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Cours de Génétique des Populations

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Cours de Génétique des Populations

F. Fleury 1- La Génétique des Populations : Définition, Objectifs et Applications
Transmettre ses gènes dans les conditions naturelles La génétique initiée par Gregor Mendel, appelée classiquement génétique mendelienne, a pour objectif de comprendre le déterminisme et la transmission des caractères par l'analyse de la descendance d'un croisement contrôlé entre individus de génotype différent (proportions des diverses catégories de descendants). Après la découverte du support de l'information génétique (ADN), la génétique moléculaire continue à rechercher les mécanismes fins du déterminisme, de l'expression et de la transmission des caractères. Elle trouve aujourd'hui de nombreuses extensions avec les programmes de génomique (séquençage des génomes et identification des gènes) et de protéomique (inventaire et fonction des proteines d'un organisme). La compréhension du déterminisme et de la transmission des caractères doit aussi étudier les individus dans les conditions naturelles où ils sont génétiquement uniques et libres de se reproduire avec n'importe quel autre individu de la même espèce. Cette partie de la génétique, qui considère les individus en interactions avec leur environnement, est la génétique des populations. Définitions et objectifs La génétique des populations étudie la variabilité génétique présente dans et entre les populations avec 3 principaux objectifs : 1- mesurer la variabilité génétique, appelé aussi diversité génétique, par la fréquence des différents allèles d' un même gène. 2- comprendre comment la variabilité génétique se transmet d'une génération à l'autre 3- comprendre comment et pourquoi la variabilité génétique évolue au fil des générations. A la différence de la génétique mendélienne, la génétique des populations étudie les proportions des génotypes au sein d'un ensemble d'individus issus de croisements non contrôlés entre de nombreux parents Qu'appelle-t-on population ? Une population est l'ensemble des individus de la même espèce qui ont la possibilité d'interagir entre eux au moment de la reproduction. La notion de population fait donc appel à des critères d'ordre spatiaux, temporels et génétiques et résulte du fait que les individus d'une même espèce n'ont pas tous la possibilité de se rencontrer et de se croiser à cause de l'éloignement géographique et de l'hétérogénéité de l'habitat. La population représente une communauté génétique constituée par l'ensemble des génotypes des individus qui la composent. La population se caractérise donc par un génome

collectif ou patrimoine génétique, appelé aussi pool génétique qui est la somme des génotypes individuels pour chacun des gènes. Si chaque génotype individuel est fixé définitivement à la naissance et cesse d'exister à la mort de l'individu, le pool génétique d'une population présente une continuité à travers les générations, et peut varier au cours du temps. C'est cette évolution que la génétique des populations cherche à comprendre. La population est à distinguer de la notion d'espèce qui rassemble tous les individus interfertiles même si ceux-ci n'ont jamais la possibilité de se croiser. C'est l'unité d'étude dans de nombreux domaines des Sciences de la Vie (épidémiologie, évolution, écologie, biogéographie, biologie de la conservation). Simple au plan théorique, cette définition est souvent difficile à appliquer aux situations naturelles. Les limites d'une population sont incertaines et dépendent des caractéristiques intrinsèques des espèces (répartition spatiale et temporelle des individus, mobilité, mode de reproduction, durée de vie, socialité, etc ). Lorsqu'une espèce présente de très grands effectifs et occupe un vaste territoire apparemment homogène, seule l'étude détaillée de la distribution des individus, de leurs comportements, de leurs déplacements et de leurs génotypes peut permettre de déceler d'éventuelles discontinuités correspondant à des limites de populations.

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F. Fleury Univ. CB Lyon 1

Chapitre 2 - La variabilité génétique dans les populations naturelles Une particularité du monde vivant est la variabilité des phénotypes individuels. A l'intérieur d'une espèces, il n'existe pas 2 individus ayant exactement les mêmes caractéristiques phénotypiques: l'individu est unique. Si pour une espèce donnée on peut noter l'absence de variations pour certains caractères essentiels, il existe toujours de nombreux autres caractères pour lesquels des variations entre individus sont observées. Certaines de ces variations s'expriment au niveau phénotypique (morphologie, physiologie, comportement, etc) mais les autres restent "cachées" et leur mise en évidence nécessite l'utilisation de techniques adaptées (variabilité des protéines ou des séquences d'ADN). Les variations du phénotype sont dues pour partie à des facteurs environnementaux (alimentation, climat, interactions avec les autres espèces, etc) et pour partie à des différences entre les génotypes individuels, transmissibles à la descendance. Dans la plupart des cas, ces deux causes de variation interagissent fortement (= interactions génotype-environnement), et il est difficile de mesurer leur part relative dans la variation phénotypique globale. La mise en évidence du déterminisme génétique des variations nécessite des études faisant appel soit à des expériences de croisements, soit à des analyses de généalogie, soit, pour les caractères complexes déterminés par plusieurs gènes, des comparaisons entre individus apparentés et non apparentés à l'aide de méthodes statistiques qui sont du domaine de la génétique quantitative. Déterminisme des variations : notion de polymorphisme La génétique des populations s'intéresse principalement à la variabilité d'origine génétique présente dans les populations et que l'on désigne sous le nom de polymorphisme. Dans sa définition historique (Ford années 1940), le polymorphisme concernait les caractéristiques phénotypiques accessibles aux observations de cette époque (couleur, forme, etc). Cette définition du polymorphisme peut être résumée de la façon suivante : ll y a polymorphisme si dans une même population coexistent pour un caractère donné plusieurs formes phénotypiques discontinues, déterminées génétiquement, et dont la plus fréquente ne représente pas plus d'une certaine fraction de la population totale, fixée à 95 ou 99%. La population est alors qualifiée de polymorphe. L'utilisation de plus en plus répandue des techniques de biologie moléculaire permettant d'étudier la variabilité non exprimée au niveau phénotypique (portions non codantes de d'ADN) a nécessité une définition plus large du polymorphisme qui peut être la suivante : ll y a polymorphisme si dans une même population une portion codante ou non codante d'ADN présente une variation de séquence correspondant à plusieurs formes alléliques dont la plus fréquente ne représente pas plus d'une certaine fraction de la population totale, fixée à 95 ou 99%. Dans ces deux définitions, le seuil de 1% ou 5% permet de distinguer les gènes polymorphes, pour lesquels les variations alléliques sont fréquentes, et les gènes pour lesquels les variations alléliques ont un caractère exceptionnel avec un allèle très majoritaire et une ou plusieurs formes alléliques rares (inférieure à 1%). On parle dans ce cas de cryptopolymorphisme qui résulte le plus souvent de mutations désavantageuses qui seront éliminées par la sélection naturelle. La plupart des maladies génétiques chez l'homme relèvent du cryptopolymorphisme.

protéines. Cette variabilité résulte souvent de l'action des facteurs environnementaux sur l'expression phénotypique d'un caractère (température. Jusqu'à présent. Déterminisme génétique La variabilité d'un caractère est déterminée génétiquement lorsqu'elle est due. on appelle monomorphes les gènes qui ne présentent pas de variabilité (un seul allèle présent dans la population). etc). une même population peut être polymorphe pour un caractère donné et monomorphe pour un autre caractère. elle est qualifiée de variabilité épigénétique. au moins en partie. On parle d'hérédité épigénétique. Chez cette espèce. Le caractère présente alors une plasticité phénotypique. deux formes avaient été décrites par Linné (1707-1778) : une forme à symétrie bilatérale et une forme "peloric" à symétrie radiale. Il est probable que dans l'avenir cette forme d'hérédité prenne de plus en plus d'importance comme l'illustre l'exemple du polymorphisme de la symétrie des fleurs chez la Linaire (Linaria vulgaris). Balanes Dans certains cas. à la présence de plusieurs formes alléliques dans la population. Exemple : Daphnies. elles sont arrondies à la surface de l'eau et prennent sous l'eau l'aspect de longues lanières. Ainsi. De telles variations épigénétiques sont très fréquentes dans les populations animales et végétales. cette variabilité était considérée comme le résultat de la présence de deux formes alléliques d'un gène Lcyc qui ségrège de façon mendélienne. Des études récentes (Cubas et al. De la même façon. c'est à dire ne fait pas intervenir de modification de séquence d'ADN. 1999. la forme des feuilles varie en fonction du degré d'immersion de la plante. La voie cytoplasmique peut être également un mode de transmission de nombreux microorganismes intracellulaires (bactéries. C'est le cas par exemple des effets maternels qui apparaissent lorsque l'environnement subi par les parents (souvent la mère) a des conséquences sur les caractéristiques des descendants par le biais d'enzymes. Chez d'autres plantes. cette variabilité épigénétique peut être héritable et donc transmise à la descendance. les feuilles ont la forme d'un fer de lance. Déterminisme épigénétique Lorsque la variabilité d'un caractère n'a aucune base génétique.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. on parle de polyphénisme. hormones ou d'ARNm transmis à la descendance via le cytoplasme des ovocytes ou pendant le développement embryonnaire précoce.univ-lyon1. L'état polymorphe ou monomorphe est une caractéristique d'un gène (ou portion non codante d'ADN) et d'une population. physico-chimie de l'environnement. Chez la sagittaire Sagittaria sagittifolia. Nature) ont démontré que ces deux allèles ont en fait la même séquence nucléotidique et que la forme peloric est due à une méthylation de l'ADN qui peut être réversible. alimentation.fr F. prions) appelés symbiotes qui peuvent être responsables d'importantes variations phénotypiques dans les populations naturelles de leurs hôtes.. un caractère monomorphe dans un population peut être polymorphe dans une autre population. Hors de l'eau. CB Lyon 1 Par opposition. Fleury Univ. . virus. Lorsque la variabilité d'une population présente un déterminisme uniquement épigénétique. c'est la nature du sol qui peut être à l'origine d'une variation de la couleur des fleurs comme chez le mourron Anagallis arvensis (Primulacée) Un autre exemple célèbre de plasticité phénotypique est la modification de la morphologie de certains crustacés induite par la présence de prédateurs.

