CHAPITRE II

LA GENOMIQUE
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1. Généralité :

La biologie moléculaire est entrée depuis 1995 dans l’ère de la génomique : on dispose
maintenant de l’information génétique exhaustive sur un nombre croissant d’organisme
vivants et il est aujourd’hui possible d’aborder de manière globale un certain nombre de
problèmes complexes dont on n’avait jusqu’à présent qu’une connaissance fragmentaire :
voies métabolique, interaction de la cellule, mécanismes globaux et régulation et de contrôle.
Une nouvelle discipline est également née de la connaissance de ces séquences complètes de
chromosomes : la génomique comparée.( Frédéric.D et François.K 2002).

La génomique est la science qui étudie la structure, le contenu et l’évolution des génomes.
L’objectif premier était le séquençage en masse de séquences nucléotidiques. L’évolution
technologique aidant, le domaine d’étude s’est élargi pour ne plus se limiter à la détermination
des séquences mais y inclure également l’analyse de l’expression et la fonction aussi bien des
gènes que des protéines. Parallèlement, la bioinformatique et les études biologiques assistées
par ordinateur sont de plus en plus souvent intégrées à ces analyses. (Greg.G et
Spencer.V.Muse 2004).

2. Définition de la génomique :

La génomique est l’une des branches les plus récentes en biologie, l’un des domaines de la
génétique. Formulation du terme génomique pour la première fois en 1986 par le généticien
Tom Roderic, (kuska B.beer,1998 ; Aworunse.O et al,2018) c’est une science qui utilise des
stratégies comparatives qui représentent l’information génétique totale trouvée dans la cellule.
Les chromosomes sont le pilier structurel de l’information génétique qui forme une partie
essentielle du génome. En plus d’autres structures génétiques qui peuvent porter des
informations supplémentaires, que ce soit dans les procaryotes tels que (les plasmides) ou les
eucaryotes (du génome mitochondrial et les génomes des fabricants) (NobregaM.A et
al,2004 ; Touchman.J,2010 ; Griffiths,Antony J.F,2022) Le séquençage du génome est
déterminé par des études génomiques partielles Autrement dit, déterminer l’ordre des
nucléotides dans les molécules d’ADN dans différents organismes et les comparer entre eux
par utilisation de machines de séquençage génétique.(Heather.J,M& Chain.B,2016)

Tableau 05 : Comparaison de certains génomes selon la taille, le nombre de gènes et le

nombre de chromosomes. (Touchman.J, 2010)
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Organisme La taille du Nombre de Le nombre de

génome (pb) chromosomes gènes
L’homme 3 milliards 46 25.000

Mus musculus 2,9 milliards 40 25.000

Drosophila melanogaster 165 millions 8 13.000

Arabidopsis thaliana 157 millions 10 25.000

Caenorhabditis elegans 97 millions 12 19.000

Saccharomyces cerevisiae 12 millions 32 6.000

Escherichia coli 4,6 millions 1 3.200

Afin d’obtenir des formules génomiques on commence par extraire l'ADN total à partir d’un
échantillon de cellules de l’organisme à étudier, puis divisé en parties de manière aléatoire ces
pièces sont ensuite cloné en vecteurs d’ADN (Généralement des plasmides) Capable de
transporter de grandes pièces (inserts) de l’ADN en doublant l’ADN dans la cellule
bactérienne vivante. Ensuite, l’ADN cloné a extrait des cellules bactériennes transportant
l’ADN cloné et une bibliothèque d’ADN génomique (Genomic DNA Library) est préparée
afin de procéder au processus de séquençage à travers une machine dédié à cette technologie
l’information électronique tenue est stockée dans des ordinateurs pour la traité de manière
informationnelle.

