15/10/2023

MICROBIOLOGIE GÉNÉRALE CHAPITRE I

Plan

• Monde microbien
• Structure de la cellule procaryote
• Métabolisme et nutrition bactériens MONDE MICROBIEN
• Croissance bactérienne

1 2

Monde microbien Glossaire

Cellules Procaryotique
Organismes unicellulaires et certains organismes multicellulaires, caractérisée
par l’absence d’un vrai noyau délimité par une membrane à l'intérieur de la
cellule. ADN dispersé dans le cytoplasme, généralement sous forme de
- Historique molécule circulaire unique
- Génération spontanée (Archées et la plupart des Bactéries).
- Microorganismes et maladies Cellules Eucaryotiques
- Microorganismes et matière organique/inorganique. Organismes, unicellulaires ou multicellulaires, qui se caractérisent par la
- Diversité des microorganismes présence d'un noyau structuré contenant leur matériel génétique (ADN) et
- Domaine et rôle de la microbiologie généralement d'organites spécialisés (mitochondries, réticulum endoplasmique,
appareil de Golgi, lysosomes, et d'autres )
(animaux, plantes, champignons et protistes)
Fungi (champignons)
Groupe diversifié de microorganismes eucaryotiques qui s’étend depuis des
formes unicellulaires (levures) jusqu’aux moisissures et aux champignons,
multicellulaires
3 4

Génération spontanée (abiogenèse)

Ancienne hypothèse scientifique, à présent discréditée, proposant que les orga- Protistes
nismes vivants pouvaient naître spontanément à partir de matière non vivante Organismes regroupent la plupart des eucaryotes unicellulaires.
(inanimée). peuvent être autotrophes (capables de produire leur propre nourriture par
Génome photosynthèse) ou hétérotrophes (se nourrissant de matière organique)
Ensemble complet de l'information génétique d'un organisme, qu'il soit un être La reproduction des protistes peut se faire de manière asexuée (division cellulaire)
humain, un animal, une plante ou un micro-organisme.. ou sexuée (fusion de gamètes).
Ils ont des caractères de :
Microbiologie
- végétaux avec chloroplastes (protophyte), ou
Etude d’organismes habituellement trop petits pour être vus à l’œil nu
- d'animaux se nourrissent de proies (protozoaire)
(bactéries, virus, champignons microscopiques, archées et protozoaires); des
Et peuvent être endoparasite ou ectoparasite
techniques spéciales sont requises pour les isoler et les faire croître.
Microorganisme (microbe)
Organisme vivant de taille microscopique, généralement invisible à l'œil nu,
qui peut être unicellulaire (majorité) ou multicellulaire (minorité) et de tissus
cellulaires distincts.
5 6

1
 15/10/2023

Prions
sont des versions anormales d'une protéine normale qui existe naturellement dans
l'organisme. Lorsque ces protéines normales subissent une modification
conformationnelle (changement de forme tridimensionnelle), elles se transforment
en prions.
s'accumule et forme des dépôts à l'intérieur et à l'extérieur des cellules du cerveau,
qui causent des encéphalopathies spongiformes (neurodégénératives) la tremblante
qui touchent certaines espèces animales (bovins, ovins, caprins)
Les prions sont exceptionnellement résistants aux méthodes habituelles de
stérilisation, telles que la chaleur, les radiations ou les produits chimiques, ce qui
les rend difficiles à éliminer des instruments médicaux ou des matériaux
contaminés.
La variante de la maladie de Creutzfeldt-Jakob (vMCJ) chez les humains est
associée à la consommation de viande contaminée par la maladie de la vache folle.
Les maladies prion sont rares chez l'homme, mais elles sont graves et souvent
mortelles
Virus
Les virus sont des agents infectieux microscopiques (10 à 400 nm) nécessitant
une microscope électronique pour être visualisés.
sont non considérés comme des organismes vivants au sens traditionnel, car ils
ne possèdent pas de cellules ni de métabolisme indépendant.
Au lieu de cela, les virus sont constitués d'une petite quantité d'acide nucléique
(ADN ou ARN) entouré d'une coque de protéines.
Ils se reproduisent en infectant les cellules hôtes et en utilisant la machinerie
cellulaire de l'hôte pour se répliquer et produire de nouvelles particules
virales.Les virus infectent une grande variété d'organismes, y compris les
bactéries (bactériophages), les animaux, les plantes et même d'autres virus.
Ils sont responsables de nombreuses maladies infectieuses chez les humains,
les animaux et les plantes..
S'ils provoquent des maladies, les virus peuvent être considérés comme des
germes pathogènes..

7 8

Viroïdes
- agents infectieux (particule virale simple) infectent uniquement l'intérieur
des cellules des plantes composés d’un ARN monocaténaire circulaire
sans capside ni enveloppe, qu'on différencie des virus acapsidés par sa Virusoïdes
séquence nucléotidique qui ne code aucune protéine (pas de gènes). Entités infectieuses des plantes et sont plus petites que les viroïdes.
- appartient au règne des virus car il se fait répliquer en infectant une cellule Ils sont composés d'ARN (acide ribonucléique) circulaire, non codant, tout
hôte, tout en ayant des effets pathogènes comparables à ceux des virus comme les viroïdes
codant des protéines. et incapables de se répliquer sans l’aide de virus (assistant) spécifiques qui
- plus petites que les virus (environ 50 nm de long) infectent la cellule hôte.
- contient très peu de nucléotides (250 à 400), leur génome s’organise en
bâtonnet (70% apparié)

9 10

Le monde microbien

I- Historique
Microbiologie : sous-discipline de la biologie basée sur l'étude des
microorganismes de taille microscopique, invisibles à l’œil nu, et des relations
avec leur environnement et on cite :
- Procaryotes (noyau primitif ou nucléoïde) :
- Archéobactéries : sont les premières à coloniser les roches nues car
elles survivent avec le minimum de ressources (méthanogènes, halophiles et
thermoacidophiles)
- Eubactéries ( vraie-bactérie) sont les plus proches des bactéries actuelles
(bactéries contemporaines, bactérie mycoplasmes et cyanobactéries)
- Eucaryotes (vrai noyau) :
- protozoaires, (plasmodium : paludisme ou malaria)
- algues microscopiques,
- champignons microscopiques
- Acaryotes (sans noyau : virus)
Cependant, certains microorganismes eucaryotes, sont visibles sans microscope,
(moisissures du pain, algues filamenteuses).
11 12

2
 15/10/2023

Les microorganismes sont différents et leur classification a toujours été un défi

pour les taxinomistes (soit comme plantes soit comme animaux) :
- Mobiles comme les animaux,
- Photosynthétiques comme les végétaux.
- Composés de cellules : procaryotes ou eucaryotes

13 14

La plupart des microbiologistes pensent que les organismes devraient être

divisés en trois domaines :
1- Bacteria (Bactéries vraies ou eubactéries)
2- Archaea (Archées)
3- Eucarya (Eucaryotes) (figure 2)

15 16
Figure .2 L'arbre phylogénique universel.

1- Bactéries (Bacteria ) :
Organismes unicellulaires dont la plupart ont des parois contenant le peptidoglycane.
Bien que :
- Grande majorité des bactéries aient une structure procaryotique typique
caractérisée par faux noyaux,
- Quelques espèces du planctomycètes ont un vrai noyau.
Les bactéries :
- sont abondantes dans le sol, l’eau et l’air et sont également les principaux
habitants de notre peau, de notre bouche et de nos intestins.
- certaines bactéries vivent dans des environnements extrêmes (temp, pH, salinité).
- certaines provoquent des maladies, et d’autres ont des rôles bénéfiques tels
que le recyclage des éléments dans la biosphère, la dégradation des matières
végétales et animales et la production de vitamines.
Les cyanobactéries ou cyanophycées sont des bactéries photosynthétiques (autrefois
appelées algues bleu ou bleu-vert) produisent des quantités importantes d’oxygène
par la photosynthèse.
2- Archées (Archaea) :
se distinguent des Bacteria par plusieurs traits comme :
- Séquences particulières des ARNr.
- dépourvues de peptidoglycane pariétal
- Pourvues de lipides membranaires particuliers.
Certaines ont des caractéristiques métaboliques inhabituelles, comme
les méthanogènes qui produisent du méthane.
De nombreuses archées vivent dans des environnements extrêmes :
- température élevée (thermophiles)
- forte concentration en sel (halophiles).
Bien que certaines archées appartiennent à des communautés de microbes
impliquées dans les gingivites humaines (inflammation de la gencive),
le caractère pathogène des archées n’a pas été clairement établi.