environ 5000 caractères mendeliens sont connus. effets de dominance D. CB Lyon 1 Dans certains cas. en fonction de leur localisation dans le génome. On parle de déterminisme polygénique. Les substitutions en 3ème position des codons sont silencieuses ou synonymes alors que la plupart des substitutions en position 1 et 2 des codons se traduisent par un remplacement d'acide aminé (non synonymes). Ils sont répertoriés dans la base de données OMIN (Online Mendelian Inheritance in Man) où chaque caractère porte un code par exemple MIN 143100 pour la maladie de Huntington. L'analyse génétique de ces caractères relève de la génétique quantitative qui sépare les effets des gènes en effets additifs A. les remaniements chromosomiques sont des modifications dans la structure des chromosomes. les substitutions d'une base par une autre qui peuvent être des transitions (remplacement purine/purine de A avec G ou pyrimidine/pyrimidine de C avec T) ou plus rarement des transversions (remplacement purine/pyrimidine). les délétions de nucléotides qui ont les mêmes effets que les insertions. auxquelles il faut ajouter les phénomènes de recombinaison (notamment pour les caractères quantitatifs). Les différents types sont: . décalent le cadre de lecture et conduisent à une protéine anormale.fr F. Les mutations peuvent affecter une portion plus ou moins grande d'ADN et. la variabilité d'un caractère est déterminée par un grand nombre de gènes ayant chacun plusieurs allèles. qui réduisent l'espérance de vie des individus. C'est le cas de tous les caractères quantitatifs qui font l'objet d'une mesure comme la taille. Il faut distinguer : les insertions de nucléotides qui. le poids. une partie ou plusieurs gènes et donc qui sont souvent très défavorables. Cela ne veut pas dire que le caractère est contrôlé par un seul gène mais que la variation d'un seul de ces gènes est suffisante pour entraîner une variation phénotypique. lorsqu'elles se produisent dans une portion codante de l'ADN.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. etc. effet d'épistasie ou d'interaction entre gènes I: G=A+D+I Les mutations source de variabilité La variabilité génétique est le résultat des mutations qui font apparaître de nouveaux allèles. Les changements concernent un fragment chromosomique dont la taille peut correspondre à un. peuvent avoir ou non des effets phénotypiques. Il existe différents types moléculaires de mutations qui n'ont pas les mêmes conséquences phénotypiques : les mutations ponctuelles sont des modifications d'un nucléotide (ou d'un faible nombre de nucléotides) qui créent de nouveaux allèles.univ-lyon1. Fleury Univ. On parle alors de caractères mendeliens. Chez l'homme. la variabilité phénotypique est due à la variation d'un seul gène = déterminisme monogénique. Il existe ainsi tous les intermédiaires entre les mutations neutres qui n'ont aucun effet sur l'organisme et les mutations létales. Dans d'autres cas.

l'environnement E qui contribue toujours pour une part au phénotype l'interaction entre le génotype et l'environnement IGxE ceci est résumé dans une formulation additive: P = G + E + IGxE Cette interaction entre le génotype et l'environnement est très importante car elle signifie que l'expression d'un gène n'est pas indépendante du milieu dans lequel ce gène s'exprime. Fleury Univ. Le diagnotic précoce des individus homozygotes récessifs et la mise en place d'un régime alimentaire adapté. permet le développement normal du système . morphologiques ou comportementaux. Les mécanismes mis en jeu dans leur expression phénotypique sont divers. qui affecte le développement du système nerveux des jeunes enfants. L'expression phénotypique d'un génotype dépend des conditions environnementales dans lesquelles se sont développés les individus. anatomiques. Une même mutation peut donc avoir des effets phénotypiques différents. L'effet de l'environnement sur l'expression phénotypique d'un caractère peut être illustré par l'exemple de la phénylcétonurie chez l'homme. complexes et sortent du cadre de ce cours (voir cours de biologie moléculaire et biologie du développement). CB Lyon 1 les duplications défavorables lorsqu'elles se produisent à l'intérieur d'un gène mais qui peuvent augmenter le nombre de copies d'un gène lorsqu'elles concernent un plus grand segment chromosomique. les translocations qui correspondent à des échanges de fragments entre chromosomes. cette enzyme ne dégrade plus la phénylalanine en tyrosine et il se produit une accumulation d'acide phényl pyruvique. seule une partie ont des conséquences phénotypiques.univ-lyon1. les délétions qui sont des pertes d'un fragment chromosomique ayant le plus souvent des effets létaux car elles peuvent concerner un ou plusieurs gènes. Pour la plupart des caractères.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. physiologiques. L'absence d'effet sur le phénotype peut être la conséquence de mutations dans une région non codante de l'ADN ou de mutations dans des gènes qui sont présents en plusieurs exemplaires dans le génome (redondance des gènes).le génotype G . maladie récessive due à une mutation du gène codant pour la phénylalanine hydroxylase (PHA). Chez les homozygotes récessifs. pauvre en phénylalanine. Ces mutations sont qualifiées de neutres.fr F. le phénotype résulte des effets conjoints de 3 composantes : . Lorsque les mutations ont des effets sur le phénotype des individus. Les individus atteints présentent alors un grave retard mental (idiotie phényl-pyruvique). elles peuvent modifier des caractères biochimiques. les changements du nombre de chromosomes sont de deux types: l'aneuploïdie : perte ou ajout d'un ou plusieurs chromosomes (par exemple la trisomie = 2N+1) la polyploïdie : changement du nombre d'exemplaire du lot haploïde (passage diploïde = 2N à tétraploïde= 4N) Du génotype aux phénotypes Parmi l'ensemble des mutations qui affectent le génome d'un organisme. les inversions qui correspondent à un changement d'orientation d'un fragment chromosomique et qui modifient l'ordre des gènes. toxique.

Il y a inversion des valeurs phénotypiques des 2 génotypes entre les environnements E1 et E2.Le graphe B représente l'existence d'interaction GxE .Le graphe A représente l'absence d'interaction GxE. Notez qu'il existe des conditions environnementales particulières où la variabilité génétique ne s'exprime pas au niveau phénotypique (point d'intersection des droites). La différence entre les 2 génotypes est plus importante dans l'environnement E1 que dans l'environnement E2. Cela n'empêche pas un effet de l'environnement sur l'expression phénotypique du caractère. on peut représenter ces interactions par 3 types de graphes où sont tracées les normes de réactions de 2 génotypes G1 et G2: Phénotype A : IGxE=0 G1 G2 E1 E2 Environnement B : IGxE≠0 G1 G2 E1 E2 Environnement C : IGxE=max G1 G2 E1 E2 Environnement . Il est possible chez certains organismes d'étudier la variabilité de l'expression phénotypique d'un même génotype appelé plasticité phénotypique qui est mesurée par sa norme de réaction. l'expression phénotypique de cette mutation est dépendante de l'environnement dans lequel évoluent les organismes. . Ainsi. Fleury Univ. Ce test est effectué chez tous les nouveau-nés = test de Guthrie. qui est représenté par la pente des droites. . la forme de la norme de réaction peut être variable entre génotypes ce qui est la conséquence des interactions génotype-environnement. Schématiquement. Le génotype G1 a cependant toujours une plus forte valeur du caractère quel que soit l'environnement considéré. Les 2 génotypes répondent de la même façon aux variations de l'environnement.Le graphe C représente une interaction GxE maximale.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. La norme de réaction d'un génotype est la gamme des phénotypes produits par un même génotype lorsque celui-ci est soumis à des conditions environnementales différentes. . Le génotype G1 a une plus forte valeur du caractère dans l'environnement E2 alors que c'est l'inverse dans l'environnement E1.univ-lyon1. CB Lyon 1 nerveux des jeunes enfants.fr F. Pour un même caractère.

appelée polychromatisme. appelés "melanica". Ces variations sont sous le contrôle de quatre gènes principaux entre lesquels existent des relations d'épistasie : . La variabilité génétique de la couleur de certaines espèces.le gène T suppresseur des bandes 1 et 2.le gène C. .univ-lyon1. Cette inhibition est due à un allèle T345 dominant sur l'allèle T. les mutations vont avoir des effets variables sur les caractéristiques individuelles. Cette inhibition est due à un allèle U3 dominant sur l'allèle U. Par exemple. Polymorphisme morphologique C'est le polymorphisme de taille. Fleury Univ. dominant sur l'allèle d. est celui observé chez le papillon Biston betularia. de couleur etc. qui a fait l'objet de très nombreuses études de génétique des populations. En un même endroit coexistent plusieurs formes phénotypiques déterminées par plusieurs gènes polymorphes: des escargots à coquille rose. jusqu'au niveau de la séquence d'ADN. les populations sont caractérisées par une forte fréquence de papillons sombres presque noirs. couleur. avec des fréquences élevées des différentes formes. CB Lyon 1 Étendue et méthodes d'étude de la variabilité En fonction de leur localisation dans le génome. détermine la couleur. du nombre de nucléotides concernés et de l'environnement dans lequel se sont développés les individus. Dans certaines régions où le tronc des arbres est plus sombre. la recherche des variations génétiques dans les populations naturelles a concerné des caractères directement accessibles à l'observateur (morphologie. U et T sont en interaction par les relations d'épistasie suivantes : le gène B est épistatique sur le gène U qui est lui-même épistatique sur le gène T (B > U > T). C'est le cas de la couleur des yeux ou de la peau. multi-allélique. de la forme des oreilles.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.le gène B détermine la présence ou l'absence des 5 bandes: l'allèle B0 (absence de bandes) est dominant sur l'allèle Bb (présence des 5 bandes).2. etc). Les gènes B. Historiquement. Cette variation de la couleur de la coquille se retrouve chez un très grand nombre d'espèces de mollusques avec parfois une très grande diversité génétique comme c'est le cas chez Liguus fascitus. ce qui les rend mimétiques le jour lorsqu'il se reposent sur le tronc des arbres. allant de l'absence d'effet jusqu'à la diminution de la survie des organismes. .4 et 5.le gène U suppresseur des bandes 1. Ces papillons de nuit sont normalement de couleur claire. jaune ou brune.fr F. de forme. Un autre exemple de polychromatisme. l'allèle CR (couleur rose) est dominant sur l'allèle CJ (couleur jaune) . cytogénétique et de biologie moléculaire ont permis d'étudier la variabilité génétique à des échelles plus fines. un grand nombre de caractères morphologiques sont polymorphes. et des escargots sans bande et avec bandes dont le nombre varie entre 1 et 5. légèrement tachetée. . est certainement l'un des polymorphisme qui a été le plus étudié Un exemple célèbre est la variation de la couleur et de l'ornementation de la coquille de l'escargot du genre Cepaea. due à un allèle D. Le développement des techniques de biochimie. permettant même l'étude du polymorphisme des régions non codantes. Chez l'homme.

