Microbiologie Générale 2024

Burkina Faso
Ministère de la santé
Microbiologie générale
Licence en soins infirmiers et obstétricaux
Semestre I
2023-2024
YOUL OLLO
Biologiste médical/Bactério-Virologie
Introduction
Microbiologie?
 du grec : micros: petit ; bios: vie ; logos: science. la microbiologie est une sous-discipline de la
biologie basée sur l'étude des micro-organismes et des relations avec leur environnement.
Micro-organismes?
 encore appelés microbes ou germes sont des êtres vivants qui échappent à la détection à l’œil
nu (taille <0,1 mm)
 Groupe extrêmement diversifié :bactéries, les parasites, les champignons, les virus, les algues
microscopiques. Ils se distinguent les uns des autres par leur forme, leur taille et leur mode de
vie.
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Introduction
 Les microorganismes sont responsables des nombreux changements observés aussi bien dans la
matière organique qu’inorganique (carbone et fermentation, cycle de l’azote et du soufre qui
se déroulent dans la nature).
 L’invention du microscope et la possibilité d’isoler et de faire croître les microorganismes ont

permis le développement de la microbiologie comme discipline scientifique.
 Le domaine actuel d'application de la microbiologie est appelé BIOTECHNOLOGIE ou

modification génétique qui vise l'utilisation de la microbiologie à des fins industriels
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Introduction
Toutefois, les domaines d’application de la microbiologie sont nombreux:
 Microbiologie médicale,
 Santé publique et microbiologie
 Microbiologie industrielle
 Microbiologie agricole
 Microbiologie alimentaire
La microbiologie médicale se distingue en spécialités en fonction du groupe de microorganismes étudiés:
 Bactériologie : science qui étudie les bactéries, leurs propriétés et leur action sur l’homme et sur
l’animal;
 Parasitologie : science qui étudie les parasites, leurs propriétés et leur action sur l’homme et sur l’animal
 Mycologie : science qui étudie les champignons, leurs propriétés et leur action sur l’homme et sur
l’animal;
 Virologie : science qui étudie les virus, leurs propriétés et leur action sur l’homme et sur l’animal
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Introduction
Diversité du monde microbien
 Les microorganismes sont les pionniers de la vie sur Terre.
 L’apparition de l’oxygène est due au fait que des bactéries deviennent aptes à effectuer la
photosynthèse (Cyanobactéries). Elles colonisent les milieux extrêmes. Ce sont les ancêtres des
organites Eucaryotes.
 Les microbes représentent plus de 60% de toute la matière organique sur terre.
 Le corps humain est constitué de presque plus de bactéries que de cellules humaines.
9 cellules sur 10 dans notre corps sont des microbes
→élaboration de protéines, vitamines par les bactéries intestinales, éducation de notre système
immunitaire)
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Introduction
Selon l’organisation cellulaire, on distingue trois groupes de microorganismes

 Procaryotes ou protistes inférieurs
 Eucaryotes ou protistes supérieurs
 Non- cellulaires
• Les procaryotes ou protistes inférieurs sont caractérisés par un faux "noyau" qui est
constitué par un chromosome unique et dépourvu de membrane nucléaire.
• Ce groupe comprend les bactéries, les cyanobactéries (algues bleu-vert), les

archébactéries.
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Introduction
 Les "eucaryotes“ ou protistes supérieurs
Les micro-organismes de ce groupe possèdent un vrai noyau
entouré par une membrane, de nombreux chromosomes, des
appareils cellulaires.
Les champignons, les algues microscopiques, les moisissures et
les levures appartiennent à ce groupe.
 Les microorganismes non-cellulaires

Ce sont des microbes dépourvus de structure cellulaire classique.
Les virus appartiennent à ce groupe.
Introduction
Comparaison entre eucaryote et procaryote
Propriétés Eucaryotes Procaryotes
Présence de chromosomes Plusieurs Un
Paroi celllulaire Simple sans peptidoglycane Complexe avec
peptidoglycane
Différentiation Tissus et organes Rudimentaire
Type de noyau Vrai noyau Nucleoïde
Appareil de Golgi Present Absent
Lysosomes Present Absent
Materiel de synthèse Présent Présent

(ARN, ribosomes …) 9
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Introduction
Taille des microorganismes
Microbe Taille Type de cellule
Virus 0,01-0,25µm Acellulaire
Bactérie 0,1-10µm Procaryote
Champignon 2µm->1m Eucaryote
Protozoaire 2-1000µm Eucaryote
Algue 1µm-+rsm Eucaryote

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Introduction
Classification actuelle
 Elles reposent sur des techniques d’analyses phylogénétiques. Parmi le matériel des êtres vivants,
l’ARN ribosomal (ARNr) est le plus stable. Son analyse a permis à Woese CR de classer tous les
organismes vivants en 3 Domaines ou Empires qui se seraient séparés depuis plus de 2 milliards
d’années:
le domaine des Bacteria ou Eubacteria (Bactéries)
le domaine des Archaea ou Archaebacteria (Archeabactéries)
le domaine des Eucarya (Eucaryotes)
 Les procaryotes se répartissent dans les domaines des Bacteria et Archaea.
 La différence principale entre Bacteria et Archaea est la présence d’acide muramique dans la paroi chez
les Bacteria lorsqu’elle existe et son absence totale chez les Archaea. 12
Intérêt de la microbiologie
 La microbiologie a mis en évidence le rôle bénéfique de la plupart des
microorganismes pour les Hommes, les animaux et les végétaux.
 L’ensemble des microorganismes d’un écosystème (biocénose) interviennent
dans la biosynthèse et la décomposition (cycles biogéochimiques)
 Les éléments simples, intervenant dans la constitution de tous les êtres vivants
n’existent à la surface de la terre qu’en quantité limitée. Ils sont recyclés à partir
des organismes morts.
 Les micro-organismes jouent un rôle vital dans ce processus de recyclage à
travers le cycle du carbone, de l’azote, du soufre, le cycle du phosphore, le
cycle du fer
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 les microbes jouent un rôle clé dans la biodégradation, la restauration
environnementale, la digestion, l’étiologie et le contrôle des maladies et la
biotechnologie.
 Grâce à leur polyvalence, les microbes peuvent être mis en œuvre de plusieurs
façons:
 production des médicaments, des biocarburants, production et transformation des
aliments et des boissons.
Médecine
 Diagnostic et traitement des maladies infectieuses : mise au point des techniques
d'isolement et d'identification sur milieu de culture solide
 Vaccins alimentaires
 Thérapie de cancers 14
Industrie (biotechnologie)
 Production de médicaments (Antibiotiques, Insuline)
 Utilisation de bactéries et des virus comme vecteurs de gènes (recherche,

