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Un plasmide conjugatif est autotransférable d’une bactérie mâle à une autre femelle par
conjugaison. Sa taille est supérieure à 30 kb
Ex: chez Escherichia coli, 90 kb, dont 30 à 50 kb pour les gènes nécessaires au transfert
conjugatif.
Ces plasmides sont en faible nombre de copies de 1 à 3 par cellule.
L’ensemble des gènes nécessaires à la conjugaison est organisé en un opéron tra codant pour
les pili sexuels et les protéines de conjugaison.
Rôle très important dans la dissémination de l’information génétique et particulièrement des
gènes de résistance aux antibiotiques.
Le transfert se réalise de manière orientée et progressive.
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Principaux gènes (régions) des plasmides conjugatifs
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IS Bactérie F+ Bactérie Hfr
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Schéma illustrant la diffusion plasmidique au sein
des groupes de Bactéries
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Schéma comparatif des Plasmides conjugatifs et Plasmide non conjugatifs
3 Propriétés supplémentaires des Gènes
Selon les fonctions supplémentaire des gènes accordées à la cellule hôte , on distingue :
Gènes métaboliques spécifiques codant pour la synthèse de protéines permettant l’utilisation
de nutriments comme :
- gènes d’utilisation du citrate comme source de carbone, production de soufre, hydrolyse de
l’urée, chez E. coli.
- gènes de dégradation du lactose chez les Salmonelles.
Ces gènes sont non indispensables à la vie de la bactérie, ilsi peuvent être une cause d’erreur
pour l’identification des souches. Ils présentent un grand intérêt sur le plan biotechnologique:
dégradation des produits chimiques (polluants toxiques).
Gènes de résistance (ou virulence) confèrent une résistance aux antibiotiques et à d’autres
inhibiteurs de croissance. Ils peuvent être portés par des plasmides (souvent conjugatifs et de
grandes tailles > 200kb), des Transposons ou/ et des phages.
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déterminants de la transposition et ceux d’autres fonctions telle que, la résistance aux
antibiotiques et aux métaux lourds.
Exemples : bêta-lactamines, aminosides, phénicols, cyclines, érythromycine, sulfamides et
triméthoprime
4.2 Transposition
La transposition est un mécanisme d'évolution rapide. Il consiste à l'addition d’une
séquence de gènes (ADN) de taille définie au sein d'un génome (chromosome bactérien ou
plasmide) et en l'absence d'homologie de séquence nucléotidique par recombinaison
illégitime.
Le transposon est constitué d'un fragment d'ADN limité de part et d'autre par des séquences
répétitives inversées (IR) appartenant à des séquences d'insertion (IS).
4.3 Structure des transposons
Les séquences d'insertion portent les gènes nécessaires à la transposition, transposase
(éléments régulateurs de la transposition) et les marqueurs spécifiques (ex: Résistance aux
antibiotiques).
4.4 Rôle et Intérêt
Les transposons constituent un génome collectif ou un patrimoine génétique commun, dans
lequel puisent les bactéries en fonction de leur nécessité d'adaptation ou de la pression de
sélection.
Ces éléments sont la preuve du "génie génétique in vivo".
Ils sont très utilisés en mutagénèse in vitro, ou encore par les bactéries elles-mêmes pour
moduler l'expression d'un gène.
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Chapitre 5: Transgénèse Végétale ou Plantes génétiquement modifiées « PGM »
Tous les organismes vivants subissent des modifications génétiques qui, sont en fait des
erreurs dans le processus de réplication lors de la copie de l’ADN ou se produisent également
sous l’effet d’agents mutagènes.
Les OGM résultent d’une modification génétique volontaire et ciblée: l’Homme modifie le
patrimoine génétique des organismes par des techniques de génétique moléculaire, il crée ce
qu’on appelle des « organismes génétiquement modifiés » ou « OGM ».
Ces techniques non naturelles modifient spécifiquement l’organisme soit par :
- mutagenèse, un gène d’un organisme est modifié pour le réintroduire dans le même
organisme ou de la même espèce,
- transgénèse, un gène provenant d’un autre organisme est introduit.
Les organismes modifiés par transgenèse sont très nombreux et appartiennent aux différents
domaines du vivant ; citons les bactéries, les cellules eucaryotes en culture, mais aussi les
organismes pluricellulaires comme les animaux et les plantes.
