Institut des Sciences Vétérinaires, Cours de bio-informatique

Université de Blida 1 2020/2021

Cours 2

Les données biologiques et les

champs d’application de la BI
Années 80 : - Début de la micro-informatique
- Création des premières banques de données (GENBANK)

Années 90 : - Développement de l’internet et des réseaux

- Apparition des logiciels de comparaison de séquences
(BLAST)

Années 2000 :
-Consultation libre en ligne des bases de données
-Mutualisation des données avec les projets de
séquençages de génomes
La Bio-Informatique s’applique à tout type de données
biologiques, en particulier moléculaires :

Les contenus en gènes des génomes.

Les séquences et structures (ADN & ARN).

 Qu'est-ce qu'une séquence d'ADN ?

Une séquence génomique est l'enchaînement des

nucléotides le long d'une macromolécule d'ADN.

C'est en comparant des séquences de génomes d'espèces

actuelles qu'il est possible de reconstruire des arbres
phylogénétiques qui rendent compte de l'histoire évolutive.
 La phylogénie ?

La phylogénie moléculaire
C’est une branche qui apporte des renseignements sur les
changements qui seraient survenus au niveau des séquences
au cours de l’évolution.
Arbre phylogénétique
Les données utilisées par la phylogénie moléculaire peuvent être de
plusieurs types :

- Caractères morphologiques.
- Présence ou absence d’un caractère.
- ADN.
- ARN.
- Protéines.
La Bio-Informatique s’applique également à :

Les séquences et structures des protéines.

La Bio-Informatique s’applique également à :

Données de la littérature
1. Recherches en biologie
* Organisation moléculaire des cellules/des organismes.
* Mécanismes de l’évolution.
* Etude des génomes et de gènes .
Grâce à la bio-informatique plusieurs génomes ont pu être
identifiés :

Génome humain : Homo sapiens

1. 23 pairs de chromosomes.
2. Génome: 3 milliards de bases.
3. Gènes : de 30 000 à 35 000.
4. L’ADN contenu dans les chromosomes d’une cellule mis bout
à bout formerait un ruban d’1,5 mètre.
Grâce à la bio-informatique plusieurs génomes ont pu être
identifiés :

Génome souris: Mus musculus

1. 21 pairs de chromosomes.
2. Génome: 3 milliards de bases.
3. Gènes : de 30 000 à 35 000.
Il s’agit de la souris grise domestique :

Utilisée comme modèle pour l’étude de nombreuses maladies.

Son génome est légèrement plus petit que le génome humain (14%).

99% des gènes sont homologues ou proches de gènes humains.

Comprendre le mécanisme du cancer, maladies génétiques,

l’embryogénèse ainsi que l’évolution.
Grâce à la bio-informatique plusieurs génomes ont pu être
identifiés :

Génome plante des bords de chemins : Arabidopsis thaliana

1. 5 pairs de chromosomes.
2. Génome: 1,2 milliards de bases.
3. Gènes : environ 20 000.
 Organisme modèle en génétique végétale.

1er génome de plantes à être totalement séquencé.

Atouts: petite taille, cycle de vie rapide (6 semaines de graines à

graines), résistante, absence d’intérêts économiques et une
plante capable de s’autoféconder.
Grâce à la bio-informatique plusieurs génomes ont pu être
identifiés :

Génome bactérie de l’intestin : Escherichia coli

1. 1 paire de chromosomes.
2. Génome: 46 millions de bases.
3. Gènes : environ 4000.
Bactérie utilisée souvent en industrie pharmaceutique
notamment pour la fabrication d’enzymes.
Grâce à la bio-informatique plusieurs génomes ont pu être
identifiés :

Génome levure de bière : Saccharomyces cerevisiae

1. 16 paires de chromosomes.
2. Génome: 13 millions de bases.
3. Gènes : environ 6000.
Organisme modèle en embryologie cellulaire et en génétique.

L’homme partage 23% de ses gènes avec cette levure.

 Une bactérie lactique (Bacillus subtilis)

Excellent modèle pour l’étude des bactéries

pathogènes (Staphylococcus aureus (mammites et
intoxications alimentaires) et Bacillus anthracis
(maladie du charbon).
 La mouche du vinaigre (Drosophila melanogaster)

Organisme modèle en génétique et développement (maladie de

Parkinson).

Atouts:

Petite, facile à manipuler et élevage aisé.

70% de gènes associés à des maladies humaines ont un
analogue dans le génome de la drosophile.
50% des protéines de cette mouche ont des analogues chez les
mammifères.
 Un ver
(Coenorhabditis elegans)

Organisme modèle pour les études sur l’apoptose, le

développement embryonnaire et du vieillissement.
 La taille des génomes (en nombre de bases)

Viroide 300
Petit phage (virus infectant une bactérie) 2,000
Virus du SIDA 10,000
Virus de l’herpès 150,000
Mycoplasma genitalium 600,000
Bactérie 1 à 13 millions
Levure du boulanger 13 millions
Drosophile (mouche) 180 millions
Poisson fugu 360 millions
Homme 3.2 milliards
Pin 68 milliards
Salamandre 81 milliards
Amibe 670 milliards
2. Recherches en médecine:
* Diagnostic moléculaire.
* Détection de gènes impliqués dans les maladies (cancers).

3. Recherche pharmaceutique

* Mécanismes d’action des médicaments.

* Identification de la cible des médicaments.

4. Biotechnologie

* Thérapie génique.