17 18

3
 15/10/2023

3- Eucaryote (Eucarya) : a-Protozoaires

Organismes : Protistes unicellulaires de type animal, habituellement mobiles.
- Possédants des cellules délimitées par une membrane (animaux) ou paroi De nombreux protozoaires libres sont les principaux chasseurs et brouteurs du
(végétaux) et avec un noyau qui est l’organite contenant le génome de monde microbien.
Ils obtiennent leurs aliments en ingérant des matières organiques et d’autres
l’individu délimité par une membrane, séparé du reste du contenu microorganismes.
cellulaire, qui contient l’ADN On les trouve dans de nombreux milieux :
- Multicellulaires (plantes, animaux, champignons) - tractus intestinal des animaux où ils facilitent la digestion de matières
- Unicellulaires correspondent aux protistes (préfèrent milieux à base d’eau ou complexes comme la cellulose.
humides) qui sont de trois types : - agents pathogènes chez les humains
a - Protistes animal : Protozoaires (hétérotrophes avec déplacements) Giardia lamblia : Giardiase,
b - Protistes végétal : Protophytes (algues autotrophes photosynthétique) Entamoeba histolytica : Amibiase
c - Fongiformes : Protomycètes : c 1 - myxomycètes et Cryptosporidium parvum : Cryptosporidiose
c 2 - champignons aquatiques

19 20

a- Protophytes : Algues photosynthetiques (Algae) :

Protistes photosynthétiques qui, avec les cyanobactéries (cyanophycées
bactéries photosynthétiques autrefois appelées algues bleu ou bleu-vert),
- Produisent environ 75% d’oxygène planétaire
- Forment la base des chaînes alimentaires aquatiques.
c - Protomycètes
c 1- Myxomycètes
Protistes unicellulaires qui se caractérisent par :
- Formation d'un plasmode (vrai ou pseudoplasmode)
- Absence de mycélium
Ils étaient initialement réunis aux champignons, car leurs cycles de vie
comportent une étape de sporulation végétative macroscopique et une autre qui
est protozoaire :
- Champignons (avec sporulation)
- Protozoaires
Au cours de la phase protozoaire, ils se déplace grâce au plasmode et chassent
des particules alimentaires en consommant des végétaux en décomposition et
d’autres microorganismes par phagocytose.

21 22
cyanobactéries

Un plasmode, ou plasmodium ou thalle plasmodial, est une masse

de cytoplasme molle, déformable, sans paroi squelettique, dans laquelle
le noyau s'est divisé un grand nombre de fois sans qu'il y ait eu de
cloisonnement par des membranes plasmiques

thalle plasmode

23 24

4
 15/10/2023

c 2- Champignons aquatiques (amphibies)

Organismes microscopiques, unicellulaires, et relativement mal connus bien
que largement répandus.
Détectés par des études biomoléculaires sur les microeucaryotes aquatiques
- se trouvent à la surface des eaux marins, douces et des sols humides,
- se nourrissent de matières organiques en décomposition.
Certaines d’entre elles ont occasionné des infections végétales destructrices
Par la pourriture racinaire.

25 26

2- Champignons ( Fungi )
Groupe varié de microorganismes allant de levures unicellulaires jusqu’aux
moisissures et champignons multicellulaires qui produisent de fines structures
filamenteuses appelées hyphes.
Ils absorbent les nutriments de leur environnement, y compris les molécules
organiques qu’ils utilisent comme source de carbone et d’énergie.
En raison de leurs capacités métaboliques, de nombreux champignons jouent
un rôle bénéfique, en intervenant par exemple dans :
- levée de la pâte à pain,
- production d’antibiotiques
- décomposition des organismes morts.
D’autres champignons causent des maladies chez :
- végétaux (telles que la rouille, le charbon du blé ou le mildiou),
- animaux et humains le charbon du blé le mildiou
la rouille

27 28

3- Virus (Acaryote)
₋ Entités acellulaires qui doivent envahir une cellule hôte pour se répliquer.
₋ ne contiennent qu’un seul type d’acide nucléique (ADN ou ARN, simple ou
double brin) qui constitue le génome viral.
₋ se reproduisent à partir de leur matériel génétique et par réplication
₋ sont plus petits de tous les microorganismes sa taille est entre 10 et 400nm
(10 à 10000 fois plus petits qu’une bactérie typique).
₋ provoquent de nombreuses maladies végétales et animales, comme :
la variole, la rage, la grippe, le sida, le rhume et certains cancers.
₋ Jouent aussi un rôle important dans les environnements aquatiques,
₋ leur rôle dans la structuration des communautés microbiennes aquatiques
fait l’objet actuellement d’actives recherches.
Depuis longtemps, les microorganismes ont été utilisés expérimentalement
pour produire et conserver des produits alimentaires,
toutefois la microbiologie est la plus jeune des sciences naturelles puisque les
microorganismes se sont montrés le matériel de choix pour l'analyse de
nombreux problèmes fondamentaux de la biologie moderne.
Escherichia coli est actuellement la plus connu et la plus simplement
manipulable de tous les êtres vivants.
Les travaux sur E. coli et autres organismes similaires ont permis les plus
importantes découvertes en :
- Biologie moléculaire
- Génétique
- Immunologie.

29 30

5
 15/10/2023

Génération spontanée
Anthony Van Leeuwenhoek (1632-1723), un marchand hollandais et grand
amateur d’instruments d'optique, découvrit et décrivit pour la première fois
le monde microbien, Il observa :
- Eau de pluie,
- Sa propre matière fécale,
- Matière prélevée de ses dents.
il a été le premier à consigner ses observations dans des descriptions et des
dessins précis qui actuellement permettent l'identification

Figure 1: Antony Van Leeuwenhoek et son microscope. Russell and Russell. (1958).
31 32

A la phase de la découverte des microorganismes on se passionnait pour

la célèbre Critique de la génération spontanée ou abiogenèse.
Cette affaire continuera longtemps puisqu’il a fallu attendre les expériences de :
- Tyndall et de Pasteur (siècle plus tard), pour que la société scientifique
lance certainement la théorie de la génération spontanée quoique
l’expérience

33 34

les bouillons en ampoules scellées débarrassées des microorganismes par la

chaleur (ébullition pendant 1h) restaient stériles.
Une légère fissure du col était suivie d'un développement de microorganismes.
Cependant, les adhérents de la génération spontanée postulèrent que l'air exclu
des flacons était essentiel à l'abiogenèse des microbes,
Les expériences de Schulze, Théodore Schwann, Schroeder et Von Dush
pour démentir la génération spontanée des micro-organismes.

Figure 2 : Appareils utilisés dans plusieurs expériences pour réfuter la théorie de la

génération spontanée.