thérapeutique)
 Fermentation (fromage, vin…)
 Production d’acides aminés, d’enzyme, de polysaccharides
 Production d’éthanol, de méthane … 15

Environnement
 Epuration de l’eau
 Biorémédiation : décontamination des polluants environnementaux par les

microorganismes
 Bioinsecticides (Bacillus thuringiensis)
« Dans la nature, le rôle de l’infinement petit est infinement grand » Louis Pasteur
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GENERALITES SUR LES MICROORGANISMES
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A. LES BACTERIES
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Structure de la cellule bactérienne
• Une bactérie : c’est un microorganisme unicellulaire sans noyau

différencié (organisme procaryote) mais dont le génome est constitué d’ADN
bicaténaire et sans mitochondrie.
• Elle possède généralement une paroi rigide en peptidoglycane.
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Méthode d'étude
 Compte tenu de leur taille (de l'ordre du micron), les bactéries sont visualisées au
microscope optique sans coloration (état frais) ou après coloration.
 Diverses techniques de coloration existent, mettant en évidence des affinités
tinctoriales différentes telles:
La coloration de Gram, très utilisée en pratique courante,
l'imprégnation argentique pour révéler les spirochètes ou
le Ziehl-Nelsen pour révéler le caractère acido-alcoolo-résistant de certains
bacilles (BAAR ou mycobactéries):
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Morphologie bactérienne
Arrondi (cocci)
Bâtonnet (Bacille)
Virgule (vibrion)
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Hélice ou hélicoïdale Coccobacille
Groupement
(a) paires (diplocoques)
(b) chaînettes (streptocoques)
(c) groupe de 4 (tétrades)
(d) groupe de 8 (sarcines)
(e) grappes (staphylocoques)
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23
La paroi :
 C’est l’armature principale de la bactérie. c’est un véritable exosquelette.
 Elle assure :
L’aspect caractéristique de la bactérie : formes arrondies, allongées…
La rigidité de cette bactérie.
Grâce à la structure chimique de la paroi on a pu distinguer, selon la coloration
de Gram, les bactéries à Gram+ par rapport aux bactéries à Gram- .
• Cible des bêtalactamines, glycopeptides, fosfomycine
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La membrane cytoplasmique
 Elle est composée des lipides et des glycoprotéines, présentant un aspect
trilamellaire en microscope électronique. Elle joue un triple rôle :
Métabolique et de barrière osmotique.
Respiratoire (par la présence de certains enzymes : cytochromes, phosphatases,
hydrolases)
Transporteur (de substances à l’intérieur de la bactérie.)
 Cette membrane est la cible de certains facteurs qui inhibent les rôles d’échanges,
de transport et de l’énergie d’où la mort de la bactérie. Il s’agit de certains
antiseptiques et antibiotiques: polymyxine, colistine
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Cytoplasme :
• C’est un hydrogel colloïdal sans organites différentielles :
absence de mitochondries, d’appareil de golgi, de réticulum endoplasmique et
de centrosome ;
• riche en ribosomes constitués de protéines et ARN.
• Toute action bloquant la synthèse des protéines va inhiber la croissance
bactérienne.
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L’appareil nucléaire :
• C’est l’élément génétique essentiel de la bactérie, non limité par une enveloppe
nucléaire, il est intra cytoplasmique, formé d’un seul chromosome en disposition
circulaire.
• d’un plasmide: matériel génétique extrachromosomique,
• constitué de brins circulaires d’ADN bicaténaire. Il a une réplication autonome
et contient des gènes supplémentaires
• Cet appareil est la cible des produits qui inhibent la croissance bactérienne.
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Eléments facultatifs
Les flagelles : C’est un appendice filamenteux qui assure à la
bactérie son déplacement. Leur nombre est variable (entre 1 et 30
par bactérie). La disposition des flagelles permet de distinguer 4
types:
Insertion polaire
Monotriche (a) Amphitriche (b) Lophotriche (c)
Insertion péritriche
Péritriche (d)
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• La capsule
• Chez certaines bactéries la paroi est recouverte par une enveloppe de nature
gélatineuse appelée capsule ou glycocalyx, la synthèse de la capsule est
influencée par des facteurs génétiques et environnementaux.
• La capsule est responsable du pouvoir pathogène de la bactérie .
• Elle a un triple rôle :
Rôle antigénique
Un facteur de virulence (pouvoir pathogène)
Un intérêt diagnostique
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Spore:
 C’est une forme de résistance de certaines bactéries vis-à-vis des conditions
défavorables du milieu de la vie.
 Elle est très résistante à la chaleur, au froid, aux fortes pressions et aux agents
chimiques.
 Par germination donne une bactérie dans les conditions favorables.
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Taxonomie ou systématique bactérienne
Définitions
 Taxonomie : science de la classification, de l’identification et de la
nomenclature des êtres vivants. Dérive du grec taxi = disposition en ordre et de
nomos = gouverner. La taxonomie a pour but de regrouper des individus en
groupes taxonomiques ou taxons, selon leur ressemblance et leurs propriétés.
Classification : ordonne les organismes en groupes ou taxons et définit les
relations existant entre eux.
Nomenclature : ensemble des règles permettant de nommer un individu
identifié.
Identification : actes et résultats permettant de placer un individu dans un taxon
Taxonomie bactérienne
 La taxonomie est essentielle pour l'identification et la nomenclature des souches
bactériennes que l'on isole chez les malades ou dans leur environnement
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Nomenclature et taxonomie bactérienne
 Plusieurs méthodes taxonomiques ont été utilisées auparavant pour classer les bactéries.
 Les règles qu'on applique sont celles édictées par Linné en 1753 pour classer les végétaux;
elles sont également utilisées par les zoologistes pour classer les animaux.
 Les échelons hiérarchiques sont: Règne, Embranchement, Classe, Ordre, Famille, Genre et
Espèce.
 L’espèce est l’unité fondamentale de la classification.
 Elle regroupe les organismes qui possèdent de nombreux caractères communs.
 Cependant à l’intérieur d’une même espèce, il est possible de distinguer des souches et des
clones:
 Une souche est la sous-division d’une espèce.
 Un clone est une population descendant d’une même souche.
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 Les noms des bactéries sont désignés par deux noms latins:
 le nom de genre, écrit avec une majuscule, est suivi du nom d’espèce, écrit en
minuscule. L’ensemble du nom est écrit en italique
 Exemple: Escherichia coli
Genre Espèce
 Les bactéries peuvent être classées selon leurs caractères:

