MODULE

MICROBIOLOGIE
SPECIALE
Dr : BENTOURA Amira
3eme Année
Ecole Supérieure des Sciences de l’Aliment et
des Industries Agroalimentaires
ESSAIA - Alger
Année universitaire: 2023/2024
 Programme du module
Chapitre I : Méthodes d’identification des microorganismes
1- Connaissances fondamentales sur les approches taxonomiques
1.1. Approche phénotypique
1.2.Approche numérique
1.3.Approche phylogénétique et métagénomique
1.4.Approche polyphasique
2- Plan général d’identification des bactéries et les tests d’orientation
3- Galerie biochimique classique (tests biochimiques et physiologiques)
4- Galerie rapide Api
4.1. API20 E
4.2. API20 NE
4.3. API Staph
4.4. API Strep
5- Identification phylogénétique (Etude moléculaire)
6- Identification par Maldi-Tof (Technique phénotypique moléculaire ultra précise)
 Chapitre II:
Etude des caractères bactériologiques des principaux groupes bactériens

1. La famille des Enterobacteriacea

2. Le genre Vibrio
3. Le genre Pseudomonas
4. Le genre Aeromonas
5. Le genre Campylobacter
6. Le genre Bacillus
7. Le genre Listeria
8. Le genre Clostridium
9. Le genre Staphylococcus
10. Le genre Streptococcus
11. Le genre Lactobacillus
Cours
I
 L’identification des
microorganismes signifie quoi???
L’identification d’une souche bactérienne
consiste à rechercher les différents caractères
de cette souche et les comparer avec ceux des
modèles figurant dans la classification.

*L’identification consiste à intégrer des souches

bactériennes inconnues à l’un des taxons
préalablement définis.

*L’identification des bactéries implique l’utilisation

d’un protocole méthodologique de plusieurs étapes,
afin d’assimiler une souche inconnue à une espèce
déjà définie et classée.
 1- Connaissances fondamentales sur les approches taxonomiques
1- 1- Signification de taxonomie:
Taxonomie ou de taxinomie (du grec taxis= arrangement = Classification ).
1- 2- Définition de la taxonomie:
La taxonomie ou taxinomie des microorganismes= C’est une branche des sciences naturelles
qui a pour objet l’étude de la diversité du monde microbien = C’est la science qui permet de
classer les organismes vivants en taxons.

La taxonomie du monde microbien = C’est la classification des microorganismes selon des

critères de ressemblance et de parenté bien déterminés (morphologiques, physiologiques,
biochimiques, écologiques et génétiques), elle regroupe et organise les microorganismes dans
des catégories hiérarchisées ou niveaux hiérarchiques appelés: Taxons ou rangs taxonomiques
Niveaux hiérarchiques = veut dire que chaque taxon ou rang taxonomique est subdivisé en
plusieurs taxons dans le niveau qui le suit (supérieur).
1-3- La notion de rangs taxonomiques: Précision
L’espèce est le groupe taxonomique de base
de la taxonomie bactérienne. Des groupes
d’espèces sont ensuite rassemblés en genres
(sing, genre). Les groupes de genres sont
rassemblés en familles, familles en ordres,
ordres en classes, classes en phyla (phylum) et
phyla en domaine (le rang ou le niveau le plus
élevé).
Remarque: Phylum
A l’échelle de l’espèce, les méthodes utilisées
doivent être de haute précision

Le niveau de précision de l’identification

de la bactérie dépend fortement de la méthode
utilisée.
1-4- Importance de la taxonomie
-Détecter et identifier les bactéries pathogènes.
-Détecter et identifier les souches d’interet (productrices de molécules d’interet= antibiotiques,
enzymes, vitamines, acides aminés (lysine), …
Etablir un lien entre une souche et une propriété industrielle.
-Inférer (déduire) les propriétés d’intérêt. ex : L. bulgaricus=> levain d’acidification
La diversité du monde vivant (microbien) est le résultat de ce qu’on appelle: « L’évolution »

1-5- Notion d’évolution:

L’évolution est définie comme un phénomène

naturel ou les espèces vivantes subissent des
modifications au cours du temps, conduisant
à l’apparition de nouvelles espèces.

Ces modifications peuvent être visibles

(génotypiques et phénotypiques) ou pas
(génotypique seulement).

C’est pour cela que deux individus peuvent

se ressembler phénotypiquement mais
appartiennent à deux espèces différentes.
 Les modifications génotypiques au cours du temps qui apparaissent sous l’influence de
Certains facteurs peuvent être :

Mutations génétiques Transferts de gènes

Une mutation est un changement spontané
ou induit par certains facteurs mutagènes Mécanismes de transfert de
(ex: Rayons ultraviolet, agents chimiques gènes
…qui modifie une séquence nucléotidique
au niveau du génome. Transduction

Mécanismes de mutation Conjugaison

Transformation
Substitution de nucléotides
Délétion de nucléotides
Insertion de nucléotides
*La notion de nucléotide:

Le nucléotide c’est l’unité structurale fondamentale de l’ADN (chromosomique ou plasmidique)

Un nucléotide est une molécule organique formée par la combinaison de 3 éléments essentiels:
1- une base azotée:
- 4 bases azotées forment l’ADN:
A: Adénine Le nucléotide: Adénosine
T: Thymine ADN Le nucléotide: Thymidine
C: Cytosine Le nucléotide: Cytidine
G: Guanine Le nucléotide: Guanosine
- A et G: les bases azotées puriques
-C et T : Les bases azotées pyrimidiques
2- Le sucre à 5 carbones (ribose): Qui sert de support à la base azotée.
3- Un ou plusieurs groupements phosphate:
Qui sont liés au sucre et confèrent une charge négative au nucléotide
L’ADN

L’ADN est une molécule longue, qui se

compose de nucléotides enchainés les uns
aux autres grâce à des liaisons « phospho-d
i-ester » et disposés en double hélice (deux
brins complémentaires) (les molécules de
sucre constituent les deux brins du double
hélice sur lesquels se fixent les bases azoté
es et les groupements phosphate).

Les deux brins sont complémentaires:

C’est-à-dire la cytosine d’un brin ne peut
se lier qu’à la guanine de l’autre brin, et la
thymine de l’un à l’adénine de l’autre.
1-5-1- Les mutations génétiques

Mutation par substitution de nucléotides

C’est un changement au niveau d’une séquence

d’ADN (gène) qui se fait par remplacement
d’une paire de nucléotide par une autre paire.
Mutation par délétion de nucléotides:
C’est un changement au niveau d’une séquence
d’ADN (gène) qui se fait par la perte d’une
paire de nucléotide.

Mutation par insertion de nucléotides:

C’est un changement au niveau d’une séquence
d’ADN (gène) qui se fait par l’ajout ou
l’addition d’une paire de nucléotide.
1-5-2-Le transfert de gènes
C’est un transfert de matériel génétique entre deux cellules microbienne
-Une cellule donneuse -Une cellule receveuse
Ce transfert de gènes se fait par trois mécanismes différents:

A- Le transfert de gènes par transduction:

Le transfert du matériel génétique entre la cellule donneuse et la cellule receveuse se fait par
l’intermediaire d’un vecteur viral (lors de l’infection d’une bactérie par un virus bactériophage)
B- Le transfert de gènes par conjugaison:
Le transfert du matériel génétique (ADN chromosomique ou plasmidique ) entre la cellule
donneuse et la cellule receveuse se fait par contact direct cellule à cellule via le Pili sexuel
C- Le transfert de gènes par transformation:
Le transfert du matériel génétique par transformation se fait par absorption de l’ADN exogène
(de la cellule donneuse) par la cellule receveuse. Pour que la transformation s'effectue, il faut
que la bactérie receveuse soit en état de compétence,
A- Le transfert de gènes par transduction
B- Le transfert de gènes par conjugaison:
1-5-2-1- Inconvénients du transfert de gènes

*Le transfert des gènes résistantes aux antibiotiques

*Le transfert des gènes de virulence

1-5-2-2- Avantages du transfert de gènes

- Faire acquérir aux bactéries certaines propriétés et aptitudes technologiques (par le

transfert des gènes responsables de la production des molécules d’intérêt « enzymes=
agents coagulants, agents texturants, agents aromatisants, agents de bio préservation =
les bactériocines,….)
 1-6- Les approches taxonomiques

A- Approche taxonomique phénotypique

-La classification phénétique ou phénotypique utilise un faible nombre de caractères

phénotypiques considérés (jugés) comme importants tels que la morphologie, un caractère
biochimique, l’habitat, etc.,
-Cela ne reflète en réalité qu’un nombre très réduit d’information. De plus, les caractères
considérés comme importants sont subjectifs et peuvent varier d’un auteur à un autre, ce qui est
une source d’instabilité. Il faut savoir également que ces caractères peuvent être absents
notamment chez les germes mutants et donc fausser d’avantage l’identification.
B- Approche taxonomique numérique
Cette méthode consiste à étudier pour chaque souche, plus d’une centaine de caractères et attribu
er la même importance (même poids) à chacun des caractères qui sont codés 1 (en cas de présen
ce du caractère) ou 0 (en cas d’absence). Le but recherché est de rassembler dans une classe de
similitude les individus les plus semblables. Les donnés sont introduites dans un ordinateur qui
calcule les similitudes entre les individus et les regroupe ainsi en catégories de ressemblance.
 C- Approche taxonomique phylogénétique
Avec le développement des outils moléculaires et les méthodes génétiques, la taxonomie a
considérablement évolué. La taxonomie phylogénétique consiste à comparer les individus sur
la base des données génotypiques. Elle permet donc d’établir les liens de parenté entre les
individus indépendamment de leur caractères phénotypiques.
Plusieurs méthodes :
• Détermination du (G + C)% (ou coefficient de Chargaff)
• Hybridation des acides nucléiques (ADN/ADN)
• Etude des ADN codant pour l’ARN 16S (PCR)
• Comparaison des protéines
D- Approche taxonomique polyphasique
L’approche moderne de la taxonomie bactérienne est polyphasique. Il s’agit d’une classification
qui tient compte d’un maximum de données : phénotypiques (morphologiques, physiologiques,
biochimiques, écologiques) dans une première étape et phylogénétiques dans une deuxième étape
pour une confirmation par homologie génétique.
Cours
II
 2- Plan général d’identification des bactéries et les tests d’orientation
Avant d’entamer les différents tests d’identification des microorganismes, plusieurs étapes
essentielles sont nécessaires:

Isolement et culture de la bactérie

L’solement : c’est une technique qui permet de séparer une bactérie X à partir d’un mélange
polymicrobien en utilisant des milieux de culture sélectifs solides

Purification de la souche bactérienne

La purification: C’est une technique qui consiste à faire des repiquages successifs sur un
milieu neuf à chaque fois jusqu’à l’obtention des colonies identiques (même forme, taille,
bordure, couleur, texture…) renseignant sur la pureté de la souche.