Classiquement. La mise en évidence de différents allèles d'un même gène est possible pour les enzymes grâce à la spécificité de la réaction enzyme-substrat visualisée par une réaction colorée. CB Lyon 1 Polymorphisme des protéines Polymorphisme enzymatique Depuis les années 1960. Pour les enzymes plus complexes (dimères.univ-lyon1. a sens de migration b c ligne de dépot Génotypes SS FF FS SS VV FF FS SV SS FF FS Représentation schématique d'un gel d'électrophorèse pour différents systèmes génétiques : a) cas d'une protéine monomérique codée par un gène à deux allèles (F = Fast et S = Slow). L'étude d'un lot d'individus permet d'identifier les génotypes individuels à plusieurs loci lorsque les enzymes ont des niveaux de migration différents. il s'agit de mesurer la spécificité et l’affinité des réactions antigènes-anticorps . Toute mutation dans la séquence d'un gène codant pour une protéine peut modifier le sens d'un codon.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. Pour une enzyme monomérique.fr F. qui sont associés à des allèles différents appelés allozymes. la variabilité des protéines est étudiée par électrophorèse. altérer la séquence d'acides aminés donc la charge électrique de la protéine et sa vitesse de migration. c) cas d'une protéine dimérique codée par un gène à deux allèles (F = Fast et S = Slow) ou les hétérozygotes sont représentés par 3 bandes. F = Fast et S = Slow). de polyacrylamide. C'est le cas par exemple de l'alcool déshydrogénase (ADH) et de l'alpha glyrérophophate déshydrogénase GPDH qui sont toutes les deux des enzymes dimériques et polymorphes chez la Drosophile. d’amidon. tétramères). de sa taille et de sa conformation. Polymorphisme immunologique La variabilité de certaines protéines peut être étudiée par des techniques d'immunologie. b) cas d'une protéine monomérique codée par un gène à trois allèles (V = very Fast. La vitesse de migration dépend de la charge globale de la protéine. Les allèles sont en effet codominants et chaque individu est caractérisé par la position et le nombre de bandes pour chaque locus étudié. Fleury Univ. L'existence de variations génétiques à un locus donné est détectée par la présence de différents niveaux de migration dans le gel d'électrophorèse. Les protéines sont des molécules chargées qui se déplacent dans un support poreux (gel d’agarose. d'acétate de cellulose) lorsqu’elle celui-ci est soumis à un champ électrique. Ce changement de structure primaire peut être détecté par électrophorèse qui sépare les variants protéiques ayant des vitesses de migration différentes appelées souvent F (fast) et S (slow). les homozygotes seront caractérisés par une seule bande alors que les hétérozygotes présenteront 2 bandes. le nombre de bandes se multiplie et la lecture des gels d'électrophorèses devient plus difficile.

Un autre exemple de polymorphisme chromosomique bien connu est celui des inversions chromosomiques observées chez la drosophile américaine Drosophila pseudoobscura. Chaque gène comporte de très nombreux allèles. d'autres tétraploïdes à 4N chromosomes. inversion. Un autre polymorphisme immunologique bien connu chez l'homme est celui du système HLA (Human Leucocyte Antigen). translocation).fr F. le système MN (M et N codominants). Dobzhansky ont montré que les populations de D. portés par le chromosome 6. semble-t-il. ce qui conduit à une diversité quasi infinie des combinaisons ce qui assure l'identité immunitaire de chaque individu. il existe plusieurs catégories d'individus. Pour le système ABO. Ce polymorphisme implique 6 gènes étroitement liés. aneuploïdie) soit à un changement de leur structure (délétion. Des études menées par T. pseudoobscura sont extrêmement polymorphes pour certaines de ces inversions et de fortes différences de fréquence entre populations d'origine géographique différente sont observées avec. Fleury Univ. chez une graminée Dactylis glomerata. produit contre un antigène défini. avec des antigènes d’origines variées (hétérologues). le polymorphisme immunologique le plus étudié est celui des antigènes présents à la surface des globules rouges dont les plus connus sont le système ABO. CB Lyon 1 lorsque l'on fait réagir un anticorps. mis en évidence au niveau des leucocytes et des plaquettes sanguines. certains étant diploïdes c'est-à-dire ayant 2N chromosomes.univ-lyon1. appelé aussi complexe majeur d’histocompatibilité (CMH). ni anti B Receveur universel Anti B. une corrélation avec les facteurs climatiques (température). Par exemple. le système rhésus (allèle Rh+ dominant sur Rh–). duplication. Polymorphisme chromosomique Ce polymorphisme peut être dû soit à une variation du nombre des chromosomes (euploïdie. De très nombreuses inversions différentes ont été observées chez cette espèce de Drosophile. . les allèles A et B sont codominants entre eux et tous les deux dominants sur l'allèle O ce qui donne la typologie antigènes/anticorps suivante : Génotype IAIA IAIO IBIB IBIO IAIB IOIO Antigène Groupe A Groupe B Groupe AB Groupe OO Anticorps Anti B Anti A Ni anti A. Chez l’homme.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. anti A Donneur universel De fortes variations géographiques existent pour les fréquences des allèles du système ABO à l'échelle des continents.

les principaux marqueurs moléculaires utilisés en génétique des populations sont les suivants: Polymorphisme RFLP (Restriction fragment Length Polymorphism) et PCR-RFPL Après extraction. il faut distinguer celles qui permettent de mettre en évidence une variabilité dispersée dans tout le génome (es marqueurs révélés sont alors multilocus et dominants) de celles qui permettent de révéler une variabilité à des endroits plus limités du génome (les marqueurs sont souvent monolocus et codominants). Fleury Univ.fr F.univ-lyon1. appelé sites de restriction. Il faut également distinguer parmi ces techniques celles qui nécessitent uniquement une extraction de l'ADN des individus étudiés de celles qui nécessitent une amplification in vitro d'une portion définie d'ADN par PCR (polymerase chain reaction). qui n'est généralement pas exprimée au niveau phénotypique. soit de caractériser des populations.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. définis par une séquence de bases. Cette variabilité. on étudie le polymorphisme à autant de sites particuliers qui se répètent tout au long de la molécule d'ADN. est utilisée pour définir des marqueurs permettant soit de caractériser des individus = empreinte génétique (ou finger print). Toute modification par mutation dans la séquence du site de restriction empêche l'action de l'enzyme. Cette variabilité peut être recherchée dans des régions codantes de l'ADN mais de très nombreuses techniques permettent d'étudier le polymorphisme des régions non codantes qui composent la grande majorité des génomes. En faisant agir simultanément plusieurs enzymes de restriction. CB Lyon 1 Polymorphisme de l'ADN Les techniques issues de la biologie moléculaire permettent de rechercher des variations dans les séquences nucléotidiques de l'ADN et sont de plus en plus utilisées pour étudier le fonctionnement génétique des populations. Parmi l'ensemble des techniques disponibles. Sans être exhaustif. Cette non-coupure de l'ADN est détectée par une variation du nombre et de la longueur des fragments d'ADN (fragments de restriction) obtenus après digestion enzymatique puis séparation par électrophorèse et visualisation par hybridation avec une sonde radioactive ou fluorescente Principe de la technique RFLP AA Aa aa sonde radioactive site de restriction chromosomes homologues ADN AA Aa aa Ce type de marqueur est codominant si le nombre d'enzymes utilisées est faible et s'il y a peu de sites d'hybridation de la sonde dans le génome. soit de cartographier des gènes. . l'ADN est soumis à une (ou des) enzyme de restriction qui coupe la molécule à des endroits précis.

fr F. CB Lyon 1 L'utilisation de la PCR permet d'amplifier une région définie du génome puis d'appliquer la technique RFLP au produit PCR. Une variante de la technique RAPD est d'utiliser des microsatellites comme amorces ce qui permet d'amplifier des régions comprises entre deux microsatellites (ISSR = Internal simple sequence repeat). mais ce marqueur est dominant et les conditions de PCR sont très sensibles. Le nombre de répétitions est extrêmement variable entre individus d'où leur nom de VNTR (Variable Number of Tandem Repeat). Les RAPD (Random Amplified Polymorphism DNA) Cette technique consiste à réaliser une amplification PCR avec des amorces d'environ 10 pb définies de façon aléatoire. Les séquences répétées en tandem ou minisatellites (VNTR) Il existe dans le génome de très nombreux organismes des séquences nucléotidiques répétées en tandem les unes à la suite des autres. Les AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) Cette technique est une combinaison des RFLP et des RAPD. Les minisatellites sont révélés après PCR. Cette méthode appelée PCR-RFLP permet d'obtenir facilement des marqueurs codominants et évite l'étape d'hybridation et l'utilisation de sonde radioactive. Une amplification PCR est ensuite effectuée à l'aide d'amorces qui s'hybrident avec les adaptateurs mais comportent en plus quelques bases choisies au hasard afin d'amplifier de façon sélective uniquement certains fragments.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. Ces marqueurs sont donc multilocus et codominants. On distingue 2 grands types de séquences répétées: les minisatellites qui sont des répétitions de motif de 10 à 60 paires de bases (pb) les microsatellites qui sont des répétitions de motif d 1 à 6 paires de bases (pb): par exemple ATATATATATATATAT soit (AT)n n variable entre individus CAGACAGACAGACA soit (CAGA)n Les minisatellites peuvent être détectés par RFLP en utilisant des enzymes de restriction qui coupent un grand nombre de fois le génome mais jamais dans les minisatellites. Cette technique est très efficace pour révéler rapidement et facilement du polymorphisme. ce qui produit des fragments de tailles différentes. Cette variation du nombre de répétitions est à l'origine d'un important polymorphisme dans les populations naturelles. Fleury Univ. Si les 2 sites d'hybridation sont suffisamment proches. . L'ADN est dans un premier temps digéré par des enzymes de restriction souvent (EcoR1 et Mse1). Le produit PCR digéré par une (ou des) enzyme de restriction est simplement mis à migrer dans un gel d'agarose et le polymorphisme de la position et du nombre de bande est visualisé par une réaction colorée (Bromure d'éthydium BET). Cette étape est souvent longue et laborieuse. mais permet d'obtenir des marqueurs monolocus et codominants. ce qui nécessite la mise au point d'amorces spécifiques. Une seconde PCR peut ensuite être effectuée pour réaliser une amplification plus sélective. Une variabilité dans la séquence des sites entre individus sera détectée par un polymorphisme du nombre et de la longueur des fragments d'ADN amplifiés. Cette technique a l'avantage d'être rapide avec peu de mise au point et révèle un polymorphisme important. Un polymorphisme de longueur de fragments est alors révélé par l'existence d'un nombre de répétitions différent entre individus. l'amplification PCR est possible.univ-lyon1. puis des adaptateurs vont venir se fixer au deux bout des produits de digestion.

