Microbiologiealimentaire DR Touaitia

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Microbiologie alimentaire Dr. TOUAITIA
Chapter · December 2022
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Touaitia Rahima
university Laarbi Tebbessi - Tebessa
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Microbiologie alimentaire DR. TOUAITIA R
Université Laarbi Tebessi – Tebessa –

Faculté des sciences exactes et des sciences de la nature
et de la vie
Département de biologie appliquée
Année 2022-2023
Niveau: 3 ème année technologie agroalimentaire et

contrôle de qualité
Matière: Microbiologie alimentaire
Crédit : 4
Coefficients: 2
1
INTRODUCTION
Les microorganismes sont souvent considérés par le grand public comme des agents
pathogènes. Dans l’alimentation, ils sont souvent responsables d’altérations des produits.
En effet, nous avons déjà tous pu remarquer des moisissures sur des fruits par exemple,
ou bien encore sur la crème fraiche. Cependant les bactéries, les levures, ainsi que les
moisissures sont utiles et nécessaires pour la fabrication de certains aliments. Différents
procédés, qui utilisent les microorganismes dans l’alimentation, existent.
Donner une définition précise d’un micro-organisme est difficile. On peut retenir qu’il
s’agit d’êtres vivants qui ne sont observables qu’au microscope.
Les bactéries, certains champignons et organismes unicellulaires font partie des micro-
organismes.
L'existence des microorganismes date de la création de l’univers mais leur révélation est
relativement récente (Van Leeuwenhœk, 1632-1723). Le développement récent de la
biologie moléculaire a montré que le monde des microorganismes est de plus en plus
immense et sans limite, que ce soit du point de vue biodiversité ou complexité et
multitude des voies métaboliques empruntées par ces organismes.
2
Chapitre 1 : Les grands groupes microbiens intéressant la

microbiologie alimentaire
1- Les bactéries
Les bactéries sont des micro-organismes procaryotes (sans noyau) unicellulaires

simples. Leur génome est constitué d’ADN circulaire (un seul chromosome et
éventuellement des plasmides). Les bactéries sont capables de synthétiser leurs propres
macromolécules et constituants cellulaires à partir de nutriments. Leur taille est
comprise entre 0,1 et 10 micromètres et leur morphologie est très diversifiée. Ainsi, leur
cellules peuvent être rondes (coques), allongées (bacilles, bâtonnets), intermédiaires
(cocobacilles) ou encore spiralées.
Figure 01. Les formes bactériennes
Les bactéries sont présentes dans la plupart des habitats sur la terre et se reproduisent par
scissiparité, c’est-à-dire que la cellule mère se divise en deux cellules filles identiques.
Dans des conditions favorables, une population de bactéries peut doubler toutes les vingt
minutes. Leur vitesse de prolifération est donc très importante. Ainsi, les bactéries sont
une source de contamination de nombreux produits alimentaires.
Certaines sont utiles (fermentations) alors que d’autres sont dangereuses d’un point de
vue sanitaire. Certaines provoquent des infections en envahissant un hôte, d’autres
libèrent des toxines dans l’aliment ou encore sont responsables de toxi-infections.
3
1.1.Les entérobactéries
La famille des Entérobactéries (Enterobacteriaceae) regroupe de nombreuses espèces
dont la plupart sont des hôtes normaux (commensaux) de l’intestin de l’homme et des
animaux. Dans l’intestin terminal, ces bactéries représentent plus de 10 % de la flore
totale et la majorité de la flore intestinale aéro-anaérobie. Chez l’homme,
l’entérobactérie intestinale dominante est Escherichia coli. Les Entérobactéries sont très
répandues dans la nature en raison de la contamination de l’environnement par
l’intermédiaire des matières fécales animales et humaines et des eaux d’égout. La
famille des entérobactéries se définit par les caractères suivants :
 bacilles à Gram négatif (2 à 4 microns de long sur 0,4 à 0,6 microns de large) ;
 mobiles avec ciliature péritriche ou immobiles ;
 poussant sur milieux de culture ordinaires ;
 aérobies-anaérobies facultatifs ;
 fermentant le glucose avec ou sans production de gaz ;
 réduisant les nitrates en nitrites ;
 oxydase négatif.
Les entérobactéries sont une famille très hétérogène pour ce qui est de leur pathogénie et
de leur écologie. Les espèces qui composent cette famille sont en effet soit parasites
(Shigella, Yersinia pestis), soit commensales (Escherichia coli, Proteus mirabilis,
Klebsiella sp), soit encore saprophytes (Serratia sp, Enterobacter sp). Ce sont des
contaminants alimentaires très fréquents (contamination fécale directe et indirecte) et
c’est pour cette raison que nous nous intéresserons particulièrement à ces bactéries.
Celles-ci sont capables de développements abondants dans un produit alimentaire et
donc de dégradations importantes. Les principales entérobactéries rencontrées dans
l’alimentation sont nombreuses mais nous n’allons nous intéresser qu’à certaines de ces
bactéries qui sont présentées ci-dessous :
1.1.1. Coliformes totaux
En microbiologie alimentaire, on appelle " coliformes " les entérobactéries fermentant

le lactose avec production de gaz à 37˚C. Il s’agit d’un groupe disparate issu de plusieurs
tribus qui comprend les genres suivants : Escherichia, Citrobacter, Enterobacter et
Klebsiella. Sauf quelques biotypes d’Escherichia coli, il s’agit d’espèces peu
4
dangereuses sur le plan sanitaire et qui ne sont jamais entéro-pathogènes. Cependant,

lorsqu’ils sont en nombre très élevé, les coliformes peuvent provoquer des intoxications
alimentaires. Les coliformes sont donc des marqueurs de qualité hygiènique générale et
c’est pour cette raison que leur dénombrement est intéressant.
1.1.2. Coliformes fécaux ou thermo tolérants:

Les coliformes fécaux sont des coliformes capables de se développer (fermentation du
lactose) à 44˚C. Cette catégorie inclut essentiellement Escherichia coli qui est spécifique
de la flore fécale et est donc recherchée pour évaluer la contamination fécale des
aliments. Les coliformes fécaux ne survivent pas longtemps à l’extérieur du corps, leur
présence dans les aliments est donc un signe de contamination relativement récente.
Pour distinguer les coliformes des coliformes fécaux, l’incubation à 2 températures
différentes (37˚C et 44˚C respectivement) est nécessaire.
1.1.3. Escherichia coli :