• biochimiques (classification en biotypes ou biovars)
• antigéniques (classification en sérotypes ou sérovars)
• pathogéniques (classification en pathotypes ou pathovars)
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• enzymatiques (classification en zymotypes ou zymovars)
• de sensibilité aux antibiotiques (classification en antibiotypes)
• de sensibilité aux bactériophages (classification en lysotypes ou lysovars)
 Les bactéries peuvent aussi être classées selon:
• la coloration de Gram
• la morphologie, la mobilité et la capacité à sporuler,
• la température de croissance
• les besoins nutritionnels
• le mode respiratoire
• la capacité de photosynthèse
• l’utilisation des différentes sources de carbone ou d’azote
• Le GC% du génome
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C. LES CHAMPIGNONS
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Les champignons
Objectifs
 Définir un champignon
 Décrire l’organisation cellulaire des champignons
 Connaitre les champignons d’intérêt médical
 Connaître les facteurs favorisant les mycoses
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Les champignons
Définition
 Champignons microscopiques: organismes nucléés, eucaryotes, dépourvus de
chlorophylle ne comportent ni feuilles, ni tiges, ni racines et possédant une paroi
rigide, constituée, entre autres, de chitine et de glucane.
 Ils se développent sous forme filament ou levure et dépendent de la fourniture
carbone du milieu extérieur ou de l’hôte.
 Selon la classification de Wittaker, les champignons sont affiliés aux végétaux,
animaux et aux protistes.
 Environ 150 000 espèces de champignons microscopiques, plus de 3 700 genres
(nombreuses espèces découvertes chaque année) sont répertoriés dont près de
450 espèces éventuellement pathogènes pour l'homme.
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Les champignons
Habitat
 Les champignons microscopiques font partie intégrante de notre cadre de vie. On les
rencontre dans:
 l'air (Cladosporium, Rhodotorula), le sol, l'eau, à la surface des végétaux et des animaux.
Utilisations
 Ils interviennent dans la fabrication des aliments : la levure de boulangerie ou levure de bière
Saccharomyces cerevisiae, raffinage des fromages, Penicillium roquefortii et P. camembertii
en fromagerie, certains Mucors pour la fabrication de produits fermentés asiatiques ;
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Les champignons
Utilisations
 mais sont impliqués dans:
 la détérioration des aliments : Penicillium italicum sur les citrons, Mucorales sur les tomates ou
le pain,
 Botrytys sur le raisin, l'apex des courgettes et sur le chou ;
 La rouille sur le rebord des fenêtres en bois (Aureobasidium, Alternaria, Chaetomium), sur les
confitures (Penicillium, Aspergillus).
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Utilisations des moisissures et des levures
40
Les champignons
Morphologie et structure cellulaire des champignons microscopiques
 L’organisation cellulaire des champignons est appelée le thalle.
 Chez les champignons microscopiques, le thalle peut être unicellulaire (levures),
ou filamenteux (moisissures).
 Certaines levures sont toutefois capables de former des structures filamenteuses
(pseudomycélium) dans certaines conditions.
 Les levures ont une taille généralement comprise entre 10 et 50 μm. Leur forme
peut être sphérique, ovoïde, allongée, cylindrique…
 Leur thalle est dit lévuriforme.
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Les champignons
Nutrition:
Ils se nourrissent par absorption transmembranaire. Ils sont en général saprophytes
ou commensaux mais peuvent devenir parasites sous différentes conditions. C’est
le passage de la forme saprophyte à la forme parasite (opportunisme) qui génère la
pathogénicité d’un champignon
La mycologie médicale

