FC3 : variabilité du génome : polymorphisme et mutation

Variabilité génétique -moins de1% du génome est variable chez l’homme donc 99% du génome est
identique entre les etre humain
-ce qui explique pourquoi on ne développe pas tous les même pathologies
-polymorphisme : diversité des phénotypes et de leur réponse à
l’environnement

Phénotypique par -phénotypage a partir Détermination de caractéristique : couleur de peau,

l’ADN de l’ADN : Police couleur des yeux, calvitie ou non, la taille
scienti que capable de
refaire le phénotype de
l’individu

Caractère complexe - Plusieurs gène impliqué dans leur expression

- la couleur des yeux est un caractère complexe car elle implique 6 gènes

Comprendre l’ensemble des mécanismes moléculaire de l’expression

généique : réplication de l’ADN, transcription des ARN, code génétique
Existence de deux chaînes et association en une forme d’hélice, association
anti-parallèle de ces deux chaînes.

La découverte de
l’ADN

Les bases sont situé a l’intérieur de la double hélice pour leur protection.
fi
1) ADN, support de l’information génétique : acide désoxyribonucléique
Février 2001
Séquence du génome
humain de référence
Nouvelle version encore
plus complete du génome
(dernière version)
-T2T-CHM13 en avril 2022
GRCh38 vs T2T-CHM13
2) de l’information génétique (gène) a la fonction biologique (protéine)
Expression de
l’information génétique de leur vie.
Le code génétique
ff
Le génome est complètement séquencer
- jusqu’aux télomères des chromosomes
- Il peut y avoir des erreur de séquence page due au fait que ce sont des région très répété
- 3 milliard de pb dans le génome humain
- 60 000 gènes dans la version de référence et 63 000 dans la dernière version
- Exo me = partie minoritaire de l’ADN
- Telomere-to-Telomere (T2T) Consortium
- Séquence complète “du télomère au télomère” des 22 autosomes et du chromosome X
(3 054 815 472 pb d’ADN nucléaire) + 16 569 pb d’ADN mitochondrial
- ADN = môle hyaditiforme (chromosomes paternels dupliqués -> homozygotes)
- Avancées technologiques : séquencer en temps réel une molécule unique d’ADN
Génome : 3 milliard de paire de base majoritairement non codant : 20 000 gènes codants
3Mb = 1% du génome = non codant
• Les cellules doivent maintenir leurs structures et fonctions tout au long
• Les informations nécessaires à la synthèse des éléments structurels et
fonctionnels sont contenus dans les gènes qui doivent donc être exprimés
de façon continue et reproductible.
• Les protéines assurent les structures et les fonctions biologiques dans la
cellule.
- le code génétique est universel : ne varie pas entre les espèces
- La succession des acides aminés dépend de l’information codée par le
gène correspondant
Propriétés du code génétique :
• universel : tous les êtres vivants (sauf quelques exceptions) possèdent le
même ;
• non ambiguë : à un codon correspond un seul et unique acide aminé ;
• dégénéré : à un acide aminé peuvent correspondre plusieurs codons (il
existe en e et 64 possibilités de codons et seulement 20 acides aminés).
2) l’information génétique (gène) a la fonction biologique
Les protéines

Acide aminé N’interagissent pas avec l’eau

hydrophobe
Acide aminé Interagissent avec l’eau
hydrophile
Structures primaire

Structure secondaire
 De l’information génétique a la protéine

Structure
tertiaire

les protéines - Eléments essentiels de la cellule car elles ont des

rôles très variés
• Structure déterminée génétiquement (Relation
Structure-Fonction)
• Synthétisées et dégradées en permanence dans
les cellules

Rôles des • Structure : les bres protéiques

protéines • Mouvement
• Transport de substances dans le sang
• Transport de substances à travers la membrane des
cellules • Hormones
• Identi cation des cellules
• Défense : les anticorps
• Enzymes