Quoiqu'il en soit. jaune et blanc. Fleury Univ. Dans le cas d'un système diallélique A et a. les fréquences phénotypiques de la population pour le caractère couleur du corps sont les suivantes : fréquence du phénotype noir f[n] = Nn/N fréquence du phénotype blanc f[b] = Nb/N Si ce caractère est gouverné par un gène à deux allèles A et a autosomaux. La composition phénotypique de la population correspond alors à sa composition génotypique et si on appelle Nn. à partir d'un nombre limité de gènes polymorphes. même si une partie seulement du génome a été explorée chez les eucaryotes. les génotypes AA et Aa correspondent au phénotype noir et le génotype aa au phénotype blanc. . il est possible de calculer la fréquence des phénotypes observés. responsable de l'infinie diversité des génotypes individuels. La fréquence des allèles A et a ne peut également pas être calculée. A1A2 et A2A2 peuvent être distingués puisqu'ils correspondent à des phénotypes différents (respectivement noir. Les fréquences phénotypiques permettent alors uniquement de connaître la fréquence du génotype aa puisque parmi les individus noirs. CB Lyon 1 Séquençage Le séquençage complet de certaines portions du génome fournit le maximum de renseignements sur l'étendue de la variabilité interindividuelle. avec a récessif responsable de la couleur blanche. c'est à dire si il y a codominance.fr F. on peut facilement calculer les fréquences génotypiques dans cette population : f(A1A1) = Nn/N = D f(A1A2) = Nj/N= H f(A2A2) = Nb/N = R Ainsi. on ne peut pas distinguer les génotypes AA des génotypes Aa. Chaque génotype individuel correspond à un certain arrangement des divers allèles présents à chaque locus dans la population. Cette caractérisation génétique de la population n'est possible que si les génotypes individuels sont reconnaissables par leur phénotype.univ-lyon1. Mesure de la diversité génétique Fréquences alléliques et fréquences génotypiques Lorsqu'une population est polymorphe pour un caractère donné. les trois génotypes possibles A1A1. gouvernés par un couple d'allèles A1 et A2 autosomaux et codominants.ou intrachromosomique. Par exemple dans une population de N individus dont Nn ont le corps noir et Nb le corps blanc. jaune et blanc). la structure d'une population d'effectif N est complètement connue si l'on connaît les effectifs NAA de AA. une population est complètement décrite si l'on connaît la fréquence de chacune des catégories génétiques. Nj et Nb les nombres d'individus présentant les phénotypes noir. le polymorphisme trouvé est suffisant pour entraîner une infinie diversité des génotypes individuels. la méiose redistribue les allèles par le jeu des recombinaisons intergéniques inter. De façon analogue à un jeu de cartes.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. Si la couleur du corps des individus présente non plus 2 mais 3 phénotypes (noir. jaune et blanc). mais cette technique est peu compatible avec l'analyse d'un grand nombre d'individus d'une population. NAa de Aa et Naa de aa avec N = NAA + NAa + Naa à partir desquels on calcule les fréquences relatives des trois génotypes. pour un locus donné.

18 = p = 0.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. Dans le cas d'un gène autosomal à deux allèles A et a.les Naa individus aa de deux allèles a.30 0.les NAa individus Aa d'un allèle A et d'un allèle a . Exemple du groupe sanguin MN chez l'homme L’examen de 730 aborigènes australiens a donné les résultats suivants : Groupe sanguin [M] [MN] [N] Génotype MM MN NN Nombre 22 216 492 Fréquence 0. 67 + 0.univ-lyon1. 82 = q . il est possible de calculer les fréquences alléliques dans la population. Fleury Univ.fr F. Les fréquences p et q des allèles A et a sont alors les suivantes: f(A) = p = (2NAA+NAa)/2N f(a)= q = (2Naa+NAa)/2N avec p + q = 1 Autrement dit si D et R sont les fréquences des homozygotes AA et aa.les NAA individus AA sont porteurs de deux allèles A .67 Les fréquences alléliques calculées par les deux méthodes sont les suivantes: f (M ) = f (N ) = 2 x 22 + 216 2 x 730 2 x 492 + 216 2 x 730 = 0. les fréquences alléliques peuvent aussi être calculées à partir des fréquences génotypiques : f(A) = p = D + H/2 f(a) = q = R + H/2 Ces fréquences p et q représentent également une estimation de la probabilité qu'un gamète mâle ou femelle porte l'allèle A ou l'allèle a. 3 = 0 .03 0. Le nombre d'allèles A dans la population est donc 2NAA + NAa . soit 2N pour une population de N individus diploïdes: . la fréquence de l'allèle A est le rapport du nombre d'allèles A au nombre total d'allèles à ce locus. 03 + 1 2 1 2 0. c'est à dire les fréquences des différents états alléliques du locus considéré. 3 = 0. CB Lyon 1 A partir des fréquences génotypiques. Il est important de noter que les fréquences alléliques comportent moins d'information que les fréquences génotypiques car on perd la manière dont les allèles sont associés 2 à 2 dans les génotypes individuels. H la fréquence des hétérozygotes Aa.

voir chap 4).Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.. Ce paramètre présente cependant l'inconvénient de ne prendre en compte le nombre d'allèles rencontrés à chacun des loci polymorphes.Ak de fréquences f1 . Taux de polymorphisme P C'est la proportion des gènes polymorphes parmi l'ensemble des gènes étudiés. Fleury Univ.fk.. l'hétérozygotie attendue est la suivante : HtA= 1 .univ-lyon1. L'hétérozygotie théorique globale est la moyenne des hétérozygoties attendues à chacun des loci étudiés: Ht = 1/N Σ Hti N étant le nombre total de loci étudiés qu'ils soient monomorphes ou polymorphes Hti hétérozygotie théorique au locus i Il est alors possible de comparer la variabilité génétique des populations qui présentent des modes de reproduction différents. Il est évident qu'un locus possédant 10 allèles de fréquences voisines apporte plus de variation génétique à la population qu'un locus n'ayant que deux allèles dont un faiblement représenté. A2. f2 .. . Ho = 1/N Σ Hi N étant le nombre total de loci étudiés qu'ils soient monomorphes ou polymorphes Hi hétérozygotie au locus i Le taux d'hétérozygotie fournit une bonne estimation de la variabilité génétique de la population. conduisent à des situations où Ho ne donne plus une bonne estimation de la variabilité génétique. à condition toutefois que les individus de cette population se reproduisent au hasard. autogamie.(f12+f22+ . . CB Lyon 1 Taux de polymorphisme et taux d'hétérozygotie Pour quantifier la variabilité d'une population étudiée sur plusieurs gènes. . P = Nbre Nbre de gènes total polymorphes étudiés de gènes Par exemple.∑f2 C'est est une estimation de la fréquence des hétérozygotes si les allèles sont associés au hasard pour former les génotypes. +fk2) = 1.fr F. ni leurs fréquences. Des modes de reproduction différents (homogamie. Les modes de reproduction n'étant pas toujours connus. différents paramètres peuvent être calculés. on calcule alors un autre paramètre qui est l'hétérozygotie théorique attendue (Ht).6. consanguinité. Le taux d'hétérozygotie H C'est la moyenne des fréquences des hétérozygotes observées à chacun des locus étudiés.. Pour un locus A à k allèles A1. le taux de polymorphisme P est 18/30 = 0. . si 30 loci enzymatiques ont été étudiés par la méthode d'électrophorèse avec 12 loci monomorphes et 18 polymorphes.

. on peut calculer le nombre d'allèles efficaces Ae.Ak de fréquences f1 .fr F.univ-lyon1. Fleury Univ. A2. CB Lyon 1 Diversité allélique Une autre mesure de la variabilité est la moyenne du nombre d'allèles par locus appelée diversité allélique : A= nbre total d'allèles / nbre de loci Pour prendre en compte la fréquence de ces allèles.. .Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. . . f2 .. +fk2) = 1/∑f2 On calcule alors la moyenne du nombre d'allèles efficaces par locus .. le nombre d'allèles efficaces est : Ae= 1 /(f12+f22+ . Pour un locus A à k allèles A1.fk.