Souche pure

Identification de la souche pure

Les étapes à suivre pour identifier une bactérie:

Etape 01 : Isolement et culture de la bactérie

Etape 02 : Tests d’orientation
-Coloration de Gram (type de gram, forme et arrangement cellulaire).
- Catalase
- Oxydase
-Etape 03 : Tests complémentaires dans un but d’orientation plus précise
- Nitrate réductase
- Type respiratoire
-Etape 04 : Tests Biochimiques et physiologiques (20 tests et plus)
-Par galerie biochimique classique
- Par galerie API (rapide)
-Etape 05 : Tests sérologiques
-Etape 06: Identification moléculaire (PCR).
 L’identification des microorganismes (Bactéries)

1-Identification morphologique 2- Identification biochimique 3- Identification

moléculaire
Etude macroscopique Etude microscopique (phylogénétique)
❖Les galeries classiques
Une Observation à l’œil nue
qui permet de décrire A l’état frais A l’état fixé ❖Les galeries API
l’aspect des colonies sur une (Cellules vivantes) (Cellules mortes)
gélose à savoir : La taille,
la couleur, la forme,
la texture, le contour ,l’aspect La mobilité Coloration simple (Bleu de méthylène)
… et
Coloration de Gram (Complexe).
 I- Identification morphologique

I-1- Etude macroscopique

Il s’agit d’une Observation à l’œil nue qui permet de

décrire l’aspect des colonies bactériennes isolées sur
une gélose à savoir :

1- La taille: •Petites colonies (<1mm)

•Moyennes 1à 3 mm
•Grandes colonies (> 3mm)

2- La forme:

3- L’élévation
ou le relief:
4- le bord=
contour
5- l’aspect de la surface: •Lisses
•Rigoureuses
•Brillantes

6-La consistance: •Crémeuses Pour apprécier la consistance, il faut le plus souvent

•Sèches effectuer un prélèvement à l’anse de platine
•visqueuse

7- la couleur ou pigmentation: •Sans pigments

•Pigmentées

8- L’odeur: •Sans odeur

•Odeur spécifique
I-2- Etude microscopique
I-2-1- 1-Examen (étude) à l’état frais

C’est un examen microscopique des cellules vivantes qui permet la détermination de leur
morphologie, de leur mobilité éventuelle et de la quantité approximative de bactéries.

Technique:
Préparation d’un frottis :
• Sur une lame propre, déposer une goutte d’eau physiologique

• Prélever une fraction de colonies sur gélose, puis faire une

suspension homogène dans la goutte d’eau en incorporant
l’inoculum et en remuant très délicatement.

• Recouvrir d’une lamelle en évitant d’enfermer des bulles

d’air. Le liquide ne doit pas déborder.

• Observer à l’objectif x40, en fermant le diaphragme.

2 - Examen à l’état fixé = Examen après coloration
C’est un examen microscopique qui se fait après coloration à l’état fixé = des cellules mortes

Comment préparer un frottis fixé?

Technique:

-Sur une lame en verre propre, déposer quelques

gouttes (1 ou 2 gouttes) d’eau physiologique stérile.
-Prélever une colonie bien isolée sur gélose.
-Diluer la colonie bactérienne dans la goutte d’eau
-Homogénéiser la suspension délicatement
-Sécher ou fixer le frottis au dessus de la flamme du
bec Bunsen, en faisant 3 ou 4 passages dans la flamme.

La coloration

Coloration simple = au bleu de méthylène Coloration complexe = Coloration de Gram

2- 1- Coloration simple = Coloration au bleu de méthylène
La coloration au bleu de méthylène est une coloration simple faisant intervenir un seul colorant ,
elle permet de renseigner sur:

1- Morphologie cellulaire (forme)

Circulaire= Coques Bacilles ou bâtonnets

• Isolées
2- Mode de regroupement ou d’association • En paires
• En chainettes
Technique : • En amas

Recouvrir complètement le frottis séché au bleu de méthylène et attendre 1 à 2 minutes.

Laver à l’eau distillée
Sécher devant la flamme du bec Bunsen en évitant un chauffage violent.
Passer à l’observation microscopique (x10, x40 puis x100 en utilisant l’huile à immersion).
2-2- Coloration complexe = Coloration de Gram
La coloration de Gram est une coloration double ou complexe permet de
1- Le but:
déterminer les critères suivants:

Cellules roses: Gram -

1- Le Gram Cellules violettes: Gram -

2- La morphologie cellulaire Coques Bacilles ou bâtonnets

3- Le mode de regroupement ou d’association

 2- La technique de coloration de GRAM
▪ Réalisation d’un frottis fixé
▪ Coloration : violet de gentiane pendant une minute.
▪ Rinçage bref à l’eau distillée.
▪ Mordançage : Lugol pendant 30 s à 1 min.
▪ Rinçage à l’eau distillée.
▪ Décoloration : alcool à 90°.
▪ Rinçage à l’eau distillée
▪ Contre coloration : fuchsine pendant1 min.
▪ Rinçage et séchage,
▪ Observation X100 (huile à immersion)

3-La lecture:
•Les bactéries colorées en violet foncé sont dites
Gram (+) positif.
• Les bactéries colorées en rose sont dites Gram (-)
4- Le principe de la coloration de Gram:

Le Gram est la coloration de base en microbiologie, elle permet de colorer les cellules
bactériennes et de les distinguer à l'examen direct en fonction de la structure de leur paroi.

La coloration de Gram est basée sur l'action successive de plusieurs substances ; dans un
premier temps, le colorant (violet de gentiane) pénètre dans le cytoplasme à travers la paroi, dan
s un second temps, une solution iodée (lugol) réagit et se complexe avec le colorant et le rend
insoluble.

La décoloration des bactéries à Gram négatif est due à la présence de membrane externe riche
en phospholipides et une très fine couche de peptidoglycane, tandis que les bactéries à Gram
positif restent colorées en violet du fait de leur imperméabilité à l’alcool, due à la présence d’un
e couche épaisse de peptidoglycane. Une accentuation de coloration (rose par la fuschine),
permet de visualiser à nouveau, les bactéries à Gram négatif.
 Mise en évidence des enzymes respiratoires
1- L’oxydase
L’oxydase est une enzyme liée à la chaîne respiratoire, intervenant dans des réactions
d’oxydoréduction. Sa présence est révélée en mettant la bactérie en contact avec un substrat
incolore (N-N diméthyle paraphénylène diamine), entraînant la formation d’une semi-quinone
rouge qui s’oxyde rapidement pour donner une coloration violette.
Technique Lecture après 30 secondes

- Sur une lame propre, déposer un disque oxydase

pré-imprégné (sec) du réactif N-N diméthyl
paraphénylène diamine à l’aide d’une pince.
-A l’aide d’une pipette Pasteur, prélever une colonie
et la déposer sur le disque.
-Mettez une goutte d’eau physiologique.
2- La catalase
La catalase est une enzyme naturelle, présente dans presque tous les organismes vivants. Elle
protège les organismes contre les radicaux libres en catalysant la dégradation du peroxyde
d'hydrogène (eau oxygénée) en eau et oxygène, selon la formule suivante:

Technique : La lecture:

Un petit inoculum bactérien est déposé sur une lame

contenant une goutte de H2O2, un dégagement de
bulles est constaté chez les bactéries catalase positive
 Recherche de la nitrate réductase
La nitrate réductase est une enzyme (oxydoréductase) capable de réduire les nitrates (NO3-) en
nitrites (NO2-).

Parfois, certaines bactéries peuvent poursuivre cette réduction des nitrates, jusqu'au stade
diazote (gazeux) = La dénitrification.

Nitrate réductase Dénitrification

NO3- NO2 N2

Nitrate Nitrite Diazote

Dans la respiration nitrate, NO3- est utilisé comme accepteur final d'électrons provenant de
l'oxydation d'un composé organique (ex : glucose). Le NO3- est réduit donc par la nitrate
réductase :
La technique

Cultiver la bactérie dans le bouillon nitraté.

Incuber à 37 °C pendant 24h.

Après 24 heures d’incubation à 37°C,Vérifier l’apparition du trouble dans le milieu (présence de culture

abondante)

la présence éventuelle de nitrites dans le milieu est mise en évidence grâce au réactif de Griess (Nit 1 +

Nit2) qui forme un complexe rouge foncé avec les nitrites.

Ajouter 3 gouttes (réactif NIT 1= Acide para sulfanilique en milieu acide acétique) puis 3 gouttes

(réactif NIT2 = Diméthyl-α-naphtylamine en milieu acide acétique) ➔ Agiter

Lecture: 1- Le milieu devient rouge

= Présence de nitrites = la bactérie possède une nitrate réductase = Résultat NR+

2- Le milieu reste inchangé

L’ajout de la poudre de zinc qui joue le même rôle que la nitrate réductase vis à vis des nitrates

Attendre 5 minutes

2.1. coloration rouge :

Transformation des nitrates en nitrites par le zinc. La bactérie ne possède pas cette enzyme= Résultat NR-

2.2. pas de coloration :

les nitrates ont été transformés par la bactérie au delà des nitrites. La bactérie possède cette enzyme =
Résultat NR+
 Cours
III
LES AUTRES TESTS BIOCHIMIQUES
ET PHYSIOLOGIQUES

« GALERIE CLASSIQUE »
 L’étude du type respiratoire:
Les bactéries sont classées, en fonction de leur besoins en oxygène, en 4 types respiratoires qui
sont :
❑ Les anaérobies strictes ne se développent qu’en absence d’oxygène.
❑ Les aéro-anaérobies peuvent croitre en présence et en absence d’oxygène.
❑ Les aérobies strictes ne se développent qu’en présence d’oxygène.
❑ Les bactéries micro-aérophiles ne se développent que sous une concentration réduite en O2.
L’étude du type respiratoire nécessite l’utilisation d’un milieu de culture riche, contenant un
gradient de concentration en dioxygène ou il est plus abondant en surface qu’en profondeur (cas
du milieu solide) = gélose VF (viande et foie).
Technique
•Faire fondre la gélose VF au bain marie à 100°C /30 minutes
•Ensemencer le milieu en surfusion (45°C). L’ensemencement se fait
par une pipette Pasteur scellée et chargée. On introduit la pipette
Pasteur au fond du tube et on remonte en spirale.
•Incuber à 37°C/24 heures.
Lecture

A ➔ Aéro-anaérobie facultative : Croissance sur

toute la hauteur de la gélose.