Conéquence
d’une mutation
au niveau de
l’ADN

Exemple
d’anomalie des
fonctions
biologiques
fi
fi
 3) variabilité du génome

Dé nition de variant Changement intervenu dans la séquence de l’ADN, a l’échelle d’un

chromosome a un nucléotide
• À l’origine de la diversité des individus
• Situés dans une région codante ou non
• Pathogènes ou non
• Fréquence allélique déterminée dans une population de référence
• Fréquence allélique (Minor Allele Frequency) :
• Variants communs / polymorphismes : MAF > 1%
• Variants rares : 0,1% < MAF < 1%
• Variants très rares : MAF < 0,1%
• variant privé : présent chez un seul individu de la famille

Human pangenome La majorité des Sous représentation de Il faut avoir une diversité
project séquencage des la diversité génétique des sequencage des
génomes ont été faite de la population gnome pour avoir des
sur la population humaine dans les référence plus adpaté et
européenne bases de données plus juste pour
actuelles appaorter des solutions

Variant SNV -Quand le variant touche qu’une seule base = substitution au niveau d’un
seul nucleotide = variation ponctuelle de la séquence
-très nombreux (10x10e6 snv / génome humain)
- repartis dans tout le génome (1 snv / 300 pb)

Variant CNVs (copa -variation du nombre de copies d’un fragment du génome (altération
number variation) structurale chromosomique)
• perte ou gain de fragments de quelques 50 pb à 5 Mb
• 10 % du génome humain

Polymorphisme de séquences répétées en tandem de nombreuses fois, à partir de motifs de

répétition longueur variable :
• Microsatellites = SSR (Séquences Simples Répétées) répétitions d’une
séquence de 2 à 12 pb (ex : TGTGTGTGTG) < 100aines de pb

• Minisatellites = VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) répétitions

d’une séquence de 9 à 64 pb
100pb à 20 kb
Polymorphisme important utilisé en médecine légale (criminologie, test de
paternité)

• Satellites
répétitions d’une séquence de 5 à 171 pb 100kb à pls Mb

Utilisation des ces En France : étude de 13 loci (régions répétées) très polymorphiques –
variant par la police variations présentes chez 5 à 20% des individus
scienti que • Pro l génétique spéci que d’un individu
• Probabilité que l’ADN ne soit pas celui de l’individu suspect ? Si on retrouve
2 fois deux ADN et que ce soit deux fois la meme sans que ce soit les meme
individu : probabilité que deux personnes est exactement les meme séquence
1 chance sur plus de 1 milliard (entre 1/2013 et 1/513)
1/1000 = 1/500 qu’il ait un jumeau x 1⁄2 que ce soit l’ADN du jumeau
fi
fi
fi
fi
 Les di érents types de variants

Tableau résumé

Variant d’un seul SNVs : Variabilité d’une seule base entre les allèles.
nucleotide

Insertions délétions Avec ou sans décalage du cadre de lecture

Variant structuraux Lésions sur le gène ou sur le chromosome

Inversions

Variant en multiple copie CNVs (copy number variations) : variation du nombre de copies d’un fragment du
génome : altération structurale chromosomique

3) variabilité du génome

Les variant du Modi cations du génome (séquence d’ADN)

génome : les causes • Induites
• agressions exogènes (radiations et agents génotoxiques de
l’environnement)
• agressions endogènes (radicaux libres, ...)
• Spontanées
• erreurs de réplication
• accidents de recombinaison
• Généralement, ces modi cations sont corrigées ou éliminées (machinerie de
réparation cellulaire). Un échappement au système de réparation est à
l’origine des mutations.
• Si le variant touche l’ADN contenu dans une cellule reproductrice (ne
concerne pas les cellule somatique), il peut être transmis à la descendance.

Mutation acquise = mutation somatique

• Mutation apparue dans une cellule somatique d’un tissu
• Non présente initialement dans le génome de la cellule
• Peut être à l’origine d’un clone cellulaire porteur de cette mutation, ne
touchant qu’un seul ou quelques tissus
• Non transmissibles à la descendance
• Mutations somatiques pathogènes impliquées dans la formation de cellules
tumorales
Mutations acquise vs Mutation constitutionnelle
constitutionnelle vs • Mutation présente ou survenue avant la fécondation, ou lors des premières
germinale divisions du zygote
• Présente dans toutes les cellules somatiques de l’individu, et également dans
ses cellules germinales
• Transmissible à la descendance
Mutation germinale
• Mutations survenue lors de la méiose dans une cellule germinale, au niveau
d’un gamète parental
• Présente de façon constitutionnelle chez l’individu issu de ce gamète (porteur
d’une mutation de novo ou néo-mutation)
• Non présente dans les cellules somatiques du parent transmetteur de la
mutation
fi
ff
fi
 3) variabilité du génome