La sélection des plantes s’est poursuivie en recherchant des variants pour une meilleure
production, de meilleures qualités gustatives, l’adaptation à différents sols et climats. Ce travail
de sélection s’est progressivement organisé et fût l’œuvre des agriculteurs qui représentaient la
grande majorité de la population. A la fin du 19ème siècle certains sont devenus des semenciers.
Les modes de sélection ont eu alors pour objectif d’obtenir des variétés plus homogènes, voire
uniformes et plus universelles.
2. Historique
La première révolution dans les concepts de sélection est la théorie de l’évolution (1859)
de Charles DARWIN (1809-1882) : l’origine des espèces au moyen de la sélection naturelle.
La deuxième avancée théorique est celle de Gregor MENDEL (1822-1884), avec le concept
de gène. C’est à cette époque, en lien avec les débuts de l’industrialisation de l’agriculture que
sont apparus les grands semenciers en France : Vilmorin, Clause et Florimond Desprez.
Cette spécialisation s’est poursuivie et s’est renforcée jusqu’au milieu du 20ième siècle puis
de plus grandes entreprises comme Limagrin et INRA ont contribué aux développements des
recherches et de
la sélection de nouvelles variétés.
Les critères de sélection ont évolué en lien avec les modes de cultures : augmentation des
rendements par l’utilisation des engrais de synthèse. Les nouvelles variétés obtenues, qui
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produisent plus, sont aussi plus fragiles et demandent une utilisation plus importante de
fongicides et autres produits phytosanitaires. Le développement des produits phytosanitaires
et les avancées dans les biotechnologies ont favorisé l’arrivée des groupes de l’industrie
chimique comme Monsanto, Pionnier, Syngenta dans la sélection et la production de
semences génétiquement modifiées.
Une autre approche a précédé les PGM c’est celle des hybrides F1. C’est à partir de lignées «
pures » que s’est développée la technique des hybrides F1 qui permet d’obtenir des plantes
ayant des caractéristiques intéressantes provenant des deux variétés parentales. Technique
d’autant plus aisée quand les fleurs mâles et femelles sont séparées, comme pour le maïs, mais
plus difficile dans le cas contraire où on a recours à la stérilisation mâle, par voie chimique,
pour l’une des variétés, stérilité aussi possible pour les PGM. L’inconvénient majeur des
hybrides est la dissémination des caractères génétiques à la deuxième génération et donc pour
l’agriculteur l’impossibilité de réutiliser ses propres semences.
La sélection et la production de semences sont ainsi passées, en deux siècles, de l’artisanat à
l’industrie. En effet, l’obtention de plantes génétiquement modifiées nécessite l’intervention
d’un grand nombre de compétences techniques ; les chercheurs sont devenus des maillons
dans la chaîne de la production scientifique.
3 LA TRANSGENESE CHEZ LES PLANTES
3. 1 Introduction
La technique d’obtention la plus courante est la transgenèse où, on ajoute un nouveau gène dans
un organisme grâce à Agrobacterium tumefaciens bactérie, agent causal de la maladie : la galle
du collet, qui se manifeste par la présence de galles au niveau du collet des plantes. L’interaction
Agrobacterium-plante est une manipulation génétique naturelle au cours de laquelle la bactérie
détourne à son profit l’activité métabolique de la plante.
3. 2 Transformation de cellules végétales par Agrobacterium
Des plantes peuvent-être régénérées assez facilement à partir d'une cellule somatique. La cellule
végétale est donc apparue comme l'unité fondamentale dans le processus de la création d'une
lignée de végétaux transgéniques. Sa propriété de totipotence lui confère, in vitro, dans des
conditions contrôlées, la capacité de régénérer une plante entière. En revanche, la paroi
pectocellulosique cellulaire rigide (absente des cellules animales) constitue un obstacle au
transfert de gène, qui est contourné par l'utilisation des bactéries du
genre Agrobacterium possédant un système naturel de transfert de gènes aux cellules végétales
(cf. fondement biologique de la transgenèse végétale).
