Université Blida 1

Institut des Sciences Vétérinaires

Microbiologie Générale (2e année) 2020 / 2021
Dr AKLOUL K.

CHAPITRE 1 LE MONDE MICROBIEN

1. INTRODUCTION
Les micro-organismes constituent un groupe de très petits êtres vivants caractérisés
par une petite taille, une structure simple et l'invisibilité à l'œil nu. Les microbes ne
peuvent être vus qu'à l'aide d'un microscope optique ou électronique.
La plupart des micro-organismes sont bénéfiques pour l'homme, pour l'animal et pour
le végétal. Par exemple, ils jouent un rôle essentiel dans les grands processus
biologiques de transformation des matières organique végétales et animales. Ils
permettent la putréfaction des matières organiques.
Les colibacilles existants dans l'intestin de l'homme peuvent fournir certaines
substances nutritives, surtout la vitamine K. L'homme ne peut pas la synthétiser, les
colibacilles sont la seule source de la vitamine K. Ils permettent la digestion des
aliments (En l'absence de bactéries, les bovins, les ovins et les caprins ne pourraient
digérer les fibres dures de cellulose végétale), ils protègent notre peau et nos
muqueuses.
Sur le plan industriel, les bactéries jouent un rôle essentiel dans la fabrication du
fromage, du yaourt (bactéries lactiques), du vinaigre (bactéries acétiques), etc.
Les moisissures ont un rôle important durant la phase d’affinage : les pénicilliums
roqueforti, donne le bleu au roquefort, le penicillium camenberti le duvet blanc du
camembert, … Les levures utiles telles que Saccharomyces cerevisae fermentent les
sucres en alcool et gaz carbonique (fabrication du pain, de la bière).
Si la plupart des espèces sont inoffensives, certaines sont plus ou moins pathogènes.
On distingue deux catégories de bactéries pathogènes :
Strictes ou spécifiques : Ces bactéries provoquent des troubles quel que soit le
patient. Par exemple : Salmonella typhi et Vibrio cholerae.
Opportunistes : Ces bactéries provoquent des troubles lorsque les défenses
immunitaires de l'hôte sont affaiblies (on parle aussi de sujets immunodéprimés). Par
exemple : Pseudomonas aeruginosa.

2. HISTORIQUE
Le marchand et scientifique amateur hollandais Antonie Van Leeuwenhoek est
probablement le premier à observer des microorganismes vivants à travers des
lentilles grossissantes. Il les nomma « animalcules ».

La découverte d’un monde d’organismes invisibles à l’œil nu fait renaître un grand

débat sur l’origine de la vie. D’où viennent ces microorganismes ?
Certains naturalistes de l’époque prétendaient qu’ils provenaient de la décomposition
des tissus animaux et végétaux morts (génération spontanée ou abiogenèse) = théorie
selon laquelle la vie provient du non vivant.

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Au début du 19ème siècle, plusieurs chercheurs essayent d’apporter des preuves en
faveur de la biogenèse (tout organisme vivant provient d’un organisme vivant
préexistant), contre la génération spontanée.
Louis Pasteur (1822-1895) s’oppose à cette théorie et entrepris des expériences pour
démontrer que des microorganismes ne peuvent provenir que d’autres
microorganismes. Ses expériences consistaient à préparer des solutions nutritives dans
des flacons à col de cygne, sans empêcher le passage de l’air qui n’était ni traité, ni
filtré. Il chauffe les bouillons nutritifs et les laisse reposer. Résultat aucun microbe
n’apparaît. La biogenèse devient la théorie acceptée : tout microorganisme vivant ne
peut provenir que d’organismes vivant préexistant.

