique, globuleux, ovode, allong, cylindrique sont souvent employs
pour dcrire les formes vgtatives des levures. Les mitochondries des cellules de levures
contiennent de l'ADN, lARN, lARN polymrase, des enzymes respiratoires. Elles
dgnrent en promitochondries lors de la fermentation ou lorsque le milieu contient plus
de 5 % de glucose ; il n y a alors plus de synthse de cytochromes aa3 et b et la cellule ne
respire plus. Le tableau suivant regroupe les principales espces rencontres ainsi que leurs
synonymes les plus importants [2].
31
Tableau 5 : Classification des principales espces de levures industrielles [2].

Classification Espces
Ascomycotina Kluveromyces fragilis

Hemiascomyctes Saccharomyces cerevisiae (Syn. S. ellipsoideus, S. italicus)
Endomyctales Saccharomyces exiguus
Saccharomycetoideae Torulaspora delbrueckii (Syn. S. rosei)
Zygosaccharomyces bailii (Syn. S. bailii)
Deuteromycotina Candida utilis

Blastomyctes C. krusei
Cryptococcaceae C. lipolytica
Tichosporan cutaneum
5.2. Rle dans l'alimentation
Production de levures
En plus leur pouvoir enzymatique important qui permet aux levures dtre des
catalyseurs biologiques capables de valoriser les sous produits agricoles et agro-
alimentaires, les levures sont produites pour leur biomasse riche surtout en acide amines
qui pourraient tres utilises comme alternatives de source dazote en alimentation animale
ou humaine (POU : Protines dOrganisme Unicellulaire). Les mlasses et les liqueurs
sulfites sont les principales sources de carbone utilises pour la production de levure. Les
dchets de pomme de terre et les rsidus de production d'amidon sont aussi de bons
substrats. De plus, il est faisable de produire de la levure sur un substrat de fermentation
bases de jus de datte [5].
32
6. Les moisissures
6.1. Caractres gnraux et taxonomie
Les moisissures sont des champignons microscopiques ; comme les levures, elles mnent
une vie saprophytique, se dveloppant aux dpens de substrats inertes ou en voie de
dcomposition, mais elles se distinguent des levures par leur appareil vgtatif constitu de
filaments mycliens.
Munies de puissants et complexes systmes enzymatiques, elles sont capables d'altrer

nos denres alimentaires, aboutissant d'irrmdiables dtriorations. C'est encore grce
leurs activits biochimiques qu'elles se comportent en agents de biodgradations,
biosynthse ou bioconversions transformant, notre bnfice, des substrats de faible valeur
alimentaire, peu attrayants, en une nourriture riche en lments assimilables, flaveur
agrable ou en condiment savoureux [2].
6.2. Rle dans l'alimentation
La moisissure utilise pour la prparation des fromages ptes molles et crote fleurie
(camemberts, brie, etc.) est le Penicillium camemberti. Le rle essentiel du penicillium, au
cours de l'affinage des ptes, rside dans son aptitude consommer l'acide lactique et, de
ce fait, dsacidifier les caills, mais en outre, il libre des enzymes, ce qui modifie
l'volution des saveurs et des aromes des diffrents fromages. La moisissure verte,
Penicillium roqueforti est utilise depuis longtemps pour la prparation du fromage de
Roquefort et d'autres fromages pte dite persille.
Les moisissures sont utilises aussi dans la fabrication d'additifs alimentaire. THOM et
CURIE (1916) ont fabriqus de l'acide citrique grce Aspergillus niger. Elles sont aussi
utilises pour la production des enzymes ( amylase, catalase, cellulase, lactase, etc.), de
pigments et vitamines ( carotne, riboflavine), des huiles essentielles, des aromes et des
parfums, etc. [2].
33
Cependant l'intervention nfaste des champignons filamenteux dans l'industrie alimentaire

ce situe plusieurs niveaux. Il y'a les champignons activit phytopathogne qui sont trs
gnants pour la production des matires alimentaires brutes qui sont les fruits et les
lgumes. Les moisissures saprophytes contaminent les aliments et les dgradent au point
de vue qualitatif. Certains d'entres eux sont toxinognes et librent dans l'aliment des
mycotoxines qui reprsentent un grand danger d'un point de vue sanitaire :
- Aspergillus flavus produit les aflatoxines, l'aflatoxine B1 est un cancrigne

