LES HABITATS MICROBIENS :

DIVERSITE, ADAPTATION ET
INTERACTIONS.
 Plusieurs définitions du mot biodiversité

Biodiversité: la variété, la distribution et la structure des communautés animales et

végétales
Incluant tous les stades démographiques arrangés dans l’espace et le temps. (Gast et
al., 1991).

Une recherche Google en mai 2006 92 millions de sites où le mot est utilisé.
Définitions du mot « Biodiversité » par
rapport aux spécialités
 Les écologistes: qui désignent l’ensemble des organismes d’un biotope ou
des fonctions qu’ils exercent.
 Les évolutionnistes: qui désignent l’ensemble des membres d’un
clade1avec leurs variations.
 Les biologistes moléculaires: qui étudient les variations d’une enzyme
pour mieux comprendre les motifs pour une fonction biologique ou pour
la structure d’une protéine ou d’un métabolite.
 Les généticiens des populations: qui quantifient le taux d’échange
génétique ou de variété d’un taxon2.
1 Un clade est un groupe monophylétique d'organismes, vivants ou ayant vécu, comprenant un organisme
particulier et la totalité de ses descendants.
2 Un taxon est une entité conceptuelle qui est censée regrouper tous les organismes vivants possédant en

commun certains caractères taxinomiques ou diagnostiques bien définis.

 Problèmes rencontrés par la caractérisation de
le biodiversité microbienne
 Quel type de biodiversité cibler?
 Diversité globale de taxons (bactéries champignons etc…) ou
 Diversité à l’intérieur de groupes fonctionnels.
 Pb de la représentativité de l’échantillon à utiliser.
 Un estimation rapporte 1030 procaryotes sur terre (Whitman et al., 1998)
 Un gramme de sol contiendrait entre 104 et 105 taxons différents.
 Difficultés liée à l’approche culturale qui ne permet pas
d’appréhender la diversité microbienne.
 Démarches et outils mathématiques pour
étudier la biodiversité microbienne
 Conceptualisation et mise en place de dispositifs
expérimentaux, qui implique:

 Formulation d’hypothèses pertinentes,

 élaboration de procédures d’échantillonnage pour distinguer l’erreur
expérimentale des changements liés aux processus
environnementaux étudiés,
 démonstration de la répétabilité des résultats observés,
 Utilisation de tests non subjectifs (tests statistiques) pour affirmer ou
infirmer l’hypothèse de départ
 Un paradoxe auquel sont confrontés les
spécialistes de la diversité microbienne

 Le relativement petit nombre d’échantillons

qui peuvent effectivement être caractérisés
révèle un niveau de diversité, rendant le
pouvoir des analyses statistiques fortement
limité.
 Approche basée sur les indices de
diversité
 Tests statistiques paramétriques :
 requièrent des mesures de diversité (sur des variables à distribution
normale)

 Tests statistiques non paramétriques :

 compatibles avec un grand nombre de mesures quantitatives et
qualitatives de la diversité microbienne.
 Approche multivariée

 Analyse plusieurs données relatives à:

 la biodiversité microbienne
 Paramètres environnementaux.

mieux définir mieux comprendre les

les profils de diversité interactions avec l’environnement

Identifier les facteurs

spatio-temporels déterminants
 Variables et méthodes d’études de la
diversité microbienne

 2 niveaux de diversité utilisés en biologie (en général):

 La diversité alpha, définie comme la diversité à petite échelle spatiale
ou à l’intérieur d’une communauté.
 La diversité béta est définie comme la variation dans la composition
en espèces à grande échelle spatiale ou entre communautés.

 En écologie microbienne:
 Cette distinction n’existe pas et la diversité est appréhendée comme
un continuum entre alpha et béta
 Approche ciblant le phénotype

 Approche culturale : S/D

 Isolement
 Dénombrement (NPP)
 Profils d’utilisation de substrats type Biolog, API…

Estimation des capacités

métaboliques des microorganismes.
 Limites de l’approche culturale

 La représentativité: liée à la nature des milieux de culture

(elle représente 0,1 à 1% de la diversité bactérienne réelle).

 L’identification: il faudrait un milieu de culture spécifique

(pour chaque espèce), ce qui est inconcevable.

Cette approche culturale est cependant utile pour le

dénombrement de groupes fonctionnels ou d’espèces de
microorganismes bien caractérisés
 Approche ciblant les métabolites 1

 Les lipides: Différentes classes de lipides permettent

d’aborder la diversité microbienne.
 Les AG phospholipidiques (AGPL) sont présents uniquement dans
les cellules viables. Ils permettent d’identifier de grands groupes
taxonomiques et fonctionnels; ils sont utilisés comme
biomarqueurs.
 Les pigments:
 Chlorophylles
 Bactériochlorophylles utilisés comme
 Caroténoides marqueurs taxonomiques
 Phycobiliprotéines
 Approche ciblant les métabolites 2
 Les pigments sont présents chez les microorganismes
photosynthétiques
 Certains pigments sont caractéristiques de certaines classes ou
genres microbiens et permettent d’établir la position taxonomiques
de la communauté photosynthétique (niveau classe ou genre).
 Ils sont très colorés et pour les chlorophylles et les
phycobiliprotéines ils sont fluorescents à des longueurs d’ondes
dans le visible.
 Ils sont labiles et vite dégradés après la mort des cellules.
 Leur distribution est complexe, peu de pigments sont espèce-
spécifiques et beaucoup recouvrent plusieurs classes de
microorganismes.

 Analyse des capacités métaboliques: Cas des tests BIOLOG.

 Approche ciblant le génotype
Approche ciblant l’ADN

Principe

Extraction ADN
Dénaturation Réassociation
d’un biotope

Détermination de la taille du génome

(Fonction de la vitesse de réassociation,
à une T° et à une concentration données)
 Approche ciblant le génotype

Cela permet de
donner une idée
Biotope de la diversité
contenant un
seul taxon

Réassociation rapide

Réassociation bcp plus lente Donc très

peu utilisée
Biotope
contenant
plusieurs taxons

Technique qui donne une idée du

nombre de taxons
dans un biotope, sans donner
d’indications sur leur nature.
 Les empreintes moléculaires

Electrophorèse sur gel en gradient dénaturant (DGGE)

Polymorphisme conformationnel simple brin (SSCP)
Analyse de l’espace intergénique ribosomal (RISA)
Polymorphisme de longueur des fragments(T-RFLP)
 Approche ciblant le génotype
 Polymorphisme de longueur des fragments(T-RFLP)
Electrophorèse
capillaire dans
Gène codant Enzymes de un séquenceur
pour l’ARNr 16S restriction
Principe automatique
par exemple

Extraction Amplification d’une Purification et Séparation des

d’ADN des région cible Digestion des fragments
communautés conservée + amorce fragments obtenus par
à analyser fluorescente amplifiés électrophorèse

Chaque fragment ou T-RF correspond à une séquence

différant des autres par la taille, c.a.d. la distance entre
l’amorce fluo. et le site de restriction le plus proche. Analyse

Analyse de banques de gènes ribosomiques ou de leur ADN

complémentaire ADNc.
 Gènes de fonction
Conservation de séquences
pour que les amorces
s’hybrident

Divergence du gène de
Choix du gène fonction dans un groupe
phylogénétique
(un seul couple d’amorces ne
peut amplifier l’ensemble des
séquences de ce gène)