B ➔ Aérobie stricte: croissance uniquement dan

s la zone superficielle de la gélose.

C ➔ Micro-aérophile : Croissance dans un

cylindre de gélose d'environ 0,5 cm de hauteur
et situé à environ 1 à 2 cm de la surface.

D ➔ Anaérobie stricte: Croissance uniquement

dans la zone profonde de la gélose.
 Recherche de la voie d’attaque des glucides « glucose »
Oxydative ou fermentative
Intérêt: « Test sur milieu Hugh et Leifson »

Ce test permet de déterminer la voie d’attaque du glucose comme source d’énergie par la
plupart des bactéries. C’est-à-dire est-ce que le métabolisme (dégradation) du glucose par la
bactérie se fait par oxydation (cycle de Krebs) ou par fermentation?
Pour synthétiser de l’énergie, les bactéries peuvent attaquer par deux voie différentes:
*Voie oxydative: Le glucose est utilisé uniquement en présence de dioxygène (faible libération
d’acides).
*Voie fermentative: le glucose est utilisé en absence et présence de dioxygène (forte libération
d’acides).

Ce test peut se faire sur plusieurs milieux:

Hugh et Leifson
MEVAG (Milieu d’étude de la voie d’attaque des glucides)
Ou CTA (Cystine Trypticase Agar).
C'est après la régénération qu'il faut ajouter une solution de glucose à 1% avant l’ensemencement
. Autrement, elle pourrait se caraméliser durant l’autoclavage.
Lecture de résultat après 24h d’incubation à 37°C:
 Test sur milieu Mannitol-mobilité
1- La fermentation du mannitol: grâce à la présence d’un indicateur coloré
Ce milieu du pH (rouge de phénol),la fermentation du mannitol acidifie le milieu et
permet de l’indicateur coloré du pH va virer vers sa coloration acide (jaune).
rechercher :
2- La mobilité: La présence d’une faible teneur d’agar (milieu semi-solide
) permet le déplacement des bactéries mobiles autour de la piqure centrale
Technique ➢Ensemencer le milieu mannitol mobilité par une piqûre centrale.
➢Incuber à 37°C pendant 24 h.
Lecture
La fermentation du mannitol=
production d’acides=le milieu
vire au jaune (rouge de phénol)
Pas de fermentation du mannitol
= pas de production d’acides =
le milieu reste rouge Mannitol + Mannitol -
 Le test de L’O.N.P.G (Recherche de la β-galactosidase=O.N.P.G Hydrolase)

Ce test permet de mettre en évidence la dégradation du lactose (glucose +galactose) grâce à

la présence de l’enzymes:β–galactosidase.
Technique
•Préparer une suspension dense à partir du germe qu’on désire
identifier dans un tube à essai stérile contenant 0.5ml d’eau
physiologique
•Ajouter un disque O.N.P.G
•Incuber au bain marie à 37°C/ minutes (jusqu’à 24heures).

Lecture :

Le test ONPG est positif lorsque la suspension

bactérienne se colore en jaune citron.
 Test sur milieu TSI (Triple Sugar Iron)
Les critères biochimiques mis en évidence sur ce milieu:
- Fermentation du glucose
- Fermentation du lactose
- Production du H2S
- Production du gaz
Technique
-Ensemencer à l’aide d’une pipette pasteur stérile le milieu T.S.I. :
❖ La pente : par des stries
❖ Le culot : par une piqûre centrale.
-Ne serrer pas complètement le tube.
-Incuber le milieu à 37°C pendant 24 h.
 Lecture
Fermentation des Production de
1 glucides 2 Production du H2S 3 gaz
Fermentation Un noircissement dû à la formation
Glucides Acides du sulfure de fer qui révèle la Décollement de la gélose
production d’H2S, ce qui signifie que
Rouge Jaune la bactérie possède la Déshulfydrase

Rouge
de
phénol
 *Pente rouge+ culot rouge: la bactérie ne fermente ni le glucose ni le lactose
*Pente jaune+ culot jaune: la bactérie fermente le glucose et le lactose
*Pente rouge + culot jaune: la bactérie fermente le glucose provoquant ainsi un virage de couleur
du milieu du rouge vers le jaune, après épuisement de la quantité du glucose dans le milieu, la
bactérie utilise les peptones comme source de carbone et d’énergie dans le milieu provoquant une
 Le test de L’O.N.P.G (Recherche de la β-galactosidase=O.N.P.G Hydrolase)
Ce test permet de mettre en évidence la dégradation du lactose (glucose +galactose) grâce à
la présence de l’enzymes:β–galactosidase.

La β–galactosidase: est une enzyme qui intervient dans le métabolisme du lactose. La recherche
de cette enzyme ne présente d’interet que pour les bactéries Lactose (-). En effet, toutes les
bactéries lactose (+) sont β–galactosidase (+).
L’utilisation du lactose par la bactérie dépend de deux enzymes:

*La lactose perméase : qui permet au lactose de pénétrer dans la

cellule bactérienne où il est ensuite décomposé en glucose et
galactose par la bêta-galactosidase. Le glucose et le galactose
peuvent alors être métabolisés par les bactéries.

*La β–galactosidase: qui catalyse l’hydrolyse du lactose en

glucose et galactose.
 Le Príncipe:

L’ortho-nitro-phényl-galactoside (ONPG): est

un substrat artificiel structurellement similaire a
u lactose à l'exception du fait que l'ortho-nitro-
phényl a été substitué au glucose. Contrairemen
t au lactose, l’ONPG est capable de pénétrer da
ns la cellule bactérienne sans la présence de
perméase.

Lors de l'hydrolyse, par l'action de l'enzyme

β-galactosidase, l'ONPG se scinde en deux
résidus, le galactose et l’ortho-nitro-phényl.
L'ONPG est un composé incolor, l’ortho-nitro-
phénol est jaune, fournissant une preuve visuell
e de l'hydrolyse.
Technique

•Préparer une suspension dense à partir du germe qu’on désire identifier dans un tube à essai
stérile contenant 0.5ml d’eau physiologique
•Ajouter un disque O.N.P.G
•Incuber au bain marie à 37°C/ minutes (jusqu’à 24heures).

Lecture :
Si l'organisme possède de la bêta-galactosidase,
l'enzyme divisera la liaison bêta-galactoside, libérant
de l’ortho-nitrophénol qui est un composé de couleur
jaune. Cela indique un test positif.

Les organismes à forte activité bêta-galactosidase peuvent

produire une réaction positive quelques minutes après
l'ensemencement du milieu ONPG ; d'autres organismes
peuvent prendre jusqu'à 24 heures.
 TEST VP RM SUR MILIEU CLARK ET LUBS

Ce test permet d’étudier la voie de fermentation du glucose. Il existe la voie butanediolique ou la

fermentation du lactose aboutit à la production d’un seul composé (l’acétoÏne= butylène glycol ) dans ce
cas la on parle d’une bactérie homo-ferementaire, et la voie des acides mixtes, ou la fermentation du
glucose aboutit à la production d’un mélange d’acides , on parle d’une bactérie hétéro-fermentaitre.

1- acides mixtes 2- Acetoïne= butylène glycol

(Réaction rouge de méthyle : RM) (Réaction Voges- Proskauer, VP)
Technique
➢Ensemencer le milieu Clark et Lubs (1ml) avec quelques gouttes d’une suspension bactérienne.
➢Incuber 24 à 48h à 37°C.
➢Apres l’incubation la croissance bactérienne se manifeste par l’apparition d’un trouble.
➢Partager la suspension en deux tubes de 0,5ml:

Le tube (1)= Test RM Ajouter 1 à 2 gouttes de rouge de méthyl (Lecture immédiate)

▪Ajouter 0,5 mL de chaque réactif (ᾳ-naphtol « VP1 » et NaoH

Le tube (2)= Test VP
ou KoH « VP2 »). Laisser le tube incliné et attendre 10 à 15 min
Lecture Anneau rouge
violacé
en surface

RM - RM+ VP - VP+
 Uréase – TDA – indole
sur milieu urée indole (Urée tryptophane)
Le milieu urée-tryptophane est un milieu synthétique qui permet la recherche de:
1- L'uréase 2-La production d'indole = tryptophanase 3- La tryptophane désaminase (TDA)
1- Recherche de l’uréase:
C’est une enzyme importante chez les bactéries qui utilisent l’urée comme source d’azote.
Technique ➢Ensemencer richement le milieu urée-tryptophane à partir de cultures solides.
➢Incuber à 37°C/24heures.
Lecture
 2. Désamination (tryptophane désaminase TDA) et formation d’indole:
Apres avoir effectuer la lecture, répartir le milieu urée-tryptophane dans 2 tubes et réaliser les tests suivants:

l’un servira à la recherche de l’indole par l’adjonction de 03 gouttes du réactif de KOVACS.

l’autre servira à la recherche de TDA par l’adjonction de 03 gouttes de chlorure de fer III en solution
acide.

Lecture
Apparition d’un anneau rouge =le tryptophane a été hydrolysé=présence d’indole
Tube 1
Absence d’anneau rouge =le tryptophane n’a pas été hydrolysé=absence d’indole

Coloration marron foncé = le tryptophane a été désaminé=la bactérie possède la

Tube 2 tryptophane désaminase= elle est dite TDA+
Le milieu reste inchangé = le tryptophane n’a pas été désaminé=la bactérie ne
possède la tryptophane désaminase= elle est dite TDA-.
 Test sur milieu Citrate de Simmons
(L‘utilisation du Citrate)
Le citrate de Simmons est un milieu qui ne contient que le citrate comme source de carbone. Seules les
bactéries possédant l’enzyme citrate perméase seront donc capables de se développer sur ce milieu.

