Microbiologie II-SV5: Pr. Nadia El Kadmiri

Microbiologie II-SV5
Pr. Nadia EL KADMIRI
Année Universitaire 2020-2021

Partie I: Génétique bactérienne
Génétique bactérienne
• Organisation:
Le matériel génétique des Procaryotes est généralement constitué que
d’une seule molécule d’ADN double-brin et circulaire* . Sa longueur est
de l’ordre du mm (1,3 mm chez E. coli) : le chromosome bactérien est
donc fortement compacté à l’intérieur de la cellule, occupant une
région délimitée irrégulièrement au contact du cytoplasme, le
nucléoïde (le matériel génétique n’est donc pas dans un noyau). Le
nucléoïde présente un point d’ancrage dans la membrane plasmique.
• Les bactéries possèdent un génome dont la taille est comprise entre
7,0.105 paires de bases chez Mycoplasma et 7,0.106 pb chez
Streptomyces (4,6.106 pb chez E. coli), soit entre 3000 et 4000 gènes.
Chez les Eubacteria, les gènes sont séparés les uns des autres par des
séquences de quelques dizaines à quelques centaines de paires de
bases appelées « spacers » (les gènes sont rarement chevauchants
comme chez les virus). L’information codante est continue (les gènes
sont transcrits d’un seul tenant : il n’y a pas d’introns, les ARN
messagers ne sont pas épissés comme chez les Archaea et les
Eucarya).
• Avant de se diviser, une bactérie doit répliquer son chromosome
bactérien afin d’en transmettre une copie à chacune de ses cellules
filles. La réplication de l’ADN est semi-conservative : chaque molécule
fille contient un brin parental et un brin néosynthétisé. Chez les
Procaryotes, lorsque le chromosome circulaire est copié, la réplication
commence en un seul point appelé « origine de réplication », où se
forme une petite zone de dénaturation de l’ADN, afin que chacun des
deux brins puisse servir de matrice. Deux fourches de réplication
partent de part et d’autre de cette origine jusqu’à ce que toute la
molécule d’ADN soit copiée.
• Le chromosome bactérien peut comporter de l’ADN «