35 36

6

Pour chaque expérience, on supposait que les bactéries étaient transportées
sur des poussières en suspension dans l’air.
Si on traitait l’air pour enlever ou tuer les microorganismes avant que l’air
ne pénètre dans une solution nutritive, on n’observe aucune croissance de
microorganismes.
A : les microorganismes de l’air sont tués par un acide
B : les microorganismes sont détruits par la chaleur
C : les microorganismes sont éliminés par filtration (passage de l’air dans du coton)
37
Figure 3 : Flacon à col de cygne utilisé par Pasteur pour achever la théorie
de la génération spontanée.
39
Figure 4 : Expérience de Tyndall : Boîte à l’épreuve de la poussière
41
15/10/2023
Pasteur (1861) filtre l'air au travers d'un coton et observe le contenu du coton.
Il constate la présence de nombreuses particules ressemblant à des spores de
végétaux piégés par l’ouate, En prenant ce coton et en le déposant sur un
milieu nutritif il a remarqué une croissance de microorganismes.
En chauffant le goulot d’un flacon contenant une solution nutritive, il lui donne
une forme dite en col de cygne, il ne ferme pas l’extrémité afin que l’air puisse
entrer. Il le fait bouillir pour stériliser la solution et le laisse refroidir.
38
Résultats :
Il ne se passe rien même si le flacon est laissé à l'air libre.
S'il incline le flacon une croissance est observée.
Il émet alors l'hypothèse que les micro-organismes s'étaient localisés sur les
bords étirés de ce flacon.
En effet, en cassant les cols il y a de nouveau contamination.
Louis Pasteur démontre ainsi que l’air contient des germes capables de se
développer dès qu’ils trouveront un milieu favorable.
George Tyndall (1893) démontre que la poussière porte réellement les germes.
Il enlève les microorganismes de l’air, en laissant la poussière se déposer au
fond des serpentins.
Tant que l’air de la boîte demeure sans poussière, le bouillon reste stérile.
40
Découverte des microorganismes dans la transformation de la matière
organique et genèse des maladies.
Depuis des longues périodes, les gens ont cherché à améliorer la qualité de
leurs produits de fermentation sans se croire qu'une préférable qualité résultait
de l'amélioration des modalités de croissance des microorganismes.
Il a fallu attendre les études de Pasteur sur le rôle des microorganismes dans
la préparation du vin pour accepter que tous les processus fermentaires étaient
le résultat d'une activité microbienne.
42
7

Pasteur montra également que tout type de fermentation était conduit par
la croissance d'un type caractéristique de microorganisme.
Et ainsi il découvrit que pour écarter les souches microbiennes indésirables,
il suffait de chauffer le vin à une température de 60°C pendant 30min.
Ce procédé universellement connu sous le nom de pasteurisation.
C'est également au cours de ces études sur la fermentation qu'il découvrit
la vie anaérobie.
Louis Pasteur et Robert Koch (1843-1910) sont les véritables fondateurs de
la bactériologie médicale
(où la théorie des germes trouve une nouvelle forme en même temps qu’une
nouvelle vigueur).
43
Prévention et traitement des maladies microbiennes.
Antisepsie
Joseph Lister (1860) chirurgien anglais, appliqua les principes de Pasteur
à savoir la désinfection et la stérilisation des pansements et des instruments
utilisés en chirurgie; et en opérant sous protection de désinfectant qui est le
phénol, réussit à réduire fortement l'infection chirurgicale.
Immunisation.
C'est en continuant ses recherches sur les causes des maladies infectieuses et
les moyens de les prévenir, que pasteur comprit que les bactéries atténuées
(moins virulentes), pouvaient stimuler l'hôte à produire des anticorps,
substances qui le protègent contre l'infection contractée à la suite d'un contact
avec l'organisme virulent.
Figure 5 : Le principe de l’immunisation tel qu’il a été démontré par Pasteur.
45
Pasteur a d’abord inoculé des poules avec de vieilles cultures de bactéries du
choléra des poules, ces poules demeurèrent en santé.
Plusieurs semaines après, il les inocule de nouveau avec une culture
bactérienne fraiche, cette culture ne les rendit pas malades, mais elle tue les
poules qui n’avaient pas été inoculées avec la culture atténuée.
- C- Cette expérience démontra qu’une vieille culture de bactéries du choléra
développait dans le sang des poules, sans causer la maladie, la production de
substances protectrices (anticorps), L’étude du choléra des poules lui donne
l’occasion de cultiver l’agent responsable et de l’atténuer. C’est ainsi que la
vaccination est née.
47
15/10/2023
Koch énonce les fameuses règles connues sous le nom de postulats de Koch.
Pour démontrer qu’un micro-organisme est responsable d’une maladie,
il faut qu’il :
- soit retrouvé dans tous les cas de maladies semblables;
- soit isolé en cultures pures;
- reproduise la maladie expérimentalement
- soit récupéré à partir d’animaux infectés expérimentalement
44
46
- Pasteur a réussit à protéger les moutons contre le charbon par des vaccins
contenant des bactéries Bacillus anthracis atténuées par la chaleur.
- Il a fabriqué le vaccin contre rhabdovirus responsable de la rage à partir de
la moelle épinière séchée, prélevée chez les animaux morts de rage.
Les travaux de cette époque sont aussi à l'origine de l’immunologie, science
nouvelle où
- Metchnikoff (1845-1916) établit les bases de l’immunité cellulaire en
découvrant la phagocytose lorsque certains leucocytes (phagocytes) du
sang pouvaient engloutir des bactéries pathogènes
- Behring et Kitasato, à la même époque montrent que l’organisme dispose
d’autres moyens de défense : c'est l’immunité humorale (Substances
solubles dans le sang)
Chimiothérapie : Ensuite il appariaient les sulfamides, les antibiotiques et les
agents chimiques de plus en plus raffinés et spécifiques.
48
8
 15/10/2023

Naissance de la virologie. Historique

Ivanowsky (1892) montrait qu’une maladie (mosaïque du tabac) atteignant les On apportait, pour la première fois, la démonstration éclatante du rôle de
plants de tabac, était due à un : l’ADN dans l’hérédité.
- agent inconnu, n’appartenant ni au monde des bactéries, ni aux poisons Les découvertes se succèdent :
chimiques.
- capable de reproduire la maladie après inoculation à un plant de tabac sain, - Lederberg et Tatum (1946) : recombinaisons génétiques
- capable aussi de traverser les filtres qui retiennent habituellement les - Zinder et Lederberg (1952) : transduction
bactéries, fut appelé « ultravirus » ou « virus filtrant ». - Watson et Crick (1953) : modèle de structure de l’ADN
Par la suite, il fut démontré que de nombreuses autres maladies animales ou et (1962) : découverte de la structure en double hélice
végétales pouvaient être engendrées par des agents infectieux analogues. - Nirenberg (1961) : signification du codon TTT
Lwoff (1953) établisse les critères de séparation entre virus et les autres agents (1966) : l’ensemble du code génétique
infectieux. - Jacob et Monod (1960) : dynamique de la traduction (avec les divers
Il existe d’autres agents infectieux différents des virus comme les viroïdes et les types d’ARN) et la régulation des gènes
prions

49 50

Période moderne et outils d'intérêts La biologie moléculaire :

Les microorganismes jouent un rôle essentiel dans la période moderne :
- se reproduisent rapidement et sont faciles à cultiver.
- donnent naissance à des populations énormes à la suite d’un grand nombre de
générations successives.
- constituent un outil particulièrement favorable en génétique, la science qui
s’intéresse à l'étude des caractères héréditaires et de leurs variations.
Avery, Mc Leod et Mc Carty (1944) montrent que, l’ADN est responsable des
phénomènes de transformations, en étant le support des caractères héréditaires de
la cellule.
- née de la convergence de la génétique et de la biochimie.
- s’intéresse à la structure des macromolécules, (acides nucléiques et protéines)
et à leurs relations.
- grâce aux bactéries, il a été possible de :
- connaître le mécanisme de la synthèse protéique,
- décrypter le code génétique,
- analyser les mécanismes de régulation de la cellule.
La période actuelle est marquée par l'essor de génie génétique et de la
biotechnologie.