étudie les champignons microscopiques susceptibles de provoquer chez l’homme
l’installation d’un état pathogène.
Les mycoses
sont des lésions provoquées chez l’homme par des champignons microscopiques.
42
Les champignons
Selon le classement de mycologie médicale on distingue:
 les champignons filamenteux: Aspergillus, Cladosporium
 les champignons levuriformes (levures): Candida, Cryptococcus
 les champignons dimorphiques: Histoplasma
champignons
levuriformes
champignons champignons
filamenteux dimorphiques 43
Les champignons
Pouvoir pathogène
 Les champignons peuvent être responsables chez l’Homme de pathologies
immuno-allergiques liées à un état d’hypersensibilité (alvéolites extrinsèques,
asthme, etc.) ;
 d’infections résultant du parasitisme, mycoses superficielles ou profondes le plus
souvent opportunistes.
 On incrimine aujourd’hui plus de 400 espèces fongiques impliquées dans un
processus pathologique chez l’Homme et ce nombre continue d’augmenter.
44
Les champignons
Caractéristiques cliniques des mycoses
Les mycoses se distinguent par :

 une évolution lente, d’allure chronique ou subaiguë, pouvant durer plusieurs semaines à
plusieurs mois ;
 une absence de fièvre (sauf en cas de septicémie ou de colonisation d’organes profonds) ;
 une absence de douleurs (sauf localisations nerveuses) ;
 un prurit, pour la majorité des atteintes cutanées ;
 une sensation inconstante de brûlure en localisation
Localisation des mycoses

 superficielles : peau, phanères, muqueuses et tube digestif ;
 profondes : viscérales, ostéo-articulaires, septicémiques
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Les champignons
Les aspergilloses sont:
 des mycoses localisées ou généralisées dues aux champignons filamenteux.
 des affections opportunistes allergiques ou infectieuses fréquentes.
Agents pathogènes
 Le genre Aspergillus
 Ces champignons microscopiques, saprophytes
 Spores, très volatiles,
 La principale voie de dissémination des spores d’Aspergillus est aérienne.
Clinique
 Les aspergilloses sont des maladies cosmopolites, à localisation essentiellement
respiratoire (Aspergilloses pulmonaires). On peut rencontrer également :
 Aspergillose sinusienne
 Otite aspergillaire
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Les champignons
Les candidoses
 Les candidoses sont des mycoses cosmopolites provoquées par des champignons
levuriformes (levures) commensaux appartenant au genre Candida. L'espèce la
plus courante est Candida albicans.
 Agent pathogène: Les levures du genre Candida mesurent 2 à 15 μm et se

multiplient par bourgeonnement.
 Les aspects cliniques: sont nombreux et de gravité variable.
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Les champignons
Sources de contamination
• En raison de leur caractère cosmopolite, la contamination par les champignons se
fait par les différentes sources d’habitation :
• air, eau (spores d’Aspergillus), sol (champignons géophiles Microsporum
gypseum),
• animaux (chats, rongeurs: Microsporum canis), pigeons (Cryptococcus
neoformans), chauve-souris (Histoplasma capsulatum),
• aliments (Zygomycètes, Aspergillus), homme (auto-infection; champignons
commensaux anthropophiles Candida albicans)
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Les champignons
Facteurs favorisants
 Altération de la barrière cutanée, macération, hypersudation,
 Rupture de la barrière cutanée
 Blessures, brûlures (Mycétome) : Chromomycose (dermatose verruqueuse due aux
champignons : Fonsecae pedrosoi, Cladophialophora carionii),
 Tabagisme, mucoviscidose, âge extrême, diabétique, altération des PNN (hémopathies,
transplantation)
 Altération de l’immunité cellulaire (VIH), chimiothérapie, radiothérapie, corticoïdes,
immunosuppresseurs, chirurgie (digestive), prothèse dentaire, cathéters, alimentation
parentérale,
 ATB
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Les champignons
Muguet
Onychomycose Chromoblastomycose
50
B. LES VIRUS
51
Les virus
Définition
 Le mot virus est issu du latin virus, qui signifie « poison».
 Les virus sont des agents biologiques et infectieux de très petite taille, parasites obligatoires
des cellules.
 Libres à l’extérieur d’une cellule, ils sont inertes et ont une structure propre appelée virion (ou
particule virale).
Virus des animaux et végétaux

Structure des virions
 Les particules virales ou virions ont une structure caractéristique dont le rôle est la protection
du génome viral durant la phase extracellulaire du cycle viral et la reconnaissance des cellules
permettant la multiplication du virus.
52
Les virus
 De composition simple, ces particules doivent s’auto-assembler avant de sortir de
la cellule parasitée.
 La plupart des constituants d’un virion sont produits par les gènes viraux, mais
une partie peut être également empruntée à la cellule hôte.
 On identifie classiquement plusieurs éléments dans un virion : le génome, une

structure protéique le protégeant, la capside (ou capsa qui signifie boîte) et pour
certains virus une enveloppe (ou péplos)
53
Les virus
54
Conséquences de la multiplication virale
Multiplication des virus dans la cellule
 Du fait de leur simplicité structurale les virus sont incapables de se multiplier par
eux-mêmes.
 Leur multiplication implique donc après introduction du génome viral dans une
cellule sensible, le détournement à son profit de la machinerie d’une cellule
permissive, selon un procédé de biosynthèse que l'on appelle réplication.
Conditions nécessaires à la multiplication des virus:
 Deux notions essentielles sont nécessaires:
La sensibilité d’une cellule à l’infection virale : c’est sa capacité à être infectée
par le virus, ce qui va essentiellement dépendre de l’expression à la surface
cellulaire de récepteurs (et parfois de corécepteurs) autorisant l’attachement et la
pénétration du virus dans la cellule.
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Multiplication des virus dans la cellule
 La permissivité d’une cellule à l’infection virale : c’est sa capacité à autoriser
un cycle viral complet (et notamment la réplication du génome viral), aboutissant
à la formation par la cellule de nouvelles particules virales.
 Ces deux notions sont indépendantes : toute cellule sensible n’est pas permissive,
et toute cellule permissive n’est pas forcément sensible.
 . Le schéma général de la multiplication est le suivant :

La fixation du virion aux récepteurs de surface de la cellule hôte
La pénétration de ce virus à l’intérieur de la cellule hôte
La décapsidation se fait à l’intérieur de la cellule pour libérer l’acide nucléique qui va se
répliquer
56
Les virus
Multiplication des virus
La synthèse des protéines virales