Il faut qu’il y ait assez de

variations pour pouvoir distinguer
entre les taxons La connaissance
des séquences des
principaux gènes
de fonction est la
plus avancée
Gènes
Exemple du impliqués dans
cycle de l’azote la dénitrification
Nitrate réductase (nar et nap)
 Niitrite réductase (nirK)
 La NO réductase (nor)
La N2O réductase (nos)
Les outils d’évaluation en écologie
microbienne
 Techniques d’analyse de la biodiversité
microbienne : approche fonctionnelle.
 Méthodes de cytométrie: outil révolutionnaire
dans le domaine de la microbiologie de
l’environnement.
 Dénombrement et caractérisation des états
physiologiques des cellules
 Techniques de microscopie:
 Microscopie en lumière directe
 Microscopie en contraste de phase
 Microscopie interférentielle
 Microscopie à fluorescence
 Microscopie confocale à balayage laser.
 Techniques d’analyse de la biodiversité
microbienne : approche moléculaire.
Il existe beaucoup de choix au niveau des techniques de biologie moléculaire pour l’étude des
populations bactériennes. La technique utilisée dépendra du but de l’étude, du budget, des
habitudes du laboratoire, de la complexité de la population étudiée et du temps disponible. Même si
les profils automatisés sont les plus faciles à comparer et reproduire, ils ne permettent pas de
séquençage ultérieur. La plupart des études actuelles utilisent et comparent plusieurs méthodes.
 1. La PCR quantitative:
Xn=Xo2n
 2. La PCR compétitive: Utilisation d’un standard interne (fragment de concentration connue)dans
chaque tube, pouvant être amplifié par les mêmes amorces. Dans chaque tube PCR, les 2
fragments vont être co-amplifiés, puis les produits PCR séparés par électrophorèse et la quantité
d’ADN mesurée après coloration. Soit So et Sn, respectivement la quantité initiale de standard
interne et après « n » cycles. Ainsi:
log (Xn/Xo) = log (Xo.R1N/So.R2N)

avec R1 et R2 les rendements respectifs des l’amplification des 2 fragments (théoriquement

identiques).
Avec:
log (Xn/Sn) = log (Xo/So) + N. log (R1/R2)
log (Xn/Sn) = log(Xo) – log(So) + N. log (R1/R2)

Il s’agit de l’équation d’une droite dont les paramètres peuvent être déterminés grâce à une droite
étalon établie à l’aide des résultats de l’amplification de fragments de concentration connue
(Figure suivante).
 Construction de la courbe d’étalonnage
par PCR compétitive.

Quantité de gène variable, quantité de standard interne fixe (So= 2,4 104).
Le nom de cette technique vient du fait qu’il y a compétition entre l’amplification des 2
fragments (X et S).
Bien que la quantité de standards internes reste constante, son amplification est d’autant
plus forte que la
quantité du fragment X est faible. Pour que les 2 fragments soient visibles en électrophorèse,
il faut que leurs quantités initiales ne diffèrent que d’un facteur 100 environ.
 PCR en temps réel
Principe:
Mesurer la quantité d’ADN dans chaque tube à chaque cycle, en utilisant un
colorant (le SYBR Green) qui résiste à la chaleur et qui fluoresce uniquement
lorsqu’il est fixé à de l’ADN double brin (en fin de phase d’élongation).
Il s’agit d’une fonction exponentielle de forme:

Xn=XoRN

R: Rendement de PCR
N: Nombre de cycles
Xo: la quantité initiale du gène cible de l’amplification.
Xn: la quantité au bout de N cycles

L’appareil peut ensuite calculer le nombre de cycles effectués pour atteindre

une fluorescence donnée (fixée par l’expérimentateur, elle correspond à la
quantité d’ADN Xn). Cette valeur de florescence doit se trouver dans la partie
exponentielle de la courbe de l’amplification de l’ADN (Figure suivante)
Fluorescence du SYBR Green
fixé sur l’ADN double brin.
Exemple de résultats permettant de construire une droite d’étalonnage
pour la quantification par PCR en temps réel.
a. Florescence dans chaque tube au cours des différents cycles de PCR.
b. Relation entre le nombre de cycles nécessaires pour atteindre une
florescence donnée et le log de la concentration initiale du gène cible de
l’amplification.
 Les empreintes moléculaires
 Utilisent différents moyens pour visualiser et analyser rapidement la
diversité de séquences de fragments de gènes amplifiés par PCR. Les plus
courantes sont:

 La RISA « Ribosomal Intergenic Sequences Amplification »:

Amplification de l’espaceur intergénique ribosomal.

 La RFLP «Restriction Fragment Length Polymorphism » :

Polymorphisme de longueur des fragments de restriction.

 La SSCP « Single Strand Conformational Polymorphism » :

Polymorphisme conformationnel simple brin.

 La DGGE « Denaturing Gradient Gel Electrophoresis »: Electrophorèse

sur gel en gradient dénaturant.
 Amplification de l’espaceur intergénique
ribosomal: Ribosomal Intergenic Sequences Amplification (RISA)
 La méthode consiste à amplifier la zone entre 2 gènes, le plus souvent ceux qui codent pour les
ARN 16S et 23S (pour les procaryotes) et 18S et 28S (pour les Eucaryotes). Les gènes
ribosomiques forment un opéron (gènes localisés à coté et transcrits en même temps). Le
début et la fin de ces gènes sont conservés, ce qui permet la fixation d’amorces de PCR. En
revanche, la zone intergénique comportant parfois des gènes codants pour des ARN de
transfert et/ou de l’ADN non codant, est de longueur variable. Après la réaction de PCR, la
taille des fragments amplifiés est analysée par électrophorèse sur gel d’agarose ou acrylamide
ou capillaire (techniques séparant les fragments d’après leur taille: du moins au plus résolutif).
 Cette méthode peut différencier des microorganismes phylogénétiquement très proches. De
plus, des microorganismes différents peuvent présenter en RISA des fragments intergéniques
de même taille. Pour pallier cette inconvénient, certains auteurs font agir des enzymes de
restriction sur les fragments de PCR pour augmenter la résolution de la méthode.

RISA
Avantages Inconvénients
Pas besoin d’équipement Une seule espèce peut avoir
spécifique plusieurs signaux
Les bandes d’intérêt peuvent être
excisées sur le gel
Polymorphisme de longueur des fragments de
restriction: Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)
Cette méthode consiste à identifier la diversité de séquences de fragments de PCR après leur hydrolyse avec des
enzymes de restriction et analyse de leur taille en électrophorèse. Les enzymes utilisées coupent à des endroits
bien précis, définis par des séquences de 4, 6 ou 8 bases, et génèrent un grand nombre de
fragments.
La multitude de bandes peut compliquer l’analyse et des variations de
cette technique ont été proposées. Pour limiter le nombre de bandes
après électrophorèse, un seul des fragments est analysé par la méthode
de T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism). Ce
dernier est détectable par fluorescence, car lors de la PCR une des 2
amorces utilisées comportait un groupement fluorochrome.

Les fragments amplifiés par PCR sont hydrolysés avec une enzyme de
Restriction 1. La taille des différents fragments générés (A, B, C, D) est
Visualisée par électrophorèse 2.

Avantages
Haute sensibilité
Rapide
Permet une comparaison
entre les différents essais
RFLP
Inconvénients
Restriction incomplète entraine une
surestimation d’une espèce
Plusieurs restrictions sont nécessaires
pour une analyse complète
Les profils complexes sont difficiles à
interpréter phylogénétiquement
 Polymorphisme conformationnel
simple brin: Single Strand Conformational
Polymorphism (SSCP)

SSCP
Avantages Inconvénients
Pas besoin d’amorce avec pince Taux élevé de ré appariement des brins d’ADN,
GC
Les bandes d’intérêts peuvent Une espèce peut présenter plusieurs bandes,
être excisées du gel
Compatible avec une analyse
automatisée (CE-SSCP)

Les brins d’ADN sont dénaturés par chauffage puis rapidement refroidis.
Par jeu de dilution, les brins se réapparient de manière intramoléculaire.
Pour une séquence donnée, un ou plusieurs réappariement(s)sont possibles. Les
brins sont ensuite séparés par électrophorèse .
 Electrophorèse sur gel en gradient
dénaturant: Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)
La dénaturation des brins est progressive au cours de la
migration:
1.Fragments non dénaturés
2.Partiellement dénaturés pour deux d’entre eux.
3.Totalement dénaturés sauf par partie ne comportant que de C
ou G (en rouge), ces fragments s’arrêtent de migrer
4.Le degré de dénaturation influe sur la vitesse de migration.
Exemples de résultats d’étude de communauté.

