M1 BGV

Génomique structurale
et protéomique
4éme cours..
11. LES TYPES DE GÈNES
1
Familles
Multigéniques

2 3
Séquences
Gènes répétées
homologues

1-Répétition en tandem(satellites)
2-Répétition à travers le génome:(Rétro-
1-Orthologues
transposant et transposant d’ADN)
2-Paralogues

4
Autres types de gènes (pseudogènes, fragments de gènes)
 11.1-Familles Multigéniques(familles de gènes)

• les premières études des séquences d’ADN, ont décelé l’existence

de familles de gènes dont les séquences sont identiques ou très
semblables , ces gènes sont appelés familles multigéniques .

• Autrement dit : Une famille multigénique est un ensemble

de gènes dispersés dans le génome d'un organisme et présentant de
nombreuses homologies de séquences.

 
• On considère que ces gènes ont une origine commune et qu'ils
résultent de duplications géniques.
 11.1.1.Mécanisme à l'origine des familles multigéniques

• Les familles de gènes sont issues d'une ou plusieurs duplications

de gène ancestral.
• Les copies créées peuvent soit rester sur le même chromosome
soit migrer vers un autre chromosome: on parle alors de
transposition.
Ces copies peuvent avoir plusieurs avenir:
 Ne subir aucune mutation au cours du temps, dans ce cas là
l'innovation génétique est quantitative

 Subir des mutations, l'innovation est à la fois quantitative et

qualitative
 11.1.1.Mécanisme à l'origine des familles multigéniques

– Si le nombre de mutations accumulées est relativement faible,

les différents gènes obtenus coderont pour des protéines
différents mais avec les mêmes fonction

– Si le nombre de mutations accumulé est important, les gènes

coderont pour des protéines différentes mais avec des
fonctions également différentes

 Les familles multigeniques proviendraient donc d'un gène

ancestral commun qui aurait subi des duplications,
transpositions et mutations au cours du temps. C'est
l'ensemble de ces trois mécanismes qui aurait entrainé une
complexification des génomes.

Nb : Un génome bactérien contient 1000 Gènes et le génome

humain en comporte 40,000 gènes.
 11.2-Gènes Homologues

• Ces gènes ont un certain pourcentage d’identité de séquence

• Deux séquences d’ADN présentant 80% d’identité
 11.2-1.Les types de gènes Homologues

Deux catégories de gènes homologues:

a. Orthologues: de deux espèces différentes:

• Leur identité de séquence suggère qu’il s’agit de deux versions d’un
même gène, ayant la même fonction dans deux espèces différentes

b. Paralogues: au sein d’une même espèce

•L’ensemble de ces gènes constitue une famille de gènes
Les identités sont souvent concentrées dans des régions que l’on
appelle des boites d’homologies.
• Les boites d’homologie codent souvent pour des domaines
fonctionnels
•Des gènes paralogues peuvent avoir une même fonction ou des
fonctions partiellement différentes.
 11.3-les séquences répétées:

11.3-1-séquences répétées en tandem(satellites).

11.3-2-séquences répétées à travers le génome.

11.3-2-1-rétrovirus endogènes vertébrés.

11. 3-2-2-rétrotransposants invertébrés champignons et
plantes.
 11.3-1-séquences répétées en tandem (satellites)

• Les tandems sont de courtes séquences nucléotidiques, de 2 à 8

pb, répétées 100 000 fois dans le génome.

Ex : une séquence telle que ATGG --> le tandem sera ATGG-ATGG et

ce tandem sera répété énormément de fois dans le génome

ces répétitions Seraient dus à un mauvais fonctionnement de la réplication:
la polymérase patine.

Types:

Microsatellites: 1 - 13 bps in ~150 bp (Un microsatellite est une séquence d'ADN formée
par une répétition continue de motifs composés de 1 à 4 nucléotides le plus souvent)

Minisatellites: 15-100 bps in 1-5 kb

Satellites: 14 - 500 bps in 20-100 kb

Détail d’un satellite
 11.3.3.Polymorphisme du nombre d’unités de répétions

• Sur le génome, il existe des séquences constituées d'unités

répétées de 1 à 4 nucléotides. Ce sont les microsatellites.
• Les plus courants sont (A)n, (TC)n, (TAT)n et (GATA)n, les valeurs
de n pouvant aller de quelques unités à plusieurs dizaines.
• On parle de séquences répétées en tandem ou SSR (Simple
Sequence Repeats).

