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Institut Saint-Laurent
1 ère Assistant(e)s
pharmaceutico-techniques
La Microbiologie
Unité de formation :
Sciences naturelles et microbiologie
C.Wilhelmi
Chapitre 1 : Classification des
microorganismes
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C.Wilhelmi - Microbiologie
I. Introduction
1. Définition :
C’est l’étude des êtres vivants microscopiques. On les appelle microbes
lorsqu’ils provoquent des maladies et/ou des putréfactions. Ils sont caractérisés
par leur petite taille et nécessite l’utilisation d’un microscope.
- Dans l’eau salée ou l’eau douce, ils sont les premiers maillons de la
chaîne alimentaire des océans, des lacs et des rivières.
- Dans le sol, ils contribuent à la dégradation des déchets et au
recyclage des éléments chimiques dans le sol, l’air et la matière
vivante.
- L’homme et beaucoup d’animaux dépendent des microbes présents
dans leurs intestins pour bien digérer et faire la synthèse de quelques
vitamines nécessaires à l’organisme, dont certaines vitamines B pour
le métabolisme et la vitamine K pour la coagulation du sang.
- Les microorganismes servent aussi dans un grand nombre
d’applications industrielles. On les utilise dans la synthèse :
✓ de l’acétone
✓ de certains acides
✓ de vitamines
✓ d’enzymes
✓ d’alcools
✓ de médicaments
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✓ la cellulose
✓ des eupeptiques (des additifs qui facilitent la digestion)
✓ des nettoyeurs d’égouts
✓ des substances thérapeutiques comme l’insuline
• Les procaryotes :
➢ les bactéries
➢ les cyanobactéries (capable de photosynthèse)
• Les eucaryotes :
➢ les algues
➢ les protozoaires
➢ les champignons inférieurs (moisissures,levures)
• Les acaryotes ou virus
• Les prions
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Les bactéries jouent des rôles essentiels dans la biosphère :
• Le recyclage des éléments chimiques
- les décomposeurs dégradent tous les organismes morts et la
matière organique afin de recycler les atomes.
- les autotrophes utilisent le CO2 pour produire des composés
organiques, qui entreront ainsi dans la chaîne alimentaire.
- seuls certaines bactéries sont capables de fixer l’azote.
• Les relations symbiotiques
Une symbiose est l’association d’espèces différentes (= symbiontes)
vivant en contact étroit. Il existe trois types de symbiose :
➢ le mutualisme dans lequel les deux espèces tirent profit de la
relation (ex les bactéries luminescentes des poissons, les
bactéries de notre système digestif).
➢ le commensalisme dans lequel un seul des deux partenaires tire
profit de la relation, sans cependant nuire à l’autre.
➢ le parasitisme dans lequel un des symbiontes, le parasite, vit aux
dépens de l’hôte.
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exemple, est un élément important qui favorise leur croissance et leur multiplication
si rapides.
Les bactéries se présentent sous plusieurs formes différentes :
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b) Les structures à l’extérieur de la paroi cellulaire
• La capsule
C’est l’enveloppe supérieure la plus externe composée de polysaccharides, de
polypeptides ou des deux. Sa composition chimique diffère d’une espèce à l’autre.
Son rôle :
➢ Chez certaines espèces, la capsule joue un rôle important dans la virulence de
la bactérie ( = capacité à causer la maladie)
➢ La capsule protège la bactérie pathogène contre la phagocytose par les cellules
de l’hôte
➢ La capsule permet l’adhérence des bactéries les unes aux autres et de se fixer
à une surface cible (pierres dans cours d’eau, racines de plantes, dents
humaines, filtres des humidificateurs,…)
• Les flagelles
Les flagelles sont des structures protéiques ancrées dans la membrane plasmique.
En forme d’hélice, ils permettent à la bactérie de se déplacer. La bactérie peut donc
se diriger vers un environnement favorable ou fuir de mauvaises conditions.
On utilise la localisation des flagelles afin de déterminer les bactéries
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c) La paroi cellulaire
• La coloration de Gram
C’est une méthode de coloration la plus utilisée en bactériologie médicale. Elle permet
de colorer les bactéries et de les distinguer à l’examen direct par leur aptitude à fixer
certains colorants. L’intérêt de cette méthode est un résultat rapide qui permet une
orientation rapide sur la nature de la bactérie.
Le principe de cette coloration repose sur l’action d’un colorant, le cristal violet que l’on
fait réagir avec de l’iode, puis de l’alcool et enfin de la safranine. Dans un premier
temps le colorant pénètre dans la paroi et le cytoplasme. Dans un second temps, l’iode
réagit avec le colorant et le rend insoluble. Les bactéries Gram négatif décolorent dans
l’alcool, la paroi est plus mince et retient moins le colorant. Les bactéries Gram positif
restent colorées en violet ou mauve, leur paroi est plus épaisse. Une contre coloration
( en rose) permet de visualiser à nouveau les bactéries Gram négatif.