Technique
-Ensemencer la pente avec une strie longitudinale à l’aide d’une anse de platine chargée.
-Le bouchon ne doit pas être vissé à fond.
-Incuber le milieu à 37°C pendant 24 h.
Lecture
Si le milieu devient bleu = Utilisation de citrate et alcalinisation du
milieu= Citrate perméase+
Si le milieu reste inchangé (vert) = Pas d’utilisation de citrate =
Citrate perméase-
RECHERCHE DE LDC, ODC (DECARBOXYLASES) ET
ADH (DIHYDROLASE)
 Cours
IV
Les galeries API
Définition: les galeries API
Une galerie API est système ou moyen=outil microbiologique qui permet l’identification
des micro-organismes au niveau de l’espèce et même parfois au niveau de la sous-espèce.
Description
Des bandes constituées d’un certain nombre de tubes miniaturisés (micro tubes) qui
contiennent des substrats déshydratés.
Principe:
Le système API est basé sur un ensemble de tests biochimiques qui s’effectuent à la fois
dans les microtubes miniaturisés qui contiennent des substrats déshydratés.
Les microtubes sont inoculés avec une suspension bactérienne préparée à partir du
germe qu’on désire identifier.
Les réactions produites pendant la période d'incubation se traduisent par des virages
colorés spontanés ou révélés par l'addition des réactifs.
Les différents types de galeries API:

Il existe plusieurs types de galeries API pour l’identification de différents types de germes:

API 20 E pour l’identification des entérobactéries

API 20 NE pour l’identification des Pseudomonas

API 20 strep pour l’identification des streptocoques

API staph pour identifier les staphylocoques

API listeria
API 50 CHL pour l’identification des lactobacilles.
 Identification d’E.coli par
la galerie API 20 E
API 20E est une galerie miniaturisée prête à l’emploi, permettant de réaliser
20 tests biochimiques afin d’identifier des Entérobactéries ENTEROBACTE
Pour faire l’identification d’E.coli par la galerie API 20 E, seules les bactéries présentant

Une forme bacillaire (les bacilles)

Vont être maintenues
GRAM-
Oxydase -
Mode opératoire:
1- Préparation de la galerie:
Répartir environ 5 ml d'eau distillée dans les alvéoles
pour créer une atmosphère humide.

Déposer stérilement la galerie sur le fond dans la boîte

d'incubation.

2- Préparation de l’inoculum:

Réaliser une suspension bactérienne à partir d’une souche pure et jeune de 18 à 24 h du

germe étudié, en incorporant soigneusement une colonie dans 5ml d’eau physiologique
stérile ou dans l’ampoule API Suspension Medium.
 3-Inoculation de la galerie API20E:

Remplir tubes + cupules des tests : |CIT |, |VP |, |GEL|, avec la suspension bactérienne.
Remplir uniquement les tubes (et non pas les cupules) des autres tests.
Créer une anaérobiose dans les tests : ADH, LDC, ODC, URE, H2S en remplissant leurs cupules
avec l’huile de paraffine.
4-Incubation de la galerie API20E:
L’incubation se fait à 37 °C pendant 18-24 heures.
5- Lecture des résultats:
6- Interprétation des résultats:

Comment déterminer le profil numérique?

 7- Identification par le logiciel APIWEB :
Elle est réalisée à l'aide d’un catalogue analytique (manuel) ou d’une base de données
« logiciel d'identification APIWEB », en entrant le profil numérique à 7 chiffres.
 Cours
V
III- Identification
phylogénétique
(Etude moléculaire)
 III- Identification phylogénétique (Etude moléculaire)
Certaines approches moléculaires récentes telles que : Les rapports de GC% de l’ADN génomique,
l’hybridation des acides nucléiques, l’étude des ADN codant pour l’ARN 16s (PCR) et la
comparaison des protéines sont devenues de plus en plus importantes et sont utilisées régulièrement pour
déterminer les caractéristiques des microorganismes utilisées dans la taxonomie microbienne.

1- Détermination du (G + C)%= « Le coefficient de Chargaff »

Le rapport GC% de l’ADN génomique (G+C) est la première approche moléculaire, et peut-être la plus
simple utilisée en taxonomie microbienne. Le rapport GC est défini comme le pourcentage de guanine
plus de cytosine dans l’ADN d’un organisme.

Le taux de GC chez les procaryotes est très variable, allant d’environ 20% à près de 80%. Malgré une
telle gamme de variations, le rapport GC des souches au sein d’une espèce particulière est constant.

Ce paramètre n’est pas toujours utile en taxonomie microbienne, c’est selon la situation:
Ex: Deux microorganismes peuvent posséder des rapports de GC identiques et pourtant s’avérer
tout à fait indépendants à la fois taxonomiquement et phylogénétiquement, dans ce cas, les
rapports de GC identiques ne sont d’aucune utilité du point de vue de la taxonomie microbienne.

En revanche, si le rapport GC de deux microorganismes diffère de plus de 10% environ, cela veut
dire qu’ils partageront peu de séquences d’ADN en commun et il est donc peu probable qu’elles
soient étroitement liées.
Les données du rapport GC% sont précieuses en taxonomie microbienne, dans deux cas:
*Lorsqu’elles viennent confirmer un schéma de classification des microorganismes développé à
l’aide d’autres données. Par exemple: Si les microorganismes d’un même taxon (même famille)
varient considérablement dans leurs rapports GC%, le taxon mérite d’être divisé (plusieurs genres
Le rapport GC semble être utile pour caractériser les genres bactériens puisque la variation au
sein d’un genre est généralement inférieure à 10% même si la teneur peut varier considérablemen
t d’un genre à l’autre.
Exemple: Staphylococcus et Micrococcus sont les genres de cocci à gram positif ayant de
nombreuses caractéristiques en commun mais différant par leur rapport de GC de plus de 10%.
Le premier a un taux de GC de 30 à 38%, tandis que le second de 64 à 75%.
 2- Hybridation des acides nucléiques (hybridation génomique):
L’hybridation d’acide nucléique ou l’hybridation génomique mesure le degré de similitude entre
deux génomes (acides nucléiques) et est utile pour différencier deux bactéries (micro-organisme
s).
Hybridation ADN-ADN:

L’ADN double brin isolé d’une bactérie est dissocié en brins simples à une température
appropriée (90-94°C) qui sont rendus radioactifs avec 32P, 3H ou 14C. De même, l’ADN double
brin isolé d’une autre bactérie est dissocié en brins simples qui ne sont pas rendus radioactifs.
Les molécules d’ADN monocaténaire non radioactives sont d’abord autorisées à se lier à un filtre
à nitrocellulose, le filtre avec des brins d’ADN liés est incubé avec l’ADN monocaténaire
radioactif dans des conditions optimales de recuit.

Le recuit est une caractéristique intéressante de l’ADN simple brin dans lequel les brins, lors du
refroidissement à une température portée à environ 25 °C en dessous de la température de fusion
(Tm), ont tendance à se réassocier pour former automatiquement une structure bicaténaire à
double hélice.
Cependant, pendant l’incubation, les brins simples d’ADN radioactifs s’hybrident avec des brins
simples non radioactifs en fonction de leur homologie dans la séquence de base. Ensuite, la
radioactivité des molécules d’ADN radioactif hybridées est mesurée et comparée au témoin qui
est pris à 100% (ADN 100% radioactif).

Cette comparaison donne une mesure quantitative du degré de complémentarité (quantité des
séquences radioactives) des deux espèces d’ADN, c’est-à-dire d’homologie entre les deux ADN
.

Un degré de complémentarité de 70% ou plus des deux ADN est recommandé pour considérer le
s deux bactéries appartenant à la même espèce. En revanche, un degré d’au moins 25% est
requis pour affirmer que les deux bactéries devraient résider dans le même genre. Le degré de
complémentarité avec l’intervalle de 10% ou moins indique que les deux bactéries sont
taxonomiquement plus éloignées.
3- L’étude des ADN codant pour l’ARN 16S (PCR)

3- 1- Définition de la PCR:

La PCR (Polymerase Chain Reaction) = La réaction de polymérisation en chaine, est une réaction
biochimique de synthèse d’ADN réalisée in vitro et de manière répétée ce qui permet d’amplifier en grande
quantité un fragment d’ADN à partir d’une matrice d’ADN qui contient le fragment.

La PCR (Polymerase Chain Reaction) =

Polymerase: Une enzyme particulière qui va permettre de créer des polymères de molécules (copies), dans
le cas de la PCR , on utilise l’ADN polymérase qui permet de multiplier un fragment d’ADN donné (un
gène donné).
-Après plusieurs étapes de la PCR, on obtiendra alors de multiples copies du fragment d’ADN initial.
En chaine:
La multiplication d’ADN suit en fait, une réaction en chaine ou à partir d’une molécule, on obtient:
• A l’issu d’une première réaction (1er cycle) : deux molécules (copies)
• A l’issu d’une deuxième réaction (2eme) cycle: Quatre molécules

Donc, la PCR est une technique de biologie moléculaire qui permet d’amplifier spécifiquement et d’une
manière exponentielle une séquence d’ADN donnée.
3- 2- Matériel nécessaire pour la PCR:

De quoi a-t-on besoin pour réaliser une PCR?

Une machine à PCR (Le thermocycleur)

C’est un plateau chauffant qui permet de programmer

différentes températures pendant des durées différentes
-Dans le thermocycleur, on place les tubes PCR qui
contiennent les différents composants de la réaction qui
sont:

3- 2-1- La polymérase (ADN polymérase) =

Taq polymérase

C’est une enzyme thermorésistante qui permet

l’élongation des brins d’ADN pour créer un polymère
(copie) du fragment d’ADN qu’on veut amplifier.
3-2-2- L’ADN double brin: Qui comporte la région que l’on veut (souhaite) amplifier.
3-2-3- Les nucléotides:
Les nucléotides nécessaires pour la réaction de polymérisation sont en nombre de 4:

Le cytosine est relié au guanine par 3 liaisons hydrogène

(CG) et l’adénine est relié au thymine par 2 liaisons
hydrogène (AT)

3- 2-4- Les amorces (Oligonucléotides) = Primers (En anglais)

C’est des courtes séquences Oligo nucléotidiques complémentaires des séquences d’interet sur
l’ADN matrice (brin parental) , leur longueur est comprises généralement entre 18 et 25 pb
(paires de bases).

Rôle des amorces:

*En s’hybridant à l’ADN matrice sur les deux extrémités 5’ et 3’, elles délimitent la région
d’ADN à amplifier *Les amorces hybrides constituent un point de démarrage pour l’ARN
polymérase dans la synthèse du brin fils (complémentaire au brin parental).
 3-3- Les étapes de la PCR
Une réaction PCR se déroule par répétition successives d’un cycle constitué de 3 étapes importantes:
1- Dénaturation de la matrice d’ADN (séquence d’interet) à 94°C/30 secondes.
2- Hybridation de la matrice avec les amorces à une température comprise entre 50 et 60°C/30secondes
3- Polymérisation de l’ADN à partir des amorces= étape d’élongation qui se fait à une température de 72°
C/ de « 30 sec à 5min selon la longueur de la séquence ou du fragment d’ADN qu’on veut amplifier. =
La formation d’un nouveau brin d’ADN fils complémentaire au brin matrice (parental) par l’ARN polyméras
e = Taq polymérase.
*Cet enchainement d’étapes constitue un cycle d’amplification, le cycle se reproduit successivement entre 20
et 50 fois).
Pour que les différentes étapes puissent avoir lieu, il va falloir varier la température dans le thermocycleur
comme suit:
 4- Comparaison des protéines :

Les séquences d’acides aminés des protéines sont des réflexions directes de séquences d’ARNm
et donc étroitement liées aux structures des gènes codant pour leur synthèse. À la lumière de cela,
les comparaisons de protéines de différentes bactéries s’avèrent très utiles sur le plan
taxonomique

Bien qu’il existe de nombreuses méthodes pour comparer les protéines des différentes bactéries
(Ex: MALDI TOF) , l’approche la plus directe consiste à déterminer les séquences d’acides
aminés de protéines ayant la même fonction.