Pour obtenir des séquences génétiques complètes ces informations peuvent être placés dans
des bases de données dédiées à l’information génétique, qui peuvent être utilisées pour
diverses études , ensuite vient le processus de l’annotation qui est basé sur des algorithmes qui
reconnaissent les éléments génomiques y compris les gènes , une identification plus poussée
détermine leurs fonctions également basé sur des déterminants dans leurs séquences
concernant les fonctions de ces gènes ou en les comparant avec des gènes bien connus
déposés dans des banques génétiques. (Griffiths, AnthonyJ.F,2022 ; Albert.B et al,2022 ;
J.F. Hess et al,2020 ; Jiang.H et al,2013)

Parmi les applications des génomes obtenus peuvent recourir à la génomique fonctionnelle
pour déterminer la fonction des gènes individuels à partir de mutations et notez comment la
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mutation change le phénotype et qui déduit la fonction naturelle de ce gène (Zhang.Y et

al,2019).Elle offre également une comparaison simple des caractéristiques générales du
génome telles que la taille du génome, le nombre de génomes et le nombre de chromosomes
point d’entrée de l’analyse génomique comparative.(Griffiths,AnthonyJ.F,2022)

La génomique joue un rôle clé dans l’étude des gènes et l’identification de leurs séquences
notamment la carte génétique finale par contre elle ne nous oriente pas directement comment
cette information mène à des traits et comportement qui peut être observé et qui suscite une
compréhension, la prochaine étape après l’établissement de la génomique consistera à trouver
toutes les parties fonctionnelles du séquençage du génome et à utiliser cette information pour
procéder à des analyses comparatives de ces séquences spécifiques, dans le cadre de la
génomique comparative.(Shen.L, Liu.Y, Xu.B et al,2017)
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Figure 03 : Détermination des étapes de séquençage de l'ADN des hépatocytes (A), et le

processus d'assemblage des séquences du génome (B) (Nebula.G)

3. La génomique comparative :

C’est un domaine de recherche passionnant qui est l’une des revues d’analyse de domaine et
considère une autre application de la génomique, étudie les relations évolutives à l’aide de la
génétique, dans laquelle les cartes du génome sont cartographiées et les séquences alignées
(Bin.H, Gary.X et al,2011). (le tableau 04 énumère certains des outils utilisés à cette fin) ,et
qui est une méthode typique en génomique comparative, Les relations évolutives entre les
espèces et la comparaison des caractéristiques génomiques de différents organismes
biologiques sont étudiées totaux de population ou d’espèces semblables, les caractéristiques
génomiques peuvent inclure le séquençage de l’ADN, les gènes génétiques et leur
emplacement, leur disposition et leur organisation, et leurs fonctions biologiques cryptées et
autres caractéristiques génétiques structurelles dans les génomes biologiques de différentes
espèces ou souches biologiques. Les scientifiques utilisent divers outils, y compris la bio-
informatique, en comparant les caractéristiques qui déterminent la biologie de différents
organismes.(Armstrong.J et al,2018 ; Sivashankari.S et shanmughavel.P,2007 ;
Hardison,Ross C,2003 ; Mullikin J.C,2014).

3.1. Histoire de la génomique comparative :

Au début des années 80 et avec l’avènement de la génomique comparative, initialement, les

premiers petits virus à ARN ont été comparés précisément Picornaviruses qui infecte les
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animaux et le virus de la mosaïque de haricots (Cowpea mosaic virus) qui infecte les plantes
et montre qu’elles partagent un grand nombre de séquences. (Mullikin J.C,2014 ;
Gordon.KH et Waterhouse.PM,2006).

Tableau 06 : Liste des outils et bases de données les plus couramment utilisés pour aligner
les séquences en génomique comparative. (Valentina.S et al,2021).

L'outil/la base de données Site Web

NCBI (BLAST) http:/www.ncbi.nlm. nih.gov/BLAST/

GenomeVISTA (AVID) http://pipeline.lbl.gov/cg-bin/GenomeVista

UCSC Genome Browser (BLAT) http://genome.uscs.edu/

EMSEMBL (SSAHA) http://www.ensembl.org
BLAST2 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/bl2seq/bL2.html
VISTA http://www-gsd.lbl.gov/VISTA/index.html

PIPMAKER http://bio.cse.psu.edu/pipmaker/
Alfresco http://www.sanger.ac.uk/Software/Alfresco/
SynPlot http://www.sanger.ac.uk/Users/jgrg/SynPlot/
Jdotter http://athena.bioc.uvic.ca/pbr/jdotter/
GLASS http://plover.lcs.mit.edu/