Encapsulation et maturation des nouveaux virions
A la fin il y a libération de nouvelles particules virales qui peut se faire de deux façons:
Soit par lyse cellulaire (exemple : poliovirus)
Soit par bourgeonnent ; la cellule ne lyse pas et elle est prête à une nouvelle infection. C’est
le cas de HIV ou Myxovirus (Grippe)
 C’est lors du bourgeonnement que les virus à enveloppe reçoivent leur enveloppe
qui est une bicouche lipidique cellulaire hérissée de spicules glycoprotéiques.
 Une cellule produit de l’ordre de 100 à 1000 virus.
57
Les virus
58
Conséquences de la
multiplication virale
59
 Trois conséquences sont possibles :

Mort de la cellule
 La mort cellulaire intervient si les synthèses cellulaires ont été gravement perturbées par les
virus : c’est l’infection lytique.
 C’est ce que donnent la plupart des virus humains dans les cellules permissives
 Lors de l’infection lytique, l’accumulation dans la cellule infectée de matériel viral désorganise
les structures et les fonctions cellulaires.
 La cellule infectée meurt, soit par nécrose, soit par apoptose.
 Tout le problème est de savoir si ces cellules peuvent être remplacées par d’autres cellules au
sein de l’organisme.
 Ainsi, au cours des infections par poliovirus, la destruction des neurones de la corne antérieure
de la moelle donne des paralysies définitives, car un neurone détruit n’est pas remplacé. En
revanche, si ce sont les cellules gliales qui sont détruites, les paralysies peuvent régresser.
60
Tolérance de l’infection
 Deuxième éventualité : la cellule tolère l’infection. Le génome viral et le génome
cellulaire se partagent le potentiel de synthèse de la cellule et les deux
métabolismes, cellulaire et viral, coexistent, selon un « compromis » acceptable.
 L'infection latente induite par certains virus (notamment ceux de la famille des
herpèsvirus) est un bon exemple de ce modus vivendi
Transformation cellulaire maligne

 Troisième éventualité, la cellule se multiplie de façon anarchique : c’est la
transformation cellulaire maligne, la cellule infectée acquiert des caractères
généralement attribués aux cellules cancéreuses
61
 Cinq catégories de virus sont liées à un cancer :
L’HTLV-1 humain (human T lymphotrope virus type 1) qui est un rétrovirus
responsable de leucémies et sarcomes à lymphocyte T de l’adulte dans des
zones géographiques particulières (Caraïbe, Japon, Afrique).
Le virus de l’hépatite B ou HBV, responsable du cancer primitif du foie,
endémique dans la zone intertropicale. Le virus de l’hépatite C ou HCV participe
également à l’étiologie du cancer primitif du foie.
Les HPV-16, 18 et 31, virus des papillomes humains associés au cancer du col
utérin.
Le virus Epstein-Barr ou EBV, associé notamment au lymphome africain de
Burkitt, au carcinome nasopharyngé des Chinois de la région de Canton, aux
lymphomes des sujets immunodéprimés.
Le 8e herpèsvirus humain ou HHV-8 associé à la maladie de Kaposi et au
lymphome diffus des séreuses. 62
Autres virus et agents infra-viraux
Bactériophage: les virus des bactéries et des archées
 Les virus des bactéries ou bactériophages ont été un outil essentiel pour l’étude
des bactéries,
 la compréhension de la biologie virale et le développement des connaissances en
génétique et en biologie moléculaire
 Les virus des bactéries et des archées ont été proposés pour la lutte contre les
infections bactériennes (phagothérapie) et peuvent être utilisés pour typer
certaines espèces de bactéries (lysotypie).
 Leur diversité est très importante et de nombreux virus ne sont pas classés parmi
les familles définies.
63
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Les virus endogènes et rétrotransposons
 Les rétrovirus endogènes (chez l’humain, HERV pour Human Endogenous
Retrovirus) sont des séquences nucléotidiques présentes dans le génome de
l’homme et des animaux qui résultent de l’intégration des génomes rétroviraux.
 Il s’agit en quelque sorte de cicatrices d’infections virales anciennes survenues
tout au long de l’évolution des êtres vivants
 Leurs rôles éventuels restent à préciser.
 Les séquences d’origine virale représentent plus de 10% du génome humain.
Les satellites
 Les satellites sont des agents incapables de se multiplier seuls dans une cellule.
 Leur réplication complète nécessite l’aide d’enzymes ou de protéines provenant
d’un virus auxiliaire (helper). Il s’agit donc d’un parasitisme de deuxième niveau.
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Les viroïdes
 Les viroïdes sont des agents infectieux connus seulement chez les plantes et sont
composés simplement d’un petit ARN simple brin circulaire de moins de 400 nt.
Les agents transmissibles non conventionnelle (ATNC)
 Les agents transmissibles non conventionnels (ATNC) sont des agents constitués
uniquement d’une protéine de conformation anormale appelée prion (protéine
résistante aux protéases).
 Ces agents sont responsables d’encéphalopathies telles que:
 l’encéphalopathie spongiformes subaiguës transmissibles (ESST) chez les
vertébrés et sont retrouvés également chez la levure
 Ils sont transmis par un agent infectieux protéique: accumulation d’une isoforme
pathologique (PrPSc) d’une protéine normale (PrP).
66
Les agents transmissibles non conventionnelle (ATNC)
 Ils sont responsables de :

