Académique Documents
Professionnel Documents
Culture Documents
Pr F. SOUBRIER 6 H
Polymorphismes et diversité génétique
Marqueurs génétiques: le génotype Ouvrages consultables :
Strachan : génétique moléculaire
L’haplotype humaine
Thompson : génétique
La recombinaison méïotique Delpech et Kaplan : Biol mol et med
La liaison génétique Etienne et Clauser
Cartographie physique et génétique Feingold et Fellous
Notions de génétique somatique : réarrangement, mutations
Lois de Mendel-transmission autosomique dominante, récessive
autosomique, liée à l’X-pathologie mitochondriale
Polymorphisme génétique
Toute variation de séquence génomique
entraînant l’existence d’au moins 2 formes
différentes de la séquence dans la population
Types de polymorphisme
Substitution d'un nucléotide (SNP)
Insertion/délétion
Polymorphisme de répétition (VNTR, CA repeat…)
Exemples de Single Nucleotide Polymorphisms : SNP
Génération de la variabilité
génétique
Mutation (substitution, addition /soustraction d'un ou
plusieurs nucléotides)
… AAGTCGAT… … ATGCCT…
… AAGCCGAT… … ATGCTCCT…
Recombinaison
Crossing-over (échange de matériel génétique équilibré entre 2
portions homologues de chromosomes)
Chr paternel CCATCGA CCATGAC
X
Chr maternel AACAGAC AACACGA
Conversion : se réalise dans un segment d’ADN double-hélice où
se forme un hétéroduplex. Réalise un transfert non réciproque
d’information génétique car un allèle « convertit » l’autre. Peut résulter
de la recombinaison entre séquences alléliques,
Conversion génique : transfert non réciproque d’information
génétique entre 2 gènes ayant une homologie élevée
Diversité de séquence des gènes humains
Diversité nucléotidique :
Nombre de différences, rapporté à la longueur de la séquence
examinée, entre 2 séquences prises au hasard dans la
population
(ex: = 4 x 10-4, 1 différence en moyenne toutes les 2500 bp)
AGTCCTA…………..GGAAACTG…………TTTACGT….
AGTGCTA…………..GGTAACTG…………TTGACGT….
7500 bp
= 3/7500 = 1/2500
Diversité de séquence des gènes humains
_______________________________________________________________
Nb Nb Pop Codant Syn Non Non
gènes SNPs
_______________________________________________________________syn codant
Minisatellite
12-15 nucléotide
Minisatellites : taille variable de la répétition
- Explorés par technique de southern
- sonde monolocus spécifique d’un VNTR donné
- sonde multilocus : séquence commune à différents
minisatellites dans le génome : image complexe
- hétérozygotie supérieure à 90 %
Instabilité
Multiplexage
Perte d’allèles
SNP VNTR (Minisat) STR (Microsat)
(RFLP) Variable Number Short Tandem
of Tandem Repeats
Repeats
réassortis
Liaison Génétique 2
Les échanges dus au crossing-over sont strictement
réciproques
La fréquence de recombinaison dépend de la localisation
relative des deux gènes sur le chromosome : plus l’intervalle qui
sépare les 2 gènes est grand, plus grande est la probabilité pour
qu’un crossing-over s’effectue dans cet intervalle.
La fréquence de recombinaisonest une mesure de la
distance génétique entre les 2 gènes
L’unité génétique est le centimorgan cM
Liaison Génétique 3
Additivité des distances
Soit 3 gènes liés A, B, C. Par croisement on observe le
bombre de recombinants entre les 3 gènes. On obtient les
distances entre chaque couple de gènes : distance additive
La fréquence des remaniements sur l’intervalle total est
égale à la somme des fréquences des remaniements sur les deux
intervalles adjacents définis par les locus des 3 gènes
1 seul ordre possible
Limitation de l’additivité : les doubles crossing-over
Sous-estimation des distances car plusieurs crossing-over
intéressent la même chromatide, d’autant plus grande que la
distance est grande
La répulsion : 1 chiasma (crossing-over) éloigne la
survenue du suivant
Recombinaisons haplotypiques
Crossing-over et double crossing-over
Notions de distance physique et de distance
génétique II
Distance Génétique déduite des recombinaisons observées
entre 2 marqueurs polymorphes : exprimée en Morgan
En supposant que dans un intervalle donné les
recombinaisons sont indépendantes les unes des autres , il
existe une relation entre fréquence de recombinaison et
distance génétique , exprimée en cM :
1 cM ~1MB
Il est possible d’ordonner des locus expérimentalement par
l’observation des haplotypes recombinants, car les
combinaisons issues de 2 évènements de recombinaison
sont plus rares que celles provenant d’un seul évènement
Taille du génome humain en distance génétique
Chiasmas lors de la méiose chez le sujet masculin : 49 en
moyenne aboutissant à 50% de recombinants
Longueur génétique totale : 2450 cM (plutot 2644cM)
Méioses femelles : plus de chiasmas : taille 4481 cM
En moyenne
- 1 cM équivaut à 1,13 Mb chez l’homme et 0,67 Mb chez
la femme. Les 2 sexes confondus : 1cM=0,9 Mb.
