REPUBLIQUE DU BENIN



MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA

RECHERCHE SCIENTIFIQUE (MESRS)
*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-
UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI (UAC)
*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-

ECOLE DOCTORALE SCIENCE DE LA VIE ET DE LA TERRE

*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-

MASTER DE MICROBIOLOGIE MOLECULAIRE MEDICALE

*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
BACTERIOLOGIE MEDICALE

CAMPYLOBACTER

Réaliser par : Sous la supervision de :

- AKPO Carnegie Prof BANKOLE Honoré
- AGBANGBINNOU Belforte

ANNEE ACADEMIQUE : 2022-2023

 PLAN

INTRODUCTION

I- GENERALITE ET CLASSIFICATION

II- EPIDEMIOLOGIE ET POUVOIRS PATHOGENES

III- CARACTERES MORPHOLOGIQUES ET MODE DE

TRANSMISSION

IV- PHYSIOPATHOLGIE ET DIAGNOSTIC CLINIQUE

V- DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE

a- Diagnostic biologique direct

b- Diagnostic biologique indirect

VI- TRAITEMENT ET PREVENTION

CONCLUSION

Références bibliographiques
 INTRODUCTION
Les Campylobacter sont des bactéries pathogènes responsables
d'infections alimentaires courantes à travers le monde. Ces micro-organismes
sont souvent associés à des maladies gastro-intestinales, telles que la
campylobactériose, qui peuvent entraîner des symptômes sévères chez les
individus infectés. Selon l'Organisation mondiale de la santé (OMS), les
Campylobacter sont la principale cause de maladies d'origine alimentaire dans
de nombreux pays, y compris les pays développés.

En effet, certaines bactéries peuvent provoquer des maladies en fabriquant

des substances nocives (toxines), en envahissant les tissus ou des deux manières
d’une part, et par des intoxications alimentaires d’autre part. Les toxi-infections
d’origine alimentaire en particulier celles imputables à Campylobacter
constituent une des causes les plus fréquentes de maladies intestinales, d’origine
bactérienne chez l’homme (Puterflam et al., 2007). Campylobacter représente un
fardeau important en santé publique en ce qui a trait aux infections d’origine
alimentaire et engendrerait des coûts importants. Ainsi, des outils de détection et
de quantification de Campylobacter ont été décrits par le passé, et sont
majoritairement séparés en différentes catégories : les techniques d'isolement sur
milieux, les techniques sérologiques ciblant directement des composantes
moléculaires spécifiques à Campylobacter et les techniques moléculaires

En examinant les connaissances actuelles sur les Campylobacter, nous

espérons contribuer à une meilleure compréhension de ces pathogènes et à
l'élaboration de mesures préventives plus efficaces. Cette recherche revêt une
importance particulière dans le contexte de la sécurité alimentaire et de la
protection de la santé publique.
 I- GENERALITE ET CLASSIFICATION

Le genre Campylobacter contient 17 espèces dont les principales sont C.

jejuni et C. coli, et C. fetus. . Le campylobactériose est une infection intestinale
presque toujours causée par le Campylobacter jejuni ou le Campylobacter coli,
sous forme de diarrhée. Le Campylobacter fetus peut quant à lui causer une
infection néonatale. Les microorganismes responsables de la campylobactériose
survivent bien dans les aliments gardés au réfrigérateur, sans s’y multiplier.Les
espèces du genre Campylobacter sont principalement responsables de zoonoses
avec de nombreuses espèces animales impliquées comme réservoirs infectieux.
Les Campylobacter sont des bacilles à Gram négatif qui apparaissent incurvés,
spiralés ou sous forme hélicoïdale dont l'épaisseur varie de 0,2 à 0,9 μm et la
longueur de 0,5 à 5 μm. Les Campylobacter sont considérés comme étant la
principale cause bactérienne de gastro-entérites dans le monde avec une
incidence croissante dans les pays développés. Les Campylobacter ont été
individualisés en 1963 par leur GC % (29 à 38 %) très inférieur à celui des
Vibrio (40 à 52 %) par Sébald et Véron qui ont proposé ce genre nouveau.
Campylobacter vient du grec λκαμπθλ o σ , incurvé ; βαχτερ , bâtonnet

Figure 1 : Vue en microscopie électronique à balayage de C. jejuni

Taxonomie :

La classification de ces espèces sur une base morphologique et

physiologique est relativement difficile car les caractères distinctifs sont peu
nombreux. Traditionnellement, ces espèces sont cependant divisées en deux
groupes, selon qu'elles produisent ou non une catalase. Le fondement génétique
de cette division phénotypique simple a été confirmé par de nombreuses études
génétiques. Les bactéries du genre Campylobacter font partie du règne des
Eubactéries, de la classe des Protéobactéries, de l’ordre des Campylobactérales
ce dernier comprenant la famille des Helicobacteraceae, des
Hydrogenimonaceae et des Campylobacteraceae. La famille des
Campylobacteraceae compte trois genres : Arcobacter, Campylobacter et
Sulfurospirillum. Le genre Campylobacter compte, à l’heure actuelle, 34 espèces
(48 en incluant les sous-espèces).