étranger » :
- des transposons (éléments génétiques mobiles) ;
- des prophages (ADN provenant de virus bactériens
appelés « bactériophages »).
• Les transposons (ou éléments transposables) n’ont pas d’origine de
réplication. Les plus simples sont de courtes séquences de 750 à 1600
pb, contenant uniquement le gène de la transposase encadré par des
séquences d’insertion (séquences « répétées inversées »). La
transposase est l’enzyme nécessaire à la transposition : elle permet
l’insertion du transposon dans l’ADN cible. Les transposons
composites contiennent des gènes supplémentaires (gènes de
résistance, codant pour des toxines…).
• Les bactéries possèdent également des éléments d’ADN
extrachromosomique, les plasmides. Ce sont de petites molécules
d’ADN double-brin circulaire de quelques µm (103 à 105 pb environ).
Leur réplication est autonome : ils possèdent leur propre origine de
réplication (« ORI-R »). Ils portent un nombre réduit de gènes (<30)
qui confèrent aux bactéries hôtes des propriétés non essentielles à
leur survie :
gènes codant pour les pili sexuels et autres facteurs de conjugaison ;
gènes de résistance aux antibiotiques et aux métaux lourds ;
gènes de virulence (toxines, sidérophores…) ;
gènes codant pour des bactériocines.
• Certains plasmides possèdent des séquences d’insertion permettant
leur intégration au chromosome bactérien (cette propriété en fait des
« épisomes »).
• Les plasmides sont transmis verticalement dans le clone bactérien, au
fur et à mesure des divisions.
• Ils peuvent aussi être transmis horizontalement, même entre
bactéries d’espèces différentes, au cours du processus de
conjugaison.
• Les variations génotypiques bactériennes
Définition :
Il s'agit d'une modification spontanée ou induite, discontinue, stable,
rare, spécifique et liée à une modification du génome bactérien (ADN).
Ceci définit, la mutation.
Caractère:
Spontanée : l'antibiotique, par exemple, sélectionne les rares formes
variantes pré-existantes dans une population bactérienne comme dans
une tuberculose pulmonaire.
Induite : le caractère induit de la mutation bactérienne est bien connu
lors de l'utilisation de rayonnements de type UV ou de substances
chimiques génotoxiques.
Discontinue ou brusque : elle apparait selon la loi du tout ou rien.
Caractère:
• Stable : le caractère acquis est alors transmissible à la descendance,
donc héréditaire.
• Rare : elle est mesurable par le taux de mutation qui est la probabilité
pour une bactérie de muter pendant une unité de temps définie
(souvent le temps de génération). Il est caractéristique d'un caractère
donné, de l'ordre de 10-5 à 10-10, le taux moyen étant de l'ordre de 10-6.
Il convient de savoir qu'il y a une corrélation avec la fréquence de
mutants ou proportion de mutants qui existe à un moment donné
dans une culture. Celle-ci est de détermination aisée.
• Les variations génotypiques bactérienne
•
Caractère:
• Spécificité - Indépendance : la probabilité pour une bactérie de subir
simultanément deux mutations distinctes est le produit des probabilités
individuelles de ces mutations. Cette notion est d'importance, afin d'éviter la
sélection d'un mutant résistant, dans l'antibiothérapie, antituberculeuse par
exemple. L'instauration d'une monothérapie est suivie de la sélection d'une souche
résistante. En effet, une caverne évolutive de 2
cm de diamètre peut contenir une population bacillaire de l'ordre de 108 bacilles
tuberculeux. Si le taux mutation est de 10-5 pour l'isoniazide (INH) et de 10-7 pour la
rifampicine (RIF), la probabilité d'isoler un double mutant résistant à INH-RIF est de
10-12
Une telle émergence sera évitée par une antibiothérapie associant, au-moins deux antituberculeux.
Caractère:
• Modification de la structure du gène : unité de transmission
héréditaire, entrainant quelquefois une modification de la structure
primaire de la chaine polypeptidique correspondante. La mutation est
une modification de l'ADN, donc de la séquence
désoxyribonucléotidique. Divers types de mutation sont connues
telles la modification d'une paire de nucléotides ou plus. Leurs effets
sont variables: silencieux ou létal.
Lorsque l’enchaînement des nucléotides au sein de l’ADN est modifié,
les séquences des gènes peuvent varier : ce sont les mutations. Ces
modifications sont stables et héréditaires, et elles peuvent
s’accompagner ou non de modifications phénotypiques. Les mutations
spontanées apparaissent occasionnellement dans n’importe quelle
cellule : elle résultent d’erreurs dans la réplication de l’ADN ou de
lésions de l’ADN. Il existe différents types de mutations :
les substitutions :
une transition est un remplacement d’une purine par une autre purine
(A ↔ G) ou d’une pyrimidine par une autre pyrimidine (C ↔ T) ;
une transversion est un remplacement d’une purine par une

pyrimidine (ou l’inverse).
L’addition ou la délétion d’un ou plusieurs nucléotides entraîne un

décalage du cadre de lecture. Ces mutations se produisent souvent
lorsqu’une courte séquence nucléotidique est répétée.
• Conséquences phénotypiques des mutations
Les mutations sont soit silencieuses, soit elles modifient le phénotype
du micro-organisme mutant.
• Les mutations morphologiques changent la forme ou la couleur de la

colonie issue d’une cellule mutante (exemple : variation type « S » type
« R » due à une mutation affectant un gène de synthèse du LPS, au
niveau de la chaîne latérale O). Ces mutations peuvent également
affecter les flagelles, la spore (chez B. anthracis, il existe des mutants
asporogènes)…
• Certains mutants peuvent acquérir une résistance à un agent
antimicrobien, tel qu’un antibiotique. Si la cible de l’antibiotique est
une enzyme, la mutation au niveau du gène codant pour cette
enzyme peut entraîner une diminution voire une suppression de
l’affinité de l’antibiotique pour l’enzyme (modification de cible). Ce
phénomène est à l’origine de la résistance des Staphylococcus aureus
résistants à la méticilline (SARM) : une mutation entraîne un
changement de structure de la PLP2 (l’enzyme « mutée » est appelée
PLP2a) qui ne fixe plus l’antibiotique (Cf. mise en évidence de la
résistance hétérogène aux β-lactamines).
• Les mutations biochimiques inactivent fréquemment les voies de biosynthèse et
engendrent des mutants auxotrophes, incapables de se développer sur un milieu
minimum. Il existe également des mutations réverses, restaurant le type sauvage
prototrophe.
• Transferts de matériel génétique
Il en existe trois : la transformation, la conjugaison et la transduction.
Ces transferts d'acide désoxyribonucléique (ADN) bactérien doivent être suivis de
recombinaison génétique dite légitime (s'il provient d'une même espèce ou d'une
espèce voisine). Dans d'autres circonstances, l'ADN peut ne pas se recombiner (cf
plasmide). Ces transferts sont unidirectionnels, le plus souvent partiels (1 à 2 % du
génome transféré) et d'efficacité faible (fréquence de recombinaison de l'ordre de
10-6)