• La structure
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• Les parois cellulaires à Gram positif
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• Les parois cellulaires atypiques
Certaines cellules procaryotes n’ont pas de paroi ou ne possèdent que des
rudiments de paroi. Elles appartiennent au genre Mycoplasmes . Ce sont les plus
petites bactéries connues à pouvoir croître et se reproduire hors d’une cellule hôte
vivante. Ces bactéries traversent les filtres antibactériens.
➢ Fonction
C’est une barrière semi-perméable qui permet le transport de
certaines molécules grâce à des protéines ayant rôle de canaux.
● Le cytoplasme
Il contient 80% d’eau. On y retrouve surtout des protéines (des enzymes), des
glucides, des lipides, des ions,…
● Le nucléoïde
C’est la zone nucléaire. Le chromosome bactérien unique est attaché à la membrane
plasmique. On y trouve les protéines nécessaires à la réplication et à la séparation du
chromosome dans la cellule fille.
● Les plasmides
Ce sont des molécules ADN extrachromosomiques qui ne constituent pas le
génome bactérien. Ils peuvent se reproduire de façon autonome et codent pour
une information génétique non indispensable.
Ils donnent à la bactérie :
- La possibilité de synthèses spéciales
- Une résistance à des antibiotiques
- Une pathogénécité
- Tolérance aux métaux lourds
- Production de toxines
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La présence de plasmide augmente la virulence de la bactérie.
3. La reproduction des bactéries
● Mode de reproduction
Les bactéries se multiplient par le phénomène de scissiparité. Elles recopient leur
molécule d’ADN circulaire, elles doublent leur cytoplasme. Elles se divisent en deux et
entraînent un chromosome avec elle.
Les bactéries se reproduisent très rapidement, pour E. Coli toutes les 20 minutes.
● La variabilité génétique :
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● Conditions de croissance des bactéries :
1. Besoin en eau
2. La température
3. Le pH
La plupart des bactéries se développent à un pH compris entre 5.5
et 9. Il existe des bactéries acidophiles se développant à des pH
très bas,jusqu'à un pH = 1, et des bactéries alcalinophiles.
● La sporulation
En milieu très hostile, certaines bactéries sont capables de former des cellules
résistantes, appelées endospores.
Celles-ci sont formées par réplication du chromosome, qui est ensuite entouré d’une
paroi résistante. Le reste de la cellule d’origine disparaît alors. L’endospore arrête son
métabolisme et se déshydrate. Il n'y a plus d'échange avec le milieu extérieur, la
bactérie ne se nourrit plus et stoppe toute activité. Elle pourra se réhydrater et
reprendre son métabolisme quand les conditions seront redevenues favorables. Le
retour d’une endospore à l’état végétatif s’appelle la germination.
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4. Classification métabolique des bactéries
- les bactéries aérobies : elles ont besoin d'une teneur en O2 voisine de la teneur
de l'O2 dans l'atmosphère normale.
(un milieu avec une bonne turbulence, comme une rivière en eau vive, est très bien
aéré).
- les bactéries aéroanaérobies facultatives : elles peuvent vivre indifféremment en
présence ou en absence d'O2.
- les bactéries microaérophiles : elles ont besoin d'une faible teneur en oxygène
pour se développer.
A) La virulence
C’est la capacité d’une bactérie à se multiplier dans un hôte et de causer
des lésions tissulaires, d’obstruer des voies de passage, de détruire des
éléments utiles.
Chaque bactérie possède une virulence propre qui dépend de facteurs :
• Anatomique
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• Enzymatique
Les bactéries produisent des enzymes qui facilitent leurs dispersions
(enzymes qui détruisent le collagène) ou qui augmentent leur résistance
(ex. enzyme qui détruit les globules blancs).
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B) La toxicité
Les bactéries produisent des toxines qui agissent sur l’hôte.
1. Les mycètes
Les mycètes jouent un rôle important dans la chaîne alimentaire parce qu’ils
décomposent la matière végétale morte, recyclant ainsi des éléments vitaux.
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Les mycoses
Une mycose est une infection fongique. Les mycoses sont en général des infections
chroniques, de longue durée parce que les mycètes croissent lentement.
Pourquoi le traitement des mycoses chez l’humain et les autres animaux sont souvent
difficile ?
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Mycoses
systémiques …………………………………………………………………………………
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Mycoses sous-cutanées
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Mycoses opportunistes
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• Stachybotrys
• Rhizopus et Mucor
• Aspergillose
• Candidose
2. Les algues
Les algues sont des êtres vivants capables de photosynthèse et vivent généralement
en milieu aquatique. Elles sont aussi utilisées dans l'alimentation humaine, par
l'agriculture et par l'industrie.
Quelques algues sont à l’origine d’intoxication alimentaire.