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L'existence d'espèces végétales insensibles à cette bactérie a incité les chercheurs à mettre au
point d'autres méthodes. Aussi, actuellement deux familles de techniques sont réalisées pour la
transformation génétique de cellules végétales : l'une consistant à utiliser les propriétés de
bactéries du sol du genre Agrobacterium, l'autre faisant intervenir des méthodes physiques ou
chimiques qui permettent la pénétration de l'ADN directement dans les cellules végétales.
3. 2. 1 Historique
En 1907, à partir de fragments de galle développée sur une plante, deux chercheurs américains
ont isolé l’agent pathogène : la bactérie « Agrobacterium tumefaciens ».
En 1941, deux autres chercheurs américains, ont démontré que les cellules issues de galles du
collet sont des cellules cancéreuses. En effet, même en absence d’Agrobacterium elles
prolifèrent facilement et indéfiniment sur des milieux de culture dépourvus de facteurs de
croissance, milieux qui ne permettent pas la croissance de cellules saines. Les chercheurs en
déduisent l’existence d’un principe inducteur de tumeur.
A la fin des années 1950, deux groupes de chercheurs français identifient des composés
spécifiques des cellules de galle, les opines*.
En 1972, ils proposent que la synthèse des opines résulte d’un transfert d’informations
génétiques entre la bactérie et la plante.
En 1974, l’élément génétique responsable du pouvoir pathogène chez A. tumefaciens est
caractérisé par un consortium de chercheurs belges. Il s’agit d’un fragment d’un plasmide*1,
appelé plasmide Ti (tumor-inducing) ou pTi. Un plasmide est un ADN circulaire capable de se
répliquer de manière autonome et sans intégration dans l’ADN chromosomique d’une bactérie.
En 1977, un consortium américain, démontre que la pathologie de la galle résulte du transfert
d’un fragment d’ADN du pTi, appelé ADN-T de la bactérie vers les chromosomes de la cellule
végétale. Enfin, dès 1978, le consortium belge cité ci-dessus est le premier à proposer que le
plasmide Ti pourrait servir de vecteur d’introduction de séquences d’ADN choisies dans le
génome végétal, ouvrant ainsi la voie au génie génétique des plantes et à la création de variétés
OGM.
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transformées à l'aide d'Agrobacterium.
3.2.3 Conditions du succés de la transgenèse
Les mécanismes moléculaires à la base des phénoménes naturels de transformation génétique
par Agrobacterium s'apparentent finalement à ceux mis en jeu lors d'une conjugaison
bactérienne (cf. la rubrique démarche de ce site) à ceci prés que le partenaire receveur est une
cellule végétale eucaryote. Les gènes portés par l'ADN-T ne s'expriment pas
dans Agrobacterium tumefaciens, mais seulement dans le noyau des cellules végétales ;
présent sur le plasmide Ti, il porte des signaux de régulation de type eucaryote.
3. 2. 4 Mode d’action
Un végétal blessé émet des composés phénoliques bactériostatiques qui attirent
Agrobacterium vers le site de la blessure et permet l’adhésion de la bactérie aux cellules
végétales. Agrobacterium met alors en place un système de transfert d’un fragment de son
ADN vers la cellule blessée dit ADN-T porté par le plasmide Ti qui s’intègre au génome
nucléaire de la cellule végétale. Les gènes portés par l’ADN-T s’expriment dans le végétal et
conduisent à la synthèse :
de deux phytohormones* : l’auxine, hormone de croissance et une cytokine, dont la
surproduction entraîne une multiplication anarchique des cellules végétales ;
de composés absents habituellement de la cellule végétale, des opines. Les opines peuvent
induire le transfert du plasmide Ti d’une agrobactérie vers une autre par conjugaison
génétique. Ce sont donc des médiateurs chimiques clefs de l’interaction Agrobacterium-
plante, dont la présence dans la tumeur favorise la croissance des pathogènes et concoure à
leur dissémination.
