PLAN

Introduction

I- Synthèse bibliographique
A- Processus de réalisation de la caractérisation génétique moléculaire
B- Définition
C- Processus de réalisation de la caractérisation génétique moléculaire
II- Application du thème

1- Caractères morphophysiologiques

2- Relation entre distance phénotypique et distance moléculaire

3- Avantages

4- Inconvénients

Conclusion

Références bibliographiques
 Introduction

La caractérisation des ressources génétiques englobe toutes les activités associées à

l’identification, à la description qualitative et quantitative, et à la documentation des
populations raciales, et des habitats naturels et des systèmes de productions auxquels elles
sont, ou ne sont pas, adaptées. Le but est d’obtenir une meilleure connaissance des ressources
génétiques, de leurs utilisations présentes et, éventuellement, futures pour l’alimentation et
l’agriculture dans des environnements définis, et leur état actuel en tant que populations
raciales différentes (FAO, 1984; Rege, 1992).

I- Synthèse bibliographique

Au niveau national, la caractérisation comprend l’identification des ressources génétiques et

l’enquête sur ces ressources. Le processus comprend également la documentation
systématique des informations collectées pour faciliter l’accès. Les activités de caractérisation
devraient favoriser la conception de prévisions objectives et fiables sur la performance des
animaux dans des environnements définis et comparer ainsi la performance potentielle à
l’intérieur des différents systèmes de production. Les renseignements obtenus par le processus
de caractérisation favorisent une prise de décision éclairée sur les priorités de la gestion des
ressources par les différents groupes d’intérêt, dont les agriculteurs, les gouvernements au
niveau national et régional et les organismes internationaux (FAO, 1992; FAO/PNUE, 1998).
Ces décisions politiques visent à promouvoir la mise en valeur des ressources génétiques tout
en garantissant la conservation de ces ressources pour les besoins des générations présentes et
futures.

A- Définition

La caractérisation génétique moléculaire étudie le polyphormisme(le polymorphisme, du

grec ancien polús et morphê, est le concept consistant à fournir une interface unique à des
entités pouvant avoir différents types. Le nom de polymorphisme vient du grec ancien polús
et morphê et signifie qui peut prendre plusieurs formes) des molécules protéiques
sélectionnées et des marqueurs d'ADN pour mesurer la variation génétique au niveau de la
population.

B- Les fonctions des technologies moléculaires dans la caractérisation

L’information sur la diversité génétique est essentielle pour optimiser les stratégies de
conservation et d’utilisation des ressources génétiques. Les ressources nécessaires pour la
conservation étant limitées, l’établissement des priorités est souvent nécessaire. De nouveaux
outils moléculaires font espérer d’atteindre l’identification des gènes impliqués dans un
certain nombre de caractères, y compris les caractères adaptatifs, et des polymorphismes
responsables de la variation génétique fonctionnelle (QTN – nucléotides de caractère
quantitatif). Cependant, notre connaissance insuffisante nous empêche de donner la priorité
aux choix de conservation sur la base de la diversité moléculaire fonctionnelle, et des mesures
alternatives sont encore nécessaires. La caractérisation phénotypique fournit une estimation
brute de la moyenne des variants fonctionnels des gènes d’un individu ou d’une population
donnée.

C- Processus de réalisation de la caractérisation génétique moléculaire

La caractérisation génétique moléculaire étudie le polyphormisme des molécules protéiques

sélectionnées et des marqueurs d’ADN pour mesurer la variation génétique au niveau de la
population. Le niveau de polyphormisme observé dans les protéines étant faible et, par
conséquent, l’applicabilité aux études sur la diversité étant limitée, les polyphormismes au
niveau de l’ADN sont les marqueurs de choix pour la caractérisation génétique moléculaire.
Le processus de caractérisation génétique moléculaire comprend l’échantillonnage sur le
terrain du matériel biologique (souvent échantillons de sang ou de racines de poils),
l’extraction au laboratoire de l’ADN des échantillons, le dosage en laboratoire (par ex. le
génotypage ou le séquençage), l’analyse des données, la préparation des rapports et la
maintenance d’une base de données d’informations génétiques moléculaires.
L’échantillonnage pour l’analyse moléculaire peut s’associer aux enquêtes et/ou au suivi, car
les seules informations moléculaires ne peuvent pas s’utiliser pour prendre les décisions sur
l’utilisation et la conservation. La caractérisation génétique moléculaire s’entreprend
principalement pour explorer la diversité génétique au sein et entre les populations animales,
et déterminer les relations génétiques parmi ces populations. De façon plus spécifique, les
résultats du travail de laboratoire sont utilisés pour :

 Déterminer les paramètres de diversité inter et interraciale.

 Identifier les localisations géographiques de la populations particulières et/ou de
mélange génétique entre les populations d’origines génétiques différentes ;
 Fournir les informations sur les relation évolutionnaires (arbres phylogénétiques) et
déterminer les centres d’origines et les routes de migration ;
 Mettre en œuvre les activités de cartographie génétique, y compris l’identification des
porteurs de gènes connus
 Identifier les paramètres et les lien généalogique (par ex. les empreintes de fragments
de restriction d’ADN) au sein des populations ;
 Soutenir l’amélioration génétique assisté par marqueurs des populations animales ; et
 Elaborer les repertoires d’ADN pour la recherche et le développement (FAO, 2005).