Le premier système de comparaison pour l’ensemble du génome de haute précision a été

développé par les scientifiques Steven Salzberg, Simon Kasif et Art Delcher en 1999 Il a été
décrit dans une publication intitulée Le système « MUMMER ». Ce système aide les
chercheurs à identifier les grands réarrangements, les mutations fondamentales individuelles,
les réflexions et les expansions fréquentes en tandem. Ce système chez les bactéries peut
identifier de multiples modèles génétiques responsables de maladies et de résistance aux
antibiotiques. Ce système a ensuite été appliqué à de nombreux autres projets génomiques
comparatifs. (Land.M, Hauser.L et al,2015 ; Marçais.G et al,2008). En 1996, le séquençage
génomique complet a été publié et une étude comparative du premier organisme eucaryote
(Levure de pain, Sacharomyces cerevisiae). Puis en 1998, le génome du ver rond a été publié
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Figure 04 : Date de publication des études génomiques de 1995 à 2015. (Valérie de Crécy-
Lagard, Andrew D. Hanson,2018).

(Ascaris lumbricoides) avec le génome de la drosophile (Drosophila melanogaster) en 2000

Publication d’une comparaison complète du génome humain et de la souris.(
Bernard.D,2015 ; Goffeau.A et al,1996).

3.2. Le principe de la génomique comparative :

Le principe principal de la génomique comparative est que les caractéristiques communes de

deux organismes biologiques sont souvent codées dans le génome évolutivement préservé
entre eux. S’il existe une relation étroite entre les génomes, elle présentera un comportement
écrit (préservation de l’ordre et de la nature des gènes). Tout ordre de certaines ou de toutes
les séquences est enregistré le séquençage génétique du génome peut donc être utilisé pour
déterminer la fonction génétique en analysant l’homologie qui signifie une séquence similaire

entre des gènes ayant une fonction connue en raison d’origines communes.
(Hardison.RC,2003 ; Malhis.N et al,2019 ; kurtz.S et al,2004).

3.3. Quelques termes utilisés dans la génomique comparative :

Arbres évolutifs génétiques (phylogénétique) : Arbre évolutif ou arbre de vie est un terme
utilisé en biologie évolutive, il s’agit d’un diagramme ramifié qui montre les relations
évolutives entre différentes espèces et organismes en comparant la séquence de base de
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l’ADN et la séquence d’acides aminés de protéine afin de comprendre le lien entre les
organismes (en termes d’ascendance, de gènes, d’espèces, ainsi que de montrer une
ascendance commune) et pour comprendre comment les races ont évolué à partir du passé et
même prédire l’évolution des races futures. (Wiley.E.O,2010 ; Gregory.T.R,2008).

Les Homologues : égaux, qui sont des gènes ou des protéines identiques (ont des séquences
similaires en raison d’un ancêtre commun) (Dubnau.J,2003). Ces gênes peuvent être :

a- Orthologues : les gènes symétriques sont des gènes trouvés dans différentes espèces
descendant d’un gène ancêtre lors de la formation de l’espèce (speciation), il est censé avoir
les mêmes fonctions biologiques. (Koonin.EV,2005).

b- Paralogues : les gènes répliqués sont ceux qui sont apparus à la suite de réplication des
gènes, la réplication de ces gènes permet le développement de nouvelles fonctions et
l’intensification de l’activité du gène multiplié. (Jensen.R.A,2001).

c- Xénologues : C’est un égal dont l’origine est le transport horizontal d’un type à un autre
(Horizontal gene transfer) et qui ont souvent des fonctions similaires. (Charlotte.A.D et
al,2017).
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d- Analogues : ce sont des égaux isotopiques qui ne descendent pas d’un ancêtre commun
mais ont des fonctions similaires malgré la différence dans leurs séquences. (Cheng.H et
al,2008)

Figure 05 : Les types de pairs (l’Homologie) (Liu.D,Hunt.M etTsai.I.J,2018).

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Figure 06 : Un document montrant la similitude et la correspondance entre les gènes humains

et murins. (Touchman.J,2010).

3.4. Importance et utilisation de la génomique comparative :

La génomique comparative est un outil puissant pour étudier les relations évolutives entre
organismes, basé sur la comparaison de la structure et leurs fonctions et sur la tentative
d’identifier les relations évolutives entre les espèces et leurs différences dans les formules de
séquences génomiques et leur impact sur les fonctions et les classements. (Alex.V et al,2001 ;
Touchman.J,2010).