DGGE
Avantages Inconvénients
Les bandes d’intérêts Sensibilité limité
peuvent être excisées du gel
La pince GC diminue la rentabilité de la
PCR et favorise la formation de dimère
Peu cher
La manipulation du gel demande de
l’expérience
Ecologie microbienne 3
Les équilibres microbiens

30
 QUELQUES DÉFINITIONS
 NOTION D’ÉQUILIBRE MICROBIEN.
 Conséquences sur le fonctionnement

 LE MICROBIOTE « SOL »
 LE MICROBIOTE HUMAIN :
 Le microbiote intestinal.
 Le microbiote buccal.
 Le microbiote cutané.
 Le microbiote vaginal. 31
 INTRODUCTION
 Notre corps héberge 100 fois plus de bactéries qu’il ne
contient de cellules.
 Chaque organe possède sa propre flore bactérienne
(plusieurs genres, plusieurs espèces).
 Elle varie en fonction de la période, mais elle est
toujours en équilibre avec l’organisme dans son
ensemble.
 Au bon fonctionnement de l’organisme, la flore
microbienne de l’adulte en bonne santé se caractérise
par sa spécificité et sa stabilité dans le temps.
 Une fois l’équilibre microbien rompu, il y a apparition
de certaines pathologies.
32
 EQUILIBRE MICROBIEN

Que signifie t-il?

Quelles sont les pathologies liées à son

déséquilibre?

Comment le maintenir?

33
 Différents types de microorganismes, selon leurs propriétés
biochimiques, structurales et fonctionnelles.

Algues Protozoaires
Virus Bactérie Levure microscopiques Animaux unicellulaires
Végétaux unicellulaires (Paramécie)

(champignon 5 µm
30 nm 2 µm microscopique)
200 µm
5 µm

34
 CROISSANCE ET
PROLIFÉRATION DES
MICROORGANISMES

 Un micro-organisme survit et se développe lors qu’il se

trouve dans un état d’équilibre dynamique caractérisé
par un cycle d’échanges avec le milieu extérieur.

 Une perturbation chimique ou physique survenant dans

son environnement proche peut induire un éloignement
de cet équilibre, qui se traduit par un stress cellulaire.

35
 RÔLE DES MICRO-ORGANISMES

Dans Maintien l’équilibre écologique

(dégradation des déchets, dépollution, recyclage des
l’environnement éléments chimiques dans le sol).

Dans le corps Digestion, synthèse de vitamine

humain

Dans l’industrie Production -Transformations

agro-alimentaire Vinaigre , vin, pain , fromage, molécules d’intérêt.

36
ECOLOGIE MICROBIENNE:
LE SOL.

37
ELÉMENTS CONSTITUTIFS DU
SOL
Atmosphère PHASE
GAZEUSE

POROSITÉ
 O2
 CO2
Hydrosphère
PHASE
LE SOL LIQUIDE
 Solution de sol
Lithosphère (Eau + éléments solubles)

PHASE SOLIDE

Biosphère
 Phase minérale
 Phase organique
(le vivant et le non vivant)

38
 LES MICRO-ORGANISMES DU SOL

 Réservoir de microorganismes (diversité et densité).

 Un gramme de sol végétalisé contient environ 1 milliard de bactéries
réparties en 5 à 25 000 espèces (la plupart non connues et non cultivables en laboratoire).
 Rôle primordial dans les cycles du carbone, de l’azote et d’autres éléments.

39
 Place de la métabolomique dans le cadre de la
génomique fonctionnelle. Adaptée de Sumner et al. (2003)
Ensemble des ARN issus de la Ensemble des
Ensemble du transcription du génome protéines exprimées Ensemble des métabolites
matériel dans un échantillon biologique
génétique

40
 LES RÉSEAUX TROPHIQUES DU SOL

Chaine d’interactions Vivent dans l’eau

des espaces poraux
et des films d’eau à
la surface des
particules de sol.
Groupes fonctionnels d’organismes

Bactéries Champignons Nématodes Quelques acariens

Importance de la
Intense activité Structure des
texture et porosité
biologique. réseaux trophiques
dans la vie du sol

- Minéralisation Influence sur les flux de

- Immobilisation des nutriment carbone et de nutriments
- Interactions biologiques
INTERACTIONS BIOLOGIQUES DANS LE
SOL
Microorganismes

Interactions

Sol plantes

Interactions Interactions Interactions positives pour

négatives: positives: l’un et négatives pour l’autre:
-Commensalisme -Parasitisme
-Compétition
-Synergie -Prédation
-Amensalisme
-Mutualisme
Interactions biologiques dans le sol
Facteurs limitant la
croissance microbienne :
carbone et source
d’énergie

Interactions non- Interactions Interactions

symbiotiques associatives symbiotiques

En absence Dans la
Dans la plante
de la plante rhizosphère

Associations Associations
fixatrices d’azote mycorhiziennes
FERTILITÉ DES
SOLS
- Ectomycorhizes
- Endomycorhizes
- Ectendomycorhizes
RÔLE DES MICROORGANISMES DU SOL

44
 L'importance des microorganismes dans les cycles de la matière
varie selon l'élément considéré.

 Dans le cas du carbone, de l'azote et du soufre, elle est

capitale, puisque l'absence entraînerait un arrêt de
l'approvisionnement naturel des sols en azote et un blocage du
renouvellement de C, N, S se traduisant par l'accumulation de
ces éléments sous forme organique, inutilisable par les
végétaux.

 Les microorganismes les plus actifs dans les sols sont:

Actinomycètes, Azotobacter, Bacilles…

45
 Le cycle de l’azote
 L’azote prépondérant dans l’atmosphère terrestre (78%).

 Il s’y trouve sous sa forme moléculaire N2, gaz relativement inerte

(peu réactif).

 Les organismes ont besoin d’azote pour fabriquer des protéines et

des acides nucléiques, mais la plupart ne peuvent utiliser la
molécule N2.

 Ils ont besoin essentiellement d’ammoniac NH3 ou d’ions nitrates

NO3-

46
47
Le cycle du carbone

48
 Les associations symbiotiques:
place des métabolites secondaires.
 Chez les végétaux, on compte près de 100 000 métabolites secondaires, décrits jusqu'à
présent, pratiquement tous synthétisés en réponse à des contraintes environnementales
(Wink, 1988 ; Kliebenstein, 2004).
 Ils sont répartis en 3 grandes familles:
 les terpènes (monoterpènes en C10, les sesquiterpènes en C15, les diterpènes en C20,
les triterpènes en C30 et les tétraterpènes en C40, …)
 les alcaloïdes (dérivés des acides aminés et contiennent au moins un atome d’azote
dans leur hétérocycle. Exples: quinine, strychnine, morphine, atropine, …)
 les molécules dérivées de composés phénoliques : groupe très diversifié. (Les
flavonoides; Phénylpropanoides (C6-C3) ainsi que de nombreux acides phénols,
dérivés d’acides benzoiques en C6-C1

49
Voie générale de biosynthèse des métabolites secondaires chez les plantes
(KEGG : 8)
http://www.genome.jp/kegg/pathway.html)

50
 Mise en place de la symbiose Rhizosbium-
légumineuse

Flavonoïdes
(en pariculier les Reconnaissance
Flavones)
Régulation et l’expression

Récepteurs Nod D
Gènes Nod (A, B et C)

Production

Facteurs Nod (lipo- chitine-

oligosaccharides)

51
 Cas particulier de la rhizosphère
Porosité
(Eau/Gaz)
LES MICRO- Vapeur LE SOL
d’eau
ORGANISMES
Phénomène
d’évaporation
CO2
HC
LA PLANTE
Respiration + Fermentations
Respiration
O2
Echanges gazeux avec l’atmosphère Photosynthèse