puissant.
- Aspergillus clavatus produit la patuline agent congestif provoquant des
hmorragies pulmonaires et crbrales.
- Fusarium sporotrichoides et les espces voisines produisent diverses toxines
comme les trichothcnes, la zaralnone, les fumonisines, etc. Certaines des ces
toxines sont trs thermostables (30 min 200C) [8].
34
Chapitre IV :
Les altrations microbiennes des aliments et les moyens de lutte
1. Les facteurs influenant la flore d'altration des aliments
Les bactries ne croissent que si leur environnement est adquat. Si celui-ci n'est pas
optimal, il peut y avoir croissance faible vitesse ou pas de croissance du tout ou encore
les bactries peuvent mourir, c'est selon les espces et les conditions.
Il faut signaler que certaines fonctions mtaboliques (par exemple la toxinognse) ont des
exigences particulires, plus restrictives que celles permettant la croissance (tableau 1).
L'implantation et la survie des germes dans un aliment dpendent de plusieurs facteurs :
1.1. Les conditions nutritives
Quelque soit l'organisme, les cellules ont besoins de sources de carbone, d'azote, de
phosphore, de soufre et d'autres matires dont est faite la substance vivante. Certaines
bactries satisfont tous leurs besoins nutritifs avec de simples sels inorganiques et des
substances comme le dioxyde de carbone et l'ammoniaque. D'autres requirent - divers
degrs- des composs organiques plus ou moins complexes [1].
Un milieu contenant un substrat facilement catabolisable donnera une croissance plus

rapide qu'un milieu contenant des substrats plus complexes (par exemple devant tre
dpolymriss). De mme, un milieu riche dans lequel des mtabolites directement
utilisables donnera une croissance plus rapide qu'un milieu ou les cellules doivent effectuer
la synthse de ces constituants [4].
Naturellement, un milieu ne doit pas contenir d'inhibiteurs pour permettre la croissance:

certains produits naturels jouent un tel rle (tannins, huiles essentielles, composs
phnoliques, lysozyme, etc.), de mme que des adjuvants technologiques [4].
35
1.2. Les conditions physiquo-chimiques
1.2.1. La temprature
Gnralement un type de bactrie donn croit plus rapidement une certaine temprature :
temprature optimale de croissance. La vitesse de croissance se rduit lorsque la
temprature s'carte de cet optimum. Pour toutes bactries, il y a une temprature
maximum et une temprature minimum au-del desquelles la croissance s'arrte.
On distingue diffrent cas. Les microorganismes psychrophiles (ou psychrotrophes)

sont capables de se dvelopper en dessous de 15-20 C, y compris pour certains jusqu' des
tempratures ngatives. Il existe des psychrophiles facultatifs et d'autres obligatoires
(psychrophiles strict) : ces derniers ne sont en gnral pas capables de se dvelopper 20
C. On trouve parmi les psychrophiles facultatifs de nombreuses bactries de la flore
Gram- saprophyte (Achromobacter, Flavobacterium, Pseudomonas, etc.) et des germes
pathognes (Listeria, Yersinia), des moisissures (Cladosporium, Sporotrichum, etc). Les
msophiles comprennent la majorit des micro-organismes qui se dveloppent entre 15 et
45 C. Les thermophiles sont capables de se dvelopper au-dessus de 45 C et les
thermophiles extrmes jusqu' 75-80 C et mme au-dessus. Parmi les micro-organismes
thermophile : des bactries lactique (Lactobacillus thermobacterium, Streptococcus
thermophilus), et des sporules (Clostridium spp., Bacillus spp.) [2, 8].
L'action de la temprature intervient plusieurs niveaux : lactivation du mtabolisme