II- EPIDEMIOLOGIE ET POUVOIRS PATHOGENES

Les Campylobacter sont des bactéries commensales du tube digestif de

nombreux oiseaux et mammifères. Les oiseaux en général, le poulet en
particulier, peuvent être considéré comme le réservoir naturel de C. jejuni. Cette
bactérie vit au niveau du cloaque des oiseaux où elle est présente à de fortes
concentrations (10 6 UFC/g de matière fécale). Cette colonisation est sans
conséquence pathologique chez les oiseaux. La prévalence de Campylobacter au
niveau du tube digestif des volailles est 8 à 20 fois plus élevée que celle de
Salmonella. Selon les études, 40 à 80 % des carcasses de poulet à la distribution
sont contaminées. C. coli est essentiellement rencontré chez le porc, C.
upsaliensis chez le chien, C. lari chez la mouette. Ces espèces bactériennes
peuvent toutefois être retrouvées chez d'autres animaux d'élevage destinés à
l'alimentation humaine et des animaux de compagnie. Campylobacter peut
survivre dans l'environnement pendant plusieurs semaines à des températures
proches de 4 °C, particulièrement dans l'eau ou le lait. Il ne peut se multiplier
dans les aliments à la différence des Salmonella. Dans les pays développés, la
transmission des Campylobacter s'effectue selon deux modes : un mode
sporadique qui représente la majorité des cas, et un mode épidémique, plus
spectaculaire, mais moins fréquent. La transmission est essentiellement d'origine
alimentaire et la principale source d'infection est la consommation de viande de
poulet crue ou insuffisamment cuite. Toute viande crue est susceptible d'être
contaminée par Campylobacter, la volaille étant, de loin, la principale viande
incriminée. La majorité des cas sporadiques est due à la consommation de
volaille. Lors d'épidémies, d'autres sources d'infection ont été décrites ; ainsi, le
lait cru consommé par des collectivités d'enfants et les réservoirs d'eau potable
notamment sont les sources les plus souvent incriminées. La contamination par
l'eau de boisson explique la saisonnalité estivale des épidémies.
Tableau 1 : Les espèces du genre Campylobacter et leurs hôtes préférentiels

Les manifestations cliniques d'une infection entérique à Campylobacter

sont identiques quelle que soit l'espèce de Campylobacter. C. jejuni en est le
prototype. L'entérite à Campylobacter survient préférentiellement chez les
enfants de moins de 5 ans sous forme d'une diarrhée aiguë. La période
d'incubation estimée est de 1 à 10 jours. L'entérite débute par une phase
prodromique de 2 jours, associant fièvre élevée et frissons, puis survient la phase
digestive caractérisée par des nausées, des vomissements, des douleurs
abdominales. La diarrhée apparaît ensuite, initialement aqueuse, puis parfois
muqueuse, sanglante ou purulente. Ce syndrome dysentérique n'est pas
distinguable de celui provoqué par Shigella et Salmonella. La distribution
saisonnière est moins marquée que celle des Salmonella, bien qu'un pic estival
soit observé. L'entérite à Campylobacter est spontanément régressive. La durée
totale de l'épisode aigu est de 8 à 10 jours, mais les patients excrètent
Campylobacter dans leurs selles pendant plusieurs semaines à parfois plusieurs
mois après la guérison clinique. Des rechutes surviennent chez 25 % des
patients, souvent limitées à des crises abdominales douloureuses. Parmi les
Campylobacter, l'espèce C. jejuni est la plus fréquemment isolée au laboratoire
de biologie médicale (76 % des souches), suivie de C. coli (17 %) puis de C.
fetus (5 %, dont 65 % isolé d'hémocultures). Arcobacterbutzleri représente 1 %
des Campylobacteraceae identifiés par le Centre national de référence (CNR).
En France, on estime à près de 18 000 le nombre de cas annuels d'entérites à
Campylobacter confirmés et près de 3000 hospitalisations seraient imputables à
ces germes. Les bactériémies et les septicémies sont très rares lors des infections
dues à C. jejuni, la plupart des souches étant sensibles à l'activité bactéricide non
spécifique du sérum. Un pour cent des malades développe une arthrite
réactionnelle aseptique 7 à 10 jours après l'épisode diarrhéique.

Plus grave mais rare, le syndrome de Guillain-Barré (polyradiculonévrite

ascendante régressive postinfectieuse) peut entraîner des troubles de la
déglutition, voire des paralysies des muscles respiratoires nécessitant alors une
ventilation artificielle en réanimation. Il est dû à une maladie démyélinisante
aiguë des nerfs périphériques. L'infection à C. jejuni est l'une des causes
principales du syndrome de Guillain-Barré dans les pays développés.
L'apparition des premiers signes neurologiques survient 1 à 3 semaines après
l'infection à C. jejuni. Les malades atteints de ce syndrome présentent des traces
sérologiques d'infection à C. jejuni dans 20 à 40 % des cas. Aux États-Unis et au
Japon, 30 à 80 % des souches isolées de malades atteints de ce syndrome
appartiennent au sérogroupe Penner 19, Lior 7. Ce sérogroupe ne représente que
3 % des souches isolées habituellement dans ces pays. Il existe des similarités
moléculaires entre les antigènes de la paroi bactérienne et les composants de la
gaine de myéline des nerfs ; la structure terminale de l'oligosaccharide du LPS
du sérogroupe concerné est identique à la structure terminale du ganglioside
GM1 du nerf.