3. 2. 5 Utilisation de pTi
Le génie génétique végétal repose en grande partie sur l’utilisation du plasmide Ti, qui ne porte
plus les gènes responsables du pouvoir pathogène. Sur ces plasmides, les gènes tumoraux sont
en effet remplacés par un (ou plusieurs) gène(s) d’intérêt agronomique et par un gène marqueur
permettant de sélectionner les cellules transformées. Si le gène utilisé provient d’une bactérie,
un intron* sera inséré soit entre le promoteur et la phase ouverte de lecture* (ORF) soit en aval
de celle-ci. Pour un gène d’un organisme eucaryote, l’ADN complémentaire sera inséré de la
même manière. Dans tous les cas, le gène d’intérêt sera placé sous le contrôle d’un promoteur
spécifique des plantes. Plusieurs techniques basées sur le mode d’action naturelle existent pour
transformer une plante à l’aide d’A. tumefaciens :
La bactérie peut être infiltrée dans les feuilles ou pénétrer au niveau d’une blessure.
Le trempage des fleurs dans une solution d’A. tumefaciens. Cette méthode présente l’intérêt
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d’intégrer le transgène dans les cellules germinales (pollen et ovules) et donc d’obtenir une
descendance transgénique.
La transformation de cellules végétales indifférenciées en culture (« cals ») par A. tumefaciens.
Il faut ensuite générer des plantes à partir de ces cals. Les cellules sont multipliées in vitro sur
des milieux de culture puis des plantes entières sont générées par des techniques classiques.
3.2.6 Techniques de transfert de gènes et de transformation chez les végétaux
3.2.6.1 Transfert direct de gènes
Parallélement aux recherches menées avec Agrobacterium, se sont développées, à l'origine
essentiellement sur cellules animales (cf. techniques de transgenèse animale sur ce site), des
techniques de transfert direct d'ADN, par des méthodes chimiques, physiques ou faisant appel
à des impulsions électriques. Une fois éprouvées sur des cellules animales, ces méthodes ont
été testées sur des cellules végétales débarrassées de leur paroi rigide, ou protoplastes. Grâce à
ces techniques, à condition que l'ADN atteigne le noyau, on peut obtenir son expression, c'est
à dire la synthèse de la protéine codée par les gènes qu'il renferme, à condition toutefois (de
même que pour les méthodes faisant appel à Agrobacterium) que les gènes transférés puissent
s'exprimer dans la cellule qui vient de les recevoir.
3.2.6.2 Transformation de protoplastes
Les techniques de transformation mises au point sur les cellules animales ont pu être appliquées
sur des protoplastes :
- par méthode chimique, en utilisant le polyéthyléneglycol (PEG), une molécule capable
d'induire la destabilisation de la membrane plasmique et qui permet le transfert d'ADN à travers
celle-ci ;
- par méthode physique, en réalisant la fusion entre les protoplastes et
des liposomes (vésicules artificielles de phospholipides encapsulant l'ADN à transférer) ;
- par méthode faisant appel à des impulsions électriques, l'électroporation des protoplastes,
technique efficace et une des plus simples à mettre en œuvre. Elle consiste à soumettre un
mélange de protoplastes et d'ADN à une série de chocs électriques de courte durée et de
déstabilisation par polarisation des phospholipides qui la constituent et induit alors la formation
de pores au travers desquels les molécules d'ADN peuvent transiter. Si le choc électrique n'a
pas été trop violent, le phénomène est réversible et la membrane reprend ensuite son état initial,
laisant le protoplaste parfaitement viable.
Limites : les techniques appliquées aux protoplastes végétaux sont actuellement applicables
uniquement chez les espèces dont on maîtrise la mise en culture et la régénération des plantes
à partir des protoplastes.
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Intérêt : c'est grâce à ces techniques sur la transformation des protoplastes que des céréales de
grande culture, monocotylédones, telles que le riz, le maïs ou l'orge ont été transformées pour
la première fois. Effectivement, ces plantes étaient réputées insensibles à Agrobacterium.
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- sélection et régénération de plantes entières à partir des cellules génétiquement modifiées. La
sélection s'éffectue grâce à un gène marqueur (aussi présent sur l'ADN-T) conférant la
résistance à un antibiotique toxique (ou à un herbicide) pour la cellule végétale transformée.
Pour être qualifiée de transgénique il faut que toutes les cellules de la plante posséde le
transgène sinon, il s'agit d'une plante chimère.
C'est en 1983 que toutes ces conditions ont été réunies pour la première fois. Une équipe de
chercheurs belges a obtenu des tabacs transgéniques exprimant un gène artificiel les rendant
résistants à un antibiotique, la kanamycine.