Exsudation racinaire

Intense activité
microbienne
aérobie (sol aéré)
Quels sont les dangers inhérents à
l’agriculture intensive?
Intrants en
agriculture
Engrais et produits phytosanitaires
de synthèse

Molécules de synthèse

Sols
Doses appliquées importantes
contaminés Pluies,
arrosage…
Molécules récalcitrantes à
la dégradation
Lessivage

La solution:
Problème de
agriculture Pollution des nappes
phréatiques et des santé publique:
produits agricoles
durable. Cancers, maladies auto-immunes…
Pourquoi inoculer des PGPR Fixation N2
dans la rhizosphère?
Bio-fertiliseurs Production « S »

Solubilisation P

Phyto-stimulateurs Auxine Gibbérilines…

Rhizo-remédiateurs Polluants organiques

1 Arthropodes 5 Actinomycètes
2 Nématodes 6 Algues Fongicides
3 Protozoaires 7 Bactéries
4 Lombrics 8 Champignons

Bio-pesticides Bactéricides
Rhizosphère
Biocontrôle
 Mise en place de la symbiose associative

 Reconnaissance des PGPR par la plante: Importance du mucilage et des

exsudats racinaires (de nature diverse): fort chimiotactisme + vers la
racine. Cas de Pseudomonas.
 Molécules de reconnaissance:
 La flagelline reconnue grâce à une protéine kinase de la
membrane des cellules de la racine (Cette protéine-kinase
permet de reconnaitre aussi des pathogènes et de mettre en
action une cascade de réactions pour s’en défendre). Cette
reconnaissance est souche et hôte spécifiques.
 Les lipopolysaccharides (LPS): se fait avec Pseudomonas sans
induction de la réponse hypersensible (HR) qui se produit dans le
cas des pathogènes, mais induit par contre une résistance locale
induite (LIR) réponse systémique induite (ISR), permettant à la
bactérie de protéger la plante en colonisant l’espace
rhizosphérique.
55
 Schéma de la mise en place des nodules chez la Luzerne.
Implication des flavonoïdes dans les étapes précoces de l’interaction S. meliloti-
Luzerne. Dhf. (Zhang et al., 2009)

1. : Exsudation de Dihydroxyflavone (Dhf)

2. : Induction chez les Rhizobia des gènes nod
3. : Présence de Dhf (7,4’-dihydroxyflavone)

4. : Induction continue des gènes nod au sein de la

racine
5. : Présence de facteur Nod dans la racine induit une

augmentation de keampférol
6. : Le keampférol inhibe le transport de l’auxine
7. : Initiation d’un primordium nodulaire.
56
 Cas particulier des symbioses associatives

 Symbiose mutualiste entre bactéries et plante-hôte sans formation de

structures spécialisées : elles sont dites PGPR (Plant Growth-Promoting
Rhizobacteria).
 On peut distinguer 2 groupes de PGPR (en relation avec les phénomènes
observés):
 Agents de Biocontrôle (exple : Pseudomonas) : inhibent la croissance de
certains pathogènes (synthèse de Sidérophores ou ATB).
 Bactéries phytostimulatrices (Fixation d’azote, synthèse d’auxines comme
l’AIA, solubilisation du phosphate inorganique …)

Remarque:
Ces bactéries ont des spectres d’hôtes très larges (des plantes monocotylédones
aux dicotylédones)

58
 Biocontrôle: agriculture biologique -
agriculture durable
 Le biocontrôle vise à la protection des plantes en privilégiant l’utilisation de
mécanismes et interactions naturels.
 Utilisés dans un but de gestion d’équilibre plus que d’éradication.
 Les macroorganismes : (Tout organisme autre qu’un microorganisme)
 Utilisation de trichogrammes (qui sont des micro-hyménoptères) contre la pyrale du maïs (Ostrinia
nubilalis) qui est une espèce de lépidoptère.
 Les microorganismes : (Champignons, virus, bactéries protozoaires)
 Pseudomonas chlororaphis souche MA 342 (Utilisé comme fongicide contre la fusariose par exemple
 Les substances naturelles : (Substances organiques ou minérales, non issues de la
synthèse chimique, d’origine végétale, animale ou minérale dont les composants
existent dans la nature).
 Laminarine (PS) extraite d’algues brunes et utilisé pour préserver les cultures de blé ou d’orge contre la
fusariose.
 Les médiateurs chimiques comme les phéromones (gérant les relations intraspécifiques) qui peut
induire des confusions sexuelles*
* La confusion sexuelle consiste à saturer l’air avec une grande quantité de la phéromone de synthèse de l’insecte
pendant la période de reproduction des adultes afin de désorganiser la rencontre entre les mâles et les femelles qui
ne peuvent plus localiser leurs partenaires, réduisant ainsi les accouplements et, par conséquent, le nombre de
pontes.
 Production d’auxines

L’auxine est une phytohormone découverte en 1880 par Francis Darwin

(phototropisme du coléoptile d’avoine)
 Naturelle : CH2 CO2 H

 Acide Indole Acétique = IAA

N

 Synthétiques : CH2 CO2 H

 Acide Naphtalène Acétique

 2,4-D (acide dichlorophenoxyacétique)

OCH2 CO2 H

Cl

Cl
 Les auxines (plantes)
Site de production:
La synthèse se fait Site de
de production:
Sitebourgeon apical
donc dans la partie  bourgeon apical
apical
supérieure de la  Jeunes feuilles
feuilles
plante
 Embryon
Embryon(très
(trèspeu)
peu)

des hormones
Phototropisme Elongation
++++ cellulaire

Diffusion des
++++

Diffusion
Dominance apicale

Stimulation de la
rhizogénèse

Elongation
racinaire
++++
 Effet des auxines sur les plantes
Légendes
explant d’endive
haut bas
MC milieu de culture bas haut
MC MC
accumulation d’auxine
explant dépourvu d’auxine
racines nouvelles

% de rhizogénèse
spontanée

explant dépourvu d’auxine

Explant non traité

Concentrations
10-8 10-6 10-4 d’auxine ajoutée (M)
C°Concentration
optimale
optimale
 Exemple de l’acide mycolique

 Déf. C’est un acide gras à longue chaine (70-80 carbones), qui est
présent dans la paroi de Mycobacterium tuberculosis notamment.

Induction de la production de métabolites secondaires

 Les interactions par contact peuvent influencer les voies de

signalisation impliquées dans le métabolisme secondaire
chez certains organismes.

 Des bactéries contenant des acides mycoliques dans leur

membrane externe, les Corynebacteriaceae, peuvent
influencer la synthèse de produits naturels chez différentes
espèces de Streptomyces (Onaka et al. 2010).
 Interactions chimiques et dialogue moléculaire

Production x 4

Bactérie Signal proche de Symbiote

auxiliaire l’auxine des pins
(structural) cultivés

Induction de modifications de la
Streptomyces AcH 505 Auxofurane Ammanita muscaria
transcription de gènes du mycète
Répression
Protéines du
métabolisme
primaire

- Régulation de la transcription,
- Cytosquelette,
- Métabolisme lipidique.
Antibiotiques
WS-5995 B et
WS-5995 C
d’acides organiques
 Interactions chimiques et dialogue moléculaire

Chimioattractant
(s’accumule dans les
Hyphes)

Stimulation de la croissance
Champignon
Bactérie ectomycorhizien avec
auxiliaire le pin Douglas
Tréhalose