selon la Loi d'Arrhnius (Figure 3), le stress thermique et la dnaturation des constituants
cellulaires. Le froid ralentit et bloque le mtabolisme microbien, sans habituellement tuer
les cellules, cependant la conglation (surtout lorsqu'elle est lente) peut entraner une forte
mortalit. La temprature intervient aussi sur les transferts physiques.
36
[T opt]
[T]
Figure 3: Influence de la temprature sur le taux de croissance (Loi d'Arrhnius) [4].
1.2.2. Le pH
Selon LEHNINGER (1979), la cintique des ractions enzymatiques et, par consquent,
celle du mtabolisme cellulaire, est aussi fortement influence par le pH. Chaque enzyme
prsente un pH optimum d'action au-dessus et en dessous duquel son activit diminue.
Le pH intracellulaire d'une bactrie ne correspond pas ncessairement au pH optimal
d'activit des enzymes qu'elle contient, ce qui suppose que l'effet du pH sur les activits
enzymatiques peut constituer un des lments de la rgulation du mtabolisme cellulaire.
Le pH a une grande incidence sur l'quilibre ionique d'un milieu, donc sur la
permabilit cellulaire et la disponibilit des substrats, sur les activits enzymatiques
extracellulaires et moindre degr sur les activits intracellulaires [4].
On appelle acidophiles les microorganismes dont le pH optimum se situe au dessous de

5,5 ou qui sont capables de se dvelopper pH bas parmi eux les levures et les moisissures
(Tableau 5) La plupart des bactries pathognes sont incapables de se dvelopper un pH
de infrieur 4,5 ; ce qui fait que les aliments acides sont peu dangereux. En effet pH 4,5
il y'a un arrt de la toxinognse de Cl. botulinum. Les bacilles gram ngatif sont
acidosensibles et ne peuvent se dveloppes pH bas [8].
37
Tableau 5: Comportement de quelques groupes microbiens et de bactries pathognes en

fonction du milieu (entre parenthse conditions de toxinognse) [8].
pH Temp. (C) aw
min. opt. max. min. opt. max. max.
Levure 1,5/3,5 4,0/7,0 8,0/9,0 1/20 10/30 35/50 0,92/0,65

Moisissure 1,2/3,0 4,0/7,0 8,0/11 - 5/15 10/35 35/60 0,93/0,62
Bactries lactiques 3,5/5,0 5,5/6,0 6,5/9,0 5/10 25/35 35/60 0,94/0,92
Entrobactries 3,5/4,5 6,0/8,0 7,5/9,0 5/10 25/37 30/50 0,97/0,96
Microcoques 4,0/4,5 6,5/7,5 8,5/9,3 5/10 25/40 40/50 0,91/0,86
Staphylococcus aureus 4,0/9,8 7/48 0,83
(4,5/9,6) (10/48) (0,86)
Clostridium botulinum 4,5/8,5 10/50 0,935

(4,5/8,5) (12 */48)
Salmonella 3,8/9,5 5/46 0,945

Listeria monocytogenes 4,4/9,4 - 0,4/45 0,93
Vibrio cholerae 5,0/9,6 10/43 0,97
* 3,3 C pour certains biotypes
1.2.3. L'activit de l'eau
Les microorganismes ont besoin d'eau pour se dvelopper. Cette eau est prise dans
l'aliment et pour les germes de surface dans l'atmosphre. L'eau libre est indispensable la
multiplication des microorganismes. Cette exigence varie avec l'espce (Tableau 5) et
correspond une valeur appele aw (activity of water) [10].
38
Pour une solution donne selon les lois de Raoult:

n1
aw =
n1 + n2
n1 = nombre de moles de solut.
n2 = nombre de moles de solvant.
aw d'un aliment n'indique pas l'humidit d'un aliment, mais la quantit d'eau libre seule
utilisable par les germes.
Quand la concentration des produits dissous n1 dans une solution augmente, aw diminue
(saumures riches en sels ou confitures riches en sucres). Plus l'aw diminue, plus la survie
des germes est difficile. Ceci explique l'efficacit de la dessiccation dans la conservation
des aliments (ex: lyophilisation du lait en poudre) [10].
39
2. Les moyens de lutte
Pour qu'un aliment soit sain et de qualit (non dangereux pour la sant, dot de bonnes
qualits nutritionnelles et commerciales), il est ncessaire d'utiliser des moyens prventifs
et le cas chant curatifs.
Au niveau prventif, il faut utiliser des matires premires saines et rpondant un