Lorsque les séquences de protéines de mêmes fonctions chez deux bactéries sont similaires,
les bactéries les possédant sont considérées comme étroitement liées. Cependant, les séquences
de cytochromes et d’autres protéines de transport d’électrons, et d’une variété d’enzymes ont été
utilisées dans des études taxonomiques.
 Identification des bactéries par comparaison de leurs protéines par la technique
phénotypique moléculaire ultra précise « MALDI TOF »
MALDI TOF = Spectrométrie de masse
Le principe de la technologie MALDI-TOF en microbiologie est de pouvoir identifier les
microorganismes jusqu’au niveau de l’espèce. Cette méthode utilise la spectrométrie de masse
pour identifier les organismes, en quelques minutes, par l’obtention d’un spectre caractéristique
d’une espèce donnée. L’instrument MALDI-TOF utilise des impulsions de lumière laser pour
vaporiser l’oligo/matrice dans un processus connu sous le nom de désorption. Certaines molécule
s sont ionisées par protonation, créant des pics caractéristiques (spectre).
La spectrométrie de masse est une technique physique d'analyse permettant de détecter et
d'identifier des molécules (Ex: Protéines bactériennes) par mesure de leur masse, et de caractéris
er leur structure chimique.
1- Définition d'un spectromètre de masse (Type: MALDI TOF)
Un instrument de type MALDI-TOF (MALDI: Matrix Assisted Laser Desorption Ionization ;
TOF: Time Of Flight) est un spectromètre de masse couplant une source d'ionisation laser assisté
e par une matrice et un analyseur par temps de vol.
 2- Structure d'un spectromètre de masse (Type: MALDI TOF)
Le spectromètre de masse, initialement conçu par le Britannique Joseph John Thomson, comporte une source
d'ionisation (MALDI) suivie d'un analyseur par temps de vol (TOF) qui sépare les ions produits selon leur
rapport m/z, d'un détecteur qui compte les ions et amplifie le signal, et enfin d'un système informatique pour
traiter le signal. Le résultat obtenu est un spectre (pic) de masse représentant les rapports m/z, où m représente
la masse et z la valence (la charge) des ions détectés.
Le spectromètre de masse se compose de quatre parties :

1- le système d’introduction de l’échantillon : (Dépôt sur les plaques MALDI)

2- Une source d'ionisation (Un rayon Laser) : Consiste à vaporiser les molécules et à les ioniser.
3- L’analyseur : Il sépare les ions en fonction de leur rapport masse/charge (m/z).
4- Un détecteur et un système de traitement : Le détecteur transforme les ions en signal électrique
. Plus les ions sont nombreux, plus le courant est important. De plus, le détecteur amplifie le
signal obtenu pour qu'il puisse être traité informatiquement.
2- 1- Désorption-ionisation laser assistée par matrice (MALDI):

Un faisceau laser pulsé est utilisé, pour désorber et ioniser un mélange matrice/échantillon. Les
molécules de matrice absorbent l'énergie transmise par le faisceau laser sous forme de photons
UV, s'excitent et s'ionisent. L'énergie absorbée par la matrice provoque sa dissociation et son
passage en phase gazeuse. Les molécules de matrice ionisées transfèrent leur charge à
l'échantillon qui va s'ioniser. L'ionisation de l'échantillon a donc lieu par transfert de charge lors
de collisions avec la matrice excitée après désorption. Elle conduit à la formation d'ions
mono-chargés et multichargés.
2- 2- Séparation des ions en fonction de leur rapport masse/charge (m/z):
L'analyseur à temps de vol consiste à mesurer le temps que met un ion, accéléré préalablement
par une tension, à parcourir une distance donnée. Le rapport masse sur charge est directement
mesurable à partir du temps de vol.
Un analyseur à temps de vol se compose d'une zone d'accélération où est appliquée la tension
accélératrice, et d'une zone appelée « tube de vol », libre de champ. Les ions accélérés pénètrent
dans le tube de vol libre de tout champ. La séparation des ions ne va donc dépendre que de la
vitesse acquise lors de la phase d'accélération. Les ions de rapport m/z le plus petit parviendront
au détecteur les premiers. Pour chaque groupe d'ions de même rapport m/z, un signal est
enregistré au niveau du détecteur.
2- 3- Détection des ions et amplification du signal électrique (spectre =pic) par le détecteur:
Ala fin de l’analyseur, se trouve un détecteur à ions qui détectent toutes les charges qui arrivent)
qui les transforme en spectres (Pics). Sur l’axe des abscisses on trouve les valeurs (m/z) corresp
ondantes aux différentes molécules analysées (peptides), sur l’axe des ordonnés on trouve
l’intensité des signaux électriques qui correspondent aux différentes molécules analysées.
Exemple: le peptide X a 7 charges positives, l’intensité du signal électrique de cette molécule =
1082.
m/z = 1082, z= 7, donc m (la masse moléculaire du peptide X) = 1082/7
-Pour déterminer la masse moléculaire d’une protéine donnée, on va calculer la masse moléculair
e de tous les polypeptides qui constituent cette protéines. Et a l’aide de logiciels spécialisés on va
déterminer le type de protéine en fonction de sa masse moléculaire obtenue.
Cours
VI
 CHAPITRE II

Etude des caractères

bactériologiques des
principaux groupes
bactériens
 Les bactéries

Gram - Gram +

Coques Bacilles Coques Bacilles

Oxy - Oxy + Cat - Cat + Cat - Cat +

Staphylococcus
Pseudomonaceae

Bacillus
Clostrdium
Les genres non
Entérobacteriaceae

Listeria
Streptococcus
Vibrionaceae
Aeromonadaceae
Campylobacter
rencontrés en
microbiologie
alimentaire
Les bacilles
Gram -
1- La famille des entérobactéries
Le nom d'entérobactéries a été donné parce que ces
bactéries sont en général des hôtes normaux ou
pathologiques du tube digestif de l'homme et
des animaux à sang chaud.

Entéro = intestin / bactéries

1- Caractères bactériologiques

La famille des entérobactéries se définit par les caractères suivants :

- Gram négatifs, bâtonnets droits (bacilles) ou coccobacilles
- Elles mesurent de 2 à 4 µm de long par 0,4 à 0,6 µm de large.
- Mobiles par ciliature péritriche ou immobiles tel que Klebsiella
- Acapsulés sauf Klebsiella
-Asporulés
-La structure antigénique des entérobactéries: Elles portent à leur
surface des antigènes, dont :
•les antigènes O (antigènes de la paroi= antigène somatique) ; il est
de nature polysaccharidique (LPS).
•les antigènes H (antigènes flagellaires) ; il est de nature protéique,
constitué de molécules de flagelline.
•les antigènes K (antigène de capsule = capsulaire) (uniquement chez
Klebsiella ), cet antigène peut être de nature polysaccharidique ou
protéique.
2- Caractères culturaux
- Non exigeantes = Leurs exigences nutritionnelles sont, en général, réduites et poussent
facilement sur les milieux usuels (ordinaires) comme la gélose nutritive.
- Mésophiles : poussent en 24 h à 37 °C, à l’ exception: Escherichia coli peut croitre à 44°C.
- Type respiratoire : Elles poussent en aérobiose et en anaérobiose = aéroanaérobies facultatives
et parfois aérobies strictes
- Type trophique : Chimioorganotrophe hétérotrophe
3- Caractères biochimiques et physiologique
- Oxydase – sauf exceptions
- Catalase + sauf exceptions - Nitrate réductase + sauf exceptions
- Fermentent le glucose avec ou sans production de gaz par voie fermentative.
-Lactose – (non coliformes) , lactose + (Coliformes).
4- HABITAT

Les bactéries de la famille des entérobactéries sont ubiquistes (ubiquitaires) c’est-à-dire elles
ont un habitat très large (une large répartition). La plupart des entérobactéries vivent dans le
tube digestif (l’intestin) de l’homme et/ou des animaux ( les entérobactéries commensales de
l’intestin), on les trouve aussi dans la cavité buccale, au niveau des voies aériennes supérieures
et sur les organes génitaux. D’autres on les trouve partout dans l’environnement: L’eau douce,
l’eau de mer, le sol, les végétaux, les animaux et elles peuvent contaminer les denrées
alimentaires.
5- Les principaux genres et espèces
-Les principaux genres de cette famille sont Escherichia, Klebsiella, Enterobacter et Citrobact
er, Proteus, Salmonella, Shigella, Morganella, Yersinia, Serratia, Hafnia, Providencia
 ENTEROBACTERIES

Les Coliformes Les non coliformes

Fermentation du lactose + Fermentation du lactose -

37°C = Coliformes 44°C = Coliformes •Salmonella

totaux Thermotolérants •Shigella
ou fécaux •Yersinia
Les principaux
•Escherichia •Proteus
Les principaux genres de ce
•Klebsiella •Serratia
genres de ce groupe
•Citrobacter •Morganella
groupe
•Enterobacter •Hafnia
 Les Coliformes
-Les coliformes forment un groupe qui comporte des bactéries appartenant à la famille des
Enterobacteriaceae qui fermentent le lactose avec production de gaz à 30-37 °C après 24 à 48
heures d’incubation , on parle des « Coliformes totaux ». Parmi les coliformes totaux (à 37 °C),
on distingue les coliformes thermotolérants (fécaux) qui peuvent fermenter le lactose à 44°C.

