Cours de Génétique des Populations

F. Fleury 1- La Génétique des Populations : Définition, Objectifs et Applications
Transmettre ses gènes dans les conditions naturelles La génétique initiée par Gregor Mendel, appelée classiquement génétique mendelienne, a pour objectif de comprendre le déterminisme et la transmission des caractères par l'analyse de la descendance d'un croisement contrôlé entre individus de génotype différent (proportions des diverses catégories de descendants). Après la découverte du support de l'information génétique (ADN), la génétique moléculaire continue à rechercher les mécanismes fins du déterminisme, de l'expression et de la transmission des caractères. Elle trouve aujourd'hui de nombreuses extensions avec les programmes de génomique (séquençage des génomes et identification des gènes) et de protéomique (inventaire et fonction des proteines d'un organisme). La compréhension du déterminisme et de la transmission des caractères doit aussi étudier les individus dans les conditions naturelles où ils sont génétiquement uniques et libres de se reproduire avec n'importe quel autre individu de la même espèce. Cette partie de la génétique, qui considère les individus en interactions avec leur environnement, est la génétique des populations. Définitions et objectifs La génétique des populations étudie la variabilité génétique présente dans et entre les populations avec 3 principaux objectifs : 1- mesurer la variabilité génétique, appelé aussi diversité génétique, par la fréquence des différents allèles d' un même gène. 2- comprendre comment la variabilité génétique se transmet d'une génération à l'autre 3- comprendre comment et pourquoi la variabilité génétique évolue au fil des générations. A la différence de la génétique mendélienne, la génétique des populations étudie les proportions des génotypes au sein d'un ensemble d'individus issus de croisements non contrôlés entre de nombreux parents Qu'appelle-t-on population ? Une population est l'ensemble des individus de la même espèce qui ont la possibilité d'interagir entre eux au moment de la reproduction. La notion de population fait donc appel à des critères d'ordre spatiaux, temporels et génétiques et résulte du fait que les individus d'une même espèce n'ont pas tous la possibilité de se rencontrer et de se croiser à cause de l'éloignement géographique et de l'hétérogénéité de l'habitat. La population représente une communauté génétique constituée par l'ensemble des génotypes des individus qui la composent. La population se caractérise donc par un génome

collectif ou patrimoine génétique, appelé aussi pool génétique qui est la somme des génotypes individuels pour chacun des gènes. Si chaque génotype individuel est fixé définitivement à la naissance et cesse d'exister à la mort de l'individu, le pool génétique d'une population présente une continuité à travers les générations, et peut varier au cours du temps. C'est cette évolution que la génétique des populations cherche à comprendre. La population est à distinguer de la notion d'espèce qui rassemble tous les individus interfertiles même si ceux-ci n'ont jamais la possibilité de se croiser. C'est l'unité d'étude dans de nombreux domaines des Sciences de la Vie (épidémiologie, évolution, écologie, biogéographie, biologie de la conservation). Simple au plan théorique, cette définition est souvent difficile à appliquer aux situations naturelles. Les limites d'une population sont incertaines et dépendent des caractéristiques intrinsèques des espèces (répartition spatiale et temporelle des individus, mobilité, mode de reproduction, durée de vie, socialité, etc ). Lorsqu'une espèce présente de très grands effectifs et occupe un vaste territoire apparemment homogène, seule l'étude détaillée de la distribution des individus, de leurs comportements, de leurs déplacements et de leurs génotypes peut permettre de déceler d'éventuelles discontinuités correspondant à des limites de populations.

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Chapitre 2 - La variabilité génétique dans les populations naturelles Une particularité du monde vivant est la variabilité des phénotypes individuels. A l'intérieur d'une espèces, il n'existe pas 2 individus ayant exactement les mêmes caractéristiques phénotypiques: l'individu est unique. Si pour une espèce donnée on peut noter l'absence de variations pour certains caractères essentiels, il existe toujours de nombreux autres caractères pour lesquels des variations entre individus sont observées. Certaines de ces variations s'expriment au niveau phénotypique (morphologie, physiologie, comportement, etc) mais les autres restent "cachées" et leur mise en évidence nécessite l'utilisation de techniques adaptées (variabilité des protéines ou des séquences d'ADN). Les variations du phénotype sont dues pour partie à des facteurs environnementaux (alimentation, climat, interactions avec les autres espèces, etc) et pour partie à des différences entre les génotypes individuels, transmissibles à la descendance. Dans la plupart des cas, ces deux causes de variation interagissent fortement (= interactions génotype-environnement), et il est difficile de mesurer leur part relative dans la variation phénotypique globale. La mise en évidence du déterminisme génétique des variations nécessite des études faisant appel soit à des expériences de croisements, soit à des analyses de généalogie, soit, pour les caractères complexes déterminés par plusieurs gènes, des comparaisons entre individus apparentés et non apparentés à l'aide de méthodes statistiques qui sont du domaine de la génétique quantitative. Déterminisme des variations : notion de polymorphisme La génétique des populations s'intéresse principalement à la variabilité d'origine génétique présente dans les populations et que l'on désigne sous le nom de polymorphisme. Dans sa définition historique (Ford années 1940), le polymorphisme concernait les caractéristiques phénotypiques accessibles aux observations de cette époque (couleur, forme, etc). Cette définition du polymorphisme peut être résumée de la façon suivante : ll y a polymorphisme si dans une même population coexistent pour un caractère donné plusieurs formes phénotypiques discontinues, déterminées génétiquement, et dont la plus fréquente ne représente pas plus d'une certaine fraction de la population totale, fixée à 95 ou 99%. La population est alors qualifiée de polymorphe. L'utilisation de plus en plus répandue des techniques de biologie moléculaire permettant d'étudier la variabilité non exprimée au niveau phénotypique (portions non codantes de d'ADN) a nécessité une définition plus large du polymorphisme qui peut être la suivante : ll y a polymorphisme si dans une même population une portion codante ou non codante d'ADN présente une variation de séquence correspondant à plusieurs formes alléliques dont la plus fréquente ne représente pas plus d'une certaine fraction de la population totale, fixée à 95 ou 99%. Dans ces deux définitions, le seuil de 1% ou 5% permet de distinguer les gènes polymorphes, pour lesquels les variations alléliques sont fréquentes, et les gènes pour lesquels les variations alléliques ont un caractère exceptionnel avec un allèle très majoritaire et une ou plusieurs formes alléliques rares (inférieure à 1%). On parle dans ce cas de cryptopolymorphisme qui résulte le plus souvent de mutations désavantageuses qui seront éliminées par la sélection naturelle. La plupart des maladies génétiques chez l'homme relèvent du cryptopolymorphisme.

hormones ou d'ARNm transmis à la descendance via le cytoplasme des ovocytes ou pendant le développement embryonnaire précoce.univ-lyon1. elle est qualifiée de variabilité épigénétique. à la présence de plusieurs formes alléliques dans la population. La voie cytoplasmique peut être également un mode de transmission de nombreux microorganismes intracellulaires (bactéries. Chez cette espèce. une même population peut être polymorphe pour un caractère donné et monomorphe pour un autre caractère. prions) appelés symbiotes qui peuvent être responsables d'importantes variations phénotypiques dans les populations naturelles de leurs hôtes. Ainsi. les feuilles ont la forme d'un fer de lance. on parle de polyphénisme. protéines. CB Lyon 1 Par opposition. virus.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. Des études récentes (Cubas et al. L'état polymorphe ou monomorphe est une caractéristique d'un gène (ou portion non codante d'ADN) et d'une population.fr F. 1999. De la même façon. c'est à dire ne fait pas intervenir de modification de séquence d'ADN. etc). Nature) ont démontré que ces deux allèles ont en fait la même séquence nucléotidique et que la forme peloric est due à une méthylation de l'ADN qui peut être réversible. De telles variations épigénétiques sont très fréquentes dans les populations animales et végétales. au moins en partie. Chez la sagittaire Sagittaria sagittifolia. cette variabilité épigénétique peut être héritable et donc transmise à la descendance. deux formes avaient été décrites par Linné (1707-1778) : une forme à symétrie bilatérale et une forme "peloric" à symétrie radiale. Il est probable que dans l'avenir cette forme d'hérédité prenne de plus en plus d'importance comme l'illustre l'exemple du polymorphisme de la symétrie des fleurs chez la Linaire (Linaria vulgaris). physico-chimie de l'environnement. Jusqu'à présent. c'est la nature du sol qui peut être à l'origine d'une variation de la couleur des fleurs comme chez le mourron Anagallis arvensis (Primulacée) Un autre exemple célèbre de plasticité phénotypique est la modification de la morphologie de certains crustacés induite par la présence de prédateurs. un caractère monomorphe dans un population peut être polymorphe dans une autre population. C'est le cas par exemple des effets maternels qui apparaissent lorsque l'environnement subi par les parents (souvent la mère) a des conséquences sur les caractéristiques des descendants par le biais d'enzymes. Déterminisme génétique La variabilité d'un caractère est déterminée génétiquement lorsqu'elle est due.. . On parle d'hérédité épigénétique. Chez d'autres plantes. on appelle monomorphes les gènes qui ne présentent pas de variabilité (un seul allèle présent dans la population). Cette variabilité résulte souvent de l'action des facteurs environnementaux sur l'expression phénotypique d'un caractère (température. Déterminisme épigénétique Lorsque la variabilité d'un caractère n'a aucune base génétique. cette variabilité était considérée comme le résultat de la présence de deux formes alléliques d'un gène Lcyc qui ségrège de façon mendélienne. Lorsque la variabilité d'une population présente un déterminisme uniquement épigénétique. Balanes Dans certains cas. Fleury Univ. la forme des feuilles varie en fonction du degré d'immersion de la plante. Exemple : Daphnies. elles sont arrondies à la surface de l'eau et prennent sous l'eau l'aspect de longues lanières. Le caractère présente alors une plasticité phénotypique. Hors de l'eau. alimentation.