III- CARACTERES MORPHOLOGIQUES ET MODE DE

TRANSMISSION

1. Morphologie

Campylobacter est un bacille Gram négatif ayant une forme particulière

spiralée au microscope. La structure fine et recourbée de Campylobacter mesure
entre 1μm et 8μm de diamètre. Cette structure ainsi que la présence d’un flagelle
à l’une des deux extrémités polaires confèrent à Campylobacter une forte
mobilité, qui est d’ailleurs un 9 excellent indice au microscope lors de
l’identification. Ces bactéries peuvent adopter une forme plus coccoïde de plus
ou moins 0.5 micron de diamètre après quelques jours passés en culture; ce
changement de structure serait associé au stade viable non cultivable (VBNC) de
Campylobacter

2- Mode de transmission

La bactérie est présente dans les selles de la personne malade. La

campylobactériose s’acquiert par ingestion de la bactérie. La maladie peut se
transmettre par des aliments, de l’eau, des mains ou des objets contaminés.
Parfois, la bactérie peut contaminer l’environnement et être ingérée par la
personne lorsqu’elle porte ses mains ou un objet contaminé à sa bouche. De
manière générale, on pense que la principale voie de transmission est alimentaire
et passe par la consommation de viande et de produits dérivés de la viande
insuffisamment cuits ou de lait cru ou contaminé. L’eau ou la glace contaminées
sont aussi sources d’infection. Une certaine proportion des cas résulte du contact
avec une eau contaminée dans le cadre d’activités récréatives.

La campylobactériose est une zoonose, c’est à dire une maladie transmise

aux hommes par des animaux ou des produits animaux. La plupart du temps, les
carcasses ou les viandes sont contaminées par les bactéries Campylobacter
présentes dans les matières fécales durant l’abattage. Il est rare que cette bactérie
provoque des maladies chez l’animal. La contribution relative de chacune des
sources précédemment mentionnées à la charge de morbidité globale n’est pas
clairement établie, mais on pense que la consommation de viande de volaille
contaminée et insuffisamment cuite représente une contribution majeure.
Estimer l’importance de toutes les sources connues est donc extrêmement
difficile. En outre, le fait que les bactéries Campylobacter soient largement
répandues entrave aussi le développement de stratégies de lutte couvrant
l’ensemble de la chaîne alimentaire. Cependant, dans les pays ayant mis en place
des stratégies spécifiques pour réduire la prévalence de cette bactérie chez les 10
volailles vivantes, on observe une réduction similaire de la fréquence des cas
humains.
 Figure 3 : Mode de transmission de campylobacter

IV- PHYSIOPATHOLGIE ET DIAGNOSTIC CLINIQUE

1- Physiopathologie

C. jejuni est une bactérie invasive mais dont le mécanisme de pathogénicité

n’est pas encore connu au niveau moléculaire. Il n’a pas été possible
d’individualiser des souches plus pathogènes. La séquence du génome d’une
souches de C. jejuni devrait y aider. Cette bactérie fabrique également un toxine
qui distend le cytosquelette (cdt).

La propension de C. fetus a donné des infections systémiques a été mise sur

le compte de sa résistance à la phagocytose du fait la présence d’une capsule.

Le mimétisme moléculaire entre le lipolysaccharide de certains sérogroupes

de C. jejuni et les terminaisons de la myéline est à l’origine du syndrome de
Guillain-Barré.

2- Diagnostique clinique

Les Campylobacter sont des bactéries entériques acquises par voie orale. Alors
qu’il existe un portage asymptomatique chez les volailles et les animaux en
général, chez l’homme, elles vont entraîner des symptômes. Il s’agit
essentiellement d’une entérite qui peut éventuellement avoir des complications
systémiques infectieuses ou postinfectieuses. L’exemple type en est C. jejuni.
Les manifestations cliniques de l’infection à Campylobacter sont variables en
fonction de l’espèce en cause. Les infections liées à C. jejuni seront
essentiellement responsables d’atteintes digestives, plus rarement de
disséminations systémiques et de complications post-infectieuses. C. coli
présente une symptomatologie comparable à C. jejuni. Les infections à C. fetus,
beaucoup plus rares, sont surtout impliquées dans des septicémies avec souvent
des localisations secondaires.

a- Entérite à Campylobacter

L’association causale entre infection à Campylobacter et entérite a été montrée.