La création des plants de tabac transgéniques se résument en trois étapes successives suivantes
:
Etape 1 : réalisation d'un gène artificiel (ou composite), construit en laboratoire et associant
trois parties : - la séquence codante d'un gène bactérien (séquence codante de la néomycine
phosphotransférase ou NPT qui confère la résistance à un antibiotique, la kanamycine); -
un promoteur de l'ADN-T d'Agrobacterium ; - un terminateur de ce même ADN-T. Les deux
dernières parties constituent des parties du plasmide Ti de la bactérie et sont nécessaires pour
pouvoir faire fonctionner le gène associé dans un environnement nouveau, la cellule végétale.
Le gène ainsi construit est alors introduit dans un plasmide Ti "désarmé" (ne comportant plus
de gènes tumoraux), lui-même réintroduit dans une bactérie Agrobacterium.
Etape 2 : incubation de la bactérie modifiée avec des fragments découpés de feuille de tabac ;
au niveau de la coupure, les cellules végétales sont blessées, ce qui stimule le système naturel
de transfert de gènes d'Agrobacterium. Les fragments de feuilles sont ensuite incubés en
présence de kanamycine et seules les cellules transformées proliféreront et donneront des cals.
Etape 3 : culture de ces cals sur des milieux appropriés contenant des phytohormones, certaines
des cellules donneront des bourgeons, qui s'enracineront ensuite pour régénérer des plantes
entières (propriété de totipotence des cellules végétales somatiques). Afin de vérifier que les
plantes régénérées sont bien transformées, on séme leur graines (obtenues par autofécondation)
qui, semées dans un milieu contenant de la kanamycine, donnent - soit des plantes dépourvues
de chloroplastes (la kanamycine interfére avec le développement des chloroplastes). Ces
plantes sensibles sont blanches et leur développemnt est alors arrêté (photosynthèse
impossible). Elles meurent. - soit des plantes chlorophylliennes normales. Dans ce cas, ces
dernières sont résistantes à l'antibiotique, car elles fabriquent l'enzyme néomycine-
phosphotransférase qui annule la toxicité de la kanamycine (processus de détoxification) et
assure la mise en place de chloroplastes fonctionnels nécessaires à la poursuite du
développement.
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Statistiquement, 1/4 des plantes ne possédent pas le gène de résistance ; c'est la proportion
attendue pour un gène quelconque (cf. lois de Mendel). Ce gène introduit se conduit comme
n'importe quel autre gène : il fait alors partie du patrimoine génétique de la plante que l'on
qualifiera de transgénique. Des analyses moléculaires au niveau de l'ADN sont aussi pratiquées
pour vérifier le transfert du gène.
6 Application de la transgénèse en agriculture.
Plusieurs types de transgènes peuvent être transférés par l’intermédiaire du plasmide Ti.
6. 1 Gène de résistance à un herbicide.
En grande culture, comme en culture maraîchère, pour faciliter la croissance des végétaux on
élimine les plantes indésirables, ou adventices, en utilisant un herbicide dit spécifique. Ces
herbicides affectent le moins possible la croissance des plantes d’intérêt et sont adaptés à
chaque type de plantes. L’utilisation d’un seul herbicide pour toutes les cultures pourrait
réduire les coûts. Pour ce faire, il est nécessaire que toutes les plantes de culture soient
résistantes à cet herbicide. Ceci est possible par l’introduction d’un gène de résistance à cet
herbicide systémique. Le produit de ce gène, généralement une enzyme, inactive l’herbicide
dans la plante de culture. Pour cela, il existe plusieurs possibilités : modifier l’herbicide par
addition d’un radical, le dégrader en plusieurs molécules inactives, empêcher son entrée dans
les cellules.
L’herbicide ne se retrouve pas dans les plantes résistantes après culture car, par exemple, elles
le dégradent en deux molécules inactives pour résister.
Le gène le plus ancien et le plus connu est celui qui confère aux plantes la résistance au
glyphosate, substance active du Roundup.