univ-lyon1. lorsqu'elles se produisent dans une portion codante de l'ADN. Il existe ainsi tous les intermédiaires entre les mutations neutres qui n'ont aucun effet sur l'organisme et les mutations létales. Il faut distinguer : les insertions de nucléotides qui. décalent le cadre de lecture et conduisent à une protéine anormale. Il existe différents types moléculaires de mutations qui n'ont pas les mêmes conséquences phénotypiques : les mutations ponctuelles sont des modifications d'un nucléotide (ou d'un faible nombre de nucléotides) qui créent de nouveaux allèles. environ 5000 caractères mendeliens sont connus. Les différents types sont: . On parle de déterminisme polygénique. CB Lyon 1 Dans certains cas. Fleury Univ. Cela ne veut pas dire que le caractère est contrôlé par un seul gène mais que la variation d'un seul de ces gènes est suffisante pour entraîner une variation phénotypique. une partie ou plusieurs gènes et donc qui sont souvent très défavorables. C'est le cas de tous les caractères quantitatifs qui font l'objet d'une mesure comme la taille. auxquelles il faut ajouter les phénomènes de recombinaison (notamment pour les caractères quantitatifs). Ils sont répertoriés dans la base de données OMIN (Online Mendelian Inheritance in Man) où chaque caractère porte un code par exemple MIN 143100 pour la maladie de Huntington. Chez l'homme. effet d'épistasie ou d'interaction entre gènes I: G=A+D+I Les mutations source de variabilité La variabilité génétique est le résultat des mutations qui font apparaître de nouveaux allèles. Les changements concernent un fragment chromosomique dont la taille peut correspondre à un.fr F. les délétions de nucléotides qui ont les mêmes effets que les insertions. L'analyse génétique de ces caractères relève de la génétique quantitative qui sépare les effets des gènes en effets additifs A. qui réduisent l'espérance de vie des individus. la variabilité d'un caractère est déterminée par un grand nombre de gènes ayant chacun plusieurs allèles. les remaniements chromosomiques sont des modifications dans la structure des chromosomes. la variabilité phénotypique est due à la variation d'un seul gène = déterminisme monogénique. Les substitutions en 3ème position des codons sont silencieuses ou synonymes alors que la plupart des substitutions en position 1 et 2 des codons se traduisent par un remplacement d'acide aminé (non synonymes). les substitutions d'une base par une autre qui peuvent être des transitions (remplacement purine/purine de A avec G ou pyrimidine/pyrimidine de C avec T) ou plus rarement des transversions (remplacement purine/pyrimidine). etc. Les mutations peuvent affecter une portion plus ou moins grande d'ADN et. effets de dominance D. le poids. Dans d'autres cas. peuvent avoir ou non des effets phénotypiques.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. On parle alors de caractères mendeliens. en fonction de leur localisation dans le génome.

les délétions qui sont des pertes d'un fragment chromosomique ayant le plus souvent des effets létaux car elles peuvent concerner un ou plusieurs gènes. pauvre en phénylalanine. Lorsque les mutations ont des effets sur le phénotype des individus.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.fr F. elles peuvent modifier des caractères biochimiques. cette enzyme ne dégrade plus la phénylalanine en tyrosine et il se produit une accumulation d'acide phényl pyruvique. Une même mutation peut donc avoir des effets phénotypiques différents. seule une partie ont des conséquences phénotypiques. Les mécanismes mis en jeu dans leur expression phénotypique sont divers. complexes et sortent du cadre de ce cours (voir cours de biologie moléculaire et biologie du développement). Chez les homozygotes récessifs. les changements du nombre de chromosomes sont de deux types: l'aneuploïdie : perte ou ajout d'un ou plusieurs chromosomes (par exemple la trisomie = 2N+1) la polyploïdie : changement du nombre d'exemplaire du lot haploïde (passage diploïde = 2N à tétraploïde= 4N) Du génotype aux phénotypes Parmi l'ensemble des mutations qui affectent le génome d'un organisme. physiologiques.l'environnement E qui contribue toujours pour une part au phénotype l'interaction entre le génotype et l'environnement IGxE ceci est résumé dans une formulation additive: P = G + E + IGxE Cette interaction entre le génotype et l'environnement est très importante car elle signifie que l'expression d'un gène n'est pas indépendante du milieu dans lequel ce gène s'exprime. Le diagnotic précoce des individus homozygotes récessifs et la mise en place d'un régime alimentaire adapté. L'absence d'effet sur le phénotype peut être la conséquence de mutations dans une région non codante de l'ADN ou de mutations dans des gènes qui sont présents en plusieurs exemplaires dans le génome (redondance des gènes). Pour la plupart des caractères. Fleury Univ. permet le développement normal du système . morphologiques ou comportementaux. anatomiques. les inversions qui correspondent à un changement d'orientation d'un fragment chromosomique et qui modifient l'ordre des gènes. maladie récessive due à une mutation du gène codant pour la phénylalanine hydroxylase (PHA). Ces mutations sont qualifiées de neutres. qui affecte le développement du système nerveux des jeunes enfants. L'expression phénotypique d'un génotype dépend des conditions environnementales dans lesquelles se sont développés les individus.univ-lyon1. le phénotype résulte des effets conjoints de 3 composantes : . toxique. CB Lyon 1 les duplications défavorables lorsqu'elles se produisent à l'intérieur d'un gène mais qui peuvent augmenter le nombre de copies d'un gène lorsqu'elles concernent un plus grand segment chromosomique. L'effet de l'environnement sur l'expression phénotypique d'un caractère peut être illustré par l'exemple de la phénylcétonurie chez l'homme. Les individus atteints présentent alors un grave retard mental (idiotie phényl-pyruvique).le génotype G . les translocations qui correspondent à des échanges de fragments entre chromosomes.

La norme de réaction d'un génotype est la gamme des phénotypes produits par un même génotype lorsque celui-ci est soumis à des conditions environnementales différentes. Il y a inversion des valeurs phénotypiques des 2 génotypes entre les environnements E1 et E2. .Le graphe A représente l'absence d'interaction GxE. l'expression phénotypique de cette mutation est dépendante de l'environnement dans lequel évoluent les organismes.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. qui est représenté par la pente des droites. . CB Lyon 1 nerveux des jeunes enfants.Le graphe C représente une interaction GxE maximale. Cela n'empêche pas un effet de l'environnement sur l'expression phénotypique du caractère. Le génotype G1 a une plus forte valeur du caractère dans l'environnement E2 alors que c'est l'inverse dans l'environnement E1. la forme de la norme de réaction peut être variable entre génotypes ce qui est la conséquence des interactions génotype-environnement. . Notez qu'il existe des conditions environnementales particulières où la variabilité génétique ne s'exprime pas au niveau phénotypique (point d'intersection des droites). on peut représenter ces interactions par 3 types de graphes où sont tracées les normes de réactions de 2 génotypes G1 et G2: Phénotype A : IGxE=0 G1 G2 E1 E2 Environnement B : IGxE≠0 G1 G2 E1 E2 Environnement C : IGxE=max G1 G2 E1 E2 Environnement .fr F.Le graphe B représente l'existence d'interaction GxE . Ce test est effectué chez tous les nouveau-nés = test de Guthrie. Le génotype G1 a cependant toujours une plus forte valeur du caractère quel que soit l'environnement considéré. La différence entre les 2 génotypes est plus importante dans l'environnement E1 que dans l'environnement E2. Ainsi. Pour un même caractère. Schématiquement.univ-lyon1. Il est possible chez certains organismes d'étudier la variabilité de l'expression phénotypique d'un même génotype appelé plasticité phénotypique qui est mesurée par sa norme de réaction. Les 2 génotypes répondent de la même façon aux variations de l'environnement. Fleury Univ.

.fr F. Un autre exemple de polychromatisme. cytogénétique et de biologie moléculaire ont permis d'étudier la variabilité génétique à des échelles plus fines. . Les gènes B. Le développement des techniques de biochimie. qui a fait l'objet de très nombreuses études de génétique des populations. avec des fréquences élevées des différentes formes. Historiquement. Chez l'homme. de couleur etc. allant de l'absence d'effet jusqu'à la diminution de la survie des organismes. et des escargots sans bande et avec bandes dont le nombre varie entre 1 et 5. Ces papillons de nuit sont normalement de couleur claire. appelée polychromatisme.le gène C. due à un allèle D. est certainement l'un des polymorphisme qui a été le plus étudié Un exemple célèbre est la variation de la couleur et de l'ornementation de la coquille de l'escargot du genre Cepaea.le gène T suppresseur des bandes 1 et 2. etc). un grand nombre de caractères morphologiques sont polymorphes. de forme. Dans certaines régions où le tronc des arbres est plus sombre. CB Lyon 1 Étendue et méthodes d'étude de la variabilité En fonction de leur localisation dans le génome. Ces variations sont sous le contrôle de quatre gènes principaux entre lesquels existent des relations d'épistasie : . jaune ou brune. permettant même l'étude du polymorphisme des régions non codantes. les mutations vont avoir des effets variables sur les caractéristiques individuelles.le gène U suppresseur des bandes 1.univ-lyon1. En un même endroit coexistent plusieurs formes phénotypiques déterminées par plusieurs gènes polymorphes: des escargots à coquille rose. C'est le cas de la couleur des yeux ou de la peau. Par exemple.le gène B détermine la présence ou l'absence des 5 bandes: l'allèle B0 (absence de bandes) est dominant sur l'allèle Bb (présence des 5 bandes). couleur. U et T sont en interaction par les relations d'épistasie suivantes : le gène B est épistatique sur le gène U qui est lui-même épistatique sur le gène T (B > U > T). appelés "melanica". dominant sur l'allèle d. Fleury Univ. multi-allélique. l'allèle CR (couleur rose) est dominant sur l'allèle CJ (couleur jaune) . jusqu'au niveau de la séquence d'ADN. de la forme des oreilles. . légèrement tachetée.2. Cette variation de la couleur de la coquille se retrouve chez un très grand nombre d'espèces de mollusques avec parfois une très grande diversité génétique comme c'est le cas chez Liguus fascitus. ce qui les rend mimétiques le jour lorsqu'il se reposent sur le tronc des arbres.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. Cette inhibition est due à un allèle T345 dominant sur l'allèle T. la recherche des variations génétiques dans les populations naturelles a concerné des caractères directement accessibles à l'observateur (morphologie.4 et 5. Cette inhibition est due à un allèle U3 dominant sur l'allèle U. est celui observé chez le papillon Biston betularia. Polymorphisme morphologique C'est le polymorphisme de taille. les populations sont caractérisées par une forte fréquence de papillons sombres presque noirs. du nombre de nucléotides concernés et de l'environnement dans lequel se sont développés les individus. détermine la couleur. La variabilité génétique de la couleur de certaines espèces.