51 52

Spécialités de la microbiologie
la microbiologie moderne porte de nombreuses spécialités
- Microbiologie médicale : branche de la médecine s'attelant à la
recherche des microbes dans les prélèvements d'origine humaine dans le
but à diagnostiquer des pathologies infectieuses associées
- Immunologie : branche de la médecine qui a pour spécificité
l'étude de l'immunité, l'immunité correspond à la capacité naturelle ou
acquise par le corps humain à lutter contre un agent pathogène, appelé
antigène, grâce à la mise en place de défenses immunitaires adaptées.
- Microbiologie agronomique : s’intéresse à l’impact des microorganismes
sur l’agriculture.
- Écologie microbienne : aborde la place et le rôle des microorganismes
dans un habitat (environnement, écosystème) ainsi que les interactions des
micro-organismes entre eux et avec leur milieu.
- Microbiologie alimentaire : étude des micro-organismes qui habitent,
forment ou contaminent les aliments
- Microbiologie industrielle : traite de l'utilisation de microorganismes à des
fins industrielles
- Génétique microbienne et la biologie moléculaire : se concentrent sur la
nature de l’information génétique et sur la façon dont elle régule le
développement et le fonctionnement des cellules et des organismes

53 54

9
 15/10/2023

Place des microorganismes dans le monde vivant. Domaines d’application des microorganismes
Un microorganisme est un être vivant. - Alimentaires :
- Yaourt (Streptococcus thermophilus),
Atome (H) → Molécule (H20) → Cellule (musculaire)→ Tissu (musculaire) →
- Vinaigre (Acetobacter)
Organe (cœur)→ Organisme (être humain)→ Population (population de
personnes vivant dans une ville donnée)→ Communauté (plusieurs populations - Fromage (Penicillium roquefortii)
vivant dans une même région expl : populations de personnes, d'animaux - Pain (Saccharomyces cerevisiae)
domestiques et de plantes) → Ecosystème : écosystème forestier, peut comprendre - coagulation du lait (Lactobacillus bulgaricus)
Homme des arbres, des animaux, des insectes et des microorganismes vivant dans - Chimiques et pharmaceutiques :
une forêt→ Biosphère (représente l'ensemble de la Terre où la vie existe) - Vitamine B12, (Streptomyces, Pseudomonas)
- Enzymes, (Bacillus)
Acaryote - Acides organiques,
- virus - Antibiotiques… (Streptomyces)
Procaryotes - hormones (génie génétique)
- bactéries microorganismes - Environnement :
- Archée - Traitement de l’eau,
Eucaryotes - compostage, (Thermophile : Hisenia andrei)
- levures - biogaz…(Methanothrix thermophila)
- champignons filamenteux - Cycle biogéochimiques
- cellules végétales organismes supérieurs - Cycle de l'azote - Cycle du carbone - Cycle du soufre
- cellules animales - Cycle du phosphore - Cycle de l'oxygène - Cycle de l'eau
55 - Cycle de fer 56

Cycles biogéochimiques
Les cycles biogéochimiques sont des processus naturels par lesquels différents
éléments chimiques circulent à travers les différents compartiments de la
biosphère, tels que l'atmosphère, la lithosphère, la biosphère et l'hydrosphère.
Les microorganismes jouent souvent un rôle clé dans ces cycles en participant à
des réactions chimiques qui transforment et recyclent les éléments.
la justification de l'importance des microorganismes dans les cycles de la matière et
le port de la fertilité des sols est justifiée par :
- Winogradsky (1890) a isolé, les premières bactéries nitrifiantes
- Beijerinck (1885 ) a isolé, le premier rhizobium Bacillus radicicola
Voici les plus importants et le rôle des microorganismes dans chacun d'eux :
Cycle de l'azote
cycle du carbone
Cycle du soufre
Cycle du phosphore
Cycle de l'oxygène
Cycle de l'eau
Cycle de fer
57
Cycle d’Azote
Fixation de l'azote :
L'azote atmosphérique (N2) est une forme d'azote très stable et peu réactive.
Cependant, certains microorganismes ont la capacité de le convertir en
ammoniac (NH3) ou en ammonium (NH4+), une forme que les plantes
peuvent utiliser. Il existe deux types de fixateurs d'azote :
a. Bactéries fixatrices d'azote libre :
Comme genres Azotobacter et Clostridium. Ces bactéries vivent dans le sol et
convertissent l'azote atmosphérique en ammonium, qui est ensuite disponible
pour les plantes.
b. Rhizobium et légumineuses (symbiose) :
Les légumineuses, telles que les haricots, les pois et les trèfles, établissent une
relation symbiotique avec les bactéries du genre Rhizobium.
Ces bactéries vivent dans les nodules des racines des légumineuses et
convertissent l'azote atmosphérique en ammonium pour les plantes hôtes.
58

Nitrification : Ammonification :
Les bactéries nitrifiantes transforment l'ammonium (NH4+) en nitrites (NO2-)
puis en nitrates (NO3-). Lorsque les plantes et les animaux meurent, des bactéries saprophytes
Cela se produit en deux étapes : décomposeuses, genre (Bacillus, Pseudomonas, Clostridium) décomposent les
a- Bactéries nitrosomonas : composés azotés de leurs tissus en ammonium. Cela rend l'azote à nouveau
Elles convertissent l'ammonium en nitrites (NO2-). disponible dans le sol.
b. Bactéries nitrobacter : Dénitrification :
Elles convertissent les nitrites en nitrates (NO3-). Certaines bactéries dénitrifiantes, genres Pseudomonas et Paracoccus,
Assimilation de l'azote : convertissent les nitrates en azote gazeux (N2), le renvoyant ainsi dans
Les plantes absorbent les nitrates et les ammoniums par leurs racines pour les l'atmosphère. Cela ferme la boucle du cycle de l'azote.
incorporer dans leurs protéines et autres composés azotés.

59 60

10
 15/10/2023

Cycle du carbone : Photosynthèse :

Le carbone circule entre l'atmosphère, les plantes, les animaux et les
microorganismes par le biais de la photosynthèse, de la respiration, de la
décomposition et de la combustion.
Les microorganismes décomposent la matière organique morte, libérant ainsi
le CO2 : dioxyde de carbone dans l'atmosphère.
Les plantes, les algues et certaines bactéries photosynthétiques utilisent la
lumière solaire pour convertir le (CO2) atmosphérique en matière organique,
principalement sous forme de glucose.
6 CO2 + 6 H2O + lumière C6H12O6 + 6 O2
Les microorganismes photosynthétiques, tels que les cyanobactéries
(Prochlorococcus, Spirulina platensis), participent à cette étape en
convertissant le CO2 en matière organique.

61 62

Décomposition :
Les microorganismes décomposeurs : (bactéries saprophytes et champignons),
Respiration : jouent un rôle essentiel dans la décomposition de la matière organique morte :
Tous les organismes, y compris les microorganismes, respirent pour libérer de (feuilles, animaux morts et déchets organiques).
l'énergie. Ils dégradent ces matières organiques en utilisant des enzymes pour libérer du
Le glucose et d'autres composés organiques sont oxydés pour produire de CO2 et d'autres composés.
l'énergie, libérant ainsi du CO2 dans l'atmosphère. Les microorganismes sont responsables de la majeure partie de la
Escherichia coli. décomposition de la matière organique sur Terre.
Pseudomonas aeruginosa - Bacillus subtilis : bactérie commune trouvée dans le sol et capable de
Bacillus subtilis décomposer diverses matières organiques.
Mycobacterium tuberculosis - Pseudomonas putida : bactérie reconnue pour sa capacité à dégrader des
composés organiques tels que les hydrocarbures.
- Lactobacillus acidophilus : bactérie lactique trouvée dans le tube digestif,
où elle décompose les composés organiques et contribue à la digestion.

63 64

Formation de matière organique fossile : Combustion :

Au fil du temps, sous certaines conditions géologiques, une partie de la matière
organique décomposée peut être piégée dans la lithosphère sous forme de
combustibles fossiles tels que :
le pétrole, le gaz naturel et le charbon.
Ce carbone fossile peut rester stocké pendant des millions d'années.
Lorsque les combustibles fossiles sont brûlés pour produire de l'énergie, le
carbone stocké est oxydé, libérant du CO2 dans l'atmosphère.
Cette combustion, notamment celle des carburants fossiles, est une source
majeure d'émissions de CO2 d'origine humaine.