Aa et aa soient les mêmes dans les deux sexes.fr F. population d'effectif infini où les croisements sont entièrement aléatoires population close génétiquement (absence de flux migratoires) tous les individus. est l'hypothèse la plus importante. les fréquences des allèles et des génotypes au cours des générations suivent une loi simple appelée loi de Hardy-Weinberg qui constitue le modèle de référence en génétique des populations. Parmi toutes ces caractéristiques. qui se définit par les caractéristiques suivantes : population d'organismes diploïdes à reproduction sexuée et à générations non chevauchantes (aucun croisement entre individus de générations différentes). Cette hypothèse suppose que les individus ne choisissent pas leur partenaire sexuel ni en fonction de leur génotype.Population théorique idéale : définition Le devenir de la variabilité génétique d'une population au cours des générations (la transmission des différents allèles et leurs fréquences) est au premier abord très difficile à prévoir. ni en fonction de leur phénotype = panmixie et que la rencontre des gamètes se fait au hasard = pangamie. appelé population théorique idéale. différence de survie ou fécondité entre individus). respectivement D. qui l'ont établie indépendamment en 1908. médecin allemand. quel que soit leur génotype.Structure génétique d'une population théorique idéale 1. H et R (avec D+H+R = 1). il faut considérer la transmission simultanée de très nombreux gènes polymorphes qui peuvent interagir entre eux et ne sont donc pas indépendants. 2. Transmission d'un gène à 2 allèles Supposons qu'une population soit polymorphe pour un caractère gouverné par un locus à deux allèles A et a et que les fréquences des génotypes AA. De plus. Cette loi doit son nom à Hardy. appelé système de reproduction panmictique. mathématicien anglais et Weinberg. Outre la difficulté à identifier une population. ont la même capacité à se reproduire et à engendrer une descendance viable (absence de sélection) Absence de mutation et de distorsion de ségrégation meïotique (un individu Aa produira toujours 50% de gamètes A et 50% de gamètes a). migrations.univ-lyon1. Fleury Univ. c'est-à-dire les limites du groupe d'individus sur lequel calculer les fréquences alléliques. le croisement au hasard des individus. La loi de Hardy-Weinberg stipule que les fréquences alléliques et les fréquences génotypiques (c'est-à-dire la structure génétique de la population) reste stable de génération en génération.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. Une première étape pour contourner ces difficultés est d'aborder la transmission des caractères dans un cas simple. CB Lyon 1 Chapitre 3 . Les fréquences alléliques à la génération Go seront : pour l'allèle A po = Do+Ho/2 pour l'allèle a qo = Ro+Ho/2 avec po+qo=1 . de très nombreux facteurs peuvent modifier la fréquence de ces allèles (mutations. On dit alors que la population est à l'équilibre et il existe une relation simple entre les fréquences alléliques et les fréquences génotypiques.L'équilibre de Hardy-Weinberg Dans une population théorique idéale.

pour lesquels les fréquences alléliques seront : pour A p1 = p02 + poqo = po(po+qo) = po = p pour a q1 = q02 + poqo = qo(po+qo) = qo = q Les fréquences alléliques n'ont donc pas changé. CB Lyon 1 Dans une population théorique idéale. 2pq Aa.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. Fleury Univ. soit p2 pour le génotype AA. La formation d'un nouvel individu de la génération suivante G1 est alors le résultat de deux tirages au sort indépendants. Les fréquences génotypiques sont déterminées à partir des fréquences alléliques par une relation simple qui correspond au développement du binôme (p+q)2 dans le cas d'un locus à deux allèles A de fréquence p et a de fréquence q.univ-lyon1. Cette relation entre fréquences alléliques et fréquences génotypiques est visualisée par la figure suivante: . de sélection et de distorsion meïotique). Le système est donc stable aussi bien en ce qui concerne les fréquences alléliques que les fréquences génotypiques. l'un parmi les gamètes mâles. ces fréquences seront également celles des adultes reproducteurs de la génération G1 (absence de sélection). ces fréquences seront également les fréquences des différentes catégories de gamètes (identiques dans les deux sexes) soit po pour les gamètes qui portent l'allèle A et qo pour les gamètes qui portent l'allèle a (absence de mutation. les fréquences alléliques et les fréquences génotypiques restent stables de génération en génération. ce qui donnera à la génération suivante G2 les mêmes fréquences génotypiques qu'à la génération précédente soit p2 AA. Les fréquences des différents génotypes de la génération suivante G1 résultent alors de la répétition de ce simple tirage au sort qui donnera les fréquences génotypiques suivantes : AA = p02 Aa = 2 poqo aa = q02 Explication (clic) Dans une population théorique idéale. On dit qu'on est à l'équilibre de Hardy-Weinberg dont la loi peut s'énoncer de la façon suivante : Dans une population théorique idéale. 2pq pour Aa et q2 pour aa. l'autre parmi les gamètes femelles (croisement au hasard=panmixie).fr F. et q2 aa.

.fr F. il y aura en théorie (k(k+1))/2 génotypes différents dans la population Si les fréquences de ces différents allèles sont respectivement p1. Chaque hétérozygote Aa possède comme fréquence allélique f(A)=1/2 et f(a)=1/2. Pour un locus à k allèles A1.5 Aa 0 0 0. Une population à l'équilibre de Hardy-Weinberg aura alors les fréquences génotypiques suivantes : p2 AA q2 BB r2 OO 2pq AB 2pr AO 2qr BO Lorsqu'un gène présente plus de 2 états alléliques. B et O dont les fréquences peuvent être appelées respectivement p. L'équilibre correspond alors à l'association aléatoire des différents allèles pour former les génotypes dont la fréquence reste stable de génération en génération.univ-lyon1.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. p2. 1/4 que l'on trouve lorsque l'on croise deux hétérozygotes est un cas particulier de la loi de Hardy-Weinberg où p=q= 0.5 1 Fréquence de l'allèle A (p) On peut remarquer que les proportions mendéliennes 1/4. p3. q.. A2.5.. A3.. .. L'hétérozygotie maximale est atteinte lorsque tous les allèles ont même fréquence et sa valeur est Hmax= 1.pk. la fréquence des hétérozygotes H peut dépasser 50%. 1/2. les fréquences des 2 différents génotypes seront données par le développement de (p1+ p2+ p3. . et elle est d'autant plus élevée que le nombre d'allèles est important.+ pk) soit p12A1A1 p22 A2A2 p32 A3A3 pk2 AkAk 2p1p2 A1A2 2p1p3 A1A3 2p1pk A1Ak 2p2p3 A2A3 2p2pk A2Ak etc Exemple: Les groupes sanguins du système ABO chez l'homme sont dus à l'existence de 3 allèles A.. Systèmes multialléliques La loi de Hardy-Weinberg s'applique également à des gènes qui existent sous plus de 2 états alléliques..Ak. r.+. CB Lyon 1 1 aa Fréquences génotypiques AA 0. Fleury Univ.1/k où k est le nombre d'allèles Explication 3 .

Exemple Chez l'homme. X 2 2 = − effectifs théoriques) ∑ (effectifs observés effectifs théoriques 2 La somme est effectuée sur tous les génotypes et la valeur X2 est comparée à une valeur seuil. Cette loi s'appuie en effet sur un raisonnement probabiliste. lue dans une table χ .échantillonnage d'une population. Fleury Univ.si X2 calculé est inférieur à X2 seuil. Le test du Chi Deux nécessite le calcul de la distance X2 permettant de tester l'hypothèse d'égalité entre la distribution observée et la distribution théorique (hypothèse H0). et un nombre de degrés de liberté (ddl) égal à la différence entre le nombre de génotypes et le nombre d'allèles du système génétique étudié. sélection). puis d'estimer les . H0 est rejetée et on conclue que la population ne suit pas la loi de Hardy-Weinberg avec un risque α = 5% de se tromper. en fonction de 2 paramètres : un risque α choisi par l'utilisateur qui est en général 5%.univ-lyon1. Le principe du test est simple et peut être résumé en 3 étapes: 1. et suppose remplies toute une série de conditions qui ne sont rarement respectées dans la nature (absence de mutation.calcul des effectifs génotypiques attendus dans une population théorique idéale qui aurait le même effectif et les mêmes fréquences alléliques que la population étudiée soit AA = p2x N Aa = 2 pq xN aa = q2xN 3.fr F. dénombrement des effectifs génotypiques réels (possible grâce à la codominance) et calcul des fréquences alléliques réelle parmi les N individus échantillonnés soit p= f(A) et q = f(a) 2. 3. une population à l'équilibre peut comporter de plus de 90% d'hétérozygotes à un locus donné lorsqu'il existe plus de 10 allèles ayant les mêmes fréquences. C'est le test de l'équilibre.si X2 calculé est supérieur à X2 seuil. ne s'applique en théorie qu'à des populations d'effectif infini. migration.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. . ce qui permet d'attribuer un génotype à chaque individu échantillonné. le groupe sanguin MN est déterminé par un gène à deux allèles codominants M et N. CB Lyon 1 Par exemple. H0 est acceptée et on conclut que la population suit la loi de Hardy-Weinberg donc est à l'équilibre . L'application de la loi de Hardy-Weinberg dans les populations naturelles peut être vérifiée pour des caractères codominants pour lesquels le calcul des fréquences alléliques est possible.Application et utilisation du modèle de Hardy-Weinberg Test de l'équilibre Une question centrale est de savoir si la loi de Hardy-Weinberg établie pour une population théorique idéale s'applique également aux populations naturelles.comparaison des effectifs observés et des effectifs attendus (comparaison des deux distributions) par un test statistique du Chi Deux (ou d'autres tests).

Fleury Univ. dans la plupart des cas. le modèle de Hardy-Weinberg constitue un bon descripteur de la structure génétique des populations naturelles car l'hypothèse de panmixie est souvent respectée alors que les effets des mutations. génétiques ou structurelles de cette population.fr F. L'hypothèse la plus importante qui doit être respectée est la panmixie. Cet équilibre de Hardy-Weinberg ne s'applique pas obligatoirement à tous les gènes d'une même population et peut ou non être rejeté en fonction du système génétique considéré.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. etc.178 x 0.6 NN = q2 x 730 = (0.univ-lyon1.2 3. en particulier au niveau du système de croisement (homogamie. absence de sélection. Le fait qu'une population soit considérée à l'équilibre de Hardy-Weinberg après un test statistique n'implique pas que toutes les conditions d'application de cette loi soient respectées (effectif infini. CB Lyon 1 fréquences alléliques dans la population.822) x 730 = 213.822)2 x 730 = 493.1 MN = 2pq x 730 = (2 x 0.2)2/493 = 0. absence de mutation. 2.083 La valeur seuil pour 3-2=1 degré de liberté et un risque de 5% est 3. Une étude portant sur 730 aborigènes australiens a donné les résultats suivants : 22 MM 216 MN 492 NN 1. La valeur de la statistique X2 étant très inférieure à la valeur seuil.Test du Chi deux X2 = (22-23.1 + (216-213. Cette loi peut alors être utilisée pour faire des prévisions notamment dans le domaine médical. migration..6)2/213. Un équilibre génétique instantané apparent peut donc être observé même si la population est soumise à une forte sélection.1)2/23.6 + (492-493. le fait qu'un échantillon soit trouvé non conforme à la loi implique que le fonctionnement génétique réel de la population est très éloigné du fonctionnement théorique.Calcul des fréquences p et q des allèles M et N: p = (22 + 1/2 x 216) / 730 = 0.Calcul des effectifs théoriques attendus des différentes catégories génotypiques: MM = p2 x 730 = (0.84. on conclut qu'il n'y a pas de différence significative entre la distribution observée et la distribution théorique. . sélection ne sont pas assez forts pour faire diverger les fréquences génotypiques des proportions du modèle de Hardy-Weinberg. En revanche.178 pour l'allèle M q = 492 + 1/2 x 216) / 730 = 0.178)2 x 730 = 23. On en conclut que le fonctionnement génétique global est "proche" du fonctionnement théorique et ce n'est qu'en prenant en compte la dimension temporelle que l'on peut apprécier l'état génétique d'une population et prévoir son évolution.). En conclusion.. Cette situation conduit à rechercher les particularités démographiques. consanguinité) ou de la structure démographique de la population (fractionnement en sous-populations) qui modifient considérablement les fréquences relatives des homozygotes et des hétérozygotes. On admet donc que la population d'aborigènes australiens est à l'équilibre de Hardy-Weinberg.822 pour l'allèle N.