3. LE MONDE MICROBIEN
En 1868, le biologiste allemand Ernst Haeckel créa un troisième règne, celui des
protistes. Dans ce règne on regroupe tous les organismes qui ne sont pas des animaux
supérieurs ou des plantes supérieures. Les protistes regroupent les bactéries, les
cyanobactéries, les protozoaires, les algues et les champignons. Les virus sont mis à
part car ce ne sont pas des organismes cellulaires.
Les Protistes comprennent deux groupes fondamentalement distincts :
Certains ont une organisation cellulaire très semblable à celle des cellules des
plantes supérieures et des animaux supérieurs. La membrane cytoplasmique se
prolonge à l’intérieur du cytoplasme d’un réseau membranaire (R.E), lui-même en
continuité avec une membrane nucléaire bien définie et entourant parfaitement le
contenu du noyau.
Ils possèdent un noyau délimité par une double membrane appelée enveloppe
nucléaire, des mitochondries, des lysosomes, un appareil de Golgi et des chloroplastes
dans le cas des cellules photosynthétiques. C’est le cas des algues, protozoaires et
champignons microscopiques. On les appelle Eucaryotes et constituent le groupe des
protistes supérieurs ;
eaucoup plus
rudimentaire. Il n’y a pas de noyau vrai et pas de membrane nucléaire. L’appareil
génétique est constitué d’un seul chromosome. Pas de mitochondries ni chloroplastes.
Ils n’ont pas de cloisonnement cytoplasmique et leurs membranes ne possèdent pas de
stérols mais sont doublées d’une couche de peptidoglycane formant la paroi cellulaire.
Cette organisation caractérise les bactéries et les cyanobactéries. Ce sont des
Procaryotes et on les appelle protistes inférieurs.

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En 1978, Carl Woese, propose la classification de tous les organismes (sur la base de
l’organisation cellulaire et notamment par la comparaison des ARN ribosomiques) en
3 domaines : Les Bactéries, les Archaebactéries et les Eucaryotes.
Les deux premières lignées sont constituées uniquement de cellules procaryotes,
tandis que la troisième contient exclusivement des eucaryotes.

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4. DIVERSITE DES MICROORGANISMES
Les micro-organismes sont de minuscules organismes vivants, trop petits pour être
visibles à l'œil nu. Bien qu'extrêmement petits, les microbes se présentent sous des
formes et des dimensions très variées.

4.1. Bactéries
Organismes unicellulaires procaryotes capables de se multiplier de manière
exponentielle toutes les 20 minutes, dans les meilleures conditions.
Plus de 70 % des bactéries sont des micro-organismes inoffensifs non pathogènes.
Les bactéries ont généralement un diamètre inférieur à 1 μm. On peut les voir au
microscope optique, à l’état frais ou après coloration. Leur forme peut être sphérique
(cocci), en bâtonnet (bacilles), incurvée (vibrions) ou spiralée (spirochètes). Les
détails de leur structure ne sont visibles qu’en microscopie électronique.
Les bactéries sont les plus anciens organismes vivant sur la Terre et aussi les plus
nombreux. Constituées d’une seule cellule, elles disposent de tous les systèmes
nécessaires à leur vie et à leur reproduction.

Exemples : Staphylococcus, Brucella, …

4.2. Archéobactéries
Les archéobactéries sont des cellules procaryotes, mais elles présentent plusieurs
différences tant sur le plan de la forme que sur ceux de la physiologie, du mode de
reproduction et de l’habitat. Leur paroi cellulaire est dépourvue de peptidoglycane
(composant de la paroi bactérienne maintenant la forme des cellules et assurant une
protection mécanique contre la pression osmotique).

Les archéobactéries, qu’on trouve souvent dans des milieux où règnent des conditions
extrêmes : les bactéries méthanogènes, qui produisent du méthane comme déchet de
la respiration; les bactéries halophiles extrêmes, qui vivent dans des environnements
extrêmement salés; les bactéries thermophiles extrêmes, qui vivent dans les eaux

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sulfureuses chaudes. Les archéobactéries ne semblent pas causer de maladies chez
l’humain.

4.3. Cyanobactéries
Embranchement de bactéries (procaryotes), également appelées « algues bleues », ou
autrefois « algues bleu-vert ». On les a classées dans les algues parce qu'on les trouve
toujours dans l'eau mais ce ne sont pas des algues au sens botanique.
Certaines espèces de cyanobactéries produisent des toxines qui affectent l'homme et
l'animal. Ces particules présentes dans l'eau peuvent produire une toxine mortelle
pour les animaux et engendrer de nombreux effets secondaires chez l'homme, tels que
des vomissements, des nausées ou encore des douleurs musculaires.