Maladie de Creutzfeldt-Jakob (MCJ), syndrome de Gerstmann-
Sträussler-Scheinker, insomnie familiale fatale.
Scrapie ou tremblante du mouton; encéphalopathie spongiforme bovine
(ESB: vache folle) avec épidémie en 1986 UK→ passage à l’homme
évoqué en 1996
67
PHYSIOLOGIE ET
CROISSANCE BACTÉRIENNE
68
Croissance bactérienne
Objectifs
• Définir la croissance bactérienne.
• Expliquer les 4 conditions physico-chimiques de la croissance bactérienne.
• Illustrer les 4 principales relations de la croissance des bactéries vis-à-vis de

l’oxygène (types respiratoires).
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Définition
Physiologie bactérienne:
• biosynthèse et fonctionnement de la cellule bactérienne
Croissance bactérienne :
• accroissement ordonné et coordonné de la bactérie jusqu’à une dimension limite
qui conduit normalement à sa division par scission binaire.
• deux cellules bactériennes filles identiques sont issues de chaque bactérie mère.
• il en résulte une augmentation du nombre et de la masse des bactéries.
70
Conditions physico-chimiques
 Température : la température de croissance d’une bactérie est définie par 3 types
de température :
 optimale (taux maximal de croissance), minimale et maximale. Elles permettent
de distinguer les bactéries en:
cryophiles: optimum +4°C
psychrophiles: -15°C à 20°C (optimum 5-10°C)
mésophiles: 5°C à 45°C (optimum entre 30-37°C)
thermophiles: 25°C à 55°C (optimum 50°C)
 pH: le pH neutre ou légèrement alcalin (pH : 7,0-7,5) est préféré par la plupart des
bactéries pour leur croissance.
71
 Selon ce paramètre, on distingue:
bactéries neutrophiles se développent à pH compris entre 6 et 8 (exemple : Escherichia
coli),
bactéries alcalinophiles ou basophiles se développent à pH alcalin (>8) (exemple : les
vibrions).
bactéries acidophiles se développent à pH acide (<6) (exemple : Lactobacillus).
 Pression osmotique: les bactéries peuvent tolérer des variations de concentrations
ioniques, à l’exception des mycoplasmes.
 Les bactéries halophiles croissent à de très fortes concentrations de NaCl :0,2M (voire
5,2M, halophiles extrêmes).
 halotolérantes s’adaptent aux concentrations élevées de NaCl (Staphylococcus, Listeria).
 Non-halophiles ne se développent qu’à des taux de NaCl <0,2M (plupart des bactéries)
72
 Pression partielle d’oxygène
73
Culture bactérienne:
 La culture des bactéries est réalisée sur des milieux de culture.
 Ces milieux contiennent les substances nutritives indispensables à la croissance
bactérienne. Ils peuvent être:
• liquides, bouillon nutritif
• solides (milieu liquide + l’agar-agar).
Colonies
Trouble
croissance en milieu solide croissance en milieu liquide 74

VOIES DE PÉNÉTRATION DES MICROORGANISMES
75
Voies de pénétration des microorganismes
Définitions
 Infection :
 C’est le résultat de l’agression d’un organisme par une bactérie, un virus, un parasite ou un
champignon.
 Elle se traduit par des altérations anatomiques ou fonctionnelles, par des manifestations
cliniques et biologiques qui résultent du déséquilibre entre la virulence de l’agent pathogène et
les capacités de résistances de l’hôte.
 Infections nosocomiales :
infections contractées dans des établissements hospitaliers. Leur importance est croissante du
fait des progrès thérapeutiques et d’instrumentation invasive.
Exemple : les infections nosocomiales urinaires représentent plus de 40% des infections
nosocomiales.
 Infections communautaires :
infections contractées en dehors de l’hôpital ; cas des toxi-infections alimentaires collectives
76
(TIAC).
Différents modes de contamination
Le transport direct
 Le transport du germe à partir de la source contagieuse a lieu le plus souvent par
contact direct de personne à personne.
 la transmission directe peut être soit :
Aérienne : pour les infections respiratoires : la tuberculose, la grippe, la
rougeole, la varicelle, la pneumonie à pneumocoque.
Sexuelle : pour les infections sexuellement transmissibles : la syphilis, HIV,
hépatites virales B et C…
Manu portée : pour les agents des infections entériques: amibiases, typhoïde,
oxyuroses
77
Sanguine : le sang est susceptible de transmettre les hépatites virales B et C, le cytomégalovirus
(CMV), l’HIV, à l’occasion d’une transfusion sanguine, d’une blessure professionnelle ou lors
d’une injection parentérale souillée
 La transmission peut être aussi directe à partir d’un animal contagieux : voie cutanée
(rage)
La transmission indirecte : passe par un vecteur inerte ou animé ; il s’agit de :

L’eau et l’alimentation contaminée par des germes des infections entériques d’origine humaine :
l’hépatite virale A, la poliomyélite, les amibiases, le choléra, les salmonelloses,…
Le sol : ascaris, ankylostomes,…
Un arthropode : le paludisme (anophèle femelle), le typhus (poux), la fièvre jaune (moustique
aèdes),…
Transmission verticale de la mère-fœtus : la rubéole, la toxoplasmose, la syphilis, hépatites

78
virales B et C.
Différents modes de transmission
De parents à Transmission Ex:
leurs descendants transplacentaire
verticale
Transmission Transmission
directe Etre humain indirecte
contact direct contamination par