Il s’agit d’une Entérobactérie lactose positif, gazogène, réalisant une fermentation mixte
; elle produit de l’indole. C’est un hôte normal de l’intestin de l’homme et des animaux
qui est très abondant dans les matières fécales (106 à 107 par gramme chez l’homme : 80
% de la flore aérobie).
C’est l’un des résidents les plus communs du tractus intestinal et c’est probablement
l’organisme le mieux connu en microbiologie. Comme les autres coliformes, cette
espèce peut être responsable d’intoxications à cause d’un développement abondant.
E.coli (Figure2) est l’une des principales bactéries responsables de diarrhée dans les
pays en voie de développement, où elle génère des épidémies de collectivité. La
transmission des infections par E.coli est féco-orale.
Les différents syndromes cliniques sont dus à des E.coli différents. On reconnaît au
moins cinq types de souches responsables de diarrhées :
 E.coli entéro-pathogènes (ECEP): Ces souches sont responsables des gastro-
entérites sévères surtout chez les enfants de moins d’un an. Elles possèdent parfois
des toxines de type Shiga-like.
 E.coli entéro-toxigènes (ECET): Elles provoquent des syndrômes cholériformes.
Ces souches sont capables d’excréter des toxines (thermostables et thermolabiles).
C’est l’agent responsable de la diarrhée des voyageurs.
5
 E.coli entéro-invasifs (ECEI): Ces souches infectieuses sont très rares. Elles
provoquent des diarrhées aiguës avec fièvre. La souche se fixe à la muqueuse et
l’infecte. La présence de leucocytes dans les selles est le témoignage du processus
invasif.
 E.coli entéro-hémorragiques (ECEH): Ces souches sont responsables de diarrhées
banales ou hémorragiques. Elles provoquent une diarrhée sanglante. La souche la
plus dangereuse est responsable d’épisodes épidémiques avec des cas mortels. Un
produit alimentaire contaminé peut être à l’origine des épidémies (surtout la viande).
 E.coli entéro-agrégatifs (EAggEC): Ces souches provoquent des diarrhées
chroniques persistantes
Figure 2: Escherichia coli (sous microscope à balayage)
1.1.4. Salmonella
Les salmonelles sont responsables des salmonelloses humaines typhiques et non
typhiques. Ce sont des bacilles à coloration de Gram négative, généralement mobiles(
figure 3). Le genre Salmonella comporte 2 espèces (S. enterica et S. bongori), l’espèce
S. enterica étant elle-même divisée en 6 sous-espèces (enterica, salamae, arizonae,
diarizonae, houtenae et indica) sur la base de critères phénotypiques. Le sérotypage,
basé sur la caractérisation des antigènes somatiques (O) et flagellaires (H), permet le
classement des sous-espèces en sérotypes (ou sérovars) ; S. Enteritidis et S.
Typhimurium prédominent dans le domaine alimentaire.
Le réservoir principal des salmonelles non typhiques est le tractus gastro-intestinal des
animaux à sang chaud : les mammifères (porcs, bovins, rongeurs …), les oiseaux
6
sauvages et domestiques. Certaines souches peuvent également être isolées à partir

d’autres sources, telles que les animaux à sang froid (mollusques, poissons, reptiles y
compris les tortues). Le réservoir animal constitue donc la principale source du danger,
les animaux sauvages, domestiques, de production ou de compagnie, étant souvent
porteurs asymptomatiques de ces bactéries (les formes cliniques sont rares). Ainsi, les
salmonelles présentes dans les matières fécales de ces animaux, dans les effluents
d’élevage et dans les eaux usées, peuvent contaminer les pâturages, les sols et l’eau et y
survivre pendant plusieurs mois ; dans ces conditions, l’environnement peut devenir une
source de danger et alimenter les réservoirs principaux.
Salmonella Typhi et Paratyphi se transmettent par contamination fécale-orale, de
personne à personne, par consommation d’eau ou d’aliments contaminés par des selles
de personnes infectées.
L’ingestion de 105 bactéries entraîne une toxi-infection alimentaire. Les toxi-infections à
Salmonella se manifestent par des diarrhées, de la fièvre et des vomissements ; les
premiers signes surviennent 8 à 10 heures après l’ingestion de l’aliment contaminé.
L’évolution de ces gastro-entérites est souvent favorable en quelques jours mais, elle
constitue un réel danger chez les jeunes enfants. La plus simple prévention contre une
infection à Salmonella est l’hygiène.
Figure 03: Salmonella spp (sous microscope à balayage)

1.1.5. Shigella
Les Shigelles, prototypes des bactéries entéro-invasives, sont des bacilles à Gram
négatif de la famille des entérobactéries, apparaissant sous la forme de courts bâtonnets
de 2 à 3 micromètres de long, immobiles, non encapsulés et ne possédant pas de
flagelles.
7
La température optimale de croissance des Shigelles est de 37°C en milieu aéro ou

anaérobie. Ils sont peu résistants en milieu extérieur. Il existe quatre espèces de
Shigelles : Shigella dysenteriae, Shigella flexneri, Shigella boydii et Shigella sonnei,
distinguables en fonction de leurs propriétés biochimiques, de la nature de l’antigène
polysaccharidique de surface et de la susceptibilité du phage à la colimicine.
Les infections alimentaires à Shigelles prouvées doivent toujours être traitées par
antibiotiques. Le traitement diminue la durée de la diarrhée, empêche les complications
et réduit considérablement le nombre de pathogènes dans les selles protégeant ainsi la
communauté.
Le tube digestif de l’homme constitue l’unique réservoir naturel des Shigelles, exception
faite des primates en captivité. Les bactéries ne font pas partie de la flore normale, elles
sont uniquement présentes dans les selles des malades et des porteurs sains. L’homme
élimine les bactéries par ses selles, une selle diarrhéique contient 106 à 108
Shigelles/gramme, et les disperse dans le milieu extérieur, sol, eau, où fragiles elles ne
survivent pas longtemps.
Les mesures de lutte contre les infections alimentaires à Shigelles impliquent une prise
en charge des cas appropriés, mais doivent également et avant tout, porter sur le
comportement, l’hygiène personnelle, l’assainissement et l’approvisionnement en eau
potable et en aliments
Figure 04: Shigella spp (sous microscope à balayage)
1.2. Listeria
La listeria est un bâtonnet à Gram positif qui mesure généralement 0,5 à 2 mm de long.
Il ne forme pas de spores et n'est pas encapsulé anaérobie facultatif. La listeria peut
apparaître coccoïde et mobile selon la température de croissance. Ils ont une température
8
de croissance optimale de 30 à 37°C et certaines espèces, notamment Listeria

monocytogenes, peuvent croître à des températures aussi basses que 4°C
(psychrotolérante). En tant que telles, ces espèces sont un danger d'origine alimentaire
particulier en raison de leur capacité à se reproduire, quoique lentement, à des
températures réfrigérées. Elles sont responsables d’infections d’origine alimentaire. À
20–25°C, ils forment des flagelles (et d'autres antigènes ainsi que des facteurs de
virulence) et sont donc mobiles, alors qu’à 37 ° C ils ne le sont pas.
Figure 05 : Culture bacterienne de Listeria monocytogenes
1.3. Brucella
Brucella est l’agent responsable de la brucellose, maladie infectieuse et contagieuse chez
l’animal, transmissible à l’homme et de répartition mondiale. Brucella est un
coccobacille à Gram négatif intracellulaire facultatif, de 0,5 à 0,7 µm de diamètre et 0,5
à 1,5 µm de longueur. Les cellules sont immobiles et ne forment ni flagelle
conventionnel, ni capsule, ni spore. Les bactéries du genre Brucella sont aérobies
strictes, mais certaines souches nécessitent une atmosphère enrichie en CO2 (5 à 10 %)
pour leur croissance.
La brucellose est une zoonose. La contamination de l’homme peut se produire: • par
consommation d’aliments contaminés (essentiellement lait et produits laitiers crus); • par
contact de la peau (même apparemment saine) ou des muqueuses (digestives,
conjonctivales et naso-pharyngées) avec des animaux infectés et leurs produits
(principalement les sécrétions génitales, avortons et placentas mais aussi les organes
infectés, foie, rate, mamelle notamment, ainsi que le fumier ou la laine contaminés)
9
Le pouvoir infectieux des Brucella est élevé, notamment par voie aérienne, mais la dose
infectieuse est très liée à la sensibilité individuelle des personnes exposées. Dix à cent
unités formant colonie, voire moins, semblent pouvoir être à l’origine d’une infection
humaine.
Figure 06: Brucella spp (sous microscope électronique)
1.4. Staphylocoques
Les membres de ce genre sont des coques Gram+, souvent en amas. Certaines espèces
contiennent des pigments caroténoïdes orange ou jaune. Non mobiles, anaérobies
facultatifs, chimioorganohétérotrophes. Leurs sources de carbone incluent divers sucres,
communément halotolérants et catalase+. Les staphylocoques sont répartis en souches
coagulase+ et souches coagulase- . Parmi les premières, figurent S. aureus et S.
intermedius; parmi les dernières, S. epidermidis. Ils sont commensaux et pathogènes
chez l'homme et chez d'autres animaux.
S. aureus coagulase+ est pathogène, il produit des entérotoxines thermostables libérées