Selon la variation et son contexte génétique (localisation dans un gène ou

non...)
• Béné que pour l’individu / amélioration d’une fonction (diversité, évolution) •
A l’origine de certaines maladies génétiques
• Sans conséquence pour l’individu (neutre)
Les conséquences de
la variabilité du La majorité des variants sont « neutres » : pas d’e et notable sur la survie
génome de l’espèce, conservés, renforcent la diversité entre les individus (couleurs
des yeux, des cheveux)
• Certains variants ont pu être favorables à la survie de l’espèce et ont été
conservés au cours de l’évolution
• Peau claire : avantage pour les populations vivant dans des zones où les
UV sont moins intenses qu’à l’équateur => pénétration des UV nécessaires à
la production de vitamine D => protection contre le rachitisme (maladie des
os due à une carence en vitamine D)
• Rarement, à l’origine de maladies génétiques

4) description des di érents types de variants

Les types de variants

fi
ff
ff
ff
 4) description des di érents types de variants

Les di érents type de

variant : (b)
chromosomes ou
gènes (a)

Mutation non sens : fait Insertion d’un nucleotide Suppression de 4 n’y :

apparaître un codon : décalage de l’ORF décale le carde de
stop Donc les acide aminé lecture car ce n’est pas
vont être tous di érent un multiple de 3

Inversion : C et D Translocation
Une portion d’un
chromosome qu’il va
aller sur un autre
chromosome

Macrolésions À l’échelle du chromosome

• Anomalies chromosomiques de nombre
• Anomalies chromosomiques de structure
• Détectées par des approches de cytogénétique (génétique chromosomique)

Microlésions À l’échelle du gène

• Substitutions = mutations ponctuelles (remplacement d’un nucléotide par un
autre)
• Insertions ou délétions (qq nt à 10-100 nt)
• Détectées par des approches de génétique moléculaire

4.a) description des

di érents types de
variants : a l’échelle du
gène

Microlésions
ff
ff
ff
ff
ff
 Description de variants à l’échelle du gène : Les di érents type des substitution

Transversion changement d’une des pyrimidines en l’une des purines, ou le contraire,

d’une des purines en l’une des pyrimidines.

Causes - erreurs spontanées de réplication ayant échappé au système de réparation,

- erreurs du système de réparation,
- perturbations biochimiques dues à des agents physiques ou chimiques
exogènes/agents environnementaux mutagènes (substances chimiques,
rayonnements...) ou produits par le métabolisme endogène

Variation la plus Remplacement d’un nucléotide par un autre (70% des mutations)
fréquente

Carte mentale des substitutions sur un seul nucléotide

Conséquence des subsitutions

Mutation de type faux Le codon muté code un autre acide aminé

sens (missense) • Souvent sans e et pathogène (polymorphisme)
• Parfois délétère, en fonction de la localisation de l’aa touché :
• Altération du repliement protéique
• Altération de la stabilité protéique
• Altération de domaines fonctionnels ou de sites d’interaction avec d’autres
protéines
• de type perte de fonction ou gain de fonction

Mutation de type non le codon muté code un codon stop

sens (Stop) • généralement pathogène -> synthèse d’une protéine tronquée :
• instable et dégradée (e et perte de fonction)
• ou avec un e et dominant négatif (e et gain de fonction)

Mutations de type • le codon muté code le même acide aminé (code génétique dégénéré)
synonyme • Souvent sans e et pathogène (polymorphisme)
• E et délétère possible : substitution sur un motif de séquence
nucléotidique (ex : épissage, régulation du niveau d’expression, etc...)
ff
ff
ff
ff
ff
ff
ff
ff
 Conséquence des subsitutions

Les variation synonyme peuvent avoir un impact d’après une étude très
récente faite sur la levure et potentiellement délétère d’après une étude
75,9% sont signi cativement nuisible

Les variants synonyme

sont-ils vraiment
neutre ?