65 66

11

Échanges océaniques :
Les microorganismes marins jouent également un rôle important dans le cycle
du carbone, tels que :
les phytoplanctons, sont impliqués dans la photosynthèse (Diatomées,
Dinoflagellés, Cyanobactéries … ),
Autres microorganismes décomposent la matière organique dans les océans
(Bacteroidetes Protozoaires, Copépodes, Vers polychètes, Zooplancton … ).
stockant une quantité importante de carbone sous forme de bicarbonate de
calcium Ca(HCO3)2 et d'acides dissous comme l’acide carbonique (H2CO3),
qui se dissocie en ions bicarbonate (HCO3-)
67
Minéralisation du soufre organique :
Le cycle du soufre commence lorsque des matières organiques contenant du
soufre, telles que des protéines, des acides aminés et des composés organiques
soufrés, sont décomposées par des microorganismes décomposeurs.
Les bactéries saprophytes et les champignons libèrent du soufre organique
sous forme de sulfates (SO4^2-) et d'autres composés inorganiques.
Desulfobacter (sulfato-réductrices): réduisant le sulfate (SO4²-) présent dans
l'environnement à du sulfure d'hydrogène (H2S)
Desulfovibrio (sulfato-réductrices) : ): réduisant le sulfate (SO4²-) présent
dans l'environnement à du sulfure d'hydrogène (H2S)
Thiobacillus (acidophiles): oxydant le sulfure d'hydrogène (H2S) pour
produire du sulfate (SO4²-) et peuvent contribuer à la
production d'acide sulfurique (H2SO4) à partir de minéraux
sulfurés
69
Formation de composés organosoufrés :
Les bactéries sulfurogènes, telles que les Thiobacillus, utilisent le sulfure (S2- )
pour convertir les composés organiques en composés organosoufrés,
notamment les thiols, les sulfones et les sulfates organiques.
Ces composés organosoufrés peuvent être utilisés par d'autres
microorganismes ou libérés dans l'environnement.
71
15/10/2023
Cycle du soufre
C’est un processus biogéochimique complexe dans lequel le soufre circule
entre différentes formes chimiques, notamment le soufre inorganique et les
composés organiques, dans les environnements terrestres et aquatiques.
Les microorganismes, en particulier les bactéries, jouent un rôle essentiel dans
ce cycle en catalysant différentes réactions chimiques.
Voici les principales étapes du cycle du soufre et le rôle des microorganismes
68
Réduction des sulfates :
Les sulfates (SO4^2-) inorganiques sont réduits en sulfure (S^2-) par des
microorganismes sulfate-réducteurs.
Ces bactéries anaérobies utilisent les sulfates comme accepteur d'électrons
pour la respiration, réduisant ainsi les sulfates en sulfure.
Un exemple bien connu de bactérie sulfate-réductrice est Desulfovibrio.
70
Oxydation du soufre :
Certaines bactéries, telles que les bactéries sulfuriques, effectuent l'oxydation
du soufre inorganique, y compris le sulfure (S2-), pour produire des sulfates
(SO42-).
Ces bactéries jouent un rôle clé dans la régénération des sulfates inorganiques
dans l'environnement.
Production de gaz sulfuré :
Les bactéries sulfato-réductrices produisent souvent du sulfure d'hydrogène
(H2S), un gaz malodorant, lors de la réduction des sulfates et peut avoir un
impact sur la qualité de l'air et de l'eau.
72
12

Utilisation par les plantes et les animaux :
Les plantes et les animaux ont besoin de soufre pour produire des acides
aminés et d'autres composés essentiels.
Ils absorbent les sulfates inorganiques du sol ou les ingèrent sous forme de
composés organosoufrés présents dans leur alimentation.
Sédimentation :
Les sulfates, les sulfures et d'autres composés soufrés peuvent être entraînés
dans les sédiments aquatiques ou terrestres, où ils sont stockés pendant de
longues périodes géologiques.
73
Rhizobium : Bien que Rhizobium soit plus connu pour sa capacité à fixer
l'azote atmosphérique dans les nodosités des légumineuses, il peut également
libérer du phosphore sous forme de phosphate, aidant ainsi les plantes hôtes.
Mycobacterium : Certaines espèces de Mycobacterium ont la capacité de
solubiliser le phosphore, contribuant ainsi à sa disponibilité pour les plantes.
Clostridium : Certaines espèces de Clostridium peuvent être associées à la
décomposition de la matière organique, ce qui peut indirectement influencer la
disponibilité du phosphore dans le sol.
75
Solubilisation du phosphore :
Le phosphore libéré par la décomposition organique n'est pas immédiatement
disponible pour les plantes, car il peut être sous forme de composés organiques
peu solubles.
Cependant, certaines bactéries, appelées bactéries solubilisatrices de
phosphore, sont capables de convertir ces composés organiques en formes
solubles de phosphate.
Un exemple de bactérie solubilisatrice de phosphore.
Bacillus subtilis
Bacillus circulans
Pseudomonas fluorescens
77
15/10/2023
Cycle du phosphore :
Le phosphore est essentiel pour la formation de l'ADN, de l'ARN et des
membranes cellulaires.
Les microorganismes décomposent la matière organique et libèrent le
phosphore sous forme de phosphate, qui peut être absorbé par les plantes et
intégré dans la chaîne alimentaire.
- Bacillus : Certaines espèces de bactéries du genre Bacillus sont connues
pour leur capacité à solubiliser le phosphore à partir de composés
organiques et inorganiques, le transformant en phosphate assimilable par
les plantes.
- Pseudomonas : Les bactéries du genre Pseudomonas comprennent plusieurs
espèces capables de libérer le phosphore sous forme de phosphate.
Elles sont souvent utilisées dans la bioremédiation pour améliorer la
disponibilité du phosphore dans les sols.
74
Minéralisation de la matière organique :
Le cycle du phosphore commence lorsque la matière organique contenant du
phosphore, telle que les débris végétaux et animaux, est décomposée par des
microorganismes décomposeurs.
Ces microorganismes, tels que les bactéries saprophytes et les champignons,
libèrent le phosphore sous forme de composés organophosphorés présents dans
la matière organique en décomposition.
Bacillus subtilis
Clostridium perfringens
Pseudomonas putida
Penicillium
76
Absorption par les plantes :
Les plantes absorbent le phosphate inorganique (PO4^3-) solubilisé du sol par
leurs racines.
Le phosphate est ensuite utilisé pour la synthèse de molécules biologiques, y
compris l'ADN, l'ARN et les phospholipides des membranes cellulaires.
Chaîne alimentaire :
Le phosphore est transféré dans la chaîne alimentaire lorsque les herbivores se
nourrissent de plantes et que les carnivores se nourrissent d'herbivores.
Les microorganismes jouent un rôle indirect dans la transmission du phosphore
le long de la chaîne alimentaire, car ils sont impliqués dans la décomposition
des matières organiques dans les déchets et les cadavres d'organismes.
Bacillus et les Actinobactéries
78
13