dans l'aliment lors de la croissance
L'intoxination est caractérisée par une incubation de courte durée (1 à 6 heures en
moyenne 3 heures), puis par des symptômes variés: nausée, vomissement, douleurs
abdominales, diarrhée, céphalée, chute de la tension artérielle, hypermobilité intestinale,
quelque fois fièvre. La DMI (Dose Minimale Infectieuse) est de l'ordre de 105 à 106
germe/g, la quantité de toxine dangereuse pour l'homme est de 0,1 à 10 µg/Kg. Les
10
aliments dangereux sont nombreux: viandes, plats cuisinés, produits à base de lait ou
d'œufs, pâtisserie, crèmes glacées, etc. Les entérotoxines ne sont pas hydrolysables par
les protéases digestives (pepsine, trypsine), très résistantes aux traitements thermiques,
résistent à la pasteurisation (60°C/30 min), elles résistent jusqu'à 30 min/100°C.
L'empoisonnement alimentaire se fait usuellement par l'aliment contaminé par des
blessures infectées des mains, par la flore normale de la peau ou de l'appareil respiratoire
des manipulateurs. Les aliments à haute concentration en sels et en sucres constituent un
bon milieu de croissance pour S. aureus.
Dr. TOUAITIA R
Figure 07: S.aureus sur gélose au sang cuit
1.5. Les bactéries sporulées

1.5.1. Les bactéries sporulées aérobies :
 Genre Bacillus
Ce sont des bâtonnets Gram+, habituellement mobiles à endospores, la morphologie de
la spore est un critère important pour la classification. Aérobies ou anaérobies facultatifs
selon les espèces, catalase+. Leur métabolisme est respiratoire ou facultativement
fermentatif. La plupart des espèces peuvent croître sur la gélose nutritive. Se trouve
comme saprophytes dans le sol et les eaux. Certaines espèces peuvent être pathogènes
pour l'homme et d'autres animaux (y compris les insectes). Ils contaminent de nombreux
produits alimentaires et sont souvent protéolytique. En raison de leur aptitude à la
sporulation, ils résistent à des conditions défavorables et peuvent être des agents de
11
dégradation des conserves alimentaires. B. stearothermophilus, B. coagulans et B.

cereus sont des espèces fréquentes dans le sol, sur les végétaux, et en particulier les
céréales, la peau des animaux. Elles sont souvent impliquées dans des toxi-infections
(ufc 104 à 107 germe/g). B. cereus produit cinq toxines : l’hémolysine, la phospholipase
C, la murine, la cytolysine, une toxine émétisante), les aliments incriminés sont les
viandes, les plats cuisinés, le lait, les pâtisseries, certains produits végétaux.
1.5.2. Les bactéries sporulées anaérobies :
 Genre Clostridium
Ces bactéries appartiennent à la famille des Bacillaceae. Il s'agit de bactéries
communément rencontrées dans le sol, les eaux d'égout et l'intestin. Elles peuvent
contaminer et dégrader les produits alimentaires dans des conditions anaérobies
(conserves). Les Clostridium sont des bacilles Gram+, souvent de grande taille, isolés ou
en chaînettes. La forme et la position de la spore est importante en taxinomie (la spore
résiste plusieurs minutes à 100 °C), ils sont généralement immobiles. Catalase- et
anaérobies strict, l'oxygène est létal pour ces espèces. Ils se multiplient facilement sur
les milieux ordinaires.
En anaérobiose ils sont protéolytiques ou saccharolytiques selon les espèces et
fréquemment gazogènes. Ils contaminent de nombreux produits : l’eau, le lait, le
poisson, les aliments fermentés ou congelés et surtout les conserves alimentaires. Ils
dégradent les sucres et les protéines en libérant de l'acide butyrique ou de l'H2S.
Quelques espèces sont responsables d'intoxination ou gastroentérite (Cl. perfringens) ou
de graves intoxinations souvent mortelles (Cl. botulinum). Les Clostridium sont classés
en fonction de leur métabolisme et de leur action sur les substrats, on distingue :
• Les Clostridium saccharolytiques sont gazogènes (CO2+, H2+, H2S-), ils produisent
souvent de l'acide butyrique, acidifient et coagulent le lait, ne liquéfient pas la gélatine,
il s'agit d'espèces mésophiles : Cl. butyricum, Cl. tyrobutyricum.
• Les Clostridium protéolytiques ou putréfiants sont des agents très actifs de
dégradation des protéines, peut fermentatifs et peut gazogénes (H2S+), liquéfient la
gélatine, digèrent la caséine du lait avec ou sans coagulation : Cl. botulinum, Cl.
putrefaciens.
• Les Clostridium à la fois protéolytiques et saccharolytiques liquéfient la gélatine,
mais possèdent également une intense activité fermentaire (H2S+), ils sont souvent
appelés des Clostridium «sulfitoréducteurs»
12
1.6. Les bactéries lactiques
Les bactéries lactiques sont des cocci ou des bâtonnets Gram+, catalase-. Elles
synthétisent leur ATP grâce à la fermentation lactique des glucides. Les bactéries
lactiques sont en général aérotolérantes. Cependant certaines espèces, habitants le tube
digestif des animaux sont anaérobies strictes. Même en présence d'O2 elles sont
incapables de réaliser la phosphorylation oxydative. L'absence de catalase est
caractéristique, mais certaines espèces acquièrent une pseudo catalase
Selon l'espèce bactérienne et les conditions de culture, le catabolisme du glucose peut

suivre une voie homofermentaire ou une voie hétérofermentaire.
 Les bactéries lactiques homofermentaires transforment une molécule de

glucose en deux molécules de lactate par la voie des hexoses-diphosphates (encore
appelée la glycolyse d'EMBDEN-MEYERHOFF-PARNAS) et génèrent parallèlement
deux molécules d'ATP et du NADH2 qui est réoxydé en NAD pour assurer la poursuite
du processus fermentaire
C6 H12 O6 2 C3 H6 O
 Les bactéries lactiques hétérofermentaires transforment une molécule de

glucose par la voie des pentoses-phosphates (encore appelée voie 6P-gluconate) en une
molécule de CO2 et une molécule d'éthanol ou d'acétate et génèrent parallèlement deux
molécules d'ATP et du NADH2 qui est réoxydé en NAD pour assurer la poursuite du
processus fermentaire
C6 H12 O6 C3 H6 O3 + CO2 + C2 H5 OH (ou C2H4O2 + H2O)
Le groupe des bactéries lactiques inclut les agents de fermentations produisant de l'acide
lactique : bacilles (Lactobacillaceae) et coques (Streptococcaceae).
1.6.1. Les cocci
Les Enterococcus, Streptococcus, Lactococcus, Pediococcus et Leuconostoc sont des

cocci sphériques ou ovoïdes, en paires, en chaînettes ou en tétrades, en général
immobiles (sauf Ec. casseliflavus). Le métabolisme est fermentaire et peut donner à
13
partir des glucides, de l'acide lactique ou un mélange d'acide lactique, acétique, formique
de l'éthanol et du CO2 (Leuconostoc). Les besoins nutritionnels sont souvent complexes,
la catalase est absente (parfois variable chez Pediococcus)
Les genres Streptococcus, Lactococcus, Enterococcus ont été anciennement regroupés

en un genre unique Streptococcus. Ce sont des germes anaérobies facultatifs,
généralement microaérophiles. Ils se développent bien à 37 C°. La plus part des espèces
ne sont pas capsulées. Ils ont fréquemment un pouvoir hémolytique et peuvent être
regroupés par des tests sérologiques. Certaines espèces sont pathogènes en dehors du
cadre alimentaire ; elles peuvent cependant se trouver dans les aliments (Streptocoques
des mammites dans le lait) et provoquer des infections.
De nombreuses espèces sont saprophytes, en particulier dans les produits laitiers.