de sa taille et de sa conformation. Les protéines sont des molécules chargées qui se déplacent dans un support poreux (gel d’agarose. le nombre de bandes se multiplie et la lecture des gels d'électrophorèses devient plus difficile. de polyacrylamide. Polymorphisme immunologique La variabilité de certaines protéines peut être étudiée par des techniques d'immunologie.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. la variabilité des protéines est étudiée par électrophorèse. altérer la séquence d'acides aminés donc la charge électrique de la protéine et sa vitesse de migration. CB Lyon 1 Polymorphisme des protéines Polymorphisme enzymatique Depuis les années 1960. Pour une enzyme monomérique. C'est le cas par exemple de l'alcool déshydrogénase (ADH) et de l'alpha glyrérophophate déshydrogénase GPDH qui sont toutes les deux des enzymes dimériques et polymorphes chez la Drosophile. c) cas d'une protéine dimérique codée par un gène à deux allèles (F = Fast et S = Slow) ou les hétérozygotes sont représentés par 3 bandes.univ-lyon1. La vitesse de migration dépend de la charge globale de la protéine. b) cas d'une protéine monomérique codée par un gène à trois allèles (V = very Fast. il s'agit de mesurer la spécificité et l’affinité des réactions antigènes-anticorps . F = Fast et S = Slow). Classiquement. L'existence de variations génétiques à un locus donné est détectée par la présence de différents niveaux de migration dans le gel d'électrophorèse. Fleury Univ. tétramères). d’amidon. a sens de migration b c ligne de dépot Génotypes SS FF FS SS VV FF FS SV SS FF FS Représentation schématique d'un gel d'électrophorèse pour différents systèmes génétiques : a) cas d'une protéine monomérique codée par un gène à deux allèles (F = Fast et S = Slow). Ce changement de structure primaire peut être détecté par électrophorèse qui sépare les variants protéiques ayant des vitesses de migration différentes appelées souvent F (fast) et S (slow). Toute mutation dans la séquence d'un gène codant pour une protéine peut modifier le sens d'un codon. les homozygotes seront caractérisés par une seule bande alors que les hétérozygotes présenteront 2 bandes. La mise en évidence de différents allèles d'un même gène est possible pour les enzymes grâce à la spécificité de la réaction enzyme-substrat visualisée par une réaction colorée. Pour les enzymes plus complexes (dimères. L'étude d'un lot d'individus permet d'identifier les génotypes individuels à plusieurs loci lorsque les enzymes ont des niveaux de migration différents.fr F. qui sont associés à des allèles différents appelés allozymes. Les allèles sont en effet codominants et chaque individu est caractérisé par la position et le nombre de bandes pour chaque locus étudié. d'acétate de cellulose) lorsqu’elle celui-ci est soumis à un champ électrique.

appelé aussi complexe majeur d’histocompatibilité (CMH). CB Lyon 1 lorsque l'on fait réagir un anticorps. Dobzhansky ont montré que les populations de D. avec des antigènes d’origines variées (hétérologues).fr F. De très nombreuses inversions différentes ont été observées chez cette espèce de Drosophile. mis en évidence au niveau des leucocytes et des plaquettes sanguines. Fleury Univ. semble-t-il. ni anti B Receveur universel Anti B. le système rhésus (allèle Rh+ dominant sur Rh–). ce qui conduit à une diversité quasi infinie des combinaisons ce qui assure l'identité immunitaire de chaque individu. Pour le système ABO. aneuploïdie) soit à un changement de leur structure (délétion. produit contre un antigène défini. Un autre exemple de polymorphisme chromosomique bien connu est celui des inversions chromosomiques observées chez la drosophile américaine Drosophila pseudoobscura. Polymorphisme chromosomique Ce polymorphisme peut être dû soit à une variation du nombre des chromosomes (euploïdie. Des études menées par T. translocation). Ce polymorphisme implique 6 gènes étroitement liés. le polymorphisme immunologique le plus étudié est celui des antigènes présents à la surface des globules rouges dont les plus connus sont le système ABO. le système MN (M et N codominants).Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.univ-lyon1. anti A Donneur universel De fortes variations géographiques existent pour les fréquences des allèles du système ABO à l'échelle des continents. Chez l’homme. Par exemple. certains étant diploïdes c'est-à-dire ayant 2N chromosomes. inversion. les allèles A et B sont codominants entre eux et tous les deux dominants sur l'allèle O ce qui donne la typologie antigènes/anticorps suivante : Génotype IAIA IAIO IBIB IBIO IAIB IOIO Antigène Groupe A Groupe B Groupe AB Groupe OO Anticorps Anti B Anti A Ni anti A. il existe plusieurs catégories d'individus. chez une graminée Dactylis glomerata. Chaque gène comporte de très nombreux allèles. duplication. pseudoobscura sont extrêmement polymorphes pour certaines de ces inversions et de fortes différences de fréquence entre populations d'origine géographique différente sont observées avec. une corrélation avec les facteurs climatiques (température). portés par le chromosome 6. d'autres tétraploïdes à 4N chromosomes. Un autre polymorphisme immunologique bien connu chez l'homme est celui du système HLA (Human Leucocyte Antigen). .

soit de cartographier des gènes. Parmi l'ensemble des techniques disponibles. soit de caractériser des populations. CB Lyon 1 Polymorphisme de l'ADN Les techniques issues de la biologie moléculaire permettent de rechercher des variations dans les séquences nucléotidiques de l'ADN et sont de plus en plus utilisées pour étudier le fonctionnement génétique des populations.univ-lyon1. Cette variabilité. . il faut distinguer celles qui permettent de mettre en évidence une variabilité dispersée dans tout le génome (es marqueurs révélés sont alors multilocus et dominants) de celles qui permettent de révéler une variabilité à des endroits plus limités du génome (les marqueurs sont souvent monolocus et codominants). qui n'est généralement pas exprimée au niveau phénotypique. Sans être exhaustif. les principaux marqueurs moléculaires utilisés en génétique des populations sont les suivants: Polymorphisme RFLP (Restriction fragment Length Polymorphism) et PCR-RFPL Après extraction. définis par une séquence de bases. on étudie le polymorphisme à autant de sites particuliers qui se répètent tout au long de la molécule d'ADN. Cette non-coupure de l'ADN est détectée par une variation du nombre et de la longueur des fragments d'ADN (fragments de restriction) obtenus après digestion enzymatique puis séparation par électrophorèse et visualisation par hybridation avec une sonde radioactive ou fluorescente Principe de la technique RFLP AA Aa aa sonde radioactive site de restriction chromosomes homologues ADN AA Aa aa Ce type de marqueur est codominant si le nombre d'enzymes utilisées est faible et s'il y a peu de sites d'hybridation de la sonde dans le génome. Toute modification par mutation dans la séquence du site de restriction empêche l'action de l'enzyme. est utilisée pour définir des marqueurs permettant soit de caractériser des individus = empreinte génétique (ou finger print).Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. En faisant agir simultanément plusieurs enzymes de restriction. Fleury Univ.fr F. appelé sites de restriction. l'ADN est soumis à une (ou des) enzyme de restriction qui coupe la molécule à des endroits précis. Il faut également distinguer parmi ces techniques celles qui nécessitent uniquement une extraction de l'ADN des individus étudiés de celles qui nécessitent une amplification in vitro d'une portion définie d'ADN par PCR (polymerase chain reaction). Cette variabilité peut être recherchée dans des régions codantes de l'ADN mais de très nombreuses techniques permettent d'étudier le polymorphisme des régions non codantes qui composent la grande majorité des génomes.

ce qui produit des fragments de tailles différentes. Cette méthode appelée PCR-RFLP permet d'obtenir facilement des marqueurs codominants et évite l'étape d'hybridation et l'utilisation de sonde radioactive. mais permet d'obtenir des marqueurs monolocus et codominants.univ-lyon1. Cette étape est souvent longue et laborieuse. Les AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) Cette technique est une combinaison des RFLP et des RAPD. l'amplification PCR est possible. Ces marqueurs sont donc multilocus et codominants. Une amplification PCR est ensuite effectuée à l'aide d'amorces qui s'hybrident avec les adaptateurs mais comportent en plus quelques bases choisies au hasard afin d'amplifier de façon sélective uniquement certains fragments. Cette technique a l'avantage d'être rapide avec peu de mise au point et révèle un polymorphisme important. . Une variabilité dans la séquence des sites entre individus sera détectée par un polymorphisme du nombre et de la longueur des fragments d'ADN amplifiés. Fleury Univ. Les séquences répétées en tandem ou minisatellites (VNTR) Il existe dans le génome de très nombreux organismes des séquences nucléotidiques répétées en tandem les unes à la suite des autres. Si les 2 sites d'hybridation sont suffisamment proches. Les minisatellites sont révélés après PCR. Les RAPD (Random Amplified Polymorphism DNA) Cette technique consiste à réaliser une amplification PCR avec des amorces d'environ 10 pb définies de façon aléatoire. ce qui nécessite la mise au point d'amorces spécifiques. Un polymorphisme de longueur de fragments est alors révélé par l'existence d'un nombre de répétitions différent entre individus. Le nombre de répétitions est extrêmement variable entre individus d'où leur nom de VNTR (Variable Number of Tandem Repeat). puis des adaptateurs vont venir se fixer au deux bout des produits de digestion.fr F. Une seconde PCR peut ensuite être effectuée pour réaliser une amplification plus sélective. Une variante de la technique RAPD est d'utiliser des microsatellites comme amorces ce qui permet d'amplifier des régions comprises entre deux microsatellites (ISSR = Internal simple sequence repeat). Le produit PCR digéré par une (ou des) enzyme de restriction est simplement mis à migrer dans un gel d'agarose et le polymorphisme de la position et du nombre de bande est visualisé par une réaction colorée (Bromure d'éthydium BET). Cette variation du nombre de répétitions est à l'origine d'un important polymorphisme dans les populations naturelles. mais ce marqueur est dominant et les conditions de PCR sont très sensibles.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. L'ADN est dans un premier temps digéré par des enzymes de restriction souvent (EcoR1 et Mse1). Cette technique est très efficace pour révéler rapidement et facilement du polymorphisme. CB Lyon 1 L'utilisation de la PCR permet d'amplifier une région définie du génome puis d'appliquer la technique RFLP au produit PCR. On distingue 2 grands types de séquences répétées: les minisatellites qui sont des répétitions de motif de 10 à 60 paires de bases (pb) les microsatellites qui sont des répétitions de motif d 1 à 6 paires de bases (pb): par exemple ATATATATATATATAT soit (AT)n n variable entre individus CAGACAGACAGACA soit (CAGA)n Les minisatellites peuvent être détectés par RFLP en utilisant des enzymes de restriction qui coupent un grand nombre de fois le génome mais jamais dans les minisatellites.