cahier des charges strict, et viter les contaminations au cours des traitements
technologiques et de la conservation [1, 2, 8].
Au niveau curatif, il existe des moyens technologiques nombreux et varis qui

permettent selon le cas de stabiliser ou de dtruire une flore nfaste. Il est vident que la
stabilisation ne concerne que la flore banale et l'exclusion des germes pathognes qui
doivent tre dtruits. Le choix entre stabilisation et destruction dpend du danger potentiel
reprsent par l'aliment, parmi les moyens de luttes nous citons :
2.1. Moyens physiques
2.1.1. La temprature
L'utilisation de la chaleur (Figure 4) est un procd de destruction des microorganismes
trs rpondu. La cuisson, l'bullition et le blanchiment sont des procds trs anciens,
auxquels il faut rajouter les processus industriels de pasteurisation et strilisation,
tyndallisation, etc.
Le froid (Figure 4) est un bon agent de stabilisation des produits alimentaires. Des
tempratures entre 0 et 8 C (pour stockage court terme) peuvent retardes la dgradation
des aliments, en inhibant le mtabolisme des organismes contaminants et/ou l'activit de
leurs enzymes extracellulaires. Malgr cela, il peut y avoir avarie due des organismes
psychrotrophes, comme des bactries pathognes (Listeria monocytogens, Yersinia
enterocolitica) qui peuvent continuer crotre 4 C.
La conglation (pour le stockage long terme) peut tuer certains contaminants. Elle
rduit aussi la quantit d'eau disponible. A des tempratures infrieures zro de -5 -
10C, par exemple, certains champignons peuvent devenir des agents de dgradation
importants pour la viande [1, 2, 8].
40
STERILISATION 120C Destruction des formes

Strilisation sporules (spores)
(conserves, procd UHT)
100C
PASTEURISATION 65C Destruction de la plupart

Pasteurisation et des formes vgtatives
TC minimale de conservation (fonction du temps d'application de la TC)
des plats cuisins en liaison chaude
50C Microorganismes -TC limite de croissance

thermophiles des Staphylococcus
30C Microorganismes -Zone de croissance

msophiles acclre
TC max pour conservation et transport 10C Arrt toxinognse de S. aureus

des denres prissables et des Cl. botulinum types A et B
TC max de conservation 7C Microorganismes psychrotrophes

des viandes en coupe
6,7C Arrt mult. S. aureus
6,5C Arrt mult. Cl. perfringens
5,2C Arrt mult. Salmonella
REFRIGERATION 4C
TC max de conservation
des produits, laitiers, lapin, volailles, etc.
3,3C Arrt toxinognse de Cl. botulinum type E
TC des plats cuisins, viandes haches 3C FIN DU RISQUE DU AUX

BACTERIES PATHOGENES
ET TOXINOGENES
TC max de conservation des produits 2C Microorganismes psychrophiles

de la pche
0C
Microorganismes cryophiles
CONGELATION -10C ARRET DE TOUTE MULTIPLICATION

TC max de conservation des viandes congeles BACTERIENNE
TC max de conservation des beurres et graisses -14C

congeles
SURGELATION -18C ARRET DE TOUTE MULTIPLICATION

TC max de conservation des produits dits surgels MICROBIENNE
TC max de conservation des glaces et crmes -20C

Glaces congeles
TC de conservation du sperme et des hmaties -196C

(Azote liquide)
Figure 4: Action de la temprature sur les microorganismes et leur mtabolisme [10]