Certaines espèces sont abondamment utilisées dans les industries de fermentation
lactique (laiterie, beurrerie, fromagerie, mais aussi saumures et salaisons. Ce sont les
agents d'acidification et de coagulation lactiques en fromagerie.
 Les Streptocoques ont été classés au départ en quatre groupes d'espèces de

Streptococcus selon les critères de Shermann:
 Le groupe pyogenes contient des streptocoques pathogènes, hémolytiques
(hémolyse β) et appartenant aux groupes sérologiques de Lancfield A B C E F G H.
L'espèce type est S. pyogenes (groupe A). Après 1 à 3 jours d'incubation, les troubles
se manifestent par des maux de gorge, céphalées, vomissement et fièvre. Les aliments
incriminés sont le lait, les œufs et crèmes glacées, les pâtisseries. L'espèce S.
agalactiae (groupe B), agent de mammites, est parfois rencontrée dans l'alimentation.
 Le groupe viridans comprend les streptocoques à hémolyse α ou γ (groupe K).
L'espèce S. thermophilus est un agent d'acidification fréquent dans certains fromages
et surtout les yaourts.
 Le groupe lactique comprend les streptocoques non hémolytique (γ), appartenant au
groupe sérologique N et contient des espèces très importantes en fromagerie, S. lactis
et S. cremoris désormais appelé Lactococcus lactis, Lc. cremoris.
 Le groupe des entérocoques est le groupe des streptocoques fécaux appartenant
au groupe sérologique D. Ce sont des commensaux de l'intestin à hémolyse α, β ou γ.
14
Les germes les plus rencontrés en alimentation sont essentiellement S. faecalis, S.

durans et S. bovis, ils sont maintenant classés comme Enterococcus. Ce sont des germes
test de contamination fécale, ils ne sont qu'exceptionnellement pathogènes, ce sont alors
des pathogènes opportunistes avec des doses infectantes fortes (108 à 1010 cellules).
Enterococcus faecalis résiste à 6.5 % de NaCl et 30 minutes à 60 C°.
 Le genre Leuconostoc
Les Leuconostoc sont des cellules Gram-positives : coccoïdes, par paires ou par
chaînettes. Non mobiles, asporulées, anaérobies facultatives. Leurs métabolisme est
fermentatif et respiratoire. En anaérobiose, elles fermentent le glucose principalement en
acide lactique, éthanol et CO2 (fermentation hétérolactique). Elles sont généralement
capsulées ce qui entraîne l'apparition d'une viscosité dans le milieu. Elles ne sont pas
hémolytiques ni pathogènes. Elles produisent des accidents de fabrication dans les
produits acides et sucrés (piqûre lactique gazogène, viscosité), dans certains fromages
(bleus) elles facilitent l'ouverture par la production de CO 2. Elles interviennent aussi
dans les ensilages (L. mesenteroides) et les végétaux fermentés : les olives, la
choucroute, etc., mais aussi le cacao et le café. Elles se trouvent notamment sur divers
produits laitiers et boissons fermentées.
1.6.2. Les bacilli
Les Lactobacillus et les Carnobacterium sont des bactéries Gram+, pléomorphes,
asporogènes, immobiles (sauf Lb. agilis). Oxydase et catalase-, pour la plupart
aérotolérants, saccharoclastiques, nitrate-, gélatine-, caséine-, indole-, H2S-,
pigmentation. Certaines souches possèdent une pseudocatalase.
 Le genre Lactobacillus Ce genre contient de nombreuses espèces qui sont des
agents de fermentation lactique intervenant dans de nombreuses industries ou qui sont
rencontrées comme contaminants. Il s'agit de bacilles souvent allongés ou coccobacilles,
Gram+, asporulés, parfois groupés en paires ou en chaînes, généralement immobiles.
Anaérobies, microaérophiles ou aérobies facultatifs. Habituellement catalase- (certains
ont une pseudocatalase). Certains sont homofermentaire obligés (Lactobacillus
delbrueckii), d'autres sont hétérofermentaires (Lb. brevis) et d'autres sont
hétérofermentaires facultatifs (Lb. casei). Ils sont acidophiles, peut protéolytiques et
peut lypolytiques. Se trouvent sur la végétation, dans la microflore naturelle de l'homme
et dans divers produits alimentaires fermentés.
15
 Le genre Bifidobacterium
Chez l'homme, les Bifidobacterium sont des commensaux de la bouche, de l'œsophage,
de l'estomac, de l'intestin, des branches et du vagin. Chez l'animal, ils sont surtout mis
en évidence dans la flore intestinale. Ces bactéries sont des bâtonnets de morphologie
variées, cellules courtes, coccoidales, cellules ramifiées, bifurquées, spatulées, isolées ou
en chaînes, disposition en V ou en palissade. Ces bactéries sont Gram+, non acido-
alcoolo-résistantes, non sporulées, immobiles, anaérobies, bien que quelques espèces
tolèrent l'O2 en présence de CO2. La température optimale de croissance ne dépasse pas
39 °C pour les espèces d'origine humaine, alors que les espèces d'origine animale
préfèrent 43-45°C. Bifidobacterium bifidus meurt à 60 °C.
La croissance des Bifidobacterium n'est pas possible à pH 4,5-5 et pH 8-8,5. Ces
bactéries sont glucidolytiques et donnent de l'acide acétique et lactique; elles produisent
de petites quantités d'acide formique, d'éthanol et d'acide succinique. L'acide butyrique
et propionique ne sont pas produits. Les espèces en général sont catalase-. La présence
d'αgalactosidase différencie rapidement les Bifidobacterium des Lactobacillus. Les
Bifidobacterium ainsi que les espèces de Lactobacillus peuvent avoir une fonction
préventive contre la colonisation par les entéropathogènes. Bifidobacterium
anciennement Lactobacillus bifidus est utilisé dans certains yaourts «probiotiques». Sa
présence entraînerait un effet anti-infectieux au niveau intestinal à cause de la présence
d'un facteur bifidogène.
16
2- Les champignons
Tout comme les bactéries, les champignons sont présents dans le sol, l’eau et l’air. Le
terme champignons nous évoque spontanément les cèpes, les morilles et autres espèces
comestibles ou non qui sont constituées d’un chapeau et d’un pied. Mais nous allons
nous intéresser aux champignons microscopiques, parmi lesquels on distingue les
levures et les moisissures.
2.1. les levures :
Les levures sont des champignons microscopiques (6 à 10 microns) unicellulaires
eucaryotes qui interviennent dans la fermentation des matières animales ou végétales en
transformant les sucres en alcool et gaz carbonique. Elles se reproduisent
majoritairement par multiplication asexuée (bourgeonnement ou scission) et pour
certaines par reproduction sexuée.
La levure est capable de vivre en aérobiose (respiration) ou en anaérobiose
(fermentation). Les capacités de fermentation des levures peuvent être responsables de
gonflements de certains produits alimentaires et de l’apparition d’un goût de
fermentation alcoolique.
Figure 08 : levure microscopique
2.2.Les moisissures :
Les moisissures sont des champignons microscopiques (1 à 60 micromètres) filamenteux
uni ou pluricellulaires eucaryotes hétérotrophes (qui se nourrissent en décomposant de la
matière organique ou en parasitant un hôte). La multiplication des moisissures se fait par
17
reproduction asexuée, c’est-à-dire par émission de spores, ou par reproduction sexuée