Chez les Procaryotes, les transferts génétiques sont unidirectionnels.
Un fragment de matériel génétique exogène pénètre dans une cellule
receveuse. Cet ADN peut persister dans le cytoplasme (cas de
nombreux plasmides) ou être intégré au chromosome bactérien par
recombinaison.
• Transferts de matériel génétique: la conjugaison
La conjugaison est un mécanisme de transfert unidirectionnel de matériel
génétique par contact entre deux cellules bactériennes.
Processus sexuel strict qui nécessite un contact préalable et un
appariemment entre bactéries de sexe différent avec la formation d'un
pont cytoplasmique permettant les échanges bactériens dont celui du
chromosome. Le facteur de sexualité ou de fertilité (F) permet la
synthèse de pilis sexuels chez la bactérie donatrice ou mâle et donne la
polarité au chomosome. Le transfert d'ADN chromosomique est à sens
unique, orienté, progressif et quelquefois total.
• Transferts de matériel génétique:

la conjugaison
A la suite des expériences de Lederberg
et Tatum, Hayes montra en 1952 que le
transfert de gènes s’effectue dans un
sens déterminé, d’une cellule
donneuse à une cellule receveuse.
Le facteur F, ou facteur de fertilité, est un plasmide portant les gènes nécessaires à
l’attachement cellulaire et au transfert de matériel génétique. Certains de ces gènes sont
impliqués dans la formation des pili sexuels, responsables de la première étape de la
conjugaison. La souche donneuse est dite « F + » car elle possède ce facteur F. La souche
receveuse est dite « F – » car elle ne le possède pas (et ne produit donc pas de pili
sexuels). Au cours de la conjugaison (c’est à dire le croisement F + x F –), le facteur F est
répliqué et c’est une copie du plasmide qui est transférée (sous forme simple-brin) dans
la cellule receveuse. Au terme de ce transfert (après réplication et recircularisation du
plasmide), la cellule receveuse est devenue à son tour F +. Dans ces conditions, la
fréquence de recombinaison des gènes chromosomiques est faible, car le chromosome
bactérien n’est que très rarement transféré dans la cellule receveuse.
Le facteur F contient des séquences d’insertion permettant l’intégration du plasmide
dans le chromosome de la cellule hôte (ce qui fait du facteur F un épisome). Dans le cas
ou le facteur F est intégré au chromosome bactérien, la cellule hôte est dite « Hfr »,
pour haute fréquence de recombinaison. Cette cellule possède en effet un grand
pouvoir de transfert de gènes chromosomiques. Au cours du croisement Hfr x F –,
l’intégralité de la copie du chromosome de la cellule Hfr est rarement transférée à la
souche F –, car le temps de contact nécessaire est trop important (100 minutes chez
d’Escherichia coli). Le contact entre cellules est souvent rompu (rupture du pont
cytoplasmique permettant le transfert) avant la fin du processus. L’origine de transfert
(ORI-T) étant située au sein du facteur F, la cellule receveuse reste F – si le transfert
n’est pas complet. Par contre, des gènes chromosomiques (« gènes marqueurs ») de la
souche Hfr peuvent être intégrés dans le chromosome de la souche F –.
• Transferts de matériel génétique: la transformation
La transformation est l’entrée dans la cellule d’un fragment d’ADN « nu
» présent dans l’environnement (et son intégration dans le
chromosome receveur, l’endogénote, s’il ne s’agit pas d’un plasmide).
Une bactérie capable d’effectuer une telle opération est dite
compétente. L’état de compétence est un phénomène transitoire, qui
intervient chez certaines bactéries pendant 15 à 30 minutes à la fin de
la phase exponentielle de croissance. Les pneumocoques, par exemple,
sécrètent une protéine appelée facteur de compétence qui active la
production d’autres protéines requises pour la transformation.
• Transferts de matériel génétique: la transformation
La transformation artificielle en laboratoire fait appel à des agents
rendant perméable la membrane la membrane à l’ADN (chlorure de
calcium), à des traitements thermiques ou électriques
(électroporation).
Les cellules transformées ne deviennent recombinantes que si le(s)
gène(s) porté(s) par l’ADN exogène s’exprime(nt). La transformation des
bactéries est plus efficace avec de l’ADN plasmidique, moins facilement
dégradé que des fragments linéaires et se répliquant de façon
autonome.
Transferts de matériel génétique: la transformation
Transferts de matériel génétique: la transformation