De nombreuses espèces végétales ont été modifiées pour devenir résistantes, les plus cultivées
sont : le maïs, le soja, le coton, ….
http://www.ogm.gouv.qc.ca/ogm_chiffres/principales_cultures.html
6. 2 Gène qui permet la synthèse d’une molécule toxique dite « pesticide »
La pyrale du maïs, Ostrinia nubilalis, et la sésamie, Sesamia nonagrioides, sont deux papillons
ravageurs du maïs très courants en Europe et en Amérique du Nord. La chenille creuse des
galeries dans les tiges. Il existe au moins trois possibilités pour lutter contre ses ravageurs :
le traitement par des pesticides de synthèse comme la deltamétrime, proposé par Bayer, c’est
un composé chimique de la famille des pyréthrinoïdes ayant des propriétés neurotoxiques ;
l’utilisation depuis 1959 notamment en agriculture biologique, d’extrait de la bactérie
Bacillus thuringiensis qui produit des toxines dont une est active contre ces ravageurs ;
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la modification du maïs pour l’expression d’une protéine toxique issue de la bactérie Bacillus
thuringiensis. La protéine toxique est le produit du gène Cry1Ab introduit par l’intermédiaire
du plasmide PV-ZMCT01 dans l’ADN du maïs. Le terme Bt fait référence à la bactérie
Bacillus
thuringiensis. La protéine toxique agit en se fixant à des récepteurs spécifiques de l’épithélium
intestinal des chenilles et provoque une paralysie intestinale, ce qui entraîne la mort de la
chenille.
La protéine ne semble pas être toxique pour d’autres espèces d’insectes. Cette modification
peut-être accompagnée d’autres comme la résistance à un herbicide.
L’extrait de la bactérie Bacillus thuringiensis est rapidement dégradée contrairement aux
pesticides de synthèse, qui ont un spectre d’action de plus en plus un large. Dans le cas du
maïs modifié, la protéine toxique est exprimée pendant tout le cycle végétal même quand sa
présence n’est pas nécessaire et reste présente dans la plante mature, principalement dans les
tiges et les feuilles mais sera facilement dégradée comme toutes les protéines lors de
l’alimentation des animaux.
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Résistance aux insectes: - Maïs-grain Bt résistant à la
Les plantes transgéniques produisent leur propre toxine Bt. Les pyrale
toxines sont dites Bt car naturellement produites par des - Pomme de terre Bt
bactéries, Bacillus thuringiensis que l'on trouve dans le sol. Il y a résistante au doryphore de la
plusieurs variantes de protéines Bt (toxine cry) conférant ainsi pomme de terre
des résistances à des insectes spécifiques. La protéine Cry1Ab - Tomate Bt résistante aux
confère une résistance contre certains papillons. lépidoptères
Résistance aux herbicides: - Maïs-grain
- Soja
La plante transgénique produit une nouvelle protéine qui annule - Lin
l'effet - Colza
toxique de l'herbicide dans la plante génétiquement modifiée - Coton
(PGM), La protéine normalement ciblée par l'herbicide est - Betterave sucrière
remplacée par une nouvelle protéine non sensible à l'herbicide - Luzerne
- Riz
Maturation retardée: - Tomate
Changement de la composition nutritionnelle:
- Riz doré
- Augmentation de la teneur en vitamine A
- Maïs
- Augmentation de la teneur en lysine, acide aminé essentiel
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- Le flux des transgènes et son impact sur l'environnement
- Nos attitudes vis à vis des OGM (Maghreb, Ar)
Bibliographie
Une approche historique de la biologie moléculaire : Michel MORANGE, Histoire de la
Biologie Moléculaire, La Découverte, Paris, 2003.
Une histoire récente de la sélection des semences : Christophe BONNEUIL et Frédéric
THOMAS, Gènes, pouvoirs et profits. Recherche publique et régimes de production des
savoirs de Mendel aux OGM, Quae éditions, 2009.
sur les OGM : Frédéric DENHEZ, OGM, le vrai du faux, Delachaux et Niestlé, Lausanne
2013.
Les textes réglementaires et la classification des manipulations génétiques :
http://www.cnrs.fr/infoslabos/reglementation/CGGrecommand.htm
Un site général sur les PGM :
http://www.ogm.gouv.qc.ca/information_generale/info_ogm/info_vegetaux.html
Les plantes autorisées à la culture et/ou à l’importation dans l’Union Européenne :
http://www.gmo-compass.org/eng/gmo/db/
Les surfaces agricoles cultivées en PGM dans le monde :
http://www.ogm.gouv.qc.ca/ogm_chiffres/principales_cultures.html
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