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3. Les protozoaires
Les protozoaires sont des eucaryotes unicellulaires. On trouve ces microorganismes
dans l’eau et dans le sol. Ils se nourrissent de bactéries et de petites particules de
matière.
Quand les conditions du milieu sont trop difficiles, certains protozoaires produisent une
enveloppe protectrice appelée kyste.
Il y a environ 20 000 espèces de protozoaires et il y en a peu qui causent des maladies
et ceux-ci sévissent pour la plupart dans les pays tropicaux.
Exemples :
• Plasmodium : est un genre de protozoaires parasites, dont cinq espèces
causent le paludisme chez l'Homme. Le parasite est transmis à l’Homme par
une piqûre d’anophèle (moustique des régions chaudes et marécageuses).
• Toxoplasma gondii :est un parasite intracellulaire des humains. Son cycle vital
fait intervenir le chat domestique. Ce parasite est dangereux chez les femmes
enceintes.
4. Les helminthes
Les helminthes sont des animaux eucaryotes pluricellulaires. Leur cycle vital est
extrêmement complexe car il peut comprendre une suite d’hôtes intermédiaires pour
chacun des stades larvaires et un hôte définitif pour le stade adulte.
• intestin
• réseaux sanguin et lymphatique,
• tissus conjonctifs,
• organes creux : cavités urogénitales, poumons
Exemples :
• La douve
• Le ténia
• L’oxyure
• L’ascaris
5. Les arthropodes
Les arthropodes sont dotés d’un corps segmenté, d’un squelette externe et de pattes
articulées. Ceux qui transportent des microorganismes pathogènes et transmettent
ainsi des maladies sont appelés vecteurs (tique, moustique, poux, punaise,..).
Par ailleurs la gale est une maladie causée directement par l’arthropode.
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IV. Les virus
• une enveloppe (pas toujours): ceux qui en sont pourvus sont appelés virus
enveloppés et ceux qui n’en n’ont pas sont appelés virus sans enveloppe.
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Virus enveloppés (grippe, VIH)
• Attachement : Le virus adhère à la cellule hôte et libère des enzymes qui vont
la perforer
• Pénétration : le virus libère des enzymes qui vont perforer la membrane de la
cellule hôte, puis il injecte son ADN ou ARN dans la cellule.
• Décapsidation : séparation de l'acide nucléique viral de sa coque protéique ou
capside.
• Biosynthèse : Le virus utilise la machinerie de la cellule hôte pour répliquer son
matériel génétique ainsi que des protéines pour l’entourer d’une nouvelle
capside. Cette opération ne prend que douze minutes et donne naissance à
des centaines de virions.
• Maturation : les constituants du virus s’assemblent, assemblage des protéines
de la capside.
• Libération : le virus lyse la cellule hôte. Les virus libérés vont à leur tour pouvoir
infecter d’autres cellules.
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3. Invasion virale
Le virus pénètre dans un organisme par:
• voie respiratoire
• voie orale
• voie cutanée
• voie transplacentaire.
• Voie génitale
Parfois il y a transmission des virus par certains animaux comme les insectes.
Le virus s’implante dans les cellules proches de la porte d’entrée, puis il
gagne de proche en proche et s’étend aux tissus voisins. Les symptômes
apparaissent quand un nombre suffisant de cellules sont lésées. Parfois il y
a passage dans le sang, c’est la virémie et l’infection se propage à distance.
4. Le virus et le cancer
Les virus capables de provoquer la formation de tumeurs s’appellent virus
oncogènes.
Il faut que le matériel génétique des virus oncogènes s’intégre à l’ADN de la
cellule hôte, ce qui n’est pas systématiquement le cas.
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7. Le virus de la grippe
Le virus influenza ou virus de la grippe est un virus à ARN. Ses huit molécules d'ARN
se trouvent dans une capside protéique, à l'intérieur d'une enveloppe. Le virus
influenza se transmet par voie aérienne.
L'enveloppe des virus comporte deux sortes de protéines :
• l'hémagglutinine (H), qui permet l'attachement du virion à la cellule et qui va de
H1 à H18
• la neuraminidase (N), qui va de N1 à N11
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V. Les prions
Les prions sont des protéines infectieuses dépourvues d’acide nucléïque qui ont été
découvertes début des années 80.
Des travaux révèlent que cette protéine prion (PrP en abrégé) est un constituant
normal de l’organisme. C’est une protéine présente à la surface de la membrane de
nombreux types de cellules, des neurones aux spermatozoïdes, avec cependant une
préférence pour les neurones.
Cette protéine existe sous deux formes qui diffèrent uniquement par leur structure en
trois dimensions :
• La forme normale, appelée PrPc pour protéine cellulaire, qui existe à l’état
normal dans l’organisme.
Les maladies dûes aux prions affectent le système nerveux et provoquent une
dégénérescence du système nerveux central. Ces maladies sont toujours fatales.
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