• Transferts de matériel génétique: la transduction
Les bactériophages (virus bactériens) participent à ce mode de
transfert de gènes bactériens. Ils possèdent une capside protéique qui
protège leur génome. Lorsqu’un phage infecte une bactérie, il introduit
uniquement son matériel génétique dans le cytoplasme de celle-ci. Le
génome viral a la capacité de forcer la bactérie à synthétiser de
nouveaux constituants viraux (acides nucléiques et protéines) qui
s’assemblent en nouveaux phages. La lyse de la bactérie libère les
nombreux phages produits au cours de ce cycle lytique. Ces phages
sont dits virulents.
• Transferts de matériel génétique: la transduction
Au cours du cycle lysogénique par contre, le génome viral reste dans le

chromosome de la cellule hôte sans s’exprimer et il est reproduit en
même temps que le chromosome bactérien.
Ces phages sont dits tempérés car ils résident dans leur hôte sans le
détruire, à l’état de prophage. Cependant, les conditions de
l’environnement (ex : UV) peuvent modifier cet état et déclencher la
multiplication du phage (induction).
Transferts de matériel génétique: la transduction
attention!
Transferts de matériel génétique: la transduction
Transferts de matériel génétique: la transduction généralisée :
La transduction généralisée a lieu au cours du cycle lytique d’un phage et transfère

n’importe quelle partie du génome bactérien.
Pendant l’assemblage des nouveaux virus, des fragments de chromosome bactérien

partiellement dégradé sont incorporés dans la capside par erreur.
Ces phages contenant de l’ADN bactérien sont appelés particules de transduction

généralisée. Lorsqu’ils infectent de nouvelles cellules, ils injectent cet ADN qui peut être
intégré ou non au génome bactérien. Dans le cas négatif, on parle de transduction
abortive.
Transferts de matériel génétique: la transduction généralisée :
• Transferts de matériel génétique: la transduction spécialisée :
La transduction spécialisée ou restreinte résulte d’une erreur dans le cycle lysogènique.

Les gènes bactériens qui entourent le génome viral incorporé au nucléoïde, peuvent être
incorporés dans les nouvelles capsides phagiques après induction. Ces nouveaux virus
vont alors transporter ces gènes d’une bactérie à une autre : ce sont des transducteurs.
Au moment de l’induction, l’excision du prophage est erronée et une partie adjacente du
chromosome bactérien (5 à 10 % de l’ADN bactérien) est excisée également. Ce sont des
phages transducteurs incomplets, car ils ne transportent qu’une partie du génome viral.
De ce fait, ils perdent une ou plusieurs propriétés : il sont donc défectifs. Une particule
transductrice injectera les gènes bactériens dans une autre bactérie, où ils pourront être
intégrés au nucléoïde de manière stable. L’acquisition de propriétés nouvelles chez les
bactéries infectées par un bactériophage est appelée conversion lysogènique (exemple :
synthèse d’une exotoxine) .
Historique sur la découverte des virus
• Les maladies virales comme la rage, la fièvre jaune, la variole, affectent les humains
depuis des siècles. Cependant, la cause de ces maladies est restée inconnue pendant
longtemps. A la fin du XIXe siècle, la conception d’agents infectieux qui n’étaient ni
des bactéries, ni des champignons, ni des parasites était encore difficile.
• Entre 1887 et 1892, le botaniste russe Dimitri Ivanovski étudia une maladie végétale,
la mosaïque du tabac, et montra que la sève des plans malades contenait un agent
infectieux. Ivanovski pensait qu’il s’agissait d’une toxine ou bien d’une très petite
bactérie. C’est le chimiste hollandais Martinus Beijerinck qui approfondi ces travaux
et écarta l’hypothèse bactérienne, et dénomma le phénomène Contagium vivum
fluidum. A la même époque, le virus de la fièvre aphteuse est le premier virus
identifié par Friedrich Loeffler et Paul Frosch. Le virus de la fièvre jaune est le
premier virus pathogène de l’Homme identifié entre 1900 et 1902.
• C’est pendant la Première Guerre mondiale que l’anglais Frederick