Les insertions et/ou délétions de 1 ou quelque nucleotide

Insertion (gain) et/ou délétion (perte) d’un ou qq nucléotides (<20nt) par
rapport à la séquence initiale

Généralité • ~25% des mutations

• au niveau de certaines séquences répétées

• Causes : accidents de « dérapage réplicatif » (glissement de l’ADN

polymérase pendant la réplication de l’ADN)

Multiples de 3 nt
• gain ou perte en acides aminés
• E et variable selon la localisation au niveau de la protéine

Sans modi cation du

cadre de lecture

« Non-frame shift »

Peut être induit par un glissement de l’ADN polymérase

ff
fi
fi
 Les insertions et/ou délétions de 1 ou quelque nucleotide
Avec décalage du - insertion de nucléotide non-multiples de 3 nt
cadre de lecture • Au niveau d’une séquence codante : survenue prématurée d’un codon stop
(ou dans de rares cas un décalage du codon stop en aval)
« Frame shift »
• E et délétère semblable à l’e et des mutations non-sens (stop)
• généralement pathogène -> synthèse d’une protéine tronquée :
• instable et dégradée (e et perte de fonction)
• ou avec un e et dominant négatif (e et gain de fonction)

Certaines régions du génome présentent des répétitions de motifs de

séquence d’ADN :
• dinucléotides (par exemple (TG)n)
• trinucléotides (par exemple(CAG)n)
• tétranucléotides, etc...

• Régions répétées potentiellement instables lors de la réplication (tendance

Mutations instable et
dynamique
(Ne fait pas partie des
insertions délétions)
importante à la modi cation du nombre de répétitions du motif de base)
•nombre de répétitions variable dans la population générale
(transmission stable de génération en génération, en dessous d’un certain
seuil)
• > seuil (>50 répétitions en général) : instabilité et possibilité
d’expansion du nb de répétitions (maladies à expansion de triplets, par ex :
maladies neurodégénératives et neuromusculaires, augmentation au cours des
générations successives du risque de développer la maladie, ou de la sévérité
ou précocité des signes = phénomène « d’anticipation »)

• Régions codantes ou non codantes

• Fréquemment : expansion du nombre de répétitions
• Rarement : contraction du nb de répétitions
• Causes : accidents de « dérapage réplicatif » (pendant la réplication de
l’ADN), impliquant les ADN polymérases

Insertion (gain) et/ou délétion (perte) d’un grand nombre de nucléotides

(qq 10aines à 100aines de nucléotides soit des fragments, voire la totalité,
Réarrangement d’un ou de plusieurs exons et/ou introns) par rapport à la séquence initiale
génomique
• Causes :
• Réparations incomplètes de lésions de l’ADN
• Anomalies de recombinaison • Anomalies de réplication

Conséquence des
mutations codantes

(Ne fait pas partie des

insertions et/ ou
délétions)

Ça va de pas de conéquence du tout a des problèmes d’assemblage, site

fonctionne le touché ou non, en fonction de la localisation les conséquence
sont étirement variable
ff
ff
fi
ff
ff
ff
Mutations ponctuelle et leur conséquence

Généralité

Mucoviscidose Un meme type de mutation en fonction de sa localisation peu entraîner des

conséquence extrêmement variable
 Conséquences des mutations codantes

E et dominant négatif Allèles antimorphes : perte de fonction

+interférence avec la fonction normale de la
protéine chez les hétérozygotes.