41
2.1.2. La dshydratation
Cette technique de stabilisation est trs ancienne ; elle est base sur la baisse de l'activit de
l'eau du produit. Le schage en gnral et l'atomisation (lait) font intervenir la chaleur.
D'autres facteurs antimicrobiens peuvent interfrer. Le schage solaire (fruits, viandes,
poissons) fait participer le rayonnement UV; le fumage (viandes, poissons) combine
l'action de la chaleur celle des produits de pyrolyse (formol, acides organiques, acides
pyroliques, alcools, ctones, phnols, etc.) ; de plus il y a une action sur la saveur et la
couleur. La lyophilisation (sublimation de l'eau froid) est un procd trs utilis qui
conserve les proprits de l'aliment [1, 2, 8].
2.2. Moyens chimiques
Les agents de conservation
Les agents de conservations alimentaires sont des produits chimiques capables d'inhiber les
contaminants ; certains inhibent aussi bien les champignons que les bactries. Parmi ces
agents, nous citons :
Les agents minraux les plus utiliss le NaCl ou le sel (dans de nombreux produits) ; les
nitrates et nitrites de sodium ou de potassium (dans les charcuteries) ; les composs soufrs
comme l'anhydride sulfureux et les sulfites (dans les produits base de fruits) ; l'eau
oxygne (utilisable potentiellement dans le lait) ; etc.
Les acides organiques et leurs drivs, tel que l'acide actique et diactate (utilis dans
des sauces, des prparations de lgumes, de poisons) ; l'acide propionique (utilis dans les
fromages) ; lacide sorbique et sorbates (permet l'inhibition des moisissures dans les
fromages, les fruits, les produits craliers cuits, etc.) ; l'acide benzoque et benzoates
(utilis pour les fruits) ; l'acide lactique, citrique, tartrique, ascorbique, etc.
Les essences naturels et les pices ont un pouvoir bactricide li la prsence de
composs phnoliques, d'alcools, etc. et sont souvent remplacs par leurs composs actifs
(eucalyptol, thymol, eugnol, etc.) utiliss comme conservateurs.
Quelques rares antibiotiques sont utiliss comme conservateurs alimentaires : la nisine,
la subtiline, la tylosine, la pymarycine, les ttracyclines et la polymyxine [8].
42
Chapitre V : Exemples d'aliments
1. Les olives fermentes
Les olives destines la table reoivent divers prtraitements avant le saumurage, ils sont
variables selon les qualits dsires du produit fini. Les olives contiennent de l'oleuropine
qui est un glucoside groupement phnol extrmement amer. Les varits d'olives qui
contiennent de grandes quantits, doivent en tre dbarrasses.
Les olives vertes (cueillies maturit) sont traites par une solution 1 % ou 2 %
d'hydroxyde de sodium qui dtruit le principe amer ; elles sont ensuite laves plusieurs fois
pour liminer la solution alcaline. Au cours de ces lavages, des sucres fermentescibles et
autres nutriments sont perdus [2, 8].
Les olives sont stockes dans des saumures de concentrations diffrentes selon la
varit (4 8 % de NaCl).
La dure de fermentation est de 6 10 mois pendant lesquels on distingue trois phases :
- Pendant 7 14 jours, la flore initiale (Pseudomanas, Enterobacter et

ventuellement Clostridium, Bacillus, etc.) peut se dvelopper en mme temps
que Leuconostoc mesenteroides.
- Pendant la phase intermdiaire (2 3 semaines), Leuconostoc mesenteroides

prdomine et acidifie la saumure. Les lactobacilles, Lactobacillus plantarum et
Lactobacillus brevis apparaissent.
- Phase finale : les lactobacilles dominent.
L'acidit finale obtenue varie entre 0,7 et 1 % d'acide lactique ; le pH est infrieur 4.
43
Accidents de fermentation
La fermentation lactique est parfois limite par suite de la perte de sucres qui rsulte du
lavage conscutif au traitement alcalin. Dans certain cas on ajoute mme du glucose.
La salinit trop leve peut favorise le dveloppement des levures osmo et
acidotolrantes, ralisant une fermentation actique.
Des problmes de pourriture ou de ramollissement des olives peuvent tre provoqus
par une dgradation pectinolytique due aux levures ou moisissures (Rhodotorula,
Saccharomyces, Aspergillus, Fusarium, etc.) de contamination en surface en cas
d'anarobiose dfectueuse.
Si le pH est trop lev (>4,2) pendant la phase initiale, il peut se dvelopper une
fermentation butyrique (Clostridium butyricum, bactries propioniques) qui provoque des
dfauts de got et d'odeurs. Il est parfois prfrable d'acidifier la saumure au dpart par
ajout de 3 % d'acide lactique.
Des dfauts gazeux provoquent des bulles d'air sous le tgument du fruit. Ce problme
est li la prsence de coliformes qui se dveloppent si la concentration en NaCl est
infrieur 5 % ou si le pH est trop lev (> 4,8) [2, 8].
2. L'ensilage
L'ensilage, est une mthode de conservation de fourrage, permet de nourrir le btail