Twort et le microbiologiste franco-canadien Félix d'Hérelle mettent en
évidence le phénomène de « lyse transmissible » observable par la
lyse des bactéries cultivées en milieu solide. Ce phénomène est dû à
un virus de bactéries que Félix d'Hérelle baptisa bactériophage. Les
virus des plantes, des animaux, de l’Homme et des bactéries étaient
ainsi découverts et leurs listes ne cessèrent de s’allonger au cours du
XXe siècle. L’apparition de la microscopie électronique dans les
années 1930 permis l’observation des virus, mais on ne savait
toujours pas à cette époque ce qu’ils étaient réellement.
• Les études ultérieures montrèrent que selon les virus étudiés, ceux-ci
étaient composés soit de protéines et d’ARN, soit de protéines et
d’ADN. C’est en 1957 que André Lwoff proposa une définition claire et
moderne des virus. A partir des années 1960, le développement des
cultures cellulaires, de la microscopie électronique, puis de la biologie
moléculaire a permit aux scientifiques de progresser dans la
compréhension des mécanismes de réplication des virus, dans la
réalisation de diagnostics fiables et dans l’élaboration de vaccin.
• Le mot virus est issu du latin virus, qui signifie « poison ». Un virus est
une entité biologique qui nécessite une cellule hôte, dont il utilise les
constituants pour se multiplier. Les virus sont des agents infectieux
microscopiques possédant un seul type d’acide nucléique (ADN ou
ARN), ne pouvant se reproduire qu’à l’intérieur d’une cellule, et
parasitant aussi bien les êtres vivants pluricellulaires (animaux et
végétaux) que les unicellulaires (bactéries et protistes). La virologie
est la science qui étudie les virus. Elle est étudiée par des virologues
ou des virologistes.
Généralités sur les virus
• Les virus ne peuvent se développer qu’en parasitant les cellules

vivantes (on dit qu’ils sont des parasites intracellulaires obligatoires),
dont ils détournent les synthèses à leur profit. Leur pénétration dans
les organismes hôtes peut se faire de multiples façons ; inhalation,
contacte et inoculation par des organismes vecteurs (insectes
piqueurs, blessures etc …). Il pénètrent ensuite à l’intérieur des
cellules où ils se multiplient. Ils agissent pratiquement de la même
façon : l’information apportée par l’acide nucléique du virus provoque
un dérèglement du noyau de la cellule parasité, qui ne synthétise plus
son propre acide nucléique mais celui du virus.
• Il existe une très grande diversité de virus, estimée en 2007 à 1031, qui est bien
plus que la diversité des trois domaines Bacteria, Archaea et Eukaryota réunis.
• Une très grande variété de virus provoque des maladies graves, contagieuses, qui
prennent le nom de viroses chez les végétaux. Chez les animaux, les principales
maladies d’origines virales sont : Le rhume, la grippe, la varicelle, la rougeole, la
mononucléose infectieuse, sont des exemples de maladies humaines virales
relativement courante. Des maladies plus sévères comme le SIDA, la grippe
aviaire, la variole, sont aussi causées par des virus. Le virus Ebola entraîne des
fièvres hémorragiques. La capacité d’un virus d’entraîner une maladie est décrite
en termes de virulence.
• Un virus est constitué par un acide nucléique à un ou deux brins,

contenu dans une coque de protéine (capside) de forme variable.
Chez certains virus, la capside est en outre protégée par une
enveloppe issue de la membrane des cellules infectées. L’acide
nucléique, porteur de l’information génétique et responsable de la
multiplication viral (réplication) est constitué d’ARN (c’est le cas de la
majorité des virus attaquant les végétaux) ou d’ ADN, mais jamais les
deux simultanément. Le génome d’un même virus peut se présenter
comme une seule entité, ou être fragmenté en plusieurs segments
distincts.
• Le filament d'acide nucléique peut être de l'ADN ou de l'ARN. Il

représente le génome viral. Il peut être circulaire ou linéaire,
bicaténaire (double brin) ou monocaténaire (simple brin). Le génome
sous forme d'ADN est généralement bicaténaire. Le génome sous
forme d'ARN est généralement monocaténaire et peut être à polarité
positive (dans le même sens qu'un ARN messager) ou à polarité
négative (complémentaire d'un ARN messager).
• La taille des virus se situe entre 10 et 400 nm. Les génomes des virus
ne comportent que de quelques gènes à 1 200 gènes. Le plus petit
virus connu est le virus delta. Il ne comporte qu'un seul gène. Le plus
gros virus connu est le mimivirus, avec un diamètre qui atteint 400
nanomètres et un génome qui comporte 1 200 gènes.
• Une particule virale complète, appelé virion, est composée d’un
filament d’acide nucléique, généralement stabilisé par des
nucléoprotéines basiques, enfermé dans une coque protéique
protectrice appelée capside. La forme de la capside est à la base des
différentes morphologies des virus.
• La capside est une coque qui entoure et protège l'acide nucléique viral.
Elle est constituée par l'assemblage de structures protéiques. La capside
est constituée de sous-unités protéiques appelées protomères.
L'ensemble capside et nucléoïde est nommé nucléocapside. La structure
de la capside entraîne la forme du virus, ce qui permet de distinguer
deux groupes principaux de virus : les virus à symétrie cubique et les
virus à symétrie hélicoïdale.
• De nombreux virus sont entourés d'une enveloppe (ou péplos) qui
prend naissance au cours de la traversée des membranes cellulaires. Sa
constitution est complexe et présente un mélange d'éléments cellulaires
et d'éléments d'origine virale. On y trouve des protéines, des glucides et
des lipides. Les virus possédant une enveloppe sont les virus
enveloppés. Les virus ne possédant pas d'enveloppe sont les virus nus.
• Un provirus est un rétrovirus qui s'est infiltré dans l'ADN d'une