avec individu Transmission l’intermédiaire
ou animal horizontale d’objet infecté,
infecté aliment
contaminé,
contamination interhumaine 79
Différentes voies de transmission
Voie cutanée
Voie digestive Voie respiratoire
Etre humain
Voie sexuelle Voie transcutanée
80
POUVOIR PATHOGÈNE DES
MICROORGANISMES
81
Pouvoir pathogène des microorganismes
Objectifs:
 Définir le pouvoir pathogène (pathogénicité)
 Définir la toxinogénèse
 Décrire le mécanisme d’action des bactéries virulentes
82
Définition:
 Pouvoir pathogène ou pathogénicité: c’est la capacité d’une bactérie à provoquer une infection chez
son hôte.
 La virulence : désigne le degré de pathogénicité d’un micro-organisme, c’est-à-dire son aptitude à se
développer dans un organisme hôte et d’y provoquer des troubles morbides (maladie). La virulence
dépend de deux facteurs : le potentiel d’agression des microbes et les moyens de défense de l’hôte.
 La virulence d'un micro-organisme est exprimée par:
Dose létale (DL50): c'est la quantité de micro-organismes qui tue 50% des animaux inoculés dans un
intervalle de temps déterminé.
Dose minimale infectieuse (Dmi): plus petite quantité de bactéries vivantes capable de produire une
maladie infectieuse chez un hôte dans les conditions normales. Plus la Dmi est faible, plus la bactérie est
virulente pour l’hôte correspondant
83
Mécanismes d’action des bactéries pathogènes.
 Deux groupes de propriétés sont impliquées dans la pathogénicité d'un micro-organisme: le pouvoir de
colonisation et de multiplication (virulence) et le pouvoir toxinogène (capacité de produire des
substances toxiques).
 Certaines bactéries sont pathogènes uniquement par leur pouvoir toxinogène. Chez d'autres, le pouvoir
de colonisation et de multiplication joue un rôle synergique, voire même déterminant dans la
pathogénicité
La toxinogénèse
 C’est la production des toxines qui sont des substances protéiques simples ou complexes (protéines +
lipides et/ou glucides)
 élaborées par les bactéries et capables de provoquer à des doses très faibles, la mort d’un organisme
vivant (homme, animal, végétal) ou
 d’induire des désordres pathologiques réversibles ou irréversibles au niveau dudit organisme.
 Classiquement, les toxines bactériennes sont regroupées en exotoxines et en endotoxines
(lipopolysacharides).
84
85
La multiplication bactérienne
Adhérence aux muqueuses (colonisation)
 L’adhésion des bactéries à la surface des cellules ou des biomatériaux (cathéters,
prothèses cardiaques et osseuses,…) leur permet de mieux résister aux mécanismes
naturels de défense de l’hôte ou de provoquer des infections chroniques, souvent très
graves et difficiles à traiter.
 L’adhésion bactérienne à la surface des muqueuses fait intervenir des facteurs bactériens
de surface appelés adhésines qui interagissent avec des récepteurs cellulaires de l’hôte
pour assurer cette colonisation.
 Les adhésines bactériennes peuvent être des fimbriae, des adhésines non fimbriales, le
glycocalyx, etc.
 Certaines infections se limitent à la seule colonisation du territoire initial (infections des
muqueuses de l’arbre urinaire).
 Par contre, d’autres bactéries vont envahir les muqueuses et progresser dans le processus
infectieux. 86
La multiplication bactérienne :
Invasion et établissement intracellulaire
 Cette phase est sous le contrôle de composants bactériens et cellulaires
 Formation des niches protégés dans les cellules épithéliales ou endothéliales des
vaisseaux sanguins: persistance et multiplication
 internalisation active par les phagocytes professionnels comme les macrophages,
en utilisant différents mécanismes.
 Ces bactéries devront bénéficier d'autres propriétés qui leur permettront de
survivre à l'activité bactéricide de ces cellules phagocytaires
 La pénétration, la multiplication et la mobilité des bactéries à l'intérieur de la
cellule eucaryote nécessite la coopération à la fois de facteurs bactériens et de
facteurs de la cellule hôte (par exemple, des éléments du cytosquelette).
87
 Les Shigella et Listeria disposent d’actine pour se déplacer dans la cellule et pour
passer d’une cellule à l’autre (rocket motility).
 Le fait de pouvoir survivre ou se multiplier à l'intérieur des phagocytes professionnels
peut parfois contribuer à assurer la dissémination des bactéries dans l'hôte
Dissémination dans l’organisme et Agression bactérienne

 Les bactéries vont se multiplier, résister aux défenses de l’hôte et créer des lésions
tissulaires. Cependant, la multiplication bactérienne est plus lente in vivo qu’in vitro.
Exemple : Salmonella Typhi se divise chaque 8h in vivo contre 20mn in vitro.
 Pour assurer sa dissémination, la bactérie doit surmonter la phagocytose et résister au
pouvoir bactéricide du sérum. Toutefois, dans certaines circonstances, les phagocytes
servent de véhicule pour la dissémination de la bactérie chez l’hôte.
 Les lésions tissulaires créées chez l’hôte sont dues aux toxines et diverses enzymes
élaborées par les bactéries et à la réaction inflammatoire produite par l’hôte
88
89
Germes pathogènes courant
90
Coques
Noms Morphologies Pathologies

Staphylococcus aureus Cocci à Gram +, en tétrade ou Abcès( furoncle, panaris…);
(staphylocoque doré) en amas septicémies; otites, sinusites,
conjonctivites
intoxication alimentaire
Streptococcus pneumoniae Cocci à Gram +, encapsulé et Infection respiratoire ou
(pneumocoque) en diplocoque lancéolés ORL(bronchites, trachéobronchites,
sinusites, otites), méningites
Neisseria meningitidis Cocci à Gram - Méningite; rhino-pharyngite
(Méningocoque) en diplocoque grains de café contagieuse;
Neisseria gonorrhoeae Cocci à Gram -, en diplocoque Infection génito-urinaire

(Gonocoque) réniforme (Blennorragies gonococciques)
91
Bacilles
Noms Morphologie Pathologies
Bacille à Gram Infection urinaire, méningites; gastro-entérites
Escherichia coli
négatif (BGN)
BGN Gastro-entérite , bactériémie ou septicémie , fièvre typhoïde et
Salmonella spp paratyphoïde; des toxi-infections alimentaires collectives
BGN Dysenterie bacillaire (shigellose)

Shigélla spp
BGN Infection urinaire; infections invasives (pneumonies destructives)

Klebsiella spp
BGN Infection cutanée; oculaire, auriculaire, broncho-pulmonaire,

Pseudonomas urinaire; septicémie et une méningite
BGN Infections du tractus urinaire, pneumonies, bactériémies,

Acinétobacter méningites secondaire
92
Bacilles
Nom Morphologie Pathologies
Haemophilus Bacille à Gram négatif Rhinopharyngites (sinusites et
influenzae (BGN) otites), méningite
Haemophilus ducreyi Bacille à Gram négatif Chancre mou
(BGN)
vibrions
V. cholerae Bacille à Gram négatif Choléra: diarrhées abondantes
incurvé (selles peu denses, aqueuses et
mêlées à du mucus « eau de
riz»
93
Bacilles: spirochètes