Typiquement les premiers signes apparaissent après 3-4 jours d’incubation ou
plus. Il s’agit de signes digestifs: diarrhée inflammatoire, douleurs abdominales,
parfois présence de sang dans les selles, dans un contexte de signes généraux
variables : fièvre en général modérée, asthénie, anorexie, céphalées, mais moins
intenses que lors d’infections à Salmonella spp. ou Shigella spp. Toutefois, il
n’est pas possible de distinguer ces infections d’une infection à Campylobacter
sans isoler la bactérie 13 responsable. Les vomissements sont peu fréquents, car
une atteinte gastrique est rare. Les douleurs abdominales ou du sang dans les
selles peuvent constituer le symptôme unique au début de la maladie. Tout
l’intestin peut être concerné, mais surtout le côlon. Les symptômes sont
spontanément résolutifs en une semaine alors que la bactérie peut persister dans
les selles plusieurs semaines. Une rechute est possible. Un traitement
antibiotique adapté conduit à une éradication de la bactérie et, s’il est donné
assez tôt, à une disparition des symptômes. L’entérite à Campylobacter peut
survenir à tous les âges de la vie, mais le tableau peut présenter des variantes en
fonction de l’âge du patient. Chez le nourrisson, il existe un risque de
convulsions et de déshydratation. L’allaitement peut présenter ici un rôle
protecteur.

b- Complications infectieuses systémiques

Les Campylobacter peuvent transloquer et se retrouver dans le torrent

circulatoire. Ce type d’évolution est toutefois rarement mis en évidence, sans
doute car ces bactéries sont très sensibles au pouvoir bactéricide du sérum et
sont très vite détruites, contrairement aux salmonelles. Ces bactériémies qui
s’accompagnent de fièvre font le lit de localisations secondaires difficiles à
traiter. Il existe une espèce de Campylobacter, C. fetus, peu fréquente comme
cause d’entérite (0,7 %) qui en revanche est souvent retrouvée dans les
infections systémiques (76 %). Le nombre des manifestations systémiques
observées avec C. fetus excède donc largement celui observé avec les
Campylobacter thermotolérants, mais plus de la moitié des malades souffrent
d’une maladie sous-jacente (diabète, cirrhose, cancer, immunodépression, etc.).
Les localisations secondaires rencontrées concernent différents organes en
particulier l’endothélium vasculaire (anévrisme mycotique, endocardite,
thrombophlébite), l’os et les articulations, les méninges, etc. Ces infections ont
un pronostic défavorable dans un quart des cas (décès ou rechute) (Pacanowski
et al..2008). Comme signalé précédemment, malgré son nom, C. fetus n’est
pratiquement jamais à l’origine d’une infection fœto-maternelle. En revanche,
des infections néonatales à C. jejuni sont observées suite à l’accouchement chez
une mère infectée par cette bactérie.

c- Complications post-infectieuses

Comme d’autres pathogènes entériques, C. jejuni peut être à l’origine d’un

syndrome post infectieux à type d’arthrite réactionnelle, d’érythème noueux,
d’urticaire. Ces complications sont rares. Le syndrome post infectieux le plus
important à considérer est une polyradiculonévrite aiguë, le syndrome de
Guillain Barré. Il s’agit d’une paralysie flasque avec aréflexie et dissociation
albuminocytologique au niveau du LCR. Sa pathogénie est une démyélinisation
de la gaine des nerfs périphériques liée à une réaction inflammatoire. Son
étiologie est virale ou vaccinale, mais on admet maintenant qu’un tiers à la
moitié des cas surviendraient au décours d’une infection à Campylobacter qui a
pu passer inaperçue (Yuki et al..2001). Le mécanisme physiopathologique est un
mimétisme moléculaire entre le lipo-oligosaccharide de la paroi de C. jejuni et
un composant de la gaine des nerfs : le ganglioside GM1. Les premiers travaux
menés au Japon par Yuki ont incrimé un sérogroupe particulier O19 (Yuki et
al..1997). L’étude de souches européennes à l’origine de ce syndrome a montré
que d’autres sérogroupes pouvaient être en cause. À ce jour, il n’existe pas de
marqueur facile à mettre en oeuvre pour détecter les souches ayant un potentiel
pour entraîner un syndrome de Guillain-Barré. Ce syndrome surviendrait dans
un cas pour 2 000 infections entériques à Campylobacter. Ce syndrome réputé
réversible est en fait très sévère, avec une mortalité de 2 % à 3 % et des
séquelles neurologiques majeures dans 20 % des cas. Les cas les plus sévères
seraient dus à une infection à Campylobacter. Une autre complication post
infectieuse qui a émergé ces dernières années est le syndrome de l’intestin
irritable. Il a en effet été noté que dans environ un tiers des cas, le syndrome de
l’intestin irritable était la conséquence d’une infection entérique et l’infection à
Campylobacter semble en être la cause principale. Des études ont montré une
augmentation de la perméabilité intestinale, des cellules endocrines et des
lymphocytes intraépithéliaux après une infection à Campylobacter. Des
altérations du système nerveux entérique sont soupçonnées et restent à
démontrer. La moitié de ces malades sont encore symptomatiques 5 ans après le
début des troubles. La mortalité relative dans les 30 jours qui suivent l’infection
est augmentée avec les Campylobacter comme avec Salmonella, Shigella et
Yersinia enterocolitica. La mortalité 6 mois à 1 an 15 après une infection à
Campylobacter est aussi. Les malades âgés de plus de 55 ans sont
essentiellement concernés. Les mêmes auteurs ont aussi montré que l’infection
avec une souche de Campylobacter résistante aux fluoroquinolones ou aux
macrolides augmentait significativement, par 6 et 5 respectivement, le risque
d’infection invasive ou de mort dans les 30 à 90 jours qui suivent l’infection.

V- DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE

a- Diagnostic biologique direct

- Caractères culturaux

La culture sur milieux sélectifs est la méthode la plus utilisée pour isoler les
Campylobacters à partir de prélèvements de selles. Les milieux au charbon actif
(Karmali), permettant de fixer les dérivés oxygénés toxiques, ou au sang
(Campylosel®, Skirrow, Butzler), enrichis en facteurs de croissance,
contiennent des antibiotiques et antifongiques capables d’inhiber la croissance
de cocci à gram positif, d’entérobactéries et de nombreux fongiques.

Figure 4 : Colonies de Campylobacter sur gélose Karmal

La culture par la méthode de filtration utilise la mobilité et la petite taille

des Campylobacters par rapport aux autres bactéries pour les isoler à l’aide de
filtres d’acétate ou de nitrate de cellulose calibrés (0,45 et 0,65 μm
respectivement) déposés sur milieux non sélectifs. Le principe consiste à
déposer une goutte de suspension de selles sur le filtre qui va permettre aux
Campylobacters de le traverser tout en retenant les autres bactéries présentes
dans la suspension. Une fois le liquide filtré, le filtre est retiré et la gélose
incubée 5 à 7 jours. La culture donne des petites colonies luisantes, translucides
dont l’identification peut être réalisée à l’aide de diverses méthodes. Leur
croissance est favorisée dans une atmosphère appauvrie en oxygène où la
pression partielle en O2 est de 3-5%, en CO2 de 5-10% et en N2 de 85%
(conditions microaérobies), bien que certaines espèces soient anaérobies strictes
(C. curvus par exemple). La totalité des espèces se multiplient à 37°C mais
certaines espèces dites thermotolérantes ont une température optimale de
croissance de 40-42°C (C. jejuni, C. coli). Elles sont oxydase et catalase
positives.
 Tableau 2 : Caractères d’identifications des différentes espèces de
Campylobacter

- DIAGNOSTIC MOLECULAIRE

Les méthodes de détection moléculaires sont reconnues pour être faciles à

utiliser et moins coûteuses que les méthodes de culture. Il existe une grande
variété de méthodes moléculaires permettant la détection et la quantification de
microorganismes ; les méthodes présentées dans notre travail sont celles
impliquant la réaction en chaîne par polymérase (PCR, de l'anglais « polymerase
chain reaction ») et représentent les plus couramment employées dans les
investigations portant sur Campylobacter.

1- Réaction en chaîne par polymérase (PCR)

 La PCR est basée sur une répétition de 2 ou 3 cycles de différentes durées
et températures donnant lieu à une réaction enzymatique où une polymérase va
dédoubler l’ADN présent en solution. La réaction débute par un cycle de
dénaturation où une haute température permet de séparer les brins d’ADN, suivi
par un cycle d’appariement de paires de bases où les amorces spécifiques, par
complémentarité de leur séquence d’ADN, s’hybrident sur les brins d’ADN
séparés. Enfin, un cycle de polymérisation a lieu, où la polymérase vient
reconnaître les complexes hybrides entre les amorces et la matrice d’ADN et
synthétise le brin complémentaire de l’ADN de la matrice formant ainsi un
amplicon.

Les solutions post-PCR contiennent des amplicons, qui peuvent être

détectés lorsqu’on ajoute des colorants intercalant aux doubles brins d’ADN ou
lorsqu’ils sont soumis aux ultraviolets en émettant de la fluorescence; les
produits de la réaction peuvent être placés sur gel d'agarose afin de migrer vers
un pôle ayant une charge positive de manière à permettre une distinction des
fragments d'ADN par leur longueur. La PCR représente donc une application
biotechnologique importante en permettant une détection sensible et spécifique
tout en réduisant grandement le temps de main d’œuvre comparativement aux
méthodes de culture (Tallon et al., 2005; Theron et Cloete, 2002). La PCR est de
plus en plus utilisée en clinique pour un criblage rapide de Campylobacter
présentant une meilleure sensibilité de détection que les techniques de culture
classiques (Buchan et al., 2013; Onori et al., 2014; Perry et al., 2014). La PCR
ciblant l’ADN génomique détecte la totalité de l’ADN, incluant celui provenant
des cellules mortes. Il est important de cibler des séquences d’ADN spécifiques
à un microorganisme d’intérêt afin de rendre sa détection efficace ; des outils
d’analyses génomiques sont disponibles pour un tel exercice et relèvent du
domaine de la bio-informatique. La PCR est un outil intéressant pour la
détection Campylobacter dans l’environnement étant donné la capacité de cette
bactérie à entrer dans un stade VBNC en milieu aquatique et sa difficulté
d’isolement par méthode de culture (Abulreesh et al., 2006; Tholozan et al.,
1999).