cellule hôte. Pour ce faire, l'ARN subit une transcription inverse (ou
rétrotranscription) grâce à la transcriptase inverse qui le transforme
en ADN. Cet ADN est ensuite incorporé dans le génome de la cellule-
hôte grâce à une protéine appelée intégrase. La cellule va alors
synthétiser les protéines correspondant à l'ARN viral. Le virus ayant
ainsi parasité la cellule va pouvoir se reproduire. Par exemple, le
virus du SIDA, le VIH est un provirus.
• Un Viroïde est un agent infectieux des plantes et probablement des
animaux, de structure plus simple qu’un virus. Ces particules, plus
petites que les virus, contiennent un seul ARN circulaire et n'ont pas
de capside.
• Les viroïdes diffèrent des virus en ces points :
Ils existent à l'intérieur des cellules en tant que particules d'ARN

uniquement, sans capside ni enveloppe.
Ils n'ont qu'un seul ARN circulaire qui contient très peu de
nucléotides. - Leur ARN ne code aucune protéine.
Contrairement au virus dont l'ARN peut être copié dans le
cytoplasme ou le noyau, l'ARN des viroïdes est copié dans le noyau ou
dans le chloroplaste, selon la famille.
Structure des virus
• Une particule virale complète, appelé virion, est composée d’un

filament d’acide nucléique, généralement stabilisé par des
nucléoprotéines basiques, enfermé dans une coque protéique
protectrice appelée capside. De nombreux virus sont entourés d'une
enveloppe (ou péplos) qui prend naissance au cours de la traversée
des membranes cellulaires. Sa constitution est complexe et présente
un mélange d'éléments cellulaires et d'éléments d'origine virale. On y
trouve des protéines, des glucides et des lipides. Les virus possédant
une enveloppe sont les virus enveloppés. Les virus ne possédant pas
d'enveloppe sont les virus nus.
Structure des virus
Structure des virus
Structure des virus
Structure des virus
Réplication des virus (infection virale)
• Les virus sont des parasites intracellulaires obligatoires, autrement dit ils ne peuvent
se multiplier que dans une cellule hôte. Un virus isolé est inerte, il est à la limite entre
le vivant et l'inorganique. Chaque type de virus ne peut infecter et parasiter qu'une
gamme limitée des cellules hôtes. L'infection virale commence quand le génome du
virus entre dans une cellule. Le mécanisme d'entrée dépend du type de virus. Quel
que soit le génome viral considéré, le parasite détourne les ressources de son hôte
afin de produire d'autres virus. L'hôte fournit les nucléotides pour la synthèse des
acides nucléiques; ses enzymes, ses ribosomes, ses ARNt, ses acides aminés, son ATP
et ses autres outils métaboliques servent à fabriquer les protéines virales requises
par l'ARNm qui provient de la transcription des gènes du parasite. Quand la
fabrication est terminée, les molécules d'acides nucléiques virales et les capsomères
s'assemblent souvent de façon spontanée pour former de nouveaux virus ( processus
appelé auto-assemblage). Le cycle de réplication le plus simple chez les virus se
termine quand des centaines, voire des milliers de virus sortent de la cellule hôte
infectée.
Virus animaux :Ce sont également des parasites intracellulaires