l'estimation de la fréquence de l'allèle Rhest q = 0. descendants et collatéraux . Ce calcul est utilisé en génétique humaine pour calculer la probabilité qu'un individu soit atteint d'une anomalie génétique.le phénotype [A] correspondant à la somme des génotypes AA et Aa .le phénotype [a] correspondant aux génotypes aa C'est le cas par exemple de nombreuses maladies génétiques chez l'homme qui sont dues à un allèle récessif (mucoviscidose. On peut en déduire la fréquence des individus Rh+Rh+ et Rh+Rh.45 et 2pq/( p2+2pq) = 0.univ-lyon1.parmi les individus Rhésus positif. et toujours sous l'hypothèse de conformité au modèle de Hardy-Weinberg. seuls 2 phénotypes peuvent être distingués dans la population : . Le calcul du risque d'apparition d'une anomalie génétique chez un individu donné dépend de plusieurs paramètres : .de la généalogie de l'individu notamment des phénotypes des ascendants. La fréquence p de l'allèle dominant est obtenue par différence à 1. on obtient une estimation de la fréquence des homozygotes AA et des hétérozygotes Aa parmi les individus de phénotype [A] c'est-à-dire la probabilité qu'un individu de phénotype [A] soit homo. A partir de cette estimation des fréquences alléliques.55. phénylcétonurie). CB Lyon 1 Estimation des fréquences allèliques Lorsque la variabilité d'un caractère est due à un gène à 2 allèles avec une forme allélique totalement dominante sur l'autre (A dominant sur a). Le modèle de Hardy-Weinberg va permettre de donner une estimation de ces fréquences à partir de la fréquence du phénotype homozygote récessif qui est égale à q2 si la population est conforme au modèle. respectivement p2/(p2+2pq) = 0. Contrairement à un système codominant.ou hétérozygote: -fréquence des homozygotes parmi les individus [A] = p2/(p2+2pq) ou p2/(1-q2) -fréquence des hétérozygotes parmi les individus [A] = 2pq/(1-q2). C'est le conseil génétique.de la fréquence du gène responsable de la maladie dans la population .14) sous l'hypothèse que la population suit la loi de HardyWeinberg.37 (racine carrée de 0.fr F. il n'est pas possible de calculer les fréquences alléliques dans la population car les proportions respectives des génotypes AA et Aa ne sont pas connues. une étude portant sur le système Rhésus a recensé 14% d'individus rhésus négatif.du déterminisme du caractère et des relations de dominance entre les allèles . Diagnostic et conseil génétique La loi de Hardy-Weinberg permet de faire des prévisions sur le génotype d'un individu lorque l'on connaît la population dont il est issu. La résolution de cette équation à une inconnue permet d'estimer la fréquence q de l'allèle récessif dans la population en calculant la racine carrée de la fréquence des homozygotes récessifs.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. Fleury Univ. Exemple Chez l'homme. Sachant que l'allèle Rh+ est dominant sur l'allèle Rh-.

soient hétérozygotes. leurs parents sont obligatoirement tous les deux hétérozygotes et la probabilité est alors de 2/3 pour que II2 soit hétérozygote sachant qu'il est lui même non atteint.Transmission des gènes liés au sexe L'étude des gènes liés au sexe n'est pas anecdotique car chez certains organismes. les deux sexes ont des constitutions génétiques différentes et il faut distinguer : le sexe homogamétique qui porte les deux mêmes chromosomes sexuels (femme XX chez les mammifères. (2/3 et non 1/2 car le phénotype de l'individu II2 est connu). qui porte deux chromosomes sexuels différents (ou un seul) donc haploïde ou hémizygote (mâles XY chez les mammifères. C'est par exemple le cas chez la Drosophile dont plus d'un tiers des gènes sont porté par le chromosome X. Pour les caractères portés par les chromosomes sexuels. - . la probabilité qu'un individu dont on ne connaît ni la généalogie ni le phénotype soit atteint par cette maladie correspond à la fréquence de ce phénotype dans la population soit q2. L'individu II2 ayant une soeur atteinte. CB Lyon 1 Pour une maladie autosomique recessive déterminée par un allèle a de fréquence q. I 1 2 II 1 2 3 ? Pour l'individu II3.fr F. excepté son propre phénotype. femelles WZ chez les crustacés et papillons). mâle ZZ chez certains crustacés et papillons). ils constituent une grande partie de l'ADN codant. certains insectes dont la drosophile . le sexe hétérogamétique. La probabilité pour que le couple II2 x II3 donne naissance à un enfant atteint de l'anomalie est alors la suivante: 2pq/(p2 +2pq) x 2/3 x 1/4 soit proba (père Aa) x proba (mère Aa) x proba (enfant aa sachant les parents Aa) 4.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. La probabilité que cet individu soit porteur de l'allèle a est 2pq/(p2 +2pq) c'est à dire la fréquence des individus hétérozygotes parmi les sains dans la population. tous les deux sains. Ce sexe est donc diploïde pour ce chromosome. Fleury Univ. aucune information n'est disponible. Le diagnostic s'affine considérablement lorsque l'on dispose de plus d'informations par exemple dans la généalogie suivante où il s'agit de calculer la probabilité que le couple formé des individus sains II2 et II3 donne naissance à un enfant atteint de l'anomalie ce qui nécessite que les deux parents. Ce sexe est haploïde (hémizygoye) pour ce chromosome.univ-lyon1.

les fréquences alléliques globales des allèles A et a sont les moyennes de la fréquence de ces allèles dans les deux sexes pondérées par leurs contributions relatives soit les coefficients 1/3 et 2/3 lorsqu'il y a autant de mâles que de femelles : population : f(A): p = 2/3 pf + 1/3 pm. la fréquence des hétérozyotes est élevée chez les femmes (de l'ordre de 8%). donc les fréquences alléliques chez les mâles à la génération t correspondent aux fréquences alléliques chez les femelles de la génération précédente t-1: f(A) : pmt = pft-1 f(a) : qmt = qft-1 . . f(a): q = 2/3 qf + 1/3 qm.16%). la fréquence de l'allèle récessif est de l'ordre de 0. où il peut être exceptionnel si la fréquence de l'allèle est faible. pm = pf = p et qm= qf = q. pm ≠ pf et qm≠ qf . Lorsque les fréquences alléliques sont les mêmes chez les mâles et les femelles. Le phénotype récessif est beaucoup plus fréquent dans le sexe hétérogamétique que dans le sexe homogamétique. le sexe homogamétique détient pour les gènes concernés les 2/3 du pool génétique de la population. la loi de Hardy-Weinberg s'applique au sexe homogamétique et les fréquences génotypiques dans le sexe hétérogamétique sont directement déduites des fréquences alléliques.fr F. En Europe.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. les fréquences génotypiques dans chacun des deux sexes pour une population à l'équilibre seront: Femme (XX) XAXA = p2 XAXa = 2pq XaXa = q2 Homme (XY) XAY = p XaY = q Cette différence de structure génétique des sous-populations mâle et femelle a un effet spectaculaire dans le cas où un allèle est récessif. et le sexe hétérogamétique 1/3 seulement. Rappelons que ces femmes ont une chance sur deux de transmettre l'anomalie à chacun de leurs descendants mâles ! Lorsque les fréquences alléliques sont différentes chez les mâles et les femelles. C'est l'exemple classique du daltonisme chez l'homme qui est dû à une mutation récessive sur un gène porté par X.chaque femelle XX reçoit un chromosome X de sa mère et un chromosome X de son père donc les fréquences allèliques chez les femelles à la génération t correspondent à la moyenne des fréquences alléliques des deux sexes de la génération précédente t-1 : f(A): pft = (pmt-1+pft-1)/2 f(a): qft = (qmt-1+qft-1)/2 Dans l'ensemble de la population. CB Lyon 1 Les deux sexes ont donc des contributions génétiques différentes et s'ils sont en fréquence égale (sex-ratio équilibrée). la contribution différentielle des deux sexes à la descendance maintient cette différence pendant plusieurs générations et l'égalité des fréquences alléliques n'est obtenue que progressivement (contrairement aux caractères autosomaux): chaque mâle XY reçoit un chromosome X de sa mère.04. Chez l'homme.univ-lyon1. pour un gène porté par X et présentant 2 allèles A et a de fréquences p et q. Par conséquent l'anomalie est fréquente chez les hommes (4%) mais très rare chez les femmes (0. Fleury Univ. En revanche.