à partir d'un nombre limité de gènes polymorphes. responsable de l'infinie diversité des génotypes individuels. Si la couleur du corps des individus présente non plus 2 mais 3 phénotypes (noir. La composition phénotypique de la population correspond alors à sa composition génotypique et si on appelle Nn.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. De façon analogue à un jeu de cartes. mais cette technique est peu compatible avec l'analyse d'un grand nombre d'individus d'une population. Dans le cas d'un système diallélique A et a. gouvernés par un couple d'allèles A1 et A2 autosomaux et codominants. jaune et blanc). pour un locus donné. la structure d'une population d'effectif N est complètement connue si l'on connaît les effectifs NAA de AA. on peut facilement calculer les fréquences génotypiques dans cette population : f(A1A1) = Nn/N = D f(A1A2) = Nj/N= H f(A2A2) = Nb/N = R Ainsi. Par exemple dans une population de N individus dont Nn ont le corps noir et Nb le corps blanc. même si une partie seulement du génome a été explorée chez les eucaryotes.ou intrachromosomique. Quoiqu'il en soit. c'est à dire si il y a codominance. Chaque génotype individuel correspond à un certain arrangement des divers allèles présents à chaque locus dans la population. Les fréquences phénotypiques permettent alors uniquement de connaître la fréquence du génotype aa puisque parmi les individus noirs. Nj et Nb les nombres d'individus présentant les phénotypes noir. une population est complètement décrite si l'on connaît la fréquence de chacune des catégories génétiques.univ-lyon1. on ne peut pas distinguer les génotypes AA des génotypes Aa. Cette caractérisation génétique de la population n'est possible que si les génotypes individuels sont reconnaissables par leur phénotype. les trois génotypes possibles A1A1. . jaune et blanc. CB Lyon 1 Séquençage Le séquençage complet de certaines portions du génome fournit le maximum de renseignements sur l'étendue de la variabilité interindividuelle. il est possible de calculer la fréquence des phénotypes observés. les fréquences phénotypiques de la population pour le caractère couleur du corps sont les suivantes : fréquence du phénotype noir f[n] = Nn/N fréquence du phénotype blanc f[b] = Nb/N Si ce caractère est gouverné par un gène à deux allèles A et a autosomaux. les génotypes AA et Aa correspondent au phénotype noir et le génotype aa au phénotype blanc. la méiose redistribue les allèles par le jeu des recombinaisons intergéniques inter. A1A2 et A2A2 peuvent être distingués puisqu'ils correspondent à des phénotypes différents (respectivement noir. jaune et blanc).fr F. La fréquence des allèles A et a ne peut également pas être calculée. NAa de Aa et Naa de aa avec N = NAA + NAa + Naa à partir desquels on calcule les fréquences relatives des trois génotypes. Fleury Univ. avec a récessif responsable de la couleur blanche. le polymorphisme trouvé est suffisant pour entraîner une infinie diversité des génotypes individuels. Mesure de la diversité génétique Fréquences alléliques et fréquences génotypiques Lorsqu'une population est polymorphe pour un caractère donné.

Fleury Univ.67 Les fréquences alléliques calculées par les deux méthodes sont les suivantes: f (M ) = f (N ) = 2 x 22 + 216 2 x 730 2 x 492 + 216 2 x 730 = 0. 67 + 0. la fréquence de l'allèle A est le rapport du nombre d'allèles A au nombre total d'allèles à ce locus. Dans le cas d'un gène autosomal à deux allèles A et a. soit 2N pour une population de N individus diploïdes: . les fréquences alléliques peuvent aussi être calculées à partir des fréquences génotypiques : f(A) = p = D + H/2 f(a) = q = R + H/2 Ces fréquences p et q représentent également une estimation de la probabilité qu'un gamète mâle ou femelle porte l'allèle A ou l'allèle a. CB Lyon 1 A partir des fréquences génotypiques.30 0. 3 = 0.fr F.les NAA individus AA sont porteurs de deux allèles A . Le nombre d'allèles A dans la population est donc 2NAA + NAa . il est possible de calculer les fréquences alléliques dans la population.18 = p = 0.les Naa individus aa de deux allèles a.univ-lyon1. 82 = q . H la fréquence des hétérozygotes Aa.03 0. 03 + 1 2 1 2 0. c'est à dire les fréquences des différents états alléliques du locus considéré. Les fréquences p et q des allèles A et a sont alors les suivantes: f(A) = p = (2NAA+NAa)/2N f(a)= q = (2Naa+NAa)/2N avec p + q = 1 Autrement dit si D et R sont les fréquences des homozygotes AA et aa.les NAa individus Aa d'un allèle A et d'un allèle a .Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. Exemple du groupe sanguin MN chez l'homme L’examen de 730 aborigènes australiens a donné les résultats suivants : Groupe sanguin [M] [MN] [N] Génotype MM MN NN Nombre 22 216 492 Fréquence 0. Il est important de noter que les fréquences alléliques comportent moins d'information que les fréquences génotypiques car on perd la manière dont les allèles sont associés 2 à 2 dans les génotypes individuels. 3 = 0 .

. Fleury Univ.. si 30 loci enzymatiques ont été étudiés par la méthode d'électrophorèse avec 12 loci monomorphes et 18 polymorphes. Pour un locus A à k allèles A1.univ-lyon1. consanguinité. CB Lyon 1 Taux de polymorphisme et taux d'hétérozygotie Pour quantifier la variabilité d'une population étudiée sur plusieurs gènes. Ce paramètre présente cependant l'inconvénient de ne prendre en compte le nombre d'allèles rencontrés à chacun des loci polymorphes. conduisent à des situations où Ho ne donne plus une bonne estimation de la variabilité génétique. le taux de polymorphisme P est 18/30 = 0.Ak de fréquences f1 . différents paramètres peuvent être calculés. à condition toutefois que les individus de cette population se reproduisent au hasard. voir chap 4). Des modes de reproduction différents (homogamie.. l'hétérozygotie attendue est la suivante : HtA= 1 .fr F. autogamie. ni leurs fréquences. .. L'hétérozygotie théorique globale est la moyenne des hétérozygoties attendues à chacun des loci étudiés: Ht = 1/N Σ Hti N étant le nombre total de loci étudiés qu'ils soient monomorphes ou polymorphes Hti hétérozygotie théorique au locus i Il est alors possible de comparer la variabilité génétique des populations qui présentent des modes de reproduction différents. Ho = 1/N Σ Hi N étant le nombre total de loci étudiés qu'ils soient monomorphes ou polymorphes Hi hétérozygotie au locus i Le taux d'hétérozygotie fournit une bonne estimation de la variabilité génétique de la population.fk.(f12+f22+ . f2 . Taux de polymorphisme P C'est la proportion des gènes polymorphes parmi l'ensemble des gènes étudiés.6.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. +fk2) = 1.. Il est évident qu'un locus possédant 10 allèles de fréquences voisines apporte plus de variation génétique à la population qu'un locus n'ayant que deux allèles dont un faiblement représenté. on calcule alors un autre paramètre qui est l'hétérozygotie théorique attendue (Ht). Les modes de reproduction n'étant pas toujours connus. P = Nbre Nbre de gènes total polymorphes étudiés de gènes Par exemple. A2.∑f2 C'est est une estimation de la fréquence des hétérozygotes si les allèles sont associés au hasard pour former les génotypes. . . Le taux d'hétérozygotie H C'est la moyenne des fréquences des hétérozygotes observées à chacun des locus étudiés.

Ak de fréquences f1 .. A2. .fk. +fk2) = 1/∑f2 On calcule alors la moyenne du nombre d'allèles efficaces par locus .Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.fr F. . Fleury Univ. le nombre d'allèles efficaces est : Ae= 1 /(f12+f22+ . .univ-lyon1. on peut calculer le nombre d'allèles efficaces Ae.. f2 .. CB Lyon 1 Diversité allélique Une autre mesure de la variabilité est la moyenne du nombre d'allèles par locus appelée diversité allélique : A= nbre total d'allèles / nbre de loci Pour prendre en compte la fréquence de ces allèles. Pour un locus A à k allèles A1..

Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. de très nombreux facteurs peuvent modifier la fréquence de ces allèles (mutations. médecin allemand. respectivement D. Transmission d'un gène à 2 allèles Supposons qu'une population soit polymorphe pour un caractère gouverné par un locus à deux allèles A et a et que les fréquences des génotypes AA. ont la même capacité à se reproduire et à engendrer une descendance viable (absence de sélection) Absence de mutation et de distorsion de ségrégation meïotique (un individu Aa produira toujours 50% de gamètes A et 50% de gamètes a).L'équilibre de Hardy-Weinberg Dans une population théorique idéale. Une première étape pour contourner ces difficultés est d'aborder la transmission des caractères dans un cas simple. migrations. différence de survie ou fécondité entre individus). ni en fonction de leur phénotype = panmixie et que la rencontre des gamètes se fait au hasard = pangamie. quel que soit leur génotype. De plus. Cette loi doit son nom à Hardy. Fleury Univ. H et R (avec D+H+R = 1). Parmi toutes ces caractéristiques. il faut considérer la transmission simultanée de très nombreux gènes polymorphes qui peuvent interagir entre eux et ne sont donc pas indépendants. appelé système de reproduction panmictique. est l'hypothèse la plus importante. On dit alors que la population est à l'équilibre et il existe une relation simple entre les fréquences alléliques et les fréquences génotypiques. le croisement au hasard des individus.Structure génétique d'une population théorique idéale 1. qui se définit par les caractéristiques suivantes : population d'organismes diploïdes à reproduction sexuée et à générations non chevauchantes (aucun croisement entre individus de générations différentes). Les fréquences alléliques à la génération Go seront : pour l'allèle A po = Do+Ho/2 pour l'allèle a qo = Ro+Ho/2 avec po+qo=1 . La loi de Hardy-Weinberg stipule que les fréquences alléliques et les fréquences génotypiques (c'est-à-dire la structure génétique de la population) reste stable de génération en génération. Aa et aa soient les mêmes dans les deux sexes.univ-lyon1. c'est-à-dire les limites du groupe d'individus sur lequel calculer les fréquences alléliques. mathématicien anglais et Weinberg. CB Lyon 1 Chapitre 3 . population d'effectif infini où les croisements sont entièrement aléatoires population close génétiquement (absence de flux migratoires) tous les individus. Outre la difficulté à identifier une population. 2. les fréquences des allèles et des génotypes au cours des générations suivent une loi simple appelée loi de Hardy-Weinberg qui constitue le modèle de référence en génétique des populations.fr F.Population théorique idéale : définition Le devenir de la variabilité génétique d'une population au cours des générations (la transmission des différents allèles et leurs fréquences) est au premier abord très difficile à prévoir. Cette hypothèse suppose que les individus ne choisissent pas leur partenaire sexuel ni en fonction de leur génotype. qui l'ont établie indépendamment en 1908. appelé population théorique idéale.

ces fréquences seront également celles des adultes reproducteurs de la génération G1 (absence de sélection). 2pq Aa. soit p2 pour le génotype AA. l'autre parmi les gamètes femelles (croisement au hasard=panmixie). Les fréquences des différents génotypes de la génération suivante G1 résultent alors de la répétition de ce simple tirage au sort qui donnera les fréquences génotypiques suivantes : AA = p02 Aa = 2 poqo aa = q02 Explication (clic) Dans une population théorique idéale. 2pq pour Aa et q2 pour aa. Le système est donc stable aussi bien en ce qui concerne les fréquences alléliques que les fréquences génotypiques.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.fr F. les fréquences alléliques et les fréquences génotypiques restent stables de génération en génération. CB Lyon 1 Dans une population théorique idéale. Fleury Univ. ce qui donnera à la génération suivante G2 les mêmes fréquences génotypiques qu'à la génération précédente soit p2 AA. pour lesquels les fréquences alléliques seront : pour A p1 = p02 + poqo = po(po+qo) = po = p pour a q1 = q02 + poqo = qo(po+qo) = qo = q Les fréquences alléliques n'ont donc pas changé. l'un parmi les gamètes mâles. et q2 aa. La formation d'un nouvel individu de la génération suivante G1 est alors le résultat de deux tirages au sort indépendants. ces fréquences seront également les fréquences des différentes catégories de gamètes (identiques dans les deux sexes) soit po pour les gamètes qui portent l'allèle A et qo pour les gamètes qui portent l'allèle a (absence de mutation.univ-lyon1. Cette relation entre fréquences alléliques et fréquences génotypiques est visualisée par la figure suivante: . On dit qu'on est à l'équilibre de Hardy-Weinberg dont la loi peut s'énoncer de la façon suivante : Dans une population théorique idéale. Les fréquences génotypiques sont déterminées à partir des fréquences alléliques par une relation simple qui correspond au développement du binôme (p+q)2 dans le cas d'un locus à deux allèles A de fréquence p et a de fréquence q. de sélection et de distorsion meïotique).

les fréquences des 2 différents génotypes seront données par le développement de (p1+ p2+ p3.Ak.1/k où k est le nombre d'allèles Explication 3 ..univ-lyon1. B et O dont les fréquences peuvent être appelées respectivement p. r.... Fleury Univ.pk. Une population à l'équilibre de Hardy-Weinberg aura alors les fréquences génotypiques suivantes : p2 AA q2 BB r2 OO 2pq AB 2pr AO 2qr BO Lorsqu'un gène présente plus de 2 états alléliques. il y aura en théorie (k(k+1))/2 génotypes différents dans la population Si les fréquences de ces différents allèles sont respectivement p1.5 1 Fréquence de l'allèle A (p) On peut remarquer que les proportions mendéliennes 1/4. L'hétérozygotie maximale est atteinte lorsque tous les allèles ont même fréquence et sa valeur est Hmax= 1. . A3. CB Lyon 1 1 aa Fréquences génotypiques AA 0. 1/2. Systèmes multialléliques La loi de Hardy-Weinberg s'applique également à des gènes qui existent sous plus de 2 états alléliques.+ pk) soit p12A1A1 p22 A2A2 p32 A3A3 pk2 AkAk 2p1p2 A1A2 2p1p3 A1A3 2p1pk A1Ak 2p2p3 A2A3 2p2pk A2Ak etc Exemple: Les groupes sanguins du système ABO chez l'homme sont dus à l'existence de 3 allèles A. Chaque hétérozygote Aa possède comme fréquence allélique f(A)=1/2 et f(a)=1/2. 1/4 que l'on trouve lorsque l'on croise deux hétérozygotes est un cas particulier de la loi de Hardy-Weinberg où p=q= 0. la fréquence des hétérozygotes H peut dépasser 50%. . Pour un locus à k allèles A1.fr F.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop..5. L'équilibre correspond alors à l'association aléatoire des différents allèles pour former les génotypes dont la fréquence reste stable de génération en génération.+.. p3.5 Aa 0 0 0. A2. et elle est d'autant plus élevée que le nombre d'allèles est important. q.. p2.

univ-lyon1. X 2 2 = − effectifs théoriques) ∑ (effectifs observés effectifs théoriques 2 La somme est effectuée sur tous les génotypes et la valeur X2 est comparée à une valeur seuil. Cette loi s'appuie en effet sur un raisonnement probabiliste.échantillonnage d'une population. ne s'applique en théorie qu'à des populations d'effectif infini. en fonction de 2 paramètres : un risque α choisi par l'utilisateur qui est en général 5%.si X2 calculé est supérieur à X2 seuil. et suppose remplies toute une série de conditions qui ne sont rarement respectées dans la nature (absence de mutation. migration. Le principe du test est simple et peut être résumé en 3 étapes: 1. sélection). C'est le test de l'équilibre.Application et utilisation du modèle de Hardy-Weinberg Test de l'équilibre Une question centrale est de savoir si la loi de Hardy-Weinberg établie pour une population théorique idéale s'applique également aux populations naturelles. 3.fr F. dénombrement des effectifs génotypiques réels (possible grâce à la codominance) et calcul des fréquences alléliques réelle parmi les N individus échantillonnés soit p= f(A) et q = f(a) 2. H0 est acceptée et on conclut que la population suit la loi de Hardy-Weinberg donc est à l'équilibre . L'application de la loi de Hardy-Weinberg dans les populations naturelles peut être vérifiée pour des caractères codominants pour lesquels le calcul des fréquences alléliques est possible.si X2 calculé est inférieur à X2 seuil. . puis d'estimer les . lue dans une table χ . le groupe sanguin MN est déterminé par un gène à deux allèles codominants M et N.comparaison des effectifs observés et des effectifs attendus (comparaison des deux distributions) par un test statistique du Chi Deux (ou d'autres tests). et un nombre de degrés de liberté (ddl) égal à la différence entre le nombre de génotypes et le nombre d'allèles du système génétique étudié. Le test du Chi Deux nécessite le calcul de la distance X2 permettant de tester l'hypothèse d'égalité entre la distribution observée et la distribution théorique (hypothèse H0). Fleury Univ.calcul des effectifs génotypiques attendus dans une population théorique idéale qui aurait le même effectif et les mêmes fréquences alléliques que la population étudiée soit AA = p2x N Aa = 2 pq xN aa = q2xN 3.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. H0 est rejetée et on conclue que la population ne suit pas la loi de Hardy-Weinberg avec un risque α = 5% de se tromper. CB Lyon 1 Par exemple. Exemple Chez l'homme. une population à l'équilibre peut comporter de plus de 90% d'hétérozygotes à un locus donné lorsqu'il existe plus de 10 allèles ayant les mêmes fréquences. ce qui permet d'attribuer un génotype à chaque individu échantillonné.

178 pour l'allèle M q = 492 + 1/2 x 216) / 730 = 0.). On en conclut que le fonctionnement génétique global est "proche" du fonctionnement théorique et ce n'est qu'en prenant en compte la dimension temporelle que l'on peut apprécier l'état génétique d'une population et prévoir son évolution. En revanche. Cette loi peut alors être utilisée pour faire des prévisions notamment dans le domaine médical..083 La valeur seuil pour 3-2=1 degré de liberté et un risque de 5% est 3.6)2/213.6 + (492-493. génétiques ou structurelles de cette population.822 pour l'allèle N.2)2/493 = 0. sélection ne sont pas assez forts pour faire diverger les fréquences génotypiques des proportions du modèle de Hardy-Weinberg. le fait qu'un échantillon soit trouvé non conforme à la loi implique que le fonctionnement génétique réel de la population est très éloigné du fonctionnement théorique.84. En conclusion. On admet donc que la population d'aborigènes australiens est à l'équilibre de Hardy-Weinberg. L'hypothèse la plus importante qui doit être respectée est la panmixie. CB Lyon 1 fréquences alléliques dans la population. La valeur de la statistique X2 étant très inférieure à la valeur seuil.Test du Chi deux X2 = (22-23. absence de mutation.univ-lyon1.Calcul des effectifs théoriques attendus des différentes catégories génotypiques: MM = p2 x 730 = (0.. consanguinité) ou de la structure démographique de la population (fractionnement en sous-populations) qui modifient considérablement les fréquences relatives des homozygotes et des hétérozygotes. Le fait qu'une population soit considérée à l'équilibre de Hardy-Weinberg après un test statistique n'implique pas que toutes les conditions d'application de cette loi soient respectées (effectif infini. absence de sélection. migration. Fleury Univ. 2.1)2/23. etc. dans la plupart des cas.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.1 + (216-213. le modèle de Hardy-Weinberg constitue un bon descripteur de la structure génétique des populations naturelles car l'hypothèse de panmixie est souvent respectée alors que les effets des mutations. Une étude portant sur 730 aborigènes australiens a donné les résultats suivants : 22 MM 216 MN 492 NN 1. en particulier au niveau du système de croisement (homogamie.178 x 0.178)2 x 730 = 23. on conclut qu'il n'y a pas de différence significative entre la distribution observée et la distribution théorique.fr F. Cette situation conduit à rechercher les particularités démographiques.6 NN = q2 x 730 = (0. .822) x 730 = 213.2 3. Un équilibre génétique instantané apparent peut donc être observé même si la population est soumise à une forte sélection.Calcul des fréquences p et q des allèles M et N: p = (22 + 1/2 x 216) / 730 = 0. Cet équilibre de Hardy-Weinberg ne s'applique pas obligatoirement à tous les gènes d'une même population et peut ou non être rejeté en fonction du système génétique considéré.1 MN = 2pq x 730 = (2 x 0.822)2 x 730 = 493.