• L'intérêt de ces microsatellites réside dans leur polymorphisme.

Celui-ci repose sur la variation du nombre d'unités de répétition,
constituant le microsatellite.
 

• C'est la technique de PCR qui est utilisée pour révéler le

polymorphisme des microsatellites.

• Une paire d'amorces spécifiques des bordures droite et gauche

d'un microsatellite est utilisée pour amplifier le même
microsatellite chez différents individus.
 11.3.3.Polymorphisme du nombre d’unités de répétions
• En effet, chaque microsatellite est bordé par des séquences uniques qui lui
sont propres.
• Les fragments d'amplification sont ensuite révélés par électrophorèse.
 
Un individu B, possédant plus d'unités de répétition que A, a un produit
d'amplification qui migre plus lentement que A.

Exemple de Carte de minisatellites

Alignement classique
 11.3.2-Séquences répétées à travers le génome (Les
séquences moyennement répétées )

• Les séquences moyennement répétées sont des longues séquences

nucléotidiques qui se retrouvent plusieurs fois dans le génome : on

parle d'ADN répété dispersé.

• Il y a deux types d'ADN moyennement répété :

- ADN non codant : Ce seraient des répliques de séquences virales
installées dans les génomes eucaryotes, qui auraient tellement muté
qu’elles ne seraient plus capables de produire des particules virales,
mais seraient encore capables de se recopier et de se transposer
ailleurs dans le génome (ex : les transposons et rétrotransposons)
- ADN codant : ce sont des gènes codant pour des ARNr, ARNt, etc...
• Les séquences moyennement répétées représentent 25 à 40% du
génome.
Propagation des transposons
 11.4-autres types de gènes

On trouve dans le génome des fragments de

gènes:
• Pseudogènes: copie non fonctionnelle
d’un gène.
Deux types de pseudogènes:
 Pseudogène conventionnel: devenu non
fonctionnel à cause de mutations
 Pseusdogène processé: On pense que
les pseudogènes processés proviennent
de la réintégration dans le génome d’un
DNA issu de la rétrotranscription d’un
ARN issu de la transcription d’un gène
normal.

• L’intégration du pseudogène se fait au

hasard.

Nb: Le pseudogène est dépourvu d’introns

et surtout dépourvu de promoteur, ce qui
le rend non fonctionnel.
Ex: types de gènes chez Arabidopsis (2008)
 CAS DES RETROVIRUS
Cycle viral

1 Fixation du VIH sur des récepteurs de la cellule cible et pénétration de l'ARN viral dans la
cellule
2 Rétrotranscription de l'ARN viral en ADN par la transcriptase inverse
3 Intégration au génome de la cellule hôte
4 Multiplication de l'ARN viral par transcription
5 Synthèse des protéines virales
6 Assemblage des particules virales
7 Sortie des virus par bourgeonnement
12.Différences entre les génomes

• Les individus d’espèces différentes ont des génomes différents par la taille,
l’ordre et la nature des informations qu’ils contiennent.
• On considère souvent que 2 individus de la même espèce possèdent le « même »
génome.
• En fait, le génome de chaque individu est unique.
• Chez l’homme le génome diffère de 0.5% entre 2 personnes non apparentées

13. Evolution des génomes procaryotes:

Les génomes procaryotes évoluent plus rapidement que les génomes eucaryotes
car:
• Taux de mutation plus élevés

• Transferts horizontaux de gènes entre individus et même entre espèces (la

notion d’espèce chez les procaryotes n’est pas claire)

• Lʼévolution des bactéries se fait beaucoup par acquisition de gènes dʼautres

organismes (par acquisition de fragments de génomes de dizaines et de
centaines de milliers de nucléotides)

• Ce processus se nomme transfert horizontal