0 0 2 4 Générations 6 8 . qm = qf = 2/3. la pondération tient compte des effectifs Nm des mâles et Nf des femelles : population : f(A): p = (pm. on a pm2 = 0. A l'équilibre.fr F. A la première génération. Les fréquences alléliques dans l'ensemble de la population restent invariables (ici 2/3 pour A) et c'est vers cette valeur d'équilibre que convergent les fréquences alléliques des deux sexes.5. Si à la génération Go tous les mâles sont XaY (pm0 = 0) et toutes les femelles sont homozygotes XAXA (pfo = 1). l'évolution des fréquences alléliques dans chacun des deux sexes fluctue autour de cette valeur d'équilibre avec une différence qui s'inverse et diminue de moitié à chaque génération. La structure génétique est alors la suivante : chez les mâles : p individus XAY (2/3) et q individus XaY (ici 1/3). etc. la fréquence de l'allèle A dans la population est po = 2/3. en opposition de phase.0 Fréquence de l'allèle A (p) 2/3 0. la fréquence allélique chez les mâles est pm1 = pfo = 1 et chez les femelles : pf1 = (pmo+pfo)/2 = 0. A la génération suivante.Nm + 2. q2 individus XaXa (1/9). Cette fluctuation conduit à l'égalité des fréquences alléliques dans les deux sexes après plusieurs générations de croisements panmictiques. chez les femelles. CB Lyon 1 Si la proportion des sexes est inégale. 2pq individus XAXa (4/9). qui s'amortissent progressivement comme le montre la figure ci-dessous.univ-lyon1.75. Fleury Univ. Il se produit donc des oscillations des fréquences alléliques dans les deux sexes. 1.pf.5 et pf2 = 0.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. p2 individus XAXA (4/9).Nf)/ (Nm + 2Nf) Au cours des générations.5 Femelles Mâles 0.

C'est en effet l'ensemble du pool génétique qui se transmet d'une génération à l'autre. Il est donc nécessaire d'étudier la transmission simultanée de plusieurs gènes polymorphes. Cette indépendance statistique résulte du processus de recombinaison qui est maximum pour des gènes indépendants et d'autant plus faible que les gènes sont proches les uns des autres sur le même chromosome.au locus B les allèles B et b de fréquences r et s L'équilibre gamétique correspond à l'association au hasard de tous les allèles au niveau des gamètes. A l'équilibre. Cette distinction n'est cependant possible que lorsque des relations de dominance existent entre les allèles d'un même locus. Les fréquences des 4 catégories de gamètes correspondent alors au produit des fréquences des allèles qui forment ces gamètes soit : fréquence des gamètes AB = pr fréquence des gamètes Ab = ps fréquence des gamètes aB = qr fréquence des gamètes ab = qs On distingue souvent les associations de type couplage (ou cis). Equilibre gamétique à 2 loci Dans une population théorique idéale.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. Fleury Univ. CB Lyon 1 5.au locus A les allèles A et a de fréquences p et q . c'est-à-dire des haplotypes. le produit des associations de type couplage est égal au produit des associations de type répulsion : f(AB) x f(ab) = f(Ab) x f(aB) . La notion d'équilibre intègre donc non seulement l'association au hasard des allèles d'un même gène pour former les génotypes (loi de Hardy-Weinberg) mais également l'association au hasard des allèles de différents gènes.fr F. Seule l'étude du cas de deux loci dialléliques peut être abordé de façon simple. D'un point de vu appliqué. correspondant aux associations AB et ab. un très grand nombre de caractères sont génétiquement variables. L'étude de la transmission simultanée des caractères polymorphes se complique rapidement car elle concerne un grand nombre de gènes pouvant ou non être portés par les mêmes chromosomes (gènes physiquement liés) ou interagissant entre eux par des relations d'épistasie. Cet équilibre à plusieurs loci peut être facilement formalisé dans le cas de 2 gènes à 2 allèles avec: . des flux migratoires et des pressions de sélections qui s'exercent sur les caractères concernés. des associations de type répulsion (ou trans) Ab et aB.univ-lyon1.Transmission de plusieurs gènes et déséquilibre gamétique Dans les populations naturelles. l'étude des l'associations alléliques à des loci étroitement liés permet de cartographier les gènes et de diagnostiquer des maladies génétiques à partir de marqueurs moléculaires non impliqués dans la maladie. c'est à dire pour une population de N individus diploïdes l'ensemble des 2N exemplaires de chacun des gènes dont certains sont présents sous plusieurs formes alléliques. L'analyse de la composition génétique d'une population à plusieurs loci permet de mieux comprendre son fonctionnement à la fois au niveau des effectifs. les allèles des différents loci sont associés au hasard donc sont statistiquement indépendants.

pr soit pour les gamètes Ab : D = f(Ab). Déséquilibre gamétique Dans les populations naturelles. cette association au hasard entre allèles de différents gènes n'est pas toujours réalisée.f(A) x f(b) = f(Ab) .fr F. La valeur du déséquilibre gamétique D se déduit directement de l'écart entre les fréquences gamétiques observées dans la population et les fréquences gamétiques à l'équilibre correspondant au produit des fréquences allèliques. Les fréquences génotypiques sont alors : au locus A au locus B p2 AA r2 BB 2pq Aa q2 aa 2rs Bb s2 bb Les fréquences des 9 génotypes possibles correspondent alors aux produits des fréquences génotypiques à chaque locus (indépendance statistique entre génotypes des deux loci): AABB = p2 r2 AABb = 2p2 rs AAbb = p2 s2 AaBB = 2pq r2 AaBb = 4pqrs Aabb = 2pq s2 aaBB = q2 r2 aaBb = 2q2 rs aabb = q2 s2 Ces fréquences correspondent également à la fusion au hasard des gamètes qui forment ces génotypes soit par exemple la fusion au hasard de 2 gamètes AB chacun de fréquence pr pour le génotype donc (pr)2 = p2 r2. Par exemple.univ-lyon1. Fleury Univ. si il y a un excès de gamètes AB.qr soit pour les gamètes ab : D = f(ab). D est soit négatif soit positif mais sera dans tous les cas le même en valeur absolue car les fréquences des 4 catégories de gamètes sont interdépendantes.f(a) x f(B) = f(aB) . CB Lyon 1 pr x qs = ps x qr pqrs = pqrs Au niveau des génotypes. On dit qu'il y a déséquilibre gamétique ou déséquilibre de liaison (en anglais linkage disequilibrium) noté D. Le terme déséquilibre gamétique est à préférer car les gènes indépendants tout comme les gènes physiquement liés peuvent êtres concernés par ce phénomène. Cet écart peut être calculé pour chacune des catégories de gamètes : D = fréquence gamétique observée .ps soit pour les gamètes aB : D = f(aB).Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.fréquence gamétique théorique soit pour les gamètes AB : D = f(AB).f(a) x f(b) = f(ab) . Les fréquences gamétiques seront alors les suivantes : .f(A) x f(B) = f(AB) . il y aura forcément excédent de gamètes ab et déficit de gamètes Ab et aB. cet équilibre se traduit à la fois par une association au hasard des allèles à un même locus et une association au hasard des génotypes des différents loci.qs En fonction des catégories de gamètes en excès ou en déficit. Les fréquences gamétiques sont alors différentes du produit des fréquences alléliques.

14 .prD .54 + 0.0. Le déséquilibre gamétique D sera estimé par : D = f(AiBj) . les allèles A1.26 D = 0.54 + 0.pr D = 0.0.D f(aB) = qr . Par exemple.8 = 0.f(Ab) x f(aB) Pour 2 gènes à plus de 2 allèles.06 on vérifie que D=0. la présence d'un déséquilibre gamétique va modifier la fréquence des génotypes.6 x 0. si le déséquilibre gamétique D correspond à un excédent de gamètes AB et ab. B2.54 x 0.06 x 0.f(A) x f(B) = f(AB) .D2 donc l'équilibre avec un déficit (le facteur 2 traduit le fait que les gamètes AB et Ab peuvent être soit mâles soit femelles) aabb = (qs+D)2 = q2 s2 + 2qsD + D2 donc l'équilibre plus un excédent .fr F. CB Lyon 1 f(AB) = pr + D f(Ab) = ps .f(Ab) x f(aB) D = 0.univ-lyon1. Bj au locus B.06 pour les gamètes ab et D=-0. les fréquences génotypiques seront les suivantes sous un régime de reproduction panmictique : AABB = (pr+D)2 = p2 r2 + 2prD + D2 donc l'équilibre plus un excédent AABb = 2 (pr+D) (ps-D) = p22rs +psD . A2.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.f(Ai) x f(Bj) Applications : Calculer le déséquilibre gamétique dans une population ayant les fréquences gamétiques suivantes : AB = 0.06 Déséquilibre gamétique et fréquences génotypiques Si on considère simultanément les 2 loci.54 Ab=0.06 = 0. Deuxième méthode : D = f(AB) x f(ab) . Le déséquilibre gamétique D correspond également à l'écart entre le produit des associations de type couplage et le produit des associations de type répulsion observés dans la population: D = f(AB) x f(ab) .54.D = p (r + s) = p.D f(ab) = qs + D Les fréquences alléliques restent bien évidemment les mêmes dans la population car seule l'association des allèles est modifiée.26 ab=0.6 fréquence allèle B = r = 0.06 aB=0. Ai au locus A et les allèles B1. ce qui peut être vérifié pour l'allèle A par exemple : fréquence A = pr + D + ps .14 Résultats : première méthode : fréquence allèle A = p = 0. Fleury Univ.26 = 0.8 D = f(AB).06 pour les gamètes Ab et aB.