obligatoires. On en distingue alors deux types:
A- Virus à ARN enveloppé :
L'enveloppe recouvre la capside et permet au virus d'entre dans la
cellule hôte. C'est en général une membrane hérissée de
glycoprotéines. Les pointes glycoprotéiques se lient à des molécules
réceptrices spécifiques situées à la surface de l'hôte. Ensuite,
l'enveloppe virale et la membrane de la cellule hôte fusionnent, et
ainsi, le génome viral entre dans la cellule pour l'infecter.
B-Rétrovirus ou Adénovirus :
On va surtout s'intéresser aux Rétrovirus. Leurs cycles de réplication
sont les plus complexes si on les compare aux autres virus à ARN. Ces
virus possèdent une enzyme spécifique, la Transcriptase Inverse qui
transcrit de l'ADN à partir de l'ARN. Cet ADN néosynthétisé s'intègre
sous forme de provirus dans un chromosome du noyau de la cellule
animale. Le VIH (virus de l'immunodéficience humaine) en est un
exemple: nous savons tous qu'il est à l'origine de cette terrible
épidemie qu'est le SIDA (syndrome de l'immunodéficience acquise).
Classification des virus
• On a d'abord classé les virus
1° - selon l'organisme parasité :

• les virus des bactéries : (bactériophages ou phages)
• les virus des végétaux
• les virus des animaux
2° - selon leur mode de transmission :

• virus transmis par les voies respiratoires.
• virus transmis par le tractus digestif (les virus entériques)
• virus transmis par les arthropodes : les arbovirus (contraction de
arthropod borne virus)
Aucune des classifications n'est censée être phylogénétique, car les virus ne partagent pas d'origine
commune.
• Classification par type de génome :
• Virus à ADN
Groupe I - Virus à ADN à double brin
Groupe II - Virus à ADN à simple brin
• Virus à ARN
Groupe III - Virus à ARN à double brin

Groupe IV - virus à ARN simple brin à polarité positive (Virus (+)
Groupe V - virus à ARN simple brin à polarité négative
Groupe VI - rétrovirus à ARN simple brin
Groupe VII - rétrovirus à ADN double brin
• Classification par type de capsides et enveloppe :
Virus icosaédriques : La capside icosaédrique entraîne une apparence

sphérique du virus. Les protomères sont organisés en capsomères,
disposés de manières régulières et géométriques. Une capsomère, en
forme d’anneau, est composée de cinq ou six protomères. Parmi les
virus icosaédriques, les parvovirus ont une capside formée de 12
capsomères, les poliovirus 32 capsomères, les papillomavirus 72
capsomères tandis que la capside des adénovirus est constituée de 252
capsomères.
• Virus hélicoïdaux : Ces virus sont de longs cylindres (300 à 400 nm), creux,
composés d’un type de protomère enroulé en spirale hélicoïdale. Ils peuvent être
rigides ou flexible. Le matériel génétique est logé à l’intérieur du tube. Le virus de
la mosaïque du tabac est un exemple de virus hélicoïdal très étudié.
• Virus complexes : Ces virus possèdent une capside symétrique qui n’est ni
hélicoïdale, ni vraiment icosaédrique. Les bactériophages comme le phage T4
d’Escherichia coli sont des virus complexes possédant une tête icosaédrique liée à
une queue hélicoïdale à laquelle sont attachés des poils et des fibres caudales. Le
poxvirus est aussi un exemple de virus complexe. C'est le virus animal parmi les
plus grands (250 à 350 nm de long sur 200 à 250 nm de large. Certains virus se
présentent sous formes bacillaires. C'est le cas du virus de la rage (famille des
Rhabdoviridae) et du virus Ebola.
• Virus enveloppés : En plus de la capside, certains virus sont capables

de s’entourer d’une structure membranaire empruntée à la cellule
hôte. Cette enveloppe membranaire est composée d’une bicouche
lipidique qui peut posséder des protéines codées par le génome viral
ou le génome de l’hôte. Cette enveloppe donne quelques avantages
aux virions par rapport à ceux composés d’une capside seule, comme
la protection vis à vis d’enzymes ou de composés chimiques. Les
glycoprotéines, formant des spicules, fonctionnent comme des
récepteurs permettant de se fixer sur des cellules hôtes spécifiques.
Le virus de la grippe (famille des Orthomyxoviridae), le virus du SIDA
(famille des Retroviridae) sont des exemples de virus enveloppés.
• La génétique est la science de la variation et de l’hérédité. Elle est née de
l'étude chez les organismes doués d'une reproduction sexuelle (les êtres
supérieurs) , elle fait suite à des croisements ou des hybridations entre
les différentes races ou les variétés de la même espèce.
• Les études de la génétiques ont commencé par Mendel en 1965 qui a
travaillé sur les plantes notamment sur le poivre. La génétique est née
avec Mendel.
• Au départ, les bactéries étaient considérées comme peu favorables à l'analyse
génétique pour 2 raisons principales :
• l’absence visible de différences morphologiques : liée à la taille des bactéries (de
l’ordre de quelques μm
• l’absence de spécialisation de la cellule : une cellule bactérienne donne naissance à