Nous avons appris de l’alignement du séquençage que l’information qui peut être obtenue en
comparant deux génomes ensemble dépend de la distance évolutive exprimée par l’ampleur
des différences accumulées au fil du temps et des générations. L’identification des parties
préservées du génome au fil des ans est une étape importante pour comprendre les éléments
sous-jacents du génome. Elle aide à identifier les gènes nécessaires dans la vie d’un
organisme, Il met en évidence les fondements moléculaires qui contrôlent les fonctions des
gènes. (Giardine.BM et al,2003). La génomique comparative est très prometteuse pour
comprendre la vie dans ses aspects évolutifs. Par exemple, les vaccins peuvent être
développés à partir d’études basées sur la comparaison des génomes d’organismes
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pathogènes, Des études approfondies ont également montré que le phénotype est lié à
certaines maladies et à leurs fondements moléculaires. ( Alfoldi.J et Lindblad-Toh.K,2013).

L’identification précise des mutations au niveau des nucléotides uniques SNP qui ont
conduit à de telles conditions pathologiques ouvre des espaces pour le développement de
thérapies génétiques visant à réparer ces mutations sur la base de techniques génomiques
précises pour corriger les génomes (comme la technologie CRISPER CA9) (Wu.J, Tang.Y et
Tang.B,2020). Au fil du temps, les scientifiques ont pu comprendre comment l’apparence, le
comportement, la biologie et la biochimie des organismes changent, la comparaison des
génomes permet également de connaître les relations évolutives entre les espèces, de
construire des arbres évolutifs et des matelas de classification sur des bases génétiques.
(Alcaraz.L.D et al,2010).

La génomique a des applications plus larges dans l’agriculture, la biotechnologie et la

zoologie comme outil pour identifier les différences souvent subtiles entre les espèces, Ces
efforts ont mené à de nouvelles visions de certaines branches d’arbres évolutionnaires ainsi
qu’à une amélioration de la productivité des cultures et ont proposé de nouvelles stratégies
pour la conservation des espèces animales et végétales rares et menacées, etc. (Fadiel.A et
al,2005).
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Figure 07 : Construire un arbre évolutif en alignant la séquence

(Blanchet.G et al,2017).

4. Navigateurs génomique :

Avec la publication de génomes complets de vertébrés dans les années 2000 incluant les
génomes humains, le poisson-globe japonais Takifugu rubripes et la souris Mus musculus, ils
ont été utilisés directement dans des programmes d’information visant à prévisualiser et à
parcourir des informations. En comparant ces génomes, il a été constaté qu’environ 60% sont
préservés entre les mouches des fruits et les humains, ce qui indique sans aucun doute
l’implication de gènes essentiels.(Santagati.F et al,2001). D’autre part, les deux tiers des
gènes humains associés au cancer présentaient des isotopes dans la drosophile. (Leonard.L.D
et al,2021).

Les scientifiques ont commencé à prêter attention aux aspects pratiques de l’identification
génomique, comme l’étude des génomes qui déterminent la production de lait à haute teneur
en matières grasses chez les vaches dans le but d’accroître la production alimentaire fondée
sur la génomique. (Kiplagat.S.K et al,2012).
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Les études génomiques sont allées au-delà de ces considérations pour faire des découvertes
surprenantes, comme une comparaison des génomes de 50 espèces d’oiseaux qui a permis aux
scientifiques d’identifier le réseau génétique responsable du chant chez les oiseaux et qui peut
jouer un rôle important dans l’efficacité de la capacité vocale de l’homme. (Jarvis E.D,2004).

Comme autre exemple d’applications de la génomique en santé, les chercheurs du National

Human Genomics Research Institute (NHGRI) aux États-Unis d’Amérique ont étudié les
génomes spécifiques de différents types de cancers chez les chiens. (Davis.B.W et
Ostrander.E.A,2014).Des analogues de ces cancers chez l’homme, par exemple, des
scientifiques ont élaboré des cartes génétiques décrivant les positions génétiques cancérigènes
qui ont permis de développer de nouvelles stratégies pharmacologiques et des traitements
créatifs plus efficaces et moins coûteux. (Hoelder.S et al,2012 ; Housman.G et al,2014).