Pseudomonas fluorescens BBc6R8 Laccaria bicolor S238N

Thiamine

Mutualisme trophique
 Production de polysaccharides
 Rôle des PS
 Agrégation des microorganismes (Biofilms)
 Signalisation moléculaire
 Protection des bactéries
 Agrégation du sol (structure)
 Classification des PS, selon:
 Origine (animale, végétale et microbienne)
 Localisation
 Composition et la structure (nature)
 Homopolysaccharides (1 seul type de résidu osidique)
 Hétéropolysaccharides (+ d’un type d’unité osidique)
 Substitutions (acides organiques
 Rhéologie
 Viscosité
 La bactérisation
 La finalité de la bactérisation est d’augmenter le rendement des
cultures. Seuls certains microorganismes semblent présenter
cette capacité, ils sont appelés «Plant Growth Promoting
Rhizobacteria» (PGPR) (Kloepper et Schroth,1978).
 Stimulation de la croissance des plantes (AIA…)
 Protection des plantes contre les maladies telluriques.
 Autres effets bénéfiques
 Stimulation de la germination (Pseudomonas spp fluorescents par
enrobage des graines de Colza par exemple).
 Stimulation des interactions entre la microflore symbiotique et la
plante hôte (exemple: Pseudomonas putida qui améliore la
nodulation)
 Modification des équilibres microbiens
Ecologie microbienne des aliments

68
Les écosystèmes microbiens qui nous entourent
Environnements Domaines d’application

Microorganismes Sols Industrie

alimentaire
Production de fromage
Vinaigre, conservation etc…
Environnement Mers-Océans

Epuration des eaux

Animaux Plantes Aliments
Traitement des eaux usées
Traitement des boues d’épuration

Tube digestif
Agriculture

Fertilisation biologique
Bioremédiation etc…
 Les process de production en industrie alimentaire
Contrôle
Matières premières Prétraitement

Préparation et contrôle
Milieu de fermentation des paramètres
Microorganismes

Chaleur sèche ou humide Stérilisation Ensemencement

Contrôle des conditions Fermentation

de fermentation (pH, T°, O2…
Filtration séparation

Séparation de la biomasse Effluent

Précipitation extraction

Isolement du produit Effluent

Purification Effluent

Traitement
Produit
 Intérêt
Utiliser ces connaissances pour éviter les toxi infections
alimentaires, particulièrement celles qui sont collectives
(TIAC). Elles sont liées au développement de microorganismes
pathogènes ou de métabolites toxiques (toxines bactériennes,
mycotoxines…)

Les aliments hébergent donc des populations de

microorganismes dont la nature dépend étroitement de la
composition de l’aliment en question, mais aussi des
conditions dans lesquelles cet aliment est produit (notion
d’hygiène, d’asceptie…).

Cela suppose aussi la connaissance des procédés de

conservation (stérilisation, pasteurisation, acidification,
salaison…).
 Conséquences de la présence de micro-
organismes dans les aliments
Amélioration des qualités organoléptiques :
Flore utile, auxiliaire de fabrication (yaourt, fromage, vin etc…)

Détérioration des qualités diététiques et organoleptiques :

Flore banale de contamination (pourri, moisi, ramolli, poisseux
etc…)

Danger pour le consommateur :

Accumulation de micro-organismes pathogènes
Accumulation de métabolites toxiques
 Toxines bactériennes
 Mycotoxines
 Produits de dégradation (histamine)
Origine des contaminations
microbiennes des aliments
Contamination après abatage pendant
la conservation et le
transport des aliments

Endogène Exogène
Provient de la matière Provient du milieu
première extérieur Levures,
bactéries et
moisissures

Animal malade  Fluides

Air (Poussières)
Eau
 Surfaces
Plans de travail
Poussières
Ces Hygrométrie
contaminations  Personnel
sont à éviter Hygiène des intervenants
Notion de porteur sain
Effet des facteurs abiotiques sur le développement des contaminations microbiennes
Temp. (°C)
Psychrophiles (- 10 <+20)
Psychrotrophes ( 0 <+45)
 Température pH = - log [H+] Mésophiles (+20 <+45)
Thermophiles (+45 <+90)
Acidophiles (entre 0 et 5,5) Thermophiles extrêmes (>+100)
 pH Alcalophiles (entre 8 et 11,5)
Neutrophiles (entre 5,5 et 8)

 Activité de l’eau

 Potentiel Redox Eh positif, milieu oxydant: accepteur d’électrons

Eh Négatif, milieu réducteur: donneur d’électrons
 Utilisé pour mesurer l’activité
 Polluants (substances toxiques)
biologique (l’activité respiratoire et
fermentaire réduit le milieu)
 Contrôle de l’état redox du milieu.

 Facteurs énergétiques Essentiellement les

perturbateurs endocriniens:
 Radiations - Pesticides
 Composés organiques (organotrophes) - Herbicides
- Fongicides
 Composés minéraux (Lithortrophes) - Insecticides…
Définition Les perturbateurs endocriniens 1
Les perturbateurs endocriniens (PE) sont « des substances chimiques
d’origine naturelle ou artificielle étrangères à l’organisme qui
peuvent interférer avec le fonctionnement du système endocrinien et
induire ainsi des effets délétères sur cet organisme ou sur ses
descendants »
Origine

Essentiellement: Eau et produits alimentaires, mais aussi l’air et d’autres

produits industriels tels que les médicaments, cosmétique, phytosanitaires
et produits d’entretien domestique…
Effet

Effet difficile à évaluer en raison de la diversité très importante des

substances mises en cause et de la multiplicité des mécanismes mis en jeu.
Suspectés dans l’apparition de plusieurs cancers: cancers hormonaux-
Les plus dépendants, cancers du sein, de l’utérus de la prostate et du testicule…
dangereux

Le diéthylstilbestrol (distilbène), le benzopyrène, la dioxine et les

polychlorobiphényles (PCB).
 Mode Les perturbateurs endocriniens 2
d’action

Les PE peuvent agir de différentes façons:

 en imitant l’action d’une hormone naturelle ;
 en se fixant sur les récepteurs des hormones naturelles ;
 en gênant ou en bloquant le mécanisme de production ou de
régulation des hormones ou des récepteurs, modifiant ainsi les
concentrations d’hormones présentes dans l’organisme.

Contamination

Les PE sont liposolubles et peuvent se retrouver dans les tissus

adipeux (graisses). Contamination de la chaine alimentaire.
Les PE peuvent se retrouver dans le sang, le tissu adipeux, le lait
maternel, le liquide amniotique ou les urines.
 Les perturbateurs endocriniens 3
Sources potentielles des PE
Famille chimique Sources potentielles Exemples
Phtalates Plastiques, cosmétiques Dibutyl phtalate
Alkylphénols Détergents, plastiques, pesticides Nonylphenol
Hydrocarbure Sources de combustion: fumée de
aromatiques cigarette, émission des moteurs Benzo(a)pyrène
polycycliques diesels, incendies
PCB, Arochlor
Chlorobiphényles Transformateurs électriques
Résiduels de stockage, pollution DDT, Dieldrine, Chlordane
Anciens pesticides rémanente
Atrazine, Ethylène thiourée,
Agriculture, nettoyages urbains,
Autres pesticides Heptachlor, Lindane, Malathion
jardins particuliers
Mousses pour les mobiliers, tapis, Polybromodiphényles (PBDE)
Retardateurs de flamme équipements électroniques
Bis phénol A, Parabens,
Dérivés phénoliques Désinfectants, plastiques, cosmétiques Halogéno-phénols
 Les contaminants dans un produit alimentaire sont appelés à proliférer si
les conditions sont favorables (Nécessité d’éliminer ou de réduire au maximum la charge
bactérienne initiale et de respecter les procédés de conservation ou de stabilisation).

Facteurs intervanants dans la

variation de la croissance
Effet de la contamination sur la conservation
d’un aliment: la viande.

Détérioration des qualité de l’aliment

 Les microorganismes dans les aliments.