Pour détecter le genre Campylobacter, des essais PCR ciblant des régions
spécifiques du gène codant pour la sous-unité 16S de l’ARN ribosomal ont été
utilisés puisque cette région est génétiquement conservée de manière à présenter
des variations spécifiques au genre; d’autres séquences dans la sous-unité 16S
présentent des variations spécifiques à l’espèce (Bang et al., 2002; Hellein et al.,
2011; Josefsen et al., 2004; Moreno et al., 2003). Beaucoup plus rarement,
d’autres groupes de recherche ont utilisé la PCR ciblant des régions d’ADN
codant pour la sous-unité 23S de l’ARN 22 ribosomique (Engvall et al., 2002),
la région non-codante (ITS: « internal transcribed spacer ») entre les gènes
codant pour les sous-unités 16S et 23S de l’ARN ribosomal (Khan et Edge,
2007) et des gènes codant pour des protéines constituantes du flagelle flaA et
flaB (Moore et al., 2001; Waage et al., 1999). Plusieurs études ont mis au point
des essais PCR ciblant différentes séquences d’ADN de gènes spécifiques à
certaines espèces de Campylobacter comme glyA (Jensen et al., 2005), gafF et
ceuE (Hellein et al., 2011; Nayak et al., 2005) et cpn60 (Banihashemi et al.,
2012; Chaban et al., 2009; Hill et al., 2006). Il est possible d’utiliser la PCR
pour faire des détections simultanées de différentes espèces de Campylobacter
au cours d’une même réaction PCR : la PCR multiplexe contient plusieurs paires
d’amorces ciblant différents gènes spécifiques à différentes espèces de
Campylobacter (Denis et al., 1999; Klena et al., 2004; Wang et al., 2002;
YamazakiMatsune et al., 2007). La PCR multiplexe permet une détection rapide
en une seule réaction et peut aussi être appliquée pour vérifier la présence de
multiples pathogènes entériques s’avérant un outil prometteur en clinique
(Coupland et al., 2013; Liu et al., 2012; Liu et al., 2014).

La PCR peut être utilisée en combinaison avec les techniques d’isolement

par culture afin de faire une différenciation plus précise des espèces
(AbuHalaweh et al., 2005; Abulreesh et al., 2006). L’usage de la PCR pour la
détection de Campylobacter suite à un enrichissement aurait pour effet de
réduire les résultats faussement négatifs dus à la croissance de bactéries non
spécifiques sur milieux solides qui masquent la présence de Campylobacter
(Hernandez et al., 1995; JacobsReitsma et al., 2008; Moore et al., 2001; Nam et
al., 2005; Sails et al., 2003; Tambalo et al., 2012; Waage et al., 1999).

2- PCR en temps réel

La PCR en temps réel (qPCR, de l'anglais « quantitative polymerase chain

reaction ») est une réaction PCR avec l’ajout de molécules fluorescentes
permettant d’émettre une quantité de fluorescence proportionnelle à la quantité
d’ADN formée au cours de la réaction. Une lecture de cette fluorescence
s’effectue en temps réel : cette dernière adopte une courbe exponentielle au
cours de la réaction à partir de laquelle il est possible de déterminer les quantités
d’ADN présentes au départ à l’aide d’une courbe standard. 23 Lorsqu’on
observe la fluorescence émise lors d’une réaction de la polymérase, le tout
débute par une phase de latence où les cibles d’ADN sont limitées et les faibles
signaux de fluorescence peuvent interférer avec le bruit de fond. Ensuite, débute
une phase exponentielle où chaque cycle de quantification résulte en un
dédoublement de l’ADN. Enfin, la réaction se termine avec un cycle latent où
une accumulation du produit d’ADN résulte en une saturation au niveau de la
fluorescence émise. Afin de pouvoir quantifier un microorganisme d’intérêt,
l’utilisation d’une courbe standard est nécessaire et doit être employée en
parallèle avec les échantillons à quantifier au cours d’une même réaction PCR
afin de leur attribuer des valeurs quantitatives. La calibration de cette courbe
standard doit être juste afin de produire des résultats fiables. L’efficacité
d’amplification de l’ADN contrôle pour la courbe standard n’est pas
nécessairement la même que l’ADN contenu dans la matrice d’un échantillon
donné et peut donc causer une certaine faille dans la précision de la
quantification, qui peut être corrigée selon différentes stratégies de traitement
des données (Brankatschk et al., 2012; Karlen et al., 2007).

Différentes molécules fluorescentes sont disponibles pour des applications

qPCR, présentant chacune des avantages et des inconvénients tels que décrits
dans une revue par Navarro et al. (2015). Les molécules les plus souvent
utilisées sont les colorants intercalant aux doubles brins d’ADN (par exemple, le
SYBR Green) et les sondes à hydrolyse Taqman; ces dernières sont plus
sensibles et plus spécifiques qu’un colorant intercalant comme le SYBR Green,
mais coûtent plus cher. D’autres types de fluorophores, comme les sondes MGB
(de l'anglais « minor binding groove »), ont été développés afin d’augmenter la
sensibilité et la spécificité, et aussi de limiter les interactions avec les inhibiteurs
d’une réaction PCR en temps réel (Navarro et al., 2015).