(pour certaines espèces).
Une moisissure est composée d’une partie végétative qui puise dans le milieu les
éléments nutritifs nécessaires et de structures reproductrices qui servent à la
multiplication et à la dissémination de l’espèce. Lorsqu’un aliment est conservé dans de
mauvaises conditions, des moisissures contaminent l’aliment et le dégradent. Certaines
moisissures peuvent même libérer dans l’aliment des mycotoxines qui ont des
conséquences sanitaires importantes.
Figure 09: moisissures filamenteux
La moisissure utilisée pour la préparation des fromages à pâtes molles et croûte fleurie
(camemberts, brie, etc.) est le Penicillium camemberti. Le rôle essentiel du penicillium,
au cours de l'affinage des pâtes, réside dans son aptitude à consommer l'acide lactique et,
de ce fait, à désacidifier les caillés, mais en outre, il libère des enzymes, ce qui modifie
l'évolution des saveurs et des aromes des différents fromages.
La moisissure verte, Penicillium roqueforti est utilisée depuis longtemps pour la

préparation du fromage de Roquefort et d'autres fromages à pâte dite «persillée». Les
moisissures sont utilisées aussi dans la fabrication d'additifs alimentaire.
THOM et CURIE (1916) ont fabriqués de l'acide citrique grâce à Aspergillus niger.
Elles sont aussi utilisées pour la production des enzymes (α amylase, catalase, cellulase,
lactase, etc.), de pigments et vitamines (β carotène, riboflavine), des huiles essentielles,
des aromes et des parfums, etc.
18
Cependant l'intervention néfaste des champignons filamenteux dans l'industrie

alimentaire ce situe à plusieurs niveaux. Il y'a les champignons à activité
phytopathogène qui sont très gênants pour la production des matières alimentaires brutes
qui sont les fruits et les légumes. Les moisissures saprophytes contaminent les aliments
et les dégradent au point de vue qualitatif. Certains d'entres eux sont toxinogénes et
libèrent dans l'aliment des mycotoxines qui représentent un grand danger d'un point de
vue sanitaire.
Tableau 01 : Comparaison des différents rôles des moisissures
19
Chapitre II : Origines des microorganismes dans les aliments
Les microorganismes sont présents naturellement partout, ils ont un rôle essentiel dans
la nature. Les aliments fermentés par des microorganismes présents naturellement
étaient reconnus pour leur meilleure conservation et les évolutions n’ont cessées depuis
lors. Certains micro-organismes vont être présents accidentellement dans l’aliment, et
peuvent être à l’origine d’altération des aliments ou de pathologies pouvant aller
jusqu’au décès de l’individu. Il est intéressant de comprendre comment ces
microorganismes sont introduits dans les aliments, qu’ils soient utiles à la production ou
non.
Figure 10: Introduction des microorganismes dans la production d'aliment

fermenté
Quel que soit le microorganisme, il est toujours introduit dans les aliments pendant l’un
des 5 M :
 Main d’œuvre
 Matériel
 Milieu
 Matière première
 Méthode
Les flores sont différenciées en flore initiale, exogène ou technologiques (figure 10).
20
1. Flore initiale : Il s’agit de la flore qui est naturellement présente dans la denrée
alimentaire. Cette flore est introduite dans le processus de fabrication lors de l’ajout du
produit, ce qui correspond au niveau des 5 M à la « matière première ». Matière
première : Les denrées alimentaires ne sont pas stériles et sont en contact avec le milieu
extérieur, elles sont donc porteuses de microorganismes qui sont introduits dans la
fabrication (figure 11). Ces microorganismes peuvent avoir un intérêt pour la
transformation à venir (par exemple, les microorganismes du lait pour fabriquer du
fromage tel que le Comté) ou pas.
Figure 11 : Origine des microorganismes présents dans la matière première
2. Flore exogène :
La flore exogène est la flore dite de contamination. Cette dernière peut être introduite
lors de l’intervention de la « main d’œuvre », lors de l’utilisation du « matériel », ou à
cause du « milieu ». Main d’œuvre : Le personnel est porteur de nombreux germes
(figure 12), il peut donc contaminer les denrées alimentaires par l’intermédiaire de ses
vêtements, sa salive, ses cheveux, ses poils,… L’hygiène des travailleurs est donc un
point très important
21
Figure 12 : Contamination du personnel

Matériel : Tout le matériel utilisé lors de la fabrication d’un produit alimentaire n’est
pas stérile et apportent par conséquent une flore supplémentaire. Un bon nettoyage et
une bonne désinfection sont nécessaires afin d’éviter cet apport.).
Milieu : Les microorganismes du milieu peuvent provenir de l’air ou des nuisibles
(c’est-àdire des rongeurs, insectes ou arachnides).
3. Flore utile ou technologique :
Cette flore présente un intérêt pour le produit et est ajoutée dans la « méthode ».
Méthode: Des microorganismes sont ajoutés lors du procédé de fabrication d’un aliment
car ils ont un intérêt pour le produit, notamment les microorganismes utilisés pour la
fermentation.
Dans le cadre de la fermentation, les microorganismes sont appelés des ferments : il peut
s’agir de moisissures, de bactéries ou de levures. Ils sont nécessaires à la fabrication de
produits spécifiques pour lesquels on recherche un aspect organoleptique particulier. En
effet, les microorganismes utilisés pour effectuer une fermentation métabolisent, en
aérobiose ou en anaérobiose, des substrats de différentes natures (glucides, lipides,
protéines) et agissent ainsi sur les propriétés d’un aliment. Le but de la fermentation est
de modifier un ou plusieurs des caractères suivants :
 Aromatisation
 Acidification
 Texture
 Aspect extérieur
 Propriétés nutritionnelles
 Stabilisation et conservation
22
Chapitre III : Les moyens de lutte contre les micro-organismes
Le rôle des agents antimicrobiens est d’inhiber la croissance des micro-organismes ou de

les détruire. Il existe de nombreux moyens de lutte de nature physique, chimique ou
biologique. Les principaux traitements sont classés en traitement d’élimination, de
destruction (bactériostatique) et de stabilisation (produit agit sur le développement).
1. Facteurs influençant la destruction microbienne