Microorganismes contaminants
(2 aspects: l’un quantitatif et l’autre qualitatif). Microorganismes utiles

 Microorganismes pathogènes:  Microorganismes utilisé pour

Provoquent infections alimentaires (vomissements, la fabrication d’aliments
fièvre…). Dangereux car leur développement Levure de bière, de boulanger,
n’altère ni la saveur, ni l’odeur de l’aliment = ils ferments lactiques, moisissure du
passent inaperçus! Ex: salmonelles listéria… fromage…
 Microorganismes libérant des toxines
Ex: toxine botulique. Dangereux car la toxine agit à
très faible dose.
Provoquent intoxications alimentaires.
 Microorganismes d’altération
Ex: la moisissure
Altèrent l’aspect, l’odeur, le gout des aliments.
 Techniques de conservation des aliments 1.
Objectif: diminuer la charge microbienne des aliments et empêcher leur croissance.
Le froid arrête ou ralentit l'activité cellulaire, les réactions
 Le froid: enzymatiques et le développement des microorganismes Stabilisation

 Réfrigération
 Congélation
Technique de conservation de longue durée la + importante Détruit ou
=> Détruire ou inhiber les microorganismes et les toxines. inhibe les MO
 La chaleur:

 Pasteurisation: entre 60 et 100°C. Destruction des MO (restent les thermorésistants).

 Stérilisation: à 100°C destruction de tous les microorganismes.
 UHT: Ultra Haute Température: entre +135 et +150°C pendant 1 à 5s.
 Appertisation: porte les produits à plus haute température (+115 à +140°C) que
la pasteurisation. Elle détruit toutes les flores bactériennes, permettant ainsi une
conservation à température ambiante et une durée de vie longue.

 Inactivation des enzymes

 Coagulation des protéines
 Arrêt de la réplication de l’ADN
 Techniques de conservation des aliments 2.

La température de chauffe dépend de plusieurs

facteurs:
 La thermorésistance des bactéries
 La charge microbienne
 Les conditions de milieu (pH…)
 Le type d’aliment désiré (pasteurisé ou stérile)
 Conservateurs / antimicrobiens
 Chlorure de Sodium : NaCl
 Nitrates et Nitrites
 Sulfites de sodium
Diminution de
Effet hydrique l’activité de l’eau aw
Effet osmotique
Effet ionique (Na)
Inhiber Clostridium butilinum
Germination et croissance
Utilisés en salaison
(E250) Inhibe les bactéries et moisissures et
épargne le levures.
Conservation des fruits secs (pruneaux).
Contrôle de la vinification
(E220)
 Conservateurs organiques
Conservation des cornichons,
 Acides organiques marinades…

Acide acétique CH3-COOH et

 Acides gras acétates (E260).
Pâtisseries sous plastique, car
sans effet sur levure boulanger
Propionate CH3-CH2-COOH de
calcium (E280 antifongique) inhibent moisissures et
levures
Acide sorbique (E200)

Acide benzoïque (E210 cycle

C6-COOH)
Baisse du pH
Acide ascorbique, citrique
(E330) et lactique ajoutés

Acide propionique naturel du Anti-moisissures

gruyère
Inhibe les contaminants
Acide lactique naturel du yogourt
 Protéines inhibitrices du lait :
Agit sur les bactéries
 Lysozyme Gram+ détruit leur
paroi.
Cinétique de destruction des microorganismes
Détermination du temps de réduction décimale (D).

No: Charge microbienne initiale

T1 et T2: Températures de chauffe
T: Temps
Avec T2>T1 et No= 1010
 Linéarisation

Exemples:

On a donc y=ax+b d’où:

logN=-kT+logNo
T= temps de réduction décimale (facteur 10) = DT
Il dépend de la température.
DT est le temps nécessaire pour réduire la population d'un facteur 10 à la température T.
Cette valeur est valable pour un microorganisme donné. Cette valeur D dépend de
l'environnement du microorganisme.
 Valeur de Dt de quelques microorganismes

Température Microorganisme D (min)

60°C Campylobacter jejuni 1

60°C Salmonella spp 2
60°C Listeria monocytogenes 1-6
60°C Staphylococcus aureus 2
60°C Aspergillus niger 1
100°C Bacillus cereus 0,05-30
121°C Clostridium botulinum 0,21
121°C Clostridium sporogenes 0,8
121°C Bacillus stearothermophilus 3
 Cinétique de destruction des microorganismes
Détermination du facteur de réduction décimale (Z).

Il s'agit d'un paramètre complémentaire de DT; c'est l'écart de température exprimé en °C

permettant de faire varier DT d'un facteur 10.
On trace la droite de « Résistance Thermique » : log(DT) = f(T°C)

Z est spécifique de chaque microorganisme

(paramètre de thermorésistance). En général Z
varie de 4 à 7°C pour les formes végétatives,
environ 10°C pour les spores

Z est l’augmentation de t °C divisant D par 10

Lois régissant la croissance et la survie des microorganismes

 Loi de Shelford : loi de la tolérance

 Les besoins variant avec chaque espèce, une population pourra se développer là où
une autre ne pourra pas.

 Cette loi La croissance et la survie d’un micro-organisme requièrent un ensemble

complexe de conditions physico-chimiques. Pour chacune de ces conditions et pour
chaque organisme, il est défini un domaine de tolérance au delà des limites duquel
l’organisme ne peut plus se développer.

 Loi de Liebig : loi du minimum

 La production totale de biomasse d’une population est déterminée par le nutriment
présent à la concentration la plus basse (par rapport aux besoins de l’espèce
constituant la population).

 implique que dans tout écosystème, il existe, pour une espèce donnée, un facteur
nutritionnel limitant.
Taux de croissance

Source trophique abondante

Source trophique limitante

Effet de sélection par rapport à

la source trophique
 En résumé

Ecologie microbienne des aliments… Pourquoi Faire ?

 Sanitaire: Inventaire des espèces microbiennes associées à

l’aliment
(contaminants, pathogènes)

 Procédés alimentaires: suivi de la dynamique des flores

Identification de la flore dominante, flore technologique, etc…

 Déterminants de la qualité
(pH, Aw, Température, Activité biologique, Niveau de toxicité, Composés
organoléptiques, oligoéléments…)

 Traçabilité : Ecologie microbienne reliée à l’origine

géographique et au mode de production (Bio, etc..) des
aliments
Utilisation des microorganismes en bioindustrie
 Avantages
 Diversité de molécules complexes
 Potentiel de production
 Ecotoxicité minimale (Risque minimum pour l’environnement)
 Facilité de manipulation
 Facilité de manipulation génétique
 Plasticité métabolique

 Inconvénients
 Très souvent difficulté de purification du produit
 Risque de contamination du processus
 Technologie sophistiquée (coût élevé)

 Se poser la question sur l’efficacité et le coût de

production de la molécule d’intérêt.
Synthèse chimique – Organisme (Plante verte ou algue…) - microorganismes
 Mode de sélection des souches d’intérêt
 Recherche de potentiel métabolique naturel
 Criblage du potentiel métabolique par activité biologique
 Criblage à partir d’une banque de transformants contenant l’ADN cloné
 Recherche informatique des clones des métagénomes

 Amélioration génétique
 Mutations naturelles ou induites
 Génie génétique
 Prédiction des fonctions à partir des données des séquences
génomiques (Séquençage d’ADN extrait d’un microorganisme) ou
métagénomiques (Séquençage d’ADN extrait d’un biotope sans culture
des microorganismes)
 Séquences nucléotiqdiques
 Prédiction des gènes
 Prédiction des fonction des protéines
 Prédiction des produits des voies métaboliques
Amélioration de la production : l’Ingénierie
Métabolique
 introduction de nouvelles voies métaboliques
 augmentation de l’efficacité de la biosynthèse
- surexpression des gènes dans la voie menant au produit recherché
- délétion des gènes pour inactiver les voies compétitrice
 modifications du réseau métabolique pour la redirection des flux
hexoses
hexoses
pyruvate pyruvate

acetyl-CoA CoA-SH acetyl-CoA CoA-SH

citrate citrate
oxaloacetate oxaloacetate

CoA-SH
iso-citrate iso-citrate
malate
malate
glyoxylate

α-ketoglutarate α-ketoglutarate
succinate
succinate
NH3 NH3
a-ketoglutarate
dehydrogenase L-glutamate
L-glutamate

mais :
1) ces voies compétitrices peuvent être nécessaires pour le fonctionnement de la cellule.
 nécessité de palier aux auxotrophies induites,
 les acides aminés, nucléosides etc. ajoutés peuvent couteux
2) le métabolisme a la capacité de se rééquilibrer.
 atténuation des gains en production à cause des changements métaboliques compensatoires
Ecologie microbienne:
le corps humain

95
Localisation des microorganismes

Le corps humain est colonisé par un

très grand nombre de microorganismes
qui constituent sa flore normale:
Le microbiote.