Décomposition des déchets et des cadavres :
Les microorganismes décomposeurs, tels que les bactéries saprophytes et les
champignons, dégradent les déchets organiques, les cadavres et les
excréments, libérant ainsi du phosphore sous forme de composés organiques et
inorganiques dans le sol.
Formation de roches sédimentaires :
Au fil du temps, le phosphore peut être emporté dans les cours d'eau et déposé
au fond des océans, où il peut être transformé en roches sédimentaires riches
en phosphore, comme les phosphates de calcium. Ce processus, appelé la
sédimentation, peut prendre des millions d'années.
Érosion et retour aux sols :
Les roches phosphatées peuvent être exposées à l'érosion et retourner aux sols,
où le phosphore peut à nouveau être disponible pour les plantes.
79
Photosynthèse :
L'oxygène est produit lors du processus de photosynthèse réalisé
principalement par les plantes, les algues et certaines bactéries
photosynthétiques, notamment les cyanobactéries (ou cyanobactéries).
Lors de la photosynthèse, ces organismes convertissent le dioxyde de carbone
(CO2) en glucose et libèrent de l'oxygène comme sous-produit.
Les cyanobactéries, par exemple, sont responsables de la production d'une
grande quantité d'oxygène dans les environnements aquatiques.
81
Décomposition :
Les microorganismes décomposeurs, tels que les bactéries saprophytes et les
champignons, jouent un rôle clé dans la décomposition de la matière organique
morte, comme les feuilles, les animaux morts et les déchets organiques.
Lors de ce processus de décomposition, les microorganismes consomment de
l'oxygène pour dégrader la matière organique en composés plus simples,
produisant ainsi du CO2.
83
15/10/2023
Cycle de l'oxygène :
L'oxygène est libéré dans l'atmosphère par la photosynthèse des plantes et
absorbé par la respiration des organismes.
Les microorganismes photosynthétiques, tels que les cyanobactéries, jouent un
rôle clé dans la production d'oxygène, tandis que d'autres microorganismes
décomposent la matière organique et consomment de l'oxygène lors de la
décomposition anaérobie.
80
Respiration :
Tous les organismes respirent pour produire de l'énergie, consommant de
l'oxygène et libérant du dioxyde de carbone (CO2) lors du processus de
respiration cellulaire. Cette étape du cycle de l'oxygène est essentielle pour
tous les êtres vivants, y compris les microorganismes, qui réalisent la
respiration cellulaire pour obtenir de l'énergie.
82
Décomposition anaérobie :
Dans des environnements anaérobies (en l'absence d'oxygène), certains
microorganismes réalisent la décomposition anaérobie de la matière organique.
Au cours de ce processus, ces microorganismes décomposent la matière
organique en utilisant d'autres accepteurs d'électrons que l'oxygène, produisant
ainsi des gaz tels que le méthane (CH4) et le sulfure d'hydrogène (H2S).
Certaines bactéries anaérobies, telles que les bactéries méthanogènes, jouent
un rôle clé dans la production de méthane.
84
14

Régulation de l'oxygène dissous :
Dans les milieux aquatiques, les microorganismes, notamment les bactéries
nitrifiantes, jouent un rôle dans la régulation de la concentration en oxygène
dissous dans l'eau.
Les bactéries nitrifiantes convertissent l'ammoniac en nitrites et en nitrates, ce
qui peut avoir un impact sur la solubilité de l'oxygène dans l'eau.
85
Évaporation : L'eau s'évapore des surfaces liquides, principalement des océans,
des rivières, des lacs et des sols humides. Les microorganismes aquatiques, tels
que les cyanobactéries et les algues, contribuent à la production de gaz comme
le dioxygène (O2) et le dioxyde de carbone (CO2), qui sont impliqués dans les
processus d'évaporation.
Transpiration : Les plantes absorbent de l'eau du sol par leurs racines et la
libèrent dans l'atmosphère par un processus appelé transpiration. Les bactéries
rhizosphériques, qui vivent dans la zone racinaire des plantes, peuvent
influencer la disponibilité de l'eau en modifiant les propriétés du sol et en
favorisant la croissance des plantes.
87
Infiltration : Une partie de l'eau de pluie s'infiltre dans le sol, devenant de l'eau
souterraine. Les microorganismes du sol, tels que les bactéries nitrifiantes,
décomposent la matière organique et influencent la composition chimique de
l'eau souterraine.
Ruissellement : Une partie de l'eau de pluie s'écoule à la surface du sol,
formant des ruisseaux, des rivières et des cours d'eau. Les microorganismes
dans les écosystèmes aquatiques, tels que les bactéries décomposeurs, jouent
un rôle majeur dans la décomposition des matières organiques entraînées par le
ruissellement.
89
15/10/2023
Cycle de l'eau :
Bien que principalement un cycle hydrologique, l'eau joue un rôle essentiel
dans tous les cycles biogéochimiques.
Les microorganismes, y compris les bactéries et les algues, influencent la
qualité de l'eau en participant à des processus tels que la filtration, la
décomposition des contaminants et la fixation de l'azote.
86
Condensation : L'eau s'élevant dans l'atmosphère sous forme de vapeur d'eau
se condense pour former des nuages. Les microorganismes atmosphériques,
tels que les bactéries aéroportées, peuvent agir comme noyaux de
condensation, facilitant la formation de gouttelettes d'eau.
Précipitations : Les nuages se condensent davantage jusqu'à ce que les
gouttelettes d'eau deviennent suffisamment lourdes pour tomber au sol sous
forme de précipitations, telles que la pluie, la neige et la grêle. Les
microorganismes dans l'atmosphère peuvent également être entraînés vers le
sol pendant les précipitations.
88
Évapotranspiration : Les plantes absorbent de l'eau du sol par leurs racines et
la transpirent à travers leurs feuilles, renvoyant de l'eau dans l'atmosphère. Les
bactéries rhizosphériques, associées aux racines des plantes, peuvent
influencer ce processus.
Cycle de l'eau souterraine : L'eau souterraine se déplace lentement à travers les
couches de sol et de roche, formant des aquifères. Les microorganismes dans
les sols et les aquifères, tels que les bactéries nitrifiantes et les bactéries
décomposeurs, peuvent affecter la qualité de l'eau souterraine.
Rejet dans les océans : Une partie de l'eau terrestre retourne finalement à
l'océan, bouclant ainsi le cycle de l'eau. Les microorganismes marins, tels que
les planctons, les algues et les bactéries, jouent un rôle clé dans les
écosystèmes océaniques et influencent la qualité de l'eau.
90
15

Cycle du fer :
Le fer est un élément important pour de nombreuses réactions chimiques et
biologiques. Les microorganismes, notamment les bactéries ferrogènes et les
bactéries ferreuses, sont impliqués dans la transformation du fer inorganique et
contribuent à son cycle.
91
Formation de précipités ferriques : Les ions ferriques (Fe³⁺) précipitent dans
des conditions oxydantes pour former des précipités de fer, tels que la goethite
et la ferrihydrite, qui sont généralement peu solubles dans l'eau. Ces précipités
peuvent s'accumuler dans les sols ou être transportés vers des cours d'eau.
Réduction du fer : Dans des environnements anaérobies (en l'absence
d'oxygène), certaines bactéries réductrices du fer, telles que Geobacter et
Shewanella, réduisent les ions ferriques (Fe³⁺) en ions ferreux (Fe²⁺), rendant
ainsi le fer à nouveau soluble.
93
Cycle de carbone
95
15/10/2023
Solubilisation du fer : Le cycle du fer commence lorsque les minéraux de fer
inorganique présents dans les sols, tels que les oxydes de fer, sont solubilisés
pour former des ions ferreux (Fe²⁺) grâce à l'action de bactéries solubilisatrices
de fer, telles que Acidithiobacillus ferrooxidans. Ces bactéries oxydent le fer
inorganique pour le rendre soluble.
Oxydation du fer : Les ions ferreux (Fe²⁺) ainsi libérés sont ensuite oxydés en
ions ferriques (Fe³⁺) par des bactéries oxydantes du fer, comme
Acidithiobacillus ferrooxidans. Cette oxydation peut avoir lieu dans les sols,
les eaux douces ou les milieux aquatiques, libérant du fer précipité sous forme
de précipités ferriques.
92
Fixation du fer par les microorganismes : Les microorganismes, y compris les
bactéries, les algues et les cyanobactéries, peuvent fixer le fer sous forme de
composés organiques ou minéraux. Cela peut être important pour leur
croissance et leur métabolisme.
Sédimentation et transport : Les précipités de fer formés dans les sols ou les
eaux peuvent être emportés par le ruissellement vers les cours d'eau ou
s'accumuler au fond des plans d'eau sous forme de sédiments riches en fer.
Remobilisation du fer : Les microorganismes réducteurs du fer dans les
sédiments ou les environnements anaérobies peuvent remobiliser le fer en le
réduisant à nouveau en ions ferreux (Fe²⁺), ce qui peut entraîner sa libération
dans l'eau.
94
Cycle d’azote
96
16
 15/10/2023

Microbiologie alimentaire.
Certains microorganismes peuvent changer la nature des denrées alimentaires
comme :
- bactérie lactique : Fermentation lactique
- champignon Botrytis cinerea : Putréfaction (protéolyse)
- Pseudomonas fluorescens : Rancissement (lipolyse)
D’autres :
- causent des maladies ex : salmonelloses causée par la bactérie slmonella
- élaborent des toxines qui causent les intoxications alimentaires ex : botulisme
causée par la bactérie clostridium botulinum
Aussi les microbiologistes essayent d’empêcher la contamination microbienne
des aliments.
Un certain nombre de microorganismes sont utilisés pour la fabrication
de denrées alimentaires comme :
pain (Saccharomyces cerevisiae) ,
Fromages (Penicillium camemberti et Penicillium roqueforti),
yaourts (Streptococcus thermophilus et lactobacilles) ,
Et ….