Les moyens de lutte sont nombreux et variés, ils doivent tenir compte du micro-
organisme lui-même et de son environnement ainsi que de l’intensité de l’action
souhaitée. Il existe des facteurs intervient dans la destruction microbienne :
 Nature et l’état des micro-organismes: Les bactéries n’ont pas la même
sensibilité aux agents de destructions, l’état physiologique de la bactérie joue aussi un
grand rôle, les bactéries en phase exponentielle sont plus sensibles qu’en phase
stationnaire, la forme sporulée est beaucoup plus résistante que la forme végétative, la
charge initiale de bactérie (nombre de cellule) d’autant plus important, le temps
nécessaire pour les éliminer sera long.
 Nature de l’agent antimicrobien: Les différents agents que ce soit physique ou
chimique n’agit pas ni de la même façon ni avec les même dose sur l’activité
microbienne.
 Rôle de l’environnement: Les conditions de l’environnement peuvent influencer
considérablement sur l’efficacité de la destruction microbienne (pH du milieu, teneur en
eau, turbidité, etc.)
2. Les moyens de lutte :
2.1. Moyens Physiques:
En raison de leur faible spécificité, la plupart des agents physiques antimicrobiens sont
efficaces sur l’ensemble des micro-organismes, en affectant les acides nucléiques ou les
protéines.
L’utilisation de la chaleur est un procédé très efficace de destruction des micro-

organismes. Les traitements thermiques sont à la base de la conservation de nombreux
aliments.
23
 Stérilisation:
Technique par chaleur correspond à un traitement permettant d’éliminer tous les

microorganismes (y compris sous forme sporulée). Les paramètres du traitement sont
supérieurs à ceux de la pasteurisation et il varie selon le produit entre 10 minutes à
115°C et 30 minutes à 121°C. La vapeur est réalisée dans un autoclave à 121°C pendant
15 minutes. Elle provoque la dégradation des acides nucléiques et la dénaturation des
enzymes et autres protéines. La chaleur agit au niveau de l’agitation moléculaire. Elle
provoque une augmentation de la vitesse des réactions métaboliques et de la vitesse de
croissance, puis rapidement la dénaturation des composés microbiens et en particulier
des protéines enzymatiques. On observe alors une diminution puis un arrêt de la
croissance, quand le niveau de modification devient important et irréversible, la mort.
 Pasteurisation :
On l’applique à certains produits naturels (lait, la bière, le vin, les jus de fruits) dont on
veut assurer momentanément la conservation sans en altérer les caractères
organoleptiques (couleur, odeur, saveur).
La pasteurisation entraine la destruction des formes végétatives, en particulier de celles

des microorganismes pathogènes ou responsables d’altérations organoleptiques, à
l’exclusion de la plupart des formes sporulées bactériennes. Elle est obtenu par
différents couples temps-température : la pasteurisation haute, le lait est porté à 90°C
durant 30 secondes, puis brusquement refroidi à +10°C.
 La pasteurisation basse, le lait est soumis à une température de 60 à 70°C

pendant un temps plus long (quelques minutes).
 La pasteurisation UTH (Ultra-haute-température), c’est un procédé appliqué
surtout au lait et certains jus de fruits pour obtenir une longue conservation. On applique
une température à 140°C pendant quelque secondes puis on refroidit brutalement.
L’ébullition peut être considérée comme une forme de pasteurisation haute permettant
de détruire le maximum de germes ; on utilise quotidiennement au cours de la cuisson
des aliments. En outre, la cuisson ou la pasteurisation des aliments ne détruise pas en
particulier les spores.
24
 Tyndallisation:
Est un traitement thermique équivalent à des pasteurisations répétées, séparées par des
intervalles de 12 à 24h à des températures de 30 à 40°C. Au cours de la pasteurisation,
seules les formes végétatives sont inactivées tandis que dans les intervalles, la plus part
des spores thermorésistantes germent et sont sensibles à la pasteurisation suivante. Ce
procédé est utilisé pour les milieux de culture fragiles. Cette opération, consiste à
chauffer le milieu 60°C ou 70°C durant 30 minutes ou 1 heure, trois fois consécutives,
en ménageant un intervalle de 24 heures entre chaque chauffage.
 Radiations:
Les radiations ionisantes sont appliquées aux aliments dont le but d’améliorer leur
conservabilité et pour les locaux et le matériel. Les aliments ayant subi un traitement aux
radiations ionisantes sont dites irradiés. Ils ne sont nullement radioactifs. Un
rayonnement solaire ou plus précisément les radiations ultraviolettes et les rayonnements
électromagnétiques couvrent une très large gamme de longueur d’onde.
On peut distinguer : les rayonnements infrarouges (> 800 nm), les visibles (800 à 400
nm), les ultra-violets (400 à10 nm), les rayons X (10 à 0,1 nm), les rayons γ (0,1 à 0,001
nm), les rayons cosmiques (< 0,001nm). Les UV proches de 260 microns sont utilisés
pour stériliser l’air, l’eau. Les radiations ioniques pénètrent en profondeur les objets. Les
radiations gamma stérilisent à froid les ATB, hormones, objets en plastique.
 Pression:
Pour la conservation de certains aliments comme les confitures et les salaisons, on a

recours à la pression osmotique. L’effet antimicrobien est obtenu par l’augmentation de
la pression osmotique par addition de sucre ou de sel ; les espèces sont capables de se
développer aux concentrations choisies (osmophiles ou halophiles) sont en peu
nombreuses. Le séchage des aliments est aussi un procédé de conservation fondé sur
l’augmentation de la pression osmotique. On cite plusieurs types : - Réduction de l’aw
par déshydratation/ou par l’ajout d’agents dépresseurs (NaCl) - Réduction du pH
(acidification, fermentation) - Maitrise du potentiel d’oxydo-réduction.
25
2.2. Moyens Chimiques
Tous les agents antibactériens chimiques sont beaucoup utilisés comme un désinfectant
ou comme antiseptiques des surfaces et matériels ainsi que dans les produits
alimentaires. Le choix de ces agents dépendra de l’usage que l’on veut faire. Certains
sont très actifs mais toxiques.
2.3.Moyens biologique (Chimio-thérapeutiques)
Les agents biologiques sont généralement représentés par des produits biologiques
naturels ou synthétisés par les micro-organismes. Les chimio-thérapeutiques " les
antibiotiques" détruisent les microorganismes pathogènes en inhibant leur
développement à des concentrations suffisamment faibles pour éviter d’occasionner des
dommages chez l’hôte. L’agent chimio thérapeutique doit avoir une toxicité sélective.
Beaucoup d’antibiotiques sont à spectre étroit, c'est-à-dire que leur efficacité est limitée
à une variété restreinte de microorganismes. Ils sont synthétisés par les micro-
26
Chapitre IV: les procédés de biotechnologie
1. La biotechnologie :
La biotechnologie est une science multidisciplinaire qui associe les potentialités d’une
entité vivante ou une partie de cette entité à différentes techniques et procédés dans un
but économique. Actuellement la biotechnologie est considérée parmi les technologies
les plus émergentes, en raison des grands progrès de la biologie moléculaire ces
dernières années. Le terme «biotechnologie» a été utilisé par le hongrois Károly Ereky
en 1919 pour décrire une technologie basée sur la conversion des matières premières
organiques en un produit plus utile dans un livre intitulé «La biotechnologie de la
viande, la graisse et la production de lait dans une agriculture à grande échelle». Depuis
son apparition, la notion de la biotechnologie a été définie de diverses manières.
2. Les classes de la biotechnologie :
Le concept central de cette section est que la biotechnologie est de nos jours un domaine
très large de la recherche scientifique et le terme «biotechnologie» englobe de nombreux
processus et applications. Beaucoup de ces utilisations ne viennent pas immédiatement à
l'esprit lorsque le terme «biotechnologie» est mentionné. Cette section couvre le spectre
des principales applications de la biotechnologie en utilisant les couleurs, verte liée à
l'agriculture, rouge liée à la médecine, blanc à l'industrie, etc.
27
Figure 12 : Principales applications de la biotechnologie utilisant le code des