Treponema pallidum Spirale Syphilis
Treponema pertenue Spirale Pian
Helicobacter pylori Spirale Ulcère gastro-duodénal
94
Bacilles

Mycobaterium BAAR (Bacilles Tuberculose
tuberculosis acido-alcoolo
résistants)
Complexe (M. avium et BAAR maladies affectant le squelette,
M. intracellulare) les ganglions lymphatiques, la
peau et les tissus mous ainsi que
les systèmes respiratoire,
gastro-intestinal et génito-
urinaire
95
Virus
VIH 1 et 2 Retrovirus: ARN Syndrome

simple brin, d’immuno-
capside déficience acquise
icosaédrique
transcriptase
HTLV 1-2 inverse; leucémies et
enveloppé, sarcomes à
lymphocyte T
96
Virus

VHA ARN simple brin, capside Hépatite A (aigue;
icosaédrique non enveloppé, fulminante)
diamètre 20-30nm.
VHB virus enveloppé, capside Hépatite B (aigue
icosaédrique, ADN ;chronique) cancer
partiellement double brin de foie
VHC virus à ARN, simple brin, Hépatite
enveloppé, capside Chronique, cancer
icosaédrique de foie
97
Virus
Ebolavirus Virus à ARN simple brin, Ebola
capside hélicoïdale
Dengue ARN simple brin, enveloppé, Dengue
icosaédrique
Papillomavirus ADN double brin, non Verrues, cancer
16, 18, 31 enveloppé, icosaédrique col de l’utérus
Coronavirus ARN simple brin, enveloppé, SRAS
hélice
Rotavirus ARN double brin, capside Gastro-entérite
icosaédrique, non enveloppé, aiguë
diamètre 50-65nm
98
Champignons

Candida albicans Forme ovale de 2-4µm Candidoses des
+/-bourgeonnement; de muqueuses et de la
pseudomycélium ou de peau( buccal; digestif,
mycélium génital) candidose
profonde( organe entier
touché, septicémie)
Aspergillus Forme filamenteuse Aspergillose
Crytococcus levures capsulées +/- Cryptococcose

neoformans bourgeonnantes
99
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ATTENTION
BONNE CONTINUATION!
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Microbiologie Générale 2024

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Burkina Faso

 L’invention du microscope et la possibilité d’isoler et de faire croître les microorganismes ont

 Le domaine actuel d'application de la microbiologie est appelé BIOTECHNOLOGIE ou

Selon l’organisation cellulaire, on distingue trois groupes de microorganismes

• Ce groupe comprend les bactéries, les cyanobactéries (algues bleu-vert), les

 Les microorganismes non-cellulaires

Lysosomes Present Absent

Materiel de synthèse Présent Présent

Virus 0,01-0,25µm Acellulaire

Bactérie 0,1-10µm Procaryote

Champignon 2µm->1m Eucaryote

Protozoaire 2-1000µm Eucaryote

Algue 1µm-+rsm Eucaryote

 Les procaryotes se répartissent dans les domaines des Bacteria et Archaea.

 Utilisation de bactéries et des virus comme vecteurs de gènes (recherche,

 Fermentation (fromage, vin…)

 Production d’acides aminés, d’enzyme, de polysaccharides

 Production d’éthanol, de méthane … 15

 Biorémédiation : décontamination des polluants environnementaux par les

 Bioinsecticides (Bacillus thuringiensis)

• Une bactérie : c’est un microorganisme unicellulaire sans noyau

• Elle possède généralement une paroi rigide en peptidoglycane.

(a) paires (diplocoques)

(b) chaînettes (streptocoques)

(c) groupe de 4 (tétrades)

(d) groupe de 8 (sarcines)

(e) grappes (staphylocoques)

Monotriche (a) Amphitriche (b) Lophotriche (c)

 Les bactéries peuvent être classées selon leurs caractères:

La mycologie médicale

Les mycoses se distinguent par :

Localisation des mycoses

 Agent pathogène: Les levures du genre Candida mesurent 2 à 15 μm et se

 Les aspects cliniques: sont nombreux et de gravité variable.

Virus des animaux et végétaux

 On identifie classiquement plusieurs éléments dans un virion : le génome, une

 . Le schéma général de la multiplication est le suivant :

La synthèse des protéines virales

 Trois conséquences sont possibles :

Transformation cellulaire maligne

 Ils sont responsables de :

• Expliquer les 4 conditions physico-chimiques de la croissance bactérienne.

• Illustrer les 4 principales relations de la croissance des bactéries vis-à-vis de

croissance en milieu solide croissance en milieu liquide 74

La transmission indirecte : passe par un vecteur inerte ou animé ; il s’agit de :

Transmission verticale de la mère-fœtus : la rubéole, la toxoplasmose, la syphilis, hépatites

contact direct contamination par

Voie digestive Voie respiratoire

Voie sexuelle Voie transcutanée

 La virulence d'un micro-organisme est exprimée par:

Dissémination dans l’organisme et Agression bactérienne

Noms Morphologies Pathologies

Neisseria gonorrhoeae Cocci à Gram -, en diplocoque Infection génito-urinaire

BGN Dysenterie bacillaire (shigellose)

BGN Infection urinaire; infections invasives (pneumonies destructives)

BGN Infection cutanée; oculaire, auriculaire, broncho-pulmonaire,

BGN Infections du tractus urinaire, pneumonies, bactériémies,

Nom Morphologie Pathologies

Treponema pertenue Spirale Pian

Helicobacter pylori Spirale Ulcère gastro-duodénal

Nom Morphologie Pathologies

VIH 1 et 2 Retrovirus: ARN Syndrome

Nom Morphologie Pathologies