Gènes codant les protéines de structure, ou

capables de former des homo- ou hétéro-dimères
-> modi cations conformationnelles a ectant la
fonction de la protéine normale

Ex : ostéogenèse imparfaite

• Ex : ostéogenèse
imparfaite : mutations
des gènes codant les
chaines a1 et a2 du
collagène de type I
(COL1A1 et COL1A2) ->
modif de la structure de
la chaine de collagène

E et dominant négatif

Gain de fonction
surexpression du gène
sauvage (exceptionnel)
ou d’une forme
hyperactive de la prot
(ex : chondrodysplasies)
Allèles hypomorphes

Alllèle néomorphe codant une prot dont la

fonction est di érente
de la prot sauvage (ex :
cancers, maladie de
Huntington)

Conséquence des mutations non codantes

E ets Les mutations non codante ont des e ets délétère potentiels en altérant des
séquences régulatrice
ff
ff
ff
fi
ff
ff
ff
 Conséquence des mutations non codantes

Conséquences des • Régulation de la transcription (mutations du promoteur, d’enhancers, de

mutations sur silencers,...),
l’expression du gène
• Régulation de la maturation de l’ARN messager (et surtout l’épissage)

• Régulation de la stabilité de l’ARN messager

Conséquences des
mutations sur
l’expression du gène

Nomenclature des mutations HGVS

Nom dela séquence de

référence

Nom de la séquence g. pour une séquence d’ADN génomique

modi é • c. pour une séquence d’ADN complémentaire : numérotation à partir du
codon d’initiation de la traduction (+1)
• p. pour une séquence protéique

Type de mo cation • > pour une substitution nucléotidique

• del ou ins pour une délétion ou une insertion nucléotidique
• au niveau protéique : X pour un codon stop et fs pour un décalage du cadre
de lecture

Nature des
séquences modi és

Types de
modi cations
fi
fi
fi
fi
 Nomenclature des mutations HGVS

Types de
modi cations

Détermination du caractère causale : interprétation des mutations

• Fréquence dans la population générale (gd nb de sujets témoins)

• Conservation de la séquence nt/prot au cours de l’évolution
A prendre en compte • Localisation au niv de la prot (région fonctionnelle)
pour l’interprétation • Type de mt : aa concerné (polarité, charge, encombrement stérique...)
des mutations • Prédictions in silico de l’impact fonctionnel, Altération de la transcription, de
l’épissage
• Co-ségrégation familiale, Mutation de novo ++
• Études fonctionnelles in vitro (csq sur la fonction de la prot)
• • Études in vivo

Interprétation et 28 critères répartis en 5 classes de variants : -soit a la main et pour

priorisation des 8 types : -Pathogenic (P) chaque type de critère
variants population data - Likely pathogenic (LP) en fonction de
-computational data -Uncertain signi cance l’information qu’on aura
-functional data (VUS) eu on va savoir si c’est
-segregation data -Likely benign (LB) un variant plutôt bénin
-de novo data - Benign (B
- allelic data OMIM : base de donnée
- other database pour chaque gène avec
- -and other data une pathologie associé

HGMB : répertorie pour

chaque gène, une
mutation

ClinVar : regroupe toute

les variations déjà
décrite à l’heure actuelle

COSMIC : travail sur la

génétique du cancer
fi
fi
4) description des di érents type de variant a l’échelle du chromosome

Anomalie de nombre Polyploidie nombre anormal de chromosomes (globalement)

de chromomes
Aneuploidie nombre anormal de chromosome pour une seul
paire chromosomique. Résultent le plus
généralement d’une non-disjonction
chromosomique (lors de la méiose)
• Dysgonosomies : anomalies de nombre des
gonosomes X et Y

Anomalie de structure …
de chromosomes

La polyploidie vs l’aneuploidie
Généralité • touchent le nombre global de chromosomes
• > 2n chromosomes dans les cellules
La polyploidie • accident de fécondation le plus fréquent dans
l’espèce humaine (1 à 3% des ovules fécondés)
• responsables de la majorité des avortements
spontanés du premier trimestre de la grossesse

La triploïdie • 3n chromosomes par cellule triploïde (soit

3x23=69 chromosomes
• résulte de la fusion d’un gamète diploïde avec un
gamète normal
• Repérage des grossesses triploïdes :
• Retard de croissance intra-utérin sévère souvent
létal • Ventriculomégalie
• Malformations variables et multiples
• Rarement, naissance à terme -> survie très brève
(quelques semaines)

La tétraploidie • 4n chromosomes par cellule tétraploïde (soit

4x23=92 chromosomes)

• extrêmement rare à la naissance -> syndrome

très malformatif, non viable à long terme (retard
de croissance sévère, microcéphalie, dysmorphie
faciale, malformations congénitales)