2D2 + p2 s2 . La comparaison de ces effectifs attendus et observés permet donc de tester statistiquement l'existence d'un déséquilibre gamétique dans la population ce qui correspond à réaliser une table de contingence.D f(aB) = qr . la fréquence des différents génotypes se calcule par la somme des lignes ou des colonnes. . le génotype AABB résulte de la fusion au hasard de 2 gamètes AB chacun de fréquence pr+D soit (pr+D)2 Le même raisonnement s'applique à chaque génotype ce qui peut être représenté par le tableau suivant où le facteur 2 traduit le fait qu'un génotype issu de la fusion de gamètes différents peut être réalisé de 2 façons en fonction de la nature des gamètes mâle et femelle: AA BB Bb bb (pr+D)2 2x(pr+D) x (ps-D) (ps-D)2 Aa 2x(pr+D) x (qr-D) aa (qr-D)2 2 x (pr+D)(qs+D) 2x(qr-D) x (qs+D) +2 x (ps-D)(qr-D) 2x(ps-D) x (qs+D) (qs+D)2 Si on considère chaque locus pris isolément. le régime de reproduction panmictique fait que les 2 loci sont à l'équilibre de Hardy-Weinberg malgré la présence d'un déséquilibre gamétique dans la population soit: au locus A au locus B p2 AA r2 BB 2pq Aa 2rs Bb q2 aa s2 bb Explication Pour 2 loci A et B à 2 allèles A et a de fréquence p et q.univ-lyon1. la somme de la première ligne sera égale à r2 soit l'équilibre. B et b de fréquence r et s avec un déséquilibre gamétique D correspondant à un excédent de gamètes de type couplage. Le produit de la somme d'une colonne et de la somme d'une ligne soit p2 pour la colonne 1 et r2 pour la ligne 1 correspond à ce qui est attendu à l'équilibre en absence de déséquilibre gamétique soit p2 r2 ce qui est différent de ce qui est observé. CB Lyon 1 Si l'on considère les loci A et B séparément.2prD + 2psD .fr F. Par exemple en faisant la somme de la première colonne pour le génotype AA soit : AA = (pr+D)2 + 2x(pr+D) x (ps-D) + (ps-D)2 = p2 r2 + 2prD + D2 + 2p2rs . les fréquences des différents génotypes résultent de la fusion au hasard des différents gamètes.2psD + D2 soit après simplification : ` AA = p2 (r2 + 2rs + s2) = p2 donc l'équilibre de Hardy-Weinberg pour le génotype BB. Fleury Univ.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.D f(ab) = qs + D Si les individus de la population se reproduisent au hasard (régime de reproduction panmictique). Par exemple. les fréquences gamétiques sont les suivantes : f(AB) = pr + D f(Ab) = ps .

les fréquences gamétiques à la génération G0 sont les suivantes : f0 (Ab) = ps .D0 f0 (aB) = qr . Pour 2 loci A et B à 2 allèles A et a de fréquence p et q.univ-lyon1. des gènes portés par le même chromosome mais assez éloignés auront un taux de recombinaison c de 0. Ainsi. pour des gènes liés et très proches.5 pour des gènes indépendants et dépend de la position des gènes sur le chromosome pour des gènes liés. Ce brassage des gènes est quantifié par le taux de recombinaison c qui prend la valeur maximale de 0.fr F.5.cpr .Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. le mode de reproduction panmictique associé aux recombinaisons intergéniques qui se produisent au moment de la méiose vont tendre à le faire diminuer. B et b de fréquence r et s avec un déséquilibre gamétique initial D0 correspondant à un excédent de gamètes de type couplage. Par contre.cD0 + cpr -pr = D0 (1-c) A la génération t : Dt = D0 (1-c)t Pour des gènes indépendants ou très éloignés. La vitesse à laquelle le déséquilibre gamétique diminue au cours de génération sera donc fonction du taux de recombinaison c entre les gènes impliqués ce qui est donné par la formule de récurrence suivante : Dt = D0 (1-c)t où c est le taux de recombinaison entre les deux loci. ce déséquilibre peut se maintenir pendant de très nombreuses générations comme le montre la figure ci-dessous.D0 f0 (ab) = qs + D0 f0 (AB) = pr + D0 A la génération suivante G1. la recombinaison est maximale et le déséquilibre gamétique disparaît très rapidement de la population sauf si d'autres phénomènes s'opposent à cette diminution (sélection par exemple) .des haplotypes AB produit par recombinaison (probabilité c) après fusion entre des gamètes porteurs d'un allèles A (fréquence p) et des gamètes porteurs d'un allèle B (fréquence r) La fréquence des gamètes AB à la génération G1 sera donc : f1 (AB) = pr + D1 = (pr + D0) (1-c) + pr c D1 = pr + D0 .01 (1cm) correspond à une distance de l'ordre de 1000 kb. Ce phénomène de recombinaison résulte de la segrégation indépendante des loci portés par des chromosomes différents ou des crossing over qui se produisent entre loci d'un même chromosome. Fleury Univ. t le nombre de génération et D0 le déséquilibre gamétique initial. la fréquence des gamètes AB sera : f1 (AB) = pr + D1 Ces gamètes AB de la génération G1 auront deux origines différentes : . c s'exprime en centimorgan (cm) et on considère qu'en moyenne 1% de recombinaison soit c=0. .des haplotypes AB de la génération G0 (fréquence pr + D0) qui n'ont pas subit de recombinaison (probabilité 1-c) . CB Lyon 1 Evolution du déséquilibre gamétique Lorsqu'il existe un déséquilibre gamétique dans une population.

5 A l'équilibre.01 r = 0. Considérons.20 0.5 q2 aa = 0.fr F.25 A la génération G0. et deux populations monomorphes.5 8 10 Evolution du déséquilibre gamétique pour différents taux de recombinaison après mélange de deux populations de même effectif.00 0 2 4 6 Générations r = 0.125 AaBb = 0.25 f(aB) = qr = 0.5 f(a) = q = 0.5 2rs Bb = 0. une telle population aura la structure génétique suivante : fréquences gamétiques: f(AB) = pr = 0.05 r = 0. deux loci dialléliques A et B. la nouvelle population sera polymorphe et aura la composition génotypique suivante : 50% AABB 50% aabb les fréquences alléliques seront alors : f(A) = p = 0.0625 AaBB = 0.25 aaBb = 0.25 et r2 BB = 0.25 fréquences génotypiques: AABB = 0.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.25 2pq Aa = 0. l'autre pour les allèles a et b (100% d'homozygotes aabb).125 aabb = 0.125 aaBB = 0.25 s2 bb = 0.5 f(b) = s = 0.2 r = 0.1 r = 0. l'une pour les allèles A et B (100% d'homozygotes AABB).25 Déséquilibre gamétique (D) 0. Si une nouvelle population est fondée avec un nombre égal de mâles et de femelles de chacune des deux populations d'origine. par exemple.0625 Aabb = 0.25 f(Ab) = ps = 0.125 AAbb = 0.15 0. CB Lyon 1 0. les fréquences des gamètes seront : . la structure génétique de la population est très différente de celle de l'équilibre puisqu'il n'y a que 2 catégories génotypiques de même fréquence : 50% de AABB qui produisent que des gamètes AB 50% de aabb qui produisent que des gamètes ab Si la population est idéale. Fleury Univ. l'une AAbb l'autre aaBB (D0 = 0.25 f(ab) = qs = 0.0625 soit p2 AA = 0.univ-lyon1.5 f(B) = r = 0.25) Exemple d'un mélange de 2 populations monomorphes L'un des principaux facteurs responsables de l'apparition d'un déséquilibre gamétique est le mélange de deux populations génétiquement distinctes.10 0.0625 AABb = 0.05 0.

Fleury Univ.25 1 fréquences c = 0.5 = 0.40 0. Ces fréquences gamétiques dépendent de la fréquence des différents génotypes dans la population et de la proportion des différents types de gamètes produits par chaque individu qui est simplement la conséquence de la ségrégation mendélienne des caractères : -les individus AABB produisent 100% de gamètes AB .0.5 f0 (Ab) = 0 f0 (aB) = 0 f0 (ab) = 0. Parents AABB AB/ab Fréquences 0.les individus aabb produisent 100% de gamètes ab .Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.25 Aa = 0. les fréquences des gamètes seront: .5 Gamètes c= 0.5 x0.25 Bb = 0.25 . l'équilibre est atteint dès la première génération à chaque locus (équilibre de Hardy-Weinberg).5 aabb= 0.5= 0.25 au locus B BB = 0.50 aa = 0. la population n'est pas à l'équilibre puisque seuls 3 des 9 génotypes possibles sont présents. Ce déséquilibre D1 se calcule à partir de la fréquence des gamètes produits par l'ensemble de la population à la génération G1.5 x 0.5 = 0. La génération G1 sera donc composée de 3 catégories génotypiques ayant les fréquences suivantes: AABB= 0.25 On peut noter que cette valeur est la valeur maximum du déséquilibre lorsque les fréquences alléliques sont toutes égales à 0.1 1 ab/ab 0.25 AaBb = 2 x 0.univ-lyon1.25 Si l'on considère les deux loci simultanément.5) et dans le cas de deux gènes liés distants de 20 centimorgans (c = 0.1 0.40 0.2). Cet écart est la conséquence du déséquilibre gamétique qui subsiste après une génération de croisements panmictiques.fr F. Le tableau ci-dessous donne les fréquences des différents types de gamètes produits par chaque catégorie d'individus dans le cas de deux gènes indépendants (c = 0.25 0.50 bb = 0.2 1 0.25 Si l'on considère les loci séparément.5 x0. On a en effet: au locus A AA = 0.5 Le déséquilibre gamétique Do à la génération Go est donc égal à D0= f0 (AB) .25 0.25 0.5).25 0.5 AB AB ab Ab aB ab 1 0. des gamètes parentaux à une fréquence 1-c (AB et ab en proportion égale) et des gamètes de type non parentaux ou recombinés à une fréquence c (Ab et aB en proportion égale).Pour le cas de 2 gènes indépendants (c=0.5=0.5 X0.5 .5 La génération suivante G1 sera issue de l'union au hasard des gamètes mâles et femelles produits par la génération G0.pr = 0.les individus AaBb (issus de la fusion des gamètes AB et ab) produisent 4 types de gamètes. CB Lyon 1 f0 (AB) = 0.

5 x 0. aB = 0.0.5 = 0. Le déséquilibre qui reste à la G1 est : D1 = 0.45 . L'équilibre sera atteint après plusieurs générations de croisements panmictiques si d'autres mécanismes n'agissent pas pour maintenir ce déséquilibre gamétique dans la population.05 .5 = 0.univ-lyon1.25 = 0.125 aB = 0. les fréquences des gamètes seront : AB = 0. A la génération suivante G2.375 Ab = 0.45 .45 .2 La proportion de gamètes recombinés est plus faible donc le déséquilibre diminue moins rapidement.5 x 0.25+ 0. .Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. CB Lyon 1 AB = 0.25 = 0. la recombinaison produira les mêmes effets ce qui va encore faire diminuer le déséquilibre gamétique.5 x 0.0.25+ 0.25 = 0.5 x 0.5 x 0. Ab = 0. .375 . Cette diminution sera rapide pour des gènes indépendants et directement fonction du taux de recombinaison pour des gènes liés. mais leurs fréquences ne sont pas à l'équilibre.5 x 0.125 Les quatre catégories de gamètes sont donc produites.25 = 0. Fleury Univ.125 Il a donc diminué de moitié.2).fr F.05 Le déséquilibre à la G1 est alors: D1 = 0.375 ab = 0. ab = 0.Pour le cas de 2 gènes liés (c=0.

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