Contrairement à un système codominant. et toujours sous l'hypothèse de conformité au modèle de Hardy-Weinberg. La fréquence p de l'allèle dominant est obtenue par différence à 1. respectivement p2/(p2+2pq) = 0.14) sous l'hypothèse que la population suit la loi de HardyWeinberg. on obtient une estimation de la fréquence des homozygotes AA et des hétérozygotes Aa parmi les individus de phénotype [A] c'est-à-dire la probabilité qu'un individu de phénotype [A] soit homo. Ce calcul est utilisé en génétique humaine pour calculer la probabilité qu'un individu soit atteint d'une anomalie génétique. Le modèle de Hardy-Weinberg va permettre de donner une estimation de ces fréquences à partir de la fréquence du phénotype homozygote récessif qui est égale à q2 si la population est conforme au modèle. Sachant que l'allèle Rh+ est dominant sur l'allèle Rh-. l'estimation de la fréquence de l'allèle Rhest q = 0. seuls 2 phénotypes peuvent être distingués dans la population : .Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.de la généalogie de l'individu notamment des phénotypes des ascendants. Exemple Chez l'homme. On peut en déduire la fréquence des individus Rh+Rh+ et Rh+Rh. il n'est pas possible de calculer les fréquences alléliques dans la population car les proportions respectives des génotypes AA et Aa ne sont pas connues.le phénotype [A] correspondant à la somme des génotypes AA et Aa . descendants et collatéraux . Fleury Univ.37 (racine carrée de 0.parmi les individus Rhésus positif. A partir de cette estimation des fréquences alléliques.55. La résolution de cette équation à une inconnue permet d'estimer la fréquence q de l'allèle récessif dans la population en calculant la racine carrée de la fréquence des homozygotes récessifs. CB Lyon 1 Estimation des fréquences allèliques Lorsque la variabilité d'un caractère est due à un gène à 2 allèles avec une forme allélique totalement dominante sur l'autre (A dominant sur a).ou hétérozygote: -fréquence des homozygotes parmi les individus [A] = p2/(p2+2pq) ou p2/(1-q2) -fréquence des hétérozygotes parmi les individus [A] = 2pq/(1-q2). une étude portant sur le système Rhésus a recensé 14% d'individus rhésus négatif. Diagnostic et conseil génétique La loi de Hardy-Weinberg permet de faire des prévisions sur le génotype d'un individu lorque l'on connaît la population dont il est issu.le phénotype [a] correspondant aux génotypes aa C'est le cas par exemple de nombreuses maladies génétiques chez l'homme qui sont dues à un allèle récessif (mucoviscidose.du déterminisme du caractère et des relations de dominance entre les allèles . Le calcul du risque d'apparition d'une anomalie génétique chez un individu donné dépend de plusieurs paramètres : . C'est le conseil génétique.univ-lyon1.fr F.45 et 2pq/( p2+2pq) = 0. phénylcétonurie).de la fréquence du gène responsable de la maladie dans la population .

I 1 2 II 1 2 3 ? Pour l'individu II3. certains insectes dont la drosophile . La probabilité pour que le couple II2 x II3 donne naissance à un enfant atteint de l'anomalie est alors la suivante: 2pq/(p2 +2pq) x 2/3 x 1/4 soit proba (père Aa) x proba (mère Aa) x proba (enfant aa sachant les parents Aa) 4. (2/3 et non 1/2 car le phénotype de l'individu II2 est connu). excepté son propre phénotype. ils constituent une grande partie de l'ADN codant. Ce sexe est haploïde (hémizygoye) pour ce chromosome.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. Ce sexe est donc diploïde pour ce chromosome. les deux sexes ont des constitutions génétiques différentes et il faut distinguer : le sexe homogamétique qui porte les deux mêmes chromosomes sexuels (femme XX chez les mammifères. Fleury Univ. tous les deux sains. femelles WZ chez les crustacés et papillons). L'individu II2 ayant une soeur atteinte. Pour les caractères portés par les chromosomes sexuels. la probabilité qu'un individu dont on ne connaît ni la généalogie ni le phénotype soit atteint par cette maladie correspond à la fréquence de ce phénotype dans la population soit q2. - . soient hétérozygotes.Transmission des gènes liés au sexe L'étude des gènes liés au sexe n'est pas anecdotique car chez certains organismes.univ-lyon1. Le diagnostic s'affine considérablement lorsque l'on dispose de plus d'informations par exemple dans la généalogie suivante où il s'agit de calculer la probabilité que le couple formé des individus sains II2 et II3 donne naissance à un enfant atteint de l'anomalie ce qui nécessite que les deux parents. La probabilité que cet individu soit porteur de l'allèle a est 2pq/(p2 +2pq) c'est à dire la fréquence des individus hétérozygotes parmi les sains dans la population.fr F. CB Lyon 1 Pour une maladie autosomique recessive déterminée par un allèle a de fréquence q. leurs parents sont obligatoirement tous les deux hétérozygotes et la probabilité est alors de 2/3 pour que II2 soit hétérozygote sachant qu'il est lui même non atteint. le sexe hétérogamétique. qui porte deux chromosomes sexuels différents (ou un seul) donc haploïde ou hémizygote (mâles XY chez les mammifères. aucune information n'est disponible. mâle ZZ chez certains crustacés et papillons). C'est par exemple le cas chez la Drosophile dont plus d'un tiers des gènes sont porté par le chromosome X.

En Europe. la fréquence des hétérozyotes est élevée chez les femmes (de l'ordre de 8%). les fréquences génotypiques dans chacun des deux sexes pour une population à l'équilibre seront: Femme (XX) XAXA = p2 XAXa = 2pq XaXa = q2 Homme (XY) XAY = p XaY = q Cette différence de structure génétique des sous-populations mâle et femelle a un effet spectaculaire dans le cas où un allèle est récessif. la fréquence de l'allèle récessif est de l'ordre de 0. les fréquences alléliques globales des allèles A et a sont les moyennes de la fréquence de ces allèles dans les deux sexes pondérées par leurs contributions relatives soit les coefficients 1/3 et 2/3 lorsqu'il y a autant de mâles que de femelles : population : f(A): p = 2/3 pf + 1/3 pm. la contribution différentielle des deux sexes à la descendance maintient cette différence pendant plusieurs générations et l'égalité des fréquences alléliques n'est obtenue que progressivement (contrairement aux caractères autosomaux): chaque mâle XY reçoit un chromosome X de sa mère. En revanche. donc les fréquences alléliques chez les mâles à la génération t correspondent aux fréquences alléliques chez les femelles de la génération précédente t-1: f(A) : pmt = pft-1 f(a) : qmt = qft-1 . . CB Lyon 1 Les deux sexes ont donc des contributions génétiques différentes et s'ils sont en fréquence égale (sex-ratio équilibrée). Lorsque les fréquences alléliques sont les mêmes chez les mâles et les femelles. et le sexe hétérogamétique 1/3 seulement. pm ≠ pf et qm≠ qf . la loi de Hardy-Weinberg s'applique au sexe homogamétique et les fréquences génotypiques dans le sexe hétérogamétique sont directement déduites des fréquences alléliques.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. f(a): q = 2/3 qf + 1/3 qm. pm = pf = p et qm= qf = q.16%). Par conséquent l'anomalie est fréquente chez les hommes (4%) mais très rare chez les femmes (0.univ-lyon1. Rappelons que ces femmes ont une chance sur deux de transmettre l'anomalie à chacun de leurs descendants mâles ! Lorsque les fréquences alléliques sont différentes chez les mâles et les femelles.fr F. Le phénotype récessif est beaucoup plus fréquent dans le sexe hétérogamétique que dans le sexe homogamétique.04.chaque femelle XX reçoit un chromosome X de sa mère et un chromosome X de son père donc les fréquences allèliques chez les femelles à la génération t correspondent à la moyenne des fréquences alléliques des deux sexes de la génération précédente t-1 : f(A): pft = (pmt-1+pft-1)/2 f(a): qft = (qmt-1+qft-1)/2 Dans l'ensemble de la population. C'est l'exemple classique du daltonisme chez l'homme qui est dû à une mutation récessive sur un gène porté par X. Chez l'homme. pour un gène porté par X et présentant 2 allèles A et a de fréquences p et q. le sexe homogamétique détient pour les gènes concernés les 2/3 du pool génétique de la population. où il peut être exceptionnel si la fréquence de l'allèle est faible. Fleury Univ.