97 98

Sécurité alimentaire
La sécurité alimentaire est un axe majeur de la microbiologie alimentaire.
Les bactéries pathogènes, virus et toxines produites par Bactériophages : virus qui n'infectent que des bactéries, peuvent être
des microorganismes sont des sources possibles de contamination alimentaire. utilisés pour tuer des bactéries pathogènes.
Certains microorganismes peuvent aussi être utilisés pour combattre ces Une préparation alimentaire rigoureuse avec cuisson correcte, élimine la
microbes pathogènes. plupart des bactéries et virus.
Les bactéries probiotiques, et notamment celles produisant des bactériocines, Les toxines produites par des contaminants alimentaires ne perdent pas
peuvent tuer et inhiber des pathogènes. nécessairement leur caractère toxique du fait de la cuisson d'aliments
Par ailleurs, des bactériocines purifiées telles que la nisine produite contaminés.
Lactococcus lactis (naturellement présent dans de nombreux produits laitiers Il est donc nécessaire de veiller à ce que leur production ne soit pas
fermentés) peuvent être directement ajoutés à des produits alimentairespour ses suffisamment importante au point que l'aliment constitue un danger.
propriétés antimicrobiennes .

99 100

Microorganismes, source de produits alimentaires

Les microorganismes :
Aliments fermentés - utilisés comme source de protéine, on les appelle des protéines d’origine
La fermentation : unicellulaires (P.O.U)
- l’origine de nombreux aliments traditionnels consommés depuis longtemps et - impliqués dans la production de nombreux autres aliments, et sont
qui sont :
- nutritifs (probiotiques, calcium, protéines, vit B, vit C, fibres alimentaires) parfois utilisés comme aliments eux-mêmes :
- savoureux
- faciles à digérer comme (pain, les laits fermentés, le yaourt, légumes Lactobacillus bulgaricus et Streptococcus thermophilus :
fermentés, boissons fermentés …) Ces bactéries lactiques sont utilisées pour fermenter le lait dans la production
- se produit à température ambiante sous l’influence de bactéries ou de levures de yaourt. Elles contribuent à la fermentation lactique qui transforme le lactose
(appelées ferments) naturellement présentes dans les aliments en donnant
en acide lactique, créant ainsi la texture et la saveur caractéristiques du yaourt.
naissance à divers acides (acide lactique…) qui empêchent les microbes de se
développer Saccharomyces cerevisiae :
Certains microorganismes responsables des fermentations sont Cette levure est utilisée dans la production de pain, de bière et de vin. Elle est
des probiotiques (compléments alimentaires à base de microorganisme) ingérés responsable de la fermentation alcoolique qui convertit les sucres en éthanol et
vivants au sein des aliments, ils résistent aux différentes sécrétions digestives pour en dioxyde de carbone, ce qui permet la levée de la pâte dans le cas du pain et
parvenir jusqu’au gros intestin, d’où un impact positif sur l’équilibre de la flore la production d'alcool dans le cas de la bière et du vin.
intestinale et sur la santé

101 102

17
 15/10/2023

Lactobacillus acidophilus : Acetobacter aceti :

bactérie lactique couramment utilisée dans la production de lait fermenté, de
probiotiques et d'autres produits laitiers. Elle favorise une fermentation
lactique bénéfique pour la santé intestinale.
Aspergillus oryzae :
moisissure utilisée dans la fermentation du soja pour produire des produits tels
que le miso, le tempeh et la sauce de soja. Elle contribue à la décomposition
des protéines et des glucides du soja, améliorant la saveur et la digestibilité.
Penicillium roqueforti :
moisissure utilisée dans la production de fromages bleus tels que le Roquefort
et le Gorgonzola. Elle est responsable de la formation des caractéristiques
veines bleues dans ces fromages et contribue à leur saveur distinctive
bactérie utilisée dans la production de vinaigre, où elle transforme l'alcool en
acide acétique. Elle joue un rôle clé dans le processus de fermentation
acétique.
Saccharomyces cerevisiae et Saccharomyces pastorianus : levures utilisées
dans la production de bière. Chacune apporte des caractéristiques aromatiques
spécifiques à la bière.
Lactococcus lactis et Lactobacillus casei : bactéries lactiques utilisées pour
influencer la texture et la saveur du fromage.

103 104

Microbiologie industrielle et biotechnologie

Le domaine de la microbiologie industrielle couvre l’ensemble des procédés de
biosynthèse ou de biotransformation réalisé par des microorganismes à des fins
économiques.
Il est généralement plus économique d’utiliser un microorganisme qui synthétise un
composé que de le produire chimiquement.
Les produits essentiels de la microbiologie industrielle sont : - Enzymes (lipase produite par des champignons, utilisée dans la production de
- Vaccin (polio fabriqué à partir de souches atténuées du virus polio), fromage),
- Vitamine B12 (Cobalamine) : : Propionibacterium freudenreichii et Pseudomonas - acides aminés, (lysine et méthionine, produits par fermentation microbiologique
denitrificans, Bactéries utilisées pour produire la vitamine B12 par fermentation. utilisés pour alimentation animale)
Saccharomyces cerevisiae Levures modifiées génétiquement pour produire de la - antibiotiques, (pénicilline, produite par la moisissure Penicillium)
vitamine B12. - acides organiques, (ac citrique, lac lactique acide gluconique, sont produits par
- Vitamine B2 (Riboflavine) : Ashbya gossypii et Bacillus subtilis. fermentation microbiologique et sont utilisés dans l'industrie alimentaire comme
- Vitamine B3 (Niacine) : Bactéries : Corynebacterium glutamicum, agents de conservation et d'acidification)
- Vitamine B5 (Acide pantothénique) : Bacillus megaterium - facteurs de croissance, vitamine B12, essentiels à la croissance et à la reproduction
- Vitamine B7 (Biotine) : Biotinibacterium breve produit naturellement de la biotine. d'autres organismes, y compris les humains.
- Vitamine C (Acide ascorbique) : Acetobacter suboxydans, par fermentation.
- Vitamine K (Phylloquinone et Ménaquinone) : Escherichia coli K, lactobacilles K2
(ménaquinone).
- Vitamine D : Saccharomyces cerevisiae D2 (ergocalciférol) par exposition aux
ultraviolets.
- Vitamine E (Tocophérols et Tocotriénols) : Pseudomonas et Paracoccus sont des
bactéries marines . 105 106

Levures et Moisissures
Les champignons microscopiques (mycètes) se divisent en deux groupes :
- hormones (insuline hormone vitale pour la régulation de la glycémie, peut - Levures (unicellulaires)
être produite grâce à la technologie de l'ADN recombinant, qui utilise des - Moisissures (champignons filamenteux)
microorganismes génétiquement modifiés pour produire des protéines Mycètes :
humaines.), - Eucaryotes (possédant un noyau bien individualisé, entouré d’une
- production de bio gaz : bactéries méthanogènes utilisées dans la digestion membrane nucléaire) Uni ou pluricellulaires
anaérobie pour produire du biogaz à partir de matières organiques telles - se développent par des thalles (système de filaments plus ou moins
que les déchets agricoles et les eaux usées. ramifiés).
- insecticides microbiens : Bacillus thuringiensis (Bt), produisent des toxines - Sont très abondant, dans la nature et jouent un rôle essentiel dans le
qui sont utilisées comme insecticides biologiques pour lutter contre les recyclage des matières organiques, en tirant leur énergie à partir des
ravageurs agricoles sources carbonées externes (hétérotrophie).