4.4. Protozoaires
Ce sont des protistes (eucaryotes, souvent unicellulaires et sans tissus spécialisés)
hétérotrophes (puisent leur source de carbone en provenance des différents composés
organiques), mobiles (pseudopodes, flagelles ou cils), qui ingèrent leur nourriture par
phagocytose. Ils ont une taille comprise entre 1 et environ 700 μm mais les amibes
peuvent atteindre jusqu’à 5 mm. Dépourvus de paroi, leur membrane plasmique est
directement au contact du milieu extérieur, dans lequel ils doivent puiser leurs
nutriments.
Ils vivent exclusivement dans l'eau ou dans les sols humides ou à l'intérieur d'un
organisme (dans le mucus pulmonaire, l'intestin, la panse de certains animaux...).
Ils ont des formes variées et peuvent être des entités libres ou des parasites.
Les protozoaires se reproduisent soit de façon asexuée, soit de façon sexuée, et
certains utilisent les deux modes.

Exemples :
-Leishmania donovani (responsable de la leishmaniose viscérale)
-Entamoeba histolytica (diarrhées),
-Trypanosoma (maladie du sommeil)
-Trichomonas vaginalis (infection urogénitale)
-Giardia lamblia (diarrhées)
-Plasmodium falciparum (agent du paludisme)
-Toxoplasma gondii (toxoplasmose)

4.5. Champignons microscopiques (ou mycètes)

Les mycètes sont des eucaryotes. La paroi des cellules des mycètes est composée
principalement d’une substance appelée chitine. Structure générale proche de celle
d’une cellule animale (membrane plasmique, noyau, cytoplasme, organites).

Les formes unicellulaires des mycètes, nommées levures, sont des microorganismes
ovales plus gros que les bactéries. Les mycètes pluricellulaires les plus typiques sont
les moisissures.
Les mycètes se reproduisent en formant des spores de façon sexuée ou asexuée.
Ils se nourrissent en absorbant des solutions de matière organique tirées de leur
environnement, qu’il s’agisse du sol, de l’eau de mer, de l’eau douce, d’un animal
hôte ou d’une plante hôte.
Les levures ont une taille généralement comprise entre 10 et 50 μm. Leur forme peut
être sphérique, ovoïde, allongée, cylindrique…
Exemples :
-Saccharomyces cerevisiae est une levure qui intervient dans la fabrication du pain et de la bière.
-Candida albicans, responsable de mycose

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-Pénicillium avec lesquelles on produit la pénicilline,
-Plusieurs autres espèces de Penicillium utilisées pour la fabrication de fromages
- Aspergilus flavus sécrètent des Aflatoxines dans les céréales mal stockés.

4.6. Algues microscopiques (Microalgues ou microphytes)

Les algues sont des eucaryotes de formes très diverses. Elles sont capables, comme
les végétaux supérieurs, d'utiliser la lumière comme source d'énergie. Elles sont
autotrophes et pratiquent la photosynthèse, grâce à leurs pigments, dont le plus
important est la chlorophylle. Leur paroi cellulaire, comme celle des plantes, est
composée de cellulose.
Les algues se trouvent en abondance dans l’eau douce et l’eau salée, dans le sol et en
association avec des plantes. Elles jouent un rôle important dans le cycle du carbone
et de manière plus générale dans les cycles biogéochimiques des lacs et de l'océan.

4.7. Virus
Les virus ne sont visibles qu’au microscope électronique et ils sont acellulaires.
De structure très simple, la particule virale n’est composée que d’une nucléocapside.
Le matériel génétique, formé d’un seul type d’acide nucléique, soit d’ADN ou
d’ARN, est entouré d’une capside protéique qui est parfois elle-même recouverte
d’une membrane lipidique appelée enveloppe.

Les virus peuvent se répliquer, c’est-à-dire se reproduire, mais seulement s’ils

utilisent la machinerie et l’énergie d’une cellule vivante. C’est ainsi que tous les virus
sont des parasites intracellulaires obligatoires ; hors d’une cellule vivante, ils sont
inertes.
Exemples : Lyssavirus (virus de la rage), Coronavirus, .