-Ce groupe est représenté principalement par quatre genres :

-Escherichia (indice de contamination fécale récente)
-Klebsiella,
-Enterobacter
-Citrobacter

-Les coliformes sont recherchés dans les aliments et dans les eaux de consommation humaine
car ils comprennent de nombreux microorganismes d'origine fécale car ils vivent dans le tube
digestif de l’homme et des animaux, et sont des marqueurs de l'hygiène des aliments et de l’eau.
Les coliformes sont considérés comme indice (indicateurs) de contamination fécale récente.
f. Les principaux genres et espèces
Genre Principales espèces

Les genres rencontrés en microb

iologie Escherichia Coli
alimentaire et clinique Citrobacter Diversus,freundii, amolanaticus
Klebsiella Pneumoniae, oxytoca
Enterobacter Aerogenes,agglomerans
Serratia Liquefaciens, marcecens,rubideae
Salmonella Enterica
et bongori
 POUVOIR PATHOGENE
Les coliformes ne sont pour la plupart pas pathogènes, ils sont essentiellement saprophytes du
tube digestif de l’homme sauf Escherichia coli O157:H7.
Saprophytes: germes microbiens qui vivent sur un hôte sans entraîner de maladie.
Escherichia coli O157:H7 est un sérotype d'Escherichia coli particulier responsable de
plusieurs pathologies, dont les gastroentérites infantiles (GEI), la colite hémorragique,
le syndrome hémolytique et urémique (SHU) dues à la production de la Shiga toxine et
le purpura thrombotique thrombocytopénique (PTT).

Une gastro-entérite : est une inflammation du système digestif pouvant entraîner de la nausée,
des vomissements, des crampes abdominales, des flatulences et de la diarrhée, ainsi que de
la déshydratation, de la fièvre et des céphalées (maux de tête).
•Certaines espèces d’entérobacteries sont pathogènes strictes , et sont à l’origine de plusieurs
infections humaines sévères comme: Salmonella typhi qui vit dans les eaux polluées (responsabl
e de la fièvre typhoïde) et Shigella (responsable de l’infection intestinale « Shigellose » =
dysenterie bacillaire et Yersinia pestis (responsable de la peste),
D’autres espèces sont pathogènes opportunistes ou occasionnels, Ce caractère est particulièremen
t vérifié avec l'espèce Klebsiella pneumoniae, hôte des voies respiratoires, il peut être responsable
d'infections et Proteus

Un agent pathogène opportuniste est un micro-organisme qui ne provoque habituellement pas

de maladie mais qui peut devenir pathogène dans certaines conditions, lorsque le système
immunitaire et la résistance de l'individu sont affaiblis.

Les agents pathogènes opportunistes sont des microbes qui ne causent généralement pas de
maladie chez les personnes en bonne santé, mais peuvent devenir virulents chez les personnes
immunodéprimées et en mauvaise santé.
Cours
VII
 Le genre
Pseudomonas
1- Caractères bactériologiques du genre pseudomonas

-Gram négatif.
-Bacilles (bâtonnets) droits ou légèrement incurvés, de
1 à 3µm de long et 0,5 a 0,8µm de large.
- Asporulés
-Acapsulés
- Mobiles par un flagelle polaire unique (monotriche)
ou plusieurs ( lophotriches).
2. Caractères culturaux
-Bactéries non exigeantes : La culture est facile sur milieux ordinaires ou usuels (ex: gélose
nutritive) à 30°C pendant 18 à 24h (mésophiles).
- Type respiratoire : aérobies strictes
- Type trophique : chimioorganotrophe hétérotrophe

3- Caractères biochimiques et physiologiques:

- Catalase +
- Oxydase +
- Nitrate réductase + au stade N2.
-Métabolisme oxydatif
- les Pseudomonas peuvent produire des pigments spécifiques hydrosolubles diffusant dans les
milieux de culture.
Deux types de pigments existent :
● Les pigments fluorescents (Les pyoverdines) qui sont des pigments de couleur jaune-verte,
solubles dans l’eau.
● Les pigments non fluorescents ( Les pyocyanines) , Ces pigments sont de couleur bleue,
solubles dans l’eau aussi.
* La mise en évidence de la production de ces deux pigments se fait sur les milieux: King A
pour la pyocyanine et King B pour la pyoverdine.
4- Habitat
*La plupart des Pseudomonas sont très ubiquistes et elles sont isolées de l’eau, du sol, des
poussières, de l’air et des végétaux.

*De nombreuses souches sont psychrotrophes et donc capables d’altérer les denrées
alimentaires, des réactifs biologiques, les solutés injectables et le sang conservés au froid.

5- Pouvoir pathogène
Plusieurs souches sont phytopathogènes. A propos du pouvoir pathogène pour l’homme,
Pseudomonas aeruginosa est la plus pathogène. Elle est responsable principalement des
infections oculaires (Kératites, abcès de cornée, endophtalmies), des infections cutanées
bénignes ou graves (Ectyma gangrenosum, ongles), infections des plaies chirurgicales, infection
s chez les brulés, infections réspiratoires, otites, infections urinaires et des septicémies.

Septicémie: est une infection généralisée de l'organisme causée par la présence des bactéries
dans le sang.
Le genre
Vibrio
1- Caractères bactériologiques du genre Vibrio

Son nom tiré du latin vibro (vibrer, trembler) fait référence

à la mobilité extrême et d'allure désordonnée observée
chez ces bactéries.

Vibrio (en français les Vibrions) est un genre de bactéries:

-Gram négatif.
-Bacilles (bâtonnets) plus ou moins incurvés (en virgule),
de 2 à 3 µm de long.
- Asporulés
-Acapsulés
-Ils se caractérisent par une grande mobilité liée à la prése
nce d'un flagelle unique (Ciliature polaire),ainsi leurs dé
placements sont très rapides, et suivent une trajectoire rect
iligne.
2. Caractères culturaux
-Bactéries non exigeantes : poussent sur milieux ordinaires ou usuels (ex: gélose nutritive, Muelle
r-Hinton ) ou sélectifs (milieu TCBS) (thiosulfate-citrate-bile-saccharose) entre 10 °C et 40 °C
(psychrophiles et mésophiles), la température optimale de croissance est 37°C.
- Type respiratoire : aérobies strictes , aérobie de préférence, ils se développent peu ou pas
en anaérobiose.
- Type trophique : Chimioorganotrophe hétérotrophe
-Sensibles aux pH acides
-Ils se cultivent à un pH alcalin entre 7,5 et 9
-Ils se cultivent à de forte concentration en NaCl (10 à 30 g/l), du fait de leur caractère halophile
. Toutefois certaines espèces de Vibrio sont incapables de pousser en absence de NaCl, elles sont
dites halophiles obligatoires.

3- Caractères biochimiques et physiologiques:

- Catalase +
- Oxydase +
- Nitrate réductase +
4- Habitat
Ce sont des bactéries vivant dans l'eau. Beaucoup vivent
dans les eaux douces, les eaux souillées. mais elles sont
également retrouvées dans les habitats aquatiques salés
(eaux de mer, intestins des animaux marins…). Leur
résistance aux sels marin s'explique par leur halophilie,
5- Le pouvoir pathogène:
En 2022 le nombre d'espèces décrites et publiées a déjà largement dépassé la centaine. La plus
célèbre et la plus pathogène c’est Vibrio cholerae, (l’espèce type de ce genre), qui est l'agent
responsable de l'infection toxinique grave appelée Choléra. D'autres espèces de Vibrio provoquen
t des atteintes digestives moins sévères sous forme de « gastroentérites » (V. parahaemolyticus).
Le cholera :est défini comme une toxi-infection
intestinale strictement humaine: Après ingestion
de germes et un temps d’incubation de 1 à 4 jour
s, les symptômes apparaissent sous forme d’une
diarrhée profuse avec émission de selles liquides
riziformes avec vomissements.
-Le malade est apyrétique (sans fièvre) sauf les
jeunes enfants.
-Cette diarrhée et ces vomissements entrainent
une déshydratation du malade aboutissant à des
complications pouvant entrainer la mort du
patient.
 Le genre
Aeromonas
Le genre Aeromonas regroupe des bactéries, appartenant à la famille des Aeromonadaceae.

1- Caractères bactériologiques du genre Aeromonas

-Bacilles à extrémités arrondies, parfois des coccobacilles
-Gram négatif.
-Mobiles
-Acapsulées
-Asporulées

2. Caractères culturaux
-Bactéries exigeantes: Poussent sur des milieux enrichis (gélose Columbia au sang)
-Aéroanaérobies facultatifs,
-Chimioorganotrophes –hétérotrophes
-Certaines espèces sont mésophiles, et d’autres sont psychrophiles (peuvent se multiplier à 4°C)

3- Caractères biochimiques et physiologiques:

Catalase +, Oxydase +. Métabolisme fermentatif en particulier du glucose.
HABITAT
Ce sont des bactéries de l’eau douce, notamment des eaux souillées. Elles peuvent se multiplier
à + 4°C, donc la nourriture réfrigérée peut être contaminée par cette bactérie provoquant ainsi
des toxi-infections alimentaires.

POUVOIR PATHOGENE
21 espèces ont été décrites dans le genre Aeromonas. Il y a des espèces mésophiles associées à
des infections chez les animaux à sang chaud et des espèces psychrophiles associées à des infect
ions chez les poissons (A. salmonicida).
Chez homme: =A. hydrophila (L’espèce -type ), A.caviae et A.veronii sont les plus fréquentes
A. Hydrophila est l’agent causal de :
*Gastro-entérites : pouvant être très sévères, fréquentes en été suite à une contamination hydriqu
e et/ou alimentaire
*Infections extra-digestives : infections de plaies, de brûlures, de fractures ouvertes (Contact ave
c l’eau).
Cours
VIII
Les bacilles
Gram +
Le genre
Bacillus
1- Caractères bactériologiques du genre Bacillus
Le genre Bacillus est très hétérogène et comprend au moins 36
espèces. Ce sont des :
-Bacilles ou batônnets de grande taille (3 à 5µm/1,25 µm).
-Gram positif
-Mobiles par ciliature péritriche, sauf Bacillus anthracis
-Acapsulées sauf quelques souches virulentes de (B.anthracis).
-Sporulées (Sporogènes): Elles sont capables de produire des ,
endospores leur permettant de résister à des conditions
environnementales défavorables. Celles-ci donneront naissance
à de nouvelles bactéries en cas de conditions favorables.
 2. Caractères culturaux
-Elles sont « Chimioorganotrophes –hétérotrophes »: Ces bactéries tirent leur énergie par respirati
on ou fermentation, et sont incapables de synthétiser leurs molécules organiques seules

-Certaines espèces sont aérobies strictes, et d’autres sont aéro-anaérobies facultatives.

-Elles se développent mieux entre 28 et 33°C qu’à 37°C. beaucoup d’espèces tolèrent d’important
es différences thermiques.

-Certaines espèces sont mésophiles (B,anthracis et B.cereus), d’autres sont thermophiles (B.subtili
s, B.brevis, B.licheniformis, B.coagulans) ou encore tolérantes au froid « psychrophiles » (B.psych
rophilus).