Fréquence des recombinaisons entre 2 locus
fonction de la distance qui les sépare
AB ab
ab
AB
AB ab
ab ab
AB
ab
ab
ab
Ab
ab
ab
aB
Les 2 locus sont liés
10+8
X100 ~9% distance génétique =9cM
77+88+10+8
Notions de distance physique et de distance
génétique I
Distance physique mesurée par les méthodes physiques de
mesure de taille de fragments d’ADN clonés dans des
vecteurs :
• Méthodes d’analyse : Electrophorèse, southern, champ
pulsé pour les fragments supérieurs à 50 kb
• Fragments clonés: hybrides d’irradiation, YAC, BAC,
plasmides :
• Notion de contig : chevauchement de fragments clonés,
première étape pour le séquençage d’un génome
Principe des contigs et des STS ancrés
Conséquences génomiques de la recombinaison
méiotique
-Le brassage génétique : modification des assortiments d’allèles
en cis
- La recombinaison entre allèles peut se traduire par leur
modification par conversion génique au sein d’un hétéroduplex
- L’augmentation du nombre de copies de gènes répétés lors
d’une recombinaison inégale
- L’élimination d’un gène défectueux dans les familles de gènes
répétés.
- Evènements rares et pathologiques : lésions de l’ADN dues à
la recombinaison : délétions, insertions, remaniements
chromosomiques (changement dans la régulation, ou dans la
structure)
Applications des outils de la génétique moléculaire I
Substitutions
- Désamination d’une cytosine méthylée
: Cytosine en Uracile
- Erreur de réplication ou de réparation
DIFFERENTS TYPES DE MUTATIONS
. PONCTUELLES: A
- mutations silencieuses Transition
- mutations conservatrices C T
- mutations faux sens Transversion
G
. INSTABLES
Pathologie de l’ADN 3
Lésions intermédiaires
Délétion exonique : taille variable QQ dizaines à QQ centaines
de paires de base
Expansions de triplets riches en GC : mutations
dynamiques
mécanisme à l’origine de nombreuses maladies
génétique
- X fragile, maladie de Steinert, Huntington,
- Expansion à partir d’une taille limite
Maladies liées à l’expansion d’une répétition de
trinucléotides
Atrophie musculaire spinobulbaire (maladie de kennedy)
Synrome de l ’X fragile (FRAXA et FRAXE)
Dystrophie myotonique (maladie de Steinert)
Chorée de Huntington
Ataxie spinocerebelleuse de type I
Atrophie dentatorubrale et pallidoluysienne
Dystrophie myotonique de Steinert
Myopathie héréditaire de l ’adulte la plus fréquente : 1/8000
Signes musculaires, signes cardiaques, cataracte, calvitie
Expressivité variable + phénomène d’anticipation
(aggravation de génération en génération)
Forme adulte et forme congénitale : hypotonie néonatale
98% des cas : Due à expansion de triplets (CTG)n dans
région 3 ’ non traduite de DM protéine kinase
Taille normale : 5 à 35 CTG
50 à 100 : signes minimes
formes congénitales : > 500 répétitions
Autre gène : locus ZNF9 : expansion CCTG
Maladie de Steinert de type 1:
Expansion de CTG (de 38 à >100) dans région 3 ’ non
traduite du dernier exon
Perturbation de l ’expression de DMWD et de SIX 5
(chromatine) : arrythmies et cataractes
Toxicité de RNA DMPK : Dystrophie Myotonique (liaison
RNA-BP)
Perturbation du processing du messager DMPK
Conséquences des mutations sur le fonctionnement
du gène
- Délétion plus ou moins complète du gène
- Expression et régulation du gène
- Epissage du gène
- Altération de la phase de lecture : troncature par codon stop
prématuré
- Codon stop, mutation du codon stop, codon initiateur
- Codon faux-sens : interaction, adressage, fonction catalytique,
modification post-traductionnelle
Grands types d’anomalies fonctionnelles des
gènes
Gain de fonction Perte de fonction
Dominant Dominant
Gène surnuméraire Haplo-insuffisance
Gène toxique Dominant négatif
Gène activé (oncogène,
récepteur)
Récessif
Perte de fonction
Maladies liées à l’expansion d’une répétition de
trinucléotides
Atrophie musculaire spinobulbaire (maladie de kennedy)
Synrome de l ’X fragile (FRAXA et FRAXE)
Dystrophie myotonique (maladie de Steinert)
Chorée de Huntington
Ataxie spinocerebelleuse de type I
Atrophie dentatorubrale et pallidoluysienne
Dystrophie myotonique de Steinert
Myopathie héréditaire de l ’adulte la plus fréquente : 1/8000
Signes musculaires, signes cardiaques, cataracte, calvitie
Expressivité variable + phénomène d’anticipation
(aggravation de génération en génération)
Forme adulte et forme congénitale : hypotonie néonatale
98% des cas : Due à expansion de triplets (CTG)n dans
région 3 ’ non traduite de DM protéine kinase
Taille normale : 5 à 35 CTG
50 à 100 : signes minimes
formes congénitales : > 500 répétitions
Autre gène : locus ZNF9 : expansion CCTG
Minisatellite avec sonde P1 et coupure par enzyme de
restriction et southern blot. Exemples de tumeurs traitées
ou non par l’acide ocaidique.
RECHERCHE DE MUTATIONS
ATG STOP
-100 -70 -30 1
AATAAA
polyadénylation
Protéine allongée
Faux-sens, Non sens, Isosémantique,
Délétion, Insertion
Epissage: absence, sites 5' ou 3' alternatifs