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4.8. Prions
Les Prions sont « une famille » de microorganismes à part, ne possédant pas de
matériel génétique.
Un prion (acronyme de proteinaceous infectious particles) est un agent pathogène de
nature protéique qui, au contraire des autres types d’agents infectieux tels que les
virus, les bactéries, les mycètes et les parasites, ne contient pas d’acide nucléique
(ADN ou ARN) comme support génétique de son potentiel infectieux.
Les prions ou Agents Transmissibles Non Conventionnels (ATNC) sont classés parmi
les agents biologiques, bien que n'étant pas des micro-organismes.

Le Prion serait une particule protéique naturellement présente dans les organismes.
Sa pathogénicité dans les encéphalopathies spongiformes serait en liaison avec une
modification de sa conformation.
Les prions sont responsables de maladies se manifestant par une dégénérescence du
système nerveux central liée à leur multiplication chez l’individu atteint.
Ils sont responsables des maladies dégénératives chez les animaux (la tremblante du
mouton, l'encéphalopathie spongiforme bovine -ESB-) ; et chez l’homme, la maladie
du Kuru, ou la maladie de Creutzfeld-Jakob, entraînant une certaine forme de la
démence.

Le prion, n'étant pas un être vivant ne se cultive pas, mais peut être extrait de cultures
cellulaires ou d'organismes entretenus dans ce but.

5. TAXONOMIE
Le règne (Procaryotae) est le premier niveau de classification. Vient ensuite le
domaine (Bacteria), le phylum, la classe, l'ordre, la famille, le genre, et l'espèce. Cette
dernière constitue l'unité de classification. Toutefois, il est souvent nécessaire de
subdiviser une espèce en différentes sous-espèces (subspecies).

Exemple : Classification d’Escherichia coli :

- règne : Procaryotae
- domaine : Bacteria
- phylum : Proteobacteria
- classe : Gammaproteobacteria
- ordre : Enterobacteriales
- famille : Enterobacteriaceae
- genre : Escherichia
- espèce : Escherichia coli

Comment classer les bactéries ?

La classification des bactéries repose sur plusieurs types d'observations et d'études.
Les bactéries peuvent ainsi être classées et donc identifiées en fonction :
- de leur morphologie microscopique (bactérie de type coque, bacille, vibrion ; isolés,
par deux, en chaînettes...)
- de leur morphologie macroscopique (taille, forme, couleur... des colonies sur
milieux de culture gélosés)
- de leur mobilité (mobilité ou immobilité à une température donnée)
- de la présence de spores (à l'état frais ou après coloration)
- du résultat de la coloration de Gram (coloration de Gram positive ou négative)
- de la température de croissance (4° C, 20° C, 30° C, 37° C...)

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- du type respiratoire (aérobie, anaérobie strict, aéro-anaérobie facultatif,
microaérophile..)
- des besoins nutritionnels (nécessité de substances particulières pour le
développement)
- de la capacité à utiliser certaines sources de carbone ou d’azote

Les bactéries peuvent être classées selon leurs caractères :

 biochimiques (classification en biotypes ou biovars)
 morphologiques (morphovar)
 antigéniques (classification en sérotypes ou sérovars)
 pathogéniques (classification en pathotypes ou pathovars)
 enzymatiques (classification en zymotypes ou zymovars)
 de sensibilité aux antibiotiques (classification en antibiotypes)
 de sensibilité aux bactériophages (classification en lysotypes ou lysovars)
 moléculaires : identification de l’ADN par ribotypie, hybridation ADN-ADN,
hybridation ADN-ARN, séquençage de l’ARN ribosomique, etc

6. NOMENCLATURE
Les noms des microorganismes s'écrivent en latin et en caractères italiques ; le nom
complet d'un microorganisme comprend un nom de genre et un nom d'espèce ; le
nom de genre commence par une majuscule, pas le nom de l'espèce ; le nom de genre
précède ce dernier ; quand on évoque différentes espèces d'un même genre, on écrit
"speciei pluralia" qui signifie "plusieurs espèces" (en abrégé "spp.") ; si on évoque
une seule espèce (sans la nommer), on indique "species" (abrégé "sp.").

Le code de nomenclature des virus diffère des autres sur plusieurs aspects. Pour
l'essentiel, les noms des ordres et des familles sont mis en italiques et les noms des
espèces ne suivent pas la nomenclature binomiale mais sont souvent de la forme
[Virus] de la [maladie].