Différents outils d’analyse de données quantitatives issues de la qPCR

sont disponibles, présentant des différences dans l’efficacité, la précision et la
reproductibilité de la quantification (Cikos et al., 2007; Ruijter et al., 2013). Par
exemple, les différentes molécules fluorescentes ont des profils d’émission
interagissant avec leur propre bruit de fond et une correction est nécessaire pour
augmenter la précision de la quantification 24 (Ruijter et al., 2014; Rutledge et
Cote, 2003; Tuomi et al., 2010). De plus, des variations peuvent intervenir entre
différentes expérimentations de qPCR, pouvant affecter la répétabilité des
données quantitatives; des méthodes d’analyse afin de normaliser les données
provenant de différentes sessions ont été proposées (Ruijter et al., 2009; Ruijter
et al., 2006). Le MIQE (de l'anglais « minimum information for publication of
quantitative results real-time PCR experiments ») propose des lignes directrices
pour la publication d’études utilisant la qPCR comme méthode de quantification
dans le but de faciliter la communication scientifique (Bustin et al., 2009).
Lorsqu’on regarde les essais qPCR publiés, on remarque que la plupart sont très
spécifiques, mais peu sensibles in silico d’après des comparaisons avec des
séquences spécifiques disponibles dans la banque de données NCBI (« National
Center for Biotechnology Information ») (Lemmon et Gardner, 2008).

Le premier essai qPCR publié pour la quantification de Campylobacter

ciblant une région d’ADN codant pour la sousunité ribosomal 16S spécifique au
genre avait pour but d’améliorer les capacités à quantifier C. spp. dans les fèces
de poulets comparativement aux méthodes classiques (Lund et al., 2004).
L’emploi d’essais qPCR multiplex (mqPCR) permet de quantifier
simultanément différentes espèces de Campylobacter grâce à différents
fluorophores couplés aux sondes d’ADN spécifiques et à la capacité du
thermocycleur à lire à différentes longueurs d’onde. Par exemple, la mqPCR a
été utilisée pour quantifier C. jejuni, C. coli, C. upsaliensis et C. lari dans des
échantillons alimentaires (viandes, poissons, fruits, légumes et lait) (Bonjoch et
al., 2010), C. jejuni et C. coli dans des échantillons d’eau (Toplak et al., 2012)
ou encore C. jejuni, C. coli et C. lari dans des produits alimentaires de volailles
(Vondrakova et al., 2014). La qPCR peut être appliquée directement aux
échantillons d’eau afin de quantifier Campylobacter, sans pré-enrichissement
(Clark et al., 2011; Nam et al., 2005; Nogva et al., 2000; Park et al., 2011; Van
Dyke et al., 2010; Yang et al., 2003). Aucune étude n’a à ce jour comparé la
sensibilité et la spécificité des différents essais qPCR disponibles pour la
quantification de Campylobacter dans l’eau.

c- Diagnostic biologique indirect

- Identification phénotypique

L’identification d’espèce peut se faire par l’étude de caractères

phénotypiques: présence d’enzymes, tolérance à certains composés, température
de pousse. Des galeries miniaturisées d’identification ont été développées
(ApiCampy®), basées sur la production d’enzymes et la pousse avec des acides
organiques comme seule source de carbone. L’hydrolyse de l’hippurate est une
propriété caractéristique de C. jejuni. Toutefois, un petit nombre de souches (2-3
%) de cette espèce n’exprime pas cet 19 enzyme. L’utilisation du proprionate
comme seule source de carbone est un caractère spécifique de C. coli.
 - Détection directe dans les selles par méthode immuno-enzymatique.

Des tests immunoenzymatiques ont été développés utilisant la méthode

ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) ou des tests
immunochromatographiques. Les tests immunochromatographiques rapides ont
pour avantages d’être très simple d’utilisation et de donner un résultat rapide en
15-20 minutes, contrairement à la culture et aux méthodes ELISA. Ils sont par
ailleurs sensibles et spécifiques. Ces méthodes paraissent fiables et permettraient
un dépistage rapide directement à partir de l’échantillon de selles et d’éviter la
mise en culture en cas de résultat négatif. Ils sont notamment recommandés pour
la détection des Campylobacters dans le cadre du dépistage pré-transplantation
fécale

- DIAGNOSTIC SÉROLOGIQUE

La recherche d’anticorps sanguins par sérologie (ELISA ou réaction de

fixation du complément, RFC) trouve une utilité dans l’étude étiologique d’un
syndrome post-infectieux (Syndrome de Guillain-Barré, arthrite réactionnelle)
mais ne présente aucun intérêt diagnostic dans les infections intestinales à
Campylobacters. Compte tenu de la fréquence d’exposition aux Campylobacters
dans la population générale, seuls des taux élevés (>1/20 en RFC) doivent être
pris en compte.