pendant les mois d'hivers lorsque la vgtation est relativement rare. Elle consiste
essentiellement stocker le fourrage finement coup dans des conditions d'anarobiose et
le laisser fermenter. Il y a des bactries par exemple, Lactobacillus spp sur les vgtaux
et/ou dans l'enceinte de stockage (le silo) ; elles mtabolisent les sucres comme le fructose,
le glucose, le saccharose principalement par fermentation lactique. L'acide lactique produit
abaisse rapidement le pH (aux environ de 4,0), inhibant ainsi des organismes (en
particulier Clostridium spp.) qui, sans cela, provoqueraient de la putrfaction. L'acidit
aide aussi inhiber la croissance de Listeria monocytogenes, un organisme capable de
crotre en ensilage incompltement ferment (pH >5,5) [2, 8].
44
Rfrences
[1] Singleton P. (1999). Bactriologie. 4 me Edition, Dunod, Paris. 415p.
[2] Bourgeois C.M., Mescle J.L., Zucca J. (1996). Microbiologie Alimentaire. Tome 1.
2me dition. Lavoisier, Paris.
[3] Sutra L., Federighi M., Jouve J. (1998). Manuel de bactriologie alimentaire,
polytechnica. 304 p.
[4] De Roissart H., Luquet F.M. (1994). Bactries lactiques. Aspects fondamentaux et
appliqus, Vol 1. Lorica (ed). Uriage/ France.
[5] Yoo IK.K., Chang H.N., Lee G.E., Chang Y.K., Moon S.H. (1997). Effect of B vitamin
supplementation on lactic acid production by Lactobacillus casei. J. Fems. Bioeng. 84(2),
172-175.
[6] Martinko and Parker (1999). Biology of Microorganisms, Eighth Edition by Madigan,
Southern Illinois University, Carbondale.
[7] Catteau M. (1996). Microbiologie alimentaire Tome 1, aspect microbiologique de la

scurit et de la qualit des aliments, Edit par: Bourgeois C.M., Mescle J.F., Zucca J.,
TEC & DOC, Paris, 672 p.
[8] Guiraud J.P. (1998). Microbiologie alimentaire, DUNOD, Paris. 652 p.
[9]Betsy T., Keogh J. (2005). Microbiology Demystified. The McGraw-Hill Companies,

Inc. New York. 285 p.
[10] Ait Abdelouahab N. (2001) Microbiologie alimentaire. Alger. Office des Publications
Universitaires. Algrie.
[11] Lehninger A.L. (1979). Biochimie ; Flammarion Mdecine Science. France.
45

Cours Microbiologie Alimentaire BOUBENDIR Abdelhafid CUM 2014 PDF

Transféré par

Informations du document

Titre original

Copyright

Formats disponibles

Partager ce document

Partager ou intégrer le document

Options de partage

Avez-vous trouvé ce document utile ?

Ce contenu est-il inapproprié ?

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Cours Microbiologie Alimentaire BOUBENDIR Abdelhafid CUM 2014 PDF

Transféré par

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Polycopi Cours Microbiologie Alimentaire Dr.