l'évolution des fréquences alléliques dans chacun des deux sexes fluctue autour de cette valeur d'équilibre avec une différence qui s'inverse et diminue de moitié à chaque génération. La structure génétique est alors la suivante : chez les mâles : p individus XAY (2/3) et q individus XaY (ici 1/3). Cette fluctuation conduit à l'égalité des fréquences alléliques dans les deux sexes après plusieurs générations de croisements panmictiques.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.5. q2 individus XaXa (1/9).pf. etc. CB Lyon 1 Si la proportion des sexes est inégale.fr F. qm = qf = 2/3.0 0 2 4 Générations 6 8 . on a pm2 = 0. 2pq individus XAXa (4/9). 1.5 Femelles Mâles 0.univ-lyon1. la fréquence de l'allèle A dans la population est po = 2/3.75. p2 individus XAXA (4/9).5 et pf2 = 0. la pondération tient compte des effectifs Nm des mâles et Nf des femelles : population : f(A): p = (pm. Les fréquences alléliques dans l'ensemble de la population restent invariables (ici 2/3 pour A) et c'est vers cette valeur d'équilibre que convergent les fréquences alléliques des deux sexes. A l'équilibre. Fleury Univ. la fréquence allélique chez les mâles est pm1 = pfo = 1 et chez les femelles : pf1 = (pmo+pfo)/2 = 0.Nf)/ (Nm + 2Nf) Au cours des générations.Nm + 2. Il se produit donc des oscillations des fréquences alléliques dans les deux sexes. A la génération suivante. qui s'amortissent progressivement comme le montre la figure ci-dessous. chez les femelles. Si à la génération Go tous les mâles sont XaY (pm0 = 0) et toutes les femelles sont homozygotes XAXA (pfo = 1). en opposition de phase.0 Fréquence de l'allèle A (p) 2/3 0. A la première génération.

fr F. Les fréquences des 4 catégories de gamètes correspondent alors au produit des fréquences des allèles qui forment ces gamètes soit : fréquence des gamètes AB = pr fréquence des gamètes Ab = ps fréquence des gamètes aB = qr fréquence des gamètes ab = qs On distingue souvent les associations de type couplage (ou cis). La notion d'équilibre intègre donc non seulement l'association au hasard des allèles d'un même gène pour former les génotypes (loi de Hardy-Weinberg) mais également l'association au hasard des allèles de différents gènes. des flux migratoires et des pressions de sélections qui s'exercent sur les caractères concernés. correspondant aux associations AB et ab. Cette distinction n'est cependant possible que lorsque des relations de dominance existent entre les allèles d'un même locus. Cette indépendance statistique résulte du processus de recombinaison qui est maximum pour des gènes indépendants et d'autant plus faible que les gènes sont proches les uns des autres sur le même chromosome. Equilibre gamétique à 2 loci Dans une population théorique idéale.au locus A les allèles A et a de fréquences p et q . Cet équilibre à plusieurs loci peut être facilement formalisé dans le cas de 2 gènes à 2 allèles avec: . L'analyse de la composition génétique d'une population à plusieurs loci permet de mieux comprendre son fonctionnement à la fois au niveau des effectifs. A l'équilibre.au locus B les allèles B et b de fréquences r et s L'équilibre gamétique correspond à l'association au hasard de tous les allèles au niveau des gamètes. un très grand nombre de caractères sont génétiquement variables.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. Seule l'étude du cas de deux loci dialléliques peut être abordé de façon simple. D'un point de vu appliqué. Il est donc nécessaire d'étudier la transmission simultanée de plusieurs gènes polymorphes. des associations de type répulsion (ou trans) Ab et aB. c'est à dire pour une population de N individus diploïdes l'ensemble des 2N exemplaires de chacun des gènes dont certains sont présents sous plusieurs formes alléliques. le produit des associations de type couplage est égal au produit des associations de type répulsion : f(AB) x f(ab) = f(Ab) x f(aB) .univ-lyon1. C'est en effet l'ensemble du pool génétique qui se transmet d'une génération à l'autre. CB Lyon 1 5. Fleury Univ.Transmission de plusieurs gènes et déséquilibre gamétique Dans les populations naturelles. l'étude des l'associations alléliques à des loci étroitement liés permet de cartographier les gènes et de diagnostiquer des maladies génétiques à partir de marqueurs moléculaires non impliqués dans la maladie. les allèles des différents loci sont associés au hasard donc sont statistiquement indépendants. L'étude de la transmission simultanée des caractères polymorphes se complique rapidement car elle concerne un grand nombre de gènes pouvant ou non être portés par les mêmes chromosomes (gènes physiquement liés) ou interagissant entre eux par des relations d'épistasie. c'est-à-dire des haplotypes.

Par exemple.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.f(A) x f(B) = f(AB) . si il y a un excès de gamètes AB.f(A) x f(b) = f(Ab) . Déséquilibre gamétique Dans les populations naturelles. cette association au hasard entre allèles de différents gènes n'est pas toujours réalisée. Cet écart peut être calculé pour chacune des catégories de gamètes : D = fréquence gamétique observée . D est soit négatif soit positif mais sera dans tous les cas le même en valeur absolue car les fréquences des 4 catégories de gamètes sont interdépendantes.ps soit pour les gamètes aB : D = f(aB). CB Lyon 1 pr x qs = ps x qr pqrs = pqrs Au niveau des génotypes. il y aura forcément excédent de gamètes ab et déficit de gamètes Ab et aB.pr soit pour les gamètes Ab : D = f(Ab).fr F. Les fréquences gamétiques seront alors les suivantes : .qr soit pour les gamètes ab : D = f(ab). Fleury Univ. Les fréquences gamétiques sont alors différentes du produit des fréquences alléliques. Le terme déséquilibre gamétique est à préférer car les gènes indépendants tout comme les gènes physiquement liés peuvent êtres concernés par ce phénomène.f(a) x f(B) = f(aB) .f(a) x f(b) = f(ab) . cet équilibre se traduit à la fois par une association au hasard des allèles à un même locus et une association au hasard des génotypes des différents loci. Les fréquences génotypiques sont alors : au locus A au locus B p2 AA r2 BB 2pq Aa q2 aa 2rs Bb s2 bb Les fréquences des 9 génotypes possibles correspondent alors aux produits des fréquences génotypiques à chaque locus (indépendance statistique entre génotypes des deux loci): AABB = p2 r2 AABb = 2p2 rs AAbb = p2 s2 AaBB = 2pq r2 AaBb = 4pqrs Aabb = 2pq s2 aaBB = q2 r2 aaBb = 2q2 rs aabb = q2 s2 Ces fréquences correspondent également à la fusion au hasard des gamètes qui forment ces génotypes soit par exemple la fusion au hasard de 2 gamètes AB chacun de fréquence pr pour le génotype donc (pr)2 = p2 r2. La valeur du déséquilibre gamétique D se déduit directement de l'écart entre les fréquences gamétiques observées dans la population et les fréquences gamétiques à l'équilibre correspondant au produit des fréquences allèliques.univ-lyon1. On dit qu'il y a déséquilibre gamétique ou déséquilibre de liaison (en anglais linkage disequilibrium) noté D.fréquence gamétique théorique soit pour les gamètes AB : D = f(AB).qs En fonction des catégories de gamètes en excès ou en déficit.

D f(ab) = qs + D Les fréquences alléliques restent bien évidemment les mêmes dans la population car seule l'association des allèles est modifiée. Fleury Univ.0. Ai au locus A et les allèles B1. Deuxième méthode : D = f(AB) x f(ab) .f(Ab) x f(aB) Pour 2 gènes à plus de 2 allèles.univ-lyon1.f(Ai) x f(Bj) Applications : Calculer le déséquilibre gamétique dans une population ayant les fréquences gamétiques suivantes : AB = 0.8 D = f(AB).26 = 0. les allèles A1. Bj au locus B.D = p (r + s) = p.0. Le déséquilibre gamétique D correspond également à l'écart entre le produit des associations de type couplage et le produit des associations de type répulsion observés dans la population: D = f(AB) x f(ab) . CB Lyon 1 f(AB) = pr + D f(Ab) = ps .54 + 0.26 D = 0. ce qui peut être vérifié pour l'allèle A par exemple : fréquence A = pr + D + ps .54.06 x 0.fr F.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.26 ab=0.06 pour les gamètes Ab et aB.06 Déséquilibre gamétique et fréquences génotypiques Si on considère simultanément les 2 loci.06 pour les gamètes ab et D=-0. si le déséquilibre gamétique D correspond à un excédent de gamètes AB et ab. la présence d'un déséquilibre gamétique va modifier la fréquence des génotypes.06 = 0.D2 donc l'équilibre avec un déficit (le facteur 2 traduit le fait que les gamètes AB et Ab peuvent être soit mâles soit femelles) aabb = (qs+D)2 = q2 s2 + 2qsD + D2 donc l'équilibre plus un excédent . B2.8 = 0.f(A) x f(B) = f(AB) .14 Résultats : première méthode : fréquence allèle A = p = 0.f(Ab) x f(aB) D = 0.pr D = 0. les fréquences génotypiques seront les suivantes sous un régime de reproduction panmictique : AABB = (pr+D)2 = p2 r2 + 2prD + D2 donc l'équilibre plus un excédent AABb = 2 (pr+D) (ps-D) = p22rs +psD .6 x 0.06 aB=0.D f(aB) = qr .14 .54 Ab=0.prD . Par exemple.06 on vérifie que D=0. A2.54 + 0. Le déséquilibre gamétique D sera estimé par : D = f(AiBj) .6 fréquence allèle B = r = 0.54 x 0.

. CB Lyon 1 Si l'on considère les loci A et B séparément. B et b de fréquence r et s avec un déséquilibre gamétique D correspondant à un excédent de gamètes de type couplage. les fréquences gamétiques sont les suivantes : f(AB) = pr + D f(Ab) = ps .2psD + D2 soit après simplification : ` AA = p2 (r2 + 2rs + s2) = p2 donc l'équilibre de Hardy-Weinberg pour le génotype BB.D f(ab) = qs + D Si les individus de la population se reproduisent au hasard (régime de reproduction panmictique). Par exemple en faisant la somme de la première colonne pour le génotype AA soit : AA = (pr+D)2 + 2x(pr+D) x (ps-D) + (ps-D)2 = p2 r2 + 2prD + D2 + 2p2rs .Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. Le produit de la somme d'une colonne et de la somme d'une ligne soit p2 pour la colonne 1 et r2 pour la ligne 1 correspond à ce qui est attendu à l'équilibre en absence de déséquilibre gamétique soit p2 r2 ce qui est différent de ce qui est observé.2prD + 2psD . La comparaison de ces effectifs attendus et observés permet donc de tester statistiquement l'existence d'un déséquilibre gamétique dans la population ce qui correspond à réaliser une table de contingence. le génotype AABB résulte de la fusion au hasard de 2 gamètes AB chacun de fréquence pr+D soit (pr+D)2 Le même raisonnement s'applique à chaque génotype ce qui peut être représenté par le tableau suivant où le facteur 2 traduit le fait qu'un génotype issu de la fusion de gamètes différents peut être réalisé de 2 façons en fonction de la nature des gamètes mâle et femelle: AA BB Bb bb (pr+D)2 2x(pr+D) x (ps-D) (ps-D)2 Aa 2x(pr+D) x (qr-D) aa (qr-D)2 2 x (pr+D)(qs+D) 2x(qr-D) x (qs+D) +2 x (ps-D)(qr-D) 2x(ps-D) x (qs+D) (qs+D)2 Si on considère chaque locus pris isolément. Par exemple. le régime de reproduction panmictique fait que les 2 loci sont à l'équilibre de Hardy-Weinberg malgré la présence d'un déséquilibre gamétique dans la population soit: au locus A au locus B p2 AA r2 BB 2pq Aa 2rs Bb q2 aa s2 bb Explication Pour 2 loci A et B à 2 allèles A et a de fréquence p et q.D f(aB) = qr . la fréquence des différents génotypes se calcule par la somme des lignes ou des colonnes.univ-lyon1. la somme de la première ligne sera égale à r2 soit l'équilibre.fr F. Fleury Univ.2D2 + p2 s2 . les fréquences des différents génotypes résultent de la fusion au hasard des différents gamètes.