deux bactéries puis à 1010 ,toutes les bactéries sont identiques entre elles et
identiques à la cellule mère. On ne distingue pas de forme germinale ou somatique
comme c’est le cas chez les cellules supérieures.
• Peu après les bactéries sont devenues un matériel de choix pour 2
raisons :
• leur division rapide : par exemple formation d’une génération chez
Escherichia coli toutes les 20 minutes.
• leur encombrement limité : on peut mettre jusqu'à 1010 bactéries dans
500 μL au fond d'un tube à essai.
• Aujourd'hui l'apport de la génétique bactérienne est considérable,
notamment en biologie moléculaire. Les bactéries ont même participé à
la naissance de cette nouvelle discipline importante. Pour s’intéresser à
la génétique bactérienne il faut connaitre le génome. On peut détailler
les moyens par lesquels les caractéristiques existantes d’une bactérie
peuvent varier et/ou comment des propriétés nouvelles peuvent être
acquises.
• Le chromosome est l’élément constitutif et obligatoire chez toutes les
bactéries. L’ADN chromosomique de la cellule bactérienne est contenu
dans une région appelée nucléoïde au niveau du cytoplasme. Ce terme
de nucléoïde souligne la différence structurale fondamentale qui existe
entre l'organisation des génomes procaryotes et les vrais noyaux
eucaryotes.
Chromosome
Chromosome
Plasmides
Plasmides
Plasmides
Variations bactériennes
Variations bactériennes
Partie II : Interactions Microorganismes -
Hôte- Environnement
Diversité Microbienne
Codex Alimentarius, Hygiène des denrées alimentaires, 4em Edition
Références
• Jacques Balandreau, diversité microbienne, Aménagement et Nature - N° 1 36
France LEGENTIL, Génétique bactérienne, UE1/EC1 Microbiologie , P1-10
• ADOUI MOUNIRA , Microbiologie de l’environnement, P1-74
• SIA2014 ,Ecosystèmes microbiens : quels enjeux agronomiques ?
• BOULILA Farid, Ecologie microbienne, Université de Bejaia
• Prescott’s Microbiology, 8e Edition, Willey, Sherwood, Woolverton, 2011.
• Prescott’s Microbiology, 4e Edition, Willey, Sherwood, Woolverton, 2013. ISBN
978-2-8041-8039-3
• Manuel de poche de Microbiologie médicale , 2e édition française
• Codex Alimentarius, Hygiène des denrées alimentaires, 4em Edition

Microbiologie II-SV5: Pr. Nadia El Kadmiri

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Microbiologie II-SV5

Pr. Nadia EL KADMIRI

Année Universitaire 2020-2021

• Le chromosome bactérien peut comporter de l’ADN «

une transversion est un remplacement d’une purine par une

L’addition ou la délétion d’un ou plusieurs nucléotides entraîne un

• Les mutations morphologiques changent la forme ou la couleur de la

• Transferts de matériel génétique

• Transferts de matériel génétique:

Transferts de matériel génétique: la transformation

Au cours du cycle lysogénique par contre, le génome viral reste dans le

La transduction généralisée a lieu au cours du cycle lytique d’un phage et transfère

Pendant l’assemblage des nouveaux virus, des fragments de chromosome bactérien

Ces phages contenant de l’ADN bactérien sont appelés particules de transduction

La transduction spécialisée ou restreinte résulte d’une erreur dans le cycle lysogènique.

• C’est pendant la Première Guerre mondiale que l’anglais Frederick

• Les virus ne peuvent se développer qu’en parasitant les cellules

• Un virus est constitué par un acide nucléique à un ou deux brins,

• Le filament d'acide nucléique peut être de l'ADN ou de l'ARN. Il

• Un provirus est un rétrovirus qui s'est infiltré dans l'ADN d'une

• Les viroïdes diffèrent des virus en ces points :

Ils existent à l'intérieur des cellules en tant que particules d'ARN

• Une particule virale complète, appelé virion, est composée d’un

Virus animaux :Ce sont également des parasites intracellulaires

1° - selon l'organisme parasité :

2° - selon leur mode de transmission :

Groupe III - Virus à ARN à double brin

• Classification par type de capsides et enveloppe :

Virus icosaédriques : La capside icosaédrique entraîne une apparence

• Virus enveloppés : En plus de la capside, certains virus sont capables

• l’absence de spécialisation de la cellule : une cellule bactérienne donne naissance à

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