-Les milieux de culture usuels (gélose nutritive, gélose trypticase soja) conviennent bien à la cultu
re de la majorité des bacillus. Des milieux sélectifs ont été proposés pour l’isolement de certains
bacillus à partir des matrices contaminées: les géloses de Knisely et de Pearce-Powell pour
B.anthracis et les milieux PEMBA et BCM pour B.cereus.
3- Caractères biochimiques et physiologiques:

- Les Bacillus sont des bactéries à métabolisme respiratoire

-Elles sont catalase +
- Oxydase et nitrate réductase variables (selon les espèces).
-Fermentent le glucose et produisent de l'acétyl-méthyl-carbinol (VP+) (homofermentaires).
-Plusieurs espèces produisent de grandes quantités d’enzymes largement utilisées en biotechnol
ogie.
4- habitat
Les Bacillus sont ubiquitaires car leurs spores leur confèrent une grande résistance. On en trouv
e dans les sols qui constituent le principal réservoir (telluriques) , dans l'eau de mer, dans l'eau d
ouce et sur les plantes. On en trouve également dans les aliments (lait en poudre, produits farine
ux, les épices), et même dans les produits "stérilisés" alimentaires ou médicamenteux à cause de
la thermo résistance des spores.
5- POUVOIR PATHOGENE
Deux espèces ont un pouvoir pathogène certain, ce sont des Bacillus anthracis et Bacillus cereu
s. Les autres espèces n’ont normalement pas de pouvoir pathogène.

Bacillus anthracis est l'espèce la plus pathogène, responsable de la maladie du charbon =anthrax
qui atteint les animaux, mammifères herbivores (ovins, caprins), certains oiseaux et occasionnell
ement l'homme. On distingue 4 formes d’anthrax : la formes cutanée, la forme gastro-intestinale,
la forme respiratoire et la forme oropharyngée.

Chez l'homme, la forme cutanée est la plus fréquente (95%), elle se manifeste par une lésion siég
eant au point de pénétration du bacille constituée d'une pustule noirâtre entourée de petites vésicu
les et rapidement transformée en escarre nécrotique. L'infection évolue le plus souvent sans fièvr
e ni douleur ni altération de l'état général et guérit spontanément en peu de temps. Il existe cepen
dant des formes graves (rares) : (Infections pulmonaires, gastro-intestinales, septicémiques).
Bacillus cereus occasionne des intoxications alimentaires chez l’homme, mais aussi chez l'animal
, ce sont les avortements et les mammites qui dominent. Bacillus subtilis, licheniformis, sphaeric
us sont également impliqués au cours d'intoxications alimentaires.
 Le genre
Clostridium
1- Caractères bactériologiques du genre Clostridium
Clostridium est un genre bactérien regroupant plus de 150 espè
ces (Bergey’s manual, 2004), avec les caractères suivants:
-Bacilles ou batônnets allongés, avec des bords qui peuvent êtr
e arrondis ou droits. Ils ont des mesures moyennes de 0,5-2 µm
de large et 2-8 µm de long.
-Gram positif
-Mobiles par ciliature péritriche= flagelles péritriches.
-Sporulées= produisent des endospores de forme ovoïde.
2. Caractères culturaux
-Des bactéries anaérobies strictes: N'utilisent pas l'élément oxygène pour effectuer les différents
processus métaboliques. Il y en a certaines espèces qui sont aérotolérantes, c'est-à-dire qu’elles pe
uvent résister à certains niveaux très faibles d'oxygène.
-Concernant la température de croissance, on peut dire qu’elles sont mésophiles, puisque leur
température optimale se situe autour de 37 ° C.
-De même, ces bactéries nécessitent un pH quasi neutre, l'idéal étant compris entre 7 et 7,5.
3- Caractères biochimiques et physiologiques:

-Catalase –
-Oxydase –
-Lécithinase +
-Réduction des sulfates en sulfites et production d’H2S.
-Les espèces diffèrent entre elles par les caractères métaboliques suivants: la protéolyse et la fer
mentation des sucres (Glucose, lactose, esculine, saccharose, mannitol…)

4- HABITAT
Les bactéries appartenant au genre Clostridium peuvent être trouvés dans un grand nombre d'envi
ronnements. Certaines font partie de la flore bactérienne normale du corps humain, principaleme
nt de la peau et du tractus gastro-intestinal. De même, elles peuvent également être trouvées dans
le sol, l'eau et la poussière.
5- POUVOIR PATHOGENE
Les espèces bactériennes appartenant au genre Clostridium peuvent être des espèces saprophytes
non pathogènes pour l’homme. D’autres sont toxinogènes très pathogènes, elles synthétisent des
toxines, potentiellement nocives, voire mortelles pour l'homme et certains animaux. Parmi les
espèces qui produisent les toxines les plus mortelles, on trouve: Clostridium botulinum, Clostridi
um tetani et Clostridium perfringens.

Les plus « célèbres » espèces :

•Clostridium tetani — l'agent du tétanos : le bacille du tétanos libère des toxines qui attaquent l
e système nerveux central et l'individu présente dès lors des paralysies.
•Clostridium botulinum — l'agent du botulisme
•Clostridium perfringens — retrouvé dans certaines plaies gangrèneuses (gangrène gazeuse) ou d
ans des intoxications alimentaires.
Le botulisme est une maladie neurologique rare et grave, causée par une toxine produite
par la bactérie Clostridium botulinum. Cette bactérie se développe dans des aliments mal
conservés, surtout sous-vide, et la maladie se manifeste par une intoxication alimentaire. Les
symptômes peuvent se développer et la toxine peut provoquer des paralysies musculaires et
respiratoires, pouvant entraîner la mort.

Le tétanos est une toxi-infection touchant l'être humain

et autres animaux. Il est dû à une infection locale par la
bactérie Clostridium tetani produisant une neurotoxine,
ciblant le système nerveux central. Elle entraîne la mort
dans 20 à 30 % des cas.

La gangrène gazeuse est une infection microbienne essentiellement provoquée par une bactérie
anaérobie, le Clostridium perfringens. L'infection peut apparaître à la suite de certains types de
chirurgie ou de blessures. Cette infection a une diffusion rapide, qui aboutit rapidement à la mort
en l’absence de traitement. Des vésicules contenant des bulles de gaz se forment près de la zone
infectée et sont accompagnées de fièvre, d’un rythme cardiaque et d’une respiration rapides, et
souvent, de douleur au site de l’infection.
Le genre
Listeria
Listeria est un genre bactérien, qui compte 20 espèces, avec les caractères suivants:
1- Caractères bactériologiques du genre Listeria:
-Bacilles ou batônnets de petite taille
-Gram positif (+)
-Non sporulés
-Non capsulés
-Immobiles à 37°C et mobiles à 22°C par ciliature péritriche.
2. Caractères culturaux
-Aéro-anaérobies facultatives,
- La température optimale de croissance se situe entre 30 et 37°C mais elles poussent lentement
à + 4°C (Les bactéries survivent à la congélation).
-Le pH optimal de sa croissance est de 7 ou légèrement alcalin. Listeria monocytogenes présent
e une halotolérance et peut croître en présence de 10% de NaCl. Certaines souches tolèrent des
concentrations en sel supérieures à 10%.
-Non exigeantes, Elles poussent sur des milieux usuels comme les géloses nutritives, leur croissa
nce est stimulée par l'addition de glucose ou de sang (ex: sur gélose au sang de mouton).
3- Caractères biochimiques et physiologiques:
-Catalase +
-Oxydase –
-Nitrate réductase -
- Glucose + sans production de gaz
-Esculine + (2-3heures)
- Indol -, urée -, H2S -, gélatine -, mannitol -, rhamnose +, xylose-

4- HABITAT

-Ce sont des bactéries ubiquistes qu’on trouve presque partout dans l’environnement, surtout da
ns le sol (Bactéries telluriques), sur les végétaux, dans l’eau, etc…, on peut les trouver aussi par
fois dans le tube digestif de l’homme et des animaux.
-Listeria monocytogenes peut être présente dans les fèces de nombreuses espèces animales (10
à 30% des bovins, ovins, porcins, poulets, ...).
-Le portage sain de Listeria monocytogenes existe chez l'être humain ; 1 à 10 % des humains s
eraient porteurs sains.
5- POUVOIR PATHOGENE
•La seule espèce de listeria qui soit pathogène pour l’homme est L. monocytogenes, qui cause
des infections graves « les listérioses ». elles sont particulièrement dangereuses pour les perso
nnes fragiles immunodéficientes et surtout les femmes enceintes. Elle peuvent traverser la barr
ière intestinale après l’ingestion du germe, puis la barrière placentaire pour atteindre le fœtus
provoquant ainsi des infections éventuellement mortelles (septicémie et méningites) et même
chez le nouveau-né juste après l’accouchement, ou des accouchements prématurés.
Dans le cas où l’infection concerne une femme enceinte, la durée d’incubation est très longue ,
les symptômes apparaissent vers le 28e jour après la contamination. L’infection peut passer ina
perçue ou se réduire à des contractions ou des symptômes similaires à ceux de l’état grippal (fi
èvres, frissons, mal de dos).

Certaines précautions sont donc généralement conseillées aux femmes enceintes en matière
d’alimentation et d’hygiène. Il est conseillé de bien laver les fruits et légumes et d'éviter les
produits laitiers non pasteurisés ainsi que la viande ou le poisson cru.
L. ivanovii a été impliquée dans des avortements chez les bovins.
 Le genre
Lactobacillus
1- Caractères bactériologiques du genre Streptococcus:
-Coques de 0,5 à 1µm de diamètre, groupés en chainettes
-Gram positif (+)
-Immobiles
-Non sporulés
–Non capsulés sauf exceptions: S.pneumoniae
2- Caractères culturaux
-Mésophiles=Température optimale : 37°C (limites 20 - 40°C),
certaines espèces sont thermophiles (S.thermophilus).
- Neutrophiles =pH optimal 7 (pH acide mal toléré)
- Exigeants, ils nécessitent des milieux enrichis par des glucides
(glucose), peptones variées ou des liquides biologiques (sang).
-Aéro-anaérobies facultatives: Elles se développent aussi bien
en absence d’oxygène qu’ en présence d’O2.
-Quelques souches peuvent être anaérobies strictes
-Nécessité pour certains d'entre-eux d'une atmosphère enrichie
en CO2 5% (S. pneumoniae, S.milleri, S. mutons).
3- Caractères biochimiques et physiologiques:

- Oxydase –
-Catalase –
-H2S –

4- Habitat et pouvoir pathogène:

*Les lactobacilles sont présents dans les milieux riches contenant des substrats glucidiques, ils
sont des hôtes naturels de nombreuses muqueuses de l'homme et des animaux : Cavité buccale,
intestin, vagin, urètre, on les retrouve aussi sur les plantes, les aliments d'origine végétale, les
produits fermentés ou en décomposition, les eaux usées…

*Ils contaminent fréquemment les produits alimentaires, Ils contribuent à l'altération des
aliments (verdissement des viandes par transformation de l'hémoglobine). Quelques espèces son
t d’un grand intérêt technologique, elles interviennent dans la production de produits alimentair
es variés : yaourts, fromages, vin... , mais ils ne sont jamais pathogènes.
5- Utilisations dans la production d'aliments fermentés
5-1-Les fromages et yaourts:
*Lors de la fabrication du fromage, les
lactobacilles interviennent au niveau de la
coagulation du lait en produisant une acidificat
ion modérée du milieu puis à l'étape de l'affina
ge en contribuant aux qualités organoleptiques
du produit. Ils sont particulièrement abondant
s dans les fromages à pâte pressée cuite où il
s sont apportés par les levains (contenant Lb.
helveticus, Lb. delbrueckii subsp. lactis, Lb. de
lbrueckii subsp. bulgaricus).
*Pour faire du yaourt, deux types de bactéries
lactiques spécifiques sont requises dont un
lactobacille (Lactobacillus delbrueckii subsp. b
ulgaricus et Streptococcus thermophilus).
5-2-Le pain
Les pâtes à pain sont riches en lactobacilles.
La farine contient des bactéries homoferment
aires (Lb. coryniformis, Lb. curvatus, Lb. pla
ntarum, Lb. salivarius) et hétérofermentaires
(Lb. brevis, Lb. fermentum). Le levain naturel
servant à fabriquer le pain est obtenu par fer
mentation spontanée de farine et d'eau. Son
microbiote contient un grand nombre de lacto
bacilles. Les levains traditionnels sont en gé
néral dominés par Lb. sanfranciscensis, Lb.
brevis et Lb. plantarum. Dans un levain natur
el français, ce sont Lb. acetotolerans et Lb.
panis qui dominent
6- Altération des aliments
Dans les viandes, les lactobacilles provoquent un verdissement par action de H2O2 qui
transforme l'hémoglobine en choléglobine. L'altération de la bière peut être provoquée
par Lb. brevis, Lb. casei et Lb.plantarum. La même action défavorable se retrouve dans les
produits issus de la fermentation de céréales (whisky) ou de fruits (cidre). De même, les jus
sucrés sont altérés par Lb. casei et Lb.plantarum.

7- Intérêt probiotique

Un exemple type de probiotique est le kéfir. Beaucoup d'études sont menées sur les souches de
lactobacilles susceptibles d'avoir un effet bénéfique sur la santé, en améliorant les propriétés
du microbiote intestinal humain ou animal. Les lactobacilles considérés comme des probiotiques
sont : L. acidophilus, L. amylovorus, L. casei, L. delbruckii subsp. bulgaricus, L. gallinarum, L.
gasseri, L. johnsonii, L. paracasei, L. plantarum, L. reuteri, L. rhamnosus
Cours
IX
Les coques
à
Gram +
 Le genre
Staphylococcus
Staphylococcus (les staphylocoques) est un genre de bactéries, avec les caractères suivants:
1- Caractères bactériologiques du genre Staphylococcus
-Coques (Cellules sphériques/arrondies) de 0,7 à 1 µm de diam
ètre. Ils apparaissent le plus souvent en amas dits en grappes de
raisin ou par deux (en paires) ou en très courtes chaines.
-Gram positif (+)
-Immobiles
-Non sporulés, -Capsulés
2. Caractères culturaux
-Les staphylocoques poussent aisément sur les milieux usuels
(Gélose nutritive, gélose trypticase de soja, gélose BCP) et sur
milieux sélectifs: Milieu Chapman et Baird parker.
-Aéro-anaérobies facultatives, anaérobies préférentielles.
-Mésophiles (Croissance optimale à37°C).
-Neutrophile (pH optimal= 7) et halophile (se développe à des
fortes concentrations de NaCl).
- Thermosensible : S. aureus prolifère plus facilement aux températures ambiantes, il est
seulement ralenti par l'action du froid qui ne le tue pas (même en cas de surgélation) ; il est
efficacement tué par les hautes températures (une minute à 78 °C et dix minutes à 64 °C).
3- Caractères biochimiques et physiologiques:
-Catalase +, Oxydase –, Nitrate réductase +
- Glucose + sans production de gaz, -Lactose +
-La présence de nombreuses enzymes : phosphatase alcaline (PAL),arginine dihydrolase (ADH)
, uréase…
-Coagulase + (Mise en évidence sur plasma du lapin par agglutination sur lame) pour (S.aureus)
4- HABITAT
-Ce sont des bactéries:
-Ubiquitaires: Qui se trouvent partout dans l’environnement (sol, …).
-Commensales : S. aureus est retrouvé chez environ 27 % des individus
sains au niveau des fosses nasales, et en moindre quantité sur la peau et
les autres muqueuses. Il est également retrouvé en faible quantité dans
le tube digestif et au niveau du rhinopharynx ou nasopharynx.
5- POUVOIR PATHOGENE

- L’espèce type de ce genre: S.aureus, qui est une bactérie commensale de l'homme (elle est prés
ente chez 15 à 30 % des individus dits porteurs sains.
-Elle se révèle pathogène opportuniste dans certaines circonstances.

Son pouvoir pathogène résulte de plusieurs sécrétions particulières :

•des enzymes : coagulase, fibrinolysine (en), phosphatase, hyaluronidase, désoxyribonucléase
, protéase, qui, du fait des lésions qu'elles provoquent sur les barrières de l'organisme
(les tissus), lui confèrent son pouvoir invasif ; (elles peuvent se multiplier et se disséminer rapide
ment dans l'organisme)
•des toxines : entérotoxines (chez certaines souches), staphylolysines et leucocidines lui confèren
t son pouvoir toxique. En outre, les souches antibiorésistantes sécrètent souvent une toxine solubl
e, la leucocidine de Panton-Valentine qui peut fortement aggraver l'infection en attaquant le systè
me immunitaire (cette toxine, codée par les gènes d'un bactériophage lysogénéisé, c'est-à-dire int
égré dans le chromosome bactérien (prophage) lyse les leucocytes)8.
 Divers types d'infections par S.aureus

1- Infections localisées suppurées

1- Les infections cutanées de S. aureus s'accompagnent donc d'une production abondante et locali
sée de pus résultant de la destruction des cellules phagocytaires.
2- des otites et sinusites
3- Infections de l'appareil respiratoire et des pneumonies (surtout comme complications de grippe)
4- Infections urinaires,
5- Infection des os : ostéomyélites
6- Infections articulaires (arthrites)

2- Infections généralisées
Si un patient n'est pas traité suffisamment tôt, et notamment s'il est immunodéprimé, il peut
développer une septicémie, c'est-à-dire une entrée et une multiplication de la bactérie dans la
circulation sanguine.
3- Intoxications alimentaires

Les intoxications alimentaires sont dues à une entérotoxine produite dans l’aliment ingéré,
souvent des aliments à risque de contamination comme la viande, crème glacée, etc…
La toxine est responsable de troubles importants de la digestion. Ceux-ci se manifestant en 2 à
4h après ingestion de la toxine par de violents vomissements accompagnés le plus généralement
par des nausées, diarrhées et maux de tête, rarement de fièvres. Mais l’intoxication à S.
aureus n’est en général pas mortelle pour un individu en bonne santé et bien nourri. Elle guérit
presque spontanément dans les 24 heures suivant l’apparition des symptômes.
 Le genre
Streptococcus
1- Caractères bactériologiques du genre Streptococcus:
-Coques de 0,5 à 1µm de diamètre, groupés en chainettes
-Gram positif (+)
-Immobiles
-Non sporulés
–Non capsulés sauf exceptions: S.pneumoniae
2. Caractères culturaux
-Mésophiles=Température optimale : 37°C (limites 20 - 40°C),
certaines espèces sont thermophiles (S.thermophilus).
- Neutrophiles =pH optimal 7 (pH acide mal toléré)
- Exigeants, ils nécessitent des milieux enrichis par des glucides
(glucose), peptones variées ou des liquides biologiques (sang).
-Aéro-anaérobies facultatives: Elles se développent aussi bien
en absence d’oxygène qu’ en présence d’O2.
-Quelques souches peuvent être anaérobies strictes
-Nécessité pour certains d'entre-eux d'une atmosphère enrichie
en CO2 5% (S. pneumoniae, S.milleri, S. mutons).
 3- Caractères biochimiques et physiologiques:
-Catalase- (différenciation des staphylocoques)
-Oxydase –
-Hydrolyse de l’esculine (noircissement du milieu)
-Tolérance à 6,5% de NaCl
-L’utilisation de la voie fermentaire pour la dégradation de certains glucides sans production de gaz

4- Caractères antigéniques et classement des streptocoques

Le sérotypage a une importance capitale dans le classement des Streptococcus, la plupart des ant
igènes recherchés sont des antigènes de paroi
La paroi des streptocoques possède 2 principaux antigènes:

Un antigène polysaccharidique « C »: selon cet antigène les streptocoques sont classées en pl

usieurs groupes: A,B,C, jusqu’à R. (on les appelle les streptocoques groupables)
Un antigène protéique « M » : Cet antigène permet de subdiviser les souches du groupe A en
plusieurs types: A1, A2,….jusqu’à A12.
Mais des antigènes de capsule sont aussi recherchés principalement pour l’identification
de Streptococcus pneumoniae.
Les streptocoques non groupables sérologiquement, sont ceux qui ne possèdent pas de substan
ces C au niveau de leurs parois. On distingue :
1- Les streptocoques commensaux de la cavité buccale:
Streptococcus salivarius, - Streptococcus sanguis, - Streptococcus mitis, - Streptococcus muto
ns, - Streptococcus milleri.
2- Les pneumocoques, correspondant à l'espèce Streptococcus pneumoniae. (antigène capsul
aire).
5- Pouvoir pathogène:

Presque toutes les infections épidémiques sont dues au type A. Le type B, fréquent chez les bo
vidés, se rencontre chez l'homme dans les infections génitales (et peut, par le vagin, infecter
le nouveau-né: méningites néonatales). Le type C est fréquent chez le cheval (gourme).

S.pneumoniae: Agent causal de la pneumonie

La pneumonie est une forme d’infection respiratoire aiguë qui touche les poumons.
Scarlatine = Infection (éruption cutanée et buccal
e) due à la bactérie Streptococcus pyogenes. La néphrite est une inflammation du rein
FIN