96
Dans le rhinopharynx 108 germes/ml de salive,
l’abondance de : Streptocoques , Entérobactéries ,
bactéries aérobies

Au niveau de l’estomac le pH est bas, la flore est quasi

inexistante (<103 UFC/g)

Dans l’intestin grêle: diminution progressive des

bactéries aérobies au profit des bactéries anaérobies
strictes.

Dans le colon: le transit est très fortement ralenti,

d’où l’augmentation importante de la population
bactérienne (de 109 à 1011 UFC/g).

Au niveau de vagin, on trouve le genre

Lactobacillus.

97
 Le microbiote intestinal

La répartition des microorganismes dépend de:

La teneur du milieu en oxygène.

La vitesse du transit.
Des nutriments disponibles.
Des sécrétions du tube digestif.

98
 Le microbiote intestinal
Désigne les différentes populations de bactéries présentes naturellement dans
l’intestin, la flore bactérienne varie le long de tube digestif et la diversité
maximale apparait au niveau du gros intestin.

99
 Mise en place du microbiote intestinal
à la naissance
La colonisation du tube digestif est relativement
stéréotypée durant les premiers jours, dépendant en partie
de la composition de la flore vaginale et fécale maternelle ;
elle est retardée chez les enfants nés par césarienne.
Le bébé va constituer sa propre flore qui va se stabiliser au
bout de quelques semaines, atteindre une population
comprise entre 109 et 1011 UFC/g au bout de 48 h dans le
côlon.
fin du premier mois :
L'implantation de la flore est directement dépendante du type
d'alimentation reçue par le nouveau né, les conditions
environnementales et la prescription éventuelle
d'antibiotiques.

100
 Mise en place du microbiote intestinal
Il suit un processus complexe:
 In utéro: Tractus stérile
 Rupture de la poche des eaux: sélection de microorganismes
aérobies qui consomment l’O2 anaérobiose favorable aux
microorganismes anaérobies strictes et facultatifs (diversité
microbienne plus riche). Celle-ci va s’accroitre avec l’allaitement dans
un premier temps (bactéries lactiques) et ensuite avec l’introduction
de nouveaux aliments, induisant un microbiote encore plus diversifié.
Le lait maternel favorise donc la prédominance des Bifidobactéries au
détriment des germes pathogènes ou potentiellement pathogènes (E.
coli, Pseudomonas sp, Clostridium sp). C’est avec l’introduction
d’aliments diversifiés que se met en place le microbiote intestinal
adulte.
Suppléments alimentaires:
 Effet bénéfique des probiotiques et des prébiotiques sur l’hôte, mais
non dans la mise en place ou de la modification du microbiote.
 Facteurs influençant la
- Mode de naissance
- Milieu hospitalier
colonisation microbienne - Probiotiques
- Lien parentaux intestinale du nouveau-né. - Type
d’allaitement

Microbiote Microbiote
environnemental alimentaire

FACTEURS
MODULANTS
ATB Pro et prébiotiques

Interactions avec
l’hôte: Epithélium
intestinal, syst. Nouveau-né
Immunitaire…

MICROBIOTE INTESTINAL

Conditions locales de
croissance: pH,
 Bénéfiques à l’hôte

Production d’acides gras à chaîne courte diminuant la

synthèse hépatique du cholestérol
Dégradation des hydrates de carbone non absorbés
aboutissant à la production d’acides organiques assimilables
par l’hôte
Hydrolyse des lipides alimentaires non absorbés grâce aux
lipases bactériennes et la conjugaison des acides biliaires
primaires, indispensable pour une bonne absorption des
graisses
Dégradation de certaines protéines et de certains acides
aminés (tryptophane), permettant la récupération de l’azote.
 Causes du déséquilibre microbien.

 L’alimentation: L'alimentation peut affecter l'équilibre de la

flore intestinale. Une alimentation riche en graisses animales
augmente la proportion d'espèces protéolytiques, alors qu’un
régime riche en sucres favorise les espèces saccharolytiques.
 Les antibiotiques (antibiothérapie ayant une activité sur
l’ensemble des bactéries) est susceptible de modifier la flore
intestinale. L’arrêt de la prise d’antibiotiques restaure le plus
souvent la flore intestinale
 L’infection intestinale : est également susceptible de modifier
et de perturber la flore intestinale. Ces infections intestinales
se manifestent par des ballonnements, des maux de ventre et
une diarrhée et vomissements.
 Protection contre les infections

 La flore intestinale est une barrière résistante vis-à-vis

des bactéries exogènes (résistance à la colonisation).
 Elle module la réponse des IgA sécrétoires vis-à-vis des
micro-organismes pathogènes et des bactéries.
 Elle développe les mécanismes de la tolérance immune
vis-à-vis des protéines alimentaires et des bactéries
intestinales.
 Au niveau périphérique, elle stimule la phagocytose
protectrice contre l’infection et la synthèse des cytokines
nécessaires à la réponse immune.
105
 Comment moduler la flore bactérienne
Intestinale?
 Différentes stratégies peuvent moduler l’activité de la flore
bactérienne:

 Administration de probiotiques (souches de bactéries

spécifiques comme Lactobacillus ou Bifidobacterium ou encore
Saccharomyces boulardii). Leur mode d’action:

1. Nutrition: activité glycolytique…

2. Compétition: occupation de niches écologiques.
3. Renforcement de l’immunité.

 Administration de prébiotiques (polysaccharides alimentaires)

qui stimulent de manière sélectives la croissance, la colonisation
ou l’activité des microorganismes bénéfiques du MI .
 Le microbiote buccal

 Le microbiote buccal représente l’ensemble de micro-

organismes qu’abrite la cavité buccale et qui regroupe des
bactéries aérobies, anaérobies, des champignons et des
protozoaires (amibes…).
 La cavité buccale héberge donc de nombreuses espèces de
bactéries qui constituent le biofilm buccal, localisé sur et entre
les dents .
 Microflore commensale (effet barrière).
 Microflore pathogène (caries, réactions inflammatoires locales).
 Les bactéries d’une flore équilibrée participent:
 au bon fonctionnement de la bouche par le maintien des
dents et des gencives en bonne santé,
 à la prédigestion des aliments. 107
 Notion d’équilibre et spécificité

 Tout se joue en terme d’équilibre microbien entre les différents

acteurs microbiens (commensaux et pathogènes).
 Quand l’équilibre est harmonieux, on parle d’Eubiose.
 Quand l’équilibre est rompu, on parle de Dysbiose.

 Il existe des microorganismes communs aux différents microbiotes

de l’organisme, c’est le cas par exemple du champignon Candida
albicans ou des espèces appartenant au genre Lactobacillus
présents dans le microbiote intestinal et le microbiote vaginal.