couleurs
2.1.Biotechnologie blanche / Industrie
La biotechnologie blanche comprend toutes les utilisations de la biotechnologie liées

aux procédés industriels, c'est pourquoi elle s'appelle aussi «biotechnologie industrielle».
On trouve de nombreux exemples de biotechnologie blanche comme l'utilisation de
microorganismes dans la production de produits chimiques, la conception et la
production de nouveaux matériaux à usage quotidien (matières plastiques, textiles ...) et
le développement de nouvelles sources d'énergie durables comme les biocarburants.
2.2.La biotechnologie rouge
La biotechnologie rouge rassemble toutes les utilisations de la biotechnologie liées à la

médecine. La biotechnologie rouge comprend la production de vaccins et
d'antibiotiques, le développement de nouveaux médicaments, les techniques de
diagnostic moléculaire, les thérapies de régénération et le développement du génie
génétique pour guérir les maladies par la manipulation génétique. Certains exemples
pertinents de biotechnologie rouge sont la thérapie cellulaire et la médecine
28
régénérative, la thérapie génique et les médicaments à base de molécules biologiques

telles que les anticorps thérapeutiques.
2.3.Biotechnologie verte / Agriculture
La biotechnologie verte est axée sur l'agriculture en tant que domaine de travail. Les
approches biotechnologiques vertes et les applications comprennent la création de
nouvelles variétés végétales d'intérêt agricole, la production de bio fertilisants et de bio
pesticides, en utilisant des cultures in vitro et des plantes de clonage. La première
approche est celle qui doit être développée et susciter le plus d'intérêt et la controverse
sociale. La production de variétés végétales modifiées est basée presque exclusivement
sur la transgénèse, ou l'introduction de gènes d'intérêt d'une autre variété ou d'un
organisme dans la plante. Trois objectifs principaux sont recherchés en utilisant cette
technologie. Tout d'abord, on s'attend à ce que les variétés soient résistantes aux
ravageurs et aux maladies, par exemple, des variétés de maïs actuellement utilisées et
commercialisées résistant aux ravageurs comme la pyrale de la tige de maïs.
Deuxièmement, l'utilisation de plantes transgéniques vise à développer des variétés
ayant des propriétés nutritionnelles améliorées (par exemple, une teneur plus élevée en
vitamines). Enfin, la transgénèse dans les plantes est également étudiée comme moyen
de développer des variétés végétales pouvant servir de bio-usines et produire des
substances d'intérêt médical, biomédical ou industriel en quantités faciles à isoler et à
purifier.
2.4.Biotechnologie bleue / Mer
La biotechnologie bleue repose sur l'exploitation des ressources maritimes pour créer
des produits et des applications d'intérêt industriel. Compte tenu du fait que la mer
présente la plus grande biodiversité, il existe potentiellement une vaste gamme de
secteurs pour bénéficier de l'utilisation de ce type de biotechnologie. De nombreux
produits et applications de la biotechnologie bleue sont encore objet d'étude et de
recherche, bien que certains d'entre eux soient réellement utilisés quotidiennement. Sans
doute, l’utilisation des matières premières de la mer représente la biotechnologie bleue
la plus répandue dans de nombreux secteurs différents. Ces matériaux, principalement
des hydro colloïdes et des gélifiants, sont déjà largement utilisés dans l'alimentation, la
29
santé, le traitement, etc. La médecine et la recherche sont d'autres grands bénéficiaires

du développement de la biotechnologie bleue. Certaines molécules marqueurs provenant
d'organismes marins sont maintenant couramment utilisées dans la recherche. Des
molécules enzymatiquement actives utiles dans le diagnostic et la recherche ont
également été isolées des organismes marins. Certains biomatériaux et agents
pharmacologiques ou régénératifs sont produits ou étudiés pour leur utilisation dans ces
secteurs. Enfin, des secteurs tels que l'agriculture et les cosmétiques analysent le
potentiel de la biotechnologie bleue pour son développement au futur.
2.5.Biotechnologie jaune / Environnement
La biotechnologie jaune comprend toutes les applications de la biotechnologie

directement liées à l'environnement. Ces applications peuvent être divisées en deux
branches principales: l'entretien de la biodiversité et l'élimination des contaminants. En
ce qui concerne le premier, il convient de mentionner l'application de la biologie
moléculaire à l'analyse génétique des populations et des espèces qui font partie des
écosystèmes, de leur comparaison et de leur classification, ainsi que des techniques de
clonage visant à préserver les technologies de stockage des espèces et du génome. En ce
qui concerne l'élimination des polluants ou la bio-remédiation, la biotechnologie grise
utilise des microorganismes et des plantes pour isoler et éliminer différentes substances
telles que les métaux lourds et les hydrocarbures, avec la possibilité supplémentaire
d'utiliser ultérieurement ces substances ou sous-produits de cette activité.
30
Chapitre V : La fermentation
1. Définition:
La fermentation précède la maîtrise par l'homme de ce procédé ; en effet, les fruits

fermentent sans aucune intervention humaine. La fermentation est un phénomène naturel
qui se produit lors de la décomposition de la matière organique. L'utilisation de la
fermentation par les humains, remonterait au Paléolithique pour la conservation des
aliments et au Néolithique pour la production de certaines boissons.
La fermentation est une réaction biochimique de conversion de l'énergie chimique

contenue dans une source de carbone (souvent du glucose) en une autre forme d'énergie
directement utilisable par la cellule en l'absence de dioxygène (milieu anaérobie).
Comme le disait Louis Pasteur, « la fermentation, c'est la vie sans l'air. » C'est une
simple réaction d'oxydoréduction où l'accepteur final d'électron est souvent le produit
final. Elle se caractérise par une oxydation partielle du produit fermentescible, et donne
lieu à une faible production d'énergie car la différence de potentiel d'oxydoréduction
entre le donneur et l'accepteur d'électron est assez faible.
2. Description d’un bioréacteur
Le bioréacteur (appelé aussi fermenteur) est un appareil (ou cuve) qui permet la
croissance de, bactéries, champignons microscopiques, algues) pour la production de
biomasse, de métabolites primaires, secondaires ou encore la bioconversion d’une
molécule d’intérêt .Il assure le contrôle des conditions physico-chimiques (Température,
pH, aération, etc..) pour avoir un bon rendement de productivité. La performance de tout
bioréacteur dépend de nombreuses fonctions :
 Les concentrations de biomasse

 L’apport de nutriments
 Les conditions stériles
 Le retrait du produit
 Les agitations efficaces
 Etat de culture
31
Figure 13: le bioréacteur (fermenteur)
3. Les procédés de la fermentation:
Selon le mode d'alimentation on distingue 03 procédés (figure 14) :
3.1.Culture discontinue (Batch) ou non renouvelée ;