Chez les populations pour lesquelles les informations sur la généalogie et la structure de la
population sont limitées ou absentes, les marqueurs moléculaires peuvent également s’utiliser
pour estimer la taille effective de la population. En l’absence de données complètes sur la
caractérisation raciale et de documentation sur l’origine des animaux reproducteurs, les
informations des marqueurs moléculaires peuvent fournir les estimations les plus facilement
accessibles sur la diversité génétique au sein ou entre un ensemble donné de populations.

II- Application du thème

Les marqueurs moléculaires pourraient être utilisés pour prédire les distances phénotypiques
entre variétés. Ainsi, avant la première expérimentation au champ, les marqueurs moléculaires
renseigneraient sur la proximité de la variété candidate vis-à-vis des variétés de la collection
de référence et des autres candidates. Il suffirait alors d'implanter côte à côte les variétés
candidates et les variétés de la collection de référence jugées proches par l'équation de
prédiction. Toutefois, si le pouvoir explicatif de tels modèles peut être élevé, il est
fondamental de vérifier leur pouvoir prédictif. La bonne capacité de prédiction de ces modèles
ne sera conservée que si les déséquilibres de liaison mis en évidence dans les ensembles de
variétés ayant permis d'estimer les paramètres des modèles sont conservés au sein des
nouvelles variétés candidates à l'inscription.
 . L'utilisation des marqueurs moléculaires pour prédire les distances phénotypiques est
fondée sur le raisonnement suivant :

- pour une distance prédite inférieure à la borne inférieure ou supérieure à la borne supérieure,
il n'est pas nécessaire d'implanter au champ les lignées de référence ;

- pour une distance prédite comprise entre ces deux bornes, les lignées de références
concernées doivent être mises au champ à côté de la lignée candidate en question. Les erreurs
commises peuvent être de deux types : fausse similarité ou fausse distinction. L'application
d'un modèle linéaire liant chaque variable phénotypique quantitative à des marqueurs
moléculaires a permis d'économiser la mise au champ d'un tiers de la collection de référence,
(dès qu'une lignée de référence avait une distance prédite avec la lignée candidate inférieure à
la borne supérieure, elle était implantée à ses côtés). Par ailleurs, ils sont en cours d'extension
à la prédiction de variables phénotypiques discrètes. Enfin, il semble évident que la prédiction
des distances morphologiques par les données moléculaires sera améliorée lorsque des QTL
de caractères de distinction seront localisés.

1- Caractères morphophysiologiques

L'utilisation des marqueurs moléculaires revient à faire un zoom sur les génotypes en
augmentant le pouvoir de discrimination entre individus et groupes d'individus. Il reste à
déterminer le seuil de distinction pour chaque espèce, afin d'isoler les différences biologiques
significatives et pertinentes des différences dues à des variations aléatoires, non
reproductibles. L'homogénéité étant un corollaire de la distinction, il conviendra de fixer un
seuil en fonction de la variabilité génétique présente dans l'espèce et en fonction de son mode
de reproduction. La crainte des sélectionneurs à propos d'une exigence accrue en termes
d'homogénéité liée à l'introduction des marqueurs moléculaires n'est donc pas justifiée dès
lors qu'une distance génétique est calculée.

2- Relation entre distance phénotypique et distance moléculaire

Exemple, les distances phénotypiques ont été calculées à partir de 10 variables quantitatives.
Les distances génétiques ont été calculées à partir de 80 marqueurs moléculaires de type
RFLP. Les concepts de distinction (fondée sur les caractères phénotypiques) et de dérivation
essentielle (fondée sur les marqueurs moléculaires) sont clairement représentés,
respectivement par les seuils horizontaux et verticaux. Différents cas possibles sont envisagés
en fonction de la position des couples de lignées vis-à-vis de ces seuils. La dérivation
essentielle d'une variété nouvelle par rapport à une variété initiale n'a de sens que si ces deux
variétés sont distinctes de l'ensemble de la collection de référence mais également entre elles,
donc inscriptibles

Plusieurs phénomènes peuvent expliquer cette relation triangulaire :

- la compensation de certains caractères élémentaires dans l'expression de caractères

complexes ;

- la multiplicité des origines génétiques engendrant des variations de déséquilibres de liaison

(cosélection de caractères non liés physiquement mais dont la combinaison fournit un
avantage adaptatif ou sélectif) ;

- l'absence des conditions environnementales nécessaires à l'expression de tous les caractères.

Un examen des concepts et méthodes statistiques liés à l'utilisation des marqueurs
moléculaires pour l'inscription variétale est présentée par Van Euwijk et Baril. Gestion des
collections de référence. Établissement de la dérivation essentielle caractérisées par des
marqueurs dominants (154 marqueurs AFLP cartographiés

L'utilisation des marqueurs moléculaires dans la procédure d'inscription variétale peut

s'envisager sous plusieurs aspects :

- la gestion des collections de référence ;

- l'établissement de la dérivation essentielle ;

- l'appréciation de l'homogénéité variétale.

3- Avantages

- Rapide et fiable
- Donne des résultats précis et concis

4- Inconvénients

- la faible proportion du génome impliquée dans l'expression de caractères phénotypiques

- la multiplicité des origines génétiques engendrant des variations de déséquilibres de liaison

- l'absence des conditions environnementales nécessaires à l'expression de tous les

caractères.
 Conclusion

Pour conclure, il est clair que la prise en compte du marquage moléculaire dans les procédures
d'inscription des variétés d'espèces végétales relève de nombreuses disciplines (génétique des
populations, génétique quantitative, biologie moléculaire, agronomie, biostatistique) et qu'une
intégration de ces approches s'avère aujourd'hui nécessaire. Liens entre la variabilité neutre et
la variabilité des caractères agronomiques.