 Il existe des microoganismes spécifiques à la cavité buccale

(bactéries aérobies et bactéries anaérobies dans des poches,
difficiles d’accès).
Taille des populations, diversité et niches écologiques

Le microbiote buccal (près de 109 UFC ml-1 de salive, plus de 800

espèces différentes) occupe plusieurs niches écologiques :

 la salive ;
 le plancher de la bouche ;
 la langue et notamment sa face dorsale hérissée de papilles ;
 les versants internes des lèvres et des joues ;
 les gencives et le palais, recouverts d'un épithélium kératinisé ;
 les dépressions à la surface des dents ;
 les sillons à la base des dents ;

Chacune de ces niches a ses caractères physicochimiques propres

(acidité, teneur en oxygène, voire température), ce qui induit un
microbiote particulier (diversité).
 Maladie parodontale

Déséquilibre entre les espèces bactériennes bénéfiques

(commensales) de la bouche et les bactéries pathogènes,
entrainant la formations de caries et des pathologies de la
gencive (gingivites).

Gingivite Caries dentaires

110
Le microbiote vaginal
 La flore vaginale

Comme toutes les cavités ouvertes de l’organisme, le

vagin est composé d’une flore bactérienne. La présence de ces
micro-organismes est normale, ils ont une activité protectrice,
mais lorsque cette flore vaginale est déséquilibrée, d’autres
bactéries, notamment les pathogènes peuvent se développer et
provoquer des infections.

112
 Formation de la flore vaginale
A La naissance
Dès la naissance, la flore bactérienne vaginale
ressemble fortement à celle d’une femme adulte
en raison des hormones maternelles qui persistent
quelques semaines dans l’organisme de l’enfant.
Lorsque ces hormones disparaissent, la flore de la
fillette est constituée de germe digestifs et
cutanés, jusqu’à la puberté .

A la puberté
Avec l’apparition d’oestrogènes lors de la puberté,
les sécrétions vaginales augmentent, la flore de la
jeune fille se transforme progressivement pour
devenir celle d’une femme adulte.

113
 Composition et rôle

La flore vaginale d’une femme

est composée principalement de
lactobacilles qui assurent la protection
du vagin en produisant du peroxyde
d’hydrogène (H2O2) et de l’acide
lactique: deux substances empêchant
la prolifération d’autre germes.
L’acide lactique permet de maintenir
l’acidité naturelle à un pH compris
entre 3,8 et 4,5.
Lactobacilles

114
Le microbiote cutané
 Microbiote Cutané
FLORE CUTANÉE
Dès la naissance, de nombreux germes de l'environnement et une flore cutanée
vont coloniser la peau. Cette flore vit sur la surface et dans la profondeur de
l'épiderme. Elle constitue ainsi un écosystème complexe dont les caractéristiques
résultent d'un équilibre entre les conditions locales et les propriétés métaboliques
de ces microorganismes.
On distingue deux populations :
 la flore résidente, dont la charge et la répartition sont relativement stables et
permanente; elle peuple, sous forme de microcolonies, la couche cornée et les
couches superficielles de l'épiderme ;
 la flore transitoire constituée de microorganismes vivant librement à la
surface des téguments, surtout sur les parties découvertes, qui proviennent de
sources exogènes ou d'autres flores commensales de l'organisme (la flore du
microbiote digestif par exemple).
Les microorganismes constitutifs de la flore cutanée colonisent les couches
superficielles de l'épiderme et les annexes. Ainsi, les bactéries aérobies se
développent sous la forme de microcolonies dans les couches superficielles, alors
que les bactéries anaérobies se retrouvent principalement dans la profondeur des
follicules pileux.
 Flore cutanée résidente

 Elle est dominée par les espèces Gram positif, avec deux
familles principales :

 les staphylocoques: staphylocoques à coagulase négative

les plus abondantes 3 espèces prédominent :

- S. hominis (isolées de la face, les narines antérieures)

- S. epidermidis (isolées du creux inguinal et périnée)
- S. haemolyticus (au niveau des bras et des jambes)

 les bactéries coryneformes aérobies (Corynebacterium

spp.) et anaérobies (Propionibacterium spp.).
 Flore cutanée transitoire
Elle est composée de:
 microorganismes de contamination temporaire de la peau,
 microorganismes plus durablement installés dans des niches
écologiques propices (conditions d'humidité, de pH) comme
le périnée, conduits auditifs externes, ou encore en cas de
rupture de la barrière épidermique (blessure.... °

Il s'agit en particulier :

 Staphylococcus aureus (20 % de porteurs sains),

 Bacillus,
 Neisseria,
 Bacilles Gram négatif tels que Pseudomonas
 Levures telles que des Candida (C. albicans et C.
parapsilopsis notamment).
La flore microbienne varie de manière qualitative et quantitative
selon plusieurs facteurs.

 Facteurs physico-chimiques

 Humidité, (L'humidité accroît le nombre de bactéries

résidentes et favorise la colonisation par des bactéries
Gram négatif creux inguinal, périnée).
 pH,
 Température.
Les microorganismes résidents de la peau peuvent générer des
conditions défavorables au développement d'autres micro-
organismes par production d'inhibiteurs, création de conditions
défavorables (pH…) néfastes.
 Facteurs immunitaires

Ils résultent de la synthèse par les kératinocytes de l'épiderme de:

 Peptides antimicrobiens tels que les défensines.

 Anticorps présents dans la sueur pourraient jouer un rôle
dans l'immunité de surface.

La caractérisation de cette flore cutanée a reposé sur la culture de

prélèvements à la surface de la peau ou des biopsies. Cependant,
moins de 1 % des espèces bactériennes peuvent être cultivées dans
les conditions standards de laboratoire (Pb du cultivable et non
cultivable).
 Variations selon l'âge

 In utero, la peau fœtale est stérile, mais quelques minutes après

la naissance la colonisation microbienne commence.

 Les nouveau-nés sont d'abord colonisés par un microbiote peu

diversifié. Au contact de l'environnement et suite aux
changements au niveau de la peau des caractéristiques
d'humidité, de température et glandulaire, on assiste à une
diversification progressive du microbiote cutané.

 A la puberté, ces niches microbiotiques continuent à se

développer avec l'âge et les expositions environnementales.
 Variations selon le siège
 La colonisation bactérienne est variable selon la nature et les
caractéristiques des microenvironnements:

 degré d’humidité (peau humide ou sèche)

 Sébacés (pH, peau grasse)
 Température

En général, la diversité bactérienne semble plus faible dans les

régions sébacées suivantes (front, plis rétro-auriculaires, narine,
dos), suggérant une sélection des germes.
Les Propionibacterium spp. représentent les microorganismes
dominants.
 Résultats de l’analyse métagénomique
Les analyses métagénomiques ont aussi révélé que:

 les Staphylococcus et Corynebacterium spp. sont les organismes

les plus abondants au niveau des régions humides étudiées
(ombilic, aisselles, plis inguinaux, plis interfessiers et plis des
coudes).

 Les staphylocoques occupent des niches aérobies et utilisent

probablement l'urée de la sueur comme source d'azote.

 Les corynebactéries (à croissance lente) se développent

difficilement en culture, ce qui a longtemps minimisé leur
rôle dans la flore cutanée. La dégradation de la sueur
apocrine par les corynebactéries et les staphylocoques est
responsable de la mauvaise odeur associée à la sudation
chez les humains.
 Variabilité temporelle
Elle dépend étroitement du site:
Les régions les plus stables dans le temps en matière d'habitat
microbien sont celle partiellement fermées telles que:
 le conduit auditif externe,
 les narines et
 les plis inguinaux .
En général, les localisations ayant la plus grande diversité
microbienne sont:
 avant-bras,
 plis du coude,
 talon et
 espaces interdigitaux.
 Conclusion
 L’écologie microbienne est une discipline qui apporte de
nombreuses informations sur la diversité des
microorganismes et des interactions multiples qui les lient à
leur environnement.
 Il s’agit d’une discipline complexe qui améliore la
connaissance pour mieux agir soit sur les organismes ou
alors l’environnement.
 Elle permet d’apprécier de manière plus précise le potentiel
microbien et ses différents effets sur l’environnement.
 Dans ce contexte, l’équilibre microbien dans les écosystèmes
est un élément primordial qui doit être maintenu. Toute
action par apport de xénobiotiques peut engendrer un
déséquilibre microbien préjudiciable
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