Ce sont des cellules inoculées dans un milieu frais et aucun autre élément nutritif n’est
ajouté jusqu’à ce que le produit désiré soit produit. Le bioréacteur ne possède ni entrée
ni sortie. En fin de fermentation, le fermenteur est nettoyé pour une prochaine culture.
Ce mode de fermentation est le seul utilisé pour la production de métabolites
secondaires surtout les antibiotiques.
3.2.Fermentation en culture discontinue alimentée (Fed-batch) :
C’est une culture discontinue alimentée en continue par un milieu nutritif. La croissance
démarre plus vite dans un volume de culture réduit, celui-ci augmente au cours du
temps. Lorsque la cuve est remplie, l’alimentation est coupée. Le Fed-batch, permet en
32
pratique un gain de temps, une augmentation de productivité et une possibilité de

modification du milieu en cour de culture. Applications ; La production de la pénicilline.
3.3.Fermentation en culture continue :
Le milieu de croissance frais est ajouté en permanence, les cellules et le milieu épuisé
sont éliminés simultanément. Le volume de culture microbienne est constant ou le débit
de milieu est égal au mélange de biomasse milieu liquide de façon à maintenir le volume
du réacteur constant.
Figure 14 : Les procédés de fermentation en phase liquide
4. Types de fermentation :
On distingue plusieurs types de réactions de fermentation par la nature des produits de la
réaction (tableau 2).
4.1.Fermentation alcoolique :
Dans le cas de la fermentation éthanolique (ou fermentation alcoolique), la réaction
dégage de l'éthanol.
C6H12O6 + 2 ADP + 2 Pi → 2 CH3CH2OH + 2 CO2 + 2 ATP
4.2.Fermentation lactique :
La fermentation lactique ou fermentation homolactique produit de l'acide lactique. Cette

réaction se déroule dans le muscle au cours d'un effort intense pendant lequel l'apport en
33
dioxygène est trop lent par rapport à la demande en énergie. Ce type de fermentation
concerne aussi la transformation du lait en yaourt.
C6H12O6 + 2 ADP + 2 Pi → 2 C3H6O3 + 2 ATP
4.3.Fermentation acétique :
Intervient dans la production du vinaigre (vin aigre), la bactérie responsable de
l'acétification (transformation du vin en vinaigre) est Acétobacter aceti. Les bactéries
acétiques forment une couche à la surface que l'on appelle la mère du vinaigre (biofilm
composé d'amas cellulaire).
Il se forme de l'acide acétique (acide éthanoïque) à partir de l'éthanol en présence
d'oxygène.
C2H5OH + O2 CH3COOH + H2O + Energie
4.4.Fermentation propionique :
De l'acide propionique (acide propanoïque), de l'acide éthanoïque ainsi que du CO2 et du

dihydrogène se forment.
C6H12O6 CH3CH2COOH + CH3COOH + CO2 + H2
La fermentation propionique utilise une grande diversité de substrats: les sucres, le

glycérol, l’acide lactique, l’acide malique. La fermentation propionique ayant pour
substrat l’acide lactique joue un rôle majeur en fromagerie, elle intervient dans la
fabrication des fromages à pâte cuite (Comté, Gruyère et Emmental) auxquels elle donne
un goût caractéristique. Les bactéries la réalisant sont les bactéries du genre
Propionibacterium, qui transforme le lactate issu de la réduction du pyruvate en
propionate, en acétate et en CO2. L'acide propionique et ses sels sont connus pour leurs
propriétés antifongiques. Propionibacterium freudenreichii (P. freudenreichii) est
essentielle comme levain d'affinage dans la fabrication d'emmental.
4.5.Fermentation butyrique :
Il se forme de l'acide butyrique (acide butanoïque), du CO2 et du dihydrogène à partir de

l'acide lactique déjà formé par fermentation lactique:
34
2 CH3CHOHCOOH CH3CH2CH2COOH + 2CO2 + 2H2
L'acide butanoïque est responsable de l’odeur putride et du goût piquant de certains

fromages à pâte cuite. Les fromages gonflent et ont une odeur forte d'acide butyrique. Ce
sont des spores de Clostridium qui sont responsables de ce défaut. La fermentation
butyrique se manifeste généralement après 6 à 8 semaines. Elle est redoutée en brasserie
et en fromagerie. On trouve l'acide butyrique dans le beurre rance (‫) الدھآن‬, dans le
parmesan (fromage italien).
Tableau 02: les types de fermentation
35
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Microbiologie alimentaire Dr. TOUAITIA

Chapter · December 2022

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Université Laarbi Tebessi – Tebessa –

Niveau: 3 ème année technologie agroalimentaire et

Chapitre 1 : Les grands groupes microbiens intéressant la

Les bactéries sont des micro-organismes procaryotes (sans noyau) unicellulaires

Figure 01. Les formes bactériennes

1.1.1. Coliformes totaux

En microbiologie alimentaire, on appelle " coliformes " les entérobactéries fermentant

dangereuses sur le plan sanitaire et qui ne sont jamais entéro-pathogènes. Cependant,

1.1.2. Coliformes fécaux ou thermo tolérants:

1.1.3. Escherichia coli :

Figure 2: Escherichia coli (sous microscope à balayage)

sauvages et domestiques. Certaines souches peuvent également être isolées à partir

Figure 03: Salmonella spp (sous microscope à balayage)

La température optimale de croissance des Shigelles est de 37°C en milieu aéro ou

Figure 04: Shigella spp (sous microscope à balayage)

de croissance optimale de 30 à 37°C et certaines espèces, notamment Listeria

Figure 05 : Culture bacterienne de Listeria monocytogenes

Figure 06: Brucella spp (sous microscope électronique)

S. aureus coagulase+ est pathogène, il produit des entérotoxines thermostables libérées

Figure 07: S.aureus sur gélose au sang cuit

1.5. Les bactéries sporulées

dégradation des conserves alimentaires. B. stearothermophilus, B. coagulans et B.

1.6. Les bactéries lactiques

Selon l'espèce bactérienne et les conditions de culture, le catabolisme du glucose peut

 Les bactéries lactiques homofermentaires transforment une molécule de

 Les bactéries lactiques hétérofermentaires transforment une molécule de

C6 H12 O6 C3 H6 O3 + CO2 + C2 H5 OH (ou C2H4O2 + H2O)

1.6.1. Les cocci

Les Enterococcus, Streptococcus, Lactococcus, Pediococcus et Leuconostoc sont des

Les genres Streptococcus, Lactococcus, Enterococcus ont été anciennement regroupés

De nombreuses espèces sont saprophytes, en particulier dans les produits laitiers.

 Les Streptocoques ont été classés au départ en quatre groupes d'espèces de

Les germes les plus rencontrés en alimentation sont essentiellement S. faecalis, S.

Figure 08 : levure microscopique

reproduction asexuée, c’est-à-dire par émission de spores, ou par reproduction sexuée

Figure 09: moisissures filamenteux

La moisissure verte, Penicillium roqueforti est utilisée depuis longtemps pour la

Cependant l'intervention néfaste des champignons filamenteux dans l'industrie

Tableau 01 : Comparaison des différents rôles des moisissures

Chapitre II : Origines des microorganismes dans les aliments

Figure 10: Introduction des microorganismes dans la production d'aliment

Figure 11 : Origine des microorganismes présents dans la matière première

Figure 12 : Contamination du personnel

Chapitre III : Les moyens de lutte contre les micro-organismes

Le rôle des agents antimicrobiens est d’inhiber la croissance des micro-organismes ou de

1. Facteurs influençant la destruction microbienne

L’utilisation de la chaleur est un procédé très efficace de destruction des micro-

Technique par chaleur correspond à un traitement permettant d’éliminer tous les

La pasteurisation entraine la destruction des formes végétatives, en particulier de celles

 La pasteurisation basse, le lait est soumis à une température de 60 à 70°C

Pour la conservation de certains aliments comme les confitures et les salaisons, on a

2.2. Moyens Chimiques

2.3.Moyens biologique (Chimio-thérapeutiques)

Chapitre IV: les procédés de biotechnologie

2. Les classes de la biotechnologie :

Figure 12 : Principales applications de la biotechnologie utilisant le code des

2.1.Biotechnologie blanche / Industrie

La biotechnologie blanche comprend toutes les utilisations de la biotechnologie liées

2.2.La biotechnologie rouge