Par contre.5. Ainsi. Pour 2 loci A et B à 2 allèles A et a de fréquence p et q. CB Lyon 1 Evolution du déséquilibre gamétique Lorsqu'il existe un déséquilibre gamétique dans une population.univ-lyon1. des gènes portés par le même chromosome mais assez éloignés auront un taux de recombinaison c de 0. la fréquence des gamètes AB sera : f1 (AB) = pr + D1 Ces gamètes AB de la génération G1 auront deux origines différentes : . La vitesse à laquelle le déséquilibre gamétique diminue au cours de génération sera donc fonction du taux de recombinaison c entre les gènes impliqués ce qui est donné par la formule de récurrence suivante : Dt = D0 (1-c)t où c est le taux de recombinaison entre les deux loci.D0 f0 (ab) = qs + D0 f0 (AB) = pr + D0 A la génération suivante G1. t le nombre de génération et D0 le déséquilibre gamétique initial. Ce brassage des gènes est quantifié par le taux de recombinaison c qui prend la valeur maximale de 0.D0 f0 (aB) = qr .5 pour des gènes indépendants et dépend de la position des gènes sur le chromosome pour des gènes liés. .Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.des haplotypes AB produit par recombinaison (probabilité c) après fusion entre des gamètes porteurs d'un allèles A (fréquence p) et des gamètes porteurs d'un allèle B (fréquence r) La fréquence des gamètes AB à la génération G1 sera donc : f1 (AB) = pr + D1 = (pr + D0) (1-c) + pr c D1 = pr + D0 . le mode de reproduction panmictique associé aux recombinaisons intergéniques qui se produisent au moment de la méiose vont tendre à le faire diminuer. pour des gènes liés et très proches.des haplotypes AB de la génération G0 (fréquence pr + D0) qui n'ont pas subit de recombinaison (probabilité 1-c) . Ce phénomène de recombinaison résulte de la segrégation indépendante des loci portés par des chromosomes différents ou des crossing over qui se produisent entre loci d'un même chromosome. c s'exprime en centimorgan (cm) et on considère qu'en moyenne 1% de recombinaison soit c=0. les fréquences gamétiques à la génération G0 sont les suivantes : f0 (Ab) = ps . B et b de fréquence r et s avec un déséquilibre gamétique initial D0 correspondant à un excédent de gamètes de type couplage.01 (1cm) correspond à une distance de l'ordre de 1000 kb.cpr . Fleury Univ.fr F. la recombinaison est maximale et le déséquilibre gamétique disparaît très rapidement de la population sauf si d'autres phénomènes s'opposent à cette diminution (sélection par exemple) . ce déséquilibre peut se maintenir pendant de très nombreuses générations comme le montre la figure ci-dessous.cD0 + cpr -pr = D0 (1-c) A la génération t : Dt = D0 (1-c)t Pour des gènes indépendants ou très éloignés.

05 r = 0.5 f(B) = r = 0. Fleury Univ.5 2rs Bb = 0.0625 Aabb = 0. la structure génétique de la population est très différente de celle de l'équilibre puisqu'il n'y a que 2 catégories génotypiques de même fréquence : 50% de AABB qui produisent que des gamètes AB 50% de aabb qui produisent que des gamètes ab Si la population est idéale. la nouvelle population sera polymorphe et aura la composition génotypique suivante : 50% AABB 50% aabb les fréquences alléliques seront alors : f(A) = p = 0. une telle population aura la structure génétique suivante : fréquences gamétiques: f(AB) = pr = 0.25 s2 bb = 0.05 0.25 A la génération G0.25 et r2 BB = 0.25 Déséquilibre gamétique (D) 0.01 r = 0.25 aaBb = 0.1 r = 0.0625 soit p2 AA = 0.5 f(a) = q = 0.25 f(Ab) = ps = 0. Considérons.univ-lyon1.25 f(aB) = qr = 0. l'une pour les allèles A et B (100% d'homozygotes AABB).5 A l'équilibre.5 8 10 Evolution du déséquilibre gamétique pour différents taux de recombinaison après mélange de deux populations de même effectif.00 0 2 4 6 Générations r = 0. CB Lyon 1 0.5 f(b) = s = 0. l'autre pour les allèles a et b (100% d'homozygotes aabb). et deux populations monomorphes.0625 AaBB = 0.125 aabb = 0. l'une AAbb l'autre aaBB (D0 = 0.25 fréquences génotypiques: AABB = 0.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.25 2pq Aa = 0. les fréquences des gamètes seront : . deux loci dialléliques A et B.15 0.125 aaBB = 0.10 0. Si une nouvelle population est fondée avec un nombre égal de mâles et de femelles de chacune des deux populations d'origine.5 q2 aa = 0.2 r = 0.25) Exemple d'un mélange de 2 populations monomorphes L'un des principaux facteurs responsables de l'apparition d'un déséquilibre gamétique est le mélange de deux populations génétiquement distinctes.25 f(ab) = qs = 0. par exemple.fr F.125 AAbb = 0.20 0.125 AaBb = 0.0625 AABb = 0.

5 X0.25 0. CB Lyon 1 f0 (AB) = 0.5 Gamètes c= 0.25 Aa = 0.2).25 On peut noter que cette valeur est la valeur maximum du déséquilibre lorsque les fréquences alléliques sont toutes égales à 0. l'équilibre est atteint dès la première génération à chaque locus (équilibre de Hardy-Weinberg).5 = 0.5 AB AB ab Ab aB ab 1 0. Ce déséquilibre D1 se calcule à partir de la fréquence des gamètes produits par l'ensemble de la population à la génération G1.les individus aabb produisent 100% de gamètes ab . Fleury Univ.5) et dans le cas de deux gènes liés distants de 20 centimorgans (c = 0.25 0. Le tableau ci-dessous donne les fréquences des différents types de gamètes produits par chaque catégorie d'individus dans le cas de deux gènes indépendants (c = 0. On a en effet: au locus A AA = 0. Parents AABB AB/ab Fréquences 0.les individus AaBb (issus de la fusion des gamètes AB et ab) produisent 4 types de gamètes. des gamètes parentaux à une fréquence 1-c (AB et ab en proportion égale) et des gamètes de type non parentaux ou recombinés à une fréquence c (Ab et aB en proportion égale).5= 0.5).25 .25 0.40 0.5 f0 (Ab) = 0 f0 (aB) = 0 f0 (ab) = 0.25 0.25 Si l'on considère les deux loci simultanément.5 = 0.1 0. La génération G1 sera donc composée de 3 catégories génotypiques ayant les fréquences suivantes: AABB= 0.40 0. Cet écart est la conséquence du déséquilibre gamétique qui subsiste après une génération de croisements panmictiques.univ-lyon1.5 .1 1 ab/ab 0.25 1 fréquences c = 0.25 AaBb = 2 x 0.5 x 0.pr = 0. les fréquences des gamètes seront: .Pour le cas de 2 gènes indépendants (c=0.5 x0.fr F.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop.25 au locus B BB = 0.5 Le déséquilibre gamétique Do à la génération Go est donc égal à D0= f0 (AB) .0. la population n'est pas à l'équilibre puisque seuls 3 des 9 génotypes possibles sont présents.5 La génération suivante G1 sera issue de l'union au hasard des gamètes mâles et femelles produits par la génération G0.25 Si l'on considère les loci séparément.5=0.25 Bb = 0.50 aa = 0.2 1 0.5 x0.50 bb = 0. Ces fréquences gamétiques dépendent de la fréquence des différents génotypes dans la population et de la proportion des différents types de gamètes produits par chaque individu qui est simplement la conséquence de la ségrégation mendélienne des caractères : -les individus AABB produisent 100% de gamètes AB .5 aabb= 0.

mais leurs fréquences ne sont pas à l'équilibre.2). ab = 0.5 x 0.5 x 0.375 Ab = 0.125 Les quatre catégories de gamètes sont donc produites. Cette diminution sera rapide pour des gènes indépendants et directement fonction du taux de recombinaison pour des gènes liés.5 x 0. CB Lyon 1 AB = 0.45 . la recombinaison produira les mêmes effets ce qui va encore faire diminuer le déséquilibre gamétique.5 = 0.5 x 0.25 = 0. Ab = 0.05 . .0.univ-lyon1. Le déséquilibre qui reste à la G1 est : D1 = 0.375 .25 = 0.25+ 0.2 La proportion de gamètes recombinés est plus faible donc le déséquilibre diminue moins rapidement.125 Il a donc diminué de moitié.25 = 0.fr F. aB = 0.5 x 0. les fréquences des gamètes seront : AB = 0.25 = 0.Cours de Génétique des Populations http://gen-net-pop. .5 = 0. A la génération suivante G2.5 x 0.375 ab = 0.25+ 0.Pour le cas de 2 gènes liés (c=0.45 . L'équilibre sera atteint après plusieurs générations de croisements panmictiques si d'autres mécanismes n'agissent pas pour maintenir ce déséquilibre gamétique dans la population.0. Fleury Univ.45 .125 aB = 0.05 Le déséquilibre à la G1 est alors: D1 = 0.