107 108

18
 15/10/2023

Sur plus de 100.000 espèces connues on estime à environ

500 le nombre des espèces dénoncées en pathologie humaine.
Thalle (appareil végétatif) : formé de filaments = hyphes.
On distingue deux types de filaments :
- Filaments septés ou cloisonnés, de diamètre régulier (3 à 5µm),
Les cloisons se forment à intervalle plus ou moins régulier.
Les champignons sont appelés Septomycètes.
- Filaments non cloisonnés ou siphonnés, de diamètre irrégulier (5 à15µm)
Les champignons sont appelés inférieurs ou Siphomycètes.

Figure1 : Septomycètes (Mycélium Septé)

109 110

a b c
Figure 3:
(a) Levure (Saccharomyces serevisiae) unicellulaire microscopique.
(b) Moisissure (Penicillium expansum) multicellulaire se développant sur une
pomme : pourriture verte
Figure 2 : Siphomycètes (Mycélium non Septé) (c) Champignons vesse de loup (Lycoperdon perlatum) poussant sur une buche
111 112

Paroi
Rigide représente près 20% du poids sec de la cellule, donnant à la cellule sa
Levures
forme caractéristique constituée de :
Champignons microscopiques unicellulaires présentant dans leur cycle
- 80% de polysaccharides antigéniques dont les mannanes, glucanes et
biologique une phase unicellulaire prépondérante.
chitines sont les représentants les plus importants
Elles occupent une place essentielle dans l’industrie alimentaire, contribuent à
- 10 à 20% de protéines.
la revalorisation des déchets agricoles et industriels et à la production des
Formée de 3 couches :
protéines.
- couche interne de β (1-3) glucane insoluble en milieu basique, assure le
Cependant certaines sont pathogènes pour l’homme ou les animaux.
maintien et la rigidité de la paroi;
La taille de la cellule est très variable selon les espèces : de 1 à 10 µm de
- couche interne moyenne, de β (1-3) glucane soluble ramifié qui confère
large pour 2-3 ou 20-50 µm de longueur.
une certaine élasticité à la paroi, est aussi le lieu d’encrage des
La forme de la cellule végétative peut être sphérique, ovoïde, allongée ou
mannoprotéines;
cylindrique.
- couche externe, de mannanes phosphorylés;
Dans certaines conditions de culture, les levures peuvent donner des formes
mycéliennes.

113 114

19
 15/10/2023

Membrane cytoplasmique
- Riche en stérols constitue de protéines et de phospholipides et se compose
de trois feuilles :
- Un feuillet médian constitué de lipides et de phospholipides
- β (1-3) glucane : assure le lien entre les différentes couches. - Les deux autres étant constitués de protéines
- chitine : - localisée au niveau de la zone de cicatrisation lors du Cytoplasme
bourgeonnement - Hydrogel à pH voisin de 5,
- permet ainsi le maintien de l’intégrité de la paroi et, donc, la - contient des enzymes notamment celles de la glycolyse et de fermentation
survie de la cellule. alcoolique,
- paroi : séparée de la membrane cytoplasmique par un espace - glycogène et des organites équivalentes à ceux des cellules eucaryotes
périplasmique où sont localisées des enzymes. comme :
- Ribosomes
- Reticulum endoplasmiques
- Mitochondries (environ 50 par cellules)
Et contenant leurs propres ADN et ARN

115 116

Noyau :
très petit est en général unique.
on dénombre 17 chromosomes et on identifier 200 gènes, chez
Saccharomyces cerevisiae.
La structure de ces chromosomes est semblable à celle des autres eucaryotes
avec un enroulement de l’ADN

figure 4: Structure membranaire des levures.

117 118

Reproduction
Elles se reproduisent soit :
- Mode asexué par bourgeonnement et division transverse,
- Mode sexué par formation de spores.

M : mitochondrie, Vac : vacuole, L : corps lipidiques,

BS : cicatrice de bourgeonnement, ER : reticulum endoplasmique,
N : noyau, W : paroi, G : Golgi, V : vésicule

Figure 5 : division d’une levure par bourgeonnement 119 120

20
 15/10/2023

Moisissures
Champignons filamenteux hétérotrophes :
- certains vivent en symbiose avec des végétaux,
- d’autres sont des parasites des végétaux ou des animaux,
- d’autres encore sont des saprophytes qui se développent sur des déchets
organiques ou contaminent les produits alimentaires.
Ils sont souvent dotés de :
- propriétés lytiques importantes (cellulolytiques, pectinolytiques.
amylolytiques, protéolytiques, lipolytiques...) qui en font des agents de
dégradation dangereux mais aussi parfois des
- alliés utiles (affinage des fromages, production d’enzymes).

Figure 5: Reproduction d’une levure.

a : multiplication végétative asexuée; b : cycle sexué. 121 122

Les champignons filamenteux : - Utilisés dans :

- Interviennent dans les industries alimentaires à plusieurs niveaux.
- Phytopathogène : très néfastes pour la production des matières
alimentaires brutes ( fruits et légumes).
- Saprophytes : contaminent les aliments et les dégradent au point de vue
qualitatif.
- Toxinogènes : libèrent dans l’aliment des mycotoxines qui représentent
un grave danger de point de vue sanitaire
une espèce donnée de champignon microscopique peut générer
plusieurs types de mycotoxines, et une même mycotoxine peut être
produite par plusieurs espèces de moisissures.
Les toxines se retrouvent dans le mycélium et les spores mais surtout se
diffusent dans le substrat qu'elles contaminent même après la destruction du
champignon responsable de leur production
- Agriculture :
La pourriture noble est un champignon, Botrytis cinerea, qui
se développe sur les baies de raisin dans certaines conditions d’humidité et
d’ensoleillement, permettant la production de vins de raisins surmûris ou
botrytisés, avec des arômes de champignon et de raisins confits
Ce champignon peut, dans d’autres conditions climatiques, être appelé
pourriture grise, endommageant alors la récolte.
- Industrie :
produits laitiers (fromages),
productions de molécules à activité pharmacologique (antibiotiques),
Enzymes industrielles

123 124

- Cytoplasme : limité par une membrane cytoplasmique, contient des :

vacuoles, un ou plusieurs noyaux, ribosomes, mitochondries,
Les champignons filamenteux sont : ergastoplasme
- eucaryotes non photosynthétiques et immobiles. - Vacuole : forme un réseau dans le mycélium jeune et une grande zone
- multicellulaires mais la notion de cellule est assez floue car leur structure centrale dans le mycélium âgé.
est souvent mycélienne et cœnocytique (cellules fusionnées à plusieurs Les réserves sont sous forme de :
noyaux). - tréhalose
La paroi cellulaire (responsable de la forme) est riche en : - glycogène.
- cellulose ou en chitine selon les groupes, - inclusions lipidiques avec des lipochromes solubles;
- cellulose chez les myxomycètes, Saprolegniales et Peronosporales, - tannins et des cristaux d’oxalate de calcium.
- chitine chez les Mucorales, Ascomycètes et Basidiomycètes. - Noyau :
- Substances mucilagineuses en proportion variable, des polysaccharides, - petite taille;
des substances pectiques, des protéines, des pigments et de l'hémicellulose. - Limités par une membrane nucléaire
- contiennent plusieurs chromosomes.

125 126

21
 15/10/2023

Reproduction
- Asexuée chez les mycètes consiste souvent en la production de type
spécifique de spores.
- Sexuée se fait par fusion d’hyphes des souches de sexes différents.
Chez :
- certains mycètes, les noyaux des hyphes fusionnés se combinent
immédiatement pour former le zygote.
- d’autres, les deux noyaux génétiquement distincts restent séparés, formant
des paires qui se divisent de façon synchrone et finalement certains de ces
noyaux fusionnent.

Figure 6 : Reproduction d’une moisissure.

127 a : cycle asexuée; b : cycle sexué. 128

22