L’aneuploidie Aneuploïdies • observables à la naissance :

impliquant les • Trisomie13(1/5000)(47,XY,+13) •
autosomes Trisomie18(1/3000)(47,XY,+18) • Trisomie21(1/650)
(47,XY,+21)
• T13, T18 : anomalies extrêmement sévères et
rapidement létales (tableau malformatif
généralement diagnostiquées in utero)
ff
ff
 La polyploidie vs l’aneuploidie
Aneuploïdies • Trisomies (1/800)
impliquant les • 47,XXX (trisomie X) : femmes de grandes tailles,
gonosomes (1/800) phénotype normal
• 47,XYY (syndrome de Jacob) : hommes de
grandes tailles, phénotype normal
• 47,XXY (syndrome de Klinefelter) : garçons avec
caractères sexuels secondaires peu développés
(pas de phénotype particulier jusqu’à
l’adolescence)
• Monosomies : non viables chez l’Homme sauf :
• 45,X (syndrome de Turner) : lles de petite taille
avec insu sance gonadique
Non disjonction des chromosomes lors de la méiose

Cause de l’aneuploidie

Variation du caryotype humain

Conditions
physiologique
« normal » chez
l’homme et chez la
femme vs trisomie 21

Syndrome de down Modi cation de certains caractères

morphologiques
(visage plat, yeux bridés, doigts courts, muscles
peu développés) et de certains caractères
physiologiques (maladies digestives, cardiaques,
retard mental)
fi
ffi
fi
 Variation du caryotype humain
Syndrome de Turner Syndrome rare : sa prévalence est estimée à 1/5000 (soit 1/2500 naissances
chez la lle).

Le gène SRY (Sex-determining Region of Y chromosome) : responsable de la

détermination sexuelle, c’est-à-dire de la di érenciation homme/femme

L’information est porté

par le gène et non pas
par le chromosome

Anomalie autosomique • une ou plusieurs cassures chromosomiques suivies d’un recollement anormal
de structure • peuvent a ecter un, deux voire plusieurs chromosomes
• peuvent être équilibrées (ni gain ni perte sur les chromosomes)
ou déséquilibrées (réarrangement avec gain ou perte de gènes)
fi
ff
ff
 Variation du caryotype humain

Anomalie autosomique
de structure

- si il y a une cassure unique = perte du fragment terminale

- Si il y a 2 cassure = perte du fragment interstitiel

Délétions
chromosomique

chromosomes en • perte des télomères -> formation en anneau par recollement mutuel des 2
anneaux, ring extrémités
• très souvent perdu (perte de la stabilité du chr. due à la perte des télomères)
-> monosomie
 Variation du caryotype humain
Duplication • augmentation du nombre de copie d’une séquence ou d’un gène (gain) suite
chromosomique à une erreur d’appariement au moment de la réalisation des crossing-over au
cours de la méiose

Inversions • changement de direction de 180° d’un segment chromosomique, due à la

chromosomique cassure, en deux points di érents, suivie du recollage du fragment en sens
inverse
• Anomalies équilibrées

Isochromosome • chromosome qui se divise de façon transversale au lieu de se diviser de

façon longitudinale (donc dans le plan vertical).
• 1 seul type de bras / isochr. : • soit les bras courts
• soit les bras longs
• chromosome X et chromosome 18 uniquement (létale pour les autres chr.)
ff
 Variation du caryotype humain
Translocation • une partie (ou la totalité) d’un chromosome se déplace d’un segment à un
chromosomique autre
• translocation simple : transfert d’un fragment d’un chromosome vers un
autre
• translocation réciproque (le plus souvent) : échange d’un segment contre
un autre (sans perte ni gain)
• généralement équilibrée -> pas de risque de maladies sauf si l’un des points
de cassures interrompt la fonction d’un gène

translocation Robertsonienne : fusion centrique de chromosome

acrocentrique
• soit une paire de chromosomes homologues soit deux chromosomes
acrocentriques non homologues
 Variation du caryotype humain
Translocation
robertsonienne

Nomenclature des anomalies chromosomiques

Résumé