V- TRAITEMENT ET PREVENTION
- Antibiothérapie

Une infection à Campylobacter est généralement autolimitant. Dans un

premier temps, les patients atteints de forme diarrhéique de campylobactériose
pourront recevoir des soins de support tel le maintien de l’hydratation et de la
balance électrolytique (Couture, 1997). Un traitement aux antibiotiques s’avère
nécessaire dans certaines situations : la diarrhée persiste dans le temps
(généralement au-delà de 7 jours), le patient présente une forte fièvre, la diarrhée
est sanguinolente, la patiente est enceinte ou encore le patient est
immunodéprimé. L’antibiotique de choix est l’érythromycine étant donné son
efficacité, son faible coût et sa faible toxicité (Couture, 1977). La proportion
d’isolats de Campylobacter résistants à l’érythromycine est restée relativement
faible au cours du temps lorsqu’on compare avec d’autres antibiotiques dont la
ciprofloxacine (Couture, 1997). La prévention de la contamination lors de la
manipulation des aliments reste donc la meilleure stratégie à préconiser pour
réduire le fardeau de la maladie : par exemple éviter la contamination croisée, se
laver les mains ou faire cuire correctement les aliments.

- Mesures d’hygiènes

Le règlement (UE) 1495/2017 (modifiant le 2073/2005), en application au

1er janvier 2018, introduit la notion de critère d’hygiène des procédés pour
Campylobacter basé sur le dénombrement de la bactérie sur les carcasses de
poulets de chair. Deux méthodes normalisées sont aujourd’hui disponibles pour
la recherche (NF EN ISO 10272-18) ou le dénombrement (NF EN ISO 10272-
29) de Campylobacter dans les produits destinés à la consommation humaine et
à l'alimentation des animaux, les échantillons environnementaux prélevés dans
les secteurs de la production et de la manutention des aliments, et les
échantillons au stade de la production primaire. Une méthode de détection de
ces microorganismes dans l’eau existe également : ISO 17995:2005

Recommandations aux opérateurs

L’attention des opérateurs doit être portée sur :

- la qualité microbiologique des matières premières, en particulier des viandes

de volailles ;

- la vigilance vis-à-vis des transferts de contamination potentiels et l’importance

du respect des bonnes pratiques d’hygiène à tous les niveaux de la chaîne
alimentaire ;

- la longue durée d’excrétion des opérateurs atteints de campylobactériose (38

jours en moyenne) ;

- l’efficacité des traitements thermiques sur cette bactérie (> 65°C) et du

processus de salaison.

Recommandations aux consommateurs

Il est admis que les produits à base de volailles (carcasses, produits de

découpe) contaminés représentent la principale source d’introduction de
Campylobacter dans les cuisines. Les possibilités de transferts de contamination
entre ces sources et d’autres plats consommés crus par l’intermédiaire des
mains, des matériels et des surfaces sont nombreuses. Les recommandations
suivantes sont donc particulièrement importantes.
- Le lavage des mains après la manipulation de viandes crues doit être soigneux.

- La disponibilité, en cuisine, de plusieurs planches à découper, idéalement

dédiées, est recommandée.

- Dans tous les cas, l’entretien (grattage, lavage à l’eau chaude et au détergeant)
des surfaces de travail et des ustensiles doit être rigoureux et s’effectuer
immédiatement après chaque utilisation.

- Une cuisson suffisante (> à 65°C à coeur) des viandes de volailles et de

boucherie doit être assurée.

- La cuisson au barbecue est un facteur de risque connu. Il convient de porter

une attention particulière à la maîtrise de ce type de cuisson, et plus
spécifiquement à la jointure cuisse/haut de cuisse qui ne doit pas être rosée, ni
présenter des traces de sang. De plus, les plats et les ustensiles ayant servi à la
préparation des viandes crues doivent être soigneusement nettoyés avant de
recevoir la viande cuite.

- Enfin, la consommation de viandes de volailles crues (de type carpaccio ou

tartare) doit être évitée.

CONCLUSION
L’incidence des infections intestinales par des bactéries du genre
Campylobacter est actuellement très élevée, même si elle est probablement sous-
estimée, en raison de leur recherche occasionnelle, des conditions de culture et
du coût. Le diagnostic d’une infection par Campylobacter est, cependant, à la
 portée de tout laboratoire de biologie médicale et le diagnostic d’espèce peut
reposer sur des critères d’identification simples afin d’identifier les trois espèces
les plus fréquentes (C. jejuni, C. coli et C. fetus). Les bactéries du genre
Campylobacter ont développé des résistances à diverses familles d’antibiotiques
d’intérêt thérapeutique chez l’homme. Il est important de développer de
nouveaux outils moléculaires pour mieux détecter et caractériser les mécanismes
de résistance impliqués. L’introduction de la biologie moléculaire a permis
d’apporter des éléments de réponses à ce problème mais également de proposer
des solutions dans l’identification des espèces rares ou de pathogènes émergents.

Références bibliographiques
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carcasses de poulets de chair