Rpublique Algrienne Dmocratique et Populaire

Ministre de lEnseignement Suprieur et de la Recherche

Centre Universitaire de Mila

Auteur : Dr. Abdelhafid BOUBENDIR

Ce cours est la synthse dannes denseignement de Microbiologie Gnrale,

Chapitre II : Les intoxications alimentaires 10

Chapitre III : Les grands groupes microbiens intressants la microbiologie 13

6.2. Rle dans l'alimentation 33

Chapitre IV : Les altrations microbiennes des aliments et les moyens 35

Chapitre V : Exemples d'aliments 43

En effet, l'aliment est contamin par les microorganismes depuis l'environnement de

La premire partie de ce cours, dcris les principaux groupes de microorganismes

La deuxime partie traite les principaux facteurs physico-chimiques et nutritionnels

La taxinomie ou science de la classification est la base de toute dmarche d'identification.

1. Les proportions de GC (% de GC)

Dans l'ADN, la proportion de GC (% GC) est la quantit de guanine et de cytosine

(guanine + cytosine) / (guanine + cytosine + adnine + thymine) 100 %

Des valeurs similaires de % de GC ne sont pas ncessairement le signe d'une relation

Les microbiologistes utilisent la taxonomie microbienne (Figure 1). La taxonomie

Chapitre II : Les intoxications alimentaires

Les termes empoisonnement alimentaire ou intoxication s'appliquent aux gastro-entrites

L'intoxication alimentaire staphylococcique est due des entrotoxines produites par

1. Les bactries lactiques

1.1. Mtabolisme gnral des bactries lactiques

1.1.1. Dfinition du mtabolisme

Le mtabolisme d'une cellule vivante est l'ensemble des ractions de dgradation

Le mtabolisme nergtique des bactries lactiques s'effectue donc par un enchanement de

1.1.2 Enzymes et mtabolisme

1.1.3. Voies du catabolisme des sucres

Selon l'espce bactrienne et les conditions de culture, le catabolisme du glucose peut

Les bactries lactiques homofermentaires transforment une molcule de glucose en deux

Les bactries lactiques htrofermentaires transforment une molcule de glucose par la

C6 H12 O6 C3 H6 O3 + CO2 + C2 H5 OH (ou C2H4O2 + H2O)

NADH2 6-P-gluconate DH ATP

Figure 2 : Transport et catabolisme du glucose par les bactries lactiques [4].

- Les htrofermentaires stricts qui contiennent les 2 dshydrognases mais pas de

- Les htrofermentaires facultatifs qui contiennent les 3 enzymes et sont capables de

1.2. Les exigences nutritionnelles des bactries lactiques

1.3.1. Les cocci

Les Enterococcus, Streptococcus, Lactococcus, Pediococcus et Leuconostoc sont des cocci

Les genres Streptococcus, Lactococcus, Enterococcus (Tableau 2) ont t anciennement

Le groupe pyogenes contient des streptocoques pathognes, hmolytiques (hmolyse

Le groupe viridans comprend les streptocoques hmolyse ou (groupe K).

Le groupe lactique comprend les streptocoques non hmolytique (), appartenant au

Le groupe des entrocoques est le groupe des streptocoques fcaux appartenant au

1.3.2 Les bacilli

Les Lactobacillus et les Carnobacterium sont des bactries Gram+, plomorphes,

Chez l'homme, les Bifidobacterium sont des commensaux de la bouche, de

60 C. La croissance des Bifidobacterium n'est pas possible pH 4,5-5 et pH 8-8,5. Ces

1.4. Rle des bactries lactiques dans l'alimentation

Les potentialits inhibitrices des bactries lactiques sont importantes. Le phnomne

Les bactries lactiques interviennent aussi par l'amlioration de la digestibilit et des

- Streptocoques : Elliker (Elliker et al., 1956) ; M 17

- Lactocoques : Elliker, M 17 (Terzaghi et Sandine, 1975)

- Leuconostoc : APT (EVANS et NIVEN, 1951; COX et BRIGGS, 1954)

- Pediocoques : MRS ; MRS + NaCl 4 %

2.1. Caractres gnraux du groupe

Les membres de la famille des Enterobacteriaceae se trouvent comme parasites, parfois

2.2. Classification et identification

Tableau 4 : Caractristiques de quelques Entrobactries [8].

C'est un groupe de bactries appartenant la famille des Enterobacteriaceae. On appelle

Les Salmonella appartiennent la famille des Enterobacteriaceae. Habituellement